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서울행정법원 2019.01.10 선고 2017구합88893 판결

상장법인간 합병시 지급한 합병대가와 순자산공정가액 차액으로 계상한 영업권을 감가상각자산으로 보아 익금 산입한 부분은 위법함[국패] 이 사건 영업권은 결합회계준칙에 따른 것으로 보일 뿐, 원고가 피합병법인의 상호·거래관계 그 밖의 영업상 비밀 등을 초과수익력 있는 무형의 재산적 가치로 인정하고 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 보기는 어려우며, 달리 인정할 만한 증거가 없으므로 이 사건 처분은 위법함

사 건	2017구합88893 법인세부과처분취소
원 고	0000 주식회사
피 고	00세무서장
변 론 종 결	2018. 11. 08
판 결 선 고	2019. 01. 10

【주문】 1. 피고가 2015. 3. 9. 원고에 대하여 한 2009 사업연도 법인세 xxx,xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다. 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 【청구취지】 주문과 같다. 【이유】 1. 처분의 경위 가. 원고는 자동차 부품의 제조・판매업 등을 목적으로 설립된 상장법인이고, 주식회사 OOOOO(이하 ‘OOOOO’이라 한다)은 자동차용 전기・전자제품 제조업 등을 목적으로 설립된 상장법인이다. 나. 원고는 200x. x. xx. OOOOO을 흡수합병하고(이하 ‘이 사건 합병’이라 한다), 200x. x. xx. 합병등기를 마쳤다. 다. 이 사건 합병 당시 원고와 OOOOO의 합병비율은 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(2013. 5. 28. 법률 제10063호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘자본시장법’이라 한다) 제165조의4, 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령(2009. 12. 21. 대통령령 제21898호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘자본시장법 시행령’이라 한다) 제176조의5 제1항에 따른 평가기준일인 200x. x. x.(합병을 위한 이사회결의일이자 합병계약체결일 200x. x. x.의 전일)을 기산일로 하여, 200x. x. x.의 종가와 200x. x. x.부터 기산한 최근 1주일 거래량을 가중산술평균한 종가 및 200x. x. x.부터 기산한 최근 1개월간 거래량을 가중산술평균한 종가의 합을 산술평균한 가액과 200x. x. x.의 종가 중 낮은 금액을 기초로 산정한 원고의 기준주가 xx,xxx원과 OOOOO의 기준주가 x,xxx원을 기준으로 한 1:0.xxxx로 결정되었고, 원고는 이에 따라 원고의 주식 x,xxx,xxx주를 신주발행하여 OOOOO의 주주에게 교부하였으며, 별도의 합병교부금은 지급하지 않았다. 라. 원고는 이 사건 합병 직후 기업인수・합병에 관한 회계처리준칙(이하 ‘결합회계준칙’이라 한다)에 따라 합병신주 발행가액 x,xxx,xxx,xxx,xxx원[= x,xxx,xxx,xxx,xxx원(x,xxx,xxx주 × xxx,xxx0원) - 자기주식 xx,xxx,xxx,xxx원]과 OOOOO의 순자산 공정가액 xxx,xxx,xxx,xxx원의 차액인 xxx,xxx,xxx,xxx원을 회계장부에 영업권(이하 ‘이 사건 영업권’이라 한다)으로 계상하였다. 마. 원고는 이 사건 합병과정에서 계상한 이 사건 영업권이 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제24조 제4항 소정의 감가상각자산인 ‘영업권’에 해당하지 않는다고 보아 이 사건 영업권의 가액을 손금산입(△유보)하고, 동일한 금액을 손금불산입(기타)하였다. 바. ○○지방국세청장은 201x. x. x. 피고에게 이 사건 영업권이 법인세법 시행령 제24조 제4항에서 정한 영업권에 해당한다고 보아 위 영업권 금액 xxx,xxx,xxx,xxx원을 합병평가차익으로 익금에 산입하여야 한다는 내용의 조사결과를 통보하였고, 이에 따라 피고는 201x. x. x. 원고에게 200x 사업연도 법인세 xxx,xxx,xxx,xxx원(가산세 포함, 이하 같다)을 경정・고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 감사원에 심사청구를 하였으나, 감사원은 201x. x. xx. 심사청구를 기각하였다. 2. 처분의 적법 여부 가. 원고의 주장 이 사건 합병 당시 이 사건 영업권 즉, 약 x,xxx억 원에 달하는 무형의 재산적 가치를 OOOOO이 보유하였다거나 원고가 이에 관한 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급하였다고 볼 수 없으므로 이 사건 영업권을 세법상 영업권으로 인식하여 그 가액을 합병평가차익으로 과세할 수 없고 그 이유는 아래와 같다. 1) 이 사건 영업권은 자본시장법의 관련 규정에 따라 주가를 기준으로 합병비율을 산정하면서 발생한 대차차액을 조정하기 위하여 발생한 회계상 영업권으로서 OOOOO의 무형의 재산적 가치를 별도로 평가하여 산정한 것이 아니다. 2) 이 사건 합병 당시 원고는 이 사건 영업권이 세법상 영업권에 해당하지 않는 것으로 보아 이를 법인세 신고시 익금에 산입하지 아니하였고 이후 사업연도의 감가상각비로 손금에 산입하지도 않았다. 3) 원고는 모듈부품 및 부품 A/S 사업부분에서 지속적인 영업이익이 발생하고 있었고, OOOOO은 영업이익률이 감소하고 있었으며 2008 사업연도에는 적자를 기록하기도 하였는바, 이 사건 합병 당시 OOOOO에는 동종기업의 통상수익보다 높은 초과수익을 창출할만한 사업상 가치가 존재하지 아니하였다. 나. 관계 법령 : 생략 다. 인정사실 1) 원고는 ○○자동차그룹의 계열회사로, 모듈사업과 부품사업을 하였고, 모듈사업은 자동차부품의 원재료를 구입하여 모듈1)을 제조・판매하는 사업이고, 부품사업은 A/S용 자동차 부품을 판매하는 사업이며, 2008 사업연도 기준 사업부문별 매출액 등은 아래 표 기재와 같다. <표 생략> 2) OOOOO은 OO자동차그룹의 계열회사였는데, 자동차부품을 제조하여 판매하는 사업을 영위하였고, 주된 제조품은 멀티미디어제품과 전장부품(電裝部品)이었으며, 2008 사업연도 기준 각 제품별 매출액은 아래 표 기재와 같다. <표 생략> 3) 원고는 2009. 4. 6. 이 사건 합병에 관한 주요사항을 공시하였는데, 주요 내용은 아래와 같다. <공시사항 생략> 4) 이 사건 합병 전 OOOOO의 매출액과 영업손익률 등은 아래 [표 1] 기재와 같고, OOOOO의 투하자산수익률(영업에 사용된 자산과 세후영업이익의 비율)과 OOOOO의 산업분류인 ‘그 외 기타 전자부품 제조업’의 평균 투하자산수익률 등은 아래 [표 2] 기재와 같다. <표 생략> 5) 이 사건 합병 전ㆍ후 원고의 매출액과 영업손익률 등은 아래 표 기재와 같다. <표 생략> 라. 판단 1) 관련 법리(대법원 2018. 5. 11. 선고 2017두43173 판결, 대법원 2018. 5. 11. 선고 2015두41463 판결, 대법원 2018. 5. 11. 선고 2017두54791 판결 등 참조) 가) 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 합병법인이 피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우 그 자산의 가액 중 피합병법인의 장부가액을 초과하는 부분을 합병평가차익으로 과세한다(제17조 제1항 제3호 단서, 법인세법 시행령 제15조 제2항, 제12조 제1항 제1호). 그리고 합병의 경우 합병법인이 계상한 영업권은 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인의 상호ㆍ거래관계 기타 영업상의 비밀 등(이하 ‘상호 등’이라 한다)으로 사업상의 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 감가상각자산으로 한다(법인세법 시행령 제24조 제4항). 나) 이러한 관계 법령 규정에 따르면, 법인 합병의 경우 영업권 가액을 합병평가차익으로 과세하기 위해서는 합병법인이 피합병법인의 상호 등을 장차 초과수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치로 인정하여 그 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 볼 수 있어야 한다. 이때 사업상 가치의 평가 여부는 합병의 경위와 동기, 합병 무렵 합병법인과 피합병법인의 사업 현황, 합병 이후 세무 신고 내용 등 여러 사정을 종합하여 객관적으로 판단하여야 하고, 기업회계기준에 따라 영업권이 산출된다는 것만으로 이를 추단할 수 없다. 그 상세한 이유는 다음과 같다. ① 합병법인의 합병평가차익으로 과세하기 위해서는 논리적으로 먼저 합병법인의 자산으로 인정되어야 한다. 법인이 내부의 사업 활동으로 무형의 가치가 있는 영업권을 창출하였다고 하더라도 세법상 자산으로 인식되는 것은 아니며, 합병으로 피합병법인의 영업권을 취득하는 때에는 위 법인세법 시행령에서 정한 요건을 갖춘 경우에 한하여 세법상 합병법인의 자산으로 인정된다. 세법과 기업회계는 그 목적과 취지가 달라 법인세법령에서 별도로 규정을 두는 경우가 있는데, 합병 시 영업권의 인식 요건도 그러한 경우에 속한다. 시행령에서 정한 ‘영업권에 관한 사업상 가치 평가 요건’은 1998. 12. 31. 법인세법 시행령 개정 시에 세법상 영업권을 제한적으로 인정하기 위해 도입된 것으로서, 합병 과세의 틀이 정비된 2010. 6. 8. 개정 법인세법 시행령에서도 제80조의3 제2항으로 옮겨 현재까지 유지되고 있다. ② 합병의 경우 영업권을 세법상 자산으로 인정하기 위한 요건 문제는, 구체적 평가방법의 적절성을 판단할 때 영업권 가액을 합병대가 중 순자산가액을 초과한 차액으로 계산하는 것이 적절한지라는 문제와는 논의 단계를 달리한다. 따라서 상호 등에 대한 사업상 가치 평가를 요구하는 것은 차액설에 따른 영업권 평가의 적절성을 수긍한 판례와 모순되는 것이 아니다. ③ 합병평가차익 과세는 피합병법인이 합병 전까지 보유하던 유ㆍ무형의 자산에서 발생한 이득을 합병을 계기로 일정한 요건에 따라 과세하는 것으로서, 구 법인세법 시행령 제15조 제2항이 그 계산법으로 같은 법 시행령 제12조 제1항 제1호를 인용하고 있을 뿐, 개념상 자본준비금(법인세법 제16조 제1항 제2호 가목) 등과는 아무런 관련이 없다. 합병법인이 피합병법인으로부터 인계받은 순자산가액과 합병신주 액면가액 사이의 단순 차액인 합병차익은 합병평가차익 과세의 요건이 될 수 없다. 2) 구체적 판단 가) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정을 종합하면, 원고가 회계장부에 영업권으로 계상한 이 사건 영업권은 결합회계준칙에 따른 것으로 보일 뿐이고, 원고가 OOOOO의 상호・거래관계 그 밖의 영업상 비밀 등을 초과수익력 있는 무형의 재산적 가치로 인정하고 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 보기는 어려우며, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로, 이 사건 영업권이 세법상 영업권의 자산 인정 요건을 갖추었다고 할 수 없다. ① 이 사건 합병에 있어 교부된 합병신주의 발행가액이 OOOOO의 순자산가치를 초과한다거나 원고가 결합회계준칙에 따라 그 차액을 회계장부에 이 사건 영업권으로 계상하였다는 것만으로는 세법상으로 유의미한 영업권의 존재 내지 그에 대한 실질적 평가가 있다고 할 수 없음은 앞서 본 바와 같고, 오히려 원고는 이 사건 영업권이 세법상의 영업권에 해당되지 않음을 전제로 영업권을 계상한 이후 이 사건 영업권의 가액을 손금산입(△유보)하여 세무상 영업권 가액을 ‘0’으로 조정한 후, 동일한 금액을 손금불산입(기타)하였다. 또한 이후 원고는 이 사건 영업권을 감가상각의 대상인 무형자산으로 삼지도 않았다. ② 이 사건 합병에 있어서 합병을 위한 이사회결의일이자 합병계약체결일인 2009. 4. 3.의 전일인 2009. 4. 2.을 기산일로 하여, 2009. 4. 2.의 종가와 2009. 4. 2.부터 기산한 최근 1주일 거래량을 가중산술평균한 종가 및 2009. 4. 2.부터 기산한 최근 1개월간 거래량을 가중산술평균한 종가의 합을 산술평균한 가액과 2009. 4. 2.의 종가 중 낮은 금액을 기초로 원고와 OOOOO의 합병가액을 산출한 것은 원고와 OOOOO의 주식의 가치 비교를 통하여 공정한 합병비율을 산정하기 위한 것으로 보일 뿐, 영업권의 평가와는 직접적인 관련이 있다고 보기 어렵고, 위와 같이 산정한 OOOOO의 합병가액이 OOOOO의 순자산 공정가액보다 높다는 것만으로는 OOOOO에 초과수익력을 가진 영업권이 실제로 존재한다거나 원고가 이를 고려하여 그 주식가치를 산정한 것이라고 볼 수 없다. ③ 특히, OOOOO의 주가는 종가를 기준으로 2009. 3. 3. 2,575원에서 2009. 4. 2. 3,595원으로 40% 가량 상승하였고, OOOOO의 합병가액은 이를 기초로 2009. 4. 2.과 그로부터 최근 1주일, 최근 1개월의 가중산술평균한 종가의 합을 산술평균한 가액을 기초로 산정되었는바, 불과 1달 만에 OOOOO의 상호・거래관계 그 밖의 영업상 비밀 등을 초과수익력 있는 무형의 재산적 가치가 증가되었다고 보기는 어렵다. ④ 이 사건 합병은 OO자동차그룹 계열회사간에 OO자동차그룹 구조 전환 즉, 통합에 따른 원가절감 등을 도모하기 위하여 이루어진 것으로서 당초 OOOOO은 전장부품의 생산을 하고 있었으나 금융위기 등으로 인하여 연구개발비에 충분한 투자를 할 수 없는 상황이었고, 원고는 A/S 부품 판매 등으로 인하여 금융위기에도 불구하고 안정적인 현금흐름을 보이고 있었으므로 전장부품의 연구개발비에 대한 투자가 가능하였는바, 이 사건 합병은 위와 같은 동기에서 이루어진 것으로 보인다. ⑤ 이 사건 합병 무렵 원고는 안정적인 매출액과 영업손익상황을 보이고 있었음에 반하여 OOOOO은 2007 사업연도 영업이익이 331억 원이었으나 2008 사업연도 영업이익은 △263억 원으로 감소하였을 뿐 아니라 이 사건 합병 당시에도 OOOOO의 법인세비용차감전 순이익은 △746억 원에 달하였고, OOOOO의 투하자산수익률이 다른 업체에 비교하여 높다고 보기도 어려워 초과수익력이 존재하였다고 보기도 어렵다. ⑥ 특히, 이 사건 합병 당시 원고의 주주는 ◆◆자동차(17.76%), ◇◇◇(7.74%), OO◎◎(6.28%) 등이었고, OOOOO의 주주는 ◆◆자동차(8.91%), OO자동차(16.77%), OO◎◎(6.73%) 등이었으며, 원고와 OOOOO 모두 OO자동차그룹의 계열회사인바, 원고가 이 사건 합병으로 인하여 OOOOO의 상호나 거래관계 기타 영업상의 비밀 등을 이용할 필요성이 있었다고 보기 어렵다. 피고는 합병 이후 원고의 영업손익률이 증가하였고 OOOOO이 다수의 지적재산권을 보유하고 있어 이러한 사업상 가치를 평가하여 승계한 것이라고 주장하나, 합병과정에서 OOOOO의 지적재산권이나 다른 자산에 관한 평가가 이루어지지 않은 이상 위와 같은 사정만으로는 이 사건 영업권을 세법상 합병법인의 자산으로 인정하기 어렵다. ⑦ 피고는 또한 원고가 이 사건 처분 이후에 경정청구를 통하여 이 사건 영업권을 감가상각자산으로 인식한 다음 세법상 영업권임을 전제로 법인세를 환급받았으므로, 원고가 이 사건 영업권을 세법상의 영업권으로 인식한 것이라고 주장하나, 원고가 위와 같은 경정청구를 한 시기는 이 사건 처분이 이루어진 이후인바, 원고의 경정청구는 이 사건 처분에 따른 법인세를 납부하기 위한 후속적인 조치로 보일 뿐 그러한 사정만으로는 원고가 이 사건 영업권을 세법상 영업권으로 평가하였다고 볼 수는 없다. 특히, 원고는 이 사건 합병 당시 앞서 본 바와 같이 이 사건 영업권을 세법상 영업권으로 인식하지 않았고, 이 사건 처분 이전에는 이를 세법상 영업권으로 인식하여 감가상각 등도 하지 않았다. 나) 따라서 이 사건 영업권이 세법상 영업권임을 전제로 하여 위 영업권의 가액을 합병평가차익으로 익금에 산입한 이 사건 처분은 위법하고, 원고의 위 주장은 이유 있다. 3. 결론 그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 자동차의 조립에 소요되는 부품을 조립하여 만드는 중간단계의 부품

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2017구합88893

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