+ - 북마크 저장 [행정] 1심사건

서울행정법원 2015.10.16 선고 2014구합72590 판결

법인이 지급한 비용이더라도, 비용성격이 대표자가 부담해야 할 비용이라면 법인의 손금에 산입할 수 없음[일부패소] 법인이 리모델링 사업으로 얻은 수익을 주주에게 배분하기 위하여 유상감자를 실시하면서, 기존의 주주에게 경영권확보 대가 등을 사업관련 수수료 명목으로 지급하였다고 하더라도, 그 수수료 성격이 단독주주로 남게 되는 주주인 대표이사가 부담할 비용이라면 법인의 손금에 산입할 수 없고, 대표자 상여처분은 정당함

사 건	2014구합72590 법인세등부과처분취소
원 고	주식회사 ㅁㅁㅁㅁㅁ
피 고	ㅇㅇ세무서장
변 론 종 결	2015. 9. 18.
판 결 선 고	2015. 10. 16.

【주문】 1.피고 00세무서장이 2012. 5. 2. 원고에 대하여 한 2008 사업연도 법인세 1,000,000,000원(가산세 포함)의 부과처분 중 000,000,000원을 초과하는 부분과 2010 사업연도 법인세 000,000,000원(가산세 포함)의 부과처분을 각 취소한다. 2. 원고의 피고 00지방국세청장에 대한 청구와 피고 00세무서장에 대한 나머지 청구를 각 기각한다. 3. 소송비용 중 원고와 피고 00지방국세청장 사이에 생긴 부분은 원고가 부담하고, 원고와 피고 00세무서장 사이에 생긴 부분의 4/5는 원고가, 나머지 1/5은 피고 00세무서장이 각 부담한다. 【청구취지】 피고 00세무서장이 2012. 5. 2. 원고에 대하여 한 2008 사업연도 법인세1,000,000,000원(가산세 포함)의 부과처분 중 10,000,000원을 초과하는 부분과 2010 사업연도 법인세 000,000,000원(가산세 포함)의 부과처분, 피고 00지방국세청장이 같은 날 원고에 대하여 한 별지 목록 기재 각 소득금액변동통지처분을 각 취소한다. 【이유】 1. 처분의 경위 가. 이 사건 수수료의 지급 1) 그린00, 에스00 및 00저축은행의 □□□사업 공동 시행 부동산매매업과 부동산임대업을 주로 영위하는 그린00××주식회사(이하‘그린00’이라 한다), 방ㅁㅁ가 실질적 경영권을 행사하는 주식회사 에스××××(이하 ‘에스00’라 한다) 및 주식회사 00××저축은행(이하 ‘00저축은행’이라 한다)은 2004. 12. 00. 주식회사 뉴△△(이하 ‘뉴△△’라 한다) 및 주식회사 △△유통(이하 ‘△△유통’이라 한다)이 △△△△신탁 주식회사(이하 ‘△△△△신탁’이라 한다)에 신탁하여 보유하고 있던 성남시 00구 △△동 소재 토지 및 그 지상 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 취득하여 리모델링한 후 매각하는 내용의 사업(이하 ‘□□□사업’이라 한다)을 공동으로 진행하기로 하였다. 그린00과 00저축은행, 에스00은 2005. 1.경 원고를 지정매수인으로 하여 뉴△△ 및 △△유통으로부터 이 사건 부동산을 매수하기로 합의하였고, 이에 따라 그린00, 에스00 및 00저축은행이 원고의 발행주식을 같은 비율(1/3씩)로 인수하였다(다만, 에스00은 원고의 발행주식을 신○○, 임○○의 명의를 차용하여 인수하였다). 그 후‘방ㅁㅁ가 실질적으로 지배 및 운영하던 주식회사 △△K○○(이하 ‘K○○'라 한다)는 2005. 5. 0. 위와 같은 에스00의 계약상 지위를 이전받았고 그린00과 00저축은행은 이를 승낙하였다. 2) 원고의 그린00 및 00저축은행에 대한 수수료의 지급 원고는 2005. 8. 0. 이 사건 부동산의 소유권을 취득하였고, 이 사건 부동산을 리모델링한 후 2008. 5.경 이 사건 부동산을 매각하여 0,000억 원 가량의 양도차익을 얻게 되었다. 원고의 주주들은 2008. 7. 0. 위 양도차익에서 법인세 등 관련비용 ×00억 원을 차감한 8××억 원의 수익을 분배하기 위하여 ‘수익배분에 관한 합의서’를 작성하였고, 위 합의에 따라 원고는 2008. 9. 0. 그린00 및 00저축은행이 보유하고 있던 주식(전체 발행주식의 2/3) 대하여 유상감자를 실시하고(이하 ‘이 사건 유상감자’라 한다) 그린00과 00저축은행에게 수익금 8××억원의 1/3인 ××0억 원씩을 지급하였다(이에 따라 방ㅁㅁ가 원고의 발행주식 100%를 실질적으로 보유하게 되었다). 또한 원고는 같은 날 그린00에 ××억 원 (부가가치세 포함), 부가가치세 면세사업자인 00저축은행에 ××억 원을 각 지급하였다(이하 위 ××억 원을 ‘이 사건 수수료’라 한다). 나. 이 사건 각 금원의 지급 1) 주식회사 에프××××(이하 ‘에프××××’라 한다)와 주식회사 AB7리조트(이하 ‘AB7’이라 한다)는 경기 00군 00읍에 소재하던 ‘00리조트’의 스키장과 리조트(이하 ‘기존 리조트’라 한다)에 대한 리모델링 등 관련 사업(이하 ‘1차 리조트사업’이라 한다)을 위해 설립된 주식회사 00리조트(이하 ‘00리조트’라 한다)에 ××억 원(지분율 40.9%)과 00억 원(지분율 4.55%)을 각각 투자하여 00리조트의 주주가 되었다. 원고는 2008. 9. 0. 에프××××에게 위 투자자금 중 일부인 00억 원을 대여하였고(이하 ‘이 사건 00억 원’이라 한다), 2009. 9. 0. 위 대여금을 에프××××가 보유 중인 00리조트에 대한 주식의 모든 권리를 양도받는 조건으로 투자금으로 전환한다는 내용의 투자 약정을 체결하였다(이하 ‘이 사건 1차 투자 약정’이라 한다). 2) 원고는 2009. 11.경 00리조트의 주주인 AB7과 사이에 ① 경기 00군 00읍 일원에 골프장, 스키장, 숙박시설 등 추가 리조트 시설을 건설하는 ‘AB7리조트 조성사업’(이하 ‘2차 리조트사업’이라 한다)을 공동으로 시행하고, ② 원고는 AB7이 2차 리조트사업을 위한 생태조사, 지질조사, 환경영향평가 등을 진행할 수 있도록 초기사업비로 △△억 원을 투자하며, ③ AB7은 향후 자신과 함께 원고가 경기 00군으로부터 개발촉진지구 사업자로 지정받을 수 있도록 모든 조치를 다하고, ④ 1차 리조트사업에서 발생하는 수익의 60%를 원고가 분배받고 2차 리조트사업에서 발생하는 수익은 향후 원고와 AB7이 수행한 역할 및 중요도에 비례하여 분배하기로 하는 내용의 투자 약정을 체결하였다(이하 ‘이 사건 2차 투자 약정’이라 한다). 원고는 이 사건 2차 투자 약정에 따라 2009. 11. 0.부터 2009. 12. 0.까지 3회에 걸쳐 AB7에게 총 △△억 원을 지급하였다(이하 ‘이 사건 △△억 원’이라 하고, 이 사건 00억 원과 통칭하여 ‘이 사건 각 금원’이라 한다). 다. 이 사건 급여의 지급 원고는 00리조트의 대표이사이던 김길동에게 2008 사업연도부터 2010 사업연도까지 총 000,000,000원, 이길동에게 2009 사업연도부터 2010 사업연도까지 총 00,000,000원(이하 이를 합하여 ‘이 사건 급여'라 한다)을 각 급여로 지급한 것으로 하여 2008~2010 법인세의 과세표준 및 세액을 신고하였다. 라. 원고의 법인세 신고・납부 및 이 사건 각 처분 1) 원고는 이 사건 수수료 및 이 사건 급여를 손금에 산입하여 2008~2010 사업연도의 법인세를 신고・납부하였다(다만, 원고는 2009~2010 사업연도에 각 결손이 발생한 것으로 신고하였다). 2) 피고 00지방국세청장은 원고에 대하여 세무조사를 실시한 다음, ① 이 사건 수수료는 원고의 사실상 대표자이던 방ㅁㅁ가 그린00과 00저축은행으로부터 원고의 경영권을 이전받는 대가로 지급된 것으로서 원고의 사업과 관련하여 지출된 비용이 아니고, ② 이 사건 각 금원은 원고가 특수관계자인 에프×××× 및 AB7에게 업무와 관련 없이 지급한 가지급금(이하 ‘업무무관 가지급금’이라 한다)에 해당하며, ③이 사건 급여는 원고와 관련 없는 업무를 수행한 직원들에 대한 인건비로서 원고의 사업과 관련하여 지출된 것이 아니라는 내용의 과세자료를 피고 00세무서장에게 통보하였다. 3) 피고 00세무서장은 2012. 5. 0. ① 이 사건 수수료 00억 원을 2008 사업연도의 손금에 산입하지 아니하고, ② 이 사건 각 금원을 특수관계자에 대한 업무무관 가지급금으로 보아 2008 사업연도의 지급이자 000,000,300원(이 사건 00억 원에 상당하는 차입금에 대한 지급이자 000,000,400원 포함)을 손금에 산입하지 아니하고, 2009~2010 사업연도의 인정이자 0,000,000,500원(이 사건 각 금원에 대한 인정이자 0,000,000,600원 포함)을 해당 사업연도의 익금에 산입하며, ③ 인건비 000,000,200원(이 사건 급여 000,000,100원 포함)을 원고의 업무와 무관하게 지급된 것으로 보아 해당 사업연도의 손금에 산입하지 아니하여 법인세액을 다시 산출한 다음, 원고에 대하여 2008 사업연도 법인세 0,000,000,100원 및 2010 사업연도 법인세 000,000,700원을 경정・고지하였다(각 가산세 포함, 이하 ‘이 사건 2008 사업연도 법인세 부과처분’과‘이 사건 2010 사업연도 법인세 부과처분’이라 하고, 이를 통틀어 ‘이 사건 각 법인세부과처분’이라 한다). 4) 피고 00지방국세청장은 2012. 5. 0. 원고의 소득금액 계산상 손금에 산입하지 아니한 이 사건 수수료와 2008 사업연도 인건비를 합한 0,000,000,000원[= 이 사건 수수료 00억 원 + 인건비 0,001만 원(= 이 사건 급여 중 김길동에 대한 2008 사업연도 급여 0,002만 원 + 방길동에 대한 2008 사업연도 급여 000만 원 + 정길동에 대한 2008 사업연도 급여 0,000만 원)], 2009 사업연도 인건비 00,000,000원(= 이 사건 급여 중 김길동에 대한 2009 사업연도 급여 0,000만 원 + 이 사건 급여 중 이길동에 대한 2009 사업연도 급여 0,000만 원 + 정길동에 대한 2009 사업연도 급여 0,000만 원), 2010 사업연도 인건비 00백만 원(= 이 사건 급여 중 김길동에 대한 2010 사업연도 급여 00,000,000원 + 이 사건 급여 중 이길동에 대한 2010 사업연도 급여 00,000,000원 + 김길동에 대한 퇴직금 0,000,000원)을 대표자 방ㅁㅁ에 대한 상여로 소득처분하여 원고에 대하여 별지 목록 기재와 같이 소득금액변동통지를 하였다(이하 ‘이 사건 각 소득금액변동통지처분’이라 하고, 이 사건 각 법인세 부과처분과 통칭하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). 마. 전심절차의 이행 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2012. 7. 0. 심판청구를 하였으나 조세심판원은 2014. 9. 0. 원고의 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 18, 22 내지 30호증, 을 제1, 5, 8호증(각 해당 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 각 처분의 적법 여부 가. 원고의 주장 1) 이 사건 수수료에 관하여 가) 이 사건 수수료는, 그린00이 2002년부터 명도 관련 업무를 계속 수행하고 00저축은행이 부동산 매각 관련 시장가격 형성에 기여하는 등 금융자문용역을 제공한 것에 대한 대가로 지급한 것이어서 원고의 사업과 관련된 비용이므로 손금에 산입하여야 한다. 나) 설령 이 사건 수수료가 손실보상금과 원고의 경영권 확보를 위하여 지급된 것으로 인정되어 손금에 산입되지 않는다 하더라도, 이 사건 수수료의 귀속자는 이득을 지배・관리한 그린00과 00저축은행이므로 ‘기타 사외유출’로 처분하여야 하고, 방ㅁㅁ에 대하여 상여처분을 하는 것은 그린00과 00저축은행이 이미 관련 소득에 대하여 법인세를 납부하였으므로 이중과세에 해당한다. 2) 이 사건 각 금원에 관하여 가) 원고는 2008. 4.경 1차 리조트사업에 투자하려고 하였는데, □□□사업이 종료되지 않은 상황에서 자금이 부족하여 우선 에프××××로 하여금 00리조트의 주주로 참여하여 투자하도록 하고, 2008. 9. 0. 에프××××에게 이 사건 00억 원을 대여금으로 지급하였다. 이는 원고의 목적 사업과 관련이 있어 특수관계자에 대한 업무무관 가지급금에 해당하지 않으므로, 피고가 이 사건 00억 원에 상당하는 차입금에 대한 지급이자를 2008 사업연도에 손금불산입한 것은 위법하다. 나) 1차 리조트사업의 시공사인 00건설 주식회사의 자금난 등으로 2008. 12.경 종료 예정이던 1차 리조트사업의 진행이 난항을 겪게 되자, 원고는 1차 리조트사업에 직접 참여하기로 하고 에프××××와 이 사건 1차 투자 약정을 체결하고 에프××××로부터 00리조트에 대한 주주권 전부를 양수하였다. 이러한 경위에 비추어 보면, 이 사건 00억 원의 성격은 대여금이 아니라 투자금에 해당한다. 따라서 원고가 에프××××에게 대여하였던 이 사건 00억 원을 투자금으로 전환한 것은 부당행위계산부인의 대상이 아니므로, 피고가 이 사건 00억 원에 관한 인정이자를 익금산입한 것은 위법하다. 다) AB7이 2008. 12.경 국토해양부장관이 고시한 ‘00개발촉진지구’ 예비사업자로 지정되어 예비사업자로서 수행하여야 할 생태조사, 지질조사 등의 용역을 수행하기 위한 자금이 필요한 상황에서 원고는 AB7과 이 사건 2차 투자 약정을 체결하고 이러한 투자로 발생한 수익을 분배받는 조건으로 이 사건 △△억 원을 지급한 것이므로 이 사건 △△억 원의 성격은 대여금이 아니라 투자금이다. 따라서 원고가 AB7에게 이 사건 △△억 원을 투자한 것은 부당행위계산부인의 대상이 아니므로, 피고가 이 사건 △△억 원에 관한 인정이자를 익금산입한 것은 위법하다. 3) 이 사건 급여 등에 관하여 가) 특수목적법인인 00리조트가 임직원을 둘 수 없어 1차 리조트 사업의 참여자인 원고가 1차 리조트 사업의 현장을 관리하던 00리조트의 대표 김길동에게 인건비를 지급하였고, 원고의 직원인 이길동을 현장에 파견하여 근무하도록 하고 이길동에게 인건비를 지급하였으므로, 이 사건 급여는 업무와 관련이 있는 경비로서 손금산입 대상이고, 소득처분의 대상이 아니다. 나) 설령 이 사건 급여를 업무와 관련 없는 비용으로 보아 손금불산입하더라도, 이 사건 급여와 방길동, 정길동에 대한 인건비, 김길동에 대한 퇴직금(이하 이를 통틀어 ‘이 사건 급여 등’이라 한다)은 실제로 이들에게 지급되었으므로 그 소득의 귀속자는 김길동, 이길동, 방길동, 정길동이다. 따라서 위 금액 전체를 대표자 방ㅁㅁ에 대한 상여로 소득처분한 이 사건 각 소득금액변동통지는 위법하다. 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다. 다. 판단 1) 이 사건 수수료에 관하여 가) 이 사건 수수료가 손금산입 대상인지 여부 (1) 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제1항, 2항에 의하면, 손금은 자본의 환급, 잉여금의 처분 등을 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 하는데, 이러한 손비는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것이어야 한다. (2) 인정사실 (가) 00저축은행의 100% 주주이던 AA 유한회사(상호가 2009. 11. 24. AABB 유한회사로 변경되었다) 직원이던 박아무개는 2008. 6. 18. 당시 00저축은행의 부장이던 이아무개(2008. 9. 1. 그린00로 이직하여 2012. 3.경 까지 부사장으로 근무하였다)에게 '□□□사업에 따른 수익을 배당받는 경우 배당금 전액의 30%를 익금불산입하지만, 감자하는 경우 (배당금-주식의 취득가액)×30%가 익금불산입되므로 전자가 법인세를 적게 내는 방법이다. 그런데 그린00과 00저축은행에 대한 감자 및 K○○의 원고 인수 형태로 □□□사업에 따른 수익 배분을 진행하고 있으므로, 감자로 인하여 배당의 경우보다 더 많이 부담하게 되는 법인세 0억 0천만 원을 K○○로부터 환수하고, K○○가 추가로 금액을 부담하여 총 00억 원씩을 00저축은행과 그린00에 지급하기로 하였다'는 내용의 전자우편을 보냈다. (나) 원고의 주주들인 그린00, 00저축은행, K○○(명의대여자인 신○○, 임○○ 포함)가 작성한 2008. 7. 0.자 ‘수익배분에 관한 합의서’의 주요 내용은 아래와 같다.

[갑]그린00, [을] K○○, 신○○, 임○○, [병] 00저축은행

전문

갑, 을, 병은 이 사건 부동산의 매입 및 리모델링 사업의 수익권자로서, 이 사건 부동산의 매각대금에서 원고가 부담하는 모든 채무액을 지급한 후 남은 잔액을 각 1/3씩 지급받을 권리를 보유하고 있다. 이에 갑, 을, 병은 수익배분과 관련하여 합의된 사항들을 정하기 위하여 아래와 같이 합의한다.

제1조 합의사항

갑, 을, 병은 아래와 같이 합의한다.

1. 갑과 병은 회사의 발행주식총수 00,000주 중에서 신○○ △,000주, 임○○ △,300주를 제외한 갑이 보유하는 0,000주 및 병이 보유하는 △,000주 전부를 2008. 9. 3. 또는 갑, K○○ 및 을이 합의하는 날(이하 ‘감자예정일’이라 한다)로 갑, K○○ 및 을이 합의하는 가액으로 유상감자함(이하 ‘본건 유상감자’라 한다)으로써 □□□사업에 따른 수익을 배분받고, 을은 본건 유상감자 이후 회사의 경영권을 확보함으로써 □□□사업에 따른 수익을 배분받기로 한다. …(생략)…

2. 제1항에도 불구하고 을은 회사로 하여금 갑과 병이 유상감자방식에 의하여 수익을 배분받음으로써 갑과 병에게 발생한 손실보조금 000,000,000원과 경영권을 확보한 대가인 000,000,000원의 합계 각 금 0,000,000,000원(부가가치세 별도, 이하 ‘정산금액’이라 한다)을 갑(또는 그 지정하는 자를 포함한다)과 병에게 각 지급하게 하여야 한다. 이는 회사가 본건 유상감자 이후 존재하는 회사의 자산을 재원으로 갑과 병에게 직접 지급하는 방식이고, 그 구체적인 지급시기 및 방법에 대하여는 당사자들이 별도로 합의하기로 한다.

3. 정산금액 지급은 향후 법인세 세율 변동 등의 사정이 모두 반영된 금액으로서, 당사자들의 합의에 의하여 수익배분의 방법이 변경되지 않는 한 정산금액의 조정은 없는 것으로 하고, 정산금액을 지급함으로 인하여 K○○나 K○○가 경영권을 행사하는 회사가 발생할 수 있는 정산금액에 대한 세무상 부인으로 인한 손해는 K○○와 회사가 부담하기로 한다.

6. K○○는 회사로 하여금 본건 수익배분 이후 세율의 변동으로 인하여 회사가 최종적으로부담하게 될 법인세와 주민세가 감소하는 경우 그 감소하는 금액(2008년 1월 1일부터 자본감소의 실행일까지의 기간으로 법인세 등을 산정하는 경우 세율 변동으로 인하여 감소하는 법인세 및 주민세 금액을 의미한다)의 1/3에 해당하는 금액을 갑과 병에 각 지급하도록 하여야 한다. 그 구체적인 지급의 시기는 2008년 회계기간에 대한 법인세 환급일로 하나, 회사의 경영권을 K○○가 인수한 이후에 원고의 자체 사업으로 인하여 원고의 수익이 증가하여 법인세를 추가로 납부하게 되는 경우에는 2008년 법인세 납부기한(2009. 3. 31.)에 지급하기로 하고, 지급확약을 위하여 K○○는 갑과 병이 요구하는 조치를 모두 이행하여야 한다.

8. K○○는 회사의 경영권을 확보한 이후 2008. 12. 31.까지 비경상적인 비용 등을 회사의계산으로 집행하여 반기 결산시 납부한 중간예납세액의 환급을 받을 수 있는 행위를 하여서는 아니 된다.

(다) 00저축은행의 대표이사 박사장은 2012. 0. 0. 세무조사 과정에서 2008. 9. 0. 감자는 불균등 감자로 주주별 순자산가액을 초과하여 감자대가를 지급할 수 없어 위 손실보조금 0억 0,000만 원과 경영권 확보대가 0억 0,000만 원 합계 00억원을 감자대가로 지급받지 않고, 별도 약정을 하여 받았다’라는 취지의 확인서를 제출하였다. (라) 그린00의 대표이사 노길동은 세무조사 과정에서 2012. 0. 0. ‘그린00과 00저축은행은 유상감자 방식으로 수익배분을 받음으로써 발생한 추가 법인세 부담에 대한 보상금 0억 0,000만 원과 K○○가 원고의 경영권을 확보한 대가 0억 0,000만 원에 대한 대가로 각 00억 원을 받기로 약정하였고, 주식회사 BBB컴파니(이하’BBB컴파니‘라 한다)를 통해 00억 원을 받았다’라는 취지의 진술을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제18, 35, 36호증, 을 제2, 3호증(해당 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지 (3) 위 인정사실 및 앞서 든 증거와 을 제4호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 방ㅁㅁ는 자신이 K○○를 통하여 실질적으로 원고의 1인 주주가 되면서 원고의 다른 주주들인 그린00과 00저축은행의 추가적인 법인세 부담 보전 및 경영권 확보의 대가로 지급하기로 한 돈을 원고로 하여금 그린00과 00저축은행에게 지급하도록 한 것으로 보아야 하므로, 이 사건 수수료는 원고의 사업과는 관련이 없는 것으로서 손금산입의 대상이 되지 않는다고 할 것이다. (가) 2008. 7. 0.자 수익배분에 관한 합의서에 이 사건 수수료가 ‘그린00과 00저축은행에게 발생한 손실보조금 0억 0,000만 원과 경영권 확보 대가인 0억0,000만 원의 합계 각 00억 원(부가가치세 별도)의 정산금액’이라고 명시되어 있고, 원고가 그린00과 00저축은행의 사업비용부담과 용역 제공에 대한 수수료를 지급한다는 내용은 없다. 2008. 7. 0.자 수익배분에 관한 합의서의 내용 및 이 사건 수수료의 지급 경위 등에 비추어 보면, 위 합의 이후 원고와 그린00, 00저축은행 사이에 체결된 약정은 이 사건 수수료를 지급하는 시기와 방법을 정하는 것에 불과하고, 이러한 약정이 있다고 하여 이 사건 수수료의 성격이 변하지는 않은 것으로 보인다. (나) 그린00의 대표이사 노길동은 세무조사 과정에서 ‘2008. 7. 0.자 수익배분에 관한 합의 이후 BBB컴파니와 원고 사이의 용역계약서를 소급하여 작성한 다음 원고로부터 명도비 명목으로 이 사건 수수료를 지급받기로 하였다’고 진술한 점, 원고는 이 사건 유상감자 전에 이미 그린00에게 초기사업비, 명도용역비, 이주비용 등의 명목으로 수수료를 지급한 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 원고 주장에 부합하는 민원처리관련 용역도급계약서(갑 제20호증)의 내용은 믿기 어렵다. (다) 00저축은행의 대표이사 박사장이 세무조사 과정에서 제출한 확인서에 ‘2008. 7. 0.자 수익배분에 관한 합의에 따라 금융자문용역계약서를 작성한 후 금융자문수수료 명목으로 2008. 9. 0. 00억 원의 계산서를 교부하였다’고 기재되어 있는데, 그 작성일자가 2007. 10. 0.인 점, 원고는 이 사건 유상감자 전에 이미 00저축은행에게 업무위탁수수료 등의 명목으로 수수료를 지급한 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 원고 주장에 부합하는 금융자문용역계약서(갑 제21호증)의 내용도 믿기 어렵다. (라) 원고 주장대로 이 사건 수수료가 그린00과 00저축은행이 □□□사업에 관한 비용부담과 용역제공에 대한 대가라면, 수익 배분을 위한 □□□ 사업의 수익 산정시 추가로 이 사건 수수료 00억 원을 차감하였어야 하는 것으로 보인다. 원고 주장과 달리 2008. 7. 0.자 수익배분에 관한 합의서에는 ‘원고가 본건 유상감자 이후 존재하는 회사의 자산을 재원으로 그린00과 00저축은행에게 직접 지급하는 방식’이라고 명시되어 있는 점에 비추어 보면, 이 사건 수수료 00억 원은 수익 산정시 고려되지 않았다. (마) □□□사업에 관하여 그린00과 00저축은행이 지출한 비용이나 제공한 용역이 상이함에도 원고는 그린00과 00저축은행에게 동일하게 00억원(부가가치세 제외)을 지급하였다. 나) 이 사건 수수료가 대표자 방ㅁㅁ에 대한 상여처분의 대상인지 여부 (1) 구 법인세법 제67조는 ‘제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여・배당・기타 사외유출・사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다’고 규정하고 있다. 그 위임을 받은 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항은, ‘법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다’고 규정하면서, 제1호에서, ‘익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 하고, 귀속자가 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다’고 규정하였다. 위 시행령 제106조 제1항 제1호가목 내지 라목에 의하면, ① 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당으로, ② 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여로, ③ 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출로, ④ 귀속자가 가목 내지 다목 외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득으로 한다고 규정하였다. 이러한 소득처분은 해당 자산이 사외에 유출된 경우에는 귀속자에 따라 상여 등으로, 해당 자산이 사내에 남아 있으면 사내유보로 하게 되는데, 이러한 사외유출과 사내유보는 궁극적으로 법인 이외의 자에게 소득이 귀속되었는지 여부에 따라 가려진다. 이와 같이 소득이 귀속되었다고 함은 경제적 측면에서 보아 현실로 이득을 지배・관리하면서 이를 향수하는 것이다. (2) 이 사건 수수료는 앞서 본 바와 같이 원고의 대표자인 방ㅁㅁ가 원고에 대한 경영권 확보 등에 대한 대가로 그린00과 00저축은행에게 지급하였어야 할 것인데, 이를 원고로 하여금 지급하도록 함으로써 방ㅁㅁ는 이 사건 수수료 상당의 채무를 면하는 이득을 향수하게 되었다. 따라서 이 사건 수수료 상당의 소득이 사외에 유출되어 방ㅁㅁ에게 귀속되었다고 보아야 하고, 이러한 방ㅁㅁ의 소득과 그린00, AA공영의 이 사건 수수료 소득은 별개의 소득이라 할 것이어서 이중과세의 문제가 발생하지 않으므로, 피고 00지방국세청장이 이 사건 수수료 상당액을 원고의 대표자 방ㅁㅁ에 대한 상여로 소득처분한 것은 적법하다. 2) 이 사건 각 금원에 관하여 가) 이 사건 00억 원에 관하여 (1) 인정사실 (가) 원고는 2005. 8.경 법인등기부에 부동산 개발, 임대, 분양업을 목적사업에 추가하였고, 현재까지 변동이 없다. (나) K○○와 □□자산운용 주식회사(이하 ‘□□자산’라 한다), 에프××××, AB7은 2008. 4. 0. 특수목적법인인 00리조트를 설립하고, 1차 리조트사업을 공동으로 시행하기로 약정하였다(이하 ‘이 사건 공동사업약정’이라 한다). 이들은 2008. 4. 0. 00리조트가 발행하는 신주와 회사채 등을 인수하기 위하여 설정되는 □□자산사모부동산투자신탁의 수탁회사인 주식회사 ◇◇은행(이하 ‘◇◇은행’이라 한다)과 ◇◇생명 주식회사(이하 ‘◇◇생명’이라 한다)와 사이에 각자가 수행할 업무와 책임의 범위 등을 정한 주주간 협약을 체결한 후 2008. 4. 0. 00리조트를 설립하였다. (다) ◇◇은행은 2008. 4. 00. 이 사건 공동사업약정의 당사자로 추가되었고, 같은 날 에프××××, AB7과 사이에 피담보채무를 이 사건 공동사업약정과 그 부속계약에 따른 에프××××와 AB7의 ◇◇은행에 대한 일체의 의무 불이행으로 인한 손해배상채무로, 채권최고액을 000억 원으로 하여 에프×××× 소유의 00리조트 주식 000만 주와 AB7 소유의 00리조트 주식 00만 주에 대하여 ◇◇은행을 위한 근질권을 설정하는 계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 근질권설정계약’이라 한다). (라) 원고는 2008. 9. 00. 에프××××에게 대출만기일을 2013. 9. 00.,이자율을 연 9%, 연체이자율을 연 15%로 정하여 00억 원을 대여하였다. (마) 원고와 에프××××가 2009. 9. 00. 체결한 이 사건 1차 투자 약정의 주요 내용은 아래와 같다.

전문

본 약정은 경기도 00군 00읍 소재 기존 00리조트 리모델링 사업(이하 ‘기존 리조트리모델링사업’)을 수행하는 특수목적법인(SPC)의 주요 지분투자자인 에프××××에 원고가 기존에 대여한 00억 원을 투자금으로 전환하여 주고, 원고가 에프××××의 동의및 협조 하에 경기도 00군 00읍 소재 산 0 외 00필지상에 추가 리조트 시설을 개발하는 사업(이하 ‘추가 리조트개발사업’)의 시행자로 사업을 진행하기 위한 목적으로 작성한다. …(생략)…

제1조(약정사항)

1. 원고는 본 약정 체결과 동시에 에프××××에 대여한 금 00억 원을 투자금으로 전환하여 주고, 에프××××는 기존 리조트리모델링사업(1단계) 시행자인 SPC의 주요 지분투자자로써 보유하고 있는 개발촉진지구 사업자지정 우선권을 포기하고 원고가 향후 00군으로부터 추가 리조트개발사업(2단계) 개발촉진지구의 시행자로 지정을 받을 수 있도록 모든 조치를 다하여야 한다.

2. 에프××××는 본 약정서 체결과 동시에 기존 리모델링사업(1단계) 시행자인 SPC의 주주로서 가지는 주주총회 참석 의결권 등 모든 권리를 원고에 양도하고, 기존에 □□자산운용에 설정한 주식근질권이 해제되는 즉시 원고에 주식을 이전하여 주기로 한다.

3. 원고가 향후 추가 리조트개발사업을 진행함에 있어 SPC의 다른 주주들의 동의 또는 협조가 필요한 경우 에프××××는 최선을 다하여 도와주어야 하며, 또한 원고가 SPC의 다른 주주들이 보유한 주식을 매입하기를 희망할 경우 에프××××는 거래가 성사될 수 있도록 다른 주주와의 중재 및 협상을 통하여 협조하기로 한다.

(바) 원고는 2008. 9. 00. 이 사건 00억 원을 장기대여금으로 회계처리하였다가 2009. 9. 00. 이 사건 00억 원을 기타 투자자산 계정으로 대체하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제24 내지 28, 39, 42호증(해당 가지번호 포함), 을 제5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 (2) 이 사건 00억 원이 업무무관 가지급금에 해당하는지 여부 (가) 구 법인세법 제28조 제1항 제4호 나목, 같은 법 시행령 제53조 제1항은 법인이 보유하고 있는 특수관계자에 대한 가지급금 등으로서 명칭 여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액에 상당하는 차입금의 이자는 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있다. 그리고 지급이자 손금불산입의 대상이 되는‘업무와 관련 없이 지급한 가지급금’에는 순수한 의미의 대여금은 물론, 채권의 성질상 대여금에 준하는 것도 포함되고, 적정한 이자율에 의하여 이자를 받으면서 가지급금을 제공한 경우도 포함되며, 가지급금의 업무관련성 여부는 당해 법인의 목적이나 영업내용을 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2008. 9. 25. 선고 2006두15530 판결 참조). (나) 원고로부터 이 사건 00억 원을 지급받은 에프××××가 방ㅁㅁ가 사실상 경영하는 회사라는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 에프××××는 구법인세법 제52조 제1항, 구 법인세법 시행령 제87조 제1항 제4호, 제1호에 따라 원고의 특수관계자에 해당한다. 그런데 앞서 본 사실관계와 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 부동산개발업 등을 목적 사업으로 영위하고 있는 회사인데, 원고가 특수관계자인 에프××××에게 00리조트 출자자금과 관련하여 이 사건 00억 원을 대여함으로써 부동산개발업인 1차 리조트사업에 간접적으로 참여한 것으로 볼 여지가 있는 점, ② 에프××××는 00리조트에 출자한 00억 원 중 일부를 차용하였고 이 사건 00억 원이 위 차용금 변제에 사용된 것으로 보이며, 에프××××나 방ㅁㅁ가 이 사건 00억 원을 1차 리조트사업과 무관한 다른 용도로 사용하였다고 볼 만한 증거는 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 00억 원이 업무무관 가지급금에 해당한다고 단정할 수 없다. (다) 따라서 피고 00세무서장이 이 사건 00억 원에 상당하는 차입금의 지급이자를 2008 사업연도의 손금에 산입하지 아니한 것은 위법하다. (3) 이 사건 00억 원의 투자금 전환행위가 부당행위계산 부인의 대상이 되는지 여부 (가) 구 법인세법 제52조 제1항, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호, 제89조 제3항은 법인이 특수관계자에게 무상으로 금전을 대여함으로써 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 과세관청이 이를 부당행위계산으로 보아 그에 관한 인정이자를 계산하여 익금에 산입할 수 있다고 규정하고 있다. 이러한 부당행위계산 부인은 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2010. 10. 28. 선고 2008두15541 판결 등 참조). (나) 위 인정사실과 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 이 사건 00억 원을 투자금으로 전환한 행위는 부당행위계산에 해당한다고 보기 어렵다. ① 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여서도 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있으므로 그것이 가장행위에 해당한다고 볼 특별한 사정이 없는 한 과세관청으로서는 납세의무자가 선택한 법률관계를 존중하여야 하는데(대법원 2011. 5. 13. 선고 2010두5004 판결 등 참조), 에프××××가 원고의 특수관계자이고 2009~2010 사업연도에 이 사건 00억 원을 장기차입금으로 회계처리하였다는 사정만으로는 이 사건 1차 투자 약정이 가장행위라고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. ② ◇◇은행, ◇◇생명 등 금융기관과 사모부동산투자신탁이 1차 리조트사업에 참여하였으므로, 이 사건 00억 원이 투자금으로 전환된 2009. 9. 00. 당시 1차 리조트사업의 실체가 없거나 1차 리조트사업의 수익성이 없었다고 보기 어렵다. 또한 이 사건 근질권설정계약의 피담보채무는 에프××××가 이 사건 공동사업약정과 그 부속계약에 따른 의무를 이행하지 않는 경우에 발생할 장래의 채무로서 1차 리조트사업이 문제없이 진행되었다면 에프×××× 소유의 00리조트 주식에 설정된 근질권이 소멸될 수 있었던 것으로 보이므로, 원고가 이 사건 00억 원을 투자금으로 전환한 대가로 양수한 에프××××의 00리조트 주주로서의 권리가 별다른 가치가 없는 것이었다고 단정할 수 없다. 따라서 이 사건 00억 원의 투자금 전환 행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 것이었다고 단정하기 어렵다. ③ 원고는 이 사건 00억 원을 투자금으로 전환한 뒤 2009~2010 사업연도에 이를 기타 투자자산으로 회계처리하였다. (다) 따라서 피고 00세무서장이 이 사건 00억 원의 투자금 전환을 부당행위계산으로 보아 이 사건 00억 원에 대한 인정이자를 2009~2010 사업연도의 익금에 산입한 것은 위법하다. 나) 이 사건 △△억 원의 지급이 부당행위계산 부인의 대상인지 여부 (1) 인정사실 (가) 경기도 00군수는 2010. 4. 0. 2차 리조트사업과 관련하여 구 지역균형개발 및 지방중소기업 육성에 관한 법률(2011. 5. 30. 법률 제10762호로 개정되기전의 것) 제16조에 따라 개발촉진지구 지역개발사업 시행자로 원고, AB7, 주식회사 0000파워를 지정하여 고시하였다. (나) 원고와 AB7은 2010. 5. 00. 주식회사 000엔지니어링과 사이에 주식회사 000엔지니어링은 환경영향평가 및 영향평가 지원용 설계용역, 실시계획인가 및 실시설계용역을 수행하고 원고는 용역대금으로 00억 0,000만 원을 지급하기로 하는 기술용역계약을 체결하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제31, 32호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지 (2) 원고로부터 이 사건 △△억 원을 지급받은 AB7이 방ㅁㅁ가 사실상 경영하는 회사라는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, AB7은 구 법인세법 제52조 제1항, 구 법인세법 시행령 제87조 제1항 제4호, 제1호에 따라 원고의 특수관계자에 해당한다. 그런데 앞서 본 사실관계에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 AB7에게 이 사건 △△억 원을 투자금으로 지급한 행위를 부당행위계산 부인의 대상이 된다고 보기 어렵다. (가) 이 사건 2차 투자 약정이 체결된 후 원고는 AB7과 함께 00군수로부터 개발촉진지구 지역개발사업 시행자로 지정되었고 이 사건 △△억 원을 환경영향평가 등을 진행하기 위한 초기사업비 등으로 사용하였으므로, 2차 리조트사업은 이 사건 2차 투자 약정의 내용에 부합하게 진행되었다. 따라서 AB7이 원고의 특수관계자이고 2009~2010 사업연도에 이 사건 △△억 원을 장기차입금으로 회계처리하였다는 사정만으로는 이 사건 2차 투자 약정이 가장행위라고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. (나) 원고는 AB7에게 이 사건 △△억 원을 투자금으로 지급하면서 1차 리조트사업에서 발생할 수익의 00%와 2차 리조트사업에서 발생할 수익 중 일부를 분배받기로 하였는데, 이 사건 △△억 원이 지급될 당시 1, 2차 리조트사업의 수익성이 없었다고 평가할 만한 자료가 없으므로, 원고가 투자 대가 없이 이 사건 △△억 원을 투자하였다고 단정할 수 없다. 따라서 원고가 이 사건 △△억 원을 투자금으로 지급한 행위를 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 거래였다고 단정하기 어렵다. (다) 원고는 2009~2010 사업연도에 이 사건 △△억 원을 기타 투자자산으로 회계처리하였다. (3) 따라서 피고 00세무서장이 이 사건 △△억 원의 투자금 지급을 부당행위계산으로 보아 이 사건 △△억 원에 대한 인정이자를 2009~2010 사업연도의 익금에 산입한 것은 위법하다. 3) 이 사건 급여 등에 관하여 가) 이 사건 급여가 손금산입의 대상인지 여부 (1) 을 제7호증의 1의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 급여는 가공인건비에 해당한다고 보아야 하고, 갑 제33호증의 기재는 믿기 어려우며, 갑 제34호증의 1 내지 5, 갑 제40, 41호증의 각 기재만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하고 달리 반증이 없다. (가) 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 일정한 과세요건 사실을 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 서명・날인되었다거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치를 쉽게 부인할 수는 없는데(대법원 2008. 9. 25. 선고 2006두8068 판결 등 참조), 원고의 형식상 대표이사이던 임사장은 세무조사 과정에서 ‘원고 회사에서 근무하지 않은 김길동과 이길동에게 급여 명목으로 이 사건 급여 상당의 돈을 지급하였다’는 취지의 확인서를 작성하여 제출하였다. (나) 원고가 이길동에게 지급하였다고 주장하는 급여에 대한 원고의 근로소득세원천징수확인서나 이길동의 근로소득세 납부자료가 제출되지 않았다. (다) 원고가 김길동에게 지급하였다고 주장하는 급여에 대하여 2008. 9.부터 2009. 11.까지의 이체 내역이 제출되지 않았다. (라) 원고 주장에 의하더라도 이 사건 급여가 지출될 당시 김길동은 원고의 임직원이 아니었다(피고는 김길동의 처 정△△가 방ㅁㅁ의 처 정길동의 친동생이라고 주장하고 있는데, 원고는 김길동과 방ㅁㅁ가 동서 관계라는 사실에 대하여 명백히 다투지 않고 있다). 또한 원고는 1차 리조트사업과 관련하여 00리조트의 주주인 에프××××에게 이 사건 00억 원을 대여하였을 뿐인데, 원고가 이러한 지위에서 00리조트의 대표이사이던 김길동에게 급여를 지급하여야 했던 사정이 있었다고 볼만한 자료가 부족하다. (3) 따라서 이 사건 급여는 가공인건비로서 손금산입의 대상이 되지 않는다고 할 것이다. 나) 이 사건 급여 등이 대표자 방ㅁㅁ에 대한 상여처분의 대상인지 여부 갑 제40, 41호증의 각 기재만으로는 이 사건 급여 등이 김길동, 이길동, 정길동, 방길동에게 실제로 지급되었다는 점을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 또한 원고는 세무조사 과정에서 이 사건 급여 등이 지출되었다가 원고에게 반납되었다고 주장하며 원고의 우리은행 및 신한은행 통장 사본(을 제7호증의 2)을 제출하였으나, 원고의 신한은행 계좌에 2011. 7. 0. 000,000,000원이 입금되고 원고의 우리은행 계좌에 2011. 10. 00. 000,530,000원이 입금되었다는 사정만으로 원고에게 이사건 급여 등이 반납되었다고 보기 어렵고 달리 이를 인정할 만한 증거도 없다. 그렇다면 이 사건 급여 등은 귀속이 불분명하므로 구 법인세법 제67조, 구법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서에 따라 대표자에게 귀속된 것으로 보아야한다. 따라서 이 사건 급여 등을 원고의 대표자 방ㅁㅁ에 대한 상여로 소득처분한 이 사건 각 소득금액변동통지처분은 적법하다. 4) 정당세액 가) 과세처분의 취소를 구하는 소송에 있어서의 심판대상은 과세관청이 부과 고지한 과세표준과 세액이 객관적으로 존재하는가의 여부이고, 부과처분에 의하여 인정된 과세표준과 세액이 정당한 과세표준과 세액에 비하여 과다한 경우에는 그 부과처분은 정당한 과세표준과 세액을 초과하는 범위에서만 위법하므로, 그 부분을 취소하여야한다(대법원 1989. 3. 28. 선고 88누6504 판결 참조). 나) 앞서 본 바와 같이 2008 사업연도 법인세 부과처분 중 이 사건 00억 원에 상당하는 차입금의 지급이자를 2008 사업연도의 손금불산입하고 이 사건 00억 원과 이 사건 △△억 원에 대한 각 인정이자를 2009~2010 사업연도의 익금에 산입한 부분은 부인되어야 한다. 이러한 점을 고려하여 정당세액을 산출하면, 별지 정당세액 계산표 기재와 같이 2008 사업연도 법인세의 경우 010,000,000원이고, 2010 사업연도의 경우 결손이 발생하여 고지할 법인세가 없다. 따라서 2008 사업연도 법인세 부과처분 중 위 010,000,000원을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 하고, 2010 사업연도 법인세 부과처분은 전부 위법하므로 취소되어야 한다. 3. 결론 그러므로 원고의 2008 사업연도 법인세에 관한 청구 중 위 정당세액을 초과한 부분 및 원고의 2010 사업연도 법인세에 관한 청구는 이유 있으므로 이를 인용하고, 원고의 피고 00지방국세청장에 대한 청구와 피고 00세무서장에 대한 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 각 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 관계 법령 ▣ 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다. ② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. ③ 「조세특례제한법」 제100조의18 제1항에 따라 배분받은 결손금은 제1항의 손금으로 본다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로정한다. 제27조(업무와 관련없는 비용의 손금불산입) 내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용중 다음 각호의 금액은 당해사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. 1. 당해법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령이 정하는 자산을 취득・관리함으로써 생기는 비용등 대통령령이 정하는 금액 2. 제1호 외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령이 정하는 것 제28조(지급이자의 손금불산입) ① 다음 각호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. 4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다) 가. 제27조 제1호의 규정에 해당하는 자산 나. 제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자에게 당해 법인의 업무와 관련없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령이 정하는 것 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 특수관계자 라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 부당행위계산 이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율・이자율・임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 시가 라 한다)을 기준으로 한다. ③ 내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계자와 거래한 내역이 기재된 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. ④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제67조(소득처분) 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여・배당・기타 사외유출・사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. ▣ 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것) 제19조(손비의 범위) 법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는것으로 한다. 3. 인건비 20. 그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액 제53조(업무무관자산등에 대한 지급이자의 손금불산입) ① 법 제28조 제1항 제4호 나목에서 대통령령이 정하는 것 이라 함은 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조제2항 각호의 1에 해당하는 금융회사 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금액을 제외한다. 제87조(특수관계자의 범위) ① 법 제52조 제1항에서 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자 라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 특수관계자 라 한다)를 말한다. 1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(「상법」 제401조의2제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족 2. 주주등(소액주주등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족 3. 법인의 임원・사용인 또는 주주등의 사용인(주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인외의 자로서 법인 또는 주주등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족 4. 제1호 내지 제3호에 해당하는 자가 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 다른 법인 5. 제4호 또는 제8호에 해당하는 법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50 이상을 출자하고 있는 다른 법인 6. 당해 법인에 100분의 50 이상을 출자하고 있는 법인에 100분의 50 이상을 출자하고 있는 법인이나 개인 7. 당해 법인이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 의한 기업집단에 속하는 법인인 경우 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원 8. 제1호 내지 제3호에 해당하는 자 및 당해 법인이 이사의 과반수를 차지하거나 출연금(설립을 위한출연금에 한한다)의 100분의 50 이상을 출연하고 그 중 1인이 설립자로 되어 있는 비영리법인 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율・요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다. 가. 제20조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 금전을 제공하는 경우 나. 주주등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주등인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택(기획재정부령으로 정하는 임차사택을 포함한다)을 제공하는 경우 ② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자간의 거래(특수관계자외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. …(후략)… ③ 제1항 제1호・제3호・제6호・제7호 및 제9호(제1항제1호・제3호・제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다. 제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다. ② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다. 1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다. 2. 「상속세 및 증여세법」 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호 및 동법 시행령 제57조 제1항・제2항의 규정을 준용함에 있어서 직전 6월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3월로 한다) 은 이를 각각 직전 6월 로 본다. ③ 제88조 제1항 제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 제1항 및 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 비율 중 해당 법인이 법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 선택하는 비율(선택하지 아니한 경우에는 제1호의 비율을 말한다)을 시가로 하되, 선택한 비율은 해당되는 모든 거래에 대하여 적용하고, 그 후의 사업연도에도 계속 적용하여야 한다. 다만, 제2호의 비율을 선택하였으나 그 이후 사업연도에 제2호의 비율의 적용이 불가능한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우에는 해당 사업연도에 한정하여 제1호의 비율을 시가로 할 수 있다. 1. 기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율 2. 기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율 ⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을계산한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다. 제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다. 1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다. 가. 귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여 다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 법 제94조의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제135조의 규정에 의한 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다. 라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득. ▣ 구 지역균형개발 및 지방중소기업 육성에 관한 법률(2011. 5. 30. 법률 제10762호로 개정되기 전의 것) 제16조(시행자) ① 개발촉진지구안에서 시행되는 지역개발사업(이하 지구개발사업 이라 한다)은 다른 법률의 규정에 불구하고 다음 각호의 자가 이를 시행할 수 있다. 1. 국가, 지방자치단체 2. 대통령령이 정하는 정부투자기관 3. 「지방공기업법」에 의한 지방공사(이하 지방공사 라 한다) 4. 제1호 내지 제3호에 규정된 자외의 자로서 지구개발사업의 시행자로 지정받은 자 ② 지구개발사업(국가 또는 지방자치단체가 직접 시행하는 경우를 제외한다)에 대하여는 관할시장・군수 또는 구청장이 다음 각 호의 사항을 고려하여 대통령령이 정하는 바에 따라 시행자를 지정하여야 한다. 이 경우 지구개발사업에 소요되는 재원의 조달 또는 개발기술의 활용을 위하여 필요하다고 인정되는 경우에는 2이상의 시행자를 공동시행자로 지정할 수 있으며, 지구개발사업이 2 이상의 시・군・구에 걸치는 경우로서 시장・군수 또는 구청장간에 협의가 이루어지지 않는 때에는 광역시장 또는 도지사가 시행자를 지정할 수 있다. 1. 개발계획에 의한 사업내용 및 규모 2. 소요재원의 조달능력 3. 지역개발사업 시행능력 및 경험 4. 다른 지역개발사업과의 연계성 등 ④ 광역시장・도지사 또는 시장・군수・구청장(이하 지정권자 라 한다)이 제2항의 규정에 의하여 시행자를 지정한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 내용을 고시하여야 한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2014구합72590

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[ 참조조문 ]

구법인세법 시행령 제106조

조세특례제한법 제100조

법인세법 시행령 제87조 제88조 제106조

소득세법 제135조

동법 시행령 제57조

상속세 및 증여세법 제38조 제63조