대법원 2011. 10. 27. 선고 2009두3682 판결

대법원 2013. 9. 27. 선고 2013두4101 판결

중소기업인 갑 주식회사가 을 주식회사 등으로 하여금 보세공장 내에서 갑 회사 공급의 내국물품과 을 회사 등의 외국물품 등을 결합해 집적회로 물품을 제조·가공하도록 하여 이를 보세공장으로부터 국내로 반입한 후 가공절차를 거치지 않은 채 수출하거나 다시 국내 수출물품 제조업체에 공급한 다음 ‘간이정액환급’을 받자, 관할 세관장이 관세 부과처분을 한 사안에서, 위 처분이 적법하다고 본 원심판단이 정당하다고 한 사례

대법원 2012. 7. 12. 선고 2012두6858 판결

유류 제품을 판매하는 갑 정유회사가 을 주유소 등에 반출한 석유류가 실제 농민들에게 농업용으로 판매되지 아니하였는데도 위조된 면세유류공급확인서를 제출하여 이미 납부한 교통세 등을 환급받자 관할 세무서장이 이를 환수하기 위해 구 교통·에너지·환경세법 제9조 제1항에 의한 교통세 등 경정처분을 한 사안에서, 위 처분은 적법하다고 본 원심판단을 수긍한 사례

대법원 2020. 12. 24. 선고 2019두48608 판결

갑 주식회사가 미국 법인 을 회사와 라이선스 계약을 체결하고 로열티를 지급하고 있는 병 유한회사와 위탁수입계약을 체결한 후 물품을 수입하여 병 회사에 전부 공급하면서, 로열티를 물품의 과세가격에 가산하여 관세 및 부가가치세를 신고ㆍ납부해 오다 통관지 세관장에게 로열티에 상당하는 세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 통관지 세관장이 이를 인용하는 감액경정을 하였는데, 정 세관장이 갑 회사에 대하여 관세조사를 한 후 로열티가 물품의 과세가격에 가산되어야 한다며 관세 및 부가가치세 증액경정을 하였고, 이에 따른 세금을 납부한 갑 회사에 경정ㆍ납부된 부가가치세 세액에 대하여 수정수입세금계산서가 발급되었으나, 감사원이 갑 회사가 경정청구 과정에서 위탁수입계약이 종료되었다고 사실과 다르게 설명하는 등 갑 회사에 귀책사유가 있다며 수정수입세금계산서의 발급을 취소하도록 요구함에 따라, 무 세관장이 증액경정에 따른 부가가치세에 대한 각 수정수입세금계산서의 발급을 취소하자, 갑 회사가 위 각 수정수입세금계산서의 재발급을 신청하였으나 무 세관장이 이를 거부한 사안에서, 증액경정의 대상이 된 갑 회사의 물품에 관한 수입신고는 당초 감액경정에 따른 것이므로, 갑 회사에 구 부가가치세법 제35조 제2항 제2호 (다)목에서 말하는 귀책사유가 있다고 볼 수 없어, 수정수입세금계산서의 재발급을 거부한 처분은 위법하다고 한 사례

대법원 2020. 12. 24. 선고 2019두44378 판결

갑 주식회사가 미국 법인 을 회사와 라이선스 계약을 체결하고 로열티를 지급하고 있는 병 유한회사와 위탁수입계약을 체결한 후 물품을 수입하여 병 회사에 전부 공급하면서, 로열티를 물품의 과세가격에 가산하여 관세 및 부가가치세를 신고·납부해 오다 통관지 세관장에게 로열티에 상당하는 세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 통관지 세관장이 이를 인용하는 감액경정을 하였는데, 정 세관장이 갑 회사에 대하여 관세조사를 한 후 로열티가 물품의 과세가격에 가산되어야 한다며 관세 및 부가가치세 증액경정을 하였고, 이에 따른 세금을 납부한 갑 회사에 경정·납부된 부가가치세 세액에 대하여 수정수입세금계산서가 발급되었으나, 감사원이 갑 회사가 경정청구 과정에서 위탁수입계약이 종료되었다고 사실과 다르게 설명하는 등 갑 회사에 귀책사유가 있다며 수정수입세금계산서의 발급을 취소하도록 요구함에 따라, 무 세관장이 증액경정에 따른 부가가치세에 대한 각 수정수입세금계산서의 발급을 취소하자, 갑 회사가 위 각 수정수입세금계산서의 재발급을 신청하였으나 무 세관장이 이를 거부한 사안에서, 증액경정의 대상이 된 갑 회사의 물품에 관한 수입신고는 당초 감액경정에 따른 것이므로, 갑 회사에 구 부가가치세법 제35조 제2항 제2호 (다)목에서 말하는 귀책사유가 있다고 볼 수 없어, 수정수입세금계산서의 재발급을 거부한 처분은 위법하다고 한 사례

대법원 2020. 2. 27. 선고 2016두63408 판결

내국법인인 갑 주식회사가 영국 법인인 을 회사가 생산한 물품을 싱가포르 법인인 병 회사를 통해 수입하였고, 갑 회사가 ‘대한민국과 유럽연합 및 그 회원국 간의 자유무역협정’에 따른 협정세율(0%)을 적용하는 내용의 수입신고를 하면서, 판매회사인 병 회사가 생산회사인 을 회사의 인증수출자 번호를 잘못 기재하여 발급한 원산지신고서를 제출하였다가, 이후 갑 회사가 을 회사 명의로 작성되고 인증수출자 번호가 제대로 기재된 원산지신고서를 제출하였는데, 관할 세관장이 위 자유무역협정에 따른 협정세율의 적용을 배제하고, 관세율 8%를 적용하여 산출한 관세 등을 결정·고지하는 처분을 한 사안에서, 위 원산지신고서는 모두 인증수출자인 을 회사가 작성한 것이 아니므로, 위와 같은 원산지신고서에 따라 자유무역협정의 협정관세를 적용받을 수는 없다고 한 사례