+ - 북마크 저장 [행정] 항소사건

광주고등법원(제주) 2020.10.28 선고 2020누1287 판결

해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10 범위를 초과하여 부여된 신주발행형 주식매수선택권의 행사차익은 손금에 산입되지 아니함 [국승] 【사 건】 2020누1287 경정청구거부처분취소 【원고, 항소인】 주식회사 ○○○ 【피고, 피항소인】 □□세무서장 【제1심 판 결】 제주지방법원 2020. 5. 26. 선고 2018구합6083 판결 【변 론 종 결】 2020. 9. 23. 【판 결 선 고】 2020. 10. 28. 【주 문】 1. 원고의 항소를 기각한다. 2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고가 2017. 4. 21. 원고에게 한 별지1 기재 경정거부처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 취소한다.. 【이 유】 1. 처분의 경위 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 다음과 같이 고쳐 쓰거나 추가하는 것 외에는 제1심판결의 제2쪽 내지 제3쪽의 “1. 처분의 경위” 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다. ○ 제2쪽 제9행의 “사전에” 앞에 “구 벤처기업 육성에 관한 특별조치법(2013. 8. 6. 법률 제12004호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 벤처기업법’이라 한다) 제16조의3에 따라”를 추가함 ○ 제2쪽 표 아래에 “○ 원고가 그 임직원들에게 부여한 이 사건 주식매수선택권의 구체적인 내역은 별지2 ‘이 사건 주식매수청구권 부여 내역’ 기재와 같고, 원고 임직원들의 이 사건 주식매수선택권의 행사에 관한 구체적인 내역은 별지3 ‘이 사건 주식매수청구권 행사 내역’ 기재와 같다.”를 추가함 ○ 제2쪽 표 아래 제2행의 “세액”을 “세액(별지2 ‘이 사건 주식매수청구권 부여 내역’ 중 4회차 내지 17회차와 관련된 금액에 해당한다)”로 고쳐 씀 ○ 제3쪽 제4행의 “하였다.” 다음에 “구체적인 손금 산입 내역은 별지 4 ‘손금 산입 내역’ 기재와 같다.”를 추가함 2. 관계 법령 별지5 기재와 같다. 3. 판단 가. 원고 주장의 요지 1) 법인의 그 임직원에 대한 주식매수선택권의 부여는 통상의 급여를 대체하는 수단으로서, 신주발행형 주식매수선택권의 행사와 관련된 거래의 법적 성질을 손익거래와 자본거래가 서로 얽혀 있는 혼합거래로 보아야 하므로, 법인세의 본질, 기본 원리, 관계 법령에 비추어 볼 때 이 사건 행사차익은 인건비로서 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제1522호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제19조 제1항에서 정한 손금에 해당한다. 2) 설령 이 사건 행사차익이 인건비로서 손금에 산입될 수 없다고 하더라도 주식매수선택권의 행사차익에 관한 손금 산입 한도를 규정한 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제20조 제1항 제3호에서의 “발행주식총수의 100분의 10”은 “부여법인”이 아닌 “부여받거나 지급받은 자(임직원)”를 기준으로 판단하여야 하는바, 그와 같이 판단할 경우 이 사건 행사차익 전액이 손금에 산입되어야 한다. 3) 또한 주식매수선택권의 행사차익에 관한 손금 산입 한도를 정한 구 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호에서의 “발행주식총수의 100분의 10”은 주식매수선택권의 부여 시점이 아닌 행사 시점(신주발행 시점)을 기준으로 판단하여야 하는바, 그와 같이 판단할 경우 이 사건 행사차익 전액이 손금에 산입되어야 한다. 나. 관련 법리 조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론이고 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 허용되어서는 아니 된다(대법원 2006. 5. 25. 선고 2005다19163 판결 등 참조). 그리고 과세대상이 된 재산이 비과세 혹은 감면대상이라는 점은 이를 주장하는 납세의무자에게 증명책임이 있다(대법원 1996. 4. 26. 선고 94누12708 판결 등 참조). 다. 판단 1) 이 사건 행사차익이 인건비로서 손금에 해당하는지 여부 관계 법령상 손금, 주식매수선택권의 개념, 각 규정의 내용과 취지 등에 비추어 보면, 다음과 같은 이유로 이 사건 행사차익은 원고의 2014, 2015 사업연도의 손금에 해당한다고 볼 수 없으므로, 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다. 가) 구 법인세법 제19조 제1항에 따르면, 손금에 산입되기 위해서는 그 금액이 해당 법인의 ‘순자산을 감소시키는 거래’로 인하여 발생한 것이어야 하는데, 차액보상형 주식매수선택권과는 달리 신주발행형 주식매수선택권의 경우에는 ① 그 행사차익이 당초 법인의 자산을 구성한 적이 없고, ② 주식매수선택권의 행사 시점에 행사차익 상당의 비용이 지출되거나 손실이 발생하는 거래가 이루어지지 아니하며, 주식매수선택권 행사로 인한 신주발행의 결과 법인의 순자산이 증가할 뿐 순자산이 감소되지 아니한다. 나) 이에 대하여 원고는, 신주발행형 주식매수선택권의 행사로 인하여 행사가액과 행사 당시 시가의 차액만큼 회사의 순자산이 감소한 것으로 볼 수 있으므로 차액보상형 주식매수선택권을 행사한 경우와 마찬가지로 신주발행형 주식매수선택권의 행사로 인한 차액을 손금으로 인정해야 한다고 주장한다. 그러나 신주발행형 주식매수선택권 부여는 차액보상형 주식매수선택권 부여와는 거래형태, 법률적·경제적 효과가 다르며, 원고가 이러한 차이를 인식하고 일정한 경제적 목적을 달성하기 위하여 신주발행형 주식매수선택권을 부여한 이상 그대로의 유·불리를 감수하여야 할 것인바, 납세의무자인 원고에게 유리하다는 이유로 가정적·의제적으로 거래행위의 내용을 사후 재구성하는 등으로 그 결과를 번복하는 것은 실질과세의 범위를 넘어서는 것으로서 원칙적으로 허용되지 않고, 이 사건에서 예외적으로 이를 허용할 필요성이 있다고 보기도 어렵다. 나아가 원고의 위 주장은 일부 임직원들에게 신주를 발행함으로써 제3자에게 시가로 발행할 경우 받을 수 있었던 자본금을 받을 수 없으므로 그 차액만큼을 손금으로 인정하여야 한다는 취지인데, 이는 일종의 ‘기회비용’, ‘일실이익’ 또는 ‘기대이익 상실’로 이해할 수 있다. 그런데 법인세법은 납세자의 자의적인 수익의 이연 및 비용의 선 계상 등을 방지하고 과세권을 확보하기 위하여 그 사업연도에 권리가 확정된 수익(익금)과 그 기간에 발생하여 확정된 비용(손금)의 차액을 사업연도의 소득으로 인식하도록 하고 있어(권리의무확정주의, 법인세법 제40조) 기업회계보다 더 엄격하고 보수적인 수익 및 비용에 대한 인식 기준을 가지고 있다. 따라서 회계적 사건으로 인하여 실제 발생한 비용만 손금 산입이 가능하고, 실제 발생하지 아니한 경제적 사건이 발생하였다고 가정할 경우 얻을 수 있었던 ‘기회비용’, ‘일실이익’, ‘기대이익 상실’은 손금으로 인정되지 아니한다. 이처럼 실제 지출하지 아니한 비용을 가정적 거래와 비교하여 지출한 비용으로 산정하여 손금에 산입하는 것은 기업회계의 순자산 개념, 법인세법상 손금 개념 및 권리의무확정주의, 조세법률주의, 엄격해석의 원칙 등에 비추어 적절하지 아니하다. 더욱이 법인은 상법 또는 세법상 시가를 기준으로 신주를 발행하여야 할 의무가 없고, 시가보다 낮은 가액으로 신주를 발행하였다고 하여 시가와의 차액에 상당하는 손실을 보는 것도 아니므로, 법인세법에서는 이를 손금에 산입하는 규정을 두고 있지 않다. 다) 원고는, 소득세법령에서 주식매수선택권의 행사차익을 임직원의 근로소득으로 보아 소득세의 과세대상으로 삼고 있는 것에 대응하여 위와 같은 임직원의 근로소득의 원천으로서 그 행사차익을 주식매수선택권 부여 법인의 인건비로서 손금에 산입하여야 한다고 주장한다. 살피건대, 소득세법 제20조 제3항, 같은 법 시행령 제38조 제1항 제17호에 따르면 근무기간 중 주식매수선택권의 행사로 인한 행사차익은 임직원의 근로소득으로서 소득세의 과세대상에 해당하는 것이기는 하나, 한편 신주발행과 관련하여 부여 법인에 손실이 발생하거나 비용이 소요되지 않음은 앞서 본 바와 같고, 법인세와 소득세는 과세목적, 과세대상, 과세방식, 과세표준, 납세의무자 등을 달리하는 전혀 별개의 세목인 점, 조세정책적 목적에 따라 법률에 근거를 두어 세목별로 조세의 비과세 또는 감면 여부를 달리할 수 있는 점, 손금불산입으로 인하여 근로소득만 인정하고 그에 대응하여 지출된 법인의 비용을 부인하는 결과가 되어 소득세 및 법인세가 함께 부과된다고 하더라도 과세대상, 납세의무자를 달리하는 이상 이중과세의 문제는 발생하지 않는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 행사차익이 원고의 임직원들에 대한 소득세법상 과세대상이라고 하여 원고에 대한 법인세 감액의 근거로서 손금에 산입하여야 할 논리적 연관관계가 있다고 보기 어렵다. 라) 원고는, 주식매수선택권의 행사차익을 종업원의 인건비의 일종으로 보아 당기 비용으로 회계 처리하는 기업회계기준을 근거로 이 사건 행사차익이 손금에 산입되어야 한다고 주장한다. 살피건대, ① 기업회계기준상 비용과 법인세법상 손금은 그 인식하는 비용 또는 손금의 범위와 성립시기 등을 달리하므로 그 개념이 동일하다고 볼 수 없는 점, ② 기업회계기준과 법인세법은 그 적용 대상과 목적을 달리하는 점, ③ 법인세법 제43조에서는 법인세법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있지 않은 범위 내에서 기업회계기준 또는 관행을 보충적으로 적용할 수 있도록 규정하고 있는데, 법인세법령의 해석을 통하여 신주발행형 주식매수선택권의 행사차익의 손금의 인정 여부 및 그 범위를 결정하는 데 별다른 어려움이 없고, 법인세법이나 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있지 아니하므로 기업회계기준을 적용할 필요가 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 보면, 이 사건 행사차익이 기업회계기준상 비용으로 계상될 수 있는 것이거나 실제로 원고가 비용으로 계상한 것이라고 하더라도 그러한 사정만으로는 법인세법상 손금에 산입되어야 한다는 근거로 삼기 어렵다. 마) 구 법인세법 제20조 제1호는 “잉여금의 처분을 손비로 계상한 금액은 손금에 산입하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 성과급은 제외한다.”라고 규정하고 있었고, 구 법인세법 시행령 제20조 제1항에서는 “법 제20조 제1호 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 성과급’이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.”라고 규정하고 있다가 2017. 12. 19. 법률 제15222호로 구 법인세법이 개정되면서 잉여금 처분 중 일정한 성과급에 대하여 예외적인 손금 산입을 허용하는 근거 규정인 종전의 제20조 제1호 단서가 삭제됨으로써 잉여금 처분은 손금 산입 대상에서 예외 없이 제외되었고, 이에 따라 2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 구 법인세법 시행령이 개정되면서 제20조 중 관련 내용도 삭제되었다. 위와 같은 구 법인세법 및 같은 법 시행령의 개정은 그 개정 전에도 기업회계기준상 당해 법인이 착오로 회계처리를 하지 않는 이상 잉여금의 처분액으로 상여금을 지급하는 것으로 처리할 수 있는 경우는 없었으므로, 단지 그와 같은 입법오류를 시정함으로써 기업회계와 세무회계의 조화를 도모하기 위한 것이었을 뿐(즉, 무의미한 규정을 삭제한 것에 불과하였다) 이를 넘어 회계상 비용으로 인정되는 성과급을 법인세법상 손금에도 산입하려고 의도하였던 것으로 보이지 않는다. 바) 한편 원고는 위 주장을 뒷받침하기 위하여 대법원 2015. 11. 17. 선고 2012두3491 판결을 원용하고 있으나, 위 판결 사안은 모회사가 자회사의 임직원에게 한 차액보상을 자회사가 현금으로 보전해준 것으로서 그 보전비용만큼의 순자산의 감소가 있으므로 이는 법인세법상 손금의 개념에 해당하는 것인바, 원고의 순자산 감소가 없는 이 사건에 위 판결을 원용하는 것은 적절하지 않다. 2) ‘발행주식총수의 100분의 10 범위 내’를 주식매수선택권을 부여받거나 지급받은 자를 기준으로 판단하여야 하는지 여부 살피건대, 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 구 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호에서 정한 “발행주식총수의 100분의 10”은 주식매수선택권을 부여받거나 지급받은 자가 아닌 이를 부여한 법인을 기준으로 판단하는 것이 타당하므로, 원고의 위 주장도 받아들이지 않는다. 가) 구 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호는 “해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10의 범위에서 부여하거나 지급한 경우만 해당한다.”라고 규정하여 발행주식총수의 100분의 10의 범위 내인지 여부는 주식매수선택권의 부여 법인을 기준으로 판단하도록 한 것이 문언상 명백하다. 만일 원고의 주장과 같이 주식매수선택권의 부여나 지급 주체인 법인을 기준으로 하지 않고 부여나 지급 대상인 임직원을 기준으로 하는 취지라면 “부여받거나 지급받은 자별로 각 100분의 10의 범위”로 규정하였을 것이다. 나) 법인세법령에서는 여러 곳에서 ‘발행주식총수’라는 개념을 규정하고 있는바, 모두 ‘법인’의 발행주식총수라고 규정하고 있고, 이를 해당 법인을 기준으로 발행주식총수의 비율을 판단하는 것으로 해석되는데, 주식매수선택권의 행사와 관련된 구 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호만 달리 해석해야 할 이유나 필요가 있다고 보기 어렵다. 다) 주식매수선택권을 부여받거나 지급받은 자별로 “발행주식총수의 100분의 10”의 범위 내인지 여부를 판단할 경우 손금 산입 범위가 지나치게 확대되어 손금 산입의 한도를 정한 취지가 사실상 무의미해지는 결과가 초래될 수 있다. 뿐만 아니라주식매수선택권의 부여 한도를 정한 상법 제340조의2 제3항, 구 벤처기업법 제16조의3 제8항, 구 벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령(2014. 6. 30. 대통령령 제25426호로 개정되기 전의 것) 제11조의3 제6항과 상충되는 결과가 발생할 수도 있다. 라) 원고는 그 주장의 근거로 법인세법 이외의 법률에 기한 합목적적 해석방법을 통하여 구 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호를 해석하여야 한다고 주장하나, 다음과 같은 이유로 모두 받아들이기 어렵다. ⑴ 조세법규의 문언 자체에 의하더라도 그 의미가 분명하지 아니하거나 외견상 법규 상호 간에 배치되거나 충돌하는 것처럼 보이는 경우 법원으로서는 당연히 법규 상호 간의 조화로운 해석을 통하여 문제가 되는 문언의 진정한 의미를 밝혀내야 한다. 이 경우 법관은 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 아니하는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 법규의 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 할 것이나, 조세법률주의와 그에 따른 엄격해석의 원칙상 조세법규의 합목적적 해석은 위와 같은 예외적인 상황에서만, 예외적인 범위 내로 한정되어야 한다. ⑵ 원고는 먼저, 그 주장의 근거로 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제15조 제2항 제5호를 들고 있다. 앞서 본 바와 같이 구 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호의 문언만으로도 “발행주식총수의 100분의 10”의 해석이 가능하므로, 구 조세특례제한법 제15조 제2항 제5호와의 합목적적 해석이 불가피한 경우라고 보기 어렵다. 설령 합목적적 해석이 불가피한 경우라고 보더라도, 구 조세특례제한법 제15조 제2항 제5호와 구 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호는 그 문언 자체가 완전히 다르고, 구 조세특례제한법 제15조 제2항 제5호는 부당행위계산부인의 부적용에 관한 규정으로서, 손금산입 여부에 관한 구 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호와는 그 구체적인 목적과 취지를 달리하는 것이다. 그리고 구 조세특례제한법 제15조가 삭제되고 그 내용이 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정된 것, 이하 ‘2009. 2. 4.자 구 법인세법 시행령’이라 한다)으로 이관되는 것과 관련하여 기획재정부가 발간한 ‘2008 간추린 개정세법’에서는 종전의 구 조세특례제한법 제15조에 관한 내용과 개정된 2009. 2. 4.자 구 법인세법 시행령을 비교하여 설명하면서 개정된 2009. 2. 4.자 구 법인세법 시행령의 적용대상 법인에 대하여 “좌동”으로 기재하기도 하였는데, 적용요건과 관련해서는 종전의 구 조세특례제한법 제15조는 “1인당 발행주식총수의 10% 범위 내”라고 기재한 반면, 개정된 2009. 2. 4.자 구 법인세법 시행령에서는 “손금산입 가능한 부여한도는 별도 규정: 발행주식총수의 10%”라고 달리 기재한 것에 비추어 보면, 개정된 2009. 2. 4.자 구 법인세법 시행령에서는 종전의 주식매수선택권을 부여받거나 지급받는 자를 기준으로 한 발행주식총수의 판단 기준을 그대로 적용하지 않겠다는 의사를 분명히 나타낸 것으로 보인다. 더욱이 이 사건에서 문제되고 있는 신주발행형 주식매수선택권의 행사차익 중 일부에 관한 손금 산입에 관한 구 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호 나.목은 구 조세특례제한법 제15조에서는 규정되어 있지 않았고, 2014. 9. 26. 대통령령 제25640호로 개정된 구 법인세법 시행령에서 비로소 신설되었으므로, 구 조세특례제한법 제15조 제2항 제5호에서 정한 판단 기준을 구 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호 나.목을 해석하는 데 적용할 수는 없다. ⑶ 원고는 다음으로, 금융지주회사법에 따른 금융지주회사가 비상장 자회사의 임직원에게 주식매수선택권을 부여하고 자회사가 행사비용을 지주회사에 보전하는 경우 발행주식총수의 15%의 한도에서 손금 산입이 가능하도록 규정한 구 법인세법 시행령 제19조 제19호 가.목을 근거로 하여 ‘부여받는 자’를 기준으로 발행주식총수의 100분의 10을 판단하여야 한다고 주장한다. 살피건대, 회사의 발행주식총수의 100분의 10 범위 내에서만 주식매수선택권을 부여할 수 있도록 규정한 상법 제340조2의 제3항의 규정에도 불구하고 상법 제542조의3 제2항, 같은 법 시행령 제30조 제3항에 따르면 금융지주회사법에 따른 금융지주회사가 비상장 자회사의 임직원에게 주식매수선택권을 부여하고 자회사가 행사비용을 모회사에 보전하는 경우에는 발행주식총수의 100분의 15 범위 내에서 주식매수선택권을 부여할 수 있고, 구 법인세법 시행령 제19조 제19호 가.목에 따르면 위와 같은 보전금액은 발행주식총수의 100분의 15 범위 내에서 손금에 산입할 수 있기는 하다. 그러나 이는 주식매수선택권의 부여 한도가 100분의 15로 확대됨에 따라 동일하게 손금 산입 범위도 확대된다는 취지에 불과할 뿐 위 상법 제542조의3 제2항, 같은 법 시행령 제30조 제3항이 ‘발행주식총수 100분의 15’를 부여받는 자를 기준으로 판단하여야 한다고 규정하고 있거나 그와 같이 해석되어야 한다고 볼 근거가 없는 이상 상법 제542조의3 제2항, 같은 법 시행령 제30조 제3항을 근거로 하여 원고의 주장과 같이 구 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호를 해석할 수는 없다. 오히려 구 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호의 경우 회사는 임직원으로부터 주식대금을 납입받으면서 행사차익만 부담하면 되는데, 구 법인세법 시행령 제19조 제19호 가.목의 경우 금융지주회사에 행사차익을 보전하는 자회사는 아무런 자본을 조달받지 못하게 되므로 금융지주회사의 자회사에 대하여는 손금 산입의 범위를 보다 넓게 인정해 줄 필요성이 있어서 발행주식총수의 15% 한도에서 손금 산입이 가능하도록 규정된 것으로서 구 법인세법 시행령 제19조 제19호 가.목과 구 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호는 회사가 주금납입을 받는지 여부에 있어 차이가 있으므로 서로 달리 해석 및 취급하는 것은 정당하다. ⑷ 원고는 또한, 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제16조의3 제1항 및 구 조세특례제한법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정된 것, 이하 ‘구 조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제14조의3 제1항 제1호를 근거로 하여 그 주장과 같이 구 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호를 해석하여야 한다고 주장한다. 살피건대, 구 조세특례제한법 제16조의3 제1항은 벤처기업의 임직원에게 적격주식매수선택권의 행사차익에 관하여 소득세법상 근로소득에 대한 과세이연의 특례를 부여할 것인지 여부에 관한 규정인바, 이는 법인세법상 손금 산입 여부에 관한 구 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호와 그 취지를 달리하는 것이다. 또한 구 조세특례제한법 제16조의3 제1항의 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령 제14조의3 제1항 제1호는 ‘부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10을 초과하여 보유하게 되는 자(벤처기업 임직원)’라고 규정하여 발행주식총수의 100분의 10을 부여받은 자를 기준으로 판단하도록 규정하기는 하였으나, 이는 손금 산입의 한도와 같은 과세특례의 범위가 아니라 과세특례의 제한사유를 규정한 것으로서 주식매수선택권의 부여 한도와 관련된 상법 제340조의2 제3항의 확인적 규정에 불과하다. 뿐만 아니라 조세특례제한법 부칙(2014. 12. 23. 법률 제12853호) 제7조는 구 조세특례제한법 제16조의3을 2015. 1. 1. 이후 주식매수선택권을 부여하는 분부터 적용하도록 규정하고 있으므로, 앞서 본 바와 같이 2013. 3. 28.까지 부여된 이 사건 주식매수선택권에 관하여는 구 조세특례제한법 제16조의3이 적용될 수도 없다. 따라서 구 조세특례제한법 제16조의3 제1항 및 구 조세특례제한법 시행령 제14조의3 제1항 제1호를 손금 산입의 한도에 관하여 규정한 구 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호를 해석하는 데 있어서 기준으로 삼을 수 없다. 3) ‘발행주식총수의 100분의 10 범위 내’를 주식매수선택권의 행사 시점 기준으로 판단하여야 하는지 여부 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 구 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호에서 정한 “발행주식총수의 100분의 10”은 주식매수선택권의 행사 시점(신주발행 시점)이 아닌 부여 또는 지급 시점을 기준으로 판단하는 것이 타당하므로, 원고의 위 주장 역시 받아들이지 않는다. 가) 구 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호는 “해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10의 범위에서 부여하거나 지급한 경우만 해당한다.”라고 규정하여 발행주식총수의 100분의 10의 범위가 수식하는 것이 “부여하거나 지급한 경우”임이 문언상 분명하다. 나) 원고는 먼저, 구 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호에서 정한 “발행주식총수의 100분의 10”은 손금 산입 한도를 규정한 것인바, 권리의무확정주의를 취하고 있는 법인세법상 손금에 산입되는 행사차익의 규모는 신주발행형 주식매수선택권의 행사 시점(신주발행 시점)에 비로소 확정되므로, 발행주식총수의 100분의 10 해당 여부는 주식매수선택권의 행사 시점을 기준으로 판단하여야 한다고 주장한다. 살피건대, 주식매수선택권의 행사에 따른 손금 산입액의 규모와 주식매수선택권이 발행주식총수의 100분의 10 범위에서 발행되었는지를 반드시 같은 시기에 결정할 필요가 있다고 보기 어렵고, 오히려 주식매수선택권의 행사차익은 행사 시점에 비로소 확정되므로 권리의무확정주의상 당연히 손금에 산입되는 행사차익의 규모는 행사 시점을 기준으로 판단하여야 하나, 발행주식총수의 100분의 10 해당 여부는 부여하거나 지급하는 시점에 판단하는 데 아무런 어려움이 없으므로 주식매수선택권의 행사에 따른 손금 산입액의 규모 결정과 같이 행사 시점을 기준으로 판단하여야 할 필요가 없다. 다) 원고는 다음으로, 법인세법 시행령 부칙(2014. 9. 26. 대통령령 제25640호, 이하 ‘법인세법 시행령 부칙’이라고만 한다) 제2조는 구 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호 나.목의 적용시기를 “이 영 시행 이후 주식매수선택권을 부여하는 분부터 적용한다.”라고 규정하지 않고, “이 영 시행 이후 주식을 발행하는 분부터 적용한다”라고 규정한 것에 비추어 보면, 구 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호에서의 발행주식총수의 100분의 10 또한 주식 발행 시점(주식매수선택권 행사 시점)을 기준으로 판단하여야 한다고 주장한다. 살피건대, 구 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호 나.목은 벤처기업 등에게 세제혜택을 부여하기 위한 정책적 목적에서 창설된 규정인바, 주식매수선택권의 행사 시점은 부여 시점으로부터 상당한 시간이 경과된 시점이므로, 법인세법 시행령 부칙 제2조는 세제혜택 부여 목적에 부합하기 위하여 2014. 10. 1. 이전에 부여된 주식매수선택권이라도 2014. 10. 1. 이후 행사되어 신주를 발행한 것이라면 손금 산입을 인정해 주도록 마련된 것에 불과하고, 이를 근거로 구 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호의 판단 기준을 달리 정하려고 한 것으로는 보이지 않는다. 라) 원고는 또한, 구 조세특례제한법 제16조의3 제1항에 따라 주식매수선택권 부여 법인에 대한 손금 산입 여부는 벤처기업 임직원들이 그 행사 시점에 선택한 소득세의 과세유형(근로소득에 관한 소득세 또는 양도차익에 관한 양도소득세)과 연계하여 결정되므로, 발행주식총수의 100분의 10은 부여 시점이 아닌 행사 시점을 기준으로 해석하여야 한다고 주장한다. 살피건대, 앞서 본 바와 같이 구 조세특례제한법 제16조의3 제1항에 따른 벤처기업 임직원들에 대한 근로소득 과세이연의 특례 부여 여부와 구법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호에 따른 부여 법인에 대한 행사차익의 손금 산입 여부는 그 취지를 달리하는 것이므로 임직원에 대한 소득세 과세 여부와 부여 법인에 대한 손금 산입 여부가 논리적인 필연 관계에 있다고 볼 수 없고, 오히려 주식매수선택권을 행사하면 그 때 비로소 소득으로서의 행사차익이 확정되므로 소득세의 과세 여부 또는 과세이연의 특례의 적용 여부 등은 주식매수선택권의 행사 시점을 기준으로 판단할 수밖에 없는 반면, 발행주식총수의 100분의 10은 부여하거나 지급한 시점을 기준으로 판단하는 데 아무런 어려움이 없으므로 그 판단 시점을 달리하는 것은 정당하다. 또한 구 조세특례제한법 제16조의3 제1항은 앞서 본 바와 같이 2015. 1. 1. 이후 주식매수선택권을 부여하는 분부터 적용하도록 규정하고 있으므로, 그 전에 부여된 이 사건 주식매수선택권에 관하여 구 조세특례제한법 제16조의3이 적용될 수 없는 이상 이를 구 법인세법 시행령 제20조 제1항 제3호에 대한 해석기준으로 삼을 수 없다. 마) 원고 주장과 같이 주식매수선택권의 행사 시점을 기준으로 발행주식총수의 100분의 10을 판단하게 되면, 법인은 손금 산입 한도를 넘어 주식매수선택권을 부여 또는 지급한 다음 주식매수선택권의 행사 시점 전에 유상증자 등을 통해 발행주식총수 증가시킬 수 있는바, 이로써 앞서 본 주식매수선택권의 부여 한도 또는 손금 산입 한도 규정의 적용을 회피하는 것을 용인하게 되는 결과가 초래된다. 4. 결론 가. 따라서 이 사건 주식매수선택권의 ’부여 당시를 기준으로‘ ’원고‘의 발행주식총수의 100분의 10 범위를 초과하여 부여된 주식매수선택권과 관련된 행사차익은 손금에 산입되지 아니하므로, 이를 전제로 한 이 사건 처분은 적법하다. 나. 그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2020누1287

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령 제11조

구법인세법 시행령 제20조

조세특례제한법 제15조 제16조

법인세법 시행령 제19조 제20조

소득세법 제20조

육성에 관한 특별조치법 제16조