+ - 북마크 저장 [행정] 1심사건

서울행정법원 2021.08.17 선고 2018구합79315 판결

이 사건 차세대시스템 구축비용이 연구개발비세액공제 대상에 해당하지 않음 [국승] 【사 건】 서울행정법원-2018-구합-79315 【원 고】 AAA 주식회사 【피 고】 BBB세무서장 【변 론 종 결】 2021.05.20 【판 결 선 고】 2021.08.17 【주 문】 1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고가 부담한다. 【청 구 취 지】 피고가 2016. 6. 10. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 법인세 ***,***,***과 2013 사업연도 법인세 ***,***,***원 2014 사업연도 법인세 **,***,***원의 경정거부처분을 취소한다. 【이 유】 1. 처분의 경위 가. 원고는 여신전문금융회사로서, 2012년부터 2014년까지 주식회사 aaa, bbb 주식회사, ccc 주식회사, ddd 주식회사(이하 이를 통 틀어 ‘이 사건 수탁업체들’라 한다)에 대한 위탁개발방식으로 원고의 상품‧서비스 제공, 마케팅, 영업활동, 계약관리 등 업무의 효율성을 향상시키기 위한 차세대 전산시스템 (이하 ‘이 사건 시스템’이라 한다)을 개발하는 과정에서 [별지 1] 표 ‘연구·인력개발비’ 란 기재 금원(이하 ‘이 사건 비용’이라 한다)을 지출하였다. 이 사건 시스템의 기본 구 조는 [별지 2] 그림과 같다. 나. 원고는 2015. 7. 27. 이 사건 비용에 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제 12853호로 개정되어 2015. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 달리 표기하지 않는 한 이와 같다)1) 제10조 제1항 제3호에 따른 연구·인력개발비(이하 ‘연구개발비’라 한다) 세액공 제(같은 법 제9조 제2항, 제5항에 의한 연구개발비를 세액공제하는 것으로서 이하 ‘이 사건 세액공제’라 한다)를 적용하여, 피고에게 [별지 1] 표 ‘세액공제액’란 기재 금액 상당 법인세의 각 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 다. 피고는 2016. 6. 10. 전산시스템 위탁개발비는 이 사건 세액공제의 적용대상이 되는 연구개발비에 해당하지 않는다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다). 라. 원고는 이에 불복하여 2016. 8. 29. 조세심판원에 조세심판청구를 하였으나, 조세 심판원은 2018. 7. 2. 원고의 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 처분의 적법 여부 가. 원고의 주장 다음과 같은 이유로 이 사건 거부처분은 위법하다. 1) 이 사건 시스템은 원고의 기존 시스템을 획기적으로 개선하여 업무처리의 효율 성을 도모한 것으로서, 구 조세특례제한법 제9조 제5항에서 말하는 ‘과학적 또는 기술 적 진전을 이루기 위한 연구개발 활동‘에 해당한다. 2) 전사적 기업자원 관리설비(Enterprise Resource Planning, 이하 ‘ERP’라 한다) 시스템은 기업 내부의 인적‧물적 자원을 효율적으로 관리하기 위한 시스템으로서 이를 구축하는 것은 단순히 자산취득 행위에 불과하나, 이 사건 시스템은 대외적으로 고객 을 대상으로 한 시스템으로서 원고는 이 사건 수탁업체들에게 이 사건 시스템 개발과 관련한 작업을 지시하는 등 주도적으로 연구개발에 참여하였는바, 원고가 단순히 자산 취득비용을 지출한 것이라고 볼 수 없으므로, 이 사건 비용은 구 조세특례제한법 제9 조 제2항 제1호, 제5항의 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2019. 2. 12. 대통령 령 제29527호로 개정되기 전의 것, 이하 달리 표기하지 않는 한 이와 같다) 제8조 제1항 [별표 6] 1의 나. 1)항 괄호규정(이하 ’이 사건 예외규정’이라 한다)의 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용‘에 해당하지 않는다. 3) 이 사건 수탁업체들은 모두 기업부설연구소로서 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 [별표 6] 1의 나. 1) 마)항에 따른 ’국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 등‘에 해당하므로, 이 사건 비용은 이 사건 세액공제의 요건을 모두 충족하였다. 나. 관계 법령 [별지 3] 기재와 같다. 다. 판단 1) 이 사건 세액공제를 적용받기 위한 요건 이 사건 세액공제를 적용받기 위해서는 구 조세특례제한법 제9조 제2항 제1호, 제5항에서 정하는 ’과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동‘과 ’새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동‘에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용에 해당하여야 하는데, 그중 ’새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동에 필요한 비용‘의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용에 한정된다. 위 법률의 위임을 받아 제정된 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 [별표 6]은 세액공제의 대상이 되는 연구개발비를 구체적으로 규정하고 있는바, 구 조세특례제한법 제9조 제5항의 요건을 충족하더라도 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 [별표 6]에 부합하지 않는 비용은 세액공제의 대상이 될 수 없고, 이 사건 예외규정에 의하면 과학기술 분야의 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용 중 전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 그 공제 대상에서 제외된다. 따라서 이 사건 수탁업체들에 대한 위탁개발비용인 이 사건 비용이 이 사건 세 액공제의 대상에 해당하려면, 이 사건 시스템 개발이 ’과학적 또는 기술적 진전을 이루 기 위한 활동(이하 ‘과학기술 활동’이라 한다)‘에 해당하면서, ’전사적 기업자원 관리설 비 등 시스템 개발‘에는 해당하지 않아야 한다. 2) 이 사건 시스템 개발이 과학기술 활동에 해당하는지 여부 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 감면요건에 대한 증명책임은 원칙적으로 이를 주장하는 납세의무자에게 있는바(대법원 1996. 4. 26. 선고 94누12708 판결, 대법 원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등 참조), 갑 제9, 14 내지 17호증 및 을 제1호 증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 시스템의 개발이 과학기술 활동에 해당 한다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할만한 증거가 없다. 따라서 이 사건 비용 은 이 사건 세액공제의 대상이 되지 않는다. 가) 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제2항은 구 조세특례제한법 제9조 제5항에 서 말하는 연구개발 활동에 포함되지 않는 유형의 활동으로 ‘① 일반적인 관리 및 지 원활동, ② 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험, ③ 반복적인 정보수집 활동, ④ 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동, ⑤ 특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무, ⑥ 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사·탐사하는 활동, ⑦ 위탁 받아 수행하는 연구활동’을 규정하고 있다. 한편, 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2016. 9. 22. 대통령령 제27506호로 개정되기 전의 것) 제2조 제5호 는 "연구개발활동"에 관하여 ‘과학기술 분야 또는 특정 지식기반서비스 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정(工程)을 개발하기 위한 시제품(試製品)의 설계·제작 및 시험, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등 사업화 전까지의 모든 과정’이라고 규정하고 있다. 위 각 규정의 내용에 비추어 보면, 과학기술 활동이란 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’, ‘지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위한 활동’, ‘축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동’ 등을 의미한다고 봄이 상당하다. 따라서 순수한 기초연구활동뿐만 아니라 과학기술의 연구 및 성과를 기업생산 활동에 적용하는 방법을 찾아내는 활동도 연구개발의 범주에 포함될 수 있지만, 기존 에 이미 상용화·사업화된 기술 수준을 벗어나지 못하고 이를 다소 보완 또는 변형함으로써 약간의 효율성이나 편리함을 더한 것에 불과한 경우 ‘과학기술 활동’에 해당한다고 볼 수 없다. 특히 소프트웨어 개발 프로젝트가 과학기술 활동으로 분류되기 위해서 는 해당 프로젝트의 종결로 인하여 과학적 또는 기술적 진보를 이룰 수 있어야 하고, 과학적 또는 기술적 불확실성의 체계적인 해소가 그 프로젝트의 목적이어야 한다. 기 존 소프트웨어 프로그램이나 체계에 대한 업그레이드 또는 수정 작업도 위와 같은 결과와 목적을 구비한다면 과학기술 활동으로 분류될 수 있으나, 그에 미치지 않는 응용이나 개선 수준에서 이미 개발된 소프트웨어 도구를 이용하여 기업용 소프트웨어나 정보시스템을 개발하는 정도의 것은 과학기술 활동에 해당하지 않는다. 나) 원고는 이 사건 시스템 개발의 핵심 설계방식으로 사용하기 위해 ‘카시오페 패키지’의 라이선스를 구매한 후 이를 기초로 이 사건 시스템을 개발하였는데, 이 사건 시스템 및 각 어플리케이션(기본 단위 프로그램)은 이미 존재하는 유닉스 서버를 포함 한 34개의 상용 솔루션을 사용하여 고객관리 시스템 재정립, 고객정보 보호 및 통제강화, 상품관리시스템 재정립 등을 이루는 것으로서, 이와 유사한 기능을 수행하는 대부분의 솔루션은 이미 개발되어 있었다. 다) 이미 개발되어 있는 기존 소프트웨어의 응용이나 개선이 항상 확실히 성공한다고 단언할 수는 없겠으나 위 솔루션들의 성능, 수준, 활용가능성 등에 비추어 그에 기초한 최적화된 시스템의 개발이 과학적 또는 기술적 불확실성의 체계적인 해소를 위한 연구개발이라고 보기는 어렵다. 실제로 다수의 금융기관이 비슷한 시기에 위탁개발 방식으로 이 사건 시스템과 유사한 역할을 수행하는 차세대 시스템을 구축하였고, 이 사건 시스템은 수행하는 기능이나 역할의 측면에서 다른 금융기관 등이 구축한 차세대시스템과 본질적으로 다르지 않다. 또한 원고가 이 사건 수탁업체들과 체결한 이 사건 시스템 개발 관련 계약에 ‘완료 기한’이나 이를 지키지 못하였을 경우 이 사건 수탁업체들이 배상하여야 할 ‘지체상금’ 등이 정해져 있었던 점에 비추어, 원고나 이 사건 수탁업체들의 입장에서 개발의 전면적인 실패 또는 포기 가능성이 크지 않았던 것으로 보이는바, 이 사건 시스템의 개발은 실패의 위험이나 비효율을 감수한 활동을 전제로 하는 연구개발비 세액공제제도의 근본 취지에도 맞지 않다. 라) 원고와 이 사건 수탁업체들 사이의 계약은 그 수탁사가 기술적·경험적으로 제공 가능한 시스템을 개발하여 이를 약정한 공급기한 내에 공급하는 것을 내용으로 하는 것으로서, 연구개발이라는 ‘하는 채무’를 목적으로 하는 계약이 아니라 물품(시스템)공급이라는 ‘주는 채무’를 목적으로 하는 계약이라고 보아야 한다. 3) 이 사건 비용이 이 사건 예외규정의 적용대상인지 여부 가사 이 사건 시스템 개발이 과학기술 활동에 해당한다고 하더라도, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 보태어 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 비용은 이 사건 예외규정의 적용대상에 포함되므로, 이 사건 세액공제 대상에서 제외된다. 가) 이 사건 예외규정이 도입되기 이전에는 금융·보험업을 영위하는 법인의 ERP 에 대한 연구개발비 세액공제를 인정하는 과세관청의 유권해석 사례가 있었으나, 2009 년경부터 금융·보험업 이외의 다른 사업을 영위하는 법인에 대하여 ERP가 연구개발비 세액공제의 대상이 되지 않는다는 유권해석이 나오기 시작하였고, 2010. 2. 18. 대통령 령 제22037호로 개정된 조세특례제한법 시행령은 이 사건 예외규정을 도입하여 모든 업종의 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’을 세액공제 대상 에서 제외하였다. 국세청이 발간한 ‘개정세법 해설’에 의하면 위 개정 취지는 ‘ERP 등 시스템개발 위탁비용이 제외된다는 것을 명문화하였다’는 것이고, 기획재정부가 발간한 ’2010년 세제개편 주요내용‘에 의하면 ‘ERP 도입비용에 대하여는 명확한 규정이 없어 실무상으로는 위탁 R&D 비용의 일종으로 해석하여 운용해 왔으나, ERP 도입비용은 소프트웨어 구입비용의 일종인 단순 자산취득비용으로서 R&D 비용으로 보기 곤란하고, ERP 위탁비용은 생산성향상투자세액공제(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 구 조세특례제한법 제24조 제1항 제4호)의 적용 대상이므로 R&D 세액공제 대상으로 보는 경우 중복지원 결과를 초래하게 되어 이를 세액공제 대상에서 제외한 다’는 것이다. 나) 2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되어 2001. 1. 1. 시행된 조세특례제한법 제24조 제1항은 전사적 기업자원 관리설비(제4호), 전자상거래설비(제5호)를, 2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되어 2003. 1. 1. 시행된 조세특례제한법 제24조 제1항은 공급망관리 시스템설비(제6호), 고객관계관리 시스템설비(제7호)4)를 각 생산성 향상투자세액공제의 대상이 되는 생산성향상시설로 추가하였는데, 위 법률 제6762호의 개정 취지는 ‘ERP(전사적 기업자원 관리설비)와 유사한 정보화투자인 SCM(공급망관리 시스템설비), CRM(고객관계관리 시스템설비)을 동일하게 세제 지원하여 생산성 및 투명성을 제고하기 위함’이다. 2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 조세특례제한법 제24조는 생 산성향상시설로 전사적 기업자원 관리설비(제4호), 전자상거래설비(제5호), 공급망관리 시스템설비(제6호), 고객관계관리 시스템설비(제7호), 구매·주문관리·수송·생산·창고운영·재고관리·유통망 등 물류 프로세스를 전략적으로 관리하고 효율화하기 위하여 사용 되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(제8호), 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인이 보유하고 있는 지식을 체계화하고 공유하기 위한 지식관리시스템 등 대통령령으로 정하 는 시스템(제9호) 등에 투자하는 경우에 대한 세액공제를 규정하고 있었는데, 2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되면서 제4호와 제5호가 삭제되었다. 위 개정 취지는 ‘전사적 기업자원 관리설비 및 전자상거래설비는 2001년 지원 대상에 포함되어 금융·유 통·제조업 등에 상용화된 설비이므로 지원 목적이 달성되어 지원을 중단’하였다는 것이다. 다) 위와 같은 이 사건 예외규정의 문언과 체계, 개정 연혁 및 입법 취지 등에 ① 협의의 ERP인 구 조세특례제한법 시행령이 정한 ‘전사적 기업자원 관리설비’ 외에 공급망관리, 고객관계관리, 제품정보관리 등의 기능과 솔루션이 더해진 ‘확장형 ERP’도 ERP로 통칭되는 점, ② 위 각 시스템들은 기업의 업무 효율화를 도모하기 위한 것으로서 상호 간에 본질적으로 유사성이 있고, 하나의 프로그램으로 망라될 수 있으며, 구 조세특례제한법 제24조 제1항도 각 호의 시스템이 생산성향상시설로서의 유사함이 있음을 전제로 개정되어 온 점 등을 보태어 보면, 이 사건 예외규정의 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템’은 ‘전사적 기업자원 관리설비 및 그와 유사한 시스템’을 의미한다고 봄이 타당하다. 여기서 ‘그와 유사한 시스템’이란 기능적으로 ‘기업의 업무를 효율화 하는 시스템으로서 그 개발위탁비용이 범용화된 시스템의 구입·응용 또는 개선을 위한 것으로 평가될 수 있는 것’을 의미하므로, ‘확장형 ERP’에 포함될 수 있는 유형의 업무 효율화 시스템 또한 이 사건 예외규정의 ‘전사적 기업자원 관리설비와 유사한 시스템’ 에 포함된다. 라) 이 사건 시스템은 본질적으로 원고의 업무수행을 효율화하기 위한 것이고, 전자상거래, 고객관계 관리 및 상품개발 등의 기능이 통합되어 있으며, 이 사건 시스템 의 개발이 과학적·기술적 불확실성의 체계적인 해소를 위한 것이었다고 보기 어려운바, 앞서 본 바와 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 시스템은 범용화된 시스템의 구입· 응용 또는 개선을 위한 ‘전사적 기업자원 관리설비 및 그와 유사한 시스템’에 해당한다고 봄이 상당하다. 마) 이에 대하여 원고는 이 사건 예외규정이 기업 내부의 인적·물적 자원 관리 시스템에 한정하여 적용되어야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합할 뿐 아니라, 기존에 금융·보험업과 연관된 협의의 ERP가 최초로 개발되는 과정 에서는 연구개발 위탁비용 세액공제가 인정되기도 하였으나, 그와 같은 시스템이 널리 채택되고 범용화 됨에 따라 세액공제 등을 통한 지원을 계속할 필요성이 감소한 점, ‘연구개발’의 측면에서 동종 업체들이 본질적으로 유사한 기능을 하는 업무 효율화 시스템을 갖추기 위하여 지출하는 위탁비용까지 전부 세액공제의 대상에 포함시키는 것은 ‘불확실하였던 과학적·기술적 진전을 새로이 이루어내는 연구개발’을 장려하는 이 사건 세액공제의 취지에 부합하지 않는 점 등에 비추어, 원고의 주장과 같이 감면예외요건을 좁게 해석하기는 어렵다. 4) 소결 이 사건 시스템 개발은 과학기술 활동으로서의 연구개발에 해당하지 않고, 가사 이에 해당한다고 하더라도 그 위탁개발을 위해 지출한 이 사건 비용은 이 사건 예외규정에 의하여 이 사건 세액공제의 대상에서 제외된다. 따라서 원고의 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다. 3. 결론 그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2018구합79315

댓글 0개

로그인 하시면, 판례 댓글을 등록하실 수 있습니다.

네이버 검색 블로그 카페 뉴스 웹사이트

[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

조세특례제한법 제9조 제24조

조세특례제한법 시행령 제8조

[ 사건명 태그]

조세특례제한법

[ 참조조문 태그 ]

조세특례제한법 제9조 조세특례제한법 시행령 제8조 조세특례제한법 제24조

[ 유사 판례 ]

[ 공유하기 ]

개인정보처리방침 사용자 카페