+ - 북마크 저장 [행정] 항소사건

대구고등법원 2016.09.30 선고 2015누7280 판결

예식장업을 하는 개인사업자가 수취한 주택신축사업 관련 세금계산서가 매입세액공제대상에 해당하는지 여부[국패] 이 사건 세금계산서는 원고들의 자기사업과 관련된 것으로 보이고, 부가가치세법 기본통칙 38-0-4에서는 사업자등록증 정정사유가 발생하였더라도 실제 거래사실이 확인되는 경우 매입세액을 공제할 수 있다고 규정하는 점을 볼 때 이 사건 세금계산서는 매입세액 공제대상에 해당함.

사 건	2015누7280 부가가치세 환급거부 처분 취소 등
원고, 피항소인	1. AAA 2. BBB 3. CCC
피고, 항소인	OO세무서장
제1심 판 결	대구지방법원 2015. 11. 18. 선고 2015구합21577 판결
변 론 종 결	2016. 9. 2.
판 결 선 고	2016. 9. 30.

【주문】 1. 제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분을 초과하는 피고 패소부분을 취소하고,그 취소 부분에 해당하는 원고들의 청구를 모두 기각한다. 피고가 원고들에 대하여 한, 2014. 3. 17.자 2013년 제2기 부가가치세 120,000,000원의 환급거부처분 중 27,220,000원을 초과하는 부분 및 2014. 5. 9.자 가산세24,000,000원의 부과처분 중 5,444,000원을 초과하는 부분을 각 취소한다. 2. 피고의 원고들에 대한 나머지 항소를 모두 기각한다. 2. 소송총비용 중 1/5은 원고들이, 나머지는 피고가 각 부담한다. 【청구취지및항소취지】 1. 청구취지 피고가 원고들에 대하여 한, 2014. 3. 17.자 2013년 제2기 부가가치세 120,000,000원의 환급거부처분 및 2014. 5. 9.자 가산세 24,000,000원의 부과처분을 모두 취소한다. 2. 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 원고들의 청구를 모두 기각한다. 【이유】 가. 원고들은 대구 00구 00동 00-0 일대(이하 ‘이 사건 부지’라 한다)에서 ‘OO예식장’이라는 상호로 예식서비스업을 하던 개인사업자이다. 원고들은 예식장업의 수익성이 악화되자 이 사건 부지에 복합시설(오피스텔) 신축・분양사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 하기 위하여 2012. 5. 7. 건축허가를 받았다가, 2013. 8.경 주상복합건물 신축으로 사업계획을 변경하였으나, 2013. 11. 11. 이 사건 부지 등의 소유권을 상실하여 이 사건 사업이 중단되었다. 나. 원고들은 2013. 11. 29. 주식회사 건축사사무소 DDDD(이하 ‘DDDD'라 한다)와 이 사건 사업에 대한 설계용역비를 정산하면서 DDDD로부터 공급가액 12억 원의 세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 수취하였다. 다. 원고들은 2014. 1. 25. 피고에게 2013년 제2기 부가가치세 신고를 하면서 이 사건 세금계산서에 관한 세액 1억 2,000만 원(이하 ‘이 사건 매입세액’이라 한다)을 매입세액에 포함하여 매입세액을 121,480,782원으로, 매출세액을 1,359,927원으로 계산하여120,120,855원(= 매출세액 121,480,782원 - 매입세액 1,359,927원)에 대한 환급신청을 하였다. 라. 피고는 2014. 3. 17. 원고들에게, 이 사건 매입세액은 이 사건 사업과 관련 없는 것이므로 공제하지 않고 가산세 2,400만 원을 부과하겠다는 과세예고 통지(이하 ‘이 사건 환급거부처분’이라 한다)를 하고, 2014. 5. 9. 가산세 합계 2,400만 원(= 초과환급신고 가산세 1,200만 원, 세금계산서합계표제출불성실 가산세 1,200만 원)을 결정・고지(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 하고, 이 사건 환급거부처분과 합하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)하였다. 마. 원고들이 이에 불복하여 2014. 6. 12. 이의신청을 거쳐 2014. 9. 12. 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2015. 2. 26. 원고들의 청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 각 처분의 적법 여부 가. 당사자들의 주장 1) 첫 번째 주장 가) 피고 부가가가치세법상 매입세액의 공제를 위한 요건인 자기의 사업에 해당하는지 여부는 사업장 단위로 판단하여야 하는데 이 사건 사업은 주거용 건물 건설업을 목적으로 별도로 법인사업자등록이 되어 있던 EEEE(이하 ‘EEEE’라 한다)또는 원고들이 개인적으로 한 것이고, 원고들은 이 사건 부지의 소유권이 타인에게 이전되어 이 사건 사업의 진행이 사실상 불가능한 상태에서 부가가치세를 환급받을 목적으로 주거용 건물 건설업을 개인사업자등록에 부업종으로 추가하고 이 사건 세금계산서를 수취한 것이다. 따라서 이 사건 세금계산서는 원고들이 ‘자기사업에 사용된 용역’에 관하여 수취한 것으로 볼 수 없다. 나) 원고들 이 사건 세금계산서는 원고들이 DDDD에게 설계용역대금을 정산하여 지급하는 과정에서 작성된 것이고, DDDD의 설계용역은 이 사건 사업에 필수적인 것이므로 이 사건 매입세액은 이 사건 사업과 직접 관련성이 있다. 또한, 원고들이 EEEE를 설립하고, 원고들의 개인사업자등록 업종에서 비거주용 건물 건설업을 제외한 이유는 대출주간사가 차주를 법인사업자로 하는 것을 대출조건으로 요구했기 때문인바, EEEE는 특수목적법인에 불과하고, 이 사건 사업을 실제로 수행한 것은 원고들이다. 2) 두 번째 주장 가) 피고 개인사업자인 원고들이 이 사건 세금계산서를 수취할 당시 개인사업자등록 업종에 예식장업만이 등록되어 있었고 건물신축판매업은 등록되어 있지 않았으므로 이 사건 매입세액은 해당 과세기간인 2013년 제2기에 공제받을 수 없다. 나) 원고들 원고들이 이 사건 세금계산서를 수취할 당시 개인사업자등록 업종에 예식장업만이 등록되어 있고 건물신축판매업은 등록되어 있지 않았더라도 설계용역의 공급 시기가 속하는 과세기간인 2013년 제2기가 끝나기 전에 등록을 신청하였으므로 해당 과세기간에 공제받을 수 있다. 3) 세 번째 주장 가) 피고 원고들과 DDDD가 체결한 설계용역계약에 따른 설계용역의 실제 공급시기는 이 사건 세금계산서의 작성 연월일과 달라서 이 사건 세금계산서는 ‘작성 연월일이 사실과 다르게 기재된 세금계산서’에 해당하므로 이 사건 매입세액은 부가가치세법 제39조 제1항 제2호, 제32조 제1항 제4호에 따라 공제될 수 없다. 나) 원고들 원고들이 DDDD와 체결한 설계용역계약에 따른 설계용역의 원래 공급시기가 이 사건 세금계산서의 작성 연월일과 달랐더라도 추후에 위 당사자들은 설계용역의 공급 시기를 위 2013. 11. 29.로 묵시적 변경을 하였거나 이 사건 사업의 건축허가 변경신청에 대한 조건부 승인이 있었던 2013. 11. 7.을 설계용역의 새로운 공급 시기로 보아야 한다. 또한, 위 각 공급 시기는 이 사건 세금계산서의 실제 작성 연월일과 동일한 과세기간에 속하므로 이 사건 매입세액은 부가가치세법 제38조 제2항, 제1항제1호에 따라 공제될 수 있다. 나. 관계 법령 [별지 2] 관계 법령 기재와 같다. 다. 인정사실 1) 원고들은 1985. 5. 1. ‘OO예식장’이라는 상호로 개업하여 예식장업을 해온 개인사업자들로서 예식장업의 수익이 악화되자 2010. 7. 1. 주업종을 비거주용건물 임대업으로 변경하고 그 무렵 예식장을 다른 사람에게 임대하였다. 이후 원고들은 다음과 같이 여러 차례에 걸쳐 업종을 변경하였다. 2) 원고들은 자신들의 소유이던 이 사건 부지에서 복합시설(오피스텔) 신축・분양사업을 하기 위하여 2011. 8. 26. DDDD와 다음과 같은 내용의 건축물 설계용역계약(이하 ‘제1설계용역계약’이라 한다)을 체결하였다.

■ 제1설계용역계약(갑 제6호증)

1. 건축물 명칭: 대구 OO구 OO동 복합시설 신축공사

2. 대지위치: 대구 OO구 OO동 OOO-O번지 일대

3. 설계내용: 신축

○ 대지면적: 5,896.70㎡

○ 용도: 업무시설(오피스텔) 및 근린생활시설

○ 층수: 지하 4층, 지상 29층

4. 계약면적: 86,874.32㎡

5. 계약금액: 일금 일십삼억 원정(₩300,000,000), 부가세 별도

지불시기 및 기준비율(%)	조정비율(%)	지불금액
계약 시(10)	10	1억 3,000만 원
허가접수 시(10)	10	1억 3,000만 원
허가완료시(10)	10	1억 3,000만 원
1차 중도금(20)	20	2억 6,000만 원
2차 중도금(20)	20	2억 6,000만 원
3차 중도금(20)	20	2억 6,000만 원
준공 시(10)	10	1억 3,000만 원
계(100)	100	13억 원	부가가치세 별도

3) 원고들은 2011. 11. 16. 개인사업자등록 부업종에 비거주용건물 건설업을 추가한 다음, 2012. 5. 7. 이 사건 부지에 대지면적 5,754㎡, 건축면적 4,410㎡, 연면적 91,764㎡, 지하 4층, 지상 29층인 주용도 업무시설(오피스텔, 근린생활시설)로 하는 건축허가를 받고, 2012. 7. 25. 건축면적과 연면적을 일부 변경하는 내용의 변경허가를 받았다. 4) 원고들은 프로젝트 파이낸싱을 통해 사업자금을 조달하기로 하였는데, 대출주간사가 차주를 특수목적법인으로 해야 한다는 금융조건을 제시하였다. 이에 따라 원고들은 2012. 9. 18. 본점은 ‘대구 OO구 OO동 296-9’, 대표이사는 ‘원고 AAA’, 사내이사는 ‘원고 AAA, BBB’, 감사는 ‘원고 CCC’, 사업목적은 ‘주택건설사업, 부동산분양 및 임대업’ 등으로 하는 주식회사인 EEEE를 설립하고, 같은 달 19. 주업종을 ‘주거용건물 건설업’으로 하여 법인사업자등록을 마쳤다. 5) 원고들은 2012. 10. 25. OO예식장의 주업종을 ‘비거주용건물 임대업’에서 ‘예식장 서비스업’으로 변경하고, 부업종에서 예식장업 및 비거주용건물 건설업을 모두 제외하였다. 6) 이후 원고들이 자금난으로 이 사건 사업을 원활하게 진행하지 못하였고, 이 사건 부지 등에 대한 담보권자인 주식회사 OO은행의 신청에 따라 2013. 3. 11. 임의경매절차가 시작되었다(대구지방법원 2013타경5169, 5176, 6247, 7912호). 이에 따라 원고들은 사업목적을 기존 오피스텔 신축・분양에서 분양가능성이 더 높은 주상복합건물신축・분양으로 변경하기 위하여 2013. 5. 26. DDDD와 다음과 같은 내용의 건축물 설계용역계약(이하 ‘제2설계용역계약’이라 한다)을 체결하였다.

■ 제2설계용역계약(갑 제9호증)

1. 건축물 명칭: 대구 OO구 OO동 주상복합 신축공사

2. 대지위치: 대구광역시 OO구 OO동 OOO-O번지 외 14필지

3. 설계내용: 신축

○ 대지면적: 7,152.30㎡

○ 용도: 공동주택, 오피스텔, 근린생활시설

○ 층수: 지하 4층, 지상 30층

4. 계약면적: 78,604.91㎡

5. 계약금액: 일금 일십사억이천이백만 원정(₩422,000,000), 부가세 별도

지불시기 및 기준비율(%)	조정비율(%)	지불금액
계약 시(10)	10	1억 4,220만 원
설계변경접수 시(20)	20	2억 8,440만 원
허가완료 시(30)	30	4억 2,660만 원
착공신고접수 시(30)	30	4억 2,660만 원
준공 시(10)	10	1억 4,220만 원
계(100)	100	14억 2,200만 원	부가가치세 별도

7) 원고들은 변경된 사업계획에 따라 2013. 8. 12. 이 사건 부지에 대지면적 7,152㎡, 건축면적 5,716㎡, 연면적 80,020㎡ 지하 4층, 지상 30층인 주상복합건물(오피스텔 643세대, 공동주택 250세대, 근린생활시설, 지하주차장)을 신축하는 내용의 건축심의를 신청하였다. 대구광역시 건축위원회는 2013. 11. 7. 심의를 거쳐 일부 사항을 보완함을 전제로 하는 조건부 승인을 하였다. 8) 그런데 이 사건 부지 등이 임의경매절차에서 매각되어 2013. 11. 11. 원고들이 소유권을 상실하게 되자, 원고들과 DDDD는 더 이상 이 사건 사업을 진행할 수 없다고 판단하고 2013. 11.경 아래와 같이 제1설계용역계약 및 제2설계용역계약에 따른 미지급금을 정산하는 합의(이하 ‘이 사건 지급합의’라 한다)를 하였다. 이에 따라 환경에이앤씨는 2013. 11. 29. 공급가액 12억 원의 이 사건 세금계산서를 원고들에게 발급하였고, 원고들은 2013. 12. 2. 개인계좌를 이용하여 수표를 발행하는 방법으로 환경에이앤씨에게 위 공급가액에 부가가치세를 더한 금액인 13억 2,000만 원을 지급하였다.

■ 설계계약용역금 지급 합의서(갑 제11호증)

설계용역 계약사항 (제1설계용 역계약)	설계용역명	OO구 OO동 복합시설 신축공사 설계용역
	설계계약금액	일십삼억 원정(₩300,000,000)- VAT별도
	계약기간	2011년 8월 26일 〜
	기지급금액	이억육천만 원정(₩0,000,000)- VAT별도(20%)
	미지급금액	삼억구천만 원정(₩0,000,000)- VAT별도(30%)

1. 상기 계약자 “갑(원고들)”과 계약자 “을(DDDD)”간의 설계용역계약에 있어 을이 설계한 분에 해당하는 금액을 설계용역계약에 따라 갑이 을에게 미지급된금액[삼억구천만 원정(₩0,000,000)-VAT별도(30%)]에 대해서 지급한다.

설계용역 계약사항 (제2설계용 역계약)	설계용역명	OO구 OO동 주상복합 신축공사 설계용역
	설계계약금액	일십사억이천이백만 원정(₩422,000,000)- VAT별도
	계약기간	2013년 5월 〜
	기지급금액	이억육천만 원정(₩0,000,000)- VAT별도(20%)
	미지급금액	팔억오천삼백이십만 원(₩3,200,000)- VAT별도(60%)

2. 상기 계약자 갑과 을 간의 설계용역계약에 있어 을이 설계한 분에 해당하는 금액을 설계용역계약에 따라 갑이 을에게 미지급된 금액[팔억오천삼백이십만 원정(₩3,200,000)-VAT별도 (60%)]에 대해서 지급한다.

3. 위의 1과 2의 내용에 따라 갑은 을에게 1과 2의 합계금액 십이억사천삼백이십만 원정(₩243,200,000)-(V.A.T 별도)을 지급하기로 하고, 갑과 을 상호간에 공증하는 것으로 합의한다.

9) 원고들이 DDDD와 이 사건 지급합의를 하고 이 사건 세금계산서를 수취할 당시인 2013. 11.경 원고들의 개인사업자등록 업종에 주택건설업은 포함되어 있지 않았으나, 그 후 원고들은 2013. 12. 31. 주거용건물 건설업을 업종에 추가하였다. 10) EEEE는 2012. 9. 18. 설립 당시 자본금이 1,000,000원이었는데, 2012년 및 2013년 사업연도에 매출액이 전혀 없었고. 2012년도부터 2014년도까지 건강보험 가입내역도 없었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 6 내지 13, 15 내지 19호증(각 가지번호 포함,이하 같다), 을 제2 내지 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 라. 판 단 1) 첫 번째 주장에 대하여 가) 관련 법리 현행 부가가치세 과세방법은 원칙적으로 사업자의 자기생산 부가가치에 대해서만 과세가 이루어지도록 하기 위하여 납부세액 산출방식에 있어 자기생산 부가가치와 매입 부가가치를 합한 금액을 공급가액으로 하고, 이에 대하여 징수할 매출세액에서 매입 부가가치에 대하여 지출된 매입세액을 공제하도록 하는 기본적 구조를 채택하고 있다. 이러한 구조 하에서 구 부가가치세법(2013. 12. 24. 법률 제12113호로 개정되어 2014. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제38조는 매출세액에서 공제하는 매입세액에 관하여 제1항 제1호에서 ‘자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은’ 재화 또는 용역에 대한 세액에 해당하는 이상 그 전부를 공제하도록 규정함으로써 그 기준을 사업 관련성에 두고 있으며, 같은 법 제39조 제1항 제4호에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 들고 있는 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’은 부가가치세의 원리상 당연히 매출세액에서 공제될 수 없는 경우를 규정하고 있는 것으로 이해된다. 따라서 사업 관련성이 없는 지출에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제될 수 없고, 여기에서 사업 관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2012. 7. 26. 선고 2010두12552 판결 등 참조). 나) 사업 관련성 인정 여부 이 사건 매입세액이 ‘원고들이 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 용역에 대한 것’이 되려면, 이 사건 사업이 EEEE의 사업이 아니라 원고들의 사업으로 인정되어야 한다. 위 인정사실 및 관계 법령에 의하여 알 수 있는 다음의 각 사정을 모두 종합하면, 이 사건 사업은 원고들이 한 것으로 보아야 한다. (1) 이 사건 사업은 이 사건 부지를 기반으로 하여 진행되었는데, 이 사건 부지는 원고들의 소유였고, 이 사건 사업이 진행되던 중 EEEE의 명의로 변경된 사실이 없다. 원고들은 이 사건 부지에서 새롭게 오피스텔 또는 주상복합시설을 신축・분양하는 이 사건 사업을 하기 위하여 원고들 명의로 직접 DDDD와 제1, 2설계용역계약을 체결하였다. (2) OO예식장의 사업자등록상 소재지는 이 사건 부지에 속하는 ‘대구 OO구 OO동 OOO-O’로 되어 있고, 원고들이 제1설계용역계약을 체결한 이후 받은 건축허가서 및 제2설계용역계약에 따라 제출된 건축허가심의신청서에도 관련지번란에 ‘대구 OO구 OO동 OOO-O’가 포함되어 있어서 결국 원고들이 운영하던 OO예식장 사업장과 이 사건 사업의 사업장은 물리적으로 떨어져 있는 것이 아니라 이 사건 부지로 동일하다. (3) 원고들은 제1설계용역계약 체결 이후 개인사업자등록 부업종에 비거주용건물 건설업을 추가한 다음 원고들 명의로 오피스텔 신축을 위한 건축허가를 받았고, 제2설계용역계약을 체결한 이후 변경된 사업계획에 따라 원고들 명의로 건축심의를 신청하여 조건부 승인을 받았으며, 건축허가 명의 등을 EEEE로 변경한 사실이 없다. (4) 원고들은 이 사건 사업을 추진하는 과정에서 주택건설・분양사업 등을 목적으로 하는 EEEE를 설립하여 법인사업자등록을 마치고, 자신들의 개인사업자등록 업종에서 건물건설업 등을 제외하였으나, ㉠ 이는 대출주간사가 차주를 특수목적법인으로 해야 한다는 금융조건을 제시함에 따른 것인 점, ㉡ EEEE의 임원들은 오직 원고들뿐인 점, ㉢ EEEE는 자본금이 100만 원에 불과하고, 2012년 및 2013년 사업연도에 매출액이 전혀 없었으며, 2012년도부터 2014년도까지 건강보험 가입내역도 없었던 점 등에 비추어 볼 때, EEEE는 원고들이 사업자금을 대출 받기 위해 형식적으로 설립한 특수목적법인에 불과하여 이 사건 사업을 실질적으로 운영한 별도의 사업체로 볼 수 없다. (5) 이 사건 지급합의는 제1, 2설계용역계약에 따른 미지급금을 정산하는 내용인데, 제1설계용역계약 체결 당시에는 EEEE가 설립되어 있지도 않은 상태였다. (6) 설령, 원고들이 이 사건 부지의 소유권이 2013. 11. 11. 다른 사람에게 이전되어 더 이상 이 사건 사업을 계속하기 어렵다는 사실을 안 때인 2013. 11. 29. 이 사건 세금계산서를 발급받았다고 하더라도, 위 세금계산서가 실제로 이 사건 사업에 지출된 비용에 관한 것인 이상 세금계산서가 발급된 시기를 근거로 원고들이 이 사건 사업을 한 것이 아니라고 볼 수는 없다. (7) 또한, 원고들이 이 사건 부동산에 관하여 2013. 3. 31. 임의경매개시결정이 있은 이후인 2013. 5. 26. DDDD와 제2설계용역계약을 체결하였다고 하더라도 임의경매개시결정이 있은 이후에도 피담보채무의 변제, 채권자와 채무자의 합의 등을 비롯하여 위 결정이 취소되는 상황이 충분히 생길 수 있으므로 이를 두고 원고들의 이 사건 사업에 대한 관련성을 부정할 수 없다. (8) 원고들이 이 사건 지급합의에 따른 설계용역대금을 사업용 은행계좌가 아닌 개인용 은행계좌를 통하여 수표를 발행하여 DDDD에게 지급하였다고 하더라도, 사업자가 대금지급의 편의를 위해 이와 같은 거래를 충분히 할 수 있을 것으로 보이므로, 이러한 점이 원고들이 실제로 이 사건 사업을 하였다는 사실에 배치되는 간접사실이라고 보기 어렵다. 2) 두 번째 주장에 대하여 가) 관련 규정 구 부가가치세법 제39조 제1항은 ‘제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.’고 하면서 제8호에서 ‘제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급 시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급 시기가 속하는 과세기간 기산일까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다.’고 규정하고 있다. 또한, 구 부가가치세법 제8조 제6항, 구 부가가치세법 시행령(2014. 1. 1. 대통령령 제25057호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조 제1항 제3호, 구 부가가치세법 시행규칙(2014. 3. 14. 기획재정부령 제413호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조에 의하면, 사업자는 사업의 종류를 완전히 다른 종류로 변경한 경우 또는 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류 중 일부를 폐지한 경우 관할 세무서장에게 사업자등록 정정신고를 하여야 한다. 나) 사업자등록 업종의 누락・추가에 따른 이 사건 매입세액의 공제 여부 원고들이 DDDD와 이 사건 지급합의를 하고 이 사건 세금계산서를 수취할 당시인 2013. 11. 29. 원고들의 개인사업자등록 업종에 주택건설업은 포함되어 있지 않았으나, 원고들은 2013. 12. 31. 주거용건물 건설업을 업종에 추가한 사실은 앞서 본 바와 같다. 이 사건에서 살펴보건대, 구 부가가치세법 제39조 제1항 제8호, 제8조 제6항, 구 부가가치세법 시행령 제14조 제1항 제3호, 구 부가가치세법 시행규칙 제13조에 의하면, 사업자등록 정정신청 전에 발생한 매입세액이더라도 공급 시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 해당 과세기간에 공제받을 수 있으므로, 원고들은 이 사건 매입세액을 2013년 제2기 과세기간에 공제받을 수 있다고 보아야 한다. 나아가, 부가가치세법 기본통칙 38-0-4 또한 ‘사업자가 사업장 이전ㆍ상호변경 등 영 제14조 제1항에 해당하는 사업자등록증 정정사유가 발생하였으나 이를 정정하지 아니하고 세금계산서를 발급받은 경우에 해당 세금계산서의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 그 거래사실이 확인되는 때에는 그 세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제하거나 환급할 수 있다’고 규정하고 있는 점에 비추어 보면, 이 사건 사업 기간 중 원고들의 사업자 등록 업종에 건설업이 등록되어 있지 않은 기간이 있었다고 하더라도, 그러한 점만으로는 이 사건 매입세액이 공제 대상에서 제외된다고 할 수 없다. 3) 세 번째 주장에 대하여 가) 관련 법리 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 본문, 제32조 제1항 제4호의 해석상 매입세액의 공제가 부인되는 세금계산서의 필요적 기재사항의 일부인 '작성 연월일'이 사실과 다르게 기재된 경우 라 함은 세금계산서의 실제작성일이 거래사실과 다른 경우를 의미하고, 그러한 경우에도 같은 법 시행령 제75조 제2호에 의하여 그 세금계산서의 나머지 기재대로 거래사실이 확인된다면 위 거래사실에 대한 매입세액은 공제되어야 하지만,이는 어디까지나 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우(이러한 경우이면 세금계산서 상의 '작성 연월일'이 실제작성일로 기재되든, 사실상의 거래시기 또는 어느 특정시기로 소급하여 기재되든 묻지 아니한다.)에 한한다고 보아야 할 것인바, 그 이유는, 세금계산서가 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류로서 그것을 거래시기에 발행・교부하게 하는 것은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이기도 하지만, 나아가 전 단계 세액공제법을 채택하고 있는 현행 부가가치세법 체계에서 세금계산서 제도는 당사자 간의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐 아니라 소득세와 법인세의 세원포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 갖고 있으며, 세액의 산정 및 상호검증이 과세기간별로 행하여지는 부가가치세의 특성상 위와 같은 상호검증 기능이 제대로 작동하기 위해서는 세금계산서의 작성 및 교부가 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 정상적으로 이루어지는 것이 필수적이기 때문이라 할 것이므로, 과세기간이 경과한 후에 작성한 세금계산서는 작성일자를 공급 시기로 소급하여 작성하였다 하더라도 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 본문 소정의 '필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된' 세금계산서에 해당하므로 이 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제되어서는 아니 된다(대법원 2004. 11. 18. 선고 2002두5771 전원합의체 판결 등 참조). 한편, 부가가치세법에 의하면 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자는 부가가치세를 납부할 의무가 있고 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화, 시설물 또는 권리가 사용되는 때로 정하여져 있으므로 대가를 받기로 하고 타인에게 용역을 공급한 이상 그 대가를 실제로 받았는지 여부는 부가가치세 납부의무의 성립여부나 용역의 공급 시기를 결정하는 데 아무런 영향을 미칠 수 없다(대법원 1989. 4. 25. 선고 87누863 판결, 대법원 2003. 11. 28. 선고 2002두3089 판결 등 참조). 나) 제1, 2설계용역계약에 따른 용역의 공급 시기 구 부가가치세법 제16조 제2항에 의하면 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급 시기는 대통령령으로 정하고, 구 부가가치세법 시행령 제29조 제1항 제3호에 의하면 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 용역의 공급 시기로 보지만, 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역을 공급 시기로 본다. 또한, 구 부가가치세법 시행규칙 제20조에 의하면, 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우란 계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 용역의 제공을 완료하는 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 그 기간 이내에 계약금 외의 대가를 분할하여 받는 경우를 말한다. 앞서 본 인정사실에 의하면, 이 사건 제1, 2설계용역계약은 모두 계약 다음 날부터 용역의 제공을 완료하는 날에 해당하는 이 사건 지급합의 시 또는 복합시설 또는 주상복합건물의 예상되는 준공 시까지의 기간이 6개월을 넘는 중간지급조건부 용역공급계약이라고 할 것이다. 따라서 이 사건 제1, 2설계용역계약에서 원고들이 DDD와 약정에 따라 DDDD에게 각 설계용역대금을 지급하기로 한 때를 용역의 공급 시기로 보아야 한다. 다) 제1, 2설계용역계약의 각 공급 시기에 따른 매입세액 공제 여부 구 부가가치세법 제5조 제1항 제2호에 의하면 일반과세자인 사업자에 대한 부가가치세의 과세기간은 1월 1일부터 6월 30일까지를 제1기, 7월 1일부터 12월 31일까지를 제2기로 나누어진다. 중간지급조건부 용역공급계약인 이 사건 제1, 2설계용역계약에 따른 여러 번에 걸친 설계용역대금이 매입세액으로 공제되려면, 각 설계용역대금의 지급시기가 이 사건 세금계산서가 실제 작성된 2013. 11. 29.이 속하는 과세기간인 2013년 제2기에 속하여야 한다. 한편, 앞서 살펴본 바와 같이 이 사건 지급합의에 따라 원고들이 DDD에게 지급하기로 한 용역대금 12억 4,320만 원은 제1설계용역계약의 미지급금액 3억 9,000만 원, 제2설계용역계약의 미지급금액 8억 5,320만 원으로 구성되어 있다. 제1설계용역계약의 미지급금액 3억 9,000만 원은 허가완료 시 받기로 했던 1억 3,000만 원(이하 ‘①번 부분’이라 한다), 1차 중도금 2억 6,000만 원(이하 ‘②번 부분’이라 한다)의 합계액이고(원고들은 이 사건 지급합의 이전에 제1설계용역계약의 계약 시 및 허가접수 시 지급하기로 한 각 1억 3,000만 원, 합계 2억 6,000만 원을 DDDD에게 이미 지급하였다), 제2설계용역계약의 미지급금액 8억 5,320만 원은 계약 시 받기로 했던 1억 4,220만 원(이하 ‘③번 부분’이라 한다), 설계변경접수 시 받기로 했던 2억 8,440만원(이하 ‘④번 부분’이라 한다), 허가완료 시 받기로 했던 4억 2,660만 원(이하 ‘⑤번 부분’이라 한다)의 합계액이다. (1) ①번 부분의 매입세액 공제 여부 (가) 원고들과 DDDD는 ①번 부분에 대한 설계용역대금 지급 시기를 제1설계용역계약의 허가완료 시로 약정한 사실, 원고들이 2011. 8. 26. 이 사건 제1설계용역계약을 체결하고, 2012. 5. 7. 제1설계용역계약의 내용에 대한 건축허가를 받은 사실은 앞서 본 바와 같다. 이에 따라 ①번 부분에 대한 용역을 공급받은 시기는 그 대가를 실제로 받았는지 여부에 관계없이 제1설계용역계약에 따른 건축허가를 받은 2012. 5. 7.이라 할 것이고, 이는 2012년 제1기의 과세기간 내에 발생한 것이다. 즉, ①번 부분에 대한 설계용역대금은 이 사건 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간인 2013년 제2기에 속하지 않는다. 따라서 ①번 부분에 대한 세금계산서는 동일한 과세기간 내에 실제거래가 이루어진 것이 아닌데도 동일한 과세기간 내에 용역 등의 공급이 이루어진 것으로 작성되어 그 내용이 사실과 다른 것으로 보아야 하므로 ①번 부분, 즉 1억 3,000만 원에 대한 매입세액을 원고들의 2013년 제2분기 매출세액에서 공제할 수 없다. (나) 이에 대하여 원고들은 DDDD와 이 사건 지급합의에 따라 당초 제1설계용역계약의 설계용역대금 지급시기를 실제 지급이 있었던 2013. 12. 2.로 변경하였거나 당초 제1설계용역계약의 대금지급시기가 도래하기 전에 묵시적으로 이를 변경하였다고 주장한다. 중간지급조건부 용역공급의 경우 원칙적으로 당사자 사이의 약정에 의하여 대가의 각 부분을 분할지급받기로 한 때에 용역의 공급 시기가 도래하고, 각 분할지급시기가 도래하기 전에 당사자가 별도 약정으로 대가의 지급시기를 늦추기로 합의하였다면 그에 따라 용역의 공급 시기가 변경될 수 있지만, 분할지급시기가 도래한 이후에는 그와 같은 합의를 하더라도 원칙적으로 이미 발생한 부가가치세 납세의무에 영향을 미칠 수 없다(대법원 2015. 8. 19. 선고 2015두1588 판결 등 참조). 위 법리에 비추어 보건대, 원고들이 DDDD와 이 사건 제1, 2설계용역계약의 미지급대금을 정산하기 위해 약정한 이 사건 지급합의는 ①번 부분의 설계용역에 대한 공급 시기인 위 2012. 5. 7.이 도래한 이후에 이루어진 것이어서 이미 발생한 이 부분 부가가치세 납세의무에 영향을 미칠 수 없고, 이에 따라 용역의 공급시기가 변경되었다고 볼 수 없다. 나아가, 원고들이 위 공급 시기인 위 2012. 5. 7. 이전에 묵시적으로 ①번 부분 설계용역대금의 지급시기를 늦추기로 합의하였는지 살펴보건대, 이를 인정할 아무런 증거가 없다. 따라서 원고들의 주장을 받아들이기 어렵다. (2) ②번 부분의 매입세액 공제 여부 (가) 앞서 든 각 증거에 의하면, 제1설계용역계약 제4조 제3항은 ‘대가를 분할하여 지불하는 경우에 그 지불시기 및 지불금액을 다음과 같이 정함을 원칙으로 하되, 원고들과 DDDD가 협의하여 조정할 수 있다.’고 정하고 있는 사실, 이에 따라 원고들은 DDDD에게 일자의 특정 없이 제1설계용역계약의 전체 대금 중 20%에 해당하는 2억 6,000만 원씩을 3회에 걸쳐 1, 2, 3차 중도금으로 지급하기로 약정한 사실, 원고들은 2013. 12. 2. DDDD에게 이 사건 지급합의에 따라 1차 중도금 2억 6,000만 원, 즉 ②번 부분이 포함된 12억 원을 지급한 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실에 의하면, 원고들은 DDDD와 ②번 부분에 대한 설계용역대금 지급시기를 특정하지 않고 있던 중 이 사건 지급합의에 의하여 이를 2013. 12. 2.로 특정하였다. 위 일자는 이 사건 세금계산서의 실제작성일인 2013 11. 29.과 동일한 과세기간인 2013년 제2기에 속한다고 할 것이어서 ②번 부분에 대한 매입세액을 원고들의 2013년 제2분기 매출세액에서 공제할 수 있다. (나) 피고는, 통상적 용역공급의 경우 역무제공의 완료 시가 용역의 공급 시기가 되고, 이 사건 부지에 주상복합건물을 건설하기 위한 제2설계용역계약이 2013. 5. 26. 체결됨과 동시에 업무시설(오피스텔) 및 근린생활시설을 건설하기 위한 제1설계용역계약이 종료된 것이므로 ②번 부분에 대한 용역의 공급 시기는 결국 제2설계용역계약이 체결된 2013. 5. 26. 역무제공이 완료된 것으로 보아 결국 이 사건 세금계산서 실제작성일과 동일한 과세기간에 속하지 않는다고 주장한다. 살피건대, 앞서 든 각 증거에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 제2설계용역계약의 내용에는 앞서 체결된 제1설계용역계약의 효력을 상실시키는 명시적 규정이 없는 점, ② 원고들이 제2설계용역계약에 따른 건축허가도 받지 않은 상황에서 제1설계용역계약에 따른 이 사건 사업을 확정적으로 포기하였다고 볼 수 없는 점, ③ 제1설계용역계약이 실효되었다면, 제2설계용역계약에 따른 미지급금액만 정산하면 될 것임에도 이 사건 지급합의에 명시적으로 제1설계용역계약에 따른 미지급금액 3억 9,000만 원을 포함시킨 점 등을 종합하여 보면, 제2설계용역계약이 체결된 때에 체1설계용역계약이 효력을 상실하였다고 보기 어렵다. 따라서 피고의 주장을 받아들이기 어렵다. (3) ③번 부분의 매입세액 공제 여부 원고들과 DDDD는 ③번 부분에 대한 설계용역대금 지급 시기를 제2설계용역계약의 체결 시로 약정한 사실, 원고들이 DDDD와 2013. 5. 26. 제2설계용역계약을 체결한 사실은 앞서 본 바와 같다. 이에 따라 ③번 부분에 대한 설계용역을 공급받은 시기는 그 대가를 실제로 받았는지 여부에 관계없이 제2설계용역계약이 체결된 2013. 5. 26.이라 할 것이고, 이는 2013년 제1기의 과세기간 내에 발생한 것이다. 즉, ③번 부분에 대한 설계용역대금은 이 사건 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간인 2013년 제2기에 속하지 않는다. 따라서 ③번 부분에 대한 세금계산서는 동일한 과세기간 내에 실제거래가 이루어진 것이 아닌데도 동일한 과세기간 내에 용역 등의 공급이 이루어진 것으로 작성되어 그 내용이 사실과 다른 것으로 보아야 하므로 ③번 부분, 즉 1억 4,220만 원에 대한 매입세액을 원고들의 2013년 제2분기 매출세액에서 공제할 수 없다. (4) ④번, ⑤번 부분의 각 매입세액 공제 여부 원고들은 이 사건 제2설계용역계약에 따라 DDDD에게 설계변경접수 시 ④번 부분을, 허가완료 시 ⑤번 부분을 각 지급하기로 약정한 사실, 원고들은 2013. 11. 7. 대구광역시 건축위원회로부터 조건부 승인을 받았으나, 그 이후 2013. 11. 11. 이 사건 부지에 관한 소유권을 상실하게 되자 2013. 11. 29. 더 이상 이 사건 사업을 진행할 수 없다고 판단하여 DDDD와 이 사건 지급합의를 한 사실, 원고들은 2013. 12. 2. DDDD에게 이 사건 지급합의에 따라 제2설계용역계약에 따라 설계변경접수 시 받기로 했던 ④번 부분 및 ⑤번 부분이 포함된 12억 원을 지급한 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실에 의하면 제2설계용역계약에 따라 설계변경접수 시 받기로 했던 ④번 부분 및 허가완료 시 받기로 했던 ⑤번 부분에 대한 각 용역의 공급 시기가 도래하지 않던 중, 원고들은 DDDD와 이 사건 지급합의에 의하여 위 설계용역대금의 지급시기를 모두 2013. 12. 2.로 약정하였다고 볼 것이다. 위 일자는 이 사건 세금계산서의 실제작성일인 2013 11. 29.과 동일한 과세기간인 2013년 제2기에 속한다고 할 것이어서 ④번, ⑤번 부분에 대한 매입세액을 원고들의 2013년 제2분기 매출세액에서 공제할 수 있다. (5) 소결 따라서 원고들의 2013년도 제2분기 매출액에서 이 사건 세금계산서의 매입액 12억 원 중 ①번 부분 1억 3,000만 원, ③번 부분 1억 4,220만 원, 합계 2억 7,220만 원(= 1억 3,000만 원 + 1억 4,220만 원)은 공제되어서는 아니 되고, 나머지 매입액 9억 2,780만 원(= 12억 원 - 2억 7,220만 원)은 공제되어야 한다. 마. 정당한 세액의 산정 및 취소의 범위 1) 과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 한다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등). 2) 이 사건에 관하여 보건대, 공급가액 12억 원인 이 사건 세금계산서의 매입세액 1억 2,000만원 중 앞서 살펴본 위 9억 2,780만 원에 대한 매입세액은 공제되어야 함에도 이 사건 매입세액 전부를 공제하지 않는다는 이 사건 환급거부처분 및 이를 전제로 원고들에게 가산세를 부과한 이 사건 부과처분은 위법하므로, 결국 이 사건 각 처분은 위법하다. 따라서 이 사건에서 정당한 환급세액은 [별지 1] 환급세액 산정표의 정당세액란 중 차감고지세액(환급세액)란 기재와 같이 9,278만 원이 되므로 정당한 환급거부 처분 액수는 2,722만 원(= 이 사건 매입세액 1억 2,000만 원 - 정당한 환급세액 9,278만 원)이 되고, 가산세는 [별지 1] 가산세액 산정표의 액수란 중 합계란 기재와 같이5,444,000원이 된다. 결국 이 사건 환급거부처분 중 2,722만 원을 초과하는 부분 및 이사건 부과처분 중 5,444,000원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다. 3. 결 론 그렇다면, 이 사건 각 처분 중 위 각 세액을 초과하는 부분에 한하여 위법하여 이를 취소하여야 할 것인데, 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결 중, 이 사건 환급거부처분 중 2,722만 원 및 이 사건 부과처분 중 5,444,000원에 해당하는 피고 패소 부분을 취소하고, 그에 해당하는 원고들의 청구를 모두 기각하며, 피고의 원고들에 대한 나머지 항소는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2015누7280

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

부가가치세법 시행령 제14조 제29조

부가가치세법 제5조 제8조 제16조 제38조 제39조

부가가치세법 시행규칙 제13조 제20조

[ 참조판례 ]

대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527
대법원 2003. 11. 28. 선고 2002두3089
대법원 2004. 11. 18. 선고 2002두5771
대법원 2012. 7. 26. 선고 2010두12552

[ 참조판례 체계도 ]