+ - 북마크 저장 [행정] 1심사건

수원지방법원 2020.06.04 선고 2019구합62575 판결

자회사에게 기술사용료지급채무를 면제해 준것으로 봄이 타당함, 경영지원수수료 수취에 대한 약정 및 관련 채권이 있었다고 보기 어려움[일부패소] 【사 건】 수원지방법원2019구합62575 【원 고】 000 【피 고】 00세무서장 【변 론 종 결】 2020. 4. 23. 【판 결 선 고】 2020. 6. 4. 【주 문】 1. 피고가 2016. 11. 7. 원고에 대하여 한 별지 1. 목록 ‘과세내역’ 란 기재 각 법인세 (가산세 포함) 부과처분 중 별지 1. 목록 ‘정당세액’ 란 기재 각 금액을 초과하는 부 분을 취소한다. 2. 원고의 각 나머지 청구를 기각한다. 3. 소송비용 중 10분의 9는 원고가, 나머지 10분의 1은 피고가 각 부담한다. 【청 구 취 지】 피고가 2016. 11. 7. 원고에 대하여 한 별지 2. 목록 기재 각 법인세(가산세 포함) 부과처분1) 중 별지 2. 목록 ‘정당세액’ 란 기재 각 금액을 초과하는 부분2)을 취소한다. 【이 유】 1. 처분의 경위 가. 원고와 이 사건 자회사의 지위 1) 원고는 2010. 1. 5. 주식회사 KK(이하 ‘KK’이라 한다)에서 분할․신설된 법인으로서, 타이어코드(Tire cord),3) 에어백쿠션 등 자동차 소재, 섬유와 그 관련 제품, 합성수지 및 기타 화학제품, 필름․전자재료 제조․가공 및 판매업 등을 영위하고 있다. 지주회사인 KK은 해외 거래처들에게 용이하게 타이어코드 및 에어백쿠션 등을 공급하기 위하여 2002. 11. 28. 중국 00성 00난징시에 K, Ltd.(이하 ‘이 사건 자회사’라 한다)를 설립하였는데, 원고는 분할․신설 당시 KK으로 부터 이 사건 자회사 발행 주식의 100%를 인수하여 소유하고 있다(이하 원고와 KK을 구분하지 않고 ‘원고’라 한다). 나. 사업구조 및 기술이전계약 체결 1) 이 사건 자회사는 원고로부터 원재료 등을 공급받은 다음 타이어코드 및 에어백쿠션을 제조하여 해외 거래처 등에게 판매하는 사업구조를 가지고 있다. 2) 원고는 2003. 6. 22. 타이어코드 생산을 위한 제조․가공 공장의 설계․건설 용역과 원고가 보유한 타이어코드 제조 기술을 이 사건 자회사에 제공하는 내용의 계약을 이 사건 자회사와 체결하였는데, 그 대가로 150만 USD를 일괄하여 지급받기로 하였다(일명 ‘Lump Sum’ 계약 방식). 또한 원고는 에어백쿠션에 관하여도, 2004. 4. 30. 이 사건 자회사에 에어백쿠션 원 단 가공 공장 설계․건설 용역과 에어백쿠션 원단 가공 기술을 제공하는 내용의 계약 을 이 사건 자회사와 체결하였고, 그 대가로 50만 USD를 일괄하여 지급받기로 하였다 (Lump Sum). 3) 한편, 원고와 이 사건 자회사는 2011. 1. 1. 타이어코드 및 에어백쿠션 생산기 술의 대가(이하 ‘이 사건 기술사용료’라 한다) 지급과 관련하여, 기존의 일괄지급 방식 이 아니라 해당 기술과 관련한 제품 매출액의 2.5%를 기술제공대가(로열티)로 수취하 는 내용(일명 ‘Running’ 방식)으로 변경하는 내용의 ‘기술이전 변경계약’(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였다. 이 사건 계약의 주요 내용은 아래와 같다. 항목 상세내역 계약내용 원고는 이 사건 자회사에게, 원고가 보유한 타이어코드 및 에어백 생산을 위한 기술을 제공하고 이 사건 자회사는 원고에게 기술이전에 대한 대가 를 지급함 제공되는 기술항목 0.제품 생산 기술 제공 0.신제품 연구개발 대행 및 생산지원 0.생산설비 구축 및 교육 지원(신규 생산설비 포함) 0.생산설비․공정기술의 유지보수 등 기술제공대가 계약기술 관련제품 매출액에 1,000분의 25(2.5%)를 곱한 금액 다. 원고의 이전가격정책 수립 및 변경 1) 원고는 이 사건 자회사를 포함한 해외 자회사와의 거래에서 국제조세조정에 관한 법률(이하 ‘국제조세조정에관한법률’이라 한다)에 따른 이전가격(Transfer Price) 정책을 수립하고자2010년경 외부 회계법인인 HH회계법인으로부터 이와 관련한 자문을 받았는데, HH회계법인은 2010. 6. 1. 원고와 이 사건 자회사 사이의 재화․임가공 거래에 적용되는적정한 정상가격 산출방법은 국제조세조정에관한법률 제5조 제1항 제5호 소정의 거래순이익률방법4)이고, 그 기준이 되는 수익성지표는 매출원가와 판매관리비를 합한 비용(매출원가 및 영업비용) 대비 영업이익의 비율(총원가가산율5))이라는 내용의 자문을 하였다. 거래순이익률방법을 적용하여 정상가격의 범위를 산정할 때에는 비교대상회사들의 대상 지표 관측값들을 조사한 다음 상위 100분의 25에 해당하는 값(상위 사분위값)과 하위 100분의 25에 해당하는 값(하위 사분위값) 사이의 범위로 산정한다 그런데 HH회계법인의 이전가격 보고서(이하 ‘이 사건 이전가격 보고서’라 한다. 갑제5호증의1)에 의하면, 1. 이 사건 자회사가 원고로부터 에어백쿠션 원단 내지 타이어코드 원재료를 구매하는 거래, 이 사건 자회사가 임가공비를 수취하는 거래 등에 대한정상가격 범위를 총원가가산율 3.96%(하위 사분위값) ~ 6.76%(상위 사분위값)로, 2. 원 고가 이 사건 자회사에 기술 및 노하우를 제공하는 거래(로열티), 즉 이 사건 기술사용 료의 정상가격 범위를 관련제품 매출액의 2.5% ~ 5%로 각 제시하고 있고, 3. 원고가 이 사건 자회사에 기술지원, 판매촉진, 마케팅, 인사관리, IT, 지적재산권 관리 및 기타 일반 관리 서비스를 제공하는 거래(경영지원용역, 이하 그 대가를 가리켜 ‘이 사건 경 영지원수수료’라 한다)의 정상가격은 발생비용에 일정 비율을 가산하는 방법으로 그 범위를 산정하되, 그 가산율(mark up)의 범위를 1.86 ~ 5.31%로 제시하고 있다. 기술사용료 및 경영지원수수료 등 무형자산 거래에서의 이전가격 수취 여부 및 정상 가격 범위에 대한 이 사건 이전가격 보고서의 주요 내용은 아래와 같다. 2) 원고는 이 사건 이전가격 보고서를 바탕으로 하여 2010. 7. 26.경 원고와 해외 자회사 간 재화 및 용역, 무형자산 제공 거래 등의 이전가격 정책을 수립하였다. 이에 의하면, 원고는 이 사건 자회사가 속한 중국/아시아지역 제조 자회사 간에는 거 래순이익률방법이 가장 적합하고, 그들과의 재화공급 거래에서 사용할 수익성지표는 총원가가산율 3.96 ~ 6.76%를 적용하기로 하였다. 그런데 원고는 무형자산 등 거래에 대하여 이 사건 이전가격 보고서의 내용을 일부 변경한 내부 지침(갑 제5호증의2, 이 하 ‘이 사건 이전가격 지침’이라 한다)을 마련하였고, 그 주요 내용은 아래와 같다(이에의하면, 브랜드 수수료율이 변경되었고, 기술사용료 등의 수취 여부에 대한 표현이 변경되었다). 3) 원고 경영기획팀 담당자는 이 사건 이전가격 지침에 따라 2010. 8. 12.자 품의 서(1차 품의서)를 작성하여 경영지원본부장, 대표이사의 결재를 얻었는데(이 사건 기술 사용료와 경영지원수수료 범위에 대하여는 이 사건 이전가격 보고서와 같은 내용으로 기재되어 있다), 무형자산에 대한 사용료 수취에 관하여는 다음과 같이 명시하였다. 이후 원고 경영기획팀은 2010. 11. 23. ‘이전가격 해외법인별 시행’이라는 제목으로 다시 품의(2차 품의서)하였는데, 이 사건 자회사에 대한 주요 내용은 아래와 같다(기술 사용료 등 수취 여부에 관하여 아래 5.항과 같이 구체화하였고, 다른 일부 해외 자회 사에 대하여는 무형자산 수수료 수취 여부 및 액수 등을 변경하였다). 4) 이후 원고는 앞서 본 바와 같이 기술사용료에 관하여 2011. 1. 1. 이 사건 계약 을 체결하였는데, 이 사건 계약서에는 일정한 사유가 있는 경우 기술사용료를 수취하 지 않을 수 있다는 내용이 기재되어 있지 않다. 원고의 경영기획팀은 2011. 5. 23. ‘해외법인별 이전가격 정책 시행’이라는 제목으로 다시 품의(3차 품의서)하였는데, 여기에는 이 사건 자회사에 관하여 아래와 같이 기재 되어 있다[경영지원수수료에 대한 내용이 없고, 원고의 타 해외 자회사(아래 ‘K’)와 달리 기술사용료 수취 유예에 대한 내용이 기재되어 있지 않다]. 5) 이 사건에서 원고는 2011. 11. 26. 기술사용료의 구체적인 내용을 정한 ‘이전가 격 가이드라인’을 수립하였다고 주장하면서 갑 제5호증의5(이전가격 가이드라인, 이 사건 이전가격 가이드라인‘이라 한다)를 이 법원에 제출하였는데, 이에 의하면, ‘원고의기술사용료 수취 전․후 이 사건 자회사의 총원가가산율이 3.96% 미만일 경우에는 기 술사용료를 수취하지 않는다’고 기재되어 있다. 라. 원고의 기술사용료 및 경영지원수수료 수취 여부 1) 원고는 종전 계약에 따라 이 사건 자회사로부터 기술사용료가 반영된 일괄대가 (2008년부터 2011년까지의 합계 4,443,532,191원)를 수취하였고 그 중 일부로서 2011. 3.경 247,499.07 USD를 수취한 것을 마지막으로 이 사건 계약에 따른 기술사용료를 수취한 바 없다. 2) 한편, 원고가 법인세 신고를 하면서 첨부한 이 사건 자회사에 대한 ‘해외현지법 인 재무상황표’상의 손익계산서 기재에 의하면, 이 사건 자회사의 2012 ~ 2014 사업연도 영업이익, 매출원가 및 판관비, 총원가가산율은 아래와 같다. 원고는 위와 같이 이 사건 자회사의 2012 ~ 2014 사업연도 총원가가산율이 3.96%에 미달하였다는 이유로 이 사건 기술사용료를 수취하지 않았고, 경영지원수수료에 관하 여는 원고의 이전가격정책 수립 전․후에 걸쳐 이를 수취한 바 없다. 마. 원고에 대한 세무조사 및 이 사건 처분 1) 00지방국세청은 2014. 5. ~ 2014. 8.경 원고의 2010, 2011 사업연도 법인세통합조사(이하 ‘1차 세무조사’라 한다)를 실시하였는데, 1차 세무조사 당시 아래 ‘확대항목’ 기재 항목(이하 ‘이 사건 관련항목’이라 한다)에 대하여 2012, 2013 사업연도에도동일한 잘못이 있음을 확인하고 2014. 7. 14. 원고에게 이에 대하여 세무조사 범위를확대한다는 취지의 통지를 하였고, 이에 따라 2012, 2013 사업연도에 관한 부분적인세무조사가 이루어졌다. 1차 세무조사 이후00지방국세청장은 2014. 8. 13. 원고에게 이 사건 관련항목에대한 조사 결과를 반영하여 2012, 2013 사업연도의 법인세를 경정하는 내용의 세무조사결과를 통지하였다. 2) 이후 **국세청장은 2016. 4. 14.경 조사대상 세목을 ‘법인제세 통합조사(법인세, 부가가치세, 원천세 등 포함)’, 조사대상 과세기간을 ‘2012. 1. 1.부터 2015. 12. 31.까지’(2012 ~ 2015 사업연도), 조사기간을 ‘2016. 4. 14.부터 2016. 7. 12.까지’, 조사 사유를 ‘과세기간 신고내용에 대한 분석결과 탈루나 오류의 혐의가 있어 신고내용의 적정 여부를 검증하기 위하여 조사대상 선정’으로 각 기재하고, 조사제외대상을 ‘00지방국세청에서 2014. 5.부터 2014. 8.경까지 실시한 2012, 2013년 귀속 기조사한 부분‘으로 기재하여 원고에게 세무조사(이하 ’2차 세무조사‘라 한다) 실시 통지를 하였다. 3) **지방국세청은 원고가 이 사건 경영지원수수료와 이 사건 계약에 따라 수취하기로 약정한 이 사건 기술사용료를 미수취한 것은 국제조세조정에관한법률 제3조 제2항 단서, 국제조세조정에관한법률시행령 제3조의2에서 규정하고 있는 ’자산의 증여 등‘에 해당하여 구 법인세법(2018.12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제52조 소정의 부당행위계산 행위에 해당한다고 판단하였다. 이에 **지방국세청은 익금산입할 이 사건 기술사용료에 대하여는 이 사건 계약에 따른 관련 매출액의 2.5%를 기준으로 산정하였고, 이 사건 경영지원수수료에 대하여는원고 직원이 이 사건 자회사 출장에 소요된 비용을 기준으로 하여 산정하였다. 그 산정 내역은 아래와 같다. **지방국세청은 2016. 10. 17.경 이 사건 기술사용료 및 경영지원수수료 미수취 부 분을 위와 같이 익금산입하여 법인세액을 증액하는 내용의 세무조사 결과를 통지하였 다2차 세무조사에는 위 사항 이외에 원고가 특수관계인에게 지급한 인건비에 대한 손 금불산입, 원고가 KK에 지급한 그룹 브랜드 수수료의 손금불산입(부당행위계산 부 인) 부분 등 다른 사항들이 반영되어 있다 4) 피고는 2차 세무조사 결과에 따라 2016. 11. 7. 원고에게 2012 ~ 2014 사업연 도에 대하여 아래와 같이 각 법인세 부과처분을 하였다. 5) 한편, 원고는 2018. 9. 21. 관할 세무서장에게 원고의 2013, 2014 사업연도 법 인세 감액 경정청구를 한 바 있는데, 관할 세무서장은 2018. 11. 21. 그중 일부를 받아들였다. 또한 원고는 2017. 2. 22. 조세심판원에 위 각 부과처분의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2018. 11. 26. 원고의 심판청구 내용 중 일부를 인용하였으 나, 위 각 부과처분 중 이 사건 기술사용료 및 경영지원수수료를 부당행위계산 행위로 보아 익금산입한 부분은 정당하다고 판단하였다. 이와 같이 원고의 당초 법인세 신고세액에서 2차 세무조사 결과를 반영한 2016. 11. 7.자증액 경정처분, 원고의 감액 경정청구 일부 인용 부분, 조세심판원의 일부 인용 결정을반영한 결과의 세액이 별지 2. 목록 ’경정청구 인용 및 조세심판원 일부 결정에 따른 취소 후 잔존세액‘ 란 기재 각 금액이다 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증, 을 제1 내지 9호증의 각 기재(가지번 호 있는 것은 이를 각 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지 2. 이 사건 처분의 적법 여부 가. 원고의 주장 요지 1) 원고는 이 사건 이전가격 보고서에 근거하여 이전가격 정책을 수립하였는데, 이에 의하면, 이 사건 자회사의 총원가가산율이 하위 사분위 값인 3.96%보다 낮을 경 우에는 원고가 이 사건 자회사로부터 기술사용료를 수취하지 않기로 하였다. 이는 이 8) 당초 원고의 법인세 신고세액은 이 사건 처분에 흡수되었고(대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결 등 참조), 감액 경정처분은 당초의 신고 또는 부과처분과 별개인 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초의 신고또는 부과처분의 변경이어서(대법원 1996. 11. 15. 선고 95누8904 판결 등 참조), 2016. 11. 7.자 이 사건 처분이 항고소송의 대상이 된다. 사건 계약의 내용에 편입된 것으로 볼 수 있거나, 이에 관한 묵시적 합의가 이루어진 것을 의미한다. 피고는 이러한 합의가 인정되더라도 기 발생한 기술사용료 채무의 이 행을 단순히 유예하기로 합의한 내용에 지나지 않는다고 주장하나, 원고의 각 품의서, 이 사건 이전가격 가이드라인에 비추어 보면, 원고는 이 사건 자회사의 총원가가산율 이 3.96% 이상이 된다는 ’정지조건‘이 충족될 경우에만 이 사건 기술사용료를 수취하 기로 한 것인바, 이러한 합의는 이른바 정지조건부 법률행위에 해당한다. 그런데 이 사건 자회사의 2012 ~ 2014 사업연도 총원가가산율이 3.96%에 미달하였 으므로 애당초 이 사건 기술사용료 지급 채무는 발생하지 않았고, 따라서 국제조세조정에관한법률 제3 조 제2항 및 국제조세조정에관한법률 시행령 제3조의2 제1호 소정의 ’채무의 면제‘ 사유에 해당하지 않 으므로, 이 사건 처분 중 기술사용료 부분은 법인세법상 부당행위계산 부인 대상이 되 지 않는다. 2) 원고는 이 사건 자회사로부터 이 사건 경영지원수수료를 수취하기로 하는 내용 의 계약을 체결한 사실이 없어 그 지급 채무는 존재하지 않으므로 ’채무의 면제‘ 사유 에 해당하지 않는다. 따라서 이 또한 법인세법상 부당행위계산 부인 대상에 해당하지 않는다. 그런데 피고는 이 사건 기술사용료와 경영지원수수료를 익금산입하여 법인세를 부과 하였으므로 이 사건 처분 중 이에 대한 부분은 위법하다. 3) 1차 세무조사 당시 조사청은 원고의 2012, 2013 사업연도 법인세까지 범위를 확대하여 세무조사하였는데, 조사청은 2차 세무조사에서 원고의 2012 ~ 2015 사업연 도에 대한 법인세 등에 대한 통합 세무조사를 실시하였다. 따라서 이 사건 처분 중 2012, 2013 사업연도 이 사건 기술사용료 부당행위계산 부인 부분은 동일세목, 동일과세기간에 대한 위법한 중복세무조사를 실시하여 이루어진 처분으로서 위법하다. 또한 조사청이 1차 세무조사 당시 원고의 2012, 2013 사업연도 법인세 부분으로 범 위를 확대한 것이 부분세무조사에 해당하거나 당초 세무조사 당시 모든 법인세 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에 해당하지도 않으므로 재조사 금지의 예외적 허용 사유라 할 수도 없다. 나. 관계 법령 별지 3. 관계 법령 기재와 같다. 다. 이 사건 기술사용료 관련 주장에 대한 판단 1) 관련 법리 가) 국제조세조정에관한법률 제3조 제2항은 국제거래에 대하여는 원칙적으로 법인세법 제52조(부당행위계산 부인)를 적용하지 아니하되, 예외적으로 대통령령이 정하는 ‘자산의 증여등’에 대하여는 위 법인세법 조항을 적용한다고 규정하고 있고, 국제조세조정에관한법률 시행령 제3조의2에서는 국제조세조정에관한법률 제3조 제2항 제1호에서는 ‘대통령령이 정하는 자산의 증여 등’에 자산을 무상으로 이전(현저히 저렴한 대가로 이전하는 경우를 제외한다)하거나 채무를 면제하는 경우를 들고 있다. 한편 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세 법’이라 한다) 제52조 제1항은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 일정한 특수 관계자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것 으로 인정되는 경우에 납세지 관할세무서장 등이 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계 산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있도록 하는 부당행위 계산 부인 규정을 두고 있다. 나) 그런데 국제조세조정에관한법률이 1995년에 제정되기 전의 구 법인세법 시행령(1995. 12. 30.대통령령 제14861호 개정되기 전의 것) 제46조 제4항은 국제거래에서 부당행위계산부인의 기준이 되는 ‘시가’ 등의 산정방법을 정함으로써 국제거래에 관하여도 법인세법에따른 부당행위계산 부인을 할 수 있도록 하였다. 그런데 1995. 12. 6. 법률 제4981호로 제정된 국제조세조정에관한법률은 특수관계인 사이의 국제거래 에 대하여는 국제적으로 일반화되어 통용되고 있는 기준에 따르기 위하여 국제조세조정에관한법률을 다 른 법률에 우선 적용하도록 하고, 이와 아울러 법인세법 등에서 관련 규정을 모두 삭 제하였다. 다만 국제조세조정에관한법률에서 정한 이전가격세제의 적용 요건과 법인세법에서 정한 부당행위계산부인의 요건이 서로 달라 이들 규정의 적용범위에 관하여 논란의 소지가 있자, 2002. 12. 18.법률 제6779호로 개정된 국제조세조정에관한법률은 제3조 제2항을 신설하여 이전가격세제의 적용이 어려운 일정한 자산의 증여 등에 대하여는 법인세법에 따른 부당행위계산부인 규정만을적용하도록 하였다. 다) 이러한 국제조세조정에관한법률의 제․개정 연혁, 국제조세조정에관한법률 제3조 제2항의 신설 경위, 법인세법과 국제조세조정에관한법률의 상호 관계, 부당행위계산부인의 대상과 유형을 정한 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호와 국제조세조정에관한법률의 적용배제 범위를 정한 국제조세조정에관한법률 시행령 제3조의2 각 호의성격과 체계 등을 종합하여 보면, 특수관계인 사이의 국제거래에 대하여 국제조세조정에관한법률에서정한 이전가격세제의 적용이 어렵고 그 거래의 실질이 내국법인의 국외 특수관계자에대한 이익의 무상이전에 해당하는 경우에는 국제조세조정에관한법률 시행령 제3조의2 각 호에 포함되는것으로 해석하여야 한다(대법원 2015. 11. 26. 선고 2014두335 판결 참조). 2) 구체적 판단 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실과 앞서 든 각 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 원고는 이 사건 자회사에게 이 사건 기술사용료 지급 채무를 면제하여 주었다고 봄이 상당하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 모두 이유 없다. 가) 이 사건 계약 체결 전에 이루어진 이 사건 이전가격 지침과 원고의 1, 2차 품의서에는 이 사건 자회사의 총원가가산율이 3.96% 미만일 경우에는 이 사건 기술사 용료를 수취하지 않을 수 있다는 내용이 포함되어 있음은 앞서 본 바와 같다. 그러나 처분문서인 이 사건 계약서에는 해당 기술과 관련한 제품 매출액의 2.5%를 기술사용료로 계산하여 다음달 마지막 영업일까지 지급한다고 명시적으로 기재되어 있 고, 이 사건 계약서를 비롯하여 이 사건 계약 이후의 3차 품의서에는 이 사건 자회사 에 대하여는 기술사용료를 수취하지 않을 수 있다는 내용이 기재되어 있지 않다. 나) 원고의 최초 이전가격 정책 수립 이후 각 품의서 기재와 같이 이전가격 정 책은 수차례 변경되었고, 그 과정에서 원고의 해외 자회사들 간에 무형자산에 대한 이 전가격 수취 여부나 범위에 대한 변경도 있었다. 따라서 이 사건 계약 체결 전의 이전 가격 정책이 곧바로 계약의 내용에 편입되었다고 보기 어렵고, 나아가 1차 품의서에는 이 사건 자회사로부터 이 사건 기술사용료를 수취하는 것을 원칙으로 한다는 내용이 기재되어 있고, 2차 품의서에는 이 사건 자회사 총원가가산율이 3.96% 미만일 경우에 는 ‘수취 유예 가능’이라고만 기재되어 있는데, 이는 그 문언상 기술사용료 채무 자체 가 발생하지 않은 것이라고 해석하기보다는 이미 발생한 기술사용료 채무의 지급을 유 예하여 준다는 의미로 해석하는 것이 합리적이다. 다) 원고가 근거로 들고 있는 갑 제5호증의5(이 사건 이전가격 가이드라인)에는 이 사건 기술사용료 수취 전․후 이 사건 자회사의 총원가가산율이 3.96% 미만인 경 우에는 이를 수취하지 않는다는 내용이 기재되어 있으나, 다른 품의서와 달리 위 문서 를 작성한 주체도 불분명하고(단지 ‘원고 경영기획팀’이라고만 부동문자로 인쇄되어 있 을 뿐이다), 다른 품의서들에는 기안자, 부서장, 대표이사의 서명이 기재되어 있으나, 이 사건 이전가격 가이드라인에는 이러한 서명이 없다. 설령 원고의 주장과 같이 이 사건 이전가격 가이드라인을 통하여 원고와 이 사건 자 회사가 일정 조건 하에서 기술사용료를 수취하지 않기로 합의한 것이라 해석하더라도, 이는 오히려 기 발생한 기술사용료 채무를 사후에 면제해 준 것으로서 봄이 타당하다. 라) 원고가 이 사건 자회사의 총원가가산율을 고려하여 무형자산 사용료에 대한 정책을 마련한 취지에 관하여 보건대, 원고가 이 사건 기술사용료 채무 발생의 조건이 라며 주장하는 이 사건 자회사의 ‘총원가가산율’은 영업과 관련하여 발생한 비용을 투 입해 얻은 영업이익의 비중을 의미한다. 그런데 원고가 이 사건 자회사의 총원가가산 율이 일정 비율(3.96%)에 미달할 경우 이 사건 자회사로부터 기술사용료를 수취하지 않기로 한 것은 이 사건 자회사의 영업이익의 일부를 보전하여 주는 것을 의미하고, 결국 이는 기술사용료 등의 면제를 통해 자회사의 영업비용을 줄임으로써 자회사의 수 익성을 보전하고자 하는 목적에서 비롯된 것이다. 그러나 이러한 거래 조건은 특수관계에 있지 않은 상대방과의 거래에서는 매우 이례 적인 조치이고, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산으로서 경제 적 합리성을 무시한 거래 조건에 해당한다. 9) 구 법인세법 제52조에 정한 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 마 HH회계법인은 이 사건 이전가격 보고서를 ) 통해, 향후 원고의 이전가격 정책수립 시 무형자산 수수료 수취 여부를 결정함에 있어 자회사의 수익성을 고려하여 결정할 것을 권유할 뿐이고, 매 사업연도마다 자회사의 수익성 정도를 조건으로 하여 기술사용료 등 무형자산 수수료의 발생 또는 수취 여부가 변동될 수 있도록 할 것을 제시하였던 것은 아니었다. 당초 원고는 이 사건 자회사의 2009년 총원가가산율이 10.09%, 2010년 총원가가산율이 12.72%에 이르자, 이 사건 계약을 체결하고 이 사건 자회사로부터기술사용료를 수취하기로 결정하였던 것으로 보인다. 바) 또한 이 사건 이전가격보고서에서는 원고와 이 사건 자회사 간 재화 공급 거래와 무형자산 용역 제공 거래를 구분하여 정상가격 범위를 산정하고 있는데, 원고 는 이 사건 자회사의 총원가가산율 범위와 무형자산 및 용역 거래에서의 정상가격 범 위를 서로 연계하는 방식에 의한 이전가격 정책을 수립하였는바, 이는 위 이전가격 보 고서의 내용과 다르고, 구분된 거래 형태를 서로 연계․통합할 공정하고 합리적인 이 유를 찾아보기 어렵다(단지 이 사건 자회사의 수익성 보전 목적만이 있었을 뿐이다). 사) 해외 특수관계인과의 거래에 대한 우리 법제의 변천에 비추어 보면, 국제조세조정에관한법률 상 국제거래의 이전가격세제에 관한 기본적 취지 및 법리는 국내의 특수관계인 거래에 일반적으로 적용되는 부당행위계산의 그것과 다를 바 없다. 이들의 취지는, 사법상으로는 적법․유효하게 성립한 법인의 행위 또는 계산에 대하여 과세관청이 조세법의 관점에서 그 효력을 부인하고 이를 정상적인 행위․계산으로 바로잡아 세법의 목적에 따라과세소득을 파악함으로써 조세회피의 방지와 조세부담의 공평을 기하고자 하는 제도로한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2010. 10. 28. 선고 2008두15541 판결, 대법원 2019. 5. 30. 선고 2016두54213 판결 등 참조). 서 납세자가 정상적인 경제인의 합리적 거래형식에 의하지 아니하고 우회행위, 다단계 행위 그 밖의 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생 기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위계산을 조세법적으로 부인하여 과세상 이를 시정하는 것을 의미하는 것으로서 그 본질이 실질과세의 원칙에 근거를 두고 있 다. 그런데 이 사건 자회사의 수익성 보전을 위한 목적에서 채무의 존부 자체가 유동 적이 된다면, 국내․외 소득을 자의적으로 부당히 이전시켜 조세회피를 꾀할 수 있는 방편이 될 수 있고, 이는 앞서 본 국제조세조정에관한법률상 이전가격세제나 법인세법상 부당행위계산 부인 규정의 취지와는 부합하지 않는다. 아) 국제조세조정에관한법률 제3조 제2항 단서 및 국제조세조정에관한법률 시행령 제3조의2 각 호에서 들고 있는 사유는 그 거래의 실질이 내국법인의 국외 특수관계자에 대한 이익의 무상이전에 해당 하면서 국제조세조정에관한법률상 이전가격세제의 적용이 어려운 경우를 열거하고 있는 것이다. ‘채무의 면제’ 또는 ‘자산의 무상 이전’ 사유의 경우 실제 거래가격이 존재하지 않고 이는 국제조세조정에관한법률상 ‘국제거래’의 개념(제2조 제1항 제1호)10)에도 부합하지 않는 측면이 있는 등으로 이전가격세제의 적용이 어려운 점, 위 각 호의 사유들은 부당행위계산의 유형을 명시하고 있는 법인세법 시행령 제88조에 포섭되는 점 등을 고려하여 위 각 호의 사유를 법인세법상 부당행위계산 부인대상 사유로 정하여 적정한 과세권 행사의 공백을 막기 위한 것으로 보인다. 만일 이 사건 기술사용료를 수취하지 않은 것이 ‘채무의 면제’ 또는 ‘자산의 무상 이 전’에 해당하지 않는다면, 다시 원칙으로 돌아가 국제조세조정에관한법률이 적용되어야 할 것이다. 이 10) "국제거래"란 거래 당사자의 어느 한 쪽이나 양쪽이 비거주자 또는 외국법인(비거주자 또는 외국법인의 국내사업장은 제외한다)인 거래로서 유형자산 또는 무형자산의 매매ㆍ임대차, 용역의 제공, 금전의 대출ㆍ차용, 그 밖에 거래자의 손익(損益) 및 자산과 관련된 모든 거래를 말한다. 경우 국제조세조정에관한법률에서 정한 정상가격과 거래가격의 차액(그러나 실제로 원고는 2012 ~ 2014 사업연도 기술사용료를 수취하지 않았으므로 국제조세조정에관한법률에서 정한 정상가격 그대로 가 이에 해당할 것이다)을 국제조세조정에관한법률 제9조에 따라 익금산입하여야 할 것이고, 피고는 이 사건 기술사용료 액수 산정에 관하여, 이 사건 계약서상의 비율인 ‘매출액의 2.5%’(이 는 이 사건 이전가격 보고서 및 원고의 당초 이전가격 정책에서 정한 하한값이다)를 그대로 부당행위계산 부인 계산상의 ‘시가’로 간주하였는바, 이러한 점을 고려할 때, 이사건 처분이 원고에게 가혹하다거나 부당하다고 보이지도 않는다. 라. 이 사건 경영지원수수료 관련 주장에 대한 판단앞서 든 증거에 의하면, 1. 이 사건 이전가격 보고서 및 이 사건 이전가격 지침에서는, 발생비용(출장관련비용 등)에 일정 비율을 가산(Mark up)하여 이 사건 경영지원수수료의 정상가격을 산출하되, 그 범위를 1.86% ~ 5%로 산정한 사실, 2. 2차 품의서에서는 원고 직원의 이 사건 자회사 출장비 등 발생비용에 5%를 가산하여 경영지원수수료를 산정한다는 취지의 내용이 기재되어 있는 사실, 3. 원고의 대표이사는 2차 세무조사 당시 2012 ~ 2015 사업연도에 합계 297,109,729원의 경영지원수수료를 이 사건 자회사에게 청구하기로 결정하였으나 이를 청구하지 않았다는 내용의 확인서를 작성하여 조사청에 교부하였고, 여기에는 원고의 직원들이 이 사건 자회사 출장에 소요된 비용이 정리된 내역서가 첨부되어 있는 사실은 인정된다. 그러나 위 인정사실과 앞서 든 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하 여 보면, 앞서 인정한 사실만으로는 원고가 이 사건 경영지원수수료 수취하기로 약정 하였다거나 원고에게 그 채권이 있음을 인정하기에 부족하고, 따라서 이 부분을 부당 행위계산 행위로 보아 익금산입한 것은 위법하다고 봄이 타당하다. 1) 이 사건 기술사용료와는 달리, 원고와 이 사건 자회사가 경영지원수수료에 대 한 계약서를 작성하는 등 명시적으로 계약을 체결한 바 없다. 또한 3차 품의서에는 브 랜드수수료와 기술사용료에 대한 이전가격 정책만이 있을 뿐이고 이 사건 경영지원수 수료에 대한 이전가격 정책은 기재되어 있지 않다. 2) 비록 일괄지급 방식(Lump Sum 방식)이기는 하나 원고는 이 사건 계약 체결 이 전까지 원고가 제공한 기술사용료를 포함한 대가를 수취하였으나, 원고가 이 사건 계 약 체결 전․후로 이 사건 경영지원수수료를 수취한 적이 없는 것으로 보인다. 3) 이 사건 이전가격 보고서 내지 각 품의서 등에는 ‘이 사건 경영지원수수료는 판 매촉진․마케팅, 인사관리, 정보기술, 지적재산권 관리, 기타 일반관리 서비스를 제공하 기 위하여 발생하는 비용’을 의미한다고 기재되어 있으나, 세부적으로 원고가 이 사건 자회사에 제공하는 경영지원 용역의 구체적 내용이 무엇인지, 경영지원 용역 제공을 통해 이 사건 자회사가 얻는 구체적인 경영상 기대 효과가 무엇인지를 알 수 있는 자 료가 없고, 그 내용이 구체적으로 특정되어 있지도 않다. 4) 국제조세조정에관한법률 제6조의2에서는 국내 거주자와 국외 특수관계인간의 용역거래는 ‘경영 관리, 금융자문, 지급보증, 전산지원 및 기술지원, 그 밖에 사업상 필요하다고 인정되는용역의 거래를 말한다’고 정의하고 있는데, 경영지원수수료는 그중 경영관리 용역을 제공하는 대가에 해당하는 것으로 보인다. 이러한 경영관리 용역을 국제조세조정에관한법률에서 이전가격세제의 적용을 받는 용역거래 중 하나 로 명시하고 있는 것은, 다국적 기업이 비교적 그 실체가 분명하지 아니한 경영관리 용역 대가를 통하여 국내․외 소득을 조정함으로써 조세회피 수단으로 활용하는 것을 방지하고, 위 규정에서 정하고 있는 정상가격 산정 방법을 통해 비교적 객관적인 거래 가격으로 산정하고자 하는 취지로 보인다. 따라서 실제로 해외 자회사에 대하여 경영 관리 용역을 제공하거나 해외 모회사로부터 이를 제공받았다면 이에 대한 대가를 수취 하거나 지급하는 것이 합리적일 수 있다. 그러나 국제조세조정에관한법률 제6조의2에서는 용역 제공자가 사전에 약정을 체결하고 그 약정에 따 라 용역을 실제로 제공할 것(제1호), 용역을 제공받은 자가 제공받은 용역으로 인하여 추가적으로 수익이 발생하거나 비용이 절감되기를 기대할 수 있을 것(제2호)이라는 요 건을 충족하는 용역거래를 전제로 하고 있는바, 용역 제공자가 사전에 경영관리 용역 제공에 관한 약정을 체결한 바 없다거나 약정에 따른 용역을 실제로 제공하지 않았다 면 국제조세조정에관한법률에 의하더라도 경영관리 용역에 대한 정상가격을 산정할 수 없다할 것이다. 이러한 점을 고려할 때, 원고가 이 사건 자회사로부터 경영지원 용역을 제공한 대가 를 지급받기로 하는 내용의 명시적 또는 적어도 묵시적 합의가 있었음을 인정하기 어려운 이상, 원고가 경영지원 용역을 제공한 사실이 있다는 사정만으로 곧바로 ‘채무의 면제’에 해당하여 부당행위계산 대상이 된다고 보기 어렵다. 5) 법인의 소득금액을 결정함에 있어 익금에 산입할 수익이 있었는지의 여부나 그 수익액이 얼마인지에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있는 것이고(대법원 1993. 2. 23. 선고 92누15161 판결 등 참조), 원고가 이 사건 자회사로부터 수취하여야할 경영지원수수료의 존부 및 액수에 관한 입증책임은 피고에게 있다 할 것이다. 비록 원고가 이 사건 자회사에게 2012년 46,515,185원, 2013년 80,404,217원, 2014 년 82,673,353원의 경영지원수수료를 청구하기로 결정하였으나 이를 청구하지 않았다 는 내용이 기재된 원고의 대표이사 *** 작성의 확인서와 항공료와 영업비용이 정리 된 내역서가 이 법원에 제출되어 있기는 하나, 그 밖에 영업비용의 세부 내역, 해당 직원의 업무 및 출장 목적, 담당 직원의 범위, 직원별 업무분장 등을 알 수 있는 자료가없고, 그 내역을 뒷받침할 만한 객관적 증빙자료 또한 제출되지 않았다. 따라서 위 확인서 기재 액수를 이 사건 경영지원수수료 액수로 그대로 인정하기에 부족하다(대법원 2003. 6. 24. 선고 2001두7770 판결 참조). 나아가, 원고 직원의 출장비용 전부를 이 사건 자회사가 부담하여야 한다고 볼 만한 근거 또한 찾아보기 어렵다.마. 중복세무조사 주장에 대한 판단 1) 관련 법리 세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사 를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법(2017. 12. 19.법률 제15220호로 개정되기 전의 것) 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다. 다만 당초의 세무조사가 다른 세목이나 다른 과세기간에 대한 세무조사 도중에해당 세목이나 과세기간에도 동일한 잘못이나 세금탈루 혐의가 있다고 인정되어 관련항목에 대하여 세무조사 범위가 확대됨에 따라 부분적으로만 이루어진 경우와 같이 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 향후 다시 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다(대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두12062 판결 참조). 2) 구체적 판단 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실과 앞서 든 증거에 의 하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 2차 세무조사가 중복세무조사로서 위법한 세무조사에 해당한다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 가) 조사대상을 2010, 2011 사업연도 법인세로 하여 시작된 1차 세무조사 도중 이 사건 관련항목에 관하여 세무조사 범위를 확대하여 2012, 2013 사업연도 법인세에 관하여도 부분적인 세무조사가 이루어진 사실은 앞서 본 바와 같은데, 조사청은 2차 세무조사 당시 2012, 2013 사업연도 법인세 부분 중 1차 세무조사에서 실시한 이 사건관련항목을 제외한 나머지 항목에 대하여만 세무조사를 실시하였다. 나) 1차 세무조사 당시 원고가 해외자회사에 타이어코드에 대한 기술사용료를 수취하지 않았다는 이유로 2010 사업연도 해당 금액에 대한 익금산입이 이루어진 사 실은 있으나, 2012 ~ 2014 사업연도에 대한 기술사용료 미수취에 관하여는 조사가 이루어지지 않았다. 다) 원고는, 1차 세무조사에서 확대 조사한 2012, 2013 사업연도에 대하여 2차 세무조사를 실시하는 것은 원칙적으로 위법한데, 특히 아래 표 기재 항목들은 1차 세 무조사 당시 2012, 2013 사업연도로 조사를 확대하는 항목에 들어있지 않았으나 이에 대한 세무조사가 이루어졌고, 결국 1차 세무조사 당시 실질적으로 2012, 2013 사업연 도에 대하여도 광범위하게 세무조사가 이루어졌다 할 것이어서 2012, 2013 사업연도에대한 2차 세무조사는 재조사가 예외적으로 허용되는 경우에 해당하지 않는다고 주장한다. 살피건대, 앞서 든 증거, 을 제8, 9호증의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 인 정되는 다음과 같은 사정을 종합하면, 위 항목들은 세무조사에 해당하지 않거나 당초 의 세무조사가 이루어진 항목에 대하여 부분적으로 확대된 항목에 해당하는 바, 1차 세무조사 당시 위 항목들에 대한 확대 세무조사가 이루어졌다고 하여 2012, 2013 사업연도에 대한 2차 세무조사를 위법한 중복세무조사라 할 수 없다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다. (1) 먼저, 순번 1. ‘사업상 증여’ 항목에 대하여 보건대, 부가가치세법 제10조 제5항에 의하면, 사업자가 자기가 생산․취득한 재화를 자기의 고객이나 불특정 다수 에게 증여하는 경우 이를 ‘재화의 공급’으로 보아 부가가치세 과세표준에 산입하여야 하는데, 앞서 든 증거에 의하면, 원고는 원고의 상품을 스포츠 선수, 연예인 등 자신의 고객에게 무상으로 공급하면서 2010, 2011 사업연도뿐만 아니라 2012, 2013 사업연도에 그 시가의 전부 또는 일부를 접대비로 계상하고 부가가치세 과세표준에서 이를 누락한 사실, 1차 세무조사에서 원고가 당초 접대비로 계상한 부분이 부인되었고 부가가치세 증액이이루어진 사실, 이 사건 관련항목에는 ‘사업상 증여 부가가치세’, ‘접대비(협찬품 등)’이 포함되어 있는 사실이 인정된다. 이에 비추어 보면, 위와 같이 증액된 부가가치세액은 법인세법상 손금산입(△유보) 대상이 되고, 위 관련항목에 포함되는 부분으로 봄이 타당하고, 납세의무자로서는 조사확대 통지 당시 이에 관하여도 조사가 이루어질 것임을 충분히 예상할 수 있었다고 보인다. (2) 순번 2. ‘연구개발출연금’ 항목에 관하여 보건대, 원칙적으로 국고보조금은 법인세법상 익금항목에 해당하나 조세특례제한법 제10조의2 제1, 2항은, 연구개발출연 금 등을 국고보조금으로 받은 시기가 속하는 과세연도에 익금산입하지 않고 이를 연구 개발비로 지출하는 경우 해당 지출액에 상당하는 금액을 해당 지출일이 속하는 과세연 도의 소득금액 계산 시 익금에 산입할 수 있도록 함으로써, 납세자가 과세 이연의 효 과를 얻을 수 있도록 하고 있다. 앞서 든 증거에 의하면, 이 부분 항목은 원고가 연구개발출연금을 받은 다음 예수금 (국고보조금) 계정을 통해 회계처리 하였으나, 법인세법상 국고보조금의 익금 귀속시기 를 잘못 인식하여 발생한 차이를 조정한 내용인 사실, 1차 세무조사 당시 확대한 이 사건 관련항목에는 ‘예수금(국고보조금)’이 포함되어 있는 사실을 인정할 수 있는바, 이 에 비추어 보면, 이 부분 항목은 이 사건 관련항목의 범주에 포함되었다고 봄이 타당 하다. 나아가 이는 궁극적으로 익금으로 인식되어야 할 항목에 대한 귀속시기 배분의 문제로서, 2010, 2011 사업연도 세무조정의 오류 발생은 그 이후 사업연도에도 영향을미치게 되어, 1차 세무조사 당시 2012, 2013 사업연도로 확대될 것이 예상가능하였다고 보인다. (3) 다음으로 순번 3. ‘건설자금이자’ 항목에 관하여 보건대, 건설자금이자란 자산의 취득과 관련한 이자비용을 의미하는데, 법인세법에서는 대상 자산의 취득, 건설또는 제조와 직접 관련된 차입금의 이자를 곧바로 비용으로 인식하지 않고 이를 자본화하여 자산의 취득원가에 가산한 다음 처분 또는 감가상각 시에 손금으로 인식하도록하고 있다. 그런데 앞서 든 증거에 의하면, 원고는 2010 사업연도 귀속 건설자금이자를 비용으 로 일시에 계상한 사실, 이에 조사청은 2010 사업연도에 해당 금액을 손금불산입(유보)하고, 향후 감가상각 시 손금에 산입(△유보)한 사실, 이 사건 관련항목에는 감가상각비, 지급이자 항목이 포함되어 있는 사실을 인정할 수 있는바, 이에 비추어 보면, 2012, 2013 사업연도의 이 부분 손금산입은 2010 사업연도에 발생한 유보의 사후처리라 할 것이어서 향후 감가상각대상 기간 중 △유보가 발생할 것이라는 것은 충분히 예상가능하고, 이는 이 사건 관련항목에 포함된다고 봄이 타당하다. (4) 순번 4. ‘ 매출귀속시기 조정’ 항목에 관하여 보건대, 앞서 든 증거에 의하면, 1. 2014년경 일선 세무서에, 원고가 인터넷 군간부 쇼핑몰에서 기능성 방한복 을 판매하면서 현금으로만 대금을 수령하였다며 매출누락의 혐의가 있다는 내용의 탈 세제보가 접수된 사실, 2. 조사청은, 원고가 현금으로 입금된 부분을 전부 매출로 인식 하여 법인세 및 부가가치세 신고를 하였다고 판단한 다음, 다만, 2013년 2기에 인식하 여야 할 매출을 2014년 1기에 매출로 인식한 부분이 있어 이에 대하여는 그 수익귀속 시기 차이를 조정하면서 2차 세무조사 결과 통지에 반영하여 통지한 사실, 3.조사청 은 제보자가 접수한 2013 사업연도 이외의 다른 사업연도에 대하여는 이러한 사정이 있었는지를 추가로 확대하여 조사하지 않은 사실,4. 조사청이 이 부분 조사를 위하여 별도의 현장확인을 하였다거나 실질적으로 납세자로 하여금 질문에 대답하고 검사를 수인하도록 함으로써 납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 행위를 하였다는 증거 가 제출되지 않은 사실을 인정할 수 있다. 이에 비추어 보면, 이 부분에 대한 조사청의 행위가 별도의 세무조사로까지 나아갔 다고 인정하기에 부족하고, 설령 별도의 세무조사라고 하더라도, 앞서 본 바와 같이 조사청은 이 부분 항목을 제외하고는 이 사건 관련항목의 범주에 속한 항목들에 대하여만 세무조사를 확대하였는바, 이 부분 항목의 조사 경위, 규모, 수정 사유 등에 비추어볼 때, 이 부분 항목에 대한 조사가, 2012, 2013 사업연도에 대한 2차 세무조사가 재조사 금지의 예외적 허용 사유에 해당한다는 점을 뒤집을 정도에까지 이르렀다고 보기는 어렵다. 나아가, 2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정된 국세기본법 제81조의4 제2항 제6호 에서는 ‘국세기본법 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우’를 재조사 금지의 예외 조항으로 들고 있고,부분조사의 사유에 대한 규정인 국세기본법 제81조의11 제3항 제4호에서는 ‘납세자에대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우로서 해당 탈세 혐의에 대한 확인이 필요한 경 우’를 들고 있다. 비록 위 조항을 이 사건 1, 2차 세무조사에 곧바로 적용할 수는 없다할 것이나, 앞서본 법리에 비추어 보면, 위 개정 국세기본법 조항의 취지는 탈세제보처리를 위한 확인업무 수행이 재조사 금지의 예외 사유에 해당함을 명확히 한다는 취지에서 마련된 조항으로 보인다. 바. 소결론 1) 따라서 이 사건 처분 중 이 사건 기술사용료 부분은 적법하고, 이 사건 경영지 원수수료 부분은 위법하여 취소되어야 한다. 2) 과세처분취소소송에 있어서 세액의 산출과정에 잘못이 있어 과세처분이 위법한 것으로 판단되는 경우라도 사실심 변론종결 당시까지 제출된 자료에 의하여 적법하게 부과될 세액이 산출되는 때에는 법원은 과세처분 전부를 위법한 것으로 취소할 것이 아니라 과세처분 중 정당한 산출세액을 초과하는 부분만을 위법한 것으로 보아 그 위 법한 부분만을 취소하여야 한다(대법원 2000. 9. 29. 선고 97누19496 판결 등 참조). 그러므로 피고가 익금에 산입한, 2012 사업연도 이 사건 경영지원수수료 46,515,185원,2013 사업연도 이 사건 경영지원수수료 80,404,217원, 2014 사업연도 이 사건 경영지원수수료 82,673,353원은 각 사업연도 소득금액 및 과세표준에서 제외하여야 하고, 이에 따라 산출된 정당한 법인세액, 취소되는 법인세액 및 가산세는 아래와 같다. 11) 갑 제2호증은 2차 세무조사 결과에 원고의 2018. 9. 21.자 경정청구 결과, 조세심판원 결정을 반영한 후의 결과이다. 다만, 갑 제2호증의2 기재 중 붉은 글씨로 표시된 부분은 조세심판원 결정을 반영하기 이전 금액이고, 검정색으로 표시된 부분은 조세심판원 결정을 반영한 이후 금액이다. 12) 구 법인세법(2014. 12. 23. 법률 제12850호로 개정되기 전의 것) 제55조 13) 피고는 이 사건 처분 당시 부당과소신고가산세율이 아닌 일반과소신고가산세율 10%를 적용하였고, 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제47조의3 제1항에 의하면, 일반과소신고가산세 산출기준액은 “산출세액 × (과소신고분 과세표준/ 과세표준)”으로 산정하여야 하는바, ‘취소 과소신고가산세’ 란 기재 금액은 최후 산출세액 × (취소되는 소득금액/최후 과세표준)을 과소신고가산세 산출기준액으로 산정한 다음여기에 과소신고가산세율 10%를 곱하여 산정하였다. 14) 원고가 2차례의 감액 경정을 거치면서 당초 신고세액보다 최후 부과세액이 작아져 2013 사업연도 가산세는 최종적으로 부과되지 않았다. 15) 취소되는 2012 사업연도 법인세액 10,233,341원 × 1,317일(2012년 법인세 납세의무 성립일 다음날인 2013. 4. 1.부터 이 사건 처분일인 2016. 11. 7.까지) × 0.03% 16) 18,180,218 × 587일(2015. 4. 1.부터 이 사건 처분일인 2016. 11. 7.까지) × 0.03% 3) 결국, 2012 사업연도 법인세액은 15,288,082원(가산세 5,054,741원 포함), 2013 사업연도 법인세액은 16,080,843원, 2014 사업연도 법인세액은 23,150,087원(가산세 4,961,949원 포함)만큼 각 감액되어야 하므로, 이 사건 처분(아래 표 ‘과세내역’ 란 기 재)은 아래 표 기재 ‘정당세액’란 기재 세액을 초과하는 부분에 한하여 각 위법하여 취 소되어야 한다. 3. 결론 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머 지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2019구합62575

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

조세특례제한법 제10조

법인세법 시행령 제46조 제88조

국제조세조정에관한법률시행령 제3조

부가가치세법 제10조

국제조세조정에관한법률 시행령 제3조

국제조세조정에관한법률 제3조 제5조 제6조 제9조