부산고등법원 2008.10.10 선고 2008누488 판결

총공사비에 포함된 접안(부두)시설공사비가 부가가치세 과세대상인지 여부[국승] 소유권을 취득한 접안(부두)시설이 국가에 대하여 접안시설공사를 포함한 산업단지개발사업용역을 제공한 대가로서 정산취득한 것으로 보이는 바 동 접안시설공사비도 국가에 대하여 제공한 용역에 포함되어 부가가치세 과세표준에 포함되어야 할 것임

【주 문】 1. 제1심 판결을 취소한다. 2. 원고의 청구를 기각한다. 3. 소송총비용은 원고가 부담한다. 【청구취지 및 항소취지】 1. 청구취지 피고가 2006. 7. 13. 원고에 대하여 한 2004년 제2기 부가가치세 확정신고의 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다. 2. 항소취지 주문과 같다. 【이 유】 1. 처분의 경위 가. 원고는 2001. 2. 13. 울산 울주군 ○○읍 ○○리 ○○○-12를 본점 소재지로 하여 액체화학화물 보세저장, 보관, 운송 및 판매업 등을 목적으로 설립된 법인이다. 나. 원고는 2001. 12. 13. 울산광역시장으로부터 당시 시행중이던 산업입지 및 개발에 관한 법률(이하 ‘산업입지법’이라 한다) 제16조의 규정에 따라 ○○국가산업단지 개발사업(○○화학 전용부도 축조공사)의 사업시행자로 지정을 받았다. 다. 그 후 원고는 2002. 4. 25. 산업입지법 제17조에 따라 실시계획변경 인가신청을 하여 2002. 5. 17. 울산해양지방경찰청장으로부터 그 인가를 받아 2003. 5. 10.부터 2004. 11. 2.까지 공사를 시행한 후 2004. 11. 22.자로 공유수면매립지와 접안시설 등을 준공하여 2004. 12. 13. 준공인가를 받았는데, 당시 원고는 공유수면매립지 36,427㎡ 및 접안시설 7,922㎡를 원고가 취득하고 배후도로 5,631㎡ 및 바닷가 1,158㎡는 국가에 귀속시키기로 하였다. 라. 원고는 2005. 1. 25. 2004년도 2기분 부가가치세 확정 신고를 하면서 총공사비15,190,487,000원을 포함한 15,242,688,992원을 과세표준으로 하여 1,232,032,733원을 신고ㆍ납부하였다. 마. 이후 원고는 2006. 4. 20. 위 총공사비에 포함된 접안시설공사비 9,269,895,000원은 원고의 자산취득비용으로 부가가치세 의 과세대상에 해당하지 아니한다는 이유로 피고에게 이미 납부한 1,232,032,733원에 과세표준을 5,972,793,140원으로 하여 계산한 세액 305,043,148원을 공제한 나머지 926,989,585원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 피고는 2006. 6. 14. 국세청에 자문을 한 결과 “부가가치세법 시행령 제48조 제6항의 공유수면매립법에 의하여 매립용역을 제공하는 경우 동법에 의하여 산정한 당해 매립공사에 소요된 총사업비란 순수하게 매립공사비만을 의미하는 것이 아니라 접안시설공사비로 포함하는 것으로 보는 것이 타당하다”는 취지의 확신에 따라 2006. 7. 12. 원고의 부가가치세 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다), [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 처분의 적법여부 가. 당사자의 주장 (1) 원고의 주장 공공의 목적으로 시행한 원고의 공유수면매립공사는 그 대가로서 매립지 중 일부에 대한 소유권을 취득하므로 국가에 대한 매립용역의 제공과 매립지 중 일부에 대한 소유권 취득 사이에 그 대가관계가 존재하여 그 매립공사는 용역의 제공에 해당하므로 부가가치세의 과세대상이 되지만, 접안시설은 원고가 영립사업에 이용할 목적으로 자가공사에 의하여 취득한 것으로서 그 공사는 용역의 공급이 아니므로 부가가치세의 과세대상이 아님에도 불구하고 원고의 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하다. (2) 피고의 주장 원고의 공유수면매립공사의 주요사업목적은 ‘부두축조공사’ 즉 접안시설취득에 있었고 접안시설공사와 공유수면매립공사가 일체로서 행하여졌으며 원고가 위 공사용역을 국가에게 제공하고서 그 대가로서 관련 법령 및 당사자 사이의 약정에 따라 접안시설(안벽) 및 매립지의 소유권을 국가로부터 정산취득한 것이므로, 접안시설공사도 부가가치세법상 과세대상인 용역의 공급에 해당한다. 나. 관계법령 부가가치세법 제1조 (과세대상) 부가가치세법 제13조 (과세표준) 다. 이 사건 처분의 적법여부에 관한 판단 원고가 소유권을 취득한 접안시설이 순전한 자가취득이라면 그 공사는 제공의 상대방이 존재하지 않기 때문에 부가가치세의 과세대상이 되는 용역의 제공에 해당되지 않겠지만, 그것이 원고가 국가에 대하여 접안시설공사를 포함한 산업단지개발사업용역을 제공한 대가로서 정산취득한 것이라면 접안시설공사는 국가에 대하여 제공한 용역에 포함되어 그 공사비는 원고가 제공한 용역의 시가로서 당연히 부가가치세의 과세표준에 포함된다 할 것이다. 이러한 법리에 입각하여 접안시설공사비가 부가가치세과세표준에 포함되는지 여부를 판단하기 위하여, 원고가 소유권을 취득한 접안시설 부분이 원고가 국가에 제공한 산업단지개발사업용역에 대한 대가로서 정산하여 국가로부터 그 소유권을 취득한 것인지, 아니면 원고가 국가에 제공한 용역과 무관하게 자가 취득한 것인지에 관하여 살펴본다. (1) 인정사실 갑 제7호증의 1, 갑 제9호증의 4, 갑 제10호증의 1 내지 7, 갑 제12호증의 1, 2, 3, 4, 을 제4호증의 1, 2, 을 제5호증의 1, 2, 을 제6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다. ① 울산지방해양수산청은 2002. 5. 17. 원고가 제출한 온산 국가산업단지 개발사업 실시계획 변경승인 신청에 대하여 산업입지법 제17조의 규정에 따라 이를 승인하면서, 원고가 접안시설 및 배후부지를 조성함에 있어 울산지방해양수산청의 지도관리를 받아야 하고, 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률의 규정에 따른 감리계약을 체결하여야 하며, 공사 완료시 총사업비 결정을 위한 서류 등을 첨부한 준공보고서를 울산지방해양수산청에 제출하여 준공확인을 받아야 하는 것 등을 조건으로 하였다. ② 아울러, 울산지방해양수산청은 위 변경승인을 하면서 특별사항으로 사업시행자인 원고가 그 공사로 조성되는 시설(안벽 및 배후시설)을 산업입지법 규정에 의거하여 청산, 취득하며, 배후 도로는 해양수산부에 무상귀속시킨다는 점을 명시하였다. ③ 그 후 원고가 2004. 11. 23. 최종공사를 완료하고 다음날 울산해양수산청에 준공인가신청을 하면서 그 구비서류로서 산업입지법 제38조의 규정에 따라 매립지 36,427㎡와 접안시설인 부두(APRON) 7,922㎡은 실시계획승인조건에 따라 원고가 정산취득하고, 나머지 배후도로 5,631㎡와 바닷가 1,158㎡는 국가에 무상귀속한다는 내용의 개발토지ㆍ시설 등의 처분계획서를 제출하여 승인을 받았다. ④ 울산지방해양수산청은 원고의 위 준공인가신청 및 개발토지ㆍ시설등의 처분계획서를 검토한 결과, 원고가 정산취득하고자 하는 매립지 및 접안시설의 평균 감정평가액이 5,920,591,000원인 한편, 위 개발사업의 총 사업비는 15,266,100,000원 상당으로 파악되어 위 감정평가액을 상회함이 명백하므로 위 처분계획서를 승인하고 2004. 12. 13. 준공인가를 하여 공고하였으며 그에 따라 원고가 2004. 12. 17. 위 매립지 및 접안시설에 관한 소유권보존등기를 경료하였다. (2) 판단 위와 같이, ① 원고가 조성하는 접안시설 및 그 배후매립지에 관하여 울산지방해양수산청이 그 착공단계에서부터 준공에 이르기까지 철저한 감리ㆍ감독을 실시하였던 사정에 비추어 접안시설 공사부분이 국가와는 무관한 원고의 순수한 자가용역에 해당한다고 보기 어려운 점, ② 원고는 처음부터 위 접안시설과 그 배후매립지를 묶어서 국가로부터 정산취득하는 것을 조건으로 국가에 대하여 ○○국가산업단지 개발사업용역을 제공하였던 점, ③ 그 후 울산지방해양수산청과 사이에 실제로 정산하는 과정에서도 접안시설과 배후매립지, 배후도로 등을 모두 포함한 전체의 공사비와 위 접안시설과 배후매립지의 감정가를 비교하여 청산한 결과로서 원고가 그것들에 대한 소유권을 취득하였으므로 위 접안시설과 배후매립지는 원고가 국가에 대하여 제공한 ○○국가산업단지 개발사업용역과 대가관계에 있다고 볼 수밖에 없는 점을 종합하여 보면, 원고는 배후매립지와 달리 접안시설 부분은 자가 취득한 것이 아니라, 원고가 접안시설과 그 배후매립지 조성을 포함한 ○○국가산업단지 개발사업용역을 국가에 제공하고 그 대가로서 배후매립지와 함께 접안시설의 소유권을 국가로부터 정산취득하였다고 보는 것이 타당하다. 따라서 접안시설공사비 9,269,895,000원는 원고의 자가용역비가 아니라 원고가 국가에 대하여 제공한 ○○국가산업단지 개발사업용역의 시가에 포함된다고 보아야 하므로, 그것은 부가가치세법 제13조 제1항 제2호의 규정에 따라 부가가치세 과세표준에 포함된다 할 것이다. 3. 결 론 그렇다면, 위 접안시설공사비가 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 한다는 취지에 입각한 원고의 부가가치세경정청구는 부당하므로 이를 거부한 이 사건 처분은 적법하다. 따라서 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 제1심 판결을 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 【울산지방법원2007구합1525 (2007.12.26)】【주 문】 1. 피고가 2006. 7. 13. 원고에게 한 “2005. 1. 25.자 2004년 2기 부가가치세 확정신고의 경정청구에 대한 거부처분”을 취소한다. 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 【청구취지】 주문과 같다. 【이 유】 1. 처분의 경위 가. 원고는 2001. 2. 13. ○○ ○○군 ○○리 150-12를 본점 소재지로 하여 액체화학화물 보세저장, 보관, 운송, 및 판매업 등을 목적으로 설립된 법인이다. 나. 원고는 2001. 12. 13. ○○광역시장으로부터 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조의 규정에 따라 아래와 같은 내용의 산업단지개발사업의 시행자지정을 받았다. 아 래 - 사업시행자의 주소, 성명(상호 및 대표자) 가. 주소 : ○○ ○○구 ○○동 370-10 나. 성명 : ○○주식회사 - 사업명 : ○○ 전용부두시설 공사 - 위치 : ○○ ○○군 ○○읍 ○○리 일원 - 사업면적 : ○○㎡ - 사업개요 : 부두축조(3만 D.W.T X 1선좌, 1만 D.W.T X 1선좌) 다. 원고는 2002 .4 .25. 산업입지 및 개발에 관한 법률 제17조에 따라 실시계획변경 인가신청을 하여 2002. 5. 17. ○○해양지방경찰청장으로부터 그 인가를 받아 2003. 5. 10.부터 2004. 11. 2.까지 공사를 시행한 후 2004. 11. 22.자로 공유수면(토지) 51,138㎡와 접안시설 405㎡(3만 톤급 1선좌, 1만 톤급 1선좌)를 준공하여 2004. 12. 13. 준공인가를 받았는데, 당시 원고는 사업부지 36,427㎡ 및 부두 7,922㎡를 원고가 정산취득하고 배후도로 5,631㎡ 및 바닷가 1,158㎡를 국가에 귀속시키기로 하였다. 라. 원고는 2005. 1. 25. 2004년도 2기분 부가가치세 확정 신고를 하면서 총공사비 15,190,487,000원을 포함한 15,242,688,992원을 과세표준으로 하여 1,232,032,733원을 신고ㆍ납부하였다. 마. 이후 원고는 2006. 4. 20. 위 총공사비에 포함된 접안시설공사비 9,269,895,000원은 원고의 자산취득비용으로 부가가치세의 과세대상에 해당하지 아니한다는 이유로 피고에게 기 납부한 1,232,032,733원에서 과세표준을 5,972,793,140원으로 계산한 세액 305,043,148원을 공제한 나머지 926,989,585원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나 피고는 2006. 6. 14. 국세청에 자문을 한 결과 “부가가치세법 시행령 제48조 제6항의 공유수면매립법에 의하여 매립용역을 제공하는 경우 동법에 의하여 산정한 당해 매립공사에 소요된 총공사비란 순수하게 매립공사비만을 의미하는 것이 아니라 부두시설공사비도 포함하는 것으로 보는 것이 타당하다”는 취지의 회신에 따라 2006. 7. 12. 원고의 부가가치세경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 〔인정근거〕다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지. 2. 이 사건 처분의 적법여부 가. 당사자의 주장 (1)원고의 주장 공공의 목적으로 시행한 원고의 공유수면매립은 그 대가로서 매립지 중 일부에 대한 소유권을 취득하므로 국가에 대한 매립용역의 제공과 매립지 중 일부에 대한 소유권 취득사이에 그 대가관계가 존재하여 부가가치세의 과세대상에 해당하나, 항만시설의 경우가 원고가 영리사업에 이용할 목적으로 공사를 하고 이를 취득한 자가공사에 의한 자산취득이어서 부가가치세의 과세대상이 아님에도 불구하고 원고의 매립지 중 일부에 대한 소유권취득과 이 사건 항만시설공사가 대가관계에 있다고 보아 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법한 것이다. (2)피고의 주장 원고의 공유수면매립공사의 주요사업목적은 ‘부두축조공사’ 즉 접안시설취득에 있었고 항만시설공사와 공유수면매립공사가 일체로서 행하여진 것이므로 공유수면에 대한 접안시설 및 매립 등의 공사용역을 제공하고서 이에 의거 조성된 접안시설(안벽) 및 매립지의 소유권을 취득하게 된 것은 관련법령 및 당사자 사이의 약정에 의거하여 취득한 것이어서 원고가 취득한 매립지는 접안시설 및 매립 등의 공사용역 전체와 경제적ㆍ실질적 대가관계에 있는 것이므로, 원고가 투입한 총 공사금액이 부가가치세 과세대상인 용역의 공급에 해당한다. 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다. 다. 판단 원고가 취득한 매립지의 소유권과 이 사건 항만시설공사가 경제적ㆍ실질적 대가관계에 있어 원고의 이 사건 항만시설공사도 부가가치세의 과세대상이 되는 용역의 공급에 해당하는지 여부에 대하여 보건대, 위 인정사실 및 관계법령에 의하여 인정되는 아래와 같은 여러 사정을 종합하면, 원고의 이 사건 매립지의 소유권 취득은 그 공유수면매립공사와 경제적ㆍ실질적 대가관계가 있다고 인정될 뿐 이 사건 항만공사와도 대가관계에 있다고 인정되지는 아니한다. ① 원고가 이 사건 공사의 인가를 받은 근거가 된 산업입지 및 개발에 관한 법률 제21조 제19호에 의하면, 항만법 제9조 제2항의 규정에 의한 항만공사시행의 허가 및 동법 제10조 제2항의 규정에 의한 실시계획의 승인 및 공유수면매립법 제9조의 규정에 의한 매립면허, 동법 제13조의 규정에 의한 고시, 동법 제15조의 규정에 의한 실시계획의 인가ㆍ고시 및 동법 제38조의 규정에 의한 협의 또는 승인을 받은 것으로 의제하고, 항만법 제12조에 의하면, 동법 제9조 제3항에 따라 관리청이 항만공사의 시행에 관한 사항 또는 허가에 관한 사항을 고시한 경우에는 공유수면매립법 제9조에 따라 매립면허 및 같은 법 제38조 제1항에 따른 해양수산부장관과의 협의나 승인을 받은 것으로 의제하는 규정을 두고 있으나 공유수면매립법에는 항만법 제9조 제2항의 규정에 의한 항만공사시행의 허가 및 동법 제10조 제2항의 규정에 의한 실시계획의 승인을 받은 것으로 보는 규정이 없는 점. ② 항만법과 공유수면매립법은 그 입법취지 및 적용대상을 달리하는 별개의 법률로 공유수면매립법에 의하여 매립용역을 제공하는 경우에는 동법에 의하여 산정한 당해 매립공사에 소요된 총사업비를 과세표준으로 한다는 부가가치세법 시행령 제48조 제6항의 규정을 항만법에 의한 항만시설의 경우에도 그대로 적용할 수는 없는 점. ③ 공유수면매립법에 의한 매립공사와 항만법에 의한 항만시설공사가 동시에 행하여 졌다고 하더라도 이는 개념상으로 구별되는 것으로 원고의 공유수면매립공사와 항만시설공사를 일체로서 평가하여야 할 합리적인 근거가 없으므로 각별로 과세여부를 판단하여야 하는 점. ④ 공유수면매립법 제26조에 의하면 공유수면매립면허를 받은 자는 당해 매립공사에 소요된 총공사비(조사비ㆍ설계비ㆍ순공사비ㆍ보상비 기타 비용을 합산한 금액으로 한다)에 상당하는 매립지를 취득하는 것으로 규정하고 있으므로, 원고가 취득한 매립지에 이 사건 항만시설공사에 대한 공사비가 포함된 것으로 해석할 수는 없는 점. ⑤ 항만법 시행령 제18조는 제7호에서 법 제17조 제1항의 규정에 의하여 토지 및 항만시설을 국가 또는 지방자치단체에 귀속시킬 경우 부가가치세법 제17조의 규정에 의하여 납부하는 세액을 항만시설 무상사용권의 존속기간 산정을 위한 총사업비의 개념에 포함시키는 규정을 두고 있으나, 이를 비관리청에 귀속시키는 경우에 대하여는 아무런 규정을 두고 있지 않은 점. ⑥ 피고는 항만시설을 국가 또는 지방자치단체에 귀속시키는 경우에는 그 항만시설 공사의 대가로 무상사용권을 취득한 것으로 보아 과세를 하고, 비관리청에 귀속시키는 경우에는 과세를 하지 않는 것은 과세형평에 반하게 된다는 취지의 주장을 하나, 이는 재화 내지 용역의 공급을 과세대상으로 하는 부가가치세법의 본질에 따른 것으로 그러한 사정이 있다하여 국가와 원고사이에 아무런 거래관계가 존재하지 아니하는 원고의 항만시설공사를 법령상 근거도 없이 과세대상이 되는 용역의 공급으로 의제할 수는 없는 점. 따라서, 원고가 자기의 비용으로 공사를 하고 관계법령에 따라 그 소유권을 취득한 이 사건 항만시설공사는 국가 등과 원고 사이의 아무런 거래관계가 존재하지 아니하여 이를 국가 등에 대한 용역의 제공으로 평가할 수 없으므로, 원고의 항만시설공사에 소요된 비용까지 원고가 공유수면매립법에 따라 그 소유권을 취득한 매립지와 실질적ㆍ경제적 대가관계가 존재한다고 보아 원고의 이 사건 부가가치세경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이다. 나아가, 이 사건 부가가치세경정청구 거부처분의 취소범위에 대하여 보건대, 피고가 매립공사비와 항만시설비를 엄격히 구분하기 힘들다는 이유로 원고의 이 사건 매립공사에 소요된 정확한 공사비에 대한 주장ㆍ입증을 하지 않고 있어〔원고의 주장처럼 원고가 취득한 매립지에 대한 2개 감정평가기관이 산정한 평균 시가로 공사비를 산정하는 것도 부당하고, 피고의 총사업비 정산내역서 확인요청에 대한 회신(갑 제5호증)의 기재는 공증으로만 구분하여 산출한 것이므로 이에 따를 수도 없다고 할 것이다〕정당한 세액을 산출할 수 없으므로 피고의 이 사건 경정청구거부처분 전부를 취소할 수밖에 없다고 할 것이다. 3. 결론 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 관계법령 부가가치세법 제1조(과세대상) ① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다. 1. 재화와 용역의 공급 부가가치세법 시행령 제48조(과세표준의 계산) ⑥ 「공유수면매립법」에 의하여 매립용역을 제공하는 경우에는 동법에 의하여 산정한 당해 매립공사에 소요된 총사업비를 과세표준으로 한다. 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조 (산업단지개발사업의 시행자) ① 산업단지개발사업은 다음 각 호의 자중에서 산업단지지정권자의 지정에 의하여 개발계획에서 정하는 자가 이를 시행한다. 1. 국가ㆍ지방자치단체ㆍ정부투자기관ㆍ지방공기업 또는 다른 법률에 의하여 산업단지개발사업을 시행할 수 있는 자 2. 「중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률」에 희한 중소기업진흥공단 또는 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제45조의 3의 규정에 의하여 설립된 한국산업단지공단 3. 당해 개발계획에 적합한 시설을 설치하여 입주하고자 하는 자 또는 당해 개발계획에서 적합하게 산업단지를 개발할 능력이 있다고 인정되는 자로서 대통령령이 정하는 요건에 해당하는 자 4. 제1호 내지 제3호에 해당하는 자가 산업단지의 개발을 목적으로 출자에 참여하여 설립한 법인으로서 대통령령이 정하는 요건에 해당하는 법인 5. 제3호에 해당하는 사업시행자와 제20조의 2의 규정에 의하여 산업단지개발에 관한 신탁계약을 체결한 부동산신탁회사 6. 산업단지안의 토지의 소유자 또는 그들이 산업단지개발을 위하여 설립한 조합 제21조(다른 법령에 의한 인ㆍ허가의 의제 등) ① 산업단지지정권자 또는 해양수산부장관(이하 “실시계획승인권자”라 한다)이 제17조 내지 제19조에 따른 실시계획의 승인을 함에 있어서 다음 각 호의 허가ㆍ결정ㆍ인가ㆍ면허ㆍ협의ㆍ동의ㆍ승인ㆍ해제 또는 처분등(이하 “인ㆍ허가등”이라 한다)에 관하여 제2항에 따라 미리 관계 행정기관의 장과 협의하거나 승인을 얻은 사항에 대하여는 해당 인ㆍ허가등을 받은 것으로 보며, 제19조의 2의 규정에 의하여 실시계획의 승인이 고시된 때에는 다음 각 호의 관계법률에 의한 인ㆍ허가등의 고시 또는 공고가 있는 것으로 본다. 5. 항만법 제9조제2항의 규정에 의한 항만공사시행의 허가 및 동법 제10조제2항의 규정에 의한 실시계획의 승인 19. 공유수면매립법 제9조의 규정에 의한 매립면허, 동법 제13조의 규정에 의한 고시, 동법 제15조의 규정에 의한 실시계획의 인가ㆍ고시 및 동법 제38조의 규정에 의한 협의 또는 승인 항만법 제9조(항만공사의 시행자등) ① 항만시설의 신설ㆍ개축ㆍ유지ㆍ보수 및 준설(준설)등에 관한 공사(이하　“항만공사”라 한다) 가운데 지정항만에 대한 항만공사는 해양수산부장관이 시행하고, 지방항만에 대한 시ㆍ도지사가 시행한다. 다만, 항만공사에 대하여 이 법 또는 다른 법률에 특별한 규정이 있으면 그 규정에 따른다. ② 관리청이 아닌 자(이하 “비관리청”이라 한다)가 항만공사를 시행하려는 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 항만공사의 계획을 작성하여 관리청의 허가를 받아야 한다. 다만, 제18조제1항 단서에 따라 국가나 지방자치단체에 귀속되는 대상이 아닌 항만시설에 대한 유지ㆍ보수공사는 그러하지 아니한다. ③ 관리청은 직접 항만공사를 시행하거나 비관리청에 대하여 항만공사를 허가한 경우에는 그 사실을 고시하여야 한다. 제12조 (다른 법률과의 관계) ① 제9조제3항에 따라 관리청이 항만공사의 시행에 관한 사항 또는 허가에 관한 사항을 고시한 경우에는 다음 각 호의 허가ㆍ인가ㆍ면허ㆍ승인ㆍ협의 또는 동의 등(이하 “인ㆍ허가등”이라 한다)을 받은 것으로 보며, 다음 각 호의 관계 법률에서 규정하고 있는 인ㆍ허가등을 고시하거나 공고한 것으로 본다. 5. 공유수면매립법 제9조에 따른 매립면허 및 같은 법 제38조제1항에 따른 해양수산부장관과의 협의나 승인 제18조(항만시설의 귀속등) ① 제9조 제2항에 따른 비관리청의 항만공사로 조성되거나 설치된 토지 및 항만시설은 준공과 동시에 국가나 지방자치단체에 귀속된다. 다만, 대통령령으로 정하는 토지 및 항만시설은 그러하지 아니하다. ② 제1항 본문에도 불구하고 한국컨테이너부두공단법에 따라 설립된 한국컨테이너부두공단은 항만공사로 조성되거나 설치된 토지 또는 시설 중 항만시설을 제외한 잔여토지(잔여토지)의 소유권을 취득할 수 있다. 이 경우 취득하는 소유권의 범위는 대통령령으로 정하는 총사업비의 범위를 벗어날 수 없다. ③ 비관리청은 제1항에 따라 국가나 지방자치단체에 귀속된 항만시설을 총사업비의 범위안에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 무상으로 사용할 수 있다. 항만법 시행령 제17조 (귀속대상외의 항만시설등) ① 법 제17조제1항 단서의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속되지 아니하는 항만시설은 다음 각 호와 같다. 1. 하역장비시설(하역장비시설의 운영에 필요한 레일시설을 제외한다), 화물의 이송시설, 배관시설 및 계근시설 2. 싸이로(국가의 소유로 되어 있는 싸이로를 비관리청이 증축하는 경우를 제외한다) 저유시설 및 위판장시설 3. 선박이나 수상구조물의 건조등을 위하여 설치한 시설 4. 비관리청이 그 전용목적으로 설치한 계류시설, 항행보조시설, 화물의 유통ㆍ판매시설, 선박보급시설 및 항만의 관제ㆍ홍보ㆍ보안시설로서 해양수산부령이 정하는 시설 5. 공해방지시설중 이동식 시설 및 소모성 설비 6. 지원시설. 다만, 항만관련 업무용 시설중 공공서비스 업무용 시설을 제외한다. 7. 항만친수시설중 해양레저용 기반시설 및 해양문화ㆍ교육시설 8. 기타 국가 또는 지방자치단체에 귀속시킬 필요가 없다고 관리청이 인정하는 시설 ② 법 제17조제1항 단서의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속되지 아니하는 토지는 다음 각 호의 요건을 충족하는 토지로 한다. 1. 별표 3의 규정에 의한 토지의 범위에 해당하지 아니할 것 2. 토지가액이 제18조의 규정에 의한 총사업비의 범위이내일 것 제18조(총사업비의 범위) 법 제17조제2항 및 제3항의 규정에 의한 총사업비는 당해 항만공사의 준공확인일을 기준으로 하여 당해 항만공사와 관련된 다음 각 호의 기준에 따라 산정한 제비용을 합산한 금액으로 한다. 7. 부가가치세: 법 제17조제1항의 규정에 의하여 토지 및 항만시설을 국가 또는 지방자치단체에 귀속시킬 경우 「부가가치세법」제17조의 규정에 의하여 납부하는 세액을 말한다. 공유수면매립법 제26조(매립지의 소유권취득 등) ① 국가 ㆍ지방자치단체 또는 매립면허를 받은 자는 제25조의 규정에 의한 준공인가를 받은 날에 다음 각 호의 구분에 따라 매립지의 소유권을 각각 취득한다. 1. 대통령령이 정하는 공용 또는 공공의 용에 사용하기 위하여 필요한 매립지는 국가 또는 지방자치단체 2. 매립된 바닷가에 상당하는 면적(매립된 바닷가중 매립공사의 시행으로 인하여 새로이 설치된 공용시설 또는 공공시설의 용지에 포함된 바닷가를 제외한다)을 집합구획한 매립지는 국가. 이 경우 국가가 소유권을 취득하는 매립지의 위치는 제25조의 규정에 의하여 매립면허를 받은 자가 정한 매립지가 아닌 곳으로 한다. 3. 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체가 소유권을 취득한 매립지를 제외한 매립지중 대통령령이 정하는 당해 매립공사에 소요된 총사어비(조사비ㆍ설계비ㆍ순공사비ㆍ보상비 기타 비용을 합산한 금액으로 한다)에 상당하는 매립지는 매립면허를 받은 자 4. 제1호내지 제3호의 규정에 의하여 국가ㆍ지방자치단체 또는 매립면허를 받은 자가 소유권을 취득한 매립지를 제외한 잔여매립지(이하 “잔여매립지”라 한다)는 국가 공유수면매립법시행령 제20조(매립지의 소유권취득 및 총공사비) ① 법 제26조 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 공용 또는 공공의 용에 사용하기 위하여 필요한 매립지”라 함은 도로ㆍ호안ㆍ안벽ㆍ물양장ㆍ방파제ㆍ배수시설ㆍ공원 기타 법령의 규정에 의하여 공용 또는 공공의 용에 필요한 매립지를 말한다. 이 경우 국가의 시설로서 필요한 매립지는 국가에, 지방자치단체의 시설로서 필요한 매립지는 지방자치단체에 귀속한다. ② 법 제26조제1항제3호의 규정에 의하여 매립면허를 받은 자가 총사업비에 상당하는 매립지의 소유권을 취득함에 있어 당해매립지의 가격산정은 인근 유사 토지의 거래가격을 고려한 적정가격으로 산정하되, 해양수산부령이 정하는 바에 따라 면허관청이 지정한 2인 이상의 감정평가업자(「부동산가격 공시 및 감정평가에 관한 법률」 제2조제9호의 규정에 의한 감정평가업자를 말한다. 이하 같다)가 평가한 평가액의 산술평가치를 기준으로 한다. ④ 법 제26조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 당해매립공사에 소요된 총사업비”라 함은 당해매립공사의 준공인가신청일을 기준으로 하여 당해매립공사와 관련된 다음 각호의 비용을 합산한 금액을 말한다. 1. 조사비 : 당해매립공사의 시행을 위한 측량비 기타 조사에 소요된 비용으로서 순공사비에 포함되지 아니한 비용. 이 경우 대가의 산정은 「엔지니어링 기술진흥법」 제10조의 규정에 의한 엔지니어링사업 대가의 기준에 의한다. 2. 설계비 : 당해매립공사의 시행을 위한 설계에 소요된 비용. 이 경우 대가의 산정은 「엔지니어링 기술진흥법」 제10조의 규정에 의한 엔지니어링사업 대가의 기준에 의한다. 3. 순공사비 : 당해 매립공사의 시행을 위한 재료비ㆍ노무비 및 경비의 합계액. 이 경우 순공사비의 산정은 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령」제9조의 규정에 따른 예정가격의 결정기준 및 표준품셈ㆍ단가(정부고시가격이 있는 경우 그 가격을 말한다)에 의한다. 4. 보상비 : 당해매립공사의 시행을 위하여 실제 소요된 보상비 및 손실방지시설의 설치비 5. 기타비용 : 다음 각목의 비용의 합계액 가. 「엔지니어링 기술진흥법」제10조의 규정에 의한 엔지니어링사업대가의 기준에 의한 시공감리비 나. 「산업재해 보상 보험법」제3조의2의 규정에 의한 보험료 다. 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령」제9조의 규정에 의한 예정가격결정을 위한 기준을 적용하여 산정한 관리활동부문의 일반관리비. 이 경우 일반관리비는 제3호의 규정에 의한 순공사비를 기준으로 한다. 라. 천재지변으로 인한 피해액 마. 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령」제64조의 규정을 준용하여 산정한 물가상승액. 이 경우 물가상승액은 제16조제3항의 규정에 의하여 고시된 당해매립공사의 시행기간(매립공사의 착수일부터 준공인가신청일까지의 기간을 말한다. 이하 이조에서 같다)을 기준으로 하되, 천재지변 또는 국가계획의 변경등 면허판정이 매립면허를 받은 자의 귀책사유가 없는 것으로 인정하는 준공연장기간외의 기간은 이를 산입하지 아니한다. 바. 법령의 규정에 의한 제세공과금 및 부담금 사. 환경영향평가비, 피해영향조사비, 매립면허수수료, 제2항 및 제3항의 규정에 의한 매립지의 감정평가비 및 매립면허 부관의 이행에 소요되는 제비용 6. 공정별 건설이자 : 제1호 내지 제5호의 비용합계액에 대하여 면허관청이 정하는 바에 따라 산정한 건설이자(이자율은 수신고를 기준으로 한 전국 상위 6개 시중은행의 1년만기 정기예금 금리의 산술평균으로 한다). 이 경우 건설이자는 제16조제3항의 규정에 의하여 고시된 당해매립공사의 시행기간을 기준으로 하되, 천재지변 또는 국가계획의 변경등 면허관청이 매립면허를 받은 자의 귀책사유가 없는 것으로 인정하는 준공연장기간외의 기간은 이를 산입하지 아니한다. 7. 이윤 : 제1호 내지 제5호의 비용합계액의 100분의 10에 상당하는 금액.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2008누488

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[ 참조조문 ]

부가가치세법 시행령 제48조

항만법 시행령 제18조

부가가치세법 제1조 제13조 제17조

산업입지법 제17조 제38조

엔지니어링 기술진흥법 제10조

동법 제9조 제10조 제13조 제15조 제38조