+ - 북마크 저장 [행정] 항소사건

서울고등법원 2013.07.19 선고 2012누12251 판결

제척기간이 경과한 사업연도의 세액감면 소급 적용 가능 여부[국승] 경정청구기한은 물론 제척기간도 경과하여 직권감액 경정결정조차 할 수 없는 사업연도의 경우 중소기업 세액감면의 요건을 충족한다고 하더라도 소급하여 이를 감면받을 수 없는 것임

사 건	2012누12251 법인세 부과처분 취소
원고, 항소인	주식회사 AAA
피고, 피항소인	종로세무서장
제1심 판 결	서울행정법원 2012. 4. 6. 선고 2011구합27049 판결
변 론 종 결	2013. 5. 7.
판 결 선 고	2013. 7. 19.

【주문】 1. 원고의 항소를 기각한다. 2. 항소비용은 원고가 부담한다. 【청구취지및항소취지】 제1심 판결을 취소한다. 주위적으로， 피고가 2010. 6. 11. 원고에 대하여 한 2006사업연도 법인세 OOOO원의 부과처분 중 OOOO원을 초과하는 부분을 취소한다. 예비적으로， 피고가 2010. 6. 11. 원고에 대하여 한 2006사업연도 법인세 OOOO원의 정수처분과 가산세 OOOO원의 부과처분을 각 취소한다. 【이유】 1. 법인세 갑 제1， 2호증， 을 제1호증， 을 제2호증의 1， 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 아래의 사실이 인정된다. [1] ○ 원고는 서울시 종로구에 본점과 공장시설을 갖추고 귀금속 제조업을 영위하다가 2001. 7. 6. 본점과 공장시설을 전라남도 남원시로 이전하였다. ○ 이에 따라 원고가 2001사업연도 내지 2004사업연도에 「조세특례제한법」 제63조 소정의 세액감면(이하 ‘지방이전 세액감면’)을 적용받아 법인세 OOOO원의 세액감면을 받았다. ○ 그러다가 원고가 2006. 4. 6. 본점을 서울시 종로구로 재이전하였다. [2] ○ 원고는 2006사업연도 법인세로 OOOO원을 신고 ・ 납부하였는데， 서울지방국세청장이 원고에게， 위와 같은 본점 재이전에 따라 위와 같이 지방이전 세액감면을 적용받았던 OOOO원 및 「조세특례제한법」 제63조 소정의 이자를 2006사업연도 법인세로 납부하여야 하니 2006사업연도 법인세의 수정신고를 하라고 안내하였다. ○ 이에 따라 원고가 2008. 10.경 2006사업연도 법인세의 수정신고(이하 ‘제1차 수정신고’)를 하였다. ○ 당시 원고는 △ 위와 같이 2001사업연도 내지 2004사업연도에 지방이전 세액감면을 적용받았던 OOOO원을 합산하는 한편， △ 2001사업연도 내지 2004사업연도에 「조세특례제한법」 제7조 소정의 세액감면(이하 ‘중소기업 세액감면’)을 적용받아 법인세 OOOO원의 세액감면을 받을 수 있었다는 이유로 위 OOOO원에서 위 OOOO원을 차감하고， △ 「조세특례제한법」 제63조 소정의 이자를 합산하였다. ○ 이에 따라 원고가 △ 당초 신고 ・ 납부한 OOOO원을 포함한 2006사업연도 법인세 OOOO원，D 납부불성실 가산세 OOOO원， 합계 OOOO원(= OOOO원 + OOOO원)을 신고하였다. ○ 원고는 제1차 수정신고의 세액을 모두 납부하였다. [3] ○ 그러자 서울지방국세청장이 2010. 4.경 원고에게 ‘지방이전 중소기업 감면 수정신고 안내’라는 제목의 문서를 보내어， 2001사업연도와 2002사업연도 법인세에 관하여는 부과제척기간이 도과하여 중소기업 세액감면을 적용받을 수 없으니， 제1차 수정신고 당시 중소기업 세액감면으로 차감하였던 OOOO원 중 2001사업연도와 2002사업연도에 해당하는 부분을 차감에서 제외하여 다시 신고하라고 안내하였다. ○ 당시 서울지방국세청장은 위 문서 말미에 “이 통지에 대하여 이의가 있는 때에는 통지서를 받은 날로부터 10일 이내에 해명자료를 제출하여 주시기 바랍니다”라고 기재하였다. ○ 이에 따라 원고가 2010. 4. 14. 다시 2006사업연도 법인세의 수정신고(이하 ‘제2차 수정신고’)를 하였다. ○ 당시 원고는， 제1차 수정신고 당시 중소기업 세액감면으로 차감하였던 OOOO원 중 2001사업연도와 2002사업연도에 해당하는 부분인 OOOO원을 차감에서 제외하고，「조세특례제한법」 제63조 소정의 이자를 추가로 합산하였다. ○ 이에 따라 원고가 6 2006사업연도 법인세 OOOO원，6 납부불성실 가산세 OOOO원을 추가로 신고하였다. ○ 원고는 제2차 수정신고의 세액을 납부하지 않았다. [4] ○ 그러자 피고가 2010. 6. 11. 원고에게 ‘납부서’를 보내어，△ 제2차 수정신고의 2006 사업연도 법인세 OOOO원，△ 제2차 수정신고의 납부불성실 가산세 OOOO원，△ 제2차 수정신고 이후 2010. 6. 11.까지의 납부불성실 가산세 OOOO원， 합계 OOOO원(= OOOO원 + OOOO원 + OOOO원)에서 10원 미만을 절삭 한 OOOO원을 납부하라고 고지(이하 ‘이 사건 납부고지’)하였다. ○ 원고가 이에 불복하여 2010. 9. 8. 심판청구를 제기하였으나 2011. 5. 20. 기각되었고， 2011. 5. 25. 그 결정문을 송달받아 2011. 8. 18. 이 사건 소를 제기하였다. 2. 원고의 주장 가. 주위적 청구 원고가 2006. 4. 6. 본점을 서울시 종로구로 재이전하여 2001사업연도 내지 2004사업연도에 지방이전 세액감면을 적용받았던 OOOO원 및 이자를 2006사업연도 법인세로 납부해야 했는데， 제2차 수정신고는 과세관청이 실질적으로 과세표준과 세액에 대한 경정을 마친 후 이를 통지하는 의미에서 원고에게 수정신고를 요구하는 내용의 안내문을 보냄에 따라 원고가 이에 불응할 경우의 불이익을 피하기 위해 어쩔 수 없이 한 것이므로 제2차 수정신고는 「국세기본법」 제45조 제1항 소정의 수정신고에 해당하지 아니한다. 따라서 OOOO원의 이 사건 납부고지는 제1차 수정신고의 OOOO원에다가 OOOO원을 증액하여 2006사업연도 법인세를 OOOO원(= OOOO원 + OOOO원)으로 경정하는 부과처분이다. 그런데 이 사건 납부고지는 2001사업연도와 2002사업연도에 중소기업 세액감면을 적용받을 수 없음을 이유로 한 것이어서 위법하고， 이러한 중소기업 세액감면을 적용한 정당한 세액은 제1차 수정신고의 OOOO원이므로， 위와 같이 OOOO원의 부과처분인 이 사건 납부고지 중 OOOO원을 초과하는 부분의 취소를 구한다. 나. 예비적 청구 제2차 수정신고가 「국세기본법」 제45조 제1항 소정의 수정신고에 해당한다면， 이 사 건 납부고지는 △ 제2차 수정신고의 법인세 OOOO원에서 10원 미만을 절삭한 OOOO원의 징수처분，△ 제2차 수정신고의 납부불성실 가산세 OOOO원과 제 2차 수정신고 이후 2010. 6. 11.까지의 납부불성실 가산세 OOOO원을 합한 납부불성실 가산세 OOOO원(= OOOO원 + OOOO원)의 부과처분이다. 제2차 수정선고는 앞서 본 경위에 비추어 볼 때 무효이므로 이러한 하자가 위 징수처분에 승계되는 한편 이 사건 납부고지는 2001사업연도와 2002사업연도에 중소기업 세액감면을 적용받을 수 없음을 이유로 한 것이어서 위법하므로， 위와 같이 OOOO원의 징수처분 및 OOOO원의 부과처분인 이 사건 납부고지의 취소를 구한다. 3. 중소기업 세액감면 원고의 주위적 청구와 예비적 청구는 이 사건 납부고지를 부과처분으로 볼 것인지 아니면 정수처분으로 볼 것인지에 따른 것이면서， 이 사건 납부고지가 2001사업연도와 2002사업연도에 중소기업 세액감면을 적용받을 수 없음을 이유로 한 것이어서 위법하다는 주장을 공통으로 하고 있으므로， 먼저 위 사업연도에 중소기업 세액감면을 적용 받을 수 있는지에 관하여 살펴본다. 가. 지방이전 세액감면 (1) 원고가 2001. 7. 6. 본점과 공장시설을 서울 종로구에서 전북 남원시로 이전하 였는바， 2000. 12. 29. 개정된 「조세특례제한법J (이하 ‘조세특례제한법’) 제63조는， 수도권 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인으로서 창업후 2년이 경과된 중소기업이 대통령령이 정하는 바에 따라 수도권 외의 지역으로 그 공장시설을 전부 이전(본점 또는 주사무소가 수도권 안에 소재하는 경우에는 당해 본점 또는 주사무소도 함께 이전 하는 경우에 한한다)하여 2003. 12. 31.까지 사업을 개시한 때에는 이전후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을， 그 다음 5년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하였다. 2001. 12. 29. 개정된 조세특례제한법 제63조 제2항은， 제1항의 규정에 의하여 감면의 적용을 받은 중소기업이 대통령령이 정하는 바에 따라 공장을 수도권 외의 지역으로 이전하여 사업을 개시한 경우에 해당하지 아니하는 때에는 당해 사유가 발생한 과세연도의 과세 표준신고시 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 법인세로 납부하여야 한다고 규정하였다. 2001. 12. 31. 개정된 조세특례제한법 시행령 제60조는， 조세특례제한법 제63조 제2항에서 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액이라 함은 공장의 이전일 이후 조세특례제한법 제63조 제1항에 의하여 감면받은 법인세액을 말한다고 규정하였다. 한편으로 조세특례제한법 제63조 제3항은， 제1항의 규정에 의하여 감면받은 법인세액을 제2 항의 규정에 의하여 납부하는 경우에는 제49조 제2항을 준용하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당 가산액을 납부하여야 한다고 규정하였다. 위와 같은 규정들은 조세특례제한법이 2005. 12. 31. 개정되기 전까지， ‘수도권 외의 지역’이 ‘수도권 과밀억제권역 외의 지역’으로 변경되고， 세액감면이 적용되는 과세연도가 변경 된 것 이외에는 그대로 유지되었다. (2) 위와 같은 규정들에 의하면 조세특례제한법 제63조 소정의 지방이전 세액감면은， 중소 기업이 공장시설을 수도권 외로 이전한 경우 법인세액을 감면받고， 그 후 공장시설을 수도권 내로 재이전하면， 종전 사업연도에 감면받았던 법인세액 및 이자를 공장시설 재이전 일자가 속하는 당해 사업연도의 법인세로 납부해야하는 것이다. 이러한 지방이전 세액감면은， 공장시설을 수도권 외로 이전하는 것에 대하여 법인세 액 감면의 혜택을 부여하여 공장시설 이전을 유도하는 한편 그러한 이전 이후 공장시설을 수도권 내로 재이전하는 경우에는 종전에 부여하였던 법인세액 감면의 혜택을 박 탈하는 제재를 가함으로써 공장시설 이전의 실효성을 확보하려는 것이다. 위와 같이 혜택을 박탈하여 제재를 가하는 것은， 지방이전 세액감면을 적용받았던 종전 사업연도 법인세에 관하여 지방이전 세액감면의 적용을 사후적으로 배제하여 종 전 사업연도 법인세를 경정하는 방법에 의할 수도 있고， 한편으로 종전 사업연도에 지방이전 세액감면을 적용받았던 법인세액을 공장시설 재이전 일자가 속하는 당해 사업연도 법인세로 납부하도록 하여 종전에 감면받았던 법인세액을 환수하는 방법에 의할 수도 있다고 할 것인데， 조세특례제한법 제63조는 후자의 방법을 택한 것이다. (3) 따라서 조세특례제한법 제63조는， 공장시설을 수도권 내로 재이전한 경우 지방이전 세액감면을 적용받았던 종전 사업연도 법인세에 관하여는 당시의 신고에 의하여 확정되었던 법인세 납부의무에 변동이 생기지 않도록 한 것이다. 나. 중소기업 세액감면 (1) 2000. 12. 29. 개정된 조세특례제한법 제7조는， 제조업 등을 영위하는 중소기업에 대하 여 2003. 12. 31. 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 법인세에 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다고 규정하면서， 수도권 외 의 지역에서 중소기업을 영위하는 내국인에 대한 감면비율을 100분의 30으로 규정하였다. 2003. 12. 30. 개정된 조세특례제한법 제7조는， 위와 같이 2003. 12. 31. 이전에 종료하는 과세연도까지 감면한다고 규정하였던 것을 2005. 12. 31. 이전에 종료하는 과세연도까지 감면한다고 규정하였다. 한편으로 2005. 12. 31. 개정되기까지의 조세특례제한법 제127조 제5항은， 내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 조세특례제한법 제63조와 조세특례제한법 제7조 등에 의한 법인세 감면규정 중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이 를 적용받을 수 있다고 규정하였다. (2) 위와 같은 규정에 의하면 조세특례제한법 제7조 소정의 중소기업 세액감면은， 수도권 외에서 중소기업을 영위하는 경우 법인세액을 감면받는 것이고， 이러한 중소기업 세액 감면은 그 감면요건이 충족되면 당연히 감면되는 것으로서 감면신청이 있어야만 감면 되는 것은 아니다(대법원 2004. 11. 12. 선고 2003두773 판결). 따라서 중소기업이 공장시설을 수도권 외로 이전하여 그 사업을 영위하는 경우 지방 이전 세액감면 요건을 충족하는 한편 중소기업 세액감면 요건도 충족하게 되는데， 이러한 경우 조세특례제한법 제127조 제5항에 의하면， 지방이전 세액감면과 중소기업 세액감면 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있고， 이는 납세의무자에게 선택권을 부여한 것이 다. 위와 같은 선택권을 행사하여 지방이전 세액감면을 적용받다가 공장시설을 수도권 내로 재이전한 경우 앞서 본 바와 같이 조세특례제한법 제63조에 의하여， 종전 사업연도에 지방이전 세액감면을 적용받았던 법인세액 및 이자를 공장시설 재이전 일자가 속하는 당 해 사업연도 법인세로 납부해야 하는데， 이러한 공장시설 재이전은 납세의무자 자신의 의사에 기한 것이고， 위와 같이 당해 사업연도 법인세로 납부해야 하는 것은 종전에 부여하였던 법인세액 감면의 혜택을 박탈하는 제재를 가함으로써 공장시설 이전의 실효성을 확보하려는 것이다. 따라서 위와 같이 공장시설을 재이전한 경우는， 종전에 자신의 의사에 따라 선택권 을 행사한 결과 중소기업 세액감면을 적용받지 못하였던 것으로서， 행사할 수 있는 선택권이 없이 중소기업 세액감면만을 적용받을 수 있었던 경우와 동일하게 볼 수 없다 고 할 것이다. 한편으로 법인세는 각 사업연도 소득에 대하여 부과하는 기간과세로서， 각 사업연도 소득에 대한 과세표준에 세율을 곱한 산출세액에서 감면세액을 차감하고 세액공제를 한 후 가산세액을 더하여 계산한다. 조세특례제한법은 1998. 12. 28. 전부개정된 이래 제144조 제1항에서 ‘세액공제’에 관하여 이월공제를 할 수 있도록 규정하고 있을 뿐이고， ‘세액 감면’에 관해서는 이월공제가 인정되지 않는다. 또한 공장시설을 수도권 내로 재이전한 경우 지방이전 세액감면을 적용받았던 종전 사업연도 법인세에 관하여는 당시의 선고에 의하여 확정되었던 법인세 납부의무에 변동이 생기지 않도록 한 것이 조세특례제한법 제63조의 규정임은 앞서 본 바와 같다. (3) 그렇다면 위와 같이 선택권의 행사에 따라 지방이전 세액감면을 적용받으면서 중소기업 세액감면을 적용받지 못하다가 자신의 의사에 기하여 공장시설을 재이전하여 종전 사업연도에 지방이전 세액감면을 적용받았던 법인세액을 공장시설 재이전 일자가 속하는 당해 사업연도 법인세로 납부해야 하는 경우，△ 중소기업 세액감면이 그 감면 요건이 충족되면 당연히 감면되는 것이라고 할지라도，△ 선택권의 행사에 따라 종전 사업연도에 중소기업 세액감면을 적용받지 못하였던 것이， 자신의 의사에 기한 공장시설 재이전을 이유로 당연히 변경되어 종전 사업연도에 중소기업 세액감면을 적용받을 수 있는 것으로 된다고 볼 수는 없다고 할 것이다. 따라서 위와 같은 경우 종전 사업연도에 중소기업 세액감면을 적용받을 수 있기 위해서는 별도의 규정이나 별도의 절차가 필요하다고 할 것이다. 다. 2006사업연도 법인세 (1) 앞서 인정사실에서 본 바에 의하면， 원고가 △ 서울 종로구에 본점과 공장시설 을 두고 귀금속 제조업을 영위하다가 2001. 7. 6. 본점과 공장시설을 전북 남원시로 이전하였고，△ 이에 따라 2001사업연도 내지 2004사업연도에 지방이전 세액감면을 적용 받아 법인세 OOOO원의 세액감면을 받았다가， △ 2006. 4. 6. 본점을 서울 종로구로 재이전하였으며， △ 2008. 10.경 제1차 수정신고를 하였다. 그렇다면 원고는 2001사업연도 내지 2004사업연도에 지방이전 세액감면을 적용받았던 OOOO원 빛 이자를 본점 재이전 일자가 속하는 2006사업연도 법인세로 납부해야 하는데， △ 2001사업연도 내지 2004사업연도 법인세에 관하여는 당시의 신고에 의하여 확정되었던 법인세 납부의무에 변동이 생기지 않고，△ 선택권의 행사에 따라 2001사업연도 내지 2004사업연도에 중소기업 세액감면을 적용받지 못하였던 것이， 원고 자신의 의사에 기한 본점 재이전을 이유로 당연히 변경되어 2001사업연도 내지 2004사업연도에 중소기업 세액감면을 적용받을 수 있는 것으로 된다고 볼 수는 없다. (2) 조세특례제한법이나 「법인세법」 은 위와 같이 중소기업 세액감면을 적용받을 수 있는 지에 관해 별도의 규정을 두지 않았는데， 2005. 7. 13. 개정된 「국세기본법」 제45조의2 는 A 제1항에서， 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 경정청구를 할 수 있도록 규정하고，6 제2항에서， 일정한 사유가 발생한 때에는 위와 같은 1년의 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월 이내에 경정청구를 할 수 있도록 규정하였다. 따라서 원고가 2001사업연도 내지 2004사업연도에 중소기업 세액감면을 적용받는 것으로 경정청구를 할 수 있다고 하더라도， 원고가 제1차 수정신고를 한 2008. 10.경에 는 2001사업연도 내지 2004사업연도 법인세의 법정신고기한으로부터 3년이 모두 경과 하였고， 또한 본점 재이전 일자인 2006. 4. 6.부터도 2개월이 경과하였다. 그렇다면 원고로서는 2001사업연도 내지 2004사업연도에 중소기업 세액감면을 적용 받는 것으로 경정청구를 할 수 없다고 할 것이다. (3) 한편으로 과세권자가 2001사업연도 내지 2004사업연도에 중소기업 세액감면을 적용받는 것으로 경정할 수 있다고 하더라도， 부과제척기간이 만료되면 과세권자로서 는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없음 이 원칙이고(대법원 2002. 9. 24. 선고 2000두6657 판결)， 원고가 제1차 수정신고를 한 2008. 10.경에는 2001사업연도와 2002사업연도 법인세를 부과할 수 있는 날부터 5년이 경과하여 부과제척기간이 끝난 후이다. 그렇다면 과세권자로서도 2001사업연도와 2002사업연도에 중소기업 세액감면을 적용받는 것으로 경정할 수 없고， 단지 2003사업연도와 2004사업연도에 중소기업 세액감면을 적용받는 것으로 경정할 수 있을 뿐이다. 「국세기본법」 제26조의2 제5항과 같은 법 시행령 제12조의3 제2항 제3호에 의하면， 공제， 면제， 비과세 등에 따른 세액을 의무붙이행 등의 사유로 정수하는 경우 국세부과의 제척기간은 해당 공제세액 등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날부터 기산한다. 이러한 규정은 의무불이행 등의 사유로 해당 공제세액 등을 징수하는 경우에 적용되는 것이므로， 공장시설을 수도권 외로 이전하여 지방이전 세액감면을 적용받다가 공장시설을 수도권 내로 재이전하여 종전에 지방이전 세액감면을 적용받았던 법인세액을 정수하는 경우 등에 적용되는 것이다. 따라서 종전 사업연도에 지방이전 세액감면을 적용받으면서 중소기업 세액감면을 적용받지 못하다가 위와 같은 공장시설 재이전을 이유로 종전 과세연도에 중소기업 세액 감면을 적용받는 것으로 경정할 경우에는， 의무불이행 등의 사유로 정수하는 해당 공 제세액 등이 지방이전 세액감면으로 인한 것이지， 중소기업 세액감면으로 인한 것이 아니므로， 그러한 중소기엽 세액감면을 적용하는 것으로 경정할 경우에 위 규정이 적용될 수는 없다. 그렇다면 과세권자가 앞서 본 바와 같이 중소기업 세액감면을 적용받는 것으로 경정 할 경우， 부과제척기간의 기산일은 위에서 본 바와 같이 2001사업연도와 2002사업연도 법인세를 부과할 수 있는 날이고，「국세기본법」 제26조의2 제5항과 같은 법 시행령 제 12조의3 제2항 제3에 의하여 의무불이행 등의 사유가 발생한 날로서 본점 재이전 일자인 2006. 4. 6.을 부과제척기간의 기산일로 볼 수는 없다고 할 것이다. (4) 따라서 2001사업연도와 2002사업연도에는 중소기업 세액감면을 적용받을 수 없다고 할 것이므로， 이 사건 납부고지가 2001사업연도와 2002사업연도에 중소기업 세액감면을 적용받을 수 없음을 이유로 한 것으로서 위법하다고 하는 원고의 주장은 이유 없다. 4. 주위적 청구 및 예비적 청구 가. 제2차 수정신고 (1) 앞서 인정사실에서 본 바에 의하면，△ 원고가 2006. 4. 6. 본점을 서울 종로구 로 재이전하여 2001사업연도 내지 2004사업연도에 지방이전 세액감면을 적용받았던 OOOO원 및 이자를 2006사업연도 법인세로 납부해야 했고，△ 서울지방국세청장이 원고에게 위와 같은 내용으로 2006사업연도 법인세의 수정신고를 하라고 안내하였으며，△ 이에 따라 원고가 2008. 10.경 제1차 수정신고를 하면서， 2001사업연도 내지 2004사업연도에 중소기업 세액감면을 적용받아 법인세 OOOO원의 세액감면을 받을 수 있었다는 이유로 이를 차감하여 2006사업연도 법인세 OOOO원 및 납부불성실 가산세 OOOO원 합계 OOOO원을 신고하고， 이러한 세액을 모두 납부하였는데，△ 서울국세청장이 2010. 4.경 원고에게 ‘지방이전 중소기업 감면 수정신고 안내’라는 제목의 문서를 보내어， 2001사업연도와 2002사업연도 법인세는 부과제척기간이 경과하여 중소기업 세액감면을 적용받을 수 없으니， 제1차 수정신고 당시 중소기업세액감면으로 차감하였던 OOOO원 중 2001사업연도와 2002사업연도에 해당하는 부분을 차감에서 제외하여 다시 신고하라고 안내하였고， 당시 위 문서 말미에 “이 통지에 대하여 이의가 있는 때에는 통지서를 받은 날로부터 10일 이내에 해명자료를 제출하여 주시기 바랍니다”라고 기재하였으며，6 이에 따라 원고가 2010. 4. 14. 제2차 수정신고를 하면서， 제1차 수정신고 당시 중소기업 세액감면으로 차감하였던 OOOO원 중 2001사업연도와 2002사업연도에 해당하는 부분인 OOOO원을 차감에서 제외하여， 2006사업연도 법인세 OOOO원 및 납부불성실 가산세 0000원을 추가로 신고하였다. (2) 위와 같은 사정에 의하면， 제2차 수정신고는 「국세기본법」 제45조 제1항 소정 의 수정신고에 해당한다고 할 것이고， 서울지방국세청장이 실질적으로 과세표준과 세액에 대한 경정을 마친 후 이를 통지하는 의미에서 원고에게 수정신고를 요구하는 내용의 안내문을 보냄에 따라 원고가 이에 불응할 경우의 불이익을 피하기 위해 어쩔 수 없이 제2차 수정신고를 한 것으로서 제2차 수정신고가 「국세기본법」 제45조 제1항 소정의 수정신고에 해당하지 않는다거나 제2차 수정신고가 무효라고 볼 수는 없다고 할 것이다. 나. 이 사건 납부고지 (1) 앞서 인정사실에서 본 바에 의하면， 원고가 위와 같은 제2차 수정신고의 세액 을 납부하지 않자， 피고가 2010. 6. 11. 원고에게 ‘납부서’를 보내어，△ 제2차 수정신고의 2006사업연도 법인세 OOOO원，△ 제2차 수정신고의 납부불성실 가산세 OOOO원， △ 제2차 수정신고 이후 2010. 6. 11.까지의 납부불성실 가산세 OOOO원， 합계 OOOO원에서 10원 미만을 절삭한 OOOO원을 납부하라는 이 사건 납부고지를 하였다. 본세가 과세표준과 세액을 신고하는 때에 확정되는 신고납세방식의 조세이더라도， 그 신고를 제대로 하고서도 이를 납부하지 아니한 경우 납부불성실 가산세의 납부의무 확정을 위해서는 과세관청의 가산세 부과처분이 별도로 필요한 것이다(대법원 1994. 3 24. 선고 95누15704 판결). (2) 그렇다면 이 사건 납부고지는，△ 제2차 수정선고에 의하여 확정된 2006사업연도 법인세 OOOO원(10원 미만을 절삭한 금액)의 정수처분，6 제2차 수정선고의 납부불성실 가산세 OOOO원과 제2차 수정신고 이후 2010. 6. 11.까지의 납부불성실 가산세 OOOO원을 합한 납부불성실 가산세 OOOO원(= OOOO원 + OOOO원)의 부과처분이라고 할 것이다. 다. 주위적 청구 (1) 원고는 주위적 청구로서， OOOO원(10원 미만을 절삭하기 이전의 금액)의 이 사건 납부고지는 제1차 수정신고의 OOOO원에다가 OOOO원을 증액하여 2006사업연도 법인세를 OOO원으로 경정하는 부과처분이라고 주장하면서， 이 사건 납부고지는 2001사업연도와 2002사업연도에 중소기업 세액감면을 적용받을 수 없음을 이유로 한 것으로서 위법하므로， 위와 같이 OOOO원의 부과처분인 이 사건 납부고지 중 위와 같은 중소기업세액감면을 적용한 정당한 세액으로서 제1차 수정신고 세액인 OOOO원을 초과하는 부분의 취소를 구한다고 주장한다. 이러한 주위적 청구는 결국， 이 사건 납부고지를 OOOO원의 부과처분으로 보면서， 그 중 이 사건 납부고지로써 증액하였다고 하는 OOOO원 부분의 취소를 구하는 것이다. (2) 그런데 이 사건 납부고지는 앞서 본 바와 같이，△ 제2차 수정신고에 의하여 확정된 2006사업연도 법인세 OOOO원의 징수처분， △ 납부불성실 가산세 OOOO원의 부과처분이다. 신고납세방식의 조세는 납세의무자가 그 과세표준과 세액을 신고하는 때에 세액이 확 정되어 신고와 함께 세액을 납부할 의무가 있는 것으로서 이는 수정신고의 경우에도 마찬가지이고， 납세의무자가 과세표준과 세액의 신고만 하고 세액을 납부하지 아니하여 과세관청이 납세의무자가 신고한 사항에 대하여 아무런 경정 없이 신고내용과 동일한 세액을 납부하도록 고지한 것은 확정된 조세의 징수를 위한 징수처분일 뿐 항고소송의 대상이 되는 과세처분으로 볼 수 없다(대법원 2004. 9. 3. 선고 2003두8180 판결). (3) 따라서 원고가 앞서 본 바와 같이 주위적 청구로써 취소를 구하는 OOOO원 부분 중 제2차 수정신고에 의하여 확정된 2006사업연도 법인세 OOOO원 부분은， 징수처분을 부과처분으로 봄으로써 존재하지 않는 과세처분의 취소를 구하는 것으로서 부적법하여 이를 각하할 것이다. 한편으로 원고가 주위적 청구로써 취소를 구하는 나머지 부분은 부과처분의 취소를 구하는 것으로서 적법하지만， 그 청구는 2001사업연도와 2002사업연도에 중소기업 세액감면을 적용받을 수 있음을 전제로 하는 것이고， 이러한 중소기업 세액감면을 적용받을 수 없음은 앞서 본 바와 같으므로， 주위적 청구 중 나머지 부분은 이유 없어 이를 기각할 것이다. (4) 제1심 판결은 원고가 주위적 청구로써 취소를 구하는 OOOO원 부분 중 제2차 수정신고에 의하여 확정된 2006사업연도 법인세 부분과 제2차 수정선고의 납부 불성실 가산세 부분을 합한 OOOO원 부분이 부적법하다고 판단하여 주위적 청구 중 이러한 OOOO원 부분에 관한 소를 각하하고， 그 나머지 주위적 청구를 기각하였는바， 이는 부적법한 부분을 앞서 본 OOOO원 부분보다 많게 인정한 것으로서 부당하다. 그런데 제1심 판결에 대하여 원고만이 항소하여 제1심 판결을 원고에게 불이익하게 변경할 수 없으므로， 주위적 청구에 관하여 원고의 항소를 기각할 것이다. 라. 예비적 청구 (1) 원고는 예비적 청구로서， 이 사건 납부고지는 △ 제2차 수정선고에 의하여 확 정된 2006사업연도 법인세 OOOO원의 징수처분， △ 납부불성실 가산세 OOOO원의 부과처분이라고 주장하면서， 제2차 수정신고가 무효이므로 이러한 하자가 위 징수처분에 승계되는 한편 이 사건 납부고지는 2001사업연도와 2002사업연도에 중소기업 세액감면을 적용받을 수 없음을 이유로 한 것으로서 위법하므로， 위와 같이 OOOO원의 정수처분 및 OOOO원의 부과처분인 이 사건 납부고지의 취소를 구한다고 주장한다. (2) 앞서 본 바에 의하면 이 사건 납부고지는 원고가 예비적 청구로서 주장하는 바와 같다. 그런데 제2차 수정신고가 무효라고 할 수 없고， 2001사업연도와 2002사업연도에 중소기업 세액감면을 적용받을 수 없음은 앞서 본 바와 같으므로， 예비적 청구는 이유 없다. (3) 제1심 판결은 예비적 청구를 기각하였는바， 이는 정당하므로 예비적 청구에 관하여도 원고의 항소를 기각할 것이다. 5. 결론 이상에서 본 바에 따라 주위적 청구 및 예비적 청구에 관하여 원고의 항소를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2012누12251

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

조세특례제한법 제7조 제63조 제127조

조세특례제한법 시행령 제60조

국세기본법 제26조 제45조

[ 참조판례 ]

대법원 2002. 9. 24. 선고 2000두6657
대법원 2004. 9. 3. 선고 2003두8180
대법원 2004. 11. 12. 선고 2003두773

[ 참조판례 체계도 ]