+ - 북마크 저장 [행정] 1심사건

서울행정법원 2013.08.22 선고 2012구합40469 판결

수탁업체가 다른 업체에 재위탁한 부분에 해당하는 연구개발비는 연구개발비 세액공제 대상임.[국패] 수탁업체가 전담부서를 보유하지 않은 다른 업체에 재위탁한 부분에 해당하는 연구개발비도 연구개발비 세액공제 대상에 해당함.

사 건	2012구합40469 법인세부과처분취소
원 고	☆☆보험 주식회사
피 고	△△세무서장
변 론 종 결	2013.6.27
판 결 선 고	2013.8.22

【주문】 1. 피고가 2011. 6. 27. 원고에 대하여 한 2005. 4. 1. ~ 2006. 3. 31. 사업연도 귀속 법인세 4,000,***,***원의 부과처분을 취소한다. 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 【청구취지】 주문과 같다. 【이유】 1. 처분의 경위 가. 원고는 손해보험업을 영위하는 법인으로 2005. 4. 1. ~ 2006. 3. 31. 사업연도(이하 ’2006 사업연도’라 한다)에 ◇◇기술 주식회사(이하 ◇◇기술이라 한다) 등 수탁업체(이하 “이 사건 수탁업체”라 한다)와 전산시스템 구축 등을 위탁하는 내용 의 계약을 체결한 다음 이 사건 수탁업체에 합계 22,***,***,000원(이하 '이 사건 연구 개발비’라 한다)을 지급하였다. 나. 원고는 2006 사업연도 법인세 신고시 구 조세제한특례법(2006. 12. 30. 법률 제 8146호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법’이라 한다) 제10조에 따라 7,***,***,***원의 연구개발비 세액공제를 한 후 위 사업연도의 법인세를 신고•납부하였다. 다. 감사원은 피고에게 수탁업체가 다른 업체에 재위탁한 부분에 해당하는 연구개발비는 연구개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는다고 지적하였고, 피고는 2011. 6. 27. 위와 같은 감사원의 감사지적에 따라 원고가 2006 사업연도에 지출한 연구개발비 중 이 사건 수탁업체가 다른 업체에 재위탁한 부분에 해당하는 연구개발비 13,***,***,000원에 대한 연구개발비 세액공제를 배제하여, 원고에게 2006 사업연도 귀속 법인세 7,***,***,990원을 경정•고지하였다(그 중 연구개발비 세액공제로 인한 부과금액은 7,***,***,***원이고, 이하 뒤에서 보는 바와 같이 위 부과금액에서 감액 경정되고 남은 4,***,***,***원의 부과처분을 '이 사건 처분1이라 한다). 라. 원고는 이에 불복하여 2012. 1. 20. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고，조세심판원은 2012. 6. 27. 피고가 2011. 6. 27. 원고에게 한 2006 사업연도 귀속 법인세 부과처분은 이 사건 수탁업체가 재위탁하고 지급한 금액 중 연구기관 또는 전담부서를 보유한 업체에 지급한 금액에 대하여 연구개발비 세액공제 대상으로 하여 2006 사업 연도 귀속 법인세를 경정한다'는 내용의 재조사 결정을 하였다. 이에 피고는 2012. 8. 29. 위 2006 사업연도 귀속 법인세 부과처분 중 2,***,392,270원을 감액 경정하였다. [인정 근게 갑 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)，을 제1, 2호증의 각 기재，변론 전체의 취지 2. 이 사건 처분의 적법 여부 가. 당사자의 주장 1) 원고의 주장 구 조세특례제한법 및 같은 법 시행령에 따르면 연구개발비 세액공제 대상에 해당하는 연구개발비는 '국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용’을 말하는 것으로 연구개발비 세액공제 규정의 입법 취지 및 문언 해석상 전담부서를 두고 있는 수탁업체에 기술적 진전을 이루기 위한 활동을 위하여 연구개발 를 지급한 경우라면 그 비용은 모두 연구개발비 세액공제의 대상에 해당하는 것이다. 그런데 피고는 수탁업체가 전담부서를 보유하고 있지 않은 다른 업체에 재위탁한 부분 에 해당하는 연구개발비에 대하여 연구개발비 세액공제대상에 해당하지 않는다고 보고 이 사건 처분을 하였는바 이는 합리적 이유 없이 원고에 대한 세액공제의 범위를 축소 한 것으로서 위법하다. 2) 피고의 주장 원고가 주장하는 연구개발용역 위탁에 따른 비용이 연구개발활동에 사용된 것인 지 밝혀지지 않았을 뿐만 아니라 원고가 재수탁업체라고 주장하는 ○○○○○ 유한회사 (이하 '○○○○○'라 한다)는 재수탁업체가 아니라 수탁업체이다. 설령 ○○○○○가 재수탁업체라고 하더라도 수탁업체가 재위탁한 부분에 해당하는 연구개발비는 세액공제 대상이 아니고, 재위탁한 부분에 해당하는 연구개발비가 세액공제대상에 해당한다고 하더라도 전담부서를 보유하지 않은 재수탁업체에 지급된 비용은 세액공제 대상이 아니 다. 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다. 다. 판단 1) 쟁점의 정리 구 조세특례제한법 제1〇조 제1항 제1호，같은 법 시행령(2006. 12. 30. 대통령령 제19811 호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제2항，[별표 6] 제1호 나목 ①, ㉲에 의하면, 중소기업이 아닌 내국법인이 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서에 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용은 연구개발비로서 세액공제 대상에 해당한다고 규정하고 있다. 이와 관련하여 원•피고가 다투는 ① 원고가 위탁한 용역이 연구개발용역에 해당하는지, ② (연구개발용역에 해당한다면) ○○○○○가 수탁업체인지 아니면 재수탁업체인지, ③ (○○○○○가 재수탁업체라면) 수탁 업체가 직접 연구개발용역을 수행하여야 하는지，④ (재위탁에 따른 용역비가 공제대상 에 해당한다면) 재수탁업체가 연구기관 또는 전담부서를 보유해야 하는지 가 문제 된다. 2) 연구개발용역에 해당하는지 여부 구 조세특례제한법은 ‘연구개발’에 관하여 별도의 정의규정을 두고 있지 않았으나, 현행 조세특례제한법 제9조 제5항은 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말한다고 규정하고 있는바, ① 원고가 위탁한 용역은 대형 금융업의 실현, 핵심 영업 및 서비스 경쟁력 제고, 정보 통신기술 운영의 최적화와 효율화를 달성하기 위한 체계적이고 종합적인 시스템을 구축함으로써 기술적 진전을 이루기 위한 활동인 점，② 국세청은 금융보험업을 영위하는 내국법인이 전담부서를 보유한 업체에 위탁한 전산시스템 개발용역은 연구개발용역에 해당한다”고 해석한 점(2010. 7. 14. 법인세과-675), ③ 피고는 원고가 위탁한 용역 이 연구개발용역임을 전제로 재수탁업체에 지급된 용역비를 세액공제 대상에서 배제하여 당초 처분을 한 점, ④ 현행 조세특례제한법 제9조 제5항에 ‘진전’이나 ‘새로운’이라는 단어가 포함되어 있기는 하지만, 여기에서의 연구개발이 특허를 획득하기 위한 것은 아니므로, 피고 주장과 같이 연구개발에 해당하기 위하여 특허의 요건인 '신규성’과 '진보성’까지 갖추어야 한다고 해석할 수는 없는 점 등을 종합해 보면，원고가 위탁한 용역은 연구개발용역에 해당한다고 봄이 타당하다. 3) ○○○○○가 수탁업체인지 아니면 재수탁업체인지 여부 갑 제5，6호증, 을 제3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2005년경 전산시스템(ERP, EDW, EAI3, 기간계 시스템)을 새롭게 개발할 계획을 수립하고, 각 시스템별로 대상업체로부터 제안서를 제출받은 사실, 원고는 제안서를 검토한 결과 내부적으로 ERP는 ○○○○○에, EDW는 **** 주식회사에, EAI는 ☆☆에, 기간계는 ◇◇기술에 각 위탁하기로 결정하였으나, 전산시스템 구축은 업무적으로 상호 유기적으로 연관되어 있고 기술적인 측면에서 전체 통합 아키텍처를 고려하여 구성되어야 하며 프로젝트 진행 시 전체적으로 일관성 있고 효율적으 로 관리되어야 한다는 이유로 프로젝트 전반을 책임지고 통합•관리할 하나의 업체를 수탁업체로 선정하기로 한 사실, 이에 따라 원고는 ◇◇기술을 유일한 수탁업체로 선정하여 2005. 6. 27. ◇◇기술 주식회사와 전산시스템 구축을 위탁하는 내용의 계약을 체결한 사실，◇◇기술은 위 전산시스템 개발 용역 중 일부에 관하여 ○○○○○ 등에게 다시 위탁하고, 그에 따른 용역비를 지급한 사실을 인정할 수 있고, 을 제 3, 4호의 각 기재는 위 인정에 방해가 되지 않는다. 위 인정 사실에 의하면 ○○○○○는 이 사건 수탁업체인 ◇◇기술로부터 연구개발용역을 다시 위탁 받은 재위탁업체라고 봄이 타당하다. 4) 수탁업체가 재위탁한 부분에 해당하는 연구개발비가 세액공제 대상이 아닌지 여부 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하 고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2004. 5. 27. 선고 2002 두6781 판결 참조). 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 다음과 같은 사정들을 종합해 보면， 수탁업체가 재위탁한 부분에 해당하는 연구개발비도 연구개발비 세액공제 대상에 해당한다고 봄이 타당하다. ① 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호는 연구개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용이 있는 경우 세액공제를 받을 수 있다고 규정하고，같은 법 시행령 제9조 제2항, [별표 6] 제1호 나목 ①, ㉲에 의하면，대통령령으로 정하는 비용의 하나로 ‘국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서에 기술개발 용역을 위탁함에 따른 비용’을 규정(이하 ’이 사건 규정’이라 한다)하고 있는바, 문언 해석상 원고가 지출한 비용이 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역 을 위탁함에 따른 비용”에 해당하기만 하면 연구개발비 세액공제 대상에 해당하는 것이므로，달리 “위탁함에 따른 비용”에 “수탁자가 이를 재위탁하는 경우 재위탁한 부분 에 해당하는 비용은 제외된다”는 명문의 규정이 없는 이상 수탁업체가 재위탁한 부분에 해당하는 연구개발비를 세액 공 제대상에서 배제할 수는 없다. ② 피고는 조세특례제한법 시행령 제6조 제2항에서 법 제7조 제1항 제1호 허목에서 대통령 령이 정하는 주문자상표부착방식에 의한 수탁생산업이라 함은 위탁자로부터 주문 자상표부착방식에 의한 제품생산을 수탁받아 이를 재위탁하여 제품을 생산•공급하는 사업을 말한다고 규정하여 '위탁'과 “재위탁”을 구분하고 있으므로, 연구개발용역이 재 위탁된 경우에는 세액공제 대상에서 배제하여야 한다고 주장한다. 살피건대，재위탁이란 위탁을 받은 자(수탁자)가 다시 제3자에게 위탁하는 것을 의미하는바，재위탁의 주체는 수탁자이므로 위탁자의 입장에서는 자신이 수탁자가 아닌 이상 재위탁의 개념을 상정할 수 없다. 위와 같이 ‛위탁’과 ‛재위탁’은 그 주체(수범자)가 다른데，이 사건 규정은 그 주체가 위탁자이고, 조세특례제한법 시행령 제6조 제2항은 그 주체가 수탁자이므로, 위 두 규정은 그 논의의 평면을 달리한다고 할 수 있다. 결국，조세특례제한법 시행령 제6조 제2항 에서 '재위탁’이라는 용어를 규정하고 있다고 하여 이 사건 규정을 해석함에 있어서도 위탁의 개념에 당연히 재위탁이 포함되지 않는다고 해석할 수는 없다. ③ 피고는 2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정된 조세특례제한법 시행령 [별 표 6] 제1호 나목 1)이 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 등의 기관에 과학기술 분야의 연구개발용역을 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용”이라고 개정 규정함으로써 비로소 수탁업체가 재위탁한 부분에 해당하는 연구개발비도 세액공제 대상에 포함되었으므로，위 규정은 창설적 규정이고 위 개정 전에는 수탁업체가 재위탁한 부분 에 해당하는 연구개발비는 세액공제 대상에 포함되지 않는다고 주장한다. 그러나 앞서 본 바와 같은 위탁과 재위탁의 개념에 비추어 보면， 위탁”을 받은 수탁자는 위탁받은 용역을 자신이 직접 수행할 수도 있고，제3자에게 위탁(재위탁)하여 수행할 수도 있으므로, “위탁”에는 수탁자가 제3자에게 위탁(재위탁)하는 것도 포함된다고 봄이 타당하다. 따라서 위 규정은 확인적 규정이라고 봄이 타당하다. ④ 위탁자의 세액공제 여부를 결정함에 있어서 수탁자가 자신의 책임하에 제3자 에게 위탁(재위탁)한 부분에 대하여 세액공제를 배제하는 것은 위탁자로 하여금 자신이 하지 않은 경제적 결정에 대하여 책임을 지게 함으로써 자기책임의 원칙에 반할 뿐만 아니라 위탁자에게 일일이 수탁자가 제3자에게 위탁(재위탁)한 부분에 해당하는 비용을 확인하여 세액공제 대상에서 차감할 의무를 부과하는 것으로, 납세자로 하여금 법령에도 없는 의무를 부담하게 한다. ⑤ 이 사건 규정의 입법 취지는 연구개발비 투자에 대해 납세의무자에게 보다 많은 세액공제 혜택을 줌으로써 연구개발을 촉진하려는 데 있고(대법원 2002. 1. 22. 선고 2000두3115 판결 참조), 대규모 전산개발용역은 융합기술개발로서 하나의 기업이 자신의 인력 및 기술에만 의존하여 모든 연구개발용역을 수행하는 것이 불가능하므로 다른 기업에 전산개발용역 일부를 재위탁 위탁하는 것이 불가피한바，수탁업체가 재위탁한 부분에 해당하는 연구개발비를 세액공제 대상에서 배제하는 것은 이 사건 규정의 입법 취지 및 기술융합 추세에 따른 현실을 고려하지 못한 해석이다. 5) 재수탁업체가 연구기관 또는 전담부서를 보유하지 않은 경우 세액공제대상에 해당하는지 여부 앞서 본 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대，다음과 같은 사정들을 종합해 보면，재수탁업체가 연구기관 또는 전담부서를 보유하고 있지 않은 경우에도 세액공제 대상에 해당한다고 봄이 타당하다. ① 이 사건 규정은 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용 이라고 규정하고 있는 바，문언 해석상 원고가 지출한 비용이 국내 외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 '’위탁 함에 따른 비용에 해당하기만 하면 연구개발비 세액공제 대상에 해당하는 것이므로, 수탁업체(국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서)는 수탁받은 연구개발용역을 모두 자신의 전담부서에서 수행할 필요는 없고, 전담부서 외의 다른 부서 또는 재수탁업체(전담부서 보유 불문)로 하여금 수행하게 할 수 있다. ② 대규모 전산개발용역의 경우 개별 시스템을 통합•연결하는 것이 개발의 핵심 적인 요소라 할 것이고，수탁업체는 원고에 대하여 계약이행책임，하자보수책임, 이행 지체책임, 유지보수책임, 손해배상책임 등 직접 계약상의 의무를 부담하는 등 수탁업체의 역할과 책임이 중요하므로, 이 사건 규정은 수탁업체의 전담부서 보유를 연구개발비 세액공제의 요건으로 정하고 있다. 반면, 재수탁업체는 원고에 대하여 직접적으로 아무런 책임을 부담하지 않고，수탁업체가 원고에 대하여 최종적인 책임을 부담하므로, 연구개발비 세액공제에 있어서 재수탁업체까지 전담부서를 보유해야 할 필요는 없어 보인다(이는 수탁업체가 전담부서 외의 다른 부서로 하여금 연구개발용역 일부를 수행 하게 하는 것과 마찬가지이다). ③ 용역수행의 결과물이 연구개발용역에 해당하고, 그 연구개발용역이 전담부서 를 보유한 수탁업체와의 위탁 계약에 따라 수탁업체의 계산과 책임하에 이루어졌다면, 연구개발비 세액공제 규정의 입법 취지에 어긋나지 않는다고 볼 수 있고，수탁업체가 이를 전담부서를 보유하지 않은 제3자에게 재위탁하였다고 하여 위탁자인 원고가 연구 개발비 세액공제 규정을 악용하였다고 보기는 어렵다. ④ 한편 2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정된 조세특례제한법 시행령 [별 표 6] 제1호 나목은 이 사건 규정 중 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서” 부분을 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 등(전담부서 등에서 직접 수행한 부분에 한정 한다) 으로 개정하여 재수탁업체의 비전담부서에서 수행한 연구개발용역에 관한 비용 을 명시적으로 세액공제 대상에서 배제하였다(위 개정 규정은 2013. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용된다). ⑤ 피고가 들고 있는 서울고등법원 2010누25635 판결은 자체연구개발의 경우 그 지출 비용(전담부서 등에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비)이 연구개발비 세액공제 대상에 해당하는지가 문제 되는 사안으로, 위탁연구개발 의 경우와는 연구개발비 세액공제의 대상，요건 등이 다르므로 이 사건에 이를 그대로 원용하기에는 적절하지 아니하다 자체연구개발의 경우에는 자체 지출 비용(전담부서 직원의 인건비)을 연구개발비 세액공제의 대상으로 하고，위탁연구개발의 경우에는 독립적인 제3자와 체결한 위탁 계약에 따라 지출한 비용(국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 위탁함에 따른 비용)을 그 대상으로 하는바，자체연구개발의 경우 위탁연구 개발보다 세액공제 대상을 더 엄격하게 해석할 필요가 있으므로，위와 같은 해석이 자체연구개발의 경우와의 조세형평에 반한다고 볼 수 없다 3. 결론 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2012구합40469

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

조세제한특례법 제10조

조세특례제한법 제9조 제10조

조세특례제한법 시행령 제6조

[ 참조판례 ]

대법원 2002. 1. 22. 선고 2000두3115

[ 참조판례 체계도 ]