+ - 북마크 저장 [행정] 상고사건

대법원 2008.08.21 선고 2006두14513 판결

특수관계자간 이자에 앞선 원금충당행위가 부당행위계산부인 대상인지 여부[국패] 변제받은 금원을 원금에 충당한 것으로 보이는 점, 더구나 원고로서는 대여원금이 남아 있는 이상 그 후의 사업연도에도 계속 위 대여금에 대하여 인정이자가 익금산입되는 불이익을 입게 될 상황이었던 점 등을 보면 위 원금충당행위가 경제적 합리성을 무시한 부당행위계산에 해당한다고 보기는 어려움

【주 문】 상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다. 【이 유】 상고이유를 판단한다. 법인세법 제52조 및 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것) 제20조 소정의 부당행위계산 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 및 구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 것) 제46조 제2항 각 호에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자간의 거래가격, 거래당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2007. 12. 13. 선고 2005두14257 판결 등 참조). 원심이 채용한 증거와 기록에 의하면, 원고의 수출제품을 하청받아 생산·공급하는 주식회사 ○○코(이하 ‘○○코’라 한다)는 원고가 49.9%를 출자하여 설립한 자회사로서 1989. 12.경부터 노사분규로 생산활동이 중단되고 재무상태가 계속 악화된 사실, 이에 원고는 1990. 10. 10.부터 1994. 12. 31.까지 ○○코에게 당좌대월이자율로 금원을 대여한 후 그 미수이자를 1991 사업연도부터 1994 사업연도까지 대차대조표상 익금으로 계상하고 이에 따른 법인세를 납부하여 왔는데, 1994. 12. 31. 현재 대여금 2,573,000,000원과 미수이자 1,641,798,829원이 남게 된 사실, 그런데 피고는 1995. 11.경 원고의 위 대여금은 특수관계자에 대한 업무무관 가지급금으로서 미수이자가 장기간 회수되지 아니한 것은 이자약정이 없었던 것으로 보고 원고에 대하여 그동안 익금으로 계상한 미수이자를 익금불산입하고, 위 대여금에 대한 인정이자를 익금산입하는 한편, ○○코에 대하여는 그동안 손금으로 계상한 위 대여금에 대한 미지급이자를 손금불산입하는 세무조정을 거쳐 1991년부터 1994년까지 법인세에 관한 증액경정처분을 한 사실, 그러자 원고는 1995. 12. 28. ○○코로부터 2,573,000,000원을 변제받으면서 이 사건 변제충당합의에 따라 이를 모두 미수이자에 우선하여 원금에 충당한 사실을 인정할 수 있는바, 원고는 1991년부터 1994년까지 미수이자를 익금으로 계상하여 왔으나 1995. 11.경에 이르러 피고로부터 이자약정이 부인되고 세무회계상 위 미수이자가 익금불산입되는 내용의 세무조정을 받은 점, 위와 같은 세무조정 결과에 따라 원고는 ○○코로부터 변제받은 금원을 원금에 충당한 것으로 보이는 점, 더구나 원고로서는 대여원금이 남아 있는 이상 그 후의 사업연도에도 계속 위 대여금에 대하여 인정이자가 익금산입되는 불이익을 입게 될 상황이었던 점, 한편, 이 사건 변제충당합의는 ○○코의 도산을 막고 원고가 수출할 제품을 원활히 공급받기 위해서 ○○코의 재정사정을 고려한 조치이기도 한 점 등을 종합하면, 원고와 ○○코 사이의 위 원금충당행위가 경제적 합리성을 무시한 부당행위계산에 해당한다고 보기는 어렵다고 할 것이다. 같은 취지의 원심 판단은 그 이유 설시에 다소 부적절한 점이 있으나 그 결론에 있어서 정당한 것으로 수긍이 가고, 거기에 피고가 상고이유에서 주장하는 바와 같은 부당행위계산부인에 관한 법리오해 등 위법이 있다고 할 수 없다. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

【서울고등법원2005누13874 (2006.08.16)】【주 문】 1. 제1심 판결을 취소한다. 2. 피고가 2004.2.1. 원고에 대하여 한, 1998사업연도 법인세 390,682,040원 중 103,949,385원을 초과하는 부분, 1999사업연도 법인세 355,743,000원 중 140,688,677원을 초과하는 부분, 2000사업연도 법인세 293,415,100원 중 108,550,208원을 초과하는 부분, 2001사업연도 법인세 356,001,560원 중 184,968,528원을 초과하는 부분, 2002사업연도 법인세 119,362,220원 중 51,264,564원을 초과하는 부분의 각 부과처분을 취소한다. 3. 소송비용은 제1,2심 모두 피고의 부담으로 한다. 청구취지 및 항소취지 주문과 같다. 【이 유】 1. 처분의 경위 가. 원고는 전자제품 제조 및 무역 등을 목적으로 하는 주식회사인데, ‘특수관계1)’ 있는 소외 주식회사 ooo(종전 상호: ooo공업 주식회사, 이하, ‘ooo’라고 한다)에 대하여 1994. 12. 31. 현재 대여금 25억 7,300만 원과 이에 대한 미수이자 1,641,798,829원의 채권이 잔존한 상태에서 1995.12.28. ooo로부터 25억 7,300만원을 변제받으면서 이를 모두 위 대여원금 채권의 변제에 충당하기로 합의하고(이하, ‘이 사건 변제충당합의’라 한다). 위 미수이자는 그 후 2002. 2 26. 및 2002. 10. 24. 두 차례에 걸쳐 모두 변제 받았다. 나. 피고는 2003.8.경 원고에 대한 세무조사를 실시하여 이 사건 변제충당합의가 법인세법(이하 ‘법’이라고 한다) 제52조, 법 시행령 제88조 제1항 제9호에서 정하고 있는 부당행위로서 조세의 부담을 부당히 감소시킨 경우에 해당한다 하여 이를 부인하고, 1995.12.28.자 변제금 25억 7,300만 원을 이자채권의 변제에 먼저 충당하고 나머지를 원금 변제에 충당하여 원금 1,641,798,829원(① 변제금 25억 7,300만원-미수이자 1,641,798,829원=931,201,171원, ②원금 25억 7,300만원-위 잔액 931,201,171원=1,641,798,829원)이 여전히 잔존하고 있는 것으로 보아 위 잔존원금에 대한 1998사업연도 개시시점부터(1995년부터 1997년분은 법인세부과의 제척기간 도과로 제외함) 위 잔존 원금의 변제가 모두 이루어진 2002.10.24.까지(ooo가 2002.2.26. 및 2002.10.24. 두 차례 원고에게 이자 명목으로 지급한 1,641,798,829원을 위 잔존 원금에 대한 변제금으로 보았다)의 인정이자를 각 사업연도별로 계산하여 이를 각 익금 산입하고 아울러 위 잔존 원금을 법 제28조 제1항 제4호 나목 소정의 업무무관 가지급금으로 보고 위 기간 각 사업연도별 해당범위 내의 차입금 중 위 업무무관 가지급금에 해당하는 부분에 관하여 지급한 이자를 각 손금 불산입하였다. 피고는 그 외에도 원고가 종전에 신고한 감가상각비, 관리비, 지급이자, 부당행위계산부인, 급여 등이 과소신고되었다고 판정하고 과소신고소득분에 대한 세무조정을 거쳐 2004.2.1. 원고에게, 원고가 당초 신고. 납부한 세액에 추가하여 아래 표 기재와 같이 법인세를 부과하였다(이하 ‘이 사건 각 처분이라 한다).

사업연도	인정이자 익금산입	지급이자 손금불산입	과소 신고금액 합계	추가로 부과된 법인세
1998년	388,715,277원	212,947,177원	819,856,053원	390,682,040원
1999년	236,740,882원	176,888,197원	690,842,208원	355,743,000원
2000년	214,117,218원	181,069,994원	631,789,125원	293,415,100원
2001년	232,025,203원	177,886,560원	858,780,911원	356,001,560원
2002년	121,963,953원	79,785,748원	357,184,618원	119,362,220원

※ 원고의 사업연도는 1. 1.부터 12. 31.까지이다. [사실 인정의 근거: 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑4호증의 2 내지 6의 각 기재] 2. 원고의 주장 가. 부당행위계산부인의 위법성 주장 피고는 이 사건 각 처분에 앞서 1995년경 원고의 ooo에 대한 1994.12.31.현재의 미수이자 1,641,798,829원에 관하여, ‘특수관계인과의 자금거래에서 발생한 가지급금에 대한 이자로서 특수관계를 유지하고 있으면서 이자 발생일이 속하는 사업연도종료일로부터 1년이 되는 날까지 이를 회수하지 아니한 것’이라고 하여 구 법인세법 기본통칙 1-2-7...3(1996.8.1. 개정되기 이전의 것)에 근거하여 원고에 대하여는 미수이자 상당액을 인정이자로서 익금 산입함과 아울러 기타 사외유출로 소득처분하고, ooo에 대하여는 위 미수이자 채무를 부인하여 이를 손금 불산입하여 원고 및 ooo에 대하여 법인세 경정처분을 한 적이 있다. 그리하여 원고는 ooo와 사이에 위 금전대차관계를 그대로 존속시킬 경우 위와 같이 앞으로도 세무당국으로부터 대여금에 대하여 향후 발생할 미수이자 상당액을 인정이자로 익금 산입되는 불이익을 계속 입을 수밖에 없어 이를 정리할 필요가 있었고, 한편 ooo는 원고의 자회사로서 원고가 수출하는 물품을 생산하고 있는 회사인데 ooo가 1990년부터 1992년 사이에 장기간의 노사분규 등으로 재무상태가 크게 악화되어 부도직전에 이르러 원고가 금원을 대여하였고 그 어려운 상황이 1995년까지도 계속된 상황에서 ooo가 위 대여금을 변제할 형편이 되지 아니함에도 동일한 사유로 인한 세부담을 피하기 위하여 금융기관으로부터 차용한 금원으로 변제하면서 ooo의 부담을 완화시키기 위하여 위 변제금을 원금에 충당하였으므로, 이와 같은 경위로 이루어진 이 사건 변제충당합의는 경제적으로 합리성이 결여된 행위라고 볼 수 없어 부당행위에 해당하지 아니한다. 나. 신의성실의 원칙 또는 신뢰보호원칙의 위반 주장 피고는 앞서 본 바와 같이 1995. 11.경 원고의 ooo에 대한 미수이자 1,641,798,829원에 관하여 원고에 대하여는 인정이자로서 익금 산입하고, ooo에 대하여는 미지급이자 채무를 부인하여 손금 불산입하는 세무조정을 거쳐 법인세를 각 경정 부과하였는데, 이 사건 처분을 함에 있어서는 종전의 위 행위에 반하여 위 미수이자 채권의 존재를 전제로 이 사건 변제충당합의가 ‘부당행위계산’에 해당한다고 하고 있는바, 이것은 신의성실 및 신뢰보호의 원칙에 위반한 것이다. 다. 제척기간 도과의 주장 피고가 이 사건 변제충당합의를 부당행위계산으로서 부인하여 변제금을 미수이자채권에 먼저 충당하고 미변제 원금이 남아 있음을 전제로 이에 대한 인정이자 상당액의 소득처분을 하기 위해서는 위 변제충당합의가 있던 사업연도 즉, 1995사업연도의 법인세부과 제척기간 내에 하여야 할 것인데, 이 사건 각 처분은 위 사업연도 법인세 부과 제척기간이 경과한 이후에 이루어졌음이 명백하므로 위 각 처분은 무효이다. 라. 가산세 부과의 위법성 주장 피고가 종전 1995.11.경 원고의 ooo에 대한 미수이자를 부인하고 이를 인정이자로 익금산입하고 기타 사외유출로 소득 처분한 것을 신뢰하여 이 사건 변제충당합의 당시 변제금을 위 미수이자 채권에 먼저 충당하여야 한다는 생각을 하지 못한 탓에, 1998사업연도부터 2002사업연도까지 법인세를 신고. 납부할 때 변제금을 미수이자에 먼저 충당할 경우 잔존할 원금에 대한 인정이자를 법인소득으로 미처 신고하지 못하였으므로 위 신고의무 해태에 정당한 사유가 있다. 그럼에도 피고는 위 신고의무 해태를 이유로 가산세를 부과하였으므로, 이 사건 각 처분 중 가산세 부과 부분은 위법하다. 3. 판단 가. 관계법령 별지기재와 같다. 나. 인정되는 사실 (1) ooo는 1970년 경 원고가 49.9%의 지분을 출자하여 설립한 회사로서 원고가 수출하는 전자제품을 하청받아 생산, 공급하는 업체이다. (2) 원고는 ooo가 1989년 경부터 근로자 파업 등으로 생산이 중단되고, 경영이 악화되자 ooo에게 1990. 10. 10.부터 1994. 12. 31.까지 사이에 합계3,507,760,000원을 약정이율은 국세청장이 고시하는 당좌대월이자율로 정하여 대여하고 그 중 원금 합계 934,760,000원을 회수하여. 1994. 12. 31. 현재 미수 원금이 25억7,300만 원 미수이자가 1,641,798,829원(1991사업연도 223,797,349원, 1992사업연도 738,630,477원, 1993사업연도 337,538,626원, 1994사업연도 341,832,377원)에 이르렀다. (3) 원고는 위 대여금과 미수이자를 각 사업연도의 대차대조표상에 계상하였고, ooo도 동액을 차입금과 미지급이자로 대차대조표에 계상하고 이에 따른 세무신고를 하였다. (4) ooo지방국세청은 1995. 11.경 원고에 대한 세무조사를 실시하여 이 사건 대여금을 법 제28조 제1항 제4호 나목 소정의 업무무관 가지급금으로 인정하였고, 그에 따라 피고는 원고가 특수관계자인 ooo로부터 업무무관 가지급금인 이 사건 대여금에 대한 이자를 1년 이상 장기간 회수하지 않고 있으므로 구 법인세법 기본통칙1-2-7...3(1996. 8. 1. 개정되기 전의 것, 그 후 2001. 11. 1. 번호 및 내용이 개정되어 현재는 4-0...6으로 되었다)에 근거하여 이 사건 대여금에 대하여 이자발생일이 속하는 사업연도 종료일로부터 1년이 되는 날까지 회수하지 아니한 미수이자를 익금산입하면서 이를 기타 사외유출로 소득처분하고, ooo에 대하여는 미지급이자 채무를 부인하여 그 발생일이 속하는 사업연도 종료일로부터 1년이 되는 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입하는 세무조정을 거쳐, 1996년 무렵 원고 및 ooo에게 1991년 내지 1994년도분 법인세를 각 경정 부과하였다(이하 96년 경정처분이라고 한다).3) (5) 위 법인세법 기본통칙 1-2-7...3은 다음과 같이 규정하고 있다. ① 특수관계자와의 자금거래에서 발생한 가지급금 등과 동 이자 상당액이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 이를 영 제94조의2 제1항의 규정에 의하여 처분한 것으로 본다. 다만 회수하지 아니한 정당한 사유가 있거나, 회수할 것임이 객관적으로 입증되는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 특수관계가 소멸할 때까지 회수되지 아니한 가지급금 등과 미수이자 2. 특수관계가 계속되는 경우 이자발생일이 속하는 사업연도 종료일로부터 1년이 되는 날까지 회수하지 아니한 미수이자 ② 제1항의 규정에 의한 가지급금 등은 다음 각 호에 게기하는 날이 속하는 사업연도에 처분한 것으로 본다. 1. 가지급금 등: 특수관계가 소멸하는 날 2. 미수이자: 발생일이 속하는 사업연도 종료일로부터 1년이 되는 날. 다만, 1년 이내에 특수관계가 소멸하는 경우 특수관계가 소멸하는 날 ③ 제1항의 규정에 의하여 처분한 것으로 보는 미수이자를 그 후에 영수하는 때에는 이를 이월익금으로 보아 영수하는 사업연도의 소득금액계산상 익금에 산입하지 아니한다. ④ 제1항의 규정에 의하여 처분한 것으로 보는 미수이자에 상당하는 다른 상대방의 미지급이자는 이를 실제로 지급할 때까지는 채무로 보지 아니한다. 따라서 동 미지급이자는 그 발생일이 속하는 사업연도 종료일로부터 1년이 되는 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산상 익금에 산입하고, 동 미지급이자를 실제로 지급하는 사업연도의 소득금액계산상 손금에 산입한다. (6) 원고는 위 1의 가항에서 인정한 바와 같이 위 법인세경정처분 직후인 1995. 12. 28. ooo로부터 25억 7,300만 원을 지급받으면서 이를 대여원금 채권의 변제에 충당하기로 합의하고, 미수이자 1,641,798,829원은 2002. 2. 26. 및 2002. 10. 24. 두차례에 걸쳐 변제받았는데, 피고는 2003.8. 원고에 대하여 세무조사를 한 결과 위 1의 나항과 같은 경위로 이 사건 처분을 하게 되었다. (7) 한편, 피고가 이 사건 변제충당을 부인한 결과 늘어난 원고의 각 사업년도별 과세표준과 이 사건 각 처분 중 그와 관련하여 추가로 부과된 법인세는 다음 표와 같다.

사업연도	당초신고된 과세표준	이 사건 변제충당 부인으로 인해 증가된 과세표준	원고가 종전에 납부한 법인세	이 사건 변제충당 부인으로 인해 추가로 부과된 법인세
1998년	1,991,578,760원	601,662,354원	545,642,052원	286,732,655원
1999년	6,246,512,316원	413,629,079원	1,737,023,448원	215,054,323원
2000년	2,545,253,794원	395,187,212원	700,671,062원	184,864,892원
2001년	2,038,065,458원	409,911,763원	558,658,328원	171,033,032원
2002년	2,515,973,056원	201,749,701원	667,312,725원	68,097,656원

[사실 인정의 근거: 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제5호증의 기재, 변론전체의 취지] 다. 제척기간 도과주장에 대한 판단 법인세는 법령 또는 법인의 정관 등에서 정하는 1회계기간의 각 사업연도의 소득 등에 대하여 과세기간이 종료한 때에 성립하고. 법인세를 부과할 수 있는 날은 과세표준과 세액 신고기한인 사업연도 종료일로부터 3개월이 만료된 다음날이며, 이 날로부터 5년을 경과하면 법인세의 부과권은 제척기간의 도과로 소멸한다. 그러므로 법인세의 부과권은 각 사업연도에 성립하는 법인세가 있으면 과세기간 만료일 3개월 다음날부터 제척기간이 진행하는 것이고, 조세채무의 성립에 영향을 주는 원인행위가 있었던 시점을 기준으로 진행하는 것은 아니다. 이 점에 관한 원고의 주장의 이유없다. 라. 부당행위계산부인의 위법성주장에 대한 판단 법인세법 소정의 ‘부당행위계산’이라 함은 납세자가 정상적인 경제인의 합리적 거래형식에 의하지 아니함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위계산을 말하고, 법인세법 제52조에서 부당행위계산 부인 규정을 둔 취지는 법인과 특수관계자와의 거래가 구 법인세법시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 이전의 것) 제88조 제1항 각호에 정한 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되어 조세법적인 측면에서 부당한 것이라고 보일 때 과세권자가 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하고자 하는 것인바, 경제적 합리성의 유무에 대한 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 할 것이다(대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두7268 판결 등 참조). 살피건대, 이 사건은 원고가 특수관계자법인인 ooo에게 당좌대월이자율로 금원을 대여한 후 1995. 12. 28. ooo로부터 차용금 25억 7,300만 원을 변제받으면서 이를 미지급된 이자 1,641,798,829원에 충당하지 않고 원금에 먼저 충당한 사안인바, 원고가 위 변제금을 원금에 먼저충당할 경우 원고는 이자에 먼저 충당하는 경우의 잔존 원금해당부분에 대한 이자 상당액만큼 손실을 입게 되고. ooo로서는 그에 상응하는 이익을 입게 되므로, 위 변제금의 원금에의 우선충당행위는 조세의 부담을 감소시키는 행위에는 해당한다고 볼 수 있다. 그러나 민법 제476조는 당사자의 지정 또는 합의에 의한 변제충당의 유효성을 인정하고 있으므로 법정변제충당과는 충당의 순서를 달리하는 이 사건 변제충당합의가 부당한 조세감소행위에 해당하는지는 검토를 요한다. 먼저 법적 관점과 관련하여 살펴보면, 원고는 1991년부터 1994년 사이에 ooo에 대한 대여금의 미수이자를 대차대조표상에 자산으로 계상하여 익금산입하고 이에 따른 법인세를 납부하여 왔는데, 피고는 1995년 말에 이르러 원고가 특수관계자로부터 1년 이상의 기간 이자를 회수하지 아니하였다고 하여 다시 인정이자를 익금산입하고 기타사외유출로 소득처분하는 96년 경정처분을 하였다. 이 경정처분은 아직 지급받지 아니한 미수이자를 회수하여 사외유출한 것으로 보고 과세한 후 원고가 미수이자를 실제로 지급받으면 그때에는 이를 이월익금으로 보고 과세하지 아니하는(익금불산입) 형식을 취하고 있다. 원고로서는 1991년 내지 1994년 법인세신고서 ooo에 대한 미수이자를 익금으로 계상하여 법인세를 납부하였고, 96년 경정처분에 의하여 동일한 미수이자에 대하여 한번 더 인정이자로서 과세를 당하였으며, 더욱이 그 경정처분의 내용이 미수이자가 회수되어 사외유출된 것으로 간주하는 내용이었으므로, 이 사건 변제충당 합의시 원고로서는 이와 같은 경우라면 위 미수이자를 어떻게 처분하여도 다시 과세당하지는 않을 것이라고 생각하여도 큰 무리는 아니라고 볼 수 있다. 다음 경제적 상황과 연관하여 살펴보면 ooo는 원고가 49.9%를 출자하여 설립한 회사로서 주로 원고가 수출하는 제품을 하청 받아 생산. 공급하는 회사인데, 1990회계연도부터 1994회계연도까지 계속하여 적자를 발생하고 1995년에 약간의 흑자가 났으나 여전히 사정이 어려워 원금 및 이자를 변제하기 어려운데도 그 후 연도에 계속하여 미지급이자를 익금산입당하는 과세를 피하기 위하여 금융기관에서 차입한 돈으로 원고에게 대여금을 변제하는 상황이었고, 원고는 ooo의 어려운 재무상황은 알고 있으나 자신도 그 후의 연도에 계속하여 인정이자의 과세를 당하는 것을 피하여야하는 입장이었으므로, 원고와 ooo는 어쨌든 ooo가 원고에게 대여금과 이자 중 일부를 변제하기로 하되 앞서 본 법적 관점 등을 고려하여 가장 적절한 방법으로서 원금에 해당하는 액수를 먼저 변제하면서 이를 원금에 먼저 충당하기로 합의하였던 것으로 보인다. 위에서 본 법적 관점과 경제적 상황 등을 고려하여 보면 원고와 ooo 사이의 위 원금충당행위가 정상적인 경제인의 합리적 거래가 아니라고 할 수는 없다(96년 경정처분이 없이 이 사건 처분만 있는 경우와는 사정이 다르다고 할 것이다). 따라서 위 변제충당합의가 부당행위계산으로서 부인됨을 전제로 하는 이 사건 과세처분은 위법하다 할 것이다. 라. 정당한 세액의 계산 원고가 지급하여야 할 정당한 과세표준은 아래 표 ①항의 당초 신고된 과세표준에서 이 사건 대여금과 관련되지 않은 ②항의 증가된 과세표준{= 위 1의 나항 표 상의 과소신고금액 합계 - (인정이자 익금산입 + 지급이자 손금불산입)}을 합한 금액이고, 정당한 세액은 ③추가로 부과된 법인세에서 ④이 사건 변제충당 부인으로 인해 추가로 부과된 법인세를 공제한 ⑤정당세액이라 할 것이므로 ③항 기재 추가로 부과된 법인세중 ⑤항 기재 정당세액을 초과하는 부분은 취소되어야 할 것이다.

사업연도	①당초 신고된 과세표준	②증가된 과세표준	③추가로 부과된 법인세	④이 사건 변제충당 부인으로 인해 추가로 부과된 법인세	⑤정당세액
1998년	1,991,578,760원	218,193,599원	390,682,040원	286,732,655원	103,949,385원
1999년	6,246,512,316원	277,213,129원	355,743,000원	215,054,323원	140,688,677원
2000년	2,545,253,794원	236,601,913원	293,415,100원	184,864,892원	108,550,208원
2001년	2,038,065,458원	448,869,148원	356,001,560원	171,033,032원	184,968,528원
2002년	2,515,973,056원	155,434,917원	119,362,220원	68,097,656원	51,264,564원

3. 결 론 그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 이를 기각한 제1심 판결은 부당하므로 이를 취소하고, 원고의 항소는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 관계 법령 [법인세법] 제28조 (지급이자의 손금 불산입) ① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. 4. 다음 각 목의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 당해 자산 가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다) 나. 제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자에게 당해 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령이 정하는 것 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할세무서장 또는 관할 지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율.이자율.임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. ③ 내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계자와 거래한 내역이 기재된 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. ④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. [법인세법시행령(2001.12.31. 대통령령 제17457호로 개정되기 이전의 것)] 제53조 (업무무관자산 등에 대한 지급이자의 손금불산입). ① 법 제28조 제1항 제4호 나목에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(괄호 안 생략)을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금액을 제외한다. ② 법 제28조 제1항 제4호에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액”이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 지급이자 X 제1항 및 제49조 제1항의 규정에 의한 자산 가액의 합계액(총 차입금을 한도로 한다)/총 차입금 제88조 (부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우를 제외한다. 9. 기타 제1호 내지 제8호에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우 ② 제 1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자 간의 거래(특수관계자외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항 제8호 가목 및 법 제45조 제1항 제1호의 규정에 의한 특수관계에 있는 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다. 끝.

* 주석 * 1) * 주석 * 2) * 주석 * 3)

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2006두14513

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

법인세법 시행령 제46조 제88조

법인세법시행령 제88조

법인세법 제20조 제52조

민법 제476조

[ 참조판례 ]