서울행정법원 2007.05.30 선고 2007구합4582 판결

공익사업을 위한 사업시행자에게 양도한 경우 기준시가로 신고 가능한지 여부[국승] 공익사업용 부동산에 대하여는 확정신고 후 경정청구로 기준시가에 의하여 양도차익을 산정할 수 있는 것임.

【주문】 1. 피고가 2006. 10. 20. 원고에 대하여 한 2004년 귀속 양도소득세 경정청구거부처분을 취소한다. 2. 이 사건 소 중 환급금청구 부분을 각하한다. 3. 소송비용 중 1/4은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 【청구취지】 주문 제1항과 같은 판결 및 피고는 원고에게 금 17,630,694원을 환금하라는 판결. 【이유】 1.처분의 경위 다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1 내지 7호증, 갑9호증, 을1,2,3호증의 각 기재에 의하여 인정할 수 있다. 가. 원고는 1973. 5. 17.경 ○○시 ○○구 ○○동 603-13 대 123㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라고 한다) 중 1/2 지분을, 1999. 12. 30.경 나머지 1/2 지분을 각 취득하여 이를 소유하여 왔고, 이 사건 부동산을 포함한 ○○시 ○○구 일대는 2004. 2. 28.경 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제96조 제1항 제6호의2에 의하여 실지거래가액으로 양도가액 및 취득가액을 산정하는 지역(이하 ‘지정지역’이라고 한다.)으로 지정되었다. 나. 이 사건 부동산 중 1/2 지분(이하 ‘이 사건 쟁점토지’라고 한다)은 2004. 9. 10에, 나머지 1/2 지분(이하 ‘이 사건 쟁점외토지’라고 한다)은 2005. 6. 15.에 ○○시에 각 수용되었다. 다. 원고는 2004. 11. 30. 이 사건 쟁점토지의 양도에 대하여 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 피고에게 양도소득세 예정신고를 하면서 양도소득세 44,022,303원을 납부하였고(후에 피고는 이 사건 쟁점토지의 취득가액이 잘못 산정되었다는 이유로 2006. 10. 2.원고에게 양도소득세 6,136,970원을 경정고지하였다), 2005. 8. 31. 이 사건 쟁점외토지에 대하여 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 피고에게 양도소득세 예정신고를 하면서 양도소득세를 납부하였다. 라. 한편 구 조세특례제한법이 2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정되면서 같은 법 제85조로 지정지역 내의 공익사업용 부동산에 대하여는 구 소득세법 제96조 제1항 제6호의2 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에도 불구하고 기준시가에 의하여 양도차익을 산정할 수 있는 양도소득세 과세특례규정(이하 ‘이 사건 특례규정’이라 한다.)이 신설되었다. 마. 원고는 구 조세특례제한법(2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)상의 이 사건 특례규정이 이 사건 부동산의 양도에도 적용될 수 있음을 알게되자, 이 사건 쟁점외토지에 대하여 2006. 5.경 피고에게 기준시가로 양도소득세 확정신고를 하여 피고로부터 과다납부한 양도소득세를 환급받은 다음, 이 사건 쟁점토지에 대하여도 2006. 10. 16. 국세기본법 제45조의2 제1항에 의하여 피고에게 양도소득세 예정신고상의 세액 44,022,303원을 기준시가에 의하여 산정된 세액 26,062,000원으로 경정하여 줄 것을 청구하였으나, 피고는 2006. 10. 20. 구 조세특례제한법 제85조 단서에 의하면 구 소득세법 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 이 사건 특례 규정을 적용할 수 없도록 되어 있는데 원고가 이미 실지거래가액으로 신고를 하였으므로 기준시가에 의하여 산정된 세액으로의 경정은 불가하다는 취지로 이 사건 경정청구를 거부(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)하였다. 2. 원고의 주장 및 판단 가. 원고의 주장 원고는, 이 사건 쟁점토지에 대하여 실지거래가액으로 양도소득세 예정신고를 한 것은 구 소득세법 제96조 제1항 제6호에 따라 기준시가와 실지거래가액 중 원고에게 유리한 기준을 선택하여 신고한 것이 아니고 이 사건 쟁점토지가 지정구역으로 되어 있어 구 소득세법 제96조 제1항 제6호의2에 따라 원고에게 불리한 실지거래가액으로 신고를 한 것이므로, 이 사건 쟁점토지에 대하여 구 조세특례제한법 제85조 단서를 적용하여 이 사건 특례규정의 적용을 배제할 수는 없다고 할 것이고, 따라서 원고가 국세기본법 제45조의2 제1항의 요건을 갖추어 경정청구기한 내에 이 사건 경정청구를 한 이상 피고는 그에 따라 경정결정을 하여야 할 의무가 있다고 할 것임에도 이를 거부한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 하고, 나아가 피고는 원고에게 이 사건 쟁점토지에 대하여 양도소득세 예정신고상 실지거래가액에 의하여 산정된 세액에서 기준시가에 의하여 산정된 세액을 차감한 17,630,694원을 환급할 의무가 있다고 주장한다. 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다. 다. 판단 (1) 이 사건 처분의 위법 여부 ㈎ 이 사건 경정청구의 기한 준수 여부 살피건대, 원고는 2004. 9. 10. 이 사건 쟁점토지가 수용된 후 그 수용일이 속하는 달의 말일부터 2월 이내인 2004. 11. 30. 양도소득세 예정신고를 하고 그후 2006. 10. 16. 이 사건 경정청구를 하였음은 앞서 본 바와 같은바, 국세기본법 제45조의2 제1항에서 규정하고 있는 ‘과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자’에 해당한다고 할 것이고, 이 사건 쟁점토지에 대한 양도소득세 법정신고기한인 2005. 5. 31.로부터 3년 이내에 이 사건 경정청구를 하였으므로, 경정청구의 기한도 준수하였다. ㈏ 경정청구사유의 존재 여부 ① 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에 경정청구를 할 수 있다고 규정하고 있고, 구 소득세법 제96조 제1항 제6호의2 및 제97조 제1항 제1호는 지정지역에 소재하는 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산의 경우 실지거래가액에 의하여 양도가액 및 취득가액을 산정하도록 규정하고 있으며, 구 조세특례제한법 제85조는 이 사건 특례규정을 규정하면서 다만 구 소득세법 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 실지거래가액으로 양도가액 및 취득가액을 신고하는 경우에는 기준시가에 의하여 양도차익을 산정할 수 없도록 규정하고 있고, 같은 법 부칙(제7322호 2004. 12. 31.) 제12조는 이 사건 특례규정은 시행 후 소득과세표준 확정신고기한이 도래하는 분부터 적용한다고 규정하고 있다. ② 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 쟁점토지에 대하여 기준시가보다 높은 실지거래가액에 의하여 양도가액 및 취득가액을 산정하여 양도소득세 예정신고를 한 것은 이 사건 쟁점토지가 지정지역에 해당되어 구 소득세법 제96조 제1항 제6호의2에 따라 신고한 것이고, 이 사건 특례조항의 시행일인 2005. 1. 1. 이후에 이 사건 쟁점토지에 대한 양도소득세 과세표준 확정신고기한(2005. 5. 31.)이 도래하였으므로 이 사건 쟁점토지의 양도에 대하여 이 사건 특례규정이 적용될 수 있으며, 원고가 예정신고와는 다르게 양도소득세 과세표준 확정신고기한까지 실지거래가액이 아닌 기준시가에 의하여 양도가액 및 취득가액을 산정하여 양도소득세 확정신고를 할 수 있었음에도 불구하고 기준시가에 의한 확정신고를 하지 않았으므로, 원고가 당초 예정신고한 과세표준 및 세액은 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에 해당한다고 할 것이다. ③ 따라서 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호에 의한 경정청구사유가 있음에도 불구하고 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 할 것이다. (2) 환급금청구 부분에 대한 소의 적법 여부 직권으로 살피건대, 국세환급금에 관한 국세기본법 제51조 제1항의 규정은 정부가 이미 부당이득으로서 그 존재와 범위가 확정되어 있는 과오납부액이나 환급세액이 있는 때에는 납세자의 환급 신청을 기다릴 것 없이 이를 즉시 반환하는 것이 정의와 공평에 합당하다는 법리를 선언하고 있을 뿐이고, 이미 그 존재와 범위가 확정되어 있는 과오납부액이나 환급세액은 납세자가 부당이득의 반환을 구하는 민사소송으로 그 환급을 청구할 수 있다고 할 것이다(대법원 1997. 10. 10. 선고 97다26432 판결 참조). 따라서 환급금청구소송은 양도소득세 과다납부액의 귀속주체인 대한민국을 상대로 하여야 하고 그 기관에 불과한 행정청인 피고는 피고 적격이 없다고 할 것이므로, 원고의 환급금청구에 대한 소는 피고 적격이 없는 행정청을 상대로 한 것으로 부적법하다고 할 것이다. 3. 결론 그렇다면 원고의 이 사건 처분에 대한 취소 청구는 이유 있어 이를 인용하고, 이 사건 소 중 환급금청구 부분은 부적법하여 이를 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 관계법령 ○ 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제94조 [양도소득의 범위] ①양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다. 1.토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) 나. 지상권 다. 전세권과 등기된 부동산임차권 ○ 제96조 [양도가액] ① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다. 6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함계 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우 6의2. 당해지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상슬률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우 ○ 제97조 [양도소득의 필요경비계산] ① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다. 1. 취득가액 가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다. 나. 제94조 제1항 제3호 및 제4호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액 다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액 ○ 구 소득세법 시행령 (2005. 12. 31. 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것) 제162조의3 [지정지역 기준 등] ① 법 제96조 제1항 제6호의2에서 “대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 지역중 건설교통부장관이 전국의 부동산가격동향 및 당해 지역특성 등을 감안하여 해당 지역의 부동산가격 상승이 지속될 가능성이 있거나 다른 지역으로 환산될 우려가 있다고 판단되어 지정요청(관계중앙행정기관의 장이 건설교통부장관을 경유하여 요청하는 경우를 포함한다)하는 경우로서 재정경제부장관이 제162조의4의 규정에 의한 부동산가격안정심의위원회의 심의를 거쳐 지정하는 지역(이하 “지정지역”이라 한다)을 말한다. 이 경우 건설교통부장관이 다음 각호의 1에 해당하나 지정요청하지 아니한 지역에 대하여는 재정경제부장관이 건설교통부장관으로부터 그 사유를 받아 이를 부동산가격안정심의위원회에 회부하여 심의를 받아야 한다. 1. 지정하는 날이 속하는 달의 직전월(이하 이 항에서 “직전월”이라 한다)의 주택매매가격상승률이 전국소비자물가상승률의 100분의 130보다 높은 지역으로서 다음 각목의 1에 해당하는 지역 가. 직전월부터 소급하여 2월간의 월평균 주택매매가격상승률이 전국주택매매가격상승률의 100분의 130보다 높은 지역 나. 직전월부터 소급하여 1년간의 연평균 주택매매가격상승률이 직전월부터 소급하여 3년간의 연평균 전국주택매매가격상승률보다 높은 지역 2. 직전월의 지가상승률이 전국소비자물가상승률의 100분의 130보다 높은 지역으로서 다음 각목의 1에 해당하는 지역 가. 직전월부터 소급하여 2월간의 월평균 지가상승률이 전국지가상승률의 100분의 130보다 높은 지역 나. 직전월부터 소급하여 1년간의 연평균 지가상승률이 직전월부터 소급하여 3년간의 연평균 전국지가상승률보다 높은 지역 3. 「개발이익환수에 관한 법률」 제2조 제2호의 규정에 의한 개발사업(개발부담금을 부과하지 아니하는 개발사업을 포함한다) 및 「도시 및 주거환경정비법」 제2조 제2호 다목의 규정에 의한 주택재건축사업(이하 “개발사업등”이라 한다)이 진행 중인 지역(중앙행정기관의 장 또는 지방자치단체의 장이 그 개발사업등을 발표한 경우를 포함한다. 이하 제9항에서 같다)으로서 다음 각목의 요건을 모두 갖춘 지역 가. 직전월의 주택매매가격상승률이 전국소비자물가상승률의 100분의 130보다 높을 것 나. 직전월의 주택매매가격상승률이 전국주택매매가격상승률의 100분의 130보다 높을 것 4. 「택지개발촉진법」에 의한 택지개발예정지구, 「신행정수도 후속대책을 위한 연기 · 공주지역 행정중심복합도시 건설을 위한 특별법」에 의한 행정중심복합도시건설사업 예정지역·주변지역 또는 그 밖에 재정경제부령이 정하는 대규모개발사업의 추진이 예정되는 지역(이하 이 호에서 “예정지구등”이라 한다)으로서 다음 각목의 1에 해당하는 지역. 이 경우 예정지구등의 후보지를 행정기관이 발표하는 경우에는 그 후보지를 예정지구등으로 본다. 가. 직전월의 주택매매가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역 나. 직전월의 지가상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역 ② 재정경제부장관은 필요하다고 인정되는 경우 제1항의 규정에 불구하고 건설교통부장관의 요청 없이 부동산가격안정심의위원회에 지정지역의 지정에 관한 사항을 회부할 수 있다. ③ 법 제96조 제1항 제6호의2에서 “대통령령이 정하는 부동산”이라 함은 다음 각호중 제1호 내지 제3호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 말하되, 제4호에 해당하는 주택을 제외한다. 이 경우 제4호의 규정을 적용함에 있어서 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 다가구주택의 경우에는 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 기준으로 한다. 1. 제1항 제1호 및 제3호의 규정에 의한 지정지역의 경우 : 주택(그 부속토지를 포함한다) 2. 제1항 제2호의 규정에 의한 지정지역의 경우 : 제1호외의 부동산 3. 제1항 제4호의 규정에 의한 지정지역의 경우 : 제1호 및 제2호의 부동산 4. 다음 각목의 어느 하나의 요건을 갖춘 주택(「건축법 시행령」 별표 1 제10호 나목의 오피스텔을 제외한다. 이하 이 조에서 같다). 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비구역(법률 제6916호 주택법 중 개정법률로 개정되기 전의 「주택건설촉진법」에 의하여 설립인가를 받은 재건축조합의 사업부지를 포함한다)으로 지정·고시된 지역에 소재하는 주택을 제외한다. 가. 「건축법 시행령」 별표1의 규정에 의한 아파트로서 전용면적이 60제곱미터 이하이고, 양도당시 법 제99조의 규정에 의한 기준시가가 4천만원 이하일 것 나. 「건축법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 연립주택·다세대주택으로서 전용면적이 85제곱미터 이하이고, 양도당시 법 제99조의 규정에 의한 기준시가가 1억원 이하일 것 다. 「건축법 시행령」 별표1의 규정에 의한 단독주택으로서 대지면적이 170제곱미터 이하이고, 주택의 연면적(제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실 부분의 면적을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)이 85제곱미터 이하이며, 양도당시 법 제99조의 규정에 의한 기준시가가 1억원 이하일 것 ④ 재정경제부장관이 제1항의 규정에 의하여 지정지역을 지정한 때에는 지체없이 그 내용을 공고하고, 그 공고내용을 국세청장에게 통지하여야 한다. ⑤ 제4항의 규정에 의하여 통지를 받은 국세청장은 그 내용에 대하여 일반인의 열람이 가능하도록 조치하여야 한다. ⑥ 지정지역의 지정은 제4항의 규정에 의하여 지정지역의 지정을 공고한 날부터 효력이 발생한다. ⑦ 제1항의 규정에 의한 지정지역의 지정후 당해 지역의 부동산가격이 안정되는 등 지정사유가 해소된 것으로 인정되어 건설교통부장관의 지정해제요청(관계중앙행정기관의 장이 건설교통부장관을 경유하여 요청하는 경우를 포함한다)이 있는 경우에는 재정경제부장관은 부동산가격안정심의위원회의 심의를 거쳐 지정지역을 해제한다. ⑧ 제2항 및 제4항 내지 제6항의 규정을 제7항의 규정에 의한 해제의 경우에 이를 준용한다. ⑨ 제1항의 규정에 의한 지정지역은 특별시·광역시·도 또는 시·군·구의 행정구역을 단위로 지정한다. 다만, 제1항 제3호·제4호의 지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제117조의 규정에 의한 허가구역에 대하여는 당해 지역만을 지정할 수 있다. ⑩ 제9항의 규정에 불구하고 지정지역으로 지정되었거나 지정될 예정인 지역에 해당하는 행정구역중 일부 지역에 대하여는 당해 지역의 부동산가격동향 및 지역특성 등을 감안하여 부동산가격안정심의위원회의 심의를 거쳐 당해 지정지역에서 제외할 수 있다. ⑪ 제1항의 규정에 의한 전국소비자물가상승률·주택매매가격상승률·전국주택매매가격상승률·지가상승률 및 전국지가상승률의 통계는 「통계법」 제8조의 규정에 의하여 통계청장이 통계작정에 관하여 승인한 통계에 의한다. 이 경우 「건축법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 아파트에 대한 매매가격상승률 통계만 있는 지역의 경우에는 이를 당해 지역의 주택매매가격상승률 통계로 보며, 직전월의 부동산가격상승률 통계가 없는 경우에는 전전월의 통계에 의한다. ⑫ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 동항제1호 내지 제3호에서 규정하는 전국소비자물가상승률의 100분의 130에 해당하는 수, 전국주택매매가격상승률의 100분의 130에 해당하는 수 또는 전국지가상승률의 100분의 130에 해당하는 수가 각각 1,000분의 5 미만인 경우에는 1,000분의 5로 하고, 동항 제4호에서 규정하는 전국소비자물가상승률에 해당하는 수가 음수인 경우에는 이를 영으로 한다. ○ 구 조세특례제한법(2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것) 제85조 [지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례] 거주자가 소득세법 제96조 제1항 제6호의2의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제96조제1항제6호의2의 규정에 의한 지정지역 지정후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다)전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에관한법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법 제96조제1항제6호의2 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 소득세법 제96조 제1항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 택지개발촉진범 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날 2. 산업입지및개발에관한법률 제7조의3의 규정에 의하여 산업단지 등을 지정한 날 3. 지역균형개발및지방중소기업육성에관한법률 제4조의 규정에 의하여 광역개발권역을 지정한 날 4. 주한미군(대한민국과미합중국간의상호방위조약에 의하여 대한민국에 주둔하는 미합중국 군대를 말한다)의 기지이전과 관련하여 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제15조의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날 5. 제1호 내지 제4호외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구·지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날 부칙<제7322호, 2004.12.31> 제12조 (지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례) 제85조의 개정규정은 이 법 시행후 양도소득 과세표준확정신고기한이 도래하는 분부터 적용한다. ○ 국세기본법 제45조의2 [경정등의 청구] ① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한경과후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다. 1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때 2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때 ○ 제51조 [국세환급금의 충당과 환급] ① 세무서장은 납세의무자가 국세·가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액(세법에 의하여 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있는 때에는 공제한 후의 잔여액을 말한다)이 있는 때에는 즉시 그 오납액초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부·이중납부로 인한 환급청구는 대통령령이 정하는 바에 의한다. 【대법원2007두22726 (2008.03.27)】【주문】 상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다. 【이유】 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제1항 제1호는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에는 최초신고 및 수정신고한 과세표준 및 세액의 경정을 청구할 수 있다고 규정하고 있고, 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제96조 제1항 및 제97조 제1항 제1호 가.목에 의하면 제94조 제1항 제1호 및 제2호 규정에 의한 자산의 양도가액 및 취득가액은 기준시가에 의하되, 다만 예외적으로 실지거래가액에 의하는 경우의 하나로 같은 법 제96조 제1항 제6호는 양도자가 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 확정신고기한까지 신고하는 경우를, 제6의2호는 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 지정하는 지역(이하 ‘지정지역’이라 한다)에 소재하는 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우를 각 규정하고 있으며, 한편 구 조세특례제한법(2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정되어 2005. 1. 1.부터 시행된 후 2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제85조는 지정지역 내의 공익사업용 부동산을 2006.12.31. 이전에 당해 사업시행자에게 양도(수용 포함)하는 경우에는 구 소득세법 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가.목 단서의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 부칙 제12조는 제85조의 개정규정은 같은 법 시행 후 양도소득 과세표준 확정신고기한이 도래하는 분부터 적용한다고 규정하고 있다. 이와 같은 양도가액 및 취득가액 산정방식에 관한 구 소득세법과 구 조세특례제한법의 각 규정의 내용과 그 입법취지 및 이 사건 특례규정이 지정지역 내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례를 인정함으로써 납세자의 조세부담을 경감하여 공익사업의 원활한 시행을 도모하려는 데에 그 목적이 있는 점 등에 비추어 볼 때, 구 조세특례제한법 제85조의 규정은 지정지역 내의 부동산이라고 하더라도 공익사업용 부동산 양도의 경우에는 원칙적으로 기준시가에 의하여 양도가액 및 취득가액을 산정하되, 다만 납세의무자가 기준시가에 의한 양도차익의 산정으로 말미암아 실지거래가액에 의한 경우보다 불이익을 받지 않도록 하기 위하여 구 소득세법 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가.목 단서 규정에 의하여 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 실지거래가액에 의하여 양도가액 및 취득가액을 산정할 수 있다는 것으로 해석함이 상당하다. 원심은 그 판시와 같은 사실은 인정한 다음, 원고는 지정지역 내 공익사업용 부동산인 이 사건 부동산의 양도에 대하여 구 소득세법 제96조 제1항 제6의2호 및 제97조 제1항 제1호 가.목 단서의 규정에 따라 기준시가보다 높은 실지거래가액에 의하여 양도가액 및 취득가액을 산정하여 양도소득 과세표준 예정신고를 한 것인데, 이 사건 특례규정의 시행일인 2005. 1. 1. 이후에 이 사건 부동산에 대한 양도소득 과세표준 확정신고기한(2005. 5. 31.)이 도래하였으므로 이 사건 부동산의 양도에 대하여는 이 사건 특례규정이 적용되고, 따라서 원고로서는 양도소득 과세표준 확정신고기한까지 기준시가에 의하여 양도가액 및 취득가액을 산정하여 양도소득 과세표준 확정신고를 할 수 있었음에도 이를 하지 않았으므로, 원고가 당초 예정신고기한 과세표준 및 세액은 구 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호가 정한 ‘세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때’에 해당하여 경정청구사유가 있다고 할 것임에도 불구하고, 원고가 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고한 이상 구 조세특례제한법 제85조 단서 규정에 의하여 이 사건 특례규정이 적용될 수 없다는 이유로 이 사건 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다고 판단하였다. 앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 위와 같은 원심의 판단은 옳은 것으로 수긍이 가고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 법리오해의 위법이 있다고 할 수 없다. 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. 【서울고등법원2007누15515 (2007.10.12)】【주문】 1. 피고의 항소를 기각한다. 2. 항소비용은 피고가 부담한다. 【청구취지 및 항소취지】 1. 청구취지 피고가 2006.10.20. 원고에 대하여 한 2004년 귀속 양도소득세 경정청구거부처분을 취소하고, 피고는 원고에게 17,630,694원을 환급하라. 2. 항소취지 제1심 판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다. 【이유】 1. 이 법원의 심판범위 원고는 1심에서 피고에 대하여, 청구취지 기재 양도소득세 경정청구거부처분을 취소하는 청구 및 17,630,694원의 환급을 구하는 청구를 하였는데, 제1심 법원은 그 중 양도소득세 경정청구거부처분취소 청구를 인용하고, 금원환급청구는 각하하였다. 이에 대하여 피고만이 항소하였으므로, 이 법원의 심판대상은 양도소득세 경정청구거부처분 취소 부분에 한정된다. 2. 제1심 판결의 인용 이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 아래 3항에서 고쳐 쓰거나 추가하는 부분 외에는 제1심 판결문 이유 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 인용한다. 3. 고쳐 쓰거나 추가하는 부분 가. 제1심 판결문 제3면 제17행의 “가. 원고의 주장”을 “가 당사자의 주장”으로 고쳐 쓴다. 나. 제1심 판결문 제4면 제8행의 “주장한다” 다음에 “이에 대하여 피고는, 원고가 실지거래가액으로 양도소득세를 예정신고 한 다음 확정신고기한까지 다른 신고를 하지 않은 이상 이 사건 쟁점토지의 양도소득세는 실지거래가액에 의하여 산정할 수밖에 없고, 양도소득세과세표준이 신고납부에 의하여 확정되는 것이므로 구 조세특례제한법 제85조의 규정에서도 실지거래가액 또는 기준시가의 선택은 양도소득세확정신고 기한내 납세자인 원고가 확정하여 신고하는 경우에 한정되는 것이며, 구 조세특례제한법 제85조의 ‘ㆍㆍㆍ소득세법 제96조 제1항 제6호의2 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의하여 할 수 있다’라는 규정을 ‘기준시가로 하여야 한다’는 규정과 같이 해석하는 것은 엄격해석의 원칙에 위반한다는 점에 비추어 보면, 결국 이 사건 경정청구는 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호의 ‘과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때’에 해당하지 아니하므로 경정청구 대상에 해당하지 아니하므로, 이 사건 처분은 적법하다고 주장한다.”를 추가한다. 다. 제1심 판결문 제6면 제2행 다음에 “{구 조세특례제한법 제85조는 지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례를 인정함으로서 공익사업용 부동산에 대하여 납세자의 조세부담을 경감하여 공익목적을 달성하기 위한 부동산의 수용 등을 용이하게 하려는 목적이 있는 것으로 보이는 점, 구 소득세법 제96조 제1항(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)은 ‘제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만 당해 자산이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액에 의한다’라고 규정하고 있는바, 위 규정에 의하면 양도소득세는 기준시가에 의하여 과세하는 것이 원칙이고 예외적으로 실지거래가액으로 과세하도록 하고 있는 점, 원고는 이 사건 쟁점토지가 지정지역에 해당되어 구 소득세법 제96조 제1항 제6호의2에 따라 기준시가보다 높은 실지거래가액에 의하여 신고하게 된 점, 원고가 양도소득세 예정신고와는 다르게 양도소득세 과세표준 확정신고기한까지 실지거래가액이 아닌 기준시가에 의하여 양도가액 및 취득가액을 산정하여 양도소득세 확정신고를 할 수 있었음에도 불구하고 기준시가에 의한 확정신고를 하지 않았으므로, 원고가 당초 예정신고한 과세표준 및 세액은 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에 해당한다고 보아야 할 것인 점 등에 비추어 보면 피고의 위 주장은 이유 없다}”를 추가한다. 3. 결론 그렇다면, 제1심 판결은 정당하므로 피고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2007구합4582

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

조세특례제한법 제85조

국세환급금에 관한 국세기본법 제51조

지역균형개발및지방중소기업육성에관한법률 제4조

소득세법 시행령 제162조

동법 제97조

주거환경정비법 제2조