+ - 북마크 저장 [행정] 1심사건

인천지방법원 2012.04.05 선고 2011구합4415 판결

최저한세 적용대상 세액공제와 최저한세 적용배제 세액감면이 동시에 적용되는 경우 세액감면이 먼저 적용됨[국패] 구 조특법 제132조의 최저한세 규정이 적용되는 연구 및 인력개발비 세액공제와 최저한세 규정이 적용되지 아니하는 외국인투자세액감면이 동시에 적용되는 경우 그 적용순서는 구 법인세법 제59조에 따라 연구 및 인력개발비 세액공제에 앞서 외국인투자세액감면이 먼저 적용되는 것임

사 건	2011구합4415 법인세부과처분취소
원 고	AAAAAAAA코리아반도체 주식회사
피 고	부천세무서장
변 론 종 결	2012. 3. 22.
판 결 선 고	2012. 4. 5.

【주문】 1. 피고가 2010. 3. 22. 원고에 대하여 한 2004사업연도 귀속 법인세 000원의 부과처분 중 000원 및 2005사업연도 귀속 법인세 000원의 부과처분 중 000원을 각 취소한다. 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 【청구취지】 주문과 같다(소장 기재 2004사업연도 법인세 ’000백만원’은 오기임이 명백하다). 【이유】 1. 처분의 경위 가. 원고는 1998. 12. 28. 미국법인인 BBBBBBBB이 100% 출자하여 설립한 외국인 투자기업으로, 1999. 3. 11. 당시 재정경제부장관으로부터 구 외국인투자촉진법(1999. 5. 24. 법률 제5982호로 개정되기 전의 것) 제9조 제1항, 제2항에 따라 트랜지스터, 다이오드, 아나로그IC 제조사업(이하 ’이 사건 감면사업’이라고 한다)으로 인한 소득에 대한 법인세 중 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도부터 7년간은 그 전액을, 이후 3년간은 그 50%를 각 감면하는 ’외국인투자법인세감면’ (이하 ’외투감면’이라고 한다) 결정을 받았고, 이에 대하여 1999. 5. 24.부터는 조세특례 제한법이 적용되면서 구 조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 조세특례제한법’이라고 한다) 제10조에 따른 ’연구 및 인력개발비 세액공제’와 동 시에 적용받게 되었다. 나. 원고는 2002사업연도, 2004사업연도 및 2005사업연도 각 법인세를 신고 ・ 납부 하면서 아래와 같이 원고의 산출세액에서 먼저 외투감면을 한 후 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하였다. 다. 피고는 최저한세가 적용되는 연구 및 인력개발비 세액공제를 먼저 적용한 다음 최저한세가 적용되지 않는 외투감면을 적용하는 방법으로 다음과 같이 세액을 산출하고 2010. 3. 22. 원고에 대하여 2004사업연도 법인세 000원(증빙불비가산세 000원 및 신고불성실가산세 000원 포함) 및 2005사업연도 법인세 000원(신고불성실가산세 000원 포함)을 경정 • 고지하는 이 사건 처분을하였다. 라. 이에 대하여 원고가 2010. 6. 17. 조세심판원에 심판청구를 제기한바, 조세심판원 은 2011. 6. 14. 2004사업연도 법인세 중 증빙불비가산세 000원 부분만을 인용하고 나머지 심판청구는 기각하는 결정을 하였고, 피고가 위 결정에 따라 2004사업 연도 법인세 중 000원을 차감하여 2004사업연도 법인세는 000원으로 감액 경정되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1호증의 1, 2, 3의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 처분의 적법 여부 가. 당사자의 주장 (1) 원고 세액감면과 세액공제가 동시에 적용되는 경우 별도의 규정이 없는 한(원고는 구 조세특례제한법 제132조 제1항이 ’별도의 규정’에 해당하지 않는다고 주장한다) 구 법인세법 (2010.12.30.법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제59조 제1항에 따라 ① 세액감면, ② 세액공제의 순서로 적용하여야 한다. 피고가 이와 달리 ③ 세액공제, ④ 세액감면의 순서로 적용한 것은 위법하므로 청구취지 기재와 같이 이 사건 처분의 취소를 구한다[원고가 취소를 구하는 범위는 이 사건 처분 중 각 신고불성실가산세 부 분을 제외한 2004사업연도 법인세 000원 및 2005사업 연도 법인세 000원 부분이다]. (2) 피고 외투감면은 ’최저한세가 적용되지 않는 세액공제감면’이고, 연구 및 인력개발비 세액공제는 ’최저한세가 적용되는 세액공제감면’인데, 구 조세특례제한법 제132조 제1항의 최저 한세 규정은 내국법인 등의 각 사업연도의 소득에 대하여 ’최저한세가 적용되지 않는 세액공제감면 등’을 적용하기 전 단계에서 ’최저한세가 적용되는 세액공제감면’을 적용 하여 법인세를 계산하기 위한 규정이어서, 공제감면의 순서를 정한 구 법인세법 제59 조의 특별규정에 해당하므로, 피고가 위 제132조에 따라 ① 최저한세가 적용되는 연구 및 인력개발비 세액공제, ② 최저한세가 적용되지 않는 외투감면의 순서로 공제, 감면 한 것은 적법하다. 나. 관계 법령 별지 기재와 같다. 다. 판단 이 사건의 쟁점은 구 조세특례제한법 제132조의 최저한세 규정이 적용되는 연구 및 인력개발비 세액공제와 위 최저한세 규정이 적용되지 아니하는 외투감면이 동시에 적용되는 경우 그 적용의 순서인바, 아래와 같은 사정을 종합하면, 구 법인세법 제59조에 따라 연구 및 인력개발비 세액공제에 앞서 외투감면을 먼저 하여야 한다고 보는 것이 타당 하다. (1) 외투감면은 구 법인세법 제59조 제1항 제1호의 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면에 해당하고, 연구 및 인력개발비 세액공제는 구 법인세법 제59조 제1항 제3호 의 이윌공제가 인정되는 세액공제에 해당하므로, 법인세법 및 다른 법률에서 적용순위 에 관한 ’별도의 규정’이 없으면 연구 및 인력개발비 세액공제보다 외투감면이 먼저 적용되어야 한다. (2) 구 조세특례제한법 제132조 제1항, 같은 법 시행령(2007.2.28.대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제126조 제2항은 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 산출함에 있어 ’최저한세 적용대상이 아닌 갑면 등’을 하지 아니하고 산출한 세액에서 ’최저한세가 적용되는 감면 등’을 한 후에 남는 세액을 산출하여 그 세액이 최저한세에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분은 감면 등을 하지 아니한다고 규정 하고 있는데, ① 법문상 ’최저한세가 적용되는 감면 등의 한도’를 정하는 방법을 규정 하고 있을 뿐, 최저한세가 적용되지 않는 감면과의 적용순서를 직접적으로 표현하고 있지 아니한 점, ② 구 조세특례제한법 제132조 제1항은 먼저 ’최저한세 적용대상이 아닌 감면 등’을 하지 아니한 세액을 산출할 것을 전제로 하고 있는데, 이는 세액 산출의 적용순서를 정한 것이라기보다는 ’최저한세 적용대상인 감면 등’을 하고 나서 법인세를 산출할 경우 그 법인세에서 다시 ’최저한세 적용대상인 감면 등’을 하는 것은 ’최저한세 적용대상인 감면 등’을 이중으로 하는 셈이 되므로 ’최저한세 적용대상인 감면 등’은 하지 아니하고 법인세를 산출하는 것은 당연하다는 점에서 그 취지를 별도로 규정하지 않았고, ’최저한세 적용대상이 아닌 감면 등’을 할 것인지 여부만을 규정한 것으로 보 이는 점, ③ 이 사건과 달리 ’최저한세 적용대상이 아닌 감면 등’이 소액이고, ’최저한 세 적용대상이 아닌 감면 등’과 ’최저한세 적용대상인 감면 등’이 모두 적용되어도 납부할 세액이 있어 이월공제액이 발생되지 않는 경우에는, 감면등의 적용순서의 차이에도 불구하고 세액에 별다른 차이가 없고, 나아가 이 사건과 같이 감면 등의 적용순 서의 차이에 따라 이윌공제액에서 차이가 발생하는 경우에도, 구 조세특례제한법 제132조 제1 항에 따라 산출되는 최저한세액은 변동이 없으므로, 구 조세특례제한법 제132조의 규정에 최저한세액의 산출과 연관된 ’감면의 적용순서’가 내포되어 있다고 보기 어려운 점, ④ 구 조세특례제한법 시행령 제126조 제5항은 납세의무자가 신고한 법인세액이 최저한세에 미달하여 법인세를 경정하는 경우에 ’최저한세 적용대상인 감면 등’의 범위 내에서 배제순서를 정하고 있는 규정인 점 등을 종합하면, 구 조세특례제한법 제132조를 구 법인세법 제59조 제1항이 정한 공제감면 순서의 예외를 정한 ’별도의 규정’으로 보기 어렵다. (3) 피고는 ’최저한세 적용대상인 감면 등’의 우선 적용의 근거로 구 법인세법 시행규칙(2006.3.14.재정경제부령 제497호로 개정되기 전의 것) 제82조 제1항 제3호 별지 제3호 서식 ’법인세 과세표준 및 세액조정계산서’, 같은 항 제4호 별지 제4호 서식 ’최저한세조정계산서’ 등 서식의 작성요령도 들고 있으나 이는 법인세법 제60조 제2항 제2호, 구 법인세법 시행령(2008.2.22.대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것) 제 97조 제3항에서 법인세의 신고 ・ 납부에 필요한 행정절차로서 규정한 서식에 관한 것에 불과하여, 상위법령인 구 법인세법 제59조가 정한 공제감면의 적용순서의 예외를 정한 ’별도의 규정 ’으로 볼 수 없다. (4) 한편 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정된 현행 조세특례제한법 제132조 제3항에서는 최 저한세가 적용되는 감면 등과 그 밖의 감면 등이 동시에 적용되는 경우 최저한세가 적용되는 감면 등을 먼저 적용한다고 규정함으로써(이 사건의 경우 위 조항을 적용하면 최저한세가 적용되는 연구 및 인력개발비 세액공제가 최저한세가 적용되지 않는 외투 감면에 앞서 적용된다) 구 법인세법 제59조 제1항에서 정한 적용순서와 달리 감면순서 를 정하고 있으나, 헌법 제59조가 정한 조세법률주의의 원칙에 비추어 위 조항을 구 법인세법 제59조 제1항, 구 조세특례제한법 제132조 제1항의 해석상 당연한 감면순서를 확인하는 조항으로 볼 수 없는 이상, 이 사건 각 법인세의 사업연도 이후에 신설된 위 조항을 이 사건 처분에 적용할 수 없다. 라.소결 따라서 원고의 2004사업연도 및 2005사업연도 각 법인세액 산정에 있어서 외투감면에 앞서 연구 및 인력개발비 세액공제를 먼저 적용한 피고의 이 사건 처분은 위법하다. 3. 결 론 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2011구합4415

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

외국인투자촉진법 제9조

조세특례제한법 제10조 제132조

헌법 제59조

조세특례제한법 시행령 제126조

법인세법 제59조 제60조

법인세법 시행규칙 제82조