대법원 2006.10.13 선고 2006두9658 판결

차임급과다법인의 지급이자 손금불산입[국승] 보일러실이 임차인과 공동으로 사용하는 것으로 보아 건물 연면적의 10% 이상을 직접 사용한다고 볼 수 없어 임대전용 부동산에 해당함

【주 문】 상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다. 【이 유】 상고이유에 관한 주장이 ‘상고심절차에 관한 특례법’ 제4조 제1항 각 호에 정한 사유를 포함하지 아니하거나 포함하더라도 그 주장 자체로 이유없는 때 등에는, 더 이상 심리를 하지 아니하고 상고를 기각하되 그 판결에는 이유의 기재를 생략할 수 있도록 되어 있다(위 특례법 제4조, 제5조). 이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유서를 모두 살펴 본 결과 위의 심리불속행 사유에 해당함이 명백하므로 상고를 기각하기로 하여, 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. 【※ 대전고등법원2005누1693 (2006.5.18)】【주 문】 1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 항소비용은 원고의 부담으로 한다. 【청구취지 및 항소취지】 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2003. 4. 10. 원고에 대하여 한 2000년 귀속분 법인세 378,726,774원(항소장 항소취지 제2항에 기재된 ‘378,726,775원’은 오기로 보인다)의 부과처분 중 3,909,286원을 초과하는 부분을 취소한다. 【이 유】 1. 과세처분의 경위 가. 원고는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○○ 잡종지 29,182㎡(이하 이 사건 토지라 한다)에 사무실, 유리제조시설 등 공장을 설치하고 유리제조 및 판매업 등을 영위하다가 1996. 6. 12.경 ○○시 ○○면 ○○리 330 토지로 공장을 이전하였다. 나. 그런데 원고는 공장을 이전하기 전엔 1996. 4. 13. 원고의 목적사업에 ‘운동설비운영업’을 추가한 다음, 같은 해 10.경 이 사건 토지에 설치되어 있던 고장시설 합계 8,5771.81㎡ 중 6,754.94㎡를 철거하고 그 나머지인 지하 1층, 지상 3층 1,235.44㎡ 합계 4,690.18㎡(이하 이 사건 건물이라 한다)로 중 · 개축한 후, 1997. 7. 30. 사용승인을 받고 같은 해 8. 14.○○골프클럽이라는 상호로 체육시설업(골프연습장업) 신고를 하였다. 다. 원고는 그후 1998. 2. 28.까지 위 골프연습장을 직접 운영하다가, 1998. 3. 1.부터 1999. 4. 9.까지 이 사건 건물 중 일부만을 사용하고 나머지는 주식회사 ○○○ 등 타인에게 임대한 다음, 1999. 4. 10. 이 사건 토지 및 건물을 종근당 등 타인에게 임대한 다음, 1999. 4. 10. 이 사건 토지 및 건물을 ○○○에 양도하였는데, 1998. 3. 1.부터 1999. 4. 9.까지의 이 사건 건물에 대한 임대 현황 및 임차인 현황은 다음과 같다. 이 사건 건물의 임대 현황

구분	건물면적 (㎡)	사용면적(㎡)			비고
구분	건물면적 (㎡)	임대면적	직접사용	기 타	비고
지층	600.65	487.6		113.05	기타는 보일러실임
1층	1,494.17	1,494.17
2층	1,359.92	1,359.92
3층	1,235.44	878.16	357.28
합계	4,690.18	4,219.85	357.28

임차인 현황

계약일	임차인	물건	면적(㎡)	임대기간
1997. 7. 8.	이○○	클럽하우스 1층 골프샾	31.4	1997. 8. 1.~ 1997. 7. 31.
1997. 8. 4.	김○○	클럽하우스 1층 식당, 스낵코너, 자판기	482.65	1997. 9. 1. ~1999. 8. 31.
1997. 12. 10.	○○○	골프연습장 시설물 일체	3,705.8	1998. 3. 1.~ 1999 .4. 9
계			4,219.85

라. 피고는 이 사건 토지 및 건물에 관하여 1997. 1. 1.부터 1998. 2. 28.까지는 체육시설용 부동산으로 보아 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’이라 한다) 제 18조의3 제1항 제1호 소정의 ‘비업무용 부동산’에 해당하고, 1998. 3. 1.부터 1999. 4. 9.까지는 이 사건 건물 중 원고가 직접 사용하는 부분이 임대전용 부동산 판정기준인 10%에 못미치는 7.8%에 불과하다고 보아 법인세법 제 18조의3 제2항 제2호 소정의 ‘차입금 과다법인의 임대전용 부동산’에 해당함을 이유로 법인세법 제18조의3이 정하는 바에 따라 원고가 1997년부터 1999년까지의 각 사업연도에 지급한 차입금 지급이자 중 1997년도분, 7,467,792원, 1998년도분 1,124,919,687원, 1999년도분 463,052,580원, 2000년도분 3,518,219원 합계 1,598,958,278원을 각 사업연도의 소득금액계산상 손금에 각 불산입한 다음, 2003. 4. 10. 원고에 대하여 2000년 귀속분 법인세 653,588,050원 및 2001년 귀속분 법인세 34,503,030원을 추가적으로 증액경정 · 고지하는 이 사건 각 과세처분을 하였다(피고가 이 사건 건물 중 원고가 7.8%에 해당하는 면적만을 직접 사용하고 있다고 본 근거는 위 보일러실 면적 113.05㎡을 원고의 직접 사용부분인 357.28㎡와 임대면적인 4,219.85㎡으로 안분하여 계산한 8.82㎡(=113.05 X 357.28/45,577.13)에 위 원고의 직접 사용면적 357.28㎡을 합산한 366.1㎡가 이 사건 건물에서 차지하는 비율(366.1/4,690.18X100)에 따른 것이다.} 마. 이에 원고는 2003. 7. 8. 이 사건 각 과세처분에 대하여 국세심판청구를 하였는데, 국세심판원은 2004. 7. 23. 이 사건 각 과세처분 중 1998. 1. 1.부터 같은 해 2.28. 까지는 이 사건 토지 및 건물이 비업무용 부동산에 해당하지 않는다는 이류로 그 과세표준과 세액을 경정하는 결정을 하였다. 바. 피고는 국세심판원의 위 결정에 따라 위 차입금 지급이지 손금불산입 내역 중 1998년도분 중 73,355,921원, 1999년도분 중 402,645,497원, 2000년도분 전부인 3,518,219원 합계 479,519,637원에 관하여 손금불산입을 취소한 다음, 2004. 9. 7. 위 2000년 귀속분 법인세 653,588,050원을 378,726,774원으로 감액경정 · 고지하였다. 사. 그러나 원고는 손금불산입된 차입금 이자지급분 중 여전히 취소되지 않고 남아있는 1997년도분 7,467,792원, 1998년도분 1,051,563,766원, 1999년도분 60,407,083원 합계 1,119,438,641원이 각 사업연도의 손금으로 처리되지 않음에 따리 위 금액만큼 1999년도 및 2000년도 각 귀속분 법인세 과세표준 산정시 공제되어야 할 이월 결손금에서 누락되어 과세표준이 높게 산정되어 있음을 이유로, 위 감액경정된 2000년 귀속분 법인세 378,726,774원(이하 이 사건 과세처분이라 한다) 중 차입금 지급이자 손금불산입과 관련 없는 지급조서 미제출 가산세 3,909,285원을 제외한 나머지 부분의 취소를 구하고자 이 사건 소 제기에 이르렀다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 3, 갑 제2, 4호증의 각 1, 2, 갑 제5, 6, 7호증, 갑 제8호증의 1, 2, 제10호증의 1, 2, 3, 갑 제11호증의 3, 4, 5,을 제1호증의 1내지 11,을 제2호증의 1 내지 6,을 제3호증의 1 내지 9,을 제4호증의 1 내지 7,을 제5호증의 1 내지 11,을 제6호증의 1 내지 8,을 제 제7호증의 1 내지 15,을 제8호증의 1 내지 14,을 제10호증의 1, 3, 5의 각 기재, 변론 전체의 취지. 1. 내지 14,을 제10호증의 1, 3, 5의 각 기재, 변론 전체의 취지. 2. 과세처분의 적법 여부 가. 원고의 주장 이 사건 과세처분은 다음과 같은 사유로 위법하다. (1) 1997년 사업연도에 있어 이 사건 토지 및 건물은 비업무용 부동산에 해 당하지 않는다. (가) 원고는 기존 수원의 유리제조공장을 ○○으로 이전하면서 ○○ 공장부지의 처분이 늦어질 것이 대비하여 원고의 목적사업에 ‘운동설비 운영업’을 추가하고 기존의 사무실을 골프연습장 시설로 용도변경하고 이를 중 · 개축한 것일 뿐이지, 지가 상승을 목적으로 이 사건 토지 및 건물을 보유한 것이 아니므로 비업무용 부동산에 관한 법인세법 제18조의3 제1항 제1호가 적용되어서는 아니된다. (나) 구 법인세법 시행규칙(1997. 12. 31. 총리령 제675호로 개정되고, 1998. 3. 21. 재정경제부령 제12호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 시행규칙’이라 한다) 제18조 제4항 제6호 다목에 의하면 체육시설업을 영위하는 법인이 소유하는 부동산은 비업무용 부동산에 해당하지 아니하는바, 원고가 목적사업에 운동설비 운영업을 추가하고 체육시설업 신고를 한 다음 체육시설인 골프연습장으로 사용하고 있는 이 사건 토지 및 건물은 비업무용 부동산에 해당하지 않는다. (다) 원고가 1996. 6. 12. 수원 공장을 폐쇄하고 ○○공장으로 이전한 때로부터 비업무용 부동산 판정유예기간인 3년이 경과하기 전인인 1999. 4. 10. 이 사건 토지 및 건물은 비업무용 부동산에 해당하지 않는다. (2) 1998년 및 1999년 사업연도에 있어 이 사건 토지 및 건물은 임대전용 부동산에 해당하지 않는다. (가) 차입금 과다법인이 임대전용 부동산을 보유함에 따라 차입금 지급이자를 손금불산입한다는 취지의 법인세법 제18조의3 제 2항 제3호는 당해 법인이 임대용 건물을 신규로 취득한 경우에 한하여 적용되는 것임에도 기존의 보유 건물을 용동변경하고 증축한 후 그 일부를 임대한 경우까지 위 규정을 적용한 것은 잘못이다. (나) 법인세법 제18조의3 제2항 제3호가 적용된다 하더라도 비업무용 부동산 판정유예기간에 관한 개정 시행규칙 제18호 제5항 제3호의 규정은 비업무용 부동산과 마찬가지로 차입금 과다법인의 임대전용 부동산에도 적용되어야 하므로 이 사건 토지 및 건물은 임대전용 부동산에 해당하지 않는다. (다) 피고는 이 사건 건물 중 보일러실에 대하여 원고와 임차인들이 안분하여 사용한 것으로 계산하여 원고가 이 사건 건물 중 10% 이상을 직접 사용하지 아니하는 경우로 보아 임대전용 부동산에 해당한다고 판단하였으나, 이 사건 보일러실은 위험시설로서 임대인인 원고가 타인의 출입을 금지하고 직접 관리하였기 때문에, 이를 임차인들과 원고가 안분하여 사용한 것이 아니라 원고가 직접 사용한 것으로 보아야 하고, 이에 터잡아 원고가 직접 사용한 면적을 계산하면 그 비율은 10%를 초과하고 있으므로 이 사건 토지 및 건물은 임대전용 부동산에 해당하지 않는다. 나. 관련 법령 별지 관련 법령 기재와 같다 다. 판단 (1) 비업무용 부동산 해당 여부(1997년 사업연도분) (가) 먼저 원고가 지가 상승을 목적으로 이 사건 토지 및 건물을 보유한 것이 아니므로 비업무용 부동산에 해당하지 않는다는 주장에 관하여 살펴본다. 법인세법이 비업무용 부동산을 보유함에 따른 차입금의 지급이자를 손금불산입하도록 규정한 입법 취지는 타인 자본에 의존한 무리한 기업확장으로 기업의 재무구조가 악화되는 것을 방지하고, 대기업의 금융자산에 의한 부동산투기 및 비 생산적인 업종에 대한 무분별한 기업확장을 억제하여 기업자금의 생산적 운용을 통한 기업의 건전한 경제활동을 유도하여, 아울러 국토의 효율적 이용을 도모하기 위한데에 있다고 할 것이므로, 법인이 보유하고 있는 부동산이 비업무용 부동산에 해당 하는지 여부는, 위와 같은 비업무용 부동산 관련 차입금에 대한 지급이자 손금불산입 규정의 입법 취지와 법인세법 제18조의3 제1항 제1호가 비업무용 부동산의 구체적인 범위에 관하여 시행령, 시행규칙에 위임한 취지 및 그 기준 등을 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2006. 2. 10. 선고 2005두12527 판결 참조). 이에 법인세법 제18조의3 제1항 제1호, 구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것) 제43조의2 제1항 및 제3항, 구 법인세법시행규칙(1997. 12. 31. 총리령 제675호로 개정되기 전의 것) 제18조 제3항의 각 규정을 전체적으로 보면, 법인세법 제18조의3 제1항 제1호의 규정은 ‘법인의 업무와 직접 관련이 없는 것’ 또는 ‘부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유한 것’으로 대통령령이 정하는 것에 대하여는 그와 관련된 차입금의 지급이자를 손금 불산입한다는 취지로 보아야 하며, 따라서 어떤 부동산이 위 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하면 그것은 바로 법인세법 제18조의3 제1항 제1호가 정하는 ‘법인의 업무와 직접 관련이 없는 것’ 또는 ‘부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유한 것’으로 대통령령이 정하는 것에 해당한다고 보아야 할 것이다(대법원 2000. 10. 27. 선고 2000두4316 판결, 2004. 1. 27. 선고 2001두11014 판결 등 참조, 한편 법인세는 과세기간인 사업연도 개시와 더불어 과세요건이 생성되어 사업연도 종료시에 완성하고 그 때 납세의무가 성립하며 그 확정절차도 과세기간 종료 후에 이루어지므로 사업연도 진행 중 세법이 개정되었을 때에도 그 사업연도 종료시의 법에 의하여 과세여부 및 납세의무의 범위가 결정된다 할 것이므로 이 사건 토지 및 건물이 비업무용부동산에 해당하는지 여부는 각 과세연도 별로 그 종료시의 법에 따라 판단하여야 할것인바(대법원 2001. 3. 9. 선고 99두6767 판결 참조), 이 사건 토지 및 건물이 비업무용 부동산임을 전제로 한 차입금 지급이자 손금불산업은 사업연도가 1997년이므로 그에 관한 적용법령은 사업연도가 종료되는 1997.12. 31. 현재 시행 중인 것이어야 한다. 그런데 개정 시행규칙의 부칙에 의하면 개정 시행규칙은 공포한 날인 1997. 12. 31.부터 시행되고, 그 적용범위는 개정 시행규칙 시행 후 최초로 종료하는 사업연도분부터 적용되도록 규정하고 있으므로, 개정 시행규칙은 1997. 12. 31. 종료하는 1997년도 사업연도분 전체에 적용됨으로써 이 사건 토지 및 건물이 비업무용 부동산에 해당하는지 여부는 개정 시행규칙에 따른다 할 것이다. 아울러 위 대법원 2000두4316 판결 및 2001두11014 판결은 모두 개정 시행규칙 이전에 시행되던 시행규칙(1997. 12. 31. 총리령 제675호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘종전 시행규칙’이라 한다)이 적용된 사안이기는 하나 그 법리에 관하여는 개정 시행규칙이 적용되는 이 사건에 있어 달리 볼 이유는 없다 할 것이다.) 이 사건에 돌아와 보건대, 위 인정사실에 의하며, 1997년경 골프연습장으로 사용되고 있던 이 사건 토지 및 건물에 설치된 골프연습장은 구 체육시설의 설치 · 이용에 관한 법률(1999. 1. 18. 법률 제5636호로 개정되기 전의 것) 제2조, 제10조가 규정하는 체육시설이어서 위 토지 및 건물은 개정 시행규칙 제18조 제4항 제6호의 ‘체육시설용 부동산’에 해당한다 할 것이므로, 위 토지 및 건물이 비업무용 부동산에서 제외되는 같은 조 제4항 제6호 각목의 예외사유 또는 같은 조 제5항의 예외사유에 해당하지 않는 이상, 위 토지 및 건물은 바로 ‘법인의 업무와 직접 관련이 없는 것’ 또는 ‘이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유한 것’으로 대통령령이 정하는 것에 해당하게 된다고 할 것이다. 따라서 원고가 지가 상승을 목적으로 이 사건 토지 및 건물을 보유한 것이 아니라는 사정을 들어 위 토지 및 건물이 비업무용 부동산에 해당하지 않는다는 원고의 이 부분주장은 이유 없다. (나) 다음으로 이 사건 토지 및 건물은 체육시설업을 영위하는 원고가 고유업무로서 소유하고 있는 부동산이므로 개정 시행규칙 제18조 제4항 제6호 다목의 예외사유에 따라 비업무용 부동산에 해당하지 않는다는 주장에 관하여 살펴본다. 이 사건 토지 및 건물이 비업무용 부동산에 해당하는지 여부는 개정 시행규칙에 따른다 함은 앞서 본 바와 같으나, 개정 시행규칙의 부칙 제2항 단서에 의하면 개정 시행규칙 제18조 제2항 내지 제4항의 개정 규정 중 ‘법인의 고유업무에 관한 사항’은 개정 시행규칙 후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용하도록 규정하고 있으므로, 소유 부동산이 업무용인지 비업무용인지를 판정하는 기준과 관련하여서는 개정된 위 ‘법인의 고유업무에 관한 사항’은 1998년 사업연도분부터 적용된다 할 것이고, 1997년 사업연도분에 관하여는 여전히 종전 시행규칙 제18조 제3항 제6호 다목, 제10항 제3호(개정시행규칙의 주업 판정기준에 관한 규정은 제11항 제3호이나 그 내용에 있어서는 종전 시행규칙과 변동이 없다)가 적용되어 ‘법인의 주업’여부에 따르게 된다 할 것이다. 그런데 이 사건에 있어, 1997년 당시 원고의 목적사업 중 주업은 수입금액이 가장 큰 유리제조 및 판매업인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다 할 것이므로, 결국 이 사건 토지 및 건물은 종전 시행규칙 제18조 제3항 제6호 각목에 따른 체육시설용 부동산의 예외사유에 해당하지 않는다 할 것이다. 따라서 비업무용 해당 여부에 관한 판정기준이 법인의 고유업무에 관한 사항으로 변경된 개정 시행규칙이 적용됨을 전제로 이 사건 토지 및 건물이 비업무용 부동산에 해당하지 않는다는 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. (다) 마지막으로 수원 공장을 폐쇄하고 ○○ 공장으로 이전한 때로부터 비업무용 부동산 판정유예기간인 3년이 경과하기 전에 이 사건 토지 및 건물을 양도하였으므로 개정 시행규칙 제18조 제5항 제3호의 예외사유에 따라 비업무용 부동산에 해당하지 않는다는 주장에 관하여 살펴본다. 개정 시행규칙 제18조 제5항 제3호의 규정에 의하면, 법인이 사업의 일부 또는 전부를 휴업 · 폐업 또는 이전함에 따라 업무용 부동산에 해당하지 아니하게 된 부동산으로서 그 휴업 · 폐업 또는 이전일로부터 3년이 경과되지 아니한 경우는 같은 조 제2항 내지 제4항의 규정에 해당하는 비업무용 부동산이라 하더라도 비업무용 부동산에 해당하지 않는다고 규정하고 있다. 이와 같이 비업무용 부동산 판정유예기간을 둔 취지는 법인이 사업의 일부 또는 전부를 휴업 · 폐업 또는 이전함에 따라 종전의 사업장이 업무용 부동산에 해당하지 아니하게 된 경우 이러한 비업무용 부동산을 처분하는데 상당한 시간이 소유될 수밖에 없는 사정을 감안하여 소정의 유예기간을 둠으로써 비업무용 부동산을 소유함에 따른 세제상 불이익을 주지 않으려는데 있다 할 것이므로, 당해 비업무용 부동산을 어떤 방식으로 이용하였는지의 여부는 위 규정에 해당하게 되는지의 여부를 판단함에 있어 영향을 미치지 않는다 할 것 이다. 그런데 위 인정사실에 의하면, 원고는 ○○에서 ○○으로 공장을 이전한 1996. 6. 12.경부터 위 유예기간인 3년이 경과하기 전인 1999. 4. 10. 이 사건 토지 및 건물을 처분하였으므로, 이 사건 토지 및 건물은 결국 개정 시행규칙 제18조 제5항 제3호의 규정에 의하여 비업무용 부동산에 해당하지 않게 되었다 할 것이다 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다. (라) 결국 이 사건 토지 및 건물은 1997년 사업연도에 있어 비업무용 부동산에 해당하지 않는다. (2) 임대전용 부동산 해당 여부(1998년 및 1999년 사업연도분) (가) 먼저 차입금 과다법인의 임대전용 부동산 보유 규정은 당해 법인이 임대용 건물을 신규로 취득한 경우에 한하여 적용되어야 한다는 주장에 관하여 살펴본다. 법인세법 제18조의3에서 비업무용 부동산과 관련된 차입금에 대한 지급이자를 손금불산입하는 취지는 타인 자본에 의존한 무리한 기업확장을 방지하고 기업자금의 생산적 운용을 통한 기업의 건전한 경제활동을 유도하고자 비업무용 부동산의 취득과 보유를 모두 금하고자 함에 있다.(대법원 2002. 5. 10. 선고 2000두4989 판결 참조). 또한 법인세법 제18조의3 제2항은 ‘대통령령이 정하는 기준을 초과하여 차입금을 보유하고 있는 법인이 소정의 자산을 보유하는 경우’라고 규정하고 있을 뿐‘ 신규로 취득한 경우’로 제한하고 있지 않다. 따라서, 차입금 과다법인의 임대전용 부동산 규정은 차입금 과다법인이 당해 건물을 신규로 취득한 경우에 한정하지 않고 임대전용 부동산을 보유하는 모든 경우에 적용되어야 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. (나) 다음으로, 차입금 과다법인의 임대전용 부동산 규정을 적용함에 있어서도 비업무용 부동산 판정유예기간에 관한 개정 시행규칙 제18조 제5항 제3호의 규정이 적용되어야 한다는 주장에 관하여 살펴본다. 살피건대, 법인세법 제18조의3 제1항의 비업무용 부동산 규정과 같은 조 제2항의 차입금 과다법인의 임대전용 부동산 규정은 그 입법취지에 있어서는 거의 유사하다 하더라도 그 유건에 있어 전자는 당해 부동산이 그 법인의 업무와 직접 관련이 없는 경우에 지급이자의 손금산입이 부인되는 것이 비하여 후자는 당해 법인이 일정한 용도의 부동산을 보유하기만 하면 그 부동산이 업무와의 관련성을 갖는지 여부와 관계없이 지급이자의 손금산입이 부인되는 차이가 있고(헌법재판소 2002. 10. 31. 2000헌바14 전원 재판부 결정 참조), 손금산입이 부인되는 지급이자의 산출방법 등을 달리하는 별개의 제도로서, 이는 차입금 과다법인의 임대전용 부동산 규정이 법인세법 제18조의3 제2항에 규정되어 있다가 비업무용 부동산 규정과는 별도로 조세특례제한법(1998. 12. 28. 법률 제5584호로 개정된 것)에 옮겨져 규정된 것을 보더라도 분명하다 할 것이다. 또한 개정 시행규칙(위 개정 시행규칙은 1998. 3. 21. 재정경제부령 제12호로 개정되었으나 개별 규정에 변경된 부분이 없는 한 위 경제부령 제12호도 이하에서 계속 ‘개정 시행규칙’이라 부른다) 제18조 제5항 제3호의 비업무용 부동산 판정유예기간 규정이 법인세법 제18조의3 제1항이 규정하는 비업무용 부동산 판정유예기간 규정이 법인세법 제18조의3 제1항이 규정하는 비업무용 부동산에 대하여만 적용되는 것으로 규정하고 있을 뿐인 바, 이러한 경우 조세법규의 해석상 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확정해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다고 할 것이다. 따라서, 위 비업무용 부동산 판정유예기간 규정은 차입금 과다법인의 임대전용 부동산 규정에 적용될 수 없다 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. (다) 마지막으로 원고가 이 사건 건물 중 10% 이상을 직접 사용하고 있으므로 이 사건 토지 및 건물은 개정 시행규칙 제18조 제21항 제8호가 정하는 임대전용 부동산에 해당하지 않는다는 주장에 관하여 살펴본다. 우선 원고가 1998. 3. 1.부터 이 사건 토지 및 건물을 ○○○당에 양도한 1999. 4. 10.까지 이 사건 건물 총 연면적 4,690.18㎡ 중 4,219.85㎡를 골프연습장 시설로 이승룡, 김성일 및 종근당에게 나누어 임대하고 그 나머지인 3층 사무실 357.28㎡를 직접 사용하고 있는 사실은 앞서 살펴본 바와 같다. 더 나아가 과연 원고가 이 사건 건물 지층에 설치되어 있는 보일러실 113.05㎡까지 직접 사용하였다고 볼 수 있는지 여부에 관하여 보건대, 을 제10호증의 1, 3, 5의 각 기제에 의하면, ○○○ 등 이 사건 건물의 임차임들은 임차목적물의 사용으로 인하여 발생되는 전등전력비, 냉난방비, 청소료, 상하수도료, 기타 제관리비용을 부담하기로 한 사실을 인정할 수 있고, 위 인정사실에 더하여 위 보일러실이 이 사건건물을 효용을 증대시키기 위한 시설로서 원고 및 임차인들 모두의 편익에 제공되고 있는 점에 비추어 보면, 위 보일러실은 원고 및 임차인들이 공동으로 사용하는 부분이라고 할 것이다. 그런데, 임대업을 주업으로 하지 않는 차입금 과다법인이 임대전용 부동산을 보유하고 있는 경우 그 차입금 지급이자 손금산입을 부인하고자 함에 있는 개정 시행규칙 제18조 제21항 제8호의 입법취지를 고려하면, 원고가 위 보일러실을 사실상 관리하고 있다는 사정만을 들어 원고가 임차임들과 공동으로 사용하는 위 보일러실 전부를 직접 사용하고 있다고 볼 수는 없고 원고가 임차인들에게 임대의 편익을 위하여 제공한 부분을 제외한 나머지만을 직접 사용하고 있는 것으로 봄이 타당하다 할 것이다. 이에 원고가 보일러실 113.05㎡ 중 직접 사용한 면적을 계산하면 위 보일러실의 면적을 원고 및 임차인들의 각 전용사용면적 비율에 따라 안분한 8.82㎡{=113.05+357.28/(357.28+4,577.13)}가 된다. 따라서, 원고가 이 사건 건물 중 직접 사용한 면적은 366.1㎡(=357.28+8.82)이고 그 비율은 7.8%(366.1/4,690.18X100)로서 원고는 이 사건 건물 중 일부를 임대하면서 건물의 연면적이 10% 이상을 직접 사용하지 않았으므로 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. (라) 결국 이 사건 토지 및 건물은 1998년 및 1999년 사업연도에 있어 임대전용 부동산에 해당한다. (3) 정당한 세액 이상과 같은 이유로 1997년 사업연도분 과세표준을 계산함에 있어 이 사건 토지 및 건물을 비업무용 부동산에 해당하지 않는 것으로 보아 그에 따른 차입금 지급이자를 손금에 산입하고, 1998년 및 1999년 사업연도분 과세표준을 계산함에 있어 위 토지 및 건물을 임대전용 부동산에 해당하는 것으로 보아 그에 따른 차입금 지급이자를 손금불산입한 다음, 이 사건 과세처분의 정당한 세액을 계산하면 별지 ‘세액 계산표’ 기재와 산입한 다음, 이 사건 과세처분의 정당한 세액을 계산하면 별지 ‘세액 계산표’ 기재와 같이 380,094,006원이 된다{1997년 사업연도에서 손금불산입된 위 7,467,792원을 손금산입하였음에도 그에 따른 정당한 세액이 이 사건 과세처분의 금액을 초과하는 것은 2004. 7. 23.자 국세심판결정에 따른 감액경정 당시 공제감면세액 중 중소기업에 대한 특별감면세액을 계산함에 있어 과세표준과 산출세액이 변동되었으므로 공제감면세액을 209,073,192원(을 제7호증의 9 참조)에서 164,194,850원(을 제8호증의 5 참조)으로 감액하여야 함에도 이를 반영하지 않고 과세표준과 산출세액이 변동되기 전인 공제감면세액인 위 209,073,192원을 그대로 공제함으로써 감액경정이 과다하게 이루어졌기 때문인 것으로 보인다}. 3. 결 론 그렇다면, 이 사건 과세처분은 위 정당한 세액에 미치지 못하므로 정당한 세액을 초과하는 부분이 존재함을 전제로 한 원고의 청구는 이유 없이 이를 기각하여야 할 것인바, 이와 결론을 같이 한 제1심 판결은 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 관계 법령 [1997년 사업연도 부분] ■ 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것) 제18조의3 (지급이자의 손금불산입) ■ 법인세법 시행령(1998. 5. 16. 대통령령 제15797호로 개정되기 전의 것) 제43조의2 (지급이자의 손금불산입) ■ 법인세법 시행규칙(1997. 12. 31. 총리령 제675호로 개정되기 전의 것) 제18조 (지급이자의 손금불산입) ■ 법인세법 시행규칙(1997. 12. 31. 총리령 제675호로 개정되고, 1998. 3. 21. 재정경제부령 제12호로 개정되기 전의 것) 제18조 (지급이자의 손금불산입) [1998년 및 1999년 사업연도 부분] ■ 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것) 제18조의3 (지급이자의 손금불산입) ■ 법인세법 시행령(1998. 5. 16. 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 것) 제43조의2 (지급이자의 손금불산입) ■ 법인세법 시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 개정되기 전의 것) 제18조 (지급이자의 손금불산입) ■ 조세특례제한법(1999. 12. 28. 법률 제6045호로 개정되기 전의 것) 제135조 (차입금 과다법인의 지급이자 손금불산입) ■ 조세특례제한법 시행령(1999. 12. 31. 대통령령 제16669호로 개정되기 전의 것) 제129조 (차입금 과다법인의 지급이자 손금불산입) ■ 조세특례제한법 시행규칙(2001. 3. 28. 재정경제부령 제184호로 개정되기 전의 것) 제56조 (차입금 과다법인의 지급이자 손금불산입 특례) 【주 문】 1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다. 【청구취지】 피고가 2003. 4. 10. 원고에 대하여 한 2000 사업년도 귀속 법인세 378,726,775원중 3,909,286원을 초과하는 부분을 취소한다. {원고는 2003. 4. 12. 처분의 취소를 구하나 이는 2003. 4. 10.의 오기로 보이고, 또한 2000 사업년도 귀속 법인세 653,588,050원 중 278,770,561원을 초과하는 부분의 취소를 구하나 이는 국세심판원의 결정에 따른 2004. 9. 7 피고의 경정에 의하여 378,726,775원으로 감액되어 이를 초과하는 부분은 이미 취소되었으므로, 잔존하는 378,726,775원의 부과처분 중 3,909,286원을 초과하는 부분(374,817,489원)의 취소를 구하는 취지로 본다.} 【이 유】 1. 기초사실 가. 원고는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○○에서 유리제조 및 판매업 등을 영위하다가 기존의 유리제조 시설을 철거하고 1996. 6. 12경 ○○시 ○○리 ○○○으로 공장을 이전하였으며, 한편 1996. 4. 13. 원고의 목적사업에 ‘운동설비 운영업’을 추가하고 1996. 10.경 종전의 ○○사업장 공장부지인 ○○시 ○○구 ○○동 ○○○ 잡종지 29,182㎡에 있던 기존의 지하 1층 지상 3층 사무실 합계 1,407.98㎡에 대하여 골프연습장으로의 용도변경 및 증축허가를 받아, 1997. 7.경 철근콘크리트˙철골조 슬래브지붕 지하 1층 지상 3층 운동시설(골프연습장) 지층 600.65㎡, 1층 1,494.17㎡, 2층 1,359.92㎡, 3층 1,235.44㎡ 합계 4,690.18㎡(이하 이 사건 토지 및 건물이라 한다)로 증˙개축하고, 1997. 8. 14. 체육시설업(골프연습장업)의 신고를 하였다. 나. 원고는 1998. 2. 28.까지는 위 골프연습장을 직접 운영하다가, 1998. 3. 1.부터 1999. 4. 9.까지는 원고가 일부를 사용하고 나머지는 (주)○○○ 등에 임대하다가, 1999. 4. 10. 이 사건 토지 및 건물을 ○○○당에 양도하였으며, 1998. 3.경부터 1999. 4. 9.까지의 이 사건 건물에 대한 임대 현황 및 임차인 현황은 다음과 같다.

구분	건물면적	사업면적(㎡)			비고
구분	건물면적	임대면적	직접사용	비율	비고
지층	600.65	487.6	113.05		원고 직접사용부분은 보일러실임
1층	1,494.17	1,494.17
2층	1,359.92	1,359.92
3층	1,235.44	878.16	357.28
합계	4,690.18	4,219.85	470.33	10.03

※ 이 사건 건물의 임대 현황 ※ 임차인 현황

계약일	임차인	물 건	면적(㎡)	임대기간
1997. 7. 8.	이○○	클럽하우스1층 골프샾	31.4	1997. 8. 1.~1999. 7. 31.
1997. 8. 4.	김○○	클럽하우스 1층 식당, 스낵코너, 자판기	482.65	1997. 9. 1.~1999. 8. 31.
1997.12.10.	○○○	골프연습장 시설물 일체	3,705.8	1998. 3. 1.~1999. 4. 9.
계			4,219.85

* 원고와 ○○○간의 임대차계약서에 의하면 ○○○의 임대기간은 1998. 3. 1.부터 1999. 2. 28.까지로 정하여져 있으나, 임대차계약서상의 기간갱신 규정에 의하여 임대기간이 ○○○이 이 사건 건물 및 토지를 양수한 시점인 1999. 4. 9.까지로 연장된 것으로 보인다. 다. 피고는 이 사건 토지 및 건물에 대하여 1997. 1. 1.부터 1998. 2. 28.까지는 비업무용부동산으로, 1998. 3. 1.부터 1999. 4. 9.까지는 차입금이 자기자본의 2배를 초과하는 차입금과다법인이 임대건물의 10%이상을 직접 사용하지 않는 것으로 보고 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것, 이하 구 법인세법이라 한다) 제18조의3 제1항, 제2항 제3호의 각 지급이자 손금불산입 규정을 적용한 결과, 1997년-7,467,792원, 1998년-1,124,919,687원, 1999년-463,052,580원, 2000년-3,518,219원 합계 1,598,958,278원을 각 손금불산입하여, 2003. 4. 10. 원고에 대하여 2000 사업년도 귀속 법인세 653,588,050원 및 2001 사업년도 귀속 법인세 34,503,030원을 경정˙고지하였다. {임대건물의 10%이상을 직접 사용하였는지에 대하여는 보일러실 면적 113.05㎡를 보일러실을 제외한 원고의 직접사용부분인 357.28㎡와 임대면적인 4,219.85㎡으로 안분하여 재산(113.05X357.28/4,577.13=8.82㎡)한 후, 합산된 원고의 전체적인 직접사용면적(357.28+8.82=366.1㎡)이 이 사건 건물 중 차지하는 비율(366.1/4,690.18X100=7.8%)을 계산함} 라. 원고는 2003. 7. 8. 피고의 위 처분에 대하여 국세심판청구를 하였고, 국세심판원은 2004. 7. 23. 피고의 위 처분 중 1998. 1. 1.부터 같은 해 2. 28.까지는 이 사건 건물 및 토지가 비업무용부동산에 해당하지 않는다는 이유로 그 과세표준과 세액을 경정하는 결정을 하였다. 마. 위 국세심판원의 결정에 따라 피고는 위 손금불산입 내역 중 1998년-73,355,921원, 1999년-402,645,497원, 2000년-3,518,219원 합계 479,519,637원의 지급이자 손금불산입을 각 취소하여, 2004. 9. 7. 당초의 2000 사업년도 귀속 법인세 653,588,050원을 378,726,775원으로 감액 경정하였다. 바. 원고는 당초 피고의 원고에 대한 2003. 4. 10. 2000 사업년도 귀속 법인세 653,588,050원 중 105,648,479원을 초과하는 부분과 2001 사업년도 귀속 법인세 34,503,030원 중 5,577,202원을 초과하는 부분의 취소를 구하다가, 2004. 11. 29. 2000 사업년도 귀속 법인세 653,588,050원 중 278,770,561원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 것으로 청구취지를 변경하였다. 사. 피고가 2004. 9. 7. 감액 경정한 378,726,775원 중 3,909,286원은 지급조서미제출가산세이고, 147,649,412원은 임시투자세액공제부인액이고, 5,420,282원은 위 부인액에 따른 미납부가산세이므로, 위 합계 23,978,980원은 이 사건 비업무용 부동산 및 임대전용부동산으로 인한 지급이자 손금불산입과는 관계없는 부분이며, 결국 이 사건 처분 중 비업무용부동산 및 임대전용부동산으로 인한 지급이자 손금불산입과 관계있는 부분은 354,747,795원이다. 아. 원고와 위 임차인들간의 임대차계약서상에는 ‘임차인은 임대차물건의 사용으로 인하여 발생하는 전등전력비, 냉난방비, 청소료, 상하수도료, 기타 제관리비용을 부담하여야 한다’라고 규정되어 있다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 4호증의 각 1, 2, 제5, 6, 7, 8호증의 1, 2, 제10호증의 2, 3, 제24호증의 1, 을 제1 내지 9호증(이상 가지번호 생략), 제10호증의 1, 3, 5, 제12호증의 1 내지 12의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 과세처분의 적법 여부 가. 원고의 주장 (1) 비업무용부동산에 해당하지 않는다는 주장 (가) 원고는 유리제조시설을 ○○에서 ○○으로 옮기면서 ○○공장부지의 매각이 늦어질 것에 대비하여 원고의 목적사업에 ‘운동설비 운영업’을 추가하고 기존의 사무실을 골프연습장 시설로 용도변경하고 이를 증˙개축한 것일 뿐이지 지가 상승을 목적으로 이 사건 건물 및 토지를 보유한 것이 아니므로, 이 사건 토지 및 건물은 비업무용부동산에 해당하지 않는다. (나) 원고는 1996. 6. 12. 원고의 종전 사업장을 폐쇄하고 ○○공장으로 이전한 때로부터 3년이 되지 아니한 1999. 4. 10. 이 사건 건물 및 토지를 일괄 양도한 것이므로, 법인세법시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 개정되기 전의 것, 이하 구법인세법시행규칙이라 한다) 제18조의 제5항 제3호의 ‘법인이 사업의 일부 또는 전부를 휴업˙폐업 또는 이전함에 따라 업무용 부동산에 해당하지 아니하게 된 부동산으로서 그 휴업˙폐업 또는 이전일로부터 3년이 경과되지 아니한 것’ 규정에 의하여 이 사건 토지 및 건물은 비업무용부동산에 해당하지 않는다. (2) 임대전용부동산에 해당하지 않는다는 주장 (가) 피고는 1998. 3. 1.부터 1999. 4. 9.까지의 기간에 대하여 구 법인세법 제18조의3 제2항 제3호의 차입금과다법인의 임대전용부동산 규정을 적용하였으나, 위 규정은 당해 법인이 임대용건물을 신규로 취득한 경우에 한하여 적용하였으나, 위 규정은 당해 법인이 임대용건물을 신규로 취득한 경우에 한하여 적용되는 것인바 원고는 이 사건 건물을 임대용건물로서 신규로 취득한 것이 아니라 기존의 사무실 건물을 용도변경하고 증축한 후 그 일부를 임대한 것일 뿐이므로, 이 사건 건물은 위 규정상의 임대전용부동산에 해당하지 않음에도 불구하고 피고가 위 기간에 대하여 차입금과다법인의 임대전용부동산 규정을 적용한 것은 법령적용을 그르친 위법이 있으며, 위 기간에 대하여도 동조 제1항의 비업무용부동산 규정이 적용되어야 한다. (나) 가사 구 법인세법 제18조의3 제2항 제3호의 차입금과다법인의 임대전용부동산 규정이 적용된다 하더라도 구 법인세법시행규칙 제18조 제5항 제3호의 3년의 유예기간 규정은 비업무용부동산과 마찬가지로 차입금과다법인의 임대전용부동산에도 적용되어야 하므로 이 사건 토지 및 건물은 임대전용부동산에 해당하지 않는다. (다) 피고는 이 사건 건물 중 보일러실에 대하여 원고와 임차인들이 안분하여 사용하는 것으로 계산함으로써 원고가 이 사건 건물의 10%이상을 직접 사용하는 경우에 해당하지 않아 임대전용부동산에 해당한다고 판단하였으나, 이 사건 보일러실은 위험시설로서 임대인인 원고가 타인의 출입을 금지하고 직접 관리하기 때문에, 이를 임차인들과 원고가 안분하여 사용하는 것으로는 볼 수 없고 원고가 직접 사용하는 것으로 보아야 하며, 이 경우 원고는 이 사건 건물의 10%이상을 직접 사용하는 것이 되므로 이 사건 토지 및 건물은 임대전용부동산에 해당하지 않는다 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다. 다. 판단 (1) 비업무용부동산에 해당하지 않는다는 주장에 관하여 (가) 먼저 원고의 지가 상승을 목적으로 이 사건 건물 및 토지를 보유한 것이 아니므로 비업무용부동산에 해당하지 않는다는 주장에 관하여 살펴본다. 구 법인세법 제18조의3 제1항은 법인이 비업무용 부동산을 소유하는 것을 법인의 차입금에 대한 지급이자 등을 손금에 산입하지 아니하는 조건의 하나로 규정하면서 그 비업무용부동산의 범위를 시행령에서 정하도록 위임하고, 그 위임을 받은 시행령 제43조의2는 비업무용부동산의 범위에 관한 일반적인 기준을 제시하는 한편 그 구체적인 내용을 재무부령에서 정하도록 다시 위임하고, 시행규칙 제18조 제3항은 위 시행령 규정의 위임에 따라 비업무용부동산에 해당하는 경우를 개별적으로 열거하고 그 예외사유에 대하여는 제4항에서 이를 열거하여 규정하고 있는바, 위 법과 그 시행령, 시행규칙의 규정 내용을 전체적으로 보면 법 제18조의3의 규정은 ‘법인의 업무와 직접 관련이 없는 것’ 또는 ‘부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 우하여 보유한 것’으로 대통령령이 정하는 것에 대하여는 그와 관련된 차입금의 지급이자를 손금불산입한다는 취지로 보아야 할 것이다. 그러므로 어떤 부동산이 법인의 업무에 직접 사용하는 부동산이라 하더라도 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 각 호의1에 해당한다면 제4항의 예외사우가 없는 한 당해 부동산은 바로 법 제18조의3이 정하는 ‘법인의 업무와 직접 관련이 없는 것’ 또는 ‘부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유한 것’으로 대통령령이 정하는 것에 해당한다고 보아야 할 것이다(대법원 2000. 10. 27. 선고 2000두4316 판결, 2004. 1. 27. 선고 2001두11014 판결 등 참조). 이 사건에 돌아와 살피건대, 위 기초사실 및 체육시설의설치˙이용에관한법률 제10조 제1항 제2호에 의하면 이 사건 건물 및 토지는 골프연습장으로서 법인세법시행규칙(1997. 12. 31. 총리령 제675호로 개정되기 전의 것) 제18조 제3항 제6호의 ‘체육시설용 부동산’에 해당하고, 또한 위 시행규칙 제18조 제4항의 예외사유에도 해당하지 않는바, 위 제3항 제6호 각목의 예외사유가 없는 한 원고가 이 사건 건물 및 토지를 보유하는 것은 ‘법인의 업무와 직접 관련이 없는 것’ 또는 ‘부동산의 이용실태 등으로 보아 지가 상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유한 것’으로 대통령령이 정하는 것에 해당한다고 의제되므로, 결국 이 사건 건물 및 토지는 비업무용부동산에 해당한다 할 것이고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 나아가, 원고는 법인의 주업 판정기준의 변경으로 인하여 이 사건 건물 및 토지가 위 시행규칙 제3항 제6호 다 목의 ‘체육시설업을 주업으로 하는 법인이 소유하는 체육시설업용 부동산’에 해당하므로 비업무용부동산에 해당하지 않는다는 듯한 취지의 주장을 하므로 살피건대, 법인의 주업 판정기준은 1997년까지는 수입금액을 기준으로 하고 있으며 {법인세법시행규칙(1997. 12. 31. 총리령 제675호로 개정된 것) 제18조 제3항에 의하면 비업무용부동산에 있어서 법인의 주업 판정기준이 수입금액에서 고유업무로 바뀌었으나, 동 부칙 제2항에서 ‘이 규칙은 시행후 최초로 종료하는 사업연도분부터 적용한다. 다만, 제18조제2항 내지 제4항의 개정규정중 법인의 고유업무에 관한 사항은 이 규칙 시행후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다.’라고 규정하고 있다}. 1997년도 기준으로 원고의 영업부분 중 수입금액이 가장 큰 업종이 유리 제조˙판매업을 주업으로 하는 원고의 비업무용부동산에 해당한다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. (나) 한편 원고의 종전 사업장을 폐쇄하고 ○○공장으로 이전한 때로부터 3년의 유예기간이 경과하지 않은 1999. 4. 10. 이 사건 건물 및 토지를 일괄 양도한 것이므로 비업무용부동산에 해당하지 않는다는 주장에 관하여 살펴본다. 구 법인세법시행규칙 제18조 제5항 제3호에서 3년의 유예기간 규정을 둔 취지는 법인이 사업의 일부 또는 전부를 휴업˙폐업 또는 이전함에 따라 종전의 사업장이 업무용부동산에 해당하지 아니하게 된 경우 이러한 비업무용부동산을 처분하는데 상당한 시간이 소요될 수 밖에 없는 사정을 감안하여 소정의 유예기간을 둔 것이지, 위 유예기간동안 비업무용부동산을 주업외의 용도로 자유롭게 이용할 수 있는 권리를 보장한 것은 아니라 할 것이므로, 위 유예기간 중에 주업에 해당하지 아니하는 다른 사업으로 시설을 변경하거나 새로운 시설을 설치하여 다른 용도로 사용하는 경우에는 위 유예기간규정이 적용되지 않아 비업무용부동산에 해당한다 할 것이다. 이 사건에 돌아와 살피건대, 위 기초사실에서 살펴본 바와 같이 원고는 1996. 6. 12.경 ○○으로 유리제조시설을 이전한 후 그 유예기간 중인 1996. 10.경 종전의 수원사업장 공장부지인 수원시 팔달구 망포동 555 잡종지 29,182㎡에 있던 기존의 지하1층 지상3층 사무실에 대하여 골프연습장으로의 용도변경 및 증축허가를 받아, 1997. 7.경 철근콘크리트˙철골조 슬래브지붕 지하 1층 지상 3층 운동시설(골프연습장) 지층 600.65㎡, 1층 1,494.17㎡, 2층 1,359.92㎡, 3층 1,235.44㎡, 합계 4,690.18㎡로 증˙개축하였으므로, 이와 같이 유예기간 중에 주업에 해당하지 아니하는 다른 사업으로 시설을 변경하거나 새로운 시설을 설치하여 다른 용도로 사용한 이상 이 사건 건물 및 토지는 위 유예기간 규정이 적용되지 않아 비업무용부동산에 해당한다 할 것이고, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. (2) 임대전용부동산에 해당하지 않는다는 주장에 관하여 (가) 원고의 차입금과다법인의 임대전용부동산 규정은 당해 건물을 임대용건물로서 신규로 취득한 경우에만 적용되어야 하므로 이 사건 건물은 위 규정상의 임대전용부동산에 해당하지 않고, 따라서 1998. 3. 1.부터 1999. 4. 9.까지의 기간에 대하여도 비업무용부동산 규정이 적용되어야 한다는 주장에 관하여 살펴본다. 살피건대, 구 법인세법 제18조의3 제1항의 비업무용부동산 규정과 동조 제2항의 차입금과다법인의 임대전용부동산 규정은 입법취지상 유사한 점이 있다 하더라도 이는 그 요건과 과세계산 등을 달리하는 별개의 제도이며, 이는 차입금과다법인의 임대전용부동산 규정이 구 법인세법 제18조의3 제2항에 규정되어 있다가 비업무용부동산 규정과는 별도로 조세특례제한법(1999. 12. 28. 법률 제6045호로 개정된 것)에 옮겨져 규정된 것을 보더라도 명확하다 할 것이다. 또한 구 법인세법 제18조의3 제2항은 ‘대통령령이 정하는 기준을 초과하여 차입금을 보유하고 있는 법인이 다음 각호의 1에 해당하는 자산을 보유하는 경우’라고 규정하고 있을 뿐 ‘신규로 취득한 경우’로 제한하고 있지 않다. 그렇다면, 차입금과다법인의 임대전용부동산 규정은 차입금과다법인이 당해 건물을 신규로 취득한 경우에 한정하지 않고 차입금과다법인이 임대전용부동산을 보유하는 모든 경우에 적용되어야 할 것이며, 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. (나) 원고의 구 법인세법 제18조의3 제2항 제3호의 차입금과다법인의 임대전용부동산 규정에도 3년의 유예기간 규정이 적용되어야 한다는 주장에 관하여 살펴본다. 살피건대, 위에서 언급한 바와 같이 비업무용부동산 규정과 차입금과다법인의 임대전용부동산 규정이 별개의 제도이며, 또한 구 법인세법시행규칙 제18조 제5항 제3호의 유예기간 규정이 비업무용부동산에 대하여만 적용되는 것으로 명시적으로 규정되어 있는 이상, 이를 유추해석하여 차입금과다법인의 임대전용부동산 규정에까지 적용된다고는 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. (다) 원고의 이 사건 건물 중 보일러실을 원고와 임차인들이 안분하여 사용하는 것이 아니라 원고가 이를 모두 사용하는 것이므로 결국 원고가 이 사건 건물의 10%이상을 직접 사용하고 있는 것으로 보아야 한다는 주장에 관하여 살펴본다. 일반적으로 집합건물에 있어서의 보일러실은 공용부분으로서 구분소유자 전원의 공유에 속하고, 각 공유자의 지분은 그가 가지는 전유부분의 면적의 비율에 의하며, 공용부분의 관리는 구분소유자 및 의결권의 집회결의로써 결정하되, 이는 규약으로써 달리 정할 수도 있는 것이다. 이 사건에 돌아와 살피건대, 위 기초사실에서 살펴본 바와 같이 ① 원고가 이 사건 건물의 상당부분을 여러 명의 임차인에게 나누어 임대한 점, ② 원고와 임차인들간의 임대차계약서상에 ‘임차인은 임대차물건의 사용으로 인하여 발생하는 전등전력비, 냉난방비, 청소료, 상하수도료, 기타 제관리비용을 부담하여야 한다’라고 규정되어 있는 점, ③ 보일러실이 원고 및 임차인 모두의 편리 및 이해와 관계되는 시설공간인 점, ④ 임차인의 임차권이 미치는 범위는 특별한 사정이 없는 한 소유자의 소유권이 미치는 범위와 일치한다고 보아야 하는 점 등을 종합하면, 비록 이 사건 건물이 일반건축물이긴 하나 다수의 임차인이 존재하는 이상 위 보일러실은 집합건물에 있어서 공용부분의 성격을 갖는다고 할 것이고, 집합건물에 있어서 공용부분이 구분소유자의 전유부분의 비율에 안분하여 귀속하는 것과 마찬가지로 이 사건에서의 임차인의 임차권이 미치는 범위 역시 전유부분의 성격을 갖는 임대차계약상의 임대면적뿐만 아니라 임대면적에 포함되지 않은 공용부분의 성격을 갖는 보일러실에 대하여도 그 임대면적에 안분하는 비율에 해당하는 만큼의 부분을 임차하고 있다고 보아야 할 것이며, 다만 원고는 그 현실적 관리만을 담당하고 있는 것으로 보아야 한다. 그렇다면 원고가 이 사건 건물 연면적의 100분의 10이상을 직접 사용하는지 여부를 판단함에 있어서는, 위 보일러실의 면적을 임차인들의 임대면적과 보일러실을 제외한 원고의 직접사용 면적의 비율에 따라 안분하여야 하고, 이에 의거하여 계산할 경우 원고의 직접 사용비율은 7.8% {보일러실 면적 113.05㎡를 보일러실을 제외한 원고의 직접사용부분인 357.28㎡와 임대면적인 4,219.85㎡를 보일러실을 제외한 원고의 직접사용부분인 357.28㎡와 임대면적인 4,219.85㎡으로 안분하여 계산(113.05X357.28/4,577.13=8.82㎡)한 후 합산된 원고의 전체적인 직접사용면적(357.28+8.82=366.1㎡)이 이 사건 건물 중 차지하는 비율을 계산함(366.1/4,690.18X100=7.8%)}에 불과하여 원고가 이 사건 건물 연면적의 100분의 10이상을 직접 사용한다고는 볼 수 없고, 갑 제24호증의 1, 2의 각 기재만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하다. 따라서, 이 사건 건물 및 토지는 임대전용부동산에 해당한다 할 것이고, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. 다. 소결론 따라서, 피고가 이 사건 건물 및 토지에 대하여 1997. 1. 1.부터 1997. 12 .31까지는 비업무용부동산으로 보고, 1998. 3. 1.부터 1999. 4. 9.까지는 임대전용부동산에 해당한다고 보고서 한 이 사건 부과처분은 적법하다 할 것이다. 3. 결 론 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각하고, 소송비용은 패소자인 원고가 부담하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 관계 법령 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것) 제18조의3(지급이자의 손금불산입) 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 것) 제43조의2(지급이자의 손금불산입) 법인세법시행규칙(1997. 12. 31. 총리령 제675호로 개정되기 전의 것) 제18조(지급이자의 손금불산입) 법인세법시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 개정되기 전의 것) 제18조(지급이자의 손금불산입) 조세특례제한법(1999. 12. 28. 법률 제6045호로 개정되기 전의 것) 제135조(차입금 과다법인의 지급이자 손금불산입) 조세특례제한법시행령(1999. 12. 31. 대통령령 제16669호로 개정되기 전의 것) 조세특례제한법시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제87호로 개정되기 전의 것) 제56조(차입금 과다법인의 지급이자 손금불산입)

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2006두9658

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

특례법 제4조

부동산에 관한 법인세법 제18조

법인세법 시행령 제43조

이용에관한법률 제10조

법인세법시행규칙 제18조

법인세법 제18조