【재결요지】 「대덕연구개발특구 등의 육성에 관한 특별법」에 따른 대덕연구개발특구 개발사업에 대하여 실시계획 승인을 받아 농지전용허가가 의제된 경우, 농지법령에 따른 농지보전부담금 부과 여부의 기준일은 실시계획의 승인을 신청한 날로 보아야 한다.
【주문】 청구인의 청구를 기각한다.
【청구취지】 피청구인이 2012. 5. 4. 청구인에게 한 54억 9,306만 9,020원의 농지보전부담금 부과처분을 취소한다.
【이유】 1. 사건개요
청구인은 대덕연구개발특구 2단계 개발사업(이하 ‘이 사건 개발사업’이라 한다)의 시행자로서 이 사건 개발사업에 대하여 「대덕연구개발특구 등의 육성에 관한 특별법」 제27조제1항 및 제29조제1항제3호에 따라 2011. 12. 28. 실시계획 승인을 받아 농지전용허가가 의제되자, 피청구인은 청구인에게 2012. 5. 4. 「농지법 시행규칙」 제39조제5호에 의하여 위 실시계획승인일을 농지보전부담금의 부과기준일로 보아 산업용지, 공공시설부지 등은 전액감면하고 이를 제외한 택지로 조성되는 면적에 대하여는 54억 9,306만 9,020원의 농지보전금을 부과(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
2. 청구인 주장
가. 구 「농지법 시행령」(2009. 11. 26. 대통령령 제21848호로 개정된 것, 이하 같다) 별표 2 제10호 가목은 같은 시행령 부칙 제1조와 제4조제1항에 따라 2010. 1. 1.이후 최초로 농지전용허가를 신청하거나 농지전용신고를 한 경우에만 적용할 수 있는데, 이 사건 처분과 관련된 농지전용허가 신청일은 청구인이 이 사건 사업신청을 한 때인 2006. 8. 24. 또는 지식경제부가 청구인의 문지지구개발계획(안)을 수용하여 문지지구를 포함한 4개 지구에 관하여 대덕연구개발특구 2단계 개발사업계획 및 사업시행자 지정을 고시한 2009. 7. 21.이전으로 보아야 하므로, 피청구인이 위 시행령에 따라 한 이 사건 처분은 위법하다.
나. 청구인은 농지전용으로 특별한 이익을 얻은바 없고 약 60억원의 농지보전부담금은 이 사건 개발사업 사업비의 약 15%를 차지하는 거액으로 청구인은 이를 예상할 수 없었던 점, 농지보전부담금을 감면할 수 있도록 규정한 「대덕연구개발특구 등의 육성에 관한 특별법」 제14조의 취지 등을 고려하면, 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙을 위반하였거나 재량권을 일탈ㆍ남용한 위법ㆍ부당한 처분이다.
3. 피청구인 주장
가. 청구인은 이 사건 개발사업 신청일인 2006. 8. 24.을 농지전용허가 신청일이라 주장하나, 이때는 청구인이 사업시행자로 지정되기 이전의 행위로 청구인은 2009. 7. 21.에 비로소 개발사업계획 및 사업시행자로 지정고시 되었기 때문에 위 신청일을 농지전용허가신청일이라 볼 수 없으며, 농지전용협의가 의제되는 실시계획 승인통보일인 2011. 12. 28.이 농지보전부담금 부과기준일이므로 2009. 11. 26. 개정된 「농지법 시행령」에 따라 농지보전부담금을 부과한 이 사건 처분은 적법ㆍ타당하기에 청구인의 청구는 기각되어야 한다.
나. 청구인은 신뢰보호의 원칙 위반 및 재량권 일탈ㆍ남용을 주장하나, 「농지법 시행령」 별표 2에는 농지보전부담금 감면대상 및 감면비율이 일의적으로 규정되어 있고, 이 사건 개발사업 계획수립 협의시에 농지전용이 수반되는 승인일 등을 기준으로 농지보전부담금의 납입대상이 되는 경우 농지보전부담금을 납입해야한다는 의견을 제출하였으며 지식경제부에서도 이를 조치계획에 반영한 점 등을 고려하면 위 주장은 이유없다.
4. 관계법령
농지법 제38조
구 농지법 시행령(2009. 11. 26. 대통령령 제21848호로 개정된 것, 이하 같다) 제45조, 제52조, 별표 2 및 대통령령 제21848호 부칙 제1조, 제4조
농지법 시행규칙 제39조제5호
구 대덕연구개발특구 등의 육성에 관한 특별법(2012. 1. 26. 법률 제11232호로 ‘연구개발특구의 육성에 관한 특별법’으로 개정되기 전의 것, 이하 ‘대덕연구개발특구법’이라 한다) 제14조, 제29조
5. 인정사실
당사자 사이에 다툼이 없는 사실, 청구인과 피청구인이 제출한 농지보전부담금 부과에 따른 의견제출, 지로영수증, 대덕연구개발특구 2단계(문지지구) 개발사업 실시계획 승인고시, 대덕연구개발특구 2단계 개발사업수립계획(안)에 대한 의견제출 등 각 사본과 행정심판청구서 및 답변서의 기재내용을 종합하면, 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.
가. 청구인은 대덕연구개발특구법에 따라 대덕연구개발특구 중 문지지구(대전 유성구 문지동 200 일원 29만 8,137㎡)의 주택건설용지와 산업시설용지 등 개발사업(즉 이사건 개발사업)에 대하여 실시계획 승인을 받은 사업시행자이다.
나. 이 사건 사업의 진행경과는 아래와 같다.
- 아 래 -
다. 위 2009. 5. 21.자 의견제출에 따르면, 피청구인 소속 농업유통과는 피청구인 소속 대덕특구과에 ‘이 사건 개발사업에 편입되는 농지에 대하여는 별도의 농지전용협의 절차를 이행하여야 하며, 농지전용 협의를 받을 때에는 해당 인가ㆍ허가ㆍ승인일을 기준으로 농지보전부담금의 납입대상이 되는 경우에는 납입하여야 한다’는 취지로 의견제출하였다.
라. 또한, 위 2011. 10. 17.자 의견통보에 따르면, 피청구인 소속 농업유통과는 피청구인 소속 과학특구과에 ‘실시계획 인가시점을 기준으로 추후 부과결정 통지하는 농지보전부담금을 납기 내에 납부하여야 하며, 납기내 농지보전부담금을 납부하지 않는 경우에는 농지전용협의를 취소하거나 국세체납처분의 예에 의하여 강제징수할 수 있다는 등의 내용으로 농지전용협의를 통보하고, 협의사항 및 동의조건이 철저히 이행되어야 한다’는 취지로 농지전용협의 의견을 통보하였다.
마. 피청구인이 이 사건 개발사업의 실시계획을 승인하기에 앞서 연구개발특구위원회에 제출한 실시계획(안) 13쪽에 따르면, 피청구인 소속 농업유통과의 협의의견이 반영되어 조치계획에는 ‘실시계획 인가시점을 기준으로 추후 결정되는 농지부담금을 납기 내에 납부하겠음’이라고 기재되어 있다.
바. 또한, 피청구인 소속 과학특구과는 2011. 12. 28. 청구인에게 이 사건 개발사업의 실시계획을 승인하고 고시됨을 알리고 실시계획승인 조건을 고지하였으며, 그 중 농지전용에 관하여는 ‘농지법 제38조제1항 등 제 규정에 의거 실시계획 인가시점을 기준으로 추후 부과결정 통지하는 농지보전부담금을 납기 내에 납부하여야 하며, 납기내 농지보전부담금을 납부하지 않는 경우에는 농지전용협의를 취소하거나 국세체납처분의 예에 의하여 강제징수할 수 있습니다’라는 승인조건이 기재되어 있다.
사. 이후 피청구인은 청구인에게 농지보전부담금 부과에 앞서 농지보전부담금 부과에 따른 자료제출을 요청하였고, 이에 대해 청구인은 2012. 4. 17. 농지보전부담금 부과는 위법ㆍ부당하다는 취지의 의견을 제출하였다.
아. 피청구인은 2012. 4. 20. 청구인에게 ‘농지법시행규칙 제39조제5호에 따라 다른 법률에 따른 인가ㆍ허가ㆍ실시계획승인ㆍ조성계획승인 등을 받은 날 또는 신고를 수리한 날을 농지보전부담금의 부과기준일로 정하여 농지보전부담금 부과를 결정하였다’는 취지로 회신한 뒤, 2012. 5. 4. 54억 9,306만 9,020원의 농지보전부담금을 부과(즉 이 사건 처분)하였다.
6. 이 사건 처분의 위법ㆍ부당 여부
가. 관계법령
1) 「농지법」 제34조 및 제38조에 따르면, 농지를 전용하려는 자는 다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 거쳐 농지를 전용하는 경우 등을 제외하고 농림수산식품부장관의 허가를 받아야 하며, 농지전용허가를 받은 자나 다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 거친 농지를 전용하려는 자는 농지보전부담금을 농지관리기금을 운용ㆍ관리하는 자에게 내야 한다. 다만 대통령령으로 정하는 중요 산업 시설을 설치하기 위하여 농지를 전용하는 경우 등에 해당하면 대통령령이 정하는 바에 따라 농지보전부담금이 감면될 수 있다.
2) 구 「농지법 시행령」 별표 2의 제10호 가목에 따르면, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지를 감면대상으로 하면서 택지로 조성되는 경우는 감면대상에서 제외하고 있고, 같은 법 시행령 부칙 제1조 및 제4조에 따르면, 위 별표 2의 제10호 가목은 2010. 1. 1.부터 시행하면서 이후 최초로 농지전용허가를 신청하거나 농지전용신고를 하는 것부터 적용한다고 규정하고 있다. 이와 관련하여 「농지법 시행규칙」 제39제5호는 다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 거친 농지를 전용하는 경우에 다른 법률에 따른 인가ㆍ허가ㆍ실시계획승인ㆍ조성계획승인 등을 받은 날 또는 신고를 수리한 날을 농지보전부담금 부과기준일로 규정하고 있다.
3) 대덕연구개발특구법 제14조제2항, 제29조, 제43조에 따르면, 국가 및 지방자치단체는 특구개발사업을 원활히 시행하기 위하여 필요한 경우에는 특구개발사업의 시행자에 대하여 농지보전부담금 등을 감면할 수 있다고 규정하고 있으며, 특구개발사업의 시행자가 실시계획의 승인 또는 변경승인을 받은 경우에는 농지의 전용허가 또는 협의를 받은 것으로 보고 실시계획의 승인이 고시된 때에는 농지의 전용허가 또는 협의 등의 고시가 있는 것으로 본다고 규정되어 있다.
나. 판 단
1) 청구인은, 청구인이 이 사건 개발사업을 신청한 때인 2006. 8. 24. 또는 대덕연구개발특구 2단계 개발사업계획 및 시행자 지정이 고시된 2009. 7. 21.이전에 농지전용허가를 신청한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 대덕연구개발특구법 제29조제1항제3호에는 특구개발사업의 시행자가 실시계획의 승인 또는 변경승인을 받은 경우에 농지의 전용허가 또는 협의를 받은 것으로 본다고 규정하고 있고 「농지법 시행규칙」 제39조제5호에는 실시계획승인 등을 받은 날을 농지보전부담금의 부과기준일로 정하고 있는 점, 피청구인 소속 농업유통과는 이 사건 개발산업이 진행되는 과정에서 수차례 주무부서인 피청구인 소속 과학특구과에 이 사건 개발사업으로 인해 농지전용부담금이 부과될 수 있음을 협의의견을 통해 통보하였고, 피청구인(농업유통과)의 이와 같은 의견은 위 과학특구과를 통해 청구인에게 고지되어 사업시행자 지정고시나 이 사건 개발사업의 실시계획안 심의과정에서 청구인이 이를 수용하여 피청구인이 청구인의 개발사업 실시계획을 조건부로 승인고시하게 된 점 등을 종합하여 보면, 청구인이 위 실시계획을 승인신청한 2011. 9. 30.에 농지전용허가를 신청한 것으로 보아야할 것이다. 따라서 피청구인이 이 사건 개발사업 중 택지로 조성된 면적에 관해서 구 「농지법 시행령」 별표 2의 제10호 가목 및 같은 시행령 부칙 제4조를 적용하여 농지부담금을 부과한 이 사건 처분은 위법ㆍ부당하다고 할 수 없다.
2) 또한 청구인은 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙에 위배되거나 재량권을 일탈ㆍ남용한 것이라 주장하지만, 일반적으로 신뢰보호의 원칙이란 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 한 경우에 이를 신뢰하고 어떠한 행위를 한 경우에 적용되는 원칙(대법원 1998. 5. 8. 선고 98두4061 판결 참조)인데, 위 인정사실에 따르면 피청구인이 이 사건 개발사업이 진행되는 과정에서 청구인에게 농지보전부담금을 부과하지 않겠다는 취지의 공적인 견해를 표명한 사실을 인정할 수 없고 오히려 피청구인은 협의의견을 통해 농지보전부담금의 부과대상임을 명확히 한 사실이 인정되는 점, 구 「농지법 시행령」 별표 2 제10호 가목은 산업단지를 택지로 조성하는 경우 재량의 여지없이 농지보전부담금 감면대상에서 제외하도록 규정하고 있는 점, 피청구인은 택지로 조성되는 개발구역에 대해서만 농지보전부담금을 부과한 점 등을 종합하여 보면, 피청구인이 이 사건 처분을 하면서 신뢰보호의 원칙이나 재량권을 일탈ㆍ남용하였다고 볼 수 없고 달리 이를 인정할 만한 구체적인 자료도 없는 이상 청구인의 위 주장도 받아들일 수 없다.
7. 결 론
그렇다면 청구인의 주장을 인정할 수 없으므로 청구인의 청구를 받아들이지 않기로 하여 주문과 같이 재결한다.
