서울고등법원 2020.11.06 선고 2020누37378 판결

원고가 제공하는 용역이 전문, 과학 및 기술 서비스업에 해당하여 영세율 적용 대상인지 여부[국패] 【사 건】 2020누37378 부가가치세부과처분취소 【원고,항소인】 A 【피고,피항소인】 B세무서장 【제1심 판 결】 서울행정법원-2019구합-56470(2020.02.14) 【변 론 종 결】 2020.09.25 【판 결 선 고】 2020.11.06 【주 문】 1. 제1심판결을 취소한다. 2. 피고가 2017. 11. 7. 원고에 대하여 한 [별지 1] 기재 부가가치세 부과처분(가산세포함) 중 취소를 구하는 세액란 기재 각 부과처분을 모두 취소한다. 3. 소송총비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 주문과 같다. 【이 유】 1. 처분의 경위 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 판결의 이유는, 아래와 같이 고치는 외에는 제1심판결의 이유 중 해당 부분(제1심판결문 제2면 제7행부터 제3면 제16행까지)의 이유 재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다. 【고치는 부분】 ○ 제1심판결문 제2면 제11행의 “임상시험계약”을 “임상시험 및 그 관리 용역 계약”으로 고친다. ○ 제1심판결문 제2면 제19행, 제3면 제2행, 제14행의 각 “임상시험용역”을 각 “임상시험 및 그 관리 용역”으로 고친다. 2. 이 사건 처분의 적법 여부 가. 당사자들 주장의 요지 1) 원고 이 사건 용역에 대하여 부가가치세법상 영세율이 적용되는지 여부는 위 용역이 개정 전 시행령 제33조 제2항 제1호 각 목에 해당되는지 여부에 따라 결정되고, 개정전 시행령 제4조 제1항은 “재화나 용역을 공급하는 사업의 구분은 개정 전 시행령에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계청장이 고시하는 해당 과세기간 개시일 현재의 한국표준산업분류에 따른다.”고 규정하고 있으므로, 개정 전 시행령 제33조 제2항 제1호 각 목에서 규정하고 있는 영세율이 적용되는 외화 획득 용역에 해당하는 사업인지 여부는 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류상의 정의에 따라 판단하여야 한다. 원고는 F와의 계약에 따라 국내에서 임상시험을 개시하고 수행하게 되는데, 임상시험실시기관인 의료기관의 역할은 임상시험의 일부 절차에 해당하고, 원고는 그 외에 연구자 및 병원 선정, 계약체결, 시험약 주문 및 배송, 임상시험 모니터링, 임상시험 데이터 보고 등 임상시험수탁기관으로서 중요하고 본질적인 활동을 한다. 따라서 원고는 의료기관이 수행하는 임상시험실시용역을 포함한 전체적인 ‘임상시험관리용역’을 F에 공급하는 것이고, 이러한 ‘임상시험관리용역’은 고도의 전문 지식과 훈련을 받은 인적 자본을 서비스 생산의 주요 요소로 투입하고 있으며, 이 사건 계약에 의하여 F를 위하여 의학 및 약학 연구개발 활동 또는 기타 전문, 과학 및 기술적 업무를 제공하는 산업활동에 해당하므로, 한국표준산업분류에 따를 때 개정 전 시행령 제33조 제1항 나목의 ‘전문, 과학 및 기술 서비스업’에 해당한다. 따라서 임상시험용역이 부가가치세법 시행령 개정으로 영세율 적용 대상에 포함된2015. 2. 3. 이전에 공급된(즉, 개정 전 시행령이 적용되는) 이 사건 용역에 대해서도 영세율이 적용되어야 한다. 2) 피고 부가가치세법 제14조 제1항 제2호에 의하면, ‘거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 용역’의 공급은 주된 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다. 이 사건 계약의 문언에 의하더라도 원고가 연구자 및 병원을 선정하여 계약을 체결하고, 시험약을 주문 및 배송하거나, 임상시험을 모니터링 하는 등의 용역은 임상시험의 수행을 위하여 필요한 서비스에 불과한 점, 원고가 임상시험용역(협의의 임상시험용역, 즉 ‘임상시험실시용역’을 의미한다)을 수행하기 위해서는 반드시 임상시험 관련 법령의 규정에 의하여 임상시험관리용역을 제공할 수밖에 없는 점, 한국표준산업분류는 산업활동이 복합 형태로 이루어질 경우 제공된 서비스 중에서 부가가치(액)가 가장 큰 활동을 주된 산업 활동으로 보고 있는데, 원고가 F에게 청구한 용역대금의 대부분은 직접비(의료기관의 연구비, 수수료, 약품비 등)에 해당하는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 용역은 임상시험실시용역이 주된 용역에 해당하고, 연구자 및 병원 선정, 계약체결, 시험약 주문 및 배송, 임상시험 모니터링, 임상시험 데이터 보고 등의 임상시험관리용역은 주된 용역인 임상시험실시용역에 부수하여 공급되는 부수적인 용역에 해당하므로, 이 사건 용역의 실질은 임상시험용역(협의의 임상시험용역, 즉 ‘임상시험실시용역’을 의미한다)인 것으로 해석함이 타당하다. 그런데 보건업에 해당하는 임상시험용역은 개정 후 시행령에 의하여 비로소 영세율 적용대상이 되었으므로, 개정 전에 공급된 이 사건 용역은 영세율 적용대상이 아니다. 나. 관계 법령 별지 2 기재와 같다. 다. 판단 1) 관련 법령 및 법리 부가가치세법에 의하면 부가가치세의 세율은 10%이나, 부가가치세법 제24조 제1항은 제21조부터 제23조까지의 규정에 따른 재화 또는 용역의 공급 외에 외화를 획득하기 위한 재화 또는 용역의 공급으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제30조에도 불구하고 영세율을 적용한다고 규정하면서 국내에서 공급하는 용역 중 일정한 요건을 갖추는 경우 영세율을 적용하도록 하고 있다. 이에 부가가치세법 제24조 제1항 제3호의 위임을 받은 개정 전 시행령 제33조 제2항 제1호 나목은 국내에서 국내사업장이 없는 외국법인에 각 목의 어느 하나에 해당하는 용역을 제공하고, 그 용역대금을 외국환은행에서 원화로 받거나 기획재정부령이 정하는 방법으로 받는 경우 영세율을 적용하도록 하면서, 이에 해당하는 재화 또는 사업 중 하나로 “전문, 과학 및 기술 서비스업”을 규정하고 있다. 한편, 개정 전 시행령이 2015. 2. 3. 개정되면서 ‘보건업(임상시험용역을 공급하는 경우로 한정한다)’이 영세율 적용대상 사업에 추가되었다(개정 후 시행령 제33조 제2항제1호 차목). 개정 전 시행령 제4조는, ‘재화나 용역을 공급하는 사업의 구분은 시행령에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계청장이 고시하는 해당 과세기간 개시일 현재의 한국표준산업분류에 따른다’고 규정하고 있다. 한국표준산업분류에 의하면, 생산단위의 산업활동은 일반적으로 주된 산업활동, 부차적 산업활동 및 보조적 활동이 결합되어 복합적으로 이루어지는데, 생산단위의 산업을 결정함에 있어서는, 그 생산단위가 수행하는 주된 산업활동(판매 또는 제공하는 재화 및 서비스)의 종류에 따라 결정되고(이러한 주된 산업활동은 산출물에 대한 부가가치액의 크기에 따라 결정되어야 하나, 부가가치액 측정이 어려운 경우에는 산출액에 의하여 결정한다), 생산단위는 산출물뿐만 아니라 투입물과 생산공정 등을 함께 고려하여 그들의 활동을 가장 정확하게 설명된 항목에 분류해야 하며, 산업활동이 결합되어 있는 경우에는 그 활동단위의 주된 활동에 따라서 분류하여야 한다. 또한 여러 개의 용역을 하나의 공급단위로 하는 거래에서 어느 것이 주된 용역이고 어느 것이 부수된 용역인지는 구체적인 거래의 형태에 비추어 거래 당사자 사이의 공급의 목적과 의도가 어디에 있는지를 보아서 판단하여야 한다(대법원 2017. 5. 11.선고 2015두37549 판결 등 참조). 2) 구체적 판단 가) 이 사건 용역의 경우, 원고가 국내에 사업장을 가지고 있지 아니한 외국법인인 F에게 용역을 제공하고 그 대가를 원고가 F에게 지급하여야 할 외화매입채무와 상계함으로써 영세율 적용 대상이 되기 위한 공급의 상대방 및 용역대가 수취 방식 요건을 모두 충족하였다는 점에 관하여는 당사자 사이에 다툼이 없다. 나) 갑 제1, 3, 4, 5 내지 8, 11호증, 을 제3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 용역은 개정 전 시행령 제33조 제2항 제1호 나목이 정한 ‘전문, 과학 및 기술 서비스업’에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다. ○ 임상시험은 의약품 등의 안전성과 유효성을 증명하기 위하여 사람을 대상으로 해당 약물의 약동․약력․약리․임상적 효과를 확인하고 이상반응을 조사하는 시험을 의미한다(약사법 제2조 제15호). 위와 같은 임상시험에 관련된 자들로는, 임상시험의 계획․관리․재정 등에 관한 책임을 가지는 ‘임상시험 의뢰자’, 임상시험과 관련된 임상시험 의뢰자의 임무나 역할의 일부 또는 전부를 대행하기 위하여 임상시험 의뢰자로부터 계약에 의해 업무를 위임받은 ‘임상시험수탁기관’, 그리고 시설, 전문인력 및 기구 등을 갖추어 식품의약품안전처장이 별도로 지정하는 의료기관으로서 실제 임상시험이 실시되는 기관인 ‘임상시험실시기관’이 있다. 약사법 제34조 제3항 제1호에 의하면, 의약품등으로 임상시험을 하려는 자(임상시험 의뢰자)는 약사법에 따른 임상시험실시기관에서 임상시험을 실시할 의무를 부담하는바, 약사법은 ‘임상시험 의뢰자’와 ‘임상시험실시기관’을 엄격하게 구별하고 있다. 또한, 임상시험 의뢰자는 임상시험에 관한 계획서를 작성하여 식품의약품안전처장의 승인을 받아야 하고, 승인받은 사항을 변경하려는 경우에도 변경승인을 받아야 하며, 임상시험의 실시 기준 준수, 임상시험 대상자에 대한 정보 고지, 임상시험 대상자에 대한 피해 배상 또는 보상을 위한 보험 가입 및 절차 준수, 임상시험용 의약품 등의 안전성 정보에 대한 평가ㆍ기록ㆍ보존ㆍ보고 등의 의무를 부담하는 반면(약사법 제34조 제1항, 제3항), 임상시험실시기관은 임상시험 대상자 선정 기준 준수, 임상시험 대상자 내지 그 대리인에 대한 임상시험, 보상절차 등의 설명, 임상시험성적서 작성․발급, 임상시험에 관한 기록 등의 의무를 부담하는바(약사법 제34조의2 제3항), 약사법상 임상시험 의뢰자와 임상시험실시기관이 부담하는 각 의무의 내용도 구별된다. ○ 한편, 임상시험 의뢰자가 해외법인인 경우, 임상시험 의뢰자인 해외법인은 국내의 임상시험 관련 규정에 따른 책임과 의무를 이행하기 어려워 해외법인과 별개의 법인격을 가지는 국내기관(임상시험수탁기관)에 임상시험 의뢰자로서의 임무를 전부 위임하는 경우가 많다. 이에 따라 임상시험수탁기관은, 식품의약품안전처장이 지정한 임상시험실시기관의 장과 연구비의 규모 등 임상시험의 재정에 관한 사항, 업무의 위임 및 분장에 관한 사항, 임상시험 의뢰자와 임상시험실시기관의 장이 부담하는 의무 등에 관한 임상시험 계약을 체결하고, 임상시험 의뢰자로서의 의무 및 업무를 수행하며, 임상시험실시기관으로부터 전달받은 임상시험의 결과를 해외법인(임상시험 의뢰자)에게 제공하게 된다. 이 사건 용역의 경우도 임상시험 의뢰자가 해외법인인 F로서, 임상시험 수탁기관인 원고가 F로부터 임상시험 의뢰자로서의 임무를 위임받은 경우에 해당한다. 다음과 같은 이 사건 계약의 문언에 의하면, 원고는 ① 임상시험 승인, 임상시험 기획(연구자 및 병원 선정), 모니터링, 데이터 관리 등 임상시험 의뢰자로서의 의무 및 업무에 해당하는 용역은 직접 수행하고, ② 임상시험실시기관인 국내 의료기관에 임상시험을 의뢰하여 실시한 이후 임상시험의 결과를 F에 제공하게 된다. 원고는 F를 위하여 본 계약에 따라 지역에서 임상시험 및 의학 및 임상연구를 수행한다. 원고는 다음 각 호의 서비스를 포함하되 이에 한정하지 아니하고 한국 내에서 임상시험의 수행을 위하여 필요한 모든 서비스를 F에 제공한다. • G 그룹의 표준작업지침서(SOP)에 따라 지역에서 임상시험을 개시하고 수행함 • 연구자 및 병원을 선정함 • 연구자 및 병원과 체결할 계약을 협상하고 이행함 • 시험약을 주문하고 배송함 • 임상시험을 모니터링하고 임상시험 데이터를 F에 보고함 ○ 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 계약에 따라 원고가 F에 공급하는 이 사건 용역은, 임상시험의 계획, 승인, 실시, 관리, 결과의 보고라는 행위가 결합되어 ‘임상시험의 전체 과정’을 수행하는 용역, 즉 임상시험실시용역과 임상시험관리용역을 포괄하는 전체적인(넓은 의미의) ‘임상시험용역’[이하 ‘임상시험용역(임상시험관리용역)’이라고 한다]에 해당하고, 이는 원고가 임상시험실시기관(의료기관)으로부터 공급받는 ‘임상시험실시용역’과 구분되는 독자적인 가치를 가지는 사업이라고 봄이 타당하다. - F는 임상시험실시기관과 직접 임상시험실시계약을 체결할 수도 있다. 그러나 앞서 본 바와 같이 해외법인인 F가 임상시험 의뢰자로서 국내의 임상시험 관련 규정에 따른 책임과 의무를 이행하는 데 어려움이 있고, 그에 따라 국내 기관인 원고에게 임상시험 의뢰자로서의 임무를 전부 위임할 필요성이 있어 이 사건 계약이 체결되었다. 이와 같은 이 사건 계약 체결 경위에다가, 의료기관이 아닌 원고는 임상시험실시기관이 될 수 없으므로, 이 사건 계약 체결 당시부터 임상시험의 실시와 관련된 부분은 임상시험실시기관에 위탁하여 수행할 수밖에 없었던 점, 임상시험실시 위탁을 통하여 임상시험실시기관이 담당하는 역할은, 원고가 수행하게 되는 임상시험의 계획, 승인, 실시, 관리, 결과의 보고라는 전체 임상시험 수행 과정의 일부에 불과한 점 등을 더하여 보면, F는 본질적으로 임상시험수탁기관인 원고를 통하여 임상시험의 실시와 아울러 임상시험의 개시 시점부터 종료 시점까지 임상시험 수행에 있어 필요한 법령상 요건을 충족하고자 이 사건 용역을 제공받는 것으로 보인다. - 이 사건 계약에 의하면, 원고는 임상시험 수행 과정에서 지득한 정보 등을 지속적으로 F에게 제공하여야 하고, 원고가 이 사건 계약에 따라 수행한 작업의 모든 결과(임상개발결과)는 F의 독점적, 비제한적 자산으로 귀속되는바, ‘임상시험 수행 결과(임상시험실시기관이 실시한 시험 결과)를 제공하는 것’ 또한 이 사건 용역의 중요한 내용 중 하나에 해당한다는 점은 인정된다. 그러나 ’임상시험 수행 결과 제공‘의 측면에서 보더라도, 임상시험수탁기관이 전문적인 지식을 가진 인력들을 투입하여 임상시험 수행의 전반을 감독하고, 임상시험관련 자료 등의 정확성 등을 지속적으로 모니터링하며, 적절하게 임상시험자료를 처리하는 등의 업무를 수행함으로써 임상시험에 대한 품질보증, 임상시험자료에 대한 품질관리가 이루어진다는 점을 고려할 때, 단순히 임상시험실시기관이 임상시험을 실시하는 것만으로 종국적인 부가가치가 생성된다고 보기는 어렵고, 원고가 직접적으로 수행하는 임상시험 승인, 임상시험 기획(연구자 및 병원 선정), 모니터링, 데이터 관리 등의 용역이 결합함으로써 그 부가가치가 창출되는 것으로 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 용역 중 원고가 직접 수행하여 F에게 제공하는 용역이 임상시험실시용역과의 관계에서 단순히 ’임상시험의 수행(실시)에 필요한 용역으로서, 부수적으로 제공하는 용역‘에 불과하다고 평가하기는 어렵다. - 원고가 F에 청구한 용역대금의 내역은 아래 표 기재와 같다. 위 ’직접비‘는 임상시험 실시 위탁을 통하여 임상시험실시기관이 용역을 수행하는데 필요한 비용으로서 원고가 청구한 전체 용역대금의 약 62%에 해당하고, 위 ’간접비‘는 그 외에 원고가 직접 수행하는 임상시험용역의 지원 및 관리 등에 소요되는 비용(이윤 포함)으로서 원고가 청구한 전체 용역대금의 약 38%에 해당한다. 앞서 본 바와 같은 이 사건 계약의 체결 경위, 이 사건 용역 중 원고가 직접 수행하여 F에게 제공하는 용역과 임상시험실시용역과의 관계, 전체 용역대금 중 간접비가 차지하는 비율이 약 38%로 결코 작다고 할 수 없는 점 등을 고려할 때, 단순히 용역 제공을 위해 투입된 절대 비용만을 기준으로(투입된 비용 중 직접비의 비중이 간접비의 비중보다 다소 높다는 이유만으로) 임상시험실시용역이 주된 용역에 해당하고 원고가 직접 수행한 용역은 부수적인 용역에 불과하다고 단정할 수는 없다. 더욱이 원고가 F에게 ‘이윤’이라는 명목으로 청구하는 용역대금은 ‘간접비의 5%’로 계산된바, 원고의 수익 창출은 본질적으로 임상시험실시용역을 지원 및 관리하는 등의 용역 제공을 통해 이루어졌다는 점에서도 원고가 직접 수행한 용역이 단순히 부수적인 용역에 불과한 것이라고 평가할 수는 없다. ○ 한편 피고는, 한국표준산업분류의 산업분류 적용원칙은 자기가 직접 실질적인 생산활동을 하지 않고 다른 계약업자에 의뢰하여 재화 또는 서비스를 자기계정으로 생산하게 하고 이를 자기명의로 자기책임 하에서 판매할 경우 이를 재화나 서비스 자체를 직접 생산하는 단위와 동일한 산업으로 분류하도록 규정하고 있는바, 원고가 이 사건 용역에 있어 임상시험실기기관에게 원고의 계정으로 임상시험실시용역을 수행하게한 뒤 F에게 위 임상시험실시용역을 원고의 명의와 책임 하에 제공하였다 면, 비록 임상시험을 직접 수행(실시)한 것은 임상시험실시기관이라 하더라도 위 임상시험을 원고가 스스로 수행한 것으로 보아, 이 사건 용역은 임상시험실시기관이 임상시험실시용역을 수행한 경우와 동일한 산업으로 분류되어야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 위와 같은 한국표준산업분류의 산업분류 적용원칙은, 위탁자와 수탁자의 실질적인 생산활동 범위가 대체적으로 동일함을 전제로 한 것으로 봄이 타당하고, 단지 위탁자의 사업 중 일부만을 대행하는 것에 불과한 수탁자의 산업을 위탁자의 산업과 무조건 동일하게 분류하도록 하는 취지라고 보기는 어렵다. 앞서 본 바와 같이 원고는 임상시험의 계획, 승인, 실시, 관리, 결과의 보고 등 임상시험의 전체 과정을 수행하는 이 사건 용역을 제공하며, 임상시험실시기관은 원고가 임상시험수탁기관으로서 수행해야 하는 사업 중 일부인 임상시험실시용역을 수행하는 것에 불과하다. 약사법상 임상시험 의뢰자와 임상시험실시기관이 엄격하게 구별되고, 임상시험 의뢰자와 임상시험실시기관이 부담하는 의무의 내용 또한 구별되는바, 이 사건과 같이 임상시험 의뢰자와 임상시험실시기관이 별도로 존재하는 경우 임상시험실시 기관이 임상시험 의뢰자의 업무를 수행할 수는 없으므로(임상시험 의뢰자가 임상시험실시기관의 업무를 수행할 수도 없다), 원고와 임상시험실시기관이 서로 동일한 용역을 수행한다거나, 혹은 임상시험실시기관이 원고가 수행하는 이 사건 용역 대부분을 수행하였다고 볼 수 없다. 그렇다면 한국표준산업분류의 위 산업분류 적용원칙을 근거로원고가 수행하는 이 사건 용역을 임상시험실시기관이 수행하는 임상시험실시용역과 동일하게 분류할 수는 없고, 이 사건 용역은 임상시험실시(위탁)용역과 임상시험관리용역을 포괄하는 전체적인(넓은 의미의) ‘임상시험용역’에 해당하는 것으로 봄이 타당하다. ○ 한국표준산업분류는 ‘전문, 과학 및 기술 서비스업’을 ‘다른 사업체를 위하여 전문, 과학 및 기술적 업무를 계약에 의하여 수행함으로써 경영의 전문성과 효율성을 달성하도록 지원하는 산업활동으로, 고도의 전문 지식과 훈련을 받은 인적 자본이 서비스 생산의 주요 요소로서 투입된다’고 정의하고 있다. 이 사건 용역은, ① 원고가 약사 11명, 간호사 12명, 수의사 2명, 생명과학, 생물학, 화학 전공자 12명 등 총 37명의 고도의 전문 지식과 훈련을 받은 인적 자본을 별도의 조직으로 구성하여 용역의 공급에 투입하고 있는 점, ② 원고가 임상시험 수행과정에서 지득한 정보 등과 이 사건 계약에 따라 수행한 작업의 모든 결과(임상개발결과)는 F의 독점적, 비제한적 자산으로 귀속되고, 임상시험 의뢰자인 F는 원고를 통해 임상시험의 전체 과정을 수행함으로써 임상시험 결과를 얻는 과정에서 소요되는 시간과 비용을 절약하는 등으로 그 경영의 전문성, 효율성을 달성할 수 있으므로, 이 사건 용역은 ‘다른 사업체(F)를 위하여’ 전문, 과학 및 기술적 업무를 수행한 것으로 볼 수 있는 점, ③ 원고가 이 사건 계약을 통해 임상시험 의뢰자로서의 ‘독립적인 지위’를 부여받은 사실은 인정되나, ‘다른 사업체를 위하여’ 전문,과학 및 기술적 업무를 수행한다는 의미를 반드시 ‘다른 사업체에 종속된 지위에서’ 업무를 수행해야 한다는 의미로 한정할 이유는 없으며, 원고와 같이 독자적인 지위에서 업무를 수행할 수 있는 경우에도, 그 업무 수행 결과가 타인에게 제공되어 타인이 활용할 수 있고, 당초 그와 같은 결과를 얻기 위한 목적에서 독자적인 지위가 부여된 것이라면 ‘다른 사업체를 위하여’ 업무를 수행한 것으로 평가할 수 있는 점 등에 비추어볼 때, 한국표준산업분류상 ‘전문, 과학 및 기술 서비스업’에 해당하는 것으로 볼 수 있다. 한편 피고는, 이 사건 용역은 단순히 사람을 상대로 의약품 등의 효과를 증명하기 위한 실험을 하는 것이거나, 임상시험 승인, 임상시험 기획(연구자 및 병원 선정), 모니터링, 데이터 관리 등의 용역을 수행하는 것에 불과한바, 지식을 축적하거나 새로운 응 용 부문에 적용하기 위한 전문, 과학 및 기술적 업무를 수행하는 것이라고 보기는 어렵다고 주장한다. 그러나 한국표준산업분류는 ‘전문, 과학 및 기술 서비스업’의 하위분류로 연구개발업(지식 축적을 증가하거나 이용 가능한 지식을 통해 새로운 응용 부문에 적용하기 위한 산업활동), 전문서비스업(전문적 서비스를 제공하는 산업활동), 건축 기술 엔지니어링 기타 과학 기술 서비스업(전문지식을 이용하여 각종 기획, 설계, 분석 시험 서비스 등을 제공하는 산업활동), 기타 전문, 과학 및 기술 서비스업(그 외 위 산 업활동들에 준하는 산업활동)을 들고 있는바, 설령 이 사건 용역이 피고가 주장하는 바와 같이 ‘지식을 축적하거나 새로운 응용 부문에 적용하기 위한 전문, 과학 및 기술적 업무의 수행’에 해당하지 않는다고 가정하더라도, 이는 이 사건 용역이 ‘전문, 과학 및 기술 서비스업’의 하위분류들 중 ‘연구개발업’에 해당하지 않는다는 것에 불과하고, 앞서 본 사정들에 비추어 볼 때 이 사건 용역은 ‘전문, 과학 및 기술 서비스업’의 하위분류들 중 적어도 ‘기타 전문, 과학 및 기술 서비스업’에는 해당한다고 평가할 수 있다. 따라서 피고의 위 주장도 받아들일 수 없다. ○ 피고는, 개정 후 시행령에서 영세율 적용대상에 ‘보건업(임상시험용역을 공급하는 경우로 한정한다)’이 추가되었는데, ① 위 규정은 보건업에 포함되는 임상시험용역을 수행하는 주체에 관한 아무런 제한을 두고 있지 않은 점, ② 부가가치세법 시행령 및 한국표준산업분류 또한 보건업 내지 보건 의료활동으로 분류되는 용역들을 수행하는 주체를 한정하고 있지 않은 점, ③ 개정 후 시행령은 해외 제약사 등에 제공하는 임상시험용역에 관한 경쟁력 제고 목적으로 ‘보건업(임상시험용역을 공급하는 경우로 한정한다)’을 영세율 적용대상으로 추가한 것인데, 위 규정을 ‘의료기관이 임상시험을 공급하는 경우’에만 적용되는 것으로 한정하여 해석할 경우 해외법인과 거래하는 한국소재 법인이 의료기관이 아니라는 이유만으로 영세율을 적용받지 못하게 될 우려가 있어 그 취지에 반하는 점 등을 종합하여 보면, 개정 후 시행령은, 그 공급 주체와 무관하게, 종래 영세율 적용 대상이 되지 아니하였던 ‘임상시험용역’을 영세율의 적용대상으로 추가하기 위한 것이고, 원고의 이 사건 용역도 위와 같은 개정 후 시행령에 의하여 비로소 영세율의 적용대상이 된 것이라는 취지의 주장을 한다. 그러나 기획재정부의 ‘2014년 간추린 개정세법’에서는, 개정 후 시행령이 의료기관의 임상시험용역 경쟁력 제고를 위하여 ‘의료기관이 제공하는 임상시험용역’을 영세율적용대상으로 추가한 것임을 명시하고 있다(갑 제8호증 참조). 위와 같은 부가가치세법시행령의 개정취지를 고려하면, 위 시행령 개정 이전에는 의료기관이 제공하는 임상시험용역(임상시험실시용역)이 영세율의 적용대상이 되지 아니하였다가, 위 시행령 개정이후에는 의료기관이 제공하는 임상시험용역(임상시험실시용역)에 대하여도 영세율이 적용되게 된다는 점을 알 수 있을 뿐, 해외법인과 거래하는 한국소재 법인이 제공하는 ‘임상시험용역(임상시험관리용역)’이 개정 전 시행령 상 ‘전문, 과학 및 기술 서비스업’에 해당되지 않는다거나, 개정 전 시행령상 영세율의 적용대상이 되지 아니한다고 단정할 수는 없다. 한편, 앞서 본 바와 같이, 이 사건 용역은 해외법인과 거래하는 한국소재 법인이 제공하는 ‘임상시험용역(임상시험관리용역)’으로서, 시행령 개정 전후를 불문하고 부가가치세법 시행령 제33조 제2항 제1호 나목이 정한 ‘전문, 과학, 기타 서비스업’에 해당하여 영세율 적용대상이 될 수 있다. 따라서 개정 후 시행령에 의하여 영세율 적용대상으로 추가된 ‘보건업(임상시험용역을 공급하는 경우)’에 관하여 그 임상시험용역 공급 주체를 의료기관으로 한정할 것인지 여부와 무관하게, 해외법인과 거래하는 한국소재 법인이 제공하는 ‘임상시험용역(임상시험관리용역)’이 영세율 적용대상에서 제외된다거나, 개정 후 시행령에 의하여 비로소 영세율 적용대상이 된다고 볼 것은 아니므로, 이와 다른 전제에 선 피고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다. 3. 결론 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고, 원고의 이 사건 청구를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2020누37378

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

부가가치세법 시행령 제33조

부가가치세법 제14조 제24조

약사법 제2조 제34조

민사소송법 제420조

행정소송법 제8조

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