서울행정법원 2007.07.19 선고 2007구합2074 판결

분양계약서상 토지 및 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 볼 수 있는지 여부[국패] 아파트형공장의 분양계약서에 건물가액과 토지가액, 그리고 건물가액에 부과되는 부가가치세액이 명확하게 구분되어 기재되어 있으므로 분양계약서상 토지 및 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 과세한 처분은 위법함

【주 문】 1. 피고가 2004. 10. 1. 원고에 대하여 한 별지 기재 각 부가가치세부과처분을 모두 취소한다. 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 【청구취지】 주문과 같다. 【이 유】 1. 인정사실 가. 원고는 ◯◯시 ◯◯구 ◯◯동과 ◯◯구 ◯◯동 일원에서 다음과 같이 집합건물인 아파트형공장(이하 ‘이 사건 아파트형공장’이라 한다)을 신축하여 분양하였다.

단지명칭	소재지번	입주자모집공고승인신청일자
◯◯차	◯◯시◯◯구◯◯동 ◯◯	2000. 4. 12
◯◯동	◯◯시◯◯구◯◯동 ◯◯	2001 .4. 3.
◯◯차	◯◯시◯◯구◯◯동◯◯	2001. 9. 21.
◯◯동	◯◯시◯◯구◯◯동◯◯	2001.12. 21.

나. 원고는 이 사건 아파트형공장을 분양함에 있어서 공급가액을 대지가액과 건물가액으로 구분하면서 구 부가가치세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구법령’이라 한다.) 제48조의2 제4항 규정을 참조하여 지방세법에 의한 시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 가액으로 입주자모집공고승인을 받았다. 다. 이 사건 아파트형공장은 2000년부터 2002년까지에 걸쳐 각 구분소유권에 대한 분양이 이루어졌는데, 구법령 제48조의2가 2000.12.29. 대통령령 제17041호(이하 ‘신법령’이라 한다)로, 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물등을 함께 공급하는 경우에 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 소득세법 제99조의 규정에 의한 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하는 것으로 개정되어 2001.1.1.부터 시행되었다. 라. 이 사건 아파트형공장의 분양계약서 계약조건 제1조(분양대금 및 납부방법)에는 공급금액이 건물가액과 토지가액으로 나누어 기재되어 있고, 부가세라는 항목에 위 건물가액의 10%에 해당하는 금액이 기재되어 있다. 마. 원고는 신법령의 시행에도 불구하고 입주자모집공고신청 당시 지방세법에 의한 시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 대지와 건물의 가액에 따라 분양계약을 체결하여 공장을 공급하고, 그 중 건물가액에 대한 부가가치세를 수분양자들로부터 수취하여 피고에게 납부하였으나, 피고는 분양계약서에 기재된 건물의 공급가액은 신법령 시행 전의 규정에 따라 건물과 대지가액으 구분 계산한 금액으로서, 건물의 공사원가에 미치지 못하거나 근접한 수준에 불과하여 실지거래가액으로 볼 수 없다는 이유로, 이 사건 아파트형공장 중 신법령 이후 분양계약이 체결된 구분소유권에 대하여는 소득세법 제 99조의 규정에 의한 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 건물가액을 기준으로 부가가치세를 경정하여, 원고가 당초 신고한 부가가치세와의 차액을 별지 “부가가치세 부과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)기재와 같이 부과하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1～6, 제3호증, 제4호증의 1～4, 제6, 7호증, 을 제1호증의 1～6, 제3호증의 1～3, 제4호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 처분의 적법 여부 가. 당사자 주장 원고는 분양계약서에 대지와 건물의 가액을 구분하여 기재한 것이 바로 실지거래가액이므로 그 건물가액에 따라 부가가치세를 납부하여야 한다고 주장하고, 피고는 그 가액은 실지거래가액으로 볼 수 없으므로 보충적으로 소득세법 제99조의 규정에 의한 기준시가에 따라 안분하는 방법으로 계산된 건물가액에 따라 부가가치세를 납부하여야 한다고 주장한다. 나. 관련법령 구 부가가치세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것) 제48조의2(과세표준의 안분계산) ④사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. ⑤제4항 본문의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 경우에는 그 가액을 건물 및 기타구축물의 실지거래가액으로 본다. 이 경우 적용순서는 다음 각호의 순에 의한다. 1. 주택건설촉진법에 의하여 국가 또는 지방자치단체로부터 사업계획의 승인을 얻어 공급하는 주택의 경우에는 그 승인된 사업계획상의 분양가액 2. 토지와 건물 및 기타 구축물의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액. 이 경우 장부가액이 없는 때에는 취득가액을 기준으로 한다. 3. 지가공시및 토지등의 평가에관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정평가한 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액 구 부가가치세법시행령(2006.2.9. 대통령령 제19330호로 개정되기 전의것) 제48조의2(과세표준의 안분계산) ④사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다. 1. 토지와 건물등에 대한 소득세법 제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 ‘기준시가’라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액(지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다. 3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다. ⑤삭제<2000.12.29> 다. 판단 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급하는 경우 그 건물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다는 점에서는 신법령과 구법령이 동일하게 규정하고 있고, 다만 실지거래가액 중 토지가액과 건물가액의 구분이 불분명한 경우에 보충적으로 건물의 공급가액을 계산하는 기준에 관하여만 달리 규정하고 있는바, 위 보충적 계산기준은 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급하는 때에 부가가치세 과세대상인 건물의 공급가액과 비과세대상인 토지의 공급가액이 구분되어 있지 아니하여 양자의 가액이 불분명한 경우에 과세대상 건물의 공급가액을 산출하기 위한 특례규정으로서, 세법에 의한 장부 기타의 증빙서류에 건물의 공급가액이 토지의 가액과 구분기장되어 있는 경우에는, 그 기재에 허위 또는 누락이 있다고 인정되지 아니하는 이상 적용되지 아니한다고 해석함이 국세기본법 제16조의 근거과세의 원칙에 비추어 보아도 타당하다고 할 것이다.(대법원 1989.12.26. 선고 89누169 판결 참조). 그런데, 이 사건 아파트형공장의 분양계약서에 건물가액과 토지가액, 그리고 건물가액에 부과되는 부가가치세액이 명확하게 구분되어 기재되어 있는 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 그 건물가액이 실지거래가액이 아니라고 주장하고 피고가 그 기재가 허위라는 사실에 관한 입증책임을 부담한다고 할 것인바, 을 제5호증, 제6호증의 1~4의 각 기재에 의하면 피고가 분양계약서의 건물가액을 실지거래가액이라고 볼수 없다는 근거로서 주장하는 사정 즉, 아래에 표로 정리한 바와 같이 이 사건 아파트형공장의 분양가액에 대한 건물가액의 비율이 대지 취득가액과 건축비용 합계액에 대한 건축비용의 비율에 비하여 낮고, 문래동단지의 경우는 건물가액이 건축비용보다도 낮은 사실이 인정되기는 하나, 실지거래가액이라 함은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된금액을 의미하는 것인 점, 이 사건 분양계약도 통상의 매매계약 <표> (단위:백만원)

공사 현장별	총분양가액 (VAT별도)	자산 구분	공사 원가	원고안분계산 (과세시가표준액)		피고안분계산(소득세법의기준시가)		원가대비안분
공사 현장별	총분양가액 (VAT별도)	자산 구분	공사 원가	토지 건물가액	이익 배분액	토지 건물가액	이익 배분액	토지 건물가액	이익 배분액
◯◯동 현장	29,495	토지	5,291	18,042	12,751	12,521	7,230	7,949	2,657
		건물	14,342	11,453	-2,889	16,974	2,632	21,546	7,204
		합계	19,633	29,495	9,862	29,495	9,862	29,495	9,861
◯◯	36,591	토지	4,166	14,417	10,251	9,960	5,794	6,344	2,178
		건물	19,863	22,174	2,311	26,631	6,768	30,247	10,384
		합계	24,029	36,591	12,562	36,591	12,562	36,591	12,562
◯◯	45,734	토지	7,209	18,600	11,391	11,946	4,737	11,070	3,860
		건물	22,575	27,134	4,559	33,788	11,213	34,664	12,089
		합계	29,784	45,734	15,950	45,734	15,950	45,734	15,949
◯◯	44,853	토지	7,109	19,197	12,088	11,289	4,180	11,428	4,319
		건물	20,793	25,656	4,863	33,564	12,771	33,425	12,632
		합계	27,902	44,853	16,951	44,853	16,951	44,853	16,951

과 마찬가지로 청약과 승낙에 의한 매매의사의 합치에 의하여 성립되는 것인데, 매매계약에서 매수인이 목적물의 원가가 얼마인지를 알아야 하는 것도 아니고, 매도인이 목적물 취득원가보다 싸게 판다고 하여 계약의 효력에 영향이 있는 것도 아닌 점, 분양계약서와 같은 처분문서의 진정성립이 인정되는 이상 법원으로서는 반증이 없는 한 그 문서의 기재 내용에 따는 의사표시의 존재 및 내용을 인정하여야 하고, 이를 배척하려면 그 기재 내용과 다른 명시적, 묵시적 약정이 있는 사실이 인정되어야 할 것이나 이 사건에서 그러한 반대사실 증명이 없는 점, 통상 계약서에 매매가액 등을 허위로 기재하는 것은 무엇인가 이익을 얻고자 하는 목적이나 동기가 있기 마련인데, 이 사건 아파트형공장의 전체 가액 중 토지가액과 건물가액을 어떻게 정하든지 그 합계액이 같은 이상 원고의 수입은 일정하고, 수분양자가 부담하게 되는 부가가치세액이 달라질 수는 있으나 목적물의 용도가 공장임에 비추어 수분양자들은 거의 전부 부가가치세법상의 사업자로서 이사건 아파트형공장을 취득하면서 징수당한 부가가치세를 환급받게 될 것이어서 일부러 건물가액을 낮추어 허위로 기재할 동기나 목적이 뚜렷하지 않은 점, 구법령 제48조의2제5항은 현재는 삭제되어 없는 조항이지만 당시 주택건설촉진법에 의하여 국가 또는 지방자치단체로부터 사업계획의 승인을 얻어 공급하는 주택의 경우에는 그 승인된 사업계획상의 분양가액을 건물의 실지거래가액으로 본다고 규정하고 있었는바, 이 규정은 행정청의 감독과 통제 하에서 대량으로 공급되는 주택의 경우 수분양자와 사업주테 사이에 분양계약의 내용을 개별적으로 혐의하여 달리 정할 수 있는 여지가 없고, 행정청이 사업계획이나 입주자모집의 승인 등을 통하여 분양가액의 결정에 관여하고 있기 때문에 분양가액을 허위로 기재할 염려가 없다는 취지에서 둔 것으로 보이는데, 이 사건 아파트형공장의 건축에 관한 법률인 당시 공업배치및공장설립에관한법률 또한 아파트형공장에 과하여 주택건설촉진법과 같은 행정청의 감독과 통제에 관한 규정을 두고 있었던 점 등에 비추어 보면, 피고 주장의 사유만으로 이 사건 아파트형공장의 분양계약서에 기재된 건물가액을 허위라고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 이 사건 처분은 위법하다. 3. 결론 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 부가가치세 부과처분

과세기간	2001년 1기	2001년 2기	2002년 1기	2002년 2기	2003년 1기	2003년 2기
세액(원)	78,599,030	627,886,970	1,029,651,790	258,553,750	1,494,891,270	74,204,300

【서울고등법원2007누21039 (2008.04.17)】【주 문】 1. 피고의 항소를 기각한다. 2. 항소비용은 피고가 부담한다. 【청구취지 및 항소취지】 1.청구취지 피고가 2004.10.1. 원고에 대하여 한 별지 기재 각 부가가치세 부과처분을 모두 취소한다. 2.항소취지 제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다. 【이 유】 이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결의 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다. 그렇다면, 제1심 판결은 정당하므로 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 부가가치세 부과처분

과세기간	2001년1기	2001년2기	2002년1기	2002년2기	2003년1기	2003년2기
세액(원)	78,599,030	627,886,970	1,029,651,790	258,553,750	1,494,891,270	74,204,300