+ - 북마크 저장 [행정] 1심사건

서울행정법원 2020.04.16 선고 2019구합66026 판결

이 사건 기술료는 기술혁신성과물의 실시권 취득에 대한 대가로서 기존에 수령한 정부출연금을 반환하는 것으로 볼 수 없음[국패] 【사 건】 2019구합66026 법인세경정거부처분취소청구 【원 고】 주식회사 ○○○ 【피 고】 ○○세무서장 【변 론 종 결】 2020. 3. 24. 【판 결 선 고】 2020. 4. 16. 【주 문】 1. 피고가 2018. 5. 1. 원고에게 한 [별지1] 목록 2012 사업연도 ‘환급세액’란 기재 법인세 52,976,057원의 경정거부처분 및 [별지1] 목록 2015 사업연도 ‘환급세액’란 기재 법인세 8,756,656원의 경정거부처분을 모두 취소한다. 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 【청 구 취 지】 주문과 같다. 【이 유】 1. 처분의 경위 가. 정부출연금과 절전보조금 수령 1) 원고는 강관의 제조 및 판매업 등을 목적으로 1967. 4. 18. 설립된 내국법인으로 2012 사업연도부터 2016 사업연도까지 매년 산업기술혁신 촉진법(이하 ‘산업기술혁신법’이라 한다)에 따른 정부출연금 합계 1,543,195,478원을 아래 <표1> 기술혁신사업정부출연금 기재와 같이 수령하였다. [표1.연도별 정부출연금(보조금) 수령액 등 내역]

구분	2012년	2013년	2014년	2015년	2016년	합계
기술혁신사업 정부출연금	305,278,020	164,234,244	417,449,324	211,012,195	445,221,695	1,543,195,478
절전보조금	69,081,290	3,000,000	2,250,000	1,500,000	36,380,000	112,211,290
보조금 합계	374,359,310	167,234,244	419,699,324	212,512,195	481,601,695	1,655,406,768

2) 원고는 2012 사업연도부터 2016 사업연도까지 매해 한국전력공사로부터 ‘주간예고 수요조정제도 지원금’ 및 ‘긴급절전 수요조정제도 지원금’, 그리고 한국에너지공단으로부터 ‘에너지효율시장 시범사업 지원금’(이하 위 각 지원금을 통틀어 ‘절전보조금’이라 한다) 등 합계 112,211,290원을 위 <표1> 절전보조금 기재와 같이 수령하였다. 나. 원고의 법인세 신고 시 익금산입 등 내역 원고는 위 정부출연금과 절전보조금을 그 수령일이 속한 사업연도의 익금에 산입하여 아래 <표2> 기재와 같이 법인세 신고를 하였는데, 2012 사업연도 법인세 신고와 관련하여서는 수령한 정부출연금 총액을 익금산입하지 않고 아래 <표2> 기재와 같이 미사용 반납액 24,817,955원을 차감한 나머지 금액인 349,541,357원(= 374,359,312원 - 24,817,955원)을 익금산입하여 신고하였다. <표2> (단위: 원)

구분	2012년	2013년	2014년	2015년	2016년	합계
정부출연금	305,278,022	164,234,244	417,449,324	211,012,212	445,221,701	1,543,195,478
절전보조금	69,081,290	3,000,000	2,250,000	1,500,000	36,380,000	112,211,290
수령액 합계	374,359,312	167,234,244	419,699,324	212,512,212	481,601,701	1,655,406,768
세무조정 시 익금산입액	349,541,357	167,234,244	419,699,324	212,512,195	481,601,695	1,630,588,813
정부출연금 미사용반납액	24,817,955	1,511,517	-	-	-	-
손금산입액	-	1,511,517	-	-	-	-
기술료납부액	220,418,853	-	-	43,783,277	-	264,202,130
익금불산입 주장 금액	374,359,312	165,722,727	419,699,324	212,512,195	481,601,695	1,653,895,251
처분청 인용 익금불산입액	129,122,502	165,722,727	419,699,324	168,728,918	481,601,695	1,241,445,219
처분청 기각 익금불산입액	245,236,808	0	0	43,783,277	0	289,020,085

다. 피고의 경정거부처분 등 1) 원고는 2018. 1. 19. 피고에게 ‘정부출연금과 절전보조금으로 수령한 돈 중 위<표2> 익금불산입 주장 금액 기재 각 해당 금액을 이월결손금의 보전에 충당하고 이를 익금불산입하여 각 사업연도 법인세를 감액․환급해 달라‘는 취지의 경정청구를 하였다. 2) 이에 대하여 피고는 2018. 5. 1. ‘정부출연금과 절전보조금은 무상으로 받은 자산에 해당하므로 그 가액을 이월결손금 보전에 충당한 경우에는 익금불산입 대상에 해당하나, 원고 익금불산입 주장 금액 중 정부출연금 미사용 반납액과 기술료 납부액은 당초 수령한 정부출연금의 반환으로서 해당 금액만큼 이월결손금 보전에 충당할 수 있는 자산수증이익이 감소되었다’고 판단하여 위 <표2> 기재와 같이 정부출연금 미사용 반납액과 기술료 납부액 부분에 대한 경정청구를 거부하고 나머지 부분에 대해서만 경정청구를 받아들여 감액 경정․고지하였다. 3) 이 사건 소송계속 중 원고의 2012 사업연도 기술료 납부액이 당초 343,848,800원에서 220,418,853원으로 확인됨에 따라, 피고는 2019. 11. 25. 그 차액 123,429,947원(= 343,848,800원 - 220,418,853원)을 추가로 익금불산입하여 2012 사업연도 법인세를 34,041,979원만큼 직권으로 감액경정하고, 원고에게 이에 대한 국세환급금 통지를 하였다(위와 같이 감액경정되고 잔존하는 당초 2018. 5. 1.자 [별지1] 목록 2012 사업연도 ‘환급세액’란 기재 법인세 경정거부처분, [별지1] 목록 2015 사업연도 ‘환급세액’란 기재 법인세 경정거부처분을 통틀어 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 라. 원고의 이월결손금 관련 내역 원고의 위 경정청구 전 이월결손금 발생, 공제 및 기한 경과 미공제 잔액 등의 내역은 아래 <표3> 기재와 같다. <표3> (단위:원)

사업 연도	결손금발생액	결손금 공제 및 보전액							미공제 잔액
사업 연도	결손금발생액	2000년	2001년	2002년	2003년	2004년	2010년	합계	기한내	기한 경과
1993년	37,279,982,778		25,103,592,797					25,103,592,797		12,176,389,981
1994년	152,126,112,869									152,126,112,869
1995년	5,288,067,311	2,888,802,413						2,888,802,413		2,399,264,898
1996년	3,600,175,362		3,600,175,362					3,600,175,362
1997년	3,501,175,362		3,501,175,362					3,501,175,362
1998년	33,338,024,639		8,998,205,751	17,702,724,345	6,637,094,543			33,338,024,639
1999년	38,450,136,196				5,725,029,835	32,725,106,361		38,450,136,196
2009년	7,572,198,001						7,572,198,001	7,572,198,001
2015년	15,173,155,657								15,173,155,657
2016년	2,241,207,677								2,241,207,677
합계	298,570,235,852	2,888,802,413	41,203,149,272	17,702,724,345	12,362,124,378	32,725,106,361	7,572,198,001	114,454,104,770	17,414,363,334	166,701,767,748

라. 전심절차 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018. 8. 1. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2019. 2. 26. 기각되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 4호증, 을 제1, 2, 4 내지 7호증(각 가지번호 포함)의 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 처분의 적법 여부 가. 원고의 주장 1) 기술료 납부가 정부출연금의 반환에 해당하지 않는다는 주장 산업기술혁신법에 따른 기술료는 당초 수령한 정부출연금의 반환이 아니라 원고가 기술혁신사업의 성과를 실시하는 권리를 취득하기 위해 별도로 지급한 대가이므로, 피고의 주장대로 기술료 납부액만큼 해당 과세기간의 자산수증이익이 감소되었다고 볼 수 없다. 따라서 2012 및 2015 각 사업연도 기술료 납부액과 상관없이 원고가 경정청구를 한 위 각 사업연도의 정부출연금 전액에 대하여 이월결손금 보전․충당을 통한 익금불산입을 인정하여야 함에도 이와 다른 전제에서 이 부분 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하다. 2) 2012년 정부출연금 반납으로 자산수증이익이 감소하지 않는다는 주장 2012년 정부출연금 미사용 반납액은 전략기술개발사업 1단계(기간: 2008. 10. 1.~ 2011. 9. 30.) 과제와 관련하여 2012년도 이전에 수령한 정부출연금 중 미사용 잔액을 반납한 것이므로, 그에 따라 정부출연금을 수령한 날이 속하는 2012년 이전 과세기간의 자산수증이익이 감소되는 것일 뿐, 피고의 주장대로 2012 사업연도의 자산수증이익이 감소한다고 볼 수 없다. 따라서 2012년 정부출연금 미사용 반납액과 상관없이 원고가 경정청구를 한 2012 사업연도의 정부출연금 전액에 대하여 이월결손금 보전․충당을 통한 익금불산입을 인정하여야 함에도 이와 다른 전제에서 이 부분 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하다. 나. 관계 법령 [별지2] ‘관계 법령’ 기재와 같다. 다. 판단 1) 전제되는 주요 쟁점의 정리 가) 경정청구의 적법성 내국법인이 무상으로 받은 자산의 가액과 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채의 감소액인 자산수증이익 등은 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액(법인세법 제15조 제1항)으로서 원칙적으로 익금에 해당한다. 그런데 법인세법 제18조 제6호, 같은 법 시행령 제16조 제1항 제1호에 의하면, 위 자산수증이익 중 이월결손금의 보전에 충당된 금액은 각 사업연도의 소득금액 계산 시 익금에 산입하지 아니하는 한편, 충당 대상 이월결손금의 발생 시점과 관련하여서는 해당 사업연도 개시 전 10년이라는 일반적인 공제 기간의 제한이 따르지 않는다. 따라서 내국법인이 자산수증익을 해당 사업연도 소득금액 계산 시 이월결손금 보전에 충당하지 아니하고 익금산입하여 법인세 신고를 한 경우에는 국세기본법에 따른 경정청구를 통하여 10년의 공제 기간 제한을 받지 아니하고 이월결손금으로 공제하여 이를 익금불산입함으로써 해당 사업연도의 법인세 과세표준과 세액을 바로잡을 수 있다. 나) 쌍방의 주장에 따른 경정거부처분의 적법성 이 사건의 경우, 원고는 2012~2016 사업연도의 정부출연금 상당의 소득금액에서 위 <표3> 기재 기한 경과 미공제 이월결손금 잔액을 공제할 수 있었음에도 이를 익금산입하여 법인세 신고․납부를 하였다가 5년의 경정청구 기간 내에 있는 사업연도에 대하여 위와 같이 경정청구에 이르렀다. ① 먼저, 원고가 수령한 정부출연금과 절전보조금은 법인세법 제18조 제6호의 자산수증이익에 해당하여 2012~2016 사업연도 소득금액 계산 시 이월결손금 공제를 통하여 이에 대한 익금불산입이 가능하다. 그런데 원고의 2012년 및 2015년 각 기술료 납부액을 피고 주장대로 해당 사업연도 정부출연금의 반환으로 본다면, 해당 금액은 이월결손금 공제를 통한 익금불산입 대상에서 제외되어야 하므로, 이에 대한 경정청구 거부는 적법하다. 그와 반대로 위 기술료 납부액을 정부출연금의 반환에 해당하지 않는다고 본다면, 해당 금액은 익금불산입하는 것이 타당하므로, 이에 대한 경정청구 거부는 위법하다. ② 다음으로, 2012년 정부출연금 미사용 반납액 처리는 수령한 해와 반납한 해가 서로 다른 경우, 즉 해를 넘겨서 정부불연금 미사용액을 반납할 경우에 특히 문제된다. 피고 주장대로 해당 연도의 자산수증이익 감소로 본다면, 해당 금액은 반납일이 속하는 과세연도(2012년)의 정부출연금에서 차감하여 이월결손금 공제를 통한 익금불산입 대상에서 제외되어야 하므로, 이에 대한 경정청구 거부는 적법하다. 그와 반대로 해당 연도의 자산수증이익 감소에 해당하지 않는다고 본다면, 2012년도 이전에 수령한 정부출연금 반납액을 반납일이 속하는 과세연도(2012년)의 정부출연금에서 차감할 수 없고, 2012 사업연도 정부출연금 전액을 이월결손금 공제를 통하여 익금불산입하는 것이 타당하므로, 이에 대한 경정청구 거부는 위법하다. 다) 결국, 이 사건의 주요 쟁점은 기술료 납부액이 정부출연금 반환에 해당하는지 여부, 그리고 2012년 정부출연금 반납을 2012 사업연도의 정부출연금에서 차감하여 해당 연도의 자산수증이익 감소로 볼 수 있는지 여부이다. 2) 기술료 납부가 정부출연금 반환에 해당하지 않는다는 주장에 관한 판단 가) 관계 법령의 문언 내용과 체계 및 취지, 앞서 든 증거들과 갑 제5호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 산업기술혁신법상의 기술료 반납액은 당초 수령한 정부출연금의 일부 반납이 아니라 기술혁신사업의 성과를 실시할 수 있는 권리를 획득하기 위하여 별도로 지출하는 대가에 해당하는 것으로 봄이 타당하다. (1) 산업기술혁신법상 기술료의 본질적 성격 (가) 산업기술혁신법 제12조 제1, 2항은, ‘산업통상자원부장관은 산업기술개 발사업이 끝난 경우에는 그 결과를 사용․양도․대여 또는 수출하려는 자로부터 기술료를 징수할 수 있고, 징수한 기술료는 산업기술혁신계정의 재원으로 귀속된다.’고 규정하고, 제37조의4는 산업기술 사업화 지원 등을 위한 기금인 산업기술혁신계정의 재원으로 기술료, 정부출연금 등을 규정하고 있다. 그리고 같은 법 시행령 제13조는 ‘정부출연금에 대하여 별도의 계정을 설정하여 관리하여야 한다‘, 제15조는 ‘상호 간의 협약에 따라 기술료 액수, 분납, 감면 등을 정할 수 있다‘는 내용을 규정하고 있다. 한편 위 법령의 위임에 따른 구 기술료 징수 및 관리에 관한 통합요령(산업통상자원부고시 제2014-271호) 제3조 제3호는 ‘기술료는 기술혁신사업의 성과를 사용하는 권리(실시권)를 획득하는 대가로 실시권자가 국가, 전담기관 또는 사업수행결과의 소유권자에게 현금 또는 유가증권 등으로 지급하는 금액을 말한다.’라고, 제4조는 ‘장관은 과제 종료 후 성과물에 대한 실시권을 획득하는 대가로 기술료를 징수할 수 있고 기초 연구 결과물 등 연구개발결과의 활용촉진을 위하여 공개 활용이 필요한 경우 등은 기술료를 징수하지 않을 수 있다.’라고 규정하고 있다. (나) ① 위와 같은 각 규정의 문언 내용과 취지 등에 비추어, 당초 원고에 대한 정부출연금이 기술료의 추후 납부를 반대급부 혹은 조건으로 결부지어 지급된 것이 아닌바, 산업기술혁신 촉진법상 기술료는 기술혁신성과물을 실시하는 권리, 즉 실시권을 취득하기 위해 별도로 지급한 대가로 보는 것이 합리적이다. 즉 정부출연금은 법인세법 제18조 제6호 소정의 ‘무상으로 받은 자산의 가액’에 해당하고 이는 수증자산과 같이 대가를 지급하지 아니하고 취득하여 증가된 자산을 의미하는데 기술료를 아무런 반대급부 없이 제공하는 자산수증익과 성격이 동일하다고 평가하기 어렵다. ② 그리고 해당 주관연구기관이 별도로 관리하는 정부출연금 계정에서 기술료를 지급할 수는 없고 별도의 자금 계정에서 지출해야 하며 징수한 기술료는 산업기술혁신계정의 재원을 구성하는 것에 불과하다. 즉 기술료는 당초 지급한 정부출연금의 회수에 목적이 있는 것이 아니라, 산업기술혁신법 제37조의2에 따른 산업기술진흥및사업화촉진기금의 재원확보에 목적이 있는 것일 뿐이다. ③ 기술료는 실시계약을 체결할 경우 영리기관 외에 비영리기관의 경우도 납부하게 되어 있고, 일정한 감면사유에 따라 기술료를 징수하지 않을 수도 있다. ④ 기술료를 정부출연금과 본질적으로 동일선상에서 파악하여 기술료 반환액만큼 자산수증익을 차감하는 것은, 증여를 통한 법인의 재무구조 개선을 지원하려는 취지에서 이월결손금 공제기간의 제한을 두지 않고 익금불산입하도록 특혜를 부여하는 법인세법 제18조 제6호, 같은 법 시행령 제16조 제1항 제1호의 입법취지는 물론 기술료의 본질적 성격 및 취지에도 반하는 해석이다. ⑤ 당초 원고가 정부출연금 중 40%를 기술료로 반환하기로 약정하고 이를 충당부채로 회계처리한 것은 관계 법령의 규정에 따르기로 한 협약의 내용대로 정액기술료를 정부출연금의 40%로 책정한 때문이다(실제로 원고는 회계기준에 따라 당초 그 40%를 충당부채로 계상하였다가 실제 납부 시 일시 납부로 인한 감경을 받아 차액을 환입하여 잡이익으로 계상하였다). 이러한 사정이 정부출연금 반환을 함축한다고 볼 것은 아니며, 당사자 사이에 정부출연금 반환에 관한 의사의 합치가 있었다고 볼 수도 없다. (다) 위와 같은 사정으로 미루어 볼 때, 산업기술혁신법상 기술료는 기술혁 신성과물의 실시권 취득에 대한 대가로 지급하는 금원에 해당하는 것으로 봄이 타당하고 기존에 수령한 정부출연금을 반환하는 것으로 볼 수 없는바, 기술료 지급액만큼 해당 과세기간의 정부출연금, 즉 자산수증이익이 감소되었다고 볼 수 없다. (2) 기술혁신성과물의 귀속 여하에 따른 기술료의 실질적 성격 (가) 산업기술혁신법 제11조는 ‘산업통상자원부장관은 주관연구기관 등과 산업기술개발사업에 관한 협약을 체결하고 사업 수행에 드는 비용의 전부 또는 일부를 출연 또는 보조할 수 있다.’고 규정하고, 제13조는 ‘기술혁신성과물은 법 제11조에 따라 체결하는 협약으로 정하는 바에 따라 주관연구기관의 소유로 하되, 주관연구기관의 소유를 인정하는 것이 부적합한 경우 등 대통령령이 정하는 사유는 그러하지 아니하다.’고 규정하고 있다. 그리고 같은 법 시행령 제12조 제1항은 협약에는 기술혁신성과물의 귀속, 활용, 이전 및 사후관리에 관한 사항 등을 포함하도록 규정하고, 제16조 제2항 제3, 5호는 ‘주관연구기관이 기술료를 다 납부하지 않는 경우나 협약에서 정한 바에 따라 기술혁신성과물을 사용, 양도, 대여, 수출하지 않는 경우 등에는 협약에서 정하는 바에 따라 그 성과물 중 정부의 출연금 지분에 해당하는 부분을 국가의 소유로 할 수 있다.’고 규정하며, 원고는 위 법령에 따라 전담기관과 협약을 체결하면서 기술혁신성과물의 귀속 등에 대하여 관계 법령에 따르기로 약정하였다. (나) 위와 같은 각 규정의 내용과 취지, 협약의 내용 등에 비추어, 기술혁신성과물을 실시하려면 기술실시계약 체결 후 기술료를 납부하여야 하고, 기술료를 모두 납부한 경우 비로소 주관연구기관은 기술혁신성과물의 전체 지분에 대해 소유권을 취득하게 됨을 알 수 있다. 만일 협약에 따른 기술료를 모두 납부하지 않는 경우에는 정부출연금 지분에 해당하는 부분의 소유권이 연구기관에서 국가로 이전된다. 이와 같이 당사자 간에 기술료 납부를 전제로 한 완전한 소유권과 실시권의 취득이 사전에 약정된 이 사건에서 기술혁신성과물의 소유권이 언제나 원고에게 전부 귀속된다고 보기 어려운 이상, 기술료 반납은 일정한 반대급부를 전제로 한 별도의 대가로 봄이 타당하다. 이와 달리 기술혁신성과물이 원고에게 확정적으로 최종 귀속됨을 전제로 기술료반납이 아무런 반대급부 등 조건 없는 정부출연금의 반납에 해당한다는 취지의 피고 주장은 이유 없다. 나) 따라서 2012 및 2015 각 사업연도 기술료 반납액 총 264,202,130원(= 2012년 220,418,853원 + 2015년 43,783,277원)에 상응하는 정부출연금은 아무런 차감없이 전액이 자산수증익으로서 각 사업연도 소득금액 계산 시 익금불산입으로 인정되어야 한다. 이와 전제가 다른 피고의 이 사건 처분 중 이에 대한 원고의 경정청구를 거부한 부분은 위법하고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다. 3) 2012년 정부출연금 반납액을 2012 사업연도의 정부출연금에서 차감할 수 없어 자산수증이익이 감소하지 않는다는 주장에 관한 판단 가) 관계 법령의 문언 내용과 체계 및 취지, 앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 2012년 정부출연금 미사용 반납액은 2012 사업연도의 정부출연금에서 차감하여 자산수증이익 감소로 보는 것이 타당하다. (1) 정부출연금의 세무처리 기준 정부출연금을 수령할 경우 수령한 날이 속하는 사업연도 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하였다가 미사용 반납액이 있을 경우 반납일이 속하는 사업연도의 소득금액 계산 시 손금에 산입하는 것이 일반적인 세무처리 기준이다. 이러한 기준은 법인세법상 익금과 손금의 귀속시기를 원칙적으로 당해 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 본다는 이른바 권리의무확정주의에 부합하고, 설령 정부출연금 반납일이 그 수령한 해의 다음 해에 속한다고 하더라도 달리 볼 수 없다(수령한 그 다음해에 반납한 미사용분은 그전 수령한 해의 정부출연금 익금 산정에 따른 해당 사업연도의 과세표준에 영향을 미칠 수 없고, 반납한 날이 속하는 사업연도의 정부출연금에서 차감하여 해당 과세기간의 과세표준을 산정하는 것이 옳다). 실제로 원고는 2012~2016 각 사업연도 소득금액 세무조정 시 위와 같은 기준에 따라 법인세를 신고․납부해 왔다. 특히, 2013 사업연도 소득금액 계산 시 2013년 정부출연금 전액을 익금산입으로, 2013년 이전에 수령하였지만 2013년에 반납한 미사용 금액을 2013 사업연도 손금산입으로 처리하였다. 이에 따라 원고는 2013년 정부출연금 미사용 반납액만큼 해당 연도의 자산수증이익인 정부출연금 수령액이 감소하였다고 보고 이를 제외한 나머지 잔액만을 이월결손금 보전에 충당한다는 취지로 경정청구를 하여 모두 인용되었다. 따라서 당초 정부출연금이 사후에 증감 변동할 경우 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세기간의 과세표준에 반영하는 것이 타당하다. 이 사건의 경우, 2012년 정부출연금 미사용 반납액 24,817,955원이 비록 그 전년도에 수령한 것이었다 할지라도 반납일이 속하는 2012 사업연도의 손금에 산입되고 이에 대응하는 해당 금액만큼 2012 사업연도 익금산입액인 정부출연금이 차감되는 결과에 이른다. 결국 원고로서는 위 반납액 상당을 차감한 나머지 2012년 정부출연금에 대해서만 2012 사업연도의 자산수증익으로 보아 이월결손금 보전에 충당하여 익금불산입으로 인정받을 수가 있다. (2) 원고 주장의 문제점 원고의 주장은 다음과 같은 이유로 납득하기 어렵다. 즉 원고의 주장에 따 를 경우, ① 장부상 계상되어 있는 당해 사업연도의 정부출연금(자산수증이익)의 액수와 이월결손금 보전에 충당할 수 있는 정부출연금(자산수증이익)의 액수가 달라지게 되어 납득하기 어려운 결과에 이른다. ② 더구나, 2012년 정부출연금 미사용 반납액 24,817,955원을 2012 사업연도 정부출연금 374,359,312원에서 차감하지 않고 그 전액을 자산수증익으로 보아 미공제 이월결손금 잔액의 보전․충당을 통한 익금불산입으로 인정할 경우, 2012 사업연도 세무조정 시 이미 위 미사용 반납액 24,817,955원을 익금산입액에서 제외하고 나머지 금액인 349,541,357원(= 374,359,312원 - 24,817,955원)만을 익금산입액으로 신고한 원고가 이중의 혜택을 취하는 결과가 되어 부당하다. ③ 원고의 주장에 의하면, 특히 과세형평에 어긋나는 결과가 초래된다. 즉 정부출연금을 수령한 해에 익금불산입으로 처리하였다가 이후 해를 넘겨서 미사용액을 반납할 경우를 보면, 사후에 익금불산입 항목 차감을 위한 원고의 과세표준 증액 수정신고를 사실상 기대하기 어려운 이상, 피고의 증액경정처분이 있어야 할 것인데 정부출연금 미사용액 반납시기에 관한 원고의 자의적 결정에 따라 통상의 부과제척기간이 도과될 우려가 있다. 그리고 이 사건의 경우와 같이 정부출연금을 수령한 해에 익금산입으로 처리하였다가 이후 해를 넘겨서 미사용액을 반납하여 감액 경정청구를 하는 경우를 보면, 반납한 해의 정부출연금에서 이를 차감하지 못하는 이상, 경정청구기간 도과로 인한 불이익이 사실상 회피되는 불합리한 결과에 이를 수 있다. (3) 관계 법령의 취지 및 체계와 협약의 기간과 내용 (가) 산업기술혁신법에 따른 산업기술개발사업의 협약 기간은 통상적으로 사업 과제 완수에 이르기까지 다년도에 걸친 장기에 해당하고 협약 기간 도중에 연차별 및 단계별 평가가 있을 뿐이다. 원고 역시 2012~2016 사업연도를 포괄하여 총 기술개발기간이 2008. 12. 31.부터 2015. 9. 30.까지(1단계 협약기간: 2008. 12. 31.~ 2011.9. 30.)로 하는 장기의 협약을 체결하였다. 그리고 조세특례제한법 제10조의2(연구개발관련 출연금 등의 과세특례)는 ‘산업기술혁신법에 따른 정부출연금은 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 않을 수 있고, 연구개발비로 지출할 경우 지출일이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하며, 익금에 산입하지 않은 정부출연금 중 사용하지 않은 금액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.’고 규정하고 있다. 또한 법인세법 제36조는 ‘내국법인이 국고보조금을 수령한 해의 사업연도 종료일까지 사업용자산 취득 등에 보조금을 사용하지 않을 경우 그 다음 사업연도 개시일부터 1년 이내 사용하여 그 사업연도의 소득금액 계산 시 손금에 산입하고, 만일 기한 내 사용하지 않을 경우 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액 계산 시 익금에 산입한다‘고 규정하고 있다. (나) 이와 같은 산업기술혁신법에 따른 다년도 협약의 내용, 관계 법령의 내용과 취지 등에 비추어 볼 때, 법인세법 제18조 제6호, 같은 법 시행령 제16조 제1항 제1호에 따라 정부출연금을 수령한 해에 이를 익금불산입으로 할 수 있음에도 그렇게 하지 않은 정부출연금 미사용 반납액을 그 반납한 해의 사업연도 정부출연금에서 차감하더라도 정부출연금 제도 및 자산수증익의 이월결손금 공제 제도의 근본 취지에 반하는 것이라고 보기 어렵다. 만일 반납한 해당 연도에 수령한 정부출연금이 없을 경우에는 종전에 익금불산입으로 처리하지 않은 정부출연금 미사용 반납액을 그 반납한 해의 사업연도 소득금액 계산 시 손금산입하는 것으로 세무처리를 한다면 불합리한 결과가 초래된다고 볼 수 없다. 나) 따라서 2012년 정부출연금 미사용 반납액 24,817,955원은 2012 사업연도 정부출연금에서 차감하여 자산수증익 감소로 보는 것이 타당하므로 2012 사업연도의 소득금액 계산 시 해당 금액만큼은 익금불산입 항목으로 인정할 수 없다. 이와 전제가 같은 피고의 이 사건 처분 중 이에 대한 원고의 경정청구를 거부한 부분은 정당하고, 이에 대한 원고의 주장은 이유 없다. 4) 소결론 가) 2015 사업연도 법인세 부분(전부 취소) 2015 사업연도 기술료 반납액에 상응하는 정부출연금 43,783,277원은 원고의 주장대로 위 사업연도 소득금액 계산 시 익금불산입으로 인정되어야 하는바, 이 사건 처분 중 [별지1] 목록 2015 사업연도 ‘환급세액’란 기재 법인세 8,756,656원의 경정거부처분 부분은 위법하여 취소되어야 한다[피고는 위 법인세 환급세액을 8,756,656원으로 산정하였고(2020. 1. 14.자 피고 준비서면 참조, 즉 ‘원고는 2015~2016 각 사업연도에 결손금이 발생하고 2017 사업연도에는 최저한세의 적용을 받았는바, 추가로 익금불산입하는 2015년 기술료 반납액 상당의 43,783,277원은 2018 사업연도 법인세 과세표준 계산 시 이월결손금으로 반영되어 8,756,656원의 환급세액이 발생한다’고 밝혔다), 그에 따라 원고가 청구취지를 변경하였다. 다만, 이월결손금을 공제할 때에는 먼저 발생한 사업연도의 이월결손금부터 차례대로 공제하게 되는바, 추가로 익금불산입하는 2015년 기술료 반납액 상당의 43,783,277원은 1993 사업연도 미공제 이월결손금 잔액의 보전․충당에 반영되어 2015 사업연도 법인세 환급세액이 발생한다고 보는 것이 타당한 이상, 2105 사업연도 법인세 환급세액으로 특정한다. 그리고 이러한 환급세액 산정 결과는 2015년 법인세 경정청구 인용에 따른 것으로 사업연도 특정 여하에 따라 원고가 실질적으로 받는 경제적 이익에 차이가 없을 것으로 보이는 데다가, 설령 그 산정 결과에 차이가 있다고 하더라도 이 사건 소송에 제출된 자료만으로는 2015년 법인세 경정거부처분에 관한 정당한 환급세액이 산출되지 않는 경우에 해당하므로, 원고가 청구한 2015 사업연도 법인세 경정거부처분은 전부 취소하는 것이 타당하다]. 나) 2012 사업연도 법인세 부분(전부 취소) (1) 2012 사업연도 기술료 반납액에 상응하는 정부출연금 220,418,853원도 위사업연도 소득금액 계산 시 익금불산입으로 인정되어야 하므로, 이 부분 원고의 경정청구를 거부한 것은 위법하다. (2) 그러나 2012년 정부출연금 미사용 반납액 24,817,955원은 2012 사업연도 정부출연금에서 차감하여 자산수증익의 감소로 보는 것이 타당하므로, 2012 사업연도 소득금액 계산 시 익금불산입 항목으로 인정될 수 없는바, 이 부분 원고의 경정청구를 거부한 것은 정당하다. 다만, 이 사건 소송에 제출된 자료만으로는 2012년 법인세 경정거부처분에 관한 정당한 환급세액이 산출되지 않는 경우에 해당하는바(정당한 과세표준액은 산출이 가능하나, 그 변경에 따라 연동하는 구체적인 항목들, 즉 최저한세 적용제외 공제감면세액, 가산세액 등은 산출이 불가능하여 최종 환급세액 산출이 되지 않는다), 원고가 청구한 2012 사업연도 법인세 52,976,057원의 경정거부처분은 전부 취소하는 것이 타당하다. 3. 결론 그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 재판장 판사 박양준, 판사 김병주(주심), 판사 추진석 [별지2] 관계 법령 ■ 구 법인세법(2019. 12. 31. 법률 제16833호로 개정되기 전의 것) 제18조(평가이익 등의 익금불산입) 다음 각 호의 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다. 6. 무상으로 받은 자산의 가액과 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채의 감소액 중 대통령령으로 정하는 이월결손금을 보전하는 데에 충당한 금액 ■ 산업기술혁신 촉진법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. "산업기술"이란 「산업발전법」 제2조에 따른 산업, 「광업법」 제3조 제2호에 따른 광업,「에너지법」 제2조제1호에 따른 에너지와 관련한 산업과 「신에너지 및 재생에너지 개발·이용·보급 촉진법」 제2조제1호 및 제2호에 따른 신에너지 및 재생에너지와 관련한 산업의 발전에 관련된 기술을 말한다. 2. "산업기술혁신" 이란 산업기술과 관련하여 기술혁신주체가 기술혁신 자원을 활용하여 기술혁신[제품 및 서비스를 기획·디자인·개발·개량하는 제품·서비스혁신과 제품·서비스생산의 과정·관리 및 관련 장비 등을 효율화하는 공정혁신을 포함한다]활동을 수행하고, 그 성과물을 사업화함으로써 새로운 부가가치를 창출하여 나가는 일련의 과정을 말한다. 3. "기술혁신주체" 란 산업기술혁신을 수행하는 기업·대학 및 연구기관 등을 말한다. 4. "기술혁신자원" 이란 산업기술혁신에 필요한 산업기술인력, 연구장비·시설, 지식재산권 및 기술·산업정보 등 유형·무형의 자산을 말한다. 6. "연구기관" 이란 국공립연구기관, 「특정연구기관육성법」의 적용을 받는 연구기관, 「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」 제2조제1호에 따른 과학기술분야 정부출연연구기관, 제42조에 따른 전문생산기술연구소 및 「민법」 또는 다른 법률에 따라 설립된 산업기술 분야의 법인인 연구기관을 말한다. 7. "산업기술혁신사업" 이란 제11조에 따른 산업기술개발사업, 제15조제2항에 따른 개발기술사업화촉진사업, 제19조에 따른 산업기술기반조성사업, 제27조에 따른 국제산업기술협력사업, 그 밖에 산업기술혁신을 촉진하기 위하여 정부 및 기술혁신주체 등이 참여하여 추진하는 사업을 말한다. 8. "기술혁신성과물" 이란 산업기술혁신의 과정에서 얻어지거나 결과로 도출되는 제품[시제품과 시작품을 포함한다], 연구장비 및 시설, 연구노트 등 유형적 성과와 기술데이터, 지식재산권, 연구보고서의 판권 등 무형적 성과를 말한다. 9. "사업화" 란 개발된 기술을 이용하여 제품·서비스의 개발·생산 및 판매를 수행하거나 그 과정의 관련 기술의 향상에 적용하는 것을 말한다. 제11조(산업기술개발사업) ① 산업통상자원부장관은 혁신계획 및 시행계획을 효율적으로 수행하기 위하여 관계 중앙행정기관의 장과 협의하여 다음 각 호의 산업기술분야에서 기술개발사업(산업기술개발을 위하여 필요한 기획 및 조사를 포함한다. 이하 "산업기술개발사업"이라 한다)을 추진할 수 있다. 1. 산업의 공통적인 기반이 되는 생산기반 기술, 부품·소재 및 장비·설비(플랜트를 포함한다)기술 2. 산업기술 분야의 미래 유망 기술 3. 산업의 고부가가치화를 위한 공정혁신, 청정생산 및 환경설비 등에 관련된 기술 4. 산업의 핵심기술의 집약에 필요한 엔지니어링·시스템 기술 5. 에너지 절약 및 신·재생에너지 개발 등 에너지·자원기술 11. 개발된 산업기술의 사업화에 필요한 연계기술 12. 제1호부터 제10호까지의 기술 간 결합을 통한 시장지향형 융합기술 ② 산업통상자원부장관은 연구기관, 대학, 그 밖에 대통령령으로 정하는 기관·단체 또는 기업 등으로 하여금 산업기술개발사업을 수행하게 할 수 있다. 이 경우 산업통상자원부장관은 다음 각 호의 자와 산업기술개발사업에 관한 협약을 체결하고 해당 사업의 수행에 드는 비용의 전부 또는 일부를 출연 또는 보조할 수 있다. 1. 산업기술개발사업을 주관하여 수행하는 자(이하 "주관연구기관"이라 한다) 2. 산업기술개발사업을 효과적으로 수행하기 위하여 필요한 경우로서 주관연구기관 외에 해당 산업기술개발사업에 참여하는 자(이하 "참여기관"이라 한다) ③ 주관연구기관은 산업기술개발사업을 효과적으로 수행하기 위하여 필요한 경우 제2항 전단에 따른 기관·단체 또는 기업 등과 협약을 체결하여 주관연구기관이 수행하는 산업기술개발사업의 일부를 위탁하여 수행하게 할 수 있다. ④ 산업통상자원부장관은 산업기술개발사업을 효율적으로 추진하기 위하여 필요하다고 인정하는 경우에는 제39조에 따른 한국산업기술평가관리원, 그 밖에 대통령령으로 정하는 기관·단체로 하여금 산업기술개발사업의 과제기획·관리 및 평가(이하 이 조에서 "기획등"이라 한다)에 관한 업무를 대행하게 할 수 있다. 이 경우 산업통상자원부장관은 기획등을 대행하는 자(이하 "전담기관"이라 한다)에 대하여 기획등의 수행에 드는 비용의 전부 또는 일부를 출연 또는 보조할 수 있다. ⑤ 제2항에 따른 산업기술개발사업의 수행과 제2항 및 제4항에 따른 출연금 또는 보조금의 지급·사용 및 관리를 위하여 다음 각 호의 사항을 대통령령으로 정한다. 1. 산업기술개발사업에 관한 협약의 체결, 변경 및 해약에 관한 사항 2. 제4항에 따라 전담기관이 대행하는 기획등에 대한 업무의 범위에 관한 사항 3. 그 밖에 산업기술개발사업과 출연금 또는 보조금의 관리에 필요한 사항 제12조(기술료의 징수 및 사용) ① 산업통상자원부장관은 산업기술개발사업이 끝난 경우에는 그 결과를 사용·양도·대여 또는 수출하려는 자로부터 기술료를 징수할 수 있다. ② 제1항에 따라 징수한 기술료는 제37조의4 제1항에 따른 산업기술혁신계정의 재원으로 귀속된다. ③ 제1항에 따른 기술료의 징수 및 관리에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제13조(기술혁신성과물의 귀속 및 활용촉진) ① 산업기술개발사업을 통하여 얻어지는 기술혁신성과물은 제11조 제2항에 따라 체결하는 협약으로 정하는 바에 따라 주관연구기관의 소유로 한다. 다만, 참여기관이 부담한 연구장비 및 시설이나 그 밖에 주관연구기관의 소유를 인정하는 것이 부적합한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. ② 기업 등 영리를 목적으로 하는 자가 주관연구기관인 경우로서 제12조에 따른 기술료를 정당한 사유 없이 대통령령으로 정하는 기간 이내에 내지 아니한 경우에는 전담기관이 지식재산권, 연구장비 등 대통령령으로 정하는 중요 기술혁신성과물을 관리한다. ③ 산업통상자원부장관은 제2항 또는 대통령령으로 정하는 사유로 인하여 전담기관이 관리하는 기술혁신성과물에 대하여는 다음 각 호의 기관을 통하여 해당 기술혁신성과물을 사업화하려는 자가 활용할 수 있도록 관련 시책을 수립·추진하여야 한다. 이 경우 산업통상자원부장관은 해당 산업기술개발사업에 참여한 자에 대하여 우선적으로 기술혁신성과물을 활용하도록 할 수 있다. 1. 전담기관 2. 제38조에 따른 한국산업기술진흥원 ■ 산업기술혁신 촉진법 시행령 제12조(협약의 체결 등) ① 법 제11조 제2항에 따른 협약에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다. 1. 산업기술개발사업의 과제 및 협약 기간 2. 산업기술개발사업의 총괄 책임자, 법 제11조 제2항 후단에 따른 주관연구기관(이하 "주관연구기관"이라 한다) 및 법 제11조 제3항에 따른 참여기관(이하 "참여기관"이라 한다)에 관한 사항 3. 산업기술개발사업비의 지급ㆍ사용ㆍ관리 및 정산에 관한 사항 3의 2. 연구장비의 관리에 관한 사항 4. 산업기술개발사업 과제 수행 결과의 평가 및 보고에 관한 사항 5. 협약의 변경 및 해약에 관한 사항 6. 법 제12조에 따른 기술료(이하 "기술료"라 한다)에 관한 사항 7. 기술혁신성과물의 귀속ㆍ활용ㆍ이전 및 사후관리에 관한 사항 8. 협약 위반 시 조치에 관한 사항 ② 산업통상자원부장관은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 협약에서 정하는 바에 따라 제1항에 따른 협약의 내용을 변경할 수 있다. 1. 산업기술개발사업비의 절감이나 사업기간 단축 등 사업을 보다 효율적으로 수행하기 위하여 협약을 변경할 필요가 있는 경우 2. 관련 법령이 개정되거나 산업기술개발사업에 대한 정책이 변경되어 협약의 변경이 필요한경우 3. 다년도 협약을 체결한 과제에 대하여 정부의 예산 사정 또는 산업기술개발사업의 과제에대한 평가 결과에 따라 협약을 변경할 필요가 있는 경우 제15조(기술료의 징수ㆍ관리 및 사용) ① 기술료는 법 제11조 제2항에 따라 산업통상자원부장관이 출연한 금액의 100의 50의 범위 또는 기술혁신성과물의 사업화에 따라 발생한 매출액의 100분의 5의 범위에서 제12조에 따른 협약에서 정한 금액으로 한다. ② 산업통상자원부장관은 제1항에 따른 기술료를 제12조에 따른 협약에서 정하는 바에 따라 분할하여 납부하게 할 수 있으며, 기술료를 한꺼번에 또는 미리 납부하는 자에 대해서는 기술료 중 일정 금액을 감면할 수 있다. ④ 제1항부터 제3항까지에서 규정한 사항 외에 기술료의 징수 및 관리에 관한 세부 사항은 산업통상자원부장관이 정하여 고시한다. 제16조(기술혁신성과물의 귀속 등) ① 기술혁신성과물이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우(제2항에 따라 국가의 소유로 하는 기술혁신성과물은 제외한다)에는 법 제13조 제1항 단서에 따라 해당 기술혁신성과물을 협약에서 정하는 바에 따라 참여기관의 소유로 할 수 있다. 1. 참여기관이 소유를 조건으로 부담하거나 그 밖에 주관연구기관의 소유를 인정하는 것이 부적합한 시제품, 연구장비, 시설 등 유형적 성과 2. 참여기관이 연구개발한 기술데이터, 연구보고서 및 지식재산권 등 무형적 성과 ② 기술혁신성과물이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제13조 제1항 단서에 따라 그 성과물 중 정부의 출연금 지분에 해당하는 부분을 협약에서 정하는 바에 따라 국가의 소유로 할 수 있다. 1. 국가안보상 필요한 경우 2. 기술혁신성과물을 공익적 목적에 활용하기 위하여 필요한 경우 3. 주관연구기관이 기업 등 영리를 목적으로 하는 자인 경우로서 기술료를 다 납부하지 못한 경우 4. 기술혁신성과물을 소유할 기관이 국외에 있는 경우 5. 주관연구기관이 협약에서 정하는 바에 따라 기술혁신성과물을 사용(수행 결과를 사용하여 생산하는 경우를 포함한다), 양도(기술이전을 포함한다), 대여 또는 수출하지 아니한 경우 ③ 법 제13조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 납부일부터 1년을 말한다. ④ 법 제13조 제2항에서 "지식재산권, 연구장비 등 대통령령으로 정하는 중요 기술혁신성과물"이란 산업기술개발사업의 수행을 통해 도출된 다음 각 호의 것을 말한다. 1. 「특허법」, 「실용신안법」 및 「디자인보호법」에 따라 등록된 지식재산권 2. 「저작권법」에 따른 저작재산권 3. 「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」에 따른 국가과학기술종합정보시스템과 연계 하여 관리하는 연구장비 ⑤ 법 제13조 제3항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 제2항에 따라 국가의 소유가 된 경우를 말한다. ■ 구 기술료 징수 및 관리에 관한 통합요령(산업통상자원부고시 제2014-271호) 제1조(목적) 이 요령은 산업기술혁신을 촉진하여 산업경쟁력 강화 및 국가 혁신역량 향상에 이바지하기 위하여, 산업기술혁신 촉진법 시행령 제15조 제4항의 규정에 의한 기술료의 징수, 감경, 관리 등에 관하여 필요한 세부사항을 규정함을 목적으로 한다. 제3조(용어 정의) 이 요령에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. 1. "정부출연금”이라 함은 제2조 각호의 기술혁신사업의 목적을 달성하기 위하여 예산이나 기금 등에서 수행기관에게 지급하는 기술개발소요경비를 말한다. 2. "실시”라 함은 사업수행과정 또는 그 결과로 획득한 성과물을 사용(수행결과를 사용하여 생산하는 경우를 포함한다)·양도(기술이전을 포함한다)·대여 또는 수출하는 것을 말한다. 단 다른 조항에 특별히 정함이 없는 한 이 요령에서의 실시는 원칙적으로 성과물의 사용 또는 사용 허락을 의미하는 것으로 본다. 3. "기술료”라 함은 제2조 각호의 기술혁신사업의 성과를 사용하는 권리(이하 "실시권”이라 한다)를 획득하는 대가로 실시권자가 국가, 전담기관 또는 사업수행결과의 소유권자에게 현금 또는 유가증권 등으로 지급하는 금액을 말한다. 4. "정액기술료”라 함은 협약 또는 실시계약에서 정한 바에 따라 정부 출연금의 일정 비율로 계산한 기술료를 말한다. 5. "경상기술료”라 함은 협약 또는 실시계약에서 정한 착수기본료 및 매년 매출액의 일정 비율로 계산한 기술료를 말한다. 제4조(기술료 징수대상) ① 장관은 과제 종료(조기종료 포함) 후 평가결과 혁신성과, 보통, 성실수행인 과제의 영리 주관기관 또는 영리 참여기관에게 성과물에 대한 실시권을 획득하는 대가로 기술료를 징수할 수 있다. ② 장관은 기초 연구의 결과물 등 연구개발결과의 활용촉진을 위하여 공개 활용이 필요하거나, 연구개발결과의 실시를 목적으로 하지 아니하는 사업에 대해서는 공통요령 제19조의 시행계획(이하 ‘시행계획’이라 한다)으로 공고하는 바에 따라 기술료를 징수하지 아니할 수 있다. 제5조(비영리기관의 기술료) ① 비영리 수행기관의 장은 소유한 연구개발결과물을 실시하려는 자와 실시계약을 체결하고 기술료를 징수할 수 있다. ② 실시권의 범위와 내용, 기술료 금액 및 납부방법 등에 관하여는 다음 각 호를 제외하고는 당사자간의 자유로운 합의에 따른다. 1. 실시계약의 상대방은 공통요령 제37조의2 제2항 각호의 사유가 없는 한 해당 과제를 함께 수행한 영리기업을 우선적으로 고려하여야 한다. 2. 수행 도중 기술료 징수과제로 전환된 과제에 대해서는 기술료 징수 과제의 예에 따라 처리한다. 제6조(영리기관의 기술료 납부) ① 제4조 제1항에 따라 기술료를 납부하는 영리기관은 정액기술료 방식과 경상기술료 방식 중 하나를 선택하여 전담기관에 납부하여야 한다. ② 실시계약의 체결은 해당 영리기관이 기술료 확정 결과 통보일로부터 30일 이내에 별지서식 제1호의 기술실시 보고서를 전담기관의 장에게 제출하는 방법으로 갈음한다. 이때 해당 과제의 주관기관은 기술료 확정결과를 통보받은 즉시 참여기업에 통보하고 기한내 기술실시 보고서를 취합하여 전담기관에 제출하여야 한다. 제9조(정액기술료의 징수율) ① 제6조 제1항에 따라 실시기업이 납부하는 정액기술료는 해당 실시기업이 사용한 정부출연금에 다음 각 호의 비율을 곱한 금액으로 산정한다. 1. 중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업인 경우 정부출연금의 100분의 10 3. 대기업인 경우 정부출연금의 100분의 40 제10조(정액기술료의 징수기간) 정액기술료는 제6조 제2항에 따른 기술실시 보고서 제출기한일로부터 기산하여 5년 이내의 기간 동안 1년 단위로 균등하게 분할하여 징수함을 원칙으로 한다. 제11조(정액기술료의 감경) ① 전담기관의 장은 실시기업이 중소기업 또는 중견기업이고 "혁신성과”로 평가된 과제에 대해서는 해당 실시기업이 납부할 기술료의 100분의 30을 감경할 수 있고, 실시기업은 감경받은 기술료를 참여연구원에 대한 전시회 견학, 연수, 교육 등 인센티브 재원으로 사용하여야 한다. ② 전담기관의 장은 실시기업의 장이 기술료를 일시 또는 조기 납부하는 경우, 제9조 제1항의 금액 또는 제1항에 따라 감경된 금액에 대하여 다음 각 호의 1의 비율로 계산한 금액을 감경할 수 있다. 제12조(경상기술료의 징수율) ① 경상기술료 방식을 택한 실시기업은 실시기업별로 사용한 정부출연금에 대하여 다음 각 호의 비율을 곱하여 계산한 착수기본료를 기술료확정결과 통보일로부터 90일 이내에 납부하여야 한다. 1. 중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업인 경우는 100분의 5 3. 대기업인 경우 100분의 10 제13조(경상기술료의 징수기간) 경상기술료의 징수기간은 매출이 발생한 회계연도부터 5년 또는 과제종료 후 7년 중에서 먼저 도래한 시점까지로 한다. 끝.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2019구합66026

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

에너지법 제2조

촉진법 제2조

조세특례제한법 제10조

광업법 제3조

촉진법 시행령 제15조

산업발전법 제2조