지정재판부 2018헌마642, 2018. 7. 10., 각하

【전문】 사 건 2018헌마642 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 제3호 위헌확인 청 구 인 ○○제약 주식회사 대표자 김○중 대리인 법무법인 우면 담당변호사 황문섭, 신은경, 송유진, 유수빈 [주 문] 이 사건 심판청구를 각하한다. [이 유] 1. 사건개요 가. 청구인은 1955. 12. 23. 설립되어 의약품 제조 및 판매사업 등을 영위하는 법인이다. 청구인은 2011 사업연도까지는 조세특례제한법 시행령 제2조의 요건을 충족하여 중소기업에 해당하였으나, 2012 사업연도에 자기자본 1천억 원 이상이 됨과 동시에 청구인의 주식 46.12%를 보유한 □□ 주식회사의 자기자본을 합산하였을 경우 1천억 원 이상에 해당하게 되어 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호에 따른 관계기업이 되었다. 나. 청구인은 2012~2015 사업연도 각 법인세를 신고ㆍ납부하였다가, 2016. 7. 4. 천안세무서장에게 2012~2015 사업연도에 중소기업 유예기간이 적용되어야 한다고 주장하면서, 이미 납부한 법인세에서 조세특례제한법 제7조, 제7조의2, 제10조에 규정된 특별세액감면 등을 적용하여 산출된 법인세와의 차액에 해당하는 3,684,248,670원(2012 사업연도 772,225,620원, 2013 사업연도 789,909,850원, 2014 사업연도 813,832,610원, 2015 사업연도 867,466,420원)을 환급해달라고 경정청구하였다. 그러나 천안세무서장은 2016. 8. 31. 청구인의 자기자본이 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호에 규정된 관계기업 기준인 1천억 원을 초과하였고, 이에 따라 청구인에 대하여는 같은 조 제2항 제3호에 따라 중소기업으로 보는 유예기간의 적용이 배제된다는 이유로, 일반기업도 적용받을 수 있는 세액공제 및 감면 등을 제외한 부분에 관한 청구인의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 다. 이에 청구인은 이 사건 처분에 불복하여 2016. 10. 17. 조세심판원장에게 심판청구를 하였으나, 조세심판원장은 2017. 2. 22. 청구인의 심판청구를 기각하였다. 청구인은 2017. 5. 23. 천안세무서장을 상대로 이 사건 처분 취소소송을 제기하였으나 청구기각판결을 받았고(대전지방법원 2017. 12. 6. 선고 2017구합102869 판결), 항소 역시 기각되었다(대전고등법원 2018. 4. 26. 선고 2018누10093 판결). 라. 청구인은 2018. 6. 22. 중소기업이 조세특례제한법 제2조 제1항 제3호의 규정에 해당하게 되는 경우 중소기업 유예기간 적용대상에서 제외하는 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 제3호가 청구인의 재산권 등을 침해한다고 주장하면서, 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되고, 2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것) 제2조 제2항 제3호의 위헌확인을 구하는 이 사건 헌법소원심판을 청구하였다. 2. 판단 법령에 대한 헌법소원은 법령의 시행과 동시에 기본권 침해를 받게 되는 경우에는 그 법령이 시행된 사실을 안 날부터 90일 안에, 그 법령이 시행된 날부터 1년 안에 청구하여야 하고, 법령이 시행된 뒤 비로소 그 법령에 해당하는 사유가 발생하여 기본권 침해를 받게 되는 경우에는 그 사유가 발생하였음을 안 날부터 90일 안에, 그 사유가 발생한 날부터 1년 안에 청구하여야 한다(헌재 2016. 5. 24. 2016헌마366 참조). 청구인 주장은 심판대상조항으로 인하여 경정청구 일부가 받아들여지지 않음으로써 재산권 등을 침해받았다는 것인바, 그렇다면 청구인은 적어도 이 사건 처분이 있었던 2016. 8. 31. 무렵에는 이 사건에서 주장하는 기본권 침해사유가 있음을 알았다고 할 것이다. 그렇다면 그로부터 90일이 훨씬 지나 이루어졌음이 명백한 이 사건 헌법소원심판청구는 청구기간을 준수하지 못하였다. 청구인은 심판대상조항의 온당한 해석방법을 두고 다툼이 있었고 최근에야 법원의 판결이 사실상 확립되었으므로, 청구기간 도과에 정당한 사유가 있다는 취지로 주장한다. 헌법재판소법 제40조 제1항에 의하여 준용되는 행정소송법 제20조 제2항의 정당한 사유라 함은 청구기간경과의 원인 등 여러 가지 사정을 종합하여 지연된 심판청구를 허용하는 것이 사회통념상으로 보아 상당한 경우를 뜻한다(헌재 2001. 7. 19. 2001헌마335 참조). 그러나 이 사건 처분에 대해 심판대상조항이 적용되었음이 명백하고 이후 청구인은 이 사건 처분 취소소송까지 제기한 이상, 청구기간 도과에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 3. 결론 이 사건 심판청구는 부적법하므로 이를 각하하기로 하여 관여 재판관 전원의 일치된 의견으로 주문과 같이 결정한다.

[출처] 법제처 : 국가법령정보센터(헌재 결정례) - 2018헌마642

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조세특례제한법시행령 제2조

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