+ - 북마크 저장 [행정] 1심사건

서울행정법원 2015.12.24 선고 2015구합64817 판결

관계기업 기준 매출액이 1천억 원을 초과하는 경우 중소기업 유예기간 적용이 배제됨[국승] 전체 매출액이 관계기업 기준인 1천억 원을 초과하는 경우, 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 본문의 중소기업 유예기간 적용이 배제되는 것임

사 건	2015구합64817 법인세부과처분취소
원 고	AAAAAAA 주식회사
피 고	BB세무서장
변 론 종 결	2015. 11. 5.
판 결 선 고	2015. 12. 24.

【주문】 1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고가 부담한다. 【청구취지】 피고가 2013. 11. 7. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 법인세 142,032,630원의 부과처분을 취소한다. 【이유】 1. 처분의 경위 가. 중소기업기본법 시행령과 조세특례제한법 시행령의 개정 경과 1) 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정된 중소기업기본법 시행령은 중소기업의 범위를 정하는 제3조 제2호에서 중소기업의 실질적인 독립성의 요건으로 (다)목을 추가하여 ‘관계회사’1)에 속하는 기업의 경우에는 제7조의22)에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 ‘상시근로자수등’이라 한다)이 제3조 제1호에 따른 기준을 초과하는 기업이 아닐 것‘을 규정하였고, 그 부칙 제1조 제1호는 제3조 제2호 (다)목의 개정규정은 2011. 1. 1.부터 시행한다고 규정하였다. 2) 이후 조세특례제한법 시행령이 2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되면서, 제2조 제1항 제3호 전단에서 ‘실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 (가)목부터 (다)목까지의 규정에 적합할 것’을 규정하면서, 후단에서 “이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 (다)목을 적용할 때 ‘중소기업기본법 시행령 제3조 제1호에 따른 기준을 초과하는’은 ‘조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분단서에 따른 기준에 해당하는’으로 본다고 규정하여, 결국 ‘관계회사에 속하는 기업의경우에는 중소기업기본법 시행령 제7조의2에 따라 산정한 상시근로자수등이 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는 기업이 아닐 것’(이하 ‘관계기업 기준’이라 한다)을 중소기업의 요건으로 규정하였다. 한편, 위 시행령 부칙 제1조에서 제2조 제1항 제3호 전단[중소기업기본법 시행령 제3조 제2호(다)목의 부분만 해당한다] 및 후단의 개정규정은 2012. 1. 1.부터 시행한다고 규정하였다. 나. 관계기업의 매출액 추이 외부감사대상기업인 원고가 2012 사업연도말 현재 소외 CCCC 주식회사(이하 ‘소외 회사’라 한다)의 주식 49.51%를 취득함으로써, 원고와 소외 회사는 구 중소기업기본법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 중소기업기본법 시행령’이라 한다)상의 관계기업에 해당하게 되었다. 원고와 소외 회사의 사업연도별 매출액 추이는 아래와 같다. (단위: 원)

구분	2009	2010	2011	2012
원고	84,201,467,505	91,041,299,860	92,116,188,216	100,053,194,273
소외 회사	8,496,219,000	16,167,183,021	21,901,600,109	44,591,417,510

다. 법인세 신고 원고는 2012 사업연도 법인세를 신고하면서, 비록 원고 회사의 당해 사업연도 매 출액이 구 조세특례제한법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제2조 제1항 단서에 규정된 중소기업 제외사유인 1천억 원을 초과하고 있기는 하나, 같은 법 제2조 제5항에 따라 원고는 중 소기업으로 보는 유예기간의 적용을 받게 되므로, 여전히 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다)에 따른 중소기업 세액공제 혜택을 받을 수 있다고 주장하면서, 같은 법 제7조의2, 제10조, 제26조에 규정된 세액공제율을 적용하여 법인세를 신고・납부하였다. 라. 부과처분 반면에 피고는, 구 중소기업기본법 시행령 제7조의4에 따라 산정한 원고의 전체 매출액이 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호에 규정된 관계기업 기준인 1천억 원을 초과하였고, 따라서 원고에 대하여는 같은 조 제2항 단서에 따라 중소기업으로 보는 유예기간의 적용이 배제된다는 이유로, 2013. 11. 7. 원고에게 2012 사업연도 법인세 142,032,630원(가산세 포함)을 경정・고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 마. 전심절차 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2014. 2. 4. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으 나, 2015. 3. 9. 기각 결정을 받았다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5, 6호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 처분의 적법 여부 가. 원고의 주장 첫째, 원고는 구 중소기업기본법 시행령 제7조의4에 따라 소외 회사의 매출액을 합산하지 아니한 원고 회사의 단독 매출액만으로도 2012 사업연도에 최초로 중소기업요건인 1천억 원을 초과하게 되므로, 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 본문에따라 중소기업으로 보는 유예기간의 적용을 받게 된다(주위적 주장). 또한, 원고는 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호의 개정으로 중소기업에서 제외된 경우에 해당하므로, 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항에 의하더라도 유예기간의 적용을 받게 된다. 둘째, 구 중소기업기본법 시행령 제3조의3 및 제3조 제1항 제1호 (라)목에 따라 직전 3개 사업연도(2009, 2010, 2011 사업연도)의 평균 매출액을 산정하면 1천억 원 미만이 되므로, 원고는 관계기업 기준을 초과하지 아니하였다(예비적 주장). 나. 관계 법령 별지 관계 법령의 기재와 같다. 다. 판 단 1) 중소기업 여부의 판단기준이 되는 사업연도 구 조세특례제한법에 규정된 중소기업 조세특례의 적용대상인 중소기업의 해당 여부나 유예 여부는 구 조세특례제한법과 구 조세특례제한법 시행령에 따라 판단하여야 하고, 중소기업기본법령에 의하여 판단할 수 없다(대법원 2015. 4. 23. 선고 2013두10458 판결 참조). 그러므로 이 사건에서 원고 주장과 같이 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제1호 (라)목을 적용하여 ‘직전 3개 사업연도의 평균 매출액’을 기준으로 구 조세특례제한법 시행령상의 관계기업 기준 초과 여부를 판단한다고 볼 아무런 근거가 없고(구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호는 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호만을 원용하고 있을 뿐이다), 해당 매출액은 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제4항 및 구 조세특례제한법 시행규칙(2013. 2. 23. 기획재정부령 제322호로 개정되기 전의 것) 제2조 제4항에 따라 당해 사업연도의 매출액을 기준으로 삼아야 할 것이다(제4항의 매출액에 관해서는 어느 사업연도를 기준으로 할 것인지 위 시행규칙에 명시된바 없으나, 같은 조 제2항의 종업원수, 제3항의 자기자본, 제5항의 자산총액은 모두 해당 과세연도를 기준으로 하도록 규정되어 있는바, 매출액 역시 같은 사업연도를 전제로 규정된 것으로 보인다). 나아가 구 중소기업기본법 시행령 제7조의4 제1항 [별표 2]에 따르면, 원고는 소외 회사의 주식 49.51%를 소유하면서 위 회사를 직접, 형식적으로 지배하고 있는 경우에 해당하고, 이 경우 원고의 전체 매출액은 ‘지배기업의 매출액에 지배기업의 종속기업에 대한 주식등의 소유비율과 종속기업의 매출액을 곱하여 산출한 매출액을 합산한 금액’, 즉 122,130,405,082원[= 100,053,194,273원 + (44,591,417,510원 × 49.51%)]이 되므로 관계기업 기준을 초과한다. 2) 유예기간의 적용 여부 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 본문에서 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 ‘유예기간’이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다.”라고 규정하고 있음은 원고 주장과 같다. 그러나 구 중소기업기본법 시행령 제7조의4에 따라 산정한 원고의 전체 매출액이 관계기업 기준인 1천억 원을 초과함은 앞서 본 바와 같고, 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서는 이러한 경우 본문의 유예기간을 적용하지 아니한다고 규정하고 있으므로, 원고의 경우에도 같은 항 본문의 유예기간 적용이 배제된다고 봄이 타당하다. 이에 대하여 원고는, 원고 회사의 경우 2012 사업연도에 단독 매출액이 최초로 1천억 원을 초과하였으므로 이러한 경우 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 본문의 유예기간이 우선 적용되어야 한다고 주장하나, 구 중소기업기본법 시행령 및 구 조세특례제한법 시행령이 중소기업 요건으로 관계기업 기준을 도입한 목적은 실질적으로 중소기업으로 볼 수 없는 기업집단에 대하여는 조세감면 혜택을 부여하지 않겠다는 취지인 점, 구 중소기업기본법 시행령 및 구 조세특례제한법 시행령이 2009. 3. 25.부터 관계기업 기준을 순차 도입하면서도 그 시행은 2012. 1. 1.로 늦춤으로써 사실상 유예기간을 부여한 점, 원고와 같이 해석할 경우 지배기업의 단독 매출액이 1천억 원에 미치지 못하는 경우에만 유예기간의 적용이 배제됨으로써 오히려 관계기업 기준의 도입취지에 역행하는 결과가 되는 점 등의 사정을 종합해 볼 때, 위 주장은 이유 없다(원고가 근거로 들고 있는 대법원 2013. 2. 14. 선고 2012두17520 판결, 대전지방법원2015. 1. 14. 선고 2014구합3176 판결 등은 구 조세특례제한법 시행령상의 관계기업기준이 시행되기 전에 이미 진행되고 있던 유예기간의 실효 여부에 관한 것으로서 이사건과 사안이 다르다). 한편, 원고는 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항에 규정된 유예기간의 적용을 주장하기도 하나, 위 규정은 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호, [별표1] 및 [별표 2]에 규정된 기존의 규모기준, 상호출자제한 기준, 자산총액 5천억 원 이상 법인의 직・간접 소유기준 및 관계기업 기준이 변경됨으로써 새로이 중소기업에 해당하게 되거나 중소기업에 해당하지 않게 되는 경우에 적용되는 것이고, 구 중소기업기본법 시행령 및 구 조세특례제한법 시행령에 새로 관계기업 기준을 도입함에 따른 유예기간은 각 시행령 부칙에서 별도로 정하였음은 앞서 본 바와 같으므로, 원고의 위 주장도 이유 없다. 3. 결 론 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 관계 법령 ▣ 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제5조(중소기업 투자 세액공제) ① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 중소기업 이라 한다)을 경영하는 내국인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산에 2012년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 3에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세[사업소득(「소득세법」 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득은 포함하지 아니한다. 제126조의2 및 제132조를 제외하고 이하에서 같다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다. 1. 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산(이하 사업용자산 이라 한다) 2. 「유통산업발전법」에 따른 판매시점 정보관리 시스템설비(이하 판매시점 정보관리 시스템설비 라한다) 3. 「국가정보화 기본법」 제3조 제6호에 따른 정보보호시스템에 사용되는 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(이하 정보보호 시스템설비 라 한다) ▣ 구 조세특례제한법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것) 제2조(중소기업의 범위) ① 「조세특례제한법」(이하 법 이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 대통령령으로 정하는 중소기업 이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 하수・폐기물 처리(재활용을 포함한다)・원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상・오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터 프로그래밍・시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다), 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 법 제7조 제1항 제1호 커목에 따른 직업기술 분야 학원, 제5조 제6항에 따른 엔지니어링사업, 제5조 제8항에 따른 물류산업, 제6조 제1항에 따른 수탁생산업, 제54조 제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업, 「해운법」에 따른 선박관리업,「의료법」에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 「관광진흥법」에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다), 「노인복지법」에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업, 「노인장기요양보험법」 제32조에 따른 재가장기요양기관을 운영하는 사업,「전시산업발전법」에 따른 전시산업, 「에너지이용 합리화법」제25조에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업, 「근로자직업능력 개발법」에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업, 건물 및 산업설비 청소업, 경비 및 경호 서비스업, 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 중소기업 이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다. 1. 상시 사용하는 종업원수・자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 중소기업기준 이라 한다) 이내일 것 2. 삭제 3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 은 「조세특례제한법 시행령」 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는 으로 본다. ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하이 조에서 유예기간 이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다. 1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우 2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우 3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우 4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우 ④ 제1항 각호외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원수・자기자본・자본금・매출액・자산총액 및 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. ⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. ▣ 구 조세특례제한법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것) 제2조(중소기업의 범위) ① (생략) 3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제2호 다목을 적용할 때 제1호에 따른 기준을 초과하는 은 「조세특례제한법 시행령」 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는 으로 본다. ▣ 조세특례제한법 시행령 부칙(2010. 12. 30.) 제1조(시행일) 이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제106조 제7항 제49호의 개정규정은 2011년 3월 1일부 터 시행하고, 제16조의2 제2항 및 제108조 제3항부터 제5항까지의 개정규정은 2011년 4월 1일부터 시행하며, 제69조 제3항 및 제69조의2의 개정규정은 2011년 7월 1일부터 시행하고, 제2조 제1항 제3호전단(「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호 다목의 부분만 해당한다) 및 후단의 개정규정은 2012년1월 1일부터 시행한다. ▣ 구 조세특례제한법 시행규칙(2013. 2. 23. 기획재정부령 제322호로 개정되기 전의 것) 제2조(중소기업의 범위) ② 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호에 따른 상시 사용하는 종업원수는 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자[주주인 임원, 「소득세법 시행령」 제20조에 따른 일용근로자,「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조 제1항 제2호에 따른 기업부설연구소 및 연구개발전담부서의 연구전담요원 및 「근로기준법」 제2조 제1항 제8호에 따른 단시간근로자(이하 이 항에서 ‘단시간근로자’라 한다) 중 1개월간의 소정근로시간이 60시간 미만인 근로자는 제외한다] 수로 한다. 이 경우 종업원수는 해당 과세연도의 매월 말일 현재의 인원을 합하여 해당 월수로 나눈 인원을 기준으로하여 계산하며, 단시간근로자 중 1개월간의 소정근로시간이 60시간 이상인 근로자 1명은 0.5명으로 하여 계산한다. ③ 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 자기자본은 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 대차대조표(이하 이 조에서 대차대조표 라 한다)상의 자산에서 부채를 차감한 금액으로 한다. ④ 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호에 따른 매출액은 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액으로 한다. 다만, 창업・분할・합병의 경우 그 등기일의 다음 날(창업의 경우에는 창업일)이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액을 말한다. ⑤ 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 자산총액은 과세연도 종료일 현재 대차대조표상의 자산총액으로 한다. ⑥ 영 제2조 제1항 제1호에 따른 자본금은 다음 각 호의 금액으로 한다. 1. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제15항 제3호에 따른 주권상장법인과 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업의 경우에는 대차대조표상의 자본금과 자본잉여금을 합한 금액 2. 제1호 외의 기업인 경우에는 대차대조표상의 자본금과 대차대조표상의 자산에서 부채를 차감한 금액 중 큰 금액 ⑦ 영 제2조 제4항에 따른 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조 제2항을 준용한다. ▣ 구 중소기업기본법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 3. 관계기업 이란 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 외부감사대상기업 이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. 제3조(중소기업의 범위) ① 「중소기업기본법」(이하 법 이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다. 1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다. 가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업 나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업 다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업 라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업 2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업 가. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사 나. 제1항 제1호 나목에 따른 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조 제2항을 준용한다. 1) 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원 2) 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족 다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 상시근로자수등 이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업 제3조의3(중소기업 여부의 판단 및 적용기간) ① 제3조에 따른 중소기업 해당 여부에 대한 판단은 그 기업의 직전 사업연도의 상시근로자수등을 기준으로 하되, 중소기업 여부의 적용기간은 직전 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날부터 1년간으로 한다. ② 제1항에 따른 중소기업 여부의 판단 등에 관한 세부적인 사항은 중소기업청장이 따로 정한다. 제7조의4(관계기업의 상시근로자수등의 산정) ① 관계기업에 속하는 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등의 산정은 별표 2에 따른다. ③ 제1항에 따른 상시근로자수등은 관계기업에 속하게 된 사업연도의 직전 사업연도의 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등에 따른다. [별표 1] 중소기업의 업종별 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모기준(제3조 제1항 제1호 관련) (생략) [별표 2] 관계기업의 상시근로자수등의 산정기준(제7조의4 제1항 관련) 1. 이 표에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 가. “형식적 지배”란 지배기업이 종속기업의 주식등을 100분의 50 미만으로 소유하고 있는 것을 말한다. 나. “실질적 지배”란 지배기업이 종속기업의 주식등을 100분의 50 이상으로 소유하고 있는 것을 말한다. 다. “직접 지배”란 지배기업이 자회사(지배기업의 종속기업을 말한다. 이하 이 표에서 같다) 또는 손자기업(자회사의 종속기업을 말하며, 지배기업의 종속기업으로 되는 경우를 포함한다. 이하 이표에서 같다)의 주식등을 직접 소유하고 있는 것을 말한다. 라. “간접 지배”란 지배기업이 손자기업의 주주인 자회사의 주식등을 직접 소유하고 있는 것을 말한다. 2. 지배기업이 종속기업에 대하여 직접 지배하되 형식적 지배를 하는 경우에는 지배기업 또는 종속기업의 상시근로자수등으로 보아야 할 상시근로자수등(이하 “전체 상시근로자수등”이라 한다)은 다음 각 목에 따라 계산한다. 가. 지배기업의 전체 상시근로자수등은 그 지배기업의 상시근로자수등에 지배기업의 종속기업에 대한 주식등의 소유비율과 종속기업의 상시근로자수등을 곱하여 산출한 상시근로자수등을 합산한다. 나. 종속기업의 전체 상시근로자수등은 그 종속기업의 상시근로자수등에 지배기업의 종속기업에 대한 주식등의 소유비율과 지배기업의 상시근로자수등을 곱하여 산출한 상시근로자수등을 합산한다. 3. 지배기업이 종속기업에 대하여 직접 지배하되 실질적 지배를 하는 경우에는 지배기업 또는 종속기업의 전체 상시근로자수등은 다음 각 목에 따라 계산한다. 가. 지배기업의 전체 상시근로자수등은 그 지배기업의 상시근로자수등에 종속기업의 상시근로자수등을 합산한다. 나. 종속기업의 전체 상시근로자수등은 그 종속기업의 상시근로자수등에 지배기업의 상시근로자수등을 합산한다. ▣ 구 중소기업기본법 시행령(2009. 11. 19. 대통령령 제21831호로 개정되기 전의 것) 제3조(중소기업의 범위) 「중소기업기본법」(이하 법 이라 한다) 제2조 제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다. 1. 해당 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다. 가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업 나. 자산총액(직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억원 이상인 법인. 이 경우 외국법인의 자산총액을 원화로 환산할 경우에는 직전 사업연도 말일 현재의 종가환율 또는 직전 사업연도의 평균환율을 적용하여 환산한 금액 중 적은 것으로 한다. 다. 자기자본이 5백억원 이상인 기업 라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업 2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목 모두에 해당하는 기업 다. 관계회사에 속하는 기업의 경우에는 제7조의2에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 상시근로자수등 이라 한다)이 제1호에 따른 기준을 초과하는 기업이 아닐 것 ▣ 중소기업기본법 시행령 부칙(2009. 3. 25.) 제1조(시행일) 이 영은 2009년 3월 27일부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각각 다음 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다. 1. 제2조 제3호, 제3조 제2호 다목, 제3조의2, 제7조의2 및 별표 2의 개정규정: 2011년 1월 1일 제2조(경과조치) 이 영 시행 당시 종전의 규정에 따라 중소기업에 해당하는 기업이 이 영 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 2011년 12월 31일까지는 중소기업으로 본다. 다만, 제2조 제3호, 제3조 제2호 다목, 제3조의2 및 제7조의2의 개정규정에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 그러하지 아니하다. 끝.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2015구합64817

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

조세특례제한법 시행규칙 제2조

조세특례제한법 제5조

근로기준법 제2조

소득세법 제45조

노인장기요양보험법 제32조

에너지이용 합리화법 제25조