+ - 북마크 저장 [행정] 1심사건

수원지방법원 2020.07.16 선고 2019구합62131 판결

소프트웨어 사용료 대가에는 국내 미등록 특허사용료가 포함되어 있다고 봄이 타당함[국패] 【사 건】 2019구합62131 법인세 징수처분 등 취소 【원 고】 ○○○○ 주식회사 【피 고】 ○○○세무서장 【변 론 종 결】 2020.06.04. 【판 결 선 고】 2020.07.16. 【주 문】 1. 피고가 2017. 4. 13. 원고에 대하여 한 별지 목록 기재 법인세 징수처분 및 가산세 부과처분을 모두 취소한다. 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 【청 구 취 지】 주문과 같다. 【이 유】 Ⅰ. 처분의 경위 1. 원고와 AAAA AAAA의 사업 개요 및 거래 구조 가. 원고는 1969. 1. 13. 설립된 내국법인으로서 휴대폰, 태블릿 등 통신기계 제조업, 반도체 제조업, 가전제품 등 전자․전기기계 제조업 등을 영위하고 있다. AAAA AAAA(이하 ‘AA’라 한다)은 모바일 기기를 비롯하여 게임, 의료, 자동차 등 산업에서 촉각(햅틱) 기술 관련 지식재산권 및 소프트웨어의 개발 및 라이선스 허여 등의 사업을 영위하는 미국 법인이고, BBBB LLC(Limited Liability Company, 유한책임회사)는 AA가 개발한 지적재산권 등에 관하여 북미 이외 지역에서의 판매․마케팅 등 영업을 위해 2006. 9. 15. 설립된 미국 법인으로 AA의 완전자회사이다. 나. 원고는 원고 생산의 휴대전화, 태블릿 등 모바일 기기에 터치스크린 인터페이스 방식을 채택하고 그 터치스크린 부품에 사용자로 하여금 다양한 촉감을 느끼게 하는 햅틱(Haptic) 기술(이하 ‘이 사건 기술’이라 한다)을 적용하고 있는데, 이 사건 기술과 관련한 지식재산권은 AA가 보유하고 있다(이 사건 기술의 기술적 사상으로서, 이에 관하여 AA가 가지는 특허를 ‘이 사건 특허’라 한다). 다. 원고는 2003. 12. 31. AA로부터 이 사건 기술 및 이를 휴대전화에서 구현하기 위한 터치센스 소프트웨어(여기에는 터치센스 3000/4000/5000 등 여러 종류가 있는데, 이들을 구분하지 않고 ‘이 사건 소프트웨어’라 하고, 이 사건 특허 기술과 이 사건 소프트웨어를 합하여 ‘이 사건 무형자산’이라 한다)를 사용할 수 있는 권리를 허여 받는 내용의 계약을 AA와 체결하고 그 계약에 따라 이 사건 무형자산 사용에 대한 대가(이를 가리켜 ‘이 사건 사용료’라 한다)를 지급하여 왔다. 위 계약은 2004년부터 2011년경까지 그 사용료 대가가 조정되는 등으로 수차례 갱신되었는데, 원고는 위 기간 동안 위 계약에 따라 AA에게 이 사건 사용료를 지급하면서, ‘대한민국과 미합중국 간의 소득에 대한 이중과세의 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약’(이하 ‘한․미 조세조약’이라 한다) 제14조 제1항에 따라 사용료 지급액의 15%를 원천징수하고 그 나머지를 AA에 송금하였다. 2. AA와 이 사건 회사 사이의 각 계약 가. AA는 2011. 10. 24. 아일랜드에 CCCC(이하 ‘이 사건 회사’라 한다)를 설립하였고 BBBB LLC를 통하여 이 사건 회사의 100% 지분을 보유하였다. 나. 이 사건 무형자산을 보유하고 있던 AA는 2012. 5.경 ‘플랫폼 출자 라이선스 변경 및 수정계약’이라는 제목으로 AA가 북미와 일본을 제외한 지역으로서 대한민국을 포함한 7개국(대한민국, 호주, 벨기에, 홍콩, 인도, 이스라엘, 이탈리아)에서 이 사건 무형자산의 사용 등을 허여할 수 있는 권한을 이 사건 회사에게 부여하는 내용의 계약을 이 사건 회사와 체결하였는데(갑 제6호증, 이하 ‘이 사건 매입계약이라 하고, 그 효력 발생일은 2012. 1. 1.이다), 이 사건 매입계약상 이 사건 회사는 AA로부터 허여받은 권리의 제공을 통하여 얻은 총 수입의 일정 비율을 AA에게 로열티 대가로 지급하기로 약정하였다. 그 구체적 비율은 다음과 같다.

회계연도	로열티 수수료율 (총 수입 대비)
2012	45.9%
2013	49.3%
2014	39.4%
2015	29.6%
2016	19.7%
2017	9.9%

다. 또한 이 사건 회사와 AA는 2012. 6.경(효력발생일은 이 사건 매입계약과 마찬가지로 2012. 1. 1.이다) 라이선스 기술을 개발․향상시키기 위한 연구․개발 활동(계약서상에서는 ’개발 프로그램‘이라는 용어를 사용하고 있다)에 드는 비용을 서로 분담하기로 하고 그 분담 방법은 AA와 이 사건 회사의 직전 사업연도부터 향후 2개 사업연도의 실제 및 예상 매출액을 기준으로 하여 분담비용을 산정하는 내용(지역특유 개발비용은 각자 부담)의 무형자산 연구개발관련 비용분담 계약(이하 ‘이 사건 비용분담 계약’이라 한다, 갑 제7호증)을 체결하였다. 라. 나아가 이 사건 회사와 AA는 2012. 6.경 AA가 인사, 재무, 경영관리, 법률 등 일반적인 경영지원, 판매 및 마케팅 관련 지원 용역을 이 사건 회사에게 제공하고, 이 사건 회사는 각 실제 발생한 비용에 5%를 가산하여 그 용역대가를 지급하기로 하는 내용의 경영지원용역 계약 및 판매 및 마케팅 용역 계약을 체결하였다(갑 제51 내지 54호증 참조, 이하 ‘이 사건 아웃소싱 계약’이라 하고, 이와 이 사건 매입계약, 이 사건 비용분담계약을 모두 합하여 ‘이 사건 각 계약’이라 한다). 3. 이 사건 각 라이선스 계약 및 원고의 이 사건 회사에 대한 사용료 지급 가. 원고는 2010. 4.경(효력 발생일은 2010. 3. 31.) AA와, 그로부터 이 사건 기술을 구현하는 이 사건 소프트웨어를 탑재한 원고의 휴대전화 단말기를 개발, 제작, 판매할 수 있는 비독점적 라이선스를 허여 받고 그 대가를 지급하기로 하는 내용의 약정을 하였는데(이하 ‘이 사건 라이선스 계약’이라 한다), 그 사용료 대가는 이 사건 소프트웨어를 탑재하여 판매한 휴대전화 수량에 1대당 단가 0.06USD ~ 0.15USD(터치센스 3000 소프트웨어 단가 1대당 0.06USD, 터치센스 4000 소프트웨어 단가 1대당 0.1USD, 터치센스 5000 소프트웨어 단가 0.15USD)를 곱하여 산정하였다 {비례형(판매 수량 비례) 방식}. 나. AA가 아일랜드에 이 사건 회사를 설립하고 이 사건 매입계약을 체결한 다음, AA는 그 무렵 이 사건 무형자산 사용의 허여 권한과 사용료 수취 권한을 이 사건 회사에게 부여하였다는 내용을 원고에게 통지하였다. 이에 원고와 AA 및 이 사건 회사는 2012. 6.경 이 사건 무형자산 사용권의 허여 주체를 AA에서 이 사건 회사로 변경하고 이 사건 회사가 이 사건 라이선스 계약상의 당사자 지위를 인수하는 내용의 ‘수정 및 개정 라이선스 계약’(이하 ‘이 사건 변경 계약’이라 한다. 갑 제2호증 참조)을 체결하였다{계약의 효력 발생일 2012. 1. 1.이고, AA의 대표이사 DDDD(이하 ‘DDDD’라 한다), 이 사건 회사의 이사 EEEE(이하 ‘EEEE’이라 한다)이 각 AA와 이 사건 회사를 대표하여 서명하였다}. 또한 이에 의하면, 이들은 이 사건 변경 계약에도 불구하고, AA는 이 사건 회사의 원고에 대한 이 사건 라이선스 계약상 의무를 여전히 부담하고 이 사건 회사의 의무불이행 책임에 대하여 이를 연대하여 부담하기로 약정하였다. 다. 이후 원고와 이 사건 회사 및 AA(AA도 계약 당사자로 기재되어 있다)는 2013. 1. 1. 이 사건 라이선스 계약상의 사용료 산정 방식에 대하여 기존의 판매 수량 비례형 산정방식에서 1년간 2,000만 USD를 정액으로 지급하는 산정 방식으로 수정하는 내용의 계약(이하 ‘이 사건 수정 라이선스 계약’이라 한다)을 체결하였다. 라. 이 사건 라이선스 계약 및 수정 라이선스 계약에 따라, 원고는 이 사건 회사에게 2012 사업연도부터 2016 사업연도까지 아래 표 기재와 같이 이 사건 사용료를 지급하였다.

지급의무발생연도	지급일	사용료
지급의무발생연도	지급일	정률 (단위:USD)	정액 (단위:USD)	환율 (원/1USD)	총 사용료 지급액(원)
2012	2012.8.30.	1,478,662		1,134.0	1,676,803,173
	2012.9.28.	1,888,097		1,118.6	2,112,025,025
	2012.12.28.	2,158,619		1,072.5	2,315,118,942
	2013.4.12.	2,071,823		1,129.0	2,339,088,133
	2013.6.28.	100,294		1,149.7	115,308,173
2013	20123.3.28.		20,000,000	1,109.9	22,198,000,000
2014	2014.1.29.		20,000,000	1,079.2	21,584,000,000
2015	2015.2.6.		20,000,000	1,089.2	21,784,000,000
2016	2016.7.13.		19,000,000	1,149.3	21,836,700,000
합계		7,697,495	79,000,000		95,961,043,446

4. 이 사건 각 처분 가. ‘대한민국과 아일랜드간의 소득 및 양도소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약’(이하 ‘한․아일랜드 조세조약’이라 한다) 제12조 제1항에 의하면 아일랜드 법인이 수령하는 국내원천 사용료 소득에 대하여는 대한민국에서 과세가 되지 않는다. 이에 이 사건 회사는 한․아일랜드 조세조약상의 혜택을 받기 위하여 법인세법 제98조의4에 따른 비과세․면제신청서를 원고에게 제출하였고, 원고는 이를 과세관청에 제출한 다음 2012. 1. 1. 이후 지급의무가 발생한 이 사건 사용료에 대하여 위 조약 제12조 제1항을 적용하여 법인세 원천징수를 하지 않고 이 사건 회사에게 사용료를 지급하였다. 나. ○○지방국세청장은 2015. 5. 6. 원고에게 원고가 이 사건 자회사에게 송금한 이 사건 사용료 및 이 사건 라이선스 계약 등과 관련하여 12가지 항목에 대하여 소명 자료를 제출하라는 공문(이하 ‘2015. 5. 6.자 공문’이라 한다)을 발송하였고, 이에 원고는 2015. 5. 20.경 그 소명 자료를 제출하였다. 이후 중부지방국세청장은 이에 대한 일부 보완을 요청하여 원고로부터 이를 제출받았는데, 그 이후 별도의 처분을 하지는 않았다. 다. 이후 ○○지방국세청장은 2016년 말경 원고에 대한 법인제세 정기세무조사를 실시하였는데, 원고가 지급한 이 사건 사용료의 수익적 소유자 및 실질귀속자는 아일랜드 법인인 이 사건 회사가 아니라 미국 법인인 AA라고 판단한 다음, 이 사건 기술에 관한 이 사건 특허는 국내 미등록 특허로서, 국내 미등록 특허권에 대한 대가는 국내원천소득에 해당하지 않고(대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두18356 판결 참조) 이 사건 사용료 중 이를 제외한 소프트웨어 사용료가 국내원천소득에 해당한다고 전제한 다음, 그 금액에 한․미 조세조약 제14조 제1항에서 정한 제한세율 15%를 적용하여 2017. 4. 13. 원고에게 별지 목록 기재와 같이, 2012 ~ 2016 사업연도 이 사건 회사의 국내원천소득에 대한 법인세 합계 7,128,476,513원(본세 합계 6,227,246,354원 및 가산세 합계 901,230,205원, 각 항목별 구체적 내역은 별지 목록 참조)을 징수․부과하는 내용의 경정․고지를 하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). 라. 원고는 이에 불복하여 2017. 7. 12. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2018. 11. 19. 이에 대하여 기각결정을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 5, 6, 7, 10, 40, 51 내지 58호증, 을 제11호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 이를 각 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지 Ⅱ. 이 사건 각 처분의 적법 여부 1. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다. 2. 이 사건 사용료의 수익적 소유자 내지 실질귀속자에 대한 판단 가. 원고의 주장 1) 이 사건 회사는, AA가 비북미 시장에서의 영업을 위한 목적에서 사업하기 좋은 최고의 국가 중 한 곳인 아일랜드에 설립한 법인인데, 이 사건 회사가 AA에게 이 사건 사용료를 전달하여야 할 법률상 또는 계약상 의무가 없으므로 이 사건 회사는 수익적 소유자에 해당한다. 2) 나아가 이 사건 회사는 인적․물적 설비를 갖추었고, 주주총회와 이사회를 통하여 경영활동에 관한 의사결정을 하며, 외부 회계법인으로부터 외부회계감사를 받고 아일랜드에 납세의무를 부담하며 아일랜드 기업등록청으로부터 역내 경제활동 증명서를 받는 등 정상적인 사업을 영위하는 회사이다. 또한 이 사건 사용료는 모두 이 사건 회사의 계좌로 입금되었다. 나아가 AA 그룹은 2015. 7.경 구조조정을 단행하여 사업 구조를 개편하였는데, 그 이후 이 사건 회사는 BBBB LLC의 한국 영업소 사업을 양수하고 홍콩 법인인 FFFF의 지분을 전부 양수하는 등으로 정상적인 회사로서의 물적 실체를 가지고 있다. 이러한 점들을 고려할 때, 이 사건 회사는 이 사건 사용료 소득의 실질적인 귀속 주체에 해당한다. 나. 관련 법리 1) 한․아일랜드 조세조약 제12조 제1항은 “타방체약국의 거주자에 의하여 취득되고 수익적으로 소유되는 일방체약국내의 원천으로부터 발생하는 사용료는 동 타방국에 서만 과세된다.”고 규정한다. 이에 따라 우리 법인세법상 국내원천소득에 해당하는 사용료 소득일지라도 아일랜드의 수익적 소유자인 거주자에게 지급되는 경우에는 국내에서 과세될 수 없다. 위 조약 규정의 도입 연혁과 그 문맥 등을 종합할 때, 수익적 소유자는 당해 배당 소득을 지급 받은 자가 타인에게 이를 다시 이전할 법적 또는 계약상의 의무 등이 없는 사용․수익권을 갖는 경우를 뜻한다. 이러한 수익적 소유자에 해당하는지는 해당 소득에 관련된 사업활동의 내용과 현황, 그 소득의 실제 사용과 운용내역 등 제반 사정을 종합하여 판단하여야 한다(대법원 2018. 11. 15. 선고 2017두33008 판결 등 참조). 2) 한편 국세기본법 제14조 제1항에서 규정하는 실질과세의 원칙은 법률과 같은 효력을 가지는 조세조약의 해석과 적용에 있어서도 이를 배제하는 특별한 규정이 없는 한 그대로 적용된다(대법원 2012. 4. 26. 선고 2010두11948 판결 등 참조). 그러므로 사용료 소득의 수익적 소유자에 해당한다고 할지라도 국세기본법상 실질과세의 원칙에 따라 조약 남용으로 인정되는 경우에는 그 적용을 부인할 수 있다. 즉, 재산의 귀속명의자는 재산을 지배․관리할 능력이 없고 그 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 이를 지배․관리하는 자가 따로 있으며 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯된 경우에는 그 명의에 따른 조세조약 적용을 부인하고 그 재산에 관한 소득은 그 재산을 실질적으로 지배․관리하는 자에게 귀속된 것으로 보아 과세한다. 그러나 그러한 명의와 실질의 괴리가 없는 경우에는 소득의 귀속명의자에게 소득이 귀속된다(대법원 2014. 7. 10. 선고 2012두16466 판결, 대법원 2016. 7. 14. 선고 2015두2451 판결, 대법원 2018. 11. 29. 선고 2018두38376 판결 등 참조). 3) 한편 입증책임에 관하여, 소송에서 비과세․면세 요건에 대한 입증책임은 납세자 측에게 있는데(대법원 2000. 7. 7. 선고 98두16095 판결 참조), 납세자가 어떠한 외국법인에게 조세가 면제 또는 감면되는 조세조약이 적용된다고 주장하려면 당해 외국법인이 우리나라가 조세조약을 체결한 타방 체약국의 거주자이고 조세조약상 그 소득에 대한 과세권이 우리나라가 아닌 타방 체약국에 있다는 점을 입증하여야 한다. 이 사건의 경우 이 사건 회사에 지급된 사용료 소득이 한․아일랜드 조세조약에 의하여 법인세 원천징수 대상에 해당하지 않는다는 비과세 혜택을 누리기 위한 사실, 즉 이 사건 회사가 이 사건 사용료 소득의 수익적 소유자 내지 실질 귀속자에 해당한다는 사실은 그 납세자에게 입증책임이 있다. 다. 구체적 판단 한․미 조세조약 제14조 제1항에 의하면 한국과 미국 기업 간 사용료 소득에 관한 국제거래에 있어 미국 법인은 매출액의 15%를 원천지국인 한국에 법인세로 납부해야 하고 AA의 경우 납세지인 미국 내에 충분한 과세소득이 발생하지 않는다면 한국에 납부한 법인세를 미국 법인세에 대한 외국납부세액으로 전부 공제받지 못할 우려가 있는 반면, 한․아일랜드 조세조약 제12조에 의하면 그 사용료 소득의 원천지국인 한국에서 법인세 원천징수가 되지 않는데, 이와 같은 조세 절감의 측면만을 들어 이 사건 사용료 소득의 실질귀속자를 이 사건 회사가 아닌 AA라고 쉽게 단정할 수 없음(대법원 2018. 11. 29. 선고 2018두38376 판결 참조)은 분명하다. 그러나 위 인정사실과 앞서 든 증거 및 갑 제12, 13, 24, 31 내지 39, 41, 42호증, 을 제1 내지 10호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사실 또는 사정을 종합하여 보면, 이 사건 회사는 이 사건 사용료 소득에 대한 과세를 회피할 목적으로 아일랜드에 설립된 도관회사에 불과하고 실질과세원칙상 이 사건 회사를 두고 사용료 소득의 실질 귀속자에 해당한다고 인정하기에 부족하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다. 1) 이 사건 회사의 소재지는 00000 0000000, 000000 0, Ireland에 위치한 ‘0000000 00000’ 3층의 일부이고, 그 면적은 약 3평 정도에 불과한데, 위 사무실은 이 사건 회사에 대한 회계감사법인인 GGGG 내에 있다. 또한 이 사건 회사는 위 회계법인에게 월 250유로(약 30여만 원)의 차임을 지급하고 그로부터 임차(위 회계법인이 타로부터 임차한 사무실의 일부를 이 사건 회사에 전대하였다)하여 사용하고 있다. 2) 이 사건 회사의 자본금은 1달러에 불과하다. 또한 이 사건 회사는 설립 이래 2014년 말까지 비품, 컴퓨터 등의 유형자산을 전혀 보유하지 않았고, 2015 사업연도에 합계 19,364USD 상당의 비품, 컴퓨터 시설, 임차시설개량권을 취득하였다가 2016 사업연도에 그중 대부분을 처분하였고, 일부 감가상각을 반영하여 2016년 말 기준 유형자산은 컴퓨터 등 1,160USD, 2017년 말 기준 유형자산은 컴퓨터 등 774USD으로 그 액수가 극히 소액이다. 한편 조사청은 이 사건 세무조사를 위해 2017. 2. 28.부터 2017. 3. 5.까지 이 사건 회사 소재지를 현장 방문하였는데, 당시 그곳에는 1대의 사무용 컴퓨터와 책상 1개만이 비치되어 있음을 확인하였다. 3) 이 사건 회사의 이사는 2012. 1. 11. 이후 EEEE, HHHH, DDDD 3인이었는데, 이 사건 회사의 이사회는 2012. 12. 18. 위 회계법인의 공인회계사 0000 00000에게 이사직을 수행할 만한 후보자를 물색해 달라는 지원을 요청하였고(갑 제41호증의2), 이에 따라 IIII(이하 ‘IIII’라 한다)가 추가로 선임되어 그 무렵 이후의 이사회는 4인으로 구성되었다. 이들 중 아일랜드에 상주하는 이사는 EEEE, IIII 뿐인데, 그중 EEEE은 이 사건 회사가 위치한 같은 건물 3층을 소재지로 한 36개 법인의 임원으로 등재되어 있고, IIII 또한 아일랜드 더블린(Dublin, Ireland)에 소재한 35개 법인의 임원으로 등재되어 있다. 또한 DDDD는 AA의 대표이사이면서 이 사건 회사를 비롯한 AA의 자회사들의 이사이기도 하는 등 임원 구성에 있어서의 중복도 상당하다. 이 사건 회사로부터, EEEE이 수령한 2012년 이후 연 평균 급여는 13,200유로(원화 기준 약 1,800만 원), IIII가 수령한 연 평균 급여는 8,000유로(원화 기준 약 1,100만 원)에 불과하다. 나아가 IIII는 2013년경 이 사건 회사의 이사로 선임되었으나 이 사건 회사의 급여지급 내역 자료(을 제3호증의3)에 의하면, IIII는 2012년에 (다른 회계연도와 동일하게) 8,000유로를 지급한 것으로 기재되어 있어 이 사건 회사의 원시 회계 자료의 신빙성에도 의문이 든다. 4) 원고는 이 사건 각 계약의 효력발생일로부터 불과 2개월 전인 2011. 10. 24.에 설립되었다. 원고는 이 사건 회사의 설립 배경에 대하여, AA가 북미와 일본을 제외한 지역에서의 라이선스 허여 사업에 주력할 회사를 설립하기 위함이었다고 설명하나, 이 사건 회사가 직접 위 지역에서 영업 및 판매․마케팅 활동을 한 바 없고, 앞서 본 바와 같이 그 영업 활동 일체를 이 사건 아웃소싱 계약을 통해 AA에게 다시 위탁하여 수행하였다. 아일랜드에 상주하여 업무를 수행하는 임직원은 2012년부터 2014년까지는 EEEE, IIII 2인, 2015년에는 직원 JJJJ까지 총 3인에 불과한데, 이들은 모두 회계․세무 업무를 전문적으로 수행하는 자에 불과하고, 이 사건 회사에 AA 보유의 지식재산권 등에 관한 영업 인력이나 그 연구개발 인력은 전혀 없다. 결국 이 사건 회사는 그 설립 목적에 부합하는 활동을 수행한 바 없고, 이 사건 아웃소싱계약을 통하여 영업 활동을 AA에게 다시 위탁하였으므로 영업 및 경영상의 필요에 의하여 이 사건 회사를 설립하였다는 주장은 쉽게 납득하기 어렵고, 이러한 주장은 이 사건 회사의 설립 목적과도 부합하지 않는다. 5) 원고가 이 사건 각 라이선스 계약에 따라 이 사건 사용료를 이 사건 회사의 계좌로 지급하였고, 이 사건 회사가 원고 또는 아일랜드 지역의 다른 법인으로부터 수령한 사용료를 AA에게 그대로 전달하기로 한다는 내용의 약정을 AA와 명시적으로 체결한 바 없다는 사실은 인정된다. 그러나 앞서 본 바와 같이, 이 사건 회사는 AA에게, 이 사건 매입계약을 통해 로열티 총 수입액의 일정 비율 상당액을 이 사건 무형자산 허여의 대가로 지급하고, 이 사건 비용분담계약을 통해 이 사건 회사는 AA가 부담할 연구개발비의 일정부분을 분담하며, 이 사건 아웃소싱계약을 통해 영업활동과 판매 및 마케팅 활동을 AA에게 위탁하고 경영지원수수료 등을 지급하기로 각 약정하였다. 이 사건 각 계약에 따라 위 각 지급 명목으로 이 사건 회사에서 AA에게 이전된 대가는 아래와 같은데, 그들 합계액은 이 사건 회사 총수입을 초과하거나 이에 육박한다. 또한 이 사건 회사의 2014년 손익계산서상 영업비용은 27,658,403USD인데 그중 AA에게 지급된 총 대가로 계상된 영업비용은 27,581,027USD이고, 이 사건 회사 내에서 자체 소요된 것으로 계상된 영업비용은 77,376USD에 불과하다(이는 전체 영업비용의 0.2% 수준이다). 이러한 점들에 비추어 보면, 이 사건 회사가 원고 등 고객으로부터 수령한 로열티수입의 대부분이 AA에게 이전되었다는 사정을 알 수 있다. 즉, AA는 이 사건 회사로부터 그가 얻은 수입을 이전받되, 다만, 이 사건 무형자산 허여 대가뿐만 아니라 연구개발비용, 경영지원수수료 등의 명목으로 그 지급의 외관을 작출하였다고 봄이 타당하다. 나아가 이 사건 회사의 물적․인적 구성에 비추어 볼 때, 이 사건 회사가 AA의 연구개발비용을 분담할 합리적 이유를 찾기 어렵고, 이 사건 회사의 설립목적에 비추어 볼 때, 이 사건 아웃소싱 계약이 필요한 납득할 만한 이유 또한 찾기 어렵다. 6) 이 사건 변경 계약에 의하면, 원고에 대한 허여 주체가 AA에서 이 사건 회사로 변경되었음에도, 이 사건 회사의 원고에 대한 의무불이행에 대하여 AA가 여전히 연대책임을 부담하는바, AA가 (비록 이 사건 회사의 100% 지분을 보유하고 있기는 하나) 그와 별개의 법인인 이 사건 회사의 의무불이행 책임을 연대하여 부담하여야 할 특별한 이유를 찾아보기는 어렵다. 7) 원고는 이 법원에 2012년 ~ 2016년 이 사건 회사의 주주총회 의사록 및 이사회 의사록을 제출하였는데, 2012년 ~ 2016년 정기주주총회 의사록에는 각 회계연도에 대한 감사보고서와 관련 이사회 보고서를 승인하고 주주에게 배당금을 지급하지 않기로 한다는 내용만이 들어 있고, 2013년 ~ 2015년 임시주주총회 의사록에는 “이 사건 회사의 순자산이 납입자본금(1달러)의 절반 이하 수준으로 모회사인 BBBB LLC가 이 사건 회사에 재정적 지원을 제공하도록 하겠다는 내용의 ‘확약서’가 제시되었다”는 내용만이 매년 동일하게 기재되어 있고(그것이 실재하는지도 의문이다), 그 이외에 별다른 내용이 없다(위 확약 내용이 실제 이행되었다는 자료도 없다). 따라서 이 사건 회사의 주주총회 및 이사회 의사회가 진정으로 개최되었는지, 또한 그 기재 내용이 진실한 것인지에 대하여 신빙성을 부여하기 어렵다. 8) 이 사건 회사는 아일랜드의 기업회계기준에 따라 재무제표를 작성하고 회계법인 GGGG으로부터 매년 외부 회계감사를 받은 사실, 이 사건 회사는 아일랜드 거주자로 인정받아 법인세를 신고한 사실, 아일랜드 고용기업혁신부 산하 기업등록청은 이 사건 회사에 대하여 아일랜드 회사법 제44조 제2항에 따라 ‘(아일랜드) 역내 하나 이상의 경제활동과 실제적이고 지속적으로 연계되어 있음’을 증명한다는 내용의 ‘역내 경제활동 증명서’를 발급받은 사실은 인정되나, 이러한 사정만으로 앞서의 인정을 뒤집기에는 부족하다{이 사건 회사가 아일랜드 법인인 이상, 아일랜드의 관련 법령에 따라 재무제표 작성 및 외부 회계감사를 받아야 함은 당연한 조치이고(이는 이른바 페이퍼컴퍼니의 경우도 마찬가지이다), 거주자의 지위는 일반적으로 고정 사업장 등록 여부에 따른 것이며, 역내 경제활동 증명서는 아일랜드에 등록된 비거주자 회사가 아일랜드와의 어떠한 연관 없이 해외에서의 활동만을 하는 것을 막기 위해 고안된 제도로서 세법상 과세요건의 개념과는 그 괘를 달리한다}. 9) AA는 2015. 5. 6.자 공문이 원고에게 송달된 직후 무렵 그룹 내 사업구조 개편을 위한 구조조정을 실시하였다. ① 우선, BBBB LLC는 한국에 설립한 영업소를 통해 한국에서의 판매 및 마케팅 등의 영업을 영위하여 왔는데, 이 사건 회사는 2015. 7.경 이 사건 회사의 한국 지점을 설립한 다음 2015. 10.경 BBBB LLC로부터 위 한국 영업소에서의 사업을 양수한 사실(2015. 4. 30.자 이 사건 회사 이사회 의사록에 한국지점 설립에 대한 내용이 기재되어 있다), ② 이 사건 회사는 한국 지점의 사업을 양수한 이후 임직원이 2014년 4명에서 2015년 15명(이사 4인, 판매직 5인, 엔지니어 5인, 관리직 1인)으로 증가한 사실(그러나 2016년에 9명, 2017년에 7명으로 감소하였고, 그 감소 인력은 대부분 판매직, 엔지니어이다), ③ 홍콩 법인인 FFFF는 BBBB LLC가 홍콩 및 중국 시장 개발을 목적으로 하여 2011년 경 홍콩에 설립하여 홍콩에서의 판매 및 마케팅 활동을 수행하던 법인인데, 이 사건 회사는 2015. 6.경 그로부터 FFFF의 지분을 전부 양수한 사실은 인정되고, 이에 비추어 보면, AA 그룹이 위 시기 무렵 계열사 간 역할 분장 조정을 통한 사업구조 다변화를 꾀하는 구조조정을 하였던 것으로 볼 여지가 있다. 그러나 이러한 구조조정은 2015. 5. 6.자 공문이 원고에게 송달된 직후 무렵에 이루어진데다가, 이 사건 라이선스 계약 및 이 사건 수정 라이선스 계약, 이 사건 변경 계약이 체결된 이후에 일어난 것에 불과하다. 10) 이 사건 회사는 2015. 7. 1. JJJ와 사이에, 이 사건 회사가 AA로부터 부여받은 7개국에서 이 사건 무형자산의 사용권 등을 허여할 수 있는 권한을 그 무렵 AA에 의해 설립된 아일랜드 법인인 JJJ(이하 “JJJ”라고 합니다)에게 11,176,000 USD에 양도한 다음(갑 제44호증), 다시 JJJ로부터 북미 및 일본을 제외한 지역에서의 이 사건 무형자산 사용에 대한 허여 권한을 다시 부여받는 내용의 계약서(갑 제45호증)를 작성하였다. 다만, 그 대가 지급에 관하여, JJJ는 2015. 7. 1. 액면금 11,176,000 USD인 약속어음(갑 제46호증)을 발행하여(이자는 연 1.7%) 이 사건 회사에게 교부하고, 이후 이 사건 회사로부터 지급을 요청받은 날로부터 30일 이내에 상환하되 최장 5년 내에 원리금 전액을 상환하는 방식으로 양도 대가 지급 방식을 정하였다. 이후 이 사건 회사는 다시 AA 및 위 홍콩 법인 등 AA의 계열사들과 판매 및 마케팅 영업을 위한 아웃소싱 계약을 체결하였다. 가) 이러한 사정에 대하여 원고는 AA 그룹의 구조조정의 일환으로 이 사건 회사가 AA로부터 허여 받은 권리를 JJJ에게 양도한 것이고, JJJ 설립을 통해 기존의 7개 국가에서 북미와 일본 이외의 전 지역으로 그 영업 범위를 넓혀 효율적으로 시장을 관리하기 위한 것이라고 주장한다. 나) 살피건대, 앞서 든 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, AA에게 귀속되는 이 사건 사용료 소득의 귀속 주체를 파악하기 곤란하도록 할 목적에서 의도적으로 JJJ를 거래 구조에 끼워 넣은 것이라는 취지의 피고 주장에 오히려 설득력이 있고, 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다. (1) 이 사건 회사는 JJJ에게 AA로부터 허여 받은 권한을 이전하였다가 재라이선스를 부여받았는바, 이는 원고 주장에 따른 JJJ의 설립 목적에 부합하지 않고, AA의 기존 사업 영역 및 거래 대상 지역의 범위 등을 고려할 때, 동일한 아일랜드에 설립된 이 사건 회사를 통하여 그 영업 대상의 범위를 확대하면 될 것을 JJJ를 별도로 설립하여 이 사건 회사가 보유하는 무형자산을 양도하였다가 다시 이 사건 회사가 재라이선스를 부여받는 형태로 복잡하게 사업 및 거래 구조를 변경하는 것이 그룹의 구조조정 차원에서 어떠한 경제적 이익이 있는 것인지 그 합리적 이유를 찾아보기 어렵다. (2) 한편, 위 양도계약서상 양도인 란에는 이 사건 회사를 대표하여 EEEE이 아래와 같이 서명을 하였고, 양수인 란에는 JJJ를 대표하여 IIII가 서명을 하였다(AA의 대표이사 DDDD는 이에 동의한다는 취지로 서명을 하였다). 그런데 JJJ가 발행한 위 약속어음의 발행인 란에는 JJJ를 대표하여 EEEE이 서명을 하였는데, EEEE은 앞서 위 양도계약서의 양도인 란에 서명을 한 이 사건 회사의 이사이다. 이에 비추어 보면, 약속어음의 발행과 위 양도계약은 형식적인 외관을 작출하기 위한 것에 불과하다는 의심이 들고, EEEE과 IIII는 모두 이 사건 자회사의 이사들로서 그 임원 구성 또한 서로 중복되기도 한다. (3) 이 사건 회사가 JJJ에게 무형자산을 양도함으로 인해 이 사건 회사는 회계장부에 무형자산 처분이익을 계상하였는데, 이러한 사실은 위 거래 행위가 외관상․형식상 작출된 경우 회계장부상에는 응당 이를 반영한 회계처리를 하였을 것으로 보이는바, 이러한 사정이 이 사건 회사가 실질귀속자에 해당하는 근거가 되지는 못한다. 11) 한편, 2012년 초부터 기술 라이선스와 관련한 계약 체결 업무를 담당하여 온 소외 KKK은 이 사건 세무조사 당시 ‘이 사건 변경 계약은 주로 자신이 관여하였는데, AA 미국 본사에서 이를 제안하였고, 그 계약 체결을 위하여 이 사건 회사와 연락을 한 적은 없으며 2017년 현재도 미국 본사의 LLL라는 사람과 연락한다’는 내용으로 진술하였고, 또한 라이선스 계약 실무 담당자인 소외 MMM 또한 이와 같은 취지로 진술하였다. 이와 같이 원고가 이 사건 변경 계약을 체결하는 데 있어 원고 측 실무자가 접촉한 상대방 실무자는 모두 AA 소속 직원이었다. 3. 이 사건 사용료에 관한 국내원천소득 산정의 위법 여부에 대한 판단 가. 인정사실 앞서 든 각 증거와 갑 제40, 58호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다. 1) 이 사건 특허는 이 사건 기술에 대한 기술적 사상으로서, 미국에 등록되어 있고 국내에는 등록되어 있지 않다. 이 사건 소프트웨어는 궁극적으로 이 사건 특허기술을 구현하는 기능을 수행하는 소프트웨어로서, 사용자가 휴대전화 화면이나 키(key)를 터치하면 진동모터(H/W)를 호출시키도록 휴대전화의 부품을 제어하는 역할을 한다. 2) 앞서 본 바와 같이, 원고는 2012 사업연도까지는 이 사건 라이선스 계약에 따라 AA에게 이 사건 소프트웨어를 탑재하여 판매한 휴대전화 수량에 사용료 단가 1대당 (이하 생략) 0.06USD ~ 0.15USD(이 사건 소프트웨어 중 터치센스 3000 소프트웨어가 주로 적용되었고 그 사용료 단가는 0.06USD임은 앞서 본 바와 같다)를 곱하는 방식으로 금액을 산정하여 이 사건 사용료를 지급하였다. 3) 원고와 AA가 2013. 1. 1. 이 사건 수정 라이선스 계약을 체결하였음은 앞서 본 바와 같은데(그 계약당사자에 AA뿐만 아니라 이 사건 회사가 기재되어 있으나, 이 사건 회사의 실질귀속자 지위를 부정하므로, 이하 AA로만 지칭한다), 당시 AA는 원고에게 이 사건 특허에 대한 사용료를 추가로 지급하여 달라는 등으로 이 사건 사용료를 인상하여 줄 것을 요청하였다. 이에 원고와 AA간의 협상 과정에서, 원고는 이 사건 소프트웨어가 탑재된 휴대전화 생산 시 그 무형자산 사용료 단가를 0.06USD(~ 0.15USD), 위 소프트웨어가 포함되지 않은 이 사건 특허만의 사용료 단가를 0.02USD로 제안하였고, 이에 대해 AA는 이 사건 소프트웨어가 탑재된 휴대전화의 무형자산 사용료 단가를 0.1USD, 이 사건 특허만의 사용료 단가를 0.08USD로 제시하며 가격 협상을 하였으나, 양자 간의 입장 차이가 현저하여 결국 원고와 AA는 이 사건 무형자산 사용료에 관하여 이 사건 소프트웨어의 휴대폰에의 탑재 여부를 고려하지 않고 1년간 2,000만 USD 정액으로 산정하기로 약정하였다. 원고는 2012 ~ 2016 사업연도에 AA(이 사건 회사의 계좌)에게 위 각 약정에 따라 산정된 사용료를 지급하였다(아래 5)항 표 ‘사용료 지급 총액’ 란 참조). 4) 조사청인 ○○지방국세청장은 이 사건 세무조사 당시, 원고가 지급한 2012 사업연도 분 이 사건 사용료에는 국내원천소득에 해당하지 않는 이 사건 특허 사용료가 포함되지 않고 오로지 국내원천소득에 해당하는 이 사건 소프트웨어 사용료만이 포함되어 있다고 판단하였다. 또한 조사청은 2013 ~ 2016 사업연도 분 사용료에 대하여는, 이 사건 수정 라이선스계약 협상 과정에서 원고와 AA가 이 사건 소프트웨어 사용료 단가로 각 제시한 금액 중 낮은 금액(결과적으로 원고가 제시한 단가)에 이 사건 소프트웨어를 탑재하여 판매된 휴대전화 수량을 곱하여 2013 ~ 2016 사업연도 분 이 사건 소프트웨어 사용료를 산정한 다음, 이 사건 사용료 총액(1년 2,000만 또는 1,900만 USD)에서 위 소프트웨어 사용료를 차감한 나머지를 이 사건 특허 사용료로 산정하는 방식으로 추계하였다. 5) 결과적으로 조사청이 2012 ~ 2016 사업연도 분 이 사건 사용료 중 국내원천소득 대상인 이 사건 소프트웨어만의 사용료로 산정한 내역은 아래 표 ‘소프트웨어 사용료 지급액’란 기재와 같고, 조사청은 그 각 해당 금액에 제한세율 15%를 적용하여 법인세를 원천징수하였다.

나. 당사자들의 주장 1) 원고의 주장 가) 외국법인이 특허권을 미국에서 등록하였고 국내에 이를 등록하지 않았다면 한․미 조세조약 제6조, 제14조에 따라 그 사용료는 국내원천소득에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 사용료 중 특허 사용료에 해당하는 부분은 법인세 징수 부과 대상에서 제외되어야 한다. 나) 또한 소프트웨어에 대한 사용료는 법인세법 제93조 제8호 및 한․미 조세조약 제14조 제2항에 의하면 저작권에 대한 사용료에 해당하여 10%의 세율로 원천징수하여야 하나 피고는 일괄하여 15%의 세율로 원천징수하였으므로 위법하다. 2) 피고의 주장 가) 2012 사업연도 분 이 사건 사용료 단가 0.06USD ~ 0.15USD에는 이 사건 소프트웨어 사용대가만이 포함되어 있고, 이 사건 특허 사용대가는 포함되지 않는다. 나) 2013 ~ 2016 사업연도 분에 관하여, 이 사건 수정 라이선스 계약 협상과정에서 원고와 AA가 각 제시한 소프트웨어 단가는 특허 사용료를 배제하고 순수한 소프트웨어만의 사용료 단가를 의미한다. 또한 위 계약에 반영된 소프트웨어 및 특허 사용료 액수는 원고가 제시한 단가와 AA가 제시한 단가 사이에서 결정되었을 것으로 보는 것이 합리적이다. 이에 조사청은 양측이 제시한 소프트웨어 사용료 단가 중 낮은 금액(원고가 제시한 단가로서 터치센스3000 소프트웨어의 경우 0.06USD)을 국내원천소득에 해당하는 소프트웨어만의 사용료 단가로 정한 다음, 여기에 (종전의 비례형 방식을 적용하여) 원고가 이 사건 세무조사 당시 제출한 이 사건 소프트웨어 적용 휴대전화 판매대수 수량(2013년 118,249,998대, 2014년 143,569,788대, 2015년 179,812,196대)을 곱하여 (이 사건 특허 사용료 대가가 배제된) 이 사건 소프트웨어만의 사용료 대가를 산정하고, 이 사건 특허 사용료는 원고가 지급한 총 사용료에서 이 사건 소프트웨어 사용료를 차감하는 방식으로 산정하다. 따라서 이러한 방식에 따라 추계할 경우, 진정한 이 사건 소프트웨어 사용료 액수는 적어도 조사청이 산정한 소프트웨어 사용료 액수를 초과할 것이고, 그 적정성 검토 결과, 조사청이 산정한 이 사건 소프트웨어 사용료가 이 사건 사용료 총액에서 차지하는 비중이 원고 제시 협상안과 AA 제시 협상안 어느 것과 비교하더라도 그에 미달하므로, 조사청의 추계 방식은 합리적인 방법이라 할 것이어서 피고의 2013 ~ 2016 사업연도에 대한 각 처분은 적법하다. 다) 한편, 소프트웨어 사용료는 한․미 조세조약 제14조 제2항에서 규정하고 있는 ‘저작권 등의 사용료’와는 구별되는 유형의 사용료이므로 법인세 원천징수 제한세율은 15%이다. 다. 구체적 판단 1) 관련 법리 가) 구 법인세법(2016. 12. 20. 법률 제14386호로 개정되기 전의 것) 제93조 제8호 단서 후문은 외국법인이 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 ‘특허권 등’이라 한다)를 국외에서 등록하였을 뿐 국내에서 등록하지 아니한 경우라도 특허권 등이 국내에서 제조․판매 등에 사용된 때에는 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 보도록 정하였으나, 국제조세조정에 관한 법률 제28조는 “비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 소득세법 제119조 및 법인세법 제93조에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용된다.”고 규정하고 있으므로, 국외에서 등록되었을 뿐 국내에는 등록되지 아니한 미국법인의 특허권 등이 국내에서 제조․판매 등에 사용된 경우 미국법인이 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 볼 것인지는 한․미 조세조약에 따라 판단하지 아니할 수 없다. 그런데 한․미 조세조약 제6조 제3항, 제14조 제4항은 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 효력이 미친다고 보아 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용료로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정하였을 뿐이고, 한․미 조세조약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수도 없다. 따라서 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다(대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두18356 판결). 나) 한․미 조세조약이 적용되는 경우의 사용료에 성질상 국내원천소득에 해당하지 않는 특허 사용료와 국내원천소득에 해당하는 소프트웨어 사용료가 혼재되어 있고 국내원천소득에 해당하는 부분의 금액 산정을 위하여 추계과세가 필요한 경우에는, 그 내용이 실액과세와 근사하다는 최대의 개연성을 가져야 하고, 이를 위해서 그 추계방법은 합리성과 타당성을 갖추어야 한다. 즉, ① 추계방법에 의하여 과세하는 것이 정당하여야 하고, ② 추계의 기초된 사실이 정확하여야 하며, ③ 사용한 추계방법은 통상의 회계법칙상 오류가 없는 합리적인 것으로서 구체적으로 적용되는 사안의 실정에 맞추어 타당하여야 한다. 한편 이러한 요건들에 대한 증명책임은 과세관청에 있다. 다) 또한 과세처분 취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서 당사자는 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 과세금액의 산정방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조). 2) 2012 사업연도 분 국내원천소득 산정에 관한 판단(별지 목록 기재 순번 1. ~ 5.) 위 인정사실 및 앞서 든 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 2012 사업연도 분 이 사건 사용료에는 순수한 이 사건 소프트웨어의 사용료뿐만 아니라 이 사건 특허 사용료도 포함되었다고 봄이 타당한데, 피고는 이 사건 사용료 전부를 국내원천소득으로 보아 법인세를 징수․부과한 위법이 있고, 이 사건 변론에 나타난 소송자료만으로는 그 정당한 세액을 산출할 수 없으므로, 2012 사업연도 분에 대한 이 사건 각 처분은 전부 취소되어야 한다. 가) 이 사건 기술은 원고가 제조ㆍ판매한 휴대전화의 사용자가 그 디스플레이를 만졌을 때 발생하는 미세한 진동 효과를 인식하도록 하는 내용의 기술로서, 이와 같은 기술적 사상이 포함된 휴대전화를 생산하여 판매하기 위해서는 AA로부터 특허실시권(사용권)을 허여 받아야 한다. 한편, 이 사건 기술은 이 사건 소프트웨어에 의하여서만 구현할 수 있는 것이 아니며, 원고 또한 독자적으로 제작한 소프트웨어를 통하여 이 사건 특허 기술을 휴대전화에서 구현하는 것이 가능하지만 이 경우에도 이 사건 특허에 대한 사용권은 부여받아야 한다. 나) 특허실시권과 이를 구현하는 소프트웨어의 사용권은 개념상 서로 구별되기는 하나, 특허실시권을 부여받지 않은 채 소프트웨어를 개발할 경우에는 특허권 침해가 되는바, 특허와 이를 구현하는 소프트웨어를 결합하여 산정한 소프트웨어 사용료에는 특허 사용료 또한 포함된다고 보는 것이 일반적이다. 다) 2010년 이 사건 라이선스 계약 당시 원고와 AA 사이에 이 사건 소프트웨어와 별도로 특허 사용에 대한 계약을 체결한 바 있음을 확인할 수 있는 자료는 없다. 라) 원고는 2013년 이 사건 수정 라이선스 계약 체결을 위한 협상과정에서 이 사건 소프트웨어가 탑재된 휴대전화에 대한 이 사건 무형자산 사용료 단가를 종전의 이 사건 소프트웨어 사용료 단가와 동일한 0.06USD ~ 0.15USD로 제시하기도 하였다. 마) 이 사건 라이선스 계약서에는, 원고가 휴대폰 진동효과를 내는(즉, 햅틱 기술) 다른 개발 툴(Tools)을 독자적으로 개발, 판매하는 등으로 이를 배포할 경우에는 AA의 지식재산권 중 어떠한 것도 그곳에 활용되거나 포함되지 않아야 한다는 내용, AA가 제공하지 않거나 AA와 협력하여 개발하지 않고 원고가 햅틱 기능을 실현하는 경우에는 터치센스 소프트웨어의 어떤 부분과도 함께 사용하거나 운영하지 않아야 한다는 내용 등이 기재되어 있다. 바) 또한 원고는 이 사건 수정 라이선스 계약 이전에는 이 사건 기술을 구현하는 독자적인 소프트웨어를 개발․사용하지 않았는데, 그 이후 원고는 독자적인 소프트웨어 개발을 통해 특허만의 사용을 필요로 하였고, 이에 종전에는 이 사건 특허와 소프트웨어를 구분하지 않고 결합하여 그 대가를 지급하여 오던 것을 이 사건 라이선스 계약을 수정하면서 이 사건 특허만의 사용료를 책정하기 위한 협상을 하였던 것으로 보인다. 사) 이상의 사정에 비추어 보면, 비록 이 사건 라이선스 계약서에서 이 사건 특허의 종류를 세부적으로 명시하고 있지는 않으나, 이는 이 사건 소프트웨어의 적용을 통하여서만 이 사건 특허 기술이 구현될 수 있도록 하였기 때문인 것으로 보이고, 이 사건 라이선스 계약을 수정하면서 이 사건 특허만의 사용이 필요해지자, 수정 라이선스 계약서에는 이 사건 특허 내용(‘미국 특허 번호 제000000호, 제000000호, 제000000호, 제000000호, 제000000호, 제000000호, 제000000호 특허를 포함하되, 그에 국한되지 않는다’고 기재되어 있다)을 구체적으로 명시하였던 것으로 보인다. 아) KKK은 이 사건 세무조사 당시 다음과 같이 진술한 바 있다.

피고는 위 인정과 달리, 위 KKK의 진술을 토대로, 2012년에 원고가 지급한 사용료에는 특허 사용료는 포함되어 있지 않고, 원고와 AA 사이에 이 사건 라이선스 계약과는 별도로 특허 사용료 지급에 관한 약정이 있었다는 취지로 주장하는데, 이와 같은 약정이 있었음을 인정할 자료가 없을 뿐만 아니라, KKK은 조사 당시 “이 사건 라이선스 계약은 ‘햅틱 기술’에 대하여 대당 로열티 지불 방식의 라이선스 계약으로 그 기술이 적용되어 판매한 수량만큼만 지불하며 이에 대해 모델 담당자들이 기술별로 체크하여 판매된 것에 대하여 대당 6센트를 지불하였다”고 진술하여 이 사건 소프트웨어 사용에는 이 사건 기술, 즉 특허의 사용이 전제되어 있다는 취지로 진술하기도 하였는바, 앞서 본 KKK의 진술만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하다. 이는 오히려 앞서 본 바와 같이, 기존에 특허와 소프트웨어 사용료를 별도로 분리하지 않고 하나의 라이선스 계약을 체결하였다가, AA 측에서 특허 사용료를 추가로 지급하여 달라는 요청이 있고 원고도 독자적인 소프트웨어를 개발․사용하고자 하는 등 특허 사용료 단가를 별도로 산정할 필요가 생기면서, 특허가 반영된 소프트웨어 대가와 특허만의 사용대가 책정에 관하여 모두 협상을 하였던 것으로 해석된다{을 제8호증(원고가 이 사건 세무조사 당시 조사청에 제출한 판매에 관한 내부 자료)의 기재에 의하면, 2013년에 한 이 사건 수정 라이선스 계약에 관하여 “AA에서 기존 기술료에 ‘추가로’ 특허료 지급을 요구하여 매년 2,000만 USD의 정액 계약으로 변경”이라고 기재되어 있다}. 3) 2013 ~ 2016 사업연도 분 국내원천소득 산정에 관한 판단(별지 목록 기재 순번 6. ~ 9.) 연간 2,000만 USD(2016년의 경우 1,900만 USD)의 이 사건 사용료에는 국내원천소득에 해당하지 않는 특허 사용료뿐만 아니라 국내원천소득에 해당하는 순수한 소프트웨어 사용료도 포함되어 있음은 분명하다. 그러나 위 인정사실과 위 2)항에서 살펴본 사정에 앞서 든 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 더하여 보면, 위 각 사업연도에 대한 피고의 이 사건 각 처분은 원천징수 세액 산정을 위한 평가방법과 내용의 면에서 그 합리성과 타당성을 인정할 수 없고, 이 사건 변론에 나타난 소송자료만으로는 그 정당한 세액을 산출할 수 없으므로, 이에 대한 이 사건 각 처분 전부를 취소함이 타당하다. 가) 앞서 본 바와 같이, 이 사건 수정 라이선스 계약 체결을 위한 협상 과정에서, 원고는 이 사건 소프트웨어와 특허 사용료가 모두 반영된 단가를 0.06USD(~0.15USD), 이 사건 특허 사용료 단가를 0.02USD로 제시하였고, 이에 대해 AA는 이 사건 소프트웨어와 특허 사용료가 모두 반영된 단가를 0.1USD, 이 사건 특허 사용료 단가를 0.08USD로 제시하였다. 피고는 위 인정과 달리, 위 0.06USD, 0.1USD가 특허를 제외한 소프트웨어만의 사용료 단가를 의미한다고 주장하는데, 위 2)항에서 살펴본 사정과 ① 일반적으로 특허 기술을 고려하지 않은 소프트웨어만의 단가를 상정하기는 어려운 점, ② 이 사건 수정라이선스 계약에서는 특허실시권과 이 사건 소프트웨어의 사용권을 AA가 허여하는 무형자산 대상으로 정하면서, 그 계약서에 ‘원고는 이 사건 소프트웨어를 이 사건 기술의 특허를 사용할 목적으로만 사용할 수 있도록 하고 있고, 원고는 이 사건 소프트웨어의 원시코드에 구현된 발명들에 적용되는 이 사건 기술 관련 특허 하에서만 이 사건 소프트웨어에 관한 권리를 갖는다’는 취지의 내용이 기재되어 있는 점 등을 종합하여 보면, 원고와 AA가 각 제시하였던 이 사건 사용료 단가에는 관념적으로 특허 사용대가와 순수한 소프트웨어 사용대가가 모두 포함된다고 봄이 타당하다. 그런데 피고는 이와 다른 전제에서 위 0.06USD(~ 0.15USD), 0.1USD는 특허 사용료가 포함되지 않은 순수한 소프트웨어만의 사용료 단가임을 전제로 하여 이 사건 각 처분을 하였다. 따라서 이와 같은 추계는 그 기초된 사실 측면에서 정확성을 갖추었다고 보기 어렵다. 나) 위 각 제시 범위에서 알 수 있듯이 원고와 AA가 서로 제시한 단가의 차이는 매우 현저하다. 또한 터치센스 3000 소프트웨어만의 사용료 단가를 단순 계산할 경우 원고는 0.04USD(0.06USD –0.02USD)로, AA는 0.02USD(0.1USD –0.08USD)로 제시한 것이라 가정할 수도 있겠으나, 원고와 AA가 오로지 이 사건 소프트웨어만의 사용료 단가를 직접적으로 협상한 바 없고, 단순히 이 사건 무형자산의 사용료로 제시한 단가에서 이 사건 소프트웨어가 탑재되지 않은 이 사건 특허만의 사용료로 제시한 단가를 차감한 것이 이 사건 소프트웨어만의 사용료로 제시한 단가라고 단정하기는 어렵다. 다) 또한 원고는 특허 사용료(0.02USD)에 비하여 소프트웨어 사용료(단순 계산시 0.04USD)의 비중을 더 크게 제시하였고, AA는 소프트웨어 사용료(단순 계산 시 0.02USD)에 비하여 특허 사용료(0.08USD)의 비중을 더 크게 제시하는 등 협상 과정에서 원고와 AA 사이의 입장 차이가 현저하자, 결국 원고와 AA는 소프트웨어 탑재에 관계없이 연간 2,000만 USD의 정액으로 이 사건 무형자산 사용료를 산정하기로 합의하였던 것이다. 이러한 경위를 거쳐 전체적인 가격 산정 방법이 구조적으로 중대하게 변경되었음에도, 이 사건 수정 라이선스 계약 이전에 사용하던 비례형 산정 방식을 적용하여 국내원천소득의 금액을 추계한 것은 합리적인 방식이라 할 수 없고, 비례형 방식을 전제로 한 협상과정에서 양측이 제시한 단가의 사이에서 소프트웨어만의 사용료 단가를 산정하였다고 가정하여 추계한 방법 또한 합리적이라 할 수 없다. 4) 소결 따라서 2012 ~ 2016 사업연도 분 사용료 중 국내원천소득의 대상인 소프트웨어만의 사용료 소득에 대한 법인세의 정당한 세액을 산출할 만한 자료가 없는 이상, 법원은 원칙적으로 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으므로 결국 이 사건 각 처분은 전부 취소되어야 한다 한편, 별지 목록 순번 10. ~ 14. 항목은 구 법인세법(2016. 12. 20. 법률 제14386호로 개정되기 전의 것) 제76조 제7항 제2호에 의한 지급명세서 불성실 가산세를 의미하는데, 2012 ~ 2016 사업연도에 대한 법인세 본세 전부를 취소하는 경우 이에 따라 취소되는 지급명세서 불성실 가산세의 액수에 관하여는 원․피고 사이에 다툼이 없는 것으로 보인다 . 이상의 이유로 이 사건 각 처분이 전부 취소되는 이상, 나머지 점(2012 ~ 2014 사업연도 법인세에 대한 이 사건 세무조사가 중복세무조사에 해당하여 그 부분 처분이 위법하다는 취지의 원고 주장 포함)에 관하여는 더 나아가 살펴보지 아니한다. Ⅲ. 결론 그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2019구합62131

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

소득세법 제119조

회사법 제44조

법인세법 제76조 제93조 제98조

국세기본법 제14조

[ 사건명 태그]

법인세 취소