+ - 북마크 저장 [행정] 항소사건

대전고법 2001.11.30 선고 2001누1145 판결

법인세 부과처분 취소[일부패소] 납세의무자가 종전의 법인세 특별부가세 비과세 경과규정으로 인하여 기득권에 갈음하는 신뢰를 가졌다고 보기는 어려워, 개정된 구 조세감면규제법에 의하여 토지의 양도차익에 대하여 특별부가세를 인정하는 것으로 해석한다고 하더라도 이를 들어 기득권을 침해하는 소급입법이 된다고 볼 수는 없다고 한 사례 토지의 양도가 구 조세감면규제법 시행일인 1990. 1. 1. 이후에 이루어진 경우, 구 법인세법의 비과세 규정과 구 조세감면규제법의 감면규정의 적용 여부 납세의무자가 본세 납부 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있어 가산세를 부과할 수 없다고 한 사례 【판결요지】 납세의무가 성립하기 전의 원인행위시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다 할 것인바, 종전 규정인 법인세 특별부가세의 비과세 경과규정은 장래 과세요건을 충족하는 경우에도 일정한 기간 내에는 특별히 비과세한다는 취지로 규정되어 있지 않으므로 납세의무자가 종전 규정인 비과세 경과규정으로 인하여 기득권에 갈음하는 신뢰를 가졌다고 보기는 어려워, 구 조세감면규제법(1989. 12. 30. 법률 제4165호로 개정된 것)에 의하여 토지의 양도차익에 대하여 특별부가세를 인정하는 것으로 해석한다고 하더라도 이를 들어 기득권을 침해하는 소급입법이 된다고 볼 수는 없다고 한 사례. 구 조세감면규제법(1989. 12. 30. 법률 제4165호로 개정되기 전의 것)을 개정하게 된 동기 내지 경위 및 법인세 비과세 경과규정이 기득권을 인정하는 취지가 아닌 점 등에 비추어 볼 때, 구 법인세법(1988. 12. 26. 법률 제4020호로 개정되기 전의 것)의 개정으로 법인세 비과세규정을 삭제하고 법인세법 감면규정을 신설하면서 비과세 경과규정을 함께 두었다가 구 조세감면규제법의 개정으로 조세감면규제법 감면규정을 신설하는 대신 법인세법 감면규정을 삭제하면서 비록 비과세 경과규정을 함께 삭제하지는 아니하였다 하더라도 구 조세감면규제법에 비과세 경과규정과 같은 취지의 부칙 규정을 신설하지 아니한 것은 비과세 경과규정의 효력을 상실케 하려는 취지였던 것으로 해석할 것이고, 구 조세감면규제법 부칙(1989. 12. 30.) 제1조, 제5조 제3항의 규정도 구 조세감면규제법 시행일인 1990. 1. 1. 전에 과세요건 즉 양도가 이루어진 토지에 대하여는 종전의 규정 즉 양도 당시 시행되던 당초 구 법인세법의 비과세규정이 적용되나(양도가 1989. 1. 1. 전에 이루어진 경우에는 당연히, 양도가 1989. 1. 1.부터 1989. 12. 31. 사이에 이루어진 경우에는 비과세 경과규정에 의하여), 양도가 1990. 1. 1. 이후에 이루어진 경우에는 구 조세감면규제법의 감면규정을 적용하여야 한다는 취지로 해석할 것이다. 종전에 비과세이었다가 법인세법 및 조세감면규제법의 개정으로 법인세(특별부가세) 납세의무가 새롭게 발생하였으나 그 개정 규정의 해석상 납세의무자는 물론 과세관청도 여러 해 동안 종전과 마찬가지로 위 납세의무가 없다고 보고 비과세로 신고하거나 이에 대하여 과세처분을 하지 아니하였고, 과세관청이 위 납부의무가 있는 것으로 의심을 한 뒤에도 확신이 없어 상부기관의 입장을 알고자 일부 과세연도에 대하여만 과세처분을 하였다가 조세시효가 임박해지자 나머지 과세연도에 대하여 특별부가세를 부과하면서 가산세를 부과한 사안에서, 법인세법 개정시 특별부가세 비과세 경과규정을 둔 경위와 배경, 법인세법 및 조세감면규제법상 특별부가세 50% 감면으로 개정된 내용과 부칙에 정한 비과세 경과규정의 내용, 대법원 환송판결에서 확정적으로 해석하기 전에는 위 법규정의 내용을 정확하게 해석하기 어려워 환송 전 판결에서도 위 납세의무가 없는 것으로 해석하여 판시한 점, 과세관청이 위 관련 법규의 해석을 문제삼기 전에 납세의무자가 스스로 이를 자기에게 불리하게 해석하여 특별부가세를 신고 납부한다는 것은 기대하기 어렵다는 점 등에 비추어 볼 때, 납세의무자가 위 특별부가세를 신고・납부하지 않았다는 이유로 가산세를 부과한 것은 납세의무자에게 가혹하므로, 납세의무자가 위 특별부가세의 신고・납부 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었고 나아가 그 의무의 이행을 그에게 기대하는 것이 무리였다고 할 것이어서 납세의무자에게 위 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것이고, 따라서 과세관청이 위 가산세를 부과한 것은 위법하다고 한 사례. 【참조조문】 구 법인세법(1988. 12. 26. 법률 제4020호로 개정되기 전의 것) 제59조의3 제1항 제14호(현행 삭제) 구 법인세법(1988. 12. 26. 법률 제4020호로 개정된 것) 제59조의3 제2항 제4호(현행 삭제) 부칙(1988. 12. 26.) 제1조, 제12조 제1항, 제16조, 구 조세감면규제법(1989. 12. 30. 법률 제4165호로 개정된 것) 제59조 제5호(현행 삭제) 제60조 제1항 단서(현행 삭제) 부칙(1989. 12. 30.) 제1조, 제5조 제1항, 제3항, 제19조, 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정된 것) 제57조 제1항 후단(현행 조세특례제한법 제77조 제1항 참조) 부칙(1990. 12. 31.) 제1조, 구 국세기본법(1994. 12. 22. 법률 제4810호로 개정되기 전의 것) 제18조 제2항 구 법인세법(1988. 12. 26. 법률 제4020호로 개정되기 전의 것) 제59조의3 제1항 제14호(현행 삭제) 구 법인세법(1988. 12. 26. 법률 제4020호로 개정된 것) 제59조의3 제2항 제4호(현행 삭제) 부칙(1988. 12. 26.) 제1조, 제12조 제1항, 제16조, 구 조세감면규제법(1989. 12. 30. 법률 제4165호로 개정된 것) 제59조 제5호(현행 삭제) 제60조 제1항 단서(현행 삭제) 부칙(1989. 12. 30.) 제1조, 제5조 제1항, 제3항, 제19조, 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정된 것) 제57조 제1항 후단(현행 조세특례제한법 제77조 제1항 참조) 부칙(1990. 12. 31.) 제1조 구 법인세법(1988. 12. 26. 법률 제4020호로 개정되기 전의 것) 제59조의3 제1항 제14호(현행 삭제) 구 법인세법(1988. 12. 26. 법률 제4020호로 개정된 것) 제59조의3 제2항 제4호(현행 삭제) 부칙(1988. 12. 26.) 제1조, 제12조 제1항, 제16조, 구 법인세법(1990. 12. 31. 법률 제4282호로 개정된 것) 제41조 제1항 제2호(현행 제76조 제1항 제2호 참조) 구 조세감면규제법(1989. 12. 30. 법률 제4165호로 개정된 것) 제59조 제5호(현행 삭제) 제60조 제1항 단서(현행 삭제) 부칙(1989. 12. 30.) 제1조, 제5조 제1항, 제3항, 제19조, 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정된 것) 제57조 제1항 후단(현행 조세특례제한법 제77조 제1항 참조) 부칙(1990. 12. 31.) 제1조, 구 국세기본법(1994. 12. 22. 법률 제4810호로 개정되기 전의 것) 제45조 제1항 제1호, 제2항(현행 삭제) 【참조판례】 대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결(공2001하, 1523) 대법원 2000. 8. 22. 선고 98두17685 판결(공2000하, 2025),대법원 2001. 9. 14. 선고 99두3324 판결(공2001하, 2273) [환송판결] 대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결

【대법원판결】 대법원 2002. 8. 23. 선고 2002두66 판결 【주문】 1. 피고가 원고에 대하여,가.1993. 10. 1.에 한 1992년도 귀속분 법인세 금 9,524,645,370원의 부과처분 중 가산세 금 3,174,831,792원 부분과나.1995. 7. 1.에 한 1990년도 귀속분 법인세 금 25,765,637,220원의 부과처분 중 가산세 금 12,474,789,592원 부분 및 1991년도 귀속분 법인세 금 37,934,628,740원의 부과처분 중 가산세 금 17,188,318,246원 부분을 각 취소한다.2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.3. 소송 총비용은 이를 5분하여 그 중 3은 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다. 【이유】 1. 처분의 경위 아래 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1 내지 3, 9, 10호증, 을 제6호증, 을 제7호증의 1, 2, 을 제8호증의 1 내지 7, 을 제9호증, 을 제10호증의 1, 2, 을 제11호증의 1 내지 6, 을 제12호증, 을 제13호증의 1, 2, 을 제14호증의 1 내지 6, 을 제15호증의 1, 2, 을 제16호증의 각 기재와 환송 전후의 당심 증인 김ㅇㅇ, 환송 후 당심 증인 이ㅇㅇ의 각 증언에 변론의 전취지를 종합하여 인정할 수 있다. 가. 원고의 지위, 산업기지개발사업 시행 및 토지의 양도 (1) 원고는 1988. 7. 1. 한국수자원공사법에 의하여 설립된 법인으로 같은 법 부칙 제4조 제1항에 의하여 산업기지개발공사의 모든 재산, 권리 및 의무를 포괄승계하였고, 위 산업기지개발공사는 산업기지개발촉진법(1973. 12. 24. 법률 제2657호로 제정되어 1990. 1. 13. 법률 제4216호 산업입지및개발에관한법률로 폐지된 것) 제5조에 의하여 1988. 12. 31. 이전에 산업기지개발구역으로 지정된 반월지구 등 8개 지구에 관하여 위 법 제7조의 규정에 따라 산업기지개발사업의 시행자로 지정되어 위 지구 안에서 산업기지개발사업을 시행하여 왔다. (2) 원고는 위 지구 내에서 조성한 토지 중 6,362,968.4㎡를 1990. 1. 1.부터 1990. 12. 31.까지 사이에, 4,814,318.7㎡를 1991. 1. 1.부터 1991. 12. 31.까지 사이에, 2,630,464.5㎡를 1992. 1. 1.부터 1992. 12. 31.까지 사이에, 1,699,789.4㎡를 1993. 1. 1.부터 1993. 12. 31.까지 사이에 각 양도하였다(이하 위와 같이 위 사업지구 내에서 조성되었다가 양도된 토지를 그 양도 시기에 불구하고 통칭하여 '이 사건 토지'라고 한다). 나. 1990년도 귀속분 법인세 특별부가세 부과처분의 경위 (1) 원고는 1991. 3. 30. 피고에게 1990 사업연도(1990. 1. 1.〜1990. 12. 31.) 법인세 과세표준 및 세액을 신고할 때에 위 사업연도 중 토지의 양도로 인한 법인세 특별부가세(이하 '특별부가세'라 한다) 산정의 과세표준이 되는 양도차익 금 121,544,718,623원 중 이 사건 토지의 양도로 인한 양도차익 금 120,882,079,873원은 구 법인세법(1988. 12. 26. 법률 제4020호로 개정되기 전의 것, 이하 '당초 구 법인세법'이라 한다) 제59조의3 제1항 제14호, 구 법인세법(위 법률로 개정된 것, 이하 '개정 구 법인세법'이라 한다) 부칙 제16조에 의하여 비과세되는 소득이라는 이유로 이를 공제한 나머지 662,638,750원만을 과세표준으로 하고 이에 세율 25%를 적용하여 산출한 세액 165,659,687원에서 공공사업 시행자인 ㅇㅇ시에게 위 토지 중 일부를 양도함에 따라 구 조세감면규제법(1989. 12. 30. 법률 제4165호로 개정된 것, 이하 '구 조감법'이라 한다) 제60조 제1항 단서에 의하여 면제되는 세액 65,904,813원을 공제한 금 99,754,874원을 1990년도 귀속분 특별부가세로 신고・납부하였다. (2) 이에 피고는 이 사건 토지의 양도로 인한 양도차익에 대하여 구 조감법 제59조 제5호, 부칙 제5조 제1항에 의하여 특별부가세의 50%에 상당하는 세액만 감면된다고 보고, 원고의 1990 사업연도 토지의 양도차익 금 121,544,718,623원에서 보유기간 동안의 도매물가상승액 14,555,298,780원을 공제한(이는 1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 구 법인세법 제59조의2 제3항 제3호의 규정에 따른 것임) 금 106,989,419,843원을 과세표준으로 하고 이에 세율 25%를 적용하여 별지 1990년도 귀속분 특별부가세액계산서 경정란 ⑤항 기재와 같이 세액 26,747,354,960원을 산출한 뒤, 위 세액에서 위 사업지구 외의 토지 등을 양도함으로써 발생한 양도차익에 대하여 산출한 세액인 위 금 165,659,687원을 공제한 나머지 세액 26,581,695,273원(이 사건 토지를 양도함으로써 발생한 양도차익에 대하여 산출된 세액) 중 50%(구 조감법 제59조 제5호에 의하여 감면되는 부분)인 금 13,290,847,636원과 위 토지 중 일부를 ㅇㅇ시에 양도함에 따라 면제되는 금 65,904,813원을 위 산출세액 26,747,354,960원에서 각 공제한 차감세액 13,390,602,511원에 과소신고 가산세 금 5,316,339,055원(＝과소신고 과세표준액 26,581,695,273원×20/100), 무납부 가산세 금 7,158,450,537원(＝미달 납부액 13,290,847,637원×730일×4/10,000＋13,290,847,637원×822일×3/10,000, 730일은 1993. 7. 1.부터 1995. 6. 30.까지 2년, 822일은 1991. 4. 1.부터 1993. 6. 30.까지의 각 일수임) 합계 금 12,474,789,592원을 더한 금 25,865,392,103원에서 위 자진납부세액 99,754,874원을 차감하여 1995. 7. 1. 원고에게 금 25,765,637,220원(10원 미만은 국고금단수계산법 제1조 제1항에 의하여 계산하지 아니함, 이하 같다)을 1990년도 귀속분 특별부가세로 부과하였다(이하 '1990년도 귀속분 부과처분'이라 한다). 다. 1991년도 귀속분 특별부가세 부과처분의 경위 (1) 원고는 1992. 3. 30. 피고에게 1991 사업연도(1991. 1. 1.〜1991. 12. 31.) 법인세 과세표준 및 세액을 신고할 때에 위 사업연도 중 토지의 양도로 인한 특별부가세 산정의 과세표준이 되는 양도차익 금 183,552,888,797원 중 이 사건 토지의 양도로 인한 양도차익 금 182,806,661,453원은 당초 구 법인세법 제59조의3 제1항 제14호, 개정 구 법인세법 부칙 제16조에 의하여 비과세되는 소득이라는 이유로 이를 공제한 나머지 746,227,344원만을 과세표준으로 하고 이에 세율 25%를 적용하여 산출한 세액 186,556,836원에서 원고가 1991. 11.경 ㅇㅇ댐 지구의 토지 2필지를 ㅇㅇ시에 양도함에 따라 발생한 양도차익 527,468,820원과 관련하여 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정된 것) 제57조 제1항 후단, 부칙 제1조에 의하여 면제된 금 131,867,205원을 공제한 금 54,689,631원을 1991년도 귀속분 특별부가세로 신고・납부하였다. (2) 이에 피고는 이 사건 토지의 양도로 인한 양도차익에 대하여 구 조감법 제59조 제5호, 부칙 제5조 제1항에 의하여 특별부가세의 50%에 상당하는 세액만 감면된다고 보고, 원고의 1991 사업연도 토지의 양도차익 금 183,552,888,797원에서 보유기간 동안의 도매물가상승액 16,836,177,472원을 공제한 금 166,716,711,325원을 과세표준으로 하고 이에 세율 25%를 적용하여 별지 1991년도 귀속분 특별부가세액계산서 경정란 ⑤항 기재와 같이 세액 41,679,177,831원을 산출한 뒤, 여기에서 위 사업지구 외의 토지 등을 양도함으로써 발생한 양도차익에 대하여 산출한 세액인 위 금 186,556,836원을 공제한 나머지 금 41,492,620,995원(이 사건 토지를 양도함으로써 발생한 양도차익에 대하여 산출된 세액) 중 50%(구 조감법 제59조 제5호에 의하여 감면되는 부분)인 금 20,746,310,498원과 위와 같이 면제된 금 131,867,205원을 위 산출세액 41,679,177,831원에서 각 공제한 차감세액 20,801,000,128원에 과소신고 가산세 금 8,298,524,199원(＝과소신고 과세표준액 41,492,620,995원×20/100), 무납부 가산세 금 8,889,794,047원(＝미달 납부액 20,746,310,497원×730일×4/10,000＋20,746,310,497원×455일×3/10,000, 730일은 1993. 7. 1.부터 1995. 6. 30.까지 2년의 일수이고, 455일은 1992. 4. 1.부터 1993. 6. 30.까지의 일수 456일 중 피고가 착오로 누락한 것으로 보이는 1일을 제외한 것임) 합계 금 17,188,318,246원을 더한 금 37,989,318,374원에서 위 자진납부세액 54,689,631원을 차감하여 1995. 7. 1. 원고에게 금 37,934,628,740원을 1991년도 귀속분 특별부가세로 부과하였다(이하 '1991년도 귀속분 부과처분'이라 한다). 라. 1992년도 귀속분 특별부가세 부과처분의 경위 (1) 원고는 1993. 3. 25. 피고에게 1992 사업연도(1992. 1. 1.〜1992. 12. 31.) 법인세 과세표준 및 세액을 신고할 때에 위 사업연도 중 토지의 양도로 인한 특별부가세 산정의 과세표준이 되는 양도차익 금 68,768,356,967원 중 이 사건 토지의 양도로 인한 양도차익 금 68,711,999,188원은 당초 구 법인세법 제59조의3 제1항 제14호, 개정 구 법인세법 부칙 제16조에 의하여 비과세되는 소득이라는 이유로 이를 공제한 나머지 56,357,779원만을 과세표준으로 하고 이에 세율 25%를 적용하여 산출한 세액 14,089,444원을 1992년도 귀속분 특별부가세로 신고・납부하였다. (2) 이에 피고는 이 사건 토지의 양도로 인한 양도차익에 대하여 구 조감법 제59조 제5호, 부칙 제5조 제1항 에 의하여 특별부가세의 50%에 상당하는 세액만 감면된다고 보고, 원고의 1992 사업연도 토지의 양도차익 금 68,768,356,967원에서 보유기간 동안의 도매물가상승액 12,400,234,000원을 공제하고 위 신고 후 양도계약이 해제된 토지의 양도차익 해당분 금 5,513,656,500원을 다시 공제한 금 50,854,466,467원을 과세표준으로 하고 이에 세율 25%를 적용하여 별지 1992년도 귀속분 특별부가세액계산서 경정란 ⑤항 기재와 같이 세액 12,713,616,616원을 산출한 뒤, 여기에서 위 사업지구 외의 토지 등을 양도함으로써 발생한 양도차익에 대하여 산출한 세액인 위 금 14,089,444원을 공제한 나머지 금 12,699,527,172원(이 사건 토지를 양도함으로써 발생한 양도차익에 대하여 산출된 세액) 중 50%(구 조감법 제59조 제5호에 의하여 감면되는 부분)인 금 6,349,763,586원을 위 산출세액 12,713,616,616원에서 공제한 차감세액 6,363,853,030원에 과소신고 가산세 금 2,539,905,434원(＝과소신고 과세표준액 12,699,527,172원×20/100), 무납부 가산세 금 634,976,358원(＝위 차감세액 6,363,853,030원에서 위 자진납부세액 14,089,444원을 공제한 나머지인 미달 납부액 6,349,763,586원×10/100) 합계 금 3,174,881,792원을 더한 금 9,538,734,822원에서 위 자진납부세액 14,089,444원을 차감하여 1993. 10. 1. 원고에게 금 9,524,645,370원을 1992년도 귀속분 특별부가세로 부과(이하 '1992년도 귀속분 부과처분'이라 한다)하였다. 마. 1993년도 귀속분 특별부가세 경정거부처분의 경위 (1) 원고는 1994. 3. 30. 피고에게 1993 사업연도(1993. 1. 1.〜1993. 12. 31.) 법인세 과세표준 및 세액을 신고할 때에 위 사업연도 중 토지의 양도로 인한 특별부가세 산정의 과세표준이 되는 양도차익 금 57,675,932,355원 중 이 사건 토지의 양도로 인한 양도차익 금 55,981,187,044원은 구 조감법 제59조 제5호, 부칙 제5조 제1항에 의하여 특별부가세의 50%에 상당하는 세액만 감면된다고 보고, 위 양도차익 금 57,675,932,355원을 과세표준으로 하고 이에 세율 25%를 적용하여 세액 14,418,983,088원을 산출한 다음 위 산출세액에서 소정의 감면세액 7,410,026,156원을 공제한 나머지 금 7,008,956,932원을 1993년도 귀속분 특별부가세로 신고・납부하였다. (2) 원고는 그 뒤 1994. 9. 30. 피고에게 1993 사업연도 과세표준 수정신고를 하면서 이 사건 토지를 양도함으로써 발생한 양도차익 금 55,981,187,044원에 대하여는 당초 구 법인세법 제59조의3 제1항 제14호, 개정 구 법인세법 부칙 제16조에 의하여 특별부가세가 비과세되는 소득임에도 불구하고 착오로 구 조감법 제59조 제5호, 부칙 제5조 제1항에 의하여 특별부가세의 50%에 상당하는 세액만 감면되는 것으로 보아 특별부가세를 납부하였다는 이유로 위 양도차익 금 55,981,187,044원을 비과세소득으로 하여 별지 1993년도 귀속분 특별부가세액계산서 수정신고란 ⑤항 기재와 같이 세액 423,686,327원을 산출하고, 구 조세감면규제법(1993. 3. 6. 법률 제4541호로 개정된 것) 제88조의3 규정에 의한 감면한도액 300,000,000원을 공제한 금 123,686,327원이 적법한 특별부가세액이라고 주장하면서 위 자진납부세액 7,008,956,932원에서 위 금 123,686,327원을 공제한 금 6,885,270,605원의 환급을 신청하였다. (3) 이에 피고는 1994. 11. 9. 원고에게 이 사건 토지를 양도함으로써 발생한 양도차익에 대하여는 구 조감법 제59조 제5호, 부칙 제5조 제1항에 의하여 특별부가세의 50%에 상당하는 세액만 감면되는 것이어서 원고가 한 당초의 신고가 정당하다는 이유로 원고의 위 환급신청을 거부하였다(이하 '이 사건 경정거부처분'이라 한다). 2. 이 사건 각 부과처분 및 경정거부처분의 적법 여부 가. 관련 법규 (1) 산업기지개발사업으로 조성된 토지의 양도로 인하여 생기는 소득에 관한 특별부가세의 감면과 관련된 법률의 개정 내용 (가) 개정 구 법인세법은 '산업기지개발촉진법……의 규정에 의하여 지정된 지역의 사업시행자가 조성한 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득'에 대하여는 특별부가세를 부과하지 아니한다는 당초 구 법인세법 제59조의3 제1항 제14호(이하 '법인세법 비과세규정'이라 한다)를 삭제하고, 법인세법에 '산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지정된 지구 또는 구역의 사업시행자가 조성한 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득'에 대하여는 특별부가세액의 100분의 50에 상당하는 금액을 면제한다는 규정(제59조의3 제2항 제4호, 이하 '법인세법 감면규정'이라 한다)을 신설하여 그 시행일인 1989. 1. 1. 후 최초로 양도하는 분부터 적용하게 하면서(부칙 제1조, 제12조 제1항), '이 법 시행 당시 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지정된 지구의 사업시행자가 조성한 토지 등을 양도함으로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 종전의 제59조의3 제1항 제14호의 규정('법인세법 비과세규정')에 의한다.'는 경과규정(부칙 제16조, 이하 '비과세 경과규정'이라 한다)을 두었다. (나) 그 후, 공공사업의 원활한 수행 등 각종 정책에 대한 세제지원을 위하여 양도소득세 및 특별부가세의 과세에 있어서 인정되어 온 각종 감면제도를 정비하여 감면대상과 그 감면폭을 축소하고 감면요건을 강화하는 한편, 소득세법 또는 법인세법에 산재되어 규정된 각종 정책지원 목적의 양도소득세 또는 특별부가세의 감면에 관한 규정들을 조세감면규제법에 흡수하여 규정함으로써 세제를 단순화하고 조세감면정책의 통일성을 도모하기 위하여 개정된 조세감면규제법 중 개정법률(구 조감법)은 '법인세법 감면규정'을 삭제하고(부칙 제19조), 조세감면규제법에 '산업기지개발촉진법에 의하여 지정된 지구 또는 구역의 사업시행자가 조성한 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득'에 대하여는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다는 규정(제59조 제5호, 이하 '조감법 감면규정'이라 한다)을 신설하여 그 시행일인 1990. 1. 1. 후 최초로 양도하는 분부터 적용(부칙 제1조, 제5조 제1항)하게 하면서, 부칙 제5조 제3항에서 이 법 시행 당시 종전의 ……법인세법 ……의 규정에 의하여 부과(……)하였거나 부과할 ……특별부가세에 관하여는 종전의 규정에 의한다. 는 경과규정을 두었다. (다) 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 개정된 조감법(이하 '개정 조감법'이라 한다)은 구 조감법 제59조 제5호의 규정을 제64조 제1항 제4호로 옮겨 규정하고 있으나 그 내용은 동일하고(다만 산업기지개발촉진법이 폐지되고 산업입지및개발에관한법률이 시행됨에 따라 사업의 근거 법률이 위 산업입지및개발에관한법률로 변경되었다.), 그 부칙에서 개정 조감법 중 특별부가세에 관한 개정규정을 그 시행일인 1994. 1. 1. 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다고 각 규정하였다(부칙 제1조, 제7조). (라) 그 후 개정 조감법은 몇차례 개정되고 1998. 12. 28. 법률 제5584호 조세특례제한법으로 전문 개정 되었으나 위 소득에 대한 특별부가세 감면과 관련한 내용은 변하지 아니하였다. (마) 위와 같은 법률의 개정에도 불구하고 개정 구 법인세법의 비과세 경과규정을 개정하거나 폐지한다는 명시적인 규정은 없었다. (2) 과세표준 수정신고에 관한 법령의 내용 국세기본법(1994. 12. 22. 법률 제4810호로 개정되기 전의 것) 제45조 제1항은 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 그 기재사항에 누락・오류가 있는 때에는 다음 각 호에 게기하는 기한 내에 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다. 고 규정하면서, 그 제1호에서 '법인세 및 부가가치세의 경우에는 법정신고기한 경과 후 6월(예정신고의 경우에는 예정신고기한 경과 후 3월) 내'라고 규정하고 있으며, 그 제2항은 과세표준수정신고서의 기재사항 중 대통령령이 정하는 국세에 관하여 당초에 신고한 과세표준 또는 납부세액을 감소시키거나 환급세액을 증가시키는 사항이 있는 경우에는 정부는 이를 조사하여 그 결과를 당해 수정신고서를 받은 날로부터 60일 내에 신고인에게 통지하는 동시에 경정할 사항은 경정하여야 한다. 고 규정하고 있다. 나. 특별부가세 본세에 관한 부분에 대한 판단 (1) 원고의 주장 (가) 특별법인 산업기지개발촉진법에 의하여 설립되어 산업기지의 조성과 양도를 목적으로 하는 산업기지개발공사(원고의 전신)의 경우, 토지를 조성한 후 이를 반드시 양도하게 마련이므로 토지 조성시부터 이미 법률상 그 양도가 예정되어 있어 원고가 양도하는 토지를 비과세 대상으로 한 당초 구 법인세법의 비과세 규정에 따른 혜택은 원고가 토지 조성사업에 착수할 당시에 이미 확정적으로 얻은 기득권인바, 구 조감법의 개정으로 특별부가세의 감면에 관하여 개정 구 법인세법 대신 구 조감법을 적용하게 되었으나 개정 구 법인세법상의 비과세 경과규정은 이를 폐지하거나 개정하는 규정이 없으므로 구 조감법의 개정에도 불구하고 여전히 효력이 있다고 해석하여야 하고, 만약 개정된 구 조감법에 의하여 원고가 조성한 토지의 양도에 대한 특별부가세를 인정하는 것으로 해석한다면 원고의 위 기득권을 침해하는 소급입법이 되어 위헌이라 할 것이다. (나) 그렇지 않더라도 비과세 경과규정은 1988. 12. 31. 이전에 지구지정을 받은 토지에 대하여는 1989. 1. 1. 이후에 양도하더라도 특별부가세를 적용하지 않겠다는 것으로 그 적용사안을 특정하여 제정한 특별규정이므로 특별법우선의 원칙상 조감법에 우선하여 적용되어야 한다. (다) 더구나, 구 조감법 중 이 법 시행 당시 종전의 ……법인세법……의 규정에 의하여 부과(……)하였거나 부과할 ……특별부가세에 관하여는 종전의 규정에 의한다. 는 부칙 제5조 제3항의 규정은 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 법률을 그 개정 후에 성립하는 조세의무에 관하여도 적용한다는 의미의 경과규정이므로 위 규정에 의하면 이 사건 토지의 양도에는 신법인 조감법 감면규정 우선의 원칙을 적용할 것은 아니다. (라) 따라서 위 각 특별부가세 부과처분 중 본세 부분과 위 경정거부처분은 모두 위법하다. (2) 판 단 (가) 특별부가세를 인정하는 것으로 해석하는 것이 기득권을 침해하는지 여부 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 구 조감법 부칙 제5조 제3항과 같은 경과규정을 근거로 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다 할 것인바, 종전 규정인 비과세 경과규정은 장래 과세요건을 충족하는 경우에도 일정한 기간 내에는 특별히 비과세한다는 취지로 규정되어 있지 않으므로(따라서 조감법 감면규정에 대한 특별법이 아니다.), 원고가 종전 규정인 비과세 경과규정으로 인하여 기득권에 갈음하는 신뢰를 가졌다고 보기는 어렵다고 할 것이다(대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결 참조). 따라서 법인세법 비과세규정에 따른 원고의 혜택은 원고가 이 사건 토지를 조성하는 사업에 착수할 당시에 이미 확정적으로 얻은 기득권이라고 할 수 없으므로, 개정된 구 조감법에 의하여 이 사건 토지의 양도차익에 대하여 특별부가세를 인정하는 것으로 해석한다고 하더라도 이를 들어 원고의 기득권을 침해하는 소급입법이 된다고 볼 수는 없어 이 부분에 관한 원고의 주장은 이유 없다. (나) 비과세 경과규정의 효력이 잔존하는지 여부 위 2. 가. (1) (나)에서 본 구 조감법을 개정하게 된 동기 내지 경위 및 비과세 경과규정이 기득권을 인정하는 취지가 아닌 점 등에 비추어 볼 때, 위에서 본 바와 같이 개정 구 법인세법의 개정으로 법인세 비과세규정을 삭제하고 법인세법 감면규정을 신설하면서 비과세 경과규정을 함께 두었다가 구 조감법의 개정으로 조감법 감면규정을 신설하는 대신 법인세법 감면규정을 삭제하면서 비록 비과세 경과규정을 함께 삭제하지는 아니하였다 하더라도 구 조감법에 비과세 경과규정과 같은 취지의 부칙 규정을 신설하지 아니한 것은 비과세 경과규정의 효력을 상실케 하려는 취지였던 것으로 해석할 것이고, 구 조감법 부칙 제1조, 제5조 제3항의 규정도 구 조감법 시행일인 1990. 1. 1. 전에 과세요건 즉 양도가 이루어진 토지에 대하여는 종전의 규정 즉 양도 당시 시행되던 당초 구 법인세법의 비과세규정이 적용되나(양도가 1989. 1. 1. 전에 이루어진 경우에는 당연히, 양도가 1989. 1. 1.부터 1989. 12. 31. 사이에 이루어진 경우에는 비과세 경과규정에 의하여), 양도가 1990. 1. 1. 이후에 이루어진 경우에는 구 조감법의 감면규정을 적용하여야 한다는 취지로 해석할 것이므로 이 부분에 관한 원고의 위 주장도 이유 없다. (다) 따라서 위 각 특별부가세 부과처분 중 본세 부분과 위 경정거부처분은 모두 적법하다 할 것이다. 다. 특별부가세 가산세에 관한 부분에 대한 판단 (1) 가산세 일반 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 원칙적으로 의무위반 사실의 발생이라는 가산세의 과세요건만 충족되면 과하여지는 것이고, 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 것이나, 다만 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(대법원 2001. 9. 14. 선고 99두3324 판결 등 참조). (2) 인정 사실 다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 앞서 든 증거들, 갑 제14호증의 1 내지 3, 갑 제15호증의 1, 2, 갑 제16호증의 1 내지 3, 갑 제17호증의 각 기재와 환송 전후의 당심 증인 김ㅇㅇ, 환송 후 당심 증인 이ㅇㅇ의 각 증언에 변론의 전취지를 종합하여 인정할 수 있다. (가) 원고는 1988. 12. 31. 이전부터 이 사건 토지를 양도하고 그에 따른 양도차익을 법인세법 비과세규정에 따른 특별부가세가 비과세되는 소득으로 하여 특별부가세를 신고하고 위 사업지구 외 토지의 양도로 발생한 양도차익에 대한 특별부가세만을 납부하여 왔다. 그런데 당초 구 법인세법 제59조의3 제1항 제15호, 제18호 규정에 따라 특별법에 의하여 설립된 공법인인 대한주택공사, 한국도로공사, 한국주택은행, 농업진흥공사, 한국토지개발공사 등이 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 비과세함에 비하여, 특별법인 한국수자원공사법에 의하여 설립된 공법인인 원고의 경우에는 같은 조 제14항에 따라 구 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지정된 지역에 조성한 토지를 양도함으로써 발생한 소득에 한하여 비과세하는 불공평한 면이 있었으므로, 원고는 위 법규정의 개정을 위하여 1988. 7. 14. 당시 관할 부서인 건설부장관(담당 수자원국장)에게 수행사업의 공공적 특성 등으로 인하여 특별부가세를 부과할 필요가 없거나 그 과세가 부적당한 공공법인에 대하여 적용하는 비과세 규정을 원고에게도 적용하여 기능이 유사한 공공법인 간에 과세의 형평을 도모하여 달라는 취지의 세법개정 요청 공문을 보냈다. (나) 그런데 막상 1988년에 마련된 개정 구 법인세법의 개정안에는 원고에게 불리한 법인세법 감면규정과 같은 내용이 들어 있어서 원고는 실무 담당자들로 하여금 직접 건설부 및 재경원 등 관련 부처 담당자에게 원고의 입장과 당면 현실을 설명하도록 하면서 전과 같이 법인세법 비과세규정을 유지하여 줄 것을 건의하였는데, 그 후 실제 입법 과정에서 원고의 건의와 입장이 수용되어 절충안으로서 법인세법 감면규정을 두되 당시 이미 구 산업기지개발촉진법에 의하여 지정된 지구 내의 토지에 대하여는 종전대로 특별부가세를 100% 비과세하는 비과세 경과규정을 두는 쪽으로 개정되기에 이르렀다. (다) 이에 따라 원고는 1989. 3.경 1988년도 귀속분 특별부가세 과세표준 및 세액 신고시 이 사건 토지의 양도로 인한 양도차익에 관하여 법인세법 비과세규정과 비과세 경과규정에 의하여 특별부가세가 비과세되는 소득으로 신고 및 납부하였다. (라) 그런데 위에서 본 바와 같이 그 후 1989. 12. 30. 구 조감법의 개정시 조감법 감면규정이 신설되면서 법인세법 감면규정은 삭제되었으나 비과세 경과규정은 삭제되지 않았고 더욱이 구 조감법 부칙 제5조 제3항에 이 법 시행 당시 종전의 소득세법, 법인세법 또는 이 법의 규정에 의하여 부과하였거나 부과할 양도소득세 또는 특별부가세에 관하여는 종전의 규정에 의한다. 고 규정하고 있었기 때문에, 원고의 대표자와 이 사건 업무 담당자인 김ㅇㅇ(원고 공사 세무과 소속)은 이 사건 토지를 1990. 1. 1. 이후에 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대하여도 종전과 같이 비과세 경과규정과 법인세법 비과세규정이 그대로 적용되어 특별부가세가 비과세되는 것으로 이해하고 있었을 뿐만 아니라 그들이 세법을 전문으로 하는 ㅇㅇ회계법인으로부터 위 비과세 경과규정에 의하여 이 사건 토지를 1990. 1. 1. 이후에 양도하는 경우에도 법인세법 비과세규정 및 구 조감법 부칙 제5조의 규정에 따라 당연히 특별부가세가 면제된다는 자문과 함께 그와 같은 내용으로 세무조정을 받았다. (마) 이에 따라 원고는 1991. 3. 30.과 1992. 3. 30.에 1990년도 및 1991년도 귀속분 특별부가세 과세표준 및 세액을 각 신고할 때에 이 사건 토지의 양도로 인한 양도차익이 비과세되는 것으로 보고(그래서 원고는 위 각 신고시 첨부한 세무조정계산서 중 이 사건 토지에 관한 특별부가세비과세대상소득명세서에 개정 구 법인세법 제16조 규정에 의하여 비과세된다는 점을 명기하였다.) 이를 제외한 나머지 토지의 양도차익만을 특별부가세의 과세표준으로 신고하고 이에 기하여 산출된 세액만을 신고 및 납부하였고, 피고는 이 사건 1992년도 귀속분 부과처분을 하기 전까지는 원고의 위와 같은 신고 및 납부에 대하여 어떠한 소명 요구나 서면분석결과통지를 한 바가 없었다. (바) 한편, 원고는 1992. 3. 10.경 ㅇㅇ지방국세청장으로부터 원고가 신고 및 납부한 1988년도부터 1990년도까지 3년간 귀속분 법인세에 대한 서면심사를 위하여 필요한 부동산 보유 명세서, 대손상각 명세서(이상 1988년도 귀속분에만 해당), 시산표상 토지 감소 금액과 특별부가세 계산시 취득가액과의 차액 명세 및 사유서, 전기손익 수정이익과 손실 명세서(이상 1989년도 및 1990년도 귀속분에만 해당), 건물 금액 감소 내역 및 특별부가세 과세표준 계산명세(비과세 등 해당시 근거 명시), 사업비 및 일반관리비 중 수선비(수익적 지출) 명세(이상 위 3개년도 귀속분 모두에 해당) 등의 자료를 제출하라는 요구를 받고, 곧바로 위 김ㅇㅇ으로 하여금 피고 소속 조사 담당 세무공무원을 만나 세무신고가 잘못된 것이 무엇인지, 요청자료가 무엇인지 등에 대하여 문의하는 한편 이를 해명하는 등으로 여러 차례 접촉을 하도록 하였고, 그 과정에서 위 김ㅇㅇ은 위 세무공무원으로부터 위 법인세 신고와 관련하여 잘못된 부분이 일부 지급이자, 자본적 지출액 중 감가상각비 한도초과금액을 각 손금에 산입한 것이고 위 자료 제출 요구도 이 부분에 관한 것임을 확인받았을 뿐 이 사건 토지의 양도차익을 법인세법 비과세규정과 비과세 경과규정에 따라 비과세로 신고한 것이 잘못되었다는 지적을 받은 바가 없었다. 이에 따라 원고는 1992. 3. 30.에 1991년도 귀속분 법인세 과세표준 및 세액 신고시 종전과 마찬가지로 이 사건 토지의 양도차익에 대하여는 비과세로 신고하는 한편 그 다음날인 1992. 3. 31.에는 위 세무공무원이 서면으로 요구한 자료들을 ㅇㅇ지방국세청에 제출하였는데, ㅇㅇㅇ세무서장(경정 전 피고)은 위 자료들을 토대로 서면분석을 한 뒤 1992. 4.경 원고에게 앞서 위 김ㅇㅇ에게 확인한 바와 같이 원고가 제출한 법인세 과세표준 및 세액 신고서와 부속명세서 및 보정서류에 법인세 산정시 비업무용 부동산 관련 지급이자(1988년도 귀속분에만 해당), 자본적 지출액 중 감가상각비 한도초과금액(위 3개년도 귀속분 모두에 해당)을 손금에 산입한 문제점이 있음을 지적하면서 수정신고를 하도록 촉구하는 내용의 법인세서면분석검토결과안내를 보냈고, 이에 따라 원고는 ㅇㅇㅇ세무서장이 지적한 사항들을 수용하여 1992. 4. 23. ㅇㅇㅇ세무서에 '88-90 사업연도 법인세 수정신고 납부'서를 제출한 후 235,565,081원의 세금을 추가로 신고하고 225,007,940원을 자진 납부하였다. (사) 위 김ㅇㅇ이 ㅇㅇ지방국세청장으로부터 자료제출 요구를 받고 위 세무공무원을 만나 위와 같이 그 배경 및 이유를 확인하는 과정에서는 물론 ㅇㅇㅇ세무서장이 원고에게 보낸 위 법인세서면분석검토결과안내에도 원고가 이미 신고 및 납부한 위 3개년도 귀속분 특별부가세와 관련하여 이 사건 토지의 양도차익을 비과세소득으로 신고한 것이 잘못된 것이라거나 특별부가세의 50%만이 감면될 뿐 비과세가 아니라는 취지의 지적은 전혀 없어서 원고는 비과세 경과규정에 의하여 이 사건 토지의 양도차익에 대한 특별부가세가 비과세되는 것이 정당하고 과세관청도 이를 당연히 받아들인 것으로 확신하기에 이르렀고, 그래서 1993. 3. 25. 1992년도 귀속분 특별부가세 신고 및 납부시에도 비과세 경과규정에 따라 이 사건 토지의 양도차익을 비과세로 신고하였다. (아) 그 후 1993. 5.경 ㅇㅇㅇ세무서장은 당초 구 법인세법, 개정 구 법인세법, 구 조감법의 각 비과세규정 및 감면규정에 대하여 국세청의 유권해석상 논란이 있다면서 기존 4년간 원고의 법인세 신고 내용을 다시 조사한 결과 관련 법규의 해석상 문제가 있다는 판단하에 일단 신고 금액이 가장 적은 1992년도 귀속분 특별부가세에 대하여 감사원의 유권해석을 받아 보자는 취지에서 1993. 10. 1. 특별부가세를 50%만 감면하는 내용으로 이 사건 1992년도 귀속분 부과처분만을 하고 1990년도 및 1991년도 각 귀속분 특별부가세 부분에 대하여는 부과처분을 보류하였다. (자) 이에 대하여 원고는 1993. 11. 11. 감사원에 당초 구 법인세법, 개정 구 법인세법, 구 조감법의 각 규정에 의하여 이 사건 토지에 대한 특별부가세는 100% 비과세라는 이유로 위 부과처분의 취소를 구하는 심사청구를 하였는데, 감사원은 특별한 사유가 없는 한 그 청구를 수리한 날로부터 3월 이내에 결정하여야 한다고 정하고 있는 감사원법 제46조 제3항의 규정에도 불구하고 위 법규의 해석에 대하여 곧바로 판단을 내리지 못한 채 차일피일 그 결정을 미루다가 1995년 중순경까지도 심사결정이 나오지 않고 조세시효의 완성이 임박하게 되자 피고는 1995. 7. 1. 1990년도 및 1991년도 각 귀속분 특별부가세에 대하여 50%만 비과세되는 것을 전제로 위와 같이 각 부과처분을 하였다. (3) 판 단 위에서 인정한 법인세법 개정시 비과세 경과규정을 두게 된 경위 및 배경, 위에서 인정한 바와 같이 구 조감법 개정시 조감법 감면규정이 신설되면서 법인세법 감면규정은 삭제되었으나 비과세 경과규정은 삭제되지 아니하였고 구 조감법 부칙 제5조 제3항과 같은 내용의 경과 규정을 둠으로써 이 사건 토지의 양도차익이 종전과 마찬가지로 비과세 소득인 것으로 이해할 상당한 여지가 있었고 원고가 ㅇㅇ회계법인으로부터 같은 취지로 자문 및 세무조정을 받고서 1990년도 및 1991년도 귀속분 양도차익에 대한 특별부가세를 비과세로 신고하기에 이른 점(환송판결이 '비과세 경과규정은 장래 과세요건을 충족하는 경우에도 일정한 기간 내에는 특별히 비과세한다는 취지로 규정되어 있지 않다.'고 판단하기 전에는 비과세 경과규정의 의미를 정확하게 해석하기가 매우 어려워서 환송 전 당심 판결도 위 비과세 경과규정과 구 조감법 부칙 제5조 제3항의 규정의 해석상 이 사건 토지의 양도차익이 비과세 소득인 것으로 판단하였을 정도이다.), 피고가 이 사건 1992년도 귀속분 부과처분을 하기 전까지, 심지어 1988년도부터 1990년도까지 3년간 귀속분 법인세에 대한 서면조사를 위하여 원고에게 자료제출을 요구할 때나 그 조사 결과를 통지할 때에도 원고의 위 비과세 신고가 잘못되었다는 취지의 지적을 한 바가 전혀 없었기 때문에 원고는 과세관청도 이를 당연히 받아들인 것으로 확신하기에 이르러 1992년도 귀속분 특별부가세 또한 비과세로 신고하기에 이른 점, 피고가 위 관련 법규의 해석상 논란이 있음을 안 뒤에도 일단 이 사건 1992년도 귀속분 부과처분만을 하고 1990년도 및 1991년도 각 귀속분 부과처분을 보류하였던 이유는 당시까지도 과연 이 사건 토지의 양도차익이 비과세 소득인지 아니면 50% 감면 대상인지에 대하여 피고가 확고한 해석을 내리지 못하였기 때문인 점, 그런데 조세시효의 완성이 임박할 때까지 원고의 심사청구에 대한 감사원의 결정이 내려지지 않자 피고가 뒤늦게 1995. 7. 1.에 가서야 이 사건 1990년도 및 1991년도 각 부과처분을 하게 된 점, 만일 피고가 1990년도 및 1991년도 귀속분 각 부과처분을 1995. 7. 1.이 아닌 1993. 10. 1.에 위 1992년도 귀속분 부과처분과 함께 하였더라면 원고가 1993. 10. 2.부터 1995. 7. 1.까지 638일에 해당하는 무납부 가산세가 부과되지 아니하였을 터인데, 피고가 위와 같은 이유로 위 2개년도 귀속분 부과처분을 뒤늦게 하는 바람에 원고가 위 일수에 해당하는 무납부 가산세를 부담하게 된다면 이는 원고에게 지나치게 가혹한 것으로 보이는 점, 피고가 위 관련 법규의 해석을 문제삼기 전에 원고가 스스로 위 관련 법규를 자기에게 불리하게 해석하여 특별부가세를 신고 납부한다는 것은 기대하기 어렵고, 따라서 원고가 위 신고 납부를 하지 않았다는 이유로 이 사건 가산세를 부과한다는 것이 원고에게 가혹한 것으로 보이는 점(원고가 피고의 1992년도 귀속분 부과처분 이후인 1994. 3. 30.에 1993년 귀속분 특별부가세 과세표준 및 세액을 신고할 때에는 이 사건 토지의 양도차익을 비과세 소득이 아닌 50% 감면 대상으로 보고 신고 및 납부한 점에 비추어 보면 더욱 그러하다.) 등에 비추어 보면, 원고가 이 사건 토지의 양도차익에 대한 위 특별부가세 50%의 신고・납부 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었고 나아가 그 의무의 이행을 원고에게 기대하는 것이 무리였다고 할 것이어서 원고에게 위 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 해석된다(원고가 관련 법규의 부지나 착오로 납세 의무를 알지 못한 데 그치므로 이 사건 가산세가 정당하다는 피고의 주장은 받아들이지 않는다). 따라서 이 사건 1990년도, 1991년도, 1992년도 각 부과처분 중 위 특별부가세 50%를 신고 및 납부하지 않았다는 이유로 부과된 가산세(과소신고 가산세 및 무납부 가산세) 부분은 위법하다. 3. 결 론 그렇다면 피고의 1992년도 귀속분 법인세 금 9,524,645,370원의 부과처분 중 가산세 금 3,174,831,792원 부분과 1990년도 귀속분 법인세 금 25,765,637,220원의 부과처분 중 가산세 금 12,474,789,592원 부분 및 1991년도 귀속분 법인세 금 37,934,628,740원의 부과처분 중 가산세 금 17,188,318,246원 부분은 위법하므로 이를 각 취소하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2001누1145

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

조세감면규제법 제59조 제5호 제60조

조감법 제59조

감사원법 제46조

조세특례제한법 제77조

국고금단수계산법 제1조

법인세법 제16조 제41조 제59조