+ - 북마크 저장 [행정] 1심사건

인천지방법원 2018.01.12 선고 2016구합1046 판결

사업의 양도 해당여부[국승] 이 사건 차고지 및 건물은 원고가 영위하던 기존 택시운송사업에 필수불가결한 시설로서 당해 택시운송사업과 직접 관련이 있는 토지건물이라고 할 것이므로 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도에 해당한다고 볼 수 없다.

사 건	인천지방법원 2016구합1046 법인세등부과처분취소
원 고	○○○택시 주식회사
피 고	○○○세무서장
변 론 종 결	2018.01.05.
판 결 선 고	2018.01.12.

【주문】 1. 원고의 청구를 모두 기각한다. 2. 소송비용은 원고가 부담한다. 【청구취지】 피고가 2014. 3. 21. 원고에 대하여 한 2012년 제2기 부가가치세 495,535,962원, 2012사업연도 귀속 법인세 339,441,977원(각 가산세 포함)의 각 부과처분 및 2012 사업연도 귀속 소득자 대표이사 이○○, 소득금액 1,517,274,000원으로 하는 소득금액변동통지를 모두 취소한다. 【이유】 1. 처분의 경위 가. 원고는 1972년 8월경부터 인천 ○구 ○○2동 650-86 소재 차고지 및 건물(이하 ‘이 사건 차고지 및 건물’이라 한다)에서 일반택시운송사업을 영위하여 온 법인으로서, 2012. 12. 31. 폐업하였다. 나. 원고는 2012. 9. 7. ‘주식회사 ○○택시’라는 상호로 법인을 설립하고자 하는 주○○(이하 ‘양수인’이라 한다)과 사이에 아래와 같은 내용의 양도・양수계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 양도계약’이라 한다). 다. 그런데 원고는 양수인과 사이에 총 매매대금을 1,170,000,000원으로 하는 별도의 허위 양도계약서를 작성하고서 이를 기초로 피고에 대하여 신고를 함에 있어, 이 사건 양도계약서상의 매매대금과의 차액 1,794,000,000원(= 이 사건 양도계약서상 총 매매대금 2,964,000,000원 - 허위 양도계약서상 매매대금 1,170,000,000원)을 2012년 제2기 부가가치세 과세표준 및 2012 사업연도 귀속 법인세 과세표준에서 누락하여 과소신고하였다. 라. 피고는 원고에 대한 세무조사 결과 위 다.항 기재 과소신고사실을 비롯한 수개의 비위사실을 발견하고, 그 각 비위사실을 처분사유로 하여 2014. 3. 21. 아래 [표]와 같은 내용으로 순번 제1 내지 3의 각 처분을 하였다(이하 위 각 처분을 특정할 때에는 아래 [표] 기재 순번에 따라 ‘이 사건 제○ 처분’이라 하고, 통틀어서는 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

순번	비위사실(처분사유)	처분내용
1	허위 양도계약서를 기초로 차액 1,794,000,000원을 누락하여 부가가치세 과세표준 과소신고	2012년 제2기 부가가치세 502,735,962원 부과처분(영업권 양도가액 과세표준 누락분에 대한 부가가치세액 179,400,000원 부과 + 부가가치세 확정신고에 대한 경감세액 중 신고기한 종료일로부터 1개월 내에 택시기사에게 지급하지 아니한 금액 125,279,000원 추징 + 신고불성실 및 납부불성실 가산세 198,057,962원 부과)
2	위 차액 1,794,000,000원을 영업권 양도에 따른 유형자산처분이익에서 누락하여 법인세 과세표준 과소신고	2012 사업연도 귀속 법인세 및 가산세 498,493,870원 부과처분(영업권양도에 따른 유형자산처분이익 누락액에서 비용을 차감한 1,671,000,000원을 익금에 산입)
3	이 사건 양도계약 매매대금 중 705,337,954원을 회계처리 없이 원고 법인 계좌가 아닌 원고 대표이사 이○○ 계좌로 수수하고, 당초 주식회사 ○○자동차(이하 ‘○○자동차’라고만 한다)에 대하여 부담하던 차량할부금 채무 411,936,046원을 변제하는 과정에서 그 차량할부금 상대계정으로 원고 대표이사 가지급금 계정 금액을 부당회수처리하는 등 법인수익 합계 1,517,274,000원사외유출	원고 대표이사 이○○에게 사외유출된 법인수익 합계 1,517,274,000원을 대표자 상여로 소득금액변동통지

마. 원고는 이에 불복하여 중부지방국세청장에 대하여 이의신청을 하였으나 2014.8. 22. 기각결정을 받았고, 이에 다시 조세심판원에 대하여 심판청구를 하여 2016. 4. 1. 이 사건 처분에 관한 원고의 불복사항 중 일부를 받아들이는 경정 및 재조사결정을 받았다. 바. 피고는 2016. 5. 23. 조세심판원의 위 결정에 따라 청구취지 기재와 같이 이 사건 제2 처분으로 부과된 2012 사업연도 귀속 법인세(가산세 포함) 중 159,051,893원을 감액하고, 이 사건 제1 처분으로 부과된 2012년 제2기 부가가치세(가산세 포함) 중 7,200,000원을 감액하는 것으로 경정결정을 하였다[위 나.항 기재 이 사건 제1, 2 처분 중 이와 같이 감액되고 남은 부분이 청구취지 기재 부가가치세 및 법인세(각 가산세 포함) 부과처분이다. 이하 편의상 위와 같이 감액된 각 부분만을 ‘이 사건 제1, 2 처분’ 이라고 한다]. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 4, 9호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 관련 법령 별지 ‘관련 법령’과 같다. 3. 원고의 주장 가. 이 사건 제1 처분에 관한 주장 (1) 이 사건 양도계약에서 원고가 택시운송사업장으로 사용하던 이 사건 차고지 및 건물이 양도되지 아니한 것은 사실이나, 양수인은 이 사건 차고지 및 건물을 이 사건 양도계약과 별도로 임차하여 원고로부터 포괄적으로 양수받은 택시운송사업을 위하여 사용함으로써 영업의 동일성을 유지하고 있으므로, 이 사건 양도계약은 부가가치세 부과대상이 되지 아니하는 ‘사업의 양도’에 해당한다. (2) 가사 이 사건 양도계약이 ‘사업의 양도’에 해당하지 아니한다고 보더라도 법률전문가가 아닌 원고로서는 이 사건 양도계약이 부가가치세 부과대상이 되지 아니하는 ‘사업의 양도’인지, 아니면 부가가치세 부과대상이 되는 재화의 공급인지 여부를 정확하게 알 수 없었으므로, 이 사건 양도계약에 관한 신고 및 납부불성실가산세 부과처분은 취소되어야 한다. 나아가 원고로서는 이 사건 양도계약의 목적물 중 영업권을 양도하는 것도 재화의 공급에 해당한다는 것은 더더욱 알 수 없었으므로, 원고에게 이에 관한 부가가치세를 과소신고하려는 고의가 있었다고 볼 수도 없고, 따라서 적어도 영업권에 관한 과소신고가산세율은 40%가 아닌 10%로 감경되어야 한다. 한편 원고가 이 사건 양도계약의 목적물 중 영업용 차량 양도가액 1,170,000,000원에 관하여 착오로 전자세금계산서를 발행하지 아니한 것은 사실이나, 이는 단순한 착오이고, 당시 원고는 위 차량 양도가액에 관하여 지면상으로는 세금계산서를 발행하였으므로 원고에게 세금계산서를 발행하지 아니한다는 점에 관한 고의가 있었다고 볼 수 없다. 따라서 위 차량 양도가액에 관한 전자세금계산서 미발행 가산세 23,400,000원도 감액경정되어야 한다. (3) 또한 원고는 2013년 12월경 원고가 2012년 제2기분 택시경감세액을 택시기사들에게 지급받지 아니한 점에 관한 미지급통보를 받았는데, 원고는 그 미지급통보를 받기 전인 2013. 6. 30. 자발적으로 2012년 제2기분 택시경감세액 중 46,179,502원을 택시기사들에게 지급한 바 있으므로, 이처럼 이미 자발적으로 지급한 택시경감세액까지 추징하는 것은 부당하다. 또한 원고가 미지급통보를 받기 전에 지급한 부분에 한하여는 그 가산세율도 40%가 아닌 20%로 감액경정되어야 한다. (4) 결국 이 사건 제1 처분은 모두 부당하므로 취소되어야 한다. 나. 이 사건 제2, 3 처분에 관한 주장 (1) 원고의 2012년 11월말 재무제표상 부채가 868,537,131원으로 계상되어 있으나, 이 사건 양도계약의 이행 과정에서 2012. 9. 15. 기준으로 파악된 원고의 부채는 사실 2,279,285,396원에 달한다. 따라서 원고에 대한 법인세 과세표준을 계산함에 있어서는 이 사건 양도계약에서 파악된 부채와 재무제표상의 부채 사이의 차액(약 14억원)이 비용으로서 추가로 손금산입되어야 한다. 일례로 2012 사업연도 귀속 4대 보험료 227,218,120원 중 181,524,780원이 재무제표상 비용에 미계상되었고, 2012 사업연도 귀속 직원 연차수당 68,809,881원도 재무제표상 비용에 미계상되었으며, 2012년 10월말 퇴사처리된 직원들에 대한 퇴직급여 394,157,546원도 재무제표상 비용에 미계상 되었다. 이와 같은 원고의 실제 부채액을 감안하면 이 사건 양도계약의 실질적 정산대가는 이 사건 양도계약상의 영업용 차량 및 영업권 가액 2,964,000,000원 자체가 아니고 위 영업용 차량 및 영업권 가액을 포함한 총 자산평가액 3,034,090,210원에서 위 실제 부채액 2,279,283,396원을 뺀 금액인 754,806,814원 상당에 불과하고, 실제로 원고 대표이사 이○○은 2012. 9. 5.경부터 2012. 10. 23.경까지 5회에 걸쳐 위 754,806,814원 만을 개인계좌로 수취하였는바, 원고 대표이사 이○○을 수익자로 하는 소득금액변동통지 금액도 위 754,806,814원을 초과할 수 없다. (2) 한편 원고 대표이사 이○○은 위 정산대가 754,806,814원 중 397,292,362원을 원고가 성하에너지에 대하여 부담하는 3억 원의 기존 차용금 채무 등의 변제를 위하여 사용한 바 있으므로, 이와 관련하여 원고 대표이사 이○○을 수익자로 하는 소득처분금액은 위 차용금과 채무변제액 사이의 차액을 초과할 수 없다. 나아가 ○○자동차 차량할부금 채무 411,936,046원은 이 사건 양도계약으로 양수인이 승계하여 변제한 것이 맞고, 원고가 대표이사 가지급금 회수처리를 하는 등 회계처리를 한 것은 이 사건 양도계약의 정산대가가 위와 같이 754,806,814원에 불과함에도 양도대금 1,287,000,000원이 현금으로 입금된 것처럼 회계처리를 하다 보니 실제 보유하지 아니하는 해당 현금을 감소시킬 필요가 있어 회계상으로만 그렇게 처리한 것 뿐이고 고의로 차량할부금 채무를 이중변제 처리하여 원고 대표이사 가지급금을 감소시킨 것이 아니고, 위 금액만큼 원고 대표이사에게 사외유출된 것도 아니다. (3) 그럼에도 피고는 구체적 사정에 대한 검토 없이 이 사건 양도계약서상 총 매매대금과 허위 양도계약서상 총 매매대금의 차액이 1,794,000,000원이라는 이유만으로 원고가 이 사건 양도계약에 따라 받은 실질적 정산대가 754,806,814원을 훨씬 초과하는 위 금액을 유형자산처분이익 누락액으로 보고, 실질적 정산대가인 위 754,806,814원에 상당하는 약 7억 원을 대표자에 대한 사외유출금액으로 보는 등 사실관계를 잘못 판단하여 이 사건 제2, 3 처분을 한 것이다. (4) 결국 이 사건 제2, 3 처분도 모두 부당하므로 취소되어야 한다. 4. 이 사건 제1 처분 중 부가가치세 부과처분(가산세 포함)의 적법 여부에 관한 판단 가. 관련 법리 구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것. 이하 ‘구 부가가치법’이라고 한다) 제6조 제6항 제2호는 재화의 공급으로 보지 아니하는 것의 하나로 ‘사업을 양도하는 것으로서 대통령령이 정하는 것’을 규정하고, 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법 시행령’이라고 한다) 제17조 제2항은 “법 제6조 제6항 제2호에서 ‘대통령령이 정하는 것’이라 함은 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 해당 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다”고 규정하면서 그 제3호에서 ‘당해 사업과 직접 관련이 없는 토지・건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령이 정하는 것’을 들고 있는바, 그렇다면 당해 사업과 직접 관련이 있는 토지・건물에 관한 권리・의무의 양도・양수를 포함하지 아니하는 영업양도 계약은 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계하는 것이라고 볼 수 없어 구 부가가치세법 제6조 제6항 제2호 등에서 재화의 공급으로 보지 아니하는 ‘사업의 양도’에 해당한다고 볼 수 없다고 할 것이다(대법원 2014. 1. 16. 선고 2013두18827 판결 등 참조). 나. 부가가치세 부과처분의 적법 여부에 관한 판단 (1) 위 법리에 비추어 이 사건을 보건대, 원고가 2012. 9. 7. 양수인과 사이에 이 사건 택시운송사업의 영업용 차량 78대와 영업권을 양도한다는 내용의 이 사건 양도계약을 체결하면서 그 양도목적물에서 이 사건 차고지 및 건물을 제외한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 이 사건 차고지 및 건물은 원고가 영위하던 기존 택시운송사업에 필수불가결한 시설로서 당해 택시운송사업과 직접 관련이 있는 토지・건물이라고 할 것이므로, 원고의 이 사건 사업양도는 구 부가가치세법 제6조 제6항 제2호 등에서 재화의 공급으로 보지 아니하는 ‘사업의 양도’에 해당한다고 볼 수 없다. 그렇다면 피고가 이 사건 양도계약에 관하여 그 양도계약이 재화의 공급에 해당한다고 보고서 한 이 사건 제1 처분 중 부가가치세 부과처분에 어떠한 위법이 있다고 할 수 없다. (2) 이에 대하여 원고는 이 사건 차고지 및 건물을 이미 타인에게 양도한 상태였기 때문에 그 이행을 포기하고 이 사건 양도계약의 상대방인 양수인에게 이를 양도하기 위하여는 기존 양도계약을 파기하고 계약금의 배액을 상환하는 등 추가적인 손실을 감수하여야만 하는데 당시 자금사정이 매우 좋지 아니하여 그러한 손실을 감수할 수는 없었고, 이에 이 사건 차고지 및 건물을 양수인에게 양도하는 대신 양수인이 이 사건 차고지 및 건물을 임차하여 택시운송사업을 영위하기로 약정하였으며, 양수인은 이 사건 차고지 및 건물을 이 사건 양도계약과 별도로 임차하여 원고로부터 포괄적으로 양수받은 택시운송사업을 위하여 사용함으로써 영업의 동일성도 유지되고 있는바, 이러한 특별한 사정을 고려하면 원고의 이 사건 사업양도에 있어서 이 사건 차고지 및 건물까지 양도하지 못하였다 하더라도 이 사건 차고지 및 건물에서 영위되던 원고 택시 운송사업의 실질은 그대로 양도된 것으로 보아야 한다는 취지로 주장하나, 앞서 본 바와 같이 관련 규정인 구 부가가치세법 제6조 제6항 제2호 등은 그 사업에 관한 ‘모든’ 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 사업의 양도의 경우 이를 재화의 공급으로 보지 아니하여 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있을 뿐이고, 가사 원고가 주장하는 바와 같이 양도인이 사업장 소재지 및 시설에 관하여 소유권을 가지고 있었으나 양수인은 해당 사업장 소재지 및 시설에 관하여 임차권만을 보유하게 된 사정이 있다고 하더라도 그러한 사정을 예외적으로 참작할 수 있다는 취지의 규정을 두고 있지 아니하다. 뿐만 아니라 을 제8 내지 11호증의 각 기재 및 영상에 의하면, ① 양수인은 2012. 10. 2. ‘○○택시 주식회사’를 설립한 다음 원고가 주장하는 이 사건 양도계약의 정산 시점(2012년 12월경) 이전인 2012. 11. 20. 인천 부평구 청천동 403-12 토지를 매수하였고, 2012. 12. 20. 위와 같이 매수한 토지를 본점으로 등록한 사실, ② 2016년 3월경의 ‘네이버 거리뷰 서비스’ 사진상 이 사건 차고지 및 건물에서는 ‘○○택시’의 영업이 이루어지고 있지 아니하고 다른 사업장의 가건물이 설치되어 있는 모습이 촬영된 사실을 인정할 수 있으므로, 원고가 주장하는 바와 같은 특별한 사정이 존재한다고 볼수도 없다. (3) 따라서 원고의 이 부분 주장은 어느 모로 보나 이유 없다. 다. 가산세 부과처분의 적법 여부에 관한 판단 (1) 먼저 피고가 이 사건 양도계약에 관하여 한 신고 및 납부불성실가산세 부과처분에 대하여 살피건대, 구 부가가치세법 및 그 시행령은 ‘재화’란 재산적 가치 있는 물건과 권리이고 재산적 가치 있는 모든 권리가 재화에 해당하는 것으로 명시하고 있는 데다가(구 부가가치세법 제2조 제1호, 구 부가가치세법 시행령 제2조) 원고와 양수인은 이 사건 양도계약상의 양도대상에 영업권을 포함시켜 계약하였음에도, 이후 원고가 양수인과 사이에 총 매매대금을 1,170,000,000원으로 감소시킨 별도의 허위 양도계약서를 작성하였고 이를 기초로 2012년 제2기 부가가치세 과세표준 및 2012 사업연도 귀속 법인세 과세표준을 과소신고한 사실은 앞서 본 바와 같은바, 사정이 이와 같다면 원고는 이 사건 양도계약이 부가가치세 부과대상이 되는 재화의 공급에 해당한다는 것을 잘 알고 부가가치세액을 낮추기 위하여 위와 같이 허위 양도계약서를 작성하고 과소신고하였다고 볼 것이고, 나아가 위와 같이 원고가 이 사건 양도계약 당시 영업권을 양도대상에 포함시켜 그 양도대금을 정하였던 원고로서는 이러한 영업권도 부가가치세 부과대상이 되는 ‘재화’에 해당한다는 것 역시 잘 알고 있었다고 봄이 상당하고, 가사 원고가 영업권이 부가가치세 부과대상임을 알지 못하였다고 하더라도 알지 못한 데 정당한 사유가 있다고 볼 수도 없다고 할 것이므로, 피고가 이 사건 양도계약에 관련하여 한 신고 및 납부불성실가산세 부과처분에 어떠한 위법이 있다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 모두 이유 없다. (2) 다음으로 피고가 이 사건 양도계약으로 양도된 차량 양도가액에 관하여 한 전자세금계산서 미발행 가산세 부과처분에 대하여 살피건대, 구 부가가치세법 제16조 제2항은 법인사업자에게는 2010. 12. 31. 이후부터는 전자적 방법으로 세금계산서를 발급할 의무가 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제22조 제3항 제1호는 납세의무를 지는 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간까지 제16조에 따른 세금계산서를 발급하지 아니하는 경우 가산세를 부과할 수 있다고 규정하고 있으므로, 법인사업자인 원고에게는 2010. 12. 31. 이후부터는 구 부가가치세법 제16조 제2항에 따른 전자세금계산서 발급의무가 발생하고 이를 발급하지 아니한 경우 과세관청은 원고에 대하여 같은 법 제22조 제3항 제1호에 따라 가산세를 부과할 수 있다고 봄이 상당하다. 이에 대하여 원고는 가산세 부과에 있어서 원고가 지면상으로 세금계산서를 발급하였던 사정이 참작되어야 한다고 주장하나, 구 부가가치세법 제16조 제2항이나 제22조 제3항은 가사 원고가 주장하는 사정이 있다고 하더라도 그러한 사정을 예외적으로 나마 참작할 수 있다는 취지의 규정을 두고 있지 아니하므로, 피고가 그러한 사정을 참작하지 아니하였다고 하여 피고의 이 부분 가산세 부과처분에 위법이 있다고 할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. 5. 이 사건 제1 처분 중 택시경감세액 추징처분(가산세 포함)에 관한 판단 가. 관련 규정 구 조세특례제한법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라고 한다) 제106조의7 제1항에 따르면 일반택시운송사업자에 대해서는 그 부가가치세 납부세액의 100분의 90이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세기간분까지 경감되나, 같은 조 제2항에 따르면 일반택시운송사업자는 제1항에 따른 경감세액 전액을 경감된 부가가치세의 확정신고납부기한 종료일부터 1개월 이내에 일반택시 운수종사자에게 현금으로 지급하여야 하고, 같은 조 제3항에 따르면 일반택시운송사업자가 제1항에 따라 경감된 세액을 경감된 부가가치세의 확정신고납부기한 종료일부터 1개월 이내에 지급하지 아니한 것이 국토해양부장관에 의하여 관할 과세관청에 확인・통보된 경우 관할 과세관청은 미지급통보를 한 날까지 지급된 부분이 있는 경우에는 그 부분 경감세액에 대한 이자 상당액 및 경감세액 상당액의 100분의 20에 해당하는 금액의 가산세를 추징하고(제1호), 미지급통보를 한 날까지 지급되지 아니한 부분이 있으면 그 부분 미지급 경감세액과 이에 대한 이자 상당액 및 경감세액 상당액의 100분의 40에 해당하는 금액의 가산세를 추징한다(제2호). 나. 판단 살피건대, 앞서 본 증거들 및 갑 제5호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, 피고가 2013. 12. 3. 인천광역시장으로부터 원고가 그 소속 택시운전기사들에게 2012년 제2기분 택시경감세액 125,277,933원을 확정신고납부기한 종료일인 2013. 1. 25.부터 1개월 이내인 2013. 2. 25.까지 지급하지 아니하였다는 확인・통보를 받고 그 미지급통보에 따라 이 사건 제1 처분 중 택시경감세액 추징처분(가산세 포함)을 한 사실을 인정할 수 있으므로, 특별한 사정이 없는 한 피고의 위 처분은 적법하다고 할 것이다. 다. 원고의 주장에 대한 판단 원고는 미지급통보일인 2013. 12. 3. 이전인 2013. 6. 30. 원고 소속 택시운전기사들에게 합계 46,179,502원을 지급하였다고 주장하면서 이에 부합하는 듯한 증거로 김태범의 진술서(갑 제22호증), 원고 소속 택시운전기사들이 서명・날인하였다는 2013. 6. 30.자 각 영수증(갑 제6, 20호증, 이하 ‘이 사건 각 영수증’이라고 한다)과 경감세액 환급에 관한 금융거래자료(갑 제23호증) 등을 제출하고 있으나, 앞서 본 증거들 및을 제4, 7, 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 국토해양부 교통정책실에서 발간한 ‘택시부가세 경감세액 사용지침’에 따르면 택시운송사업자는 그 소속 택시운전기사들에게 택시경감세액을 현금으로 지급하여야 하며 지급할 때에는 그 지급 총액 및 개인별 택시부가세 경감세액 지급내역을 회사 게시판에 7일 이상 게시하여야 하고, 그 지급내역을 과세기간 제1기에 관하여는 해당 연도 8월 25일까지, 과세기간 제2기에 관하여는 해당 연도 2월 말까지 관할관청에 보고하여야 한다고 규정되어 있는데, 원고는 위 사용지침에 따른 회사 게시판 게시자료나 관할 관청 보고자료를 제출하지 못하고 있고, 그러한 게시나 보고가 있었다고 볼 만한 다른자료가 없는 점(앞서 본 바와 같이 인천광역시장은 2013. 12. 3. 원고의 택시경감세액 미지급내역을 확인하고 피고에게 이를 통보한 사실이 있는바, 만일 원고가 위 사용지침에 따라 관할관청에 보고를 하였다고 한다면 인천광역시장이 위와 같이 미지급통보를 하였을 것으로 보이지는 아니한다), ② 이 사건 각 영수증에 첨부되어 제출된 택시 운전기사들의 인감증명서(갑 제20호증, 을 제4호증)는 이 사건 각 영수증에 표시된 작성일자(2013. 6. 30.)보다 6개월 이상 지난 후로서 인천광역시장의 미지급통보(2013. 12. 3.) 이후인 2013. 12. 31.이나 2014. 1. 2. 발급된 것이고, 원고가 제출한 금융거래 자료 자체에 의하더라도 원고는 2013년 12월 말경부터 2014. 1. 2.경까지 경감세액환급액 상당 금액을 지급한 데 불과한 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 각 영수증은 사후적으로 작성되었을 가능성이 있어 그 내용을 그대로 믿기 어렵다고 할 것이다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다. 6. 이 사건 제2, 3 처분의 적법 여부에 관한 판단 가. 관련 법리 과세관청이 실지조사방법에 의하여 법인의 소득에 대한 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하면서 당해 법인의 당초 신고에서 누락된 수입금액을 발견한 경우에 이에 대응하는 매입원가 등의 손금이 별도로 지출되었음이 장부 기타 증빙서류에 의하여 밝혀지는 등 특별한 사정이 없는 이상 이는 총수입금에 대응하는 총손금에 이미 포함되어 있는 것으로 볼 것이고, 이 경우 누락수입에 대응하는 비용에 관한 신고를 누락하였다고 하여 그 공제를 받고자 한다면 그 비용의 손금산입을 구하는 납세의무자가 스스로 그 누락사실을 주장・입증하여야 한다(대법원 2003. 11. 27. 선고 2002두2673 판결 참조). 또한 법인이 매출사실이 있음에도 불구하고 매출액을 장부에 기재하지 아니하였으면 매출누락금액뿐만 아니라 그 대응경비까지 밝혀졌다고 하더라도 특별한 사정이 없는 한 매출원가 등 대응경비가 포함된 매출누락금 전액이 사외로 유출된 것으로 보아야 하고, 이 경우 매출누락금 전액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 납세의무자가 입증하여야 한다(대법원 1999. 5. 25. 선고 97누19151 판결, 대법원 2006. 1. 12. 선고 2003두11797 판결 등 참조). 나. 판단 살피건대, ① 원고는 2012. 9. 7. 양수인과 사이에 총 매매대금을 2,964,000,000원으로 정하여 이 사건 양도계약을 체결하였는데, 이후 원고가 양수인과 사이에 총 매매대금을 1,170,000,000원으로 감소시킨 별도의 허위 양도계약서를 작성하였고 이를 기초로 2012년 제2기 부가가치세 과세표준 및 2012 사업연도 귀속 법인세 과세표준을 그 차액인 1,794,000,000원만큼 과소신고한 사실은 앞서 본 바와 같고, ② 앞서 본 증거들에 변론 전체의 취지를 더하면 이후 피고가 원고 회계장부 등 객관적 자료에 대한 실사를 거쳐 이 사건 양도계약의 매매대금 중 754,806,814원이 원고 대표이사 이○○의 개인 계좌에 입금되었는데[원고 자인, 소장 14 내지 15면3) 및 조세심판결의서(을 제3호증) 8면 참조] 그 중 계약금 상당의 돈을 제외한 705,337,954원은 사외유출되고, 원고가 ○○자동차에 대하여 부담하던 차량할부금 채무를 변제하는 과정에서 원고 대표이사 이○○의 가지급금 계정 금액 411,936,046원이 부당회수처리되고, 원고가 성하에너지에 대하여 부담하던 여신 및 매입 채무 400,000,000원에 상당하는 부분도 부당회수처리됨으로써 위 각 법인수익 합계 1,517,274,000원이 사외유출되었다고 본 사실, ③ 피고는 이에 근거하여 영업권양도에 따른 유형자산처분이익 누락액에서 비용을 차감한 1,671,000,000원을 익금에 산입하고, 원고 대표이사 이○○에게 사외유출된 법인수익 합계 1,517,274,000원을 대표자 상여로 소득처분하는 내용의 이 사건 제2, 3 처분을 한 사실을 인정할 수 있으므로, 특별한 사정이 없는 한 위와 같이 진정한 계약서인이 사건 양도계약서, 원고의 회계장부 등 객관적 자료에 근거하여 한 피고의 위 각 처분은 적법하다고 할 것이다(원고도 피고의 위 각 처분이 회계장부 등 자료에 반한다는 취지로 주장하고 있는 것은 아니다). 다. 원고의 주장에 대한 판단 (1) 원고는 원고의 회계장부에 미처 계상되지 아니하였던 채무가 존재하여 이 사건 양도계약의 실질적 정산대가는 754,806,814원에 불과하므로, 그 실질적 정산대가보다 큰 1,671,000,000원을 원고의 익금에 산입할 수는 없을 뿐 아니라 그 실질적 정산대가보다 큰 금액을 대표자 상여로 소득처분할 수도 없다는 취지로 주장하면서 그 주장에 부합하는 듯한 증거로 갑 제2, 3호증을 제출하고 있으나, 위 각 증거들은 공신력 있다고 볼 만한 문서가 아니라 원고나 양수인이 임의로 작성할 수 있는 문서에 불과한 것으로 보이고 이를 뒷받침할 객관적 자료도 없다. 뿐만 아니라 위 각 증거들의 기재 내용대로 만일 실질적 정산대가가 7억 5,000만 원 정도에 불과하다면 앞서 본 바와 같이 원고와 양수인이 과세관청에 과세표준을 과소신고할 용도로 허위 양도계약서를 작성함에 있어서까지 그 실질적 정산대가를 초과하는 1,170,000,000원을 매매대금 총액으로 기재할 이유도 없어 보인다. 따라서 위 각 증거들은 이를 그대로 믿기 어렵고, 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다. (2) 한편 원고는 원고 대표이사 이○○이 이 사건 양도계약에 따른 정산대가로 7억 원 가량의 돈을 개인 계좌로 수령한 것은 맞지만 이를 원고의 성하에너지에 대한 기존차용금 채무 등 변제를 위하여 사용하는 등 전부 원고를 위하여 사용하였다고 주장하면서 이에 부합하는 듯한 증거로 갑 제8호증(가압류신청서, 갑 제24호증과 같은 서류이다), 갑 제10호증(해방공탁서, 갑 제25호증과 같은 서류이다), 갑 제16호증(내용증명) 등을 제출하고 있는데, 위 증거들의 각 기재에 의하면 성하에너지의 대표자 하○○이 원고를 상대방으로 하여 2008. 12. 2.자 3억 원의 대여금 채권 등을 청구채권으로 하여 인천지방법원 2012카합421호로 자동차가압류 신청을 하였고, 이에 원고가 2012. 10. 17.경 해방공탁금 310,292,362원을 납입한 것으로 보이기는 한다. 그러나 앞서 본 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고가 그 주장과 같이 2008. 12. 2.경 성하에너지로부터 3억 원을 차용하였다는 사정이 원고의 회계장부상 전혀 드러나 있지 아니한 것으로 보이고, 원고의 법인계좌에 그러한 돈이 입금된 사실을 입증할 만한 자료도 없는 점, ② 원고는 원고 대표이사 이○○이 2012. 10. 17.경 위 해방공탁금 310,292,362원을 공탁한 것인 데다가 이와 별도로 원고 대표이사 이○○이 2012. 11. 23.경 원고 법인 계좌로 87,000,000원을 이체한 사실이 있고 그 87,000,000원도 원고의 성하에너지에 대한 채무 변제를 위하여 사용되었는데, 위 해방공탁금 및 이체금 합계 397,292,362원은　 원고 대표이사 이○○이 수령한 이 사건 양도계약의 정산대가 754,806,814원 중에서 지급된 것이라는 취지로 주장하나, 원고가 주장하는 일시에 위 754,806,814원이 입금된 원고 대표이사 이○○의 계좌에서 위 해방공탁금 310,292,362원이나 위 87,000,000원이 이체되었다는 사실을 입증할 객관적 금융거래자료가 제출되어 있지 아니한 점(원고가 제출한 갑 제11호증은 원고가 주장하는 일시 이후인 2012. 11. 26. 이후의 입출금거래내역이다), ③ 한편 원고는 위 성하에너지 건 외에 다른 사용내역에 대하여는 아무런 주장이나 입증을 하고 있지 못한 점 등에 비추어 보면, 원고가 제출하는 증거들만으로는 원고 주장과 같이 원고 대표이사 이○○이 이 사건 양도계약에 따른 정산대가로 7억 원 가량의 돈을 개인 계좌로 수령하고서 그 돈을 전부 원고를 위하여 사용하였다고 인정할 수는 없고, 달리 이를 인정할 만한 아무런 증거가 없으므로, 원고의 위 주장도 받아들일 수 없다. (3) 나아가 원고는 ○○자동차에 대하여 부담하는 차량할부금 채무 변제처리액411,936,046원은 이 사건 양도계약의 실질적 정산대가가 754,806,814원에 불과함에도 양도대금 1,287,000,000원이 현금으로 입금된 것처럼 회계처리를 하다 보니 실제 보유하지 아니하는 해당 현금을 감소시킬 필요가 있어 회계상으로만 대표이사 가지급금 감소처리를 한 것이고 해당 이익을 사외유출한 것이 아니며, 성하에너지에 대한 여신 등 채무 400,000,000원 변제처리액도 사외유출한 것이 아니라는 주장도 하고 있다. 그러나 앞서 본 바와 같이 이 사건 양도계약의 실질적 정산대가가 754,806,814원에 불과하였다고 볼 수도 없을 뿐 아니라, 만일 실질적 정산대가가 그와 같았다면 원고가 이를 훨씬 초과하는 양도대금 1,287,000,000원이 입금된 것처럼 회계처리를 할 필요도 없어 보이며, 원고는 그러한 필요성이 있었다는 점을 입증할 만한 자료를 전혀 제출하고 있지 아니하므로, 위 차량할부금 채무 변제처리액 부분이 사외유출된 것이 아니라는 취지의 원고의 이 부분 주장은 이유 없다(이와 관련하여 원고가 갑 제8, 12, 13, 14호증을 제출하고 있기는 하나 이는 ○○자동차 차량할부금 채무가 존재하였고 그 차량할부금 채무를 양수인이 승계하여 변제함으로써 이 사건 양도대금 지급에 갈음하였다는 사실에 대한 입증자료인데, 이는 피고 역시도 인정하는 사실관계이다. 즉 피고는 위와 같이 양수인이 차량할부금 채무를 승계하여 변제하였던 것이고 대표이사 가지급금 회수에 의하여 차량할부금 채무가 변제되었다고 할 수 없음에도 원고가 차량할부금 채무 변제금만큼 대표이사 가지급금이 회수된 것으로 회계처리를 하였다는 이유에서 이 부분 부과처분을 한 것이다. 그렇다면 원고로서는 회수처리된 대표이사 가지급금 자체가 당초부터 존재하지 않았던 것이라거나 실제 회수처리된 대표이사 가지급금을 여전히 원고가 보관하고 있다는 등의 사정을 주장・입증하여야 할 것인데, 원고는 이에 관하여 납득할 수 있는 소명이나 입증자료를 제출하지 못하고 있다). 한편 원고는 성하에너지에 대한 여신 등 채무 400,000,000원 변제처리액 부분에 관하여도 그 주장을 뒷받침할 만한 아무런 증거를 제출하지 못하고 있다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다. 7. 결론 그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2016구합1046

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

부가가치세법 시행령 제2조

조세특례제한법 제106조

부가가치세법 제2조 제6조 제16조

[ 참조판례 ]

대법원 1999. 5. 25. 선고 97누19151
대법원 2003. 11. 27. 선고 2002두2673
대법원 2014. 1. 16. 선고 2013두18827

[ 참조판례 체계도 ]