서울행정법원 2008.02.20 선고 2006구합38915 판결

소급과세에 해당하여 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부[국승] 개정된 법인세법기본통칙 시행 이후 당해 사업연도 퇴직급여충당금으로 재계산한 한도초과분이 있는 이상, 이는 법인세법기본통칙의 개정 이전부터 계속되어 오던 사실 혹은 그 이후에 발생한 과세요건사실이므로 소급과세에 해당하지 않음

【주 문】 1. 원고의 청구를 모두 기각한다. 2. 소송비용은 원고가 부담한다. 【청 구 취 지】 피고가 2005. 8. 18. 원고에 대하여 한, 2001 사업연도 귀속 법인세 872,685,180원의 부과처분, 2002 사업연도 귀속 법인세 676,326,250원의 부과처분 중 117,895,700원을 초과하는 부분, 2003 사업연도 귀속 법인세 146,486,390원의 부과처분, 2004 사업연도 귀속 법인세 49,243,010원의 부과처분을 각 취소한다. 【이 유】 1. 처분의 경위 가. 원고는 ○○○○ 주식회사(이하 ‘○○○○’라 한다)로부터 가전, 정보통신 및 초고속인터넷 서비스 부문이 분리되어 1997. 12. 29. 설립된 회사인바, 1998. 1. 경 ○○○○로부터 가전서비스 등 부문에 종사하던 근로자들을 인수하면서, 인수 시점을 기준으로 ○○○○ 가 지급하여야 할 퇴직급여 상당액의 부채인 퇴직급여추계액 13,127,917,372원을 2000 사업연도에 인수하고 위 추계액의 40/100을 초과하는 7,876,750,423원을 구 법인세법 기본통칙 2-6-3…13 제3항에 의하여 종업원별로 별도 관리하면서 퇴직급여충당금 손금산입한도액 계산시 퇴직급여충당금누적액에 포함시키지 않았다. 나. 2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 법인세법 시행령 제85조 제1항 제3호 및 같은 조 제2항 제3호가 개정된 후, 2001. 11. 1. 법인세법 기본통칙이 개정되면서 구 법인세법 기본통칙 2-6-3…13 제3항이 삭제되었고, 개정된 법인세법 기본통칙 부칙 제4조 제3항은 ‘종전의 2-6-3…13 제3항의 규정에 의하여 종업원별로 별도 관리하던 퇴직급여추계액 상당액은 종업원을 인수한 법인이 이 통칙시행일(2001. 11. 1., 부칙 제1조)이 속하는 사업연도에 가지고 있는 퇴직급여충당금으로 보아 법 제33조 및 영 제60조의 규정을 적용한다’고 규정하였다. 다. 피고는 개정된 법인세법 기본통칙 부칙 제4조 제3항에 따라 위 통칙시행일이 속하는 2001 사업연도에는 원고가 ○○○○로부터 인수한 퇴직급여추계액 중 종업원별로 별도관리하던 7,876,750,423원을 당해 연도 퇴직급여충당금으로 한도액을 재계산하여 한도초과분인 1,825,760,410원을 손금불산입하였고, 2002 사업연도부터 2004 사업연도까지는 당해 사업연도 퇴직급여충당금 한도액을 재계산하여 한도초과분(2002 사업연도에 1,527,144,499원, 2003 사업연도에 437,570,537원, 2004 사업연도에 162,198,311원)을 각 손금불산입하여 2005. 8. 18. 원고에 대하여, 2001 사업연도 귀속 법인세 872,685,180원(가산세 포함), 2002 사업연도 귀속 법인세 676,326,250원(가산세 포함), 2003 사업연도 귀속 법인세 146,486,390원(가산세 포함), 2004 사업연도 귀속 법인세 49,243,010원(가산세 포함)을 각 경정, 고지하였다(다만, 원고는 2002 사업연도 귀속 법인세 부과내역 중 대행료 청구 누락 248,896,000원 및 접대비 한도초과 55,479,778원에 관하여 다투지 않으면서 그에 대한 세액의 합계인 117,895,700원을 초과하는 부분의 취소만을 구하고 있으므로, 이하 위 2001 사업연도, 2003 사업연도, 2004 사업연도 귀속 각 법인세 부과처분 및 2002 사업연도 귀속 법인세 부과처분 중 117,895,700원을 초과하는 부분을 합하여 ‘이 사건 부과처분’이라 한다). 라. 원고가 2005. 10. 31. 국세심판원장에게 심판청구를 하였으나, 국세심판원장은 2006. 7. 28. 원고의 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1호증 내지 갑3호증, 갑6호증, 을1호증 내지 을11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 부과처분의 적법 여부 가. 원고의 주장 원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 부과처분이 위법하다고 주장한다. (1) 신의성실의 원칙 위반 과세관청은 1997. 4. 1. 구 법인세법 기본통칙 2-6-3…13을 개정 · 공포하는 방법으로, 종업원을 인수한 법인의 경우에 있어서의 퇴직급여충당금의 손금한도액 계산방법에 관한 공적인 견해를 표명하였고, 원고가 아무런 귀책사유 없이 이를 신뢰하여 ○○○○ 종업원을 인수하면서 퇴직급여 상당액의 부채를 인수하고 그 중 60%에 해당하는 금액을 종업원별로 별도 관리하면서 당해 종업원 퇴직시 위 충당금에서 이를 지급하여 왔으며, 그에 따라 위 금액은 퇴직급여충당금 손금산입 한도를 정할 때 적용될 퇴직급여충당금 누적액에 포함하지 아니하여 원고는 보다 많은 퇴직급여충당금을 손금으로 인정받아 법인세를 절감할 수 있었다. 그런데 과세관청이 구 법인세법 기본통칙 2-6-3…13 제3항을 삭제하는 대신 법인세법 기본통칙 부칙 제4조 제3항을 새로 마련하였고, 피고가 위 조항을 적용하여 이 사건 부과처분을 하였는바, 법인세법 기본통칙 부칙 제4조 제3항에 따르면, 2001. 11. 1. 구 법인세법 기본통칙 2-6-3…13 제3항을 삭제한 개정 기본통칙을 2001 사업연도 이전에 이루어진 합병, 분할 또는 사업양도에 대하여도 소급하여 적용하게 되는 결과가 되어 납세자의 과세관청에 대한 신뢰보호에 위반된다. (2) 비과세관행의 위반 2001. 이전의 법인세법 및 같은 법 시행령에 따르면, 합병 · 분할 또는 사업양도시 퇴직급여충당금 손금불산입 금액이 승계될 수 없었던 관계로, 합병 · 분할 또는 사업양도시 퇴직급여추계액을 인수한 경우, 인수대상 종업원의 퇴직급여추계액이 인수 당시 퇴직급여추계액의 2배 내지 2.5배가 되기 전에는 인수 법인은 항상 세법상 퇴직급여충당금 전입액에 대하여 손금 부인되고 이로 인하여 법인세의 과세대상이 될 수밖에 없으므로 과세관청은 이에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 그로 인하여 불합리하게 장기간 동안 손금부인액이 생기는 사정을 감안하여, 위 구 법인세법 기본통칙 2-6-3…13 제3항을 통하여 이 부분 과세를 하지 않는다는 공적 견해를 명시적으로 표시하였고, 그에 따라 장기간 과세를 하지 아니한 것이므로 비과세관행이 성립된 것으로 보아야 할 것이며, 한편 이 사건에서 각 사업연도의 퇴직급여충당금전입 손금한도액은 전년도 말의 퇴직급여충당금 한도액과 불가분의 관계를 가지고, 어느 시점에 세무상 퇴직급여충당금의 한도액을 축소하는 것으로 해석하게 되면 축소된 한도액만큼 손금산입액이 감소하는 결과를 초래하게 되어 실질적으로 소급과세하는 것이므로 이 사건 부과처분은 비과세관행에 반하는 소급과세를 금지한 국세기본법 제18조 제3항에 위반하여 위법하다. (3) 이중과세의 위법 원고는 ○○○○로부터 분리되면서 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것) 제13조 제4항에 따라, 인수한 근로자들에 관한 ○○○○의 회계상 퇴직급여충당금 잔액은 인계받았으나 그 중 퇴직급여충당금 유보액은 승계하지 못하였다. 따라서 위 회계상 퇴직급여충당금 잔액의 상당 부분은 과거 ○○○○가 회계상 퇴직급여충당금 전입액으로 계상하였으나 법인세법상의 손금산입 한도가 기업회계의 절반 정도에 불과했기 때문에 손금 부인되어 결국 해당부분에 대한 법인세가 과세된 부분이다. 그런데 2001. 11. 1. 개정된 법인세법 기본통칙 부칙 제4조 제3항은 이러한 회계상 퇴직급여충당금을 다시 회계상 기초 퇴직급여충당금 잔액에 포함시켜 손금산입한도를 축소시킴으로써 결국 법인세 과세의 효과를 발생시키게 되는바, 종전 기본통칙에 따라 별도 관리되다가 2001. 11. 1. 개정된 법인세법 기본통칙 부칙 제4조 제3항에 따라 회계상 기초 퇴직급여충당금 잔액에 포함되는 부분 중 상당 부분은 분할 전에 과세되고 다시 분할 후에 과세되는 이중과세의 불이익을 받게 되는 것이다. 한편 위와 같이 별도 관리되던 분할 전 회사의 회계상 퇴직급여충당금 잔액 중 이중과세에 해당하지 않는 부분은 원고가 퇴직급여충당금 유보액을 승계하지 않았고 그 후 발생한 퇴직사유와 퇴직급 지급으로 인하여 변동되어 현재 특정할 수 없으므로 이 사건 부과처분은 그 전부가 취소되어야 한다. 나. 관계법규 ○ 국세기본법 제18조 [세법해석의 기준, 소급과세의 금지] ① 세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다. ② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득·수익·재산·행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다. ③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. ○ 법인세법(1998.12.28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것) 제13조 [퇴직급여충당금의 손금산입] ① 내국법인이 임원 또는 사용인의 퇴직급여에 충당하기 위하여 퇴직급여충당금을 손금으로 계상한 때에는 대통령령이 정하는 금액의 범위안에서 이를 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입한다. ④ 퇴직급여충당금계정이 있는 내국법인이 합병으로 인하여 소멸한 경우에 그 소멸한 법인의 합병일에 있어서의 당해퇴직급여충당금계정의 금액으로서 합병후 존속하는 법인 또는 합병으로 인하여 설립된 법인에 인계한 금액은 그 존속하거나 설립된 법인이 합병일에 가지고 있는 퇴직급여충당금계정의 금액으로 본다. ⑤ 제4항의 규정은 사업자가 그 사업을 내국법인에 포괄적으로 양도하는 경우에 준용한다. ○ 법인세법 제33조 [퇴직급여충당금의 손금산입] ① 내국법인이 각 사업연도에 임원 또는 사용인의 퇴직급여에 충당하기 위하여 퇴직급여충당금을 손금으로 계상한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. ② 제1항의 규정에 의하여 퇴직급여충당금을 손금에 산입한 내국법인이 임원 또는 사용인에게 퇴직금을 지급하는 경우에는 당해 퇴직급여충당금에서 먼저 지급하여야 한다. ③ 제1항의 규정에 의하여 퇴직급여충당금을 손금에 산입한 내국법인이 합병 또는 분할한 경우 그 법인의 합병등기일 또는 분할등기일 현재의 당해 퇴직급여충당금중 합병법인·분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인(이하 "합병법인등"이라 한다)에게 인계한 금액은 그 합병법인등이 합병등기일 또는 분할등기일에 가지고 있는 퇴직급여충당금으로 본다. ④ 제3항의 규정은 사업자가 그 사업을 내국법인에게 포괄적으로 양도하는 경우에 관하여 이를 준용한다. ⑤ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 퇴직급여충당금에 관한 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. ⑥ 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 퇴직급여충당금의 처리에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 법인세법 제49조 [합병 및 분할시의 자산 · 부채의 승계 등] 내국법인이 합병 또는 분할하는 경우 이 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우를 제외하고는 피합병법인 · 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인(이하 “피합병법인등”이라 한다)의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준의 계산에 있어서 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액등의 처리 및 그 금액 기타 자산 · 부채의 합병법인등에의 승계등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 구 법인세법 기본통칙 2-6-3…13 (사업양도 · 양수 등에 의한 종업원 인수 · 인계시의 퇴직급여충당금 등의 처리) ① 법인이 다음 각호의 사유로 다른 법인 또는 사업자로부터 종업원을 인수하면서 인수시점에 전사업자가 지급하여야 할 퇴직급여상당액 전액을 인수(단체퇴직보험계약의 인수를 포함한다)하고 당해 종업원에 대한 퇴직금지급시 전사업자에 근무한 기간을 통산하여 당해 법인의 퇴직금지급규정에 따라 지급하기로 약정한 경우에는 당해 종업원에 대한 퇴직금과 영 제18조 제3항의 퇴직급여추계액은 전사업자에 근무한 기간을 통산하여 계산할 수 있다. 1. 다른 법인 또는 개인사업자로부터 사업을 인수(수개의 사업장 또는 사업 중 하나의 사업장 또는 사업을 인수하는 경우를 포함한다)한 때 2. 법인의 합병 3. 규칙 제13조 제4항 단서의 직 · 간접출자관계인간의 전출입 ② 인수 당시에 퇴직급여상당액을 전사업자로부터 인수하지 아니하거나 부족하게 인수하고 전사업자에 근무한 기간을 통산하여 퇴직금을 지급하기로 한 경우에는 인수하지 아니하였거나 부족하게 인수한 금액은 당해 법인에 지급의무가 없는 부채의 인수액으로 보아 종업원별 퇴직급여상당액명세서를 작성하고 인수일이 속하는 사업연도의 각 사업연도소득금액계산상 그 금액을 손금산입 유보처분함과 동시 동액을 손금불산입하고 영 제94조의2의 규정에 따라 전사업자에게 소득처분한 후 인수한 종업원에 대한 퇴직금 지급일이 속하는 사업연도에 당해 종업원에 귀속되는 금액을 손금불산입 유보처분한다. 다만 제1항 제3호의 경우에는 규칙 제13조 제6항의 규정에 의한다. ③ 종업원을 인수한 법인이 제1항의 퇴직급여 인수금액 중 인수 당시의 퇴직급여추계액상당액의 100분의 50을 초과하는 금액을 종업원별로 별도관리하고 당해 종업원 퇴직시에 지급할 퇴직금에 충당하는 경우에는 동 금액은 영제18조 제3항의 퇴직급여충당금누적액에 포함하지 아니한다. ④ 법인이 종업원을 다른 사업자에게 인계함으로써 당해 종업원과 실질적으로 고용관계가 소멸되는 경우에 인수하는 사업자에게 지급한 종업원 인계시점의 퇴직급여상당액은 법 제13조 및 영 제18조의 규정에 불구하고 퇴직급여충당금과 상계하고 부족액은 각 사업연도소득금액계산상 손금에 산입한다. ○ 법인세법 시행령 (2001. 8. 14. 대통령령 제17338호로 개정되기 전의 것) 제85조 [합병 및 분할시의 자산 · 부채의 승계 등] ② 내국법인이 분할하는 경우 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우를 제외하고는 분할법인(소멸한 분할합병의 상대방법인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준의 계산에 있어서 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액은 다음 각호에 의한다. 1. 압축기장충당금 및 일시상각충당금은 분할신설법인(분할합병의 상대방법인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)이 이를 승계 할 수 있다. 2. 법 제40조의 규정에 의한 손익의 귀속사업연도가 도래하지 아니하여 분할법인의 익금 또는 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속사업연도에 따라 분할신설법인에게 승계되는 것으로 한다. 3. 감가상각, 법 제42조의 규정에 의한 평가 그밖에 세무조정과 관련하여 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 분할신설법인에게 승계되지 아니한다. 다만, 기업회계기준에 의한 퇴직급여충당금의 적립 및 동 기준에 의한 유가증권의 평가와 관련하여 익금에 산입하지 아니하거나 손금에 산입하지 아니한 금액 기타 재정경제부령이 정하는 금액을 제외한다. ③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 금액의 승계 등에 관하여 기타 필요한 사항은 재정경제부령으로 정한다. ○ 부칙 ⟨제17033호, 2000. 12. 29⟩ 제8조 [분할평가차익상당액의 손금산입 등에 관한 적용례] 제82조 제3항 제2호 단서, 제85조 제1항 제3호 단서 및 제2항 제3호 단서의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 사업연도에 합병하거나 분할하는 분부터 적용한다. ○ 법인세법 시행령 (2005. 2. 19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것) 제85조 [합병 및 분할시의 자산 · 부채의 승계 등] ② 내국법인이 분할하는 경우 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우를 제외하고는 분할법인(소멸한 분할합병의 상대방법인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준의 계산에 있어서 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액은 다음 각호에 의한다. 1. 압축기장충당금 및 일시상각충당금은 분할신설법인(분할합병의 상대방법인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)이 이를 승계 할 수 있다. 2. 법 제40조의 규정에 의한 손익의 귀속사업연도가 도래하지 아니하여 분할법인의 익금 또는 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속사업연도에 따라 분할신설법인에게 승계되는 것으로 한다. 3. 감가상각, 법 제42조의 규정에 의한 평가 그밖에 세무조정과 관련하여 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 분할신설법인에게 승계되지 아니한다. 다만, 다음 각목의 규정에 의한 금액은 분할신설법인이 이를 승계할 수 있다. 가. 기업회계기준에 의한 퇴직급여충당금의 적립, 대손충당금의 적립 및 유가증권의 평가와 관련하여 익금에 산입하지 아니하거나 손금에 산입하지 아니한 금액 나. 기업회계기준에 의한 채권·채무의 재조정, 채권·채무의 현재가치에 의한 평가, 지급보증충당금의 적립과 관련하여 익금에 산입하지 아니하거나 손금에 산입하지 아니한 금액 다. 「조세특례제한법」에 의하여 손금에 산입한 준비금 라. 그밖에 재정경제부령이 정하는 금액 ○ 부칙 ⟨제17457호, 2001.12.31⟩ 제14조 [합병·분할시 자산·부채의 승계 등에 관한 적용례] 제85조의 개정규정은 이 영 공포일이 속하는 사업연도에 합병하거나 분할하는 분부터 적용한다. ○ 법인세법 기본통칙 (2001. 11. 1.) 부칙 제1조(시행일) 이 통칙은 2001년 11월 1일부터 시행한다. 제4조(적용특례) ③ 종전의 2-6-3…13 제3항의 규정에 의하여 종업원별로 별도 관리하던 퇴직급여추계액 상당액은 종업원을 인수한 법인이 이 통칙시행일이 속하는 사업연도에 가지고 있는 퇴직급여충당금으로 보아 법 제33조 및 영 제60조의 규정을 적용한다. 다. 판 단 (1) 신의성실의 원칙 또는 비과세관행의 위반 여부 (가) 과세처분에 있어서의 신의성실의 원칙은 과세관청이 자기의 언동을 신뢰하고 행동을 한 납세자의 이익을 침해해서는 안된다는 것을 뜻하는 것으로 금반언의 법리와 같은 것인바, 이러한 신의성실의 원칙이 적용되는 요건으로서는, 첫째로 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째로 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째로 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 행위를 하여야 하고, 넷째로 과세관청이 이미 표명된 견해에 반하는 처분을 함으로써 실제로 납세자의 이익이 침해되어야 한다(대법원 1988. 9. 13. 선고 86누101 판결 등 참조). 또한 국세기본법 제18조 제3항은 ‘세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다’고 규정하고 있는바, 이와 같은 비과세관행이 성립하려면, 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며, 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하지만 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 한다(대법원 2003. 9. 5. 선고 2001두7855 판결 등 참조). 따라서 신의성실의 원칙이나 비과세관행(소급과세금지)의 원칙은 과세관청이 과거의 언동에 반하여 소급하여 처분을 하는 것을 금지할 뿐이고 과거의 언동을 시정하여 장래에 향하여 처분하는 것은 적법하다 할 것이므로, 과거의 견해표명을 시정하여 한 부과처분을 신의성실의 원칙이나 비과세관행의 원칙에 위반된 처분이라 할 수 없다(대법원 1993. 2. 12. 선고 92누5478 판결 참조). 여기서 소급과세금지의 원칙은 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침 등의 변경이 있은 경우, 그 효력 발생 전에 종결한 과세요건사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니다(대법원 1995. 8. 11. 선고 94누14308 판결 참조). (나) 살피건대, 원고의 주장과 같이 구 법인세법 기본통칙 2-6-3…13 제3항을 과세관청의 공적 견해의 표명으로 본다 하더라도 관계법령의 개정에 따라 과세관청이 위 기본통칙 조항을 삭제하는 한편 법인세법 기본통칙의 부칙 조항을 새로 마련한 것은 종래에 법인세를 부과하지 않던 ‘종업원별로 별도 관리하던 퇴직급여추계액 상당액’에 대하여 통칙 시행일이 속하는 사업연도부터 법인세를 부과하겠다는 것으로, 이는 과세관청이 과거의 언동을 시정하여 장래에 향하여 부과처분을 하겠다는 새로운 공적견해를 표명한 것으로 볼 수 있다. 따라서 이러한 과세관청의 시정된 공적 견해의 표명에 기초한 과세처분이 소급과세에 해당하지 않는 이상 신의성실원칙 또는 비과세관행에 위반한다고 할 수 없다. 그러므로 이 사건 부과처분이 소급과세에 해당하는지에 관하여 보건대, 위에서 본 바와 같이, 이 사건 부과처분은 개정된 법인세법 기본통칙시행일이 속하는 사업연도인 2001 사업연도 이후분을 과세대상으로 하여 당해 과세연도에 ‘종업원별로 별도관리하는 퇴직급여추계액 상당액’의 유무 및 금액을 기준으로 하여 당해 연도 퇴직급여충당금으로 한도액을 재계산하여 한도초과분을 손금불산입하여 이에 대하여 법인세를 부과한 것이 명백하다. 설사 이 사건 부과처분의 대상인 된 ‘종업원별로 별도관리하는 퇴직급여추계액 상당액’이 법인세법 기본통칙의 개정 이전에 원고가 ○○○○로부터 분할되어 ○○○○의 종업원을 인수함으로 인하여 발생하게 되었다 하더라도 개정된 법인세법 기본통칙시행 이후 당해 사업연도에 ‘종업원별로 별도관리하는 퇴직급여추계액 상당액’이 존재하고 당해 사업연도 퇴직급여충당금으로 한도액을 재계산하여 한도초과분이 있는 이상, 이는 법인세법 기본통칙의 개정 이전부터 계속되어 오던 사실 혹은 그 이후에 발생한 과세요건사실이지, 개정된 법인세법 기본통칙 이전에 이미 종결된 과세요건사실이라고 할 수 없을 뿐만 아니라 개정 법인세법 기본통칙을 2000 사업연도 이전에 이루어진 분할에 대하여 소급하여 적용한 것이라고 할 수도 없으므로 이 사건 부과처분은 과세관청이 과거의 언동에 반하여 소급하여 과세처분을 한 것이라고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 부과처분이 소급과세에 해당하지 않는 이상, 소급과세임을 전제로 하여 신의성실의 원칙 및 비과세관행에 위반하였다는 원고의 주장은 나머지 점에 관하여 살필 필요 없이 이유 없다. (2) 이중과세인지 여부 을13호증의 1, 을14호증의 2, 을15호증의 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 분할 전 법인인 ○○○○의 1997 사업연도 내지 1999 사업연도의 각 퇴직급여충당금 조정명세서상 ○○○○가 1997 사업연도 내지 1999 사업연도에 설정한 퇴직급여충당금 중 손금산입한도액을 초과한 부분이 모두 0원이었던 사실을 인정할 수 있으므로, ○○○○가 1997 사업연도부터 1999 사업연도까지 회계상 퇴직급여 충당금 전입액으로 계상한 부분 중 퇴직급여충당금의 손금산입한도를 초과하여 손금 부인된 부분이 없어 분할 전 법인인 ○○○○가 1997 사업연도 내지 1999 사업연도에 회계상 퇴직급여충당금 전입액으로 계상한 부분에 대하여 법인세가 부과된 적이 없다고 할 것이다. 한편, ○○○○가 2000 사업연도에, 그 이전에 원고에게 인계한 근로자들에 지급하여야 할 퇴직급여 상당액의 부채인 퇴직급여추계액 13,127,917,372원을 원고에게 인계한 사실은 위에서 본 바와 같은바, 위 퇴직급여추계액 13,127,917,372원은 2000 사업연도에 원고에게 인계됨으로써 ○○○○의 2000 사업연도에 있어서의 퇴직급여충당금 한도액 계산에서 제외된 것이므로 위 금액 부분에 관하여 분할 전 법인인 ○○○○에게 법인세가 부과된 바 없다고 할 것이다. 따라서 원고가 분할 전 법인인 ○○○○로부터 인수한 ○○○○의 회계상 퇴직급여충당금 잔액의 상당 부분이 법인 분할 전에 손금부인되어 그 부분에 관하여 ○○○○에게 법인세가 이미 과세되었음을 전제로 한 원고의 이중과세 주장은 나아가 살필 필요 없이 이유 없다. (3) 소결론 따라서 피고의 이 사건 부과처분은 적법하다. 3. 결 론 그렇다면 원고의 이사건 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 【서울고등법원2008누8781 (2008.09.30)】【주 문】 1. 원고의 항소를 기각한다. 2. 항소비용은 원고가 부담한다. 【청구취지】 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2005.8.18.(2005.8.1.의 오기로 보임) 원고에 대하여 한, 2001 사업연도 귀속 법인세 872,685,180원의 부과처분, 2002 사업연도 귀속 법인세 676,326,250원의 부과처분 중 117,895,700원을 초과하는 부분, 2003 사업연도 귀속 법인세 146,486,390원의 부과처분, 2004 사업연도 귀속 법인세 49,243,010원의 부과처분을 각 취소한다. 【이유】 이 법원의 판결이유는, 제1심 판결문 중 제3족 8째 줄“2005.8.1.”로 고쳐 쓰고, 제8쪽 밑에서부터 8째 줄 “설사” 앞에 “그리고 구 법인세법 기본통칙 2-6-3-…13 제 3항에 의하여 퇴직급여인수금액 중 인수 당시의 퇴직급여추계액 상당액의 100분의 50을 초과하는 금액을 퇴직급여인수금액 중 인수 당시의 퇴직급여추계액 상당액의 100분의 50을 초과하는 금액을 퇴직급여충당금누적액에 포함하지 않기 위한 요건은, 그 금액을 종업원별로 별도관리하고 당해 종업원 퇴직시 지급할 퇴직금에 충당하여야 한다는 것인바, 이러한 ‘별도관리’는. 당해 종업원의 퇴직으로 별도관리 금액에서 퇴직금이 지급되어 별도관리금액이 소진될 때까지 계속하여 행해져야 하는 것이지, 원고 주장과 같이 퇴직급여 상당액을 인수하며서 그 인수금액 중 인수 당시의 퇴직급여 추계액 상당액의 100분의 50을 초과하는 금액을 별도의 장부에 종업원별로 기재함으로써 종결되는 것은 아니므로,”를 추가하는 외에는 제1심 판결문의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다. 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2006구합38915

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

법인세법 시행령 제85조

국세기본법 제18조

법인세법 제13조 제33조 제49조

민사소송법 제420조

행정소송법 제8조

[ 참조판례 ]