+ - 북마크 저장 [행정] 1심사건

인천지방법원 2023.10.05 선고 2022구합52342 판결

공통매입세액 안분 계산식에서 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액은 면세사업등의 공급가액의 역할을 대체한다고 볼 수 있는 수입금액으로서 출처와 용도 및 금액 등이 객관적으로 확인 가능한 금액을 의미함[국승] 【사 건】 2022구합52342 부가가치세등부과처분취소 【원 고】 AAAA공단 【피 고】 ○○세무서장 【변 론 종 결】 2023. 07. 20. 【판 결 선 고】 2023. 10. 05. 【주 문】 1. 원고의 각 청구를 모두 기각한다. 2. 소송비용은 원고가 부담한다. 【청 구 취 지】 피고가 원고에 대하여 한, 2020. 12. 11.자 2018년 1기분 부가가치세 723,129,810원(가산세 173,245,946원 포함), 2019년 1기분 부가가치세 989,594,530원(가산세177,237,939원 포함)의 각 부과처분, 2022. 3. 1.자 2018년 2기분 부가가치세1,475,911,550원(가산세 307,843,681원 포함), 2019년 2기분 부가가치세 1,043,084,279원의 각 부과처분, 2020. 12. 11.자 2019년 2기분 가산세 171,689,781원의 부과처분을 모두 취소한다. 【이 유】 1. 기초사실 가. 원고는 2010. 1. 1. AAAA공단법에 따라 환경오염방지․환경개선 및 자원순환을 촉진하는 사업을 효율적으로 추진하려는 목적으로 BBBBBB공사와 CCCC공단을 통합하여 설립된 공법인이다. 나. 원고는 원고의 폐비닐처리사업 전체를 과세사업으로 보아 2018년부터 2019년까지 폐비닐처리사업과 관련하여 발생한 매입세액(이하 ‘이 사건 매입세액’이라 한다) 전부를 매출세액에서 공제하여 부가가치세 신고·납부하였다. 다. ㅇㅇ지방국세청장은 2020. 1. 30.부터 2020. 9. 30.까지 원고에 대하여 법인세통합조사를 실시하였고, 피고는 원고의 폐비닐처리사업은 과세사업(폐비닐․농약용기 및 가공품 공급)과 비과세사업(폐비닐․농약용기 수거 및 재활용 처리)이 공존하는 사업이므로 이 사건 매입세액은 과세사업에 전용되는 매입세액이 아니라 공통매입세액으로 보아 과세사업과 비과세사업의 수입금액 비율로 공통매입세액을 안분하여야 한다고 판단하고, 과세사업의 공급가액 및 원고의 국고보조금․정부출연금․기관분담금(이하 위 국고보조금 등을 통틀어 ‘이 사건 보조금 등’이라 한다) 수입을 총공급가액, 이 사건 보조금 등을 비과세공급가액으로 보아 부가가치세법 시행령 제81조 제1항에 따라 아래와 같은 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). 라. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2021. 2. 17. 조세심판원에 심판을 청구하였고, 조세심판원은 2022. 2. 8. 위 심판청구를 기각하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 8호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 각 처분의 적법 여부 가. 원고 주장의 요지 1) 구 조세특례제한법(2019. 12. 31. 법률 제16835호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제6호, 구 조세특례제한법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30390호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제7항, 제8항, 구 조세특례제한법 시행규칙(2020. 3. 13. 기획재정부령 제776호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제48조 제1항[별표 10] 제47호는 원고가 수행하고 있는 고유목적사업 중 정부 업무를 대행하거나 그 위탁을 받아 수행하는 사업을 부가가치세 면제 대상으로 하면서도 단서에서 “폐비닐처리사업”을 부가가치세 면제 대상에서 제외하고 있으므로, 반대해석상 원고의 폐비닐처리사업은 그 전체가 단일한 과세사업에 해당한다. 그럼에도 폐비닐처리사업을 비과세사업과의 겸영사업으로 보아 이 사건 매입세액 일부만을 공제한 이 사건 각 처분은 조세법률주의에 위반되어 위법하다. 2) 가사 폐비닐처리사업이 과세사업과 비과세사업의 겸영사업에 해당한다고 하더라도, 이 사건 보조금 등은 폐비닐처리사업과의 관련성이 인정되지 않고 나아가 정부출연금, 기관분담금 등은 국고보조금과 유사하다고 볼 수도 없으므로, 부가가치세법 시행령 제81조 제1항에 정한 면세공급가액에 해당하지 않는다. 그러므로 위 정부출연금, 기관분담금 등을 면세공급가액에 포함하여 한 이 사건 각 처분은 위법하다. 나. 관계 법령 별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다. 다. 판단 1) 폐비닐처리사업이 그 전체가 단일한 과세사업에 해당하는지 부가가치세법은 제4조 제1호에서 ‘재화 또는 용역의 공급’을 부가가치세의 과세대상으로 규정하고, 제11조 제1항에서 ‘용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 역무를 제공하는 것 또는 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것’이라고 규정하면서, 제12조 제2항에서 ‘사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다.’고 규정하고 있다. 한편 같은 법 제14조 제1항에서 ‘주된 재화 또는 용역의 공급에 부수되어 공급되는 것으로서 해당 대가가 주된 재화 또는 용역의 공급에 대한 대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역 및 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역은 주된 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.’고 규정하고 있다. 앞서 든 증거들의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고의 폐비닐처리사업은 ① 농민이 폐비닐과 농약용기 등을 공동 집하장에 모으면 지자체에서 농민에게 수거보상비를 지급하고 민간 수거사업자는 공동 집하장에서 공단선별사업소로 수거 및 운송하고 피고로부터 운송비를 지급받으며, ② 전국에 있는 공단선별사업소에서 오염도가 낮은 A․B급 폐비닐과 농약용기는 각 선별사업소에서 입찰 방식으로 직접 판매되고 재활용이 불가능한 농약유리병과 농약봉지는 소각처리 되며, 이외 오염도가 높은 C급 폐비닐은 민간 위탁사업자에 의해 폐비닐 처리․가공 시설로 이송되어 파쇄, 세척, 압축, 탈수, 포장을 거쳐 중간 원료제품(세척 압축품, 플러프 Fluff) 상태로 판매되는 방식으로 이루어지고, 원고는 폐비닐처리사업 전체를 폐기물수거, 폐비닐가공, 시설운영, 노후보강, 기술공모의 5개 부분으로 사업 구분하여 관리하고 있는 사실, 이 중 폐기물수거사업에는 수거한 폐기물 중 재활용이 가능한 폐비닐과 농약용기를 판매하는 과정이, 폐비닐가공사업에는 자체 재활용처리로 생산한 가공품을 판매하는 과정이 포함되어 있는 사실, 2015년부터 2019년까지의 과세기간 원고의 폐비닐처리사업의 부가가치세 신고내역에 의하면, 매년 재활용품 및 가공품 판매매출 대비 매입금액이 아래 도표 기재와 같이 5 내지 6배로 월등히 과다하고, 매출 수입금액을 제외한 매입(지출)대금은 모두 국고보조금, 정부출연금, 기관출연금 등 비과세 수입금액으로 충당되고 있으며, 폐비닐처리사업으로 구성되어 있는 5개의 사업 중 영농 폐기물 수거(3523)와 영농 폐기물처리(3524) 사업은 폐비닐․농약용기 및 가공품 판매 매출이 발생하나 이 외의 사업은 매출 없이 국고보조금이나 정부출연금, 기관출연금 등으로 하는 지출만 발생하고 있는 사실이 각 인정된다. 그렇다면 원고의 폐비닐과 농약용기 및 폐비닐 가공품을 판매하는 사업이 부가가치세의 과세대상인 ‘재화 또는 용역의 공급’으로서 과세사업에 해당한다는 점은 분명하나, 원고로부터 폐비닐이나 가공품 등을 구입하는 거래상대방은 막대한 추가 비용이 지출되는 폐비닐 재활용처리 등의 용역과는 무관하게 폐비닐이나 가공품 등의 대가만을 지급하고 이를 구입하는 것이므로 원고의 폐비닐 재활용처리 등의 용역을 부가가치세의 과세대상이 되는 ‘재화 또는 용역의 공급’에 해당한다고 볼 수 없고, 폐비닐이나 가공품 등의 생산이나 공급에 원고가 공익적인 목적에서 수행하는 폐비닐의 재활용처리 등의 용역이 통상적으로 수반한다고 볼 수도 없으므로 이를 ‘주된 재화 또는 용역의 공급에 포함’된다고 볼 수도 없다. 또한 원고는 관련 법령에 따라 국가 및 지방자치단체 등으로부터 직접적인 대가관계 없이 이 사건 보조금 등을 교부받아 농업용 폐비닐의 수거․재활용 및 처리에 관한 업무를 수행하고 있으므로, 폐비닐이나 가공품 등이라는 재화의 공급 이외에 원고가 행하는 폐비닐의 재활용처리 등의 용역은 그 스스로의 설립목적을 달성하기 위하여 행하는 비과세사업에 해당한다고 봄이 상당하다. 한편, BBBBBB공사의 설립 목적은 기본적으로 공익적 목적에서 재활용가능자원의 수거․재활용 및 처리 등의 비과세사업을 영위함에 있는 점, 기본적으로 비과세사업을 영위하는 사업자가 그 사업의 수행과정에서 일부 과세사업을 영위하였다고 하여 사업 전체를 단일한 과세사업으로 보아 매입세액 전부를 공제하는 것은 원칙적으로 과세사업에 관련된 매입세액만을 공제하는 부가가치세제의 기본원리에 반하는 점 등을 종합하여 보면, 재활용가능자원의 수거․재활용 및 처리 등의 비과세사업을 수행하는 과정에서 재활용이 가능한 폐비닐을 판매하는 일부 과세사업을 영위하는 BBBBBB공사는 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 것으로 보아야 하므로, 폐비닐 등을 판매하는 과세사업에 관련되지 아니한 폐비닐 수거․처리 등 용역에 관한 매입세액은 과세사업에 따른 매출세액에서 공제될 수 없다고 할 것이고(대법원 2016. 3. 24. 선고 2013두19875 판결), 위와 같은 법리는 2010. 1. 1. AAAA공단법에 따라 BBBBBB공사의 재산과 권리․의무를 포괄승계하여 같은 설립 목적을 가지고 같은 방식으로 사업을 영위하는 원고에 대하여도 그대로 적용된다고 할 것이다(나아가 위와 같은 판단은 원고가 위 폐비닐 수거․처리 등 용역을 외부위탁으로 처리하는지 자체 처리하는지에 따라 달라진다고 볼 수 없다). 이에 대해 원고는 위와 같은 법리는 2010. 12. 31. 기획재정부령 제182호로 구 조세특례제한법 시행규칙 제48조 제1항 [별표 10] 제47호 단서가 신설되어 2011. 1. 1. 이후 최초로 재화 또는 용역을 공급하는 분부터 적용·시행되었고, 위 제47호 단서가 원고의 “폐비닐처리사업”을 부가가치세 면제대상에서 제외함으로써 반대해석상 폐비닐처리사업이 과세사업임을 확인하였으므로 이 사건에 적용될 수 없다는 취지로 주장한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 원고의 설립 목적을 고려할 때 폐비닐처리사업은 원칙적으로 비과세사업에 해당함에도 불구하고 그 과정에서 폐비닐이나 가공품 등을 판매하는 일부 과세사업을 영위한다고 하여 사업 전체를 단일한 과세사업으로 볼 수는 없는 점, 위 구 조세특례제한법 시행규칙 제48조 제1항 [별표 10] 제47호 본문에서 ‘원고가 AAAA공단법 제17조에 따른 사업 중 국가 또는 지방자치단체의 업무를 대행하거나 그 위탁을 받아 수행하는 사업’을 ‘면세사업’으로 규정하면서, 그 단서에서 ‘폐비닐처리사업’을 제외한 취지는, 폐비닐처리사업 전체를 단일한 과세사업으로 보아서가 아니라, 원고가 재활용가능자원의 수거․재활용 및 처리 등의 비과세사업을 수행하는 과정에서재활용이 가능한 폐비닐 등을 판매하는 일부 과세사업을 영위하고, 위 과세사업이 시장에서 민간사업자와의 경합이 발생할 수 있기 때문에 위 부분에 한하여 과세중립성 유지 등을 위해 폐비닐처리사업을 면세대상에서 제외한 것으로 규정한 것이라고 해석되는 점, 앞서 본 바와 같이 폐비닐처리사업은 부가가치세법상 무상(無償)성과 이를 영위하는 원고의 법률상 설립목적의 공익성으로 인해 원칙적으로 비과세사업에 해당함에도 하위법령인 위 조항 단서에서 과세사업으로 규정하여 그 사업 전체가 과세사업으로 성격이 변경되었다고 해석할 수는 없는 점 등에서 위 조항의 본문과 단서의 문언만을 무리하게 단순 반대해석 하여 이를 폐비닐처리사업 전체를 과세사업으로 보아야 한다는 취지라고 해석하기는 어렵다. 그러므로 원고의 위 주장은 이유 없다. 2) 이 사건 보조금 등이 면세공급가액에 포함되는지 가) 부가가치세법 시행령 제81조 제1항의 개정 경위 ① 구 부가가치세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28641호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조 제1항은 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우로서 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액이 있는 경우 면세사업등[면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 말한다(구 부가가치세법 제29조 제8항). 이하 같다]에 관련된 매입세액을 계산하는 계산식을 다음과 같이 규정하면서, ‘면세공급가액’에 관하여 ‘비과세공급가액을 포함한다.’고만 규정하고 있었다. ② 이와 관련하여 대법원은 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대하여 거래 상대방으로부터 별도로 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국가나 지방자치단체로부터 국고보조금 등을 지급받는 경우라면 이는 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없으므로 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분계산 하도록 정한 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 제 대통령령24359호로 개정되기 전의 것) 제61조 제1항 규정을 유추적용할 수는 없고, 이러한 경우에는 같은 영 제61조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 불공제대상인 매입세액을 가려야 한다는 취지의 판결을 선고하였다(대법원 2016. 3. 24. 선고 2013두19875 판결). ③ 이후 개정된 부가가치세법 시행령 제81조 제1항은 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우로서 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액을 계산하는 계산식을 개정 전 부가가치세법 시행령과 동일하게 규정하면서, 다만 ‘면세공급가액’에 관한 설명에 관하여 위 대법원 판례의 취지를 고려하여 ‘면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다.’고 규정하였다. 나) ‘국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액’의 의미 살피건대, ① 부가가치세법 시행령 제81조 제1항은 “국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액”을 면세공급가액에 포함한다고 규정하고 있는바, 이는 앞서 본 바와 같은 부가가치세법 시행령 제81조 제1항의 개정 경위와 그 문언에 비추어 볼 때, 부가가치세법상 국고보조금 등이 면세사업등에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없는 금전이어서 그 합계액을 공급가액으로 볼 수 없다고 하더라도, 공통매입세액 중 면세사업등에 관련된 매입세액을 안분하는 비율을 산정함에 있어서는 사실상 공급가액을 대체할 수 있는 역할을 하는 것을 고려하여 위 비율 산정에 한하여 해당 면세사업등과 관련하여 받은 금액을 면세공급가액에 포함시키고자 한 것으로 보이는 점, ② 부가가치세법 제29조 제5항 제4호에 따라 국고보조금 등은 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준인 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 총공급가액에서 제외되나, 그와 같이 계산할 경우 국고보조금 등 상당을 사실상 과세사업에 포함시켜 매입세액공제를 해주는 것과 크게 다름없는 결과가 되고, 사업자의 전체수입에서 국고보조금 등이 차지하는 비율이 높을수록 공통매입세액 중 매입세액공제액의 비율이 커지는 부당한 결과가 초래되는 점, ③ 부가가치세법 시행령 제81조 제1항문언에 의하더라도 면세공급가액에 포함되는 국고보조금 등의 합계액은 국고보조금과 공공보조금에 한정되지 않는 점 등을 고려하여 보면, 부가가치세법 시행령 제81조 제1항에 정한 공통매입세액 중 면세사업등에 관련된 매입세액을 안분하는 비율을 산정하는 계산식에 있어 면세공급가액에 포함되는 ‘국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한금액’은 ‘사업자가 면세사업등과 관련하여 수령한 금전으로서 위 안분비율을 계산함에 있어 사실상 면세사업등으로 공급하는 재화 또는 용역의 공급가액의 역할을 대체한다고 볼 수 있는 수입금액으로서 국고보조금 또는 공공보조금과 같이 출처와 용도 및 금액 등이 객관적으로 확인 가능한 금액’을 의미한다고 봄이 타당하다[실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액 중 면세사업등에 관련된 매입세액을 안분하는 정확한 비율은 원칙적으로 총공급가액에서 면세공급가액이 차지하는 비율이라고 할 것인데, 면세사업등에 해당하는 재화나 용역의 공급에 관하여는 대가나 시가 등이 없이 국고보조금 등으로 공급이 이루어져 공급가액이 존재하지 않는 경우가 대부분이므로 부득이 공급가액에 가장 근접한다고 보이는 국고보조금 등의 합계액을 공급가액으로 취급하고자 하는 것이므로, 위 시행령 조항이 정한 국고보조금 등은 원칙적으로 면세등사업에 해당하는 재화나 용역의 공급과 관련하여 받은 금원으로서 그 비용이나 손실을 보전하는 금원에 한정된다고 할 것이다]. 다) 구체적 판단 위 법리에 비추어 살피건대, 앞서 든 증거들과 피고 제출의 나머지 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 보조금 등 중 국고보조금과 기관분담금 부분은 원고가 폐비닐처리사업을 영위하면서 영농폐기물수거비나 노후재활용시설 장비보강 비용 등의 용도를 위해 국가, 지방자치단체, 한국작물보호협회(구 농약공업협회) 등으로부터 수령하여 전액 위 용도에 지출함으로써 폐비닐처리사업의 비용이나 손실을 보전하고자 하는 금원에 해당하여 공통매입세액의 면세사업등에 관련된 매입세액의 안분비율을 계산함에 있어 사실상 면세사업등으로 공급하는 재화 또는 용역의 공급가액의 역할을 대체할 수 있다고 보이고(기관분담금 중 지방자치단체가 부담하는 부분이 원고에게 귀속되는 절차 없이 수거보상비로 농민 등에 직접 지급되더라도 이는 비용보전 등의 방식의 차이에 불과하여 달리 보기 어렵다), 기관분담금 역시 출처와 용도 및 금액 등에 있어 보조금과 동일하게 객관적 확인 가능성이 보장된다고 보이는 점, 이 사건 보조금 등 중 정부출연금 부분은 AAAA공단법 등 관련 법률에 따라 원고가 정부의 업무를 대행하기 위하여 사업연도 초나 분기별로 정부로부터 기관출연금으로 지급받는 금원으로 정부출연사업의 업무를 담당하는 원고 소속 직원들의 인건비와 경상비(공통비)로 지출되고, 원고의 폐비닐처리사업이 그 자체로는 수익성이 없고 손실 발생이 예정되어 있음에 따라 이를 보전하기 위하여 정부가 사업수행에 따른 수입과 지출의 차액을 지급하는 금전인 점, 그렇다면 정부출연금 역시 공통매입세액의 면세사업등에 관련된 매입세액의 안분비율을 계산함에 있어 사실상 면세사업등으로 공급하는 재화 또는 용역의 공급가액의 역할을 대체할 수 있다고 볼 수 있고, 출처와 용도 및 금액 등에 있어 보조금과 동일하게 객관적인 확인 가능성이 보장된다고 보이는 점 등에서, 이 사건 보조금 등은 특별한 사정이 없는 한 모두 부가가치세법 시행령 제81조 제1항에 정한 계산식의 면세공급가액에 포함되는 국고보조금 등에 해당된다고 보는 것이 타당하다. 이에 대해 원고는 이 사건 보조금 등은 그 지출 비용이 폐비닐 등의 판매사업과 수거 및 처리용역 모두에 관련되어 있어 과세사업과 비과세사업 간에 실지귀속을 구분할 수 없어 폐비닐처리사업 전체에 관련하여 받은 것으로 보아야 하므로, 위 보조금 등을 기초로 산정한 과세사업과 비과세사업의 공급가액 비율에 따라서는 공통매입세액을 안분계산 할 수 없는 경우에 해당한다는 취지로 주장한다. 살피건대, 원고가 비과세사업인 폐비닐처리사업을 수행하면서 재활용비닐판매 등 일부 과세사업을 영위하는 과정에서 지출한 매입세액이 과세사업과 면세사업등 간에 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당하는 것처럼 이 사건 보조금 등으로 지출한 영농폐기물수거비나 노후재활용시설 장비보강 비용과 원고 소속 직원들의 인건비와 경상비(공통비) 등 역시 재활용비닐판매 등 과세사업을 위해서도 필요하고 관련성을 부정할 수 없는 사실은 위 각 인정사실 및 각 증거에 의하여 인정된다. 그러나 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 보조금 등을 받은 이유는 공익적 목적에서 재활용가능자원의 수거·재활용 및 처리 등의 비과세사업을 영위하도록 하고자 그 비용 및 손실을 보전함에 있지 폐비닐 판매수익을 증가시키기 위한 목적이 아닌 점, 부가가치세법 시행령 제81조 제1항이 총공급가액 대비 면세공급가액의 비율로 공통매입세액 중 면세사업등에 관련된 매입세액을 안분하도록 한 것은 총공급가액 중 면세공급가액과 과세공급가액의 상대적 비율이 공통매입세액의 과세사업 또는 면세사업등에 대한 실지귀속 비율을 정확히 반영하고 있어서가 아니라 위 공급가액 비율이 공통매입세액의 과세사업 또는 면세사업등의 결과물에 대한 기여율을 대체로 반영한다고 보고 이를 기초로 실지귀속 비율을 정하는 것이 합리적이라고 판단한 데에 따른 것으로 위와 같은 판단에 불합리성이나 위법이 있다고 보이지 않는 점, 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액이 발생할 수 있는 것처럼 면세사업등과 관련하여 받은 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액으로 지출하는 비용 항목들 또한 실지귀속을 구분할 수 없는 경우가 생기는 것이 자연스럽고(위 비용 항목들에 대해 원고가 세금계산서를 수취하는 경우 공통매입세액이 된다), 부가가치세법 시행령 제81조 제1항은 이러한 경우를 전제로 국고보조금 등의 합계액을 위 조항에 정한 면세공급가액에 포함하는 것이 공통매입세액의 과세사업 또는 면세사업등의 결과물에 대한 기여율을 합리적으로 반영하는 방법이라고 판단한 것으로 보이는 점, 국고보조금 등은 엄격히 면세사업등의 비용 및 손실을 보전하는 한도 내에서만 지급되거나 그 부분에 한한 금액을 특정하여 면세공급가액에 포함할 수 있는 것이 일반적이고, 겸영사업 중 과세사업에 손실이 발생하는 사업구조여서 과세사업의 비용이나 손실까지 국고보조금 등으로 보전하여 준다고 볼 수 있는 경우라 하더라도, 납세자는 국고보조금 등의 수령에 따른 혜택을 누리고 국고보조금 등에는 과세공급가액과 달리 과세사업에서 발생하는 이윤이 포함되지 않는 사정 등으로 국고보조금 등을 기초로 공통매입세액의 면세사업등에 대한 기여율이나 실지귀속 비율을 정하는 것이 비합리적이라거나 납세자에게 일방적으로 불리한 방법이라고 보기 어려운 점 등에서, 국고보조금 등의 지출 항목에 실지귀속이 구분하기 어려운 경우가 존재하는 것이 위 시행령 조항에 정한 계산식에 따라 공통매입세액을 안분할 수 없는 경우에 해당한다고 볼 수 없다. 그러므로 이를 적용하여 공통매입세액을 안분계산 한 이 사건 각 처분은 적법하고 달리 위법한 사정이 없다. 원고 이 부분 주장 역시 이유 없다. 3. 결론 따라서 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판 결한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2022구합52342

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

부가가치세법 시행령 제61조 제81조

조세특례제한법 시행규칙 제48조

조세특례제한법 제106조

부가가치세법 제29조

조세특례제한법 시행령 제106조

공단법 제17조