+ - 북마크 저장 [행정] 1심사건

대구지방법원 2016.06.03 선고 2016구합20182 판결

양도세를 신고납부한 이후 법인으로 보는 단체로 승인받은 경우 종중에게 양도세 및 법인세 납세의무가 있는지 여부[국패] 종중재산의 양도로 인한 손익이 법인으로 보는 단체인 원고의 최초업연도의 손익에 산입되고 이는 법인세법상 과세제외소득이므로, 원고는 양도소득세 및 법인세 납세의무가 없음

사 건	2016구합20182 법인세경정거부처분취소
원 고	OO문중
피 고	OO세무서장
변 론 종 결	2016. 4. 27.
판 결 선 고	2016. 6. 3..

【주문】 1. 피고가 2015. 5. 20. 원고에게 한 법인세경정거부처분을 취소한다. 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 【청구취지】 주문과 같다. 【이유】 1. 처분의 경위 가. 원고는 1981. 8. 11. OO시 북구 OO동 산OO-OO 임야 46,440㎡(2013. 11. 13. 6 필지로 분할됨. 이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 취득하여 보유하다가, 2014. 3. 10. 소외 AA건설 주식회사에 양도가액을 11,240,000,000원으로 하여 매도하는 내용의 계 약을 체결하고 2014. 6. 20. 그 소유권이전등기를 마쳐주었다. 나. 원고는 2014. 8. 21. 피고에게 이 사건 부동산에 관한 양도소득세 2,914,917,972 원을 예정신고・납부하였다. 다. 한편, 원고는 2014. 12. 24. OO세무서장으로부터 국세기본법 제13조 제2항에 따라 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받았다. 라. 원고는 2015. 3. 17. 피고에게, 원고가 이 사건 부동산의 양도일 이후인 2014. 12. 24.에야 관할 세무서장으로부터 국세기본법상 ‘법인으로 보는 단체’로 승인을 받았 으나, 이 사건 부동산의 처분손익이 원고에게 귀속되었으므로, 원고의 ‘법인으로 보는 단체’로서 최초 사업연도 개시일은 법인세법 시행령 제3조 제2항(이하 ‘이 사건 쟁점조 항’이라고 한다)에 따라 2014. 6. 20.이 되어 이 사건 부동산의 양도차익에 대하여는 법인세법이 적용되고, 또한 비영리법인인 원고가 그 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적 사업에 사용한 고정자산인 이 사건 부동산을 양도하여 얻은 차익은 법인세법 상 과세소득에서 제외되어야 하는 것이므로 기납부한 세액은 환급되어야 한다는 취지 로 경정청구를 하였다. 마. 이에 대하여 피고는 2015. 5. 20. 아래과 같은 이유를 들어, 원고의 경정청구를 기각하는 이 사건 처분을 하였다.

○ 국세기본법 제13조 제2항 제3호는 「사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배

하지 아니할 것」을 법인으로 보는 단체의 요건으로 규정하고 있으나, 원고 종중은 비영리법

인 승인 신청 이전에 이미 양도대금을 종중원에게 분배한 것으로 확인된다.

○ 법인세법 시행령 제3조 제2항에서 ‘제1항의 규정을 적용함에 있어서 최초사업연도의 개

시일전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을

때에는 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위내에서 이를 당해 법인의 최

초사업연도의 손익에 산입할 수 있다’라고 규정하고 있는바, 원고 종중은 이 사건 부동산

양도대금의 대부분을 법인설립 승인 전에 종중원에게 분배하는 등 사실상 법인으로 보는

단체에 귀속시킨 것으로 볼 수 없다.

○ 위 규정은 조세포탈의 우려가 없을 때 적용하는 것이지만 이 사건의 경우 신설법인의

최초사업년도의 손익에 산입하면 기납부한 양도세 전액이 환급되어 사실상 조세일실이 발

생한다.

바. 원고는 이에 불복하여 2015. 8. 4. 국세청에 심사청구를 하였으나, 위 청구는 2015. 11. 17. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 6, 8호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 가 지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 처분의 적법 여부 가. 원고의 주장 1) 원고의 최초사업연도 개시일은 원칙적으로 법인세법 시행령 제3조 제1항 제1호 라목에 따라 ‘법인으로 보는 단체’의 승인을 받은 2014. 12. 24.이지만, 원고는 최초사 업연도 개시일 전에 생긴 손익인 이 사건 부동산 양도이익을 사실상 ‘법인으로 보는 단체’에게 귀속시켰고, 조세포탈의 우려가 없으며, 이 사건 부동산 양도일을 최초사업 연도의 개시일로 보더라도 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하므로, 이 사 건 쟁점조항에 따라 이 사건 부동산 양도이익을 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있다. 그런데 비영리내국법인인 원고가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산인 이 사건 부동산을 처분함으로써 발생한 이익은 법인세법상 과세대상인 각 사업연도 소득의 범위에서 제외되므로, 원고는 양도소득세 및 법인세 납세의무가 없다. 2) 예비적으로, 원고가 이 사건 부동산의 양도이익을 구성원인 종중원들에게 분배 함으로써 국세기본법 제13조 제2항 제3호의 요건을 충족하지 못하였다고 보아 소득세 법이 적용되어야 한다면, 원고가 아닌 종중원별로 각자 납세의무자가 되어야 하는 것 이므로, 원고가 납세의무자로서 양도소득세를 납부한 것은 실질과세원칙에 위배된 것 이다. 나. 관계법령 별지 기재와 같다. 다. 인정 사실 1) 이 사건 부동산은 원고 종중의 선산으로 사용되어 왔는데, 1981. 8. 11. 원고의 종중원인 BBB, CCC 명의로 소유권보존등기되었다가 그 중 BBB의 1/2 지분에 관하여 1994. 10. 13.에, CCC의 1/2 지분에 관하여 같은 달 18.에 각 명의신탁해지 를 원인으로 원고에게 지분이전등기가 마쳐졌다. 2) 원고는 2014. 3. 10. 이 사건 부동산을 AA건설 주식회사에 매도하였고, 매수 인으로부터 매매대금을 종중원인 DDD, EEE 공동명의의 예금계좌로 송금받아 보 관하다가 2014. 7. 15. 원고 종중 명의의 예금계좌를 개설하고, 매매대금 대부분을 위 계좌로 이체하였다. 3) 원고는 종중 명의의 예금계좌에서 2014. 7. 15. 이후 총회여비, 지방소득세, 양 도소득세, 종중 분배금, 재산세 납부, 이전등기비용 등을 지출하였는데, 원고가 ‘법인으 로 보는 단체’로 승인받은 날인 2014. 12. 24. 현재 위 원고 종중 명의의 예금계좌에는 위와 같이 지출하고 남은 1,033,637,048원이 예금되어 있었다. 4) 한편, 원고는 이 사건 부동산의 양도대금 중 합계 6,899,392,942원을 종중원들 에게 분배(2014. 9. 4.부터 원고 종중 명의의 예금계좌에서 분배금이 출금되었다)하였 는데, 위와 같은 분배금 지급에 따라 발생하는 종중원들의 증여세 납부를 원고가 대행 하여 피고에게 합계 620,943,010원의 증여세를 납부하였다. [인정근거] 앞서 든 각 증거, 갑 제11 내지 16호증, 을 제2 내지 4호증의 각 기재, 변 론 전체의 취지 라. 판단 1) 이 사건 쟁점조항의 적용 여부 가) 국세기본법 제13조 제2항 제3호의 ‘법인으로 보는 단체’의 요건인 ‘단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것’의 의미는, 정관 또는 규약에 이익의 분배방법 이나 분배비율에 관한 구체적인 규정을 두고 그에 따라 정기적으로 일관되게 이익을 분배하는 단체의 경우에만 위 요건을 충족하는 것이고, 그 외에 비정기적으로 특수한 경우에 관한 이익의 분배방법만을 정하고 있는 경우에는 단체의 수익을 구성원에게 분 배하지 아니하는 경우로 보아야 한다. 이 점은 피고도 다투지 아니한다. 그런데 피고 는, 원고가 최초 사업연도 개시일 이전에 생긴 손익, 즉 이 사건 부동산 양도대금을 법 인에 귀속시키지 않고 종중원들에게 모두 분배하였고, 이러한 경우 이 사건 쟁점조항 을 적용하여 최초 사업연도 개시일을 소급하여 인정할 수 없다고 주장한다. 따라서 이 사건의 쟁점은 ‘이 사건 부동산 양도대금이 법인인 원고에게 사실상 귀속된 것인지 여 부‘이다. 살피건대, 앞서 든 증거에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고 종중은 1994년 이래로 종중의 실체를 가지고 있었으며, 1994. 10.경 종중원 명의 로 신탁되어 있던 이 사건 부동산에 관하여 명의신탁해지를 원인으로 하여 원고 종중 명의의 소유권이전등기를 마침으로써 원고가 이 사건 부동산 처분일까지 그 소유권을 보유하고 있었던 점, ② 원고는 이 사건 부동산 양도대금을 종중원 명의의 예금계좌로 지급받아 25일 후 원고 종중 명의의 예금계좌를 개설하여 그 대부분을 이체하였던 점, ③ 원고는 이 사건 부동산 양도대금이 원고에게 귀속되었다가 종중원들에게 분배된 것 이 증여에 해당한다는 전제 하에 종중원들의 증여세를 대행하여 피고에게 납부하였는 데, 만약 피고의 주장과 같이 이 사건 부동산 양도대금이 법인에 귀속되지 않았다고 한다면 개별 종중원들로서는 증여세를 납부할 의무가 없게 되어 피고가 위 증여세 620,943,010원을 징수할 권원이 없게 되는 점, ④ 원고가 ‘법인으로 보는 단체’로 승인 받은 날인 2014. 12. 24. 현재 위 원고 종중 명의의 예금계좌에는 위와 같이 지출하고 남은 1,033,637,048원이 잔존하고 있었던 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 부동산 양도 대금은 2014. 6. 20. 원고에게 사실상 귀속된 것이라고 봄이 타당하다. 나) 나아가 ① 원고는 2014. 8. 31. 이 사건 부동산의 양도로 인한 양도소득세 예정신고를 사실과 부합하게 하면서 양도소득세 2,914,917,972원을 성실히 납부하였고, 2015. 3. 17.에 이르러 정당한 법 적용을 주장하며 경정청구를 한 것인데, 원고가 ‘법인 으로 보는 단체’로 승인받은 날 이후로 이 사건 부동산의 소유권이전등기일을 달리 정 하였다면 위 양도소득세 납부의무는 아예 발생할 여지가 없었던 점, ② 정당한 법 적 용이 이루어질 경우 이미 납부된 조세가 환급되는 것을 들어 조세일실이라고 할 수 없 는 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 부동산 양도로 인한 손익을 법인에 귀속시키는 결 과 양도소득세가 면제된다고 하더라도 조세포탈의 우려가 있다고는 볼 수 없다. 또한, 원고의 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위는 2014. 1. 1.부터 2014. 12. 31.까지이므로 2014. 6. 20. 발생한 이 사건 부동산 양도로 인한 손익을 원고의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있음은 명백하다. 다) 따라서 최초사업연도의 개시일 전에 생긴 손익이 이 사건 쟁점조항의 요건 을 모두 충족하고 있으므로, 이 사건 부동산의 양도로 인한 손익은 ‘법인으로 보는 단 체’인 원고의 최초사업연도의 손익에 산입되어 법인세법의 법리가 적용되어야 하고, 원 고는 양도소득세 납세의무가 없다. 2) 이 사건 부동산 양도이익에 대하여 법인세가 부과되는지 여부 가) 법인세법 제3조 제3항 제5호, 법인세법 시행령 제2조 제2항에 따르면 비영 리내국법인이 소유하고 있던 고정자산을 처분하는 경우, 처분일 현재 3년 이상 계속하 여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 비영리내 국법인의 과세소득의 범위에서 제외된다. 나) 종중은 공동선조의 후손들에 의하여 그 선조의 분묘 수호 및 봉제사 등을 목적으로 형성되는 자연발생적인 종족단체이므로, 어떠한 부동산이 종중의 선산으로 사용되어 왔다면 그 종중 단체의 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산이라고 할 수 있다. 이 사건 부동산이 오랫동안 원고 종중의 선산으로 사용되어 왔음은 앞서 본 바 와 같다. 그런데 피고는 2016. 4. 26.자 준비서면을 통하여 이 사건 부동산이 원고 종 중의 고유목적사업에 직접 사용되었음을 입증하여야 한다고 주장하나, 국세청 심사청 구 절차에서 피고는 이미 원고가 제출한 사진, 지적도, 분묘표시 현황에 의하여 원고가 이 사건 부동산을 종중의 선산 용도로 사용하였음을 인정하였고, 원고가 제출한 갑 제 18 내지 22호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 영상에 의하더라도 이 사건 부동산이 원고 종중의 선산으로 사용되었다는 사실을 넉넉히 인정할 수 있으므로, 위 주장은 받 아들이지 아니한다. 그렇다면 이 사건 부동산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 위 관련 법령에 따라 법인세 과세소득의 범위에서 제외되므로, 원고는 법인세 납세의무도 부담하지 않 는다. 3) 원고의 경정청구의 적법 여부에 관한 판단 가) 피고는, 원고가 2014. 8. 21. 양도소득세 예정신고를 한 것을 법인세 신고로 간주하고 피고에게 기 납부된 양도소득세를 원고에게 환급하여 달라는 취지의 ‘법인세 경정청구’를 하였는데, 국세기본법 제45조의2 제1항의 감액경정청구는 법정신고기한까 지 과세표준신고서를 제출한 납세자가 청구할 수 있는 것으로서, 원고는 거주자로서 소득세법에 따라 양도소득세를 신고・납부한 것에 불과하여 이에 대한 감액경정청구를 할 수 있음은 별론으로 하고, 신고・납부한 사실이 없는 2014 사업연도 법인세에 대하 여 경정청구를 할 수는 없는 것이고 따라서 부적법한 ‘법인세 경정청구’를 거부한 이 사건 처분은 적법한 것이라고 주장한다. 나) 그러나, ① 국세기본법 제45조의2 제1항은 “과세표준신고서에 기재된 과세 표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때” 경정청 구를 할 수 있다고 규정하고 있는바, 이와 같이 “세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액”이라 함은 개별 조세실체법에 따른 정당한 세액을 의미하므로, 이러한 정당한 세액을 초과함으로 인하여 최초신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우에 경정청 구를 할 수 있는 점(대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두22379 판결 등 참조), ② 양도소 득세 납세의무가 성립・확정되었다고 해서 그 소득이 법인세법상 별개의 규정에 따라 법인세의 규율대상으로 편입되는 것까지 배제할 수 있는 것은 아닌 점, ③ 이 사건에 서 원고가 2015. 3. 17. 피고에게 한 경정청구의 실질적인 내용은 원고에게 양도소득세 납세의무 및 법인세 납세의무가 없음을 전제로 하여 기 납부한 양도소득세의 환급을 구한 것이고, 피고로서도 거부처분 당시 원고의 경정청구가 부적법함을 다투지는 아니 하였던 점, ④ 한편 원고의 주장대로 이 사건 쟁점조항에 따라 ‘최초사업연도 개시일’ 을 이 사건 부동산 양도일로 볼 경우 결국 비영리내국법인인 원고가 양도소득세 신 고・납부 양식을 사용하였더라도 이를 법인세법에 따른 신고로 못 볼 바도 아닌 점, ⑤ 피고의 주장과 같이 형식에 집착한다면 동일한 처분에 대하여 무의미한 절차의 반 복을 강제하게 될 뿐이라는 점 등의 사정을 고려하면, 원고가 양도소득세 예정신고를 한 후 ‘원고에게는 양도소득세 납부의무가 없고 법인세법이 적용되며 법인세법에 따를 때 이 사건 부동산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 법인세 과세소득의 범위에서 제 외되므로 원고에게는 법인세 납부의무도 없음’을 주장하면서 ‘법인세 경정청구’를 한 것을 들어, 부적법한 경정청구라고 할 수 없다. 따라서 피고의 위 주장은 이유 없다. 4) 소결론 그렇다면 이 사건 부동산의 양도로 인한 손익은 ‘법인으로 보는 단체’인 원고의 최초사업연도의 손익에 산입되고 이는 법인세법상 과세제외소득이므로, 원고는 양도소 득세뿐만 아니라 법인세 납세의무도 없다. 결국 피고는 원고로부터 납부받은 양도소득 세를 환급하여 줄 의무가 있음에도 정당한 이유 없이 이를 거부하였으므로, 피고의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다. 3. 결론 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2016구합20182

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

법인세법 시행령 제2조 제3조

국세기본법 제13조 제45조

법인세법 제3조

[ 참조판례 ]

대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두22379

[ 참조판례 체계도 ]