+ - 북마크 저장 [행정] 1심사건

서울행정법원 2021.10.05 선고 2020구합77435 판결

원고가 성실공익법인 요건을 위배하였는지 여부[국패] 【주 문】 1. 피고가 2019. 2. 15. 원고에 대하여 한 2009년 2월 귀속 증여세(주식보유기준위반가산세) ○,375,645,190원의 부과처분 및 2020. 2. 3. 원고에 대하여 한 2010년 2월귀속 증여세(주식보유기준위반 가산세) ○,489,511,140원의 부과처분을 모두 취소한다. 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 【이 유】【1. 처분의 경위】 가. 원고는 19○○. ○○. ○○. 초․중등 및 고등교육을 실시함을 목적으로 설립된 학교법인으로서, 2009 사업연도까지 그 운용소득의 90/100 이상을 직접 공익목적사업에 사용함으로써 구 상속세 및 증여세법(2007. 12. 31. 법률 제8828호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘2007년 개정 전 상속세및증여세법’이라 한다) 제49조 제1항 단서 전단 및 그 위임에 따른 구 상속세 및 증여세법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20621호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘2008년 개정 전 시행령’이라 한다) 제42조 제1항에 규정된 성실공익법인에 해당한다. 나. 원고는 구 상속세 및 증여세법(1996. 12. 20. 법률 제5193호로 전부 개정되어1998. 12. 28. 법률 제5582호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘1996년 개정 상속세및증여세법’이라 한다) 제49조 제1항에 규정된 공익법인 주식보유기준 제도가 시행될 당시인 1996. 12. 31.을 기준으로 ○○○○ 주식회사 주식지분의 16.2%, ○○○○○○ 주식회사 주식지분의 49% 및 □□□□ 주식회사 주식지분의 49%를 각 보유하고 있었고, 그 후부터 현재까지 위 보유주식에는 아무런 변동이 없다. 다. 원고의 2008 사업연도 종료일인 2009. 2. 28.을 기준으로 이사 총원 7명 중 2명이 출연자와 특수관계 있는 자였고, 2009 사업연도 종료일인 2010. 2. 28.을 기준으로 이사 총원 8명 중 2명이 출연자와 특수관계 있는 자였다. 라. 서울지방국세청장은 원고에 대하여 공익법인의 세법상 의무사항 전반에 대하여개별검증한 결과, 원고는 구 상속세 및 증여세법(2007. 12. 31. 법률 제8828호로 개정되어 2010. 1. 1. 법률 제9916호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상속세및증여세법’이라 한다) 제49조 제1항 단서 전단의 위임에 따라 구 상속세 및 증여세법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20621호로 개정되어 2010. 2. 18. 대통령령 제22042호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘2008년 개정 시행령’이라 한다) 제42조 제1항, 제13조 제5항에 성실공익법인의 요건으로 추가된 ‘출연자 또는 그와 특수관계 있는 자가 공익법인 이사 현원의 1/5을 초과하지 아니할 것’이라는 요건을 충족하지 못하였으므로, 성실공익법인에 해당하지 않는다고 판단하여, 구 상속세및증여세법 제78조 제4항에 따라 2008 사업연도 종료일인 2009. 2. 28. 및 2009 사업연도 종료일인 2010. 2. 28.을 기준으로 각 주식보유기준위반 가산세를 부과하는 취지의 증여세 결정자료를 피고에게 통보하였다. 마. 피고는 이러한 결정자료에 따라 원고에게 2019. 2. 15. 2009년 2월 귀속 증여세(주식보유기준위반 가산세) ○,375,645,190원을, 2020. 2. 3. 2010년 2월 귀속 증여세(주식보유기준위반 가산세) ○,489,511,140원을 각 결정․고지하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 9호증, 을 제1호증(가지번호가 있는 것은 가지번호를 포함한다. 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지2. 처분의 적법 여부 가. 원고의 주장 구 상속세및증여세법 제49조 제1항 단서 전단에 규정된 주식보유기준(5% 초과보유 금지)적용제외대상인 ‘대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인’에 관하여, 2008년 개정전 시행령 제42조 제1항은 ‘공익법인의 운용소득의 90/100 이상을 직접 공익목적사업에 사용하는 공익법인(성실공익법인)’이라고만 규정하였는데, 2008년 개정 시행령 제42조 제1항은 ‘성실공익법인’이라고 규정하면서, 위 ‘성실공익법인’에 관하여는 구 상속세및증여세법 제16조 제2항 본문 및 그 위임에 따른 2008년 개정 시행령 제13조 제3항, 제5항이 ‘공익법인의 운용소득의 90/100 이상을 직접 공익목적사업에 사용하는 공익법인’, ‘출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자가 공익법인 이사 현원의 1/5을 초과하지 아니할 것’ 및 ‘구 상속세및증여세법상 외부감사 이행, 전용계좌 개설․사용, 결산서류 등의 공시 이행’을 그 요건으로 규정하였다. 그런데 구 상속세 및 증여세법 시행령 부칙[대통령령 제20621호, 2008. 2. 22.](이하 ‘이 사건 부칙’이라 한다) 제3조 제1항은 ‘2008년 개정 시행령 제13조 제3항, 제5항, 제42조의 개정규정은 위 시행령 시행(2008. 2. 22.) 후 최초로 공익법인에 주식을 출연하거나 공익법인이 주식을 취득하는 분부터 적용한다.’는 경과규정을 두었으므로, 공익법인이 2008년 개정 시행령 시행 이후 주식을 출연받거나 취득하지 않은 이상 그 공익법인이 구 상속세및증여세법 제49조 제1항 단서 전단에 규정된 주식보유기준 적용제외대상인 성실공익법인인지 여부는 2008년 개정 전 시행령 제42조 제1항에 따라 판단되어야 한다. 원고는 2008년 개정 시행령 시행 후 주식을 출연받거나 취득한 바 없으므로, 2008년 개정 전 시행령 제42조 제1항에 따라 성실공익법인인지 판단되어야 하는데, 원고는운용소득의 90/100 이상을 직접 공익목적사업에 사용하여 왔으므로 위 성실공익법인에 해당한다. 따라서 원고는 구 상속세및증여세법 제49조 제1항 단서 전단에 규정된 주식보유기준 적용제외대상인 성실공익법인에 해당하므로, 원고가 성실공익법인에 해당하지 아니함을 전제로 구 상속세및증여세법 제78조 제4항에 따라 가산세를 부과한 이 사건 각 처분은 위법하여 취소되어야 한다. 나. 관계 법령 별지 기재와 같다. 다. 판 단 1) 이 사건의 쟁점 이 부분의 쟁점은 원고가 구 상속세및증여세법 제49조 제1항 단서 전단에 규정된 주식보유기준(5% 초과보유 금지) 적용제외대상인 성실공익법인인지 여부로서, 원고는 2009사업연도에 2008년 개정 전 시행령 제42조 제1항에 따르면 성실공익법인에 해당하지만, 2008년 개정 시행령 제42조 제1항, 제13조 제5항에 따르면 성실공익법인에 해당하지 않게 되는데, 이 사건 부칙 제3조 제1항의 규정내용과 관계없이 원고에 대하여 2008년 개정 전 시행령을 적용하지 않고 2008년 개정 시행령을 적용하여 원고가 성실공익법인에 해당하지 않는다고 볼 수 있는지이다. 2) 관계 법령의 규정내용과 체계 가) 2007년 개정 전 상속세및증여세법 및 2008년 개정 전 시행령 2007년 개정 전 상속세및증여세법 제16조 제1항, 제2항 및 제48조 제1항은 공익법인이 내국법인의 의결권 있는 주식을 출연받은 경우로서 그 주식과 보유주식 등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수의 5/100를 초과하는 경우에는 그 초과 부분의 가액을 상속세 내지 증여세 과세가액에 산입하는 것으로 규정하였다. 한편 구 상속세및증여세법 제49조 제1항1)은 공익법인이 1996년 개정 상속세및증여세법 시행당시인 1996. 12. 31. 기준 내국법인의 발행주식총수의 5/100를 초과하여 보유하고 있는 경우 일정 기간까지 그 5/100를 초과하여 보유하지 않도록 하여야 한다고 규정하면서, 그 단서 전단에서 위 주식보유기준을 적용받지 아니하는 공익법인을 ‘직접 공익목적사업에의 사용실적 기타 당해 공익법인의 공익기여도 등을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인’이라고 규정하였다. 그리고 구 상속세및증여세법 제49조 제1항 단서 전단의 위임에 따른 2008년 개정 전 시행령 제42조 제1항은 ‘대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인’에 관하여 ‘공익법인의 운용소득의 90/100 이상을 직접 공익목적사업에 사용한 공익법인(이를 ‘성실공익법인’이라 칭하였다)’이라고 규정하였다. 나) 구 상속세및증여세법 및 2008년 개정 시행령 구 상속세및증여세법 제16조 제1항, 제2항 및 제48조 제1항은 2007년 개정 전 상속세및증여세법 제16조 제1항, 제2항 및 제48조 제1항이 위와 같이 규정한 것에 추가하여, 제16조 제2항 본문과 제48조 제1항 단서에 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인으로서 외부감사, 전용개좌의 개설․사용, 결산서류 등의 공시를 이행하는 공익법인(이를 ‘성실공익법인’이라 칭하였다)의 경우에는 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수의 10/100까지 상속세 내지 증여세 과세대상에서 제외하는 것으로 규정함으로써 종래 2008년 개정 전 시행령 제42조 제1항에 있던 ‘성실공익법인’ 개념을 법률로 가져와 그 요건을 강화하여 규정하며 그에 대한 과세를 완화하였다. 그리고 구 상속세 및 증여세법 부칙[법률 제8828호, 2007. 12. 31.](이하 ‘구 상속세및증여세법 부칙’이라 한다) 제3조는 ‘구 상속세및증여세법 제16조 제2항 각 호외의 부분 본문과 제48조 제1항 각 호 외의 부분 단서는 위 법 시행(2008. 1. 1.) 후 최초로 공익법인에 주식을 출연하거나 공익법인이 주식을 취득하는 분부터 적용한다.’고 규정하였다. 구 상속세및증여세법 제16조 제2항 본문의 위임에 따른 2008년 개정 시행령 제13조 제3항은 위 법 조항의 ‘대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인’의 요건에 관하여 ‘공익법인의 운용소득의 90/100 이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것(제1호)’과 ‘출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자가 공익법인 이사 현원의 1/5을 초과하지 아니할 것(제2호)’을 모두 갖추어야 한다고 규정하였고, 같은 조 제5항은 위 법 조항의 ‘성실공익법인’의 요건에 관하여 주식의 출연일 또는 취득일 현재를 기준으로 ‘외부감사를 이행하였을 것(제1호)’, ‘전용계좌를 개설하여 사용하고 있을 것(제2호)’, ‘결산서류 등의 공시를 이행하였을 것(제3호)’ 및 ‘위 제3항에 해당할 것(제4호)’을 모두 갖추어야 한다고 규정하였다. 그리고 이 사건 부칙 제3조 제1항은 ‘2008년 개정 시행령 제13조 제3항, 제5항의 개정규정은 위 시행령 시행(2008. 2. 22.) 후 최초로 공익법인에 주식을 출연하거나 공익법인이 주식을 취득하는 분부터 적용한다.’고 규정하였다. 한편 구 상속세및증여세법 제49조 제1항은 2007년 개정 전 상속세및증여세법의 그것과 동일하다. 그런데 2008년 개정 시행령 제42조 제1항은 위 법 제49조 제1항 단서 전단의 ‘대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인’은 ‘성실공익법인’이라고 규정하여 위 시행령 제13조 제3항, 제5항에 의하여 강화된 성실공익법인의 요건을 따르도록 하였다. 그리고 이 사건 부칙 제3조 제1항은 ‘2008년 개정 시행령 제42조의 개정규정도 위 시행령 시행(2008. 2. 22.) 후 최초로 공익법인에 주식을 출연하거나 공익법인이 주식을 취득하는 분부터 적용한다.’고 규정하고 있다. 3) 쟁점에 관한 해석론 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다. 다만 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서만 입법 취지 및 목적 등을 고려하여 합목적적 해석할 수 있을 뿐이다(대법원 2020. 7. 29. 선고 2019두56333 판결 등 참조). 앞서 본 관계 법령의 규정내용과 체계, 그 취지 등을 위 법리에 비추어 살펴보면, 구 상속세및증여세법 제49조 제1항 단서 전단에 규정된 주식보유기준 적용제외대상 공익법인에 해당하는지 판단할 때 이 사건 부칙 제3조 제1항에 따라 2008년 개정 시행령 제42조 및 제13조 제3항, 제5항에 규정된 강화된 성실공익법인 요건은 그 시행일인 2008. 2. 22. 이후 최초로 공익법인에 주식을 출연하거나 공익법인이 주식을 취득하는 분에 대하여 적용되므로, 그 반대해석상 위 시행일 전부터 보유하던 주식에 대하여는 적용되지 않는다고 보아야 하고, 따라서 공익법인이 위 시행일 이후 추가로 주식을 출연받거나 취득한 경우가 아니라면 2008년 개정 전 시행령 제42조에 따라 성실공익법인에 해당하는지를 판단하여야 한다. 그 구체적인 이유는 다음과 같다. ① 구 상속세및증여세법 제16조 제2항과 제48조 제1항은 공익법인이 내국법인의 주식을 출연받거나 취득하는 시점에 상속세 내지 증여세 과세대상이 되는 범위를 규정하면서, 성실공익법인의 경우 의결권 있는 발행주식총수의 10/100까지 비과세 해택을 주고 있다(다만, 사후에 성실공익법인 요건에 해당하지 않게 되면 구 상속세및증여세법 제48조 제11항에 따라 그 혜택을 박탈한다). 한편 구 상속세및증여세법 제49조 제1항 본문은 공익법인이 내국법인의 주식을 취득한 후 이를 계속 보유할 수 있는 기준을 발행주식총수의 5/100 이내로 제한하여 규정하면서, 그 단서에서 일정한 요건을 갖춘 공익법인의 경우 그러한 주식보유기준 제한을 적용받지 아니하고 계속 보유할 수 있는 것으로 규정하고 있다. ② 구 상속세및증여세법 제49조 제1항 단서 전단에 규정된 주식보유기준 적용제외대상 공익법인에 관하여, 2008년 개정 전 시행령 제42조 제1항은 이를 성실공익법인이라 칭하면서 그 구체적인 요건을 직접 규정하였는데, 2008년 개정 시행령 제42조 제1항은 ‘성실공익법인’이라고만 규정함으로써, 그 구체적인 요건은 2008년 개정 시행령 제13조 제3항, 제5항에 규정된 강화된 성실공익법인 요건에 따르도록 하였다. 그리고 이 사건 부칙 제3조 제1항은 ‘2008년 개정 시행령 제13조 제3항, 제5항, 제42조의 개정규정은 위 시행령 시행(2008. 2. 22.) 후 최초로 공익법인에 주식을 출연하거나 공익법인이 주식을 취득하는 분부터 적용한다.’고 규정하여, 2008년 개정 시행령 제13조 제3항, 제5항, 제42조에 규정된 강화된 성실공익법인 요건의 적용대상을 ‘2008. 2. 22. 이후 최초로 공익법인에 주식을 출연하거나 공익법인이 주식을 취득하는 분’이라고 분명히 규정하였다. 이러한 부칙 규정은 2008년 개정 시행령 제42조 등이 구 상속세및증여세법 제49조 제1항 단서 전단에 규정된 주식보유기준 적용제외대상인 성실공익법인의 요건을 강화함으로써 더욱 엄격한 주식보유기준을 도입한 것에 관한 경과규정으로서, 그 취지는 공익법인이 위 개정 시행령 시행 전부터 보유하던 주식에 대하여는 위와 같이 개정된 더 엄격한 주식보유기준을 적용하지 않고 종전의 기준에 따르도록 함으로써 기존 법률관계에 대한 간섭을 최소화하여 법적 안정을 기하도록 함에 있다고 보인다. ③ 앞서 본 구 상속세및증여세법 부칙 제3조 및 이 사건 부칙 제3조 제1항은 구 상속세및증여세법 및 2008년 개정 시행령이 도입한 강화된 성실공익법인 요건은 위 법 및 시행령 이후에 최초로 공익법인에 주식을 출연하거나 공익법인이 주식을 취득하는 분부터 적용하도록 통일적으로 규정하였다. 특히 이 사건 부칙 제3조 제1항은 2008년 개정 시행령 제42조를 포함하여 규정하였는데, 이는 구 상속세및증여세법 제49조 제1항 단서 전단에 따른 주식보유기준 적용제외대상인 성실공익법인에 관한 강화된 요건도 다른 규정들과 함께 위 개정 이후부터 통일적으로 적용하기 위함이었던 것으로 보인다. 만일 피고의 주장과 같이 공익법인이 종래 보유하던 주식에 대하여도 2008년 개정 시행령 제42조 제1항과 제13조 제3항, 제5항에 강화된 성실공익법인 요건을 적용함으로써 더 엄격한 주식보유기준을 도입하려는 것이었다면 이 사건 부칙 제3조 제1항에 ‘위 시행령 제42조’를 포함하여 규정할 특별한 이유가 없었다고 보인다. 더군다나 위 시행령 제42조는 구 상속세및증여세법 제49조 제1항 단서 전단의 위임에 따라 주식보유기준 적용제외대상 공익법인 요건을 직접 규정한 조항이고, 이 사건 부칙 제3조 제1항은 위 시행령 제42조의 적용범위를 명시하면서 아무런 제한규정(예컨대, ‘법 제49조 제1항의 주식보유기준을 적용할 때는 제외한다.’는 취지의 규정)을 두지 아니하였으므로 그 명문 규정대로 해석할 수 밖에 없다. 피고의 주장과 같이 종래 공익법인이 보유하던 주식에 대하여도 2008년 개정 시행령 제42조 등의 강화된 기준을 적용하고자 하였다면 이 사건 부칙 제3조 제1항에 ‘제42조’를 포함하지 않거나 적어도 그 부칙 규정의 적용범위를 다시 제한하였어야 하고, 나아가 종래 보유하던 주식을 장래 어느 시점까지 처분하도록 유예기간을 두었어야 한다(구 상속세및증여세법 제49조 제1항 각 호 참조). 만일 그러한 유예기간을 두지 않은 채 개정된 제42조를 시행일(2008. 2. 22.)부터 곧바로 적용한다면, 그 시행 직후부터 순차로 사업연도 종료일이 도래하는 공익법인들은 기존 보유주식을 처분할 기회조차 갖지 못한 채 구 상속세및증여세법 제78조 제4항에 따른 초과보유 가산세를 부과받게 되는 결과가 되는바, 이는 상당히 불합리한 제재를 가하는 입법을 한 셈이 된다. ④ 피고는, 구 상속세및증여세법 제49조 제1항은 구 상속세및증여세법 부칙 제3조의 경과규정에 포함되어 있지 아니한 점, 2008년 개정 시행령 제42조가 규정하는 성실공익법인은 주식의 보유에 관한 것으로서 지속적인 관리가 요구되는 개념인데 비하여 이 사건 부칙 제3조 제1항은 주식의 출연시기나 취득시기를 기준으로 적용시점을 정하고 있어 위 시행령 제42조의 규정취지에 부합하지 않는 점 등에 비추어, 위 부칙 제3조 제1항은 위 시행령 제42조에 관하여 적용되어서는 아니 된다고 주장한다. 살피건대, 구 상속세및증여세법 제49조 제1항은 2007년 개정 전 상속세및증여세법 제49조 제1항과 동일한 규정으로서 당시 개정되지 않았고, 구 상속세및증여세법 제49조 제1항 단서 전단은 주식보유기준 적용제외대상인 공익법인에 관하여 대통령령에 위임하는 내용일 뿐이므로, 구 상속세및증여세법 부칙 제3조에 구 상속세및증여세법 제49조 제1항을 포함하여 규정할 이유가 없었다. 한편 2008년 개정 시행령 제42조는 구 상속세및증여세법 제49조 제1항 단서 전단의 주식보유기준 적용제외대상인 공익법인에 관하여 ‘성실공익법인’이라고 규정하고 있고, 그 취지는 어디까지나 공익법인이 주식을 보유하는 현재를 기준으로 주식보유기준을 충족하여야 한다는 것으로 볼 수는 있지만, 위 시행령 개정에 따라 강화된 요건을 적용받는 주식의 범위에 관하여 공익법인이 종래 보유하던 주식도 포함할 것인지, 아니면 새로 출연받거나 취득하는 주식에 대하여서만 강화된 주식보유기준을 적용할 것인지는 입법정책의 문제로 보인다. 이에 관하여 이 사건 부칙 제3조 제항이 위와 같이 분명한 경과규정을 두고 있는 이상 피고가 주장하는 위 시행령 제42조 등의 규정취지만 들어 이 사건 부칙의 명문규정에 반하는 해석을 할 수 없고, 오히려 피고의 주장을 받아들인다면 조세법률주의가 지향하는 예측가능성을 심각하게 훼손하는 결과가 될 것이다. 4) 구체적인 판단 원고는 2009 사업연도까지 그 운용소득의 90/100 이상을 직접 공익목적사업에 사용함으로써 2007년 개정 전 상속세및증여세법 제49조 제1항 단서 전단 및 그 위임에 따른 2008년 개정 전 시행령 제42조 제1항에 규정된 성실공익법인에 해당하는 사실, 원고는 1996년 개정 상속세및증여세법 제49조 제1항에 규정된 공익법인 주식보유기준 제도가 시행될 당시인 1996. 12. 31.을 기준으로 ○○○○ 주식회사 주식지분의 16.2%, ○○○○○○주식회사 주식지분의 49% 및 □□□□ 주식회사 주식지분의 49%를 각 보유하고 있었고, 그 후부터 현재까지 위 보유주식에는 아무런 변동이 없는 사실은 앞서 본 바와 같다. 이러한 사실관계를 앞서 설시한 해석론에 비추어 보면, 원고는 2008 사업연도 및 2009 사업연도에 구 상속세및증여세법 제49조 제1항 단서 전단의 주식보유기준 적용제외대상인 성실공익법인에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 원고가 성실공익법인에 해당하지 아니함을 전제로 한 이 사건 각 처분은 위법하므로 취소되어야 한다. 원고의 주장은 이유 있다. 3. 결 론 그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2020구합77435

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[ 참조조문 ]

상속세및증여세법 제16조 제48조 제49조 제78조

[ 사건명 태그]

상속증여세

[ 참조조문 태그 ]

상속세및증여세법 제78조 상속세및증여세법 제49조 상속세및증여세법 제16조 상속세및증여세법 제48조

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