수원지방법원 2007.01.10 선고 2006구합3750 판결

특수관계자에게 부동산을 저가 임대한 행위가 부당행위계산부인 대상인지 여부.[일부패소] 부당행위계산부인대상에 해당되나 수입금액을 계산함에 있어서 공제되는 전세금 또는 보증금을 명목상 전세금 또는 보증금으로 적용하여 부과한 처분은 위법함

【주 문】 1. 피고가 2004.10.1. 원고에게 한 1999년 귀속 종합소득세 7,304,380원, 2000년 귀속 종합소득세 6,783,550원, 2001년 귀속 종합소득세 18,160,230원, 2002년 귀속 종합소득세 11,922,560원, 2003년 귀속 종합소득세 4,900,780원의 각 부과처분을 취소한다. 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 3. 소송비용 중 1/10은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 【청 구 취 지】 주문 제1항 및 피고가 2004.6.18. 원고에게 한 1999년 1기분 부가가치세 659,850원, 1999년 2기분 부가가치세 629,400원, 2000년 1기분 부가가치세 620,350원, 2000년 2기분 부가가치세 588,820원, 2001년 1기분 부가가치세 510,310원, 2001년 2기분 부가가치세 481,470원의 각 부과처분을 각 취소한다. 【이 유】 1. 처분의 경위 가. 원고는 1998.1.1.부터 2003.6.5.까지 원고 소유의 00시 00동 000-0 대지 1,654㎡ 및 그 지상 건물(‘이 사건 부동산’이라 한다.)을 자신이 대표사원으로 있는 합자회사 0000(‘0000’이라 한다.)에 임대하고 아래와 같이 부가가치세 및 종합소득세 신고를 하였다.

구분	부가가치세					종합소득세
	과세표준		임대보증금(원)	월세 (원)	과세 유형	수입금액 (원)	소득금액 (원)	신고유형
	1기(원)	2기(원)	임대보증금(원)	월세 (원)	과세 유형	수입금액 (원)	소득금액 (원)	신고유형
1998	2,092,602	2,107,397	20,000,000	200,000	과세특례자	4,199,999	2,940,000	표준율
1999	1,943,835	1,956,164	"	"	"	3,899,999	2,593,499	"
2000	2,318,852	5,556,164	30,000,000	"	간이과세자	4,653,098	3,094,310	"
2001	2,062,849	2,077,150	"	"	"	2,400,000	-1,179,138	외부조정
2002	1,884,328	1,895,671	"	"	"	2,400,000	-3,271,848	"
2003	1,528,164	-	"	"	"	1,000,000	-3,573,879	"

나. 피고는, 원고가 이 사건 부동산을 특수관계자인 0000에게 저가에 임대한 것으로 보아, 이 사건 부동산의 시가를 구 상속세 및 증여세법 제61조 제1항의 보충적 평가방법에 의하여 별표 1.(이 사건 부동산의 ㎡당 기준시가표) 및 별표 2.(이 사건 부동산의 시가표) 기재와 같이 산정하고, 2003.1.1.부터 시행된 구 법인세법 시행령 제 89조 제4항에 따라 별표 3.(적정임대료계산표) 기재와 같이 적정임대표를 산정한 후, 별표 4.(부가가치세 과세표준표) 기재와 같이 계산한 적정임대표와 원고가 신고한 부가가치세 과세표준 및 종합소득세 소득금액과의 차액을 부당행위계산부인액으로 하여 원고에게 2004.6.18.에 1999년 1기분 부가가치세 659,850원, 1999년 2기분 부가가치세 629,400원, 2000년 1기 부가가치세 620,350원, 2000년 2기분 부가가치세 588,820원, 2001년 1기분 부가가치세 510,310원, 2001년 2기분 부가가치세 481,470원을 2004.10.1.에 1999년 귀속 종합소득세 7,304,380원, 2000년 귀속 종합소득세 6,783,550원, 2001년 귀속 종합소득세 18,160,230원, 2002년 귀속 종합소득세 11,922,560원, 2003년 귀속 종합소득세 4,900,780원을 각 부과하였다.(‘이 사건 각 부과처분’이라 한다.). 다. 원고는 2004.12.20. 국세심판원에 심판청구을 하였고, 2006.1.24. 기각결정을 받았다. [인정근거] 을 1 내지 6호증, 을 7호증의 1 내지 5, 을 8내지 11호증의 각 1 내지 3, 을 12 내지 20호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 각 부과처분의 적법 여부 가. 1999년 1, 2기 및 2000년 1기 부가가치세 (1) 당사자의 주장 (가)원고의 주장 당시 적용되던 구 부가가치세법시행령 제50조 제1항에 의하면, 부당거래부인된 용역의 시가를 사업자와 특수관계자에 있는 자 외의 자와의 정상적인 거래에 있어서 형성되는 가격으로 본다고 규정하고 있음에도, 피고는 2002.12.30. 대통령령 제17827호로 개정되어 2003.1.1.부터 시행된 구 부가가치세법시행령 제50조 제1항 제2호를 근거로 구 법인세법시행령 제89조 제4항에 따라 산정한 임대료를 부가가치세의 과세표준으로 삼아 과세처분을 하였는데, 이는 현행 법령을 소급적용한 것이므로 위법하다. (나) 피고의 주장 이 사건 부동산의 경우 특수관계가 없는 제3자 사이의 실제 임대사례가 없고 이 사건 부동산의 지목, 입지조건 등이 유사한 부동산이 없으므로, 구 법인세법시행령 제89조에 따라 산정한 임대료는 합리적이고 타당한 방법에 의하여 산정한 가액이고, 이를 과세표준으로 삼은 위 각 부과처분은 적법하다. (2) 판단 (가) 구 부가가치세법(1999.12.28. 법률 제6049호로 개정되기 전의 것)제13조 제1항 제3호 및 구 부가가치세법(2001.4.7. 법률 제6460호로 개정되기 전의 것) 제13조 제2항 제3의2호는 “용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가를 그 부가가치세의 과세표준으로 한다.”고 규정하고 있고, 구 부가가치세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것) 제50조 제1항은 “법 제13조 제1항 각호에 규정하는 시가는 사업자와 특수관계가 있는 자 외의 자와의 정상적인 거래에 있어서 형성되는 가격으로 한다.”고 규정하고 있다. 위 규정들은 종합하면, 부동산의 임대업자가 특수관계에 있는 자에게 부동산의 임대료를 부당하게 낮게 받는 경우에 이를 부인하고 부인된 임대료상당 소득금액을 추계의 방법으로 계산함에 있어서는 부동산의 임대업자가 그와 특수관계에 있지 아니한 자와의 정상적인 거래를 하는 경우에 형성되는 가격을 기준으로 하여 산정하여야 하고, 그와 같은 실례가 없는 경우라 하더라도 당해 토지의 지목, 위치, 주위환경, 이용상황, 사용범위 등 제반 여건을 고려하고 부동산의 가격을 형성하는 지역 및 개별요인, 인접 및 유사지역 내의 유사물건에 대한 적정거래가능가격을 조사⋅검토하는 등의 합리적인 방법으로 산정한 가격을 기준으로 삼으면 족하다(대법원 1992.1.21. 선고 91누7637 판결 참조). (나) 한편 2002.12.30. 대통령령 제17827호로 개정되어 2003.1.1.부터 시행된 구 부가가치세법시행령 제50조 제1항 제2호는 “사업자가 특수관계에 있는 자 외의자와 당해 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 소득세법시행령 제98조 제3항 또는 법인세법시행령 제89조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 가격을 그 용역의 시가로 한다.”고 규정하고 있으므로, 당해 부동산의 비교사례가 될 만한 인근 유사부동산의 실제 임대사례가 없는 경우에는 위 규정에 의하여 임대료의 시가를 추계하는 것도 합리적이다. (다) 피고가 위 1999년 1,2기 및 2000년 제1기 부가가치세의 세액 계산시 2003.1.1.부터 시행된 구 법인세법시행령 제89조 제4항의 규정에 의하여 이 사건 부동산의 적정임대료를 계산한 것은 위 1. 나. 항에서 본 바와 같고, 이 사건 부동산의 비교사례가 될 만한 인근 유사부동산의 실제 임대사례가 있다는 점에 관하여 원고의 입증이 없는 이상, 위와 같은 방식에 따라 이 사건 부동산의 적정임대료를 산정하는 것은 합리적인 방법에 의한 것으로 보여지고, 이를 일러 법령의 소급적용이나 소급과세라고 할 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 나. 2000년 2기 부가가치세 (1) 당사자의 주장 (가) 원고의 주장 1) 당시 적용되던 구 부가가치세법시행령 제50조 제1항에 의하면, 사업자와 특수관계에 있는 자 외의 자와의 정상적인 거래에 있어서 형성되는 가격을 부당행위 부인된 용역의 시가로 본다고 규정하고 있음에도, 피고는 2002.12.30. 대통령령 제17827호로 개정되어 2003.1.1.부터 시행된 구 부가가치세법시행령 제50조 제1항 제2호를 근거로 구 법인세법시행령 제89조 제4항에 따라 산정한 임대료를 부가가치세의 과세표준으로 삼아 과세처분을 하였는데, 위 각 부과처분은 현행 법령을 소급적용하여 위법하다. 2) 당시 적용되던 구 부가가치세법 제26조 제1항, 제2항, 구 부가가치세법 시행령 제74조의 3 제4항 제3호에 의하면, 간이과세자는 2000년 2기분에 대해서는 공급한 용역의 시가의 30/1000(3%)에 해당하는 금액을 납부하여야 하도록 규정하고 있는데, 위 부과처분은 10%의 세율을 적용하였으므로 위법하다. (나) 피고의 주장 1) 구 법인세법시행령 제89조에 따라 산정한 임대료를 과세표준으로 삼은 위 부과처분도 소급과세금지원칙에 어긋나지 아니한다. 2) 위 부과처분은 구 부가가치세법시행령 부칙 제6조의 규정에 따라 과세표준에 20/1000(2%)의 부가가치율을 곱한 금액에 10%의 세율을 적용하여 세액을 산출한 것이므로, 위 부과처분의 계산에 위법이 없다. (2) 판단 (가) 소급과세금지원칙에 어긋나는지 위 2. 가. (2)항의 기재와 같은 이유로, 위 2000년 2기 부가가치세 부과처분은 소급과세금지원칙에 어긋나지 아니한다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. (나) 세율 적용의 위법이 있는지 구 부가가치세법 (2001.4.7. 법률 제6460호로 개정되기 전의 것) 제2항은 “간이과세자에 대하여는 <당해과세기간의 공급대가 X 직전 3연간 신고된 업종별 평균 부가가치율등을 감안하여 100분의 10에서 100분의 50의 법위 안에서 대통령령이 정하는 당해 업종의 부가가치율 X 100분의 10>의 산식으로 계산된 금액을 납부세액으로 한다.”고 규정하고 있고, 구 부가가치세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것) 제74조의3은 제4항 제2호는 “법 제26조 제2항에서 ‘대통령령이 정하는 당해 업종의 부가가치율’이라 함은 부동산임대업 등의 경우는 100분의 30을 말한다.”고 규정하고 있으며, 위 시행령 부칙 <제1661호, 1999.12.31.> 제6조는 “제74조의 3 제4항의 개정규정을 적용함에 있어서 2000년 제2기 과세기간부터 2003년 12월 31일까지는 동 개정규정에 불구하고 제74조의3 제4항 제2호의 업종은 2000년 제2기 과세기간에는 100분의 20의 부가가치율을 적용한다.”고 규정하고 있다. 위 규정들에 의하면, 간이과세자 중 부동산임대업자에 대한 2000년2기 부가가치세의 납부세액 계산에 있어서는 100분의 20의 부가가치율을 적용하여야 한다. 따라서 피고가 당해과세기간의 공급대가에 당해 업종의 부가가치율을 적용하지 아니하였음을 전제로 하는 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. 다. 2001년 1,2기분 부가가치세 (1) 당사자의 주장 (가) 원고의 주장 1) 당시 적용되던 구 부가가치세법시행령 제50조 제1항은 구 부가가치세법 제13조 제1항 각호에 규정하는 시가를, 특수관계에 있는 자 외의 자와 계속 거래한 가격 또는 제 3자간의 일반적 거래가격, 위 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우 소득세법시행령 98조 3항 또는 법인세법시행령 89조 2항에 의한 가격으로 한다고 규정하고 있고, 당시 적용되던 구 소득세법시행령 제98조 제3항은 시가의 산정에 관하여는 법인세법시행령 제89조 제1항 및 제2항의 규정을 준용하고 있으며, 법인세법시행령 제89조 제1항, 제2항은 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의하고, 시가가 불분명한 경우에는 순차적으로 감정평가법인의 감정가액, 구 상속세 및 증여세법 제38조, 제39조, 제61 내지 64조의 규정을 준용하여 평가한 금액에 의한다고 규정하고 있으므로, 부당행위 부인된 임대료의 시가는 원칙적으로 계속적 거래가액, 감정평가법인의 감정가액, 구 상속세 및 증여세법에 의하여 산정하여야 함에도 피고는 2002.12.30. 대통령령 제17827호로 개정되어 2003.1.1.부터 시행된 구 부가가치세법시행령 제50조 제1항 제2호를 근거로 구 법인세법시행령 제89조 제4항에 따라 산정한 임대료를 부가가치세의 과세표준으로 삼아 과세처분을 하였는데, 위 각 부과처분은 현행 법령을 소급적용하여 위법하다. 2) 당시 적용되던 구 부가가치세법 제26조 제26조 제1항, 제2항, 구 부가가치세법시행령 제74조의3 제4항 제3호에 의하면, 간이과세자는 2000년 2기분에 대해서는 공급한 용역의 시가의 30/1000(3%)에 해당하는 금액을 납부하여야 하도록 규정하고 있는데, 위 부과처분은 10%의 세율을 적용하였으므로 위법하다. (나) 피고의 주장 1) 구 법인세법시행령 제89조 제4항에 따라 산정한 임대료를 과세표준으로 삼은 위 2001년 1,2기분 부가가치세 부과처분도 소급과세금지원칙에 어긋나지 아니한다. 2) 위 2001년 제1기, 2기분 부가가치세의 세액 계산에 위법이 없다. (2) 판단 (가) 소급과세금지원칙에 어긋나는지 구 부가가치세법시행령(2001.12.31. 대통령령 제17460호로 개정되기 전의 것)제50조 제1항 제1,2호는 “구 부가가치세법 제13조 제1항 각호 규정하는 시가를 특수관계에 있는 자 외의 자와 계속 거래한 가격 또는 제3자간 일반적 거래가격으로 하고, 위 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 소득세법시행령 98조 3항 또는 법인세법시행령 89조 2항에 의한 가격으로 한다.”고 규정하고 있고, 구 소득세법시행령(2001.12.31. 대통령령 제17456호로 개정되기 전의 것) 제98조 제3항은 “특수관계 있는 자로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계 있는 자에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때 시가의 산정에 관하여는 법인세법시행령 제89조 제1항 제2항의 규정을 준용한다.”고 규정하고 있으며, 구 법인세법시행령(2001.12.31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 제98조 제3항은 “특수관계 있는자로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계 있는 자로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계 있는 자에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때 시가의 산정에 관하여는 법인세법시행령 제89조 제1항 및 제2항의 규정을 준용한다.”고 규정하고 있으며, 구 법인세법시행령(2001.12.31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 제89조 제1항, 제2항은 “법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의하고, 시가가 불분명한 경우에는 지가공시및 토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식 등을 제외한다.)과 구 상속세및증여세법(법률 제6780호 2002.12.18.)제38조⋅동법 제39조 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.”고 규정하고 있다. 그런데, 위 구 상속세 및 증여세법 제61조의 토지와 건물의 시가의 산정방법만을 규정하고 있을 뿐, 토지와 건물의 임대료를 산정하는 방법에 관하여는 아무런 규정을 하고 있지 않다. 따라서 위 2001년 1,2기분 부가가치세의 경우에도 부동산의 임대업자가 그와 특수관계에 있지 아니한 자와의 정상적인 거래를 한 실례가 없는 때에는, 당해 토지의 지목, 위치, 주위환경, 이용상황, 사용법위 등 제반 여건과 부동산의 가격을 형성하는 지역 및 개별요인을 고려하고, 인접 및 유사지역 내의 유사건물에 대한 적정거래 가능가격을 조사⋅검토하는 등의 합리적인 방법으로 산정한 가격을 기준으로 삼으면 족하다. 그러므로 위 2. 가. (2)항과 같은 이유로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. (나) 세율 적용의 위법이 있는지 구 부가가치세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것) 시행령 부칙 <제16661호, 1999.12.31.> 제6조는 “제74조의3 제4항의 개정규정을 적용함에 있어서 2000년 2기 과세기간부터 2003년12월31일까지는 동 개정규정에 불구하고 제74조의3 제4항 제2호의 업종은 2001년 과세기간에는 100분의 22.5의 부가가치율을 적용한다.”고 규정하고 있다. 위 규정들에 의하면, 간이과세자 중 부동산임대업자에 대한 2001년 1,2기 부가가치세의 납부세액 계산에 있어서는 100분의 22.5의 부가가치율을 적용하여야 한다. 따라서 피고가 당해과세기간의 공급대가에 당해 업종의 부가가치율을 적용하지 아니하였음을 전제로 하는 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. 라. 1999년 내지 2003년 귀속 종합소득세 부과처분 (1) 당사자의 주장 (가) 원고의 주장 1) 1999년 당시 적용되던 구 소득세법 제41조 제2항, 구 소득세법시행령 제98조 제4항은 부당행위 부인시 소득금액의 계산은 구 법인세법시행령 제89조 제3항 내지 제5항을 준용하고 있고, 구 법인세법시행령 제89조 제4항은 당해 자산의 시가 50/100 상당 금액에서 자산제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율 곱하여 산출한 금액(제1호) 또는 당해 자산 감가상각비와 공과금, 수선비 등 자산유지, 관리비용 합계액(제2호) 중 큰 금액을 시가로 본다고 규정하고 있는데, 피고는 아무런 근거도 없이 전자를 부동산임대료의 시가로 보았으므로, 위 1999년 귀속 소득세부과처분은 위법하다. 2) 피고는 이 사건 부동산의 시가를 산정함에 있어서 토지는 개별공시지가를 기준으로, 건물은 구 상속세 및 증여세법을 기준으로 이를 산정하였는데, 구 상속세 및 증여세법을 기준으로 건물의 시가를 계산할 아무런 근거가 없으므로, 위 1999년 내지 2003년 귀속 각 소득세 부과처분은 위법하다. 3) 부동산임대료 산정시 위 제1호를 적용하는 경우, 전세금 또는 보증금은 월차임을 시장실세금리를 적용하여 환산한 금액을 적용하여야 함에도 피고는 명목보증금만을 전세금 또는 보증금으로 보고 적정임대료를 계산하였으므로, 위 1999년 내지 2003년 귀속 각 소득세 부과처분은 위법하다. (나) 피고의 주장 1) 1999년 당시 적용되던 구 법인세법시행령 제89조 제4항이 제1호와 제2호에 의한 금액 중 큰 금액을 부동산임대료의 시가로 보더라도 원고에게 불리하지 아니하므로, 위 제1호에 의하여 산출한 금액을 부동산임대료의 시가로 본 것은 적정하다. 2) 구 법인세법시행령 제89조 제2항에 의하면, 시가가 불분명한 경우 감정평가법인이 감정한 가액, 구 상속세 및 증여세법을 준용하여 평가한 가액의 순으로 시가를 정하는데, 구 상속세 및 증여세법에 의한 건물의 평가방법은 건물의 신축가격, 신축연도, 용도, 구조 등을 감안하여 고시된 가액으로서 그 가액이 건물의 실제 시세에 비하면 저평가된 것이므로, 건물의 시가를 상속세 및 증여세법에 의하여 계산하더라도 원고에게 불리하지 않다. 3) 구 소득세법 제25조 제1항 및 구 소득세법시행령 제53조 제2항은 실지조사 결정시의 간주임대료 계산규정으로서, 임대보증금을 받은 경우에는 시장실세금리에 불구하고 임대보증금에서 임대용 부동산의 건설비 상당액을 공제한 금액에 소정의 정기 예금이자율을 적용하는 방식에 의한 소정의 산식에 따라 계산한 금액을 총수입금액에 산입하도록 규정하고 있고, 위와 같은 간주임대료 상당의 수입은 당사자 사이의 약정에 따라 실제로 얻은 월 차임 상당의 수입과는 그 성질과 계산을 달리하는 것이므로, 부동산 임대로 인한 수입금액을 산정함에 있어서 공제하여야 하는 전세금 또는 보증금을, 월 차임을 시장실세금리를 적용하여 환산한 금액으로 하여야 하는 것은 아니다. (2) 판단 (가) 구 법인세법시행령 제89조 제2항 제1호에 따라 이 사건 부동산의 시가를 산정한 것이 위법한지 1999년 당시 적용되던 구 소득세법(1999.12.28. 법률 제6051호로 개정되기전의 것) 제41조 제2항의 위임을 받은 구 소득세법시행령(1999.12.31. 대통령령 제16664호로 개정되기 전의 것) 제98조 제4항은 부당행위 부인시 소득금액의 계산은 구 법인세법시행령(1999.12.31. 대통령령 제16658호로 개정되기 전의 것) 제89조 제3항내지 제5항을 준용하고 있고, 위 구 법인세법시행령 제89조 제4항은 부당행위 부인시 그 시가를 구 법인세법시행령 제89조 제1, 2항에 의하여 산정할 수 없을때 당해 자산의 시가 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액(제1호)과 당해 자산의 감가상각비(기준내용연수와 그에 따른 상각률 및 제26조 제4항의 규정에 의한 감가상각방법에 의하여 계산한 당해 사업연도 중의 임대차기간에 해당하는 상각범위액을 한도로 한다)및 공과금⋅수선비 등 그 자산을 유지⋅관리함으로써 발생하는 비용의 합계액(제2호) 중 큰 금액을 시가로 본다고 규정하고 있다. 위 규정들에 의하면, 구 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호와 제2호에 의한 금액 중 큰 금액을 시가로 보는 경우에는 이는 법령에 따른 시가이어서 적법하고, 작은 금액을 시가로 보는 경우에도 과세표준액이 낮아져 원고에게 불리하지 않으므로, 피고가 위 제1호와 제2호에 의한 금액을 비교하지 아니한 채 그 중 어떤 금액을 시가로 보았더라도, 그것만으로는 위 부과처분이 위법하다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. (나) 이 사건 부동산 중 건물의 시가 산정시 구 상속세 및 증여세법을 적용한 것이 위법한지 1) 1999년부터 2003년까지 적용되던 구 소득세법 제41조 제2항의 위임을 받은 구 소득세법시행령 제98조 제4항은 부당행위 부인시 소득금액의 계산은 구 법인세법시행령 제89조 제3항 내지 제5항을 준용하고 있고, 구 법인세법시행령 제89조 제4항은 부당행위계산부인에 있어서 구 법인세법시행령 제89조 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에 당해 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액(1999년 귀속분의 경우에는, 위 금액과 당해 자산의 감가상각비 및 공과금⋅수선비 등 그 자산을 유지⋅관리함으로써 발생하는 비용의 합계액 중 큰 금액)을 시가로 본다(제1호)고 규정하고 있으며, 구 법인세법시행령 제89조 제1항, 제2항은 유사사례가격 또는 일반적 거래가격, 감정가액, 구 상속세 및 증여세법 제38조, 제39조 및 동법 제61조 내지 제64조에 의한 가격 순으로 시가를 정하도록 규정하고 있다. 위 규정들을 종합하면, 구 법인세법시행령 제89조 제4항에 의한 적정임대료 산정시 전제가 되는 당해 자산의 시가는 구 법인세법시행령 제89조 제1항, 제2항에 따라 유사사례가격 또는 일반적 거래가격, 감정가액, 구 상속세 및 증여세법 제38조, 제38조 및 동법 제61조 내지 제64조에 의한 가격 순으로 산정하여야 하는 것으로 판단된다. 2) 그런데 이 사건 부동산 중 건물의 시가를 산정함에 있어서 그 부과시점에서의 건물의 유사사례가격 또는 일반적 거래가격이 있다거나 위 건물의 감정가액이 있다는 점에 관한 원고의 입증이 없는 이상, 피고가 구 상속세 및 증여세법에 의한 건물의 시가를 기준으로 소득금액을 계산하여 이를 기초로 1999년 내지 2003년 귀속 종합소득세의 세액을 산정하였다고 하더라도, 그것만으로는 위 각 부과처분이 위법하다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. (다) 적정임대료 산정시 명목보증금만을 공제한 것이 위법한지 1) 1999년부터 2003년까지 적용되던 구 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호는, 부당행위계산부인으로 인한 소득금액은 구 법인세법시행령 제89조 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에 당해 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액으로 하도록 규정하고 있다. 그런데 부동산임대업에 있어서 임대료를, 일부는 임대보증금으로, 일부는 월 차임으로 각 받기로 한 경우에, 임대보증금과 월 차임은 상호 대체관계에 있어 임대보증금이 많을수록 월 차임은 적어지고 임대보증금이 적을수록 월 차임은 많아지는 것이며, 이 때 월차임과 임대보증금 상호간의 환산비율의 문제는 당사자 사이의 약정에 달려 있으므로(대법원 2002.1.11. 선고 2000두1799 판결 참조), 임대료의 일부를 월 차임으로 받기로 한 경우에는, 구 법인세법시행령 제89조 제4항에서 공제되는 전세금 또는 보증금은 명목상 전세금 또는 보증금이 아니라 월차임을 당사자 사이의 약정등에 따라 보증금으로 환산한 금액이라고 보아야 한다. 2) 한편 구 소득세법(2001.12.31. 법률 제6557호로 개정되기 전의 것) 및 구 소득세법(2001.12.31. 법률 제6557호로 개정된 것) 제1항, 구 소득세법시행령(2003.11.20. 대통령령 제18127호로 개정되기 전의 것) 제53조 제3항은 총수입금액계산에 있어서 부동산을 대여하고 전세금이나 보증금 등을 받은 경우에는 ‘{당해 과세기간의 보증금등의 적수 - 임대용부동산의 건설비 상당액의 적수} X 1/365 X 금융기관의 정기예금이자율을 참작하여 재정경제부령이 정하는 이자율 - 당해 과세기간의 임대사업부분에서 발생한 수입이자와 할인료 및 배당금의 합계액’을 총수입금액에 산입하는 것으로 규정하고 있다. 그러나 이는 정상적인 거래가액으로 부동산을 임대한 경우에 총수입금액을 계산하는 방법을 규정한 것이어서, 부당저가임대의 경우에도 적용되는 규정은 아니다. 3) 피고가 구 법인세법시행령 제89조 제4항에 의하여 수입금액을 계상함에 있어서 공제되는 전세금 또는 보증금을 명목상 전세금 또는 보증금으로 적용한 이상, 이를 기초로 산정한 위 각 부과처분은 위법하고, 이에 관한 원고의 주장은 이유 있다. 마. 소결론 1999년 1기분 내지 2001년 2기분까지의 각 부가가치세 부과처분은 적법하고, 1999년 내지 2003년 귀속 각 종합소득세 부과처분은 위법하다. 3. 결론 원고의 청구는, 1999년 내지 2003년 귀속 각 종합소득세 부과처분의 최소를 구하는 범위 내에서만 이유 있다. 【대법원2007두24883 (2008.02.28)】【주 문】 1. 상고를 기각한다. 2. 상고비용은 원고가 부담한다. 【이 유】 이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유서를 모두 살펴보았으나, 상고이유에 관한 주장은 상고심절차에 관한 특례법 제4조 제1항 각 호에 정한 사유를 포함하지 아니하거나 이유가 없다고 인정되므로, 같은 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. 【서울고등법원2007누5341(2007.11.07)】【주 문】 1. 제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소한다. 2. 위 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다. 3. 소송총비용은 원고가 부담한다. 【청구취지 및 항소취지】 1. 청구취지 피고가 원고에 대하여, 2004. 6. 18. 한 1999년 1기분 부가가치세 659,850원, 1999년 2기분 부가가치세 629,400원, 2000년 1기분 부가가치세 620,350원, 2000년 2기분 부가가치세 588,820원, 2001년 1기분 부가가치세 510,310원, 2001년 2기분 부가가치세 481,470원의 각 부과처분과 2004. 10. 1. 한 1999년 귀속 종합소득세 7,304,380원, 2000년 귀속 종합소득세 6,783,550원, 2001년 귀속 종합소득세14,446,020원, 2002년 귀속 종합소득세 9,309,440원, 2003년 귀속 종합소득세 3,504,810원의 각 부과처분을 각 취소한다(원고는 2001년 귀속 종합소득세 18,160,230원, 2002년 귀속 종합소득세 11,922,560원, 2003년 귀속 종합소득세 4,900,780원의 각 부과처분의 취소를 구하다가 당심에 이르러 이 부분에 대한 감액경정 사실이 밝혀진 후 이와 같이 청구취지를 감축하였다). 2. 항소취지 주문과 같다. 【이 유】 1. 이 법원의 심판범위 원고는 제1심에서 청구취지 기재 각 부가가치세 부과처분과 각 종합소득세 부과처분의 취소를 구하였는데, 제1심 법원은 그 중 각 부가가치세 부과처분 취소청구를 기각하고, 각 종합소득세 부과처분 취소청구를 인용하였다. 이에 대하여 피고만이 불복 항소하였으므로 이 법원의 심판대상은 위 각 종합소득세 부과처분 취소청구 부분에 한정된다. 2. 처분의 경위 가. 원고는 1998. 1. 1.부터 2003. 6. 5.까지 그 소유인 00시 00동 190-7 대 1,654㎡ 및 그 지상 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 자신이 대표사원으로 있는 00회사 0000(이하 ‘0000’이라 한다)에 임대하고 아래와 같이 종합소득세 신고를 하였다.

구분	임대보증금(원)	월 차임(원)	수입금액(원)	소득금액(원)	신고유형
1998년	20,000,000	200,000	4,199,999	2,940,000	표준율
1999년	〃	〃	3,899,999	2,593,499	〃
2000년	30,000,000	〃	4,653,098	3,094,310	〃
2001년	〃	〃	2,400,000	-1,179,138	외부조정
2002년	〃	〃	2,400,000	-3,271,848	〃
2003년	〃	〃	1,000,000	-3,573,879	〃

나. 피고는, 원고가 이 사건 부동산을 특수관계자인 0000에 저가 임대한 것으로 보아, 이 사건 부동산의 시가를 구 상속세 및 증여세법(1999. 12. 28. 법률 제6048호로 개정되기 전의 것과 2005. 1. 14. 법률 제7335호로 개정되기 전의 것) 제61조 제1항의 보충적 평가방법에 따라 ‘별표 1.이 사건 부동산의 ㎡당 기준시가표’ 및 ‘별표 2. 이 사건 부동산의 시가표’ 기재와 같이 산정하고, 구 법인세법시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 개정되기 전의 것) 제89조 제4항 제1호 가목고 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호에 따라 ‘별표 3. 적정임대료계산표’ 기재와 같이 적정임대료를 산정한 후, 적정임대료와 원고가 신고한 소득금액과의 차액을 부당행위계산 부인액으로 하여 2004. 10. 1. 원고에 대하여 1999년 귀속 종합소득세 7,304,380원, 2000년 귀속 종합소득세 6,783,550원, 2001년 귀속 종합소득세 18,160,230원, 2002년 귀속 종합소득세 11,922,560원, 2003년 귀속 종합소득세 4,900,780원을 각 부과하였고, 그 후 2004. 10. 12. 소득금액을 감액하여 2001년 귀속 종합소득세를 14,446,020원, 2002년 귀속 종합소득세를 9,309,440원, 2003년 귀속 종합소득세를 3,504,810원으로 각 감액경정하였다(이하 감액경정 후의 1999년 내지 2003년 귀속 각 종합소득세 부과처분을 ‘이 사건 각 종합소득세 부과처분’이라 한다). 〔인정근거〕 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 7 내지 11, 을 제7호증의 1 내지 5, 을 제8 내지 11호증의 각 1내지 3, 을 제12 내지 14, 17호증, 을 제21 내지 23호증의 각 1내지 3의 각 기재, 변론 전체의 취지 3. 이 사건 각 종합소득세 부과처분의 적법 여부 가. 원고의 주장 (1) 원고가 이 사건 부동산을 0000에 임대한 행위는 자신의 손해를 무릅쓰고라도 0000의 경영난을 덜어보기 위해 취한 조치이므로 〃조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것〃으로 볼 수 없어 부당행위계산에 해당하지 않는다. (2) 피고는 이 사건 부동산의 시가를 산정함에 있어서 토지는 개별공시지가를 기준으로, 건물은 상속세및증여세법을 기준으로 이를 산정하였는데, 상속세및증여세법을 기준으로 건물의 시가를 계산할 아무런 근거가 없으므로, 이 사건 각 종합소득세 부과처분은 위법하다. (3) 소득세법시행령 제98조 제4항은 제2항 제2호 내지 제5호의 규정에 의한 부당행위계산 부인시 소득금액의 계산에 관하여 법인세법시행령 제89조 제3항 내지 제5항을 준용하도록 정하고 있으며, 1999년과 2000년 당시 준용된 구 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호는〃당해 자산의 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액(가목)〃과〃당해 자산의 감가상각비 및 공과금ㆍ수선비 등 그자산을 유지ㆍ관리함으로써 발생하는 비용의 합계액(나목)〃 중 큰 금액을 시가로 본다고 규정하고 있는데, 피고는 아무런 근거도 없이 전자를 임대료의 시가로 보았으므로, 이 사건 1999년 및 2000년 귀속 종합소득세 부과처분은 위법하다. (4) 위와 같이 〃당해 자산의 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액〃으로 임대료 시가를 산정할 경우, 차감되어야 할 전세금 또는 보증금에 월 차임을 시장실세금리를 적용하여 환산한 금액을 가산하여야 함에도 피고는 명목보증금만을 전세금 또는 보증금으로 보고 적정 임대료를 계산하였으므로, 이 사건 각 종합소득세 부과처분의 위법하다. 나. 관계법령 별지 기재와 같다. 다. 판단 (1) 이 사건 부동산 임대 행위가 부당행위계산에 해당하는지 여부. 부당행위계산은 일정한 특수관계자 사이의 일정한 거래가 사회통념이나 관습에 비추어 볼 때 합리적인 경제인이 취할 정상적인 거래로 볼 수 없는 경우에 성립하는 것이고, 당사자가 조세회피 등의 이익을 도모하고자 하였는지 여부는 고려할 것이 아니며, 앞서 본 적정임대료와 원고가 신고한 임대료 사이에 현저한 차이가 있어 조세부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다. (2) 건물의 시가 산정시 상속세및증여세법을 적용한 것이 위법한지 여부 소득세법 제41조 제2항(1995. 12. 29. 법률 제5031호로 신설된 후 현재까지 그대로 유지되고 있다) 및 소득세법시행령 제98조 제4항(1998. 12. 31. 대통령령 제15969호로 신설된 후 2005. 2. 19. 대통령령 제18705호로 법령 명칭의 표시만 변경되어 현재까지 유지되고 있다)에 따르면, 소득세법시행령 제98조 제2항 제2호 내지 제5호의 규정에 의한 부당행위계산 부인시 소득금액의 계산에 관하여는 법인세법시행령 제89조 제3항 내지 제5항의 규정이 준용되므로, 금전 이외의 유형자산을 제공한 경우에 해당하는 이 사건에 있어, 1999년과 2000년에는 2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 개정되기 전의 구 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호가, 2001년부터 2003년까지는 위와 같이 개정된 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호(위 개정 후에는 현재까지 그대로 유지되고 있다)가 각 준용된다. 한편, 법인세법시행령 제89조 제4항은 위 개정 전후에 걸쳐 동일하게 〃자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다〃라고 정하고 있으며, 위 각 호 중 자산을 제공하거나 제공받는 경우에 적용되는 제1호는, 2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 개정되기 전에는 〃당해 자산의 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액(가목)〃과 〃당해 자산의 감가상각비 및 공과금ㆍ수선비 등 그 자산을 유지ㆍ관리함으로써 발생하는 비용의 합계액(나목) 중 큰 금액〃을, 위와 같이 개정된 후에는 종전 가목이 정하는 금액을 각 시가로 할 금액으로 정하고 있다. 위와 같이 법인세법시행령 제89조 제4항은 〃자산 또는 용역의 제공에 있어서〃 같은 조 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에 적용되므로, 위 규정은 자산 또는 용역의 제공에 대한 대가(이 사건의 경우 임대료)의 시가를 정하는 방법에 관한 규정이지, 위 규정 제1호(개정 전에는 제1호 가목)의 〃당해 자산의 시가〃를 정하는 방법을 직접 정하고 있는 규정은 아니다. 그러나 위 〃당해 자산의시가〃를 정하는 방법을 따로 정하는 규정이 없는 한편, 소득세법시행령 제98조 제3항(1998. 12. 31. 대통령령 제15969호로 신설된 후 2005. 2. 19. 대통령령 제18705호로 법령 명칭의 표시만 변경되어 현재까지 유지되고 있다.)이 특수관계 있는 자로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계 있는 자에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때의 시가의 산정에 관하여 법인세법시행령 제89조 제1항 및 제2항을 준용하도록 정하고 있는 점에 비추어 보면, 위 〃당해 자산의 시가〃를 정하는데 있어서도 법인세법시행령 제89조 제1항 및 제2항을 따르는 것이 타당하다. 그런데 법인세법시행령 제89조 제1항 및 제2항에 따르면, 유사사례가격 또는 일반적 거래가격, 감정가액, 상속세및증여세법 제61조 등의 규정을 준용하여 평가한 가액순으로 시가를 정해야 하고(별지 관계법령에서 보듯이 위 규정들은 수차 개정되었으나 기본적인 내용은 유지되고 있다.), 이 사건 부동산 중 건물의 시가를 산정함에 있어서 그 부과시점에서의 건물의 유사사례가격 또는 일반적 거래가격이 있다거나 감정가액이 있다는 점에 관한 원고의 입증이 없는 이상, 피고가 이 사건 부동산 중 건물의 시가를 산정함에 있어 상속세및증여세법 규정을 적용한 것이 위법하다고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.　 (3) 구 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호 가목에 따라 임대료 시가를 산정한 것이 위법한지 여부 앞서 본 바와 같이 이 사건에 있어 1999년과 2000년에는 2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 개정되기 전의 구 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호가 준용되고, 위 규정은 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우, 〃당해 자산의 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련한여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액(가목)〃과 〃당해 자산의 감가상각비 및 공과금ㆍ수선비 등 그 자산을 유지ㆍ관리함으로써 발생하는 비용의 합계액(나목)〃중 큰 금액을 시가로 한다고 정하고 있다. 위와 같이 위 구 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호가 가목과 나목의 금액 중 큰 금액을 시가로 한다고 규정하고 있는 이상, 피고가 실제 위 규정을 적용함에 있어 위 가목과 나목의 금액 중 큰 금액을 시가로 삼으면 이는 법령에 따른 것이어서 적법하고, 적은 금액을 시가로 삼더라도 법령에 따를 때보다 시가가 낮아져서 원고에게 불리하지 않으므로, 피고가 위 가목과 나목에 의한 금액을 비교하지 아니한 채 가목에 의한 금액을 시가로 삼았더라도, 그 것만으로는 이 사건 1999년 및 2000년 귀속 종합소득세 부과처분이 위법하다고 볼 수 없고, 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다. (4)적정임대료 산정시 명목보증금만을 공제한 것이 위법한지 여부 앞서 본 바와 같이 2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 개정되기 전의 구 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호 가목 및 위와 같이 개정된 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호는 자산을 제공하거나 제공받는 경우 〃당해 자산의 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액〃을 시가로 하도록 정하고 있을 뿐, 위와 같이 차감해야 할 전세금 또는 보증금에 월 차임을 시장실세금리를 적용하여 환산한 금액을 가산하도록 하는 아무런 규정이 없다. 원고는 명목보증금만을 차감하는 경우에는, 보증금과 월 차임의 상호대체적 관계를 통하여 동일한 경제적 이익을 얻는 경우에는 보증금과 월 차임의 비율에 따라 세부담이 달라지는 불공평이 발생한다고 하나, 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호(개정전에는 제1호 가목)에 따라 산정되는 시가는 〃임대료의 시가〃로서, 신고된 임대료와의 비교를 통해 저가 임대 여부를 판정하는 기준이 되고, 과세관청이 부당행위계산 부인 후 정당한 세액을 산출함에 있어 임대료 수입액으로 삼게 되는 것일 뿐, 그 자체가 총수입금액이나 소득금액이 되는 것이 아니며, 부동산임대소득을 계산할 때 총수입금액에는 임대료뿐만 아니라 소득세법상 간주임대료도 포함되는 것이어서, 상대적으로 보증금의 비율이 낮아 임대료 시가가 높아지면 그만큼 간주임대료는 낮아지게 되므로, 명목보증금만을 차감한다고 하여 세부담이 달라지는 불공평이 발생한다고 볼 수는 없다. 그리고 원고가 들고 있는 대법원 2002. 1. 11. 선고 2000두1799 판결은 사안을 달리하여 이 사건에는 원용할 수 없으므로, 결국 원고의 이 부분 주장 또한 받아들일 수 없다. 4. 결론 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 이와 결론을 달리한 제1심 판결 중 피고 패소부분은 부당하므로 이를 취소하고, 위 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 【수원지방법원2006구합3750 (2007.1.10.)】【주 문】 1. 피고가 2004.10.1. 원고에게 한 1999년 귀속 종합소득세 7,304,380원, 2000년 귀속 종합소득세 6,783,550원, 2001년 귀속 종합소득세 18,160,230원, 2002년 귀속 종합소득세 11,922,560원, 2003년 귀속 종합소득세 4,900,780원의 각 부과처분을 취소한다. 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 3. 소송비용 중 1/10은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 【청 구 취 지】 주문 제1항 및 피고가 2004.6.18. 원고에게 한 1999년 1기분 부가가치세 659,850원, 1999년 2기분 부가가치세 629,400원, 2000년 1기분 부가가치세 620,350원, 2000년 2기분 부가가치세 588,820원, 2001년 1기분 부가가치세 510,310원, 2001년 2기분 부가가치세 481,470원의 각 부과처분을 각 취소한다. 【이 유】 1. 처분의 경위 가. 원고는 1998.1.1.부터 2003.6.5.까지 원고 소유의 00시 00동 000-0 대지 1,654㎡ 및 그 지상 건물(‘이 사건 부동산’이라 한다.)을 자신이 대표사원으로 있는 합자회사 0000(‘0000’이라 한다.)에 임대하고 아래와 같이 부가가치세 및 종합소득세 신고를 하였다.

구분	부가가치세					종합소득세
	과세표준		임대보증금(원)	월세 (원)	과세 유형	수입금액 (원)	소득금액 (원)	신고유형
	1기(원)	2기(원)	임대보증금(원)	월세 (원)	과세 유형	수입금액 (원)	소득금액 (원)	신고유형
1998	2,092,602	2,107,397	20,000,000	200,000	과세특례자	4,199,999	2,940,000	표준율
1999	1,943,835	1,956,164	"	"	"	3,899,999	2,593,499	"
2000	2,318,852	5,556,164	30,000,000	"	간이과세자	4,653,098	3,094,310	"
2001	2,062,849	2,077,150	"	"	"	2,400,000	-1,179,138	외부조정
2002	1,884,328	1,895,671	"	"	"	2,400,000	-3,271,848	"
2003	1,528,164	-	"	"	"	1,000,000	-3,573,879	"

나. 피고는, 원고가 이 사건 부동산을 특수관계자인 0000에게 저가에 임대한 것으로 보아, 이 사건 부동산의 시가를 구 상속세 및 증여세법 제61조 제1항의 보충적 평가방법에 의하여 별표 1.(이 사건 부동산의 ㎡당 기준시가표) 및 별표 2.(이 사건 부동산의 시가표) 기재와 같이 산정하고, 2003.1.1.부터 시행된 구 법인세법 시행령 제 89조 제4항에 따라 별표 3.(적정임대료계산표) 기재와 같이 적정임대표를 산정한 후, 별표 4.(부가가치세 과세표준표) 기재와 같이 계산한 적정임대표와 원고가 신고한 부가가치세 과세표준 및 종합소득세 소득금액과의 차액을 부당행위계산부인액으로 하여 원고에게 2004.6.18.에 1999년 1기분 부가가치세 659,850원, 1999년 2기분 부가가치세 629,400원, 2000년 1기 부가가치세 620,350원, 2000년 2기분 부가가치세 588,820원, 2001년 1기분 부가가치세 510,310원, 2001년 2기분 부가가치세 481,470원을 2004.10.1.에 1999년 귀속 종합소득세 7,304,380원, 2000년 귀속 종합소득세 6,783,550원, 2001년 귀속 종합소득세 18,160,230원, 2002년 귀속 종합소득세 11,922,560원, 2003년 귀속 종합소득세 4,900,780원을 각 부과하였다.(‘이 사건 각 부과처분’이라 한다.). 다. 원고는 2004.12.20. 국세심판원에 심판청구을 하였고, 2006.1.24. 기각결정을 받았다. [인정근거] 을 1 내지 6호증, 을 7호증의 1 내지 5, 을 8내지 11호증의 각 1 내지 3, 을 12 내지 20호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 각 부과처분의 적법 여부 가. 1999년 1, 2기 및 2000년 1기 부가가치세 (1) 당사자의 주장 (가)원고의 주장 당시 적용되던 구 부가가치세법시행령 제50조 제1항에 의하면, 부당거래부인된 용역의 시가를 사업자와 특수관계자에 있는 자 외의 자와의 정상적인 거래에 있어서 형성되는 가격으로 본다고 규정하고 있음에도, 피고는 2002.12.30. 대통령령 제17827호로 개정되어 2003.1.1.부터 시행된 구 부가가치세법시행령 제50조 제1항 제2호를 근거로 구 법인세법시행령 제89조 제4항에 따라 산정한 임대료를 부가가치세의 과세표준으로 삼아 과세처분을 하였는데, 이는 현행 법령을 소급적용한 것이므로 위법하다. (나) 피고의 주장 이 사건 부동산의 경우 특수관계가 없는 제3자 사이의 실제 임대사례가 없고 이 사건 부동산의 지목, 입지조건 등이 유사한 부동산이 없으므로, 구 법인세법시행령 제89조에 따라 산정한 임대료는 합리적이고 타당한 방법에 의하여 산정한 가액이고, 이를 과세표준으로 삼은 위 각 부과처분은 적법하다. (2) 판단 (가) 구 부가가치세법(1999.12.28. 법률 제6049호로 개정되기 전의 것)제13조 제1항 제3호 및 구 부가가치세법(2001.4.7. 법률 제6460호로 개정되기 전의 것) 제13조 제2항 제3의2호는 “용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가를 그 부가가치세의 과세표준으로 한다.”고 규정하고 있고, 구 부가가치세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것) 제50조 제1항은 “법 제13조 제1항 각호에 규정하는 시가는 사업자와 특수관계가 있는 자 외의 자와의 정상적인 거래에 있어서 형성되는 가격으로 한다.”고 규정하고 있다. 위 규정들은 종합하면, 부동산의 임대업자가 특수관계에 있는 자에게 부동산의 임대료를 부당하게 낮게 받는 경우에 이를 부인하고 부인된 임대료상당 소득금액을 추계의 방법으로 계산함에 있어서는 부동산의 임대업자가 그와 특수관계에 있지 아니한 자와의 정상적인 거래를 하는 경우에 형성되는 가격을 기준으로 하여 산정하여야 하고, 그와 같은 실례가 없는 경우라 하더라도 당해 토지의 지목, 위치, 주위환경, 이용상황, 사용범위 등 제반 여건을 고려하고 부동산의 가격을 형성하는 지역 및 개별요인, 인접 및 유사지역 내의 유사물건에 대한 적정거래가능가격을 조사⋅검토하는 등의 합리적인 방법으로 산정한 가격을 기준으로 삼으면 족하다(대법원 1992.1.21. 선고 91누7637 판결 참조). (나) 한편 2002.12.30. 대통령령 제17827호로 개정되어 2003.1.1.부터 시행된 구 부가가치세법시행령 제50조 제1항 제2호는 “사업자가 특수관계에 있는 자 외의자와 당해 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 소득세법시행령 제98조 제3항 또는 법인세법시행령 제89조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 가격을 그 용역의 시가로 한다.”고 규정하고 있으므로, 당해 부동산의 비교사례가 될 만한 인근 유사부동산의 실제 임대사례가 없는 경우에는 위 규정에 의하여 임대료의 시가를 추계하는 것도 합리적이다. (다) 피고가 위 1999년 1,2기 및 2000년 제1기 부가가치세의 세액 계산시 2003.1.1.부터 시행된 구 법인세법시행령 제89조 제4항의 규정에 의하여 이 사건 부동산의 적정임대료를 계산한 것은 위 1. 나. 항에서 본 바와 같고, 이 사건 부동산의 비교사례가 될 만한 인근 유사부동산의 실제 임대사례가 있다는 점에 관하여 원고의 입증이 없는 이상, 위와 같은 방식에 따라 이 사건 부동산의 적정임대료를 산정하는 것은 합리적인 방법에 의한 것으로 보여지고, 이를 일러 법령의 소급적용이나 소급과세라고 할 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 나. 2000년 2기 부가가치세 (1) 당사자의 주장 (가) 원고의 주장 1) 당시 적용되던 구 부가가치세법시행령 제50조 제1항에 의하면, 사업자와 특수관계에 있는 자 외의 자와의 정상적인 거래에 있어서 형성되는 가격을 부당행위 부인된 용역의 시가로 본다고 규정하고 있음에도, 피고는 2002.12.30. 대통령령 제17827호로 개정되어 2003.1.1.부터 시행된 구 부가가치세법시행령 제50조 제1항 제2호를 근거로 구 법인세법시행령 제89조 제4항에 따라 산정한 임대료를 부가가치세의 과세표준으로 삼아 과세처분을 하였는데, 위 각 부과처분은 현행 법령을 소급적용하여 위법하다. 2) 당시 적용되던 구 부가가치세법 제26조 제1항, 제2항, 구 부가가치세법 시행령 제74조의 3 제4항 제3호에 의하면, 간이과세자는 2000년 2기분에 대해서는 공급한 용역의 시가의 30/1000(3%)에 해당하는 금액을 납부하여야 하도록 규정하고 있는데, 위 부과처분은 10%의 세율을 적용하였으므로 위법하다. (나) 피고의 주장 1) 구 법인세법시행령 제89조에 따라 산정한 임대료를 과세표준으로 삼은 위 부과처분도 소급과세금지원칙에 어긋나지 아니한다. 2) 위 부과처분은 구 부가가치세법시행령 부칙 제6조의 규정에 따라 과세표준에 20/1000(2%)의 부가가치율을 곱한 금액에 10%의 세율을 적용하여 세액을 산출한 것이므로, 위 부과처분의 계산에 위법이 없다. (2) 판단 (가) 소급과세금지원칙에 어긋나는지 위 2. 가. (2)항의 기재와 같은 이유로, 위 2000년 2기 부가가치세 부과처분은 소급과세금지원칙에 어긋나지 아니한다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. (나) 세율 적용의 위법이 있는지 구 부가가치세법 (2001.4.7. 법률 제6460호로 개정되기 전의 것) 제2항은 “간이과세자에 대하여는 <당해과세기간의 공급대가 X 직전 3연간 신고된 업종별 평균 부가가치율등을 감안하여 100분의 10에서 100분의 50의 법위 안에서 대통령령이 정하는 당해 업종의 부가가치율 X 100분의 10>의 산식으로 계산된 금액을 납부세액으로 한다.”고 규정하고 있고, 구 부가가치세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것) 제74조의3은 제4항 제2호는 “법 제26조 제2항에서 ‘대통령령이 정하는 당해 업종의 부가가치율’이라 함은 부동산임대업 등의 경우는 100분의 30을 말한다.”고 규정하고 있으며, 위 시행령 부칙 <제1661호, 1999.12.31.> 제6조는 “제74조의 3 제4항의 개정규정을 적용함에 있어서 2000년 제2기 과세기간부터 2003년 12월 31일까지는 동 개정규정에 불구하고 제74조의3 제4항 제2호의 업종은 2000년 제2기 과세기간에는 100분의 20의 부가가치율을 적용한다.”고 규정하고 있다. 위 규정들에 의하면, 간이과세자 중 부동산임대업자에 대한 2000년2기 부가가치세의 납부세액 계산에 있어서는 100분의 20의 부가가치율을 적용하여야 한다. 따라서 피고가 당해과세기간의 공급대가에 당해 업종의 부가가치율을 적용하지 아니하였음을 전제로 하는 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. 다. 2001년 1,2기분 부가가치세 (1) 당사자의 주장 (가) 원고의 주장 1) 당시 적용되던 구 부가가치세법시행령 제50조 제1항은 구 부가가치세법 제13조 제1항 각호에 규정하는 시가를, 특수관계에 있는 자 외의 자와 계속 거래한 가격 또는 제 3자간의 일반적 거래가격, 위 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우 소득세법시행령 98조 3항 또는 법인세법시행령 89조 2항에 의한 가격으로 한다고 규정하고 있고, 당시 적용되던 구 소득세법시행령 제98조 제3항은 시가의 산정에 관하여는 법인세법시행령 제89조 제1항 및 제2항의 규정을 준용하고 있으며, 법인세법시행령 제89조 제1항, 제2항은 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의하고, 시가가 불분명한 경우에는 순차적으로 감정평가법인의 감정가액, 구 상속세 및 증여세법 제38조, 제39조, 제61 내지 64조의 규정을 준용하여 평가한 금액에 의한다고 규정하고 있으므로, 부당행위 부인된 임대료의 시가는 원칙적으로 계속적 거래가액, 감정평가법인의 감정가액, 구 상속세 및 증여세법에 의하여 산정하여야 함에도 피고는 2002.12.30. 대통령령 제17827호로 개정되어 2003.1.1.부터 시행된 구 부가가치세법시행령 제50조 제1항 제2호를 근거로 구 법인세법시행령 제89조 제4항에 따라 산정한 임대료를 부가가치세의 과세표준으로 삼아 과세처분을 하였는데, 위 각 부과처분은 현행 법령을 소급적용하여 위법하다. 2) 당시 적용되던 구 부가가치세법 제26조 제26조 제1항, 제2항, 구 부가가치세법시행령 제74조의3 제4항 제3호에 의하면, 간이과세자는 2000년 2기분에 대해서는 공급한 용역의 시가의 30/1000(3%)에 해당하는 금액을 납부하여야 하도록 규정하고 있는데, 위 부과처분은 10%의 세율을 적용하였으므로 위법하다. (나) 피고의 주장 1) 구 법인세법시행령 제89조 제4항에 따라 산정한 임대료를 과세표준으로 삼은 위 2001년 1,2기분 부가가치세 부과처분도 소급과세금지원칙에 어긋나지 아니한다. 2) 위 2001년 제1기, 2기분 부가가치세의 세액 계산에 위법이 없다. (2) 판단 (가) 소급과세금지원칙에 어긋나는지 구 부가가치세법시행령(2001.12.31. 대통령령 제17460호로 개정되기 전의 것)제50조 제1항 제1,2호는 “구 부가가치세법 제13조 제1항 각호 규정하는 시가를 특수관계에 있는 자 외의 자와 계속 거래한 가격 또는 제3자간 일반적 거래가격으로 하고, 위 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 소득세법시행령 98조 3항 또는 법인세법시행령 89조 2항에 의한 가격으로 한다.”고 규정하고 있고, 구 소득세법시행령(2001.12.31. 대통령령 제17456호로 개정되기 전의 것) 제98조 제3항은 “특수관계 있는 자로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계 있는 자에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때 시가의 산정에 관하여는 법인세법시행령 제89조 제1항 제2항의 규정을 준용한다.”고 규정하고 있으며, 구 법인세법시행령(2001.12.31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 제98조 제3항은 “특수관계 있는자로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계 있는 자로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계 있는 자에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때 시가의 산정에 관하여는 법인세법시행령 제89조 제1항 및 제2항의 규정을 준용한다.”고 규정하고 있으며, 구 법인세법시행령(2001.12.31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 제89조 제1항, 제2항은 “법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의하고, 시가가 불분명한 경우에는 지가공시및 토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식 등을 제외한다.)과 구 상속세및증여세법(법률 제6780호 2002.12.18.)제38조⋅동법 제39조 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.”고 규정하고 있다. 그런데, 위 구 상속세 및 증여세법 제61조의 토지와 건물의 시가의 산정방법만을 규정하고 있을 뿐, 토지와 건물의 임대료를 산정하는 방법에 관하여는 아무런 규정을 하고 있지 않다. 따라서 위 2001년 1,2기분 부가가치세의 경우에도 부동산의 임대업자가 그와 특수관계에 있지 아니한 자와의 정상적인 거래를 한 실례가 없는 때에는, 당해 토지의 지목, 위치, 주위환경, 이용상황, 사용법위 등 제반 여건과 부동산의 가격을 형성하는 지역 및 개별요인을 고려하고, 인접 및 유사지역 내의 유사건물에 대한 적정거래 가능가격을 조사⋅검토하는 등의 합리적인 방법으로 산정한 가격을 기준으로 삼으면 족하다. 그러므로 위 2. 가. (2)항과 같은 이유로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. (나) 세율 적용의 위법이 있는지 구 부가가치세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것) 시행령 부칙 <제16661호, 1999.12.31.> 제6조는 “제74조의3 제4항의 개정규정을 적용함에 있어서 2000년 2기 과세기간부터 2003년12월31일까지는 동 개정규정에 불구하고 제74조의3 제4항 제2호의 업종은 2001년 과세기간에는 100분의 22.5의 부가가치율을 적용한다.”고 규정하고 있다. 위 규정들에 의하면, 간이과세자 중 부동산임대업자에 대한 2001년 1,2기 부가가치세의 납부세액 계산에 있어서는 100분의 22.5의 부가가치율을 적용하여야 한다. 따라서 피고가 당해과세기간의 공급대가에 당해 업종의 부가가치율을 적용하지 아니하였음을 전제로 하는 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. 라. 1999년 내지 2003년 귀속 종합소득세 부과처분 (1) 당사자의 주장 (가) 원고의 주장 1) 1999년 당시 적용되던 구 소득세법 제41조 제2항, 구 소득세법시행령 제98조 제4항은 부당행위 부인시 소득금액의 계산은 구 법인세법시행령 제89조 제3항 내지 제5항을 준용하고 있고, 구 법인세법시행령 제89조 제4항은 당해 자산의 시가 50/100 상당 금액에서 자산제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율 곱하여 산출한 금액(제1호) 또는 당해 자산 감가상각비와 공과금, 수선비 등 자산유지, 관리비용 합계액(제2호) 중 큰 금액을 시가로 본다고 규정하고 있는데, 피고는 아무런 근거도 없이 전자를 부동산임대료의 시가로 보았으므로, 위 1999년 귀속 소득세부과처분은 위법하다. 2) 피고는 이 사건 부동산의 시가를 산정함에 있어서 토지는 개별공시지가를 기준으로, 건물은 구 상속세 및 증여세법을 기준으로 이를 산정하였는데, 구 상속세 및 증여세법을 기준으로 건물의 시가를 계산할 아무런 근거가 없으므로, 위 1999년 내지 2003년 귀속 각 소득세 부과처분은 위법하다. 3) 부동산임대료 산정시 위 제1호를 적용하는 경우, 전세금 또는 보증금은 월차임을 시장실세금리를 적용하여 환산한 금액을 적용하여야 함에도 피고는 명목보증금만을 전세금 또는 보증금으로 보고 적정임대료를 계산하였으므로, 위 1999년 내지 2003년 귀속 각 소득세 부과처분은 위법하다. (나) 피고의 주장 1) 1999년 당시 적용되던 구 법인세법시행령 제89조 제4항이 제1호와 제2호에 의한 금액 중 큰 금액을 부동산임대료의 시가로 보더라도 원고에게 불리하지 아니하므로, 위 제1호에 의하여 산출한 금액을 부동산임대료의 시가로 본 것은 적정하다. 2) 구 법인세법시행령 제89조 제2항에 의하면, 시가가 불분명한 경우 감정평가법인이 감정한 가액, 구 상속세 및 증여세법을 준용하여 평가한 가액의 순으로 시가를 정하는데, 구 상속세 및 증여세법에 의한 건물의 평가방법은 건물의 신축가격, 신축연도, 용도, 구조 등을 감안하여 고시된 가액으로서 그 가액이 건물의 실제 시세에 비하면 저평가된 것이므로, 건물의 시가를 상속세 및 증여세법에 의하여 계산하더라도 원고에게 불리하지 않다. 3) 구 소득세법 제25조 제1항 및 구 소득세법시행령 제53조 제2항은 실지조사 결정시의 간주임대료 계산규정으로서, 임대보증금을 받은 경우에는 시장실세금리에 불구하고 임대보증금에서 임대용 부동산의 건설비 상당액을 공제한 금액에 소정의 정기 예금이자율을 적용하는 방식에 의한 소정의 산식에 따라 계산한 금액을 총수입금액에 산입하도록 규정하고 있고, 위와 같은 간주임대료 상당의 수입은 당사자 사이의 약정에 따라 실제로 얻은 월 차임 상당의 수입과는 그 성질과 계산을 달리하는 것이므로, 부동산 임대로 인한 수입금액을 산정함에 있어서 공제하여야 하는 전세금 또는 보증금을, 월 차임을 시장실세금리를 적용하여 환산한 금액으로 하여야 하는 것은 아니다. (2) 판단 (가) 구 법인세법시행령 제89조 제2항 제1호에 따라 이 사건 부동산의 시가를 산정한 것이 위법한지 1999년 당시 적용되던 구 소득세법(1999.12.28. 법률 제6051호로 개정되기전의 것) 제41조 제2항의 위임을 받은 구 소득세법시행령(1999.12.31. 대통령령 제16664호로 개정되기 전의 것) 제98조 제4항은 부당행위 부인시 소득금액의 계산은 구 법인세법시행령(1999.12.31. 대통령령 제16658호로 개정되기 전의 것) 제89조 제3항내지 제5항을 준용하고 있고, 위 구 법인세법시행령 제89조 제4항은 부당행위 부인시 그 시가를 구 법인세법시행령 제89조 제1, 2항에 의하여 산정할 수 없을때 당해 자산의 시가 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액(제1호)과 당해 자산의 감가상각비(기준내용연수와 그에 따른 상각률 및 제26조 제4항의 규정에 의한 감가상각방법에 의하여 계산한 당해 사업연도 중의 임대차기간에 해당하는 상각범위액을 한도로 한다)및 공과금⋅수선비 등 그 자산을 유지⋅관리함으로써 발생하는 비용의 합계액(제2호) 중 큰 금액을 시가로 본다고 규정하고 있다. 위 규정들에 의하면, 구 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호와 제2호에 의한 금액 중 큰 금액을 시가로 보는 경우에는 이는 법령에 따른 시가이어서 적법하고, 작은 금액을 시가로 보는 경우에도 과세표준액이 낮아져 원고에게 불리하지 않으므로, 피고가 위 제1호와 제2호에 의한 금액을 비교하지 아니한 채 그 중 어떤 금액을 시가로 보았더라도, 그것만으로는 위 부과처분이 위법하다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. (나) 이 사건 부동산 중 건물의 시가 산정시 구 상속세 및 증여세법을 적용한 것이 위법한지 1) 1999년부터 2003년까지 적용되던 구 소득세법 제41조 제2항의 위임을 받은 구 소득세법시행령 제98조 제4항은 부당행위 부인시 소득금액의 계산은 구 법인세법시행령 제89조 제3항 내지 제5항을 준용하고 있고, 구 법인세법시행령 제89조 제4항은 부당행위계산부인에 있어서 구 법인세법시행령 제89조 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에 당해 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액(1999년 귀속분의 경우에는, 위 금액과 당해 자산의 감가상각비 및 공과금⋅수선비 등 그 자산을 유지⋅관리함으로써 발생하는 비용의 합계액 중 큰 금액)을 시가로 본다(제1호)고 규정하고 있으며, 구 법인세법시행령 제89조 제1항, 제2항은 유사사례가격 또는 일반적 거래가격, 감정가액, 구 상속세 및 증여세법 제38조, 제39조 및 동법 제61조 내지 제64조에 의한 가격 순으로 시가를 정하도록 규정하고 있다. 위 규정들을 종합하면, 구 법인세법시행령 제89조 제4항에 의한 적정임대료 산정시 전제가 되는 당해 자산의 시가는 구 법인세법시행령 제89조 제1항, 제2항에 따라 유사사례가격 또는 일반적 거래가격, 감정가액, 구 상속세 및 증여세법 제38조, 제38조 및 동법 제61조 내지 제64조에 의한 가격 순으로 산정하여야 하는 것으로 판단된다. 2) 그런데 이 사건 부동산 중 건물의 시가를 산정함에 있어서 그 부과시점에서의 건물의 유사사례가격 또는 일반적 거래가격이 있다거나 위 건물의 감정가액이 있다는 점에 관한 원고의 입증이 없는 이상, 피고가 구 상속세 및 증여세법에 의한 건물의 시가를 기준으로 소득금액을 계산하여 이를 기초로 1999년 내지 2003년 귀속 종합소득세의 세액을 산정하였다고 하더라도, 그것만으로는 위 각 부과처분이 위법하다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. (다) 적정임대료 산정시 명목보증금만을 공제한 것이 위법한지 1) 1999년부터 2003년까지 적용되던 구 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호는, 부당행위계산부인으로 인한 소득금액은 구 법인세법시행령 제89조 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에 당해 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액으로 하도록 규정하고 있다. 그런데 부동산임대업에 있어서 임대료를, 일부는 임대보증금으로, 일부는 월 차임으로 각 받기로 한 경우에, 임대보증금과 월 차임은 상호 대체관계에 있어 임대보증금이 많을수록 월 차임은 적어지고 임대보증금이 적을수록 월 차임은 많아지는 것이며, 이 때 월차임과 임대보증금 상호간의 환산비율의 문제는 당사자 사이의 약정에 달려 있으므로(대법원 2002.1.11. 선고 2000두1799 판결 참조), 임대료의 일부를 월 차임으로 받기로 한 경우에는, 구 법인세법시행령 제89조 제4항에서 공제되는 전세금 또는 보증금은 명목상 전세금 또는 보증금이 아니라 월차임을 당사자 사이의 약정등에 따라 보증금으로 환산한 금액이라고 보아야 한다. 2) 한편 구 소득세법(2001.12.31. 법률 제6557호로 개정되기 전의 것) 및 구 소득세법(2001.12.31. 법률 제6557호로 개정된 것) 제1항, 구 소득세법시행령(2003.11.20. 대통령령 제18127호로 개정되기 전의 것) 제53조 제3항은 총수입금액계산에 있어서 부동산을 대여하고 전세금이나 보증금 등을 받은 경우에는 ‘{당해 과세기간의 보증금등의 적수 - 임대용부동산의 건설비 상당액의 적수} X 1/365 X 금융기관의 정기예금이자율을 참작하여 재정경제부령이 정하는 이자율 - 당해 과세기간의 임대사업부분에서 발생한 수입이자와 할인료 및 배당금의 합계액’을 총수입금액에 산입하는 것으로 규정하고 있다. 그러나 이는 정상적인 거래가액으로 부동산을 임대한 경우에 총수입금액을 계산하는 방법을 규정한 것이어서, 부당저가임대의 경우에도 적용되는 규정은 아니다. 3) 피고가 구 법인세법시행령 제89조 제4항에 의하여 수입금액을 계상함에 있어서 공제되는 전세금 또는 보증금을 명목상 전세금 또는 보증금으로 적용한 이상, 이를 기초로 산정한 위 각 부과처분은 위법하고, 이에 관한 원고의 주장은 이유 있다. 마. 소결론 1999년 1기분 내지 2001년 2기분까지의 각 부가가치세 부과처분은 적법하고, 1999년 내지 2003년 귀속 각 종합소득세 부과처분은 위법하다. 3. 결론 원고의 청구는, 1999년 내지 2003년 귀속 각 종합소득세 부과처분의 최소를 구하는 범위 내에서만 이유 있다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2006구합3750

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[ 참조조문 ]

상속세및증여세법 제38조 제61조

부가가치세법 시행령 제74조

상고심절차에 관한 특례법 제4조

소득세법 제25조 제41조

법인세법시행령 제89조 제98조

부가가치세법 제13조 제26조