+ - 북마크 저장 [행정] 항소사건

서울고등법원 2011.09.08 선고 2011누5065 판결

폭탄업체를 거친 금지금 수출업자의 매입세액은 신의성실원칙에 반하여 공제 할 수 없음[국승] 금지금 수출업자가 그 전단계에 부정거래가 있었음을 알면서도 거래한 경우에 수출업자가 매입세액의 공제ㆍ환급을 구하는 것은 보편적인 정의관과 윤리관에 비추어 도저히 용납될 수 없다 할 것이므로 이는 신의성실의 원칙에 반하는 것으로서 허용될 수 없음

사 건	2011누5065 부가가치세등부과처분취소
원고, 항소인겸피항소인	주식회사 XX
피고, 피항소인겸항소인	종로세무서장
제1심 판 결	서울행정법원 2008. 8. 19. 선고 2006구합39864 판결
환송전 판결	서울고등법원 2009. 7. 7. 선고 2008누25779 판결
환 송 판 결	대법원 2011. 1. 20. 선고 2009두13474 판결
변 론 종 결	2011. 7. 14.
판 결 선 고	2011. 9. 8.

【주문】 1. 원고의 항소를 기각한다. 2. 당심에서 추가된 청구인 2004년 제2기분 부가가치세 493,370,200원의 환급거부처분 취소 청구 부분을 각하한다. 3. 항소제기 이후의 소송총비용은 이를 5분하여 그 중 1은 피고가, 나머지는 원고가 각 부담한다. 【청구취지및항소취지】 1. 청구취지 피고가 2005. 10. 4. 원고에 대하여 한 2004년 제1기분 부가가치세 1,260,136,938원의 부과처분, 2004년 제2기분 부가가치세 가산세 48,487,209원의 부과처분, 2004년 제2기분 부가가치세 493,370,200원의 환급거부처분 및 2004 사업연도 귀속 법인세 329,919,280원의 부과처분을 각 취소한다(원고는 당심에서 부가가치세 환급거부처분 취소 청구를 추가하고, 2004년 제1기분 부가가치세 부과처분의 취소 청구, 2004년 제2기분 부가가치세 가산세 부과처분의 취소 청구에 관하여는 각 그 청구취지를 감축하였다). 2. 항소취지 가. 원고 : 제1심 판결 중 원고 패소 부분을 취소하고, 피고가 2005. 10. 4. 원고에 대하여 한 2004년 제1기분 부가가치세 1,260,136,938원의 부과처분 및 2004년 제2기분 부가가치세 가산세 48,487,209원의 부과처분을 각 취소한다. 나. 피고 : 제1심 판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 위 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다. 【이유】 1. 처분의 경위 가. 원고는 2004. 2. 12.부터 2004. 12. 31.까지 사이에 주식회사 0000(서울 종로구 000가 000, 대표이사 000), 주식회사 00금은, 주식회사 00금은(서울 종로구 00동 000 00빌딩 00호, 대표이사 000), 주식회사 00금은(서울 종로구 00동 000, 대표이사 양00), 주식회사 000쥬얼리(서울 송파구 00동 00-00 00올릭픽카운티 00호, 대표이사 000), 주식회사 0000골드(서울 종로구 00동 00 00빌딩 00, 대표이사 000), 주식회사 00매니저 (서울 종로구 000가 00 00현대 000-0, 대표이사 000), 주식회사 00금은(서울 종로구 00동 00, 대표이사 000), 주식회사 00골드(서울 종로구 00가 00 000상가 00호, 대표이사 000, 이하 위 회사들을 칭할 때 ‘주식회사’ 호칭을 생략한다) 등 8개 업체로부터 별지1 ‘매입 및 매출 세금계산서 내역’ 기재와 같이 금지금(金地金, Gold bar)에 관한 공급가액 합계 17,774,000,000원, 1,202kg 상당의 매입세금계산서 35장(이하 모두 ‘이 사건 세금계산서’라고 한다)을 교부받아 이에 터잡아 피고에게 2004년 제1기분, 2004년 제2기분 각 부가가치세와 2004 사업연도 귀속 법인세에 대한 각 과세표준 및 세액을 신고하였다. 나. 서울지방국세청장은 원고에 대한 조세범칙조사(이하 ‘이 사건 조사’라 한다)를 실시한 후, 이 사건 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 판단하여 관련 과세자료를 피고에게 통보하였고, 이에 피고는 아래와 같이 이 사건 세금계산서에 의한 매입세액을 불공제하고, 법인세 증빙미수취 가산세를 적용하여 2005. 10. 4. 원고에게 2004년 제1기분 부가가치세 1,407,005,670원(10원 단위 미만은 버린 것은 보인다), 2004년 제2기분 부가가치세 가산세 106,485,820원(10원 단위 미만은 버린 것으로 보인다) 및 2004 사업연도 귀속 법인세 329,919,280원(증빙미수취 가산세 331,636,458원 포함, 10원 단위 미만은 버린 것으로 보인다)을 각 경정고지 하였다(이하 모두 ‘이 사건 경정전부과처분’이라고 한다). 다. 원고는 2005. 11. 15. 이 사건 부과처분에 불복하여 국세심판원에 심판청구를 하였는데, 국세심판원은 2006. 8. 11. 원고의 심판청구를 기각하였다. 라. 한편, 피고는 2011. 2. 23. 2004년 제1기분 부가가치세액 및 2004년 제2기분 부가가치세 가산세액 중 사실과 다른 세금계산서 발급을 이유로 한 세금계산서기재불성실 가산세 부분을 모두 직권으로 취소하여 2004년 제1기분 부가가치세액을 1,260,136,938원(1,407,005,678원 - 146,868,740원)으로, 2004년 제2기분 부가가치세 가산세액을 48,487,209원(106,485,829원 - 57,998,620원)으로 각 경정하는 이 사건 처분을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 3, 갑 제2호증, 갑 제3호증의 1 내지 35, 을 제1호증의 1, 2, 3, 을 제35호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 법원의 심판의 범위 제1심 법원은, 원고가 소장에서 이 사건 경정전 부과처분의 취소를 구하는 것에 대하여, 위 부가가치세 및 부가가치세 가산세 부과처분 취소 부분에 관한 원고의 청구를 기각하고, 법인세 부과처분 취소 부분에 관한 원고의 청구를 인용하였는데, 원고와 피고가 각 패소 부분에 대하여 항소를 제기하였고, 환송 전 당심은 제1심 판결 중 원고 패소 부분을 취소하고, 원고가 2004년 제2기분 부가가치세 가산세 부과처분 취소 부분에 관하여 확장한 청구를 포함하여 위 부가가치세 및 부가가치세 가산세 부과처분을 모두 취소하되, 원고가 환송전 당심에서 추가한 2004년 제2기분 부가가치세환급거부처분 취소 부분을 각하하는 판결을 선고하였다. 이에 원고와 피고가 상고하였고, 대법원은 환송전 당심 판결의 원고 패소 부분(원고가 환송전 당심에서 추가한 2004년 제2기분 부가가치세환급거부처분 취소 부분)과 피고 패소 부분 중 세금계산서기재불성실 가산세를 제외한 2004년 제1기분 부가가치세 및 2004년 제2기분 부가가치세 가산세 부과처분에 관한 부분을 각 파기하여 이 법원에 환송하고, 피고의 나머지 상고(세금계산서기재불성실 가산세 및 법인세부과처분 취소 부분)를 기각하였다. 따라서, 원고의 청구 중 세금계산서기재불성실 가산세 및 법인세부과처분 취소 부분은 환송 판결로써 확정되었으므로, 이 법원의 심판범위는 이 사건 경정전 2004년 제1기분 부가가치세 및 2004년 제2기분 부가가치세 가산세 부과처분 중 세금계산서기재 불성실가산세 부분을 제외한 나머지 부분(피고가 2011. 2. 23. 경정한 이 사건 처분과 동일하다) 및 2004년 제2기분 부가가치세환급거부처분에 관한 부분에 한정된다. 3. 피고의 본안전항변에 대한 판단 가. 피고는, 원고가 제1심 법원에서는 2004년 제2기분 부가가치세 가산세 106,485,820원의 부과처분 취소를 구하다가 환송전 당심에 이르러 2009. 6. 3.자 청구 취지변경신청을 통해 위 가산세 부과처분 취소청구의 범위를 107,335,640원으로 확장함과 동시에 그와 별개로 2004년 제2기분 부가가치세 493,370,200원의 환급거부처분취소 청구를 새로이 추가하였는바, 위 환급거부처분취소 청구부분은 제소기간이 경과한 후에 제기되어 부적법하다고 본안전 항변을 한다. 나. 소장의 청구취지 기재만으로는 당사자가 주장하는 소송물이 포함되어 있는지가 분명하지 않지만 청구원인으로 보아 그 청구가 당초부터 소송물로 주장되고 있음이 분명하다면 소장의 청구취지에 그 소송물이 포함되어 있다고 보아야 하고 나중에 당사자가 청구취지변경신청서에 의해 청구취지를 청구원인에 맞게 정리하여 그 소송물을 명확하게 특정하였다고 해서 그때 비로소 그 소송물이 추가되었다고 볼 것은 아니므로, 그 소송물에 관한 제소기간의 준수 여부는 청구취지 변경시가 아닌 소장 제출시를 기준으로 판단하여야 한다(대법원 1989. 8. 8. 선고 88누10251 판결 등 참조). 다. 살피건대, 앞서 든 증거들에 의하면, ① 원고는 2004년 제2기분 부가가치세 매입세액의 환급액으로 494,652,388원을 신고하였으나, 피고는 2005. 10. 4. 원고가 신고한 환급액의 대부분이 세금계산서상의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액에 해당하여 환급대상이 아니라고 보아 환급액을 1,282,188원으로 제한하면서 나머지 493,370,200원에 대한 환급거부처분(이하 ‘이 사건 환급거부처분’이라 한다)을 함과 아울러 2004년 제2기분 부가가치세 가산세 107,335,640원(신고불성실가산세 49,337,020원 + 사실과 다른 세금계산서를 발급하였다는 이유에서 세금계산서기재불성실 가산세 57,998,620원)의 부과처분을 하면서 원고에게 이를 고지함에 있어서는 하나의 납세고지서에 위 가산세액 107,335,640원에서 추가환급액 849,811원(환급결정액 1,282,188원에서 기환급액 432,377원을 차감한 금액)을 차감한 106,485,820원(10원 미만의 단수는 버림)을 차감고지세액으로 기재한 사실, ② 원고는 전심 절차를 거쳐 제소 기간 내에 이 사건 소를 제기하면서 위 납세고지서상 고지금액을 기초로 하여 청구취지를 ‘피고가 2005. 10. 4. 원고에 대하여 한 2004년 제2기분 부가가치세 가산세 106,485,820원의 부과처분을 취소한다’고 기재하고, 청구원인으로 ‘원고가 신고한 매입세액은 사실과 다른 세금계산서상의 매입세액에 해당하지 않는다’는 취지를 기재한 사실, ③ 그 후 원고는 2009. 6. 3.자 청구취지변경신청서에 의하여 청구취지를 ‘2004년 제2기분 부가가치세 가산세 107,335,640원의 부과처분 및 2004년 제2기분 부가가치세 493,370,200원의 환급거부처분을 각 취소한다’고 변경한 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고에 대한 차감고지세액 106,485,820원의 고지는 이 사건 환급거부처분과 2004년 제2기분 부가가치세 가산세 107,335,640원의 부과처분이 혼합된 것이라 할 것이고, 원고가 소장에서 청구취지를 ‘2004년 제2기분 부가가치세 106,485,820원의 부과처분을 취소한다’고 기재한 것은 위 가산세 부과처분의 일부 취소만을 구한 것이 아니라 위 가산세 부과처분과 이 사건 환급거부처분의 취소를 함께 구한 것이라고 봄이 상당하므로, 원고가 2009. 6. 3.자 청구취지변경신청서에서 이 사건 환급거부처분의 취소도 구한다는 뜻을 분명히 하여 청구 취지를 변경한 것을 가리켜 그때 비로소 이 사건 환급거부처분 취소청구를 새로이 추가한 것으로 볼 수 없고, 이 사건 환급거부처분에 대한 제소기간의 준수 여부도 처음 제소시를 기준으로 결정하여야 하고, 청구취지변경신청서의 제출시를 기준으로 판단할 것은 아니다. 따라서 이 사건 소가 전심 절차를 거쳐 적법한 제소기간 내에 제기되었음은 기록상 명백하므로, 이와 다른 전제에서 한 피고의 본안전 항변은 이유 없다. 4. 이 사건 부과 처분의 적법여부 가. 당사자들의 주장 1) 원고는 이 사건 세금계산서 기재와 같이 각 매입처들로부터 실제로 지금을 매입하고 그 거래대금을 결제하였으며, 이는 원고의 은행거래내역, 물품매도확약서 등으로 확인된다. 따라서 피고가 이와 달리 보고 한 이 사건 부과처분은 위법하다고 주장한다. 2) 이에 대하여 피고는, 이 사건 세금계산서가 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 ‘위장세금계산서’이거나 실물거래 없이 수수된 ‘가공세금계산서’에 해당하므로 매입세액을 공제하지 않고 한 이 사건 처분 및 부가가치세환급거부처분은 적법하고, 설령 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서가 아니라고 하더라도, 금지금 수출업체인 원고가 이른바 폭탄업체와 공모하였거나 공모하지 않았더라도 중대한 과실로 폭탄업체에게 납부하였거나 납부할 부가가치세가 궁극적으로 국가에 납부되지 않는다는 사정을 알지 못한 상태에서 그 거래에 가담한 후, 이에 터잡은 이 사건 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 신청하는 것은 원고가 범죄이익의 분배를 실현하는 방법으로 폭탄업체의 조세포탈 범행의 일부를 구성하는 것으로 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조에서 정하고 있는 신의성실의 원칙상 허용될 수 없다고 주장한다. 나. 관계 법령 별지3 기재와 같다. 다. 인정사실 1) 조세포탈을 목적으로 하는 변칙적인 금지금 거래의 일반적 형태 등 가) 구 부가가치세법(2007. 12. 31. 법률 제8826호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 제1항 제1호에 의하면, 수출하는 재화의 공급에 대하여는 영세율이 적용된다. 그리고 구 부가가치세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17827호로 개정되어 2003. 7. 1.부터 시행되기 전의 것) 제24조 제2항 제1호에 의하면, 사업자가 구매확인서에 의하여 공급하는 재화도 ‘수출하는 재화’에 포함되고, 금지금도 그 예외가 아니었기 때문에, 금세공업자 등이 수출관련서류를 근거로 외국환은행장으로부터 구매확인서를 발급받아 금지금 도매업자로부터 금지금을 공급받는 경우에도 부가가치세 영세율의 적용을 받을 수 있었으며, 구 조세특례제한법(2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정되기 전의 것) 제106조의3과 구 조세특례제한법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18176호로 개정되기 전의 것) 제106조의3에 의하면, 금지금 도매업자 및 금지금 제련업자가 면세금지금 거래추천자의 면세추천을 받은 금세공업자 등에게 공급하는 금지금과 금세공업자 등이 면세금지금 수입추천자로부터 면세수입추천을 받아 수입하는 금지금에 대하여는 부가가치세가 면제되는 것으로 규정되어 있다. 나) 위와 같은 부가가치세 영세율 또는 면세 제도를 악용하여, 금지금을 수입한 후 이를 여러 단계의 도매상을 거쳐 영세율 또는 면세로 유통시키다가 이른바 ‘폭탄업체’(경제적 능력이 없고 단지 탈세를 목적으로 하는 업체로서, 조세부담을 안고 폐업한다고 하여 ‘폭탄업체’라고 불린다)에 이르러 과세금으로 전환시키고, 다시 여러 단계의 도매상을 거쳐 과세로 유통시키다가 수출하면서, ‘폭탄업체’는 거래징수한 부가가치세를 포탈하고, 수출업체는 납부되지도 않은 부가가치세를 환급받는 형태의 이른바 ‘폭탄영업’이 2002.경부터 특히 서울 종로구 소재 귀금속업체들 사이에서 만연하였는바, 부가가치세 면세제도하에서 이루어진 ‘폭탄영업’의 형태에 대하여 좀 더 자세히 보면 다음과 같다. ⑴ 외관상으로는 금지금이 ‘외국업체 → 수입업체 → 면세 도매업체 → … →면세 도매업체 → 폭탄업체 → 과세 도매업체 → … → 과세 도매업체 → 수출업체 → 외국업체’의 단계를 거쳐 유통되고, 그 거래대금은 수출업체에서부터 수입업체에 이르기까지 역방향으로 순차 지급되나, 특히 과세 도매업체들은 특정인 또는 특정업체의 지시에 따라 세금계산서를 발행하기만 할 뿐, 실제로 금지금의 거래나 운송을 하지 않는 경우가 많다. ⑵ ‘폭탄업체’는 금지금을 면세금으로 매입하여 과세금으로 판매한 다음, 단기간 내에 이익금을 전액 인출・은닉하고 폐업하는 방법으로 부가가치세를 포탈한다. ‘폭탄업체’는 매입가액보다 낮은 공급가액으로 금지금을 판매하지만, 공급가액에 부가가치세액을 더한 공급대가는 매입가액보다 높고, 거래징수한 부가가치세를 납부하지 않기 때문에, 공급대가와 매입가액과의 차액에 상당한 이익을 얻게 된다. 한편, ‘폭탄업체’가 거래징수한 부가가치세는 그 이후 각 단계의 업체가 직전 단계 업체로부터 교부받은 세금계산서를 이용하여 매입세액을 공제받는 방법으로 순차적으로 전가되다가, 결국 수출업체가 금지금을 수출한 후 영세율의 적용에 따라 국가로부터 환급받는바, 그 환급액 중 ‘폭탄업체’가 납부하지 않은 부가가치세액에 상당한 부분이 ‘폭탄영업’에 의한 이익의 궁극적인 원천이 된다. 그 이익은 ‘폭탄영업’에 관여한 국내업체들에게는 각 거래단계에서의 마진(margin)의 형태로 분배되거나, ‘폭탄업체’의 이익금 중 일정비율로 계산한 금액을 관여업체에게 별도로 지급하는 이른바 백 마진(back margin)의 형태로 분배되고, ‘폭탄영업’에 관여한 외국업체에게도 수입가격과 수출가격의 차액(국내업체를 기준으로 하면 수출가격이 수입가격보다 낮게 된다) 형태로 분배된다. ⑶ ‘폭탄영업’에 있어서는 이익을 극대화하기 위하여 통상 단기간 내에 최대한 많은 물량의 금지금을 유통시키는바, 그에 따라 발생할 수 있는 관여업체들 사이의 분쟁이나 대금유실 등의 사고를 예방하기 위하여 ① 대부분 동일한 전주(錢主 : 폭탄영업망의 외부에서 최초에 금지금의 수입자금을 준비하는 자를 일컫는다)가 수출업체와 수입업체를 동시에 운영하고, ② 전주가 자신이 실질적으로 지배하거나 신뢰하는 업체를 ‘폭탄업체’와 직접 거래하도록 배치하며, ③ 전주가 거래단계마다 거래물량, 단가 및 마진 등을 실질적으로 결정하고, ④ 수입업체부터 수출업체까지의 일련의 거래가 대부분하루 또는 수일 이내의 매우 짧은 시간에 이루어지며, ⑤ 금지금 실물이 거래단계를 건너뛰어 수출업체로 곧바로 운송되는 경우가 대부분이다(설령 거래단계마다 운송되더 라도 이는 정상적인 거래로 위장하기 위한 형식적인 운송에 불과하다). 다) 위와 같은 방법에 의한 조세포탈을 방지하기 위하여 2004. 12. 31. 법률 제7322호로 구 조세특례제한법이 개정되면서 관할세무서장이 부가가치세 보전상 필요하다고 인정하는 경우에는 금지금 도매업자 등 및 금세공업자 등에 대하여 담보의 제공을 요구할 수 있도록 한 납세담보제도가 신설되어[구 조세특례제한법(2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정된 것) 제106조의3 제11항] 2005. 4. 1.부터 시행되었는데, 2004년도에는 금지금 수입량 268톤, 수출량 233톤이었던 것이, 위 납세담보제도가 시행된 2005년도에는 수입량 56톤, 수출량 19톤으로 급감하였다. 2) 원고 회사 및 대표이사 등의 연혁 등 가) 원고는 2004. 2. 12. 금괴, 은괴, 연괴 등 기타 비철금속의 제조, 도소매업을 목적으로 귀금속업체 밀집지역인 서울 종로구 00동 00 00빌딩 별관 000호를 본점소재지로 하여 자본금 1억 원으로 설립되었는데, 주주명부에는 대표이사인 000이 4,500만 원, 감사인 조00가 3,000만 원, 이사인 김00이 2,500만 원을 각 출자하여 구00이 45%, 조00가 30%, 김00이 25%의 원고 회사 주식을 소유하고 있는 것으로 등재되어 있다. 나) 원고는 서울 종로구 00동 00빌딩 별관 00호 약 12평을 임차보증금 1,000만 원, 월세는 100만 원에 임차하여 주된 사무실로 사용하고 있는데, 위 임대차계약의 당사자는 구00과 외사촌관계에 있는 국제금은의 대표이사인 이00으로 되어 있다. 이00은 7년가량 종로 귀금속소매상의 귀금속을 지방(대전, 광주)의 귀금속소매상에게 판매하는 중상인(속칭 ‘나까마’)으로 일을 하였고, 2002. 1. 30. 이00로부터 서울 00가 00 00상가 1205호 소재 000선물투자 주식회사의 지분 60%를 인수한 후 상호를 국제금은으로 변경하여 현재까지 이를 운영해 오고 있다. 다) 한편, 원고의 대표이사인 구00은 1987년경 00대학교 경제학과를 졸업하였고, 2002. 9. 25.부터 2004. 12. 31.까지 서울 강남구 대치동 889-70 소재 인테리어 업체인 00건설의 대표로 등재되어 있으면서 직원 1명을 두고 이를 직접 운영하였으며, 원고 대표이사로 취임하기 전까지 지금업이나 무역업에 종사한 경험이 전혀 없고, 원고 회사의 설립 당시 은행 채무가 1억 3,000만 원 정도 있었다. 3) 이 사건 금지금 거래의 특이사항 등 가) 세금계산서의 흐름과 송금내역에 의하면, 원고는 별지1 <매입 및 매출 세금 계산서 내역 등> 기재와 같이 35회에 걸쳐 지금을 매입하고 주로 같은 날 이를 그대로 또는 금목걸이 형태(2004. 9. 3. 홍콩 소재 선00에게 수출한 1회의 거래밖에 없다)로 가공하여 10회에 걸쳐 국내 지금업체인 주식회사 000골드, 000골드에 매출하거나 11회에 걸쳐 홍콩 소재 쥬00(Chow 0000 0000 Jewellery Ltd)이나 선00 (Sun 000 0000 Gold Dealers Ltd)에 수출하였다. 나) 그 구체적인 거래내역을 보면, 원고는 2004. 3. 3. 00금은으로부터 지금 20kg을 289,060,000원에 매수하여 이를 같은 날 000골드에게 291,240,000원에 매도한 것으로 되어 있는데, 같은 날 지금 도매시세는 20kg에 314,665,880원에 이르고, 원고가 2004. 3. 8. 00금은으로부터 합계 26kg을 합계 384,106,580원(295,466,600원 + 88,466,600원)에 매수하여 이를 같은 날 000골드에게 385,502,200원에 매도한 것으로 되어 있는데, 같은 날 지금 도매시세는 26kg에 415,998,960원에 이르는 등 원고의 35번에 걸친 매입 및 21번에 걸친 매출이 모두 같은 날 이루어졌는데 그 매도가액은 당시의 지금 도매시세보다 낮았으며, 결국 원고의 거래를 모두 합산하면 원고는 35회에 걸쳐 지금 1,202kg을 합계 17,774,734,580원에 매수하여 이를 그대로 또는 목걸이 형태로 가공하여 21회에 걸쳐 17,888,525,000원에 국내매출 또는 수출한 것으로 되어 있으나 각 매출 당시 도매시세는 합계 19,326,138,351원이다. 다) 원고는 2004. 9. 2. 000쥬얼리로부터 지금 100kg을 1,530,667,000원에 매수하여 이를 금목걸이 형태로 가공하여 그 다음 날인 같은 달 3. 홍콩 소재 000에게 수출한 것으로 되어 있는데, 그 수출가격은 위 매입가격에도 못 미치는 1,495,544,000원이었고 같은 날 지금 도매시세는 1,626,662,600원이었다. 라) 원고는 2004. 6. 22.과 같은 달 23.에 걸쳐 국제금은으로부터 지금 합계 15kg상당 219,789,000원 상당을 매수하여 이를 그대로 같은 달 28. 다시 국제금은에게 220,800,000원에 되팔기도 하였고, 위 매출 당시 지금 도매시세는 238,399,404원이었다. 마) 원고는 위 각 거래 당시 직접 거래 상대방을 만나지 않고 전화로만 거래하였고, 물품매도확약서도 팩스를 이용하여 주고받았는데, 위 35건의 매입 및 10건의 국내 매출 중 물품매도확약서가 작성된 것은 2004. 3. 8.자(2회), 같은 달 18.자, 같은 달 23. 자 00금은과의 매입거래, 2004. 4. 30.자 성진골드와의 매입거래, 2004. 5. 6.자, 같은 달 10.자 00골드와의 매입거래, 2004. 5. 27.자 00금은과의 매입거래, 2004. 8. 16.자 및 같은 달 19.자, 같은 해 9. 1.자 및 같은 달 20.자 국제금은과의 매입거래, 2004. 9. 2.자 000쥬얼리와의 매입거래, 2004. 9. 20.자 0000골드와의 매입거래와 2004. 9. 3.자 및 같은 달 22.자 00금은과의 매출거래 등 총 17건 뿐이다(다만, 위 00금은과의 매출 거래에 관한 물품매도확약서는 제1심 법정에서 제출되었다). 그런데 위 물품매도확약서 중 2004. 5. 6.자 성원골드와의 매입거래와 관련하여 00골드가 원고의 구매요청을 승인한다는 내용으로 원고에게 보낸 팩스(을 제4호증의 7)에는 매도자란은 공란인 채 매수자란에 원고 회사의 명판과 인감이 날인되어 있고, 지금의 인도일도 2004. 5. 4.로 기재되어 있다. 바) 원고는 위 각 거래 당시 인터넷뱅킹으로 거래대금을 결제하였는데, 은행거래내역과 위 매입 및 매출거래를 비교해 보면, 2004. 3. 8.자 거래의 경우 위 세금계산서에는 원고가 2004. 3. 8. 00금은으로부터 26kg의 지금을 매입하여 같은 날 000골드에게 매도한 것으로 되어 있는데, 은행거래내역은 원고가 2004. 3. 8. 00금은에 3억 2,000만 원을 송금하고, 000골드가 그 다음 날인 같은 달 9. 원고에게 324,052,200원을 입금하였으며, 다시 원고가 같은 날 00금은에 97,504,578원을 송금하였다. 그리고 위 세금계산서에는 원고가 2004. 3. 18. 00금은으로부터 지금 20kg을 매수하여 같은 달 18. 00금은에게 매도한 것으로 되어 있는데, 00금은은 2004. 3. 19. 원고 은행계좌에 328,812,000원을 입금하였다. 또한, 위 세금계산서에는 원고가 2004. 3. 29. 00금은, 00골드로부터 지금 120kg을 매수하여 이를 같은 날 홍콩 소재 쥬00에게 수출한 것으로 되어 있는데, 은행거래내역은 2004. 3. 30. 해외송금으로 원고 계좌에 1,868,423,193원이 입금되면 위 금원이 같은 날 00금은, 성원골드에 송금되는 등 해외수출거래에 있어서 해외에서 먼저 거래대금이 입금되면 그 돈으로 원고가 매입한 매입처에 거래대금이 송금되었다. 사) 원고는 유한회사 000글로벌에 수출물품의 해외운송을 맡기고 국내운송은 주식회사 000코리아에 의뢰하였는데, 주식회사 000코리아가 보관하고 있는 운송장 사본은 총 11부로 모두 운송시간이 기재되어 있으나, 원고가 보관하고 있는 운송장 총 11부 중 6부에는 운송시간이 기재되어 있지 않고, 물품 수령 장소가 000골드로 되어 있는 것도 있다. 4) 원고의 전 매입처의 거래내역 등 가) 원고에게 이 사건 세금계산서를 발행한 00금은 등 8개 업체는 별지2 <원고매입처별 거래내역> 기재와 같이 주식회사 00골드, 000골드 주식회사, 주식회사 00리가, 주식회사 00인터내셔날, 주식회사 000골드, 주식회사 000골드, 주식회사 00주얼리, 00금은 주식회사, 주식회사 000골드 등으로부터 지금을 매수한 것으로 되어 있고, 위 회사들은 00금은 등 8개 업체에게 지금을 매도한 것과 같은 날 주식회사 00골드, 주식회사 00바, 주식회사 00코리아, 주식회사 00교역, 주식회사 골드00, 주식회사 00무역, 주식회사 00골드, 주식회사 00골드, 주식회사 00금속, 주식회사 000쥬얼리, 주식회사 0000주얼리, 주식회사 00주얼리 등으로부터 지금을 매수한 것으로 되어 있으며, 위 회사들은 다시 그들이 매도한 것과 같은 날 주식회사 000골드, 주식회사 00골드, 주식회사 00통상, 주식회사 000, 주식회사 00골드, 주식회사 00위크, 주식회사 000월드, 주식 회사 00비티 등으로부터 지금을 매수한 것으로 되어 있다(이하 ‘주식회사’ 호칭을 모두 생략한다). 나) 그런데 원고 매입처의 거래업체 인 위 회사들 중 일부 업체들은 별표 기재와 같이 상당 금액의 부가가치세를 납부하지 않은 채 폐업하였다. 다) 위 회사들 중 00비티의 대표이사인 황00은 해외도피 중이고, 00주얼리의 대표이사인 황00은 의사판단이 불가능한 정신질환자로 인천 소재 ‘0000 소망의 집’에서 2004. 1. 7.부터 거주하고 있었다. 라) 원고의 매입처인 00금은의 대표이사 조00는 2004.경 서울서부지방법원 2004고합368, 2005고합2, 2005고합42, 2005고합49로 ‘000골드 주식회사, 주식회사 00금은, 주식회사 00인터내셔날(이하 ‘주식회사’ 호칭을 모두 생략한다) 등을 운영하면서, 000골드, 00금은, 00인터내셔날 명의로 2001. 1. 16.부터 2004. 6. 1.까지 사이에 금을 매입하지 않았음에도 세금계산서에 기재된 금의 중량에 따라 돈당 800원 내지 850원의 수수료를 주고 금을 매입한 것으로 하는 내용의 허위 매입세금계산서를 교부받고 같은 방법으로 허위의 매출세금계산서를 교부하였고, 그 결과 사기 기타 부정한 방법으로 부가가치세를 포탈하였다‘는 등의 공소사실로 기소되었는데, 2005. 12. 15. 위 법원으로부터 징역 3년과 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(조세)의 점에 관하여는 무죄를 선고받았으나 검사 및 조용수의 항소로 2006. 10. 18. 서울고등법원으로부터 징역 3년 및 벌금 55억 원을 선고받았으며(위 고등법원판결에서는 일부 거래에 대하여 실제 거래임이 인정되었다), 위 사건은 2007. 2. 15. 상고기각되었다. 그런데 위와 같이 000골드, 00금은, 00인터내셔날에게 허위세금계산서를 교부한 업체에는 원고의 매입처이거나 원고 매입처의 거래처인 00바, 000골드, 00금은 등이고, 000골드 등이 허위세금계산서를 교부한 업체에는 원고의 매입처이거나 원고 매입처의 거래처인 00골드, 000쥬얼리, 00골드, 00골드, 000골드, 00금은, 00금은 등이 포함되어 있다. 5) 원고에 대한 조사 결과 가) 서울지방국세청장은 원고에 대한 부가가치세 환급에 관한 조사를 하던 중 조세범처벌법위반 혐의를 포착하고 2004. 10. 8.부터 2005. 8. 23.까지 사이에 원고의 2004. 2. 12.부터 2004. 12. 31.까지의 과세기간에 대한 세무조사를 실시하였다. 나) 위 조사 당시 000은 혼자 다른 직원 없이 은행업무, 장부정리, 세금계산서 작성 및 교부, 기타 업무 모두를 수행하였다고 진술하였고, 원고의 설립 자금 4,500만 원의 출처에 대하여 본인의 여유자금으로 납입하였다고 진술하였다가 나중에 4,000만 원은 누나인 000에게서, 500만 원은 위 000로부터 차용한 것이라고 하였다. 그리고 김00은 위 출자금 2,500만 원에 대하여 이00의 부탁으로 국민은행 청량리지점에서 구00의 제일은행 장사동 지점 계좌로 위 출자금을 무통장입금하였는데 위 세무조사 착수 후 구00으로부터 본인의 자금을 입금하였다고 답변해 줄 것을 부탁받았다고 진술하였다. 조00는 서울지방국세청의 출석요구에 불응하고 위 출자금에 대하여 친구로부터 빌린 자금이라고 하면서 구체적인 출처를 밝히지 않고 있다. 다) 구00은 위 조사 당시 전화로만 매입 및 매출 의사를 밝혀 거래를 하게 되는 데, 매입거래의 경우 먼저 인터넷뱅킹으로 계좌이체를 하는 방법으로 대금결제를 한 다음 지금을 수령하였고, 내수 매출의 경우에도 계좌이체의 방법으로 대금결제를 받은 다음 본인이 직접 혼자서 도보로 거래업체에 운송하였다고 진술하였다. 그리고 원고 사무실에 있는 금고는 현금 및 5kg 이내의 지금을 보관하는데 이용하였는데 5kg 이상의 지금을 보관한 적이 없다고 진술하였다. 라) 구00은 홍콩 소재 쥬00과의 거래는 000골드의 소개로 000골드 대표이사인 송00을 통하여 이루어졌는데, 송00이 전화로 거래단가를 통보하면 그 거래단가대로 수출하였고, 지금은 모두 원고 사무실에서 보관하고 있다가 수출하였다고 진술하였다. 그리고 2004. 9. 2. 000쥬얼리로부터 지금 100kg을 매수하여 금목걸이 형태로 가공하여 그 다음 날 홍콩 소재 00홍에게 수출한 것과 관련하여 00홍으로부터 목걸이 주문을 전화로 받아 지금 매입처인 000쥬얼리에 전화로 물량을 확보한 다음 가공업체인 00골드에 의뢰해 목걸이 형태로 가공하였는데, 목걸이의 치수, 디자인에 대한 아무런 주문이 없었고, 매입처인 00금은, 00골드, 00매니저 등은 국제금은의 대표이사인 이00이 사무실 전화번호 등을 알려주어 거래하게 되었으며, 2004. 6.과 같은 달 7.에는 원고의 매출이 전혀 없었다고 진술하고 있다. 마) 그리고 구00은 원고의 국민은행 00가 지점 계좌에서 2004. 6. 21. 1억 3,000만 원이 출금된 것과 관련하여 그 사용처에 대해서 전혀 기억이 나지 않는다고 진술하고 있고, 같은 해 12. 2. 5,000만 원, 같은 달 3. 5,000만 원, 같은 달 7. 4,800만 원이 각 출금된 것과 관련하여 세무서 압류 등에 대비하고자 지인에게 부탁하여 보관하고 있다고 진술하고 있다. 바) 한편, 구00은 서울지방국세청이 원고에 대한 조사 당시 원고가 국제금은의 서류, 즉 남대문세무서장이 국제금은에게 발송한 국세체납사업자에 대한 채권잔액조회서 등을 보관하고 있었다. 사) 서울지방국세청장은 2005. 8.경 서울중앙지방검찰청장에게 원고 및 구00이 35회에 걸쳐 이 사건 세금계산서인 허위의 세금계산서를 교부받고, 증빙자료를 조작하여 부가가치세 합계 15억 600만 원(4억 9,300만 원은 미환급)을 부정환급 받았으며, 10회에 걸쳐 000골드 등 4개 업체에 허위의 매출세금계산서를 교부하였다는 내용의 조세범처벌법 및 특정범죄가중처벌등에관한법률 위반으로 고발하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 앞서 든 증거들 및 갑 제4호증의 1 내지 10, 갑 제5호 증의 1 내지 4, 갑 제10호증의 1 내지 17, 갑 제11호증의 1 내지 3, 갑 제12호증의 1 내지 11, 갑 제13호증의 1 내지 7, 갑 제14호증의 1, 2, 3, 을 제2호증, 을 제3호증의 1, 2, 3, 을 제4, 5호증의 각 1 내지 45, 을 제6호증의 1 내지 20, 을 제7호증의 1, 2, 3, 을 제8호증의 1 내지 14, 을 제9호증의 1 내지 13, 을 제10호증의 1, 2, 3, 을 제11호증의 1 내지 9, 을 제12호증, 을 제13호증의 1, 2, 을 제14호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 라. 판단 1)　 이 사건 세금계산서가 ‘사실과 다른 세금계산서’인지에 관하여 가) 구 부가가치세법 제1조 제1항 제1호는 부가가치세 과세대상으로서 ‘재화의 공급’을 규정하고 있고, 제6조 제1항은 ‘재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다’고 규정하고 있는바, 구 부가가치세가 다단계 거래세로서의 특성이 있는 점 등에 비추어 볼 때, 구 부가가치세법 제6조 제1항 소정의 인도 또는 양도는 실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고 재화를 사용・소비할 수 있는 권한을 이전하는 일체의 원인행위를 모두 포함하고(대법원 1985. 9. 24. 선고 85누286 판결, 대법원 2001. 3. 13. 선고 99두9247 판결 등 참조), 이 경우 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법 소정의 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적・구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 구 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호가 규정하고 있는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2009. 3. 12. 선고 2009두119 판결). 위 인정사실에 의하여 살피건대, 이 사건 금지금은 수입되어 수출되기까지 여러 단계의 업체들을 거치는 일련의 전체거래가 단 하루 만에 이루어졌고, 그 중간 단계에 부가가치세가 면제되는 금지금을 매입한 다음 면세추천을 받지 않은 자에게 부가가치세 과세대상이 되는 금지금을 공급하면서 세금계산서를 작성・교부하고 그 부가가치세 상당액을 납부하지 않는 이른바 폭탄업체가 존재하고 있으며, 이 사건 금지금의 수출가격이 수입가격보다 낮고, 거래당사자들이 금지금을 거래하면서 물품매도확약서를 일부 작성하지 않았으나, 위 사정들만으로는 이 사건 금지금 거래가 명목상의 거래로서 부가가치세 과세대상이 되는 재화의 공급이 아니라고 단정하기 어렵고[원고가 2004. 3. 29. 00금은으로부터 지금 20kg, 성원골드로부터 지금 100kg을 각 매입하였음에도 운송장에는 물품수령장소가 ‘원00(00)’로 기재되어 있기도 하지만(갑 제3호증의 8, 9, 갑 제12호증의 1의 각 기재), 그러한 점만으로는 실질적으로 금지금의 인도 또는 양도가 없었다고 단정하기 어렵다], 을 제2 내지 30호증(가지번호 포함), 을 제31호증의 1, 2, 3, 을 제32호증의 1, 2, 을 제33, 34호증의 각 기재만으로는 이 사건 금지금거래가 명목상의 거래임을 인정하기 부족하며, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 나) 또한, 피고는 원고가 당초부터 부가가치세를 징수당한 적이 없으므로, 원고가 수취한 세금계산서는 공급가액만 있고 부가가치세가 당초부터 포함되어 있지 않음에도 마치 부가가치세가 포함된 것처럼 허위로 기재된 세금계산서를 수취하였다고 주장하나, 이를 인정할 만한 증거가 없다. 다) 따라서 이 사건 세금계산서가 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자 등이 사실과 다르게 기재된 ‘위장세금계산서’이거나 실물거래 없이 수수된 ‘가공세금계산서’임을 전제로 한 피고의 이 부분 주장은 이유 없다. 2) 신의성실의 원칙 적용 여부 가) 관련 법리 구 국세기본법 제15조는 “납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.”라고 규정함으로써 신의성실의 원칙이 조세법 분야에서도 기본적 지도이념이 되어야 함을 천명하고 있다. 기존의 법을 구체화하거나 이를 보충하고, 또 성문법의 경직성을 보완하는 등의 기능을 통해 법의 운용에 구체적 타당성을 확보할 수 있게 하는 이 신의성실의 원칙은 조세법 영역에서도 조세법률주의의 허점을 보정하는 역할을 하므로 비록 민사법 영역에 비하여 그 적용범위가 다소 제한적일 것이기는 하나, 조세법 규정을 개별 사안에 그대로 적용하면 보편적인 정의관과 윤리관에 비추어 도저히 용납할 수 없는 부당한 결과가 초래됨으로써 오히려 건전한 법질서에 역행하는 것으로 볼 특별한 사정이 있다면 신의성실의 원칙에 의해 예외적으로 그 규정의 적용을 제한 또는 배제할 수 있을 것이다. 이러한 원칙은 부가가치세에 관한 법률관계에도 적용될 수 있음은 당연하다. 구 부가가치세법 제15조는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 그 공급가액에 관한 부가가치세를 그 공급을 받는 자로부터 징수하여야 한다고 규정하고, 제17조 제1항은 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 하고 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액으로 한다고 규정함으로써 이른바 전단계세액공제 제도를 채택하고 있다. 이는 최종소비자에 이르기 전의 각 거래단계에서 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 공급을 받는 사업자로부터 매출세액을 징수하여 국가에 납부하고, 그 세액을 징수당한 사업자는 이를 국가로부터 매입세액으로 공제ㆍ환급받는 과정을 통하여 그 세액의 부담을 다음 단계의 사업자에게 차례로 전가하여 궁극적으로 최종소비자에게 이를 부담시키는 것을 근간으로 한다(대법원 1999. 11. 12. 선고 99다33984 판결 등 참조). 이러한 구조에서는 각 거래단계에서 징수되는 매출세액이 그에 대응하는 매입세액의 공제ㆍ환급을 위한 재원이 되므로 그 매출세액이 제대로 국가에 납부되지 않으면 부가가치세의 체제를 유지하는 것이 불가능하게 된다. 따라서 만일 연속되는 일련의 거래에 있어 어느 한 단계의 악의적 사업자가 당초부터 부가가치세를 포탈하려고 마음먹고, 오로지 부가가치세를 포탈하는 방법에 의해서만 이익이 창출되고 이를 포탈하지 않으면 오히려 손해만 보는 비정상적인 거래(이하 ‘부정거래’라고 한다)를 시도하여 그가 징수한 부가가치세를 납부하지 않는 경우, 그 후에 이어지는 거래단계에 수출업자와 같이 영세율 적용으로 매출세액의 부담 없이 매입세액을 공제ㆍ환급받을 수 있는 사업자가 있다면 국가는 부득이 다른 조세수입을 재원으로 삼아 그 환급 등을 실시할 수밖에 없을 것인바, 이러한 결과는 소극적인 조세수입의 공백을 넘어 적극적인 국고의 유출에 해당되는 것이어서 부가가치세 제도 자체의 훼손을 넘어 그 부담이 일반 국민에게 전가됨으로써 전반적인 조세체계에까지 심각한 폐해가 미치게 된다 할 것이다. 물론 위와 같은 사유가 있다 하여도 부정거래의 존재를 전혀 알 수 없는 상황에서 거래를 한 수출업자라면 원칙적으로 부가가치세법이 정하는 바에 따라 매입세액을 공제ㆍ환급받을 수 있음을 부인하여서는 안된다. 그러나 수출업자가 그 전단계에 부정거래가 있었음을 알면서도 아랑곳없이 그 기회를 틈타 자신의 이익을 도모하고자 거래에 나섰고, 또한 그의 거래 이익도 결국 앞서의 부정거래로부터 연유하는 것이며 나아가 그의 거래 참여가 부정거래의 판로를 확보해 줌으로써 궁극적으로 부정거래를 가능하게 한 결정적인 요인이 되었다면, 이는 그 전제가 되는 매입세액 공제ㆍ환급제도를 악용하여 부당한 이득을 추구하는 행위라고 할 것이므로 그러한 수출업자에게까지 다른 조세수입을 재원으로 삼아 매입세액을 공제ㆍ환급해 주는 것은 부정거래로부터 연유하는 이익을 국고에 의하여 보장해 주는 격이 됨은 물론 위에서 본 바와 같은 전반적인 조세체계에 미치는 심각한 폐해를 막을 수도 없다. 그러므로 이러한 경우의 수출업자가 매입세액의 공제ㆍ환급을 구하는 것은 보편적인 정의관과 윤리관에 비추어 도저히 용납될 수 없다 할 것이므로 이는 구 국세기본법 제15조 소정의 신의성실의 원칙에 반하는 것으로서 허용될 수 없다고 보아야 한다. 이러한 법리는 공평의 관점과 결과의 중대성 및 보편적 정의감에 비추어 수출업자가 중대한 과실로 인하여 그와 같은 부정거래가 있었음을 알지 못한 경우, 즉 악의적 사업자와의 관계로 보아 수출업자가 조금만 주의를 기울였다면 이를 충분히 알 수 있었음에도 거의 고의에 가까운 정도로 주의의무를 현저히 위반하여 이를 알지 못한 경우에도 마찬가지로 적용된다고 봄이 상당하고, 그 수출업자와 부정거래를 한 악의적 사업자와 간에 구체적인 공모 또는 공범관계가 있은 경우로 한정할 것은 아니다. 그리고 위와 같은 경우 악의적 사업자와 상호 의존관계에 있는 수출업자가 국가로부터 매입세액을 공제ㆍ환급받음으로써 국고의 유출이 현실화되므로 이러한 수출업자에 대한 제재로서 그에 대한 매입세액의 공제ㆍ환급을 부인한다고 해서 악의적 사업자의 부가가치세 포탈에 대한 책임을 합리적 이유 없이 수출업자에게 전가하는 것이라고 할 수도 없다. 나) 살피건대, 위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음의 사실들 즉, ① 원고는 2004. 2. 12. 금괴 등의 제조ㆍ도소매업을 목적으로 하여 설립된 회사로서 자본금이 1억 원에 불과하며 그 대표이사인 구00은 종전에 금지금업이나 무역업에 종사한 경험이 전혀 없었던 사실, ② 그럼에도 원고는 설립 첫해에 수십 차례에 걸쳐 거액의 이 사건 금지금을 매입하여 같은 날 또는 짧은 기일 내에 그대로 또는 금목걸이 형태로 가공하여 대부분 수출한 사실, ③ 원고의 전단계 거래자인 주식회사 렉서스, 주식회사 00코리아, 주식회사 00무역 등의 악의적 사업자들은 오로지 매출세액을 포탈하여 이를 이윤으로 삼을 의도하에 면세로 공급된 수입 금지금을 매입하여 의도적으로 면세추천을 받지 않은 과세사업자들에게 저가로 공급하면서 그 매출세액을 국가에 납부하지 않고 폐업해 버린 사실, ④ 원고에 의한 이 사건 금지금의 매입거래와 수출거래는 모두 당시 금지금의 시세에 못 미치는 가격으로 이루어졌고, 심지어 원고가 2004. 9. 2. 과세사업자인 주식회사 000쥬얼리로부터 금지금 100kg을 매입하여 그 다음날 홍콩 소재 수입업체인 선00(Sun 000 000 Gold Dealers Ltd.)에게 수출함에 있어서는 그 수출가격이 매입가격에도 미치지 못한 사실, ⑤ 원고에 대한 세무조사 당시 원고 대표이사 구00은 원고와 홍콩 소재 수입업체인 쥬00(Chow 000 0000 Jewellery, Ltd.) 사이의 수출거래는 국내 금지금업체인 주식회사 000골드 대표이사 송00의 소개로 이루어졌고 거래단가도 송00이 결정하였다고 진술하였으며, 원고가 보관하는 운송장상의 금지금 수령장소가 000골드의 사무실로 기재되어 있는 경우도 있었던 사실 등에 비추어보면, 원고가 매매차익을 누리면서 이 사건 금지금을 단기간 내에 매입ㆍ수출할 수 있었던 것은 중간 단계의 악의적 사업자가 이 사건 금지금을 저가로 공급하면서 매출세액을 포탈하는 부정거래를 하였기 때문이고, 그 거래의 구조에 비추어 원고가 거액의 이 사건 금지금을 수출함으로써 그 판로를 확보해 주지 않고서는 악의적 사업자가 부정거래를 하는 것이 거의 불가능할 것이므로 결국 원고와 악의적 사업자는 필연적인 상호 의존관계에 있었다고 할 수 있다. 또한, 종국적으로 원고가 매입세액을 공제ㆍ환급받을 수 없다면 그 세액의 부담이 매매차익을 초과하여 손해를 보게 되고 그로 인하여 거래가 불가능하게 되므로 이러한 상호 의존관계는 반드시 원고가 수출에 대한 영세율 적용에 의해 국가로부터 매입세액을 공제ㆍ환급받는 것을 전제로 한다. 그리고 이러한 일련의 거래는 워낙 짧은 기간 내에 이루어지므로 국가가 사전에 이를 차단하기도 어렵다. 이러한 사정을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 수출업자인 원고가 이 사건 금지금 거래를 함에 있어 그전에 있은 일련의 거래과정에 매출세액의 포탈을 목적으로 부정거래를 하는 악의적 사업자가 존재하고 그로 인하여 원고에 대한 매입세액 공제ㆍ환급이 다른 조세수입의 감소를 초래한다는 사정을 알았거나 중대한 과실로 이를 알지 못하였다고 봄이 상당하고, 그럼에도 원고가 매입세액 공제ㆍ환급을 통한 이 사건 처분의 취소를 구하는 것은 악의적 사업자의 부정거래에 편승한 원고가 매입세액 공제ㆍ환급제도를 악용하여 악의적 사업자가 포탈한 매출세액의 일부를 이익으로 분배받고자 하는 것일 뿐만 아니라 전단계세액공제 제도를 취하고 있는 부가가치세 제도 및 전반적 조세 정의의 근간을 훼손하는 것이 되므로 구 국세기본법 제15조가 규정하는 신의성실의 원칙에 반하여 허용될 수 없다 할 것이다. 3) 소결론 피고의 원고에 대한 2004년 제1기분 부가가치세 1,260,136,930원의 부과처분, 피고의 원고에 대한 2004년 제2기분 부가가치세 가산세 49,337,020원의 부과처분 및 이 사건 환급거부처분에 대하여 원고가 수출된 금지금의 매입세액의 공제ㆍ환급을 통한 위 각 부과처분의 취소를 주장하는 것은 앞서 본 바와 같이 신의칙에 반하여 허용될 여지가 없으므로, 결국 위 각 부과처분 및 이 사건 환급거부처분은 적법하다 할 것이다. 5. 결론 그렇다면 위 부가가치세 및 부가가치세 가산세 각 부과처분과 이 사건 환급거부처분에 대한 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 위 부가가치세 및 부가가치세 가산세 각 부과처분 취소 청구 부분에 대한 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하고, 당심에서 추가된 이 사건 환급거부처분 취소 청구 부분은 원고만이 환송전 당심의 각하 판결에 대하여 상고하였다가 상고심에서 파기되어 이 법원에 환송되었는바, 원고만이 상고하였던 이 사건 환급거부처분 취소 청구 부분에 대하여 환송전 당심보다 원고에게 불이익하게 변경할 수 없으므로, 이 사건 환급거부처분 취소 청구 부분은 이를 각하하기로 한다. 이에 주문과 같이 판결한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2011누5065

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

부가가치세법 시행령 제24조

조세특례제한법 제106조

부가가치세법 제1조 제6조 제11조 제15조 제17조

조세특례제한법 시행령 제106조

국세기본법 제15조

[ 참조판례 ]