+ - 북마크 저장 [행정] 1심사건

서울행정법원 2017.04.20 선고 2016구합75937 판결

특수관계법인에 저가 임대한 것으로 보아 부당행위계산부인한 처분의 당부[일부국패] 이 사건 토지 및 건물을 제3자에게 임대한 수입금액에서 관리비를 차감한 금액을 시가로 보아 토지 및 건물의 감정평가액을 기준으로 안분하여 토지의 임대수입금액을 계산한 후 그 수입금액의 2/3를 원고 토지 지분에 대한 적정 임대료로 보고 부당행위계산부인을 하여 이 사건 각 처분을 한 것은 적법함

사 건	부가가치세 및 종합소득세 부과처분취소
원 고	백00
피 고	00세무서장 외 1명
변 론 종 결	2017. 03. 30
판 결 선 고	2017. 04. 20

【주문】 1. 피고 ○○세무서장이 2016. 1. 1. 원고에 대하여 한 2012년 제1기 부가가치세 xxx원(가산세 포함)의 부과처분 중 xxx원을 초과하는 부분과 피고 △△세무서장이 2016. 1. 1. 원고에 대하여 한 2012년 귀속 종합소득세 xxx원(가산세 포함)의 부과처분 중 xxx원을 초과하는 부분을 각 취소한다. 2. 원고의 피고들에 대한 나머지 청구를 각 기각한다. 3. 소송비용 중 1/100은 피고들이, 나머지는 원고가 각 부담한다. 【청구취지】 피고 ○○세무서장이 2016. 1. 1. 원고에 대하여 한 2010년 제2기 부가가치세 xxx원(가산세 포함, 이하 같다), 2011년 제1기 부가가치세 xxx원, 2011년 제2기 부가가치세 xxx원, 2012년 제1기 부가가치세 xxx원, 2012년 제2기 부가가치세 xxx원, 2013년 제1기 부가가치세 xxx원, 2013년 제2기 부가가치세 xxx원, 2014년 제1기 부가가치세 xxx원, 2014년 제2기 부가가치세 xxx원, 2015년 제1기 부가가치세 xxx원의 각 부과처분과 피고 △△세무서장이 2016. 1. 1. 원고에 대하여 한 2010년 귀속 종합소득세 xxx원(가산세 포함, 이하 같다), 2011년 귀속 종합소득세 xxx원, 2012년 귀속 종합소득세 xxx원, 2013년 귀속 종합소득세 xxx원, 2014년 귀속 종합소득세 xxx원의 각 부과처분을 각 취소한다. 【이유】 1. 처분의 경위 가. 원고는 1968. 3. 17. 서울 00구 00동 00-1 대 xxx㎡, 같은 동 00-2 대 xxx㎡, 같은 동 00-3 대 xxx㎡, 같은 동 00 대 xxx㎡(이하 이를 합하여 ‘이 사건 토지’라 한다), 위 00-1, 2 토지 지상 제에이호 건물(이하 ‘이 사건 A동 건물’이라 한다), 위 00-3, 00 토지 지상 제비호 건물(이하 ‘이 사건 B동 건물’이라 하고, 위 건물들을 합하여 ‘이 사건 건물’이라 하며, 위 토지와 건물을 합하여 ‘이 사건 토지 및 건물’이라 한다) 중 2/3 지분을, 원고의 모인 aa는 같은 날 이 사건 토지 및 건물 중 1/3 지분을 각 상속받아 1969. 12. 30. 각 소유권이전등기를 마쳤다. 나. 원고와 aa는 2000. 12. 26. 주식회사 cc(구 상호 : dd개발 주식회사, 이하 ‘cc’라 한다)에게 같은 날 증여를 원인으로 이 사건 건물 중 각 소유 지분(원고 2/3 지분, aa 1/3 지분)에 관하여 소유권이전등기를 마쳐 주었고, aa는 2001. 1. 22. cc에게 2001. 1. 17.자 증여를 원인으로 이 사건 토지 중 1/3 지분에 관하여 소유권이전등기를 마쳐 주었다. 이 사건 토지 및 건물의 면적에 상응한 지분 비율은 다음과 같다.

부동산	소재지	면적	소유자 및 지분
부동산	소재지	면적	원고	cc
토지	서울 00구 00동 00-1	xxx	xxx	xxx
	서울 00구 00동 00-2	xxx	xxx	xxx
	서울 00구 00동 00-3	xxx	xxx	xxx
	서울 00구 00동 00	xxx	xxx	xxx
	소 계	xxxx	xxxx	xxx
건물	서울 00구 00동 00-1외 1필지	xxxx	(해당없음)	xxxx
	서울 00구 00동 00-3외 1필지	xxx	(해당없음)	xxx
	소 계	xxxx	(해당없음)	xxxx

다. 피고 ○○세무서장은 2015. 10.경 원고에 대한 개인제세 통합조사를 실시하여, cc가 제3자로부터 받은 이 사건 토지 및 건물에 대한 총 임대료 수입금액에서 약정 관리비를 공제한 금액을 이 사건 토지의 감정가액과 이 사건 건물의 감정가액의 비율에 따라 안분계산하는 방법으로 이 사건 토지에 대한 임대료의 시가를 산정한 다음, 원고가 특수관계에 있는 cc에게 이 사건 토지의 2/3 지분을 저가로 임대하여 토지임대소득에 대한 조세부담을 부당하게 감소시킨 것으로 보아 부가가치세법 제29조 제4항, 부가가치세법 시행령 제62조, 소득세법 제41조를 적용하여 2016. 1. 1. 원고에 대하여 2010년 제2기 부가가치세 xxx0원(가산세 포함, 이하 같다), 2011년 제1기 부가가치세 xxx원, 2011년 제2기 부가가치세 xxx원, 2012년 제1기 부가가치세 xxx원, 2012년 제2기 부가가치세 xxx원, 2013년 제1기 부가가치세 xxx원, 2013년 제2기 부가가치세 xxx원, 2014년 제1기 부가가치세 xxx원, 2014년 제2기 부가가치세 xxx원, 2015년 제1기 부가가치세 xxx원을 경정・고지하였고, 피고 △△세무서장은 같은 날 원고에 대하여 2010년 귀속 종합소득세 xxx원(가산세 포함, 이하 같다), 2011년 귀속 종합소득세 xxx원, 2012년 귀속 종합소득세 xxx원, 2013년 귀속 종합소득세 xxx원, 2014년 귀속 종합소득세 xxx원을 각 경정・고지하였다(이하 위 부가가치세 부과처분과 종합소득세 부과처분을 합하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). 라. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2016. 4. 18. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2016. 6. 30. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제3호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 처분의 적법 여부 가. 원고 주장 피고들은 cc가 이 사건 토지 및 건물을 임대하고 제3자로부터 받은 임대료 총 수입금액에서 약정 관리비를 공제한 금액을 이 사건 토지 및 건물에 대한 임대료로 보고, 이를 이 사건 토지 및 건물의 감정가액의 비율로 안분하였다. 그러나 ① 원고가 소유하는 이 사건 토지의 약 2/3 지분에 해당하는 면적 상당은 주차장업을 영위하는 제3자에게 임대되었으므로 위 임대수입은 법인세법 시행령 제89조 제1항 소정의 ‘특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격’에 해당하여 이 부분 임대수입은 cc가 제3자로부터 실제로 받은 임대수입을 기초로 산정되어야 하고, ② 이 사건 토지 중 이 사건 건물의 부속토지 부분의 임대수입은 객관적인 사례 가액이 존재하지 않아 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호에 의하여 ‘당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액’을 임대수입으로 보되, 2010년~2012년은 토지감정가액이 존재하지 않으므로 토지 기준시가를 적용하여야 하고 2013~2014년은 토지감정가액이 존재하므로 토지감정가액을 적용하여야 한다. 따라서 다음 표와 같이 임대수입이 산정되어야 하고, 이 사건 각 처분은 총 임대수입을 잘못 산정한 위법이 있으므로 취소되어야 한다.

1. 주차장 토지 부분

주차장 임대수입 × 이 사건 토지의 원고 지분(2/3 지분) = A

2. 이 사건 건물의 부속토지(정착면적) 부분

가. 2010년〜2012년 : 이 사건 토지 감정가액 부존재, 이 사건 토지의 기준시가 적용

이 사건 토지 기준시가 × (이 사건 건물 부속토지 면적 / 이 사건 토지 전체 면적)

× 50% × 정기예금 이자율(2.9%〜4.3%) × 원고 지분(2/3 지분) = B1

나. 2013년〜2014년 : 이 사건 토지의 감정가액 존재, 이 사건 토지의 감정가액 적용

이 사건 토지 감정가액 × (이 사건 건물 부속토지 면적 / 이 사건 토지 전체 면적)

× 50% × 정기예금 이자율(2.9%〜4.3%) × 원고 지분(2/3 지분) = B2

다. 이 사건 토지 원고 지분의 적정 임대료 = A + B1 + B2

나. 관계 법령 별지 기재와 같다. 다. 인정사실 1) 원고는 2010년경 이 사건 토지의 2/3 지분을 cc에게 임대하였고, cc는 2010년부터 2014년까지 이 사건 토지 및 건물을 제3자에게 임대 또는 전대하였다가 2014년경 이 사건 건물을 철거하였다. 2) 원고는 2000. 7. 15.부터 cc의 대표이사로 취임하여 재직하였고, 원고는 cc 주주지분을 2010년 말경부터 2012년 말경까지 23.27%, 2013년 말경부터 2014년 말경까지 51.42%를 보유하고 있었으며, 원고와 그 배우자, 자녀들의 cc 주주지분 비율은 2010년 말경부터 2011년 말경까지 총 50.80%, 2012년 말경에는 총 53.72%, 2013년 말경에는 총 70.52%였다. 3) 원고가 과세관청에 제출한 이 사건 토지의 임대료 산출내역은 다음과 같다.

임대료 계산내역서

○ 사용처 : cc

○ 이 사건 토지의 2014년 기준 공시지가 : xxx원

○ 이 사건 A동 건물

xxx㎡ × xxx원 × 2/3 × 50/100 × 2.9% × 1/12 = xxx원

○ 이 사건 B동 건물

xxx㎡ × 5,700,000원 × 2/3 × 50/100 × 2.9% × 1/12 = xxx원

4) 이 사건 A동 건물의 일반건축물대장상 지1층 xxx㎡, 1층 xxx㎡, 2~3층 각 xxx㎡, 옥탑 xx㎡, 연면적 xxxx㎡였고, 이 사건 B동 건물의 일반건축물대장상 지1층 xxx㎡, 1층 xxx㎡, 1층 제2종 근린생활시설 xx㎡, 2층 xxx㎡, 3층 제2종근린생활시설(독서실) xxx㎡, 3층 근린생활시설(주산학원) xx㎡, 옥탑 xx㎡, 연면적 xxx㎡였다. 5) 피고들은 cc가 이 사건 토지 및 건물을 제3자에게 임대한 수입금액에서 관리비를 차감한 금액을 시가로 보아 이 사건 토지 및 건물의 감정평가액을 기준으로 안분하여 이 사건 토지의 임대수입금액을 계산한 후 그 수입금액의 2/3를 원고의 이 사건 토지의 지분에 대한 적정 임대료로 보고 부당행위계산부인을 하여 이 사건 각 처분을 하였는바, 그 구체적인 계산내역은 다음과 같다. - 피고들은 cc가 제3자로부터 받은 전체 임대료 수입금액에서 임대차계약서에 임대료와 구분하여 약정한 관리비 등을 제외한 나머지 금액을 기준으로 다음과 같이 산정하였다. (단위 : 천원)

구 분	재임대가액 (제3자에게 받은 총임대료)	필요경비 (관리비 등)	임 대 료 시 가
합 계	xxx	xxx	xxx
2010년	xxx	xxx	xxx
2011년	xxx	xxx	xxx
2012년	xxx	xxx	xxx
2013년	xxx	xxx	xxx
2014년	xxx	xxx	xxx

- 또한 피고들은 이 사건 토지의 적정 임대료 산출을 위하여 다음과 같이 위 임대료 시가(재임대가액 - 건물 관리비)를 이 사건 토지 및 건물의 가치 비율에 따라 안분하는 방법으로 이 사건 토지의 적정 임대료를 산출하였다. - cc는 2012. 6. 30.자 기준으로 주식회사 ee감정평가법인(이하 ‘ee감정평가법인’이라 한다)에 이 사건 토지 및 건물에 대한 감정평가를 의뢰하여 자산재평가를 받았고, 피고 ○○세무서장은 2015. 9. 3.경 2010. 1. 1.자를 기준으로 주식회사 ff감정평가법인(이하 ‘ff감정평가법인’이라 한다)에 이 사건 토지 및 건물에 대한 소급 감정평가를 의뢰하여 감정가액을 산정하였다. ① ee감정평가법인 소속 감정평가사 gg은 이 사건 토지에 관하여 거래사례비교법으로 평가하되 유사성 있는 거래사례를 기준으로 평가한 토지평가액과 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 규정된 표준지 공시지가를 기준으로 평가한 금액이 상호 유관성을 갖는지를 검토한 후 토지의 공정가치를 결정하였고, 이 사건 건물은 구조, 용재, 시공의 정도 및 관리・이용상태 등을 종합 참작하여 평가하는 원가방식으로 평가하였는데, 구체적으로 이 사건 토지에 관하여는 용도지역, 이용상황, 지목, 주위환경 등이 동일 또는 유사한 인근지역에 소재하는 토지인 서울 00구 00동 00-2를 비교표준지로 삼되 2012. 1. 1. 공시지가를 적용하고, 서울 00구의 주거지역 지가변동률을 활용하여 2012. 1. 1.부터 2012. 6. 30.까지의 시점수정치(1.00131)를 산정, 적용하며, 지역요인 및 개별요인을 비교한 후 기타요인(거래사례 : 서울 00구 00동 00-7 토지)을 보정하여 2012. 6. 30.을 기준으로 한 결정단가를 xxx원/㎡로 보았고, 이 사건 건물에 관하여는 한국감정원 발행 건물신축단가표상 유사 용도, 구조의 건물 신축단가, 일반적인 건물의 건축비용 등을 감안하여 재조달원가를 결정한 후 잔존가치율을 곱하여 적용단가(지1층 xxx원/㎡, 1층~3층 xxx원/㎡, 옥탑 xxx원/㎡)를 산정하였고, ② ff라감정평가법인 소속 감정평가사 hh은 이 사건 토지의 경우 2010. 1. 1.을 기준으로 표준지공시지가 및 인근 실거래 및 평가전례 등을 통하여 가격조사가 가능하다고 판단하였고, 이 사건 건물의 경우는 2014. 12. 26. 멸실되었으나, 이 사건 건물의 평가전례(ee감정평가법인, 가격시점 : 2012. 6. 30.) 및 말소 일반건축물대장을 통하여 건물의 연식, 구조, 용도 등이 확인 가능하고, 인터넷 포탈사이트(네이버, 다음) 거리뷰 및 항공뷰 등을 통하여 당시 건물의 상태 등을 참조하여 평가가 가능하다고 판단하여 소급감정을 실시하였으며, 이 사건 토지 가액은 가치형성요인이 같거나 비슷하여 유사한 이용가치를 지닌다고 인정되는 표준지의 공시지가를 기준으로 대상 토지의 현황에 맞게 시점수정, 지역요인 및 개별요인 비교, 그 밖의 요인의 보정을 거쳐 대상 토지의 가액을 산정하는 감정평가방법인 공시지가기준법으로 산출하되 거래사례비교법으로 산출한 시산가액과 비교하여 합리성을 검토하였고, 이 사건 건물은 원가법으로 건축가액을 산출하였으며 거래사례가 포착되지 않는 등 거래사례비교법 등 다른 감정평가방법을 적용하는 것이 곤란하여 주된 방법에 대한 합리성 검토는 생략하여 평가하였는바, 위 감정평가법인들의 감정결과는 다음과 같다. - 이 사건 토지 감정평가액 (단위 : 천원)

구 분	2010. 1. 1. 기준 (ff감정평가법인)	㎡당 감정가액	2012. 6. 30. 기준 (ee감정평가법인)	㎡당 감정가액
합 계	xxx		xxx
00동 00-1	xxx	xxx	xxx	xxx
00동 00-2	xxx	xxx	xxx	xxx
00동 00-3	xxx	xxx	xxx	xxx
00동 00	xxx	xxx	xxx	xxx

- 이 사건 건물 감정평가액 (단위 : 천원)

구 분	2010. 1. 1. 기준 (ff감정평가법인)	2012. 6. 30. 기준 (ee감정평가법인)
합 계	xxx	xxx
00동 00-1, 00-2 (이 사건 A동 건물)	xxx	xxx
00동 00-3, 00 (이 사건 B동 건물)	xxx	xxx

- 이 사건 토지 및 건물의 감정가액 비율 (단위 : %)

구 분	2010년	2011년	2012년	2013년	2014년
합계	100.00%	100.00%	100.00%	100.00%	100.00%
토지	xxx%	xxx%	xxx%	xxx%	xxx%
건물	xx%	xx%	xx%	xx%	xx%

- 재임대가액(임대료 시가)을 감정가액 비율로 안분계산 (단위 : 천원)

구 분	재임대가액 (①)	필요경비 (관리비, ②)	안분대상 임대수입 (③=②-①)	이 사건 토지 임대료	이 사건 건물 임대료
합계	xxx	xxx	xxx	xxx	xxx
2010년	xxx	xxx	xxx	xxx	xxx
2011년	xxx	xxx	xxx	xxx	xxx
2012년	xxx	xxx	xxx	xxx	xxx
2013년	xxx	xxx	xxx	xxx	xxx
2014년	xxx	xxx	xxx	xxx	xxx

- 피고들은 위와 같이 이 사건 토지 및 건물의 감정가액을 기준으로 이에 대한 비율대로 재임대가액을 안분한 후 다음과 같이 원고 소유인 이 사건 토지의 2/3 지분에 해당하는 적정 임대료를 산정한 후, 여기에서 원고가 이미 신고한 임대료를 차감하여 임대료 누락신고 금액(부당행위계산부인액)을 산출하였다. (단위 : 천원)

구 분	안분대상 임대료			➃ 적정임대료 (토지분 2/3) (➀*2/3)	➄신 고 임대료	➅임 대 료 누락신고 (➃-➄)
구 분	➀토지분	➁건물분	➂계 (➀+➁)	➃ 적정임대료 (토지분 2/3) (➀*2/3)	➄신 고 임대료	➅임 대 료 누락신고 (➃-➄)
합 계	xxx	xxx	xxx	xxx	xxx	xxx
2010년	xxx	xxx	xxx	xxx	xxx	xxx
2011년	xxx	xxx	xxx	xxx	xxx	xxx
2012년	xxx	xxx	xxx	xxx	xxx	xxx
2013년	xxx	xxx	xxx	xxx	xxx	xxx
2014년	xxx	xxx	xxx	xxx	xxx	xxx

6) cc는 2007. 12.경 김정식과 사이에 이 사건 토지 중 xx평에 관하여 보증금 xxx만 원, 차임 xx만 원으로 하는 내용의 임대차계약을 체결하였고, 이에 김정식은 위 토지에서 사업장면적 xxx㎡로 하는 ii주차장(이하 ‘이 사건 주차장’이라 한다)이라는 상호로 주차장 사업에 대한 사업자등록을 한 후 위 주차장업을 영위하였다. 7) cc는 이 사건 건물 멸실 전에 이 사건 B동 상가에 관하여 임대차계약을 체결하였는바, 위 계약은 ‘임차인은 임대료 및 상가공공관리비(청소경비, 수도료, 전기료, 오물수거료, 주차장사용료 등)를 cc의 고지에 의하여 정해진 일자에 납부하도록 한다’는 내용을 포함하고 있었다. 8) cc는 2014. 4. 22. 주식회사 jj와 사이에 이 사건 토지에 관하여 임대차기간 2015. 2. 28.부터 2022. 2. 27.까지, 보증금 xxx원, 월 차임은 xxx원으로 하는 내용의 임대차계약을 체결하였고, 주식회사 jj는 자신의 비용으로 이 사건 토지 위에 건물을 신축하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제5, 6호증, 을 제1, 2, 5 내지 10호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지 라. 판단 1) 이 사건 토지 중 이 사건 주차장 부분과 이 사건 건물 부속토지 부분을 구분하여 임대료를 산정하여야 하는지 여부 살피건대, 위 인정사실에다가 앞서 본 각 증거와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 여러 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 토지를 이 사건 주차장 부분과 이 사건 건물 부속토지 부분으로 구분하여 임대료의 시가를 산정하여야 한다고 볼 수는 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다. ① 원고가 피고들에게 제출한 이 사건 토지의 임대료 산출내역 상에는 원고가 주장하는 바와 같이 이 사건 토지 중 주차장 부분의 면적(xxx㎡)에 근거하여 계산한 부분이 포함되어 있지 않았고, 또한 위 산출내역 상에는 이 사건 A동 및 B동의 대지면적 합계가 xxx㎡(= xxx㎡ + xxx㎡)로 기재되어 있는데, 이는 이 사건 건물의 부속토지 면적 합계로 보이는 xxx㎡(= 이 사건 A동 건물의 1층 부분 xxx㎡ + 이 사건 B동 건물의 1층 부분 중 점포 xxx㎡ + 이 사건 B동 건물의 1층 부분 중 제2종 근린생활시설 xx㎡)와도 일치하지 않는다. ② 원고는 이 사건 토지의 2/3에 해당하는 부분이 주차장업을 하는 제3자에게 임대되었으므로 cc가 제3자로부터 받은 임대수입을 기초로 산정되어야 한다고 주장하나, 이 사건 토지 중 원고가 2/3 지분, cc가 1/3 지분을 공유하여 원고는 이 사건 토지 전체 중에서 2/3 지분을 소유하고 있는 것으로 보아야 하고 이 사건 토지 중 이 사건 주차장 부분을 구분하여 소유하고 있다고 볼 수는 없는 점, 멸실 전 이 사건 건물의 항공사진 및 지적도상(을 제9호증)으로도 원고와 cc 사이에 구획을 정하여 특정한 부분을 구분소유하고 있다고 보이지도 않는 점, 이 사건 토지 중 2/3에 해당하는 면적은 xxx㎡이고, 이 사건 토지에서 운영되었던 주차장 면적은 xxx㎡이므로, 이 사건 토지의 약 2/3에 해당하는 부분이 주차장 면적이라는 원고의 주장도 타당하지 않은 점 등에 비추어 보면, 이 사건 토지 중 주차장 부분과 건물 부속토지 부분을 구분하여 임대료를 산정하여야 한다고 보기는 어렵다. 2) 이 사건 토지의 적정 임대료 산정시 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호를 적용하여야 하는지 여부 살피건대, 위 인정사실에다가 앞서 본 각 증거와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 여러 사정들을 종합하여 보면, 피고들이 이 사건 각 처분 당시 이 사건 토지의 적정 임대료를 산정한 방식 즉, cc가 제3자로부터 받은 전체 임대료 수입금액에서 약정 관리비 등을 제외한 금액을 이 사건 토지 및 건물의 가치 비율에 따라 안분하여 산출된 금액은 법인세법 시행령 제89조 제1항 소정의 ‘특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격’이라고 봄이 상당하므로, 이 사건 토지 중 이 사건 건물의 부속토지 부분에 관하여 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호가 적용되어야 한다는 원고의 주장은 받아들이지 아니한다. ① 특수관계인이 아닌 제3자와 사이에 체결된 임대차계약의 임대보증금이나 월 임대료 등은 통상 당해 재산의 사용권에 대한 객관적인 교환가치에 따라 정해지는 것이므로 그러한 금액이 비교적 시가에 가장 근접하다고 볼 수 있는바, 이와 같은 관점에서 피고들이 cc와 특수관계에 있지 않은 제3자 사이의 임대차계약에서 정한 바에 따라 이 사건 토지 및 건물의 임대료 전액에서 관리비를 제외한 금액을 이 사건 토지 및 건물의 임대료로 보고 이를 이 사건 토지의 임대료를 산정하기 위한 기준으로 삼은 것은 적절하다. ② 피고 ○○세무서장이 2010. 1. 1.자 기준으로 ff감정평가법인에게 이 사건 토지 및 건물의 시가 산정을 의뢰하여 산출된 감정가액이 존재하고, cc가 2012. 6. 30.자 기준으로 ee감정평가법인에 이 사건 토지 및 건물에 대한 감정평가를 의뢰하여 자산재평가를 받아 산출된 감정가액이 존재하며, ff감정평가법인과 ee감정평가법인은 이 사건 토지 및 건물을 감정평가함에 있어서 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의거하여 적정한 가격을 평가한 것으로 봄이 상당하고, 달리 이 사건 토지 및 건물을 감정평가함에 있어서 평가방법 상의 위법을 범하였다고 볼 만한 증거가 없다. ③ 부당행위계산 부인 대상인 저가양도의 기준으로 규정하고 있는 ‘시가’는 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가격을 의미하지만, 이는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함하는 개념으로서 공신력 있는 감정기관의 감정가격도 시가로 볼 수 있고, 그 가액이 소급감정에 의한 것이라 하여도 달라지지 않는데(대법원 2012. 6. 14. 선고 2010두28328 판결 등 참조), ff감정평가법인은 이 사건 토지의 경우 2010. 1. 1.을 기준으로 표준지공시지가 및 인근 실거래 및 평가전례 등을 통하여 가격조사가 가능하다고 판단하였고, 이 사건 건물의 경우는 멸실되었으나, 이 사건 건물의 평가전례(ee감정평가법인, 가격시점 : 2012. 6. 30.) 및 말소 일반건축물대장을 통하여 건물의 연식, 구조, 용도 등이 확인 가능하고, 인터넷 포탈사이트 거리뷰 등을 통하여 당시 건물의 상태 등을 참조하여 평가가 가능하다고 판단하여 소급감정을 실시한 점에 비추어 보면, 이는 공신력 있는 감정가액에 해당한다고 봄이 상당하고 소급감정이라고 하여 결과가 달라지지는 않는다. ④ 따라서, 위와 같은 이 사건 토지 및 건물 감정가액을 기준으로 하여 감정가액 비율대로 재임대가액을 안분하여 원고 소유인 이 사건 토지 2/3 지분에 해당하는 적정 임대료를 산정하는 것이 이 사건과 같이 이 사건 토지 및 건물에 대한 임대료가 구분되지 않은 경우, 이 사건 토지의 적정 임대료를 산출하는 합리적인 방법에 해당한다 할 것이다. 3) 2012. 1. 1.부터 2012. 6. 29.까지의 시가가 확인되지 않는지 여부 원고는, 이 사건 토지의 시가에 대하여 2012. 6. 30.자의 ee감정평가법인의 감정평가결과가 존재하는데 위 감정결과에 의하여서는 2012. 1. 1.부터 2012. 6. 29.까지의 이 사건 토지의 시가가 확인되지 않으므로 위 토지 감정가액은 2013년의 과세연도부터 적용이 가능하다고 주장한다. 살피건대, ee감정평가법인은 이 사건 토지에 관하여는 서울 00구 00동 00-2를 비교표준지로 삼되 2012. 1. 1. 공시지가를 적용하고, 서울 00구의 주거지역 지가변동률을 활용하여 2012. 1. 1.부터 2012. 6. 30.까지의 시점수정치(1.00131)를 산정, 적용하며, 지역요인 및 개별요인을 비교한 후 기타요인을 보정하여 2012. 6. 30.을 기준으로 한 결정단가를 xxx원/㎡로 보았는데, 2012. 1. 1.부터 2012. 6. 29.까지 사이를 기준시점으로 한 이 사건 토지의 가격은 시점수정치와 기타요인이 상이하여 2012. 6. 30.자를 기준으로 한 이 사건 토지의 가격과는 차이가 있을 것으로 보이므로, ee감정평가법인의 2012. 6. 30.자 기준 이 사건 토지 가격은 2012년 제1기 부가가치세 부과처분 산정시에는 적용할 수 없고, 2012년 귀속 종합소득세 부과처분 산정시에는 2012. 6. 30.을 기준으로 그 전에는 2010. 1. 1.자 기준 이 사건 토지 가액을, 그 이후에는 2012. 6. 30.자 기준 이 사건 토지 가액을 기준으로 적정 임대료 중 이 사건 토지 부분을 산정하여야 한다고 봄이 상당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다. 4) 정당한 세액 과세처분의 취소를 구하는 소송에 있어서의 심판대상은 과세관청이 부과 고지한 과세표준과 세액이 객관적으로 존재하는가의 여부이고, 부과처분에 의하여 인정된 과세표준과 세액이 정당한 과세표준과 세액에 비하여 과다한 경우에는 그 부과처분은 정당한 과세표준과 세액을 초과하는 범위에서만 위법하므로, 그 부분을 취소하여야 한다(대법원 1989. 3. 28. 선고 88누6504 판결 참조). 살피건대, 2010년 제2기 내지 2012년 제1기의 과세기간은 2010. 1. 1.자 기준의 감정가액 비율을, 2012년 제2기 내지 2015년 제1기 과세기간은 2012. 6. 30.자 기준의 감정가액 비율을 적용하면 다음 표와 같다. (단위 : 천원)

구 분	2010년	2011년	2012년		2013년	2014년
구 분	2010년	2011년	1기	2기	2013년	2014년
합계	100.00%	100.00%	100.00%	100.00%	100.00%	100.00%
토지	xxx%	xxx%	xxx%	xxx%	xxx%	xxx%
건물	xx%	xx%	xx%	xx%	xx%	xx%

그러므로 이 경우 이 사건 각 처분의 정당한 세액은 다음과 같다. (단위 : 원)

세목 (피고)	과세기간	이 사건 각 처분세액	정당한 세액	취소세액
부가가치세 (피고 ○○세무서장)	2010년 2기	xxx	xxx	0
	2011년 1기	xxx	xxx	0
	2011년 2기	xxx	xxx	0
	2012년 1기	xxx	xxx	xx
	2012년 2기	xxx	xxx	0
	2013년 1기	xxx	xxx	0
	2013년 2기	xxx	xxx	0
	2014년 1기	xxx	xxx	0
	2014년 2기	xxx	xxx	0
	2015년 1기	xxx	xxx	0
	소 계	xxx	xxx	xx
종합소득세 (피고 △△세무서장)	2010년	xxx	xxx	0
	2011년	xxx	xxx	0
	2012년	xxx	xxx	xx
	2013년	xxx	xxx	0
	2014년	xxx	xxx	0
	소 계	xxx	xxx	xxx
합 계		xxx	xxx	xxx

따라서 피고 ○○세무서장의 2012년 제1기 부가가치세 부과처분 중 xxx원을 초과하는 부분, 피고 △△세무서장의 2012년 귀속 종합소득세 부과처분 중 xxx원을 초과하는 부분은 위법하여 이를 취소하여야 할 것이나, 이 사건 처분 중 위 각 처분을 제외한 나머지 부과처분은 적법하다고 할 것이다. 3. 결론 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 각 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 각 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2016구합75937

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

부가가치세법 시행령 제62조

소득세법 제41조

법인세법 시행령 제89조

부가가치세법 제29조

[ 사건명 태그]

부가가치세