서울행정법원 2007.05.29 선고 2006구단9347 판결

신축주택 취득기간후에 사용승인된 아파트를 양도할 경우 감면적용 여부[국패] 신축취득기간내에 일반분양하고 계약금을 납부 받은 사실이 확인되는 바, 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하지 않는 이 사건 주택은 양도소득세 감면대상임.

【주 문】 1. 피고가 2006. 2. 17. 원고에 대하여 한 양도소득세경정거부처분을 취소한다. 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 【청 구 취 지】 주문과 같다. 【이 유】 1. 처분의 경위 가. ○○○○고층아파트재건축조합(이하 ‘이 사건 조합’이라 한다)은 2001. 4. 28. ○○ ○○구 ○○동 670 소재 ○○○○아파트의 재건축에 대한 사업계획승인을 받고 위 대지상에 ○○○○○○ 7개동을 건립한 뒤 2005. 1. 28. 그 사용승인을 받았는데, 그 과정에서 위 ○○○○○○ 아파트 중 조합원에게 공급하고 남은 잔여아파트 254세대에 관하여 2002. 4. 25.부터 같은 달 27.까지 일반분양계약을 체결하고 계약금을 납부 받았다. 나. 원고는 2001. 10. 31. 이 사건 조합의 조합원으로서의 지위를 취득한 뒤, 이 사건 조합으로부터 위 ○○○○○○ 105동 2202호(전용면적 145.83㎡, 이하 ‘이 사건 아파트’라 한다)를 분양받아 2005. 3. 2. 소유권보존등기를 마치고, 2005. 5. 10. 이 사건 아파트를 김○○, 권○○에게 16억 8,800만원에 양도한 다음, 피고에게 이 사건 아파트의 양도에 따른 양도소득세로 241,727,260원을 자진 납부하였다. 다. 그 후 원고는 2005. 12. 27. 피고에게, 이 사건 아파트가 구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구법’이라 한다) 제99조의3 제1항 제1호에 의한 양도소득세 감면대상에 해당한다고 주장하면서 위와 같이 납부한 양도소득세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 라. 이에 대하여 피고는, 이 사건 아파트가 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제2호 소정의 ‘자기가 건설한 신축주택’에 해당함을 전제로 이 사건 아파트에 대한 사용승인이 신축주택취득기간(2001. 5. 23. ~ 2003. 6. 30.)내에 이루어지지 않아 위 규정 소정의 감면요건을 충족하지 못하였다는 이유로, 2006. 2. 17. 원고의 위 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑6, 7 2. 처분의 적법 여부 가. 원고의 주장 이 사건 조합은 위 ○○○○○○ 아파트 중 조합원에게 공급하고 남은 잔여아파트에 관하여 구법 제99조의3 제1항 제1호 소정의 신축주택취득기간 내에 조합원이 아닌 일반인들과 분양계약을 체결하고 그 계약금을 지급받은 사실이 있으므로, 이 사건 아파트에 대한 사용승인이 신축주택취득기간 후에 이루어졌다고 하더라도, 원고는 구법 제99조의3 제1항 제1호, 구 조세특례제한법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구시행령’이라 한다) 제99조의3 제3항 제2호에 의하여 양도소득세 감면대상이 되는 신축주택의 취득자에 해당한다. 그럼에도 불구하고 피고는 이 사건 아파트가 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제2호 소정의 신축주택에 해당한다는 전제하에 신축주택취득기간 후에 사용승인이 되어 위 규정 소정의 감면요건을 충족하지 못하였다는 이유로 이 사건 처분을 하였으니, 이는 위법하여 취소되어야 한다. 나. 관계법령 ■ 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) ○ 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다 1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다. 2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 ■ 조세특례제한법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정되기 전의 것) ○ 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ① 삭제 ③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 "대통령령이 정하는 주택"이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 주택을 말한다. 1. 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 "주택조합 등"이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 "잔여주택"이라 한다)으로서 법 제99조의3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 이내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택 2. 조합원이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다. ■ 조세특례제한법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정되어 2002. 12. 30. 대통령령 제17829호로 개정되기 전의 것) ○ 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ① 삭제 ③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 "대통령령이 정하는 주택"이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 주택을 말한다. 1. 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 "주택조합 등"이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 "잔여주택"이라 한다)으로서 법 제99조의3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택 2. 조합원(도시재개발법 제34조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부 받은 사실이 있는 경우에 한한다. 부 칙 <제17458호, 2001. 12. 31.> ○ 제1조 (시행일) 이영은 2002년 1월 1일부터 시행한다. ○ 제11조 (양도소득세가 감면되는 조합원의 범위에 관한 적용례) 제99조의3 제3항 제2호 및 제5항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 조합원의 지위를 취득하는 분부터 적용한다. ■ 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) ○ 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역 외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다. 2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 부 칙 ○ 제1조(시행일) 이법은 2003년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략> ○ 제29조 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행 후 양도 하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다. ② 제99조의3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행 전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. ■ 조세특례제한법 시행령 (2002. 12. 30. 대통령령 제17829호로 개정된 것) ○ 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ① 법 제99조의3 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 지역"이라 함은 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역을 말한다. ■ 소득세법(2002. 12. 18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것) ○ 제89조 [비과세양도소득] 다음 각 호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다. 3. 대통령령이 정하는 일 세대 일 주택(거주용건물의 연면적 · 가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득 ■ 소득세법 시행령(2002. 10. 1. 대통령령 제17751호로 개정되기 전의 것) ○ 제156조 [고급주택의 범위] 법 제89조 제3호에서 "거주용건물의 연면적·가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택"이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다. 2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 165제곱미터이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억 원을 초과하는 것 ■ 소득세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것) ○ 제156조 [고급주택의 범위] 법 제89조 제3호에서 “거주용건물의 연면적 · 가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다. 2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터 이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억 원을 초과하는 것 부 칙 <제17751호, 2002. 10. 1.> ○제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. ■ 소득세법(2002. 12. 18. 법률 제6781호로 개정된 것) ○ 제89조 [비과세양도소득] 다음 각 호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다. 3. 대통령령이 정하는 일 세대 일 주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득 ■ 소득세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17825호로 개정된 것) ○ 제156조 [고가주택의 범위] ① 법 제89조 제3호에서 "가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택"이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억 원을 초과하는 것을 말한다. 다. 판단 (1) 구법 제99조의3 제1항 제1호 소정의 신축주택 해당 여부 구법 제99조의3 제1항은 그 입법 당시 침체된 부동산 경기를 부양시킬 목적에서 신축주택의 취득자에 대하여 한시적으로 일정한 경우 그 신축주택의 양도로 인한 양도소득세를 감면하도록 한 규정으로, 그 적용대상이 되는 신축주택을 크게 ① 주택 건설사업자로부터 취득한 신축주택(제1호)과 ② 자기가 건설한 신축주택(제2호)으로 나누어 전자의 경우에는 ‘신축주택취득기간 중에 주택건설사업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택’이라고 규정하면서 괄호 안에 ‘주택조합 등을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함 한다’고 병기하고 있고, 후자의 경우에는 ‘신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사를 받은 신축주택’이라고 규정하면서 마찬가지로 괄호 안에 ‘주택조합 등을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함 한다’고 병기하고 있는바, 구시행령 제99조의3 제3항에서는 구법 제99조의3 제1항 제1호의 ‘대통령령이 정하는 주택’을 ① 주택조합 등이 그 조합원에게 공급하고 남은 잔여주택으로서 신축주택취득기간 내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택(제1호), ② 조합원이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 등을 받되 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 최초의 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 납부 받은 사실이 있는 경우(제2호) 등으로 규정하고 있다. 살피건대, 조합원이 그가 속한 주택조합 등으로부터 신축주택을 취득하는 경우는 주택건설사업자로부터 취득하는 경우나 자기가 신축주택을 건설하는 경우 중 어느 하나에 속한다기보다는 오히려 양자의 성격이 혼재된 특성을 갖고 있는바, 이와 같은 특성을 감안하여 구법 제99조의3 제1항 제1호에서는 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택에 주택조합 등을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함시켜 규정하였고, 같은 항 제2호에서는 자기가 건설한 신축주택에 제1호와 마찬가지로 주택조합 등을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함시켜 규정하였다. 이와 같은 점에서 구법 제99조의3 제1항 소정의 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택(제1호)이나 자기가 건설한 신축주택(제2호)은 서로 개념 필연적으로 확연히 구분되는 규정이 아니고, 그 각각의 구체적인 내용은 침체된 부동산 경기를 부양시킨다는 입법목적을 살리기 위하여 그때그때의 사회경제적 실정에 맞추어 정하도록 대통령령에 위임하였으며, 구시행령은 주택조합 등이 조합원 외의 자들에게 신축주택취득기간 내에 최초로 조합원분양분을 제외한 잔여주택을 분양하였다면 신축주택이 신축주택 취득기간 경과 후에 사용승인 등을 받은 경우라 하더라도 조합원이나 비조합원 모두 양도소득세를 감면하도록 하는 것이 위와 같은 입법목적에 더 부합할 뿐 아니라 양자사이의 형평에도 부합한다는 점을 고려하여 구시행령 제99조의3 제3항 제2호의 규정을 둔 것으로 보인다. 따라서 주택조합 등이 구법 제99조의 3 제1항 소정의 신축주택취득기간 내에 조합원분양분을 제외한 잔여주택에 관하여 조합원 외의 자와 매매계약을 체결하고 계약금을 납부 받은 경우라면, 비록 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사를 받지 않아 같은 항 제2호에 해당하지 않는다 하더라도, 조합원이 조합원분양분으로 취득한 신축주택에 대하여도 같은 항 제1호 소정의 신축주택에 해당하는 것으로 보아 양도소득세를 감면하여야 할 것이다. 위 인정사실에 의하면, 이 사건 조합은 위 ○○○○○○ 아파트 중 조합원에게 공급하고 남은 잔여아파트에 관하여 신축주택취득기간 내인 2002. 4. 25.부터 같은 달 27.까지 조합원이 아닌 일반인들과 분양계약을 체결하고 그 계약금을 지급받은 사실이 있는바, 그렇다면 이 사건 아파트에 대한 사용승인이 신축주택취득기간 이후인 2005. 1. 28.에 이루어졌더라도, 달리 특별한 사정이 없는 한 원고는 구법 제99조의3 제1항 제1호, 구시행령 제99조의3 제3항 제2호에 의하여 양도소득세 감면대상이 되는 신축주택의 취득자에 해당한다고 할 것이다. (2) 피고의 주장에 대한 판단 (가) 피고는, 구시행령 제99조의3 제3항 제2호는 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택을 규정한 구법 제99조의3 제1항 제1호의 위임에 기한 것이므로 그 위임범위 내에서 해석되어야 할 뿐 아니라 공평과세의 예외를 규정한 것인 점 등에 비추어 볼 때, 위 구시행령 규정상의 주택은 ‘조합원이 일반분양자로서 주택조합 등으로부터 취득하는 주택’으로 한정하여 해석되어야 한다고 주장하나, 이는 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 않는 다는 조세법률주의의 원칙에 반하는 것으로서 허용될 수 없으므로, 위 주장은 이유 없다. (나) 피고는 다음으로, 원고는 이 사건 아파트를 취득하면서 2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정된 조세특례제한법(이하 ‘신법’이라 한다) 시행일 현재 사용승인을 받지 못하고 신축주택취득기간 후인 2005. 1. 28. 사용승인을 받았으므로 신법 부칙 제29조의 규정에 의한 구법 적용대상이 아니라 신법 적용대상이라고 보아야 하고, 따라서 신법 제99조의3 제1항 및 2002. 12. 30. 대통령령 제17829호로 개정된 같은 법 시행령(이하 ‘신시행령’이라 한다) 제99조의3 제1항, 2002 .12. 18. 법률 제6781호로 개정된 소득세법 제89조 제3호, 2002. 12. 30. 대통령령 제17825호로 개정된 소득세법 시행령 제156조 제1항의 규정에 의하면 서울 지역에 소재하고 양도 당시 실지거래가액이 6억 원을 초과하는 이 사건 아파트는 양도소득세 감면대상인 신축주택에 해당하지 않는다고 주장한다. 살피건대, 신법 제99조의3 제1항 및 신시행령 제99조의3 제1항, 위 2002. 12. 18. 개정된 소득세법 제89조 제3호, 2002. 12. 30. 개정된 소득세법 시행령 제156조 제1항과 그 각 개정 전의 규정 등에 의하면, 종래에는 구법 제99조의3 제1항 등의 규정에 의하여 지역적인 제한 없이 주택의 전용면적이 일정한 규모 이상이고 양도 당시 실지거래가액이 6억원을 초과하는 고급주택만을 양도소득세 감면대상인 신축주택에서 제외하였는데, 위와 같은 법령 개정 후의 신법 제99조의3 제1항 등의 규정에서는 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 서울을 비롯한 수도권의 과천, 분당, 일산, 평촌, 산본, 중동 등의 신도시지역에 소재하는 주택과 양도 당시 실지거래가액이 6억원을 초과하는 고가주택을 양도소득세 감면대상에서 제외하기로 하면서, 다만 신법 부칙 제29에서 경과조치로, 신법 시행 전에 구법 제99조의3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 등을 받은 신축주택을 신법 시행 후 양도하는 경우 신법의 개정규정에 불구하고 구법을 적용하되, 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 등을 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용하고(위 부칙 제29조 제1항), 또한 자기가 건설한 신축주택으로서 신법 시행 전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003. 6. 30. 이전에 사용승인 등을 받은 경우에도 구법을 적용하도록 규정하고 있다(위 부칙 제29조 제2항). 그 중 위 부칙 제29조 제1항은 구법 적용의 요건으로 신법 시행 전에 구법 제99조의3 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖출 것을 요구하는 내용으로서, 위 부칙 조항에는 위 구법 규정에서 괄호 안에 병기한 ‘주택조합 등을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택’(제1호) 내지 ‘주택조합 등을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택’(제2호)이 병기되지는 아니하였지만, 이들 경우를 ‘주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우’(제1호) 또는 ‘자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 등을 받은 경우’(제2호)와 달리 취급할 아무런 합리적인 이유가 없는 만큼, 위 부칙 제29조 제1항의 요건 중에는 구법 제99조의3 제1항 제1호 및 제2호의 괄호 안에 병기된 내용들도 포함되어 있다고 해석함이 상당하고, 위 부칙 조항 후문에 고급주택 기준의 적용시점으로 규정되어 있는 ‘매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날’과 ‘자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 등을 받은 날’ 역시 구법 제99조의3 제1항 제1호 및 제2호의경우에 대응하는 의미로 파악하여야 할 것이므로,구법 제99조의3 제1항 제1호, 구시행령 제99조의3 제3항 제2호 소정의 신축주택의 경우 고급주택 기준의 적용시점이 되는 ‘매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날’이라 함은 주택조합 등이 신축주택 취득기간 내에 조합원분양분을 제외한 잔여주택에 관하여 조합원 외의 자와 매매계약을 체결하고 그 계약금을 납부 받은 날을 의미한다고 할 것이다. 앞서 본 바와 같이 이 사건 조합은 신법 시행 전이자 신축주택취득기간 내인 2002. 4. 25.부터 같은 달 27.까지 위 잔여아파트에 관하여 조합원 외의 자들과 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 있으므로, 이 사건 아파트는 그 사용승인이 신축주택취득기간 이후에 이루어졌더라도 신법 부칙 제29조 제1항 전문에 의하여 구법 규정이 적용되어야 하고, 한편 위 매매계약 체결 및 계약금 납부일 당시의 고급주택 기준을 정한 구 소득세법(2002. 12. 18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것) 제89조 제3호, 구 소득세법 시행령(2002. 10. 1. 대통령령 제17751호로 개정되기 전의 것) 제156조 제2호에 의하면 공동주택에서의 고급주택을 주택의 전용면적이 165㎡ 이상으로서 양도 당시의 실지거래가액이 6억 원을 초과하는 것이라고 규정하고 있는데, 이 사건 아파트의 전용면적은 앞서 인정한 바와 같이 145.83㎡인 만큼, 이 사건 아파트는 신법 부칙 제29조 제1항 후문에 의한 고급주택 기준의 적용시점 당시 양도소득세의 감면대상에서 제외되는 고급주택에 해당하지 아니하므로, 결국 원고는 신법 부칙 제29조 제1항, 구법 제99조의3 제1항 제1호, 구시행령 제99조의3 제3항 제2호에 의하여 양도소득세 감면대상이 되는 신축주택의 취득자에 해당한다고 할 것이다. 따라서 원고가 신법 부칙 제29조의 규정에 의한 구법 적용대상이 아니라 신법 적용대상에 해당한다는 피고의 위 주장 역시 이유 없다. (다) 피고는 또, 이 사건 아파트가 구법 제99조의3 제1항 제1호 소정의 양도소득세 감면대상인 신축주택에 해당하기 위하여는 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제3항 제2호에 따라 원고가 이 사건 조합의 재건축사업계획승인일 현재 조합원이어야 하는데, 원고는 이사건 조합이 위 사업계획승인을 받은 2001. 4. 28. 당시 이 사건 조합의 조합원이 아니었으므로, 원고에 대하여는 구법 제99조의3 제1항 제1호 소정의 감면 규정을 적용할 수 없다고 주장한다. 원래 구시행령 제99조의3 제3항 제2호는 양도소득세의 감면대상이 되는 조합원에 대하여 그 지위의 취득시기 등에 관하여 아무런 제한을 두고 있지 않다가 2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제3항 제2호에서 조합원의 범위를 재건축사업계획의 승인일 현재의 조합원 등으로 제한하였는바, 위 개정령 부칙 제11조에 의하면 위 시행령 제99조의3 제3항 제2호의 개정규정은 위 영 시행일(2002. 1. 1.) 이후 최초로 조합원의 지위를 취득하는 분부터 적용한다고 규정하고 있고, 앞서 인정한 바와 같이 원고가 위 영 시행일 이전인 2001. 10. 31. 이 사건 조합의 조합원으로서의 지위를 취득한 이상, 이 사건 아파트에 대하여는 구시행령 제99조의3 제3항 제2호가 적용되어야 할 것이므로, 피고의 위 주장도 이유 없다. (3) 그렇다면, 원고는 구법 제99조의3 제1항 제1호, 구시행령 제99조 제3항 제2호 소정의 양도소득세 감면대상이 되는 신축주택의 취득자로서 이 사건 아파트의 양도에 따른 양도소득세를 감면받아야 할 것이므로, 이와 다른 전제에서 행해진 이 사건 처분은 위법하다. 3. 결 론 따라서 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구를 인용한다. 【서울고등법원2007누17061 (2007.12.28)】【주 문】 1. 피고의 항소를 기각한다. 2. 항소비용은 피고가 부담한다. 【청구취지 및 항소취지】 1. 청구취지 피고가 2006. 2. 17. 원고에 대하여 한 양도소득세경정거부처분을 취소한다. 2. 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다. 【이 유】 이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결문의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다. 그렇다면, 제1심 판결은 정당하므로 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2006구단9347

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

조세특례제한법 제99조

소득세법 제89조

소득세법 시행령 제156조

주택건설촉진법 제33조

택지개발촉진법 제3조

조세특례제한법 시행령 제99조