+ - 북마크 저장 [행정] 항소사건

서울고등법원 2010.02.03 선고 2008누1312 판결

동호인주택의 건설공사용역을 제공한 것인지 주택신축판매업을 영위한 것인지 엽부[국승] 공사도급계약은 형식적으로 체결되었으며, 건축업자가 착공 시점부터 분양대상자를 모집하여 분양과 관련한 업무를 수행하고 그 수익이 귀속되었으며, 분양대상자들은 동호회를 구성하여 회의를 한 적이 없고 주택완공 후 손익의 정산절차를 거친 바가 없는 점 등으로 보아 실질적으로 주택을 신축하여 분양한 것으로 판단됨

【주문】 1.원고의 피고 ○○지방국세청장에 대한 청구를 기각한다. 2.원고의 피고 ◇◇세무서장에 대한 항소를 기각한다. 3.소송총비용은 원고가 부담한다. 청구취지및항소취지 제1심 판결을 취소한다. 피고 ◇◇세무서장이 2006. 5. 15. 원고에 대하여 한 2003 사업연도 법인세 1,083,959,730원의 부과처분 및 피고 ○○지방국세청장이 2006. 5. 8. 원고에 대하여 한 2003년 귀속 1,865,800,438원의 소득금액변동통지처분을 각 취소한다(원고는 제1심에서 피고 ◇◇세무서장을 상대로 2003 사업연도 법인세 1,083,959,730원의 부과처분 및 2003년 귀속 1,865,800,438원의 소득금액변동통지처분의 취소를 구하다가 당심에서 위 소득금액변동통지처분의 취소청구에 관하여 피고를 ○○지방국세청장으로 경정해 줄 것을 신청하여 당원이 이를 허가하였다). 　　　　【이유】 1. 부과처분등의경위 가. 원고는 1994. 10. 7. 토목공사업, 건축공사업, 주택사업 등을 목적으로 설립된 건 설업체로서, 2000년경부터 2003년경까지 사이에 ○○ ○○구 ○○동 102-2 대 566.8 ㎡, 102-3 대 2.3㎡, 102-4 대 530.9㎡ 합계 1,100㎡(이하 ’이 사건 토지 ’라고 한다.) 지상에 ’●●하우스’ 18세대{주용도 : 공동주택(아파트), 건축면적 : 619.46㎡, 건폐율 : 56.31%, 연면적 : 5,133.83㎡, 용적률 : 304.75%, 이하 ‘이 사건 주택’이라고 한다}를 신축하는 건설공사를 5,349,000,000원에 도급받아 주택건설용역을 제공하였다며 피고 ◇◇세무서장에게 2000 내지 2003 사업연도 법인세를 신고 ・ 납부하였다. 나. 피고 ○○지방국세청장은 2004. 9. 16.부터 2004. 12. 27.까지 사이에 원고에 대 한 세무조사를 한 결과 원고가 이 사건 주택을 신축분양 하였음에도 주택건설용역을 제공한 것으로 하여 위와 같이 법인세를 신고 ・ 납부하였다고 보아 그 과세자료를 피고 ◇◇세무서장에게 통보하는 한편 2006. 5. 8. 원고에게, 아래 다.항 기재 분양수입금액 누락액 중 사용처가 확인되지 아니한 금액 1,808,980,000원에 2000년 과다 소득신 고분 56,820,000원을 합한 1,865,800,438원은 법인의 대표자에게 귀속된 것으로 간주하고 소득세법 시행령 제192조 제1항에 따라 ’원고의 실질적 대표자인 강AA에게 2003년 소득금액 1,865,800,438원이 귀속된다.’는 내용의 소득금액변동통지를 하였다(이하 ’소득금액변동통지처분’이라고 한다). 다. 피고 ◇◇세무서장은 위와 같은 과세자료를 근거로 하여 2006. 5. 15. 원고에 대하여, 원고가 단순히 주택건설용역을 제공한 것이 아니라 이 사건 토지를 취득하여 이 사건 주택을 신축한 다음 이를 10,142,353,441원에 분양하는 등 주택신축판매업을 영위한 것이라는 이유로 수입금액 누락액인 4,793,353,441원을 익금에 산입하고, 부외 원가 2,927,553,000원을 손금에 산입하여 산출한 2003 사업연도 법인세 1,083,959,730 원을 부과하였다(이하 ’이 사건 부과처분’이라 하고, 소득금액변동통지처분과 이 사건 부과처분을 합하여 ’이 사건 각 처분’이라고 한다). 라. 원고는 이에 불복하여 2006. 8. 1. 피고 ○○지방국세청장에게 이의신청을 하였 으나 2007. 2. 26. 기각되었고, 2007. 6. 4. 조세심판원에 심판을 청구하였으나 2008. 6. 2. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증의 1, 갑 2 내지 4호증, 갑 23호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이사건각처분의적법여부 가. 원고의주장 (1) 건축공사용역제공을주택신축판매업으로판단한위법 이 사건 토지의 소유자인 나BB, 손CC, 김DD, 전EE(이하 ’나BB 외 3인’이라 한다.)은 1998. 8.경 이 사건 주택에 관한 설계계약을 체결하고, 1999. 12.경 건축허가를 받았으며, 2000. 8.경 공사감리계약을 체결한 후 2000. 10.경 착공신고를 하고, 2003. 11. 12. 건축주가 이FF 외 20인으로 변경된 다음 이FF 외 20인 명의로 2003. 12. 2. 사용승인을 받았는데, 원고는 2000. 6. 2. 나BB 외 3인과 사이에 이 사건 주택 신축공사에 관한 도급계약을 체결한 후 건축주가 변경됨에 따라 도급공사변경 계약을 체결하였고, 이에 따라 건축공사용역을 제공한 것으로서 이 사건 주택을 신축 ・ 분양하는 주택신축판매업을 영위한 것이 아님에도 불구하고, 이 사건 각 처분은 원고가 주택신축판매업을 영위하였음을 전제로 하고 있으며, 피고들은 이 사건 과세의 대상을 건축공사용역의 제공이 아닌 주택의 신축 ・ 분양으로 판단하면서도 과세요건사실 중 하나인 작업진행률을 계산함에 있어 주택건설 용역을 기준으로 이를 산출하였으므로 이 사건 각 처분은 위법하다. (2) 기납부한양도소득세를공제또는환급하지아니한위법 원고는 전EE 명의로 2003. 10. 4. 피분양자들에게 위 102-3, 4 각 토지를 양도하고 2003. 12. 31. 양도소득세 90,283,870원을 신고 ・ 납부하였는바, 피고 ◇◇세무서장은 원고가 위 각 토지를 전EE에게 명의신탁한 것으로 인정하여 원고에게 이 사건 부과처분을 하면서도 원고가 전EE 명의로 신고 ・ 납부한 양도소득세 상당액을 공제하거나 환급하여 주지 않았을 뿐 아니라 익금에 대응하는 손금으로도 인정하지 않았으므로 이 사건 부과처분은 위법하다. (3) 부과제척기간이도과된위법 원고는 1997. 11. 22. 이 사건 주택 중 103호와 전EE 소유의 ▽▽빌라 302호를 교환하였는데, 피고 ◇◇세무서장은 103호의 분양가액을 1997. 11. 22. 당시의 평가액인 450,000,000원으로 결정하였으므로, 위 금액은 1997 사업연도에 귀속되어야 하고, 이에 대한 법인세를 부과할 수 있는 날은 과세표준신고기한의 다음날인 ’1998. 4. 1.’이 어서 그때로부터 부과제척기간 5년이 경과된 후 이루어진 이 사건 부과처분은 위법하다. (4) 손금산입을누락한위법 위 103호의 분양가액을 450,000,000원으로 본다면, 원고가 전EE에게 지급한 소개비 130,000,000원, ▽▽빌라 소개비 80,000,000원, 이주비 70,000,000원 등 합계 280,000,000원이 손금에 산입되어야 함에도 불구하고 이를 손금에 산업하지 아니하였 고, 피고 ◇◇세무서장은 수기로 작성된 메모(갑 21호증)를 근거로 103호의 분양가 액을 결정하였음에도 불구하고 손금을 산입함에 있어서는 위 메모의 기재를 반영하지 않았으므로 이 사건 부과처분은 위법하다. (5) 근거과세원칙을위반한위법 원고는 이 사건 주택 중 601호는 전EE의 장모인 김KK에게, 602호는 전EE에게 양도하고 분양대금조로 합계 300,000,000원을 지급받았으므로, 이에 관한 수입금액은 300,000,000원이 되어야 함에도 불구하고, 피고 ◇◇세무서장은 전EE이 작성한 부동산거래확인서에 기재된 합계 1,200,000,000원을 수입금액으로 산정하였는바, 이는 증빙자료에 근거하여 과세하여야 한다는 근거과세의 원칙을 위반한 것이어서 이 사건 부과처분은 위법하다. 나. 관계법령 별지 l 관계 법령 기재와 같다. 다. 인정사실 (1) 나BB 외 3인은 1998. 8. 10. 이 사건 주택에 관한 설계계약을 체결하고, 1999. 12. 1. ○○시 ○○구청장(이하 ’○○구청장’이라 한다.)으로부터 이 사건 주택의 신축공사에 관한 건축허가를 받았으며, 2000. 10.경 착공신고를 하여 2000. 10. 26. 착공 신고필증을 교부받았고, 2003. 11. 12. 건축주가 나BB 외 3인에서 이FF 외 20인으로 변경되었으며, 그 후 2003. 12. 2. ○○구청장으로부터 사용승인을 받았다. (2) 나BB 외 3인은 2000. 6. 2. 원고와 사이에, 원고가 4,731,518,000원에 이 사건 주택의 신축공사를 도급받는 것을 내용으로 하는 공사도급계약서를 작성하였다가 2001. 2. 7., 2001. 12. 3., 2002. 12. 10., 2003. 4. 28., 2003. 7. 21. 각 공사도급변경 계약서를 작성하여 최종적인 계약금액은 5,314,100,000원이 되었다. (3) 한편, 원고는 1999. 9. 2. 나BB과 사이에,① 원고가 위 102-2 토지 중 나BB의 지분(566.8분의 202.2)과 그 지상 철근콘크리트조 1층 195.84㎡, 지하실 28.12㎡를 대금 750,000,000원에 매수하고(1999. 9. 3. 계약금 50,000,000원을, 1999. 9. 30.까지 중도금 550,000,000원을, 2000. 10. 31.까지 잔금 150,000,000원을 각 지급하기로 하였다), ② 나BB은 중도금을 지급받으면 매매목적물에 등재된 가등기를 말소하고 퇴거 하고, 잔금이행을 담보하기 위하여 건축주의 명의를 보유하며, 잔금을 지급받은 이후에는 원고가 지정하는 자에게 소유권이전등기절차를 이행하여야 하고,③ 양도소득세 등 일체의 공과금은 원고가 부담한다는 내용의 계약을 체결하였다. 원고는, 원고의 실질적 대표자인 강AA으로부터 차용한 돈으로 위 매매대금을 지급하였고, 원고가 나중에 받은 분양대금으로 나BB의 양도소득세 82,905,840원을 납부하였다. (4) 원고는 위 102-2 토지의 지분권자인 김DD, 손CC과 사이에,① 김DD 등은 토지(그 지상 건물을 포함한다.)를 양도하고, 이 사건 주택의 신축공사에 협조하여 완공될 수 있도록 하며,② 원고는 설계, 감리, 인 ・ 허가 등 목적사업을 수행할 수 있도록 준비하여 이 사건 주택의 신축공사를 수행하고, 토지양도의 대가로 김DD 등에게 이 사건 주택의 각 1세대를 분양하여 주며, 차액 330,000,000원을 지급한다는 내용의 약정을 하였다. (5) 원고는 2000. 1. 5. 김DD에게, 2000. 1. 10. 손CC에게 각 330,000,000원을 지급하였고, 이 사건 주택이 완공된 후 301호를 김DD에게, 401호를 손CC에게 각 분양하여 주었다. (6) 이에 앞서 원고는 1999. 5. 4. 당시 위 102-3, 4 토지의 소유자인 방GG으로부터 위 각 토지를 10억 원에 매수하고(1999. 5. 4. 계약금 1억 원을 지급하였고, 1999. 7. 13. 강AA으로부터 차용한 돈으로 중도금 2억 원을 지급하였으며, 1999. 11. 6. 국민은행으로부터 대출을 받아 잔금 7억 원을 지급하였다,), 1999. 11. 1. 전EE 명의로 소유권이전등기를 경료하는 방식으로 이를 명의신탁하였고, 위 102-3, 4 토지에 전EE 명의로 설정된 근저당권의 피담보 대출금의 이자 286,677,080원을 지급하였다. (7) 전EE은 2003. 12. 31. 그 명의로 위 102-3, 4 토지와 관련한 양도소득세 90,283,870원을 납부하였다. (8) 원고는 분양대상자(동호인)를 모집하고 이 사건 주택의 신축 및 분양과 관련된 분양대금의 수령, 지출, 관리 등 모든 업무를 수행하였으며, 총분양대금에서 공사비와 토지 취득가액 등 원가를 공제한 분양수익도 원고에게 귀속되었다. (9) 원고는 1999. 6. 15.부터 2003. 12. 2.까지 사이에 분양대상자들을 모집하여 아 래표 기재와 같이 그들과 사이에 ’분양(동호)인 약정’을 체결한 후 분양대금을 지급받 았는데, 각 약정서에는 분양대상자들은 이 사건 주택신축공사의 원활한 사업진행을 위하여 토지구입, 인 ・ 허가, 착공, 시공, 준공에 따른 모든 업무를 원고에게 위임한다 는 내용이 포함되어 있었다. (10) 원고는 이 사건 세무조사 등을 거치면서, 분양계약서상의 대금의 납부일자에 대 금을 지급받았다는 내용의 금융자료 및 장부 등을 제시하지 못하였으며, 공사원가 지 출에 관한 증빙도 제출하지 못하였다. (11) 원고는 수입금액의 귀속시기 등에 관하여, 과세전 적부심사에서 ’분양가액 총액 을 공사기간 동안 작업진행률 및 분양율을 감안하여 수입금액을 계산하여야 한다.’고 주장하였고, 피고 ○○지방국세청장은 이를 받아들여 다음과 같이 누락수입금액을 산 출하였다. (12) 위와 같은 누락수입금액을 기준으로 한 법인세 및 대표자 상여처분에 의한 소득 금액변동통지금액은 다음과 같고(피고 ○○지방국세청장은 분양수입금액 누락액 중 사 용처가 확인되지 않아 법인의 대표자에게 귀속된 것으로 간주하여야 하는 금액은 이 사건 주택의 분양이 완료된 2003년에 확정되었다고 보아, 누락된 소득금액 1,808,980,000원에 2000년 과다 소득신고분 56,820,000원을 합하여 1,865,800,438원에 대하여 소득금액변동통지를 하였다, 1,000원 미만 절사된 금액, 원), 원고는 이의신청 당시 원고가 이 사건 주택 등과 관련하여 주택신축판매업을 영위하였음에 대하여 이의를 제기하지 않았다. (13) 전EE은 2004. 11. 18. 피고 측 조사과정에서 ○○동 102-6 지상 ▽▽빌라(3층 6세대) 302호를 소유하고 있던 중 1996.경 강AA이 ▽▽빌라 재건축공사를 하였다. 강AA이 자신(전EE)이 배정받을 빌라를 원고에게 양도하면 새로 추진하는 이 사건 주택 1층(101호)을 대물로 주겠다고 제안하여 1997. 11. 22. ▽▽빌라 302호를 원고에게 양도하였으며, 이에 따라 원고와 사이에 ’동호인 주택계약서’를 작성하였고, 이 사건 주택 103호를 대물로 받았다 는 내용의 확인서를 작성 ・ 제출하였다. 한편, 원고와 전EE 사이에 체결된 동호인 주택계약서는 ’건축주’인 전EE이 수급인인 원고에게 도급을 주는 것으로 작성되었고(공급호수 : 101호), 작성일자가 기재되어 있지 않았으며, ’본 계약이 성립되므로 이전약정은 파기한다.’고 기재되어 있었다. (14) 한편, 피고 측 조사과정에서 2004. 11.경 전EE은 602호를 6억 원에 분양받았다 는 내용의 확인서를, 김KK은 601호를 6억 원에 분양받았다 는 내용의 확인서를 각 작성 ・ 제출하였다 (15) 이 사건 주택 중 301호, 401호, 601호, 602호를 제외한 나머지 14세대의 ㎡당 평균분양가는 2,286,139원이고, 여기에 601호의 면적(272.64㎡)을 곱하면 623,292,936 원이, 602호의 면적(310.41㎡)을 곱하면 709,640,406원이 된다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 3 내지 8호증, 갑 10 내지 12호증, 갑 13호증의 1 내지 5, 갑 14호증, 갑 15호증의 1, 2, 갑 16호증, 갑 17호증의 1 내지 12, 갑 18호증의 1, 2, 갑 19 내지 24호증, 을 1호증의 1 내지 3, 을 2호증, 을 3호증의 1, 2, 을 4 내지 6 호증, 을 7호증의 1, 2, 을 제8 내지 20호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지 라. 판단 (1) 건축공사용역제공을주택신축판매업으로판단한위법이있는지여부 (가) 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제 14조 제1항은 과세대상이 되는 소득 ・ 수익 ・ 재산 ・ 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정하고, 제2항은 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득 ・ 수익 ・ 재산 ・ 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다고 규정하여 과세물건의 귀속과 과세표준의 계산에 관한 실질주의를 선언하고 있고, 한편 일반적으로 계약내용을 해석함에 있어서는 당사자가 표시행위에 부여한 객관적 의미를 명백하게 확정하는 것이므로 먼저 서면의 기재 내용에 의하여 당사자가 표시행위에 부여한 객관적 의미를 합리적으로 해석하되 당사자가 표시한 문언에 의하여 객관적인 의미가 명확하게 드러나지 않는 경우에는 문언의 내용과 계약이 이루어지게 된 동기 및 경위, 당사자가 계약에 의하여 달성하려고 하는 목적과 진정한 의사, 거래의 관행 등을 종합적으로 고려하여 사회정의와 형평의 이념에 맞도록 논리와 경험의 법칙, 그리고 사회일반의 상식과 거래의 통념에 따라 합리적으로 해석하여야 할 것인 바, 위와 같은 과세실질주의와 계약의 해석에 관한 법리에 비추어 보면, 이 사건에 있어서 원고가 건축공사용역을 제공한 것인지 아니면 이 사건 주택을 신축하여 판매하는 주택신축판매업을 영위한 것인지 여부는 원고와 이 사건 분양대상자 등 사이에 작성된 약정서의 문언과 계약이 체결된 동기 및 경위, 계약의 목적과 의사, 거래관행은 물론이고, 이 사건 분양대상자들의 수 및 그들 사이의 인적관계, 그들의 인적 구성이 이 사건 주택의 신축을 목적으로 하는 조합 내지는 단체로서 인정될 수 있는지 여부, 건축부지의 매수인이나 건축주 또는 건축공사도급인의 명의, 건축비용의 지급방법과 건축에 따른 손익 정산방법, 주택부지 및 주택의 소유관계, 건축 후의 이용 상황 등을 종합적으로 고려하여 판단해야 할 것이다. 이러한 법리에 비추어 살피건대, 앞서 본 바와 같은 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고가 나BB 외 3인 명의로 착공신고를 할 당시부터 이미 매매계약을 통하여 이 사건 토지에 관한 권리를 확보한 후 불특정 다수인을 상대로 분양대상자를 모집한 점,② 나BB 외 3인과 원고 사이에 형식적으로 공사도급계약이 체결되었으나 그 내용은 원고가 이 사건 신축공사에 관한 사업을 수행하고, 나BB 등은 형식상 건축주 명의를 유지하면서, 그 소유 토지를 제공하고 매매대금을 받거나 나중에 분양되는 이 사건 주택 일부를 대물로 받기로 약정한 것으로 보이는 점,③ 원고는 분양대상자를 모집하고 분양과 관련된 분양대금의 수령, 지출, 관리 등 모든 업무를 수행하였고, 총분양대금에서 공사비와 토지 취득가액 등 원가를 공제한 분양수익도 원고에게 귀속된 점,④ 분양대상자들은 유사한 주택수요를 가졌다는 것 외에는 별다른 공통점이나 인적관계가 없는 점,⑤ 이 사건 분양대상자들은 동호회를 구성하여 총회 등을 개최한 사실이 없고, 원고와 사이에 직접 공사도급계약을 체결한 사실이 없으며, 이 사건 주택의 신축에 관하여 전혀 관여한 바 없이 분양대금을 일반적인 주택분양계약에서와 유사한 방식으로 지급한 점,⑥ 원고가 분양대상자 등에게 건축비용의 사용내역을 구체적으로 공개 하거나 이 사건 주택의 완공을 전후하여 손익에 대한 정산절차를 전혀 거친 바 없는 점,⑦ 원고도 이의신청 당시 피고들이 원고를 주택신축판매업자로 본 것에 대하여 다투지 아니하였던 점을 종합하면, 형식적으로 원고를 수급인으로 하는 도급계약이 체결되고, 건축주 명의변경을 거쳐 분양대상자들 명의로 사용승인을 받은 것으로 되어 있다고 하더라도 실질적으로는 원고가 이 사건 주택을 신축하여 분양한 것으로 봄이 상당하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. (나) 또한, 피고들이 작업진행률을 잘못 적용한 위법이 있는지 여부에 관하여 살피건대, 앞서 본 바와 같이 이 사건 세무조사 등을 거치면서, 원고가 분양계약서상의 대 금 납부일자에 대금을 지급받은 금융자료 및 장부 등을 제시하지 못하였고, 공사원가 지출에 관한 증빙도 제출하지 못하였으므로, 피고 ◇◇세무서장은 법인세법 제40조 제2항, 법인세법 시행령 제69조 제2항 단서, 법인세법 시행규칙 제34조 제3항에 따라 작업진행률을 계산할 수 없다고 보아 주택신축판매업으로 인한 익금과 손금을 목적물 의 인도일이 속하는 사업연도인 2003년의 익금과 손금에 각각 산입하여야 할 것임에 도 불구하고, ’공사기간 동안 작업진행률 및 분양율을 감안하여 수입금액을 계산하여야 한다.’는 원고의 주장을 받아들여 공사도급금액 등의 자료에 기하여 주택신축판매업의 작업진행률을 계산하였던바, 이는 법인세법 제40조 제2항, 법인세법 시행령 제69조 제2항에 위반되어 위법하다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다(한편, 피고 ○○지방국세청장은 분양수입금액 누락액 중 사용처가 확인되지 않아 법인의 대표자에게 귀속된 것으로 간주하여야 하는 금액은 이 사건 주택의 분양 및 인도가 완료된 2003년에 확정되었다고 보아, 누락된 소득금액 1,808,980,000원에 2000년 과다 소득신고분 56,820,000원을 합하여 1,865,800,438원에 대하여 소득금액변동통지를 한 것이므로, 이러한 소득금액변동통지 처분에는 위와 같은 위법사유가 있다고 할 수 없다). (2) 기납부한 양도소득세를 공제하거나 또는 환급 등을 하지 아니한 위법이 있는지 여부 부동산을 제3자에게 명의신탁한 경우 명의신탁자가 부동산을 양도하여 그 양도로 인한 소득이 명의신탁자에게 귀속되었다면, 국세기본법 제14조 제1항 등에서 규정하고 있는 실질과세의 원칙상 당해 양도소득세의 납세의무자는 양도의 주체인 명의신탁자이지 명의수탁자가 그 납세의무자가 되는 것은 아니고, 명의신탁된 부동산의 양도로 인한 자산양도차익 예정신고・납부를 해야 하는 자는 양도의 주체인 명의신탁자라고 할 것이므로 명의수탁자의 명의로 신고・납부한 것은 납세의무자의 적법한 신고・납부로 볼 수 없다고 할 것이다(대법원 1997. 10. 10. 선고 96누6387 판결 참조). 이 사건에 있어서, 명의수탁자인 전EE 명의로 신고 ・ 납부한 양도소득세는 원고가 이를 적법하게 신고 ・ 납부한 것으로 볼 수 없으므로, 위 금액이 원고에 대한 세액공제나 환급의 대상이 된다거나 익금에 대응하는 손금으로 인정될 수는 없다고 할 것이어서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다{원고가 위 양도소득세 납부에 사용된 돈을 실질적으로 부담하였는지에 관하여도,① 원고는 전EE의 양도소득세를 대납하였다고 하면서도 그 자금의 출처에 대하여 회계장부 등의 분명한 증빙자료를 제시하지 못하고 있는 점,② 양도소득세 납부일 하루 전인 2003. 12. 30. 전EE이 원고 직원인 한HH의 계좌로 43,920,200원을 입금한 점,③ 원고가 이 사건 주택 부지의 양도소득세와 관련하여 분양대상자(동호인)들로부터 양도소득세 명목으로 180,567,740원을 받는다는 내용의 문서(을 제7호증의 2)를 작성하였고, 전EE이 전항 기재와 같이 입금한 돈의 액수가 위 문서의 기재 내용과 일치하는 사정에 비추어 원고가 납부하였다는 위 양도소득세의 실질적 부담자는 전EE 등의 분양대상자라고 의심되는 점 등 제반 사정을 종합하면, 원고가 실질적으로 위 돈을 출연하였음을 인정하기도 어렵다. (3) 부과제척기간이도과된위법이있는지여부 ① 앞서 본 바와 같이 전EE이 확인서에 기재한 '1997. 11. 22.’은 이 사건 주택에 관한 신축공사가 착공되기 전이고, 원고와 전EE 사이의 체결된 동호인 주택계약서에는 그 계약체결일이 기재되어 있지 않았을 뿐 아니라 전EE이 건축주로 기재되어 있고, ’이전 약정은 파기한다・’라고 기재된 것으로 보아 이는 적어도 전EE 등이 건축 허가를 받은 1999. 12.경 이후에 체결된 것으로 보이는 점,② 원고와 전EE 사이에 종전에 체결된 1997. 11. 22.자 계약은 ▽▽빌라 302호를 450,000,000원으로 평가하여 나중에 교환하고자 하는 약정으로 봄이 상당한 점,③ 이 사건 주택신축판매업으로 인한 익금과 손금은 앞서 본 바와 같이 목적물의 인도일이 속하는 사업연도인 2003년의 익금과 손금에 각각 산입하여야 하는 점 등 제반 사정을 종합하면, '1997. 11. 22.’을 103호에 대한 분양대금의 귀속시기로 볼 수는 없으므로, 103호의 취득대금의 귀속시기가 1997년임을 전제로 하는 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. (4) 손금산입을누락한위법이있는지여부 납세의무자가 법인세의 과세표준 등 신고에 있어 신고 누락한 매출액 등의 수입이 발견되면 과세청으로서는 그 누락된 수입을 익금에 산입할 수 있고, 만약 납세의무자가 과세표준 등 신고에 있어 익금에 산입될 수입의 신고만을 누락한 것이 아니라 손금에 산입될 비용에 관하여도 신고를 누락한 사실이 있는 경우에는 그와 같이 비용을 신고누락하였다는 사실에 관하여는 그 비용의 손금산입을 주장하는 자의 입증에 의해 비용의 존재와 비용액을 가려야 할 것이다. 매출누락수입에 대응하는 별도비용의 지출 이 있다는 납세의무자의 입증이 없는 한 그 누락수입에 대응하는 비용을 다시 공제할 필요가 없이 누락수익 전액을 누락소득으로 보면 된다고 하는 견해는 납세의무자가 그 수입 중 일부의 신고를 누락하여 과소신고하는 경우에도 비용만큼은 누락 없이 전부 신고하는 것이 통상적이라는 경험칙을 바탕으로 그와 다른 이례적 사정, 즉 납세의무 자가 손금에 산입할 비용 중 일부를 스스로 누락하여 과소 신고하였다는 특별한 사정 에 관하여는 납세의무자가 입증케 함이 타당하다는 입증책임 일반의 원칙에 부합하는 것이기도 하다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10695 판결 참조). 이러한 법리에 비추어 살피건대,① 갑 21, 23호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 강AA이 날인하고 전EE이 간인한 메모에 102-6호 5층 건 450,000,000원, 이주비 80,000,000원, 건축비 50,000,000원, ◇◇동 130 한JJ(핸드링 비) 30,000,000원, ○○동 102-4, 5호 핸드링비 100,000,000원 이라고 기재되어 있고, 원고도 위 불복절차에서 위 메모에 기하여 ▽▽빌라 302호의 가액이 450,000,000원인 점을 다투지 아니한 사실이 인정되므로, 피고 ◇◇세무서장이 ▽▽빌라 302호의 가액을 450,000,000원으로 인정한 것은 수긍이 가는 점,② 위 기재에 의하더라도 ◇◇ 동 130, ○○동 102-4, 5호 관련 소개비는 이 사건 주택의 신축비용과 관련이 없는 것으로 보이는 점,・ 원고와 전EE이 ▽▽빌라 302호와 103호를 장래에 교환하기로 하는 약정을 함에 있어서 원고가 전EE의 이주비 및 건축비를 부담한다는 것은 경험칙 상 믿기 어려운 점,③ 원고가 실제로 이주비 및 건축비 명목으로 지출한 비용에 관한 증빙자료를 전혀 제출하지 못하고 있는 점 등 제반 사정을 종합하면, 원고가 주장하는 위 비용을 손금에 산입할 수는 없다고 할 것이고, 달라 이와 관련하여 손금에 산입할 비용이 발생하였다거나 원고 스스로 이를 누락하여 과소신고 하였음을 인정할 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. (5) 근거과세원칙을위반한위법여부 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없다고 할 것이다(대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결 참조). 이러한 법리에 비추어 살피건대,① 이 사건 주택 중 301호, 401호, 601호, 602호를 제외한 나머지 14세대의 ㎡당 평균분양가는 2,286,139원이고, 여기에 601호의 면적 (272.64㎡)을 곱하면 623,292,936원이, 602호의 면적(310.41㎡)을 곱하면 709,640,406원이 되므로, 위 각 확인서의 분양가액에 대한 기재는 신빙성이 있는 것으로 보이는 점, ② 전EE이 당심에서 ’이 사건 주택 중 601, 602호 분양과 관련하여, 602호를 선분양 받은 사람에게 5억 원을 지급하고, 은행대출금 7억 원을 인수하는 방식으로 12억 원을 부담하였다.’고 진술한 점,③ 과세과정에서 원고가 위 601, 602호의 가액이 12억 원인 것에 관하여 다투지 아니하였던 점 등 제반 사정을 종합하면, 전EE과 김KK의 확인서는 신빙성이 있다고 할 것이어서, 이와 다른 전제에 있는 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. (6) 정당한세액의계산 과세처분의 취소를 구하는 소송에서 그 과세처분의 위법 여부는 그 과세처분에 의하여 인정된 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부에 의하여 결정된다(대법원 1982. 5. 11. 선고 81누296 판결, 대법원 1999. 9. 3. 선고 98두4993 판결 등). 따라서, 과세관청이 과세표준과 세액의 산출 ・ 결정과정에서 잘못을 저질러 과세처분이 일단 위법한 경우라도, 그와 같이 하여 부과고지된 세액이 정당한 산출 세액의 범위를 넘지 아니하고 잘못된 방식이 과세단위와 처분사유의 범위를 달리하는 정도의 것이 아니라면, 정당세액 범위 내의 부과고지처분에 해당되어 결과적으로 위법하지 않고, 따라서 이를 취소할 것이 아니다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10695 판결, 대법원 1993. 9. 28.선고 92누10180 판결 등). 이러한 법리에 비추어 살피건대, 앞서 본 바와 같이 피고 ◇◇세무서장은 법인세법 제40조 제2항, 법인세법 시행령 제69조 제2항 단서, 법인세법 시행규칙 제34조 제3항에 따라 작업진행률을 계산할 수 없다고 보아 주택신축판매업으로 인한 익금과 손금을 목적물의 인도일이 속하는 사업연도인 2003년의 익금과 손금에 각각 산입하여야 할 것임에도 불구하고, 공사도급금액 등의 자료에 기하여 주택신축판매업의 작업진행률을 계산한 잘못이 있다고 할 것이나, 한편 위 각 조항에 따라 원래 원고에게 부과되었어야 할 세액을 산정하면 별지 2 기재와 같이 1,748,183,828원이 되므로(을 제13, 21, 22호증의 각 기재, 변론 전체의 취지), 이 사건 부과처분에 따른 법인세 부과액 1,083,959,734원이 위 각 조항에 기하여 계산된 정당한 세액을 초과하지 않음이 명백 하다. 따라서, 이 사건 부과처분은, 비록 위 각 조항에 위반하여 작업진행률을 잘못 적 용한 잘못이 있으나, 원고에게 부과고지된 세액이 원고가 부담하여야 할 정당한 세액 의 범위를 넘지 아니하는 이상 결과적으로 적법하므로, 이를 취소할 수 없다고 할 것 이다. 3. 결 론 그렇다면, 원고의 피고들에 대한 청구는 모두 이유 없어 이를 기각할 것인바, 원심판결 중 피고 ◇◇세무서장에 대한 부분은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로(원고의 피고 ◇◇세무서장에 대한 청구 중 2003년 귀속 소득금액변동통지처분 부분은 당심에서 이루어진 피고의 경정으로 취하되어 이에 대한 원심판결은 실효되었다.), 이에 대한 원고의 항소와 당심에서 추가된 원고의 피고 ○○지방국세청장에 대한 청구는 모두 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2008누1312

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

법인세법 시행령 제69조

소득세법 시행령 제192조

법인세법 제40조

국세기본법 제14조

법인세법 시행규칙 제34조

[ 참조판례 ]