대법원 2008.08.21 선고 2008두7434 판결

손해배상금의 손익의 귀속시기 및 과오납임대료의 소멸시효[국승] 법원의 판결에 의하여 지급하는 손해배상금 등의 손익 귀속시기는 판결확정일이며, 입주상인과 원고의 상가 임대차계약은 보조적 상행위로서 임대료뿐만 아니라 동 임대료 과오납금도 상행위로 인해 발생한 채권이므로 상사 소멸시효 5년을 적용해야 함

【주 문】 상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다. 【이 유】 이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나, 상고이유에 관한 주장은 상고심 절차에 관한 특례법 제4조 제1항 각 호에 정한 사유를 포함하지 아니하거나 이유가 없다고 인정되므로, 위 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. 【서울고등법원2007누6412 (2008.04.16)】【주 문】 1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다. 가. 이 사건 소 중 피고가 2005. 2. 1. 원고에 대하여 한 1999 사업연도 법인세 34,736,240원의 부과처분 중 1,454,454원을, 2000 사업연도 법인세 41,350,900원의 부과처분 중 3,781,133원을, 2001 사업연도 법인세 646,676,580원의 부과처분 중 613,659,537원을 각 초과하는 금액의 취소를 구하는 부분을 각하한다. 나. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 2. 소송총비용은 이를 7분하여 그 6은 원고가 부담하고, 나머지는 피고가 부담한다. 【청구취지 및 항소취지】【1. 청구취지】 피고가 2005. 2. 1.(소장의 2005. 1. 31.은 오기로 보인다) 원고에 대하여 한 1999 사업연도 법인세 34,736,240원, 2000 사업연도 법인세 41,350,900원, 2001 사업연도 법인세 646,676,580원의 부과처분을 모두 취소한다. 2. 항소취지 제1심 판결을 취소하고, 원고의 청구를 기각한다. 【이 유】 1.과세처분의 경위 가. 원고는1984. 4. 10. ○○○○○가 지방공기업법에 의하여 농수산물 도매시장의 관리 · 운영 등을 목적으로 설립한 공법인으로서, ○○동 농수산물 도매시장을 관리 · 운영하고 있다. 나. ○○지방 국세청은 2004. 11. 1.부터 2004. 11. 26.까지 원고의 1999 ~ 2003 사업연도에 대한 세무조사를 하고, 그 결과를 관할세무서장인 피고에게 통보하였다. 다. 이에 따라 피고는 다음과 같이 1999 ~ 2002 사업연도의 손금과 익금을 조정한 다음, 2005. 2. 1. 원고에게 1999 사업연도 법인세 34,736,240원, 2000 사업연도 법인세 41,350,900원, 2001 사업연도 법인세 646,676,580원을 추가로 부과 · 고지하는 한편(이하 ‘이 사건 과세처분’이라 한다), 2002 사업연도 법인세 364,855,050원을 환급하였다. (1) 원고가 1999. 3. 12.부터 2002. 3. 11.까지 원고의 퇴직 임직원들이 설립한 주차관리 용역업체인 주식회사 ○○○○○ 등의 용역업체(이하 ‘이 사건 용역업체’라 한다)에 본사 건물의 일부를 무상으로 임대한 것은 부당행위계산에 해당하므로 그 정당한 임료 상당액 합계 196,350,165원(= 1999 사업연도 57,063,241원 + 2000 사업연도 70,603,672원 + 68,683,252원)을 당해 사업연도의 익금에 산입한다. (2) 원고는 2001. 9. 17. ○○○○ 주식회사(이하 ‘○○○○’이라 한다)에 손해배상금 1,351,315,000원을 지급하였다는 이유로 이를 2001 사업연도의 손금으로 계상하였으나, 그 손해배상채무는 판결확정일인 2002. 7. 25. 손금으로 확정되었다고 보아야 하므로 2001 사업연도에 산입한 손금을 불 산입하고 같은 금액 상당을 2002 사업연도의 손금으로 산입한다. (3) 원고는 입주상인들이 이중으로 또는 과다하게 납입한 과오납 임료의 반환채권이 민사상 소멸시효기간인 10년이 경과한 때에 소멸되는 것으로 보아 이때에 해당금액을 익금으로 계상하였으나, 이는 상인 간의 거래에서 발생한 채무이므로 상법상 소멸시효기간인 5년이 경과한 때인 1999 ~ 2001 사업연도에 126건의 과오납금 합계 13,034,470원(= 1999 사업연도 2,493,860원 + 2000 사업연도 7,106,500원 + 2001 사업연도 3,434,110원)을 익금으로 산입한다. 라. 그 후 피고는 이 사건 제1심 판결 후인 2007. 11. 16. 위 다. (1)항의 무상임대와 관련하여 부당행위계산을 부인하여 익금에 산입하였던 합계 196,350,165원을 다시 각 사업연도의 익금에서 제외하여 1999 사업연도 법인세를 1,454,454원으로, 2000 사업연도 법인세를 3,781,133원으로, 2001 사업연도 법인세를 613,659,537원으로 각 감액하여 산정한 다음, 피고에게 이를 경정 · 고지하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1호증, 을 제1 내지 4, 12 내지 13호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 과세처분 중 감액 경정된 부분의 취소를 구하는 부분에 대하여 당초 처분이 있은 후에 이루어진 감액경정처분은 당초 처분의 일부(감액된 부분)를 취소하는 효력을 갖는 것이므로, 이 사건 소 중 1999 사업연도 법인세 1,454,454원, 2000 사업연도 법인세 3,781,133원, 2001 사업연도 법인세 613,659,537원을 초과하는 부분에 대한 것은 이미 소멸하고 없는 부분에 대한 것으로서 그 소의 이익이 없어 부적법하다. 3. 과세처분의 적법 여부 가 원고의 주장 (1) 손해배상금의 손금 확정시기에 관하여 원고는 ○○○○이 제기한 손해배상 청구소송의 제1, 2심에서 패소한 후 상고심에서 원심이 파기될 가능성이 거의 없다고 판단하면서도 공법인으로서 특정상 상고 할 수밖에 없었다. 이에 원고는 ○○○○과의 사이에 제2심 판결에서 인정한 손해배상금과 그 지연손해금을 지급하기로 합의한 후 그에 따라 2001. 9. 17.까지 ○○○○에 합계 1,351,315,000원을 지급하였다. 그렇다면, 원고의 ○○○○에 대한 손해배상금채무는 2001. 9. 17. 확정되었다고 할 것이므로, 상고심 판결이 선고된 2002. 7. 25. 위 채무가 확정되었다고 보고 이를 2002 사업연도의 손금으로 산입한 것은 위법하다. (2) 과오납금의 소멸시효 기간에 관하여 입주상인들이 원고에게 지급하는 임료 및 관리비 등은 상행위로 인해 발생한 채권에 해당하지만, 이 사건 과오납금은 임차인이 법률상 원인 없이 원고에게 지급한 것이므로 임차인의 입장에서는 부당이득반환청구권이라고 할 것이다. 그렇다면, 이는 상행위로 인해 발생한 채권으로 볼 수 없으므로 민법상의 소멸시효기간인 10년이 경과 한 때 익금으로 계상하여야 한다. 따라서 이를 상사채권으로 보아 5년이 경과한 때에 익금으로 산입한 것은 위법하다. 나. 관련 법령 [법인세법] 제40조 [손익의 귀속사업년도] ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. ② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. [법인세법 시행령] 제71조 [임대료 등 기타 손익의 귀속사업연도] ④ 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 법(제43조를 제외한다)·「조세특례제한법」 및 이 영에서 규정한 것 외의 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여는 기획재정부령으로 정한다. [법인세법 시행규칙] 제36조 [기타 손익의 귀속사업연도] 영 제71조 제4항의 규정을 적용함에 있어서 이 규칙에서 별도로 규정한 것 외의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. [법인세법 기본통칙] 40-71…20 [법원판결에 의하여 지급되는 손해배상금등의 손익귀속시기] 법원의 판결에 의하여 지급하거나 지급받는 손해배상금 등은 법원의 판결이 확정된 날이 속하는 과세연도의 익금 또는 손금에 산입한다. 이 경우 "법원의 판결이 확정된 날"이라 함은 대법원 판결일자 또는 당해 판결에 대하여 상소를 제기하지 아니한 때에는 상소제기의 기한이 종료한 날의 다음날로 한다. 다. 판단 (1) 손해배상금의 손금 확정시기에 대하여 (가) 인정사실 ① ○○○○은 1998년경 원고로부터 임차하고 있던 냉동 창고에 화재가 발생하여 손해를 입었다고 주장하며 서울지방법원 동부지원 ○○가합○○○○○호로 원고를 상대를 손해배상 청구 소송를 제기하였다. 위 법원은 2000. 6. 29. 원고는 ○○○○에게 683,841,702원과 지연손해금을 지급하라는 취지의 판결을 선고하였고, 그 항소심인 서울고등법원 ○○○○나○○○○○호 사건에서는 2001. 6. 8. 원고는 ○○○○에게 943,800,458원과 지연손해금을 지급하라는 판결이 선고되었으며(모두 가집행이 선고됨), 2002. 7. 25. 그 상고심인 대법원 ○○○○다○○○○○호 사건에서 쌍방의 상고가 모두 기각되어 위 항소심 판결이 그대로 확정되었다. ② 한편, 피고는 ○○○○이 국세를 체납하자 2001. 7. 24. ○○○○의 원고에 대한 위 손해배상채권을 압류하였다. ③ 위 항소심 판결이 선고된 후인 2001. 9.경 원고와 ○○○○ 사이에 “원고는 제1, 2심 판결의 가집행 선고금액 합계 1,351,315,000(지연손해금이 포함된 금액인데, ○○○○ 이 지연손해금의 일부를 포기하였다)에서 ○○○○의 원고에 대한 연체임료와 피고에 의하여 압류된 체납 국세를 공제한 나머지 금액을 ○○○○에게 지급하되, ○○○○ 은 상고심에서 항소심 판결이 변경되거나 확정된 판결금액이 가집행 선고 금액 이하로 확정될 경우 원고에게 그 차액을 반환한다”는 내용의 약정이 체결되었다. ④ 이에 따라 원고는 2001. 9. 17. 제1, 2심 판결의 가집행 선고금액에서 ○○○○의 체납 국세 286,829,040원과 연체 임료를 뺀 손해배상금 463,141,767원을 ○○○○에게 지급하고, 그 무렵 위와 같이 압류된 ○○○○의 체납 국세를 피고에게 직접 납부한 다음, 위 가집행 선고금액 1,351,315,000원을 2001 사업연도의 손금에 산입하여 법인세를 신고 · 납부하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제11 내지 14호증, 을 제9, 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 (나) 판단 법인세법 제40조, 같은 법 시행령 제71조 제4항, 같은 법 시행규칙 제36조는, “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 같은 법이나 조세특례 제한법 등에 특별한 규정이 없으면 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.”고 규정하고 있고, 법인세법 기본통칙 40-71…20는 법원의 판결의 의하여 지급하거나 지급받는 손해배상금 등은 법원의 판결이 확정된 날이 속하는 과세연도의 익금 또는 손금에 산입한다고 규정하고 있다. 그런데 위 인정사실에 의하면, 원고는 위 손해배상 청구소송의 제1심과 항소심에서 연달아 가집행 선고부 판결이 선고되자 그 가집행의 취지에 따라 ○○○○에게 가집행 선고금액을 지급한 것으로 볼 수밖에 없고, 달리 원고와 ○○○○ 사이에 위 항소심 판결이 확정되기 이전에 그 손해배상채무를 확정하는 내용의 합의가 이루어졌다고 볼 만한 자료가 없다. 그렇다면, 원고의 ○○○○에 대한 이 사건 손해배상채무는 그에 관한 법원의 판결이 확정된 2002. 7. 25. 손금으로 확정되어 그날이 속한 2002 사업연도에 귀속된다고 할 것이므로, 이에 반하는 원고의 주장은 받아들일 수 없다. (2) 과오납금의 소멸시효기간에 대하여 당사자 쌍방에 대하여 모두 상행위가 되는 행위로 인한 채권뿐만 아니라 당사자 일방에 대하여만 상행위에 해당하는 행위로 인한 채권도 상법 제64조 소정의 5년의 소멸시효기간이 적용되는 상사채권에 해당하는 것이고, 그 상행위에는 상법 제46조 각호에 해당하는 기본적 상행위뿐만 아니라, 상인이 영업을 위하여 하는 보조적 상행위도 포함된다(대법원 2006. 4. 27. 선고 2006다1381 판결 등 참조). 그런데 원고와 입주상인들 사이에 체결된 임대차계약은 보조적 상행위에 해당하므로 입주상인들이 원고에게 지급하는 임료와 관리비뿐만 아니라 그 과오납금도 상행위로 인해 발생한 채권에 해당하고, 그렇다면 그 채권은 5년의 상사 소멸시효기간이 적용된다고 할 것이므로 과오납금이 발생한 때로부터 5년이 경과한 때에 이를 익금으로 계상한 이사건 과세처분은 적법하다. 이에 반하는 원고의 주장도 받아들일 수 없다. 3. 결 론 그러므로 이 사건 소 중 피고가 2005. 2. 1. 원고에 대하여 한 1999 사업연도 법인세 34,736,240원의 부과처분 중 1,454,454원을, 2000 사업연도 법인세 41,350,900원의 부과처분 중 3,781,133원을, 2001 사업연도 법인세 646,676,580원의 부과처분 중 613,659,537원을 각 초과하는 금액의 취소를 구하는 부분은 부적법하여 이를 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 제1심 판결을 위와 같이 변경하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 【서울행정법원2006구합14131 (2007.01.26)}】【주 문】 1. 피고가 2005. 1. 31. 원고에 대하여 한 1999 사업연도 법인세 34,736,240원 2000 사업연도 법인세 41,350,900원, 2001 사업연도 법인세 646,676,580원의 부과처분을 모두 취소한다. 2. 소송비용 중 95%는 원고가 부담하고, 5%는 피고가 부담한다. 【이 유】 1. 처분의 경위 가. 원고는 1984. 4. 10. ○○시가 건립하는 ○○○○도매시장의 관리 · 운영 등을 목적으로 ○○시의 100% 출자로 설립된 공법인으로서, ○○동 ○○○○도매시장을 관리 · 운영하고 있다. 나. ○○지방국세청은 2004. 11. 1. ~ 11. 26. 원고의 1999 ~ 2003 사업연도에 대한 세무조사를 한 다음 그 결과를 관할 세무서장인 피고에게 통보하였다. 다. 이에 따라 피고는 다음과 같이 1999 ~ 2002 사업연도 손금과 익금을 조정한 다음, 2005. 2. 1. 원고에게 1999 사업연도 법인세 34,736,240원, 2000 사업연도 법인세 41,350,900원, 2001 사업연도 법인세 646,676,580원을 추가로 부과 · 고지(이하 이 사건 처분이라 한다)하는 한편, 2002 사업연도 법인세 364,855,050원을 환급하였다. ① 원고가 1999. 3 .12. ~ 2002. 3. 11. 원고의 퇴직 임직원들이 설립한 주식회사 ○○○ ○○등의 용역업체(이하 이 사건 용역업체라 한다)에 본사 건물의 일부를 무상으로 임대한 것은 부당행위계산에 해당하므로 그 정당한 차임 상당액을 당해 사업연도의 익금에 각 산입하여야 한다. ② 원고가 2001. 9. 17. ○○냉동 주식회사(이하 ○○냉동이라 한다)에 손해배상금 1,351,315,000원을 지급하였다는 이유로 2001 사업연도의 손금으로 계상하였으나, 그 손해배상채무는 판결확정일인 2002. 7. 25. 손금으로 확정되었다고 보아야 하므로 2001 사업연도에 산입한 손금을 불산입하고 같은 금액 상당을 2002 사업연도의 손금으로 산입하여야 한다. ③ 원고는 입주 상인들이 이중으로 또는 과다하게 납입한 과오납 임대료의 반환 채권이 민사상 소멸시효 기간인 10년이 경과한 때에 소멸되는 것으로 보아 이때에 해당 금액을 익금으로 계상하였으나, 이는 상인간의 거래에서 발생한 채무이므로 상법상 소멸시효기간인 5년이 경과한 때인 1999 ~ 2001 사업연도에 126건의 과오납금 13,034,470원을 익금으로 산입하여야 한다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증, 을 1~4호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 2. 처분의 적법여부 가. 원고의 주장 (1) 부당행위계산부인 부분 (가) 부당행위계산부인의 요건에 관하여 원고는 ○○시 ○○○○위원회가 원고의 인력구조조정을 권고함에 따라 ‘공사구조조정을 위한 민간용역 추진방안’을 수립한 다음 노사합의를 거쳐 일부 퇴사임직원들로 하여금 용역업체를 설립하게 하고 그 업체에 원고의 업무를 외주 주면서 용역원가에 10%의 이윤을 가산하는 방식으로 용역대금을 지급하기로 하였다. 이러한 이유로 원고는 위 용역업체로부터 임대한 건물 부분에 관한 차임을 지급받더라도 그 상당액만큼 용역대금이 증가하게 되므로 용역대금을 낮추기 위하여 이를 무상으로 임대한 것이고, 또한 일반구조조정대상 임직원들에게는 별도로 퇴직위로금을 지급하였으나 위와 같은 용역업체를 설립한 퇴직 임직원들에 대하여는 퇴직위로금을 지급하지 않은 점 등을 종합하여 볼 때 원고가 사무실의 무상 임대행위가 경제적 합리성을 결여하여 법인소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 볼 수 없다. (나) 부당행위계산부인 대상금액에 관하여 가사 사무실의 무상 임대행위가 부당행위계산에 해당한다고 하더라도 그 부인금액을 산정함에 있어 그 임대 부분이 1층의 중앙로비 부분에 위치하고 있음에도 불구하고 같은 1층에 위치하지만 위치와 용도가 다른 금융기관인 ○○ 사무실의 차임을 위 임대 부분의 차임 상당으로 평가한 것은 부당하다. (2) 손해배상금의 손금 확정시기에 관하여 원고는 ○○냉동이 제기한 손해배상청구소송의 제1, 2심에서 패소하였고 다만 원고의 공법인으로서 특성상 상고할 수밖에 없었던 것이며 상고심에서 원심이 파기될 가능성이 거의 없다고 판단하였다. 이에 원고는 ○○냉동과 사이에 제2심 판결에서 인정한 손해배상금과 그 지연손해금을 지급하기로 합의한 바에 따라 2001. 9. 17.까지 ○○냉동에 합계 1,351,315,000원을 지급하였다. 따라서 원고의 ○○냉동에 대한 손해배상금채무는 2001. 9. 17. 확정되었다고 할 것이고, 그럼에도 불구하고 피고가 단지 상고심의 판결이 2002. 7. 25. 선고되어 확정되었다는 이유만으로 위 손해배상채무를 2002 사업연도의 손금으로 산입한 것은 위법하다. (3) 과오납금의 소멸시효 기간에 관하여 입주 상인들이 원고에게 지급하는 차임 및 관리비 등은 상행위로 인해 발생한 채권에 해당한다고 할 것이나 이 사건 과오납금은 임차인이 법률상 원인 없이 원고에게 지급한 금원에 해당하므로 임차인의 입장에서는 부당이득반환청구권이라고 할 것이어서 이는 상행위로 인해 발생한 채권으로 볼 수 없으므로 민사상 소멸시효 기간인 10년이 경과한 때 익금으로 계상하여야 함에도 불구하고 이를 상사채권으로 보아 5년이 경과한 때 익금으로 계상한 것은 위법하다. 나. 관련 법령 법인세법 제40조 (손익의 귀속사업연도) ①내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. ②제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제52조 (부당행위계산의 부인) ①납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. ②제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. ③내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계자와 거래한 내역이 기재된 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. ④제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 법인세법 시행령 제71조 (임대료 등 기타 손익의 귀속사업연도) ④법 제40조제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 법(제43조를 제외한다) · 「조세특례제한법」 및 이 영에서 규정한 것외의 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여는 재정경제부령으로 정한다. 제88조 (부당행위계산의 유형 등) ①법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율 · 요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우를 제외한다. 제89조 (시가의 범위 등) ①법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다. ②법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다. 1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다. 2. 「상속세 및 증여세법」 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조제2항제1호 및 동법시행령 제57조제1항·제2항의 규정을 준용함에 있어서 “직전 6월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3월로 한다)”은 이를 각각 “직전 6월”로 본다. ④제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다. 1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액 ⑤제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다. 법인세법 시행규칙 제36조 (기타 손익의 귀속사업연도) 영 제71조제4항의 규정을 적용함에 있어서 이규칙에서 별도로 규정한 것외의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. 법인세법 기본통칙 40-71· · · 20[법원 판결에 의하여 지급되는 손해배상금 등의 손익귀속시기] 법원의 판결의 의하여 지급하거나 지급받는 손해배상금 등은 법원의 판결이 확정된 날이 속하는 과세연도의 익금 또는 손금에 산입한다. 이 경우 ‘법원의 판결이 확정된 날’이라 함은 대법원 판결일자 또는 당해 판결에 대하여 상소를 제기하지 아니한 때에는 상소제기의 기한이 종료한 날의 다음날로 한다. 다. 부당행위계산부인 부분 (1) 인정 사실 (가) ○○시 ○○○○위원회는 1999. 2. 1. ○○시 투자기관의 구조조정권고안을 마련하였고, 이에 근거하여 ○○시장은 1999. 2. 3. 원고에게 구조조정의 목표와 실행방안을 담은 권고안을 시달하였는데, 그 내용 가운데 민간위탁 및 인력조정 방안으로 ①주차장관리와 청소 부문을 민간 위탁하여 임시직 조정, ② 의사결정단계 축소에 따른 간부직 감축, ③ 업무재조정과 직재설계에 의한 부서의 통페합이 담겨있다. (나) 이에 원고는 ○○○○○○연구원에 구조조정방안을 모색하기 위한 경영진단을 의뢰하였고, 위 연구원은 1999. 2월경 유휴인력의 단계적 정리방안으로 ① 근속 10년 이상인 직원을 대상으로 명예퇴직제를 실시하는 방안, ② 회사 내에 근무하는 직원에게 사업부를 인수하게 하여 분사하는 방안(민간용역추진 방안)을 제시하였는데, 민간용역추진의 구체적 내용에는 ① 주차, 청소, 차량, 식당 업무를 대상 업무로 선정하여, ② 해당 업무에 종사하는 직원이 법인을 신설한 다음 소속 종사자들의 고용을 승계하고, ③ 원고는 해당 업무의 용역을 신설 법인에 의뢰하며 신설 법인이 자립기반을 확보할 수 있도록 3년간 수의계약 및 사무실 · 기자재의 무상대여를 통하여 지원을 하되, 신설 법인에 참여하는 직원에 대하여는 명예퇴직금 등 별도의 보상을 하지 않는 등이 포함되어 있다. (다) 원고는 위 경영진단 결과를 바탕으로 민간용역추진 방안을 마련하고 노동조합과의 합의 및 이사회의 승인을 거쳐 1999. 4. 9. 주차관리업무 민간용역 추진방안을 마련하였다. (라) 그 무렵 원고는 퇴직 직원이 설립한 용역업체인 주식회사 ○○○ ○○(대표자 최○○), 주식회사 ○○○ ○○(대표자 박○○ 등) 및 이○○(○○조경)(이하 이사건 용역업체라 한다)와 사이에 수의계약으로 주차관리업무에 관한 용역계약을 체결하고 관련 종업원의 고용을 승계시켰으며, 1999. 3. 12. ~ 2002. 3. 11. 이 사건 용역업체에게 시장 내의 본사 건물 1층 중 일부인 173.58㎡(이하 이 사건 임대부분이라 한다)를 무상으로 임대하였다. (마) 주차관리용역의 도급액은 이 사건 용역업체의 경우 1999. 5. 1.부터 3년간 7,719,205,760원이고, 그 이후 입찰을 통하여 수급한 주식회사 ○○○○○의 경우 2002. 6. 1.부터 3년간 3,631,360,000원이며, 후자의 경우 원고로부터 임차한 사무실에 대하여 관련 규정에 따라 평가한 임대료를 지급하여 왔다. (바) 피고는 이 사건 임대부분의 1999. 3. 12.부터 2002. 3. 11.까지의 임대료 시가를 산정함에 있어 원고가 이 사건 임대부분과 같이 본관 건물 1층에 위치한 금융기관인 ○○에 대하여 책정한 ㎡ 당 보증금 650,800원 및 임대료 357,940원을 실례로 보아 이를 그대로 이 사건 임대부분의 임대료에 적용하여 이 사건 임대부분의 임대보증금을 112,965,874원(=650,800X173.58㎡), 임대료를 1년에 62,131,231원(=357,940원X173.58㎡)으로 산정하였다. (사) 위 ○○ 사무실은 본관 건물 1층 측면의 1,029.55㎡로서 도로에 인접한 부분이고 금융기관으로 이용되는데 반하여, 이 사건 임대부분은 건물 중앙 부분의 로비 부근에 위치하고 주차관리원의 출퇴근점검, 주차료 수입금의 정산 등의 관리를 위한 사무실로 이용되고 있다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 2~10, 을 5~8(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지 (2) 판단 (가) 부당행위계산 부인의 대상에 해당하는지 여부 법인세법상의 부당행위계산이라 함은 납세자가 정상적인 경제인의 합리적 거래형식에 의하지 아니하고 우회행위, 다단계행위 그 밖의 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위 계산을 말하고, 그 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2004. 2. 13. 선고 2002두11479 판결). 이러한 법리에 따라 이 사건으로 돌아와 살펴본다. 앞서 인정한 바와 같이 이 사건 용역업체와의 수의계약과 그에 따른 사무실의 무상임대가 외부의 경영진단과 그에 따른 원고의 구조조정 및 인원정리 차원에서 이루어졌으나, 주차관리용역의 도급액이 이 사건 용역업체의 경우 입찰을 통하여 선정된 업체에 비하여 2배를 상회하는 점, 그럼에도 후자의 경우에는 관련 규정에 따른 사무실 임대료를 지급하여 온 점 및 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호에서 자산을 무상으로 임대하는 경우는 물론 시가보다 낮은 임대료로 대여하는 경우도 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우로 규정하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 위와 같이 원고가 퇴직직원들이 설립한 업체로서 특수관계자에 해당하는 이 사건 용역업체에 사무실을 무상으로 빌려준 행위는 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 결여된 행위로서 부당행위계산 부인의 대상에 해당한다고 봄이 상당하다. 따라서 이에 관한 원고의 주장은 이유 없다. (나)부당행위계산부인 대상금액에 관하여 피고는 이 사건 임대부분의 임대료 시가를 산정하면서 원고가 ○○에게 임대한 사무실의 임대료를 법인세법시행령 제89조 제1항의 ‘당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격’에 해당하는 것으로 보아 이를 시가로 삼았으나, 앞서 인정한 바와 같이 금융기관인 ○○의 위치는 같은 1층 내에서도 건물 측면으로서 도로에 인접한 부분이고 그에 반하여 용역업체의 사무실로 이용되는 이 사건 임대부분은 건물 중앙 부분의 로비 부근에 위치하고 있는 등으로 양자는 같은 층이지만 그 위치, 면적 및 이용 현황 등이 달라 경제적 효용가치가 같다고 할 수 없어 ○○ 사무실의 임대가 이 사건 임대부분의 그것과 유사한 상황에서 이루어진 거래(실례)라고 보기 어렵다 할 것이다. 따라서 이러한 경우 피고로서는 달리 정상적인 거래로 인한 실제거래가격이나 적정거래가격을 조사 산정하거나 이 사건 임대부분의 각 가격시점에 맞는 정상가격을 산출하여 여기에 연간기대 수익률을 곱하여 산정된 가격에 이 사건 임대부분을 계속 임대하는데 필요한 경비를 가산하여 임료를 산정하는 방법을 채택하는 등을 취하지 아니하고 실례로 보기 어려운 건물 1층의 ○○에 대한 임대료수입을 기준으로 하여 임대료를 1999 ~ 2001 사업연도 익금에 산입한 것은 정당한 임대료를 초과하는 범위 내에서 위법하다고 할 것이다. 원고의 이 부분 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다. 라. 손해배상금의 손금 확정시기에 관하여 (1)인정사실 (가) 1995. 11. 26. 원고의 냉동창고 보수공사 중 발생한 화재로 인하여 인근의 ○○냉동이 피해를 입는 사고가 발생하자, ○○냉동이 원고를 상대로 ○○지방법원 ○○지원 98가합○○○○○호로 손해배상청구소송을 제기하였다. 2000. 6. 29. 위 소송에서 원고는 ○○냉동에게 683,841,702원과 지연손해금을 지급하라는 취지의 판결이, 2001. 6. 8. 그 항소심(○○고등법원 2000나○○○○○호)에서 원고는 ○○냉동에게 943,800,458원과 지연손해금을 지급하라는 판결이 각 선고되었고(모두 가집행이 선고됨), 2002. 7. 25. 그 상고심(대법원 2001다○○○○○호)에서 쌍방의 상고가 모두 기각되어 위 항소심 판결이 확정되었다. (나) 한편, ○○냉동이 국세를 체납함에 따라 관할세무서가 2001. 7. 24. ○○냉동의 원고에 대한 손해배상채권을 압류하고, 2001. 9. 6. 원고에게 위 압류 채권의 추심을 통지하였다. (다) 위가 같이 항소심 판결이 선고되자, 2001. 9. 원고와 ○○냉동 사이에 원고가 그 가집행에 따라 ○○냉동에 위 손해배상금에서 ○○냉동의 원고에 대한 연체차임과 압류된 체납국세액을 공제한 나머지 금액을 지급하되(일부 지연손해금은 ○○냉동이 포기), 이후 상고심에서 항소심 판결이 변경되어 항소심 판결이 인용한 금액 이하로 확정될 경우 ○○냉동이 원고에게 그 차액을 반환하기로 약정하였다. (라) 원고는 2001. 9. 17. ○○냉동의 체납 국세 286,829,040원을 원고가 직접 납부하고 나머지 손해배상금 463,141,767원을 ○○냉동에게 지급함으로써 결국 손해배상금 및 그 지연손해금으로 합계 1,351,315,000원을 지급하였고 이를 2001 사업연도 손금에 산입하여 법인세를 신고 납부하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 11~14, 을 9, 10의 각 기재 (2) 판단 법인세법 제40조, 같은 법 시행령 제71조 제4항, 같은 법 시행규칙 제36조를 종합하면, 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 하고, 시행규칙에서 별도로 규정한 것 외의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 하는 것으로 규정하고 있고, 한편 법인세법 기본통칙 40-71 · · · 20에 의하면, 법원의 판결의 의하여 지급하거나 지급받는 손해배상금 등은 법원의 판결이 확정된 날이 속하는 과세연도의 익금 또는 손금에 산입한다고 규정하고 있다. 앞서 인정한 바와 같이 원고는 ○○냉동과 사이의 손해배상 사건의 항소심에서 가집행 선고부 판결이 선고되자 그 가집행의 취지에 따라 그 인용 금액을 ○○냉동에 지급하였던 것이고, 달리 원고와 ○○냉동 사이에 손해배상청구소송이 확정되기 이전에 그 손해배상채무를 확정하는 내용의 합의가 이루어졌다고 볼만한 자료가 없다. 따라서 원고의 ○○냉동에 대한 이 사건 손해배상채무는 그에 관한 법원의 판결이 확정된 2002. 7. 25. 손금으로 확정되어 그 날이 속한 2002 사업연도에 귀속된다고 할 것이므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 마. 과오납금의 소멸시효 기간에 관하여 당사자 쌍방에 대하여 모두 상행위가 되는 행위로 인한 채권뿐만 아니라 당사자 일방에 대하여만 상행위에 해당하는 행위로 인한 채권도 상법 제64조 소정의 5년의 소멸시효기간이 적용되는 상사채권에 해당하는 것이고, 그 상행위에는 상법 제46조 각호에 해당하는 기본적 상행위뿐만 아니라, 상인이 영업을 위하여 보조적 상행위도 포함된다(대법원 2006.4.27. 선고 2006다1381 판결). 살피건대, 원고와 입주 상인들 사이에 체결된 임대차계약은 보조적 상행위에 해당하므로 입주상인들이 원고에게 지급하는 차임 및 관리비뿐만 아니라 그 과오납금도 또한 상행위로 인해 발생한 채권에 해당하고, 따라서 그 채권은 5년의 상사소멸시효기간이 적용된다고 할 것이므로 과오납금이 발생한 때로부터 5년이 경과한 때 익금으로 계상한 이 사건 처분은 적법하다. 그러므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 3. 결 론 이상에서 살펴본 바와 같이 원고의 주장 가운데 부당행위계산 부인의 대상금액을 다투는 부분만 이유 있고 나머지 부분은 이유 없다. 그런데 이 사건 기록에 현출된 자료만으로는 이 사건 임대부분에 관한 정당한 임대료를 확정할 수 없어 이에 관한 법인세의 각 세액을 산정할 수 없으므로 결국 이 사건 법인세 부과처분 전부를 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2008두7434

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

동법시행령 제57조

법인세법 시행령 제88조

법인세법시행령 제89조

증여세법 제38조 제63조

동법 제61조

상법 제46조 제64조