+ - 북마크 저장 [행정] 항소사건

서울고등법원 2007.06.27 선고 2006누27290 판결

토지 저가 임대료의 부당행위계산부인시 적정임대료[일부패소] 토지가 자연녹지지역이고, 도시계획시설 부지에 편입되어 일반 물건의 적치조차 할 수 없었으며, 산업쓰레기가 매립되어 토지 이용이 상당히 제한된 상태에 있어국유재산법에 의하여 임대요율를 적용한 것은 합리적이지 못함

【주 문】 1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다. 가. (1) 피고 ○○세무서장이 2004. 6. 1. 원고에 대하여 한 1999년 제1기 부가가치세 555,530원, 1999년 제2기 부가가치세 521,230원, 2000년 제1기 부가가치세 561,290원, 2000년 제2기 부가가치세 643,325원, 2001년 제1기 부가가치세 596,293원, 2001년 제2기 부가가치세 608,898원, 2002년 제1기 부가가치세 413,376원, 2002년 제2기 부가가치세 395,058원의 부과처분을 취소하고, (2) 피고 ○○세무서장이 2004.5.13. 원고에 대하여 한 1998년 귀속 종합소득세 12,484,650원의 부과처분을 각 취소한다. 나. 원고의 피고들에 대한 나머지 청구를 각 기각한다. 2. 소송비용은 제1, 2심을 통틀어 이를 5분하여 그 1은 원고가, 나머지는 피고들이 각 부담한다. 【청구취지, 항소취지 및 부대항소취지】 1. 청구취지 주문 제1의 가. 항과 같은 판결 및 피고 ○○세무서장이 2004.6.1 원고에 대하여 한 2003년 제1기 부가가치세 335,827원의 부과처분을 취소하고, 피고 ○○세무서장이 2004.6.1. 원고에 대하여 한 1999년 귀속 종합소득세 10,917,090원, 2000년 귀속 종합소득세 13,453,856원, 2001년 귀속 종합소득세 12,547,682원, 2002년 귀속 종합소득세 8,812,194원의 부과처분, 2005.11.15. 원고에 대하여 한 2003년 귀속 종합소득세 12,462,675원의 부과처분을 각 취소한다. 2. 항소취지 제1심 판결 중 피고들 패소부분을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다. 3. 부대항소취지 제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소한다. 피고 ○○세무서장이 2004.6.1. 원고에 대하여 한 1999년 귀속 종합소득세 10,917,090원의 부과처분을 취소한다. 【이 유】 1. 처분의 경위 다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 2호증, 갑 제3호증의 1 내지 5, 갑 제4 내지 6호증, 갑 제7호증의 1, 2, 갑 제8, 16,17호증, 을 제1호증의 1 내지9, 을 제2호증의 1 내지 4, 을 제3호증의 1 내지 5, 을 제4호증의 1 내지 3, 을 제16호증의 1 내지 7, 을 제17호증의 1 내지 5의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이를 인정할 수 있다. 가. 원고는 주식회사 ○○○○(이하 ‘○○○○’이라 한다)의 대표이사이자 총발행주식 300,000주 중 90%에 해당하는 270,000주를 보유한 대주주로서 1991.3.30.경 서울 ○○구 ○동 789 전 1,551㎡, 같은 동 789-2 전 2,352㎡(2002.8.2. 위 ○동 789로부터 분할등기되었다), 같은 동 793 잡종지 118㎡, 같은 동 794 잡종지 54㎡ 합계 4,075㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 중 1,983㎡를 ○○○○에 보증금 3,000만 원에 차임은 없이 임대하는 것으로 임대차계약을 체결하였다가, 2000.10.9.경 이 사건 토지 중 3,636㎡를 보증금 1억 5,000만 원에 차임은 없이 임대하는 것으로 임대차계약을 갱신하였고, 그에 따라 부동산임대수입금액을 각 계산하여 당해 과세기간의 부가가치세 및 종합소득세를 신고납부하였다. 나. 그런데 ○○○○은 ○○○○주식회사(이하 ‘○○○○’라 한다)와 사이에 2000.10.5. 이 사건 토지 중 2,975㎡를 보증금 1억 2,000만 원, 차임 월 900만 원, 기간 2000.10.13.부터로 정하여 전대차계약을 체결하였다가, 주식회사 ○○○○(이하 ‘○○○○’라 한다)와 사이에 2001.9.14. 이 사건 토지 중 3,636㎡를 보증금 3억 원, 차임 월 1,430만 원, 기간 2001.9.30.부터로 정하여 전대차계약을 체결하였다. 다. 피고들은 원고가 특수관계자인 ○○○○에게 이 서건 토지 중 일부(2000.10.8.까지는 1,983㎡, 2000.10.9. 이후에는 3,636㎡)를 시가보다 낮게 임대한 것으로 보고 원고가 신고한 위 소득금액을 부당행위계산부인하여, ① 피고 ○○세무서장은 부가가치세법 제13조 제1항 제3의2호에 규정하는 용역의 시가를 1998.1.1.부터 2001.9.30.까지는 ○○○○이 ○○○○와 체결한 전대차계약에 따라 보증금 1억 2,000만 원, 월세 900만 원, 2001.10.1.부터 2003.6.30.까지는 ○○○○이 ○○○○와 체결한 전대차계약에 따라 보증금 3억 원, 월세 1,430만 원으로 산정한 임대수입금액을 각 과세기간별 부가가치세 표준으로 하여 2004.6.1. 원고에게 1999년 1기분부터 2003년 1기분까지의 가간 동안에 대하여 별지1 부과처분 내역(이하 ‘별지1 과세목록’이라 한다)의 부가가치세 경정고지세액란 기재와 같이 부가가치세를 경정고지하였고, ② 피고 ○○세무서장은 위 임대수입금액 결정금액에(다만, 2003년 귀속분은 ○○○○이 ○○○○와 체결한 전대차계약을 기준으로 이 사건 토지 중 임대면적에 해당하는 적정 임대료를 산정하여 피고 ○○세무서장이 임대수입금액을 결정) 표준소득률(80%, 가산율 10%)을 적용하여 소득금액을 계산하여 원고에게 2004.5.13. 1998년 귀속분, 2004.6.1. 1999년 귀속분부터 2002년 귀속분까지 별지1 과세 목록의 종합소득세 경정고지세액란 기재와 같이 종합소득세를 경정고지하고, 2005.11.15. 2003년도분에 대하여 임대수입금액을 171,707,837원 증액한 후 소득금액을 산출하여 별지1 과세 목록의 종합소득세 경정고지세액란 기재와 같이 종합소득세를 경정고지하였다. 라. 원고가 이에 불복하여 2004.7.14. ○○지방국세청장에게 이의신청을 제기하자(다만, 2005.11.15.자 종합소득세 부과처분은 제외), ○○지방국세청장은 2004.10.25. 피고 ○○세무서장이 2004.6.1. 원고에 대하여 한 1999년 1기부터 2003년 1기 부가가치세 부과처분은 부동산임대용역의 공급가액을 1999.1.1.부터 2000.10.12.까지의 기간에 대하여는 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호에 의하여 계산한 금액으로 경정하고, 피고 ○○세무서장이 2004.5.13. 원고에 대하여 한 1998년 귀속 종합소득세 44,509,670원과 2004.6.1. 원고에 대하여 한 1999년부터 2002년 귀속 종합소득세 263,304,790원은 부동산임대소득을 1998.1.1.부터 1998.12.31.까지 기간에 대하여는 구 국유재산법시행령(2000.7.27. 대통령령 제16913호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구국유재산법시행령’이라 한다) 제26조 제1항 제3호에 의하여, 1999.1.1.부터 2000.10.12.까지 기간에 대하여는 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호에 의하여 계산한 금액으로 경정한다는 결정을 하였다. 마. 피고들은 이에 따라 1998.1.1.부터 1998.12.31.까지의 임대수입금액은 구국유재산법시행령 제26조 제1항 제3호의 규정에 의하여 임대면적의 개별공시지가 955,806,000원에 최저 국유토지 임대요율 5%를 곱한 47,790,300원으로, 1999.1.1.부터 2000.10.12.까지의 임대수입금액은 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호의 규정에 의하여 1999년 임대수입금액을 35,842,725원으로, 2000년 임대수입금액을 59,833,363원으로 계산하여 그 고지세액을 별지2 1차 감액경정 내역(이하 ‘별지2 과세목록’이라한다)의 1차 감액경정세액란 기재와 같이 각 해당 부분에 대하여 감액경정하였다. 바. 원고는 2004.12.24. 피고들을 상대로 2003년 귀속 종합소득세 부과처분을 제외한 나머지 과세처분에 대하여, 2005.12.2. 위 2003년 귀속 종합소득세 부과처분에 대하여 국세심판원에 각 심판청구를 하였으나, 국세심판원은 2005.7.11. 위 2004.12.24.자 심판청구를, 2006.4.25. 위 2005.12.2.자 심판청구를 각 기각하는 결정을 하였다. 사. 그런데, 피고들은 당심에서 소송계속 중이던 2007.5.25.경 2000.10.13.이후의 임대수입금액에 대하여도 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호의 규정을 적용하기로 하고, 2000년 임대수입금액을 45,029,368원으로, 2001년 임대수입금액을 46,860,321원으로, 2002년 임대수입금액을 36,335,676원으로, 2003년 임대수입금액을 38,872,837원으로 각 계산하여 그 고지세액을 별지3 최종 감액경정 내역(이하 ‘별지3 과세목록’이라 한다)의 최종감액경정세액란 기재와 같이 각 해당 부분에 대하여 감액경정하였다(이하 피고의 과세처분 중 최종 감액경정처분에 의하여 감액되고 남은 처분을 이하 ‘이 사건처분’이라 한다, 별지3 과세목록의 최종감액경정후 잔여세액란 기재 참조) 2. 이 사건 처분의 적법 여부 가. 원고의 주장 (1) 원고는 ○○○○에 이 사건 토지를 임대하면서 임차인인 ○○○○으로 하여금 이 사건 토지에 대한 종합토지세 등 관련 세금을 부담하도록 하였기 때문에 보증금 등을 다소 낮게 책정하였던 것이므로 원고의 ○○○○에 대한 이 사건 토지의 임대를 사회통념에 비추에 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 부당행위로 볼 수 없으므로 , 보충적 평가방법을 적용하여 원고에 대한 소득을 산정한 것은 부당하다. (2) 가사 원고의 행위가 부당행위에 해당한다고 하더라도 이 사건 토지의 특수성을 무시하고 1998년도 소득금액을 산정함에 있어서 구 국유재산법시행령 제26조를 적용할 아무런 근거가 없으며, 보충적 평가방법에 관한 근거규정 중 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호의 적용근거인 부가가치세법시행령 제50조 제1항 제2호는 2002.12.30. 신설된 만큼 그 이전 기간 동안에는 위 부가가치세법시행령 규정을 적용할 수 없다는 점 등에 비추어 같은 기간 동안 임대료 상당 소득금액에 대한 산정은 위법하다. 나. 관계법령 ○ 부가가치세법 제13조(과세표준) ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다. 1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가 2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가 3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가 3의2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가 4. 폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가 ⑤ 제1항 내지 제4항 이외에 과세표준의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 부가가치세법(1999.12.28. 법률 제6049호로 개정되기 전의 것)제13조 (과세표준) ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다. 1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가 2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가 3. 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가 4. 폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가 ○ 부가가치세법 시행령(2002.12.30. 대통령령 제17827호로 개정되어 시행되다가 2006.2.9. 대통령령 제19330호로 개정되기 전의 것) 제50조(시가의 기준) ① 법 제13조제1항 각호에 규정하는 시가는 다음 각호에 정하는 가격으로 한다. 1. 사업자가 특수관계에 있는 자(「소득세법 시행령」제98조 제1항 각호 또는 「법인세법 시행령」제87조 제1항 각호에 규정된 자를 말한다. 이하 같다)외의 자와 당해 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격 2. 제1호의 규정에 의한 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 「소득세법 시행령」제98조 제3항 및 제4항 또는 「법인세법 시행령」 제89조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 가격 ○ 구 부가가치세법 시행령 (2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정되어 시행되다가 2002.12.30. 대통령령 제17827호로 개정되기 전의 것) 제50조(시가의 기준) ① 법 제13조제1항 각호에 규정하는 시가는 다음 각호에 정하는 가격으로 한다 1. 사업자가 특수관계에 있는 자(소득세법 시행령 제98조 제1항 각호 또는 법인세법 시행령 제87조 제1항 각호에 규정된 자를 말한다. 이하 같다)외의 자와 당해 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격 2. 제1호의 규정에 의한 가격이 없거나 시기가 불분명한 경우에는 소득세법 시행령 제98조 제3항 또는 법인세법 시행령 제89조 제2항 규정에 의한 가격 ○ 부가가치세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것) 제50조 (시가의 기준) ① 법 제13조제1항 각호에 규정하는 시가는 사업자와 특수관계가 있는 자(소득세법 시행령 제98조 제1항 각호 또는 법인세법 시행령 제87조 제1항 각호에 규정된 자를 말한다. 이하 같다)외의 자와의 정상적인 거래에 있어서 형성되는 가격으로 한다. ○ 소득세법 제18조 (부동산임대소득) ① 부동산임대소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다. 1. 부동산 또는 부동산상의 권리의 대여로 인하여 발생하는 소득 ③ 제1항에서 “대여”라 함은 전세권 기타 권리를 설정하고 그 대가를 받는 것과 임대차계약 기타 방법에 의하여 물건 또는 권리를 사용 또는 수익하게 하고 그 대가를 받는 것을 말한다. ○ 소득세법 제21조(기타소득) ① 기타소득은 이자소득 · 배당소득 · 부동산임대소득 · 사업소득 · 근로소득 · 일시재산소득 · 연금소득 · 퇴직소득 · 양도소득 및 산림소득외의 소득으로 다음 각호에 규정하는 것으로 한다. 9. 지역권 · 지상권(지하 또는 공중에 설정된 권리를 포함한다)을 설정 또는 대여하고 받는 금품 ○ 소득세법 제41조(부당행위계산) ① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 부동산임대소득 · 사업소득 · 일시재산소득 · 기타소득 또는 산림소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계있는 자와의 거래로 인하여 당해 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 거주자의 행위 또는 계산에 관계없이 당해연도의 소득금액을 계산할 수 있다. ② 제1항의 규정에 의한 특수관계 있는 자의 범위 기타 부당행위계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 소득세법 제80조(결정과 경정) ① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의하여 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 당해연도의 과세표준과 세액을 결정한다. ② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준확정신고를 한 자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다. 1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때 2. 제163조의 규정에 의한 매출·매입처별계산서합계표 또는 제164조·제164조의2의 규정에 의한 지급조서의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때 3. 제162조의2 및 부가가치세법 제32조의2의 규정에 의하여 신용카드가맹점가입대상자 또는 현금영수증가맹점가입대상자로 지정받은 사업자가 정당한 사유없이 신용카드가맹점 또는 현금영수증가맹점으로 가입하지 아니한 경우로서 시설규모나 업황으로 보아 신고내용이 불성실하다고 판단되는 때 ③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 제2항의 규정에 의하여 당해연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득금액을 추계조사결정할 수 있다. ○ 구 소득세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18705호로 개정되기 전의 것) 제98조(부당행위계산의 부인) ② 법 제41조에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 때를 말한다. 1. 특수관계 있는 자로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계 있는 자에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때 2. 특수관계 있는 자에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율등으로 대부하거나 제공한때, 다만, 직계비속에게 주택을 무상으로 사용하게 하고 직계존비속이 당해 주택에 실제 거주하는 경우를 제외한다. 3. 특수관계 있는 자로부터 금전 기타 자산 또는 용역을 높은 이율등으로 차용하거나 제공받은 때 4. 특수관계 있는 자로부터 무수익자산을 매입하여 그 자산에 대한 비용을 부담하는 때 5. 기타 특수관계 있는 자와의 거래로 인하여 당해연도의 총수입금액 또는 필요경비 계산에 있어서 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때 ③ 제2항 제1호의 규정에 의한 시가의 산정에 관하여는 「법인세법 시행령」 제89조 제1항 및 제2항의 규정을 준용한다. ④ 제2항 제2호 내지 제5호의 규정에 의한 소득금액의 계산에 관하여는 법인세법 시행령 제89조 제3항 내지 제5항의 규정을 준용한다.<신설 1998.12.31.> ○ 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. ③ 내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계자와 거래한 내역이 기재된 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. ④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 법인세법 시행령 (2000.12.29. 대통령령 제17033호로 개정되어 시행되다가 2007.2.28. 대통령령 제9891호로 개정되기 전의 것) 제89조 (시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자와의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다. ④ 제88조 제1항 제6호의 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다. 1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액 ⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다. ○ 구 법인세법시행령(1998.12.31. 대통령령 제15970호로 전문개정되어 시행되다가 2000.12.29. 대통령령 제17033호로 개정되기 전의 것) 제89조 (시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다. ④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다. 1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 다음 각목의 금액중 큰 금액 가. 당해 자산의 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액 나. 당해 자산의 감가상각비(기준내용연수와 그에 따른 상각률 및 제26조 제4항의 규정에 의한 감가상각방법에 의하여 계산한 당해 사업연도중의 임대차기간에 해당하는 상각범위액을 한도로 한다)및 공과금·수선비 등 그 자산을 유지·관리함으로서 발생하는 비용의 합계액 ⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다. ○ 구 국유재산법(2000.7.27.대통령령 제16913호로 개정되기 전의 것)제26조 (사용료율과 평가방법) ① 법 제25조 제1항의 규정에 의한 연간 사용료는 당해 재산의 가액에 다음 각호의 요율을 곱한 금액으로 하되, 월할 또는 일할계산할 수 있다. 다만, 다른 법령에서 국유재산의 사용료에 대하여 달리 규정하고 있는 경우에는 그 법령에 의한다. 3. 기타의 경우 : 1천분의 50이상, 다만, 주거용의 경우는 1천분의 25이상. 다. 인정사실 다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 앞에서 든 증거와 갑 제7호증의 1내지 3, 갑 제9,11호증, 갑 제13호증의 1 내지 6, 갑 제14호증, 갑 제18호증의 1 내지 6, 갑 제20호증의 1 내지 3의 2, 을 제5호증, 을 제6호증의 1 내지 3의 각 기재 또는 영상과 제1심 법원의 대한감정평가법인에 대한 임료감정촉탁결과에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다. (1) 원고는 1991.3.30. ○○○○에 이 사건 토지 중 1,983㎡를 임대하면서 보증금을 3,000만 원으로 정하는 대신 임대기간 중 발생하는 제반 제세공과금 및 토지 사용에 관한 일체의 비용은 임차인인 ○○○○이 부담하기로 특별 약정을 체결하였다. 이에 따라 ○○○○이 부담하게 된 종합토지세 등 관련세금은 1998년분 6,813,150원(정기분 5,786,710원+도시계획세 누락분 1,026,440원), 1999년분 7,114,840원(정기분 6,061,350원+도시계획세 누락분 1,053,490원), 2000년분 7,955,230원(정기분 6,826,490원+도시계획세 누락분 1,128,740원) 등이다. (2) ○○○○과 ○○○○사이에 2000.10.5. 체결된 이 사건 토지에 관한 전대차 계약은 ○○○○가 이 사건 토지 중 전차한 토지와 인근 토지 등에 관할관청으로부터 골프연습장 건축허가를 받았다가 위 건축허가가 취소됨으로 인하여 ○○○○가 ○○○○에게 2001.1.2.분의 부가가치세 각 900,000원을 지급하지 않고, 2001.2.13.까지의 월 차임만을 지급한 후 그 이후로는 차임을 지급하지 않으므로 ○○○○이 2001.4.14. 위 전대차계약을 해지한다는 의사표시를 함으로써 해지되었는데, ○○○○가 ○○○○에게 이 사건 토지 등을 인도하지 않자 ○○○○은 ○○○○를 상대로 토지인도 등 청구소송을 제기하여 그 소송 중이던 2001.8.28. ○○○○로부터 이 사건 토지를 반환받기도 하였다. (3) ○○○○과 ○○○○ 사이에 토지인도 등 청구소송이 진행 중이던 2001.9.14. ○○○○과 건설폐기물 보관업을 영위하던 ○○○○ 사이에 체결된 이 사건 토지에 관한 전대차계약은 ○○○○이 여러 차례에 걸쳐 ○○○○의 계약체결 제의를 거절하였으나 ○○○○과 ○○○○ 사이의 위 소송이 진행되는 동안만이라도 이 사건 토지를 임대하여 달라는 ○○○○의 거듭된 요구에 의하여 ○○○○ 사이에 체결했던 전대차계약보다 보증금과 월 차임이 훨씬 높은 금액으로 체결되게 되었는데, 관할청으로부터 폐기물 보관장소 설치승인신청이 반려되고, 일반 물건의 적치허가신청마저 반려되자 ○○○○등은 ○○○○로부터 부당이득금반환 등 청구소송을 제기당하기도 하였으며, 결국 ○○○○과 ○○○○ 사이의 전대차계약은 2003.6.17. 위 부당이득금반환 등 청구소송의 항소심에서 화해로 해지되었다. (4) 이 사건 토지는 전체 4,075㎡ 중 3,903㎡가 전으로서 도시계획법(현재 국토의 계획및이용에 관한법률로 변경되었다)상 자연녹지지역으로 지정되어 있었고, 이 사건 토지 중 ○동 789 토지 부분은 사회복지시설 및 공공청사 등 도시계획시설 부지로 편입되기도 하였으며, 이사 건 토지가 철강재 하차장으로 사용되자 ○○구청에서 1991년경 원고를 도시계획법 위반으로 고발하여 원고가 형사재판을 받기도 하였고, 산업폐기물이 매립되어 있어 농사를 짓는 것도 여의치 않은 상황이다. (5) 대한감정평가법인 감정평가사 ○○○는 이 사건 토지의 현재 이용상황과 면적, 형상, 토양, 접면도로관계, 주변상황, 행정상의 조장 및 규제정도 등 제반 요인을 고려하여 적정한 토지 임료를 산정하였는데, 그 결과는 이 사건 토지 중 ○동 789 및 789-2 토지 일분인 2,975㎡에 대한 2000.10.5. 기준 보증금이 1억 2000만 원인 경우 월 차임은 793,250원이고, 이 사건 토지의 ○동 789 및 789-2 토지 3,550㎡, ○동 793 토지 중 32㎡, ○동 794 토지 54㎡ 등 합계 3,636㎡에 대한 2001.9.14. 기준 보증금이 3억 원일 경우 월 차임은 없음(계산상으로는 -320,500)이다. (6) 이 사건 토지와 인접하여 있는 서울 ○○구 ○동 788은 그 지목이 전이고, 면적이 3,386㎡인데, 2001.경부터 2006.12.경까지 ○○○이 위 토지를 그 소유자들로부터 보증금 1,000만 원, 연간 차임 1,000만 원의 조건으로 임차하여 사용하기도 하였다. (7) ○○○는 서울○○구 ○동 산 137-47에서 ○○○○이란 상호로 개인사업을 영위하고 있는데 그 인접지인 이 사건 토지 중 ○동 793,789 토지의 약 100평을 원고로부터 보증금 500만 원, 차임 월50만 원, 기간 1999.2.부터 2005.10.까지로 정하여 임차하여 사용하였다. 라. 판 단 (1) 1998년 귀속 종합소득세 부과처분의 위법 여부 앞에서 본 바와 같이 피고 ○○세무서장은 1998년도 원고의 임대수입금액을 구국유재산법시행령 제26조 제1항 제3호의 규정에 의하여 임대면적의 개별공시지가 955,806,000원에 최저 국유토지 임대요율 5%를 곱한 47,790,300원으로 계산한 것을 기초로 하여 1998년 귀속 종합소득세 부과처분을 하였다. 살피건대, 과세관청이 당해 토지는 물론 인접 및 유사지역 내의 토지에 대한 임대사례가 없어 제반 가격산정요인을 세밀히 조사하고 국유재산법 등의 사용료율 및 시중은행의 금리수준과 국공채이율 등을 고려하여 부동산시가에 연간기대수익률 5%를 적용, 적산하여 그 토지의 연도별 임대료를 산정하였다면, 다른 특별한 사정이 없는한, 이는 일응 합리성과 타당성을 갖춘 것이라 할 것이다. 그러나, 이 사건 토지는 앞에서 본 바와 같이 대부분 전으로서 자연녹지지역이고, 도시계획시설 부지에 편입되어 일반 물건의 적치조차 할 수 없었으며, 산업쓰레기가 매립되어 있는 등 토지 이용이 상당히 제한된 상태에 있었던 점에 비추어 이 사건 토지의 거래가격은 통상적인 경우에 비하여는 사용가치보다는 장래 이용에 대한 규제가 풀려서 개발이 될 경우의 가격 상승에 대한 기대감에 의한 투기적 가치부분이 훨씬 더 높게 반영되어 형성된 것으로 보이므로, 구 국유재산법 제26조 제1항 제3호의 규정에 의하여 임대면적의 개별공시지가에 최저 국유토지 임대요율을 곱하여 산정한 금액을 임대료의 시가로 삼는 것이 합리성과 타당성이 있다고 할 수 없고, 그 밖에 달리 원고가 ○○○○에게 이 사건 토지를 위 보증금과 차임 및 ○○○○이 이 사건 토지와 관련된 제반 제세공과금 및 토지 사용에 관한 일체의 비용을 부담하기로 하는 특약하에 임대한 것이 경제적 합리성이 없는 행위라고 볼 자료도 없으므로 이 사건 처분 중 1998년 귀속 종합소득세 부과처분은 위법하다. (2) 1999년 내지 2003년 귀속 종합소득세 부과처분의 위법여부 위 기간 동안 적정한 임대사례가 없는 경우 그 보충적 평가방법으로 구 소득세법시행령(2005.2.19. 대통령령 제18705호로 개정되기 전의 것) 제98조 제4항에 의하여 준용되는 구 법인세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17033호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법시행령’이라 한다) 제89조 제4항 제1호 가목(2000년 이전 귀속분의 경우), 현행 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호(2001년 이후 귀속분의 경우)에 의하여 당해 자산의 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액을 시가(적정한 임대료)로 정하여야 한다. 그런데 앞에서 본 이사건 토지의 특성 등과 ○○○의 임대차계약 내용 등에 비추어 위 기간 동안의 이 사건 토지에 관한 적정한 임대사례는 없는 것으로 보이는바, 그와 같은 판단 하에 피고 ○○세무서장은 1999년 및 2000년 귀속 종합소득세는 구 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호 가목의 규정에 따라, 2001년 내지 2003년 귀속 종합소득세는 현행 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호의 규정에 따라 적정한 임대료를 산정하여 별지3 과세목록 기재와 같이 감액경정처분을 하였으므로 위 기간동안의 종합소득세 부과처분은 근거 법령에 의한 것으로서 적법하다. (3) 1999년 1기 내지 2002년 2기 까지의 부가가치세 부과처분의 위법여부 앞에서 본 바와 같이 피고 ○○세무서장은 1999년 1기분 내지 2002년 2기분 부가가치세를 부과함에 있어서 구 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호 가목과 현행 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호의 규정에 의하여 계산한 임대수입금액을 산정한 후 이를 기초로 부가가치세를 부과하였다. 그러나 부가가치세법시행령 제50조 제1항은 2002.12.30. 대통령령 제17827호로 개정되면서 부가가치세법 제13조 제1항 제3의2 ‘용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가’에서 규정하는 시가에 관하여 제1호에서 ‘사업자가 특수관계에 있는 자(소득세법시행령 제98조 제1항 각호 또는 법인세법시행령 제87조 제1항 각호에 규정된 자를 말한다)외의 자와 당해 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격’, 제2호에서 ‘제1호의 규정에 의한 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 소득세법시행령 제98조 제3항 및 제4항 또는 법인세법시행령 제89조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 가격’으로 한다고 규정하게 된 것이고, 1999년 1기 내지 2000년 2기까지의 부가가치세 부과에 있어 적용되는 법령인 구 부가가치세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것) 제50조 제1항은 부가가치세법 제13조 제1항 제3의2호 ‘용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가’에서 규정하는 시가는 ‘사업자와 특수관계 있는 자(소득세법시행령 제98조 제1항 각호 또는 법인세법시행령 제87조 제1항 각호에 규정된 자를 말한다)외의 자와의 정상적인 거래에 있어서 형성되는 가격으로 한다’라고만 규정하고, 2001년 1기 내지 2002년 2기까지의 부가가치세 부과에 있어 적용되는 법령인 구 부가가치세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정되어 시행되다가 2002.12.30. 대통령령 제17827호로 개정되기 전의 것) 제50조 제1항은 부가가치세법 제13조 제1항 제3의2호 ‘용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가’에서 규정하는 시가에 관하여 제1호에서 ‘사업자가 특수관계에 있는 자(소득세법시행령 제98조 제1항 각호 또는 법인세법시행령 제87조 제1항 각호에 규정된 자를 말하다. 이하 같다)외의 자와 당해 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격’, 제2호에서 ‘제1호의 규정에 의한 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 소득세법시행령 제98조 제3항 또는 법인세법시행령 제89조 제2항의 규정에 의한 가격’으로 하도록 규정하고 있을 뿐이고, 위 법인세시행령 제89조 제4항 제1호를 준용하고 있지 않아 이를 그대로 적용할 근거가 없는데다가, 달리 위 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호의 규정에 의하여 계산한 임대수입금액이 특수관계에 있지 아니한 제3자 사이의 정상적인 거래에 있어서 형성되는 가격이라고 볼 아무런 근거도 없으므로 이 사건 처분 중 1999년 1기 내지 2002년 2기까지의 부가가치세 부과처분은 위법하다. (4) 2003년 1기 부가가치세 부과처분의 위법여부 앞서 본 바와 같이 2002.12.30. 대통령령 제17827호로 개정된 부가가치세법시행령 제50조 제1항은 부가가치세법 제13조 제1항 제3의2호 ‘용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가’에서 규정하는 시가에 관하여 제1호에서 ‘사업자가 특수관계에 있는 자(소득세법시행령 제98조 제1항 각호 또는 법인세법시행령 제87조 제1항 각호의 규정된 자를 말한다)외의 자와 당해 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격’, 제2호에서 ‘제1호의 규정에 의한 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 소득세법시행령 제98조 제3항 및 제4항 또는 법인세법시행령 제89조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 가격’으로 한다고 규정하고 있다. 그런데 앞에서 본 바와 같이 피고 ○○세무서장은 2003년 1기분 부가가치세를 산정함에 있어서 이 사건 토지에 관한 적정한 임대사례는 없는 것으로 판단하고, 현행 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호의 규정에 따라 적정한 임대료를 산정하여 별지3 과세목룍 기재와 같이 위 기간 동안의 부가가치세 감액경정처분을 하였으므로 위 기간동안의 부가가치세 부과처분은 근거 법령에 의한 것으로서 적법하다. (5) 소결론 그러므로 이 사건 처분 중 피고 ○○세무서장의 1999년 1기 내지 2002년 2기 귀속 부가가치세 부과처분과 피고 ○○세무서장의 1998년 귀속 종합소득세 부과처분은 각 위법하고, 피고들의 나머지 부가가치세 및 종합소득세 부과처분은 각 적법하다 할 것이어서, 원고의 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다. 3. 결 론 그렇다면, 이 사건 처분 중 피고 ○○세무서장의 1999년 1기 내지 2002년 2기 귀속 부가가치세 부과처분과 피고 ○○세무서장의 1998년 귀속 종합소득세 부과처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하고, 원고의 피고들에 대한 나머지 청구는 이유 없어 이를 각 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 제1심 판결을 주문 지개와 같이 변경하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2006누27290

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

국유재산법시행령 제26조

국유재산법 제26조

법인세법 시행령 제87조 제89조

소득세법 제18조 제21조 제41조 제80조

법인세법시행령 제87조 제89조

부가가치세법 제13조 제32조