+ - 북마크 저장 [행정] 항소사건

서울고등법원 2012.10.26 선고 2011누32166 판결

납품업체들에게 지급한 금액은 ‘구매대금’에 해당하고, 경영권의 인수를 목적으로 지출한 비용은 주식의 취득원가에 포함되지 않음[일부패소] 납품업체들과의 특정매입거래에 따라 지급한 매입대금은 ‘구매대금’에 해당하고, 주식 자체의 가치를 취득하기 위한 것이 아니라 자산으로 계상되지 않는 경영권의 인수를 목적으로 지출한 비용은 주식의 취득원가에 포함시킬 수는 없다고 할 것임

사 건	2011누32166 법인세 및 부가가치세 경정거부처분 등 취소
원고, 항소인 겸 피항소인	주식회사 XX
피고, 피항소인 겸 항소인	마포세무서장
제1심 판 결	서울행정법원 2011. 8. 11. 선고 2009구합7301 판결
변 론 종 결	2012. 9. 18.
판 결 선 고	2012. 10. 26.

【주문】 1. 제1심 판결을 아래와 같이 변경한다. 가. 주위적 청구에 관하여, (1) 피고의 원고에 대한 2007. 1. 3.자 2005년 제1기 부가가치세 부과처분, 2005년 제2기 부가가치세 부과처분, 2006년 제1기 부가가치세 부과처분의 각 취소청구에 관한 소를 각하한다. (2) 피고의 원고에 대한 2007. 6. 1.자 2004사업 연도 법인세 000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분을 취소한다. (3) 피고의 원고에 대한 2008. 8. 1.자 2005사업 연도 법인세 000원의 부과처분에서 기납부세액 공제 후의 차감납부할 세액이 000원인 부분 중, 그 차감납부할 세액이 000원을 초과하는 부분을 취소한다. (4) 나머지 청구를 기각한다. 나. 예비적 청구에 관하여, (1) 피고의 원고에 대한 2008. 5. 28.자 감액경정 거부처분 중, 2005사업연도 법인세의 감액을 거부한 부분의 취소청구에 관한 소를 각하한다. (2) 피고의 원고에 대한 2008. 5. 28.자 감액경정 거부처분 중, 2005년 제1기 부가가치세 000원, 2005년 제2기 부가가치세 000원, 2006년 제1기 부가가치세 000원의 감액을 각 거부한 부분을 취소한다. 2. 소송총비용은 이를 5분하여 그 1은 원고가 부담하고, 나머지는 피고가 부담한다. 【청구취지및항소취지】 1. 청구취지 가. 주위적 청구취지 (1) 피고의 원고에 대한 2007. 6. 1.자 2004사업연도 법인세 000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분을 취소한다. (2) 피고의 원고에 대한 2008. 8. 1.자 2005사업연도 법인세 000원의 부과처분에서 기납부세액 공제 후의 차감납부할 세액이 000원인 부분 중, 그 차감납부할 세액이 000원을 초과하는 부분을 취소한다. (3) 피고의 원고에 대한 2007. 1. 3.자, △ 2005년 제1기 부가가치세 000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분, △ 2005년 제2기 부가가치세 000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분, △ 2006년 제1기 부가가치세 000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분을 취소한다. [원고는 당심에서 청구취지를 위와 같이 변경하였고, 2005사업연도 법인세에 관하여는 ’총부담세액‘이 아닌 기납부세액 공제 후의 ’차감납부할 세액‘을 기준으로 처분취소 범위를 특정하고 있다] 나. 예비적 청구취지 피고의 원고에 대한 2008. 5. 28.자 감액경정 거부처분을 취소한다. [위 감액경정 거부처분은, △ 2004사업연도 법인세 000원, △ 2005사업연도 법인세 000원, △ 2005년 제1기 부가가치세 000원, △ 2005년 제2기 부가가치세 000원, △ 2006년 제1기 부가가치세 000원의 감액을 거부한 것이다] 2. 항소취지 가. 원고 제1심 판결을 위 청구취지와 같이 변경한다. 나. 피고 제1심 판결 중 피고 패소부분을 각 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 모두 기각한다. 【이유】 원고는 이 사건 소로써 피고가 원고에 대하여 한 법인세 부과처분, 부가가치세 부과처분, 감액경정 거부처분의 각 취소를 구한다. 그러면서 원고는 위 각 처분 중 △ 특정매입거래, △ 주식취득, △ 재고자산매각에 관련된 사유를 처분사유로 한 부분의 취소를 구한다. 그러므로 먼저 위 처분사유에 관해 살펴보고, 다음으로 원고의 청구에 관해 살펴본다. [ 피고의 처분사유 ] Ⅰ. 특정매입거래 1. 인정사실 갑 제5 내지 7, 10호증, 을 제1, 2, 4 내지 10, 12 내지 15호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 아래와 같은 사실이 인정된다. [1] O원고는 의류 및 잡화 판매업 등을 영위하는 주식회사로서 'XX 아울렛’(이하 ’이 사건 아울렛'이라고 한다)을 운영하면서, 납품업체들과 사이에 '특정매입거래 계약'을 체결하고 이 사건 아울렛에서 고객들에게 상품을 판매하였다. O위 ’특정매입거래 계약’에서는 원고와 납품업체들 사이의 거래형태를 '판매분 특정매입'이라고 하였다. O위와 같은 '판매분 특정매입’ 거래(이하 '특정매입거래’라고 한다)는, △ 납품업체들이 이 사건 아울렛의 창고에 상품을 입고시키면 원고가 그 상품을 원고의 POS(Point Of Sales)시스템에 등록하여 관리하면서 이 사건 아울렛에서 고객들에게 판매하고, △ 고객들에 대한 판매방식과 판매가격은 원고가 결정하며, △ 고객들에 대한 영수증을 원고 명의로 발급하면서 신용카드 수수료도 원고가 부담하는 것이었다. O이러한 특정매입거래는 원고의 재고부담을 완화하기 위한 것으로서, △ 원고가 고객들에게 상품을 판매한 시점에서 원고가 납품업체들로부터 당해 상품을 매입하여 고객들에 대한 판매 대금에서 일정액을 공제한 나머지를 납품업체들에게 매입대금으로 지급하고, △ 고객들에게 판매되지 않은 나머지 상품은 원고가 납품업체들에게 반품하면서, △ 공급자가 납품업체이고 공급받는 자가 원고인 세금계산서를 교부받아 원고가 부가가치세를 신고 • 납부하는 것이었다. O원고는 시중 은행과 사이에 기업구매자금 대출약정을 체결하고 납품업체들에게 특정 매입거래에 따른 매입대금으로 2004사업연도에 000원을 지급하고 2005사업연도에 000원을 지급하였다(이하 위 각 금액을 '이 사건 매입대금’이라고 한다). [2] O원고는 2004사업연도 법인세와 2005사업연도 법인세를 신고하면서 이 사건 매입대금이 「조세특례제한법」 제7조의2 제3항 소정의 '구매대금'에 해당함을 이유로, 이 사건 매입대금에 대하여 같은 법 제7조의2 제1항 소정의 ’기업의 어음제도개선을 위한 세액 공제'를 하였다1) O피고는 원고에 대하여 2004사업연도 법인세 부과처분과 2005사업연도 법인세 부과 처분을 하면서, 이 사건 매입대금은 위 조항 소정의 l구매대금’에 해당하지 않아 위와 같은 세액공제를 부인함을 처분사유로 하여, 원고가 신고한 위 각 법인세를 증액경정 하였다(이하 위 처분사유를 ’특정매입거래 관련사유’라고 한다). 2. 원고 및 피고의 주장 가. 원고의 주장 「조세특례제한법」 제7조의2 제1항, 제3항 제1호2)에서는 '구매대금'을 재화의 공급에 대한 대가로 규정하고 있을 뿐이므로, 이 사건 매입대금은 위 조항 소정의 '구매대금'에 해당하고, 이에 따라 이 사건 매입대금에 대하여 위 조항 소정의 세액공제가 인정 되어야 한다. 따라서 피고가 특정매입거래 관련사유를 처분사유로 하여 위 조항 소정의 세액공제를 부인한 것은 위법하다. 나. 피고의 주장 원고와 납품업체들 사이의 특정매입거래는 명목상으로는 외상매입의 형태를 취하고 있으나, 실질은 원고가 납품업체들로부터 판매수수료를 지급받는 것이므로, 이 사건 매입 대금은 위 조항 소정의 ’구매대금l에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 매입대금에 대하여는 위 조항 소정의 세액공제가 인정될 수 없다. 3. 판단 가. 「조세특례제한법」 (1) 이 사건 매입대금 지급 당시 시행되던 「조세특례제한법」 (2004. 12. 31. 개정 되기 전의 것, 이하 같다) 제7조의2 제1항은 ‘기업의 어음제도개선을 위한 세액공제’에 관하여 규정하면서, 기업을 영위하는 내국인이 ‘구매대금’을 환어음 또는 판매대금 추심의뢰서를 결제하는 방식으로 지급하는 경우, 기업구매 전용카드를 사용하여 지급하는 경우 또는 외상매출채권 담보대출제도를 이용하여 지급하는 경우에 있어서 2005. 12. 31.까지 결제하거나 사용 또는 이용하는 분에 대하여는 일정 금액의 3/1,000에 상당하는 금액을 법인세에서 공제한다고 규정하였다3) (2) 「조세특례제한법」 제7조의2 제3항은 위와 같은 ’구매대금l에 관하여, ’구매기업이 당해 기업의 사업목적에 부합하는 경상적 영업활동과 관련하여 판매기업으로부터 재화를 공급받거나 용역을 제공받고 그 대가로 지급하는 금액을 말한다’고 규정하였다.4) 나. 이 사건 매입대금 앞서 든 증거와 법령 등에 의하여 이 사건 매입대금에 관해 살펴보면 아래와 같다. (1) 원고와 납품업체들 사이의 특정매입거래는, 납품업체들이 이 사건 아울렛의 창고에 상품을 입고시키면 이 사건 아울렛을 운영하는 원고가 자신의 POS(Point of Sales)시스템에 그 상품을 등록하여 관리하면서 이 사건 아울렛에서 고객들에게 판매하고, 고객들에 대한 판매방식과 판매가격은 원고가 결정하며, 고객들에 대한 영수증을 원고 명의로 발급하면서 신용카드 수수료도 원고가 부담하는 것이었는바, 이는 원고가 자신의 명의와 계산으로 상품을 판매하는 것이라고 할 것이다. (2) 원고와 납품업체들 사이의 특정매입거래는 원고의 재고부담을 완화하기 위한 것으로서, 원고가 고객들에게 상품을 판매한 시점에서 원고가 납품업체들로부터 당해 상품을 매입하여 고객들에 대한 판매 대금에서 일정액을 공제한 나머지를 납품업체에게 매입대금으로 지급하고, 고객들에게 판매되지 않은 나머지 상품은 원고가 납품업체들에게 반품하면서, 공급자가 납품업체이고 공급받는 자가 원고인 세금계산서를 교부 받아 원고가 부가가치세를 신고 • 납부하는 것이었는바, 이는 원고와 고객들 사이의 매매와 납품업체들과 원고 사이의 매매가 동시에 이루어지는 것일 뿐, 원고가 납품업체들로부터 상품을 수탁하여 판매하는 것이라고 할 수 없다. (3) 「조세특례제한법」 제7조의2가 규정하는 ‘기업의 어음제도개선을 위한 세액공제’는, 약속어음의 부도로 인한 중소기업의 연쇄도산을 방지하기 위하여 구매기업이 구매대금을 현금화가 용이한 방식으로 결제하는 경우 이에 대한 세제지원을 하는 데 그 취지가 있는바, 원고와 납품업체들 사이의 특정매입거래에 따라 원고가 납품업체들에게 매입대금을 지급하는 경우에도 약속어음을 결제수단으로 사용할 수도 있으므로, 이러한 매입대금의 지급이 현금화가 용이한 방식으로 이루어지도록 유도할 필요가 있다. (4) 한편으로 공정거래위AA 고시 제2001-9호5)는, 대규모소매점업자가 납품업자로부터 상품을 ‘수탁하여’ 판매하고 재고품은 반품하는 거래형태를 ‘특정매입거래’라고 정의하였는데, 이는 대규모소매점업에 있어서의 특정한 불공정거래행위를 규제하기 위하여 ‘특정매입거래’를 정의한 것으로서 법인세의 세액공제에 관하여 규정한 것이 아니고, 원고와 납품업체들 사이의 특정매입거래는 그들이 체결한 ’특정매입거래 계약‘의 내용에 따라 그 성질을 파악해야 할 것이므로, 위 고시를 근거로 하여 원고와 납품업체들 사이의 특정매입거래가 상품을 ’수탁하여’ 판매하는 거래라고 인정할 수는 없다. (5) 그렇다면, 원고가 납품업체들과의 특정매입거래에 따라 지급한 이 사건 매입대금은 「조세특례제한법」 제7조의2 제1항, 제3항 제1호 소정의 ‘구매대금’에 해당한다고 할 것이고, 따라서 이 사건 매입대금에 대하여는 위 조항 소정의 세액공제가 인정된다고 할 것이다(대법원 2012. 7. 26. 선고2012두7844 판결 참조) 다. 소결 따라서 피고가 특정매입거래 관련사유를 처분사유로 하여 「조제특례제한법」 제7조의2 소정의 세액공제를 부인한 것은 위법하고, 이에 관한 원고의 주장은 이유 있다. Ⅱ-ⅰ. 주식취득 1. 인정사실 갑 제5 내지 9, 12호증, 을 제1 내지 10, 12, 14, 15호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 아래와 같은 사실이 인정된다. 〈주식회사 OO 발행주식〉 [1] O원고는 앞서 본 바와 같이 의류 및 잡화 판매업 등을 영위하는 주식회사로서 이 사건 아울렛을 운영하면서, 기업인수 • 합병(M&A)을 추진하기로 하였다. O원고는 2003. 1. 10. 주식회사 AA와 사이에 '용역계약'을 체결하여, △ 인수 대상기업의 선정, △ 인수대상기업의 분석 • 평가, △ 투자방법, △ 투자컨소시엄 제안 등 기업인수 • 합병에 필요한 제반 사항에 관하여 자문을 받고 이에 대한 용역보수 000원을 지급하기로 약정하였다. O원고는 2003. 8. 22. BB 주식회사와 사이에 '용역계약'을 체결하여, △ 인수대상기업의 선정, △ 인수대상기업의 분석 • 평가, △ 투자방법, △ 투자컨소시엄 제안 등 기업인수 • 합병에 필요한 제반 사항에 관하여 자문을 받고 이에 대한 용역보수 000원을 지급하기로 약정하였다. O원고는 2003. 11. 20. CC 기업구조조정전문 주식회사와 사이에 '용역계약'을 체결하여, △ 인수대상기업의 선정, △ 인수대상기업의 분석 • 평가, △ 투자방법, △ 투자컨소시엄 제안 등 기업인수 • 합병에 필요한 제반 사항에 관하여 자문을 받고 이에 대한 용역보수 000원을 지급하기로 약정하였다. O원고는 2004. 1. 4. 주식회사 OO의 채권단 일원인 박AA와 사이에 '고문계약’을 체결하여, △ 기업인수 • 합병을 통한 사업확장 및 이해관계자 간의 의사소통, △ 기업 인수 • 합병 후의 조속한 정상화에 필요한 정보제공 등에 관하여 조언을 받고 이에 대한 보수 000원을 지급하기로 약정하였다. [2] O한편으로 원고는 2003. 2. 17. 위 주식회사 AA와 사이에 '부동산인수 관련 용역계약’을 체결하여, 광명시 XX동 38 소재 건물의 인수를 추진함에 있어 인수구조, 부동산의 평가 • 분석, 지분별 인수방법 등에 관하여 자문을 받고 이에 대한 용역보수 000원을 지급하기로 약정하였다. O원고는 또한 2004. 3. 2. DD 주식회사와 사이에 '용역계약'을 체결하여, 원고가 소유 또는 지정하는 부동산을 원고가 임차하는 조건으로 매입하는 투자자를 유치함에 있어서 투자조건, 투자구조, 투자자기준 등에 관하여 자문을 받고 이에 대한 자문용역비 000원을 지급하기로 약정하였다. [3] O원고는 위와 같이 2003. 1.경부터 2004. 1.경까지 사이에 주식회사 AA 등과 사이에 용역계약 및 고문계약을 체결하면서, 동종 업체로서 회사정리절차가 진행되던 주식회사 OO의 경영권을 인수하기 위한 ’XX 아울렛 컨소시엄’을 구성하였다. O원고는 2003. 12. 5. 주식회사 OO와 사이에 투자계약을 체결하였고, 이 투자계약의 내용은, 원고가 위 회사의 유상증자에 참여하여 약 000원으로 위 회사 발행주식을 인수한다는 것 등이었다(이하 위 발행주식을 'OO주식’이라고 한다). O위 투자계약 체결 이후 2003. 12. 30. 주식회사 OO에 대하여 회사정리계획 변경 인가가 이루어졌고, 원고가 2004. 2. 5. 위 회사의 유상증자에서 제3자 배정 방식으로 발행주식총수의 73.6%에 해당하는 OO주식을 취득하여 위 회사의 경영권을 인수하였다. O원고는 위와 같은 경영권 인수에 관하여 앞서 본 바와 같이 용역계약 및 고문계약을 체결한 주식회사 AA 등으로부터 자문과 조언을 받았다. O원고는 위 용역계약 및 고문계약에 따라, △ 2004. 3. 31. DD주식회사에 000원, △ 2004. 6. 28. 주식회사 AA에 000원과 000원, △ 2004. 6. 28. BB 주식회사에 000원, △ 2004. 6. 28. CC 기업구조조정전문 주식회사에 000원, △ 2004. 8. 16. 박AA에게 000원을 각 지급하였다. O이에 따라 원고가 2004사업연도에 위 용역계약 및 고문계약에 따라 합계 000원6)을 지출하였다(이하 위 금액을 ’이 사건 제1지출액’이라고 한다). 〈주식회사 EE 발행주식〉 [1] O원고는 위에서 본 바와 같이 2004. 2. 5. 동종 업체인 주식회사 OO의 경영권을 인수하였는데, 2004. 12.경 역시 동종 업체인 주식회사 EEI&C의 경영권 인수를 추진하기로 하고 위 회사 발행주식의 공개매수를 진행하였으나 성공하지 못하였다. O그러자 원고는 주식회사 EEI&C의 경영권 인수에 대신하여 위 회사와 출자관계에 있는 별개 회사인 주식회사 EE의 경영권 인수를 추진하기로 하였다. O원고는 2005. 1.경 조BB과 사이에 ’용역계약'을 체결하였고, 이 용역계약에서는 ’주식회사 EE의 경영권을 포괄적으로 인수하기 위하여 필요한 자문업무’를 의뢰한다고 하면서, 이에 대한 용역수수료를 지급하기로 약정하였다. O위 용역계약에서는 조BB이 수행할 용역의 내용을, △ 인수전략 수립, △ 주식회사 EE과의 접촉 및 경영권 인수에 대한 제안, △ 주식회사 EE 발행주식의 매도자 및 이해당사자 접촉, △ 주식인수계약 체결 관련 자문 등으로 정하였다(이하 위 발행주식을 ’EE주식'이라고 한다). O위 용역계약에서는, △ 원고가 조BB의 자문 및 컨설팅을 통해 EE주식을 인수하게 되는 경우 주식인수가액의 4%에 해당하는 금액을 용역수수료로 지급하고, △ 발행주식총수의 10% 이상의 EE주식을 인수하게 되는 경우 000원의 한도 내에서 성공보수를 지급할 수 있다고 약정하였다. O원고는 또한 2005. 3. 9. 주식회사 FF와 사이에 '용역계약'을 체결하였고, 이 용역계약에서는 '주식회사 EE의 경영권을 포괄적으로 인수하기 위하여 필요 한 자문업무'를 의뢰한다고 하면서, 이에 대한 용역수수료를 지급하기로 약정하였다. O위 용역계약에서는 주식회사 FF가 수행할 용역의 내용을, △ 인수전략 수립, △ 주식회사 EE과의 접촉 및 경영권 인수에 대한 제안, △ EE주식의 매도자 및 이해당사자 접촉, △ 인수조건 협상 및 주식인수계약 체결 관련 자문 등으로 정하였다. O위 용역계약에서는, 원고가 주식회사 FF에게 착수금으로 000원을 지급하기로 하면서, △ 원고가 위 회사의 자문 및 컨설팅을 통해 인수하게 된 EE주식이 26,000주 미만일 경우에는 주식매입대금의 1%를 용역수수료로 지급하고, △ 26,000주 이상일 경우에는 주식매입대금의 4%를 용역수수료로 지급하기로 약정하였다. [2] O원고는 조BB 및 주식회사 FF의 자문 등을 통하여 2005. 12. 말경까지 발행주식총수의 11.7%에 해당하는 EE주식을 취득하였고, 이에 따라 주식회사 EE의 경영권 인수에는 성공하지 못하였다. O원고는 위 용역계약에 따라, △ 2005. 3. 8.부터 2005. 4. 6.까지 2회에 걸쳐 주식회사 FF에게 000원, △ 2005. 4. 30.부터 2005. 6. 30.까지 4회에 걸쳐 조BB에게 000원, △ 2005. 7. 31. 조BB에게 000원을 각 지급하였다. O이에 따라 원고가 2005사업연도에 위 용역계약에 따라 합계 000원7)을 지출 하였다(이하 위 금액을 ’에 사건 제2지출액’이라고 한다). 〈손금 산입〉 O원고는 2004사업연도 법인세와 2005사업연도 법인세를 신고하면서 이 사건 제1지출액과 이 사건 제2지출액을 각 당기 비용으로 손금에 산입하였다. O피고는 원고에 대하여 2004사업연도 법인세 부과처분과 2005사업연도 법인세 부과 처분을 하면서, 이 사건 제1지출액과 이 사건 제2지출액은 OO주식 및 EE주식의 취득가액에 포함되어야 하므로 위와 같은 손금산입을 부인함을 처분사유로 하여, 원고가 신고한 위 각 법인세를 증액경정하였다(이하 위 처분사유를 ‘주식취득 관련사유’라고 한다). 2. 원고 및 피고의 주장 가. 원고의 주장 이 사건 제1지출액은 원고가 주식회사 OO의 경영권을 인수하기 위한 자문비용 등으로 지출한 것이고, 이 사건 제2지출액 역시 원고가 주식회사 EE의 경영권을 인수하기 위한 자문비용 등으로 지출한 것이므로, 이 사건 제1지출액과 이 사건 제2지 출액은 모두 당기 비용으로 손금에 산입되어야 하고, OO주식 및 EE주식의 취득가액에 포함되지 않는다. 따라서 피고가 주식취득 관련사유를 처분사유로 하여 위 와 같은 손금산입을 부인한 것은 위법하다. 나. 피고의 주장 이 사건 제1지출액은 원고가 주식회사 OO의 채권자 등으로부터 회사정리절차인가에 대한 동의를 구하는 과정에서 그들의 손실을 보전해 주기 위하여 이면계약을 통하여 지출한 것이고, 이 사건 제2지출액은 원고가 조BB 및 주식회사 FF에게 주식매수실적에 따라 성과금 형식으로 지급한 것으로서, 모두 주식취득을 위한 부대비용이므로, 손금에 산입될 수 없고 OO주식 및 EE주식의 취득가액에 포함되어야한다. 3. 판단 가. 「법인세법」 (1) 원고의 2004사업연도 법인세와 2005사업연도 법인세에 관하여 적용되는 「법인세법」 (2005. 12. 31. 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제41조 제1항은 ‘자산의 취득가액’에 관하여, 내국법인이 매입•제작•교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다고 규정하면서, △ 제1호에서, 타인으로부터 매입한 자산의 취득가액은 ‘매입가액에 부대비용을 가산한 금액’이라고 규정하고, △ 제2호에서, 자기가 제조 • 생산 또는 건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 ‘제작원가에 부대비용을 가산한 금액’이라고 규정하고, △ 제3호에서, 제1호 및 제2호 외의 자산의 취득가액은 ‘취득 당시의 대통령령이 정하는 금액’이라고 규정하였다8) 위와 같이 원고의 2004사업연도 법인세와 2005사업연도 법인세에 관하여 적용되는 「법인세법 시행령」 (2005. 12. 30. 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제72조 제1항은, 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다고 규정하면서, △ 제1호에서, 타인으로부터 매입한 자산의 취득가액은 ‘매입가액에 취득세 • 등록세 기타 부대비용을 가산한 금액‘이라고 규정하고, △ 제2호와 제3호에서, 자기가 제조 • 생산 • 건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산 및 현물출자 • 합병 또는 분할에 의하여 취득한 자산의 취득가액을 규정하고, △ 제4호에서, 현물출자 • 합병 또는 분할에 의하여 주주 등이 취득한 주식 등의 취득가액은 ’취득 당시의 시가‘라고 규정하고, △ 제5호에서, 제1호 내지 제4호 외의 방법으로 취득한 자산의 취득가액은 ’취득 당시의 시가'라고 규정하였다9) (2) 한편으로 「법인세법」 제43조는 '기업회계기준과 관행의 적용’에 관하여 규정하면서, 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산•부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정•타당하다고 인정 되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및 「조세특례제한법」 에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다고 규정하였다10) 이에 관하여 「법인세법 시행령」 제79조는 위 제43조의 규정에 의한 기업회계의 기준 또는 관행은 다음 각 호의 1에 해당하는 회계기준(당해 회계기준에 배치되지 아니하는 것으로서 일반적으로 공정•타당하다고 인정되는 관행을 포함한다)으로 한다고 규정하면서, △ 제1호에서, 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제13조의 규정에 의하여 제정된 〈기업회계기준〉을 규정하였다.11) 2002. 1. 25.부터 적용된 위 〈기업회계기준〉은, △ 유가증권의 취득원가는 ’유가증권 취득을 위하여 제공한 대가의 시장가격에 취득부대비용을 포함한 가액’으로 측정한다고 규정하였고(문단 17), △ 취득부대비용은 ’유가증권의 대가 이외에 취득과 직접적으로 관련하여 추가적으로 발생하는 비용을 말한다. 여기에는 대리인 또는 중개인에게 지급하는 수수료와 증권거래소의 거래수수료 및 세금을 포함하며, 금융비용과 보유에 따른 비용은 제외한다'고 규정하였다(문단 4의 마).12) 나. 자산 및 비용 (1) 위와 같은 규정들에 의하면, 자산의 취득가액에는 ‘매입가액’, ‘취득세 • 등록세 기타 부대비용’, ’취득과 직접적으로 관련하여 추가적으로 발생하는 비용’, ‘대리인 또는 중개인에게 지급하는 수수료', ’증권거래소의 수수료’, ’세금' 등 일정 범위의 지출액만이 포함된다. (2) 위와 같이 자산의 취득가액에 일정 범위의 지출액만이 포함되는 것은, 기업이 수익을 획득하기 위한 여러 가지 경제활동을 수행하는 과정에서 발생한 원가(cost)를 자산(asset)으로 처리해야 할 것인지, 비용(expense)으로 처리해야 할 것인지를 결정하는 문제와 관련되어 있다. 자산이란 미래경제적효익(future economic benefit)을 창출할 수 있는 것으로 기대되는 자원이고, 미래경제적효익이란 특정 자원이 미래에 현금 유입을 증가시키거나 현금지출을 감소시킬 수 있는 능력인데, 일반적으로 지출의 발생과 자산의 취득은 밀접하게 관련되어 있으나 양자가 반드시 일치하는 것은 아니어서, 기업이 지출을 한 경우 미래경제적효익을 추구했다고 할 수는 있지만 자산의 정의를 충족시키는 어떤 항목을 취득했다고 단정할 수는 없다. 따라서, 발생한 원가를 자산으로 계상하기 위해서는 당기 이후의 미래경제적효익을 기대할 수 있어야 하고, 이와 같이 원가 발생으로 인하여 미래경제적효익을 기대할 수 있는 것은 자산으로 계상하였다가 수익획득과 직접적인 관련이 있는 것은 수익을 인식한 시점에서 비용으로 인식한다. 발생한 원가가 미래경제적효익을 기대할 수 없다면 그 원가는 발생 당기의 비용으로 인식한다. 한편으로 미래경제적효익은 화폐단위로 계량화 또는 측정될 수 있어야 하므로, 공장의 유리한 입지조건 또는 우수한 인적자원 등은 기업의 미래현금흐름을 증가시켜 줄 수 있음에도 불구하고 화폐단위로 계량화하거나 측정할 수 없기 때문에 자산으로 분류하지 않고, 당기에 발생한 뭔가 중 미래경제적효익이 불확실한 경우에는 당기의 비용으로 인식하게 된다. (3) 그렇다면, 앞서 본 바와 같이 자산의 취득가액에 포함되는 ‘매입가액’, ‘취득세 • 등록세 기타 부대비용’, ‘취득과 직접적으로 관련하여 추가적으로 발생하는 비용’, '대리인 표는 중개인에게 지급하는 수수료’ 등에 해당되는지 여부는 위와 같은 자산 및 비용의 의미에 관련하여 판단하여야 할 것이다. 다. 이 사건 제1지출액 앞서 든 증거와 법령 등에 의하여 이 사건 제1지출액에 관해 살펴보면 아래와 같다. (1) 원고는 의류 및 잡화 판매업 등을 영위하는 주식회사로서 이 사건 아울렛을 운영하면서 기업 인수 • 합병을 추진하기로 하였고, 2003. 1 경부터 2004. 1 경까지 사이에 주식회사 AA 등과 사이에 용역계약 및 고문계약을 체결하여, △ 인수대상 기업의 선정, △ 인수대상기업의 분석 • 평가, △ 투자방법, △ 투자컨소시엄 제안 등 기업인수 • 합병에 필요한 제반 사항에 관하여 자문을 받고 이에 대한 용역보수 등을 지급하기로 약정하였다. 그러면서 원고는 동종 업체로서 회사정리절차가 진행되던 주식회사 OO의 경영권을 인수하기 위한 ’XX 아울렛 컨소시엄'을 구성하고, 2003. 12. 6. 주식회사 OO와 사이에 투자계약을 체결하여, 주식회사 OO의 유상증자에 참여하여 약 000원으로 OO주식을 인수하기로 하였으며, 2004. 2. 6. 위 회사의 유상증자에서 제3자 배정 방식으로 발행주식총수의 73.6%에 해당하는 OO주식을 취득하여 위 회사의 경영권을 인수하였다. 원고는 이러한 경영권 인수에 관하여 위 와 같이 용역계약 및 고문계약을 체결하였던 주식회사 AA 등으로부터 자문과 조언을 받았고, 이 사건 제1지출액은 원고가 위와 같은 용역계약 및 고문계약에 따라 주식회사 AA 등에게 지급한 것이다. (2) 위와 같은 용역계약 및 고문계약의 체결시기와 내용, OO주식의 취득경위 등에 비추어 보면, 이 사건 제1지출액은 원고가 주식회사 OO의 경영권 인수를 목적으로, 인수대상기업의 분석 • 평가 등 경영권 인수에 관한 제반 사항에 관하여 자문과 조언 등의 용역을 제공받고 그 대가로 지출한 것으로 인정된다. 이에 관하여 피고는, 이 사건 제1지출액은 원고가 주식회사 OO의 채권자 등으로부터 회사정리절차인가에 대한 동의를 구하는 과정에서 그들의 손실을 보전해 주기 위하여 이면계약을 통하여 지출한 것이라고 주장하나, 이를 인정할 만한 증거가 없다. (3) 위와 같은 경영권은 일정 수량 이상의 주식을 보유한 주주가 회사의 경영을 지배하거나 통제할 수 있는 지위로서, 경제적 • 사회적 측면에서는 회사의 대표권, 인사권, 현금흐름의 처분권, 투자 및 사업 내용의 구성에 관한 결정권 등을 중요 요소로 하고, 법률적 측면에서는 주주총회 결의의 통제권, 이사 선임을 통한 이사회 구성권, 이 사회 결의에 대한 통제권, 주주총회 또는 이사회를 통한 대표이사 선임권, 대표이사의 권한을 통한 회사의 업무집행권 등을 포함한다. 한편으로 경영권 이동이 수반되는 거래에는 통상 경영권 프리미염이 산정되어 주식양도인에게 지불되는데, 이러한 경영권 프리미엄은 경영권을 장악하는 데 필요한 주식 지분에 있어서 주식의 평가가치를 상회하는 할증액으로서, 지배주주가 소유한 주식의 가치에 부가된 회사의 지배가치를 의미한다. 경영권 프리미엄의 가치는 통상 회사의 현재 및 미래가치, 경영권 획득으로 인한 파급효과, 경영권 확보에 필요한 주식을 공개 시장에서 매수할 경우의 필요 비용 등을 고려하여 결정되는 것이지만, 궁극적으로는 거래 상대방과의 교섭조건, 교섭능력 등에 따라 구체화될 수밖에 없는 것이고(대법원 2009. 10. 29. 선고 2008도11036판결), 회사의 발행주식을 경영권과 함께 양도하는 경우 그 거래가격은 주식만을 양도하는 경우의 객관적 교환가치를 반영하는 일반적인 시가로 볼 수 없다(대법원 2007. 9. 21. 선고 2005두12022 판결). 또한 주식양도인이 그 회사의 경영권을 보유하는 것으로 인정되더라도, 그 회사 내에서 인정되는 주식양도인의 지위는 회사의 역사적 배경, 다른 주주와 임직원들과의 법률적 • 사실적 관계 등 주식보유 이외의 다른 요인들에 의해서도 결정되는 것이므로, 주식양수인이 주식취득만 으로 인하여 위와 같은 주식양도인의 지위를 그대로 인수할 수 있는 것은 아니다. 따라서, 다른 회사의 경영권을 인수하여 그 회사의 경영을 지배하거나 통제할 수 있게 됨으로써 그 경영권을 인수한 회사의 미래현금흐름을 증가시켜 줄 수 있더라도, 이러한 미래경제적효의은 화폐단위로 계량화하거나 측정할 수 없는 것 또는 불확실한 것이어서, 경영권 자체가 이를 인수한 회사의 자산으로 계상되지는 않는다. (4) 이 사건 제1지출액은 위에서 본 바와 같이 원고가 주식회사 OO의 경영권 인수를 목적으로 지출한 것으로 인정되는바, 이는 OO주식 자체의 가치를 취득하기 위한 것이 아니라, 일정 수량 이상의 OO주식을 취득하여 주식회사 OO에 대한 지배가치로서의 경영권을 취득하기 위한 것이고, 이러한 경영권 자체는 원고의 자산으로 계상되지 않는다. 한편으로 원고는 주식회사 OO의 경영권 인수를 위하여 법무법인들로부터 자문을 받고 그에 대한 법률수수료로 000원을 지출하였는데, 주식회사 OO의 경영권을 인수함에 따라 대차대조표에 OO주식을 '지분법 적용 투자주식’으로 계상하고 그 취득원가를 000원으로 하면서 위 법률수수료를 위 취득원가에 포함시키고, 이 사건 제1지출액은 그 취득원가에 포함시키지 않았다(갑 제11, 12호증, 을 제3 호증). 당시 〈기업인수 및 합병 등에 관한 회계처리 준칙〉에서는 기업매수와 관련하여 발생하는 직접비용에는 등록세, '회계사 • 변호사 등에게 지급한 수수료' 등이 포함된다고 규정하고 있었다. 그렇다면, 이 사건 제1지출액은 원고의 자산으로 계상되지 않는 경영권의 인수를 목적으로 지출한 것으로서, 원고의 자산으로 계상되는 OO주식 자체의 ’매입가액’, ’취득세 • 등록세 기타 부대비용’, ’취득과 직접적으로 관련하여 추가적으로 발생하는 비용’, ’대리인 또는 중개인에게 지급하는 수수료' 등에 해당한다고 할 수 없어, 원고가 대차 대조표에 OO주식의 취득원가로 한 000원에 추가하여 이 사건 제1지출액을 또다시 OO주식의 취득가액에 포함시킬 수는 없다고 할 것이다. (5) 또한 원고는 △ 주식회사 AA와 사이에 ’부동산인수 관련 용역계약’을 체결하여, 광명시 XX동 38 소재 건물의 인수를 추진함에 있어서 인수구조, 부동산의 평가•분석, 지분별 인수방법 등에 관하여 자문을 받고 이에 대한 보수를 지급하기로 약정하였고, △ DD 주식회사와 사이에 '용역계약'을 체결하여, 원고가 소유 또는 지정하는 부동산을 원고가 임차하는 조건으로 매입하는 투자자를 유치함에 있어 서 투자조건, 투자구조, 투자자기준 등에 관하여 자문을 받고 이에 대한 자문용역비를 지급하기로 약정하였는데, 이 사건 제1지출액 중 일부는 위와 같은 계약에 따라 지급한 것이다. 따라서 이 사건 제1지출액 중 위와 같은 일부는 OO주식을 취득하는 과정에서 발생한 지출도 아니다. (6) 따라서 이 사건 ’제1지출액은 OO주식의 취득가액에 포함될 수 없고, 이는 당기의 비용으로 인식하여 손금에 산입할 것이라고 할 것이다. 라. 이 사건 제2지출액 앞서 든 증거와 법령 등에 의하여 이 사건 제2지출액에 관해 살펴보면 아래와 같다. (1) 원고는 의류 및 잡화 판매업 등을 영위하는 주식회사로서 이 사건 아울렛을 운영하면서 앞서 본 바와 같이 기업인수 • 합병을 추진하기로 하여 2004.2. 5. 발행주식총수의 73.6%에 해당하는 OO주식을 취득하여 주식회사 OO의 경영권을 인수 하였는데, 그 후 2004. 12.경 동종 업체인 주식회사 EEI&C의 경영권 인수를 추진하기로 하고 위 회사 발행주식의 공개매수를 진행하였으나 성공하지 못하였다. 그러 자 원고는 주식회사 EEI&C의 경영권 인수에 대신하여 위 회사와 출자관계에 있는 별개 회사인 주식회사 EE의 경영권 인수를 추진하기로 하였다. 원고는 2005. 1.경과 2005. 3.경 조BB 및 주식회사 FF와 사이에 각 ’용역계약’을 체결하였는데, 위 용역계약에서는 '주식회사 EE의 경영권을 포괄적으로 인수하기 위하여 필요한 자문업무’를 의뢰한다고 하면서 이에 대한 용역수수료를 지급하기로 약정하였고, 조BB 및 주식회사 FF가 수행할 용역의 내용을 △ 인수전략 수립, △ 주식회사 EE과의 접촉 및 경영권 인수에 대한 제안, △ EE주식의 매도자 및 이해당사자 접촉, △ 인수조건 협상 및 주식인수계약 체결 관련 자문 등으로 정하였다. 원고는 조BB 및 주식회사 FF의 자문 등을 통하여 2005. 12. 말경까지 발행주식총수의 11.7%에 해당하는 EE주식을 취득하였고, 이에 따라 주식회사 EE의 경영권 인수에는 성공하지 못하였다. 이 사건 제2지출액은 원고가 위와 같은 용역계약에 따라 조BB 및 주식회사 FF에게 지급한 것이다. (2) 위와 같은 용역계약의 체결시기와 내용, EE주식의 취득경위 등에 비추어 보면, 이 사건 제2지출액은 원고가 주식회사 EE의 경영권 인수를 목적으로, 인수 전략 수립 등 경영권 인수에 관한 제반 사항에 관하여 자문과 조언 등의 용역을 제공 받고 그 대가로 지출한 것으로 인정된다. (3) 원고가 조BB 및 주식회사 FF와 체결한 위 용역계약에서는 조BB 및 주식회사 FF가 수행할 용역의 하나로 'EE주식의 매도자 및 이해당사자 접촉'을 정한 바가 있다. 그러나 한편으로 위 용역계약에서는 ’주식회사 EE 의 경영권을 포괄적으로 인수하기 위하여 필요한 자문업무'를 의뢰한다고 하면서 조BB 및 주식회사 FF 수행할 용역에 '인수전략 수립’, ’경영권 인수에 대한 제안', '인수조건 협상’, ’인수조건 협상 및 주식인수계약 체결 관련 자문’ 등을 포함시켰고, 당시 원고는 주식회사 EE의 경영권 인수를 추진하고 있었다. 이러한 사정에 의하면, 위 용역계약에서 조BB 및 주식회사 FF가 수행할 용역의 하나 로 ’EE주식의 매도자 및 이해당사자 접촉'을 정한 바가 있다고 하더라도, 위 용역계약이 경영권 인수를 고려함이 없이 EE주식 자체의 가치를 취득하기 위한 중개행위를 약정한 계약이라고 볼 수는 없다고 할 것이다. 위 용역계약에서는 원고가 조BB 및 주식회사 FF에게 지급할 용역수수료를 주식인수가격 또는 주식매입대금을 기준으로 정한 바가 있다. 그러나 한편으로 위 용역계약에서는 조BB에게 주식인수가격의 4%를 지급하기로 하면서 발행주식총수의 10% 이상을 취득하는 경우 성공보수를 지급할 수 있도록 약정하였고, 주식회사 FF에게 주식매입대금핀 1%를 지급하기로 하면서 26,000주 이상을 취득할 경우 주식매입대금의 4%를 지급하기로 약정하였으며, 당시 원고는 주식회사 EE의 경영권 인수를 추진하고 있었다. 이러한 사정에 의하면, 위 용역계약에서 용역수수료를 주식인수가격 또는 주식매입대금을 기준으로 정한 것은, 원고가 일정 수량 이상의 EE주식을 취득하여 주식회사 EE의 경영권을 인수하려는 목적을 달성하기 위하 여, 조BB 및 주식회사 FF의 자문 등을 통하여 일정 수량 이상의 EE 주식을 취득할 경우 경영권 인수에 기여하는 점을 고려하여 그들에게 추가적인 대가를 지급하기로 약정한 것이라고 할 것이다. 그렇다면, 위 용역계약에서 용역수수료를 주식 인수가격 또는 주식매입대금을 기준으로 정한 바가 있다고 하더라도, 위 용역계약이 경영권 인수를 고려함이 없이 EE주식 자체의 가치를 취득하기 위한 중개행위를 약정한 계약이라고 볼 수는 없다고 할 것이다. 원고가 서울지방국세청의 세무조사 당시인 2006. 10. 23. 세무공무원에게 이 사건 제2 지출액이 '주식매입비'라는 확인서(을 제3호증의 3)를 제출한 바가 있다. 그러나 한편으로 위 확인서에는 원고가 EE주식을 매입하는 과정에서 전문가의 지식이 필요하여 그 분야 전문가로부터 용역을 공급받았다고 기재되어 있고, 이러한 기재에 의하면 이 사건 제2지출액은 원고가 EE주식을 취득하는 과정에서 발생한 지출이라는 것일 뿐, 그 지출내역이 통상적인 중개행위에 대한 수수료라는 것은 아니다. (4) 이 사건 제2지출액은 위에서 본 바와 같이 원고가 주식회사 EE의 경영권 인수를 목적으로 지출한 것으로 인정되는바, 이는 앞서 본 OO주식의 경우와 같이, EE주식 자체의 가치를 취득하기 위한 것이 아니라, 일정 수량 이상의 주식을 취득하여 주식회사 EE에 대한 지배가치로서의 경영권을 취득하기 위한 것이고, 이러한 경영권은 원고의 자산으로 계상될 수 없는 것이며, 나아가 원고는 발행주식총 수의 11.7%에 해당하는 EE주식을 취득함으로써 위와 같은 경영권을 인수하지도 못하였다. 한편으로 원고는 주식회사 EE의 경영권 인수를 위하여 법무법인들로부터 자문을 받고 그에 대한 법률수수료로 2005사업연도에 000원 및 000원을 지출 하였는데, 주식회사 EE의 경영권을 인수하지 못함에 따라 대차대조표에 EE주식을 '매도가능 증권'으로 계상하고 그 취득원가를 000원으로 하면서, 위 법률수수료와 이 사건 제2지출액을 위 취득원가에 포함시키지 않았다(갑 제12호증, 을 제3호증). 그렇다면, 이 사건 제2지출액은 원고의 자산으로 계상되지 않는 경영권의 인수를 목적으로 지출한 것으로서, 원고의 자산으로 계상되는 EE주식 자체의 ‘매입가액’, '취득세 • 등록세 기타 부대비용’, '취득과 직접적으로 관련하여 추가적으로 발생하는 비용', '대리인 또는 중개인에게 지급하는 수수료’ 등에 해당한다고 할 수 없고, 나아가 위와 같은 경영권을 인수하지 못하여 경영권 인수로 인한 효익도 기대할 수 없게 된 것이므로, 원고가 대차대조표에 EE주식의 취득원가로 한 000원에 추가 하여 이 사건 제2지출액을 또다시 EE주식의 취득가액에 포함시킬 수는 없다고 할것이다. (5) 따라서 이 사건 제2지출액은 EE주식의 취득가액에 포함될 수 없고, 이는 당기의 비용으로 인식하여 손금에 산입할 것이라고 할 것이다. 마. 소결 따라서 피고가 주식취득 관련사유를 처분사유로 하여 이 사건 제1지출액과 이 사건 제2지출액을 자산의 취득가액에 포함시켜 손금산입을 부인한 것은 위법하고, 이에 관한 원고의 주장은 이유 있다. Ⅱ-ⅱ. 주식취득 1. 인정사실 갑 제5 내지 9, 12호증, 을 제1 내지 10, 12, 14, 15호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 아래와 같은 사실이 인정된다. [1] O원고는 앞서 본 바와 같이 주식회사 EE의 경영권 인수를 추진하면서 조BB 및 주식회사 FF와 사이에 체결한 용역에 따라 그들에게 이 사건 제2지출액 000원을 지급하였는데, 그 중 000원13)은 2005년 제1기에 지급하고, 나머지 000원은 2005년 제2기에 지급하였다. O한편으로 원고는 위와 같이 주식회사 EE의 경영권 인수를 추진하면서 법무법인들로부터 그에 필요한 법률자문을 받고, 그 법무법인들에게 수수료로 △ 2005년 제1기 에 000원, △ 2005년 제2기에 000원, △ 2006년 제1기에 000원 합계 000원14)을 지급하였다(이하 위 각 금액을 ’이 사건 법률수수료’라고 한다). [2] O원고는 2005년 제1기 부가가치세, 2005년 제2기 부가가치세, 2006년 제1기 부가가치세를 신고하면서, 이 사건 제2지출액과 이 사건 법률수수료 중 당기에 지급한 000원15), 000원16), 000원에 대하여 각 매입세액공제를 하였다. O피고는 원고에 대하여 2005년 제1기 부가가치세 부과처분, 2005년 제2기 부가가치세 부과처분, 2006년 제1기 부가가치세 부과처분을 하면서, 이 사건 제2지출액과 이 사건 법률수수료는 면세재화를 공급하는 사업에 관련된 매입세액에 해당하여 위와 같은 매입세액공제를 부인함을 처분사유로 하여, 원고가 신고한 위 각 부가가치세를 증액경정하였다(이하 위 처분사유도 ’주식취득 관련사유’라고 한다). 2. 원고 및 피고의 주장 가. 원고의 주장 EE주식은 부가가치세가 면제되는 재화가 아니고 원고가 주식공급 사업을 하는 것도 아니며, 이 사건 제2지출액과 이 사건 법률수수료는 원고가 EE주식을 취득 하는 과정에서 자문용역 등을 공급받고 그 대가로 지출한 것이므로, 이 사건 제2지출액과 이 사건 법률수수료에 대하여는 매입세액공제를 할 수 있다. 따라서 피고가 주식 취득 관련사유를 처분사유로 하여 위와 같은 매입세액공제를 부인한 것은 위법하다. 나. 피고의 주장 EE주식은 부가가치세가 면제되는 재화이므로, 이 사건 제2지출액과 이 사건 법률수수료에 대하여는 매입세액공제를 할 수 없다. 3. 판단 가. 「부가가치세법」 (1) 2005년 제1기 부가가치세, 2005년 제2기 부가가치세, 2006년 제1기 부가가치세에 관하여 적용되는 「부가가치세법」 (2006. 12. 30. 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조는, △ 제2항에서, 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하면서, △ 제4호에서, 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액을 규정하였다17) (2) 한편으로 「부가가치세법」 제12조는, △ 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하면서, △ 제1호 내지 제18호에서, 가공되지 않은 식료품, 금융 • 보험용역, 토지 등을 규정하였다18) (3) 위와 같이 「부가가치세법」 제17조 제2항 제4호가 규정한 ‘부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업’은, 위와 같이 「부가가치세법」 제12조의 각 호에 열거된 사업을 말하고, 위 제17조 제2항 제4호가 ’(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)'라고 규정한 것은, 면제사업에 관련된 매입세액인 이상 그 매입한 재화가 유동자산이든 투자설비로서의 고정자산이든 묻지 아니한다는 의미이다. 나. 이 사건 제2지출액 및 이 사건 법률수수료 앞서 든 증거와 법령 등에 의하여 이 사건 제2지출액 및 이 사건 법률수수료에 관해 살펴보면 아래와 같다. (1) 원고는 의류 및 잡화 판매업 등을 영위하는 주식회사로서 이 사건 아울렛을 운영하면서 동종 업체인 주식회사 EEI&C의 경영권 인수를 추진하기로 하고 위 회사 발행주식의 공개매수를 진행하였으나 성공하지 못하자 주식회사 EEI&C의 경영권 인수에 대신하여 위 회사와 출자관계에 있는 별개 회사인 주식회사 EE의 경영권 인수를 추진하기로 하였다. 이 사건 제2지출액은 앞서 본 바와 같이 원고가 주식회사 EE의 경영권 인수를 목적으로 인수전략 수립 등 경영권 인수에 관한 제반 사항에 관하여 자문과 조언 등의 용역을 제공받고 그 대가로 지출한 것으로 인정되고, 이 사건 법률수수료는 원고가 위와 같이 주식회사 EE의 경영권 인수를 추진 하면서 법무법인들로부터 그에 필요한 법률자문을 받고 그 법무법인들에게 지급한 수수료이다. (2) 그렇다면, 원고의 사업은 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업이 아니고, 주식을 공급하는 사업이 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 해당하지도 않으며, 원고는 자신이 영위하는 의류 및 잡화 판매업 등을 위하여 주식회사 EE의 경영권 인수를 추진하면서 이에 필요한 자문과 조언 및 법률자문 등의 용역을 공급받은 것이므로, 이 사건 제2지출액 및 이 사건 법률수수료는 원고가 위와 같이 용역을 공급받음으로써 발생한 매입세액으로서 원고의 매출세액에서 공제할 수 있다고 할 것이다. 다. 소결 따라서 피고가 주식취득 관련사유를 처분사유로 하여 이 사건 제2지출액과 이 사건 법률수수료에 관하여 매입세액공제를 부인한 것은 위법하고, 이에 관한 원교의 주장은 이유 있다. Ⅲ. 재고자산매각 1. 인정사질 갑 제5 내지 7, 을 제1, 2, 4 내지 12, 14, 15호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 아래와 같은 사실이 인정된다. [1] O원고는 앞서 본 바와 같이 2004. 2. 5. 주식회사 OO의 유상증자에서 제3자 배정 방식으로 발행주식총수의 73.6%에 해당하는 OO주식을 취득하여 주식회사 OO의 경영권을 인수하였는데, 거래 방식을 특정매입에서 직매입으로 전환하면서 주식회사 OO의 매장 등에 보관중이던 재고자산을 일괄적으로 주식회사 OO에 매각하 고자하였다. O이에 따라 원고가 2005. 3. 31. 재고자산인 의류 및 생활용품 2,021,526점(이하 '이 사건 재고자산'이라고 한다)을 주식회사 OO에게 대금 000원에 매각하였다(이하 위 대금을 ’이 사건 매각대금'이라고 한다). O이 사건 재고자산은 1995사업연도부터 2005사업연도까지의 재고자산이었는데, 위 매각 당시 이 사건 재고자산의 장부가액은 000원이었다. O한편으로 이 사건 매각대금은 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인인 주식회사 GG감정평가법인과 주식회사 HH평가법인이 2005. 3. 31.을 기준으로 각기 감정한 000원과 000원을 평균한 것19)이었다. [2] O원고는 2005사업연도 법인세를 신고하면서, 이 사건 매각대금이 이 사건 재고자산의 장부가액에 미달하는 차액 000원20)을 처분손실로서 손금에 산입하였다. O피고는 원고에 대하여 2005사업연도 법인세 부과처분을 하면서, 이 사건 매각대금이 시가보다 낮으므로 이를 부당행위계산으로 부인하여 △ 위 차액 000원, △ 위 장부가액에 도매이익율 1.06%를 곱한 추정영업이익 000원21)의 합계인 000원22)을 익금에 산입함을 처분사유로 하여, 원고가 신고한 위 법인세를 증액경정하였다(이하 위 처분사유를 '재고자산매각 관련사유'라고 한다). O한편으로 원고는 2005년 제1기 부가가치세를 신고하면서, 이 사건 매각대금을 공급 가액으로 하여 매출세액을 산정하였다. O피고는 원고에 대하여 2005년 제1기 부가가치세 부과처분을 하면서, 위와 같이 부당 행위계산으로 부인하여 익금에 산입한 000원을 공급가액에 포함시켜 매출세액을 산정함을 처분사유로 하여, 원고가 신고한 위 부가가치세를 증액경정하였다(이하 위 처분사유도 ’재고자산매각 관련사유'라고 한다). 2. 원고 및 피고의 주장 가. 원고의 주장 이 사건 매각대금은 감정평가법인이 감정한 2개 가액을 평균한 것으로서, 원고가 이 사건 재고자산을 시가보다 낮은 가액으로 양도하거나 부당하게 낮은 대가를 받고 공급한 것이 아니므로, 이 사건 매각대금이 이 사건 재고자산의 장부가액에 미달하는 차액은 처분손실로서 손금에 산입되어야 하고, 이 사건 매각대금을 공급가액으로 하여 매출세액을 산정해야 한다. 따라서 피고가 재고자산매각 관련사유를 처분사유로 하여 위 차액 등을 익금에 산업하고 이와 같이 익금산입한 금액을 공급가액에 포함시켜 매출세액을 산정한 것은 모두 위법하다. 나. 피고의 주장 원고 주장의 위 감정은 이 사건 재고자산 중 2002사업연도부터 2004사업연도까지의 의류를 연도별 차이를 두지 않고 일률적으로 장부가액의 40%로 감정하고, 일정율의 이윤을 가산하지 아니한 실현가치로 감정하는 퉁 합리성을 인정할 수 없으므로, 원고는 이 사건 재고자산을 시가보다 낮은 가액으로 양도하거나 부당하게 낮은 대가를 받고 공급한 것으로 인정된다. 따라서 이 사건 매각대금이 이 사건 재고자산의 장부가액에 미달하는 차액 등을 익금에 산업하고, 이와 같이 익금산입한 금액을 공급가액에 포함 시켜 매출세액을 산정해야 한다. 3. 판단 가. 「법언세법」 (1) 「법인세법」 제52조는 △ 제1항에서, 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(특수관계자)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(부당행위계산)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고, △ 제2항에서, 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(시가)을 기준으로 한다고 규정하였으며, △ 제3항에서, 부당 행위계산의 유형 및 시가의 산정에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하였다.23) (2) 「법인세법 시행령」 제88조는 △ 제1항에서, 「법인세법」 제52조 제1항에서 ’조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우'라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다고 규정하면서, △ 제3호에서, ’자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우'를 규정하였다24) 「법인세법 시행령」 제89조는 △ 제2항에서, 「법인세법」 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다고 규정하면서, △ 제1호에서, 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」 에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액)1을 규정하고, 다만 주식 등을 제외한다고 규정하였다.25) 나. 「부가가치세법」 (1) 「부가가치세법」 제13조는 △ 제1항에서, 재화의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액의 합계액(공급가액)으로 한다고 규정하면서, △ 제3호에서, '재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가’를 규정하고, △ 제5항에서, 제1항 이외에 과세표준의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하였다.26) (2) 「부가가치세법 시행령」 제50조는 △ 제1항에서, 「부가가치세법」 제13조 제1항 각 호에 규정하는 시가는 다음 각 호에 정하는 가격으로 한다고 규정하면서, △ 제1호 에서, ‘특수관계에 있는 자 외의 자와 당해 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격’을 규정하고, △ 제2호에서, ’제1호의 규정에 의한 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 「소득세법 시행령」 제98조 제3항 및 제4항 또는 「법인세법 시행령」 제89조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 가격‘을 규정 하였다.27) 다. 이 사건 매각대금 앞서 든 증거와 법령 등에 의하여 이 사건 매각대금에 관해 살펴보면 아래와 같다. (1) 이 사건 재고자산은 의류 및 생활용품 2,021,526점으로서 1995사업연도부터 2005사업연도까지의 재고자산이고, 원고는 거래 방식을 특정매입에서 직매입으로 전환 하면서 주식회사 OO의 매장 등에 보관중이던 이 사건 재고자산을 2005. 3. 31. 일 괄적으로 주식회사 OO에 매각하였다. 이러한 매각 경위와 매각대상물의 내용 및 성질 등에 비추어 보면, 이 사건 재고자산의 매각에 있어서 상관행이나 일반적 • 계속 적 거래에서 적용되는 가격을 기대하기는 어려웠을 것으로 보이고, 또한 통상적인 영 업이익을 기대하는 것도 어려웠을 것으로 보인다. (2) 「법인세법」 이나 「부가가치세법」 에 의하면, 시가가 불분명한 경우에 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」 에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있으면 이를 시가로 보고, 위와 같이 감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액을 시가로 보게 된다. 그런데 이 사건 매각대금은 위 법률에 의한 2개 감정평가법인이 각기 감정한 가액을 평균한 것이었다. 그렇다면, 이 사건 재고자산의 매각에 있어서 앞서 본 바와 같이 상관행이나 일반적 • 계속적 거래에서 적용되는 가격을 기대하기 어려웠을 것으로 보이는 상황에서, 2개 감정평가법인이 각기 감정한 가액을 평균한 이 사건 매각대금을 「법인세법」 이나 「부가가치세법」 이 규정하는 시가로 보는 것에 별다른 무리가 없다고 할 것이다. (3) 위와 같은 2개 감정평가법인은 이 사건 재고자산을 생산연도, 유행과 형식, 관리 및 보관상태 등을 고려하고 매출원가, 대리점 납품가격 및 판매가격 등 시장에서 실현가능한 가격을 기준우로 평가하였다. 또한 위 각 감정평가법인은, 이 사건 재고자산 중 1995사업연도부터 2005사업연도까지의 생활용품은 모두 장부가액과 같은 금액으로 평가하였고, 이 사건 재고자산 중 1995사업연도의 의류와 2002사업연도부터 2004사업연도까지의 의류는 장부가액의 40% 정도로 평가하면서, 2005사업연도의 의류는 장부가액과 같은 금액으로 평가하였다. 1996사업연도부터 2001사업연도까지의 의류는 이 사건 재고자산에 포함되지 있지 않았다(을 제11호증). 이러한 감정내역에 비추어 보면, 위 감정가액이 특별히 합리성을 결여한 것이라거나, 부당하게 저가로 평가한 것이라고 보기 어렵다고 할 것이다. (4) 그렇다면, 이 사건 매각대금이 경제적 합리성을 결여한 것이라고 보기 어렵고, 오히려 이 사건 매각대금은 「법인세법」 이나 「부가가치세법」 소정의 시가로 인정되어, 원고가 이 사건 재고자산을 시가보다 낮은 가액으로 양도하거나 부당하게 낮은 대가를 받고 공급한 것으로 볼 수 없다고 할 것이다. 라. 소결 따라서 피고가 재고자산매각 관련사유를 처분사유로 하여 이 사건 매각대금이 이 사건 재고자산의 장부가액에 미달하는 차액과 일정율의 영업이익을 합한 금액을 익금에 산입하고 이와 같이 익금산입한 금액을 공급가액에 포함시켜 매출세액을 산정한 것은 모두 위법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다. [원고의 청구] Ⅰ. 2004사업연도 법인세 1. 인정사실 갑 제1, 5, 6, 7호증, 을 제1, 2, 4 내지 10, 12, 13 내지 15호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 아래와 같은 사실이 인정된다. [1] O피고는 2007. 1. 3. 원고에 대하여 법인세 부과처분 및 부가가치세 부과처분(이하 ‘이 사건 2007. 1. 3.자 당초처분'이라고 한다)을 하면서, 2004사업연도 법인세에 관하여 (a) 특정매입거래 관련사유, (b)주식취득 관련사유(OO주식 관련) 및 기타 사유를 처분사유로 하여, 원고가 신고한 위 법인세를 000원으로 증액경정하였다. O그 후 피고가 2007. 6. 1. 위 법인세를 000원으로 재차 증액경정하였고, 이어서 2010. 2. 23 위 2007. 6. 1.자 부과처분 중 000원 부분이 잔존하게 되었다(이하 위와 같이 잔존하는 처분을 '이 사건 2007. 6. 1.자 부과처분'이라고 한다). O이 사건 2007. 6. 1.자 부과처분에는 (a)특정매입거래 관련사유, (b)주식취득 관련사유 (OO주식 관련)를 처분사유로 한 부분이 포함되어 있는데, 이러한 부분은 앞서 처분 사유에 관하여 살펴본 바와 같이 모두 위법하고, 이와 같이 위법한 부분을 제외한 정당한 세액은 [별지 8] 기재와 같이 000원이다. [2] O한편으로 원고는 2007. 4. 13. 이 사건 2007. 1. 3.자 당초처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 제기하면서 2004사업연도 법인세에 관하여 (a)특정매입거래 관련사유, (b)주식취득 관련사유(OO주식 관련J를 처분사유로 한 부분의 취소를 구하였다. O그 후 원고가 2007. 5. 18. 조세심판원에 '불복청구(심판청구) 일부취하서1라는 제목의 문서를 제출하면서, 위 법인세에 관하여 (b)주식취득 관련사유(OO주식 관련)를 처분사유로 한 부분의 심판청구를 취하한다고 하였다. O이에 따라 위 법인세에; 관한 원고의 불복범위가 (a)특정매입거래 관련사유를 처분사유로 한 부분에 한정되었는데, 조세심판원이 2010. 2. 4. 결정을 하면서 위 불복범위에 해당하는 원고의 심판청구를 기각하였다. [3] O다른 한편으로 원고는 2008. 3. 31. 피고에게 감액경정청구를 하면서 2004사업연도 법인세에 관하여, 위와 같이 일부취하서를 제출하였던 (b)주식취득 관련사유(OO주식 관련)를 처분사유로 한 부분에 해당하는 세액의 감액을 청구하였다. O이에 대하여 피고가 2008. 5. 28. 위와 같은 감액경정청구는 실질적으로 증액경정처분에 대한 불복에 해당하므로 이를 받아들일 수 없다는 처분을 하였다(이하 위 처분을 '이 사건 경정거부처분’이라고 한다). O원고는 2008. 8. 20. 이 사건 경정거부처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원이 2008. 11. 28. 원고의 심판청구를 각하하였다. 2. 주위적 청구 가. 청구 내용 이 사건 2007. 6. 1.자 부과처분인 2004사업연도 법인세 000원의 부과처분 중 (a)특정매입거래 관련사유, (b)주식취득 관련사유(OO주식 관련)를 처분사유로 한 부분을 취소하여, 정당한 세액 000원을 초과하는 부분을 취소한다. 나. 소의 적법 여부 (1) 원고의 위 청구에 대하여 피고는, 원고가 2007. 4. 13. 조세심판원에 심판청구를 제기하였다가 2007. 5. 18. 일부취하서를 제출하고 2009. 2. 5. 이 사건 소를 제기 하였으므로, 위 청구에 관한 소는 부적법하다고 주장한다. (2) 살피건대, 과세처분 취소소송은 과세처분의 실체적 • 절차적 위법사유를 그 취소원인으로 하는 것으로서 그 소송의 심리대상은 과세관청이 결정한 소득금액의 존부라고 할 것이고, 그 소득금액의 인정이 위법이라고 내세우는 개개의 위법사유는 자기의 청구가 정당하다고 주장하는 공격 • 방어방법에 불과한 것이므로, 그 개개의 위법사유에 대하여 반드시 전심절차를 거쳐야 하는 것은 아니고, 전심절차에서 주장하지 아니하였던 사항도 과세처분 취소소송에서 새로이 주장할 수 있으며, 전심절차에서 한번 철회하였던 주장도 다시 주장할 수 있다(대법원 1990. 11. 13. 선고 90누943 판결). (3) 그런데 앞서 본 바에 의하면, 원고가 2007. 4. 13. 조세심판원에 심판청구를 제기하면서 2004사업연도 법인세에 관하여 (a)특정매입거래 관련사유, (b)주식취득 관련사유(OO주식 관련)를 처분사유로 한 부분의 취소를 구하였다가 2007. 5. 18. 일부취하서를 제출하여 (b)주식취득 관련사유(OO주식 관련)를 처분사유로 한 부분의 심판 청구를 취하하였다. 이에 따라 (a)특정매입거래 관련사유를 처분사유로 한 부분은 불복 범위로 유지되었고, 그 후 원고가 2009. 2. 25. 이 사건 소를 제기하고 조세심판원이 2010. 2. 4. 위 심판청구에 대한 결정을 하였다. (4) 그렇다면, 원고가 2004사업연도 법인세에 관하여 (a)특정매입거래 관련사유, (b)주식취득 관련사유(OO주식 관련)를 처분사유로 한 부분의 취소를 구하는 위 청구의 소는 적법하다. 이에 관한 피고의 본안전 항변은 이유 없다. 다. 본안 (1) 앞서 본 바에 의하면, 이 사건 2007. 6. 1.자 부과처분인 2004사업연도 법인세 000원의 부과처분 중에는 (a)특정매입거래 관련사유, (b)주식취득 관련사유(OO주식 관련)를 처분사유로 한 부분이 포함되어 있는데, 이러한 부분은 모두 위법하고, 이와 같이 위법한 부분을 제외한 정당한 세액은 000원이다. (2) 그렇다면 이 사건 2007. 6. 1.자 부과처분인 2004사업 연도 법인세 000원의 부과처분 중 (a)특정매입거래 관련사유, (b)주식취득 관련사유(OO주식 관련)를 처분사유로 하여 위법한 부분을 취소하여, 정당한 세액 000원 을 초과하는 부분을 취소할 것이다. (3) 따라서 원고의 이 부분 청구는 이유 있다. 3. 예비적 청구 가. 청구 내용 이 사건 경정거부처분 중, 2004사업연도 법인세의 (b)주식취득 관련사유(OO주식 관련)를 처분사유로 한 부분에 해당하는 세액 000원의 감액을 거부한 부분을 취소한다. 나. 판단 여부 (1) 앞서 본 바에 의하면, 원고는 주위적 청구로써 2004사업연도 법인세 부과처분 중 (a)특정매입거래 관련사유, (b)주식취득 관련사유(OO주식 관련)를 처분사유로 한 부분을 취소할 것을 구하고, 이러한 주위적 청구는 이유 있어 이를 인용할 것이다. (2) 그런데 원고의 위 예비적 청구는 이 사건 경정거부처분 중 2004사업연도 법인세에 관한 것으로서, 위와 같이 주위적 청구에 포함되어 있는 (b)주식취득 관련사유(OO주식 관련)를 처분사유로 한 부분에 해당하는 세액의 감액을 거부한 것의 취소를 구하는 것이다. (3) 따라서 위와 같이 주위적 청구를 인용하는 이상 위 예비적 청구에 관하여는 판단하지 아니한다. Ⅱ. 2005사업연도 법인세 1. 인정사실 앞서 든 증거들에 의하면 아래와 같은 사실이 인정된다. [1] O피고는 이 사건 2007. 1. 3.자 당초처분를 하면서, 2005사업연도 법인세에 관하여 (a)특정매입거래 관련사유, (b)주식취득 관련사유(EE주식 관련), (c)재고자산매각 관련사유 및 기타 사유를 처분사유로 하여, 원고가 신고한 위 법인세를 000원으로 증액경정하였다. O그 후 피고가 2008. 8.' 1. 위 법인세를 000원으로 재차 증액경정하였고, 이어서 2010. 2. 23.까지 위 법인세를 감액경정함으로써, 2005사업연도 법인세에 관한 위 2008. 8. 1.자 부과처분 중 000원 부분이 잔존하게 되었다(이하 위와 같이 잔존하는 처분을 '이 사건 2008. 8. 1.자 부과처분’이라고 한다). O이 사건 2008. 8. 1.자 부과처분에는 (a)특정매입거래 관련사유, (b)주식취득 관련사유 (EE주식 관련), (c)재고자산매각 관련사유를 처분사유로 한 부분이 포함되어 있는 데, 이러한 부분은 앞서 처분사유에 관하여 살펴본 바와 같이 모두 위법하고, 이와 같이 위법한 부분을 제외한 정당한 세액은 [별지 9] 기재와 같이 000원이다. O이 사건 2008. 8. 1.자 부과처분의 위와 같은 000원은 ’총부담 세액'으로서, 이 금액에서 원고의 기납부세액을 공제한 후의 '차감납부할 세액'은 000 원이다. 또한 위와 같은 정당한 세액 000원 역시 ’총부담 세액'으로서, 이 금액에서 원고의 기납부세액을 공제한 후의 '차감납부할 세액'은 [별지 9] 기재와 같이 000원이다. [2] O한편으로 원고는 2007. 4. 13. 이 사건 2007. 1. 3.자 당초처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 제기하면서 2005사업연도 법인세에 관하여 (a)특정매입거래 관련사유, (b)주식취득 관련사유(EE주식 관련), (c)재고자산매각 관련사유 및 기타 사유를 처분사유로 한 부분의 취소를 구하였다. O그 후 원고가 2007. 5. 18. 조세심판원에 '불복청구(심판청구) 일부취하서l라는 제목의 문서를 제출하면서 위 법인세에 관하여 (b)주식취득 관련사유(EE주식 관련), (c)재고자산매각 관련사유를 처분사유로 한 부분의 심판청구를 취하한다고 하였다. O이에 따라 위 법인세에 관한 원고의 불복범위가 (a)특정매입거래 관련사유 및 기타 사유를 처분사유로 한 부분에 한정되었는데, 조세심판원이 2010. 2. 4. 결정을 하면서 (a)특정매입거래 관련사유에 관한 심판청구는 기각하고, 기타 사유에 관한 심판청구는 인용하였다. [3] O다른 한편으로 원고는 2008. 3. 31. 피고에게 감액경정청구를 하면서 2005사업연도 법인세에 관하여, 위와 같이 일부취하서를 제출하였던 (b)주식취득 관련사유(EE주식 관련), (c)재고자산매각 관련사유를 처분사유로 한 부분에 해당하는 세액의 감액을 청구하였다. O이에 대하여 피고가 2008. 5. 28. 위와 같은 감액경정청구는 실질적으로 증액경정처분에 대한 불복에 해당하므로 이를 받아들일 수 없다는 이 사건 경정거부처분을 하였다. O원고는 2008. 8. 20. 이 사건 경정거부처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원이 2008. 11. 28. 원고의 심판청구를 각하하였다. 2. 주위적 청구 가. 청구 내용 이 사건 2008. 8. 1.자 부과처분인 2005사업연도 법인세 000원의 부과처분에서 기납부세액 공제 후의 차감납부할 세액이 000원인 부분 중, (a)특정매입 거래 관련사유, (b)주식취득 관련사유(EE주식 관련), (c)재고자산매각 관련사유를 처분사유로 한 부분을 취소하여, 그 차감납부할 세액이 000원을 초과하는 부분을 취소한다. 나. 소의 적법 여부 (1) 원고의 위 청구에 대하여 피고는, 원고가 2007. 4. 13. 조세심판원에 심판청구를 제기하였다가 2007. 5. 18. 일부취하서를 제출하고 2009. 2. 5. 이 사건 소를 제기 하였으므로, 위 청구에 관한 소는 부적법하다고 주장한다. (2) 살피건대, 과세처분 취소소송에 있어서 개개의 위법사유에 대하여 반드시 전심절차를 거쳐야 하는 것은 아니고, 전심절차에서 주장하지 아니하였던 사항도 과세처분 취소소송에서 새로이 주장할 수 있으며, 전심절차에서 한번 철회하였던 주장도 다시 주장할 수 있음은 앞서 본 바와 같다. (3) 그런데 앞서 본 바에 의하면, 원고가 2007. 4. 13. 조세심판원에 심판청구를 제기하면서 2005사업연도 법인세에 관하여 (a)특정매입거래 관련사유, (b)주식취득 관련사유(EE주식 관련), (c)재고자산매각 관련사유 및 기타 사유를 처분사유로 한 부분의 취소를 구하였다가 2007. 5. 18. 일부취하서를 제출하여 (b)주식취득 관련사유(EE주식 관련), (c)재고자산매각 관련사유를 처분사유로 한 부분의 심판청구를 취하하였다. 이에 따라 (a)특정매입거래 관련사유 및 기타 사유를 처분사유로 한 부분은 불복 범위로 유지되었고, 그 후 원고가 2009. 2. 25. 이 사건 소를 제기하고 조세심판원이 2010. 2. 4. 위 심판청구에 대한 결정을 하였다. (4) 그렇다면, 원고가‘ 2005사업연도 법인세에 관하여 (a)특정매입거래 관련사유, (b)주식취득 관련사유(EE주식 관련), (c)재고자산매각 관련사유를 처분사유로 한 부분의 취소를 구하는 위 청구는 적법하다. 이에 관한 피고의 본안전 항변은 이유 없다. 다. 본안 (1) 앞서 본 바에 의하면, 이 사건 2008. 8. 1.자 부과처분인 2005사업연도 법인세 000원의 부과처분 중에는 (a)특정매입거래 관련사유, (b)주식취득 관련사유 (EE주식 관련), (c)재고자산매각 관련사유를 처분사유로 한 부분이 포함되어 있는데, 이러한 부분은 모두 위법하고, 이와 같이 위법한 부분을 제외한 정당한 세액은 000원이다. 한편으로 이 사건 2008. 8. 1.자 부과처분의 위와 같은 000원은 '총부담 세액'으로서 이 금액에서 원고의 기납부세액을 공제한 후의 ’차감납부할 세액'은 000원이고, 위와 같이 위법한 부분을 제외한 정당한 세액 000원 역시 ’총부담 세액'으로서 이 금액에서 원고의 기납부세액을 공제한 후의 정당한 '차감 납부할 세액'은 000원이다. (2) 그렇다면, 이 사건 2008. 8. 1.자 부과처분인 2005사업연도 법인세 000원의 부과처분 중 (a)특정매입거래 관련사유, (b)주식취득 관련사유(EE주식 관련), (c)재고자산매각 관련사유를 처분사유로 한 위법한 부분을 취소하여, 위 부과처분에서 기납부세액 공제 후의 차감납부할 세액이 000원인 부분 중 그 차감납부할 세액이 000원을 초과하는 부분을 취소할 것이다. (3) 따라서 위 부과처분에서 차감납부할 세액이 000원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 원고의 이 부분 청구는 위 인정범위에서 이유 있고, 그 나머지 청구는 이유 없다. 3. 예비적 청구 가. 청구 내용 이 사건 경정거부처분 중, 2005사업연도 법인세의 (b)주식취득 관련사윤(EE주식 관련), (c)재고자산매각 관련사유를 처분사유로 한 부분에 해당하는 세액 000원의 감액을 거부한 부분을 취소한다. 나. 소의 적법 여부 (1) 과세처분 취소소송에서의 소송물은 과세관청의 처분에 의하여 인정된 전체로서의 과세표준 및 세액의 객관적 존부이고, 납세자가 감액경정청구 거부처분에 대한 취소소송을 제기한 후 증액경정처분이 이루어져서 그 증액경정처분에 대하여도 취소소송을 제기한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 통일한 납세의무의 확정에 관한 심리의 중복과 판단의 저촉을 피하기 위하여 감액경정청구 거부처분의 취소를 구하는 소는 그 취소를 구할 이익이나 필요가 없어 부적법하다(대법원 2005. 10. 14. 선고 2004두8972판결). (2) 앞서 본 바에 의하면, 원고는 주위적 청구로써 2005사업연도 법인세 부과처분 중 (a)특정매입거래 관련사유, (b)주식취득 관련사유(EE주식 관련), (c)재고자산매각 관련사유를 처분사유로 한 부분의 취소를 구하고, 이러한 소는 적법하다. (3) 그런데 원고의 위 예비적 청구는 이 사건 경정거부처분 중 2005사업연도 법인세에 관한 것으로서, 위와 같이 주위적 청구에 포함되어 있는 (b)주식취득 관련사유(EE주식 관련), (c)재고자산매각 관련사유를 처분사유로 한 부분에 해당하는 세액의 감액을 거부한 것의 취소를 구하는 것이므로, 이러한 취소를 구할 이익이나 필요가 없다고 할 것이다. (4) 따라서 이 사건 경정거부처분 중 2005사업연도 법인세에 관한 부분의 취소를 구하는 위 예비적 청구에 관한 소는 부적법하다. Ⅲ. 부가가치세 1. 인정사실 앞서 든 증거들에 의하면 아래와 같은 사실이 인정된다. [1] O피고는 이 사건 2007. 1. 3.자 당초처분을 하면서, 2005년 제1기 부가가치세, 2005년 제2기 부가가치세, 2006년 제1기 부가가치세에 관하여 (b)주식취득 관련사유(EE 주식 관련), (c)재고자산매각 관련사유 및 기타 사유를 처분사유로 하여, 원고가 신고한 위 부가가치세를 각 000원, 000원, 000원으로 증액경정하였다. O이 사건 2007. 1. 3.자 당초처분에는 위와 같이 (b)주식취득 관련사유(EE주식 관련), (c)재고자산매각 관련사유를 처분사유로 한 부분이 포함되어 있는데, 이러한 부분은 앞서 처분사유에 관하여 살펴본 바와 같이 모두 위법하고, 이와 같이 위법한 부분을 제외한 정당한 세액은 [별지 10], [별지 11]. [별지 12J 기재와 같이 000원, 000원, 000원이다. [2] O한편으로 원고는 2007. 4. 13. 이 사건 2007. 1. 3.자 당초처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 제기하면서 위 각 부가가치세에 관하여 (b)주식취득 관련사유(EE 주식 관련), (c)재고자산매각 관련사유를 처분사유로 한 부분의 취소를 구하였다. O그 후 원고가 2007. 5. 18. 조세심판원에 '불복청구(심판청구) 일부취하서'라는 제목의 문서를 제출하면서, 위 각 부가가치세에 관하여 (b)주식취득 관련사유(EE주식 관련), (c)재고자산매각 관련사유를 처분사유로 한 부분의 심판청구를 취하한다고 하였다. [3] O다른 한편으로 원고는 2008. 3. 31. 피고에게 감액경정청구를 하면서 위 각 부가가치세에 관하여, 위와 같이 일부취하서를 제출하였던 (b)주식취득 관련사유(EE주식 관련), (c)재고자산매각 관련사유를 처분사유로 한 부분에 해당하는 세액의 감액을 청구 하였다. O위 각 부가가치세 중 위 각 관련사유를 처분사유로 하여 위법한 부분을 제외한 정당한 세액이 앞서 본 바와 같이 000원, 000원, 000원인데, 위 각 부가치세를 위와 같이 정당한 세액으로 경정하기 위해서는 [별지 10], [별지 11], [별지 12] 기재와 같이 각 000원, 000원, 000원을 감액해야 한다.28) O위 감액경정청구에 대하여 피고가 2008. 5. 28. 위와 같은 감액경정청구는 실질적으로 증액경정처분에 대한 불복에 해당하므로 이를 받아들일 수 없다는 이 사건 경정거부처분을 하였다. O원고는 2008. 8. 20. 이 사건 경정거부처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 제기 하였고, 조세심판원이 2008. 11. 28. 원고의 심판청구를 각하하였다. 2. 주위적 청구 가. 청구 내용 이 사건 2007. 1. 3.자 당초처분인 2005년 제1기 부가가치세 000원의 부과처분, 2005년 제2기 부가가치세 000원의 부과처분, 2006년 제1기 부가가치세 000원의 부과처분 중, (b)주식취득 관련사유(EE주식 관련), (c)재고자산매각 관련사유를 처분사유로 한 부분을 각 취소하여, 정당한 세액 000원, 000원, 000원을 초과하는 부분을 각 취소한다. 나. 소의 적법 여부 (1) 위 인정사실에 의하면, 원고는 2007. 4. 13. 조세심판원에 심판청구를 제기하면서 위 각 부가가치세에 관하여 (b)주식취득 관련사유(EE주식 관련), (c)재고자산매각 관련사유를 처분사유로 한 부분의 취소를 구하였다가, 위 각 관련사유를 처분사유로 한 부분에 대하여 심판청구를 취하하였으므로, 결국 원고는 위 각 부가가치세 부과 처분에 대하여 전심절차를 거친 바가 없게 되었다. (2) 따라서 위 각 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 위 주위적 청구에 관한 소는부적법하다. 3. 예비적 청구 가. 청구 내용 이 사건 경정거부처분 중, 2005년 제1기 부가가치세, 2005년 제2기 부가가치세, 2006년 제1기 부가가치세의 (b)주식취득 관련사유(EE주식 관련), (c)재고자산매각 관련 사유를 처분사유로 한 부분에 해당하는 세액 000원, 000원, 000원의 감액을 거부한 부분을 취소한다. 나. 소의 적법 여부 (1) 원고의 위 청구에 대하여 피고는, 원고가 위 각 부가가치세에 관하여 심판청구를 제기하였다가 이를 취하하면서 그에 대한 제소기간이 도과되었고, 원고가 주장하는 사유는 「국세기본법」 소정의 감액경정사유에 해당하지도 않으므로, 위 청구에 관한 소는 부적법하다고 주장한다. (2) 살피건대, 원고는 앞서 본 바와 같이 2008. 3. 31. 피고에게 위 각 부가가치세에 관하여 감액경정청구를 하였고, 당시 시행되던 「국세기본법」 제45조의2 제1항에 의하면, 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 후 증액경정처분이 있었고 경정 후의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 또는 세액을 초과하는 경우에는 그 증액경정처분에 대한 불복청구기간이 경과하였는지 여부와 상관없이 법정 기한 내에 감액경정청구를 할 수 있다(대법원 2009. 10. 29. 선고 2007두10792 판결). (3) 그렇다면, 피고가 2007. 1. 3. 원고에 대하여 위 각 부가가치세 부과처분을 하고, 이에 대하여 원고가 위 「국세기본법」 제45조의2 제1항29) 소정의 3년이 경과하기 전인 2008. 3. 31. 위 각 부가가치세에 관하여 감액경정청구를 하였으므로, 이러한 감액경정청구는 적법하다. 또한 원고가 주장하는 사유가 「국세기본법」 소정의 감액경정 사유에 해당하지 않는다는 이유만으로 그러한 감액경정청구가 부적법한 것은 아니다. 피고의 이 부분 본안전 항변은 이유 없다. 다. 본안 (1) 앞서 본 바에 의하면, 이 사건 2007. 1. 3.자 당초처분인 2005년 제1기 부가가치세 부과처분, 2005년 제2기 부가가치세 부과처분, 2006년 제1기 부가가치세 부과처분에는 (b)주식취득 관련사유(EE주식 관련), (c)재고자산매각 관련사유를 처분사유로 한 부분이 포함되어 있는데, 이러한 부분은 모두 위법하고, 이와 같이 위법한 부분을 정당한 세액으로 경정하기 위해서는 각 000원, 000원, 000원을 감액해야 한다. (2) 그렇다면, 이 사건 경정거부처분 중 2005년 제1기 부가가치세 000원, 2005년 제2기 부가가치세 000원, 2006년 제1기 부가가치세 000원의 감액을 거부한 부분을 취소할 것이다. (3) 따라서 원고의 이 부분 청구는 이유 있다. [결 론] 1. 이상에서 본 바를 종합하면 아래와 같다. 가. 주위적 청구에 관하여, (1) 피고의 원고에 대한 2007. 1. 3.자 2005년 제1기 부가가치세 부과처분, 2005년 제2기 부가가치세 부과처분, 2006년 제1기 부가가치세 부과처분의 각 취소청구에 관한 소는 부적법하여 이를 각하할 것이다. (2) 피고의 원고에 대한 2007. 6. 1.자 2004사업연도 법인세 000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분은 위법하여 이를 취소할 것이다. (3) 피고의 원고에 대한 2008. 8. 1.자 2005사업연도 법인세 000원의 부과처분에서 기납부세액 공제 후의 차감납부할 세액이 000원인 부분 중, 그 차감납부할 세액이 000원을 초과하는 부분은 위법하여 이를 취소할 것이다. (4) 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것이다. 나. 예비적 청구에 관하여, (1) 피고의 원고에 대한 2008. 5. 28자 감액경정청구 거부처분 중, 2005사업연도 법인세의 감액을 거부한 부분의 취소청구에 관한 소는 부적법하여 이를 각하할 것이다. (2) 피고의 원고에 대한 2008. 5. 28.자 감액경정청구 거부처분 중, 2005년 제1기 부가가치세 000원, 2005년 제2기 부가가치세 000원, 2006년 제1기 부가가치세 000원의 감액을 각 거부한 부분은 위법하여 이를 취소할 것이다. 2. 그런데 원고가 당심에서 청구취지를 변경하였으므로, 이러한 청구취지 변경에 따라 제1심 판결을 위와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2011누32166

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

부가가치세법 시행령 제50조

조세특례제한법 제7조

법인세법 시행령 제72조 제79조 제88조 제89조

부가가치세법 제12조 제13조 제17조

소득세법 시행령 제98조

조제특례제한법 제7조