+ - 북마크 저장 [행정] 1심사건

수원지방법원 2019.10.17 선고 2017구합67699 판결

합병과정에서 인식한 영업권이 세법상 영업권에 해당하는지[국패] 신규 영업권의 가액 000원이 원고가 CC의 상호 등을 장차 초과수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치로 인정하여 그 사업상 가치를 평가하여 지급한 대가라는 사실을 추인하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없음

사 건	2017구합67699 법인세부과처분취소
원 고	주식회사 ○○
피 고	○○세무서장
변 론 종 결	2019. 8. 22.
판 결 선 고	2019. 10. 17.

【주문】 1. 피고가 2016. 3. 28. 원고에 대하여 한 2010 사업연도 법인세 8,025,393,260원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다. 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 【청구취지】 주문과 같다. 【이유】 1. 처분의 경위 가. 주식회사 A, 주식회사 B, 주식회사 D는 2008. 10. 1. 각 CC학원사업부문을 분할합병하여 새로 주식회사 CC(이하 ‘CC’라 한다)를 설립하기로 하는 분할합병계약을 체결하였다. 이에 따라 2009. 1. 5. CC가 설립되었다. 나. CC학원을 운영하던 민, 민, 민, 민은 각 2009. 3. 23. 시사CC와 민, 민, 민, 민이 각 운영하는 CC학원의 사업과 관련한 자산, 부채 및 영업권을 CC에 현물출자하고, CC가 민, 민, 민, 민에게 현물출자가액에 해당하는 CC의 보통주식을 교부하기로 하는 내용의 현물출자계약(이하 ‘이 사건 현물출자계약’이라 한다)을 체결하였다. 이 사건 현물출자계약에서 정한 현물출자가액과 현물출자에 대하여 교부할 주식의 종류 및 수는 아래와 같고, 현물출자가액은 출자재산을 구 상법(2011. 4. 14. 법률 제10600호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제299조의2, 제299조 제1항에 따라 공인된 감정인의 감정에 의해 평가한 금액이다. 다. 그 후 이 사건 현물출자계약에 따른 현물출자(이하 ‘이 사건 현물출자’라 한다)및 주식 교부가 이루어졌고, 원래 17개의 CC학원을 운영하고 있던 CC는 위 현물출자에 따른 12개의 학원을 더하여 총 29개의 CC학원을 운영하게 되었다. 라. CC는 ○○학원으로부터 영업양수에 의한 가액 1,545,394원의 영업권이있었는데, 이 사건 현물출자에 의한 가액 773,337,472원의 영업권과 위 영업권의 가액을 합한 774,882,866원이 CC의 무형자산인 영업권(이하 ‘기존 영업권’이라 한다)의 가액으로 되었다. 마. 원고와 CC는 2009. 10. 19. 합병계약(이하 ‘이 사건 합병계약’이라 한다)을 체결하였는데, 그 주요내용은 아래와 같다(‘갑’은 원고를, ‘을’은 CC를 각 의미한다).

제1조(합병의 방법)

갑은 을을 흡수합병하여 갑은 존속하고 을은 해산한다.

제2조(권리의무의 이전)

① 을은 2009. 6. 30. 현재의 재무상태표와 재산목록을 기초로 하여 제5조에서 정한 합병기일에 그 권리 의무 일체를 갑에게 인계하고, 갑은 이를 승계한다.

② 을은 전항 기일부터 합병기일에 이르기까지 자산, 부채의 변동에 대하여 따로 계산서를 첨부하여 그 내용을 갑에게 제시하여 확인을 받아야 한다.

제3조(합병비율 및 합병신주의 배정 등)

① 갑과 을의 합병비율은 1 : 8.4039646로 한다. 이에 따라 갑은 합병기일에 을이 발행한 기명식 보통주식 605,988주(액면가 500원) 기준에 대하여 갑의 보통주식

5,092,697주(액면가 500원)를 발행하여 을의 주주들에게 각 그 보유비율에 따라 배정한다.

제5조(증가할 자본금과 준비금 총액)

갑은 합병에 의하여 자본금 2,546,348,500원을 증가시켜 그 총액을 8,156,348,500원으로 하고, 준비금은 합병기일에 있어서의 을의 재무상태표상 총자산에서 총부채 및 합병으로 인하여 증가하는 자본금을 차감한 금액으로 한다.

제6조(합병교부금)

갑이 합병으로 인하여 을의 주주에게 지급할 합병교부금은 없는 것으로 한다.

제7조(합병기일)

합병기일은 2010. 1. 5.로 한다(단서 생략).

제8조(합병승인 결의)

갑과 을은 2009. 12. 1. 각각 주주총회를 소집하여 본 계약서의 승인 및 합병에 따른 필요한 사항에 대하여 결의하기로 한다(단서 생략).

바. 원고는 2009. 12. 1. 임시주주총회를 개최하였고, 위 주주총회에서는 이 사건 합병계약의 승인 결의가 이루어졌다. 사. CC의 2009. 12. 31. 기준 대차대조표상 기존 영업권의 가액은 감가상각되고 남은 금액인 671,462,123원이다. 아. 이 사건 합병계약에 따라 2010. 1. 7. 원고는 변경등기, CC는 해산등기를 각 마쳤다(이하 위 각 등기에 의하여 효력이 생긴 합병을 ‘이 사건 합병’이라 한다). 원고는 이 사건 합병 이후에도 영업부문을 그 전에 원고가 하던 온라인교육 및 컨텐츠부문과 그 전에 CC가 하던 오프라인 및 프랜차이즈 부문으로 나누어 운영하였다. 자. 원고는 이 사건 합병계약에 따라 CC의 주주들에게 원고의 보통주식 5,092,697주(주당 발행가액 8,010원, 액면가액 500원)를 발행ㆍ교부하였다. 차. 원고는 ‘기업인수ㆍ합병 등에 관한 회계처리준칙’(이하 ‘이 사건 회계처리준칙’이라 한다)상 매수법1)에 따라 이 사건 합병에 따른 회계처리를 하였는데, 그 분개내용은 아래와 같다. [표 생략] 카. 원고는 기존 영업권 잔액과 신규 영업권의 가액을 합한 31,002,682,667원(= 기존 영업권 잔액 671,462,123원 + 신규 영업권 가액 30,331,220,544원)을 20년간 정액법에 따라 상각하여 원고의 2010. 12. 31. 기준 대차대조표상 무형자산인 영업권의 가액은 29,452,548,538원(= 31,002,682,667원 - 1,550,134,129원8))이다. 이를 분개로 나타내면 아래와 같다. [표 생략] 타. 그러나 원고는 2010 사업연도의 법인세 신고를 하면서 이 사건 영업권이 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)상의 영업권에 해당하지 않는다고 보아 아래 표와 같이 세무조정 및 소득처분을 하였다. 파. 중부지방국세청장은 이 사건 영업권 가액 31,002,682,677원에서 이 사건 합병에 따른 원고의 자본금 증가액 2,546,348,500원을 공제한 28,456,334,167원이 구 법인세법상의 합병평가차익으로서 익금산입의 대상이라고 보고 피고에게 원고의 2010 사업연도 법인세를 경정할 것을 통보하였고, 이에 따라 피고는 아래 표와 같이 원고의 2010사업연도 법인세 과세표준을 계산하여 2016. 3. 28. 원고에게 2010 사업연도 법인세 8,025,393,260원(가산세 포함)의 부과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제5호증의 1 내지 5, 갑 제6, 8, 9호증, 갑 제10호증의 1 내지 4, 갑 제13, 16, 20, 21호증, 을 제1, 5, 8호증의 각 기재, 변론전체의 취지 2. 이 사건 처분의 적법 여부 가. 원고의 주장 1) 원고는 CC로부터 구 법인세법상 무형자산으로서 영업권을 평가하여 승계하지 않았고, 감가상각자산으로 계상하지도 않았으므로, 합병평가차익이 발생하였음을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다. 2) 가사 회계상 대차를 맞추기 위한 원고의 영업권을 합병평가차익으로 볼 수 있다고 하더라도 합병평가차익은 합병차익을 한도로 하고, 이 사건 합병에서 합병차익은 7,914,933,926원(= 원고가 CC로부터 승계한 자산의 공정가액 23,323,611,524원 -원고가 CC로부터 승계한 부채의 공정가액 12,862,329,098원 - 원고의 자본금 증가액 2,546,348,500원)에 불과하므로, 이 사건 처분 중 피고가 원고의 2010 사업연도 익금에 산입한 28,456,334,167원 가운데 7,914,933,926원을 초과하는 금액을 익금에 산입하여 한 부분은 위법하다. 나. 관계 법령 별지 기재와 같다. 다. 판단 1) 처분사유의 구성 앞서 본 것과 같이 이 사건 처분은 이 사건 영업권 가액 31,002,682,677원(= 기존 영업권 잔액 671,462,123원 + 신규 영업권 가액 30,331,220,544원)에서 이 사건 합병에 따른 원고의 자본금 증가액 2,546,348,500원을 공제한 28,456,334,167원이 구 법인세법상의 합병평가차익으로서 익금산입의 대상임을 전제로 이루어진 것이다. 따라서 기존 영업권 잔액 671,462,123원의 익금산입과 신규 영업권 가액30,331,220,544원의 익금산입으로 나누어 그 적법 여부를 살펴본다(뒤에서 보는 것과 같이 합병평가차익을 계산함에 있어서 원고의 자본금 증가액을 공제할 아무런 근거가 없으므로 피고가 위와 같이 원고의 자본금 증가액을 공제한 것은 위법한 것으로 보이기는 하나, 원고의 자본금 증가액을 공제하지 않으면 익금산입액이 더 늘어나게 되어 이 사건 처분의 처분사유의 범위를 벗어나므로 위 문제에 관하여는 판단하지 않기로 한다). 2) 기존 영업권 잔액 671,462,123원의 익금산입에 관하여 구 법인세법 제17조 제1항 제3호에 의하면 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 합병차익은 익금에 산입하지 아니하나(본문), 다만 대통령령이 정하는 합병평가차익(이하 ‘합병평가차익’이라 한다)은 제외한다(단서). 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제2항, 제12조 제1항 제1호, 제14조 제1항 제1호 가목, 다목에 의하면 피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우(이는 이 사건 회계처리준칙에 의할 때지분통합법이 아니라 매수법을 적용한 경우를 의미한다) 합병평가차익은 아래와 같은 방식으로 계산한다. 원고와 CC는 모두 합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인이고, 원고는 이 사건 합병의 대가로 CC의 주주들에게 원고의 보통주식만 교부하고 합병교부금을 지급하지 않았으며(이 사건 합병계약 제6조), 취득 당시 원고 보통주식의 시가(8,010원)가 액면가액(500원)보다 컸으므로, 합병평가차익은 위 제1항에 따라 [평가하여 승계한 CC의 자산 가액 - 그 자산의 CC의 장부가액]의 방식으로 계산하여야 한다. 그런데 CC의 2009. 12. 31. 기준 대차대조표상 기존 영업권의 가액은 감가상각되고 남은 금액인 671,462,123원이고, 원고는 위 가액을 그대로 원고의 무형자산인 영업권으로 승계하였으므로, 기존 영업권의 합병평가차익은 0원이다. 따라서 피고가 기존 영업권 잔액 671,462,123원을 합병평가차익으로 보아 원고의 2010 사업연도 법인세 계산 시 익금에 산입한 것은 위법하다. 3) 신규 영업권 가액 30,331,220,544원의 익금산입에 관하여 가) 적격합병과 비적격합병의 구별 회사합병의 경우 피합병회사와 그 주주들이 보유하던 미실현이득이 합병을 계기로 실현되므로 과세대상이 되는 것이 원칙이다. 그러나 이렇게 되면 합병당사회사들이 세금 문제로 인해 합병을 실행하기를 주저할 가능성이 커지고, 이로 인해 사회 전체적으로는 회사합병의 필요성이 인정되는 경우임에도 합병이 이루어지지 못하는 경우(동결효과)가 생길 수 있다. 법률행위 측면에서 보면 피합병법인이 보유하던 미실현이득은 회사합병으로 인해 그 일부는 피합병법인에게 이전되고(이것은 다시 그 주주에게 이전된다), 나머지는 합병법인에게 이전됨으로써 이득이 실현되었다고 볼 수 있으나, 다른 한편 법인이 보유하는 자산에 대해서 그 주주가 지분비율에 따라 간접적으로 지배하고 있다고 할 수 있으므로, 개별 주주 입장에서 회사합병을 전후하여 회사에 대한 지배가 변동이 없다면, 또한 회사 입장에서도 법인격의 변동만 있을 뿐 그 실체에 본질적 변화가 없다면, 실질적으로는 이득실현이 없다고 보아 즉각적인 과세를 이연(移延)하여야 할 필요가 있다. 이에 따라 구 법인세법은 합병평가차익을 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금에 산입하는 것으로 규정(제17조 제1항 제3호 단서)하면서도, 제44조 제1항에서 합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병일 것(제1호), 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 합병대가를 받은 경우에는 동 합병대가의 총합계액 중 주식등의 가액이 100분의 95 이상일 것(제2호), 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것(제3호)의 요건을 갖춘 합병(이하 ‘적격합병’이라 하고, 위 요건을 갖추지 못한 합병을 ‘비적격합병’이라 한다)으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액 중 당해 자산에 대한 합병평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다고 규정하여 과세이연을 허용하고 있다. 결국 구 법인세법은 위와 같은 요건을 갖춘 적격합병의 경우 합병이 회사의 겉껍질의 변화에 불과하다고 보아 과세이연의 혜택을 주는 것인데, 다만 구 법인세법 시행령 제80조 제1항에서 “법 제44조 제1항 각 호 외의 부분에서 ‘대통령령이 정하는 자산’이란 사업용 유형고정자산을 말한다.”라고 규정하여 모든 자산이 아니라 사업용 유형고정자산에 한해 과세이연의 혜택을 주는 것으로 제한하고 있다. 그러나 적격합병의 경우에 사업용 유형고정자산과 무형고정자산을 구분하여 전자에 한해 과세이연의 혜택을 주어야 할 특별한 근거나 이유를 찾기 어렵다(구 법인세법이 2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되면서 적격합병의 경우 모든 자산에 과세이연의 혜택을 주는 것으로 변경되었고, 그 개정이유에서 “법인이 합병ㆍ분할하면서 자산을 포괄적으로 이전ㆍ승계하는 경우 일정 요건을 갖추면 법인이나 주주에 대한 과세를 이연하고 있으나, 현행 과세체계가 지나치게 복잡하고 과세이연을 사업용 유형고정자산에 한정함으로써 과세이연 효과도 불완전하여 기업이 구조개편을 추진하는 데 부담이 되고 있음. 앞으로는 합병ㆍ분할 시 과세이연 요건을 갖추면 모든 자산을 장부가액으로 양도한 것으로 하고 이월결손금과 세무조정사항 등을 일괄하여 승계할 수 있도록 함으로써 합병ㆍ분할 시점에서 과세문제가 발생하지 않도록 하고, 아울러 과세이연 요건 중 합병대가로 합병법인 주식을 100분의 95 이상 교부하여야 하던 것을 100분의 80 이상으로 완화하되, 합병ㆍ분할로 인하여 취득한 주식과 승계받은 사업은 일정기간 계속 보유ㆍ유지하도록하여 합병ㆍ분할이 조세회피 목적으로 악용되지 않도록 함”이라고 설명하고 있는 것을 보더라도 그러하다). 나) 기업회계상 영업권을 합병평가차익으로 과세하게 된 경위 이 사건 회계처리준칙에 의하면 회사합병의 경우 원칙적으로 매수법에 따라 매수회사가 피매수회사를 취득하기 위하여 지급한 매수대가의 공정가액이 매수원가가 되고, 피매수회사로부터 취득한 자산ㆍ부채 중 식별가능한 자산ㆍ부채는 매수일의 공정가액 으로 인식하며, 매수원가 중 매수일 현재 피매수회사로부터 취득한 식별가능한 자산ㆍ 부채(순자산)의 공정가액에 대한 매수회사의 지분을 초과하는 부분은 영업권으로 인식하여 그 내용연수에 걸쳐 정액법으로 상각한다. 이에 따라 1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전부 개정되기 전의 법인세법 시행령 하에서는 합병법인이 피합병법인에 지급한 매수대가의 공정가액 중 피합병법인으로부터 취득한 순자산의 공정가액을 초과하는 부분을 무조건 영업권으로 인식하여 장부에 계상한 후 정액법에 따라 상각하면서 그 감가상각비 상당액을 손금산입하여 법인세를 감소시키는 경우가 많았는데, 이를 제한하기 위해 위 전부 개정된 법인세법 시행령은 제24조 제4항에 “제1항 제2호 가목의 영업권중 합병 또는 분할의 경우 합병법인 또는 분할신설법인(분할합병의 상대방법인을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)이 계상한 영업권은 합병법인 또는 분할신설법인(분할합병의 경우에 한한다)이 피합병법인 또는 분할법인(소멸한 분할합병의 상대방법인을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인 또는 분할법인의 상호・거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 이를 감가상각자산으로 한다.”라는 규정을 신설하였다. 위 법인세법 시행령 개정 이후 합병 시 영업권의 과세에 관한 법적 분쟁은 합병법인이 기업회계상의 영업권을 법인세법상의 영업권으로 인정받아 그 감가상각비를 손금산입하려고 하고, 과세관청은 법인세법상의 영업권 인정요건을 갖추지 못하였다고 주장하는 형태로 전개되었고, 과세관청이 기업회계상의 영업권 가액을 합병평가차익으로 익금에 산입하여 법인세를 과세하지는 아니하였다. 이와 같이 영업권에 대한 익금산입 없이 향후 감가상각비만 손금으로 인정받으려는 시도에 대응하기 위해 국세청은 2003. 9. 27. “합병법인이 피합병법인의 자산을 승계하여 평가함에 있어, 법인세법 시행령 제24조 제4항의 규정에 의하여 피합병법인의 상호ㆍ거래관계 기타 영업상의 비밀 등 사업상 가치를 평가하여 감가상각자산으로 계상한 영업권은 같은 법 시행령 제12조 제1항 제1호에 규정하는 합병평가차익에 포함된다.”라는 유권해석(이하 ‘이 사건 유권해석’이라 한다)을 공표하였다. 이는 합병평가차익 계산에 있어 구 법인세법 시행령 제24조 제4항의 요건을 갖춘 영업권은 합병법인의 무형고정자산임에도 피합병법인의 장부에는 계상되어 있지 않아 ‘그 자산의 피합병법인의 장부가액’이 0원이므로 영업권 가액 전액이 합병평가차익으로서 익금산입의 대상이 되고, 그 중 감가상각비 해당액이 손금산입의 대상이 된다는 것으로, 구 법인세법 시행령의 타당한 해석이다. 이에 따라 이 사건 유권해석이 공표된 이후에는 합병 시 영업권의 과세에 관한 법적 분쟁이 합병법인은 기업회계상의 영업권을 법인세법상의 영업권이 아니라고 하여 익금산입을 부인하고, 과세관청이 법인세법상의 영업권 인정요건을 갖추었다고 주장하는 형태로 바뀌었다. 다) 합병청산소득 과세와 합병평가차익 과세 구 법인세법 제80조 제1항, 제16조 제1항 제5호, 구 법인세법 시행령 제14조 제1항 제1호 가목, 다목에 의하면 내국법인이 합병으로 인하여 해산하는 경우 그 청산소득(이하 ‘합병청산소득’이라 한다)의 금액은 아래와 같은 방식으로 계산한다. 구 법인세법 제44조 제1항 제1호 내지 제3호의 요건을 갖춘 합병이 적격합병이므로 ① 적격합병과 비적격합병 중 구 법인세법 제44조 제1항 제1호, 제2호의 요건을 갖춘 것이 위 제1항에 해당하고, ② 나머지 비적격합병이 위 제2항에 해당한다. 위 제1항의 경우에 합병대가를 취득한 주식의 액면가액으로 계산하는 것은 합병신주의 액면가액은 합병과정에서 쉽게 조정할 수 있으므로, 우회적으로 합병청산소득에 관한 과세이연을 해주는 방식을 취한 것이다. 합병법인이 합병평가차익에 상당하는 금액을 손금에 산입하여 과세이연을 받기 위해서는 구 법인세법 제44조 제1항 제1호 내지 제3호의 요건을 모두 갖추어야 하는데 반해 피합병법인이 합병청산소득에 관한 과세이연을 받기 위해서는 구 법인세법 제44조 제1항 제1호, 제2호의 요건만 갖추면 되는 것으로 규정한 것은 합병법인이 사업을 계속할 것인가는 피합병법인이 통제할 수 있는 것이 아니기 때문이다(이하에서는 검토의 편의상 구 법인세법 제44조 제1항 제1호, 제2호의 요건을 갖추지 못한 비적격합병을 ‘비적격합병’이라 부르기로 한다). 비적격합병의 경우에는 영업권에 해당하는 금액이 피합병법인의 합병청산소득으로 과세되므로 합병법인의 합평평가차익 과세문제가 생기지 않는다. 예를 들어 피합병법인의 자산으로 Y건물(공정가액 300원, 장부가액 200원)만 있고, 부채가 50원인데, 합병법인이 합병대가로 피합병법인의 주주에게 시가 270원(액면가액 100원)의 주식을 발행ㆍ교부하였다고 하면, 기업회계상의 영업권 가액은 20원[= 270원(매수원가인 주식의 시가) - {300원(Y건물의 공정가액) - 50원(부채)}]이 되어, 피합병법인의 합병청산소득은 120원[= 270원(주식의 시가) - {200원(Y건물의 장부가액) - 50원(부채)}]이고, 합병법인의 합병평가차익은 0원[= {300원(Y건물의 공정가액) - 200원(Y건물의 장부가액)}+ {20원(영업권의 공정가액) - 0원(영업권의 장부가액)} - 120원(합병청산소득)12)]이 된다. 부연하면, 비적격합병의 경우 합병평가차익은 자산의 평가증(評價增)된 금액을 합산한 후 합병청산소득을 공제하여 산정하는데, 피합병법인의 합병청산소득은 피합병법인의 주주가 합병법인으로부터 받은 주식의 시가에서 피합병법인의 합병등기일 현재의 장부상 순자산(= 자기자본)을 공제하여 산정하므로, Y건물의 평가증된 금액(100원)과 영업권의 평가증된 금액(20원)이 합병청산소득을 구성하여 자산의 평가증된 금액의 합산액(120원)과 합병청산소득(120원)이 같아져서 합병평가차익이 0원이 되는 것이다. 그런데 위 사례가 적격합병이라면 피합병법인의 합병청산소득은 -50원[= 100원(주식의 액면가액) - {200원(Y건물의 장부가액) - 50원(부채)}]이고, 합병법인의 합병평가차익은 120원[= {300원(Y건물의 공정가액) - 200원(Y건물의 장부가액)} + {20원(영업권의 공정가액) - 0원(영업권의 장부가액)}]이 된다. 따라서 구 법인세법 제17조 제1항 제3호 단서에 따라 합병평가차익 120원이 합병법인의 익금에 산입되고, 구 법인세법 제44조 제1항, 구 법인세법 시행령 제80조 제2항에 의하면 사업용 유형고정자산인 Y건물의 합병평가차익 100원은 손금에 산입되나,13) 무형고정자산인 영업권의 합병평가차익 20원은 손금에 산입되지 않는다. 결국 합병법인은 영업권의 가액에 해당하는 20원의 소득에 관한 법인세를 내야하고, 20원의 영업권을 감가상각자산으로 하여 매년 일정액의 감가상각비를 손금으로 계상하게 된다. 따라서 합병을 통해 실현된 소득 120원에 관해 ① 비적격합병의 경우 120원 모두 피합병법인의 합병청산소득으로 과세되고 합병법인은 과세되지 않으며, ② 적격합병의 경우 100원(사업용 유형고정자산의 평가증 부분)은 과세이연이 되나, 20원(영업권의 가액)은 과세이연이 되지 않는다. 라) 지금까지 살펴본 것을 정리하면 아래와 같다. (1) 구 법인세법 하에서 기업회계상 영업권의 합병평가차익 과세문제는 적격합병의 경우에만 발생한다. (2) 적격합병은 겉껍질의 변화에 불과하므로 합병평가차익을 과세이연 해주는 것이 세법 이론적으로 타당한데, 구 법인세법은 사업용 유형고정자산의 합병평가차익은 과세이연을 해주면서도 영업권과 같은 사업용 무형고정자산의 합병평가차익은 비적격합병의 경우와 같이 과세이연을 받지 못하게 규정하고 있었다. 이와 같이 사업용 유형고정자산과 무형고정자산의 차별취급은 특별한 근거나 이유를 찾기 어렵다. (3) 또한 과세관청이 기업회계상 영업권을 합병평가차익으로 익금에 산입하여 과세하기 시작한 것은 합병법인, 피합병법인 모두 영업권에 관한 법인세를 납부하지 않았음에도 합병법인이 영업권을 감가상각대상 무형고정자산으로 계상하여 감가상각비만 손금으로 산입하여 법인세를 감소시키는 행위에 대처하기 위한 것이었다. (4) 따라서 기업회계상 영업권을 합병평가차익으로 보아 익금에 산입하는 것은 제한적으로 인정함이 타당하므로, 구 법인세법 시행령 제24조 제4항에 규정된 합병법인이 계상한 영업권의 구 법인세법상 영업권 인정요건(합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인의 상호ㆍ거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것)을 엄격하게 해석하여야 한다. 위 요건을 충족함을 추인할 수 있는 유력한 간접사실은 합병법인이 법인세 신고 시에 영업권의 감가상각비를 손금으로 계상하였다는 사실이다. 마) 돌아와 이 사건에 관해 살펴본다. (1) 이 사건 합병이 구 법인세법 제44조 제1항 제1호, 제2호의 요건을 갖추었음은 앞서 본 것과 같고, 갑 제19호증의 1의 기재에 의하면 원고는 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일인 2010. 12. 31.까지 CC로부터 승계받은 사업을 계속 영위한 사실이 인정되므로 구 법인세법 제44조 제1항 제3호의 요건도 갖추었다. 따라서 이 사건 합병은 적격합병에 해당한다. 법인 합병의 경우 영업권 가액을 합병평가차익으로 과세하기 위해서는 합병법인이 피합병법인의 상호・거래관계 기타 영업상의 비밀 등(이하 ‘상호 등’이라 한다)을 장차 초과수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치로 인정하여 그 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 볼 수 있어야 한다. 이때 사업상 가치의 평가 여부는 합병의 경위와 동기, 합병 무렵 합병법인과 피합병법인의 사업 현황, 합병 이후 세무 신고 내용 등 여러 사정을 종합하여 객관적으로 판단하여야 하고, 기업회계기준에 따라 영업권이 산출된다는 것만으로 이를 추단할 수 없다(대법원 2018. 5. 11. 선고 2015두41463 판결). (2) 아래 사실들은 원고가 이 사건 합병 과정에서 CC의 상호 등을 장차 초과수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치로 인정하여 그 사업상 가치를 평가하여 CC의 순자산의 공정가액 10,461,282,426원(= 자산 23,323,611,524원 - 부채 12,862,329,098원)을 30,331,220,544원(신규 영업권의 가액)만큼 초과하는 발행가액 40,792,502,970원(= 원고가 발행한 보통주식 5,092,697주 × 발행가액 8,010원/주)에 해당하는 원고의 보통주식을 CC의 주주들에게 발행ㆍ교부하였음을 뒷받침하는 간접사실이다. (가) 갑 제7호증의 기재에 의하면 원고는 ‘인터넷 영어교육 1번지’라는 캐치프레이즈를 걸고 온라인 교육서비스업, 온라인 테스팅과 디지털 콘텐츠 판매사업 등의 사업을 영위하고 있었는데, 이 사건 합병을 통해 CC의 오프라인 학원을 비롯한 프랜차이즈 사업을 영위하게 됨으로써 안정적인 수익사업의 확보, 재무구조의 개선 및 본격적인 사업다각화를 이루고 시너지효과의 극대화를 통해 경쟁력 강화 및 경영의 효율성 제고를 실현하여 지속적으로 성장하기 위한 발판을 마련하게 될 것으로 기대하여 이 사건 합병계약에 이른 사실이 인정된다. (나) 구 ‘자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령’(2009. 12. 21. 대통령령 제21898호로 개정되기 전의 것) 제176조의5 제1항에는 아래와 같이 규정되어 있다. 갑 제15호증의 기재에 의하면 ① 원고는 주권상장법인이고 CC는 주권비상장법인인 사실, ② 위 규정에 따라 이 사건 합병계약 체결 당시 ㉮ 원고의 합병가액은 합병을 위한 이사회결의일(2009. 10. 19.)과 이 사건 합병계약을 체결한 날(2009. 10.19.) 중 앞서는 날의 전일(2009. 10. 18.)을 기산일로 한 최근 1개월간의 거래량에 대한가중산술평균종가, 최근 1주일간의 거래량에 대한 가중산술평균종가, 최근일의 종가를 산술평균한 가액과 최근일의 종가 중 낮은 가액인 8,929원과 1주당 자산가치 5,031원 중 다액인 8,929원으로 산정되었고, ㉯ CC의 합병가액은 주당 순자산가치 14,153원과 1주당 수익가치(CC가 제시한 향후 2개년간의 추정손익계산서 내용의 합리성을 검토하고 불합리한 항목이나 가정이 있는 경우 이를 조정하는 방식으로 검토된 금액) 115,630원을 [1 : 1.5]로 하여 가중산술평균한 가액인 75,039원[= {14,153원 + (115,630원 × 1.5)} ÷ 2.5]으로 산정된 사실, ③ 이에 따라 이 사건 합병계약에서 원고와 CC의 합병비율이 [1 : 8.4039646(= 75,039원 ÷ 8,929원)]로 정해진 사실이 인정된다. (다) 갑 제11호증의 기재에 의하면 CC는 2009. 1. 5. 설립된 이후 2009. 6. 30.까지 매출액이 15,589,625,635원(= 학원매출 12,783,017,300원 + 프랜차이즈매출 1,612,022,217원 + 교재매출 1,194,586,118원), 영업이익이 1,089,571,555원, 당기순이익이 677,725,993원이었던 사실이 인정된다. 이와 같이 CC는 재무구조가 건전하였고, 이는 위와 같이 CC 주식의 수익가치를 계산할 때 반영되었다. (3) 그러나 아래 사정을 종합하면 앞서 본 간접사실만으로는 신규 영업권의 가액 30,331,220,544원이 원고가 CC의 상호 등을 장차 초과수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치로 인정하여 그 사업상 가치를 평가하여 지급한 대가라는 사실을 추인하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. (가) 앞서 본 것과 같이 원고는 2010 사업연도의 법인세 신고를 하면서 이 사건 영업권이 구 법인세상의 영업권에 해당하지 않는다고 보아 스스로 무형자산상각비 1,550,134,129원을 손금불산입 하는 등 세무조정을 하였다[위 무형자산상각비 1,550,134,129원은 기존 영업권의 무형자산상각비 33,573,106원(= 기존 영업권 잔액 671,462,123원 × 1/20)과 신규 영업권의 무형자산상각비 1,516,561,027원(= 신규 영업권 가액 30,331,220,544원 × 1/20)을 합한 것인데, 기존 영업권은 이 사건 합병 과정에서 새롭게 인식된 영업권이 아니라 CC의 대차대조표에 계상되어 있던 영업권을 원고가 그대로 승계한 것이므로, 구 법인세법 시행령 제24조 제4항과 관계없이 감가상각자산이 되어 원고는 기존 영업권의 무형자산상각비 33,573,106원을 손금에 산입할 수 있다. 그러나 구 법인세법 제23조 제1항에 의하면 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 이를 손금으로 계상한 경우에 한하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하므로, 원고가 기존 영업권의 무형자산상각비 33,573,106원까지 손금불산입하는 세무조정을 한 것이 위법하지는 않다]. (나) 원고가 이 사건 합병에 관해 2009. 10. 19. 금융위원회에 제출한 주요사항보고서(갑 제7호증)에는 아래와 같은 내용이 기재되어 있다. 학원들의 대형화 및 경쟁이 심화될 것으로 보이며, 특히 유아, 초중등의 경우 경쟁이 더욱 심화될 가능성이 있다. 시장의 확대가 예상되는 교육산업이지만 진입장벽은 일반 산업에 비해 높지 않으므로 치열한 경쟁이 예상된다. 추후 해당시장에서의 경쟁의 격화는 회사의 영업에 영향을 미칠 수 있다. (4) 출산율 저하에 따른 CC학원의 주 고객층인 유치, 초등학생의 감소로 인한 매출액성장률이 저하될 수 있다. (다) 앞서 본 것과 같이 2009. 3. 23. 체결된 이 사건 현물출자계약에서 출자재산을 구 상법 제299조의2, 제299조 제1항에 따라 공인된 감정인의 감정에 의해 평가하여 정한 현물출자가액에 의하면 출자대상 12개 CC학원의 영업권 가액은 합계 773,337,472원이다. 그로부터 얼마 지나지 않은 2009. 10. 19. 이 사건 합병계약이 체결되었고, 갑제15호증의 기재에 의하면 위 12개 CC학원과 CC가 원래 운영하던 17개 CC학원 간의 매출액 차이가 크지 않은 것으로 보인다. 따라서 위 12개 CC학원의 영업권 가액 합계 773,337,472원에 기해 전체 29개 CC학원의 영업권 가액을 추산해보면 1,868,898,891원(= 773,337,472원 × 29/12)이 된다. 한편 갑 제15호증의 기재에 의하면 CC의 주요매출은 학원사업 매출(위 29개 직영CC학원의 매출), 프랜차이즈 매출(64개 프랜차이즈학원의 매출: 가입금 수입, 사용료 수입, 광고 수입 등), 교재 매출로 구성되어 있고, 2009년 추정 전체 매출액이 43,045,179,000원, 그 중 학원사업 매출액이 36,411,433,000원인 사실이 인정된다. 이에 따라 CC의 영업권 가액을 추산해보면 2,209,390,860원(= 1,868,898,891원 × 43,045,179,000원/36,411,433,000원)이 되는바, 위 금액에서 원고가 무형자산으로 승계한 기존 영업권의 잔액 671,462,123원을 공제하면 기존 영업권의 대가 이외에 추가로 지급할 영업권의 가액은 1,537,928,737원(= 2,209,390,860원 - 671,462,123원)이 된다. 그런데 신규 영업권의 가액 30,331,220,544원은 그 19.7배가량에 이르는 금액이다. 그 금액의 차이는 원고가 신규 영업권의 가액을 정상적으로 평가하였다고 보기 어려운 사정으로 볼 수 있다. (라) 피고는 CC가 이 사건 현물출자계약에 의해 12개 CC학원의 영업권을 인수한 후 무형자산으로 회계처리하고 세무신고를 했으며 이후 위 영업권을 처분한 사실도 없으므로 이 사건 합병 당시 CC의 자산에는 무형자산으로서 영업권이 포함되어 있다고 보아야 하는바, 원고의 주장에 따르면 CC의 자산이었던 영업권이 이 사건 합병 당시 갑자기 존재하지 않았다는 것이 되어 납득할 수 없다고 주장한다. 이 사건 합병 당시 CC의 대차대조표에 잔액 671,462,123원의 기존 영업권이 무형자산으로 존재하였고, 원고가 이를 그대로 승계한 사실은 앞서 본 것과 같다. 그러나 가액 30,331,220,544원의 신규 영업권은 원고의 이 사건 합병에 따른 회계처리로 발생한 것으로, 기존 영업권과는 전혀 별개의 것이다(기존 영업권의 잔액 671,462,123원은 원고의 위 회계처리에 의한 분개 중 자산 23,323,611,524원에 포함되어 있다). 따라서 피고의 위 주장은 이유 없다. (4) 그러므로 피고가 신규 영업권 가액 30,331,220,544원을 합병평가차익으로 보아 원고의 2010 사업연도 법인세 계산 시 익금에 산입한 것은 위법하다. 3. 결론 그렇다면 피고가 이 사건 영업권 가액 31,002,682,677원에서 이 사건 합병에 따른 원고의 자본금 증가액 2,546,348,500원을 공제한 28,456,334,167원을 합병평가차익으로 보아 원고의 2010 사업연도 법인세 계산 시 익금에 산입한 것은 위법하므로, 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다(원고의 주위적 주장을 받아들이므로 예비적 주장에 관해 더 나아가 살펴보지 아니한다). 원고의 청구는 이유 있어 인용한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2017구합67699

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