+ - 북마크 저장 [행정] 1심사건

부산지방법원 2012.02.10 선고 2011구합717 판결

경제적 합리성을 결한 비정상적인 용역대가의 지급으로서 부당행위계산에 해당[일부패소] 용역계약에 따른 용역대가의 지급은 용역의 성격과 실제가치, 거래당사자의 관계, 비용대비 수익성 등의 여러 가지 측면에 비추어 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것으로서 부당행위계산에 해당

사 건	2011구합717 법인세등부과처분취소
원 고	주식회사 XX
피 고	동래세무서장
변 론 종 결	2011. 12. 23.
판 결 선 고	2012. 2. 10.

【주문】 1. 피고가 2009. 1. 5. 원고에 대하여 한 2005년 귀속 법인세 2,939,596,980원의 부과 처분 중 607,342,930원을 초과하는 부분을 취소한다. 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 3. 소송비용 중 9/10는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 【청구취지】 피고가 2009. 1. 5. 원고에 대하여 한 2006년 제2기분 부가가치세 266,498,090원의 부과처분 중 21,695,520원을 초과하는 부분, 2005년 귀속 법인세 2,939,596,980원의 부과처분 중 607,342,930원을 초과하는 부분 및 2006년 귀속 법인세 848,371,570원의 부과처분을 각 취소한다. 【이유】 1. 처분의 경위 가. 김AA, 김BB, 강CC은 부산 XX직업전문학교의 부지이던 부산 동래구 XX동 000-0외 9필지 합계 20,438㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 건물을 신축하여 분양 하는 사업을 추진하기 위하여 주식회사 OO(이하 ‘OO’이라고만 한다)를 설립하고 김AA이 대표이사가 되었다. 그 후 OO은 2001. 11. 9. 부산광역시장으로부터 이 사 건 토지를 32,463,133,000원에 매수하는 계약을 체결하고 계약금으로 3,246,000,000원을 지급하였다. 나. 원고는 2002. 3. 13. 부동산개발, 분양업 등을 목적으로 설립된 회사로서(그 설립 초기부터 위 김AA이 관여하였고, 그와 그 남편인 이DD가 사내이사로 있다) 2002. 3. 15. OO으로부터 이 사건 토지에 대한 부산광역시장과의 매매계약상 권리・의무를 승계하고, 2002. 7. 22. ◇◇건설 주식회사(이하 ‘◇◇건설’이라고만 한다)와 사이에 이 사건 토지에 49층짜리 오피스텔 2동과 36층짜리 주상복합건물 1동(이 주상복합건물은 그 후 건축허가 과정에서 23층으로 축소되어 신축되었는데 이하 이를 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축하는 사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)에 관한 약정을 체결하였다. 다. 한편 OO은 2002. 4. 23. 김BB과 사이에 이 사건 토지상에 건물을 신축, 분양 하는 사업과 관련하여 김BB이 일체의 권리를 포기하기로 하고 OO은 김BB의 노고를 인정하여 2002. 8. 30.까지 김BB에게 5억 원을 지급하며 OO의 대표이사인 김AA은 개인적으로 위 5억 원의 지급을 보증하기로 하는 약정을 체결하였다. 그런데 원고는 2002. 5. 2. 위 약정에 관하여 연대보증을 하였다가, 2002. 11. 30. 위 약정상의 5억 원 외에 지연손해금조로 5,000만 원을 추가 지급하기로 약정한 후, 2003. 1.경 김BB에게 5억 5,000만 원을 모두 지급하였다. 라. 원고는 2003. 5. 6. □□창업투자 주식회사(이하 ‘□□’이라고만 한다)와 이 사건 사업과 관련한 경영관리위탁용역계약(이하 ‘이 사건 용역계약’이라 한다)을 체결 한 후 □□에게 그 용역의 대가로 2003년 13억 6,000만 원을, 2004년 20억 4,000만 원을 각 지급하였다. 마. 그 후 원고는 이 사건 건물을 신축하고 2006. 10. 9. 부산광역시장으로부터 사용 승인을 받았으나 그 과정에서 분양이 저조하던 중 2006. 9. 14. 김AA의 남편이자 △△병원 운영자인 이DD에게 이 사건 건물 중 상가 부분인 10층부터 13층까지(이하 ‘계쟁 분양부분’이라 한다)를 대금 60억 원(부가가치세 포함)에 분양하고, 2006. 9. 21. 나머지 미분양 부분을 그 분양예정가액의 67%에 해당하는 금액으로 평가하고 이에 분양미수금채권, 이미 수령한 분양대금 중 집행되지 아니한 금액 및 원고가 출자한 관리 회사의 자본금 등을 합하여 총 1,423억 원으로 평가하여 ◇◇건설에 대하여 부담 하고 있던 공사대금채무 등의 변제조로 ◇◇건설에 양도(이하 ◇◇건설에 양도된 미분양부분을 ‘◇◇ 양도부분’이라 한다)하였다. 바. 위 부산광역시장의 사용승인시 이 사건 토지 중 일부 2,243㎡가 이 사건 건물의 부지에서 제외되었는데, 원고는 2006. 10. 16. 위와 같이 제외된 부분을 부산 동래구 XX동 000-30, 000-32, 000-68, 0000-1 등 4필지 (이하 ‘이 사건 제외부지’라 한다)로 분할하였다. 사. 한편 원고는 2002. 3. 28. □□으로부터 주식회사 ☆☆의 발행 주식 494,800주 (이하 ‘☆☆ 주식’이라고만 한다)를 12억 원에 양수하였고, 그 후 2005. 12. 29. 같은 회사가 발행한 같은 수의 주식을 장KK에게 양도하였다. 아. 서울지방국세청은 2008. 8. 21.부터 2008. 11. 14.까지 원고에 대하여 세무조사를 실시한 후 피고에게 과세자료를 송부하였다. 피고는 이에 따라 2009. 1. 5. 원고에 대하여 2006년 제271분 부가가치세 712,437,420원, 2005년 귀속 법인세 2,939,596,980원과 2006년 귀속 법인세 5,981,067,470원을 각 부과하였다가, 원고가 조세심판을 청구하여 2006년 제2기분 부가가치세와 2006년 귀속 법인세를 일부 경정하는 결정이 나자 2006년 제2기분 부가가치세를 266,498,090원으로, 2006년 귀속 법인세를 848,371,570 원으로 각 감액경정하였다. [인정근거 ] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 4, 5, 7, 8, 9, 13, 26, 27호증, 19호증의 1, 을 1, 2, 4, 5, 6호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 처분의 적법 여부 가. 피고의 부과근거와 원고의 주장 위와 같이 경정부과된 각 부가가치세, 법인세에 대한 피고의 부과부분 중 청구취지 기재부분(원고가 이 사건 청구로 다투는 부분에 해당하는 일부 부과부분)의 근거와 그에 대하여 각 해당부분의 과세연도 귀속 조세의 부과처분이 위법하다고 다투는 원고의 주장내용은 다음과 같다. (1) □□ 용역 부분 (가) 피고의 부과근거 원고가 특수관계자인 □□과 이 사건 용역계약을 체결하고 지급한 용역 제공의 대가(2003년 13억 6,000만 원과 2004년 20억 4,000만 원)는 과도하게 지급되고 손금산입된 것으로서 부당행위계산에 해당된다고 보아 이를 부인하고, 피고가 산정한 시가(2003년 610,766,667원과 2004년 916,150,000원)를 초과하는 금액을 법인세의 손금에 불산입한 결과 2005년 귀속 법인세가 증액되었다(2003년, 2004년은 손금과 이월 결손금이 익금을 초과하여 법인세를 부과할 수 없었으므로 이월결손금의 감소로 처리 되었다가 2005년 귀속 법인세의 부과로 현실화되었다) . (나) 원고의 주장 원고는 대표이사 정EE의 친인척 관련 비리가 적발되고 시공사의 신용도 하락으로 인하여 중도금 대출도 무산될 위기에 처하는 등으로 이 사건 사업에 차질을 빚게 되자 경영컨설팅 전문회사인 □□과 이 사건 용역계약을 체결하게 된 것으로서, 위 계약에 따라 원고는 □□으로부터 이 사건 사업 전반에 관한 유・무형의 경영자문을 포괄적으로 제공받고 2003년과 2004년분의 대가를 지급하였으며, 그 후 원고의 경영상황이 악화되어 □□이 제공하는 용역의 효용이 감소되자 □□은 2005년과 2006년분의 대가를 포기하기까지 하였던 것이다. 따라서 원고가 □□으로부터 제공받은 용역에 비하여 원고가 지급한 대가는 상관행을 벗어나지 아니하고 경제적 합리성을 띤 것으로서 과도하게 지급한 것이 아니므로 부당행위계산이 아니다. 그렇지 않더라도 피고는 이 사건 용역의 시가를 위법하게 산정하였다. 즉, 피고는 이 사건 용역 제공에 소요된 직접비와 간접비를 합한 원가에 수익률을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액을 □□이 제공한 용역의 시가로 산정하면서, 직접비를 산정함에 있어 □□의 대표이사인 곽FF의 인건비 5억 중 1억 원과 □□의 직원인 김GG의 인건비 2,000만 원을 제외하였고, 간접비는 직접비의 30%로, 수익률은 30%로 각 산정하였다. 그러나 곽FF과 김GG은 실제로 □□에 소속되어 이 사건 용역계약에 따른 용역 업무를 수행하였으므로 그들의 인건비는 전부 직접비에 포함시켜야 하고, 간접비와 수익률을 위와 같이 산정할 근거가 없다. (2) 계쟁 분양부분 (가) 피고의 부과근거 원고가 특수관계자인 이DD에게 계쟁 분양부분을 60억 원에 분양한 것은 저가분양으로서 부당행위계산에 해당된다고 보아 이를 부인하고, ◇◇ 양도부분 대금을 매매사례가액으로 하여 산정한 시가(8,298,059,515원)와의 차액을 2006년 제2기분 부가가치세의 공급가액과 2006년 귀속 법인세의 익금에 각 산입한 결과 해당 과세연도 귀속 부가가치세와 법인세가 증액되었다. (나) 원고의 주장 원고는 2003. 3.경부터 이 사건 건물의 분양을 시작하였으나 상가부분의 분양이 부진하였고 ◇◇그룹의 분식회계 사건의 여파로 ◇◇건설의 신용도가 하락 하여 신한은행 등과 진행 중이던 중도금 대출이 무산될 위기에 처하게 되는 등으로 위기가 도래한 상황에서 신한은행이 이DD가 운영하고 있는 △△병원의 입주를 요구 하였을 뿐 아니라 상가부분의 분양을 활성화하기 위해서는 다중 왕래 업소인 병원을 입점시킬 필요성이 있는 반면, 계쟁 분양부분은 일반 근린생활시설로 설계되어 있고 주차장이 협소하며 상대적으로 고층이어서 △△병원 같은 대형병원이 입주하기에 불 리한 여건이었을 뿐만 아니라 △△병원측에서는 이미 다른 지역에 △△병원을 신축하기로 잠정적으로 결정한 상황이었으므로, 그러한 불리한 여건에 따른 경제적 손실을 분양가격의 인하로써 보상하여 주기로 하고 2006. 3.경 이DD와 분양에 관하여 잠정적으로 합의한 후 2006. 9. 14. 계쟁 분양부분을 60억 원에 분양한 것이다. 한편 실제로 △△병원은 2006. 3.경부터 2006. 11.경까지 계쟁 분양부분에 관하여 설계변경을 하여 인테리어 공사 등으로 3,895,592,729원을 지출하고, 이 사건 토지, 건물 외에 별도의 주차장을 확보하기 위하여 인근 토지를 3,056,500,000원에 매수하는 등 분양대금 외에 거액을 추가 지출하였다. 따라서 계쟁 분양부분의 분양은 정상적이고 합리적인 거래일 뿐 저가분양이 아니다. 설령 부당행위계산으로 본다 하더라도, 피고가 ◇◇ 양도부분의 가액을 매매사레가액으로 하여 계쟁분양부분의 시가를 산정한 것은 별개의 위치(층수)와 거래 상황을 고려하지 않은 것이어서 위법하다. (3) ☆☆ 주식 부분 (가) 피고의 부과근거 원고가 그 회계처리와 같이, 특수관계자인 이DD로부터 ☆☆ 주식을 12억 원에 양수하고 손금산입한 것은 고가양수로서 부당행위계산에 해당된다고 보아 이를 부인하고, 액면가액에 의하여 산정한 시가(247,510,000원) 초과분을 법인세의 손금에 불산입한 결과 위 (1)항과 같은 경과로 2005년 귀속 법인세가 증액되었다. (나) 원고의 주장 이DD와 사이에 ☆☆ 주식 거래 자체가 없다. 즉, 원고는 2002. 3. 28. 이DD로부터 김AA의 가수금 명목으로 빌린 12억 원으로 □□이 보유하고 있던 ☆☆ 주식 494,800주를 취즉하였으나 이 사건 사업과 무관한 위 주식을 김AA의 가수금 변제를 위하여 김AA에게 양도한 것으로 처리하였을 뿐 실제 원고는 위 주식을 계속 보유하고 있었고 김AA의 가수금 12억 원도 변제되지 않은 채 그대로 있었던 것인데, 그 후 2003. 12. 29. 김AA의 가수금 12억 원을 현금으로 변제하기에 이르게 되자 회계장부상 이미 변제 처리되었던 김AA의 가수금 12억 원을 다시 살려 이를 현금으로 변제하는 처리를 할 필요가 생겼고 그에 따라 김AA의 가수금 12억 원의 변제조로 양도된 것으로 처리되었던 위 주식도 다시 환원시킬 필요가 생겨 위 주식을 이DD로부터 12억 원에 취득한 것과 같은 외관을 만들어 환원시켰을 뿐 실제 원고는 이DD로부터 위 주식을 취득한 사실이 없다. 따라서 원고가 이DD로부터 위 주식을 취득하였음을 전제로 한 2005년 귀속 법인세의 부과처분은 위법하다. (4) 이 사건 제외부지 부분의 피고의 부과근거 이 사건 제외부지는 이 사건 사업 부지에 속하지 아니하는 별도의 자산이라고 보아 그 취득가액 4,021,766,290원을 법인세의 손금에 불산입한 결과 2005년, 2006년 귀속 법인세가 증액되었다. (가) 원고의 주장 이 사건 제외부지는 이 사건 건물과 도로 사이에 놓인 좁고 긴 모양의 토지로서 당초 이 사건 사엽을 위한 목적으로 취득하였던 것이고, 비록 이 사건 건물에 대한 사용승인시 부지에서 제외되었으나 현재까지도 이 사건 건물의 진입로로 이용되어 그 편익을 위하여만 사용되고 있으며, 그 형상과 위치, 이용상황 등으로 보아 이 사건 토지 자체만으로는 배타적, 독립적 사용이 어렵고 다른 용도로 사용하는 것도 사실상 불가능하여 독립된 재산적 가치가 없으므로, 이 사건 제외부지의 취득가액은 이 사건 사업과 관련하여 지출된 일반적으로 용인되는 범위 내의 비용으로서 손금에 산입되어야 함에도 불구하고, 이를 손금에 불산입한 것은 위법하고, 이를 공사진행률에 따라 그 중 3,315,234,598원은 2005년 귀속 법인세의, 나머지 706,531,692원은 2006년 귀속 법인세의 각 손금에 산입하여야 한다. (5) 김BB 지급 부분 (가) 피고의 부과근거 원고가 2003년 제1기 과세기간 중 주식회사 YY개발로부터 공급가액 약 19억 원인 가공의 매입세금계산서를 교부받았다고 보아 그 매입액을 손금에 불산입한 결과 위 (1)항과 같은 경과로 2005년 귀속 법인세가 증액되었다. (나) 원고의 주장 원고가 가공의 매입세금계산서에 의한 매입액을 손금산입한 것은 맞다. 그러나 그 중 일부인 5억 5,000만 원은 아래와 같은 경위로 OO으로부터 이 사건 사업의 사업권 또는 이 사건 토지에 관한 각종 권리를 양수하면서 그 대가로 지급한 것이므로 여전히 손금산입되어야 한다. 김BB, 강CC이 김AA을 투자자로 끌어들여 OO을 설립하고 이 사건 토지에 건물을 신축하는 사업을 추진하면서 김AA이 23억 원을, 김BB이 3억 4,600만 원을 각 투자하고 AA엔지니어링으로부터 6억 원을 차용하여 위 돈으로 이 사건 토지를 매수하고 계약금을 지급하였으나 추가 투자유치에 실패하여 어려움을 겪던 중 AA엔지니어링이 위 6억 원의 변제를 요구하고 김BB도 투자금 회수를 요구하여, 김AA이 개인자금으로 AA엔지니어링에게 6억 원을, 김BB에게 3억 원을 각 지급한 후, 김AA이 부동산 전문가인 정EE를 영입하여 사업을 맡기면서 정EE의 제안에 따라 원고를 설립하게 되자, 사업에서 배제될 처지에 놓인 김BB이 자신의 투자금 중 미회수분 의 지급과 수억 원의 사업 관련 보상을 요구하였고, 이에 OO은 김BB과 사이에 김BB이 사업과 관련한 일체의 권리를 포기하되 그 대가로 OO이 김BB에게 5억 원을 지급하기로 하는 약정을 체결하였으며, OO으로부터 이 사건 토지에 관한 일체의 권리・의무를 승계한 원고 또한 김BB과 사이에 위 5억 원과 추가로 5,000만 원을 지급하기로 약정하여 이를 지급하였다. 따라서 이는 영업권의 양수대가 등으로 손금으로 인정되어야 한다. 나. 관계법령 별지와 같다. 다. 판단 (1) 부당행위계산부인 부분{위 가.(1), (2), (3)항 부분} (가) 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’이라 한다) 제52조 제1항에 의하면, 법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계자(이하 ‘특수관계자’라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이를 ‘부당행위계산’이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있고, 구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법 시행령’이라 한다) 제88조 제1항 각호에서는 위 법인세법 규정상 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우로서, 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우, 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우, 금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율・요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우 등을 들고 있다. 이러한 소득금액의 계산을 부당행위계산의 부인이라고 하고, 여기서 부당행위계산의 부인은 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조 제1항 각호에 열거된 여러 거래 형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 볍령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자간의 거래가격, 거래당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2007. 12. 13. 선고 2005두14257 판결 참조). 한편 법인세법 제52조 제2항, 제4항, 법인세볍 시행령 제89조에 의하면, 부당 행위계산을 부인하여 소득금액을 다시 계산할 경우 건전한 사회통념 및 상관행과 특수 관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 기준으로 하되, 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격을 해당 재화나 용역 등의 시가로 하고, 시가가 불분명한 경우에는 1. 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인의 감정가액, 2. 상속세및증여세법 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액을 순차 적용하되, 용역을 시가보다 높은 요율로 제공받은 경우 보충적으로 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, ‘원가’라 한다)과 원가에 당해 사업연도 중 특수관계자 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액을 시가로 할 수 있으며, 부당행위계산에 해당하는 경우에는 이러한 규정들에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다고 규정하고 있다. 그렇지만 위 관련규정상 시가는 원칙적으로 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격이므로, 위와 같은 규정상의 방법에 의하여도 그 시가의 산정이 어려워 과세관청이 해당 재화나 용역의 성격, 유사한 재화나 용역에 대한 적정거래가능가격 등 제반 사정을 참작하여 결정한 가액이 객관적이고 합리적인 방법에 의하여 평가한 것으로 볼 수 있는 한 그 가액도 시가로 볼 수 있다고 할 것이다. 이하에서는 원고의 청구 중 부당행위계산부인과 관련되는 부분 즉, 위 가.(1), (2), (3)항 부분에 대하여 차례로 살피되, 관련 당사자인 □□이나 이DD가 특수관계자에 해당한다는 점은 원고가 다투지 않고 있으므로 해당 거래가 부인의 대상이 되는 부당행위계산인지와 그것이 인정될 경우 시가 산정이 적정한지 여부에 대하여 본다. (나) □□ 용역 부분 1) 부당행위계산 여부 □□은, 원고 회사와 앞서 본 바와 같이 최초로 이 사건 사업을 추진하려던 OO의 대표이사이거나 대표이사였던 김AA과 그 남편 이DD(현재도 사내이사들 이다)가 그 발행주식 총수 30% 이상을 보유하고 있고, 같은 사무실을 쓰거나 원고 회 사의 직원을 파견하는 등(이 사건 용역의 시가산정에 있어서 쟁점이 된 인건비 지급 대상인 곽FF은 □□의 대표이사이면서 원고의 등기이사이고, 김GG은 원고 회사 직원으로 □□에 파견된 것으로 보인다) 사실상 원고 회사의 계열사인 점, 원고는 2003. 5. 6. □□과 이 사건 용역계약을 체결하면서 분양예정가액의 총액을 기준으로 하여 그 2%를 수수료로 정하여 2006. 12. 31.까지의 월수로 나누어 매월 일정액을 수수료로 지급하기로 약정하고 그에 따라 2003년과 2004년분의 수수료를 지급한 점, 원고는 이 사건 용역계약을 체결하기 전인 2002. 7. 22. ◇◇건설과 이 사건 건물에 관한 공사계약을 체결하였고 2003. 1. 3. 이 사건 건물 중 지하 1층부터 지하 2층까지 의 상가를 HH에 분양한 상태였으며(이 사건 건물은 지하 5층, 지상 23층인데 그 중 지하 3~5층은 주차장이고, 지하 2층부터 지상 13층까지가 상가이며, 지상 14~22 층은 오피스텔이고, 23층은 스카이라운지이다), 이 사건 건물 중 상가 부분을 제외한 오피스텔은 분양에 별다른 문제가 없었던 점, 위와 같이 원고 주장 □□의 임직원인 곽FF, 김GG은 원고의 임직원이기도 하며 □□과 원고는 같은 사무실을 사용하고 있는 등 원고와 □□은 물적, 인적으로 중복되어 있는 점, □□은 창업투자회사로 서 이전에 이 사건 사업과 같은 부동산사업과 관련한 실적은 전혀 없었으며 이후로도 이 사건 용역거래 이외에는 누구에게도 경영컨설팅 자문용역을 제공한 바가 없는 점, 원고는 □□과 사이에 이 사건 용역거래 이외에도 아래에서 보는 바와 같이 □□으로부터 ☆☆ 주식 등 여러 회사의 주식을 그 액면가를 훨씬 초과하는 가격으로 매수 하여 온 점, 이 사건 용역수수료 액수가 그에 상응하는 □□측의 지출이라고 볼 수 있는, 해당 거래기간의 영업비용 중 일반관리비 전체 금액(이는 □□의 주수입원인 투자부문 관련 일반관리비 등 영업비용이 당연히 포함되는 개념이다)의 2, 3배에 해당 하여 전혀 상당성이 없는 점 등은 다툼이 없거나 갑 4, 5, 9호증, 을 2, 3, 9, 10호증의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 인정되고 반증 없다. 위 인정사정들에 의하면, 원고가 □□과 이 사건 용역계약을 체결할 당시에는 지상 1층부터 13층까지의 상가 분양만이 문제되고 있었던 것으로서, 원고가 □□으로부터 제공받았다고 주장하는 사업의 위험성 분석 및 관리업무 지원, 사업타당성 분석 지원, 분양사업 전략수립 및 업무지원, 분양업무 지원, 시공사와의 공사 관련 협상 지원, 자금 조달 및 차입 조건 협상 지원, 인사 및 조직관리 업무 지원, 법률적 이슈 관련 지원 등의 용역 중 이 사건 용역계약 체결 당시 이 사건 사업과 관련하여 비중을 가지거나 추진가능성 등의 측면에서 의미 있는 것은 분양 및 자금 조달에 관한 것 정도일 뿐이었다고 할 것인데, □□이 향후 분양이나 자금 조달에 얼마의 기간 동안 어느 정도의 기여를 할 수 있을지 불분명한 상태에서 동종의 용역과 관련하여 특별한 실적도 없고 인적, 물적으로 원고와 일부 중복되어 있는 □□에게 실제 분양가 액도 아닌 분양예정가액의 총액을 기준으로 하여(앞에서 보듯 상가부분의 분양실적 저조로 실제 분양 내지 양도가액은 분양예정가격에 미치지 못하였다) 그 2%를 수수료로 정하여 2006. 12. 31.까지의 월수로 나누어 매월 일정액을 수수료로 지급하기로 약정하였으며, 위 약정에 따라 지급된 수수료(2003년 13억 6,000만 원, 2004년 20억 4,000만 원)가 그 수입에 상응하는 것으로 회계처리된 □□의 지출(영업비용)을 현저히 상회 하여 상당성이 없을 뿐만 아니라 아래에서 보는 바와 같이 피고가 산정한 시가(2003년 610,766,667원, 2004년 916,150,000원)를 훨씬 초과한다. 따라서 이 사건 용역계약에 따른 용역대가의 지급은 위와 같은 용역의 성격과 실제가치, 거래당사자의 관계, 비용 대비 수익성 등의 여러 가지 측면에 비추어 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것으로서 부당행위계산에 해당된다고 할 것이다. 2) 시가 산정의 적부 이와 같이 원고가 특수관계자인 □□에게 이 사건 용역의 대가를 과다지급한 부당행위계산을 부인하여 소득금액을 다시 계산할 경우 그 시가는, 앞서 본 바와 같은 관련규정 내용과 취지에 따라야 할 것이나, 한편 법인세법 시행령 제104조 제2항, 소득세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 22185호 개정되기 전의 것) 제145조 등에 의하면, 법인세의 과세표준과 세액을 추계결정하는 경우 사업수입금액에서 증빙이 있는 매입비용 등과 인건비, 사업수입금액에 소득세법 시행령 규정에 의한 기준경비율을 곱하여 계산한 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정할 수 있도록 하고 있다. 살피건대, 앞서 든 증거들과 갑 9호증, 을 7, 9, 10, 11호증의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하면, 피고는 이 사건 용역의 시가를 산정함에 있어, 유사 내지 일반거래가격이나 감정평가에 의하여 이를 산정하기 어렵다고 보아 보충적으로, 그 용역의 제공에 소요된 직접비와 간접비를 포함한 원가와 이에 수익률을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액을 시가로 하는 방법을 취하였는데, 구체적으로는 원고 주장에 따른 □□ 임직원 중 곽FF 등 5명의 거래기간 동안 인건비(연간 인건비 665,000,000원을 해당 거래월수로 나눈 금액)를 직접비로, 간접비는 직접비의 30%로, 수익률은 원가(위 직접비와 간접비를 합한 금액)의 30%로 각 책정한 사실, □□은 앞서 본 바와 같이 원고회사의 계열사로 볼 수 있는 창업투자회사로 이 사건 용역거래 이전은 물론 이 사건 용역거래 당시에도 그 주된 목적사업이나 수입원이나 그에 대응하는 영업비용 지출은 창업투자에 있었던 사실, 그에 따라 □□의 영업비용 대부분은 투자 및 금융비용으로 구성되며, 인건비(급여, 퇴직급여 등)와 이에 부수되는 여비교통비, 통신비, 접대비, 수도광열비 등 여타 일반관리비용은 미미한 사실 및 위와 같은 인건비 등을 포함한 □□의 전체 일반관리비는 2002년 4억여 원이며, 이 사건 용역거래기간인 2003년 6억여 원, 2004년 약 8억 원에 불과한데 이는 피고가 인정한 연간 원가(인건비 + 30% 의 간접비의 합계액) 864,500,000원에 현저히 미치지 못하는 사실, 위 기간 중 □□ 의 전체 일반관리비에서 인건비가 약 2/3를 차지하고 있으며, 한편 2003년과 2004년의 일반관리비 중 상당부분은 이 사건 용역거래 이전에도 지출되었던(실제로 2002년에 4억여 원의 일반관리가 지출되었음은 앞서 본 바와 같다) 인건비 기타 일반관리비이고, 급여, 퇴직급여, 복리후생비를 모두 포함하여도 이 사건 용역거래가 있기 이전인 2002년의 인건비에 비하여 2003년 전체(실제 용역거래기간은 8개월이 채 못 된다), 2004년 전체의 그것이 증액된 것은 2억 원 내지 4억 원도 되지 않아 앞서 피고가 인정한 인건비 6억여 원에도 현저히 못 미치는 점, 한편 이 사건 세무조사과정에서 원고는 직접비의 50%를 간접비로 인정하여 줄 것을 요구하였으나, 그에 따르면 이 사건 용역의 원가만으로도 □□ 전체의 일반관리비를 초과하게 되는 점, 피고가 산정한 수익률 30%는 앞서 본 법령규정에 의하여 과세표준 등을 추계결정할 때 적용되는 단순경비율 (68.70%)을 고려한 이익률(31.30% = 100% - 68.70%)에 근접하는 점을 인정할 수 있고, 반증 없다. 앞서 든 인정사정들과 관련규정의 내용, 취지에 의하면, 이 사건에 있어서는 원고가 □□과의 이 사건 용역거래 외에는 유사한 상황에서 용역거래를 하거나 제3 자간에 이러한 용역거래가 이루어지고 일반적인 거래가격이 있다고 볼 수 없으며, □□ 또한 이 사건 용역거래 외에는 이와 유사한, 어떠한 용역거래도 한 바 없고(그에 따라 기업회계기준상의 수익률을 계산할 수도 없다), 앞서 본 이 사건 용역거래의 내용 과 기간, 성격과 실제 성과 여부 등에 비추어 그 가액을 판단, 감정하는 방법으로 평가 하는 것도 불가능하다고 할 것이다. 따라서 이 사건에 있어서는, 이 사건 용역 거래와 유사한 상황에서 원고가 □□ 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 원고와 □□이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이나 감정평가법인의 감정가액 등을 시가로 적용할 수 없음은 물론이고(이 사건과 같은 용역거래의 경우에 준용할 수 있는 상속세 및 증여세법 관련규정도 없다), 보충적으로 용역 원가에 유사 용역거래의 수익률을 감안한 금액을 시가로 볼 수 있을지에 대하여도 의문이 있다. 그러나 피고가 앞서 본 바와 같이 이 사건 용역거래가 있었던 해당년도에 □□이 지출한 전체 일반 관리비나 그 중 특히 이 사건 용역거래가 □□의 전체사업에서 차지하는 비중이나 이 사건 용역거래가 있기 전에 지출되었던 일반관리비 비율(결국 거칠게 보자면, 비율 적으로는 그 후 증액되었던 일반관리비가 이 사건 용역거래에 대응하는 원가가 될 것이다)에 거의 근접하거나 오히려 이를 초과하는 범위 내에서 원고 주장의 인건비를 기준으로 직접비를 산정하고 이에 대하여 과세과정에서 쌍방간 논의되었던 간접비 비율 중 전체 일반관리비를 넘지 않는 범위 내의 부분을 고려하고 이에다 사업경영 및 관리 자문업의 단순경비율을 감안한 표준소득률 31.3%에 가까운 30%의 수익률을 곱하여 계산한 금액을 이 사건 용역의 시가로 적용한 것은, 위와 같은 규정상의 방법에 의하여도 그 시가의 산정이 어려운 이 사건에 있어서, 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관 계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 시가로 보는 관련규정의 원칙이나 유사거래 내지 일반적인 거래가격이 없고 감정도 불가능할 경우 시가결정의 보충적 방법을 규정한 관련규정의 취지에 비교적 충실한 것으로서 이 사건 용역의 가액을 객관적이고 합리적인 방법에 의하여 평가한 것으로 볼 수 있어 이를 그 시가로 볼 수 있다고 할 것이다(오히려 앞의 인정사실들에 따르면, 피고는 원고의 인건비 지출과 간접비 비율에 관한 주장 등을 최대한 반영하여 이 사건 용역원가를 산정한 것이어서 그 결과 산출된 가액은 객관적이고 합리적인 방법에 의하여 평가할 경우의 시가를 넘는다고 볼 여지가 많다. 따라서 피고가 직접비의 산정에 있어서 원고 주장 □□의 대표이사인 곽FF의 연간 급여 5억원 중 4억 원만 포함시키고, □□의 직원인 김GG의 연간 급여 2,000만 원은 포함시키지 않아 시가를 과소산정하였다거나 법적 근거 없이 자의적으로 간접비와 수익률을 산정하였으므로 위법하다는 원고 주장은 모두 받아들이지 않는다). (나) 계쟁 분양부분 1) 부당행위계산 여부 우선 다툼이 없거나 갑 9, 13, 35호증, 을 4, 12, 13, 14, 16, 17호증의 각 기재, 증인 강HH의 증언과 변론 전체의 취지에 의하면, 원고의 직원인 김GG이, 계쟁 분양부분을 이DD에게 분양함에 있어 그 거래가 부당행위계산에 해당될 수 있으므로 비슷한 시기에 이 사건 건물의 다른 부분을 특수관계자가 아닌 자에게 계쟁 분양부분의 가격 이하로 분양하거나 이DD와의 분양계약체결 시점을 원고의 자금사정이 악화되는 때로 하는 등의 조치를 취하여야 한다는 내용의 메모를 작성한 사실, 2004. 10. 19. 작성된 원고의 내부문건에 이미 계쟁 분양부분을 이DD에게 분양하기 위하여 병원으로의 용도변경과 활용방안까지 마련하여 놓고 있었던 사실, 원고가 이DD와 분양 계약을 체결하기 1년여 전인 2005. 8. 26. ◇◇건설과 계쟁 분양부분을 병원 용도로 변경하기 위한 공사 등을 포함한 추가공사계약을 대금 117억 원에 체결한 사실, 원고는 2006. 9. 14. 계쟁 분양부분에 대하여 이DD와 분양계약을 체결한 후 같은 달 21. 이 사건 건물 6-9층을 포함한 미분양부분을 ◇◇건설에 양도하였는데 계쟁 분양부분과 위 6-9층은 비슷한 시기에 양도되었고 그 용도도 병원과 영화관으로서 둘 다 다중 왕래 시설임에도 불구하고 그 양도대금은 위 6~9층이 분양예정가액의 67.4%임에 비하여 계쟁 분양부분은 분양예정가액의 37.7%로서 분양예정가액 대비 비율이 훨씬 낮은 사실, 계쟁분양부분의 분양대금 60억 원은 그 분양시점으로부터 약 3개월 후인 2007. 1. 9. 기준 한국감정원의 감정가액 190억 원에 훨씬 미달할 뿐만 아니라 피고가 ◇◇ 양도부분의 가액을 매매사례가액으로 하여 산정한 계쟁 분양부분의 시가 82 억여 원에도 미치지 못하는 사실, 위 감정가액을 기준으로 할 때, 실제로 특수용도를 위하여 설치된 인테리어비용 등이 감정가액에 미치는 영향이 미미한 점을 차치하고 그 후 이DD에게 분양된 후 위 감정기준일 당시에는 병원으로 용도변경되고 그에 필요한 인테리어 공사까지 마무리된 사정을 감안하여 그와 같은 용도변경에 따른 공사비 등 추가비용 약 40억 원을 위 감정가액에서 차감하더라도 이DD에게 분양한 대금이 훨씬 저가인 사실, ◇◇건설의 현장소장이 2006. 3. 5. 원고에게 분양대금 60억 원은 주변세세에 비하여 너무 저렴하므로 약 2배 가까이 증액할 것을 요청한 사실이 인정된다. 위 인정사실에다가 앞서 본 당사자들 사이의 관계와 이 사건 사업 추진 및 계쟁부분의 분양경위 등을 참작하면, 원고와 이DD 사이의 계쟁 분양부분에 관한 분양계약은 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 저가분양으로서 부당행위계산에 해당된다고 할 것이다. 2) 시가 산정의 적부 앞서 본 법인세법 관련규정에 의하면, 계쟁 분양부분의 저가분양과 유사한 상황에서 원고가 이DD 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격이 있는 경우에 는 그 가격을 시가로 볼 수 있으나, 피고가 처분근거로 삼은 ◇◇ 양도부분 관련 거래는 단 1회에 불과하여 불특정다수인과의 계속적 거래가격으로 볼 수 있는지, 오히려 피고가 최초 처분근거로 삼았듯 감정평가법인의 감정을 거쳐 그 가액을 시가로 보아야 하는 것은 아닌지에 의문의 여지가 있다. 그러나, 앞에서 본 증거들에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 원고 는 이DD에게 계쟁 분양부분을 분양한 2006. 9. 14.로부터 불과 7일 후인 2006. 9. 21.에 ◇◇건설에 이 사건 건물 중 6~9층을 양도하여 그 거래시기가 근접한 점, 계쟁 분양부분은 병원이 입점할 예정이었고 ◇◇건설에 양도한 6~9층은 영화관이 입점할 예정이어서 다중 왕래 업소라는 점에서 용도가 유사하며 모두 6층 이상의 고층 이라는 점에서 입지조건도 유사한 점, 계쟁 분양부분과 위 6~9층은 모두 이 사건 건물의 상가부분의 분양 부진으로 인하여 원고의 경영상황이 악화된 상황하에서 거래된 것으로서 그 거래상황이 유사한 점과 계쟁 분양부분의 처분과 그 규모나 시기, 당사자가 같은 계속적 거래를 상정하기는 극히 어려운 점, 원고와 ◇◇건설은 비록 시행자와 시공자의 관계이기는 하였으나 대등한 관계에서 이 사건 사업의 수행과 분양 등에 대한 성공가능성, 그에 따른 양도부분의 가치, 양자가 정리하여야 할 채권채무관계 등 제반 사정을 고려하여 합리적이고 정책적인 판단을 거쳐 거래하기에 이른 것으로 보이는 점, 이후 피고가 매매사례가액에 의하여 산정한 시가가 앞서 본 감정가액에 훨씬 못 미쳐 결과적으로 납세자인 원고에게 유리한 점 등을 참작하면, 비록 단 1회의 거래 이기는 하더라도 피고가 매매사례로 삼은 ◇◇ 양도부분의 거래는 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 띤 정상적인 거래로서 불특정다수인과의 계속적 거래가격으로 삼을 수 있다고 봄이 상당하고, 원고 주장과 같은, 층수와 용도의 차이, 거래후의 상황 등의 사정만으로는 앞서 본 거래시기와 규모, 목적물의 용도 등에 비추어 거래상황이 유사하지 않다고 볼 사유가 되지 않는다. 따라서 계쟁 분양부분의 시가 산정이 부적법하다는 원고 주장은 받아들이지 않는다. (다) ☆☆의 주식 부분의 부당행위계산 여부 갑 9, 16호증, 19호증의 1, 20호증의 1, 을 6호증의 각 기재에 의하면, 원고가 2002. 3. 28. □□으로부터 ☆☆ 주식을 12억 원에 매수하고 같은 날 위 주식을 김AA에게 양도하여 김AA의 가수금 12억 원을 변제한 것으로 회계처리한 사실, 그 약 2년 후인 2003. 12. 29. 원고가 김AA의 남편인 이DD로부터 다시 위 회계처리된 것과 같은 수량과 가격으로, ☆☆ 주식 494,800주를 12억 원에 매수하는 내용의 주식매매계약서가 작성되었고 같은 날 원고가 이DD의 계좌로 12억 원을 입금하고 그와 같은 내용으로 회계처리한 사실은 인정된다. 그러나 다툼이 없거나 갑 21, 31호증의 기재, 증인 강HH의 증언과 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ☆☆의 주주현황에 2002년부터 2004년까지 계속 원고가 주주로 기재되어 있다가 2005년에 가서야 주주가 원고에서 장KK로 변경되었을 뿐 김AA이나 이LL가 주주로 기재된 바 없는 점, 원고의 회계장부 등에 기재된 바에 따르면 원고가 김AA의 가수금 12억 원을 받은 날 □□으로부터 ☆☆ 발행 주식 494,800주를 양도받아 그로써 같은 날 바로 김AA의 가수금을 변제한 후 2년 가까이 지난 2003. 12. 29. 이DD로 부터 같은 주식을 같은 가격으로 다시 매수하였다는 것이 되나, 위 주식을 최초 취득 하여 곧바로 가수금 변제에 사용한 후 약 2년 후에 다시 특수관계자인 이DD로부터 같은 주식을 최초 취득가격과 같은 가격으로 취득한다는 것은 그 시기, 가격, 이DD 부부와 원고와의 관계 등에 비추어 쉽게 납득하기 어려운 점, 2003. 12. 29. 원고가 이DD의 계좌로 12억 원을 입금한 것은 김AA의 가수금 변제로 볼 여지도 있는 점 등을 참작할 때, 위 인정사실만으로는 원고가 실제로 이DD로부터 위 주식을 취득하였다고 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으며, 오히려 원고 주장과 같이 원고가 최초 □□으로부터 ☆☆ 주식을 취득한 때로부터 이를 계속 보유하고 있으면서 최대주주이자 대표이사 등 임원이었던 이DD 등과의 관계에서 회계처리상으로만 가수금의 입금, 반제를 통한 가장거래를 적시하였던 것으로 보인다. 따라서 원고의 최초 ☆☆주식 취득 등을 문제삼아 별개의 방법으로 과세할 수 있는지는 별론으로 하고, 원고가 이DD로부터 위 주식을 고가취득하였음을 전제로 부당행위계산으로 보아 한 2005년 귀속 법인세의 부과처분은 위법하다. (2) 손금불산입 부분 (가) 법인세법 제19조 제1항, 제2항에 의하면, 손금은 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 언하여 발생하는 손비의 금액을 말하고, 손비는 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것을 말한다. (나) 이 사건 제외부지 부분 다툼이 없거나 갑 9, 24, 25호증의 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 이 사건 제외부지는 부산광역시장의 이 사건 건물에 대한 사용승인시 그 부지에서 제외된 점, 이 사건 제외부지는 4필지로 분필되어 독립된 토지로 존재하면서 원고 명의로 등기되어 있는 점, 원고가 이 사건 건물의 수분양자들이 민원 및 가압류 등으로써 이 사건 제외부지에 대한 권리를 침해하는 것을 예방하기 위하여 수익자를 김AA으로 하여 한국자산신탁 주식회사와 부동산관리신탁계약까지 체결한 점, 이 사건 제외부지는 그 형상이나 이용상황에도 불구하고 법률적으로 독립하여 처분할 수 있을 뿐만 아니라 인접도로의 확장공사 등으로 인하여 수용될 경우 보상을 받음으로써 그 가치가 현실화될 수도 있는 점 등에 의하면, 이 사건 제외부지는 이 사건 사업에 투입되어 사용된 공사원가의 성질을 띠거나 이미 그 자산가치를 상실한 것이 아니라, 최초 의도와는 관계없이 이 사건 사업에서 제외된 채 원고가 보유하고 있으면서 여전히 독립한 재산적 가치를 가지는 자산이라 할 것이므로 그 취득가액이 이 사건 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 손금에 해당된다고 보기 어렵고, 원고에 대한 회계감사시 이 사건 제외부지를 별도의 자산가치가 없는 것으로 처리하였다는 사정만으로는 위 인정을 뒤집기 부족하고 달리 반증이 없다. 따라서 이 사건 제외부지의 취득가액을 손금에 산입하여야 한다는 원고의 주장도 이유 없다. (다) 김BB 지급 부분 다툼이 없거나 앞에서 든 증거들과 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 김BB이 최초 이 사건 사업을 계획하고 OO을 설립하여 이 사건 토지를 매수하는 데 어느 정도 기여를 하였을 뿐만 아니라 3억 4,600만원을 투자하기 까지 하였으나, 원고 주장에 의하더라도 사업이 난관에 봉착하자 김BB이 투자금 중 3억 원을 회수하고 사실상 사업에서 손을 했으므로 그 후에 원고가 OO으로부터 이 사건 토지에 대한 매매계약상의 권리・의무를 승계함에 있어 김BB에게 5억 5,000만 원이나 되는 거액을 사업권 양수대가로 지급할 이유가 없는 점, 더구나 김BB은 위 매매계약상의 권리・의무승계의 당사자가 아닐뿐더러 김BB에게 위 돈을 지급하는 것이 위 매매계약상의 권리・의무의 승계조건도 아닌 점, 원고가 OO과 위 매매계약상의 권리・의무승계약정을 체결한 후에 비로소 OO이 김BB과 5억 원 지급약정을 하였으므로 원고가 OO과 체결한 위 매매계약상의 권리・의무승계약정에 따라 OO과 김BB 사이의 위 5억 원의 지급약정을 승계하였다고 보기도 어려우며, 오히려 김BB 이 그 동업자들인 OO의 대표이사 김AA 등 측에 사업의 양수도를 빌미로 자신이 가지는 일체의 지분 내지 권리에 대한 포기의 대가로 위와 같은 돈의 지급을 요구하고 OO이 이에 응하여 5억 원의 지급약정을 하고 김AA이 개인자격으로 연대보증하자, 앞서 본 바와 같이 인적 관계나 사업양수 등 관계로 밀접한 관계에 있던 원고가 OO 이나 김AA을 위하여 그 연대지급을 약정하기에 이른 것으로 보이는 점 등을 참작할 때, 피고가 가공거래로 보아 그 매입액을 손금불산입한 YY개발 관련 세금계산서의 공급가액 중 5억 5,000만 원을 설사 원고가 그 주장과 같이 김BB에게 지급하였다고 하더라도, 이는 OO과 김BB의 내부관계에서 이 사건 사업권 내지 토지의 양수도 에 따른 정산과 관련하여 김BB의 요구에 따라 OO이 약정상 지게 되었던 금원지급 의무를 원고가 임의이행한 것에 불과할 것으로 보아야 할 뿐, 이를 가리켜 원고가 이 사건 사업권이나 이 사건 토지에 관한 권리 등 영업권의 양수대가로서 지급한 것으로 보기는 어렵다. 따라서 김BB에게 5억 5,000만 원을 영업권 양수대가로 실제 지급하였음을 전제로 하는 원고 청구부분도 이유 없다. 라. 소결론 결국 원고의 청구 중 ☆☆ 주식 부분은 이유 있으므로 앞서 본 바와 같이 결손금 등의 순차 처리로 그와 관련되어 부과되게 된 2005년 귀속 법인세의 부과처분 중 해당부분은 위법하고, 원고의 나머지 청구는 모두 이유 없으므로 2005년 귀속 법인세 부과처분 중 나머지 부분과 2006년 제2기분 부가가치세와 2006년 귀속 법인세의 각 부과처분은 적법하다. 다만 피고로 하여금 2005년 귀속 법인세의 적정한 세액을 다시 산출하게 하기 위하여 2005년 귀속 법인세의 부과처분 중 원고가 이 사건 청구로서 취소를 구하는 부분 전부를 취소하기로 한다(그에 따라 실제로 추후 취소될 부분은 청구 취지부분 전부는 아니고, 그 중 ☆☆주식 관련 부분이 될 것이다). 3. 결론 그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 부분은 이유 없어 기각한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2011구합717

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

상속세및증여세법 제38조

법인세법 시행령 제88조 제104조

소득세법 시행령 제145조

동법 제61조

법인세법 제19조 제52조

[ 참조판례 ]