+ - 북마크 저장 [행정] 1심사건

서울행정법원 2009.06.18 선고 2008구합17318 판결

비영리법인 수익 비용발생 구분이 불분명한 경우 수익사업과 비수익사업에 따라 안분계산함[국패] 비영리법인이 특정한 수익 또는 비용이 수익사업 또는 비수익사업 중 어디에서 발생하였는지가 불분명한 경우에는 공통익금 또는 공통손금으로서 구분경리의 필요없이 구분계산의 방법에 따라 수익사업과 비수익사업에 안분계산하여야 함

【주문】 1. 피고가 원고에 대하여 한 2005. 3. 10.자 1999 사업연도 법인세 459,316,330원의 부과처분, 2005. 10. 10.자 2000 사업연도 법인세 2,652,045,540원의 부과처분, 2005. 10. 10.자 2001 사업연도 법인세 1,553,877,420원의 부과처분, 2005. 10. 27.자 2002 사업연도 법인세 1,365,440,980원의 부과처분, 2005. 10. 27.자 2003 사업연도 법인 세 712,030,410원의 부과처분을 모두 취소한다. 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 【청구취지】 주문과 같다. 【이유】 1. 처분의경위 가. 원고의실업대책사업활동 원고는 1995. 5. 1. 산업재해보상보험법에 의하여 설립된 비영리법인으로 노동부장관 의 실업대책사업 위탁에 따라 고용안정채권 발행(총 1조 5,234억 5,000만 원), 정부로 부터 재정융자특별회계자금 차입(1,800억 원), 한국산업은행으로부터 IBRD차관자금 재 차입(미화 212,239,122.75불, 5년 거치 10년 분할상환 조건) 등의 방법으로 실업대책사업자금을 조성하여 금융기관에 예금, 수익증권 등의 형태로 예탁 • 운용하면서, 1998 사업연도부터 은행에 자금을 예치하고 일정한 자격요건을 갖춘 실업자에게 은행을 통 하여 생활안정자금(생계비, 의료비, 혼례비, 장례비 등), 주택자금, 생업자금, 영업자금, 가계안정자금 등을 소정의 이자율로 대부하고 실업자가 은행에 납입하는 이자 중 은행 의 수수료를 제외한 나머지 이자를 은행으로부터 예금이자의 형식으로 지급받는 내용 의 사업(이하 ’간접대부사업’이라 한다)을 하여 왔고, 1999 사업연도부터 점포를 임차하여 일정한 자격요건을 갖춘 창업희망 여성가장실업자, 장기실업자에게 제공하고 그로부터 임대차보증금에 대한 소정의 이자율에 따른 이자를 직접 지급받는 내용의 사업(장기실업자를 대상으로 하는 사업은 2000 사업연도부터 실시되었다, 이하 ’직접대부사업’이라 한다)을 하여 왔다(이하 직접대부사업과 간접대부사업을 통틀어 ’이 사건 사업’ 이라 한다). 나. 원고의법인세신고 원고는 1998 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준 및 세액을 신고함에 있어서 외화채무인 IBRD-차관자금 재차입금에서 발생한 외화환산이익 43,657,587,540원에 관하여 환율조정계정을 설정하여 1998 사업연도부터 상환기간 동안의 매 사업연도에 균등 액을 환입하여 수익사업의 익금에 산입하는 방식으로 처리하지 않고 그 전액을 1998 사업연도의 비수익사업 회계에 계상하였고, 1999 - 2003 사업연도의 소득에 대한 법인 세 과세표준 및 세액을 신고함에 있어서 간접대부사업을 통한 이자수입 및 실업대책사업자금 중 금융기관에 예탁ㆍ운용한 여유자금의 이자 등 수입을 수익사업 회계에 계상 하여 익금에 산입함과 동시에 그 수입금액을 고유목적 사업준비금으로 설정하여 손금에 산입하는 한편, 직접대부사업을 통한 이자수입, 이 사건 사업의 전체 비용(사업자금에 대한 지급이자 및 인건비, 운영비 등 기타 사업비용), IBRD차관자금 재차입금에서 발생한 외화환산손익을 비수익사업 회계에 계상하였다. 다. 피고의법인세경정 피고는 2005. 2. 1.부터 2005. 3. 10.까지 사이에 원고에 대한 세무조사를 실시한 다 음, 원고가 비수익사업 회계에 계상하였던 1999 - 2003 사업연도의 직접대부사업 이자 수입을 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3 조 제2항 제1호의 수익사업(금융 및 보험 관련 서비스업)에서 생긴 소득으로 보아 수 익사업의 익금에 산업하고, 원고가 비수익사업 회계에 계상하였던 1999 - 2003 사업연도의 이 사건 사업의 전체 비용 중 직접대부사업에 관한 부분만을 법인세법 시행규칙 제76조에 따라 안분계산하여(지급이자 비용은 이 사건 사업 자금으로 조달된 차입금 적수 중 직접대부사업의 점포 임대차보증금 투입금 적수가 차지하는 비율로, 기타 사업비용은 직접대부사업과 간접대부사업 및 여유자금 운용에 따른 이자 등 수입의 합산 액에서 직접대부사업의 이자수입이 차지하는 비율로 안분계산하였다) 수익사업의 손금 에 산입하고, 원고가 비수익사업 회계에 계상하였던 1999 - 2003 사업연도의 IBRD차관자금 재차입금의 외화환산손익을 전액 수익사업의 익금 및 손금에 산업하고, 원고가 비수익사업 회계에 계상하였던 1998 사업연도의 IBRD차관자금 재차입금의 외화환산이 익 43,657,587,540원에 관하여 환율조정계정을 설정하여 상환기간 15년 동안의 매 사업연도의 균등액인 2,910,505,836원을 1999 - 2003 사업연도의 수익사업의 익금에 산 입하는 등의 방식으로 원고의 1999 - 2003 사업연도의 법인세를 경정하여(원고가 법인세 신고시 비수익사업 회계에 계상한 관광실업대책사업의 수입 및 이에 대응하는 정 부위탁수수료, 민간경상이전비용은 그대로 비수익사업의 수익ㆍ비용으로 보았다), 2005. 3. 10.경 원고에 대하여 1999 사업연도 법인세 7,814,362,970원을 부과하였고, 2005. 3. 17.경 원고에 대하여 2000 사업연도 법인세 2,129,478,400원 및 2001 사업연도 법인세 2,496,463,790원을 환급하고, 2002 사업연도 법인세 6,904,857,000원 및 2003 사업연도 법인세 1,017,855,610원을 부과하겠다는 내용의 과세예고통지를 하였다. 라. 피고의 법인세 재경정 원고는 피고의 1999 사업연도 법인세 부과처분 및 2000 - 2003 사업연도 법인세 과 세예고통지에 대하여 이의신청 및 과세전적부 심사청구를 하였는데, 국세청장은 2005. 9. 23. 원고의 1999 - 2003 사업연도 직접대부사업의 소득금액을 계산함에 있어서는 1999 - 2003 사업연도의 IBRD:차관자금 재차입금의 외화환산손익 전액을 익금 및 손금에 산입할 것이 아니라 그 외화환산손익 중 직접대부사업에 관한 부분만을 안분계산 하여(이 사건 사업 자금으로 조달된 차입금 적수 중 직접대부사업 투입금 적수가 차지하는 비율로 안분계산하였다) 익금 및 손금예산입하여야 한다는 내용의 결정을 하였고, 이에 따라 피고는 2005. 10. 10.경 원고에 대한 1999 사업연도 법인세를 462,456,574원으로 감액경정하고, 원고에 대하여 2000 사업연도 법인세 2,856,063,760 원, 2001 사업연도 법인세 1,579,553,340원, 2002 사업연도 법인세 1,299,459,780원, 2003 사업연도 법인세 665,105,790원을 부과하였다. 그 후 피고는 2005. 10. 27.경 계 산상 오류를 이유로 원고에 대한 1999 사업연도 법인세를 459,316,330원으로, 2000 사업연도 법인세를 2,652,045,540원으로, 2001 사업연도 법인세를 1,553,877,420원으로 감액경정하는 한편, 원고에 대하여 2002 사업연도 법인세를 1,365,440,980원으로, 2003 사업연도 법인세를 712,030,410원으로 증액경정하여 당초 부과액과의 차액을 추가로 부과하였다(이하 위와 같은 증액경정 및 감액경정을 통하여 확정된 피고의 2005. 3. 10.자 1999 사업연도 법인세 459,316,330원의 부과처분, 2005. 10. 10.자 2000 사업연도 법인세 2,652,045,540원의 부과처분 및 2001 사업연도 법인세 1,553,877,420원의 부과처분, 2005. 10. 27.자 2002 사업 연도 법인세 1,365,440,980원의 부과처분 및 2003 사업연도 법인세 712,030,410원의 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 갑 제1, 2, 3, 6, 8, 9, 10, 16호증(가지번호 있는 것은 가지변호 포함), 을 제2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이사건처분의적법여부 가. 원고의주장 (1) 신의성실 원칙, 소급과세금지 원칙, 중복조사금지 원칙 위배 서울지방국세청장은 2002. 2. 25.부터 2002. 4. 16.까지 사이에 원고의 1999 - 2000 사업연도의 법인세 등에 관한 세무조사를 실시하면서 원고의 사업별로 수익사업인지 여부를 판단하고 그에 따라 법인세 등을 부과하였는데, 당시 직접대부사업이 수익사업 에 해당하는지에 관하여 판단함이 없이 비수익사업에 해당하는 것을 전제로 세무조사를 종결하였고, 그 세무조사결과를 믿은 원고는 직접대부사업을 비수익사업으로 보아 회계처리를 하고 법인세 신고를 하여 왔는바, 서울지방국세청장은 위 세무조사 당시 직접대부사업이 비수익사업에 해당한다는 공적 견해를 표명한 것이고, 원고에게는 그 와 같은 공적 견해를 믿은 데에 귀책사유가 없으므로, 직접대부사업이 수익사업에 해 당하는 것으로 보아 이루어진 피고의 이 사건 처분은 국세기본법 제15조의 신의성실의 원칙에 위배되고, 설령 서울지방국세청장이 위 세무조사 당시 직접대부사업이 수익사업에 해당하는 것으로 판단하였다고 하더라도 원고에게 그에 따른 법인세를 과세함이 없이 세무조사를 종결함으로써 직접대부사업에서 생긴 수익을 법인세의 과세대상으로 삼지 않겠다는 묵시적 의사를 표명한 것이므로, 피고의 이 사건 처분은 국세기본법 제 18조 제3항의 소급과세금지의 원칙에도 위배된다. 또한, 서울지방국세청장이 원고의 1999 - 2000 사업연도의 법인세에 관하여 세무조사를 실시하였는데도, 그 후 피고가 다시 원고의 1999 - 2000 사업연도의 법인세에 관하여 세무조사를 실시한 것은 구 국 세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의3 제2 항의 중복조사금지 원칙에 위배되므로, 피고의 이 사건 처분 중 1999 사업연도 법인세 부과처분 및 2000 사업연도 법인세 부과처분은 위법하다. (2) 실체적위법사유 (가) 원고가 조직 및 운영에 있어서 노동부장관 등 정부기관의 감독과 통제를 받는 등 공익적 성격이 매우 강한 점, 원고가 이 사건 사업 자금을 차입하여 노동부장관이 설치한 근로자복지진흥기금의 재원으로 관리ㆍ운용하였고, 이 사건 사업의 대부이자율 의 결정에 관하여 노동부장관의 승인을 얻어야 하였던 점, 이 사건 사업의 대부이자율 은 이 사건 사업 자금으로 조달된 차입금의 가중평균금리보다 낮거나 약간 높은 정도 에 불과하여 그 이자수입이 사업비용을 충당하기에도 부족한 수준이고, 이 사건 사업 에 따른 수익은 근로자복지진흥기금의 재원으로 편입되는 점 등에 비추어 보면, 이 사 건 사업은 구 법인세법 제3조 제2항의 수익사업에 해당하지 않으므로, 원고가 이 사건 사업에서 얻은 수익은 법인세의 과세대상이 되지 않는 것이고, 이 사건 사업이 수익사업에 해당함을 전제로 하는 피고의 이 사건 처분은 위법하다. (나) 설령 이 사건 사업이 수익사업에 해당한다고 하더라도, 원고의 1999 - 2003 사업연도의 법인세를 산정함에 있어서는 당초 비수익사업 회계에 계상되었던 직접대부사업의 이자수입뿐만 아니라 이 사건 사업의 전체 비용 및 IBRD차관자금 재차입금의 외화환산 손익도 전부 수익사업의 익금 및 손금에 통산되어야 하는 것이므로, 이 사건 사 업 비용 및 IBRD차관자금 재차입금의 외화환산손익 전부를 수익사업의 익금 및 손금에 산입함이 없이 그 중 직접대부사업에 관한 부분만을 안분계산하여 수익사업의 익금 및 손금에 산입하여 이루어진 피고의 이 사건 처분은 위법하다. (다) 설령 이 사건 사업의 수입, 비용 등의 통산이 허용되지 않는다고 하더라도, 피고가 원고의 1999 - 2003 사업연도 법인세를 산정함에 있어서 이 사건 사업의 인건비 등 기타 사업비용(지급이자 비용을 제외한 부분) 중 직접대부사업에 관한 부분을 안분 계산한 방식은 여유자금 운용에 따른 이자 등 수입이 직접대부사업 및 간접대부사업의 공통익금에 해당함에도 이를 별도의 사업에서 발생한 사업외 소득으로 취급하여 계산한 것이어서 위법하고, 설령 그렇지 않다고 하더라도 피고가 원고의 1998 사업연도 IBRD 차관자금 재차입금의 외화환산이익에 관하여 환율조정계정을 설정하여 상환기간 15년 동안의 매 사업연도의 균등액을 1999 - 2003 사업연도의 수익사업의 익금에 산입한 것은 원고의 1998 사업연도 법인세에 관하여 부과제척기간 내에 세무조정상 환율조정 계정이 설정된 바 없음에도 그 부과제척기간이 경과한 후에 현실적으로 존재하지 않는 환율조정계정의 존재를 전제로 하여 이루어진 것이고, 그 익금산입액은 1998 사업연도에 실시된 간접대부사업의 개별익금으로서 직접대부사업의 익금에는 산입될 수 없는 것이며, 설령 그렇지 않다고 하더라도 그 익금산입액을 직접대부사업과 간접대부사업 에 관한 부분으로 안분계산하여 그 중 직접대부사업에 관한 부분만을 직접대부사업의 익금에 산입하는 방식으로 처리하지 않고 그 익금산입액 전부를 직접대부사업의 익금 에 산입할 수는 없는 것이므로, 피고의 이 사건 처분은 위법하다. 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다. 다. 인정사실 (1) 원고는 그의 명의로 1998 사업연도에 고용안정채권(비실명) 8,734억 5,000만 원 상당을 고정금리 연 7.5%로 발행하고, 정부로부터 2회에 걸쳐 재정융자특별회계 융자 자금 합계 1,800억 원을 변동금리로 차입하고, 한국산업은행으로부터 IBRD차관자금 미 화 212,239,122.75불을 변동금리로 차입하고(매년 5월과 11월에 금리가 변동되었는데, 1998. 5. - 2001. 5.의 기간에 연 6.03 - 7.87%, 2001. 11.에 연 5.01%, 2002. 5. - 2003. 11.의 기간에 연 2.2 - 3.01%의 금리가 적용되었다), 1999 사업연도에 5회에 걸쳐 고용안정채권(설명) 합계 5,000억 원 상당을 고정금리 연 6.84 ~ 8.97%로 발행하고, 2001 사업연도에 고용안정채권(설명) 1,500억 원 상당을 고정금리 연 6.25%로 발행하는 등으로 이 사건 사업 자금을 조달하여 노동부장관이 설치한 근로자복지진흥기금의 재원으로 관리하면서 직접대부사업 및 간접대부사업의 대부금으로 투입하는 한편, 그 자금 중 대부금으로 투입되지 않은 여유자금을 금융기관에 예금, 수익증권 등의 형태 로 예탁ㆍ운용하였다. (2) 원고가 1998 사업연도부터 실시한 간접대부사업은 은행과 사이에 대부사업에 관한 약정을 체결하고 사업자금을 은행에 예금의 형식으로 예치한 상태에서 실업자의 대부 신청이 원고가 정한 대부자격요건을 충족하는지를 심사하여 그 요건을 충족하는 것으로 판단되는 경우에 대부예정자로 결정하고, 은행은 원고에 의하여 대부예정자로 결정된 자에 대하여 보증 및 담보 요건을 심사하여 금원을 대부한 다음, 그로부터 소정의 이자율에 따른 이자를 지급받아 은행의 수수료를 제외한 나머지 이자를 원고에게 예금이자의 형식으로 지급하는 방식으로 실시되어 왔고, 원고가 1999 사업연도부터 실시한 직접대부사업은 간접대부사업 실시 결과 보증 및 담보 요건을 충족하지 못하는 대부 신청자에 대하여 대부가 이루어지지 않는 문제점이 드러남에 따라 이를 개선하기 위한 무보증 • 무담보 방식의 대부사업으로, 창업을 희망하는 여성가장실업자, 장기실업 자의 신청을 받아 대상자를 선정한 다음, 점포를 임차하여 대상자에게 제공하고 그로부터 임대차보증금에 대한 소정의 이자율에 따른 이자를 직접 지급받는 방식으로 실시되어 왔다. (3) 원고는 1998 ~ 2003 사업연도에 간접대부사업을 실시함에 있어서 이 사건 사업 자금 중 고정금리인 고용안정채권(비실명)의 금리 연 7.5%에 대부계약업무를 처리할 은행에 대한 수수료를 가산한 연 9.5%(생활안정자금 중 생계비 및 가계안정자금은 연 8.5%)를 대부이자율로 결정하여 은행으로 하여금 그 대부이자율로 대부계약을 체결하도록 하였고, 1999 - 2003 사업연도에 직접대부사엽을 실시함에 있어서 1999 사업연도에는 간접대부사업과 같은 수준인 연 9.5%로 대부이자율을 결정하고, 2000 - 2003 사업연도에는 간접대부사업의 대부이자율 연 9.5%에서 은행 수수료율을 제외한 연 7.5%를 대부이자율로 결정하여 대부업무를 처리하였다. (4) 원고는 1999 - 2003 사업연도를 통틀어 이 사건 사업 자금 중 약 3.8%를 직접 대부사업에, 약 40%를 간접대부사업에 투입하고, 이 사건 사업 자금 중 약 56.2%를 여 유자금으로 금융기관에 예탁 • 운용하였다. (5) 한편, 서울지방국세청장은 2002. 2. 25.부터 2002. 4. 16.까지 사이에 원고의 1996 - 2000 사업연도 법인세 등에 대한 세무조사(이하 ‘1차 세무조사’라 한다)를 실시 한 결과, 고유목적사업 준비금의 과다손금추인 등을 부인하고, 수익사업 회계에 계상된 비수익사업의 손익을 부인하고, 비수익사업 회계에 계상된 복권사업수익을 수익사업의 익금에 산입하고, 공통손금 과다계상분을 손금부인하고, 비수익사업 회계에서 수익사업 회계로 전출된 금액을 수익사업의 익금에 산입하고, 임의설정된 복권판매충당금을 손 금부인하고, 수익사업과 관련 없는 국고보조금 등을 익금불산입하는 등의 조정을 거쳐 원고의 각 사업연도 소득을 계산하여 원고에 대한 1996 - 2000 사업연도 법인세를 부 과하였는데, 당시 원고가 1998 - 2000 사업연도의 비수익사업 회계에 계상한 직접대부 사업의 이자수입, 이 사건 사업비용, IBRD~차관자금 재차입금의 외화환산손익 부분을 수익사업의 익금 또는 손금에 산입하는 등의 조치를 취한 바는 없다. 그 후 피고는 2004. 8. 24. 원고가 IBRD차관자금을 사업자금으로 차입하여 실업자에 게 대부하고 이자수입과 환차익을 얻는 수익사업인 이 사건 사업을 하였으면서도 IBRD차관자금 재차입금의 외화환산손익을 수익사업의 익금 및 손금에 산입함이 없이 비수익사업 회계에 계상하는 방법으로 장기간 법인세를 탈루하였다는 내용의 탈세제보를 받았는데, 그 탈세제보에는 이 사건 사업이 수익사업에 해당하는 근거에 관한 검토 의견, 원고의 1998 - 2002 사업연도의 IBRD차관자금 재차입금 외화환산손익의 구체적 인 금액과 그에 관한 세무조정을 할 경우 각 사업연도의 익금 또는 손금에 산입될 구체적인 금액 등이 기재되어 있고, 원고의 이 사건 사업을 비롯한 사업별 소득구분계산 서, 원고의 수익사업 및 비수익사업 손익계산서 등의 관련 서류가 첨부되어 있었으며, 이 에 따라 피 고는 2005. 2. 1.부터 2005. 3. 10.까지 사이 에 원고의 1999 - 2003 사업연도 법인세에 대한 세무조사(이하 ’2차 세무조사’라 한다)를 실시하여 그 조사결과에 따라 이 사건 처분을 하였다. [인정근거] 갑 제8 내지 14, 17 내지 26, 41호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포 함), 을 제5, 7 내지 12, 14호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지 라. 판단 (1) 신의성실 원칙, 소급과세금지 원칙, 중복조사금지 원칙 위배 주장에 관하여 위 인정사실에서 본 바와 같이 서울지방국세청장이 원고의 1996 - 2000 사업연도 법인세 등에 관하여 1차 세무조사를 실시하여 수익사업 회계에 계상된 비수익사업의 손익을 적출하여 이를 부인하고 복권사업수익이 비수익사업 회계에 계상된 것을 적출 하여 이를 수익사업의 익금에 산입하는 등의 조치를 취하면서도, 원고의 1998 - 2000 사업연도 비수익사업 회계에 계상된 직접대부사업 이자수입, 이 사건 사업비용, IBRD 차관자금 재차입금의 외화환산손익 부분에 관하여는 수익사업의 익금 또는 손금에 산 입하는 조치를 취하지 않은 사실은 인정되나, 이와 같은 사정만으로 서울지방국세청장이 1차 세무조사 당시 직접대부사업이 비수익사업에 해당한다는 공적 견해를 표명하였다거나 직접대부사업과 관련된 수익을 과세의 대상으로 삼지 않겠다는 묵시적 의사를 표명한 것으로 볼 수는 없으므로(갑 제49호증의 1, 2, 제50호증의 1, 2, 3, 제51호증의 1, 2의 각 기재 및 증인 서윤조의 증언만으로는 이를 인정하기에 부족하다), 피고의 이 사건 처분이 국세기본법 제15조의 신의성실의 원칙이나 국세기본법 제18조 제3항의 소급과세금지의 원칙에 위배된다고 할 수는 없다. 또한, 위 인정사실에서 본 바와 같이 서울지방국세청장이 1차 세무조사 당시 이미 조사한 바 있는 원고의 1999 - 2000 사업연도 법인세 부분에 관하여 피고가 다시 2차 세무조사를 실시한 사실은 인정되나, 피고의 2차 세무조사는 원고에 대한 서울지방국세청장의 1차 세무조사 당시 적출되지 않은 사항인 IBRD:차관자금 재차입금 외화환산 손익의 비수익사업 회계 계상을 통한 법인세 탈루 등에 관한 탈세제보에 기한 것이고, 그 탈세제보 내용의 구체성 및 합리성 등에 비추어 피고의 2차 세무조사는 구 국세기 본법 제81조의3 제2항의 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’에 해당하는 것으로 봄이 상당하므로, 피고의 이 사건 처분 중 1999 사업연도 법인세 부과처분 및 2000 사업연도 법인세 부과처분 부분이 구 국세기본법 제81조의3 제2항의 중복조사금지 원칙에 위배된다고 할 수도 없다. 따라서원고의이부분주장은이유없다. (2) 이사건사업이비수익사업에해당한다는주장에관하여 구 법인세법 제3조 제1항, 제2항은 비영리 내국법인은 제3조 제2항 각호 소정의 사업 또는 수입에서 생기는 소득에 대하여만 법인세를 납부할 의무가 있다고 규정하고 있으므로, 비영리 내국법인에 대하여는 소득이 있더라도 그 소득이 수익사업으로 인한 것이 아닌 이상 법인세를 부과할 수 없는 것이고, 어느 사업이 수익사업에 해당하는지 의 여부를 가림에 있어 그 사업에서 얻는 수익이 당해 법인의 고유목적을 달성하기 위 한 것인지의 여부 등 목적사업과의 관련성을 고려할 것은 아니나 그 사업이 수익사업 에 해당하려면 적어도 그 사업 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위 한 것이어야 한다(대법원 2005. 9. 9. 선고 2003두12455 판결 등 참조). 이 사건의 경우, 원고가 그의 명의로 고용안정채권 발행, 정부로부터 재정융자특별회계자금 차입, 한국산업은행으로부터 IBRD차관자금 재차입 등의 방법을 통하여 이 사건 사업 자금을 조달하고, 그 자금을 독자적으로 관리ㆍ운용하여 온 점, 원고가 이 사건 사업 자금을 이용하여 직접대부사업 및 간접대부사업의 방식으로 실업자에게 금원을 대부하면서 그에 대한 이자를 지급받았고, 이 사건 사업자금 중 상당부분을 차지하는 여유자금을 금융기관에 예탁ㆍ운용하여 이자 등을 지급받은 점, 원고가 직접대부사업 및 간접대부사업을 실시함에 있어서 대부대상자의 자격요건 등을 독자적으로 결정하고, 이 사건 사업 자금의 차입금리 등을 고려하여 직접대부사업 및 간접대부사업의 대 부이자율을 결정하였던 점, 원고의 주장을 그대로 따르더라도 직접대부사업의 대부이자율이 원고가 주장하는 이 사건 사업 자금의 가중평균차입금리와 비교하여 1999년에 1.72%, 2002년에 0.38%, 2003년에 1.35% 만큼 더 높고, 2000년에 0.52% 만큼 더 낮으며, 2001년에는 통일한 수준이라는 것이어서 1999 - 2003년을 통틀어 2.93% 만큼 더 높은 수준으로 정하여진 것인 점 등을 종합하여 보면, 피고의 이 사건 사업은 구 법인세법 제3조 제2항 제1호 및 구 법인세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 18174호로 개정되기 전의 것) 제2조 제l항의 한국표준산업분류상 ‘금융 및 보험 관련 서비스업’에 해당하는 것으로서 그 사업 자체로 수익성을 가진 것으로 봄이 상당하므로, 이 사건 사업에서 생긴 원고의 소득은 법인세의 과세대상에 해당하는 것이고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. (3) 이 사건 사업의 수입, 비용 등 통산 주장에 관하여 구 법인세법 제113조는 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각 각 별개의 회계로 구분하여 경리하도록 규정하고 있고, 법인세법 시행규칙 제76조 제6 항 본문은 비영리법인이 구 법인세법 제113조 제1항에 의하여 수익사업과 기타의 사 엽의 손익을 구분경리하는 경우에 공통되는 익금과 손금은 일정한 기준에 의하여 구분 계산하도록 규정하고 있는바, 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에 특정한 수익 또는 비용이 수익사업 또는 비수익사업 중 어디에서 발생하였는지가 분명한 경우에는 개별익금 또는 개별손금으로서 그 발생원천이 되는 수익사업 또는 비수익사업의 회계 에 구분하여 경리하여야 하고, 특정한 수익 또는 비용이 수익사업 또는 비수익사업 중 어디에서 발생하였는지가 불분명한 경우에는 공통익금 또는 공통손금으로서 구분경리 의 필요 없이 구분계산의 방법에 따라 수익사업과 비수익사업에 안분계산하여야 하며, 비영리법인이 수익사업을 영위함에 있어서 위와 같은 회계원칙을 지키지 않은 경우에 도 그 수익 또는 비용은 실질과세의 원칙상 위와 같은 기준에 따라 수익사업과 비수익 사업에 귀속되어야 한다. 이 사건의 경우, 원고의 이 사건 사업은 사업의 목적, 내용, 방식 등에 비추어 사업자금을 이용하여 실업자에게 일정한 이자율로 금원을 대부하고 그로부터 대부금에 대한 이자를 지급받는 수익사업이라는 경제적 실질을 가지는 것이고, 원고의 그와 같은 이자수입은 이 사건 사업 활동에서 직접 발생한 소득인 점, 원고가 이 사건 사업 자금 중 여유자금을 금융기관에 예탁ㆍ운용하는 것은 이 사건 사업 활동과 관련하여 사업에 투입할 자금이나 회수한 대부금을 사업 투입시까지 일시적으로 보관ㆍ운용하는 성격을 가지는 것이고, 그 과정에서 발생한 원고의 이자 등 수입은 이 사건 사업 활동과 관련 하여 발생한 소득인 점, 이 사건 사업비용은 이 사건 사업 자금의 조달을 위하여 차입되어 사업 자금으로 실제 사용 중이거나 사용을 위하여 보관 중인 차입금에 대한 지급이자 및 이 사건 사업 활동 과정에서 지출된 인건비 등의 비용으로서 그 전부가 이 사건 사업 활동과 관련하여 지출된 것인 점, IBRD차관자금 재차입금 외화환산손익은 이 사건 사업 자금의 조달을 위하여 차입된 외화채무와 관련하여 발생한 것으로서 이 사건 사업 활동과 직접적 관련이 있는 손익인 점 등을 종합하여 보면, 원고에 대한 1999 - 2003 사업연도 법인세를 산정함에 있어서는 각 사업연도에 이 사건 사업에서 발생한 이자 등 수입과 이 사건 사업비용 및 IBRD:차관자금 재차입금 외화환산손익 전부를 각 사업연도의 익금 및 손금에 산입 • 통산하여 원고의 각 사업연도 소득을 계산하여야 할 것이므로(한편, 원고의 1998 사업연도의 IBRD:차관자금 재차입금의 외화환산이익 또 상환기간 15년 동안의 매 사업연도의 균등액인 2,910,505,836원씩이 원고 의 1999 - 2003 사업연도의 익금에 산업ㆍ통산되어야 한다), 피고의 이 사건 처분은 원고의 나머지 주장에 관하여 나아가 살펴볼 필요 없이 위법하다. (4) 이사건처분의전부취소 과세처분취소소송에 있어서 세액의 산출과정에 잘못이 있어 과세처분이 위법한 것으로 판단되는 경우라도 제출된 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 법원은 과세처분 전부를 위법한 것으로 취소할 것이 아니라 과세처분 중 정당 한 산출세액을 초과하는 부분만을 위법한 것으로 보아 그 위법한 부분만을 취소하여야 하는 것이지만, 당사자가 제출한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출 할 수 없는 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 이와 같은 경우에 법원 이 직권에 의하여 적극적으로 정당한 부과세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다. 이 사건의 경우, 원ㆍ피고가 제출한 증거나 법원의 증거조사에 의하여 나타난 모든 증거자료에 의하더라도 원고에 대한 1999 - 2003 사업연도의 정당한 법인세액을 산출하기에 부족하므로, 이 법원으로서는 위법한 이 사건 처분 전부를 취소할 수밖에 없다. 3. 결론 그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2008구합17318

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

법인세법 시행령 제2조

본법 제81조

국세기본법 제15조 제18조 제81조

법인세법 제3조 제113조

세기본법 제81조

법인세법 시행규칙 제76조