+ - 북마크 저장 [행정] 항소사건

광주고등법원 2018.07.12 선고 2017누4566 판결

조사대상자 선정 및 가공매출원가 산정방식은 적법하고 재조사결정의 기속력에 반하지 않음.[국승] 피고가 원고의 장부들과 회계법인의 회계감사보고서를 기초로 이 사건 아파트의 매출원가를 산정한 후 가공매출원가를 산출한 것은 적법하고 토지원가와 리모델링 공사비에 대해 재조사 후 결정하라는 조세심판원의 결정 취지에 따라 재조사 후 당초 처분 유지한 것은 기속력에 반한다고 볼 수 없음.

사 건	광주고등법원-2017-누-4566 (2018.07.12)
원 고	○○건설(주)
피 고	□□세무서장
변 론 종 결	2018.05.31
판 결 선 고	2018.07.12

【주문】 1. 제1심판결 중 별지1 제2처분 목록 기재 원천징수 근로소득세 징수처분 및 별지1 제3처분 목록 기재 가산세 부과처분의 취소 청구부분을 취소한다. 이 사건 소 중 별지1 제2처분 목록 기재 원천징수 근로소득세 징수처분 및 별지1 제3처분 목록 기재 가산세 부과처분의 취소 청구부분을 각하한다. 2. 원고의 나머지 항소를 기각한다. 3. 소송총비용은 원고가 부담한다. 【청구취지및항소취지】 제1심판결을 취소한다. 피고가 원고에 대하여 한, 2014. 11. 3. 별지1 제1처분 목록 기재 법인세 부과처분액 중 기납부세액을 초과하는 부과처분을, 2015. 5. 14. 별지1 제2처분 목록 기재 원천징수 근로소득세 징수처분을, 2015. 5. 13.2) 별지1 제3처분 목록기재 가산세 부과 처분액 중 당초세액을 초과하는 부과처분을 취소한다. 【이유】 가. 원고는 1993. 6. 18. 주택건설 사업계획승인을 받고 1998. 3.경 □□시 00동 16 외 15필지에 △△타운아파트 704세대와 상가 27개를 준공하였는데, 이 중 23평형 아파트(이하 ‘이 사건 아파트’라 한다) 650세대에 대해서는 1997. 6. 10. ◎◎시로부터 공공임대주택사업 승인을 받아 임대사업을 영위하다가 5년의 임대의무기간이 경과하고 나서 2011년 230세대, 2012년 350세대를 각 일반분양하였고, 2011년 법인세 신고 시 상품매출원가(당기매입원가)를 12,128,402,836원으로, 2012년 법인세 신고 시 상품매출원가(당기매입원가)를 18,466,327,310원으로 각 신고하였다. 나. 피고는 2014. 3. 4.부터 2014. 5. 25.까지 원고에 대하여 2007사업연도부터 2012 사업연도까지의 귀속분 법인세 조사를 실시하여 ① 원고가 2011사업연도 매출원가 중 4,624,519,482원, 2012사업연도 매출원가 중 7,046,452,300원 합계 11,670,970,782원을 가공 계상한 것으로 보아 익금산입(손금부인) 및 유보처분하고, ② 2007사업연도부터 2011사업연도까지 합계 3,313,063,568원의 전도금을 가공예금자산으로 계상하였다가 가공의 가수금을 변제한 것처럼 회계처리하여 법인의 자금을 부당하게 사외유출한 것으로 보아 익금산입 및 대표자 상여로 소득처분을 하였으며, ③ 2012사업연도 중 원고의 대표이사 김△△에게 지급한 중간정산 퇴직금 3,712,645,482원 중 3,106,270,482원을 임의 지급한 것으로 보아 손금불산입 및 대표자 상여로 소득처분한 후, 2014. 11. 3.원고에게 위 ①, ②(2011년 관련 부분), ③과 관련하여 별지1 제1처분 목록 기재와 같이 법인세 4,025,144,080원을 경정・고지하고(이하 ‘이 사건 제1처분’이라 한다), 원고 및 김△△에게 위 ②와 관련하여 2007사업연도 귀속분 924,033,316원, 2008사업연도 귀속분 390,947,290원, 2009사업연도 귀속분 779,235,260원, 2010사업연도 귀속분 491,762,042원, 2011사업연도 귀속분 727,085,660원, 위 ③과 관련하여 2012사업연도 귀속분 3,336,832,732원4)에 대하여 소득금액변동통지를 하였다. 다. 피고는 원고가 소득금액변동통지에 따른 원천징수의무를 이행하지 않자 2015. 5. 14. 별지1 제2처분 목록 기재와 같이 원천징수분 근로소득세 합계 2,458,800,290원을 납세고지하고(이하 ‘이 사건 제2처분’이라 한다), 2015. 5. 13. 및 2015. 5. 14. 별지1 제3처분 목록 기재와 같이 법인세(지급명세서제출불성실가산세) 합계 116,206,750원을 납세고지하였다.(이하 ‘이 사건 제3처분’이라 하고, 위 1 내지 3처분을 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). 라. 원고는 2015. 6. 2. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2015. 12. 21. ‘이 사건 아파트의 토지매입원가 및 리모델링 공사비 등 매출원가를 재조사하여 그 결과에 따라 해당 사업연도의 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기 각한다.’는 결정(이하 ‘이 사건 재조사결정’이라 한다)을 하였다. 마. 피고는 이 사건 재조사결정에 따라 2016. 1. 28.부터 2016. 2. 16.까지 이 사건 아파트의 토지매입원가와 리모델링 공사비에 대하여 재조사 한 후, 원고에게 이 사건 제1처분과 동일한 과세표준과 고지세액을 유지한다는 내용의 재조사결과를 통지하였 다. [ 인정근거 ] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 7, 9호증, 을 제1, 7 내지 11호증(별다른 언급이 없는 한 가지번호를 포함한다. 이하 같다)의 기재, 변론 전체의 취지 2. 원고의 주장 가. 이 사건 제1처분에 관한 주장 1) 재결의 기속력 위반 피고는 조세심판원의 재결에 따라 이 사건 아파트의 토지매입원가 및 리모델링 공사비 등 매출원가를 재조사하여 과세표준과 세액을 경정하여야 함에도 형식적인 조사를 거친 후 종전 처분을 그대로 유지하였다. 따라서 이 사건 제1처분은 조세심판원 결정의 기속력에 반하여 위법하다. 2) 이 사건 아파트의 매출원가 주무 관청인 ◎◎시장이 1997. 6. 10. 건설원가로 승인한 세대 당 분양전환가격 50,780,000원이고, □□시장은 2003. 3.경 이 사건 아파트의 분양전환가격을 56,980,000원으로 승인하였는데, 이는 ◎◎시장이 승인한 건설원가에 리모델링 비용 6,200,000원을 포함한 금액이다. 원고는 2010년까지 이 사건 아파트의 장부상 건설원가가 세대 당 약 39,000,000원임을 전제로 법인세를 신고하였다가 2010년 초에 ◎◎시장이 산정한 위 50,780,000원과 □□시장이 산정한 위 56,980,000원에 비하여 장부상 건설원가가 현저히 과소 계상되었음을 발견하고 위 56,980,000원을 건설원가로 적용하여 자산금액을 재계산한 다음, 회사 보관용 대차대조표에 2007사업연도 이후 자산을 12,687,268,285원 증액하고 대변에 같은 금액의 가수금을 계상하는 내용으로 장부를 수정하였다. 위 12,687,268,285원에는 토지매입비로 계상하지 않은 약 3,054,000,000원(= 감정가액 4,421,000,000원 - 기존장부가액 1,367,255,220원), 시공업체인 00건설의 부도로 계상하지 못한 4,550,000,000원, 2003년 리모델링 공사비로 계상하지 못한 3,600,000,000원, 1997년 상・하수도건설공사 부담금 786,000,000원 등이 포함되어 있다. 따라서 이 사건 아파트의 매출원가는 세대 당 56,980,000원(리모델링 비용 포함)을 기준으로 산정하여야 하고, 이에 따라 원고가 2010년과 2011년 법인세 신고 시 기존 장부(세대 당 약 39,000,000원 기준)에 기재된 건물자산금액과의 차액 12,687,268,285원을 2007사업연도로 소급하여 임의계상하고 같은 금액을 가수금으로 추가 계상한 행위는 적법하다.f 3) 추계과세의 필요성 이 사건 아파트는 준공된 지 20여년이 지났고, 그 과정에서 2차례에 걸친 시공사의 부 도, 사무실 집기 분실, 분양자 및 인부들과의 분쟁 등으로 미분양주택에 대한 감가상각비부당계상, 토지매입가액 과소계상, 분양자에 대한 분양해지로 인한 위약금 지급, 임대아파트에서 분양아파트로의 전환에 따른 위약금 및 리모델링 공사비 지출에 대한 장부 및 증빙자료가 존재하지 않거나 중요한 부분이 미비하다. 따라서 원고가 주장하는 이 사건 아파트의 매출원가를 인정할 수 없다면, 동일 업종 평균이익률을 조사ㆍ확인하여 적정이윤을 차감한 금액을 매출원가로 확정하여야 한다. 4) 리모델링 공사비용 미반영 원고는 이 사건 아파트 650세대 중 109세대로부터 리모델링 공사를 받았다는 내용의 사실확인서를 받아 피고에게 제출하였으나, 피고는 이들 중 13세대만 조사한 후 임대보증금 분쟁으로 인하여 공사를 하지 못했던 12세대가 공사를 하지 않았다는 취지의 진술을 하였고, 원고가 이미 2003년 장부상 리모델링 공사비로 600,000,000원을 계상한 사실을 들어 2003년 이후부터는 리모델링 공사를 하지 않은 것으로 판단하였다. 그러나 원고는 2004년 이후에도 이 사건 아파트에서 리모델링 공사를 하였으므로, 피고는 리모델링 공사를 한 세대수와 공사비에 대한 실지조사를 하고 이를 반영하여야 한다. 5) 조세감면규정의 적용 원고가 2011년 및 2012년 이 사건 아파트의 양도로 인하여 발생한 양도차익에 대하 여 구 조세감면규제법 제67조에 의하여 특별부가세가 감면되거나, 법률명칭을 변경한 구 조세특례제한법 제97조에 의하여 양도소득에 대한 법인세가 감면되므로, 이는 법인 세법 제13조 제2호에서 정한 ‘이 법 및 다른 법률에 의한 비과세소득’에 해당하여 각 사업연도 소득에 대한 법인세의 과세표준에서 공제된다. 따라서 이 사건 아파트의 분 양으로 발생한 양도차익에서 이월결손금을 공제한 금액을 과세표준으로 삼아 법인세를 부과할 수 없으므로, 이 사건 제1처분은 위법하다. 6) 유보처분의 위법성 원고는 1991년 이후 19년간 임대수입 등 정상수입 없이 국민주택기금이자지급, 임대 주택 유지, 관리비 지급으로 인해 결손금 15,568,000,000원이 발생하였고, 그중 법인세 과세표준신고 시 법인세법상 용인되는 5년의 이월결손금 공제액 3,415,000,000원을 차감한 미처리결손금 1,252,000,000원이 발생하여 법인설립 후 상여・배당 처분한 사실이 없으며, 조사일 현재 유・무형의 잔여자산가액이 장부상 3억 원(처분청에서 고지 전 사전압류)에 불과하다. 따라서 피고가 11,670,970,782원을 임의증액하여 익금산입하고 유보처분한 것은 부당하고 기타사외유출처분을 하여야 한다. 나. 이 사건 제2, 3처분에 관한 주장 1) 전도금에 대한 인정상여 처분의 위법 및 국세 부과처분의 제척기간 도과 가) 원고는 2007사업연도부터 2011사업연도까지의 전도금계정별 원장에 매년 말 전도금 잔액 합계 3,313,063,568원을 보통예금계정인 예금자산으로 대체하고 2012. 6. 29. 위 금액을 자산가액의 상대계정인 가수금과 상계하였다. 원고는 운영자금이 없 어 외부에서 사채를 빌려 주택자금 대출이자, 외부차입금 사채이자, 리모델링 공사비, 현장관리비 등을 지출하였기 때문에 대표이사 가지급금으로 계상할 금액이었는데, 위 와 같이 형식상 예금 계정에 기재하였을 뿐이다. 이 사건 아파트 부지의 감정평가 평균가액 4,421,140,500원과 장부에 계상된 토지 가 액 1,367,255,220원의 차이가 약 3,054,000,000원 상당이고, 위와 같이 과소계상된 이사건 아파트 부지의 매출원가 상당액과 누적 결손금은 대표이사 가수금으로 계상할 수 있으므로, 가수금에서 가지급금을 상계하면 0원이 되어 대표이사에 대한 상여처분은 부당하다. 나) 리모델링 공사비, 현장관리비, 외부차입금 중 사채이자 등으로 사용한 전도금 중 증빙서류가 없는 금액을 대표이사 가지급금으로 계상하여야 하는데 조세포탈 의도 없이 예금계정에 대체 처리한 것에 불과하여 국세 부과의 제척기간이 5년에서 10년으 로 연장되는 ‘사기 기타 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급・공제한 경우’에 해당하 지 않는다. 따라서 국세 부과 제척기간 5년이 지난 2007, 2008사업연도 귀속분에 관한 소득금액변동통지는 무효이므로, 이에 따른 이 사건 제2, 3처분 또한 취소되어야 한다. 2) 중간 퇴직금 지급 원고는 주주총회의 의결을 거쳐 임원퇴직금 지급규정에 따라 원고의 대표이사 김△△에게 중간정산 퇴직금 3,712,645,482원을 적법하게 지급하기로 하였는데, 김△△은 실제 위 중간정산 퇴직금 중 1,920,000,000원을 지급받지 못한 상태이므로, 위 중간정산 퇴직금 중 3,106,270,482원에 대하여 손금불산입하고 대표자 상여로 소득처분한 조치는 위법하고, 이에 따른 이 사건 제2, 3처분 또한 취소되어야 한다. 다. 이 사건 각 처분에 관한 주장 1) 세무조사의 위법 피고는 원고에 대한 세무조사를 시행함에 있어 사전통지 및 소명요구가 없었고, 세무 조사중지 기간에도 조사를 진행하여 세무조사의 절차적 하자가 존재한다. 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호에 의하면 세무조사 대상으로 선정하려면 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’에 해당하여야 하는데, 피고는 세무조사 대상 선정사유가 없음에도 불구하고 비정기 조사대상으로 선정하여 위법하게 세무조사를 진행하였다. 따라서 위법한 세무조사에 기초한 이 사건 각 처분은 위법하 다. 2) 재량권의 일탈・남용 이 사건 아파트는 오래 전에 건축되어 관련 자료가 미비하므로, 피고는 가능한 모든 방법을 동원하여 적절한 건설원가를 조사하였어야 함에도 일방적인 조사 끝에 이 사건 각 처분을 하고 조세심판원의 재조사 결정도 무시하였다. 따라서 이 사건 각 처분은 재량권을 일탈・남용한 경우에 해당한다. 3. 직권 판단 가. 인정사실 다음 사실은 갑 제1, 2, 11, 12호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있거나 기록상 명백하다. 1) 피고가 2014. 11. 3. 원고에게 이 사건 제1처분을 하고, 이 사건 제2처분의 선행처 분에 해당하는 2007사업연도부터 2012사업연도까지 귀속분에 대한 소득금액변동통지를 하자, 원고는 2015. 2. 3. 광주지방국세청장에게 이 사건 제1처분에 관하여 이의신청을 하면서 이의신청 이유에서 이 사건 제1처분 외에 위 소득금액변동통지가 부당하다는 취지로 다투었다. 광주지방국세청장은 2015. 3. 3. 이의신청을 기각하는 결정을 하였고, 결정이유에서 이 사건 제1처분 및 소득금액변동통지에 관한 원고의 주장이 이유 없다고 판단하였다. 2) 피고가 2015. 4. 13. 원고에게 이 사건 제2, 3처분에 대한 사전 통지로서 과세예고통지를 하였고, 이어 2015. 5. 14. 이 사건 제2처분을, 2015. 5. 13. 및 2015. 5. 14. 이 사건 제3처분을 하였다. 3) 원고는 2015. 6. 2. 이00 세무사를 대리인으로 선임하여 조세심판원에 이 사건 제1처분 및 위 과세예고통지에 대하여 심판청구를 하였다(2015광2636, 2637). 조세심 판원은 2015. 12. 21. ‘이 사건 제1처분 및 위 소득금액변동통지 처분은 이 사건 아파 트의 토지 매입원가 및 리모델링 공사비 등 매출원가를 재조사하여 그 결과에 따라 해 당 사업연도의 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.’고 결정하 였고, 결정이유에서 이 사건 제1처분 중 매출원가를 제외한 나머지 주장 및 이 사건 제2, 3처분에 관한 주장은 이유 없다고 판단하였다. 위 조세심판원의 결정은 2015. 12.26. 원고 심판청구대리인에게 송달되었다. 4) 피고는 2016. 1. 28.부터 2016. 2. 16.까지 재조사를 거쳐 이 사건 제1처분의 근거가 된 매출원가에 대한 판단을 그대로 유지하는 결정을 하였다(원고는 소장에서 2016. 2. 24. 피고로부터 재조사 결과 통보를 받았다고 밝혔다). 5) 원고는 2016. 5. 20. 이 사건 소를 제기하여 이 사건 제1처분, 소득금액변동통지, 이사건 제2, 3처분의 취소를 구하였다가, 2016. 5. 27. 청구취지를 변경하여 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 부분을 유지하고 소득금액변동통지의 취소를 구하는 부분을 제외하였다. 나. 판단 1) 관련 규정 구 국세기본법(2016. 12. 20. 법률 제14382호로 개정되기 전의 것) 제55조 제1항은 “이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다.”고 규정하면서 같은 장 제2절에서 국세청장에 대한 심사청구절차를, 같은 장 제3절에서 조세심판원에 대한 심 판청구절차를 규정하고 있다. 또한, 제56조 제2항은 “제55조에 규정된 위법한 처분에 대한 행정소송은 「행정소송법」 제18조 제1항 본문, 제2항 및 제3항에도 불구하고 이법에 따른 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 제기할 수 없다.”, 제3항 본문은 “제2항에 따른 행정소송은 「행정소송법」 제20조에도 불구하고 심사청구 또는 심판청구에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다.”고 규정하고 있다. 피고가 2015. 5. 14. 이 사건 제2처분을, 2015. 5. 13. 및 2015. 5. 14. 이 사건 제3처분을 하였고, 원고는 그 무렵 이 사건 제2, 3처분에 관한 납세고지를 받았으므로, 일정한 기간 내에 전심절차로서 심사청구 또는 심판청구를 거쳐 이 사건 소를 제기하여야 한다. 2) 전심절차의 경유 여부 2개 이상의 같은 목적의 행정처분이 단계적ㆍ발전적 과정에서 이루어진 것으로서 서 로 내용상 관련이 있는 경우에 있어서 선행처분에 대하여 전심절차를 거쳤다면, 후행 처분에 대하여 따로 전심절차를 거칠 필요는 없다. 원고가 이 사건 제2, 3처분과 관련하여 과세예고통지에 대한 심판청구를 하였다. 과세예고 통지는 문언그대로 과세를 하기 전에 과세를 할 것임을 예고하는 통지로 서 부과처분인 이 사건 제2, 3처분에 앞선 사전통지 성격을 갖는 점, 과세예고통지에 관하여 과세전적부심사청구를 할 수 있으나, 과세처분(부과처분) 자체가 아니어서 이에 관하여 심판청구를 할 수는 없으므로, 과세예고통지에 대한 심판청구는 이 사건 제2, 3처분을 다투는 취지로 선해하거나 징수처분인 이 사건 제2처분의 선행처분인 소득금액변통통지를 다투는 취지로 선해할 수 있고, 조세심판원도 후자의 취지로 선해하여 결정을 하였던 점, 심판청구에서 형식상 과세예고통지, 실질상 소득금액변동통지에 대하여 다툰 위법사유와 이 사건에서 이 사건 제2, 3처분에 대하여 다투는 위법사유가 동일한 점 등을 고려하면, 원고는 이 사건 제2, 3처분에 대한 심판청구를 하여 전심절차를 거쳤다고 볼 수 있고, 그렇지 않더라도 적어도 이 사건 제2, 3처분과 관련하여 쟁점을 같이하고 선행 내지 선결관계에 있는 형식상 과세예고통지, 실질상 소득금액변동통지에 대하여 심판청구를 하였으므로, 이 사건 제2, 3처분에 대하여 다시 전심절차를 거칠 필요가 없다고 할 것이다. 3) 제소기간 준수 여부 원고는 이 사건 제2, 3처분에 대한 심판청구에 따른 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 소를 제기하여야 한다. 설령, 원고가 이 사건 제2, 3처분을 직접 다툰 것은 아 니고 형식상 과세예고통지, 실질상 소득금액변동통지에 대하여 심판청구를 거쳐 이 사 건 제2, 3처분에 대하여 다시 전심절차를 거칠 필요가 없다고 하더라도, 위 심판청구는 이 사건 제2, 3처분의 전심절차 대용 성격을 가지므로, 이 사건 제2, 3처분의 취소를 구하는 소를 제기함에 있어 역시 제소기간 준수가 필요하다. 조세심판원은 2015. 12. 21. 이 사건 심판청구에서 이 사건 제1처분과 관련된 매출원 가에 대하여 재조사결정을 내리고 나머지 심판청구를 기각하였으므로, 매출원가가 관 련이 없는 이 사건 제2, 3처분에 관하여는 2015. 12. 21. 심판청구에 대한 결정이 있었다고 보아야 한다. 그런데 원고는 2015. 12. 26. 심판청구 대리인을 통해 심판청구에 대한 결정을 통지받았으므로 그로부터 90일 이내에 소를 제기하여야 함에도 2016. 5.20.에야 이 사건 소를 제기하였다. 따라서 이 사건 소 중 이 사건 제2, 3처분에 관한 부분은 제소기간을 경과하여 제기되어 부적법하다. 4. 이 사건 제1처분의 적법 여부 가. 관계 법령 별지2 관계 법령 기재와 같다. 나. 재조사결정의 기속력 위반 여부 재조사결정은 당해 결정에서 지적된 사항에 관해서는 처분청의 재조사 결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 심판청구 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사 가 내포된 변형결정에 해당한다. 따라서 재조사결정은 처분청의 후속 처분에 의하여 그 내용이 보완됨으로써 심판청구 등에 대한 결정으로서의 효력이 발생하므로(대법원 2010. 6. 25. 선고 2007두12514 전원합의체 판결), 처분청은 재조사결정에서 지적된 사항에 대하여 재조사를 할 법적 의무가 있을 뿐, 재조사결정의 취지에 따른 재조사 후에도 당초 처분을 유지하거나 또는 새로운 과세요건에 기하여 처분을 하더라도 이를 기속력에 반한다고 볼 수는 없다. 이러한 법리에 비추어 이 사건에 관하여 살피건대, 갑 제2, 3호증, 을 제11호증의 기 재에 의하면 조세심판원이 원고의 주장을 받아들인 것이 아니라 이 사건 아파트 토지 매입원가 및 리모델링 공사비 등 매출원가에 관하여 다시 조사해 보라는 취지에서 이 사건 재조사결정을 한 사실, 이에 피고가 2016. 1. 28.부터 2016. 2. 16.까지 이 사건 아파트 토지매입원가 및 리모델링 공사비에 대한 재조사를 실시하였고, 재조사 기간 중 1997. 6. ◎◎시가 승인한 이 사건 아파트 임대입주자 모집공고(안) 분양가 및 2003. 3. □□시가 승인한 이 사건 아파트 입주자 모집공고(안) 세대별 공급금액의 산 정내역에 대하여 재검토하고, 이 사건 아파트 부지 매도인인 주식회사 00과 심00 에 대하여 조사하고 2개의 감정평가기관이 평가한 감정평가 평균액의 산정내역에 대하 여 검토하였으며, 리모델링 공사비의 산정내역을 재검토하였고, 원고에게 증빙자료의 제출을 요구하는 한편, 원고의 대표이사 김△△을 상대로 문답서를 작성한 사실, 피고 는 재조사를 거쳐 원고가 당초 작성한 장부 기재내용을 뒤집을 만한 자료가 없어 이 사건 각 처분을 그대로 유지한 사실을 인정할 수 있고, 뒤에서 살펴보는 바와 같이 피 고가 재조사를 통하여 이 사건 아파트의 토지매입원가 및 리모델링 공사비에 관한 판 단을 유지한 것은 적법하므로, 피고의 재조사결과 통지가 이 사건 재조사결정의 취지 에 모순 또는 저촉된다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다. 다. 이 사건 아파트의 매출원가 산정, 추계과세 필요 여부 1) 인정사실 가) 원고는 이 사건 아파트 부지를 1993. 3. 18.부터 1993. 5. 1.까지 사이에 매수하 였고, ◎◎시장은 1993. 6. 21. 이 사건 아파트 부지에 대한 주택분양가 원가연동제 시행에 따른 건축비를 산정하기 위해 1993. 5. 18.을 기준일로 하여 2곳의 감정평가법인에 감정평가를 의뢰하였다. ◎◎시장의 의뢰를 받은 대한감정평가법인은 이 사건 아파트 부지를 4,447,353,000원으로, 한국감정원은 4,394,928,000원으로 각 감정하였고, 감정법인들은 토지가격을 산정함에 있어 토지의 현 상태(잡종지, 답, 임야, 전, 구거)가 아니라 아파트 부지 조성이 완료된 것을 전제로 하여 지목을 대지로 가정하고 감정하였다. 나) ◎◎시가 1997. 6. 10. 승인한 이 사건 아파트 임대입주자 모집공고(안)에는 이 사건 아파트의 분양가가 세대당 50,780,207원으로 기재되어 있는데, 건축비는 적정이윤이 포함된 표준건축비(㎡당 1,755,000원)를 적용하였고, 토지비는 2개의 감정기관이 감정평가한 금액의 평균액(㎡당 161,000원)을 적용하였다. 다) □□시가 2003. 3. 31. 승인한 이 사건 아파트 입주자 모집공고(안)에는 이 사건 아파트 2~14층 세대별 공급금액이 56,980,000원으로 기재되어 있는데, 이는 ◎◎시가 1997. 6. 10. 승인한 모집공고(안)에 나타난 분양가에 아파트 내부 리모델링 비용 6,200,000원(부가세 포함)을 포함한 것이다. 라) 원고는 1998. 3.경 이 사건 아파트를 완공하여 5년간 임대사업을 하다가 임대 의무기간이 끝난 2003년경부터 이 사건 아파트를 분양하였으나 실적이 저조하다가 2012년 □□세계박람회(이하 ‘□□엑스포’라 한다) 개최를 계기로 부동산 경기가 급등 하여 2011, 2012년 분양실적이 급격히 늘어났는데, 구체적인 현황은 아래 표와 같다.

사업연도, 구분	분양내역
사업연도, 구분	분양세대	분양금액 합계(원)	세대당 분양금액(원)
2003	12	677,780,000	56,481,666
2004	5	276,940,000	55,388,000
2005	2	115,960,000	57,980,000
2006~2010	분양 없음	0	0
2011	230	16,692,880,000	72,577,739
2012	350	26,869,000,000	76,768,571

마) 원고는 1999년부터 2004년까지 00회계법인을 통하여 외부회계감사를 받았 고, 2009년까지 00회계법인에게 법인장부의 조정 및 신고 대리를 위임하여 법인세를 신고하여 왔다. 00회계법인이 작성한 2004사업연도 외부회계감사보고서에는 이 사건 아파트 633세대(= 650세대 - 2013년 분양 12세대 - 2014년 분양 5세대)의 건물자 산 금액이 23,520,833,892원(감가상각누계액 4,110,089,793원 포함), 토지가액이 1,029,297,304원, 가수금 0원으로 기재되어 있고, 재무제표 내용도 적정하다고 표기되 어 있다. 바) 원고는 2011년과 2012년 법인세 신고 시 당해 연도에 이 사건 아파트와 관련 된 건설원가 관련 매입비용이 없음에도 이 사건 아파트의 당기매입원가로 각각 2011 사업연도에 12,128,402,836원, 2012사업연도에 18,466,327,310원을 신고하였고, 이에 피고가 위 각 금액을 당기매입원가로 계상한 근거 자료를 요구하자, 원고는 회사에 보 관중이던 2007사업연도부터 2012사업연도까지의 대차대조표(이하 ‘회사 보관용 대차 대조표’라 한다)를 제출하였다. 사) 회사 보관용 대차대조표에는 2007사업연도부터 2010사업연도까지 이 사건 아 파트 건물부분 자산가액이 36,348,778,000원(감가상각 누계액 4,097,106,793원 포함) 으로 기재되어 있고, 아래 표 기재와 같이 원고가 2007년부터 2010년까지 법인세신 고 시 제출한 대차대조표보다 자산과 부채가 일률적으로 32,251,671,207원 과다계상 되어 있으며, 회사 보관 가수금도 2007사업연도부터 2010사업연도까지 일률적으로 12,687,268,285원이 추가되어 있다. <단위 원>

사업 연도	신고용 대차대조표상 자산 총계	회사보관용 대차대조표상 자산 총계	신고용 대차대조표상 부채 총계	회사 보관용 대차대조표상 부채 총계	차이
2007	3,295,700,023	35,547,371,230	15,596,222,730	47,847,893,937	32,251,671,207
2008	3,645,315,613	35,896,986,820	16,685,325,297	48,936,996,504	“
2009	4,486,982,088	36,738,653,295	18,223,284,648	50,474,955,855	“
2010	4,982,341,424	37,234,012,631	19,728,073,961	51,979,745,168	“

사업연도	신고용 대차대조표상 가수금	회사 보관용 대차대조표상 가수금	차이
2007	0	12,687,268,285	12,687,268,285
2008	0	“	“
2009	0	“	“
2010	0	“	“

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 5, 9호증, 을 제1 내지 6, 11, 14호증의 기재, 변 론 전체의 취지 2) 판단 가) 과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청 에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요 경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에 게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므 로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증 케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평 의 관념에 부합한다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결 참조). 나) 앞서 인정한 사실, 갑 제3호증, 을 제2호증(일부), 을 제11, 17, 18, 20호증의 기 재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 고려해 보면 피 고가 원고가 작성한 장부들과 00회계법인의 회계감사보고서를 기초로 이 사건 아파 트의 건물부분 매출원가를 산정한 후 가공매출원가 11,670,970,782원을 산출한 것은 적법하고, 이 사건 아파트의 매출원가를 □□시장이 승인한 분양원가 56,980,000원으로 산정할 수 없다. 법인의 사업소득금액은 실지조사의 방법에 의하여 결정함이 원칙이고, 원고가 작성하여 제출한 장부, 00회계법인이 작성한 2004사업연도 감사보고서, 원고의 법인세 신고내역과 그 밖의 서류에 의해 가공매출원가를 산정하여 법인세의 과세표준과 세액을 경정하는 것이 가능한 이상, ‘소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우’라고 볼 수 없어 추계과세의 필요성도 인정되지 않는다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다. (1) 원고는 1999년부터 2004년까지 00회계법인의 외부회계감사를 받았고, 2009년 사업연도까지 00회계법인에게 법인장부의 조정 및 신고 대리를 위임하여 재 무제표 등을 작성하고 법인세를 신고하였다. 회계감사보고서는 회계전표, 계산표, 재무 제표 등 회계기록의 타당성 여부를 원시장부와 증빙에 의하여 검토하고 회계기록이나 서류가 적정하게 작성되었고 회계의 오류나 부정이 있는지 등 의견을 표명하는 문서이 므로, 재무제표 등 회계장부의 작성경위 및 내용에 비추어 볼 때, 원고의 회계장부의 기재내용이 허위라고 볼 수 없다. 00회계법인이 작성한 2004사업연도 외부회계감사보고서에 이 사건 아파트 633세대 의 건물자산금액이 23,520,833,892원, 토지가액이 1,029,297,304원, 가수금이 0원으로 기재되어 있음은 앞서 본 바와 같고, 2007년부터 2010년까지 회사 보관용 대차대조표에 이 사건 아파트 631세대의 건물 부분 자산가액이 36,348,778,000원, 토지 부분 자산가액이 1,026,095,757원, 가수금이 12,682,268,285원으로 기재되어 있다. 원고의 대표이사 김△△은 2014. 5. 7. 및 2004. 5. 23.자 문답서에서 ‘(회사 보관용 대차대조표에) 증빙 없이 자산을 12,687,268,285원 증액 계상한 결과 그에 따른 상대 부채계정에 동일 금액을 계상하였다.’고 진술하였다. 원고는 2005년 이 사건 아파트 2 세대를 분양한 것 외에는 2004년 이후 2010년까지 이 사건 아파트의 자산에 변동을 가져올 만한 사정이 없었다. (2) 원고의 회사 보관용 대차대조표에 나타난 이 사건 아파트 건물 부분 자산금액 36,348,778,000원에서 원고가 임의로 증액 계상한 12,687,268,285원을 뺀 23,661,509,715원을 631세대로 나누면 이 사건 아파트의 세대 당 건물 부분 매출원가가 37,498,430원으로 산출되고, 아래 표와 같이 원고가 신고한 건물 부분 매출원가에서 위와 같이 산출된 세대 당 건물 부분 매출원가를 통해 산정한 매출원가를 빼면 11,670,970,782원의 가공매출이 확인된다. 즉, 원고는 회사 보관용 대차대조표에 소급 하여 2007사업연도부터 2010사업연도까지 임의로 자산을 12,687,268,285원만큼 증액 계상하였다가, 2011년, 2012년 법인세 신고 시 가공의 매출원가 11,670,970,782원을 반영하였다고 할 것이므로, 위 12,687,268,285원 중 11,670,970,782원은 가공매출이다. <단위 원>

사업연도	건물부분 실질 매출원가			건물부분 신고 매출원가	가공 매출원가
사업연도	건설원가	분양세대	합계	건물부분 신고 매출원가	가공 매출원가
2011	37,498,430	230	8,624,638,900	13,249,158,382	4,624,519,482
2012	37,498,430	350	13,124,450,500	20,170,901,800	7,046,451,300
합계			23,440,082,351	33,420,060,182	11,670,970,782

2007사업연도부터 2010사업연도까지 회사 보관용 대차대조표에 기재된 토지가액은 1,026,095,757원이므로, 이 사건 아파트 토지의 건설원가는 1,626,142원(= 1,026,095,757원 ÷ 631세대)이다. 이를 기초로 하면 2010사업연도 말 기준 이 사건 아파트의 세대당 건설원가는 39,124,572원(세대당 건물 부분 37,498,430원 + 세대당 토지 부분 1,626,142원)이다. (3) 원고는 시공사인 @@건설이 부도가 나서 공사 진행이 어려워지자 1996. 12. 13. ##건설 주식회사 등과 공사도급계약을 체결하였는데, 건축사업비 평당 1,487,000원, 전체 건축면적 17,637평을 기준으로 하여 전체 건축사업비를 26,226,000,000원으로 정하였다. 위 공사 목적물에는 23평형의 이 사건 아파트 외에 도 32평형의 아파트, 상가가 포함되어 있고, 위 평당 건축비 1,487,000원을 기준으로 한 23.371평 건축비는 34,752,677원이므로, 전체 건축사업비, 평당 건축비 등에 비추 어 보면 23평형에 한정된 이 사건 아파트의 건설원가가 23,661,509,715원임을 합리적 으로 수긍할 수 있다. 원고의 1998사업연도 재무제표 중 분양원가명세서에 의하면 1997년 외주공사비 16,296,465,764원, 1998년 외주공사비 4,862,014,022원 합계 21,158,479,786원이고, 1997년 기초미성공사가 3,052,180,045원으로서 역시 23평형에 한정된 이 사건 아파트의 건설원가가 23,661,509,715원임을 뒷받침한다. (4) 이에 대하여 원고는 피고가 계산한 매출원가를 기준으로 할 경우 2011년과 2012년의 매출 총이익률이 47.3%로 통상적인 주택건설업계의 현실과 괴리가 있다고 주장한다. 그러나 ① 이 사건 아파트는 임대아파트에서 분양전환된 것으로 준공된 때부터 분양 이 이루어진 2011년과 2012년까지는 약 13~14년의 시간차가 발생하는 점, ② 2012년에 □□지역에 엑스포가 개최됨에 따라 부동산 경기가 급등하였고, 이에 이 사건 아파트도 2006년부터 2010년까지는 전혀 분양이 이루어지지 않다가 2011년과 2012년 사이에 580세대가 분양되었으며, 분양 가격도 2003년 내지 2005년경보다 약 30% 가량 상승한 점, ③ 물가상승, □□ 엑스포대회 개최 등으로 분양가가 상승한 반면, 자산(매출원가)은 재평가 없이 산정하게 되는 점, ④ 00회계법인이 2004년 작성한 감사보고서에 나타난 세대당 건물 부분 매출원가가 37,157,715원(= 23,520,833,892원 / 633세대)으로 피고가 산정한 건물 부분 매출원가와 유사한 점, ⑤ 원고가 2004년 이 사건 아파트 중 5세대를 분양하며 신고한 분양원가도 평균 38,094,631원(손익계산서 매출원가190,473,155원 ÷ 5세대)인 점 등에 비추어보면, 피고가 산정한 매출원가는 적정한 것으로 보이고, 이를 통해 인정되는 매출 총이익률도 지나치게 과다하다고 볼 수 없다. (5) 또한 원고는 이 사건 아파트 토지의 감정평가 평균액이 4,421,140,500원인 점을 이유로 원고가 장부에 계상한 토지비는 과소계상된 것이라고 주장하나, ① 원고는 이 사건 아파트 토지를 1993. 3. 18.부터 1993. 5. 1.까지 비교적 짧은 기간 동안 매수하였고 그 금액 또한 상당하므로, 이 사건 아파트 완공 후 장부 작성 시 토지의 매매계약서류 중 일부를 분실하였더라도 매출원가에 해당하는 토지 가격을 현저히 과소하게 기재하지는 않았을 것으로 보이는 점, ② 00회계법인이 2004년 작성한 회계감사보고서에 기재된 이 사건 아파트 토지의 취득가액은 작성경위와 그 내용에 비추어 신뢰할 수 있는 점, ③ 심00은 원고에게 이 사건 아파트 토지 중 일부를 구성하는 □□시 00동 32-20 외 9필지 10,202㎡를 1,428,280,000원에 매도하였다는 부동산거래사실 확인서를 작성하였으나, 2016. 2. 12. 피고의 재조사 과정에서 김△△의 요청으로 무슨 내용인지 모르고 날인하였으나, 위와 같이 매각한 사실이 없다고 진술한 점, ④이 사건 아파트 토지에 대한 감정은 감정 당시 토지의 현황이 아니라 아파트 부지로 조성이 완료된 것을 전제로 감정하여 실제 구입한 가격보다 높게 평가되었을 것으로 보이는 점 등에 비추어보면, 감정평가법인이 작성한 토지의 감정평가액만으로 원고가 제출한 장부에 기재된 토지비가 과소계상된 것임을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. (6) 원고는 2011년과 2012년 법인세 신고 시 □□시장이 승인한 2003. 3. 31.자 모집공고안에 나타난 분양전환 가격 56,980,000원이 세대당 건설원가임을 전제로 이 사건 아파트의 당기매출원가를 30,594,730,146원(2011년 12,128,402,836원, 2012년 18,466,327,310원)으로 계산하였다. 그러나 앞서 본 사실, 을 제4, 14, 18호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음 사정들, ① ◎◎시장과 □□시장이 승인한 각 공고문에 나타난 이 사건 아파트의 분양원가는 이 사건 아파트의 건설원가가 아닌 원고가 임대아파트의 임대료 또는 분양전환가를 정하기 위하여 신청한 분양가에 불과한 점, ② 분양전환가격의 산 정기초가 되는 건설원가는 표준건축비의 범위 내에서 실제 투입된 건축비를 의미하는 데, 위 공고문의 건축비는 원고가 실제 투입한 건축비가 아닌 적정이윤이 포함된 표준 건축비를 기준으로 산정된 점[이에 대하여 원고는 위 표준건축비는 실제 투입된 건축 비를 의미하고, 표준건축비에 이윤이 포함되어있더라도 이는 시공사의 이윤이 포함되 어 있을 뿐 시행사인 원고의 이윤이 포함된 것은 아니라고 주장한다. 그러나 각 공고 문에 나타난 문구 및 원고가 1996. 12. 13. ##건설과 작성한 공사도급계약서(을 제18호증)상의 평당 건축비가 1,487,000원으로 각 공고문에 나타난 표준건축비 1,755,000원에 현저히 미달하는 점 등에 비추어보면, 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다], ③ ◎◎시장이 1993. 11. 16.과 1994. 6. 21. 승인한 각 입주자 모집공고에는 이 사건 아파트의 세대당 분양가가 각각 39,776,000원, 37,980,000원 내지 39,980,000원으로 나타나는 점, ④ 각 공고문에 나타난 이 사건 아파트 토지비는 감정평가법인이 주택분양가 원가연동제 시행에 따른 건축비의 원가를 산정하기 위해 감정한 감정가의 평균액으로, 감정 당시 토지의 현황이 아니라 아파트 부지로 조성이 완료된 것을 전제로 감정하여 실제 원고가 매입한 토지비보다 높게 평가하였을 가능성이 상당한 점 등에 비추어보면, 위 각 공고문에 나타난 분양원가를 이 사건 아파트의 건설원가로 볼 수 없다. 또한 원고는 위와 같이 산정한 건설원가를 실제 지출하였다는 것을 입증할 수 있는 증 빙서류와 대금 결제내역 등을 제출하지 못하고 있다. 따라서 이 사건 아파트의 매출원 가를 위 공고에서 정한 금액을 기준으로 산정하여야 한다는 원고의 주장은 이유 없다. 라. 리모델링 공사비 조사의 해태 여부 갑 제2호증, 을 제4, 6, 11, 12, 16, 17호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 고려하면 피고가 이 사건 아파트의 리모델링 비용을 매출원가로 인정할 자료가 없다고 판단한 것은 정당하므로, 원고의 주장은 이유 없다. 1) 원고는 □□시장이 2003. 3. 31. 승인한 이 사건 아파트 입주자 모집공고에 아파트 내부 리모델링 비용이 6,200,000원(부가가치세 포함)으로 기재되어 있으므로, 이 사건 아파트의 매출원가 산정 시 위 리모델링 비용이 포함되어야 한다고 주장한다. 그러나 위 모집공고에 나타난 리모델링 비용은 원고가 인테리어 업체로부터 받은 견적서를 기초로 산정한 것에 불과하므로 원고가 실제 지출한 리모델링 공사비를 인정하는 자료로 삼을 수 없다. 2) 원고는 이 사건 세무조사 과정에서 2003년경 이 사건 아파트 전체에 대하여 리모델링 공사를 하였다고 주장하며 주식회사 00건축과 체결한 건축공사표준계약서(도급금액 5,248,653,150원)를 제출하였으나, 조사공무원이 위 계약서의 진위 여부를 확인하자 허위로 작성된 서류임을 자인하였다. 3) 이후 원고는 2003년경 이 사건 아파트 전체에 대하여 리모델링 공사를 실시하여 공사비용으로 3,600,000,000원이 지출되었다고 주장하며 공사업자 윤00, 이00, 정00 명의의 사실확인서를 제출하였다. 그러나 ① ‘2002. 9.부터 2003. 4.까지 이 사건 아파트 전체에 대하여 세대당 700,000원을 받고 실내 도색작업을 하였다.’는 취지의 사실확인서를 작성해 준 윤00는 피고 소속 조사공무원과의 문답에서 ‘위 사실확인서는 원고가 미리 작성한 문서에 공사업자들이 서명, 날인을 한 것이고, 일부 세대에 대하여 리모델링 공사를 하였으나 세대 당 공사금액은 기억나지 않는다.’고 진술하였고, 윤00가 2012년부터 2013년 1기 사이에 원고에게 공급가액 602,000원의 매출세금계산서를 1매 발급한 것이 확인될 뿐 다른 거래내역을 인정할 자료가 없는 점, ② ‘2002. 10.부터 2003. 4.까지 이 사건 아파트 전체에 대하여 세대 당 2,600,000원을 받고 철거 및 확장공사, 폐기물공사를 하였다.’는 사실확인서를 작성해 준 이00도 피고 소속 조사공무원과의 문답에서 ‘세대 당 정확한 공사금액은 기억나지 않고 관련 계약서나 증빙자료도 보관하지 않고 있다.’고 진술하였고, 이00가 2012년부터 2013년 1기 사이 원고에게 매출세금계산서를 발급해 준 것이 전혀 없는 점, ③ 이 사건 아파트 전 세대에 대하여 세대당 2,100,000원(벽지 800,000원, 바닥재 1,300,000원)을 받고 공사하였다는 취지의 사실확인서를 작성해 준 정00은 피고 소속 조사공무원의 조사에 응하지 않았고, 정00이 운영하던 주식회사 00이 2012년부터 2013년 1기 사이에 제출한 매출세금계산서에는 원고와의 거래내역이 전혀 나타나지 않는 점, ④ 00회계법인이 작성한 회계감사보고서에 의하면 2003년말 이 사건 아파트의 임대입주자가 620세대였고 입주한 세대에 대하여 리모델링 공사를 하기가 어려웠을 것으로 보이는 점 등을 종합하면, 위 각 사실확인서의 기재만으로 원고가 리모델링 공사비용을 지출하였다고 인정하기 어렵다. 4) 원고는 세무조사과정에서 이 사건 아파트 입주자 109세대(112세대 중 중복 3세 대 제외)가 작성한 ‘리모델링 공사 세대 확인서’를 제출하였으나, 위 문서에는 구체적 인 공사의 내용과 소요된 금액, 공사기간 및 내용 등에 관하여 전혀 기재되어 있지 않 으므로 리모델링 공사비용을 인정할 수 있는 자료로 볼 수 없을 뿐만 아니라, 피고로 부터 조사를 받은 입주자 13세대 중 12세대가 리모델링 공사를 한 적이 없다고 진술 한 점에 비추어 보더라도 그 내용 또한 믿기 어렵다. 5) 원고는 2016. 2. 5. 피고로부터 이 사건 재조사결정에 따라 재조사를 받으면서 기 존 주장을 변경하여 ‘2003년경부터 2012년까지 임대인이 변경되어 공실이 날 때마다 수시로 리모델링 공사를 하였고, 공사비가 약 30억 원 정도가 발생하여 재무제표에 수 선비로 계상하였다.’고 진술하였다. 그러나 원고가 2003사업연도 법인세 신고 시 수선 비와 별도로 리모델링 공사비 등으로 604,434,211원을 신고하였는데, 원고가 위 604,434,211원을 넘어서서 수선비를 지출하였다고 인정할 객관적 증거가 없다. 설령 원고가 수선비를 지출하였다고 하더라도, 같은 금액이 이미 계상된 수선비 항목에서 공제되어야 하고, 수선비로 계상한 금액이 이 사건 아파트의 자산 가치를 증가시키는 자본적 지출에 해당하여 분양원가에 산입되어야 할 리모델링 비용임을 인정할 증거가 없으므로, 구체적인 세액을 산정함에 있어서 영향을 미치지 않는다. 마. 조세감면규정의 적용 여부 1) 구 조세감면규제법 제67조 제1항에 따른 감면 여부 가) 구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제99조 내지 제108조는 토지 등의 양도로 인하여 발생한 양도차익에 대한 특별부가세를 규정하고 있었다. 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호 조세특례제한법으로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세감면규제법’이라 한다) 제67조 제1항, 구 조세감면규 제법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15976호 조세특례제한법 시행령으로 전부 개 정되기 전의 것) 제64조 제1항 제2호에 따르면, 임대주택을 5호 이상 임대하는 개인 또는 내국법인이 1986. 1. 1. 이후 신축된 임대주택법에 의한 건설임대주택을 5년 이 상 임대한 후 양도하는 경우에 양도소득세 또는 특별부가세를 100% 감면하도록 되어 있다. 그런데 구 조세감면규제법 제67조 제1항은 1998. 12. 28. 법률 제5584호로 조세특례 제한법이 제정되면서 조세특례제한법 제97조 제1항으로 조문이 이동되었다가, 2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되면서 대상자가 ‘대통령령이 정하는 내국인’에서 ‘대통령령이 정하는 거주자’로, 감면대상이 ‘양도소득세 또는 특별소득세’에서 ‘양도소득세’로 축소되어 내국법인의 특별부가세는 적용대상에서 제외되었다. 이에 맞추어 위 특별부가세는 2001. 12. 31. 법인세법이 개정되면서 폐지되었고, 그 대신 법인의 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 조항인 법인세법 제55조의2가 신설되었다. 1998. 12. 28. 제정된 조세특례제한법 부칙 제14조 제3항은 구 조세감면규제법 중 개정법률 시행당시 종전의 제67조의 규정에 의하여 임대주택의 임대를 개시한 경우에 는 종전의 규정에 의한다고 규정하고 있다. 앞서 본 대로 원고는 1998. 3.경 이 사건 아파트를 준공한 후 5년 이상 이 사건 아파 트를 임대하였고 2011년 및 2012년 이 사건 아파트 230세대와 350세대를 분양하였 는데, 임대시기는 1998. 12. 28. 전후에 걸쳐 있어 보이므로, 일부 세대에 대하여는 구 조세감면규제법 제67조 제1항이 적용된다. 나) 법인세법 제3조 제1항 제1호는 각 사업연도의 소득에 대하여 법인세를 부과하 도록 규정하고 있고, 제13조 제1항은 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위 안에서 다음 각 호의 규정에 의한 금액과 소득 을 순차로 공제한 금액으로 한다고 규정하면서 제2호에서 ‘이 법 및 다른 법률에 의한 비과세소득’을 들고 있다. 제2호가 정한 비과세소득에 해당하려면 법인세법 및 다른 법률에서 법인세를 과세(부과)하지 않는다는 명문의 규정을 두어야 하고, 내국법인의 각 사업연도 소득 중 「공익신탁법」에 따른 공익신탁의 신탁재산에서 생기는 소득(법인세법 제51조), 중소기업창업투자회사 등에 출자한 주식 또는 지분의 양도에 따른 양도차익(조세특례제한법 제13조) 등이 비과세소득의 대표적 사례들이다. 구 조세감면규제법 제67조 제1항은 장기임대주택에 대한 양도소득에 대하여 ‘양도소 득세 또는 특별부가세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.’고 규정하고 있을 뿐이고 ‘법인세를 과세(부과)하지 않는다.’고 규정하고 있지 않다. 구 조세감면규제법 제67조 제1항은 장기임대주택의 원활한 공급을 목적으로 하여 내국법인이 임대주택을 양도하는 경우 특별부가세를 감면하고, 개인이 임대주택을 양도하는 경우 양도소득세 를 감면한다는 규정으로서, 내국법인이 임대주택을 양도하는 경우 법인세도 함께 감면 하는 규정이 아니다. 구 조세감면규제법 제67조 제1항은 법인세법 제13조 제2호에서 정한 ‘다른 법률에 의한 비과세소득’에 해당하지 않으므로, 특별부가세 외에 법인세도 감면된다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다. 2) 구 법인세법 제55조의2 제1항 제2호에 따른 감면 여부 가) 구 법인세법(2014. 12. 23. 법률 제12850호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법 인세법’이라 한다) 제55조의2 제1항 제2호에 따르면, 내국법인이 대통령령이 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100 분의 10을 곱하여 산출한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하 여야 한다. 그러나 내국법인이 임대하는 임대주택법 제2조 제2호에 따른 건설임대주택 으로서 대지면적이 298㎡ 이하이고, 주택의 연면적이 149㎡ 이하이며, 5년 이상 임대 하는 것이고, 주택 및 이에 딸린 토지의 기준시가의 합계액이 6억 원 이하인 주택을 2 호 이상 임대하는 경우 구 법인세법 시행령(2015. 12. 28. 대통령령 제26763호로 개 정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제92조의2 제2항 제1의2호에 따라 구 법인세법 제55조의2 제1항 제2호에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인세 부 과대상에 해당하지 아니한다. 나) 앞서 본 바와 같이 임대시기에 따라 이 사건 아파트의 일부 세대에 대하여는 종전 규정인 구 조세감면규제법 제67조가 적용되고, 나머지 세대에는 구 법인세법 제 55조의2가 적용될 것으로 보이나, 구 법인세법 제55조의2가 적용된다고 하더라도 이 사건 제1처분의 효력에 영향이 없다. 구 법인세법 제55조의2 제1항은 ‘각 호에 따라 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제 55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.’고 규정하여 일반 법인세에 추가하여 양도소득에 대한 법인세(액)를 납부하도록 하고 있고, 법인세법 시행령 제92조의2 제2항 제1의2호는 구 법인세법 제55조의2 제1항이 적용되지 않은 예외를 규정하여 양도소득에 대한 법인세를 과세하지 않도록 규정하고 있다. 구 법인세법 제55조의2 제1항과 법인세법 시행령 제92조의2 제2항 제1의2호는 제1의2호 예외에 해당하는 경우 ‘양도소득에 대한 법인세’를 부과하지 않도록 규정하고 있을 뿐 ‘일반 법인세’를 과세(부과)하지 않도록 규정하고 있지 않으므로, 법인세법 제13조 제2호에서 정한 ‘이 법에 의한 비과세소득’에 해당하여 그에 대한 일반 법인세도 감면되어야 한다고 할 수 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다. 바. 익금산입 및 유보처분의 적법 여부 원고는 미처리결손금이 1,252,000,000원에 이르고, 장부상 잔여자산가액이 300,000,000원에 불과함에도 피고가 11,670,970,782원을 익금산입하고 유보처분한 것은 부당하다고 주장한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 원고가 임의로 자산에 12,687,268,285원을 증액 계상하였 고 그중 11,670,970,782원은 가공 매출원가이며, 위 12,687,268,285원에 대하여 장부 에 상계계정으로 현금유출이 없는 명목상 가수금을 설정하였으므로, 실제 자산의 변동 을 초래하는 것은 아니다. 피고가 11,670,970,782원을 익금산입(손금부인)하고 유보처 분한 것은 정당한 세액 산정을 위하여 원고가 가공계상하여 손금 처리한 금액을 원상 회복시킨 것에 불과하고, 원고가 위 금액을 사외로 유출하였음을 인정할 증거도 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다. 사. 세무조사의 위법 여부 1) 세무조사대상 선정의 위법 여부 국세기본법 제81조의6 제3항은 ‘세무공무원은 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호 의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.’고 규정하면서 제4호에서 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’를 들고 있 다. 여기서 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’ 라 함은 신고 내용에 탈루나 오류 사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성 있는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우라고 해석할 수 있다. 앞서 본 사실, 을 제20호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 피고의 법인세과 직원은 2014. 1. 원고의 법인세 신고를 사후 검증하는 과정에서 원고의 대차대조표상 연도별 재고자산 및 유형자산 금액 추이를 보면 임대 아파트를 유형자산으로 계상한 후 2005년부터 자산을 계상 누락한 혐의가 있고, 원고의 손익계산서를 검토한 결과 매 출원가 계상액이 2011년 약 12,526,000,000원, 2012년 약 18,466,000,000원인데 매출원가에 상당한 매입액이 없어 매출원가를 임의로 가공계상한 혐의가 있으며, 원고의 대표이사 김△△의 연간 총급여액이 급격히 인상되고 퇴직한 것처럼 퇴직금 약 3,712,000,000원을 수령한 후에도 2013. 12. 현재까지 사업자등록 및 법인등기부에 대표이사로 등재되어 원고가 퇴직금을 가공계상한 혐의 등이 있어 조사를 의뢰하였고, 피고의 조사과 직원은 의뢰사항을 검토 후 원고를 조사대상자로 선정하여 2011년 매 출원가에 대한 부분조사와 2012년 통합조사를 하는 내용으로 피고의 결재를 받은 사 실이 인정된다. 피고는 원고가 제출한 법인세 신고서, 매입처별세금계산서합계표, 부가가치세신고서, 근로소득・퇴직소득지급명세서, 사업자등록, 법인등기부 등 객관성과 합리성이 충분히 뒷받침되는 자료에 의해 원고의 신고내용에 탈루나 오류가 있다고 보아 원고를 비정기 조사 대상자로 선정하였으므로, 피고의 세무조사 대상자 선정이 위법하다고 보기 어렵 다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다. 2) 사전통지 및 사전소명요구 생략의 하자 여부 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것) 제81조의7 제1 항은 ‘세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자에게 조사를 시작하 기 10일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지하여야 하고, 다만 사전에 통지하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.’고 규정하고 있다. 앞서 인정한 사실, 갑 제10호증, 을 제4, 20호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하 면 피고는 원고를 조사대상자로 선정하고 2014. 3. 4.부터 2014. 3. 31.까지 기간 동안 2011년 매출원가에 대한 부분 조사와 2012년 통합조사를 계획하였던 사실, 피고는 원고에게 사전통지 및 사전소명요구를 하지 않고 세무조사를 개시한 날인 2014. 3. 4. 원고의 대표이사 김△△에게 세무조사 통지서, 납세자권리헌장, 세무조사에 따른 안내말씀 자료를 교부한 사실, 원고는 피고에게 세무조사에 대한 소명자료 제출을 위하여 세무조사 중지를 신청하였고, 피고는 2014. 3. 19.부터 2014. 4. 7.까지 세무조사를 일시중지하고 조사기간을 2014. 3. 4.부터 2014. 4. 20.로 변경한 사실, 피고는 2014. 4. 18. 원고에게 ‘가공자산(보통예금)의 변칙회계처리로 법인 자금이 무단 유출된 혐의와 가공매출원가 계상을 통한 소득금액 탈루 혐의가 확인되고 소득금액 탈루혐의가 전체 조사대상기간에 산재하고 있어 추가적인 확인이 필요하며 가공 매출원가 혐의 부분에 대한 소명자료 제출에 상당한 기간이 소요될 것으로 예상된다는 이유로 조사기간을 2014.4. 21.부터 2014. 5. 25.로 연장한다.’고 통지를 하고, ‘(예금)자산 가공계상 및 매출원가 가공계상 혐의가 다른 과세기간에 연결되어 있다는 이유로 2011사업연도 부분조사에서 2007-2011사업연도 부분조사로 조사범위를 확대한다.’고 통지하고 세무조사를 한 사실이 인정된다. 위와 같은 세무조사의 착수, 진행 경위에 비추어 볼 때, 원고의 신고내용에 탈루나 오 류의 혐의가 있었고, 원고의 증거인멸이 우려되는 상황에서 사전통지 절차를 생략한 피고의 조치가 현저히 합리성을 잃어 위법하다고 보기 어렵다. 또한, 피고가 원고의 증거인멸이 우려되는 상황에서 세무조사 이전에 원고에게 소명자료 제출기회를 부여할 의무가 있다고 보기 어렵고, 세무조사기간 중 소명자료 제출을 위한 원고의 세무조사 중지신청을 받아들여 세무조사를 중지하였고, 세금 탈루 혐의의 확인과 함께 소명자료 제출 기회를 부여하기 위해 세무조사기간을 연장하여 주면서 소명자료 제출기회를 충 분히 부여한 것으로 판단된다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다. 3) 세무조사중지 기간 중 세무조사 여부 원고는 세무조사중지 기간 동안 5일 정도 피고가 사실상 조사행위를 진행한 위법이 있다고 주장하나, 을 제2호증의 1의 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하고 달리 이 를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다. 아. 재량권의 일탈 남용 주장에 관한 판단 이 사건 제1처분은 조세법의 기본원리인 조세법률주의, 실질과세의 원칙에 따라 관련법령에 근거하여 이루어진 점, 원고가 세금을 탈루할 목적으로 피고에게 허위의 장부와 서류를 제출하는 등 피고의 세무조사를 방해하였고, 그 과정에서 조세범처벌법 위반으로 과태료 처분까지 받은 점, 피고의 위와 같은 세무조사행위가 과세의 형평에 어긋난다거나 필요한 범위를 벗어난 조사권의 남용이라고 볼 수는 없는 점 등을 종합하면, 이 사건 제1처분에 재량권을 일탈・남용한 위법이 있다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 위 주장도 이유 없다. 5. 결론 그렇다면 이 사건 소 중 이 사건 제2, 3처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하므로 각하하고 이 사건 제1처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 제1심판결 중 이 사건 제2, 3처 분의 취소를 구하는 부분을 취소하고 그 부분을 각하하고, 원고의 나머지 항소는 이유 없어 이를 기각한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2017누4566

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

조세특례제한법 제13조 제97조

법인세법 시행령 제92조

세법 제13조

임대주택법 제2조

조세감면규제법 제67조

국세기본법 제55조 제81조