+ - 북마크 저장 [행정] 1심사건

서울행정법원 2020.05.15 선고 2018구합79292 판결

이 사건 차세대시스템 구축 비용이 연구개발비세액공제 대상에 해당하는지 여부 [국승] 【주 문】 1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고가 부담한다. 【이 유】【1. 처분의 경위】 가. 금융업을 영위하는 법인인 원고는 2012년부터 2014년까지 위탁개발방식에 의하여 원고의 상품·서비스, 마케팅, 영업, 심사·발급, 리스크 관리, 고객 서비스관리 등 신용카드 관련 업무를 효율적으로 운영하여 더 나은 고객 서비스를 제공하기 위한 전산 시스템인 차세대 전산시스템(이하 ‘이 사건 시스템’이라 한다)을 개발하는 과정에서 별지1 [표] ‘연구·인력개발비’란 기재 금원(이하 ‘쟁점 금원’이라 한다)을 지출하였다. 이 사건 시스템의 기본 구조는 별지2 그림과 같다. 나. 원고는 2015. 7. 30. 쟁점 금원에 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되어 2015. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 달리 표기하지 않는 한 같다) 제10조 제1항 제3호에 따른 연구·인력개발비(이하 ‘연구개발비’라 한다) 세액공제(같은 법 제9조 제2항, 제5항에 의한 연구개발비를 세액공제하는 것으로서 이하 ‘쟁점 세액공제’라 통칭한다)를 적용하여, 피고에게 별지1 [표] 기재 ‘세액공제액’란 기재 금액 상당 법인세의 각 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 다. 피고는 2016. 6. 9. 위 경정청구를 거부(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다. 이에 대하여 원고는 2016. 8. 30. 조세심판청구를 하였고, 피고는 조세심판절차에서 쟁점금원이 구 조세특례제한법 제9조 제2항 제1호, 제5항의 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것, 이하 달리 표기하지 않는 한 같다) 제8조 제1항 [별표 6] 1.나.1) 중 괄호규정인 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’(이하 ‘위탁비용’이라 하고 위 괄호규정을 ‘쟁점 예외규정’이라 한다)에 해당하여 쟁점 세액공제 대상에 해당하지 않는다고 주장하였다. 조세심판원은 2018. 7. 2. 원고의 청구를 기각하였다. 2. 당사자의 주장 가. 피고 1) 이 사건 시스템의 개발은 다음과 같은 이유에서 쟁점 세액공제 적용 대상이 아니다. 가) 이 사건 시스템의 개발은 구 조세특례제한법 제9조 제5항의 ‘새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동’(이하 ‘서비스 활동’이라 한다)에 해당하므 로, 같은 법 제9조 제2항에 따라 위탁비용인 쟁점 금원에 대하여는 쟁점 세액공제가 적용될 수 없다. 나) 이 사건 시스템 개발이 서비스 활동에 해당하는 이상 구 조세특례제한법 제9조 제5항의 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’(이하 ‘과학기술 활동’이라 한다) 규정이 적용될 여지가 없다. 나아가 이 사건 시스템의 개발은 기존 소프트웨어의 응용에 불과하지, 과학기술 활동의 결과물이 아니다. 2) 쟁점 예외규정은 ‘모든 시스템 개발’을 위한 위탁비용을 쟁점 세액공제 대상에서 제외하고자 하는 취지이다. 설령 쟁점 예외규정이 ‘전사적 기업자원 관리설비 및 이와 유사한 설비’만을 대상으로 하는 것이라 하더라도, 이 사건 시스템은 기업 전체에 걸쳐 업무를 전자적으로 효율화하기 위한 도구인 ERP(Enterprise Resource Planning)로서 전사적 기업자원 관리설비이거나, 적어도 이와 유사한 설비에 해당하므로 쟁점 예외규정이 적용된다. 3) 이 사건 시스템 관련 수탁업체 중 AA 주식회사, 주식회사 BB, CC가 이 사건 처분의 대상 사업연도에 기업부설연구소 또는 연구개발 전담부서의 인정을 받았음을 인정할 자료가 없다. 4) 쟁점 세액공제가 적용된다 하더라도, 원고는 기업의 연구기관 또는 전담부서 등에 대하여 지출된, 연구개발에 대응되는 직접비용을 발생주의의 입장에서 증명하여 야 한다. 나. 원고 1) 피고의 위 가.1) 주장은 이 사건 소송에 이르러 기본적 사실관계의 동일성이 없는 처분사유를 추가하는 것으로 허용될 수 없다. 2) 처분사유 추가가 허용된다 하더라도, 이 사건 시스템 개발은 과학기술 활동에 해당하고, 서비스 활동에는 해당하지 않으므로 쟁점 세액공제가 적용되어야 한다. 설령 일부 서비스 활동의 요소가 포함되어 있다 하더라도 동시에 과학기술 활동과 결합되어 있는 이상 쟁점 세액공제가 적용되는 것은 마찬가지이다. 3) 쟁점 예외규정은 ‘전사적 기업자원 관리설비 및 이와 유사한 설비’에 관한 위탁 비용만을 세액공제 대상에서 제외하는 규정인데, 이 사건 시스템은 원고의 업무 기반을 혁신적으로 개선한 것으로 단순한 전사적 기업자원 관리설비 시스템과는 본질적으로 다르기 때문에, 쟁점 예외규정은 쟁점 금원에 적용되지 않는다. 4) 쟁점 금원은 적법하게 산정된 연구개발비용이다. 3. 관계 법령 별지3 기재와 같다. 4. 이 사건 처분의 적법 여부 가. 처분사유 추가 가부 1) 관련 법리 과세처분취소소송의 소송물은 과세관청이 결정한 세액의 객관적 존부이므로, 과세관청으로서는 소송 도중 사실심 변론종결시까지 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 사유를 변경·추가할 수 있고, 반드시 처분 당시의 자료만에 의하여 처분의 적법 여부를 판단하여야 하거나 처분 당시의 처분사유만을 주장할 수 있는 것은 아니다. 2) 판단 피고가 이 사건 처분에 대한 조세심판 과정에서 제시한 사유(이 사건 처분사유인 것으로 보인다)는 ‘이 사건 시스템에 대하여 쟁점 예외규정이 적용된다’는 것이고, 이 소송에서 추가 제시하였다는 사유는 위 2.가.1)에서 본 바와 같다. 그런데 위 2.가.1)의 각 사유는 이 사건 처분사유와 ‘이 사건 시스템의 개발’이 과학기술 활동이 아님을 공통의 전제로 하는 것으로서 이 사건 시스템의 개발에 소요된 쟁점 금원이 쟁점 세액공제의 적용 대상이 되지 않는다는 주장의 근거법령을 달리한 것에 불과하다. 따 라서 위 각 사유는 이 사건 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에 있는 것으로서 이 소송에서 추가할 수 있는 것으로 봄이 타당하다. 나. 쟁점 세액공제 규정의 요건 충족 여부 1) 쟁점 세액공제 규정의 적용 범위 다음과 같은 쟁점 세액공제 규정의 문언과 개정 연혁, 입법 취지, 갑 제36호증, 을 제6, 7호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 비추어 볼 때, 과학기술 활동에 해당하는 연구개발이라면 동시에 서비스 활동에 해당하더라도 그 위탁비용에 대하여 쟁점 세액공제 규정이 적용될 수 있다고 봄이 타당하다. 가) 2008. 12. 16. 법률 제9272호로 개정되어 2009. 1. 1. 시행된 조세특례제한법(이하 ‘2009년 법’이라 한다) 제9조 제5항에서 ‘연구개발’의 개념으로 ‘과학기술 활동’이 처음 도입되었다. 위 개정 취지는 ‘연구개발의 정의 및 세액공제 적용대상 비용의 범위를 국제적인 기준[OECD의 연구개발(R&D) 개념]에 맞게 정비하고자 한 것’이다. 따라서 적어도 위 법 개정 이후로는 쟁점 세액공제의 요건인 과학기술 활동인지 여부에 관하여 OECD의 연구개발 개념이 주요 판단기준이 될 수 있다. 2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되어 2012. 1. 1. 시행된 조세특례제한법(이하 ‘2012년 법’이라 한다) 제9조 제5항에서 ‘연구개발’의 개념에 ‘과학기술 활동’ 이외에 ‘서비스 활동’이 추가되었고, 제9조 제2항에서 ‘새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다’는 괄호규정이 도입되었다. 위 개정 취지는 ‘현행 과학기술분야 중심의 연구개발비 세액공제를 서비스분야로 확대하여 서비스산업의 선진화 및 경쟁력 강화를 지원하되, 제도 시행 초기인 점을 감안하여 자체 연구개발비에 대하여만 세제 지원을 하고자 한 것’이다. 2019. 12. 31. 법률 제16835호로 개정되어 2020. 1. 1. 시행된 조세특례제한법(이하 ‘2020년 법’이라 한다)은 제9조가 삭제되고, 제10조 제5항에서 ‘서비스 활동에 지출한 금액 중 과학기술분야와 결합되어 있지 아니한 금액에 대해서는 자체 연구개발에 지출한 것에 한정한다’는 규정이 신설되었다. 위 개정 취지는 ‘기존의 법령이 과학기술활동과 서비스 활동 모두에 해당하는 경우 세액공제 여부가 불분명하여, 세액공제 범위를 확대시키고자 한 것’이다. 나) OECD가 1963년부터 발간·개정해오고 있는 연구개발통계 조사지침서인 ‘프 라스카티 매뉴얼(Frascati Manual)’은 서비스를 연구개발의 범위에서 제외하고 있지 않고, OECD 개념에 맞추어 개정된 2009년 법 또한 서비스 활동을 과학기술 활동의 범위에서 제외되는 것으로 규정하지는 않았다. 2012년 법은 과학기술 활동이 아닌 서비스 활동을 연구개발의 범위에 포함시켜 세액공제의 범위를 확대하고자 하였다. 따라서 기존에 과학기술 활동과 서비스 활동 모두에 해당하여 위탁비용까지 세액공제의 대상이 되던 것은 여전히 그 지위가 유지되는 것으로 보아야지 서비스 활동에도 해당한다는 이유로 자체비용 외의 위탁비용을 세액공제에서 제외할 수는 없다. 2020년 법은 2012년 법의 문언이 불분명하다는 이유로 개정되었는데, 개정된 문 언은 서비스 활동 중 ‘과학기술분야와 결합되지 않은 위탁비용’만을 제외하는 것이어서 2012년 법의 적용범위에 관한 위 해석과 같은 취지이다. 다) 그렇다면 2012년 법 하에서 과학기술 활동과 서비스 활동 모두에 해당하는 경우, 자체비용이든 위탁비용이든 쟁점 세액공제가 적용된다고 해석하는 것이 타당하 다. 2) 이 사건 시스템의 개발이 과학기술 활동인지 과세처분 취소소송에서 감면요건에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있는바, 증인 문성훈의 일부 증언, 갑 제1 내지 36호증, 을 제1 내지 7호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 시스템의 개발이 과학기술 활동임을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정하기에 충분한 증거가 없다. 가) 쟁점 금원을 지출한 기업은 위 비용이 일단 손금에 산입됨으로써 세액 감소 효과를 누릴 여지가 크다. 쟁점 세액공제 규정은 그러한 손금 산입에서 더 나아가 해 당 비용을 세액에서 직접 공제하여 주는 것으로서, 어떠한 기업에 대하여 세액공제라 는 적극적인 재정지출을 할지 여부는 정책적·합목적적으로 결정되어야 할 문제이다. 한편, 연구개발은 그 속성상 기업의 수익 발생과 곧바로 이어지지 않는 경우가 많고 시행착오나 실패의 위험이 따르므로, 쟁점 세액공제 규정은 연구개발활동에 투자하는 기업이 감내해야 하는 이러한 비효율 내지 위험에 대하여 세제 지원이라는 안전장치 내지 보상책을 마련함으로써 연구개발활동에 대한 기업의 투자를 독려하고, 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 한다. 나) 구 조세특례제한법 제9조 제5항은 ‘“연구개발”은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말한다’고 규정하고, 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제2항은 위 연구개발활동에 포함되지 않는 유형의 활동으로 ‘① 일반적인 관리 및 지원활동, ② 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험, ③ 반복적인 정보수집 활동, ④ 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동, ⑤ 특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무, ⑥ 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사·탐사하는 활동, ⑦ 위탁받아 수행하는 연구활동’을 들고 있다. 한편, 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2016. 9. 22. 대통령령 제27506호로 개정되기 전의 것) 제2조 제5호는 "연구개발활동"에 관하여 ‘과학기술 분야 또는 특정 지식기반서비스 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정(工程)을 개발하기 위한 시제품(試製品)의 설계·제작 및 시험, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등 사업화 전까지의 모든 과정’이라고 규정하고 있다. 위 각 규정의 내용에 비추어 보면 구 조세특례제한법 제9조 제5항이 규정하고 있는 “연구개발”이란 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’, ‘지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위한 활동’, ‘체계적이고 창조적인 활동’에 해당할 것을 그 핵심적인 지표로 한다. 따라서 순수한 기초연구활동뿐만 아니라 과학기술의 연구 및 성과를 기업생산활동에 적용하는 방법을 찾아내는 활동도 연구개발의 범주에 포함될 수 있겠지만, 기존에 이미 상용화·사업화된 기술 수준을 벗어나지 못하고 이를 다소 보완 또는 변형함으로써 약간의 효율성이나 편리함을 더하였거나, 특정 소비자의 기호에 맞추어 주관적인 만족도를 높이는 정도의 것이 아닌, 기존의 제품이나 기술과 획기적인 차별성이 인정되는 새로운 제품이나 기술의 개발을 목적으로 하는 연구활동이어야 “연구개발”에 해당한다. 다) 프라스카티 매뉴얼에 의하면, 새롭고, 창의적이고, 불확실하고, 체계적이고, 이전 가능하거나 재현 가능한 활동만이 연구개발 활동에 해당한다. 연구개발은 혁신(신제품이나 상당히 개선된 제품을 시장에 출시하거나 또는 시장에 제품을 출시할 때 신규 프로세스나 상당히 개선된 프로세스를 활용하는 것)활동의 일부일 수 있지만, 아닐 수도 있다. 소프트웨어 개발 프로젝트가 연구개발로 분류되기 위해서는 해당 프로젝트의 종결이 과학적 또는 기술적 진보를 이룰 수 있어야 하고, 프로젝트의 목적이 과학적 또는 기술적 불확실성의 체계적인 해소여야 한다. 기존 소프트웨어 프로그램이나 체계에 대한 업그레이드 또는 수정 작업도 위와 같은 결과와 목적을 구비한다면 연구개발로 분류될 수 있으나, 그에 미치지 않는 응용이나 개선 수준에서 이미 개발된 소프트웨어 도구를 이용하여 기업용 소프트웨어나 정보시스템을 개발하는 정도의 것은 연구개발에 해당하지 않는다고 할 것이다. 라) 7계, 49시스템, 61어플리케이션(기본 단위 프로그램)으로 구성된 이 사건 시스템은 기존의 메인프레임 내에 존재하던 다수의 프로그램(이하 ‘기존 시스템’이라 한다)을 유닉스 서버의 오픈 시스템 하에서 통합하는 한편, 운영 환경을 개선하여 오류와 끊김의 가능성을 최소화하고, 어플리케이션을 신용카드 관련 업무의 표준 프로세스와 특화 업무영역에 맞추어 개편하는 동시에, 고객정보와 상품정보를 통합 관리하여 보안, 마케팅과 상품 개발 방식을 개선하는 등의 내용을 핵심으로 하는바, 이 사건 시스템의 어플리케이션 중 대부분은 기존 시스템이 재구축 또는 재사용된 것이고, 신규 어플리케이션이라는 것도 기존 시스템을 통합·분리하거나 개선하는 내용의 것에 불과하다. 마) 이 사건 시스템 및 각 어플리케이션은 이미 존재하는 유닉스 서버를 포함한 34개의 상용 솔루션을 사용하는데, 유사한 기능을 수행하는 대부분의 솔루션은 이미 개발되어 있는 것으로 보인다(갑 제3호증 15, 16면 참조). 이미 개발되어 있는 기존 소프트웨어의 응용이나 개선이 항상 확실히 성공한다고 단언할 수는 없겠으나 위 솔루션들의 성능, 수준, 활용가능성 등에 비추어 그에 기초한 최적화된 시스템의 개발이 과학적 또는 기술적 불확실성의 체계적인 해소를 위한 연구개발이라고 보기 어렵다. 실제로 다수의 금융기관이 비슷한 시기에 위탁개발방식으로 이 사건 시스템과 유사한 역할을 수행하는 차세대 시스템을 구축하였고, 이 사건 시스템은 수출실적 또는 수상 이력 등의 사정을 감안하더라도 수행하는 기능이나 역할의 측면에서 다른 금융기관 등이 구축한 차세대 시스템과 본질적으로 다르지 않다. 또한 원고가 수탁사(재수탁사를 포함한다, 이하 같다)와 체결한 이 사건 시스템 개발 관련 계약에 ‘완료 기한’이나 이를 지키지 못하였을 경우 수탁사가 배상하여야 할 ‘지체상금’ 등이 정해져 있었던 점에 비추어, 원고나 수탁사의 입장에서 개발의 전면적인 실패 또는 포기 가능성이 크지 않았던 것으로 보이는바, 이 사건 시스템의 개발은 실패의 위험이나 비효율을 감수한 활동을 전제로 하는 연구개발비 세액공제제도의 근본 취지에 맞지 않다. 바) 수탁사와의 계약은 그 수탁사가 기술적·경험적으로 제공 가능한 시스템을 개발하여 이를 약정한 공급기한 내에 공급하는 것을 내용으로 하는 것으로서, 연구개발이라는 ‘하는 채무’를 목적으로 하는 계약이 아니라 물품(시스템)공급이라는 ‘주는 채 무’를 목적으로 하는 계약이므로, 그 비용 중 연구개발에 투입된 비용을 상정하기가 쉽지 않고, 일부 비용이 그에 해당한다고 하더라도 이를 특정하기가 불가능하다. 3) 이 사건 시스템의 개발이 서비스 활동인지 가) 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해 석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하는바, 쟁점 세액공제 규정의 ‘새로운 서비스의 전달체계’는 서비스의 제공자가 서비스를 소비자에게 전달하는 체계, 곧 서비스가 소비자에게 도달하기까지의 모든 과정에 갖추어진 체계를 의미한다고 해석함이 타당하다. 따라서 서비스의 제공자가 효율적으로 서비스를 제공하고 소비자가 편리하게 서비스를 이용할 수 있는 설비를 새로 개발한다면 이는 ‘새로운 서비스의 전달체계’ 개발에 해당한다고 할 것이다. 나) 이 사건 시스템은 원고가 제공하는 신용카드 관련 서비스를 통합하여 효율적으로 관리하면서 소비자에게 365일 24시간 멈춤 없는 서비스를 제공하므로, 이는 원 고가 제공하는 신용카드 관련 서비스의 새로운 전달체계에 해당한다고 할 것이다. 다) 원고는 ‘인터넷 홈페이지’나 ‘모바일 앱’과 같이 소비자에게 서비스가 전달되는 통신매체만이 ‘전달체계’이고, 이 사건 시스템은 ‘전달체계’가 아니라는 취지로 주장하나, 이 사건 시스템의 위와 같은 기능, 구조 등에 비추어 위 주장은 감면 예외요건을 근거 없이 너무 좁게(곧, 특혜규정을 너무 넓게) 해석하는 것이 되어 받아들일 수 없다. 4) 소결론 쟁점 금원은 과학기술 활동과 결합되지 아니한 서비스 활동의 위탁비용이므로 세액공제의 대상이 되지 않는다. 다. 쟁점 예외규정의 적용 가부 1) 쟁점 예외규정의 해석 구 조세특례제한법 제9조 제2항 제1호는 ‘연구·인력개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용’을 연구개발비로 규정하고 있고, 그 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 [별표 6]은 세액공제의 대상이 되는 연구개발비를 구체적으로 규정하고 있다. 따라서 구 조세특례제한법 제9조 제5항이 규정한 과학기술 활동이나 서비스 활동의 요건을 충족한다 하더라도 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 [별표 6]에 부합하지 않는 비용은 세액공제의 대상이 될 수 없다. 갑 제30, 31, 32호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 쟁점 예외규정의 개정 연혁 및 입법 취지, 이에 비추어 알 수 있는 사정들을 종합적으로 고려해 보면, 쟁점 예외규정(‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템’)은 ‘전사적 기업자원 관리설비 및 그와 유사한 시스템’을 의미하고, ‘그와 유사한 시스템’은 기능적으로 ‘기업의 업무를 효율화하는 시스템으로서 그 개발위탁비용이 범용화된 시스템의 구입·응용 또는 개선을 위한 것으로 평가될 수 있는 것’을 의미한다고 봄이 타당하다. 가) 쟁점 예외규정이 도입되기 이전에는 금융·보험업을 영위하는 법인의 전사적 기업자원 관리설비에 대한 연구개발비 세액공제를 인정하는 과세관청의 유권해석 사례가 있었으나, 2009년경부터 금융·보험업 이외의 다른 사업을 영위하는 법인에 대하여 전사적 기업자원 관리설비가 연구개발비 세액공제의 대상이 되지 않는다는 유권해석이 나오기 시작하였고, 2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정된 조세특례제한법 시행령은 쟁점 예외규정을 도입하여 모든 업종의 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’을 세액공제 대상에서 제외하였다. 위 개정 취지는 국세청이 발간한 ‘개정세법 해설’에 의하면 “ERP 등 시스템개발 위탁비용이 제외된다는 것을 ‘명문화’하였다”는 것이고, 기획재정부가 발간한 ’2010년 세제개편 주요내용‘에 의하면 ‘ERP 도입비용에 대하여는 명확한 규정이 없어 실무상으로는 위탁 R&D 비용의 일종으로 해석하여 운용해 왔으나, ERP 도입비용은 소프트웨어 구입비용의 일종인 단순 자산취득비용으로서 R&D 비용으로 보기 곤란하고, ERP 위탁비용은 생산성향상투자세액공제(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 구 조세특례제한법 제24조 제1항 제4호)의 적용 대상이므로 R&D 세액공제 대상으로 보는 경우 중복지원 결과를 초래하게 되어 이를 세액공제 대상에서 제외한다’는 것이다. 나) 2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되어 2001. 1. 1. 시행된 조세특례제한 법 제24조 제1항은 전사적 기업자원 관리설비(제4호), 전자상거래설비(제5호)를, 2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되어 2003. 1. 1. 시행된 조세특례제한법 제24조 제1항은 공급망관리 시스템설비(제6호), 고객관계관리 시스템설비(제7호)를 각 세액공제의 대상이 되는 생산성향상시설로 추가하였는데, 위 법률 제6762호의 개정 취지는 ‘ERP(전사적 기업자원 관리설비)와 유사한 정보화투자인 SCM(공급망관리 시스템설비), CRM(고객관계관리 시스템설비)을 동일하게 세제지원하여 생산성 및 투명성을 제고’하기 위함이다. 2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 조세특례제한법 제24조는 생산 성 향상시설로 전사적 기업자원 관리설비(제4호), 전자상거래설비(제5호), 공급망관리 시스템설비(제6호), 고객관계관리 시스템설비(제7호), 구매·주문관리·수송·생산·창고운 영·재고관리·유통망 등 물류 프로세스를 전략적으로 관리하고 효율화하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(제8호), 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인이 보유하고 있는 지식을 체계화하고 공유하기 위한 지식관리시스템 등 대통령령으로 정하는 시스템(제9호) 등에 투자하는 경우에 대한 세액공제를 규정하고 있었는데, 2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되면서 제4호와 제5호가 삭제되었다. 위 개정 취지는 ‘전사적 기업자원 관리설비 및 전자상거래설비는 2001년 지원대상에 포함되어 금융·유통·제조업 등에 상용화된 설비이므로 지원 목적이 달성되어 지원을 중단’한 것이다. 다) 협의의 ERP인 구 조세특례제한법 시행령이 정한 ‘전사적 기업자원 관리설비’ 외에 공급망관리, 고객관계관리, 제품정보관리 등의 기능과 솔루션이 더해진 ‘확장형 ERP’도 ERP로 통칭되는 점, 위 각 시스템들은 기업의 업무 효율화를 도모하기 위한 것으로서 상호 간에 본질적으로 유사성이 있고, 하나의 프로그램으로 망라될 수 있으며, 구 조세특례제한법 제24조 제1항도 각 호의 시스템 생산성향상시설로서의 유사함이 있음을 전제로 개정되어 온 점 등에 비추어, ‘확장형 ERP’에 포함될 수 있는 유형의 업무 효율화 시스템 또한 쟁점 예외규정의 ‘전사적 기업자원 관리설비와 유사한 시스템’에 포함될 수 있다고 해석함이 타당하다. 라) 원고는 쟁점 예외규정이 기업 내부의 인적·물적 자원 관리 시스템에 한정하여 적용되어야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규 정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합할 뿐 아니라, 기존에 금융·보험업과 연관된 협의의 ERP가 최초로 개발되는 과정에서는 연구개발 위탁비용 세액공제가 인정되기도 하였으나, 그와 같은 시스템이 널리 채택되고 범용화됨에 따라 세액공제 등을 통한 지원을 계속할 필요성이 감소한 점, ‘연구개발’의 측면에서 동종 업체들이 본질적으로 유사한 기능을 하는 업무 효율화 시스템을 갖추기 위하여 지출하는 위탁비용까지 전부 세액공제의 대상에 포함시키는 것은 ‘불확실하였던 과학적·기술적 진전을 새로이 이루어내는 연구개발’을 장려하는 쟁점 세액공제의 취지에 부합하지 않는 점 등에 비추어, 원고의 주장과 같이 감면예외요건을 좁게 해석하기는 어렵다. 2) 구체적 판단 이 사건 시스템은 본질적으로 원고의 업무수행을 효율화하기 위한 것임이 분명해 보이고, 전자상거래, 고객관계 관리 및 상품개발 등의 기능이 통합되어 있으며, 이사건 시스템의 개발이 과학적·기술적 불확실성의 체계적인 해소를 위한 것이었다고 보기 어려운바, 앞서 본 바와 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 시스템을 ‘전사적 기업자원 관리설비 및 그와 유사한 시스템’에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 시스템에 관한 위탁비용은 쟁점 예외규정에 의하여 쟁점 세액공제 대상에서 제외된다. 라. 소결론 이 사건 시스템 개발은 쟁점 세액공제 규정의 요건을 충족하지 못하거나, 쟁점 예 외규정에 해당하여 쟁점 세액공제의 대상에서 제외된다. 따라서 원고의 주장은 세액공제액에 관한 당사자의 나머지 주장에 관하여 더 살필 것 없이 이유 없다. 5. 결론 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2018구합79292

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