대법원 2001. 3. 23. 선고 99두11196 판결

대법원 2017. 3. 22. 선고 2016두57175 판결

각종 차량 및 부분품의 제조·판매업을 영위하는 회사인 갑 주식회사가 같은 자동차 기업집단에 속한 계열회사인 을 주식회사와 공동연구개발 약정을 체결하여 직전 사업연도 매출액 비율에 따라 기술개발과 관련하여 발생한 전체 공동경비[전체공동경비는 인건비 등 내부비용과 외부비용(연구비)로 구분되고, 외부비용은 부가가치세 과세대상 지출뿐만 아니라 면세대상 지출 등도 포함되어 있다]를 분담하고, 분담비율을 초과하여 지출한 금액에 대하여 상대방으로부터 정산금을 지급받았는데, 갑 회사가 연구비 중 부가가치세 과세대상 지출과 관련된 매입세액 전부를 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고·납부하자, 관할 세무서장이 연구비 중 과세대상 지출만을 기준으로 직전 사업연도 매출액 비율에 따라 안분하여 갑 회사의 분담비율을 초과하는 금액을 산정한 다음, 초과금액은 사업과 직접 관련이 없는 지출에 해당한다는 이유로 매입세액 중 해당 금액에 대한 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과한 사안에서, 부가가치세의 매입세액 공제 범위와 관련하여 구 부가가치세법 시행령 제60조 제3항에 의하여 준용되는 구 법인세법 시행령 제48조에서의 공동경비는 연구비 중 부가가치세 과세대상인 지출에 한정된다는 이유로, 연구비 중 부가가치세 과세대상 지출만을 기준으로 갑 회사의 매출액 비율에 따라 분담금액을 산출하고, 이를 초과하는 금액에 대한 매입세액을 불공제한 위 처분이 적법하다고 본 원심판단이 정당하다고 한 사례

대법원 2000. 9. 29. 선고 99두11493 판결

부동산매매업자의 종합소득에 대하여 구 소득세법 제82조 제2항 제2호의 세액을 산출하는 경우, 부동산매매업자의 매매차익은 실지매매가액에서 필요경비를 공제한 금액으로 하되 과세표준을 계산함에 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 미비한 경우에는 추계의 방법으로서 실지매매가액에 표준소득률을 곱하여 계산한 금액으로 하여야 하는지 여부(적극)

서울고법 2019. 10. 2. 선고 2018누66557 판결

항공운송업을 영위하는 갑 주식회사가 신용카드사, 은행 등과 업무제휴를 맺고, 고객이 위 제휴사의 이용실적에 따라 적립한 마일리지를 갑 회사가 제공하는 항공권 구매, 라운지 이용 등에 사용할 때 사용액만큼의 위 마일리지를 차감하는 제도를 운영하면서, 마일리지의 적립 시점에 제휴사들로부터 일정한 정산금을 지급받아 왔는데, 갑 회사가 차감한 마일리지에 상당하는 사용금액을 부가가치세 과세표준에 포함하여 신고·납부하였다가, 위 마일리지 사용금액 부분이 부가가치세 과세표준에 포함되지 않는 에누리액에 해당한다고 주장하며 신고·납부한 부가가치세를 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 하였으나, 관할 세무서장이 이를 거부한 사안에서, 정산금 또는 마일리지 사용금액이 항공권 구매 등의 마일리지 사용으로 인한 거래와 대가관계가 있는 것이라고 볼 수 없고, 마일리지 사용액은 ‘에누리액’의 성격을 가진 것으로서 어떠한 금전적 가치를 가진 것이라고 볼 수 없으므로, 정산금 혹은 마일리지 사용금액이 위 거래의 부가가치세 과세표준에 포함될 수 없다고 보아 위 처분이 위법하다고 한 사례

대구고법 2019. 4. 12. 선고 2018누4657 판결

한국사학진흥재단이 사학진흥기금을 설치하여 사학기관을 상대로 사학기관의 재산과 교육용 설비·기자재의 개수·보수 및 확충에 필요한 자금을 융자하는 사업을 영위하면서 융자사업에서 발생한 이자소득 전부를 준비금으로 설정하여 손금에 산입하여 해당 사업연도의 법인세를 신고하였고, 이와 같이 손금산입한 준비금을 융자사업의 재원으로 편입하여 재융자에 사용해왔는데, 과세관청이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 모두 부인하고, 해당 사업연도 귀속 법인세 및 가산세 부과처분을 한 사안에서, 위 재단이 고유목적사업준비금이라고 계상한 자금은 ‘융자사업에 지출하기 위하여’ 보관된 것이고, 융자사업은 구 법인세법 시행령 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업에 해당하여 융자사업에 지출하기 위하여 적립한 준비금은 손금에 산입할 수 없으므로, 위 처분이 적법하다고 한 사례

대법원 2017. 3. 9. 선고 2016두55605 판결

주류 제품의 제조·판매업을 하는 갑 주식회사와 주류 제품 등의 수입·판매업을 하는 을 주식회사가 공동경비를 매출액을 기준으로 분담하고 분담비율 초과지출액에 대해서는 상대방으로부터 해당 금액을 지급받으면서 매출세금계산서를 발행하기로 하는 공동경비 정산계약을 체결한 후 병 주식회사가 을 회사로부터 사업 일체를 양수하면서 정산계약상 지위를 승계하였는데, 특수관계에 있는 갑 및 병 회사가 분담비율을 정하여 각각 세금계산서를 발행하고 부가가치세를 신고·납부하자, 과세관청이 분담비율을 다시 산정한 후 비율 초과지출액에 대한 매입세액을 불공제하면서 그만큼 상대방에게 용역을 제공한 것으로 보아 매출세액에 가산하여 갑 및 병 회사에 부가가치세 부과처분을 한 사안에서, 처분 중 초과지출액 관련 매출세액 가산 부분이 위법한다고 한 사례