+ - 북마크 저장 [행정] 1심사건

전주지방법원 2022.01.20 선고 2020구합1503 판결

이 사건 매입 및 매출세금계산서가 공급자가 사실과 다른 매입 및 매출세금계산서인지 여부[일부패소] 【사 건】 2020구합1503 부가가치세등부과처분 취소의 소 【원 고】 주식회사 OO 【피 고】 OO세무서장 【변 론 종 결】 2021. 8. 26. 【판 결 선 고】 2022. 1. 20. 【주 문】 1. 피고가 2018. xx. x. 원고에게 한 2015년 제2기 부가가치세 xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분 중 가산세 xx,xxx,xxx원에 대한 부분을 취소한다. 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 3. 소송비용 중 9/10은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 【청 구 취 지】 피고가 2018. xx. x. 원고에게 한 2015년 제2기 부가가치세 xxx,xxx,xxx원(가산세 포 함)의 부과처분을 취소한다. 【이 유】 1. 처분의 경위 가. 원고는 1991. x. x. 설립되어 토목공사, 부동산 개발업, 부동산 분양업 등을 영위하는 법인이다. 나. 원고는 2014. xx. xx.자로 주식회사 AAA(이하 ‘AAA’이라 한다)과 사이에 충남 XXX XXX 1) XX신도시 개발사업지구 내 C4-4-4 중심사업용지 2,556㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 지상에 XX빌딩(이하 ‘이 사건 건물’이라한다)을 신축하는 사업과 관련하여 용역대금을 XX억 원(부가가치세 별도)으로 하는 Project Management 용역계약서(이하 ‘이 사건 용역계약서’이라 한다)를 작성하고, 2015. XX. XX. AAA로부터 공급가액 XX억 원의 매입세금계산서(이하 ‘이 사건 매입세금계산서’라 한다)를 수취한 다음, 이 사건 매입세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제하여 2015년 제2기 과세기간의 부가가치세를 신고․납부하였다. 다. 원고는 2015. X. XX. AAA에게 이 사건 건물 중 106호와 107호(이하 ‘이사건 각 상가’라 한다)를 각 xxx,xxx,xxx원(부가가치세 포함)에 분양하는 내용의 상가분양계약서(이하 ‘이 사건 제1분양계약서’라 한다)를 작성하였다. 이후 원고는 2015. 12. 15. 이 사건 각 상가 중 106호를 OOO에게, 107호를 OOO에게 각 분양대금 xxx,xxx,xxx원(부가가치세 포함)에 분양하는 내용의 분양계약(이하 ‘이 사건 제2분양계약’이라 한다)을 체결하고, 같은 날 OOO과 OOO에게 각 공급가액 xxx,xxx,xxx원의 전자세금계산서(이하 위 각 전자세금계산서를 합하여 ‘이 사건 매출세금계산서’라 한다)를 발행해 주었다. 라. OO세무서장은 2018. X. XX.부터 2018. X. XX.까지 AAA에 대하여 부가가치세 조사를 하였고, 그 결과 이 사건 매입세금계산서를 ‘공급자가 사실과 다른 세금계산서’로 판단하고 피고에게 이에 대한 과세자료를 통보하였다. 마. 피고는 2018. X. XX.부터 2018. XX. XX.까지 원고에 대하여 세무조사를 실시하였고, 2018. XX. XX. 원고에게 ‘세금계산서 범칙조사 결과 2015년 2기 AAA로부터 위장세금계산서 XX억 원(공급가액) 수취하여 매입세액 불공제하고, 이 사건 각 상가에 대하여 xxx,xxx,xxx원(공급가액) 위장세금계산서 발행하여 가산세 경정하고자 한다’는 내용의 세무조사 결과를 통지하였으며, 2018. XX. X. 원고에 대하여 2015년 제2기분부가가치세 xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)을 경정·고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다. 바. 원고는 2018. XX. X. 피고에게 이 사건 처분에 대한 이의신청을 하였고, 피고는 2018. XX. XX. 이 사건 처분 중 이 사건 매입세금계산서 수취와 관련하여 부당과소신고 가산세 X,XXX만 원을 일반과소신고가산세 X,XXX만 원으로 감액하는 경정결정을 하였으며, 이로써 이 사건 처분은 부가가치세 및 가산세 합계액 xxx,xxx,xxx원이 남게 되었다. 사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2019. X. XX. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2020. X. XX. 위 청구를 기각하였다. [인정근거] 갑 제1 내지 8호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을제 1, 2, 10, 11호증의 각 기재 2. 원고 주장의 요지 가. AAA은 OOOO개발공사와 이 사건 토지에 관한 매매계약을 체결하고, BBB 주식회사(이하 ‘BBB‘라 한다)와 이 사건 토지에 대한 사업계획수립, 설계, 건축허가 등의 업무에 대한 용역계약을 체결하였다. 원고는 위 매매계약상 매수인 지위를 승계하였는데, 그 과정에서 위 용역계약에 따른 결과물을 인수하기 위하여 AAA과 이 사건 용역계약을 체결하게 되었다. 위와 같은 경위를 고려해 볼 때 실제로는 BBB가 위 용역계약에 따른 용역 업무를 수행하였으나 이는 BBB가 AAA을 대리하여 원고에게 용역을 제공한 것으로 보아야 하므로, 이 사건 매입세금계산서는 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당한다고 볼 수 없다. 나. 원고는 AAA과 체결한 이 사건 용역계약에 따른 용역대금의 담보 목적으로 AAA을 수분양자로 하는 이 사건 제1분양계약서를 작성하였을 뿐이므로, 이 사건 제1분양계약서에도 불구하고 이 사건 각 상가의 소유자는 원고이고, 원고로부터 이 사건 각 상가를 실제 분양받은 자는 AAA이 아니라 OOO과 OOO이라고 보아야 한다. 따라서 이 사건 매출세금계산서는 공급받는 자가 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당하지 아니한다. 3. 관계 법령 별지 기재와 같다. 4. 판단 가. 인정사실 1) AAA은 2012. 11. 22. 중국인 aaa가 국내에서 주택건설사업, 부동산개발 및 공급업을 영위할 목적으로 자본금 전액을 출자하여 설립한 회사이고, bbb는 오랫동안 국내에 거주한 중국 국적의 화교로서 AAA의 이사 직함을 가지고 AAA의 사업진행에 관여했던 사람이며, ccc는 bbb의 배우자로서 aaa와 함께 AAA의 공동대표이사로 등재되었던 사람이다. 2) AAA은 2012. 12. 14. OOOO개발공사와 사이에 이 사건 토지를 매매대금 X,XXX,XXX,XXX원에 매수하되, 계약금 xxx,xxx,xxx원은 계약일에, 1차 중도금 X,XXX,XXX,XXX원은 2013. 6. 14.에, 2차 중도금 X,XXX,XXX,XXX원은 2013. 12. 14.에, 3차 중도금 X,XXX,XXX,XXX원은 2014. 6. 14.에, 잔금 X,XXX,XXX,XXX원은 2014. 12. 14.에 지급하기로 하는 용지매매계약 (이하 ’이 사건 매매계약‘이라 한다)을 체결하였고, 같은 날 OOOO개발공사에게 계약금 xxx,xxx,xxx원을 지급하였다. 3) aaa는 납부기한이 경과하도록 이 사건 매매계약에 따른 1차 중도금을 마련하지 못하자, bbb에게 이 사건 토지를 매수할 사람을 알아봐 달라고 요청하였고, bbb는 OOOO협회장인 ddd를 통해 BBB의 실질적인 대표인 eee을 소개받았다. 4) AAA은 2013. 8. 20. BBB와 다음과 같은 내용의 ’OO신도시 중심상업부지 매각 PM 용역계약‘(이하 ’1차 용역계약‘이라 한다)을 체결하였다. AAA(이하 “갑”이라 칭함)과 BBB(이하 “을”이라 칭함)는 OO OO신도시 중심상업부지 C4 매각(이하 “본 사업”이라 한다)의 Project Management 용역계약(이하 “본 계약”이라 칭함)을 다음과 같이 체결한다. 제1조(계약의 목적) 본 계약은 “갑”이 진행하는 “본 사업”의 Project Management 업무(이하 “용역업무”라칭함)를 “을”에게 독점적으로 위임하고, 본 계약을 수행하도록 함에 있어 각자의 역할, 업무의 범위 및 책임을 명확히 하고, 이에 “을”이 진행할 용역업무의 내용을 규정하는데 그 목적이 있다. 제2조(대상 부동산 & 매각대금) 1) “을”이 수행할 용역범위는 다음의 부동산을 그 대상으로 한다. - 소재지: 충남 OO군 OO신도시 중심상업부지 C4-④-4 (충남개발공사 분양기준) - 용역면적: 1필지 xxx평(x,xxx㎡) - 매각대금: 사업지 평당 육백만 원정(x,xxx,xxx￦) 수익증권 발급 제3조(업무의 범위) 본 계약에 의한 “갑”과 “을”의 업무범위와 역할은 다음 각 호에 의한다. 1) “갑”은 본 계약서상 “을”에게 위임된 업무 및 수행이 제한된 업무를 제외하고는 아래에 기재된 업무를 포함한 사업시행과 관련한 업무 일체를 “갑”의 책임과 비용 으로 수행한다. 가. 본 사업의 부지매입에 해당하는 사항 일체 나. 본 사업의 부지 매매대금(융자 無) 및 제세공과금 일체 다. 본 사업의 부지를 신탁사에 위탁/매각하는 행위 일체 라. 지정신탁사에 사업지 매각대금 일체를 우선수익권증권으로 발급받는 행위 일체 마. 본 사업에 필요한 “을”의 업무 외 2) “을”은 아래 용역업무를 맡는다. 가. 본 사업의 부지를 매각하는 행위 일체 나. 본 사업의 부지를 신탁사/시행사/PM사와 연계사업으로 진행하는 행위 다. 본 사업의 부지 매매대금 전액에 대하여 신탁사에서 “갑”에게 수익증권을 발급 받아주는 행위 일체 라. 본 사업의 부지를 토지주 공동사업을 진행하는 행위 일체 마. 직접 시행 및 PM사업을 진행하는 행위 일체 제4조(계약의 기간) 1) 본 계약상의 작업기한의 원칙은 20xx년 x월 xx일부터 하며, 그 기간은 “갑”이 본사업지의 잔금완납 후 취득을 완료한 날부터 6개월 20xx년 x월 xx일까지로 한다. 단 용역기간이 짧을 경우 “갑”과 “을”의 합의하에 용역기간을 조정키로 한다. 제6조(용역금액 및 지불방법) 1) 용역금액은 위 제2조에서 정한 “갑”의 사업지 매각대금 외의 모든 권리 및 수익 평당 X,XXX,000￦ × XXX평 = X,XXX,XXX,XXX￦ 토지융자 매매대금 공제 후 잔액을 증권으로 발급한다. 2) “갑”의 매각대금의 신탁사 수익증권 발급 이후부터 “을” 모든 권리 및 수익 승계 특약사항 : 1) 제2조 내용의 “갑”이 정한 사업지 매각대금 외 모든 수익은 “을”의 수 익으로 한다. 2) 단 “을”의 업무는 모두 “을”의 비용으로 처리한다. 3) “갑”의 중도 계약해지 시 “갑”은 “을”이 본 업무에 투입한 모든 제반 비용의 배액을 변상하기로 한다. 5) 1차 용역계약 체결 이후에도 이 사건 토지를 매수할 사람을 찾지 못하자, AAA은 2013. 9. 30. BBB와 추가로 다음과 같은 내용의 ’OO신도시 중심상업부지 매각 PM 용역계약‘(이하 ’2차 용역계약‘이라 한다)을 체결하였다. AAA(이하 “갑”이라 칭함)과 BBB(이하 “을”이라 칭함)는 OO OO신도시 중심상업부지 C4 매각 대금 일부 추가증권발급건(이하 “본 사업”이라 한다)의 Project Management 용역계약(이하 “본 계약”이라 칭함)을 다음과 같이 체결한다. 제2조(대상 부동산 & 매각대금) 1) “을”이 수행할 용역범위는 다음의 부동산을 그 대상으로 한다. - 소재지: 충남 OO군 OO신도시 중심상업부지 C4-④-4 (OO개발공사 분양기준) - 용역면적: 1필지 XXX평(X,XXX㎡) - 매각대금: 사업지 평당 xxx만원 정(X,XXX,XXX,XXX￦) 수익증권 발급 제3조(업무의 범위) 본 계약에 의한 “갑”과 “을”의 업무범위와 역할은 다음 각 호에 의한다. 2) “을”은 아래 용역업무를 맡는다. 가. 본 사업의 부지를 1차 PM건 외 추가 증권발급 행위 일체 나. 본 사업의 부지를 신탁사/시행사/PM사와 연계사업으로 진행하는 행위 다. 본 사업의 부지 매매대금 전액에 대하여 신탁사에서 “갑”에게 수익증권을 발급 받아주는 행위일체 라. 본 사업의 부지를 토지주 공동사업을 진행하는 행위 일체 마. 직접 시행 및 PM사업을 진행하는 행위 일체 제4조(계약의 기간) 1) 본 계약상의 작업기한의 원칙은 20xx년 x월 xx일부터 하며, 그 기간은 “갑”이 본 사업지의 잔금완납 후 취득을 완료한 날부터 6개월 20xx년 x월 xx일까지로 한다. 단 용역기간이 짧을 경우 “갑”과 “을”의 합의하에 용역기간을 조정키로 한다. 제6조(용역금액 및 지불방법) 1) 용역금액은 위 제2조에서 정한 “갑”의 사업지 매각대금 외의 모든 권리 및 수익. 총 평당 X,XXX,000￦ X XXX평 = X,XXX,XXX,XXX￦(PM계약 1차, 2차 합) (1차 PM 20xx년 x월 xx일 건) 토지융자 매매대금 공제 후 잔액을 증권으로 발급한다. 2) “갑”의 매각대금의 신탁사 수익증권 발급 이후부터 “을” 모든 권리 및 수익 승계 특약사항 : 1) 제2조 내용의 “갑”이 정한 사업지 매각대금 외 모든 수익은 “을”의 수익으로 한다. 2) 단 “을”의 업무는 모두 “을”의 비용으로 처리한다. 3) “갑”의 중도 계약해지 시 “갑”은 “을”이 본 업무에 투입한 모든 제반비용의 배액을 변상하기로 한다. 6) BBB, AAA, OOOO개발공사는 20xx. xx. x. BBB가 이 사건 매매계약에 따른 AAA의 권리·의무 일체를 그대로 승계하는 내용의 권리의무승계계약을 체결하였다. 그리고 BBB는 같은 날 주식회사 OOO신탁 (이하 ‘OOO신탁’이라 한다)과 1순위 우선수익자를 AAA로, 채무자를 BBB로, 수익한도금액을 X,XXX,XXX,XXX원으로 하는 이 사건 토지에 관한 담보신탁계약(이하 ‘기존 담보신탁계약’이라 한다)을 체결하고, OOO신탁으로부터 수익한도금액을 X,XXX,XXX,XXX원과 X,XXX,XXX,XXX원으로 하는 수익권증서 2장(이하 순차로 ’제1수익권증서‘, ’제2수익권증서‘라 한다)을 발급받아 이를 AAA에게 교부하였다. 7) OOOO개발공사는 이 사건 토지에 대한 부지 조성공사와 구획·지번 정리를 완료하고, 20xx. x. xx. ’충남 OOO OOO OOO 583‘으로 신지번을 부여받아 이 사건 토지에 관한 소유권보존등기를 마쳤다. 8) 한편, BBB는 이 사건 토지 지상에 건물을 신축하기 위한 시공사 선정이 어렵게 되자, 20xx. x. xx. 원고와 이 사건 토지 지상에 상가를 신축하여 분양하는 사업을 공동으로 추진하기 위한 공동사업협약을 체결하였다. 9) 이후 원고는 20xx. x.경 BBB로부터 위 사업의 사업주체와 이 사건 매매계약의 매수인 지위를 이전받기로 합의하였고, 그 과정에서 원고는 20xx. x. xx.경 AAA로부터 다음과 같은 내용의 이행각서(이하 ’이 사건 이행각서‘라 한다)를 교부받고, 20xx. x. xx. AAA에 X억 원을 지급하였다. 이 행 각 서 아래 서명인(AAA)은 충남 OO군 OO면 / OO군 OO읍 일원 OOOO신도시 개발사업지구 內 C4-④-4 중심사업용지 x,xxx㎡4) 개발사업에 일부수익자로서 시공사에서 1차 일금(￦XXX,XXX,XXX)을 지급받으며 OOO신탁에서 기 발행된 일금(￦X,XXX,XXX,XXX) 수익권증서를 시행사에 반납(포기)하며, 추후 위 토지를 시행사 명의로 소유권이전 시 OOO신탁에서 기 발급된 일금(￦X,XXX,XXX,XXX) 수익권증서를 시행사에 추가 반납(포기)하고 추후 개발이익금으로 일금(￦X,XXX,XXX,XXX)의 수익권 증서를 신규로 OOO신탁에서 발급받는다. 단 준공 후 미분양물이 있을 시 수익권증서의 금액 내에서 당시 분양가액으로 분양물을 인수한다. 10) 원고는 20xx. xx. xx. BBB와 사이에 원고가 BBB로부터 이 사건 토지를 X,XXX,XXX,XXX원에 매수하는 내용의 부동산매매계약을 체결하였고, 원고, BBB, OOOO개발공사는 같은 날 원고가 이 사건 매매계약에 따른 BBB의 권리·의무 일체를 그대로 승계하는 내용의 권리의무승계계약을 체결하였다. 원고는 같은 날 주식회사 OO은행(이하 ‘OO은행’이라 한다)으로부터 대출을 받아 OOOO개발공사에게 이 사건 매매계약에 따른 중도금과 잔금을 완납하고 이 사건 토지의 소유권을 이전받았으며, 그 무렵 기존 담보신탁계약은 해지되었다. 11) 원고는 20xx. xx. xx. OOO신탁 주식회사(이하 ‘OOO신탁’이라 한다)와 1순위 우선수익자를 AAA로, 채무자를 원고로, 수익한도금액을 XX억 원으로 하는 이 사건 토지에 관한 담보신탁계약을 체결하였고, 같은 날 이 사건 토지에 관하여는 OOO신탁 명의의 소유권이전등기가 마쳐졌다. 원고는 20xx. xx. x. OOO신탁으로부터 수익한도금액을 XX억 원으로 하는 수익권증서(이하 ‘제3수익권증서’라 한다)를 발급받아 이를 AAA에게 교부하였다. 12) 원고는 20xx. xx. xx. OO군수로부터 이 사건 토지 지상에 이 사건 건물을 신축하기 위한 건축허가를 받았고, 20xx. xx. xx. 이 사건 건물 신축공사를 완료하여 이 사건 건물에 대한 사용승인을 받았다. 13) 원고는 bbb와 eee을 통하여 OOO로부터 개발이익금 XX억 원의 지급을 독촉받자, 20xx. x. xx. AAA에게 이 사건 각 상가를 각 XXX,XXX,XXX원에 분양하는 내용의 이 사건 제1분양계약서를 작성하여 주었고, 같은 날 개발이익금 xx억 원과 상가분양금액의 차액인 XX,XXX,XXX원을 ccc 명의의 계좌로 송금하였으며, 그 무렵 AAA의 동의를 받아 제3수익권증서의 우선수익자를 AAA에서 OO은행으로 변경하였다. 14) 원고는 20xx. xx. x. 이 사건 각 상가에 관한 소유권보존등기를 마쳤고, AAA이 할인금액을 부담하는 조건으로 이 사건 각 상가를 각 XXX,XXX,XXX원에 할인분양하기로 AAA과 합의하였다. 원고는 20xx. xx. xx. OOO, OOO과 이 사건 각 상가에 관한 이 사건 제2분양계약을 체결하고 OOO, OOO에게 이 사건 매출세금계산서를 발행하여 주었으며, OOO, OOO은 같은 날 원고 명의의 계좌로 각 XXX,XXX,XXX원)을 이체하였다. 원고는 같은 날 이 사건 제2분양계약에 따른 분양대금 XXX,XXX,XXX원과 함께 XXX,XXX,XXX원(= 이 사건 제1분양계약서의 분양대금 – 이 사건 제2분양계약서의 분양대금)을 AAA 명의의 계좌로 송금하였고, AAA으로부터 그 중 XXX,XXX,XXX원을 다시 이체받았다. 그리고 이 사건 각 상가에 관하여는 OOO, OOO 명의의 소유권이전등기가 마쳐졌다. 15) 원고는 20xx. xx.경 AAA과 계약체결일을 20xx. xx. xx.자로 소급하여 다음과 같은 내용의 이 사건 용역계약서 작성하고, 20xx. xx. xx. AAA이 발행한 이 사건 매입세금계산서를 수취하였으며, 20xx. xx. xx. 용역대금에 대한 부가가치세 명목으로 xxx,xxx,xxx원을 BBB 명의의 계좌로 이체하였다. 제1조(계약의 목적) 본 계약을 “갑”이 진행하는 “본 사업”의 Project Management 업무(이하 “용역업무”라칭함)를 “을”에게 독점적으로 위임하고, 본 계약을 수행하도록 함에 있어 각자의 역할, 업무의 범위 및 책임을 명확히 하고, 이에 “을”이 진행할 용역업무의 내용을 규정하는데 그 목적이 있다. 제2조(대상 부동산 & 사업개요) “을”이 수행할 용역범위는 다음의 부동산을 그 대상으로 한다. - 소재지 : 충남 OO신도시 C4-4-4블럭 - 용역면적 : X,XXX㎡(XXX.19평) - 매매금액 : ￦X,XXX,XXX,XXX원(충남개발공사 매매계약서 금액 기준) - 건축규모 : 지하 1층 ~ 지상 7층 근린생활시설(추후 인허가 시 변동 가능) 제3조(업무의 범위) 본 계약에 의한 “갑”과 “을”의 업무범위와 역할은 다음 각 호에 의한다. 1) “갑”은 본 사업의 시행자로서 “을”에게 위임된 업무 및 수행이 제한된 업무를 제외하고는 아래에 기재된 업무를 포함한 사업시행과 관련한 업무 일체를 “갑”의 책임과 비용으로 수행한다. 가. 본 사업의 사업부지 매입에 따른 일체의 업무 나. 본 사업의 부지 매매대금을 포함한 사업비 조달업무 일체 다. 본 사업의 공사(책임준공)와 관련된 행위 일체 라. 본 사업의 사업주체로서 일체의 업무 마. 본 사업에 필요한 “을”의 업무 외의 일체의 업무 2) “을”은 아래 용역업무를 맡는다. 가. 본 사업의 부지매입, 개발계획수립, 사업성검토, 인허가검토, 설계안 검토 등 사업시행에 따른 일체의 업무 나. 건축설계, 인허가 등 대관업무 다. 단지특화, 단위세대 UNIT 검토, 단지조성 등 상품특화에 따른 업무 라. 부동산신탁사(담보신탁, 자금관리) 선정 업무 마. 분양업무(대행사 선정 등), 기타 용역사 선정 업무 바. 본 사업 준공시까지 사업관리 자문업무 사. 기타 “갑”과 “을”이 협의하여 인정하는 업무 일체 제6조(용역금액 및 지불방법) 1) 본 계약에 따른 용역금액은 金 XX억원整(V.A.T 별도) 2) 용역비의 지급방법은 현금을 원칙으로 하나, 준공 후 미분양 물건이 많을 경우 용역비는 미분양 물건으로 지급할 수 있다. 16) 원고와 원고의 사내이사이자 전무로 재직 중인 fff은 이 사건 매입계산서 수취 및 이 사건 매출세금계산서 발행과 관련하여 조세범처벌법을 위반하였다는 공소 사실로 전주지방법원 xxxx고단xxxx호로 기소되었고, 위 법원은 20xx. xx. xx. 원고와 fff에 대하여 유죄판결을 선고하였다. 원고와 fff은 위 유죄판결에 대하여 항소하였고(전주지방법원xxxx노xxxx호), 항소심법원은 20xx. xx. xx. 이 사건 매입세금계산서 수취와 관련한 공소사실에 대해서는 1심 법원의 유죄 판단을 유지하면서, 이 사건 매출세금계산서 발행과 관련한 공소사실에 대해서는 무죄 판결을 선고하였다(이하 위 형사사건을 ‘관련 형사사건’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 5, 10, 13 내지 18, 22 내지 26, 28 내지 31호증, 을 제5 내지 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 나. 이 사건 매입세금계산서 관련 부분에 관한 판단 1) 관련 법리 가) 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제39조 제1항 제2호는 세금계산서의 기재내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다. 세금계산서의 기재내용이 사실과 다르다는 의미는 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조). 나) 한편, 조세부과처분 취소소송에서 과세요건사실에 대한 증명책임은 과세관청에 있으므로, 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호가 규정하고 있는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 참조). 그러나 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실을 인정할 수 있는 간접사실이 밝혀진 이상, 세금부과처분의 상대방이 당해 사실은 경험칙의 적용대상이 되지 못한다거나 당해 사건에서 그와 같은 경험칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점을 증명하지 않는 한, 당해 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결, 대법원 2016. 6. 10. 선고 2015두60341 판결 등 참조). 2) 구체적 판단 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정들에 비추어 보면, 원고가 실제 AAA로부터 용역을 공급받지 아니하고 사실과 다르게 기재된 이 사건 매입세금계산서를 발급받았다고 봄이 상당하므로, 이 사건 처분 중 이 사건 매입세금계산서 수취와 관련된 부분은 적법하다고 할 것이다. 따라서 이에 대한 원고의 주장은 받아들이지 아니한다. ① 원고는, AAA이 1, 2차 용역계약에 따라 BBB로부터 개발계획 수립, 사업성 검토, 인허가 검토, 설계안 검토, 건축허가 신청 등의 용역을 제공받았고, 그 결과물을 AAA로부터 인수하기 위하여 이 사건 용역계약을 체결하였다고 주장하나, 1, 2차 용역계약서의 기재 내용에 의하면 BBB는 AAA에게 이 사건 토지의 매각 업무를 위임하였을 뿐이고, 이 사건 토지와 관련하여 위와 같은 내용의 용역을 위임한 것으로 보이지는 않는다. 원고는 AAA 또는 BBB로부터 제공받은 용역의 구체적인 내역을 밝히거나 그 결과물을 전혀 제출하지 않고 있고, 오히려 eee은 관련 형사사건에서 원고와의 공동사업협약에 따라 BBB의 역할을 수행한 것이고 AAA이나 원고에게 위와 같은 내용의 용역을 제공한 적이 없다는 취지로 진술하기도 하였다. ② 원고가 이 사건 토지의 매수인 지위를 BBB로부터 승계하여 이 사건 토지 지상에 이 사건 건물을 신축하기 위해서는, BBB가 AAA에 교부한 제1, 2수익권증서를 회수할 필요가 있었다. 이에 원고는 AAA에게 개발이익금으로 xx억 원(= 현금 x억 원 + xx억 원 상당의 수익권증서)을 지급하고, AAA은 제1, 2수익권증서를 BBB에 반환하기로 합의하였고, 위 합의에 따라 원고는 AAA에게 제3수익권증서를 교부하였다가 20xx. xx. xx.경 이 사건 각 상가에 대한 분양대금을 재원으로 하여 xx억 원 상당의 개발이익금을 AAA에게 지급하게 되었던 것으로 보인다. ③ 원고가 이 사건 용역계약서를 작성한 것은 20xx. xx.경인데, 당시는 원고가 이 사건 매매계약상의 매수인 지위를 승계한 20xx. xx. xx.로부터 1년 이상이 경과한 시점이었고, 이 사건 용역계약서의 작성일을 20xx. xx. xx.자로 소급하여 작성하였는바, 원고는 AAA에 지급할 개발이익금 xx억 원을 용역대금으로 처리하기 위하여 이 사건 용역계약서를 작성하고, AAA로부터 이 사건 매입세금계산서를 수취하였던 것으로 보인다. ④ 한편 원고는 AAA과 제1, 2수익권증서를 반환받는 대신 개발이익금을 지급하기로 합의하였으므로 원고와 AAA 사이에 실질적인 거래는 있었던 것으로 볼 수 있다. 그러나 구 부가가치세법 제39조 제1항 제7호는 ‘대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액’을 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액으로 규정하고 있고, 그 위임에 따른 부가가치세법 시행령 제80조는 “법 제39조 제1항 제7호에서 ‘대통령령이 정하는 토지에 관련된 매입세액’이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.”고 규정하면서, 제1호에서 “토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액”을 들고 있는바, 원고는 이 사건 토지의 소유권을 완전하게 취득하기 위하여 AAA에게 위 개발이익금을 지급하였던 것이므로, 위 개발이익금은 위 규정에 따라 토지의 취득에 관련된 매입세액에 해당하여 매출세액에서 공제할 수 없다고 할 것이고, 이러한 점에 비추어 보더라도 이 사건 매입세금계산서는 사실과 다르게 발급된 것이라고 봄이 타당하다. 다. 이 사건 매출세금계산서 관련 부분에 관한 판단 1) 관련 법리 가) 부가가치세법 제4조 제1호는 ‘사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 부가가치세를 과세한다’고 규정하고 있고, 제9조 제1항은 ‘재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다’고 규정하고 있는데, 여기에 재화 또는 용역이 생산·제공되거나 유통되는 단계에서 창출된 부가가치를 과세표준으로 하여 과세하는 부가가치세의 유통세로서의 성질을 보태어 보면, 부가가치세법 제9조 제1항에서 말하는 ‘재화의 인도 또는 양도’라 함은 해당 재화를 사용·소비할 수 있도록 그 소유권을 이전하는 행위를 전제로 한다. 이에 따라 구 부가가치세법 제10조 제8항 제1호, 구 부가가치세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28641호로 개정되기 전의 것) 제22조는 양도담보 목적으로 부동산 및 부동산상의 권리를 제공하는 것은 재화의 공급에 해당하지 않는다고 규정하고 있다. 나) 한편, 채무자가 채무와 관련하여 채권자에게 채무자 소유의 재산을 양도하기로 약정한 경우에, 그것이 종전 채무의 변제에 갈음하여 대물변제조로 양도하기로 한 것인지 아니면 종전 채무의 담보를 위하여 추후 청산절차를 유보하고 양도하기로 한 것인지는 그 약정 당시의 당사자 의사해석에 관한 문제이다. 이에 관하여 명확한 증명이 없는 경우에는, 약정에 이르게 된 경위 및 당시의 상황, 양도 당시의 채무액과 양도목적물의 가액, 양도 후의 이자 등 채무 변제 내용, 양도 후의 양도목적물의 지배 및 처분관계 등 여러 사정을 종합하여 그것이 담보 목적인지 여부를 가려야 한다(대법원 2015. 8. 27. 선고 2013다28247 판결 등 참조). 2) 구체적 판단 가) 원고가 2015. 8. 20. AAA과 사이에 이 사건 각 상가에 관한 이 사건 제1분양계약서를 작성하고, 그 무렵 AAA의 동의를 받아 제3수익권증서의 우선수익자를 AAA에서 전북은행으로 변경한 사실은 앞서 본 바와 같고, 갑제22호증, 을 제8, 10호증의 각 기재에 의하면, 이 사건 제1분양계약서에 수기로 “상기분양대금 전액을 영수함”이라고 기재되어 있는 사실, fff이 피고의 조세범칙혐의자 조사에서 ‘AAA에 자금을 지급할 수 없어서 이 사건 각 상가를 대물로 지급했다’는 취지로 진술한 사실, eee이 관련 형사사건에서 ‘이 사건 각 상가에 관한 거래는 AAA과 OOO, OOO 사이에 이루어졌고, 원고가 AAA에 지급해야 할 수익금 잔금 xx억 원을 이 사건 각 상가로 대물 형태로 지급한 것이다’라는 취지로 진술한 사실은 인정된다. 나) 그러나 위 가)항의 인정사실만으로는 원고가 AAA에 이 사건 각 상가를 대물변제하였다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할만한 증거가 없으며, 오히려 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정을 종합하여 보면, 이 사건 제1분양계약은 원고의 AAA에 대한 개발이익금 지급 채무를 담보하기 위한 양도담보약정으로 봄이 상당하다. ① 대물변제는 채무자가 본래의 채무이행에 갈음하여 다른 급여를 함으로써 채무를 소멸시키는 계약이므로 본래 채무의 내용 및 대물변제에 의하여 그 채무가 소멸되고 채권채무관계가 종결된다는 취지의 기재가 있기 마련인데, 이 사건 제1분양계약서에는 AAA의 원고에 대한 채권으로 분양대금의 지급을 갈음한다는 등 대물변제와 관련된 내용이 전혀 기재되어 있지 않다. ② 대물변제는 본래의 채무의 이행에 갈음하여 다른 급여를 현실적으로 한 때에 변제와 같은 효력이 있는 것으로서 다른 급여가 부동산의 소유권을 이전하는 것일 때에는 소유권이전등기를 하여야만 대물변제가 성립되어 본래의 채무가 소멸하는 것인데, AAA은 이 사건 제1분양계약서 작성 이후 이 사건 각 상가의 소유권을 이전받을 수 있었음에도 그러한 절차를 밟지는 않았는바, 당초 AAA에게 이 사건 각 상가의 소유권을 취득할 의사는 없었던 것으로 보인다. ③ fff과 eee은 법률전문가가 아니어서 대물변제와 양도담보의 법률적 의미를 명확히 구분하여 표현할 수 있을 정도의 법률적 지식을 갖추었다고 보기 어려우므로, 이들이 이 사건 각 상가를 대물로 지급한 것이라는 취지의 진술을 하였다고 하여 이를 근거로 이 사건 각 상가가 대물변제 명목으로 제공되었다고 평가할 수는 없고, 오히려 원고의 AAA에 대한 개발이익금 지급 채무를 담보하는 목적물이 제3수익권증서에서 이 사건 제1분양계약서로 변경되었다고 볼 여지가 상당하다. 다) 따라서 이 사건 처분 중 원고가 이 사건 각 상가를 AAA에게 대물변제하였음을 전제로 한 이 사건 매출세금계산서 수취 관련 부분은 나머지 점에 관하여 더 나아가 살필 필요 없이 그 처분사유가 존재하지 아니하여 위법하다고 할 것이다. 따라서 이 부분 원고의 청구는 이유 있다. 5. 결론 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나 머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2020구합1503

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