국민권익위원회 2012-10971, 2012. 11. 13., 인용

【재결요지】 1) 청구인들 행위가 「사립학교법」 제20조의2제1항의 임원취인승인 취소사유에 해당하는지 가) 「사립학교법」 제20조의2제1항제1호 해당 여부 (1) ○○발전기금의 회계처리 관련 우선 청구인들은 교비회계에 속하는 수입을 정한 구 「사립학교법 시행령」 제13조제1항 각 호에 기부금이나 발전기금이라는 항목이 없고, 「사학기관 재무ㆍ회계 규칙에 대한 특례규칙」은 기부금 수입을 법인회계와 학교회계 모두의 수입항목으로 할 수 있도록 정하고 있는 점 등을 고려하면 이 사건 학교법인이 ○○○대 총장이 모금한 ○○발전기금을 법인회계의 기부금 수입으로 세입처리한 후 법인 전출금 명목으로 교비회계로 전출한 것은 「사립학교법」 제29조에 위반되지 않고, 따라서 청구인들의 직무수행이 같은 법 제20조의2제1항제1호의 사유에 해당하지 않는다고 주장한다. 「사립학교법」 및 같은 법 시행령, 「사학기관 재무ㆍ회계 규칙에 대한 특례규칙」은 법인회계와 교비회계를 엄격히 구분하여 정하고 있고, 「사립학교법」 제29조제6항은 ‘교비회계에 속하는 수입은 다른 회계에 전출하거나 대여할 수 없다. 다만 차입금의 원리금을 상환하는 경우에는 그러하지 아니하다’고 정하고 있으므로 교비회계의 세입에 속하는 수입을 법인회계의 계좌로 입금받아 법인회계의 세입으로 처리하거나 법인회계의 세출에 속하는 경비를 교비회계의 세출로 처리하였다면 이는 「사립학교법」 제29조를 위반한 것이 될 것인바, ① ○○발전기금은 ○○○대 총장이 ○○○대의 교육환경 및 연구환경을 개선하기 위하여 창학추진위원회 규정, 발전기금 관리규정에 따라 모금한 것으로서 그 성질상 법인의 업무에 속하는 회계의 세입이라고 보기 어려운 점, ② 구 「사립학교법 시행령」 제13조제1항제9호가 ‘기타 학교법인의 수입으로서 다른 회계에 속하지 아니하는 수입’이라고 하여 교비회계의 세입에 속하는 수입을 포괄적으로 정하고 있는 점, ③ 「사학기관 재무ㆍ회계 규칙에 대한 특례규칙」 제17조제1항 및 별표 1과 별표 3에 따르면 기부금 수입을 법인회계와 학교회계 모두의 수입항목 및 운영수익 적용대상으로 정하고 있으나, 이는 학교법인과 학교 모두 각자의 기부금 수입을 세입처리할 수 있다는 의미일 뿐 다른 회계의 세입에 속하는 기부금 수입을 자신의 회계로 세입처리할 수 있다는 것으로 해석할 수는 없는 점 등을 종합하면, ○○발전기금은 교비회계의 세입에 속하는 수입이라고 할 것이다. 따라서 청구인 □□□는 ○○발전기금을 법인회계 계좌로 입금 받아 법인회계의 기부금 수입으로 세입처리하고 이를 ○○○대에 법인전출금으로 지출하도록 결재함으로써 「사립학교법」 제29조, 제19조제1항을 위반하였다고 할 것이고, 나머지 청구인들은 각각 이사회에 회계부정사실을 지적하지 아니하고 이사회 운영과 그 업무에 관한 사항은 적절하며 법인 및 대학에 대한 감사 결과 「사학기관 재무ㆍ회계 규칙」에 따라 적정하게 처리된 것으로 보고함으로써 「사립학교법」 제19조제4항을 위반하였다고 할 것이므로 청구인들의 이와 같은 행위는 「사립학교법」 제20조의2제1항제1호에 해당한다. (2) 학교시설 사용료의 회계처리 관련 2004회계연도부터 2007회계연도까지 ○○○대 총장 ◎◎◎은 외부 업체와 학교시설에 관한 운영위탁계약을 체결하면서 임대료 이외에 별도로 학교와 협의하여 발전기금을 납부하기로 한 경우 이에 따라야 한다는 조항을 삽입하였고, ○○○대 총장 ◎◎◎은 외부업체와 별도의 계약을 체결하여 학교시설 사용료를 ○○발전기금 명목으로 지급받은 사정을 이 사건 학교법인에 알리지 않은 사실, ○○○대 *****팀장은 ○○발전기금의 명목으로 지급받은 돈을 학교시설 사용료가 아닌 ○○발전기금의 세부항목인 후생복지기금 및 일반발전기금으로 표시하여 법인회계로 입금한 사실, ○○회계법인도 이 사건 학교법인에 대한 외부회계감사 시 이러한 사실을 발견하지 못하고 적정으로 감사의견을 낸 사실 등이 확인되는바, 이러한 사정에 비추어 보면 청구인들이 학교시설 사용료가 ○○발전기금 명목으로 지급되었다는 사실을 알고 있었던 것으로 단정하기는 어렵다고 판단된다. 다만 설령 청구인들이 학교시설 사용료가 ○○발전기금 명목으로 지급되었다는 사실을 알지 못하였다고 하더라도 앞서 본 바와 같이 ○○발전기금이 교비회계의 세입에 속하는 수입인 이상 청구인 □□□는 ○○발전기금 명목으로 지급받은 학교시설 사용료를 법인계좌로 입금 받아 법인회계의 기부금 수입으로 세입처리하고 이를 ○○○대에 법인전출금으로 지출하도록 결재함으로써 「사립학교법」 제29조를 위반한 것이고, 나머지 청구인들은 각각 이사회에 회계부정사실을 지적하지 않고 이사회 운영과 그 업무에 관한 사항은 적절하며 법인 및 대학에 대한 감사결과 사학기관 재무ㆍ회계 규칙에 따라 적정하게 처리된 것으로 보고함으로써 「사립학교법」 제19조제4항을 위반하였다고 할 것이므로 청구인들의 이와 같은 행위는 결국 「사립학교법」 제20조의2제1항제1호의 사유에 해당한다고 할 것이다. (3) 부가가치세 납부 관련 학교시설의 사용료 및 이용료가 교비회계에 속하는 수입인 점(구 「사립학교법 시행령」 제13조제1항제3호), 외부 업체와 학교시설에 대한 위탁운영계약을 체결하고 ○○발전기금 명목으로 학교시설의 사용료를 지급받은 주체가 ○○○대 총장인 점, 「사학기관 재무ㆍ회계 규칙에 대한 특례규칙」 제17조제1항 및 별표 1과 별표 3에 따르면 법인 및 학교가 부담하여야 할 제세 공과금을 법인회계와 학교회계 모두의 지출항목 및 운영비용 적용대상으로 정하고 있는 점, ○○○대가 총장의 결재를 거쳐 부가가치세 및 가산세를 직접 납부한 점 등을 종합하면, 학교시설의 사용료에 대한 부가가치세 및 가산세는 구 「사립학교법 시행령」 제13조제2항제2호가 정한 학교교육에 직접 필요한 시설 설비를 위한 경비 또는 제5호가 정한 기타 학교교육에 직접 필요한 경비에 해당하여 교비회계의 세출에 속하는 경비라고 할 것이다. 따라서 ○○○대가 학교시설 사용료를 ○○발전기금 명목으로 지급받은 후 이에 대한 부가가치세 신고를 누락하였다가 서울지방국세청으로부터 부과받은 부가가치세 및 가산세를 교비회계에서 지출하였다고 하여 청구인들이 「사립학교법」 등 관계법령을 위반하여 「사립학교법」 제20조의2제1항제1호의 사유에 해당한다고는 할 수 없다. 나) 청구인들이 「사립학교법」 제20조의2제1항제2호의 사유에 해당하는지 여부 「사립학교법」 제20조의2제1항제2호는 임원취임승인의 취소사유의 하나로 임원간의 분쟁ㆍ회계부정 및 현저한 부당 등으로 인하여 당해 학교운영에 중대한 장애를 야기한 경우를 규정하고 있으므로 이에 해당하려면 임원간의 분쟁ㆍ회계부정 및 현저한 부당 등이 있어야 할 뿐만 아니라 그로 인하여 학교운영에 중대한 장애를 야기해야 한다. 「사립학교법」 제20조의2제1항제2호가 정하는 학교운영에 중대한 장애를 야기한 경우란 사립학교의 자주성을 확보하고 공공성을 앙양함으로써 사립학교의 건전한 발달을 도모한다는 「사립학교법」의 목적에 비추어 볼 때 단순히 중대한 장애가 발생할 가능성이 있다는 것만으로는 부족하고 재정의 파탄이나 대규모 학내 분규 등 중대한 장애가 발생하여 학교운영의 정상화를 위하여 사립학교의 자율성을 다소 해치는 한이 있더라도 이사취임승인의 취소라는 극단적인 공적 개입이 필요하다고 인정되는 경우를 가리키는 것으로 보아야 할 것이다. 앞서 본 바와 같이 청구인 □□□가 교비회계의 세입에 속하는 ○○발전기금 및 ○○발전기금 명목의 학교시설 사용료를 법인회계 계좌로 입금 받아 법인회계의 기부금 수입으로 세입처리하고, 이를 다시 ○○○대에 법인전출금으로 지출하도록 결재한 것은 회계부정 등에 해당하고, 청구인 ▲▲▲, △△△, ◇◇◇, ∇∇∇이 각각 이사회에 부당한 회계처리사항을 지적하지 아니하고 이사회 운영과 그 업무에 관한 사항은 적절하며 법인 및 대학에 대한 감사 결과 「사학기관 재무ㆍ회계 규칙」에 따라 적정하게 처리된 것으로 보고한 것은 현저한 부당 등에 해당하는 것으로 볼 수 있다고 할 것이나, ○○발전기금 및 ○○발전기금 명목의 학교시설 사용료 전액이 법인회계에 세입처리된 당일 다시 교비회계 계좌로 입금된 점에 비추어 볼 때 청구인들의 위와 같은 행위로 인하여 학교운영에 중대한 장애가 야기되었다고 보기 어려우므로, 청구인들의 행위가 「사립학교법」 제20조의2제1항제2호의 사유에 해당한다고 할 수 없다. 다) 소결론 결국 피청구인이 이 사건 처분 사유로 제시한 청구인들의 행위 중 ○○발전기금 및 ○○발전기금 명목의 학교시설 사용료의 회계처리와 관련한 행위는 「사립학교법」 제29조 및 제19조 등을 위반한 것으로서 「사립학교법」 제20조의2제1항제1호의 임원취임승인취소 사유에 해당한다고 할 것이다. 2) 이 사건 처분이 재량권의 일탈ㆍ남용에 해당하는지 여부 제재적 행정처분이 사회통념상 재량권의 범위를 일탈하거나 남용하였는지 여부는 처분사유로 된 위반행위의 내용과 당해 처분행위에 의하여 달성하려는 공익목적 및 이에 따르는 제반 사정 등을 객관적으로 심리하여, 공익침해의 정도와 그 처분으로 인하여 개인이 입게 될 불이익을 비교ㆍ교량하여 판단하여야 한다(대법원 2002. 2. 5. 선고 2001두7138 판결 참조). 생각건대 ① 이 사건 학교법인은 ○○○대가 기부자에게 총장 명의의 영수증을 발행하고 모금한 ○○발전기금과 ○○발전기금 명목의 학교시설 사용료를 ○○○대 계좌로부터 법인회계 계좌로 입금받아 법인회계 기부금 수입으로 세입처리하였으나 세입처리한 당일 그 전액을 교비회계로 전출하여 반환하였으므로 교비회계에 속하는 수입의 전출에 관한 직무위반행위는 위반행위가 행해진 당일 현실적으로 시정이 완료되었다고 보아야 할 것인 점, ② 2000년경부터 이 사건 학교법인의 외부회계 감사인으로 선임된 ○○회계법인은 위와 같은 이 사건 학교법인의 ○○발전기금에 대한 회계처리방식이 「사립학교법」 제29조에 위반된다는 사실을 지적하지 않고 이를 적정한 것으로 인정하였으며, 2005년경 기부금의 액수가 크게 늘어나자 ○○발전기금의 회계처리에 대한 명확한 규정을 만들 것을 권고하여 ○○○대 총장 ◎◎◎은 이 사건 학교법인과 협의하여 2005. 4. 25. 종전의 회계처리방식을 명문화한 발전기금 관리규정을 제정하고 그에 따라 회계처리를 해왔는바 청구인들은 회계전문가인 ○○회계법인의 감사결과와 권고사항을 신뢰할 수 밖에 없었던 것으로 보이는 점, ③ ○○회계법인은 교비회계의 세입에 속하는 수입을 정한 구 「사립학교법 시행령」 제13조제1항 각 호에 기부금이나 발전기금 항목이 없고 「사학기관 재무ㆍ회계 규칙에 대한 특례규칙」은 기부금 수입을 법인회계와 학교회계 모두의 수입항목으로 할 수 있도록 정하고 있었음을 고려하여 이 사건 학교법인의 ○○발전기금에 대한 회계처리방식이 적정하다고 판단한 것으로 보이고, 2012. 7. 4. 「사립학교법 시행령」(대통령령 제23974호)을 개정하면서 학교가 학교교육에 사용할 목적으로 받은 기부금을 교비회계의 수입으로 처리할 수 있는 명확한 법적 근거를 마련하기 위하여 제13조제1항 각 호의 수입 중 하나로 ‘학교가 학교교육에 사용할 목적으로 받은 기부금’ 규정(제13조제1항제8호의2)을 신설한 점, ④ 이 사건 학교법인의 ○○발전기금 및 학교시설 사용료에 대하여 법인회계의 기부금 수입으로 세입처리하고 다시 법인 전출금으로 세출처리하는 회계처리방식은 ○○○대 총장 ◎◎◎이 1995년 창학추진위원회 규정을 제정하면서부터 시작되었고 청구인 □□□는 1998년 10월경 이 사건 학교법인의 이사장으로 취임하여 종전 회계처리 방식을 그대로 따른 것으로 보이는 점, ⑤ 학교시설에 대한 임대차계약 체결 및 사용료의 수납은 ○○○대 총장에게 권한이 있어 ○○○대의 주도하에 학교시설 사용료를 ○○발전기금으로 전환하여 법인회계로 전입한 것으로 보이고, ○○회계법인도 이 사건 학교법인에 대한 외부회계감사 시 ○○○대가 학교시설 사용료를 ○○발전기금 명목으로 수납한 사실을 밝혀내지 못한 채 다른 ○○발전기금의 회계처리와 마찬가지로 적정하다는 감사의견을 낸 사실 등에 비추어 보면 청구인들이 학교시설 사용료에 관한 회계처리 방식에 관하여 알고 있었다고 단정하기는 어려운 점, ⑥ 교비회계에 속하는 수입금의 전용 자체만으로 곧바로 불법영득의사를 실현하는 횡령행위가 된다고 할 수는 없다할 것인데, 이 사건 학교법인의 회계처리방식이 시작된 경위와 실행 형태 및 결과 등 앞서 본 여러 사정에 비추어 보면 청구인 □□□의 경우 횡령을 하고자 하는 불법영득의사는 없었다고 판단되고, 청구인들의 직무위반이 비위의 정도가 중대한 경우에 해당한다고 보기도 어려울 뿐 아니라 그로 인하여 학교운영에 중대한 장애를 야기하였다고 인정하기도 곤란한 점, ⑦ ○○발전기금 및 학교시설 사용료는 모두 교비회계의 경상비전입금 또는 자산전입금으로 세입처리되었을 뿐 법정부담전입금으로 세입처리된 것이 아니므로 이 사건 학교법인이 납부할 의무가 있는 법정부담전입금을 납부한 것처럼 회계처리한 것이 아니며, 피청구인은 청구인들의 행위로 인하여 ○○○대의 등록금이 인상되고 장래 국고보조금이 줄어든다는 듯이 주장하지만 법인회계 계좌로 입금된 금액이 당일 전액 교비회계로 전출된 것으로 확인되고 기부 목적 외의 타 용도로의 전용 등은 발견되지 않았음을 감안하면 청구인들의 행위로 인하여 교비회계의 세입의 감소가 초래된 것이 아니므로 피청구인이 제기하는 문제 발생의 우려는 없다고 보이는 점, ⑧ 청구인들이 대학종합평가에서 우수한 결과를 얻기 위하여 부당한 회계처리를 하였다고 하더라도 앞서 본 바와 같이 ○○발전기금 및 학교시설 사용료에 대한 처분 권한이 ○○○대 총장에게 있으므로 부당한 회계처리의 주된 책임 역시 ○○○대 총장에게 있다고 보이고, ○○○대 총장과 청구인들이 법인전출금 액수를 늘려 대학종합평가에서 우수한 결과를 얻고자 한 의도 역시 청구인들의 사익을 추구하기 위한 것으로 보이지 않는 점, ⑨ 피청구인은 감사원의 종합감사결과를 바탕으로 학교법인 명의의 영수증을 발급하고 모금한 기부금을 법인회계로 처리한 후 동 기부금 중 일부를 법인 인건비 및 운영비 등 당초의 기부목적과 다른 용도로 유용한 사실이 발견된 다른 학교법인에 대하여는 주의 조치를 하는데 그쳤는바, 이와 같은 타 학교법인들의 행위가 모금한 기부금을 법인회계로 전입하였다가 전액을 당일 교비회계로 전출한 이 사건 학교법인의 회계처리 방식과 비교하여 교육행정 목적의 달성을 저해할 위험성이 낮다고 단정하기는 어려운 점 등을 종합하여 고려하면, 청구인 □□□의 부당한 회계처리로 인한 이사장으로서의 직무위반행위와 청구인 ▲▲▲, △△△, ***, ∇∇∇의 감사로서의 직무위반행위를 이유로 청구인들의 임원자격을 박탈하는 이 사건 처분은 청구인들에게 지나치게 가혹하여 비례의 원칙에 위반된다고 할 것이므로 재량권을 일탈ㆍ남용한 위법이 있다. 또한 청구인 ▲▲▲의 이사 직위에 대한 임원취임승인의 취소처분은 전 감사 직위에 대한 임원취임승인의 취소처분이 있다는 사실을 그 처분사유로 하고 있는바, 전 감사 직위에 대한 임원취임승인의 취소 처분이 위와 같은 이유로 위법한 이상 마찬가지로 위법하다 할 것이다. 3) 결론 그렇다면 이 사건 처분 사유 중 청구인들이 ○○발전기금 및 ○○발전기금 명목의 학교시설 사용료를 교비회계로 처리하지 않고 법인회계의 계좌로 입금한 후 ○○○대에 법인전출금으로 지출하도록 결재하거나 이와 같은 회계처리에 관하여 적정한 것으로 보고한 행위는 각각 이사장 및 감사로서의 직무상 의무를 위배한 것으로 「사립학교법」상 임원취임승인 취소의 사유가 될 수 있다고 할 것이나, 청구인들의 위반행위의 내용, 임원취임승인 취소를 통해 달성하려는 공익목적 및 그에 따른 제반 사정 등을 종합적으로 감안하여 공익침해의 정도와 처분으로 입게 되는 청구인들의 불이익을 비교ㆍ교량할 때 이 사건 처분은 사회통념상 현저하게 타당성을 상실한 것으로서 피청구인이 임원취임승인 취소 여부를 결정함에 있어 부여받은 재량권을 일탈ㆍ남용한 경우에 해당한다고 할 것이므로, 결국 피청구인의 이 사건 처분은 위법ㆍ부당하다고 할 것이다. 【주문】 피청구인이 2012. 4. 4. 청구인들에게 한 임원취임승인 취소처분을 모두 취소한다. 【청구취지】 주문과 같다. 【이유】 1. 사건개요 가. 학교법인 ○○학원(이하 ‘이 사건 학교법인’이라 한다)은 19**. *. **. 설립되어 ○○○대학교(이하 ‘○○○대’라 한다), ○○○고등학교, ○○○중학교를 설치ㆍ운영하고 있고, 청구인들은 이 사건 학교법인의 전현직 임원이다. 나. 피청구인은 이 사건 학교법인이 ① 2004회계연도부터 2009회계연도까지 ○○○대 총장이 모금한 ○○발전기금 총 39,573,827,012원의 학교 교육 목적의 기부금을 법인회계 기부금으로 세입처리한 후 이를 다시 기부금의 기부 목적과 다르게 교비회계 법인전출금으로 지출하고, ② 2004회계연도부터 2007회계연도까지 ○○○대가 학교시설위탁운영계약을 체결한 업체로부터 납부받은 학교시설사용료 등 수입 총 2,379,482,922원을 ○○발전기금 명목으로 납부하게 하여 이를 법인회계 기부금으로 세입처리한 후 교비회계 법인전출금으로 지출처리하였으며, ③ 동 시설사용료에 대한 부가가치세 신고 누락으로 이 사건 학교법인에 부과된 부가가치세 309,701,000원을 교비회계에서 납부하도록 하였는바, 이 과정에서 청구인 □□□는 ○○○대로부터 입금된 자금을 이사회 심의ㆍ의결없이 법인회계 기부금 수입으로 세입처리하고 이를 다시 기부목적과 다르게 ○○○대에 법인전출금으로 지출하도록 결재하는 등 부당한 회계처리에 직접 관여하였고, 나머지 청구인들은 이 사건 학교법인과 ○○○대의 부당한 회계처리에 대하여 이 사건 학교법인에 적정하게 처리된 것으로 보고하는 등 감사로서의 직무를 현저하게 소홀히 하였다는 이유로, 2012. 4. 4. 청구인들에게 임원취임승인 취소처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다. 2. 청구인들 주장 가. 「사립학교법」 제20조의2제1항제1호(법령위반) 사유 부존재 1) 교비회계의 세입에 속하는 수입을 정한 구 「사립학교법 시행령」(2012. 7. 24. 대통령령 제23974호로 개정되어 2012. 7. 27. 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제13조제1항 각 호에 기부금이나 발전기금이라는 항목이 없는 점, 「사학기관 재무ㆍ회계 규칙에 대한 특례규칙」은 기부금 수입을 법인회계와 학교회계 모두의 수입항목으로 할 수 있도록 정하고 있는 점 등을 고려하면 이 사건 학교법인이 ○○○대 총장이 모금한 ○○발전기금을 법인회계의 기부금 수입으로 세입처리한 후 법인 전출금 명목으로 교비회계로 전출한 것은 「사립학교법」 제29조에 위반되지 않으므로 청구인들의 행위가 같은 법 제20조의2제1항제1호의 사유에 해당한다고 할 수 없다. 2) 학교시설 사용료를 임대료가 아닌 ○○발전기금 명목으로 지급받은 것은 ○○○대가 주도한 것이고 이 사건 학교법인은 학교시설 사용료 역시 기부금으로 알고 법인회계에 세입처리한 것이므로 이에 관여한 청구인들의 행위 역시 「사립학교법」 제20조의2제1항제1호의 사유에 해당한다고 할 수 없다. 3) 나아가 학교시설에 대한 임대차계약을 체결하고 임대료나 사용료를 받는 주체는 ○○○대로서 임대료나 사용료에 대한 부가가치세의 납부주체는 ○○○대가 되어야 하므로 실질과세의 원칙상 교비회계에서 부가가치세가 납부된 것이 법령에 반한다고 할 수 없고, 따라서 이에 관여한 청구인들의 행위가 「사립학교법」 제20조의2제1항제1호의 사유에 해당한다고 할 수 없다. 나. 「사립학교법」 제20조의2제1항제2호(학교운영에 중대한 장애를 야기한 경우) 사유 부존재 「사립학교법」 제20조의2제1항제2호 소정의 학교운영에 중대한 장애를 야기한 때란 실제로 학교운영에 중대한 장애가 발생한 때를 말하는 것이지 학교운영에 중대한 장애가 발생할 구체적 위험이 발생하였다고 판단되는 경우를 말하는 것이 아니다. 청구인들이 부당한 회계처리에 직접 관여하였다거나 감사의 직무를 소홀히 하였다고 하더라도 실제로 ○○○대의 운영에 중대한 장애가 발생하지 않았으므로 청구인들의 행위가 「사립학교법」 제20조의2제1항제2호의 사유에 해당한다고도 할 수 없다. 다. 임원취임승인 취소처분에 관한 재량의 일탈ㆍ남용 청구인들에게 임원취임승인 취소의 처분사유가 존재한다고 하더라도 이 사건 학교법인이 ○○발전기금을 법인회계로 세입처리한 것은 관련 법령의 미비에서 비롯된 것인 점, 피청구인 역시 관련 법령의 미비로 인한 문제점을 인식하고 최근에서야 구 「사립학교법 시행령」을 개정하여 학교가 받은 기부금을 교비회계의 세입에 속하는 수입항목으로 정한 점, 이 사건 학교법인이 법인회계로 세입처리한 ○○발전기금 전액을 세입처리한 당일 교비회계로 전출하였고 청구인들이 개인적으로 취한 이익이 전혀 없어 횡령이라고 볼 수 없는 점, ○○발전기금을 법인회계로 세입처리한 것은 ○○○대가 주도한 것이고 이 사건 학교법인은 ○○○대가 법인전입금을 늘려 대학종합평가인증에서 높은 평가를 받도록 하기 위하여 협조하였을 뿐인 점, 임원취임승인 취소처분보다 가벼운 임원에 대한 경고나 주의조치만으로도 충분히 행정목적을 달성할 수 있는 점, 피고가 기부금에 대하여 이 사건 학교법인과 같은 방식으로 회계처리를 하였으면서도 기부금을 전액 교비회계로 전출하지 않은 다른 학교법인에 대하여는 경고나 주의조치를 함에 그친 점 등을 종합하여 고려하면 이 사건 처분은 비례의 원칙, 형평의 원칙에 위배되어 재량권을 일탈ㆍ남용한 위법이 있다. 라. 신뢰보호의 원칙 위배 이 사건 학교법인의 ○○발전기금에 대한 종전 회계처리방식은 1995년부터 2009년까지 14년간 관련 법령의 미비로 자체 규정에 따라 관행적으로 운영되어 왔음에도 피청구인이 이에 대하여 장기간 아무런 문제를 삼지 않다가, 한 차례의 경고도 하지 않은 채 갑자기 종전 관리방식을 이유로 이 사건 처분을 한 것은 신뢰보호의 원칙에 위배된다. 마. 「사립학교법」 제20조의2제2항의 시정요구 절차 결여 「사립학교법」 제20조의2제2항에 의하면 같은 조 제1항 각 호의 사유에 해당하여 임원취임승인 취소를 하더라도 관할청이 학교법인에게 그 사유를 들어 시정을 요구한 날로부터 15일이 경과하여도 이에 응하지 않는 경우에 하여야 하는데, 피청구인이 「사립학교법」 제20조의2제2항의 시정요구 절차도 없이 이 사건 처분을 한 것은 위법하다. 바. 임기 만료된 임원에 대한 위법한 처분 청구인 △△△, ◇◇◇, ∇∇∇의 경우에는 이 사건 처분 당시 이미 임기가 만료하였는바, 이 사건 처분은 취소할 대상이 없음에도 불구하고 이를 간과하고 행하여진 처분이어서 위법하다. 또한 오래 전 감사로 활동하다가 2006. 5. 31. 임기가 만료되었고 현재 이사로 재직 중인 청구인 ▲▲▲에 대한 이 사건 처분은 신의성실의 원칙에서 파생된 실권의 법리에 위반된다. 사. 「행정절차법」상 사전통지의무ㆍ고지의무 위반 피청구인은 이 사건 처분을 함에 있어서 「행정절차법」 제20조에 의한 사전통지를 제대로 이행하지 않았고, 같은 법 제26조에서 규정한 불복절차에 관한 고지의무도 준수하지 아니한 절차상의 위법이 있다. 3. 피청구인 주장 가. 청구인들의 「사립학교법」 위반사실 및 위반 정도의 중대성에 대하여 1) ○○발전기금의 처리와 관련한 위법 사실 「사립학교법」 제29조 및 같은 법 시행령 제13조에 따르면 학교법인의 회계는 학교회계와 법인회계로 구분되고 학교회계는 교비회계와 부속병원회계로 구분되며 학생으로부터 징수하는 입학금, 수업료 등으로 이루어지는 교비회계는 이를 다른 회계에 전출하거나 대여할 수 없는 등 그 용도를 엄격히 제한하고 있고, 대법원은 사립학교의 교비회계 자금을 다른 용도에 사용한 경우 그 자체로 횡령죄가 성립한다고 판시하고 있는바, 이 사건 학교법인은 총장이 모금한 학교 교육 목적의 기부금을 법인회계 기부금으로 세입처리한 후 이를 다시 기부금의 기부 목적과 다르게 교비회계 법인전출금으로 지출함으로써 위 「사립학교법」 규정을 위반한 것이다. 특히 이러한 회계처리방식을 통해 이 사건 학교법인이 ○○○대에게 대규모 재정지원을 하는 듯한 외관을 만들어 대학종합평가인증제에서 높은 평가를 받으려는 의도로 행한 행위로서 위법성이 더욱 크다. 청구인들은 기부금의 회계처리에 관한 구 「사립학교법 시행령」 규정이 미비하였다고 주장하나, 구 「사립학교법 시행령」 제13조제1항제9호에는 ‘기타 학교법인의 수입으로서 다른 회계에 속하지 않는 수입’도 교비회계의 세입으로 하도록 정하고 있고, 「사학기관 재무ㆍ회계 규칙에 대한 특례규칙」 제17조에 따른 자금계산서 계정과목 명세표 등의 교비회계 란에 기부금 수입 항목을 명시하고 있으므로 기부금 항목이 없어서 학교회계 기부금을 법인 전입금으로 처리한 것이라는 청구인들의 주장은 타당하지 않다. 2) 학교시설 사용료의 회계처리와 관련한 위법 사실 구 「사립학교법 시행령」 제13조제1항제3호는 학교시설의 사용료 및 이용료를 교비회계의 세입항목으로 명시하고 있어 이를 교비회계의 수입으로 세입처리하여야 함에도 불구하고 청구인들은 학교시설 사용료 수입을 법인회계 기부금으로 세입처리한 후 교비회계 법인전출금으로 지출처리함으로써 법령을 위반한 것이고, 청구인들의 이사장 또는 감사로서의 직무를 고려하면 청구인들이 대학재정과 경영의 중요한 사항인 사용료 및 임대료의 처리에 관하여 알지 못하였다는 주장을 납득할 수 없다. 3) 부가가치세의 납부와 관련한 위법 사실 학교시설 사용료의 법인회계전입을 하는 과정에서 동 사용료에 대한 부가가치세가 누락된 사실이 세무조사에서 적발되어 ○○○대는 가산세만 1억여원을 부담하게 되었는바, 이는 사실상 업무상 배임에 해당하는 것이다. 나. 이 사건 처분이 재량권의 일탈ㆍ남용에 해당한다는 주장에 대하여 임원취임승인취소는 사립학교가 교육에서 차지하는 비중을 고려하여 학교법인 임원 개인의 사익적 견지가 아닌 사립학교의 건전한 발달이라는 공익적 견지에서 중점적으로 판단하여야 하는바, 청구인들이 교비회계에 수입처리하여야 하는 ○○발전기금을 법인회계로 처리하여 법인의 자금으로 변경시킨 후 이를 법인전입금으로 전출하는데 가담하고 감사로서의 직무를 게을리한 행위는 대학평가결과의 왜곡 및 피청구인에 의한 대학평가업무의 방해에 해당할 뿐 아니라 사립학교의 건전한 발달을 도모하고자 하는 「사립학교법」의 목적에 정면으로 위배되는 행위로서 중대한 공익침해행위에 해당한다. 더욱이 위법행위가 담당직원의 단순한 실수나 착오에 의한 것이 아니고 임원에 의해 의도적으로 장기간 자행된 점, 발전기금규정 등의 제정을 통해 위법사유를 고착화 하려고 한 점, 발전기금 뿐 아니라 교비회계에 속하는 것이 명백한 학교시설 사용료 등을 발전기금으로 수입처리한 위법이 있고 그 액수가 20억을 훨씬 넘는 점, 기부금의 처리와 관련하여 감사원의 지적을 받은 다른 학교법인들은 학교법인이 발전기금을 모집하고 학교법인 이사장 명의로 기부증서를 발급하였으나 모금된 발전기금 중 일부를 교비회계로 전출하지 않은 행위가 적발된 것이므로 이 사건 학교법인의 회계부정과는 사안이 근본적으로 다른 점 등을 고려하면 이 사건 처분이 재량권을 일탈ㆍ남용한 것이라 볼 수 없다. 다. 임기만료된 임원에 대한 임원취임승인 취소처분이 불가하다는 주장에 대하여 「사립학교법」 제22조제2호에 의하면 ‘제20조의2 규정에 의하여 임원취임의 승인이 취소된 자로서 5년이 경과하지 아니한 자는 학교법인의 임원이 될 수 없는데 임기가 만료된 이사에 대하여 임원취임승인을 취소할 수 없다면 취소사유가 발생한 이사에 대하여 임기만료라는 우연한 사정에 따라 그 긴급처리권이나 차후 학교법인 임원 결격사유 유무가 달라지는 결과가 발생할 수 있을 뿐 아니라, 당해 이사가 사임 등의 방법으로 임원취임승인 취소처분을 회피할 수 있게 되어 형평에 어긋나는 점 등을 고려하면 임원취임승인 취소처분은 처분 당시 임원 뿐 아니라 임기가 만료된 임원의 경우에도 할 수 있다고 보아야 한다. 청구인들은 청구인 ▲▲▲의 경우 오래 전 감사로 활동하다가 임기가 만료되었고 현재 이사로 재직 중인데 이제 와서 감사의 직무를 이유로 이 사건 처분을 한 것은 신의성실의 원칙에서 파생되는 실권의 법리에 위반된다고 주장하나, 위에서 본 바와 같이 임기가 만료된 감사라고 하더라도 그에 대한 임원취임승인의 효력을 소멸시키기 위한 처분을 할 수 있는 것이므로 청구인들의 주장은 수용하기 어렵다. 라. 신뢰보호의 원칙 위배 주장에 대하여 청구인들은 이 사건 학교법인의 회계처리방식이 오랜 관행이라는 이유로 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙에 위배된다고 주장하나, 피청구인은 청구인들의 위법사실을 알고도 장기간 조치를 취하지 않은 것이 아니라 청구인들의 위법행위가 최근에 밝혀지게 되어 비로소 이 사건 처분을 한 것으로 피청구인이 청구인들에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 한 사실이 없고 청구인들이 근거도 없이 가진 신뢰가 보호가치 있는 것이라고 할 수도 없으므로 이 사건에 신뢰보호의 원칙이 적용될 여지는 없다. 마. 「사립학교법」 제20조의2제2항의 시정요구 절차 해태 주장에 대하여 「사립학교법」 제20조의2제2항 단서에 의하면 시정을 요구하여도 시정을 할 수 없는 것이 명백하거나 회계부정, 횡령, 뇌물수수 등 비리의 정도가 중대한 경우에는 시정요구 없이 임원취임의 승인을 취소할 수 있으며, 그 세부적 기준은 대통령령으로 정하도록 되어 있는바, ○○○대에 납입된 기부금이 모두 법인전입금으로 항목 유용 또는 사용되어 버렸고 현재 재단전입금을 전혀 지급하지 못하고 있는 이 사건 학교법인의 현실을 감안하면 피청구인이 시정을 요구하여도 시정을 할 수 없는 것이 명백한 경우에 해당할 뿐 아니라, 청구인들의 회계처리는 그 자체로 형법상 횡령죄에 해당하여 회계부정, 횡령, 뇌물수수 등 비리의 정도가 중대한 경우에 해당하므로 피청구인이 시정요구 절차 없이 이 사건 처분을 한 것이 위법하다고 할 수 없다. 바. 「행정절차법」상 사전통지의무ㆍ고지의무 위반 주장에 대하여 피청구인은 이 사건 처분을 하기에 앞서 기부금회계처리 관련 조사결과 처분 통보를 하여 이 사건 처분에 대한 이의신청을 할 수 있다는 취지를 알렸고, 피청구인이 이 사건 처분의 불복방법에 관한 고지를 별도로 하지 않았다고 하더라도 「행정심판법」 제26조제6항에 의하면 행정청이 심판청구기간을 알리지 아니한 경우 처분이 있은 날로부터 180일 이내에 심판청구를 할 수 있다고 규정된 데서 보이듯이 불복절차를 고지하지 않은 경우 심판청구기간 내지 제소시간을 연장하면 족하고 단지 그 사유만으로 처분이 위법하게 된다고 할 수 없다. 4. 관계법령 사립학교법 제19조, 제20조의2, 제22조제2호, 제29조, 제33조 구 사립학교법 시행령(2012. 7. 24. 대통령령 제23974호로 개정되어 2012. 7. 27. 시행되기 전의 것) 제13조 대학설립ㆍ운영 규정 제7조 사학기관 재무ㆍ회계 규칙 제25조, 제26조, 제43조, 제52조 사학기관 재무ㆍ회계 규칙에 대한 특례규칙 제2조, 제4조, 제6조, 제17조 5. 인정사실 청구인과 피청구인이 제출한 임원취임승인취소 통보서, 기부금 회계처리관련 조사 결과 처분 통보서, ○○○대 제2창학추진위원회 규정, 발전기금관리규정, ○○○대 법인입금 문서, 학교법인의 대체결의서, 예금통장 사본, 감사결과보고서, 고유번호증, 정관, 사업자등록증, 납세고지서, 이사회 회의록, 진술서, 증인신문조서, 주차장 위탁 운영 계약서, 발전기금 수납확인서 등 각 사본에 따르면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다. 가. 이 사건 학교법인은 19**. *. **. 설립되어 ○○○대, ○○○고등학교, ○○○중학교를 설치ㆍ운영하고 있고, 청구인들은 이 사건 학교법인의 전현직 임원인데 그 직위 및 임기는 다음과 같다. - 다 음 -

나. ○○○대 총장이던 ◎◎◎(재임기간: 1994년 3월경 ∼ 2008년 8월경)은 다음과 같은 내용의 ○○○대학교 제2창학추진위원회 규정(이하 ‘창학추진위원회 규정’이라 한다)을 제정하고 1995. 1. 19.부터 이를 시행하여 ○○○대의 발전기금(이하 ‘○○발전기금’이라 한다)을 모금하였다. ○○○대가 ○○발전기금의 기부자에게 총장 명의의 영수증을 교부하고 모금한 ○○발전기금을 ○○○대 계좌에 입금하였다가 이 사건 학교법인 법인계좌에 입금하면 이 사건 학교법인은 ○○발전기금을 법인회계의 기부금 수입으로 세입처리한 후 입금받은 당일 같은 금액을 ○○○대 교비회계(자산전입금 또는 경상비전입금)로 전출하였다. - 다 음 - ○ 창학추진위원회 규정

다. 2000년경부터 이 사건 학교법인의 외부 회계감사인으로 선임된 ○○회계법인은 「사립학교법」 및 동법 시행령이 기부금 또는 발전기금을 법인회계와 교비회계 중 어느 회계의 세입으로 처리해야 하는지에 대한 명확한 규정을 두고 있지 아니하고, 사학기관 재무ㆍ회계 규칙이 기부금 수입을 법인회계와 학교회계 모두의 수입으로 적용할 수 있다고 규정하고 있다는 이유로 ○○발전기금에 대한 종전의 회계처리가 관계 법령에 비추어 적정한 것으로 인정하였는데, 2005년경 ○○발전기금의 금액이 많아지자 ○○○대에 이 사건 학교법인과 합의하여 ○○발전기금의 회계처리에 관한 명확한 규정을 만들 것을 권고하였고, 당시 ○○○대 총장이던 ◎◎◎은 2005. 4. 25. 다음과 같은 내용의 발전기금 관리규정을 제정하여 같은 날부터 시행하였다. - 다 음 - ○ 발전기금 관리규정

라. 이 사건 학교법인은 위 창학추진위원회 규정, 발전기금 관리규정에 따라 2004회계연도부터 2009회계연도까지 ○○○대가 기부자에게 총장 명의의 영수증을 발행하고 모금한 총 39,573,827,012원의 ○○발전기금을 ○○○대 계좌로부터 법인회계 계좌로 입금받아 법인회계 기부금 수입으로 세입처리한 후, 세입처리 당일 자산전입금 또는 경상비전입금 명목으로 교비회계로 전출하였으며, ○○회계법인은 이 사건 학교법인에 대한 위 기간동안의 회계감사결과 위와 같은 회계처리를 적정한 것으로 인정하였다. 마. ○○○대는 2003. 9. 1. ●●● 주식회사(2005년 9월 ◆◆◆◆◆ 주식회사로 상호 변경)와 사이에 다음과 같은 내용의 교내 주차장 위탁운영계약을 체결하면서 별도의 합의서를 통해 사용료를 ○○발전기금 명목으로 정기적으로 납부하도록 약정하고 2004 회계연도에 동 업체로부터 총 104,822,975원을 납부받는 등 2004회계연도부터 2007회계연도까지 20개 업체로부터 같은 방법으로 총 2,379,482,922원의 학교시설 사용료 수입을 납부받았다. - 다 음 -

바. ○○○대는 위와 같이 납부받은 총 2,379,482,922원의 학교시설 사용료를 ○○발전기금 중 후생복지기금 또는 일반발전기금 항목으로 표시하여 법인회계 계좌로 입금하였고, 이 사건 학교법인은 이를 법인회계 기부금으로 세입처리한 후 세입처리 당일 자산전입금 또는 경상비전입금 명목으로 교비회계로 전출하였으며, 한편 ○○회계법인은 후생복지기금 등 명목의 위 금원도 다른 ○○발전기금과 마찬가지로 기부금인 것으로 보아 적정한 회계처리로 인정하였다. 사. ○○○대 전 총장 ◎◎◎의 진술서에 의하면, 학교시설 사용료의 수납은 ○○○대에서 하고 학교법인은 위와 같은 회계처리 방식에 관여한 바가 없다는 점, ○○○대에서 학교법인 측에 기부금의 세부내용을 알려주지 않는 이상 학교법인(이사회)에서는 기부자의 성명만을 보고서 그 기부금이 원래부터 기부금으로 납부된 것인지 혹은 학교시설 사용료가 기부금의 형태로 납부된 것인지 구별할 방법은 없기 때문에 이 사건 학교법인의 이사들은 학교시설 사용료에 대한 회계처리 사실을 전혀 몰랐을 것으로 보인다는 점 등이 기재되어 있다. 한편 ○○회계법인 공인회계사 ○○○의 진술서 등에 의하면, 회계감사는 상대방이 제공하는 장부 등을 기초로 이루어지는데 이 사건 학교법인에 대한 외부회계감사 당시 자료상의 기부자 명칭만을 보고서 기부금 중 일부 금액이 학교시설 사용료가 기부금으로 변환된 것인지를 전혀 파악할 수 없어 문제점을 지적하지 못하고 다른 ○○발전기금과 동일하게 적정한 회계처리로 인정하였으며, 2007년 서울지방국세청의 세무조사를 통해 문제가 밝혀졌다고 되어 있다. 아. 서울지방국세청은 2007년 10월경 이 사건 학교법인에 대하여 세무조사를 한 결과 ○○○대가 2002년 7월경부터 2007년 6월경까지 학교시설 사용료 수입을 ○○발전기금 명목으로 받고도 세금계산서를 교부하지 않고 부가가치세 신고를 누락하였다는 이유로 2007. 11. 19. ○○○대를 사업자로 기재하여 2003년 1기부터 2007년 1기까지 부가가치세 200,637,909원, 가산세 109,063,091원, 합계 309,701,000원의 납세고지를 하였고, ○○○대는 2007. 12. 6. ◎◎◎ 총장의 결재를 받아 교비회계에서 위 세금을 납부하였다. 자. 청구인 □□□는 2004회계연도부터 2009회계연도까지 이 사건 학교법인의 이사장으로서 법인회계에 입금된 ○○발전기금 41,953,309,934원(=기부금 39,573,827,012원 + 학교시설 사용료 2,379,482,922원)을 법인회계 기부금으로 세입처리하고 이를 다시 ○○○대에 자산전입금 또는 경상비전입금 명목으로 전출하도록 결재하였다. 차. 청구인 ▲▲▲은 2004 ∼ 2005회계연도에 관하여, 청구인 △△△은 2009회계연도에 관하여, 청구인 ◇◇◇은 2007 ∼ 2009회계연도에 관하여, 청구인 ∇∇∇은 2004 ∼ 2006회계연도에 관하여 각 이 사건 학교법인의 감사 지위에서 감사보고서를 이사회에 보고하면서 이 사건 학교법인의 ○○발전기금 회계처리방식에 관하여 아무런 지적을 하지 않았고, 이사회 운영과 그 업무에 관한 사항은 적절하며 이 사건 학교법인 및 ○○○대에 대한 감사결과 「사학기관 재무ㆍ회계 규칙」에 따라 적정하게 처리된 것으로 보고하였다. 카. 감사원은 2011. 7. 7.부터 2011. 9. 23.까지 ‘대학 등록금 책정 및 재정운용 실태’에 관한 특정감사를 실시하고 2011년 2월 감사보고서를 작성하였는바 그 요지는 다음과 같다. - 다 음 - ○ 감사실시 개요 - 대학교육의 질이 등록금 수준에 미치지 못한다는 비판 제기 - 대학의 등록금 산정과정을 제3자의 시각에서 객관적으로 살펴보고 대학재정 운용과 회계처리의 투명성을 제고하는 방안을 마련함으로써 대학 구성원들이 보다 객관적인 자료에 입각하여 등록금 문제를 자율적으로 논의할 수 있는 계기를 마련하고자 함 ○ 감사기간 중 29개 사립대학, 6개 국공립대학, 총 35개 대학을 표본으로 2006회계연도부터 2010회계연도까지 재정운용 과정 등을 분석함 ○ 기부금 관련 문제점 지적사항 <요지> - 학교법인이 사립학교를 대신하여 받은 기부금이 법령 미비로 기부대상인 학교(교비회계)로 전출되지 아니하고 법인회계에서 관리되고 있거나 기부목적과 달리 집행됨 - 교육과학기술부에서 「고등교육법」 제5조 및 「사립학교법」 제4조제3항의 규정에 따라 사립학교를 설치ㆍ경영하는 학교법인의 수입금 및 사립학교의 수입금 회계처리에 대한 지도 감독을 하고 있음 - 「사립학교법」 제29조의 규정에 따르면 학교법인의 회계는 학교회계와 법인회계로 구분하되 「사립학교법 시행령」 제13조에서 규정하고 있는 교비회계의 수입금은 다른 회계로 전출할 수 없도록 엄격히 제한하고 있음. 따라서 학교법인이 사립학교를 대신하여 받은 기부금을 법인회계에 세입조치 후 학교에 전출하지 않고 장기간 보관하거나 기부 목적과 다른 용도로 집행되는 일이 없도록 사립학교 기부금을 「사립학교법 시행령」 제13조의 교비회계 수입항목으로 명확히 규정하여 기부대상인 사립학교가 기부 목적에 부합하게 집행할 수 있도록 하는 것이 타당함 - 참고로 법인이나 개인이 「법인세법」 제24조와 「소득세법」 제34조 및 구 「조세특례제한법」 제73조의 구정에 따라 사립학교의 고유목적사업이나 시설비ㆍ교육비ㆍ장학금 또는 연구비의 용도로 기부한 기부금은 모두 기부의 대상이 학교로 되어 있음. 그런데 교육과학기술부에서는 「사립학교법 시행령」 제13조의 교비회계 수입금 대상에 사립학교 기부금을 규정하지 않으면서 「사학기관 재무ㆍ회계 규칙에 관한 특례규칙」 별표 1의 자금계산서 계정과목 명세표에서는 기부금 수입을 기부 목적과 관계없이 법인회계와 학교회계 모두 수입으로 적용할 수 있도록 규정함으로써 학교법인들이 사립학교 기부금을 학교를 대신해 법인회계에 수입처리한 경우 기부목적이 학교인데도 교비회계로 전출하지 않아도 되게 하였음 - 이번 감사기간 중 학교법인들이 학교를 대신하여 받은 사립학교 기부금의 관리 및 집행실태(2006 ∼ 2010회계연도)를 확인한 결과 11개 학교법인이 66,462,000,000원의 사립학교 기부금을 법인회계에 세입조치한 후 교비회계로 전출하지 않았음 - 기부금을 직접 사용한 5개 학교법인들의 사용 내역을 확인해 본 결과 학교법인 A는 주식회사 OO은행 등 5개 업체로부터 B 대학교 시설비ㆍ교육비ㆍ장학금 등의 목적으로 기부받은 기부금 계 7,355,000,000원을 법인회계에 세입 조치한 후 교비회계로는 1,017,829,000원만 전출하고 법인운영비 등으로 5,323,000,000원을 집행한 후 2011년 8월 감사일 현재 1,014,171,000원을 법인회계에서 관리함으로써 1,017,829,000원만 기부 목적대로 집행하고 5,323,000,000원을 기부 목적과 다르게 집행하였음(동 대학교 발전기금 관리규정에는 기부금과 기금은 출연목적 및 용도 내에서만 사용하여야 한다고 되어 있음). 이를 비롯하여 5개 학교법인이 기부금 6,326,900,000원을 법인 운영비 등 기부목적과 다르게 집행하고 있었음 <조치할 사항> 교육과학기술부장관은 - 위 5개 학교법인의 이사장에게 기부금을 기부목적과 다르게 집행하는 일이 없도록 주의를 촉구하고, - 「사립학교법 시행령」 제13조에 학교법인이 기부자로부터 사립학교의 시설비 ㆍ교육비ㆍ장학금 또는 연구비 등의 목적으로 받은 기부금을 교비회계 세입항목으로 규정하는 등 사립학교의 장이 기부금을 기부목적대로 집행할 수 있도록 하는 방안을 마련하시기 바람(통보) 타. 피청구인은 이 사건 학교법인과 ○○○대의 회계처리를 조사한 후 「사립학교법」 제20조의2제2항에 따른 시정요구를 별도로 하지 않고 청문절차를 거쳐 2012. 4. 4. 청구인들에게 다음과 같은 사유를 들어 이 사건 처분을 하였다. - 다 음 - □ 처분사유

6. 이 사건 처분의 위법ㆍ부당 여부 가. 관계법령의 내용 1) 「사립학교법」 제19조제1항에 의하면 이사장은 학교법인을 대표하고 이 법과 정관에 규정된 직무를 행하며 기타 학교법인 내부의 사무를 통할한다고 되어 있고, 같은 조 제3항에 의하면 이사는 이사회에 출석하여 학교법인의 업무에 관한 사항을 심의ㆍ결정하며, 이사회 또는 이사장으로부터 위임받은 사항을 처리한다고 되어 있으며, 같은 조 제4항에 의하면 감사는 학교법인의 재산상황과 회계를 감사하는 일(제1호), 이사회의 운영과 그 업무에 관한 사항을 감사하는 일(제2호), 학교법인의 재산상황과 회계 또는 이사회의 운영과 그 업무에 관한 사항을 감사한 결과 부정 또는 불비한 점이 있음을 발견한 때 이를 이사회와 관할청에 보고하는 일(제3호) 등을 행한다고 되어 있다. 2) 같은 법 제20조의2제1항에 의하면 임원이 다음 각 호의 1에 해당하는 행위를 하였을 때에는 관할청은 그 취임승인을 취소할 수 있다고 되어 있고, 같은 항 제1호에는 ‘이 법, 「초ㆍ중등교육법」 또는 「고등교육법」의 규정을 위반하거나 이에 의한 명령을 이행하지 아니한 때’가, 같은 항 제2호에는 ‘임원간의 분쟁ㆍ회계부정 및 현저한 부당등으로 인하여 당해 학교운영에 중대한 장애를 야기한 때’가 각 규정되어 있다. 같은 조 제2항에 의하면 제1항의 규정에 의한 취임승인의 취소는 관할청이 당해 학교법인에게 그 사유를 들어 시정을 요구한 날로부터 15일이 경과하여도 이에 응하지 아니한 경우에 한하되, 다만 시정을 요구하여도 시정할 수 없는 것이 명백하거나 회계부정, 횡령, 뇌물수수 등 비리의 정도가 중대한 경우에는 시정요구 없이 임원취임의 승인을 취소할 수 있으며 그 세부적 기준은 대통령령으로 정한다고 되어 있다. 구 「사립학교법 시행령」 제9조의2제1항에 의하면 법 제20조의2제2항 단서에 따라 시정요구 없이 임원취임의 승인을 취소할 수 있는 경우로 ‘관할청이 시정을 요구하여도 요구기한 내에 시정할 수 없는 것이 명백한 경우’(제1호), ‘임원이 학교법인 및 학교의 회계 등에서 「대학설립ㆍ운영 규정」 제7조제1항, 「사이버대학 설립ㆍ운영 규정」 제7조제1항 및 「고등학교 이하 각급 학교 설립ㆍ운영 규정」 제13조제1항에 따라 확보하여야 하는 당해 학교법인의 수익용기본재산의 30퍼센트 이상(고등학교 이하의 학교법인의 경우에는 50퍼센트 이상)에 대하여 회계부정한 사실이 법원의 판결 또는 관할청의 감사에 의하여 명백히 확인된 경우’(제2호), ‘임원이 학교법인의 재산을 횡령하거나 교직원 채용 및 시설공사 등과 관련하여 금품을 수수한 사실이 법원의 판결 또는 관할청의 감사에 의하여 명백히 확인된 경우’(제3호)가 각 규정되어 있다. 한편 「사립학교법」 제22조제2호에 의하면 제20조의2의 규정에 의하여 임원취임의 승인이 취소된 자로서 5년이 경과하지 아니한 자는 학교법인의 임원이 될 수 없다고 되어 있다. 3) 「사립학교법」 제29조제1항에 의하면 학교법인의 회계는 그가 설치ㆍ경영하는 학교에 속하는 회계와 법인의 업무에 속하는 회계로 구분한다고 되어 있고, 같은 조 제2항에 의하면 제1항의 규정에 의한 학교에 속하는 회계는 이를 교비회계와 부속병원회계(부속병원이 있는 경우에 한한다)로 구분할 수 있고, 교비회계는 등록금회계와 기금회계로 구분하며, 각 회계의 세입ㆍ세출에 관한 사항은 대통령령으로 정하되 수업료 기타 납부금은 교비회계의 수입으로 하여 이를 별도 계좌로 관리하여야 한다고 되어 있으며, 같은 조 제6항에 의하면 제2항에 따른 교비회계에 속하는 수입은 다른 회계에 전출하거나 대여할 수 없고 다만 차입금의 원리금을 상환하는 경우에는 그러하지 아니하다고 되어 있다. 구 「사립학교법 시행령」 제13조제1항에 의하면 교비회계의 세입은 법령 또는 학칙에 의하여 학교가 학생으로부터 징수하는 입학금ㆍ수업료 및 입학수험료(제1호), 학사관계제증명수수료(제2호), 학교시설의 사용료 및 이용료(제3호), 다른 회계로부터 전입되는 전입금(제4호), 학생의 실험실습에서 생기는 생산품 등의 판매대금(제5호), 교비회계의 운용과정에서 생기는 이자수입(제6호), 교육용 기자재 등의 불용품 매각수입(제7호), 교비회계의 세출에 충당하기 위한 차입금(제8호), 기타 학교법인의 수입으로서 다른 회계에 속하지 아니하는 수입(제9호) 등의 수입으로 한다고 되어 있고, 같은 조 제2항에 의하면 교비회계의 세출은 학교운영에 필요한 인건비 및 물건비(제1호), 학교교육에 직접 필요한 시설ㆍ설비를 위한 경비(제2호), 교원의 연구비, 학생의 장학금, 교육지도비 및 보건체육비(제3호), 제1항제8호의 차입금의 상환원리금(제4호), 기타 학교교육에 직접 필요한 경비(제5호) 등의 경비로 한다고 되어 있다. 4) 「사립학교법」 제33조에 의하면 학교법인의 회계규칙 기타 예산 또는 회계에 관하여 필요한 사항은 교육과학기술부장관이 정한다고 되어 있고, 같은 법의 위임을 받아 제정된 「사학기관 재무ㆍ회계 규칙에 대한 특례규칙」 제17조제1항 및 별표 1과 별표 3에 의하면 기부금 수입을 법인회계와 학교회계 모두의 수입항목 및 운영수익 적용대상으로, 법인 및 학교가 부담하여야 할 제세ㆍ공과금을 법인회계와 학교회계 모두의 지출항목 및 운영비용 적용대상으로 각 정하고 있다. 나. 판 단 1) 청구인들 행위가 「사립학교법」 제20조의2제1항의 임원취인승인 취소사유에 해당하는지 가) 「사립학교법」 제20조의2제1항제1호 해당 여부 (1) ○○발전기금의 회계처리 관련 우선 청구인들은 교비회계에 속하는 수입을 정한 구 「사립학교법 시행령」 제13조제1항 각 호에 기부금이나 발전기금이라는 항목이 없고, 「사학기관 재무ㆍ회계 규칙에 대한 특례규칙」은 기부금 수입을 법인회계와 학교회계 모두의 수입항목으로 할 수 있도록 정하고 있는 점 등을 고려하면 이 사건 학교법인이 ○○○대 총장이 모금한 ○○발전기금을 법인회계의 기부금 수입으로 세입처리한 후 법인 전출금 명목으로 교비회계로 전출한 것은 「사립학교법」 제29조에 위반되지 않고, 따라서 청구인들의 직무수행이 같은 법 제20조의2제1항제1호의 사유에 해당하지 않는다고 주장한다. 「사립학교법」 및 같은 법 시행령, 「사학기관 재무ㆍ회계 규칙에 대한 특례규칙」은 법인회계와 교비회계를 엄격히 구분하여 정하고 있고, 「사립학교법」 제29조제6항은 ‘교비회계에 속하는 수입은 다른 회계에 전출하거나 대여할 수 없다. 다만 차입금의 원리금을 상환하는 경우에는 그러하지 아니하다’고 정하고 있으므로 교비회계의 세입에 속하는 수입을 법인회계의 계좌로 입금받아 법인회계의 세입으로 처리하거나 법인회계의 세출에 속하는 경비를 교비회계의 세출로 처리하였다면 이는 「사립학교법」 제29조를 위반한 것이 될 것인바, ① ○○발전기금은 ○○○대 총장이 ○○○대의 교육환경 및 연구환경을 개선하기 위하여 창학추진위원회 규정, 발전기금 관리규정에 따라 모금한 것으로서 그 성질상 법인의 업무에 속하는 회계의 세입이라고 보기 어려운 점, ② 구 「사립학교법 시행령」 제13조제1항제9호가 ‘기타 학교법인의 수입으로서 다른 회계에 속하지 아니하는 수입’이라고 하여 교비회계의 세입에 속하는 수입을 포괄적으로 정하고 있는 점, ③ 「사학기관 재무ㆍ회계 규칙에 대한 특례규칙」 제17조제1항 및 별표 1과 별표 3에 따르면 기부금 수입을 법인회계와 학교회계 모두의 수입항목 및 운영수익 적용대상으로 정하고 있으나, 이는 학교법인과 학교 모두 각자의 기부금 수입을 세입처리할 수 있다는 의미일 뿐 다른 회계의 세입에 속하는 기부금 수입을 자신의 회계로 세입처리할 수 있다는 것으로 해석할 수는 없는 점 등을 종합하면, ○○발전기금은 교비회계의 세입에 속하는 수입이라고 할 것이다. 따라서 청구인 □□□는 ○○발전기금을 법인회계 계좌로 입금 받아 법인회계의 기부금 수입으로 세입처리하고 이를 ○○○대에 법인전출금으로 지출하도록 결재함으로써 「사립학교법」 제29조, 제19조제1항을 위반하였다고 할 것이고, 나머지 청구인들은 각각 이사회에 회계부정사실을 지적하지 아니하고 이사회 운영과 그 업무에 관한 사항은 적절하며 법인 및 대학에 대한 감사 결과 「사학기관 재무ㆍ회계 규칙」에 따라 적정하게 처리된 것으로 보고함으로써 「사립학교법」 제19조제4항을 위반하였다고 할 것이므로 청구인들의 이와 같은 행위는 「사립학교법」 제20조의2제1항제1호에 해당한다. (2) 학교시설 사용료의 회계처리 관련 위 인정사실에 의하면 2004회계연도부터 2007회계연도까지 ○○○대 총장 ◎◎◎은 외부 업체와 학교시설에 관한 운영위탁계약을 체결하면서 임대료 이외에 별도로 학교와 협의하여 발전기금을 납부하기로 한 경우 이에 따라야 한다는 조항을 삽입하였고, ○○○대 총장 ◎◎◎은 외부업체와 별도의 계약을 체결하여 학교시설 사용료를 ○○발전기금 명목으로 지급받은 사정을 이 사건 학교법인에 알리지 않은 사실, ○○○대 *****팀장은 ○○발전기금의 명목으로 지급받은 돈을 학교시설 사용료가 아닌 ○○발전기금의 세부항목인 후생복지기금 및 일반발전기금으로 표시하여 법인회계로 입금한 사실, ○○회계법인도 이 사건 학교법인에 대한 외부회계감사 시 이러한 사실을 발견하지 못하고 적정으로 감사의견을 낸 사실 등이 확인되는바, 이러한 사정에 비추어 보면 청구인들이 학교시설 사용료가 ○○발전기금 명목으로 지급되었다는 사실을 알고 있었던 것으로 단정하기는 어렵다고 판단된다. 다만 설령 청구인들이 학교시설 사용료가 ○○발전기금 명목으로 지급되었다는 사실을 알지 못하였다고 하더라도 앞서 본 바와 같이 ○○발전기금이 교비회계의 세입에 속하는 수입인 이상 청구인 □□□는 ○○발전기금 명목으로 지급받은 학교시설 사용료를 법인계좌로 입금 받아 법인회계의 기부금 수입으로 세입처리하고 이를 ○○○대에 법인전출금으로 지출하도록 결재함으로써 「사립학교법」 제29조를 위반한 것이고, 나머지 청구인들은 각각 이사회에 회계부정사실을 지적하지 않고 이사회 운영과 그 업무에 관한 사항은 적절하며 법인 및 대학에 대한 감사결과 사학기관 재무ㆍ회계 규칙에 따라 적정하게 처리된 것으로 보고함으로써 「사립학교법」 제19조제4항을 위반하였다고 할 것이므로 청구인들의 이와 같은 행위는 결국 「사립학교법」 제20조의2제1항제1호의 사유에 해당한다고 할 것이다. (3) 부가가치세 납부 관련 학교시설의 사용료 및 이용료가 교비회계에 속하는 수입인 점(구 「사립학교법 시행령」 제13조제1항제3호), 외부 업체와 학교시설에 대한 위탁운영계약을 체결하고 ○○발전기금 명목으로 학교시설의 사용료를 지급받은 주체가 ○○○대 총장인 점, 「사학기관 재무ㆍ회계 규칙에 대한 특례규칙」 제17조제1항 및 별표 1과 별표 3에 따르면 법인 및 학교가 부담하여야 할 제세 공과금을 법인회계와 학교회계 모두의 지출항목 및 운영비용 적용대상으로 정하고 있는 점, ○○○대가 총장의 결재를 거쳐 부가가치세 및 가산세를 직접 납부한 점 등을 종합하면, 학교시설의 사용료에 대한 부가가치세 및 가산세는 구 「사립학교법 시행령」 제13조제2항제2호가 정한 학교교육에 직접 필요한 시설 설비를 위한 경비 또는 제5호가 정한 기타 학교교육에 직접 필요한 경비에 해당하여 교비회계의 세출에 속하는 경비라고 할 것이다. 따라서 ○○○대가 학교시설 사용료를 ○○발전기금 명목으로 지급받은 후 이에 대한 부가가치세 신고를 누락하였다가 서울지방국세청으로부터 부과받은 부가가치세 및 가산세를 교비회계에서 지출하였다고 하여 청구인들이 「사립학교법」 등 관계법령을 위반하여 「사립학교법」 제20조의2제1항제1호의 사유에 해당한다고는 할 수 없다. 나) 청구인들이 「사립학교법」 제20조의2제1항제2호의 사유에 해당하는지 여부 「사립학교법」 제20조의2제1항제2호는 임원취임승인의 취소사유의 하나로 임원간의 분쟁ㆍ회계부정 및 현저한 부당 등으로 인하여 당해 학교운영에 중대한 장애를 야기한 경우를 규정하고 있으므로 이에 해당하려면 임원간의 분쟁ㆍ회계부정 및 현저한 부당 등이 있어야 할 뿐만 아니라 그로 인하여 학교운영에 중대한 장애를 야기해야 한다. 「사립학교법」 제20조의2제1항제2호가 정하는 학교운영에 중대한 장애를 야기한 경우란 사립학교의 자주성을 확보하고 공공성을 앙양함으로써 사립학교의 건전한 발달을 도모한다는 「사립학교법」의 목적에 비추어 볼 때 단순히 중대한 장애가 발생할 가능성이 있다는 것만으로는 부족하고 재정의 파탄이나 대규모 학내 분규 등 중대한 장애가 발생하여 학교운영의 정상화를 위하여 사립학교의 자율성을 다소 해치는 한이 있더라도 이사취임승인의 취소라는 극단적인 공적 개입이 필요하다고 인정되는 경우를 가리키는 것으로 보아야 할 것이다. 앞서 본 바와 같이 청구인 □□□가 교비회계의 세입에 속하는 ○○발전기금 및 ○○발전기금 명목의 학교시설 사용료를 법인회계 계좌로 입금 받아 법인회계의 기부금 수입으로 세입처리하고, 이를 다시 ○○○대에 법인전출금으로 지출하도록 결재한 것은 회계부정 등에 해당하고, 청구인 ▲▲▲, △△△, ◇◇◇, ∇∇∇이 각각 이사회에 부당한 회계처리사항을 지적하지 아니하고 이사회 운영과 그 업무에 관한 사항은 적절하며 법인 및 대학에 대한 감사 결과 「사학기관 재무ㆍ회계 규칙」에 따라 적정하게 처리된 것으로 보고한 것은 현저한 부당 등에 해당하는 것으로 볼 수 있다고 할 것이나, ○○발전기금 및 ○○발전기금 명목의 학교시설 사용료 전액이 법인회계에 세입처리된 당일 다시 교비회계 계좌로 입금된 점에 비추어 볼 때 청구인들의 위와 같은 행위로 인하여 학교운영에 중대한 장애가 야기되었다고 보기 어려우므로, 청구인들의 행위가 「사립학교법」 제20조의2제1항제2호의 사유에 해당한다고 할 수 없다. 다) 소결론 결국 피청구인이 이 사건 처분 사유로 제시한 청구인들의 행위 중 ○○발전기금 및 ○○발전기금 명목의 학교시설 사용료의 회계처리와 관련한 행위는 「사립학교법」 제29조 및 제19조 등을 위반한 것으로서 「사립학교법」 제20조의2제1항제1호의 임원취임승인취소 사유에 해당한다고 할 것이다. 2) 이 사건 처분이 재량권의 일탈ㆍ남용에 해당하는지 여부 제재적 행정처분이 사회통념상 재량권의 범위를 일탈하거나 남용하였는지 여부는 처분사유로 된 위반행위의 내용과 당해 처분행위에 의하여 달성하려는 공익목적 및 이에 따르는 제반 사정 등을 객관적으로 심리하여, 공익침해의 정도와 그 처분으로 인하여 개인이 입게 될 불이익을 비교ㆍ교량하여 판단하여야 한다(대법원 2002. 2. 5. 선고 2001두7138 판결 참조). 생각건대 ① 이 사건 학교법인은 ○○○대가 기부자에게 총장 명의의 영수증을 발행하고 모금한 ○○발전기금과 ○○발전기금 명목의 학교시설 사용료를 ○○○대 계좌로부터 법인회계 계좌로 입금받아 법인회계 기부금 수입으로 세입처리하였으나 세입처리한 당일 그 전액을 교비회계로 전출하여 반환하였으므로 교비회계에 속하는 수입의 전출에 관한 직무위반행위는 위반행위가 행해진 당일 현실적으로 시정이 완료되었다고 보아야 할 것인 점, ② 2000년경부터 이 사건 학교법인의 외부회계 감사인으로 선임된 ○○회계법인은 위와 같은 이 사건 학교법인의 ○○발전기금에 대한 회계처리방식이 「사립학교법」 제29조에 위반된다는 사실을 지적하지 않고 이를 적정한 것으로 인정하였으며, 2005년경 기부금의 액수가 크게 늘어나자 ○○발전기금의 회계처리에 대한 명확한 규정을 만들 것을 권고하여 ○○○대 총장 ◎◎◎은 이 사건 학교법인과 협의하여 2005. 4. 25. 종전의 회계처리방식을 명문화한 발전기금 관리규정을 제정하고 그에 따라 회계처리를 해왔는바 청구인들은 회계전문가인 ○○회계법인의 감사결과와 권고사항을 신뢰할 수 밖에 없었던 것으로 보이는 점, ③ ○○회계법인은 교비회계의 세입에 속하는 수입을 정한 구 「사립학교법 시행령」 제13조제1항 각호에 기부금이나 발전기금 항목이 없고 「사학기관 재무ㆍ회계 규칙에 대한 특례규칙」은 기부금 수입을 법인회계와 학교회계 모두의 수입항목으로 할 수 있도록 정하고 있었음을 고려하여 이 사건 학교법인의 ○○발전기금에 대한 회계처리방식이 적정하다고 판단한 것으로 보이고, 2012. 7. 4. 「사립학교법 시행령」(대통령령 제23974호)을 개정하면서 학교가 학교교육에 사용할 목적으로 받은 기부금을 교비회계의 수입으로 처리할 수 있는 명확한 법적 근거를 마련하기 위하여 제13조제1항 각 호의 수입 중 하나로 ‘학교가 학교교육에 사용할 목적으로 받은 기부금’ 규정(제13조제1항제8호의2)을 신설한 점, ④ 이 사건 학교법인의 ○○발전기금 및 학교시설 사용료에 대하여 법인회계의 기부금 수입으로 세입처리하고 다시 법인 전출금으로 세출처리하는 회계처리방식은 ○○○대 총장 ◎◎◎이 1995년 창학추진위원회 규정을 제정하면서부터 시작되었고 청구인 □□□는 1998년 10월경 이 사건 학교법인의 이사장으로 취임하여 종전 회계처리 방식을 그대로 따른 것으로 보이는 점, ⑤ 학교시설에 대한 임대차계약 체결 및 사용료의 수납은 ○○○대 총장에게 권한이 있어 ○○○대의 주도하에 학교시설 사용료를 ○○발전기금으로 전환하여 법인회계로 전입한 것으로 보이고, ○○회계법인도 이 사건 학교법인에 대한 외부회계감사 시 ○○○대가 학교시설 사용료를 ○○발전기금 명목으로 수납한 사실을 밝혀내지 못한 채 다른 ○○발전기금의 회계처리와 마찬가지로 적정하다는 감사의견을 낸 사실 등에 비추어 보면 청구인들이 학교시설 사용료에 관한 회계처리 방식에 관하여 알고 있었다고 단정하기는 어려운 점, ⑥ 교비회계에 속하는 수입금의 전용 자체만으로 곧바로 불법영득의사를 실현하는 횡령행위가 된다고 할 수는 없다할 것인데, 이 사건 학교법인의 회계처리방식이 시작된 경위와 실행 형태 및 결과 등 앞서 본 여러 사정에 비추어 보면 청구인 □□□의 경우 횡령을 하고자 하는 불법영득의사는 없었다고 판단되고, 청구인들의 직무위반이 비위의 정도가 중대한 경우에 해당한다고 보기도 어려울 뿐 아니라 그로 인하여 학교운영에 중대한 장애를 야기하였다고 인정하기도 곤란한 점, ⑦ ○○발전기금 및 학교시설 사용료는 모두 교비회계의 경상비전입금 또는 자산전입금으로 세입처리되었을 뿐 법정부담전입금으로 세입처리된 것이 아니므로 이 사건 학교법인이 납부할 의무가 있는 법정부담전입금을 납부한 것처럼 회계처리한 것이 아니며, 피청구인은 청구인들의 행위로 인하여 ○○○대의 등록금이 인상되고 장래 국고보조금이 줄어든다는 듯이 주장하지만 법인회계 계좌로 입금된 금액이 당일 전액 교비회계로 전출된 것으로 확인되고 기부 목적 외의 타 용도로의 전용 등은 발견되지 않았음을 감안하면 청구인들의 행위로 인하여 교비회계의 세입의 감소가 초래된 것이 아니므로 피청구인이 제기하는 문제 발생의 우려는 없다고 보이는 점, ⑧ 청구인들이 대학종합평가에서 우수한 결과를 얻기 위하여 부당한 회계처리를 하였다고 하더라도 앞서 본 바와 같이 ○○발전기금 및 학교시설 사용료에 대한 처분 권한이 ○○○대 총장에게 있으므로 부당한 회계처리의 주된 책임 역시 ○○○대 총장에게 있다고 보이고, ○○○대 총장과 청구인들이 법인전출금 액수를 늘려 대학종합평가에서 우수한 결과를 얻고자 한 의도 역시 청구인들의 사익을 추구하기 위한 것으로 보이지 않는 점, ⑨ 피청구인은 감사원의 종합감사결과를 바탕으로 학교법인 명의의 영수증을 발급하고 모금한 기부금을 법인회계로 처리한 후 동 기부금 중 일부를 법인 인건비 및 운영비 등 당초의 기부목적과 다른 용도로 유용한 사실이 발견된 다른 학교법인에 대하여는 주의 조치를 하는데 그쳤는바, 이와 같은 타 학교법인들의 행위가 모금한 기부금을 법인회계로 전입하였다가 전액을 당일 교비회계로 전출한 이 사건 학교법인의 회계처리 방식과 비교하여 교육행정 목적의 달성을 저해할 위험성이 낮다고 단정하기는 어려운 점 등을 종합하여 고려하면, 청구인 □□□의 부당한 회계처리로 인한 이사장으로서의 직무위반행위와 청구인 ▲▲▲, △△△, ***, ∇∇∇의 감사로서의 직무위반행위를 이유로 청구인들의 임원자격을 박탈하는 이 사건 처분은 청구인들에게 지나치게 가혹하여 비례의 원칙에 위반된다고 할 것이므로 재량권을 일탈ㆍ남용한 위법이 있다. 또한 청구인 ▲▲▲의 이사 직위에 대한 임원취임승인의 취소처분은 전 감사 직위에 대한 임원취임승인의 취소처분이 있다는 사실을 그 처분사유로 하고 있는바, 전 감사 직위에 대한 임원취임승인의 취소 처분이 위와 같은 이유로 위법한 이상 마찬가지로 위법하다 할 것이다. 3) 결론 그렇다면 이 사건 처분 사유 중 청구인들이 ○○발전기금 및 ○○발전기금 명목의 학교시설 사용료를 교비회계로 처리하지 않고 법인회계의 계좌로 입금한 후 ○○○대에 법인전출금으로 지출하도록 결재하거나 이와 같은 회계처리에 관하여 적정한 것으로 보고한 행위는 각각 이사장 및 감사로서의 직무상 의무를 위배한 것으로 「사립학교법」상 임원취임승인 취소의 사유가 될 수 있다고 할 것이나, 청구인들의 위반행위의 내용, 임원취임승인 취소를 통해 달성하려는 공익목적 및 그에 따른 제반 사정 등을 종합적으로 감안하여 공익침해의 정도와 처분으로 입게 되는 청구인들의 불이익을 비교ㆍ교량할 때 이 사건 처분은 사회통념상 현저하게 타당성을 상실한 것으로서 피청구인이 임원취임승인 취소 여부를 결정함에 있어 부여받은 재량권을 일탈ㆍ남용한 경우에 해당한다고 할 것이므로, 결국 피청구인의 이 사건 처분은 위법ㆍ부당하다고 할 것이다. 7. 결 론 그렇다면 청구인들의 주장을 인정할 수 있으므로 청구인들의 청구를 받아들이기로 하여 주문과 같이 재결한다. 참조 조문 ○ 사립학교법 제19조(임원의 직무) ① 이사장은 학교법인을 대표하고 이 법과 정관에 규정된 직무를 행하며 기타 학교법인 내부의 사무를 통할한다. ② 이사장이 궐위되거나 사고로 인하여 직무를 수행할 수 없을 때에는 정관이 정하는 바에 의하며, 정관에 규정이 없을 때에는 이사회의 호선에 의하여 다른 이사가 이사장의 직무를 대행한다. ③ 이사는 이사회에 출석하여 학교법인의 업무에 관한 사항을 심의ㆍ결정하며, 이사 회 또는 이사장으로부터 위임받은 사항을 처리한다. ④ 감사는 다음의 직무를 행한다. <개정 1981.2.28, 1990.4.7> 1. 학교법인의 재산상황과 회계를 감사하는 일 2. 이사회의 운영과 그 업무에 관한 사항을 감사하는 일 3. 학교법인의 재산상황과 회계 또는 이사회의 운영과 그 업무에 관한 사항을 감사한 결과 부정 또는 불비한 점이 있음을 발견한 때 이를 이사회와 관할청에 보고하는 일 4. 제3호의 보고를 하기 위하여 필요한 때에는 이사회의 소집을 요구하는 일 5. 학교법인의 재산상황 또는 이사회의 운영과 그 업무에 관한 사항에 대하여 이사장 또는 이사에게 의견을 진술하는 일 제20조의2(임원취임의 승인취소) ① 임원이 다음 각호의 1에 해당하는 행위를 하였을 때에는 관할청은 그 취임승인을 취소할 수 있다. <개정 1990.4.7, 2005.12.29, 2007.7.27> 1. 이 법, 「초ㆍ중등교육법」 또는 「고등교육법」의 규정을 위반하거나 이에 의한 명령을 이행하지 아니한 때 2. 임원간의 분쟁ㆍ회계부정 및 현저한 부당등으로 인하여 당해 학교운영에 중대한 장애를 야기한 때 3. 학사행정에 관하여 당해 학교의 장의 권한을 침해하였을 때 4. 삭제 <2007.7.27> 5. 삭제 <2007.7.27> 6. 관할청의 학교의 장에 대한 징계요구에 불응한 때 7. 삭제 <2007.7.27> ② 제1항의 규정에 의한 취임승인의 취소는 관할청이 당해 학교법인에게 그 사유를 들어 시정을 요구한 날로부터 15일이 경과하여도 이에 응하지 아니한 경우에 한한다. 다만, 시정을 요구하여도 시정할 수 없는 것이 명백하거나 회계부정, 횡령, 뇌물수수 등 비리의 정도가 중대한 경우에는 시정요구 없이 임원취임의 승인을 취소할 수 있으며, 그 세부적 기준은 대통령령으로 정한다. <개정 1981.2.28, 1990.4.7, 2005.12.29> ③ 삭제 <1990.4.7> [본조신설 1964.11.10] 제22조(임원의 결격사유) 다음 각호의 1에 해당하는 자는 학교법인의 임원이 될 수 없다. <개정 1981.11.23, 1990.4.7, 2005.12.29, 2008.3.14> 1. 「국가공무원법」 제33조의 규정에 해당되는 자 2. 제20조의2의 규정에 의하여 임원취임의 승인이 취소된 자로서 5년이 경과하지 아니한 자 3. 제54조의2의 규정에 의한 해임요구에 의하여 해임된 자로서 3년이 경과하지 아니한 자 4. 제61조의 규정에 따라 파면된 자로서 5년이 경과하지 아니한 자 5. 4급 이상의 교육행정공무원 또는 4급 상당 이상의 교육공무원으로 재직하다 퇴직한지 2년이 경과하지 아니한 자 [전문개정 1973.3.10] 제28조(재산의 관리 및 보호) ① 학교법인이 그 기본재산을 매도ㆍ증여ㆍ교환 또는 용도변경하거나 담보에 제공하고자 할 때 또는 의무의 부담이나 권리의 포기를 하고자 할 때에는 관할청의 허가를 받아야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항은 이를 관할청에 신고하여야 한다. <개정 1990.4.7, 1997.1.13> ② 학교교육에 직접 사용되는 학교법인의 재산중 대통령령이 정하는 것은 이를 매도하거나 담보에 제공할 수 없다. <개정 1964.11.10> ③「초ㆍ중등교육법」 제10조 및 「고등교육법」 제11조의 규정에 의한 수업료 기타 납부금(입학금ㆍ학교운영지원비 또는 기성회비를 말한다. 이하 같다)을 받을 권리와 이 법 제29조제2항의 규정에 의하여 별도 계좌로 관리되는 수입에 대한 예금채권은 이를 압류하지 못한다. <신설 1999.1.21, 2008.3.14> 제29조(회계의 구분) ① 학교법인의 회계는 그가 설치ㆍ경영하는 학교에 속하는 회계와 법인의 업무에 속하는 회계로 구분한다. ② 제1항의 규정에 의한 학교에 속하는 회계는 이를 교비회계와 부속병원회계(부속병원이 있는 경우에 한한다)로 구분할 수 있고, 교비회계는 등록금회계와 기금회계로 구분하며, 각 회계의 세입ㆍ세출에 관한 사항은 대통령령으로 정하되 수업료 기타 납부금은 교비회계의 수입으로 하여 이를 별도 계좌로 관리하여야 한다. <개정 1999.1.21, 2011.7.25> ③ 제1항의 규정에 의한 법인의 업무에 속하는 회계는 이를 일반업무회계와 제6조의 규정에 의한 수익사업회계로 구분할 수 있다. ④ 제2항의 규정에 의한 학교에 속하는 회계의 예산은 당해 학교의 장이 편성하되 학교운영위원회 또는 대학평의원회의 자문을 거친후 이사회의 심의ㆍ의결로 확정하고 학교의 장이 집행한다. 다만, 유치원은 학교의 장이 편성ㆍ집행한다. <개정 2005.12.29> ⑤ 삭제 <2005.12.29> ⑥ 제2항에 따른 교비회계에 속하는 수입은 다른 회계에 전출하거나 대여할 수 없다. 다만, 차입금의 원리금을 상환하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2007.7.27> ⑦ 삭제 <2007.7.27> [전문개정 1981.2.28] 제33조(회계규칙등) 학교법인의 회계규칙 기타 예산 또는 회계에 관하여 필요한 사항은 교육과학기술부장관이 정한다. <개정 1990.4.7, 1990.12.27, 2001.1.29, 2008.2.29> ○ 구 사립학교법 시행령(2012. 7. 24. 대통령령 제23974호로 개정되어 2012. 7. 27. 시행되기 전의 것) 제9조의2(시정요구 없는 임원취임의 승인취소에 대한 세부기준) ① 법 제20조의2제2항 단서에 따라 시정요구 없이 임원취임의 승인을 취소할 수 있는 경우는 다음 각 호와 같다. <개정 2008.6.5> 1. 관할청이 시정을 요구하여도 요구기한 내에 시정할 수 없는 것이 명백한 경우 2. 임원이 학교법인 및 학교의 회계 등에서 「대학설립ㆍ운영 규정」 제7조제1항, 「사이버대학 설립ㆍ운영 규정」 제7조제1항 및 「고등학교 이하 각급 학교 설립ㆍ운영 규정」 제13조제1항에 따라 확보하여야 하는 당해 학교법인의 수익용기본재산의 30퍼센트 이상(고등학교 이하의 학교법인의 경우에는 50퍼센트 이상)에 대하여 회계부정한 사실이 법원의 판결 또는 관할청의 감사에 의하여 명백히 확인된 경우 3. 임원이 학교법인의 재산을 횡령하거나 교직원 채용 및 시설공사 등과 관련하여 금품을 수수한 사실이 법원의 판결 또는 관할청의 감사에 의하여 명백히 확인된 경우 ② 법 제20조의2제2항에 따라 관할청이 임원취임의 승인을 취소하는 경우에는 청문을 실시하여야 한다. [본조신설 2006.6.23] [종전 제9조의2는 제9조의3로 이동 <2006.6.23>] 제13조(교비회계와 부속병원회계의 세입세출) ① 교비회계의 세입은 다음 각호의 수입으로 한다. 1. 법령 또는 학칙에 의하여 학교가 학생으로부터 징수하는 입학금ㆍ수업료 및 입학수험료 2. 학사관계제증명수수료 3. 학교시설의 사용료 및 이용료 4. 다른 회계로부터 전입되는 전입금 5. 학생의 실험실습에서 생기는 생산품등의 판매대금 6. 교비회계의 운용과정에서 생기는 이자수입 7. 교육용 기자재등의 불용품 매각수입 8. 교비회계의 세출에 충당하기 위한 차입금 9. 기타 학교법인의 수입으로서 다른 회계에 속하지 아니하는 수입 ② 교비회계의 세출은 다음 각호의 경비로 한다. 1. 학교운영에 필요한 인건비 및 물건비 2. 학교교육에 직접 필요한 시설ㆍ설비를 위한 경비 3. 교원의 연구비, 학생의 장학금, 교육지도비 및 보건체육비 4. 제1항제8호의 차입금의 상환원리금 5. 기타 학교교육에 직접 필요한 경비 ③ ∼ ④ (생 략) ○ 대학설립ㆍ운영 규정 제7조(수익용기본재산) ① 학교법인은 대학의 연간 학교회계 운영수익총액에 해당하는 가액의 수익용기본재산을 확보하되, 다음 각 호에서 정한 금액 이상을 확보하여야 한다. 다만, 국가가 출연하여 설립한 학교법인이 설립ㆍ경영하는 대학에 국가가 그 대학의 연간 학교회계 운영수익총액의 2.8퍼센트 이상을 지원하는 경우에는 해당 학교법인은 수익용기본재산을 확보한 것으로 본다. <개정 2005.10.25, 2011.6.27> 1. 대학 100억원 2. 전문대학 70억원 3. 대학원 대학 40억원 ② 제1항 각 호의 규정에 불구하고 1개의 법인이 수 개의 학교를 설립ㆍ운영하고자 하는 경우에는 각 학교별 제1항 각 호의 금액의 합산액 이상을 확보하여야 한다. <신설 2005.10.25> ③ 제1항의 규정에 의한 연간 학교회계 운영수익총액에 해당하는 가액의 수익용기본재산은 그 총액의 3.5퍼센트 이상에 해당하는 가액의 연간 소득이 있는 것이어야 한다. <개정 2004.3.5> ④ 제1항의 규정에 의한 수익용기본재산의 가액은 「상속세 및 증여세법」 제60조 내지 제66조의 규정에 의한 평가방법에 의하여 정한다. <개정 2001.4.30, 2005.3.25> ⑤ 제1항의 규정에 의한 학교회계 운영수익의 범위는 교육과학기술부령으로 정한다. <개정 2001.1.29, 2008.2.29> ○ 사학기관 재무ㆍ회계 규칙 제25조(수입기관과 지출명령기관) ① 법인과 학교의 수입기관ㆍ지출명령기관은 각각 그 법인의 이사장과 학교의 장으로 한다. ② 제1항에서 규정한 자를 수입에 있어서는 세입징수자, 지출에 있어서는 지출명령자라 한다. <개정 1976.1.7> ③ 제2항의 세입징수자 및 지출명령자는 세입징수 또는 지출명령에 관한 그 직무를 각각 소속직원에게 위임할 수 있다. <개정 1976.1.7> 제26조(수입과 지출의 집행기관) ① 법인과 학교에는 그 수입과 지출의 집행기관으로 각각 수입원과 지출원을 둔다. ② 제1항의 수입원과 지출원은 각각 그 법인의 이사장과 학교의 장이 임면한다. 다만, 학교의 규모에 따라서 수입원과 지출원을 동일인으로 할 수 있다. <개정 1976.1.7> 제43조(재산의 관리자) 법인의 모든 재산의 관리책임자는 이사장이 된다. 다만, 학교에 속하는 교육용 기본재산과 학교용 보통재산의 운용 책임자는 학교의 장이 된다. 제52조(법인의 사무소에 비치할 장부와 서류) ① 법 제32조에 따라 법인의 사무소에 비치할 장부와 서류는 다음 각 호와 같다. <개정 1987.2.6, 2000.8.31, 2011.2.9> 1. 재산목록 및 그 권리에 관한 증빙서류 2. 대차대조표ㆍ손익계산서 및 그 부속서류(정규부기의 경우에 한한다) 3. 수입ㆍ지출총괄부 4. 법인과 학교의 예산결산서 5. 금융회사와의 거래실적 입증서류 6. 기타 이 규칙에서 정하는 서류로서 법인에 해당하는 서류 ② 법인의 이사장은 그 법인의 사업체의 관리자와 학교의 장으로 부터 매월말 현재의 수입ㆍ지출보고서와 재산증감보고서를 받아 제1항제3호와 제4호의 해당총괄부에 각각 그 보고사항을 기록하여 재산과 재무의 현황을 상시 파악하여야 한다. <개정 1976.1.7> ○ 사학기관 재무ㆍ회계 규칙에 대한 특례규칙 제1조(목적) 이 규칙은 제2조의 규정에 의한 사립학교 및 이를 설치ㆍ경영하는 학교법인의 특성에 맞는 예산ㆍ회계 및 결산에 관한 사항을 정하기 위하여 사학기관재무ㆍ회계규칙에 대한 특례를 규정함을 목적으로 한다. 제2조(적용범위등) ① 이 규칙은 사립의 대학ㆍ산업대학ㆍ전문대학 및 이에 준하는 각종학교(이하 "학교"라 한다)와 이를 설치ㆍ경영하는 학교법인(이하 "법인"이라 한다)에 적용한다. <개정 1999.1.29> ② 학교의 교비회계(이하 "학교회계"라 한다)와 법인의 일반업무회계(이하 "법인회계"라 한다)에 관하여 이 규칙에 규정한 것을 제외하고는 사학기관재무ㆍ회계규칙을 적용한다. ③ 학교의 부속병원회계는 일반적으로 인정되는 의료법인의 병원회계에 준하여 계리하고, 법인의 수익사업회계는 일반적으로 인정되는 기업회계에 준하여 계리한다. 제4조(예산편성요령) ① 법인의 이사장(이하 "이사장"이라 한다)과 학교의 장은 매 회계연도 개시 2월전까지 각각 법인회계 및 학교회계의 예산편성요령을 정하여야 한다. ② 교육과학기술부장관은 법인회계 및 학교회계의 예산편성에 관하여 특히 필요한 사항이 있는 경우에는 당해회계연도 개시 70일전까지 그 사항을 통보하여야 한다. <개정 2001.1.31, 2008.3.4> ③ 이사장 및 학교의 장은 전년도 추정결산등의 합리적 자료를 기초로 하여 예산을 편성하여야 한다. 제6조(예산의 확정 및 제출 등) ① 이사장은 법인회계의 예산안을 편성하여 매 회계연도 개시 50일전까지 이사회에 제출하여야 하고, 이사회는 매 회계연도 개시 40일전까지 이를 심의ㆍ확정하여야 한다. ② 이사장은 매 회계연도 개시 35일전까지 학교전출금등 학교회계에 관계되는 예산내역을 학교의 장에게 통지하여야 한다. ③ 학교의 장은 학교회계의 예산안을 편성하여 매 회계연도 개시 30일전까지 이사회에 제출하여야 하고, 이사회는 매 회계연도 개시 20일전까지 이를 심의ㆍ확정하여야 한다. ④ 삭제 <2006.8.2> ⑤ 이사장은 매 회계연도 개시 5일이전까지 확정된 법인회계 및 학교회계의 예산을 교육과학기술부장관에게 제출하여야 한다. <개정 1999.1.29, 2001.1.31, 2008.3.4> [제목개정 2005.9.27] 제17조(계정과목) ① 법인회계 및 학교회계의 계정과목 및 그 내용은 별표 1의 자금계산서 계정과목 명세표, 별표 2의 대차대조표 계정과목 명세표 및 별표 3의 운영계산서 계정과목 명세표로 한다. <개정 2009.12.22> ② 별표 1 내지 별표 3에서 규정한 계정과목외에 그 성질이나 금액이 중요한 경우에는 계정과목을 추가할 수 있다. 이 경우 계정과목의 추가는 해당 관ㆍ항ㆍ목 체계의 범위안에서 하여야 한다.

참조 판례 ○ 대법원 2007. 7. 19. 선고 2006두19297 전원합의체 판결 구 「사립학교법」(2005. 12. 29. 법률 제7802호로 개정되기 전의 것) 제20조의2 제2항 소정의 시정 요구는 사학의 자율성을 고려하여 관할청이 취임승인 취소사유를 발견하였더라도 바로 임원의 취임승인을 취소할 것이 아니라 일정한 기간을 주어 학교법인 스스로 이를 시정할 기회를 주고 학교법인이 이에 응하지 아니한 때에 한하여 취임승인을 취소한다는 취지이다. 따라서 관할청이 시정을 요구하면서 부여한 기간이 너무 불합리하거나 부당하지 않는 한 단기간이라는 이유만으로 그 시정 요구가 위법하다고 볼 수는 없으며, 또한 시정이 가능한 사항에 대하여만 시정 요구할 것을 전제로 하고 있다거나 시정이 불가능하여 시정 요구가 무의미한 경우에는 임원취임승인취소처분을 할 수 없다고 해석할 수는 없다. 구 「사립학교법」(2005. 12. 29. 법률 제7802호로 개정되기 전의 것) 제20조의2에서 말하는 ‘시정 요구에 응하지 아니한 경우’에는 관할청의 시정 요구를 애초부터 거부한 경우 뿐만 아니라 시정에 응한 결과가 관할청의 시정 요구를 이행하였다고 보기에 미흡한 경우도 포함된다. 시정 요구를 받은 학교법인이 시정에 응할 의사로 최선의 합리적인 조치를 다하였는지는 이를 객관적으로 판정하기 어려우며, 기본적으로 시정이 전혀 이루어지지 아니하였음에도 시정을 위한 최선의 노력을 하였다는 것만으로 ‘시정 요구에 응하였다’고 보는 것은 그 문언 취지에도 맞지 아니하므로, 그러한 사정은 임원취임승인취소의 재량 남용 여부를 판단함에 있어서 참작될 수 있을 뿐이다. 학교법인의 임원취임승인취소처분에 대한 취소소송에서, 교비회계자금을 법인회계로 부당전출한 위법성의 정도와 임원들의 이에 대한 가공의 정도가 가볍지 아니하고, 학교법인이 행정청의 시정 요구에 대하여 이를 시정하기 위한 노력을 하였다고는 하나 결과적으로 대부분의 시정 요구 사항이 이행되지 아니하였던 사정 등을 참작하여, 위 취소처분이 재량권을 일탈ㆍ남용하였다고 볼 수 없다고 한 사례.

[출처] 법제처 : 국가법령정보센터(행정 심판례) - 2012-10971

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[ 참조조문 ]

초ㆍ중등교육법

고등학교이하각급학교설립ㆍ운영규정 제13조

조세특례제한법 제73조

사학기관재무ㆍ회계규칙

사학기관재무ㆍ회계규칙에대한특례규칙 제17조

행정심판법 제26조

대학설립ㆍ운영규정 제7조