대법원 2009.01.30 선고 2008두21003 판결

부동산을 일괄양도한 후 양도금액을 법인보다 주주들이 높게 배분받은 것이 부당행위인지 여부[국패] 법인이 주주와 함께 부동산을 일괄 양도 후 법인소유 부동산의 양도가액은 낮게, 특수관계자인 주주들의 부동산가액은 높게 정한 것에 합리적인 이유가 있어 부당행위계산부인 대상에 해당하지 아니함

【주문】 상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다. 【이유】 이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유서를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은 상고심절차에 관한 특례법 제4조 제1항 각 호에 정한 사유를 포함하지 아니하거나 이유가 없다고 인정되므로, 같은 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

【대전고등법원2008누851(2008.10.30)】【주문】 1. 제1심 판결을 아래와 같이 변경한다. 가. 피고가 2007. 1. 8. 원고에 대하여 한 2003 사업연도 법인세 320,350,310원의 부과처분 중 35,828,352원을 초과하는 부분을 취소한다. 나. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 2. 소송총비용 중 10%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청구취지 및 항소취지 1. 청구취지 피고가 2007. 1. 8. 원고에 대하여 한 2003 사업연도 법인세 320,350,310원의 부과처분을 취소한다. 2. 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다. 【이유】 1. 처분의 경위 가. 원고(2003. 9. 30. 상호 변경 전 주식회사 ○○웨딩타운)는 2003. 4. 16.경 그 소유의 대전 ○○구 ○○동 ○○○-7 대 3629.7㎡와 그 지상 예식장 건물(이하 위 토지를 ‘원고의 토지’, 위 건물을 ‘예식장 건물’이라 한다)을 인접한(당시 원고의 대표이사) 소유의 별지목록 제1기재 토지 및 이○채(이○채의 동생) 소유의 별지목록 제2기재 내지 제6기재 토지와 함께(이하 원고 소유의 위 토지와 이○채, 이○채 소유의 위 6필지의 토지를 ‘이 사건 토지’라 한다)를 주식회사 ○○아트종합개발(이하 ‘○○아트’라 한다)에게 매도하기로 하면서 이 사건 토지와 원고 소유의 예식장 건물의 매매대금을 일괄하여 합계 71억 5,000만 원(평당 300만 원)으로 정하기로 하는 매매계약서(이하 ‘일괄계약서’라 한다)를 작성하였다가 2003. 6. 13.경 ○○아트와 사이에 위 71억 5,000만 원의 범위 내에서 원고 소유 토지와 예식장 건물의 매매대금을 2,590,000,000원(평당 약 2,590,000원, 예식장 건물대금 100만 원 포함)으로, 이○채 소유 토지의 매매대금을 22억 원(평당 380만 원)으로, 이○채 소유 토지의 매매대금을 2,360,000,000원(평당 380만 원)으로 구분하는 소유자별 매매계약서 3장(이하 ‘개별계약서’라 한다)를 작성하였다. 나. 원고는 ○○아트와 사이에 작성한 위 개별계약서에 기하여 원고 소유의 토지 및 건물의 양도가액을 2,590,000,000원으로 하여 법인세를 신고, 납부하였다. 다. 피고는 원고에 대한 2003 사업연도의 법인세 수시조사를 실시한 후 2007. 1. 8. ① 법인세법 제52조 제1항, 구 법인세법 시행령 (2005. 2. 19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 제9호에 따라 위 개별계약서에 의한 계약내용을 부인하고 일괄계약서에 따라 원고 토지의 실거래가격을 32억 9,400만 원(평당 300만 원)으로 계산한 후, 원고가 위 금액과 신고액의 차액인 7억 400만 원(= 3,294,000,000(1,098평 × 300만 원) - 2,590,000,000(1,908평 × 약 2,359,00원)}의 고정자산 처분이익을 익금 누락한 것으로 보고 이를 익금에 산입하여 이에 해당하는 법인세 284,521,958원, ② 이○채가 매수한 대전 ○○구 ○○동 ○○-2 답 3,228㎡에 관한 방○자 명의의 근저당권설정등기와 김○옥 명의의 근저당권부채권가압류등기(대전지방법원 99카합813호)를 말소하기 위하여 이○채가 방○자와 강○옥을 상대로 제기한 근저당권말소청구소송(대전지방법원 2002가합5556호) 과정에서, 이○채가 원고의 자금을 이용하여 대전지방법원 2003금제2236호로 9,000만 원을 공탁하였다가 위 소송에서 승소한 후 2004. 7. 1. 위 공탁금을 수령하여 이를 원고에게 반환하지 않았음에도 원고가 위 공탁금 9,000만 원을 손금에 산입한 것에 대하여 이를 손금불산입하고 이에 해당하는 법인세 35,368,352원, ③ 원고가 2003. 6. 13. ○○공인중개사를 운영하는 정○호에게 중개수수료 2,300만 원을 지급한 후, 정규영수증(세금계산서)을 수취하지 않은 것에 대하여 소득세법 제127조 제1항 제3호, 제8항, 구 소득세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19890호로 개정되기 전의 것) 184조, 법인세법 제76조 제5항, 제116조 제2항 제2호에 따라 이에 해당하는 증빙 미수취 가산세 460,000원, ④ 합계 320,350,310원(= 284,521,958원 + 35,368,352원 + 460,000원)을 추가로 원고에게 부과하는 처분을 하였다(공탁금 손금불산입에 따른 법인세와 증빙 미수취 가산세에 대하여는 원고가 이를 다투지 않고 있으므로, 이를 제외한 나머지 법인세 부과처분만을 이하에서 ‘이 사건 처분’이라 한다) [인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제1호증 내지 을 제3호증, 을 제7호증, 을 제8호증의 1 내지 3의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 처분의 적법 여부 가. 당사자의 주장 (1) 피고의 주장 원고는 법인세법상 특수관계에 있는 이○채, 이○채와 함께 일단 이 사건 토지를 일괄 매매한 후 다시 원고 토지의 매매대금을 낮게, 이○채, 이○채 토지의 매매대금을 높게 조정하는 방법으로 원고의 양도소득을 부당하게 감소시켰다. 따라서 법인세법 제52조 제1항, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호에 따라 개별계약서에 의한 소득금액의 계산을 부인하고 당초의 일괄계약서에 기하여 법인세를 부과한 이 사건 처분은 정당하다. (2) 원고의 주장 일괄계약서는 이 사건 토지에 대한 총 매매대금만을 정한 것이고, 원고의 토지를 포함한 각 토지별 매매대금은 나중에 따로 정하기로 하였으며, 이에 따라 개별계약서에서는 각 토지별 실제 가치를 반영하여 개별적인 매매대금을 확정하였으므로, 이러한 가격 산정을 부당행위계산으로 보아 부인하고 추가 세금을 부과한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다. 나. 관계법령 법인세법 제52조 (부당행위계산의 부인) 법인세법 제76조 (가산세) 법인세법 제116조 (지출증빙서류의 수취 및 보관) 구 법인세법 시행령 제87조 (특수관계자의 범위) 구 법인세법 시행령 제88조 (부당행위계산의 유형 등) 소득세법 제127조 (원천징수의무) 구 소득세법 시행령 제184조 (원천징수대상 사업소득의 범위) 다. 인정사실 (1) 원고는 2003. 4.경 아파트신축사업 부지를 찾고 있던 ○○아트에게 이 사건 토지와 예식장 건물을 매도하는 협상을 하게 되었는데 당시 매도인측에서 이○채와 이○채의 아버지인 이○무, 매수인측에서는 ○○아트의 대표이사인 유○배와 사업부지매입의 실무담당자인 김○선이 ○○공인중개사를 운영하는 정○호의 중개로 협상을 하였다. (2) 당초 매도인 측에서는 이○채의 토지(580평)를 평당 약 400만 원으로, 이○채의 토지(622평)를 평당 약 500~600만 원으로, 원고의 토지(1,098평) 및 예식장 건물을 평당 약 300~400만 원으로 각 계산하여 총 90억 원에 매수할 것을 제의한 반면 매수인 측에서는 아파트 신축을 위해 원고 토지 지상의 예식장 건물을 철거하여야 하므로 매수가격을 더 내려야 한다고 주장하였다. 그 과정에서 결국 매매대금 총액을 75억 원으로 하되 예식장 건물 철거비용 6억 원 상당을 공제하고, 여기에 예식장 건물의 임차인에 대한 임대차보증금 반환채무 2억 5,000만 원을 ○○아트에서 추가 부담하는 것으로 하여 최종 71억 5,000만 원으로 매매대금을 결정하였으나, 당시 각 소유자별 토지의 매매대금은 따로 정하지 않은 채 나중에 매매대금 총액을 변경하지 않는 범위 내에서 다시 확정하기로 합의하였다. (3) 위와 같은 사전 협의에 따라 원고 및 이○채, 이○채는 2003. 4. 16. ○○아트와 사이에 다음과 같은 내용으로 일괄계약서를 작성하고, ○○아트로부터 계약금 5억 원을 수령하였다. (가) 매매부동산의 표시 : 이 사건 토지 및 그 지상의 건축물 일체 (나) 매매대금(2조) : 평당 매매가액을 300만 원으로 하고 거기에 명도 비용 2억 5,000만 원을 더하여 총 매매대금을 71억 5,000만 원으로 한다. (다) 매매대금 지불(3조) : 계약금 5억 원은 계약 체결 시, 중도금 59억 원은 2003. 6. 16. 잔금 7억 5,000만 원은 2003. 7. 10. 각 지불한다. (라) 소유권이전(7조) : 매도인은 잔금 수령 시 소유권 이전에 필요한 서류 일체를 매수인 또는 매수인이 지정한 자에게 교부한다. (4) ○○아트는 이○채에게 2003. 5.경 매매대금 중 추가 계약금 명목으로 2억 원을, 2003. 6. 13. 중도금 및 잔금 합계 64억 5,000만 원을 각 지급함으로써 이 사건 토지의 매매대금을 매도인측에 모두 지급하였고, 한편 위 잔금 지급일 무렵 개별계약서가 다시 작성되었다. (5) 원고의 토지 및 건물에 대한 개별계약서상 매매대금은 지상의 예식장 건물(100만 원)을 포함하여 25억 9,000만 원, 이○채의 토지에 대한 개별계약서상 매매대금은 23억 6,000만 원, 이○채의 토지에 대한 개별계약서상 매매대금은 22억 원이었고, 당시 매도인란에는 이○채가, 매수인란에는 유○배가 각 날인하였는데, ○○아트측의 유○배, 김○선은 개별계약서상 합계 매매대금이 71억 5,000만 원(명도비용 2억 5,000만 원을 포함하여)으로 일괄계약서상 매매대금과 동일하였고, 당초 이 사건 토지를 매수할 무렵 나중에 소유자별로 토지의 평당가격을 달리하여 매매대금을 정하기로 하였기 때문에 각 개별계약서의 매매대금 등에 대하여 이의를 제기하지 아니하였다. (6) 이 사건 토지에 관한 공시지가와 공인중개사의 예상시세 이 사건 토지에 대한 2003년도 공시지가와 공인중개사의 예상시세는 아래 표와 같다.

연번	지번(○○동)	소유자	공시지가 (만원)
				이○관		이○훈		정○명
				하한가	상한가	하한가	상한가	예정가
1	○○○-2	이○채	144	320	500	360	420	350
2	○○○-3	이○채	152	350	400	360	390	340
3	○○○-4		152	350	400	360	420	350
4	○○○-5		152	350	400	360	420	350
5	○○○-6		155	500	600	600	650	530
6	○○○-8		136	350	400	340	380	320
7	○○○-7	○○웨딩	144	200	250	200	230	210

[인정근거] 앞서 든 증거, 갑 제1호증 내지 갑 제6호증, 을 제9호증 내지 을 12호증, 을 제14호증 내지 을 제18호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지 라. 판단 (1) 법인세법 제52조 제1항에 의하면 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 ‘특수관계자’라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ‘부당행위계산’이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있는바, 여기서 부당행위계산의 부인이라 함은 법인이 특수관계자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고, 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 제반 거래형태를 빙장하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 인정되는 경우에, 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 제도적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 당해 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 한다. (2) 그러므로 특수관계자인 원고, 이○채, 이○채 및 이 사건 토지의 매수인인 ○○아트 사이에 체결된 개별계약서에서 각 토지별로 단위 면적당 단가를 달리 정한 것이 과여 각 토지의 현황과 용도에 따른 실제 가치를 제대로 반영하여 객관적으로 합리적인 차이를 둔 것으로 인정할 수 있는지, 아니면 객관적으로 비슷한 가치를 지닌 토지들임에도 불구하고 단지 법인인 원고의 양도소득이 실지거래가액을 기초로 계산되기 때문에 이를 인위적으로 조작하여 공시지가에 의하여 세금이 산정되는 이○채, 이○채 개인에게 양도차익을 전가하는 방법으로 법인세를 감소시키려고 한 것인지의 여부에 관하여 살펴본다. (3) 위 인정사실과 앞서 든 증거에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정, 즉 ① ○○아트는 이 사건 토지를 구입하여 그 지상에 아파트를 신축하려고 하였으므로 이 사건 토지를 일괄 매수하는 ○○아트의 입장에서는 그 지상에 건물이 없는 이○재, 이○채의 토지들에 비하여 상당한 건물 철거비가 소요될 것으로 예상되는 원고 토지의 가격을 상대적으로 낮게 평가할 수밖에 없었던 것으로 보이고, 실제로 최초 협상과정에서부터 위와 같은 점을 부각시켜 매도인들에게 매매가격을 낮추어 줄 것을 요구하였으며, 매도인인 원고 등도 이를 가격 결정의 중요한 요소 중 하나로 받아들여 전체 토지가격에서 예식장 건물의 철거비용 등으로 약 6억 원을 공제하여 최종 매매가를 정한 다음, 위 감액된 6억 원을 원고 소유의 토지에 반영하여 개별계약서를 작성한 것으로 보이는 점, ② 매수인 명의로의 소유권이전등기를 위해서는 소유자별 매매계약서의 작성이 필요하므로 일괄계약서만으로 매매계약서의 작성이 완료되었다고 볼 수 없고, 소유자별로 3개의 개별계약서의 작성이 예정되어 있었던 점, ③ 토지는 용도와 지목, 도로와의 접근조건과 연접비율, 위치, 형상, 면적, 주변환경 등에 따라 그 시세에 차이가 있기 마련인데, 이 사건 토지 중 원고 소유의 토지는 이○채, 이○채 소유의 토지에 비하여 도로연접비율이 낮을 뿐만 아니라 면적이 적정한 수요에 미치지 못할 정도로 넓고, 인근 상가에의 접근조건이나 일조권 등 주변환경에서 열세에 있는바, 이러한 여러사정이 토지가격에 반영된 것으로 보이는 점, ④ 이○채가 수사과정에서 제출한 공인중개사들의 2003년 각 필지별 예상시세(을 제17호증의 7내지 9)에 의하면 원고 소유의 토지시세가 이○채, 이○채 소유의 토지시세에 비하여 훨씬 낮게 평가되고 있을 뿐만 아니라 그러한 평가가 개별계약서에서 정한 각 토지의 매매대금과 비교하여 큰 차이가 없는 점 등을 종합하여 볼 때, 개별계약서에서의 매매대금은 각 토지의 객관적인 실제가치를 적정하게 반영하여 정하여진 것으로 보이고, 원고의 토지 매매대금을 다른 토지들의 매매대금보다 낮추어 정한 것이 경제적 합리성을 결한 비정상적인 행위에 해당한다고 보기 어렵다. (4) 따라서 개별계약서에 기한 원고의 이 사건 양도소득금액의 계산이 부당행위계산부인대상이 되는 것으로 보아 그와 같은 재산을 부인하고 당초의 일괄계약서에 기하여 별도로 소득금액을 계산하여 원고에게 법인세 284,521,958원을 추가로 부과한 피고의 이 사건 처분은 위법하다. 마. 정당한 세액 (1) 당초 원고에게 부과한 2003년 법인세 335,538,954원 (2) 원고의 이미 신고납부한 세액 15,188,636원 (3) 피고가 원고에게 추가로 부과한 법인세 320,350,310원(원 이하 버림) = 335,538,954원 - 15,188,636원 (4) 취소를 명하는 법인세 284,521,958원 (5) 원고가 추가로 납부할 세액 35,828,352원(= 320,350,310원 - 284,521,958) ① 공탁금 손금불산입에 따른 법인세 35,368,352원 ② 증빙(세금계산서) 미수취에 따른 가산세 460,000원 3. 결론 그렇다면, 피고의 원고에 대한 부과처분 중 35,828,352원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 하므로 원고의 이 사건 청구는 위 취소범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결을 주문과 같이 변경하기로 한다.

【대전지방법원2007구합4744(2008.03.26)】【주문】 1. 피고가 2007. 1. 8. 원고에 대하여 한 2003 사업연도 법인세 320,350,310원의 부과처분을 취소한다. 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 【이유】 1. 처분의 경위 다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 1호증 내지 갑 6호증, 을 1호증 내지 을 3호증, 을 7호증 내지 12호증, 을 14호증 내지 16호증, 을 18호증(가지번호가 있는 경우 각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다. 가. 2003. 4.경 원고(당초 ‘주식회사 ○○’의 상호를 사용하였으나, 2003. 9. 30. 현재의 상호로 변경됨)는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대 3629.7㎡와 그 지상 예식장 건물(이하 위 토지를 ‘원고의 토지’, 위 건물을 ‘예식장 건물’이라 한다)을 소유하고 있었는데, 원고의 토지와 경계를 접하고 있던 별지목록 제1항 기재 토지의 소유자인 소외 이○○(당시 원고의 대표이사) 및 별지목록 제2항 내지 제6항 기재 토지의 소유자인 이△△(이○○의 동생)와 함께 위 7필지의 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 아파트 신축사업 부지를 찾고 있던 주식회사 ○○종합개발(이하 ‘○○개발’이라 한다)에게 매도하기로 하고 매매가격을 협상하였다. 나. 당시 매도인측에서는 이○○와 이△△의 아버지인 이□□, 매수인측에서는 ○○개발의 대표이사인 유○○와 사업부지 매입의 실무담당자인 김○○이 공인중개사 정○○의 중개로 협상을 하였다. 당초 매도인 측에서는 이○○의 토지를 평당 400만 원 가량으로, 이△△의 토지를 평당 500~600만 원 가량으로, 원고의 토지 및 예식장 건물을 평당 300~400만 원 가량으로 각 계산하여 총 90억 원에 매수할 것을 제의한 반면 매수인 측에서는 아파트 신축을 위해 원고 토지 지상의 예식장 건물을 철거하여야 하므로 매수가격을 더 내려야 한다고 주장하였다. 그러다가 결국 매매대금 총액을 75억 원으로 하되 예식장 건물 철거비용 6억 원 상당을 공제하고, 여기에 예식장 건물의 임차인에 대한 임대차보증금 반환채무 2억 5,000만원을 ○○개발에서 추가 부담하는 것으로 하여 최종 71억 5,000만원으로 매매대금을 결정하였으나, 당시 각 소유자별 토지의 매매대금은 따로 정하지 않은 채 나중에 매매대금 총액을 변경하지 않는 범위 내에서 다시 확정하기로 합의하였다. 다. 위와 같은 사전 협의에 따라 원고 및 이○○, 이△△는 2003. 4. 16. ○○개발과 사이에 다음과 같은 내용으로 일괄하여 매매계약서를 작성하고, ○○개발로부터 계약금 5억 원을 수령하였다. (1) 매매부동산의 표시 : 이 사건 토지 및 그 지상의 건축물 일체 (2) 매매대금(2조) : 평당 매매가액을 300만 원으로 하고 거기에 명도 비용 2억 5,000만 원을 더하여 총 매매대금을 71억 5,000만 원으로 한다. (3) 매매대금 지불(3조) : 계약금 5억 원은 계약 체결 시, 중도금 59억 원은 2003. 6. 16. 잔금 7억 5,000만 원은 2003. 7. 10. 각 지불한다. (4) 소유권이전(7조) : 매도인은 잔금 수령 시 소유권 이전에 필요한 서류 일체를 매수인 또는 매수인이 지정한 자에게 이전한다. 라. ○○개발은 이○○에게 2003. 5.경 매매대금 중 추가 계약금 명목으로 2억 원을, 2003. 6. 13. 중도금 및 잔금 합계 64억 5,000만 원을 각 지급함으로써 이 사건 토지의 매매대금을 매도인측에 모두 지급하였고, 한편 위 잔금 지급일에 소유권이전등기를 위해서 이 사건 토지의 원 소유자별로 3장의 매매계약서가 다시 작성되었다(다시 작성된 소유자별 계약서를 ‘2차 매매계약서’라 한다). 마. 원고의 토지 및 건물에 대한 2차 매매계약서 상 매매대금은 지상의 예식장 건물을 포함하여 25억 9,000만 원(평당 약 236만 원), 이○○의 토지에 대한 2차 매매계약서 상 매매대금은 23억 6,000만 원(평당 약 380만 원), 이○○의 토지에 대한 2차 매매계약서 상 매매대금은 22억 원(평당 약380만 원)이다. 당시 매도인 란에는 이○○가, 매수인 란에는 유○○가 각 날인하였는데, ○○개발측의 유○○, 김○○은 위 3장의 2차 매매계약서 상 총 매매대금이 71억 5,000만원(명도비용 2억 5,000만원을 포함하여)으로 당초 일괄 매매계약서 상 총 금액과 동일하였기 때문에 각 계약서의 개별적 매매대금 등 기재내용에 대하여 이의를 제기하지 아니하였다. 바. 원고는 위와 같은 2차 매매계약서에 기하여 위 토지 및 건물의 양도가액을 25억 9,000만 원으로 하여 법인세 신고를 하였다. 사. 피고는 원고에 대한 2003 사업연도의 법인세 수시조사를 실시한 결과. 위 2차 매매계약서에 의한 계약내용을 부인하고 당초 작성된 일괄 양도계약서에 따라 원고 토지의 실거래가격을 32억 9,400만 원(평당 300만 원)으로 계산한 후, 원고가 위 금액과 신고액의 차액인 7억 400만 원의 고정자산 처분이익을 익금 누락한 것으로 보아, 2007. 1. 8. 원고에게 2003년 귀속 법인세 320,350,310원을 부과하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 아. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2007. 1. 19. 대전지방국세청에 심사청구를 하였으나 2007. 2. 22. 기각되었고, 이어 2007. 4. 24. 국세심판원에 심판청구를 하였으나 2007. 9. 4. 위 심판청구도 기각되었다. 2. 처분의 적법 여부 가. 당사자의 주장 (1) 피고의 주장 원고는 법인세법상 특수관계에 있는 이○○, 이△△와 함께 일단 이 사건 토지를 일괄 매매한 후 다시 원고 토지의 매매대금을 낮게, 이○○, 이△△ 토지의 매매대금을 높게 조정하는 방법으로 원고의 양도소득을 부당하게 감소시켰다. 따라서 제1항에 따라 2차 매매계약서에 의한 소득금액의 계산을 부인하고 1차 매매계약에 기하여 법인세를 부과한 이 사건 처분을 정당하다. (2) 원고의 주장 당초 일괄 매매계약은 이 사건 토지에 대한 총 매매대금만을 정한 것이고, 원고의 토지를 포함한 각 토지별 매매대금은 나중에 따로 정하기로 하였으며, 이에 따라 2차 매매계약서에서는 각 토지별 실제 가치를 반영하여 정확하게 개별적인 매매대금을 확정하였으므로, 이러한 가격 책정을 부당행위계산으로 보아 부인하고 추가 세금을 부과한 이 사건 처분의 위법하여 취소되어야 한다. 나. 관계 법령 별지 기재와 같다. 다. 판단 (1) 제1항에 의하면 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 ‘특수관계자’라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ‘부당행위계산’이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있는바, 여기서 부당행위계산의 부인이라 함은 법인이 특수관계자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고, 제1항 각 호에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 인정되는 경우에, 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 당해 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 딸 판단하여야 한다. (2) 이 사건 토지는 원고 및 이○○, 이△△의 소유이고, 당시 이○○는 원고의 대표이사였으며, 이△△는 이○○의 동생이므로, 이들은 원고와 특수한 관계에 있는 자에 해당한다. 따라서 이 사건의 쟁점은 이 사건 2차 계약서에서 각 토지별로 단위 면적당 단가를 달리 정한 것이 과연 각 토지의 정확한 현황과 용도에 따른 실제 가치를 제대로 반영하여 객관적으로 합리적인 차이를 둔 것으로 인정할 수 있는지, 아니면 실제로는 별 차이 없이 객관적으로 비슷한 가치를 지닌 토지들임에도 불구하고 단지 법인인 원고의 양도소득이 실거래가를 기초로 계산되기 때문에 이를 인위적으로 조작하여 공시지가에 의하여 세금이 산정되는 이○○, 이△△ 개인에게 양도차익을 전가하는 방법으로 법인세를 적게 내려고 기도한 것으로 보아야 하는지 여부이다. (3) 앞서 본 증거 및 사실관계에 의하여 인정되는 바와 같이, ① ○○개발은 처음부터 이 사건 토지를 구입하여 그 지상에 아파트를 신축하려는 의도 하에 매매계약을 체결하였으므로, 매매 후 원고의 토지상에 있는 예식장 건물은 원래의 용도로 계속 사용되거나 또는 다른 용도로 전용되는 것이 아니라 아파트 신축을 위하여 필연적으로 철거되어야 할 운명이었고, ② 따라서 이 사건 토지를 일괄 매수하는 ○○개발의 입장에서는 그 지상에 건물이 없는 이○○, 이△△의 토지들에 비하여 상당한 건물 철거비가 소요될 것으로 예상되는 원고 토지의 가격을 상대적으로 낮게 평가할 수밖에 없었던 것으로 보이며, ③ 실제로 ○○개발은 애초의 협상 과정에서부터 위와 같은 점을 부각시켜 매도인들에게 매매가격을 낮추어 줄 것을 요구하였고, 매도인들도 이를 가격결정의 중요한 요소 중 하나로 받아들여 전체 토지 가격에서 예식장 건물의 철거비용 6억 원 가량을 공제하여 최종 매매가를 정하였으며, ④ 이 사건 매매계약에서 매도인들 사이의 관계를 감안할 때 일단 매수인에게 일괄로 총 매매가를 정하여 매도한 후, 나중에 각 토지별 실제 가치를 반영하여 구체적인 개별 매매단가를 따로 정한 것도 있을 수 있는 일로서 수긍이 가고, ⑤ 그와 같이 책정된 각 매도인별 토지의 매매대금은 각 토지의 위치와 주변 도로와의 관계 등을 감안하여 공인중개사들이 산정한 2003. 기준 각 필지별 예상시세[을 제17호증의 7내지 9]와 큰 차이가 없어 비교적 객관적인 실제 가치를 반영한 것으로 보이며, ⑥ 이 사건에 관하여 조세포탈 혐의로 기소된 이○○ 등의 형사사건에서도 무죄판결이 선고된 점 등의 사정을 종합하면, 사회통념에 비추어 이 사건 2차 매매계약서에서 원고의 토지를 다른 토지들의 평당 단가보다 낮추어 정한 것이 경제적 합리성을 결한 비정상적인 행위에 해당한다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 사건 거래행위를 부당행위계산으로 보아 이를 부인하고 별도로 사업소득을 계산하여 법인세를 부과한 피고의 이 사건 처분은 위법하므로 취소하기로 한다. 3. 결론 원고의 청구는 이유 있으므로 인용한다. 관계 법령 법인세법 제52조 (부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 특수관계자 라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 부당행위계산 이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업년도의 소득금액을 계산할 수 있다. ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(료율・이자율・임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 시가 라 한다)을 기준으로 한다. ③ 내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 각 사업년도에 특수관계자와 거래한 내역이 기재된 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. ④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 법인세법 시행령(2005. 02. 19 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것) 제87조 (특수관계자의 범위) ① 법 제52조제1항에서 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자 라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 특수관계자 라 한다)를 말한다. <개정 2001.12.31, 2002.12.30, 2005.2.19> 1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족 2. 주주등(소액주주등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족 3. 법인의 임원・사용인 또는 주주등의 사용인(주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인외의 자로서 법인 또는 주주등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족 4. 제1호 내지 제3호에 해당하는 자가 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 다른 법인 5. 제4호 또는 제8호에 해당하는 법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50 이상을 출자하고 있는 다른 법인 6. 당해 법인에 100분의 50 이상을 출자하고 있는 법인에 100분의 50 이상을 출자하고 있는 법인이나 개인 7. 당해 법인이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 의한 기업집단에 속하는 법인인 경우 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원 8. 제1호 내지 제3호에 해당하는 자 및 당해 법인이 이사의 과반수를 차지하거나 출연금(설립을 위한 출연금에 한한다)의 100분의 50 이상을 출연하고 그 중 1인이 설립자로 되어 있는 비영리법인

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2008두21003

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[ 참조조문 ]

상고심절차에 관한 특례법 제4조

법인세법 시행령 제87조 제88조

소득세법 제127조

소득세법 시행령 제184조

법인세법 제52조 제76조 제116조

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