+ - 북마크 저장 [행정] 항소사건

대전고등법원 2007.08.17 선고 2005누164 판결

냉장료, 매입수수료를 대행매출액으로 본 과세처분의 적법 여부[국패] 냉장창고업을 영위하면서 발생하는 냉장료, 매입수수료는 제조원가를 구성하는 항목이므로 이를 수입금액으로 본 당해 과세처분은 결과적으로 위법함

【주 문】 1. 당심에서 확장된 원고의 청구를 포함하여 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다. 피고가 2002. 5. 15. 원고에게 한 1997년도 귀속분 종합소득세 889,991,434원의 부과처분 중 108,815,404원을 초과하는 부분, 1999년도 귀속분 종합소득세 352,752,056원의 부과처분 중 25,094,020원을 초과하는 부분을 각 취소한다. 2. 소송총비용은 피고가 부담한다. 【이 유】 1. 처분의 경위 가. 원고의 사업 운영 (1) 원고는 ‘○○수산’이라는 상호로 수산물도매업을 영위하는 사람으로서, 그 외 창고업과 부동산임대업도 영위하고 있다. (2) ○○수산의 운영형태에 관하여 보면, 원고는 ○○시 ○○동 ○○에 주사무소를, ○○에 분사무소를 각 설치하여 ○○주사무소(이하 ‘○○직매장’이라 한다.)에서는 선어(鮮魚)를 매입하여 도매업체 등에 판매하고, ○○분사무소(이하 ‘○○사무소’라 한다)에서는 선어를 매입하여 도매업체에 판매하는 이외에 수산물 도 · 소매업자의 매입의뢰에 따라 원고의 계산으로 매입한 선어를 매입의뢰자에게 판매하는 형태로 ○○수산을 운영하고 있는데, ○○직매장에서는 판매할 선어를 어민들이나 수산업협동조합 등으로부터 매입하는 외에 사무소로부터 발송받기도 하여 ○○직매장과 ○○사무소 사이에 내부거래가 이루어지기도 한다. 원고는 ○○직매장과 ○○사무소에서 이루어지는 거래내역에 대한 장부로 당일의 매출내역을 기재하는 판매운영일보와 월별로 직계된 매출액 및 매입액, 부대비용, 순손익 등을 기재하는 가정산내역서, 매출액명세서, 손익계산서 등의 가정산서를 작성 · 비치하고 있는데, 원고는 직접 매입한 선어를 도매업체에 판매하는 거래형태를 ‘자사’, 매입의뢰에 따라 매입한 선어를 매입의뢰자에게 판매하는 거래형태를 ‘대행’, ○○직매장과 ○○사무소간의 내부거래를 ;직매장‘으로 구분하여 장부를 기재하고 있다. 나. 원고를 1997년도 귀속 종합소득금액을 338,742,117원, 1999년도 귀속 종합소득금액을 100,335,051원으로 산정하여 1997년도 귀속분 종합소득세로 108,815,404원, 1999년도 귀속분 종합소득세로 25,094,020원을 각 신고 · 납부하였는데, 이에 대하여 피고는 다음과 같이 경정을 거듭하여 1997년도 및 1999년도 귀속분 종합소득세를 각 확정 부과하였다(아래의 각 증액경청처분은 최종경정처분인 2002. 5. 15.자 증액경정처분에 흡수되었으므로, 2002. 5. 15.을 기준으로 원고에게 1997년도 귀속분 종합소득세 889,991,434원, 1999년도 귀속분 종합소득세 352,752,056원의 부과처분이 있었다고 보아 이를 ‘이 사건 처분’이라 한다). (가) 1997년도 귀속분 종합소득세

구분	증액경정처분일
구분	1999. 7. 13.	2002. 2. 4.	2002. 5. 15.
종합소득금액	493,582,037원	576,690,782원	1,678,551,853원
과세표준	487,482,037원	570,590,782원	1,672,451,853원
산출세액	171,980,814원	205,224,312원	645,916,741원
세액공제(배당)	1,241,442원	1,241,442원	1,241,442원
가산세액	16,981,262원	127,246,626원	245,316,135원
총결정세액	187,720,634원	331,229,496원	889,991,434원
기납부세액	108,815,404원	108,815,404원	108,815,404원
추가고지세액	78,905,230원	60,227,151원	641,993,649원

(나) 1999년도 귀속분 종합소득세

구분	증액경정처분일
구분	2002. 2. 4.	2002. 5. 15.
종합소득금액	289,329,023원	584,466,995원
과세표준	284,139,023원	579,366,995원
산출세액	100,655,609원	218,746,798원
가산세액	72,279,034원	134,005,258원
총결정세액	172,934,643원	352,752,056원
기납부세액	25,094,020원	25,094,020원
추가고지세액	146,404,293원	179,817,413원

(*피고는 2001. 8. 13. 1999년도 귀속분 종합소득세에 대한 신고불성실가산세 1,436,330원을 부과하였다.) (2) 피고는 이 사건 처분 당시 ○○수산의 1997년도 및 1999년도 수입금액 및 필요경비에 대한 실지조사를 하였고, 그 결과 아래와 같이 원고가 누락한 것으로 조사된 수입금액 및 필요경비를 각 수입금액과 필요경비에 추가 산입하여 ○○수산의 소득금액을 산정하고, 그 외 이자소득금액 및 부동산임대소득금액 등의 조정을 거쳐 원고의 1997년도 및 1999년도 귀속 종합소득금액을 증액결정한 다음, 1997년도 및 1999년도 귀속분 종합소득세의 과세표준 및 세액을 증액경정하였다. 이 사건에서는 쟁점이 되는 ○○수산의 소득금액에 대해서만 살펴보기로 한다. (가) 1997년도 귀속분 종합소득세 원고는 ○○수산의 1997년도 수입금액(매출액)을 42,722,549,664원, 필요경비를 43,058,058,206원(그 중 매입액은 40,563,340,837원), 소득금액을 -335,508,542원으로 산정하여 신고하였다. 이에 대하여 피고는 ○○직매장의 매출액은 ○○직매장의 월별 가정산내역서에 근거하여, ○○사무소의 매출액은 ○○사무소의 판매운영일보에 근거하여 각 매출액을 조사하였는데, ○○직매장의 매출액을 3,518,971,000원으로, ○○사무소의 매출액을 42,771,536,589원(총매출액 44,093,070,319원-○○직매장으로의 매출액 1,177,983,180원- 반품액 143,550,550원)으로 각 산정하고, ○○사무소의 월별 가정산내역서 및 실적손익계산서에 근거하여 ○○사무소의 대행수수료를 3,199,513,042원으로 산정하여, ○○수산의 1997년도 수입금액을 49,490,020,664원으로 산정하였다. 피고는 또한 ○○직매장의 월별 가정산내역서 및 ○○사무소의 월별 가정산내역서에 근거하여 1,096,113,687원(○○직매장의 충매입원가 2,867,592,000원-○○사무소에서 ○○직매장으로의 매출액 1,771,478,313원)을 ○○직매장의 추가 매입액으로 인정하고(피고는 위 매입액을 추인하면서 계산서 교부의무불이행을 이유로 보고불성실가산세 10,691,136원을 부과하였다), 여기에 대손상각비 1,573,500,000원을 합한 2,669,613,687원을 추가 필요경비로 인정하여 ○○수산의 1997년도 필요경비를 48,725,546,835원으로 산정한 다음, ○○수산의 1997년도 소득금액을 764,473,829원(49,490,020원-48,725,546,835원)으로 산정하였다. 피고는 그 외 이자소득금액 등의 조정을 거쳐 원고의 1997년도 귀속 종합소득금액을 신고 종합소득금액인 338,742,117원보다 1,339,809,736원이 증가한 1,678,551,853원으로 증액결정하고 이를 기초로 1997년도 귀속분 종합소득세액 총결정세액을 889,991,434원으로 증액경정결정하였다. (나) 1999년도 귀속분 종합소득세 원고는 ○○수산의 1999년도 수입금액(매출액)을 46,025,010,281원, 필요경비를 45,969,197,896원, 소득금액을 55,812,385원으로 산정하여 신고하였다. 이에 대하여 피고는 ○○직매장의 매출액은 ○○직매장의 월별 가정산내역서에 근거하여, ○○사무소의 매출액은 ○○사무소의 월별 매출액명세서에 근거하여 각 매출액을 조사하여 ○○직매장의 매출액을 2,721,312,308원(총매출액 2,861,320,602원-○○직매장과 ○○사무소간의 내부거래액 140,008,294원)으로, ○○사무소의 매출액을 43,745,949,000원(자사매출액 17,595,751,000원+대행매출액 26,151,198,000원)으로 각 산정하고, ○○사무소의 월별 영업외수익 내역서에 근거하여 ○○사무소의 대행수수료를 1,353,637,519원으로 산정하여, ○○수산의 1999년도 수입금액을 47,820,893,000원으로 산정하였다. 피고는 또한 ○○직매장의 월별 가정산내역서에 근거하여 852,858,904원(○○직매장의 총매입원가 2,588,971,000원-○○사무소에서 ○○직매장으로의 매출액 1,731,434,000원-수협으로부터의 매입액 4,678,000원, 천원 미만의 금액은 확인 안됨)을 ○○직매장의 추가 매입액으로 인정하고(피고는 위 매입액을 추인하면서 계산서교부의무불이행을 이유로 보고불성실가산세 8,528,589원을 부과하였다), 여기에 대손상각비 480,999,000원을 합한 1,333,857,904원을 추가 필요경비로 인정하여 ○○수산의 1999년도 필요경비를 47,430,523,044원으로 산정한 다음, ○○수산의 1999년도 소득금액을 390,369,956원(47,820,893,000원-47,430,523,044원)으로 산정하였다. 피고는 그 외 임대소득 등의 조정을 거쳐 원고의 1999년도 귀속 종합소득금액을 신고 종합소득금액인 100,335,051원보다 484,131,944원이 증가한 584,466,995원으로 증액결정하고 이를 기초로 1999년도 귀속분 종합소득세액 총결정세액을 352,752,056원으로 증액경정결정하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 감 제5, 6호증, 감 제20호증의 4, 감 제30호증, 갑 제31호증의 2, 4, 갑 제32호증의 2, 4, 을 제6호증, 을 제26호증의 16, 을 제28호증의 1, 을 제32호증, 을 제48호증의 1 내지 11의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 원고의 주장 원고는 다음과 같은 사유로 피고가 ○○수산의 사업소득금액을 과다 산정하여 한 이사건 처분은 위법하다고 주장한다. 가. 1997년도 귀속분 종합소득세 (1) 수입금액의 과다 산정 (가) ○○사무소의 대행수수료 3,119,513,042원 판매운영일보상의 대행매출액은 대행수수료를 포함한 금액으로 당초 원고가 신고한 매출액 42,722,549,664원에는 이미 대행수수료가 포함되어 있음에도, 피고는 신고에서 누락된 것으로 보고 대행수수료로 3,119,513,042원을 인정한 후 이를 수입금액에 산입하였다. 설령 신고매출액에 대항수수료가 포함되어 있지 않다고 하더라도, 피고가 대행수수료로 인정한 위 3,199,513,042원은 기간수수료 및 냉장료, 매입수수료, 매입부대비용의 합계액으로, 그 중 냉장료 736,352,163원과 매입수수료 269,092,896원 합계 1,005,445,059원은 제조원가를 구성하는 금액이므로 이를 수입금액으로 볼 수 없고, 매입부대비용 1,550,765,070원 역시 수익 항목이 아닌 비용 항목이므로 이를 수입금액으로 불 수 없다. 한편 위 매입부대비용 1,550,765,070원에 포함된 1997년 6월 실적손익계산서상의 부대비 497,130,687원 중 484,130,487원은 ‘○○수산’의 이○○와의 대행거래에 관한 것으로, 피고의 주장과 같이 위 484,130,487원을 대항수수료로 본다고 하더라도 이○○에 관한 기존의 대행매출분이 1997. 3. 26.을 기점으로 자사매출로 전환되어 자사매출로 계상되었으므로, 자사매출액에서 위 금액만큼을 차감하여야 한다. (나) ○○사무소와 ○○직매장 사이의 내부거래분 56,529,000원 피고가 ○○사무소의 매출액을 결정하면서 내부거래로 인정한 1,117,983,180원에는 ○○사무소가 ‘○○수산’의 이○○으로부터 처분권한을 위임받은 대행매출분을 ○○직매장으로 발송한 매품가액 25,313,000원과 ○○사무소가 창고에 보관하지 않고 배위에서 직접 ○○직매장으로 발송한 물품가액 31,216,000원 합계 56,529,000원이 포함되어 있지 않으므로, 위 금원을 ○○사무소의 매출액에서 차감하여야 한다. (2) 필요경비의 누락 (가) ○○직매장이 수산업협동조합으로부터 매입한 생물(生物)구입액810,794,400원 피고는 ○○직매장의 사업소득금액을 산정하면서 ○○직매장이 1997년 수산업협동조합으로부터 매입한 생물구입액 810,794,400원을 필요경비에 반영하지 않았다. (나) ○○사무소의 매입액 1,696,697,389원 피고는 판매운영일보 및 월별 가정산내역서, 실적손익계산서를 근거로 실지조사의 방법에 의하여 ○○사무소의 누락 수입금액을 인정하였으므로, ○○사무소의 매입액을 결정함에 있어서도 실지조사의 방법에 의하여 위 가정산내역서 등에 기재된 지출내역 및 관력 증빙자료에 근거하여 위 누락 수입금액에 대응하는 누락 필요경비를 조사하고 그 금액을 결정하여야 함에도 불구하고 누락 필요경비를 전혀 인정하지 않았다. 그런데 ○○사무소와 ○○직매장의 가정산서에 의하면 각 사무소의 매입액의 합계액은 43,356,152,226원이므로, 위 금액에서 피고가 매입액으로 인정한 41,659,454,837원을 공제한 나머지 1,696,697,389원을 ○○사무소의 누락 매입액으로 보아 이를 필요경비로 추가 인정하여야 한다. (다) 누락 매입액 2,792,811,389원 ○○사무소와 ○○직매장의 가정산서상의 총매입액 43,356,152,226원에서 원고가 당초 매입액으로 신고한 40,563,340,837원을 공제한 나머지 2,792,811,389원은 누락된 매입액으로서, 이를 필요경비로 추가 인정하여야 한다. (라) ○○직매장의 ○○사무소로부터의 매입액 671,927,680원 ○○사무소의 판매운영일보에 의하면 ○○사무소에서 ○○직매장으로 발송한 내부거래금액인 ‘직매장매출분’이 단가의 기재 여부에 따라 단가기재분과 단가미기재분으로 구분되는데, 단가기재분 1,234,512,180원과 단가미기재분 1,208,893,500원 합계 2,443,405,680원에서 피고가 필요경비로 인정한 1,771,480,000원을 차감한 671,927,680원을 ○○직매장의 매입액으로 추가 인정하여 이를 필요경비에 산입하여야 한다. (3) 보고불성실가산세 10,691,136원 원고가 ○○ 연근해 어민들로부터 선어를 구입한 거래는 부가가치세법상 계산서교부의무가 면제되는 거래로 원고에게는 매입처별계산서합계표를 제출할 의무가 없으므로, 피고가 1997년도 필요경비로 매입액 1,069,113,687원을 추인하면서 계산서교부의무불이행을 이유로 보고불성실가산세 10,691,136원을 부과한 것은 위법하다. 나. 1999년도 귀속분 종합소득세 (1) ○○사무소의 매출액 과다 계상 피고는 ○○사무소의 매출액을 산정함에 있어 1997년도 매출액의 산정과 마찬가지로 판매운영일보를 기준으로 하여야 함에도 이보다 신빙성이 떨어지는 월별 매출액명세서를 기준으로 하는 잘못을 범했다. 따라서 월별 매출액명세서상의 매출액 43,745,949,000원과 판매운영일보상의 매출액 42,952,135,000원과의 차액인 793,814,000원은 수입금액에서 제외되어야 한다. 설령 월별 매출액명세서를 기준으로 ○○사무소의 매출액을 산정한다고 하더라도 자사매출분 중 대행매출로 거래형태가 전환되었음에도 자사매출에 이중으로 계상된 534,257,000원은 수입금액에서 제외되어야 한다. (나) ○○사무소의 대행수수료 1,353,637,519원 판매운영일보상의 대행매출액은 대행수수료를 포함한 금액으로 당초 원고가 신고한 매출액 46,025,010,281원에는 대항수료가 포함되어 있음에도, 피고는 이를 신고수입금액에서 누락된 것으로 보고 대행수수료로 1,353,637,519원을 인정한 후 이를 수입금액에 산입하였다. 설령 신고매출액에 대행수수료가 포함되어 있지 않다고 하더라도, 피고가 대행수수료로 인정한 위 1,353,637,519원은 기간수수료 및 냉장료, 매입수수료, 매입부대비용등의 합계액으로, 그 중 냉장료 306,469,961원과 매입수수료 285,551,554원 합계 595,021,515원은 제조원가를 구성하는 금액이므로 이를 수입금액으로 불 수 업속, 매입부대비용 77,290,824원 역시 수익 항목이 아닌 비용 항목이므로 이를 수입금액으로 볼 수 없다. (다) 반품총액 105,440,100원 피고는 1999년도 수입금액을 산정하면서 반품총액 105,440,100원을 차감하지 아니하였으므로, 위 반품총액은 수입금액에서 제외하여야 한다. (2) 필요경비의 누락 (가) ○○직매장이 수산업협동조합으로부터 매입한 생물(生物)구입액 181,761,000원 ○○직매장은 1999년 수산업협동조합으로부터 186,439,000원 상당의 생물을 구입하였는데, 그 중 피고가 인정한 4,678,000원을 공제한 나머지 181,761,000원을 필요경비에 가산하여야 한다. (나) ○○사무소의 필요경비 251,228,000원 피고는 월별 매출액명세서 등을 근거로 실지조사의 방법에 의하여 ○○사무소의 누락 수입금액을 인정하였으므로, ○○사무소의 매입액을 결정함에 있어서도 실지조사의 방법에 의하여 위 누락 수입금액에 대응하는 누락 필요경비를 조사하고 그 금액을 결정하여야 함에도 불구하고 누락 필요경비를 전혀 인정하지 않았다 .그런데 1999년 ○○사무소에서 실제 매입한 금액은 1,992,372,700원으로 원고는 그 중 1,741,144,700원에 대해서만 계산서를 발행받았는바, 실제 매입액과 계산서 발행금액의 차액인 251,228,000원은 당초 신고시 매입액에서 누락된 것이므로 이를 필요경비로 추가 인정하여야 한다. (3) 보고불성실가산세 8,528,589원 원고가 ○○ 연근해 어민들로부터 선어를 구입한 거래는 부가가치세법상 계산서교부의무가 면제되는 거래로 원고에게는 매입처별계산서합계표를 제출할 의무가 없으므로, 피고가 1999년도 필요경비로 매입액 852,858,904원을 추인하면서 계산서교부의무불이행을 이유로 보고불성실가산세 8,528,589원을 부과한 것은 위법하다. 3. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다. 4. 판단 가. 1997년도 귀속분 종합소득세 부분 주장에 대하여 (1) ○○사무소의 대행수수료 3,199,513,042원의 과다 계상 여부 갑 제5호증, 갑 제20호증의 1, 을 제32호증의 각 기재에 의하면 ○○사무소의 1997년도 월별 가정산내역서와 실적손익계산서에는 대행매출액 항목과는 별도로 기간수수료 및 매입수수료(사료수익), 냉장료, 마진수익, 부대비, 출고상차비 등의 항목을 두거나, 대행분수입이라는 항목 아래 기간수수료 등의 세부 항목을 두어 대행매출액외의 대행거래로 인한 수입을 기장하고 있으나, 1997년도 판매운영일보에는 대행매출의 수량 및 단가, 매출액 항목 외에 대행수수료 등 대행거래로 인한 수입에 관한 별도의 항목이 기장되어 있지 않은 사실, 피고는 위 가정산내역서와 실적손익계산서상의 별도 항목에 기재된 금원의 합계액인 3,199,513,042원을 대행수수료로 산정하여 1997년도 수입금액에 추가 산입한 사실을 인정할 수 있는데, 위 인정사실에 의하면 위 판매운영일보상의 대행매출액에는 대항수수료 등 대행거래로 인한 수입이 포함되어 있지 않고 원고가 수입금액 신고시 이를 누락한 것으로 추인되며, 이와 달리 신고 수입금액에 대행수수료가 포함되어 있다는 취지의 당심 증인 김○○의 증언은 이를 믿기 어렵고 그밖에 반증이 없으므로, 피고가 대행수수료 등 대행거래로 인한 수입을 수입금액에 가산한 것은 일응 정당하다 할 것이다. 그러나 냉장료와 매입수수료에 관하여 살펴보면, 갑 제5호증, 을 제 26호증의 15 내지 19, 을 제 42호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 원고는 ○○시 수석동 1167을 사업장으로 하여 냉장창고업을 운영하고 있으나 ○○사무소에는 별도의 냉장창고를 보유하고 있지 않은 점, 원고는 제조원가명세서를 작성하면서 냉장료와 매입수수료를 제조경비로 기재한 점 등에 비추어 보면, 위 냉장료와 매입수수료는 제조원가를 구성하는 금액으로 대행거래에 소요되는 비용으로 봄이 상당하므로, 피고는 대행수수료로 산정한 3,199,513,042원 중 냉장료 736,352,163원과 매입수수료 269,092,896원 합계 1,005,445,059원을 제외하여야 할 것이다(원고가 소득 신고시 위 냉장료 및 매입수수료에 관한 신고를 누락하였음을 인정할 증거가 없으므로, 이를 필요경비에 추가 산입하지는 않는다). 한편 을 제32호증의 기재에 의하면, 피고는 대행거래로 인한 수입을 산정하면서 위 가정산내역서 및 실적손익계산서상의 별도 항목 중 출고상차비와 부대비를 매입부대비용으로 분류한 사실이 인정되나, 앞서 인정한 바와 같이 원고는 출고상차비와 부대비도 대행분수입으로 보아 장부에 기재한 사정을 고려하면 특별한 사정이 없는 이상 위 장부상의 출고상차비와 부대비 역시 대행거래로 인한 수입으로 보아야 할 것인바, 이와 달리 출고상차비와 부대비는 비용에 해당한다는 원고에 주장에 대하여는 당심 증인 김○○의 증언만으로는 이를 인정하기에 부족하고 그밖에 이를 인정할 증거가 없으므로, 출고상차비와 부대비를 비용으로 보아 그 합계액 1,550,765,070원을 위 3,199,513,042원에서 제외하여야 한다는 원고의 주장은 이유 없다. 다만 갑 제5호증, 갑 제23호증의 1 내지 3, 갑 제25호증의 각 기재와 당심 증인 이○○, 김○○의 각 증언(김○○의 증언 중 앞에서 배척하는 부분 제외)에 변론 전체의 취지를 종합하면, 1997년 6월분 실적손익계산서상의 부대비 497,130,687원 중 484,130,687원은 이○○(‘○○수산’ 경영)과의 대행거래에 관한 것으로, 위 금액 상당의 대행매출분에 관한 처분권이 이○○의 승낙 아래 1997. 3. 26.을 기점으로 원고에게 이전되었고 이에 따라 이○○은 원고에게 대행거래에 따른 수수료 등을 지급하지 않은 사실, 원고에게 처분권이 이전된 위 대행매출분은 장부상 자사매출로 계상된 사실이 인정되므로, 위 금액을 대행수입에서 차감하여야 할 것이다. (2) ○○사무소와 ○○직매장 사이의 내부거래분 56,529,000원의 매출액 공제 여부 갑 제20호증의 4(갑 제20호증의 6은 갑 제20호증의 4의 일부 서류임), 을 제28호증의 1의 각 기재에 의하면, 원고는 ○○사무소의 1997년도 판매운영일보를 작성함에 있어 거래내역을 ‘자사’, ‘대행’, ‘직매장’, ‘○○’, ‘선측도’로 구분하여 판매운영일보 하단에 각 거래내역의 당일 판매수량 및 판매수량 및 판매액을 집계하였는데, 그 중 ‘직매장’은 ○○사무소에서 ○○직매장으로의 거래분을, ‘○○’은 ○○수산과의 거래분을, ‘선측도’는 선상에서의 거래분을 가리키는 사실, 피고는 ‘직매장’으로 집계된 판매액의 합계액인 1,177,983,180원을 ○○사무소와 ○○직매장간의 내부거래분으로 인정하여 이를 ○○사무소의 매출액에서는 공제한 사실, 그런데 4월 9일, 4월 11일, 4월 16일, 5월 2일, 5월 3일, 5월 8일, 7월 22일, 7월 29일, 9월 19일, 9월 20일, 9월 22일, 9월 24일, 10월 7일, 12월 22일자 각 판매운영일보에는 ○○직매장으로 발송된 내역 중 판매액 합계 25,313,000원 상당 부분이 ‘직매장’의 집계 판매액에서 누락된 대신 ‘○○’의 판매액으로 집계되어 있고, 9월 24일자 및 10월 7일자 각 판매운영일보에는 ○○직매장으로 발송된 판매액 합계 31,216,000원 상당 부분이 ‘직매장’의 판매액으로 집계되지 않고 ‘선측도’의 판매액으로 집계된 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면 내부거래분 중 ‘직매장’의 판매액으로 집계되지 않은 위 25,313,000원과 31,216,000원 합계 56,529,000원도 ○○사무소의 매출액에서 공제하여야 할 것이므로, 원고의 위 부분 주장은 이유 있다. (3) ○○직매장이 수산업협동조합으로부터 매입한 생물구입액 810,794,400원의 필요경비 산입 여부 갑 제29호증의 1, 2의 각 기재에 의하면 ○○직매장에서 1997년 ○○수산업협동조합 등으로부터 합계 810,794,400원 상당의 생물을 구입한 사실은 인정되나, 을 제49호증의 기재에 의하면 원고는 소득신고 당시 위 생물구입액을 비용에 포함하여 신고한 사실을 인정할 수 있으므로, 위 생물구입액을 필요경비에 추가 산입하여야 한다는 원고의 주장은 이유 없다. (4) ○○사무소의 매입액 1,696,697,389원의 필요경비 산입 여부 과세관청이 실지조사방법에 의하여 소득에 대한 과세표준과 세액을 결정하면서 당초 신고에서 누락된 수입금액을 발견한 경우에 이에 대응하는 매입원가 등의 필요경비가 별도로 지출되었음이 장부 기타 증빙서류에 의하여 밝혀지는 등 특별한 사정이 없는 이상 이는 총수입금에 대응하는 총필요경비에 이미 포함되어 있는 것으로 볼 것이고, 이 경우 누락수입에 대응하는 필요경비에 관한 신고를 누락하였다고 하여 그 공제를 받고자 하는 납세의무자는 그 누락사실을 주정 · 입증하여야 한다(대법원 2003. 11. 27.선고 2002두2673 판결 참조). 이 사건의 경우, 앞서 인정한 바와 같이 피고는 실지조사에 의하여 ○○수산의 누락된 수입금액을 6,767,471,000원(결정 수입금액 49,490,020,664원-신고 수입금액 42,722,549,664원)으로 결정하였는바, 이에 대하여 원고는 ○○사무소의 누락 수입금액에 대응하는 ○○사무소의 매입액 1,696,697,389원이 누락되었으므로 위 누락매입액을 필요경비에 추가 산입하여야 한다고 주장한다. 그러므로 살피건대 원고가 증거로 들고 있는 갑 제5,6호증의 각 기재에 의하면, ○○사무소와 ○○직매장의 1997년도 월별 가정산내역서 내지 실적손익계산서에 의할 경우, ○○사무소의 1997년도 매입액은 40,488,560,226원, ○○직매장의 당해 연도 매입액은 1,096,113,687원(○○사무소로부터의 매입분 제외. 원고는 ○○사무소로부터의 매입액 1,771,478,000원도 ○○직매장의 매입액에 포함하여야 한다고 주장하나, ○○사무소의 매출액을 산정함에 있어 ○○직매장으로의 매출액을 차감하는 이상 그에 대응하는 매입액을 ○○직매장의 매입액에서 차감하여야 할 것이다)으로, ○○수산의 당해 연도 매입액은 41,584,673,913원(40,488,560,226+1,096,113,687원)이 되어 피고에 의하여 인정된 매입액 41,659,454,524원(신고 매입액 40,563,340,837원+추가 인정된 ○○직매장 매입액 1,096,113,687원)에 미치지 못하게 되므로, 갑 제5,6호증의 각 기재만으로는 ○○사무소의 매입액 중 1,696,697,389원이 누락되었다는 원고의 주장을 인정하기에 부족하고, 그밖에 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고늬 위 부분 주장은 이유 없다. (5) 매입액 2,792,811,389원의 필요경비 산입 여부 앞서 본 바와 같이 ○○수산의 1997년도 매입액은 41,584,673,913원으로, 피고에 의하여 인정된 매입액 41,659,454,524원에 미치지 못하므로, 2,792,811,389원이 매입액에서 누락되었다는 원고의 주장은 이유 없다. (6) ○○직매장의 ○○사무소로부터의 매입액 671,927,680원의 필요경비 산입 여부 ○○직매장의 ○○사무소로부터의 매입은 내부거래에 해당하는 것으로 그 매입액은 필요경비에 산입하여야 할 성질의 것이 아니므로(○○사무소로부터 ○○직매장으로의 매출액 역시 수입금액에 산입되지 않는다), ○○직매장의 ○○사무소로부터의 매입액 671,927,680원을 필요경비에 추가 산입하여야 한다는 원고의 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다. 다만 위 주장에는 ○○사무소의 매출액에서 피고가 인정하지 않은 ○○직매장으로의 매출액 671,927,680원을 추가로 공제하여야 한다는 주장이 포함된 것으로 볼 수 있으므로, 이에 대하여 살펴보기로 한다. 갑 제60호증(갑 제20호증의 4의 일부 서류임)의 기재에 의하며, 원고는 ○○사무소의 1997년도 판매운영일보를 작성함에 있어 ○○직매장으로의 일부 매출분에 대해서는 작성 당시 그 단가를 기재하지 않다가 이후 단가를 보충기재한 사실은 인정되나, 나아가 보충기재한 단가가 정당한 시가를 반영하는지 여부에 대해서는 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다. (7) 보고불성실가산세 10,691,136원 부과처분의 위법 여부 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제160조의2 제2항 단서, 같은법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18173호로 개정되기 전의 것) 제208조의2 제1항 제5호에 의하면, 원고가 ○○ 연근해 어민들로부터 선어를 구입한 거래는 부가가치세법상 계산서교부의무가 면제되는 거래로 원고에게는 매입처별계산서합계표를 제출할 의무가 없으므로, 피고가 1997년도 필요경비로 매입액 1,096,113,687원을 추인하면서 계산서교부의무불이행을 이유로 보고불성실가산세 10,691,136원을 부과한 것은 위법하다. 따라서 원고의 위 부분 주장은 이유 있다. (8) 소결 이상을 종합하여 보면, 이 사건 처분의 기초가 된 원고의 1997년도 귀속 종합소득금액 1,678,551,853원에서 냉장료 및 매입부대비용 합계 1,005,445,059원, 이00과의 대행거래분 중 자사매출로 전환된 484,130,687원, 내부거래분 56,529,000원을 공제하면 종합소득금액은 132,447,107원이 되어 결국 당초 원고가 신고한 종합소득금액을 초과하여 인정되는 종합소득금액은 없게 되므로, 1997년도 귀속분 종합소득세에 관한 이 사건 처분 중 신고 당시 결정세액인 108,815,404원을 초과하는 부분은 위법하여 이를 취소하여야 할 것이다. 나. 1999년도 귀속분 종합소득세 부분 주장에 대하여 (1) ○○사무소의 매출액 과다 계상 여부 피고가 ○○사무소의 매출액을 산정함에 있어 1997년 매출액은 판매운영일보에 근거하여, 1999년도 매출액은 월별 매출액명세서에 근거한 사실, 판매운영일보는 당일의 매출액이 매일 기재되어 있는 데 반해 월별 매출액명세서는 월별로 집계된 매출액이 기재되어 있는 사실은 앞서 본 바와 같은바, 판매운영일보와 월별 매출액명세서 모두 원고가 작성 · 비치한 장부로 위 각 장부는 작성경위나 내용에 비추어 볼 때 독립된 과세자료로서의 가치가 있다고 할 것이므로, 피고가 1997년도 및 1999년도 매출액을 산정하면서 근거자료를 달리하였다고 하여 어떠한 위법이 있다고 할 수 없다. 또한 월별 매출액명세서의 작성시 월별 매출액을 집계하는 과정에서 판매운영일보가 주된 기초자료로 이용된다는 점, 판매운영일보는 매출 이후의 반품이나 단가변동분 등을 반영하기가 곤란하나 월별 매출액명세서는 이러한 사정을 반영할 수 있는 점 등을 고려해 보면, 월별 매출액명세서 기재내용의 정확성이 판매운영일보에 비해 떨어진다고도 할 수 없다. 따라서 ○○사무소의 1999년도 매출액을 산정함에 있어 판매운영일보를 기준으로 하여야 한다는 원고의 주장은 이유 없다. 다만 피고가 월별 매출액명세서에 근거하여 산정한 ○○사무소의 1999년도 매출액 43,745,949,000원 중 534,257,000원이 중복 산정된 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 매출액에서 위 금액을 공제하기로 한다. (2) ○○사무소의 대행수수료 1,353,637,519원의 과다 계상 여부 잡 제16호증, 을 제32증, 을 제48호증의 1 내지 11의 각 기재에 의하면, ○○사무소의 1999년 월별 영업외수익 내역서에는 기간수수료 및 매입수수료, 냉장료, 상차비, 출고비, 창고부대비, 판장부대비, 기타이자 등의 항목을 두어 대행매출액 외의 대행거래로 인한 수입 등이 기장되어 있으나, 1999년도 판매운영일보에는 대행매출의 수량 및 단가, 대행매출액 항목 외에 대행수수료 등 대행거래로 인한 수입에 관한 별도의 항목이 기장되어 있지 않은 사실, 피고는 위 영업외수익 내역서상의 항목에 기재된 금원의 합계액 1,353,637,519원을 대행수수료로 산정하여 1999년도 수입금액에 추가 산입한 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면 위 판매운영일보상의 대행매출액에는 대행수수료 등 대행거래로 인한 수입이 포함되어 있지 않고 따라서 원고가 당초 수입금액 신고시 이를 누락한 것으로 봄이 상당하므로, 피고가 대행수수료를 수입금액에 가산한 것은 일응 정당하다 할 것이다. 그러나 냉장료와 매입수수료는 앞서 1997년도 귀속분 종합소득세 부분에서 살핀 바와 같이 제조원가를 구성하는 금액으로 대행거래에 소요되는 비용으로 봄이 상당하므로, 피고가 대행수수료로 산정한 1,353,637,519원 중 냉장료 309,469,961원과 매입수수료 285,551,554원 합계 595,021,515원을 공제하여야 할 것이다(원고가 소득 신고시 위 냉장료 및 매입수수료에 관한 신고를 누락하였음을 인정할 증거가 없으므로, 이를 필요경비에 추가 산입하지 않는다). 한편 을 제32호증의 기재에 의하면, 피고는 대행거래로 인한 수입을 산정하면서 위 월별 영업외수익 내역서의 항목 중 상차비, 출고비, 창고부대비, 판장부대비, 부대비를 매입부대비용으로 분류한 사실이 인정되나, 앞서 살핀 바와 같이 원고가 위 상차비 등을 영업외수익으로 보아 장부에 기재한 사정을 고려하면 특별한 사정이 없는 이상 위 상차비 등은 대행거래로 인한 수입으로 보아야 할 것인바, 이와 달리 위 상차비등은 비용이라는 원고의 주장에 대해서는 이를 인정할 증거가 없으므로, 위 상차비 등을 비용으로 보아 그 합계액 77,290,824원을 위 1,353,637,519원에서 제외하여야 한다는 원고의 주장은 이유 없다. (3) 반품총액 105,440,100원의 매출액 공제 여부 피고가 ○○사무소의 1999년도 매출액을 산정함에 있어 반품총액 105,440,100원을 공제하지 않은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, ○○사무소의 매출액에서 위 반품총액을 공제한다. (4) ○○직매장이 수산업협동조합으로부터 매입한 생물(生物)구입액 181,761,000원의 필요경비 산입 여부 갑 제29호증의 3, 4의 각 기재에 의하면 ○○직매장에서 1999년 ○○수산업협동조합 등으로부터 합계 181,761,000원 상당의 생물을 구입한 사실은 인정되나, 을 제50호증의 기재에 의하면 원고는 소득신고 당시 위 생물구입액을 비용에 포함하여 신고한 사실을 인정할 수 있으므로, 위 생물구입액을 필요경비에 추가 산입하여야 한다는 원고의 주장은 이유 없다. (5) ○○사무소의 필요경비 251,228,000원의 추가 산입 여부 갑 제 43호증 내지 갑 제54호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ○○사무소의 1999년 매입 사례 중 매입액 합계 1992,372,700원에 상당하는 매입과 관련하여 원고는 매입처로부터 실제 매입액보다 감액된 금액으로 계산서를 발행받았는데 이와 같이 발행받은 계산서상의 매입액 합계액이 1,741,144,700원인 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면 실제 매입액과 계산서 발행 금액의 차액인 251,228,000원은 당초 소득신고시 매입액에서 누락된 것으로 봄이 상당하므로 이를 필요경비에 추가 산입하기로 한다. 따라서 원고의 위 부분 주장은 이유 있다. (6) 보고불성실가산세 8,528,589원 부과처분의 위법 여부 앞서 1997년도 귀속분 종합소득세 부분에서 살핀 바와 같이 당시 시행되던 소득세법 및 같은 법 시행령에 의하면 원고가 ○○ 연근해 어민들로부터 선어를 구입한 거래는 부가가치세법상 계산서교부의무가 면제되는 거래로 원고에게는 매입처별계산서합계표를 제출할 의무가 없으므로, 피고가 1999년도 필요경비로 매입액 852,858,904원을 추인하면서 계산서교부의무불이행을 이유로 보고불성실가산세 8,528,589원을 부과한 것은 위법하므로, 원고의 위 부분 주장은 이유 있다. (7) 소결 이상을 종합하여 보면, 이 사건 처분의 기초가 된 1999년도 귀속 종합소득금액 584,466,995원에서 중복산정 매출액 534,257,000원, 냉장료 및 매입부대비용 합계 595,021,515원, 반품총액 105,440,100원, 누락 매익액 251,228,000원을 공제하면 결국 당초 원고가 신고한 종합소득금액을 초과하여 인정되는 종합소득금액은 없게 되므로, 1999년도 귀속분 종합소득세에 관한 이 사건 처분 중 신고 당시 결정세액인 25,094,020원을 초과하는 부분은 위법하여 이를 취소하여야 할 것이다. 5. 결론 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 당심에서 확장된 청구를 포함하여 제1심 판결을 주문과 같이 변경한다. 관계 법령 ○ 소득세법 제14조 [과세표준 계산] ② 종합소득에 대한 과세표준(이하 “종합소득과세표준”이라 한다)은 제16조 내지 제47조의 규정에 의하여 계산한 이자소득금액 · 배당소득금액 · 부동산임대소득금액 · 사업소득금액 · 근로소득금액 · 일시재산소득금액과 기타소득금액의 합계액에서 종합소득공제를 한 금액으로 한다(2000. 12. 29. 법률 제6292호로 개정되기 전의 것). ○ 소득세법 제19조 [사업소득] ② 사업소득금액은 당해연도의 총수입금액에서 이에 소요된 필요경비를 공제한 금액으로 한다. ○ 소득세법 제24조 [총수입금액의 계산] ① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액의 계산은 당해연도에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액에 의한다. ○ 소득세법 제27조 [필요경비의 계산] ① 부동산임대소득금액 · 사업소득금액 · 일시재산소득금액 · 기타소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용의 합계액으로 한다(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것). ○ 소득세법 제70조 [종합소득 과세표준 확정신고] ① 당해연도의 종합소득금액이 있는 거주자는 그 종합소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. ○ 소득세법 제80조 [결정과 경정] 2000. 12. 29. 개정 ② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준확정신고를 한 자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다(2000. 12. 29. 법률 제6292호로 개정되기 전의 것). 1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때 ○ 소득세법 시행령 제142조 [과세표준과 세액의 결정 및 경정] ① 법 제80조의 규정에 의한 과세표준과 세액의 결정 또는 경정은 과세표준확정신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 실지조사에 의함을 원칙으로 한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2005누164

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