부산고등법원 2023.01.18 선고 2022누21061 판결

급여 및 접대비 손금불산입 판단요건[일부패소] 【사 건】 2022누21061 법인세등부과처분취소 【원 고】 주식회사 ○○○ 【피 고】 B세무서장 【제1심판결】 부산지방법원 2022. 4. 29. 선고 2021구합24002 판결 【변 론 종 결】 2022. 11. 9. 【판 결 선 고】 2023. 1. 18. 【주 문】 1. A세무서장이, 가. 2018. 11. 1. 원고에 대하여 한 2013 사업연도 법인세 부과처분 중 40,695,731원(가산세 포함), 2014 사업연도 법인세 부과처분 중 66,138,841원(가산세 포함), 2017 사업연도 법인세 부과처분 중 35,519,409원(가산세 포함), 나. 2021. 2. 9. 원고에 대하여 한 2015 사업연도 법인세 부과처분 중 68,590,606원(가산세 포함), 다. 2021. 10. 14. 원고에 대하여 한 2016 사업연도 법인세 부과처분 중 492,494,825원(가산세 포함)을 각 취소한다. 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 【청 구 취 지】 주문과 같다[원고는 당초 A세무서장을 상대로 과세처분의 취소를 구하는 소를 제기하여 원고의 청구를 인용하는 제1심판결을 선고받았다. A세무서장의 항소에 따라 진행된 당심에서 A세무서장은 위 처분과 관계되는 권한의 승계에 따른 피고경정신청을 하였고, 이 법원은 2022. 6. 27. 행정소송법 제14조 제6항, 제13조 제1항 단서에 따라 피고를 B세무서장으로 경정함을 허가하였다. 이 경우 종전의 피고에 대한 소송은 취하된 것으로 보고(행정소송법 제14조 제6항, 제5항), 새로운 피고에 대한 소송은 처음에 소를 제기한 때에 제기된 것으로 보므로(같은 조 제6항, 제4항), 종전 피고인 A세무서장에 대한 소는 취하 간주되어 제1심판결은 실효되었다. 이 법원에 이르러 원고는 청구취지를 주문과 같이 변경하였다. 이에 따라 이 법원의 심판대상은 경정된 피고인 B세무서장에 대한 주문 기재 처분의 취소청구이다]. 【이 유】 1. 처분의 경위 가. 원고는 1986. 1. 11. 선박용품제조업 등을 목적으로 설립된 법인이다. 나. A세무서장은 2018. 3. 26.부터 2018. 9. 30.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 후 2018. 11. 1. 다음과 같은 처분사유를 들어 2013 사업연도 법인세 636,791,243원(가산세 포함, 이하 같다), 2014 사업연도 법인세 1,090,377,197원, 2015 사업연도 법인세 1,750,614,690원, 2016 사업연도 법인세 1,697,027,203원, 2017 사업연도 법인세 1,047,061,327원을 각 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 당초 처분’이라 한다)을 하였고, 이후 별지 1 처분내역 기재와 같이 2021. 2. 9. 2015 사업연도 법인세 증액경정, 2021. 7. 28. 2013 내지 2017 사업연도 법인세 감액경정, 2021. 9. 2. 2015 사업연도 법인세 감액경정, 2021. 10. 14. 2016 사업연도 법인세 증액경정을 각 하였다(이하 2013, 2014, 2017 사업연도 당초 법인세 부과처분, 2015, 2016 사업연도 증액경정된 법인세 부과처분을 ‘이 사건 각 처분’이라 한다) 1) 이 사건 제1 처분사유(가공거래 관련) 원고는 2014. 2. 17.부터 2017. 12. 31.까지 주식회사 C(이하 ‘C’이라 한다)과 체결한 각 업무대행계약에 따라 C로부터 조선기자재나 선박부품의 제조에 필요한 물품들 및 관련 용역을 공급받고 그에 관한 공급가액 합계 약 477억 원의 세금계산서를 발급하였으나, 위 거래는 실체가 없는 위장업체인 C과 원고 사이에 재화나 용역의 실제 공급 없이 이루어진 가공거래에 해당하므로, 원고의 관련 매입세액을 불공제하고 C의 이익금 합계 약 56억 원을 특수관계법인 간 가공거래를 통하여 지출된 업무무관경비로 보아 손금불산입하여 각 사업연도 소득에 가산하였다. 2) 이 사건 제2 처분사유(감사 급여 및 접대비 관련) 원고는 감사 D에게 2013년부터 2017년까지 5년간 급여로 합계 607,654,067원(이하 ‘이 사건 급여’라 한다)을 지급하였고, D은 원고 명의의 법인카드로 합계 44,240,311원의 접대비(이하 ‘이 사건 접대비’라 한다)를 지출하였으나, D은 실제 감사업무를 수행하지 않았으므로, 이 사건 급여 및 접대비를 손금불산입하였다. 3) 이 사건 제3 처분사유(직무발명보상금 관련) 원고가 2016년 대표이사 E에게 지급한 직무발명보상금 1,036,599,000원(이하 ‘이 사건 직무발명보상금’이라 한다)은 발명진흥법상 절차 규정을 준수하지 않아 발명진흥법에서 정한 ‘정당한 보상금’에 해당하지 않으므로, 위 금액을 손금불산입하고 연구ㆍ인력개발비 세액공제 적용을 배제하였다. 4) 이 사건 제4 처분사유(매출누락 관련) 원고가 2013년부터 2017년까지 5년간 업무보조대장에 기재되어 있는 합계 16,665,989,894원의 매출을 누락하였으므로 위 금액을 익금산입하였다. 다. 원고는 조세심판원에 위 각 처분사유의 위법성을 주장하면서 이 사건 당초 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 6. 3. 이 사건 제4 처분사유에 대하여는 재조사를 통하여 과세표준과 세액을 경정하라는 취지의 재조사결정을 하고, 원고의 나머지 심판청구(이 사건 제1 내지 3 처분사유)에 대해서는 기각결정을 하였다. 라. 피고는 2022. 10. 25. 이 사건 제1 처분사유 및 이 사건 제2 처분사유 중 D이 사용한 것으로 인정되지 않는 접대비 부분과 관련한 부과처분을 직권으로 취소하였다(제1심에서 처분사유가 위법하다고 판단된 부분으로, 취소된 세액은 별지 1 처분내역의 ‘직권 취소’란 기재와 같다). 마. 이 사건 제2 처분사유 중 직권 취소되지 않은 부분(이하 ‘이 사건 제2 처분사유’라고만 한다)과 관련한 부과처분 및 이 사건 제3 처분사유와 관련한 부과처분의 세액합계는 아래와 같다(원고가 당심에서 취소를 구하는 부분이다). 귀속 사업연도 세액 합계(가산세 포함) 2013 40,695,731원 2014 66,138,841원 2015 68,590,606원 2016 492,494,825원 2017 35,519,409원 합계 703,439,412원 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 45 내지 50호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 각 처분의 적법 여부 가. 원고의 주장 이 사건 각 처분 중 이 사건 제2, 3처분사유와 관련하여 부과된 세액 부분은 아래와 같은 이유로 위법하므로 모두 취소되어야 한다. 1) 이 사건 제2 처분사유에 관하여 D은 원고의 감사로서 실제 업무를 수행하였고 원고가 D에게 지급한 급여가 부당하게 과다하다고 볼 수 없으므로 모두 손금에 산입되어야 한다. 또한 피고는 이 사건 접대비를 모두 D이 사용하였음을 전제로 손금불산입하였으나, D은 감사로서 실제 업무를 수행하였을 뿐만 아니라 이 사건 접대비 중 대다수는 D이 사용한 것이 아니므로 이 부분도 손금에 산입되어야 한다. 2) 이 사건 제3 처분사유에 관하여 발명진흥법에서 정하고 있는 직무발명보상금 지급을 위한 절차 규정들은 종업원 등의 정당한 보상을 받을 권리를 보호하기 위한 것일 뿐 그 준수 여부에 따라 직무발명보상금에 해당하는지 여부가 달라지는 것은 아니다. 원고가 대표이사 E에게 지급 한 이 사건 직무발명보상금은 적법한 절차를 거쳐 지급되었고 가사 일부 절차상의 하자가 있더라도 정당한 금액으로 인정되는 이상 손금에 산입되고 세액공제가 이루어져야 한다. 나. 관계 법령 별지 2 관계 법령 기재와 같다. 다. 이 사건 제2 처분사유의 적법 여부에 관한 판단 1) 이 사건 급여 부분에 관한 판단 가) 관련 법리 법인이 임원에게 직무집행의 대가로서 지급하는 보수는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이 된다. 하지만 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제1항, 제20조 제1호, 제26조 제1호, 법인세법 시행령 제43조 제1항의 문언과 법인의 소득을 부당하게 감소시키는 것을 방지하기 위한 구 법인세법 제26조, 법인세법 시행령 제43조의 입법 취지 등에 비추어 보면, 법인이 지배주주인 임원(그와 특수관계에 있는 임원을 포함한다)에게 보수를 지급하였더라도, 보수가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 법인 내 다른 임원들 또는 동종업계 임원들의 보수와의 현저한 격차 유무, 정기적ㆍ계속적으로 지급될 가능성, 보수의 증감 추이 및 법인의 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할 때, 해당 보수가 임원의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취한 것에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 실질이 동일하므로 법인세법 시행령 제43조에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보아야 한다(대법원 2017. 9. 21. 선고 2015두60884 판결 참조). 한편 법적으로는 주식회사 이사ㆍ감사의 지위를 갖지만 회사와의 명시적 또는 묵시적 약정에 따라 이사ㆍ감사로서의 실질적인 직무를 수행하지 않는 이른바 명목상 이사ㆍ감사도 법인인 회사의 기관으로서 회사가 사회적 실체로서 성립하고 활동하는 데 필요한 기초를 제공함과 아울러 상법이 정한 권한과 의무를 갖고 의무 위반에 따른 책임을 부담하는 것은 일반적인 이사ㆍ감사와 다를 바 없으므로, 과다한 보수에 대한 사법적 통제의 문제는 별론으로 하더라도, 오로지 보수의 지급이라는 형식으로 회사의 자금을 개인에게 지급하기 위한 방편으로 이사ㆍ감사로 선임한 것이라는 등의 특별한 사정이 없는 한, 회사에 대하여 상법 제388조, 제415조에 따라 정관의 규정 또는 주주총회의 결의에 의하여 결정된 보수의 청구권을 갖는다(대법원 2015. 7. 23. 선고 2014다236311 판결 참조). 나) 구체적 판단 갑 제2, 42 내지 44, 74호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고가 D에게 지급한 이 사건 급여가 D의 감사로서의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취한 것에 불과하다고 단정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이와 다른 전제에서 이 사건 급여를 손금 불산입한 이 부분 처분은 위법하다. ① D은 2003. 5. 2. 원고의 감사로 취임한 이후 현재까지 약 20년 간 계속해서 원고의 주주총회에서 감사로 선임되어 왔다. D의 급여는 원고의 정관 제36조 및 임원보수 지급규정 제6조에 따라 원고의 주주총회에서 결정되었다. ② D은 재무제표, 주간자금보고서, 업무제안, 업무감사실시공고 등 업무관련 서류에 감사로서 결재를 하였고, 2013년경 원고의 외부 행사 등에도 참여하였던 것으로 보인다. D이 원고의 대표이사인 E의 배우자라거나, D이 사무실에 상근하지 않은 것으로 보이는 사정들이 있다고 하여 D이 실제 감사업무를 전혀 수행하지 않았다고 단정하기 어렵다. ③ 가사 D이 원고 대표이사의 배우자로서 명목상 감사의 지위에 있었다고 하더라도, 법인인 회사의 기관으로서 회사가 사회적 실체로서 성립하고 활동하는 데 필요한 기초를 제공함과 아울러 상법이 정한 권한과 의무를 갖고 의무 위반에 따른 책임을 부담하는 것은 일반적인 감사와 다를 바 없고, 오로지 보수의 지급이라는 형식으로 회사의 자금을 개인에게 지급하기 위한 방편으로 감사로 선임된 것이라고 보기도 어려우므로 D의 원고에 대한 보수청구권을 부정할 만한 근거가 없다. ④ D은 2013년부터 2017년까지 5년간 급여로 합계 607,654,067원(1년에 약 1억 2,000만 원 정도)을 지급받았다. 이는 원고의 이사 F의 연간 급여 약 8,400만 원, 이사 G의 연간 급여 약 7,000만 원보다는 많으나 D의 근속기간 등에 비추어 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도를 추단할 만큼 과도하게 많은 급여를 지급받았다고 보기는 어렵다. 또한 D의 급여는 2008년 월 300만 원 수준이던 것이 점진적으로 상승하여 2016년부터 월 1,000만 원 정도에 이른 것이며, 과세기간인 2013년부터 2017년까지 원고의 영업이익 중 D의 급여가 차지하는 비율은 4% 정도에 불과하다. ⑤ 피고는 원고에 대하여 이전에 실시된 세무조사에서 D의 급여에 관하여 문제를 삼은 적은 없었던 것으로 보인다. 2) 이 사건 접대비 부분에 관한 판단 가) 관련 법리 ‘접대비’란 접대, 교제, 사례 또는 그 밖에 어떠한 명목이든 상관없이 이와 유사한 목적으로 지출한 비용으로서 내국법인이 직접 또는 간접적으로 업무와 관련이 있는 자와 업무를 원활하게 진행하기 위하여 지출한 금액을 말한다(법인세법 제25조 제1항). 법인이 사업을 위하여 지출한 비용 가운데 상대방이 사업에 관련 있는 사람들이고 지출의 목적이 접대 등 행위에 의하여 사업관계자들과 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하는 데 있는 것이라면 그 비용은 접대비라고 할 수 있다(대법원 2012. 9. 27. 선고 2010두14329 판결 참조). 나) 구체적 판단 갑 제45호증, 을 제38, 39호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 접대비는 원고가 직접 또는 간접적으로 업무와 관련이 있는 자와 업무를 원활하게 진행하기 위하여 지출한 금액으로 접대비에 해당한다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에서 이 사건 접대비를 손금불산입한 이 부분 처분은 위법하다. ① 이 사건 접대비가 지출된 항목은 선주사 식사, 선주사 선물, 해외대리점 선물, 설계사 회식, 배관부식 방지관련 홍보 식대, 대학 실습선 식사비, 거가대교 방식관련 식사, 선주사 부인모임 식대 등으로 지출의 상대방이 원고의 사업과 밀접하게 관련이 있는 사람들이고, 지출 목적이 접대 등 행위에 의하여 사업관계자들과 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하는 데 있는 것으로 인정된다(선박용품제조업 등을 목적으로 하는 원고로서는 선박을 조선소에 발주하는 선주사들이 중요한 사업 관계자이므로, 선주사 부인회 모임에 비용을 지출하는 것 또한 업무와 관련이 있는 자와 업무를 원활하게 진행하기 위하여 지출한 금액으로 볼 수 있다). ② 피고는 D이 실제 감사업무를 수행하지 아니하였음을 전제로 접대비 중 D이 사용한 것으로 보이는 항목을 특정하여 손금불산입하였다. 그러나 접대비 해당여부는 사용 주체가 아니라 그 사용 용도에 따라 결정되어야 할 뿐만 아니라 앞서 본 바와 같이 D이 원고의 감사로서 업무수행을 전혀 하지 않았다고 볼 수 없고, 이 사건 접대비 결제를 위하여 사용된 원고 명의의 법인카드를 D이 모두 사용한 것이라고 단정하기도 어렵다. 라. 이 사건 제3 처분사유의 적법 여부에 관한 판단 1) 관련 법리 가) 구 조세특례제한법(2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10조 제1항은 ‘내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우 그 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다’고 규정하고 있고, 같은 법 제9조 제2항 제1호, 구 조세특례제한법 시행령(2018. 1. 9. 대통령령 제28575호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항 [별표 6] 제1호 라.목은 ‘해당 기업이 그 종업원 또는 종업원 외의 자에게 직무발명보상금으로 지출한 금액’을 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용의 하나로 정하고 있다. 또한 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제19조 제1항은 ‘손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다’라고, 같은 조 제2항은 ‘제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다’라고 정하고 있다. 나) 구 특허법(2006. 3. 3. 법률 제7869호로 개정되기 전의 것) 제39조 제1항, 제40조 또는 발명진흥법(2013. 7. 30. 법률 제11960호로 개정되기 전의 것) 제2조 제2호, 제15조 등이 직무발명을 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 ‘종업원 등’이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자ㆍ법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 ‘사용자 등’이라 한다)의 업무범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원 등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명으로 규정하고, 그 보상액을 그 발명에 의하여 사용자 등이 얻을 이익의 액과 그 발명의 완성에 사용자 등 및 종업원 등이 공헌한 정도를 고려하여 산정하도록 규정하고 있으므로(더욱이 발명진흥법 제15조 제2항은 보상에 관하여 근무규정 등에서 정하는 경우에는 그에 따른 보상이 일정한 상황을 고려하여 합리적인 것으로 인정되면 정당한 보상으로 본다고 규정하고 있다), 그러한 요건을 갖춘 직무발명에 관하여 위와 같은 점을 감안하여 산정된 직무발명보상금이라면, 구 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것 및 2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항이 허용하는 한도 내의 금액은 특별한 사정이 없는 한 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이 된다(대법원 2013. 6. 27. 선고 2013두2655 판결 참조). 다) 발명진흥법은 종업원 등의 직무발명보상금에 관한 정당한 보상을 받을 권리를 규정하면서(제15조 제1항), 이를 심의하기 위한 직무발명심의위원회의 구성ㆍ운영절차 등을 정하고 있고(제17조), 보상형태와 보상액을 결정하기 위한 기준, 지급방법 등이 명시된 보상규정의 작성 및 개정절차, 보상에 관한 통지방법 등을 구체적으로 정하고 있으며(제15조 제2 내지 4항), 위 절차규정을 준수할 뿐만 아니라 보상액에 있어 직무발명에 의하여 사용자 등이 얻을 이익과 그 발명의 완성에 사용자 등과 종업원 등이 공헌한 정도를 고려한 경우에 한하여 ‘정당한 보상’을 한 것으로 보고 있다(같은 조 제6항). 2) 구체적 판단 위와 같은 법리 및 갑 제2호증, 을 제40 내지 44호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고가 대표이사 E에게 지급한 이 사건 직무발명보상금은 발명진흥법이 규정하고 있는 절차에 따라 정당하게 산정되어 지급된 것이라고 볼 수 없으므로, 이를 손금불산입하고 세액공제 적용을 배제한 것이 위법하다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 각 처분 중 이 사건 제3 처분사유와 관련한 부분은 정당하므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. ① 2015. 10. 19. 직무발명심의위원회가 최초로 개최됨으로써 위원장과 위원들이 구성되고 직무발명보상규정이 제정되었다는 내용의 1차 회의록이 작성되었고, 이후 2016. 4. 4. 자 2차 회의, 2016. 7. 18. 자 3차 회의, 2016. 10. 24. 자 4차 회의, 2017. 2. 6. 자 5차 회의에 관한 회의록이 작성되었으며, 위 4차 회의에 관한 회의록에 ‘E에게 산업재산권 총 11건에 관하여 직무발명보상규정에 따라 산정한 이 사건 직무발명보상금을 지급한다’는 안건이 의결된 것으로 기재되어 있다. 그런데 1차부터 5차까지의 직무발명심의위원회 위원으로 참석하여 회의록에 날인한 것으로 되어 있는 이언수는 5차 직무발명심의위원회가 개최되기 전인 2016. 11. 8. 이미 퇴직한 직원으로 보이므로, 위 회의록 기재와 같이 실제 직무발명심의위원회가 개최되어 심의가 이루어졌다고 단정하기 어렵다. ② 이 사건 직무발명보상금과 관련한 직무발명 심의결과 통지서에는 원고의 직무발명심의위원회가 2016. 4. 4. E에게 직무발명에 대한 심의결과를 통지한 것으로 기재되어 있고, 양도증에는 E가 2016. 4. 6. 원고에게 발명에 관한 권리를 양도한 것으로 기재되어 있다. 반면, 그 전후로 개최된 직무발명심의위원회 2차, 3차 회의에 관한 회의록에는 E의 직무발명에 관한 건이 안건으로 상정되어 심의되었다는 내용이 기재되어 있지 않은데, 이에 의하면 원고가 발명진흥법 제17조가 정한 직무발명심의위원회의 운영에 관한 규정을 준수하였다고 보기 어렵다. ③ 발명진흥법에 따르면 사용자 등은 보상형태와 보상액을 결정하기 위한 기준, 지급방법 등이 명시된 보상규정을 작성하여 종업원 등에게 문서로 알려야 하고(발명진흥법 제15조 제2항), 보상규정의 작성 또는 변경과 관련하여 새로 작성하거나 변경하려는 보상규정의 적용을 받게 되는 종업원 등(변경 전부터 적용 받고 있는 종업원 등 을 포함한다)의 과반수와 협의하거나 불리하게 변경하려는 보상규정의 적용을 받고 있는 종업원 등의 과반수의 동의를 받아야 하며[발명진흥법 제15조 제3항, 구 발명진흥법 시행령(2021. 10. 19. 대통령령 제32073호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조의2 제1항], 직무발명심의위원회의 구성시 사용자 등과 종업원 등을 각각 대표하는 같은 수의 위원으로 구성하되, 종업원 등을 대표하는 위원은 종업원 등이 직접ㆍ비밀ㆍ무기명 투표로 선출한 사람이어야 한다(발명진흥법 제17조 제2항, 구 발명진흥법 시행령 제7조의3 제1항). 그러나 원고가 직무발명심의위원회를 구성하여 운영하는 과정에서 위와 같은 절차를 준수하였음을 인정할 만한 자료가 없다. ④ 원고에 대한 세무조사 과정에서 대표이사 E는 ‘2016. 11.경 H 주식회사(이하 ’H‘라고 한다) 대표이사 J으로부터 자문을 받고 직무발명보상제도에 대하여 인지하여 제도를 시행하였다’는 취지로 진술하였고, H의 대표이사 J도 그러한 취지로 진술한 것으로 보인다. 한편, H는 원고를 공급받는 자로 하여 2016. 11. 7. ‘경영컨설팅’이라는 품목으로 합계 11,000,000원의 전자세금계산서를, 2016. 12. 8. ‘산업재산권 자문수수료’라는 품목으로 합계 11,000,000원의 전자세금계산서를 각 발행하였다. 여기에 앞서 본 사정들을 더하여 보면, 원고는 2016. 11.경에서야 H로부터 자문을 받아 이 사건 직무발명보상금에 관한 관련 서류를 소급하여 작성한 다음 2016. 12. 20. 대표이사 E에게 이 사건 직무발명보상금을 지급한 것으로 보인다. ⑤ 원고가 E에게 이 사건 직무발명보상금을 지급함에 있어 발명진흥법 및 원고 내부의 직무발명보상규정 등이 정한 절차 및 심의과정을 제대로 거치지 않은 이상 이 사건 직무발명보상금이 관련 규정에 따라 직무발명의 대가로 정당하게 평가되어 산정된 것이라고 보기 어렵다. 마. 소결론 이 사건 각 처분 중 이 사건 제2 처분사유에 따라 부과된 세액 부분은 위법하므로 2013 사업연도 법인세 부과처분 중 40,695,731원, 2014 사업연도 법인세 부과처분 중 66,138,841원, 2015 사업연도 법인세 부과처분 중 68,590,606원, 2016 사업연도 법인세 부과처분 중 492,494,825원, 2017 사업연도 법인세 부과처분 중 35,519,409원을 각 취소한다(2016 사업연도 법인세 부과처분 중 492,494,825원 부분에는 이 사건 제3 처분 사유에 따라 부과된 세액이 포함되어 있으나, 제출된 자료들만으로는 이 사건 제3 처분사유에 따라 부과되어야 할 정당한 세액을 산출할 수 없으므로 위 492,494,825원 전부를 취소한다). 3. 결론 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2022누21061

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

조세특례제한법 제10조

발명진흥법 시행령 제7조

법인세법 시행령 제43조

특허법 제39조

조세특례제한법 시행령 제8조

상법 제388조