+ - 북마크 저장 [행정] 1심사건

대구지방법원 2019.02.14 선고 2016구합21628 판결

원고는 영업권 등 무형의 재산적 가치를 이 사건 공장과 함께 모두 양수한 것으로 해석됨[일부패소] 양도인의 인적 물적 조직이 동일성을 유지하면서 일체로서 실질적으로 원고에 이전되었다고 판단되므로 이 사건 계약은 영업양수도라고 봄이 타당하고, 원고는 영업권 등 무형의 재산적 가치를 이 사건 공장과 함께 모두 양수한 것으로 해석됨

사 건	2016구합21628 법인세등부과처분등취소
원 고	다aaaaaaa 주식회사
피 고	ff세무서장
변 론 종 결	2019.1.17
판 결 선 고	2019.2.14

【주문】 1. 피고가 2015. 7. 1. 원고에 대하여 한 2013 사업연도 법인세 13,657,860원(가산세 포함)의 부과처분 중 7,883,325원을 초과하는 부분을 각하한다. 2. 위 각하 후 남은 나머지 부과처분을 취소한다. 3. 피고가 2015. 7. 1. 원고에 대하여 한 2013년 사업연도 귀속 873,783,900원의 소득금액변동통지처분 중 524,706,804원을 초과하는 부분을 취소한다. 4. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 5. 소송비용 중 40%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 【청구취지】 피고가 2015. 7. 1. 원고에 대하여 한 2013 사업연도 법인세 13,657,860원(가산세 포함)의 부과처분 및 2013년 사업연도 귀속 873,783,900원의 소득금액변동통지처분을 모두 취소한다. 【이유】 1. 처분의 경위 가. 박aa는 1991. 10. 1.부터 경북 sssss 소재 공장건물에서 전자 및 기계장비 부품 제조 및 임가공업 등을 목적으로 하는 다aaaaaaaaa이라는 사업체를 경영해왔다. 나. 원고는 박aa의 동생인 박ss을 대표이사로 하여 2010. 11. 15. 설립되었다. 다. 원고는 2012. 11. 14. 박aa와 사이에, 아래와 같이 박aa 소유의 다aaaaaaaaa 공장용지 및 공장건물 등을 1,775,985,000원에 매수하기로 하는 계약(이하 ‘이 사건 계약’이라고 한다)을 체결하였다.

부동산 매매 계약서

부동산의 표시(이하 ‘아래 각 부동산 및 공장 내 기계를 합하여 ’이 사건 공장‘이라고 한다)

1. 경북 aaaaaaa 공장용지 3,299㎡

2. 그 지상 철골조 단열판넬 및 샌드위치판넬지붕 2층공장

3. 경북 aaaaaa sssssssss제1호

철골조 샌드위치판넬지붕 단층창고 180㎡

매매대금 금 1,775,985,000원을

계약금 금 6,965,000원

잔액금 금 1,769,020,000원(2012. 11 14. 일 완급)

제1조 위 부동산은 서기 20 년 월 일에 명도ㆍ입주하기로 한다.

제2조 매도인은 잔금의 영수시까지 지급이자 및 공과금 등을 불입할 의무를 가진다.

제3조 매도인은 잔금을 받을 때 완전한 소유권을 행사할 수 있는 서류를 매수인에게 교부한다.

제4조 매수인은 잔금일 이후의 할부 대상금 전액을 매도인으로부터 승계한다.

제5조 본 부동산에 부수하는 정착물 또는 시설물 등은 현재 상태대로 매도한다.

제6조 매도인이 본 계약을 어겼을 때에는 계약금으로 받은 금액의 배액을 매수인에게 배상하고 매수인이 어겼을 때에는 계약금은 무효가 되고 돌려달라는 청구를 할 수 없다.

<<특약>>

ㆍ 토지가격 금 361,000,000원

ㆍ 건물가격 금 346,500,000원(부가세 별도)

ㆍ 기계가격 금 1,068,485,000원(부가세 별도)

매도인 박aa(인) 매수인 다aaaaaaaa(주)

대표이사 박ss(인)

라. 박aa는 위 매매계약 직후인 2012. 11. 30. 다aaaaaaaa을 폐업하였다. 마. 이 사건 계약 당시 박aa나 원고는 매매대상에 관하여 시가 감정 등 별다른 가격산정을 한 바는 없다. 바. 원고는 위 공장에서 다aaaaaaaa의 사업을 이어받아 전자 및 기계장비부품 제조 및 임가공업을 영위해왔다. 사. 피고는 원고에 대한 법인사업자부분 조사를 실시하여, 2015. 7. 1. 이 사건 공장의 매매계약 체결 당시 가액이 793,020,000원(박aa의 dd은행에 대한 채무 1,286,020,000원 - 신용보증기금이 보증한 493,000,000원)이라고 보아 이 사건 공장의 매매가액에서 위 금액을 차감한 982,965,000(=1,775,985,000원 - 793,020,000원) 부당행위계산으로 부인하고, 위 금액이 2013년 박aa에게 귀속되었다고 보아 위 금액을 박aa에 대한 기타소득으로 처분하는 내용의 소득금액변동통지를 하였고, 원고에 대하여 법인세 13,657,865원(가산세 포함)의 부과처분을 하였다. 아. 이에 대하여 원고는 2015. 9. 23. 이의신청을 제기하였고, 이의신청 중에 실시된 감정결과(이하 ‘종전 감정’이라고 한다) 이 사건 공장의 매매계약 당시의 가액이 902,201,000원으로 평가되고, 이에 따라 박aa에 대한 소득금액이 873,783,900원(1,775,985,000원-902,201,000원)으로 산정되자, ss지방국세청장은 2015. 11. 5. 원고의 이의신청을 일부 인용하는 결정을 하였다. 자. 이에 피고는 원고에 대하여, 2016. 2. 12. 종전 소득금액변동통지처분 금액 중 109,181,100원을 감액하는 내용의 소득금액변동통지를 하고, 이어 2016. 2. 17. 종전 법인세 부과처분 금액 중 5,774,540원을 차감하는 내용의 경정처분을 하였다(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지처분’ 및 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라고 한다). 이에 따라 박aa에 대한 소득금액은 873,783,900원이 되었고, 원고에 대한 법인세는 7,883,325원(=13,657,865원-5,774,540원)이 되었다. 차. 원고는 이에 불복하여 2016. 1. 29. 조세심판원에 심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2016. 3. 30. 위 심판청구를 기각하는 결정을 하였다. 카. 이 사건과 관계된 법령은 별지 기재와 같다. 2. 본안전 항변에 관한 판단 피고는, 원고가 이 사건 소로서 취소를 구하는 부분 중 2016. 2. 17. 감액된 법인세 과세처분 부분은 소의 이익이 없어 부적법하다고 주장한다. 행정처분이 취소되면 그 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 않으며, 존재하지 않은 행정처분을 대상으로 한 취소소송은 소의 이익이 없어 부적법하다(대법원 2012. 12. 13. 선고 2012두18202 판결 등 참조). 피고는 2016. 2. 17. 당초 부과된 13,657,865원의 법인세 부과처분 중 5,774,540원을 차감하는 내용의 경정처분을 하여 7,883,325원 부분만 남게 된 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 법인세 부과처분 중 7,883,325원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 부분은 피고의 직권 경정처분에 따라 효력이 상실되어 더 이상 존재하지 않아 부적법하다. 3. 이 사건 소득금액변동통지처분 및 부과처분의 적법여부 가. 원고의 주장 1) 이 사건 계약은 단순히 공장과 기계설비만 매매대상이 아니라 영업권, 사업노하우 등 무형의 재산권을 포함한 포괄영업양수도이고, 원고가 인수한 채무는 모두 이 사건 공장의 영업과 관련된 것이므로 양수대금은 최소한 원고가 인수한 채무인 1,769,020,000원 이상이어야 한다. 2) 이 사건 계약의 가액에는 종전 감정에서 누락된 31개 목록의 기계장비 및 영업권 등 무형의 가치가 포함되어야 한다. 3) 이 사건 매매계약이 단순 매매라고 하더라도 이 법원의 감정인 박uu에 대한 감정촉탁결과에서 인정된 이 사건 공장의 가액인 995,757,680원을 기준으로 소득금액변동통지 및 법인세가 산정되어야 한다. 나. 인정 사실 앞서 든 증거들, 갑 제6, 7, 12, 14, 내지 16호증, 을 제4호증, 이 법원의 감정인 박uu에 대한 감정촉탁결과 및 위 감정인에 대한 감정보완촉탁결과, 변론 전체의 취지에 의하면, 다음의 사실이 인정된다. 1) 박aa는 2007. 6. 5. 이 사건 공장을 1,206,995,000원에 취득하였고, 2012년 종합소득세 신고 시 제출한 대차대조표에 의하면 위 공장의 가치는 토지 326,371,681원, 건물 281,413,934원, 기계장치 238,492,018원(합계 946,280,633원), 무형자산 0원으로 기재되어 있다. 2) 원고는 2010. 11. 15. 박aa로부터 이 사건 공장 중 일부를 보증금 700만 원, 차임 50만 원, 임대차 기간 2년으로 임차하고, 위 공장 내 설비를 사용하여 2010. 11. 15.부터 다aaaaaaaaa과 동일 업종을 영위하다가 2012. 11. 14. 박aa와 이 사건 계약을 체결하였다. 3) 이 사건 계약 당시 이 사건 공장에는 근저당권자 주식회사 aa은행, 채무자, 박aa, 채권최고액 2,034,000,000원으로 하는 근저당권이 설정되어 있었다. 당시 박aa의 aa은행에 대한 실제 채무는 1,286,020,000원이었는데, 그중 902,201,000원만이 위 근저당권에 의하여 담보되는 채무였고, 박aa의 aa은행에 대한 채무 중 493,000,000원은 신용보증서에 의한 신용대출 채무이다. 또, 박aa는 ss은행에 545,018,000원의 채무가 있었는데, 이는 신용보증서에 의한 신용대출로 이 사건 공장을 담보로 한 것은 아니다. 4) 다aaaaaaaaa은 2011. 4.경 및 5.경 gg전자 주식회사 등 거래처에 법인화 등을 이유로 다aaaaaaaaa의 사업권을 원고가 승계한다는 내용의 거래처 변경 요청공문을 발송하였다. 5) 원고는 2012. 11. 14.경 박aa의 aa은행에 대한 채무 1,286,020,000원 전부와 ss은행에 대한 채무 중 483,000,000원의 합계 1,769,020,000원(= 1,286,020,000원 + 483,000,000원)을 면책적으로 인수하고, 위 근저당권 설정계약상 채무자의 지위도 면책적으로 인수하였다. 6) 원고는 2012. 11.경 박aa를 피보증인으로 하는 기존 신용보증서를 모두 원고 명의로 변경하여 재발급받았다. 7) 이 법원에서 실시된 감정촉탁결과에 의하면, 이 사건 공장(원고가 종전 감정에서 누락되었다고 주장하는 31개 기계장비 포함)의 감정평가액은 995,757,680원(토지 224,332,000원, 건물 251,458,680원, 기계장비 519,697,000원)이고, 다aaaaaaaaa의 영업권 감정평가액은 255,520,516원이다. 8) 원고는 다aaaaaaaaa에서 2012. 11. 30.자 및 2012. 12. 1.자로 퇴사한 직원인 형gg, 김gg 등 14명을 모두 다시 채용하였다. 다. 판단 1) 이 사건 계약의 성격 및 정당가액 가) 상법상의 영업양도는 일정한 영업목적에 의하여 조직화된 업체, 즉 인적 ㆍ물적 조직을 그 동일성은 유지하면서 일체로서 이전하는 것을 의미하고, 영업양도가 이루어졌는가의 여부는 단지 어떠한 영업재산이 어느 정도로 이전되어 있는가에 결정되어야 하는 것은 아니고 거기에 종래의 영업조직이 유지되어 그 조직이 전부 또는 중요한 일부로서 기능할 수 있는가에 의하여 결정되어야 하므로, 영업재산의 일부를 유보한 채 영업시설을 양도했어도 그 양도한 부분만으로도 종재의 조직이 유지되어 있다고 사회관념상 인정되면 그것을 영업의 양도라 볼 수 있다(대법원 2009. 1. 15. 선고 2007다17123, 17130 판결 등 참조). 일반적으로 영업권이라 함은 그 기업의 전통, 사회적 신용, 그 입지조건, 특수한 제조기술 또는 특수거래관계의 존재 등을 비롯하여 제조판매의 독접성 등으로 동종의 사업을 영위하는 다른 기업이 올리는 수익보다 큰 수익을 올릴 수 있는 초과수익력이라는 무형의 재산적 가치를 말한다(대법원 2004. 4. 9. 선고 2003두7804 판결 등). 나) 앞서 본 인정 사실을 위 법리에 비추어 보건대, ① 박aa는 이 사건 공장을 취득한 2007. 6. 5. 이후부터 수년간 다aaaaaaaaaa이라는 상호로 사업을 영위하여 오다가 2010. 11. 15. 원고에게 이 사건 공장 중 일부를 임대한 점, ② 원고는 위 임대차계약 이후 위 공장의 기계설비를 사용하는 등 다aaaaaaa이 영위하던 사업과 동일한 사업을 임차인의 지위에서 영위하여 오다가, 2011. 4.경 다aaaaaaa이 거래처 회사에 원고가 다aaaaaaaaaa의 사업권을 승계한다고 통보한 뒤로는 원고가 직접적인 거래당사자로서 위 거래처 회사와 종전과 동일한 방법으로 거래하여 온 것으로 보이는 점, ③ 원고와 다aaaaaaaaaa의 공장, 기계설비, 업종, 거래처 회사 등은 모두 동일한 것으로 보이고, 원고는 위 임대차계약 이후 다aaaaaaaaa의 영업양수를 준비해오다가, 2014. 11. 14. 이 사건 계약일 무렵에 다aaaaaaaa의 기존 사업을 그대로 이어받은 것으로 보이는 점, ④ 원고는 박aa의 다aaaaaaaaa의 사업과 관련한 모든 채무를 인수하고, 근저당권의 채무자 지위까지 인수한 점, ⑤ 원고는 다aaaaaaaa이 폐업한 이후 곧바로 그 직원들을 그대로 채용하는 형식으로 다aaaaaaaaaa의 인적 조직을 그대로 이어받은 것으로 보이는 점, ⑥ 매도인이 공장을 양도하면서 기존 사업체는 폐업하여 더 이상 사업을 하지 않는다면, 기존에 매도인이 이룩한 거래처 등 영업과 관련된 무형적인 재산은 양수인이 기존 사업체와 전혀 내용이 다른 사업을 영위하지 아니하는 한 소멸하지 아니하고 양수인의 공장 영업에 수반된다고 볼 수 있고, 양도인이 거래처에 사업권 승계를 통보하기까지 한 사정에 비추어 보면 위 매매 당사자들도 이를 그대로 용인한 것으로 봄이 타당한 점 등을 종합하여 보면, 비록 이 사건 계약이 부동산과 기계만이 매매 대상물로 기재되고 그 매매대금 대부분이 기존 채무 인수액으로 지급되는 형식으로 이루어졌다고 하더라도, 위 계약 당사자들의 의사는 원고가 기존 다aaaaaaaa이 위 부동산에서 영위하던 사회적 신용, 공장, 제조기술, 거래처의 존재를 포함한 영업권 등 무형의 재산적 가치를 이 사건 공장과 함께 모두 양수하기로 한 것으로 해석되고, 이에 따라 원고가 인수한 채무 전액을 위 계약의 잔금으로 정한 것으로 보인다. 따라서 위 계약으로 다aaaaaaaa의 인적 ㆍ 물적 조직이 동일성을 유지하면서 일체로서 실질적으로 원고에 이전되었다고 판단되므로 이 사건 계약은 영업양수도라고 봄이 타당하다. 다) 피고는 이에 대하여 대법원 2018. 5. 11. 선고 2017두43173 판결을 인용하면서 이 사건 공장의 가치에 영업권은 포함되어서는 안된다고 주장하나, 위 판결은 흡수합병의 경우 합병된 회사의 영업권을 합병한 회사의 합병평가차익으로 익금에 산입할 수 있는지 여부가 문제된 사안으로, 원고가 다aaaaaaaa을 양수하는 데 얼마를 지출하였는지, 즉 다aaaaaaaaa의 전체 가치가 얼마인지가 쟁점인 이 사건과는 사안을 달리하므로, 위 판결에서 영업권 인정의 법리가 이 사건에 그대로 적용되기는 어려운 것으로 보인다. 또한, 앞서 살펴 본 이 사건 계약의 성격에 비추어 보면, 원고가 박aa가 다aaaaaaaaaa의 양수대금으로 정한 금액인 약 17억 원은 이 사건 공장의 토지, 건물 및 기계뿐만 아니라 다aaaaaaaaa의 영업권을 모두 포함하는 금액으로 보이고, 다aaaaaaaaa의 거래처를 모두 그대로 승계하는 등 영업권을 모두 포함한 다aaaaaaaa전체를 양수한 것으로 보이는바, 이 사건 계약서에 영업권이 구체적으로 기재되어 잇지 않다고 하더라도 원고는 박aa에게 다aaaaaaaaaa의 영업권을 모두 포함한 다aaaaaaaaa의 전체 가치를 지급한 것으로 볼 수 있고, 법원감정인의 법원감정, 이 법원의 법원감정인에 대한 감정보완촉탁결과에 의하여 다aaaaaaaa의 영업권의 가치가 구체적으로 인정되는 이상, 이를 부인할 수 없다. 따라서 피고의 위 주장은 이유 없다. 라) 한편, 이 사건 계약 목적물의 정당가액이 얼마인지에 대하여 보건대, 원고와 박aa는 이 사건 공장 등의 매매대금을 1,775,985,000원으로 정하였음은 앞서 본 바와 같으나, 위 계약 무렵의 이 사건 공장 등의 시가가 아래에서 인정하는 이 법원에서의 감정촉탁결과 금액을 초과하여 위 금액에 달한다는 점을 인정할 증거가 없다. 원고는 이 사건 공장 등의 양수대가가 최소한 박aa가 부담하고 있던 1,769,020,000원의 대출채무에 이른다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 이 사건 공장을 담보로 한 채무는 902,201,000원에 그치고 나머지 부분은 박aa의 신용대출에 불과할 뿐만 아니라, 설령 위 대출채무가 모두 이 사건 공장의 영업과 관련된 것이고 그 채무액 상당의 자본이 위 공장에 모두 투입되었다손 치더라도 이 사건 공장의 거래가치는 매매계약일 기준에 남아 있는 잔존가치로 보아야 하며, 이는 이 사건 공장의 건물 및 부지, 기계류, 영업권, 기타 자본 및 채무 정산분에 관하여 거래일 기준으로 객관적인 가치를 감정한 감정가액으로 보아야 할 것이므로, 원고의 위 주장은 이유 없다. 결국 이 사건 계약 목적물의 정당가액은 이 사건 공장의 건물 및 부지, 기계류, 영업권, 기타 자본 및 채무 정산분에 관하여 거래일 기준의 객관적 가치를 감정가액으로 볼 수밖에 없는데, 이 법원이 위 가치에 관하여 감정인 박rr에 대한 감정촉탁결과에 의하면, 이 사건 공장 건물 및 부지, 기계류에 관한 감정평가액은 995,757,680원, 영업권(기타 자본 및 채무 정산액이 포함되어 감정되었다) 감정평가액은 255,520,516원인 사실을 인정할 수 있는바, 결국 이 사건 계약 당시 매매대상의 정당가액은 위 각 평가액의 합산액인 1,251,278,196원(=995,757,680원 + 255,520,516원)이 된다. 마) 피고는 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호를 근거로 법원감정과 종전 감정의 평균을 근거로 이 사건 계약의 정당가액을 산정하여야 한다고 주장하나, 위 조항은 부과처분 내지 소득금액변동통지처분 전의 단계에서 세무서가 당해 목적물의 시가가 불분명한 경우 이를 계산하기 위한 취지인 점, 법원감정은 원ㆍ피고의 동의 하에 이 법원에 의하여 진행된 것으로 종전 감정보다 이 법원의 판단근거로서의 가치가 높은 점, 법원 감정의 기준시점은 2012. 11. 14.임에 반하여 종전 감정의 기준시점은 2012. 4. 23.로 다른 점, 원ㆍ피고 모두 법원감정에 이의를 제기하거나 위법사항 등에 관한 주장이 없는 점 등에 비추어 보면, 법원감정만을 이 사건 계약의 정당가액의 근거로 삼는 것이 타당하므로 피고의 위 주장은 받아들이지 않는다. 2) 부당행위계산 부인 여부 가) 법인세법 제52조 제1항에서 정한 부당행위계산 부인이란, 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에, 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2007. 12. 13. 선고 2005두14257 판결, 대법원 2010. 10. 28. 선고 2008두15541 판결 등 참조). 나) 앞서 본 사실에 의하면, 원고는 박aa로부터 이 사건 공장을 객관적인 시가인 1,251,278,196원보다 524,706,804원(=1,775,985,000원 - 1,251,278,196원)이나 많은 1,775,985,000원에 매입하였고, 여기에다가 원고의 대표이사인 박ss은 박aa와 형제사이에 있는 점, 원고가 박aa로부터 이 사건 공장 등을 매입할 당시 별다른 가격산정을 한 바가 없는 점, 객관적 가치보다 많은 양의 채무를 부담하는 방식으로 매매대금을 정하는 것은 결과적으로 조세부담을 회피하거나 경감하는 결과를 초래하게 되는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 계약은 건전한 사회통념이나 상관행 등에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 거래라고 봄이 타당하다. 3) 정당 소득금액 및 세액 계산 가) 이 사건 소득금액변동통지처분 부분 그렇다면, 원고가 2012. 11. 14.자 이 사건 계약의 매매대금액으로 부담한 1,775,985,000원 중 이 사건 공장의 객관적인 시가를 초과하는 위 524,706,804원 부분은 법인세법 제52조, 동법 시행령 제88조 제1항 제1호에서 정한 ‘자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우’에 해당하므로, 피고로서는 이를 원고의 당해 사업연도 소득금액 계산에 관계없이 원고의 당해 사업연도의 소득금액으로 계산할 수 있다. 따라서 피고가 원고에게 한 2013년 사업연도 귀속의 소득금액 873,783,900원의 이 사건 소득금액변동통지처분 중 위 524,706,804원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 할 것이다. 나) 이 사건 법인세 부과처분 부분 피고가 2015. 7. 1. 원고에게 부과한 2013 사업연도 이 사건 법인세 13,657,860원의 과세처분 부분에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 이 사건 법인세 과세처분은 원고의 이의신청이 일부 받아들여져 이 사건 공장의 매매가액이 902,201,100원임을 전제로 계산되어 그에 따라 종전 법인세 부과금액 13,657,860원 중 5,774,540원이 차감되어 7,883,325원만 남았다. 과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 관세법 제35조 제1항에 따른 과세가격을 산정하여 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조). 피고는, ‘법인세법은 자가창설 영업권을 인정하지 않고 있고, 영업권은 납세자가 해당 사업연도 법인세를 신고하면서 장부상에 영업권의 가치 및 법인세법 시행령 제25조, 제26조 등에 따른 감가상각의 방법 등 필요한 사항을 기재하였어야만 그와 같은 방법을 적용하여 해당 사업연도에 세액 산출이 가능한데, 이 사건에서는 이와 같은 사정이 없으므로 영업권을 반영한 정당세액의 산출은 불가능하다’고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 다aaaaaaaaaa의 영업권이 인정되고, 원고는 박aa에게 위 영업권의 대가를 지급하고 이를 양수한 것으로 인정되는 이상, 원고의 법인세 산정에 있어서 위 금액에 해당되는 부분을 손금으로 산입하는 등의 시정조치가 필요한 것으로 판단되고, 법인세 신고시 장부상에 영업권의 가치가 기재되어 있지 않더라도 피고로서는 장부상에 위와 같이 인정된 영업권이 인정된 것으로 보아 법인세법 제23조 제1항, 같은법 시행령 제26조 제1항 등 관련 규정에서 정하고 있는 내용에 따라 감가상각 범위액을 계산하는 방법을 취하거나 원고로부터 영업권 부분에 관한 장부 기재와 감가상각 방법을 보완받아 관련 규정에 따라 이를 계산하는 것이 가능하다고 할 것이다. 따라서 피고의 위 주장은 이유 없고, 위 영업권에 해당하는 금액을 원고가 지출한 것을 전제로 한 정당한 법인세가 산정되지 않았으므로, 이 사건 법인세 부과처분은 전부 취소되어야 한다. 4. 결론 그렇다면, 원고의 이 사건 청구 중에서, 이 사건 법인세 부과처분 중 7,883,325원을 초과하는 부분은 부적법하여 이를 각하하고, 위 법인세 부과처분 중 나머지 부분과 이 사건 소득금액변동통지처분 중 524,706,804원을 초과하는 부분은 이유 있어 이를 인용하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2016구합21628

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

법인세법 시행령 제25조 제88조 제89조

동법 시행령 제88조

같은법 시행령 제26조

관세법 제35조

법인세법 제23조 제52조

[ 참조판례 ]