+ - 북마크 저장 [행정] 항소사건

수원고등법원 2020.11.11 선고 2020누11059 판결

법인세 신고서 기재 사실만으로 업무무관비용으로 볼 수 없음[국패] 【사 건】 2020누11059 법인세부과처분취소 【원 고】 재단법인 SS 【피 고】 AA세무서장 【변 론 종 결】 2020.9.16. 【판 결 선 고】 2020.11.11 【주 문】 1. 피고의 항소를 기각한다. 2. 항소비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 1. 청구취지 피고가 2017. 8. 10. 원고에 대하여 한 2015년도 귀속 법인세 449,594,121원, 가산세 10,779,991원 및 2016년도 귀속 법인세 446,866,981원, 가산세 61,176,089원의 각 부과처분을 모두 취소한다. 2. 항소취지 제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다. 【이 유】 1. 처분의 경위 가. 당사자의 지위 ○ 원고(2005. 11. 22. ‘재단법인 NNNN’에서 현재와 같이 상호가 변경되었다)는공원묘지 조성 및 유지관리사업 등을 목적으로 1976. 7. 21. 설립된 재단법인이다. ○ 주식회사 KKK직스(이하 ‘KKK직스’라고 한다)는 부동산 임대업 등을 목적으로 1997. 2. 21. 설립된 회사로서, 원고의 대표자 이사 이LL이 KKK직스의 1인주주이자 대표이사로 재직하고 있는 등 원고와는 특수관계에 있다. ○ AAAAA 유한회사(2014. 8. 22. ‘GGGG관리 유한회사’로 상호가 변경되었다가 2015. 12. 9. GGGG대부 주식회사에 흡수합병되었다. 이하 ‘AAAAA’이라 한다)는 채권매입 및 매입자산의 관리에 관한 사업 등을 목적으로 2012. 6. 21. 설립된 회사이다. 나. 이 사건 지급금의 지급 ○ 원고는 2012. 6. 27. KKK직스에게 1,200,000,000원을 지급하였다. ○ 원고는 KKK직스가 AAAAA에 대하여 부담하고 있는 대여금채무에 대한 이자 명목으로 2012. 7. 26.경부터 2014. 8. 22.경까지 AAAAA에게 합계 7,806,731,434원을 지급하였다[이하 위와 같이 지급한 9,006,731,434원(= 1,200,000,000원 + 7,806,731,434원)을 ‘이 사건 지급금’이라 한다]. 다. 원고의 2015년 귀속 법인세 신고납부 ○ 원고는 2015년 귀속 법인세의 과세표준 등을 신고하면서 ‘가지급등의 인정이자 조정명세서’(이하 ‘이 사건 인정이자 조정명세서’라고 한다)와 ‘업무무관부동산등에 관련한 차입금이자조정명세서’(이하 ‘이 사건 차입금이자 조정명세서’라고 하고, ‘이 사건 인정이자 조정명세서’와 합하여 ‘이 사건 각 조정명세서’라고 한다)를 첨부하였다. ○ 이 사건 인정이자 조정명세서는 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제60조 제2항 제3호, 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제97조 제5항 제1호, 구 법인세법 시행규칙(2017. 3. 10. 기획재정부령 제597호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제82조 제1항 제19호 별지 제19호 서식에 따라 작성된 서류로서, 이 사건 지급금의 지급이 구 법인세법 제52조 제1항, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호에서 정한 특수관계인에 대한 무상대여로서 부당행위계산에 해당함을 전제로 구 법인세법 시행령 제89조 제3항에 따라 이 사건 지급금에 대한 2014년도의 인정이자 621,464,468원을 계산한 내용이 담겨 있다. ○ 이 사건 차입금이자 조정명세서는 구 법인세법 제60조 제2항 제3호, 구 법인세법 시행령 제97조 제5항 제1호, 구 법인세법 시행규칙 제82조 제1항 제26호 별지 제 26호 서식에 따라 작성된 서류로서, 이 사건 지급금이 구 법인세법 제28조 제1항 제4호 나목의 업무무관가지급금에 해당함을 전제로 구 법인세법 시행령 제53조 제2항에 따라 이 사건 지급금에 관한 2014년도의 지급이자 1,626,506,135원을 손금불산입하는 내용이 담겨 있다. ○ 그런데 원고는 위와 같이 첨부한 이 사건 각 조정명세서의 내용과는 달리 위 각 금액을 익금산입 및 손금불산입 하지 아니한 채 2015년 귀속 법인세 과세표준 등 을 신고하고 그에 따른 세액을 납부하였다. 라. 피고의 이 사건 처분 피고는 원고의 2015년 귀속 법인세와 관련하여 이 사건 각 조정명세서의 내용과 같이 익금산입 및 손금불산입을 하고, 2016년 귀속 법인세와 관련하여 이 사건 지급금이 업무무관가지급금 또는 무상대여금에 해당함을 전제로 인정이자 451,665,434원을 익금산입하고 지급이자 1,782,669,470원을 손금불산입하여 2017. 8. 10. 원고에게 2015년 귀속 법인세 560,374,110원(가산세 110,779,991원 포함) 및 2016년 귀속 법인세 508,043,070원(가산세 61,176,089원 포함)을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 마. 조세심판원의 결정 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2017. 11. 7. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2018. 10. 26. 원고의 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 12호증, 을 제2, 4 내지 13호증의 각 기재 (가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지 2. 당사자의 주장 가. 원고의 주장 이 사건 지급금은 원고가 KKK직스와의 계약에 따라 지급한 업무대행보수일 뿐 업무무관가지급금이나 무상대여금이 아니다. 따라서 이 사건 지급금이 업무무관가지급금이나 무상대여금에 해당함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다. 나. 피고의 주장 KKK직스가 실제 어떠한 업무를 대행하였고, 그 업무대행의 대가로 언제 얼마를 지급하기로 한 것인지 등이 불분명한 점, 이 사건 지급금에 대하여 원고는 선급금으로, KKK직스는 선수금으로 회계처리를 하였고, 실제 매입 또는 매출이 이루어졌음을 전제로 세금계산서를 수수하거나 부가가치세와 법인세를 신고납부하지도 아니한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 지급금은 업무무관가지급금이나 무상대여금에 해당한다. 설령 이 사건 지급금이 업무무관가지급금이나 무상대여금에 해당하지 않는다고 하더라도, 원고가 2015년 귀속 법인세의 과세표준 등을 신고하면서 그 첨부서류로 이 사건 지급금이 업무무관가지급금이나 무상대여금에 해당함을 전제로 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입을 하는 내용의 이 사건 각 조정명세서를 제출하고도 그 내용을 부인하여 이 사건 처분이 위법하다고 다투는 것은 신의성실의 원칙에 위배된다. 3. 관계 법령 별지1 ‘관계 법령’ 기재와 같다. 4. 이 사건 처분의 적법 여부 가. 관련 법리 ○ 법인세 부과처분 취소소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세표준의 기초가 되는 각 사업연도의 익금과 손금에 대한 증명책임도 원칙적으로 과세관청에게 있다(대법원 2014. 8. 20. 선고 2012두23341 판결 등 참조). ○ 구 법인세법 제28조 제1항 제4호 나목, 구 법인세법 시행령 제53조 제1항에서 규정한 ‘업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등’에는 순수한 의미의 대여금은 물론 채권의 성질상 대여금에 준하는 것도 포함되고, 그와 같은 금원이 업무와 관련 없이 지급된 이상 적정한 이자율에 의한 이자를 받았다고 하더라도 그에 해당하며, 이때 업무와 관련이 있는지 여부는 당해 법인의 목적사업이나 영업내용 등을 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2009. 4. 23. 선고 2006두19037 판결 등 참조). 나. 인정사실 갑 제6 내지 9, 11, 13, 16 내지 38, 40 내지 42, 48, 49, 51, 52호증, 을 제2, 14호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실이 인정된다. 1) 2000. 5. 3.자 위임계약 원고는 광주시 오포읍 능평리 **** 임야 일원에 납골시설을 조성하여 분양하는 사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 시행하고자 2000. 5. 3. KKK직스와 사이에 별지2 ‘2000. 5. 3.자 위임계약서’ 기재와 같은 내용의 위임계약을 체결하였다. 2) KKK직스의 사업추진, 공사도급계약 체결 및 사설납골당 설치허가 ○ KKK직스는 이 사건 사업과 관련하여 2002. 2. 18. 주식회사 HJK지니어링과 사이에 개발계획 수립 및 설계에 관한 기술용역계약을 체결하고, 2000. 4. 10. 주식회사 DL이앤씨와 사이에 교통환경영향평가에 관한 용역계약을 체결하고, 2000. 5. 24. 원고를 대리하여 주식회사 대우(이후 2000. 12. 27. 분할되어 주식회사 DD건설을 설립하였고, 위 분할된 회사가 아래 도급계약에 따른 권리와 의무를 승계하기로 하였다. 이하 분할 전후를 불문하고 ‘DD건설’이라 한다)와 사이에 이 사건 사업에 따른 공원묘지(납골묘) 조성공사를 도급하는 공사도급계약(이하 ‘이 사건 공사도급계약’이라 한다)을 체결하고, 2000. 7. 24. 주식회사 HHKKLL와 사이에 오수처리시설에 관한 설계계약을 체결하는 등 이 사건 사업을 추진하여 2000. 12. 20. 원고는 경기도지사로부터 이 사건 사업에 관한 사설납골당 설치허가를 받았다. ○ 이 사건 공사도급계약에 따른 공사기간은 ‘착공 후 24개월’, 계약금액은 ‘00,000,000,000원’이었는데, 이후 수차례의 공사도급변경계약을 거친 후 아래에서 보는 바와 같이 준공예정일을 ‘2006. 12. 31.’, 계약금액을 ‘000,000,000,000원’으로 한 최종공사도급계약이 체결되었다. ○ 한편, 이 사건 공사도급계약에서는 원고의 요청이 있을 경우 일정한 조건 하에 DD건설이 원고에게 이 사건 사업에 필요한 자금을 대여하도록 정하였고(제9조), 그에 따라 KKK직스(이 사건 공사도급계약에서는 차용의 주체를 ‘원고’로 정하였지만, 원고가 KKK직스를 통하여 이 사건 사업을 추진함에 따라 실제로는 ‘KKK직스’가 차용하였다)는 DD건설로부터 아래와 같이 합계 000억 원을 차용하였다. ○ KKK직스는 위와 같이 차용한 자금으로 2000~2001년경 이 사건 사업에 필요한 광주시 오포읍 능평리 ****토지와 같은 읍 문형리(이하 ‘문형리’라고 한다) 산**** 토지(이하 위 6필지 토지를 합하여 ‘이 사건 사업 부지’라고 하다)를 매수하여 자신의 명의로 소유권이전등기를 마쳤다(다만 문형리 **** 토지에 관하여는 가등기를 마쳤다). 3) 2005. 11. 17.자 기본합의 및 그에 따른 금전소비대차계약, 업무대행계약 등 ○ 원고와 KKK직스, DD건설 및 이LL(이하 이들을 통틀어 ‘원고 등 4인’이라 한다)은 이 사건 사업과 관련되어 체결된 각 계약서 등에서 정하고 있는 제반 사항을 정리하고 각 당사자들의 권리, 의무에 관한 사항을 명백히 하기 위하여 2005. 11. 17. 별지3 ‘2005. 11. 17.자 기본합의서’ 기재와 같은 내용의 기본합의(이하 ‘2005. 11. 17.자 기본합의’라고 한다)를 체결하였다. ○ 원고 등 4인은 2005. 11. 17.자 기본합의에 따라 같은 날 최종 공사도급계약, 금전소비대차계약, 최종 업무대행계약, 부동산매매계약 등을 체결하였다. ○ 2005. 11. 17.자 기본합의에 따라 체결된 최종 공사도급계약에 의하면, 준공예정일은 ‘2006. 12. 31.’, 계약금액은 ‘000,000,000,000원’으로 변경되었다. ○ 2005. 11. 17.자 기본합의에 따라 체결된 ‘KKK직스와의 금전소비대차계약’ (이하 ‘2005. 11. 17.자 금전소비대차계약’이라 한다)의 내용은 별지4 ‘2005. 11. 17.자 금전소비대차계약서’ 기재와 같다. ○ 2005. 11. 17.자 기본합의에 따라 체결된 최종 업무대행계약(이하 ‘2005. 11. 17.자 업무대행계약’이라 한다)의 내용은 별지5 ‘2005. 11. 17.자 업무대행계약서’ 기재와 같다. ○ 2005. 11. 17.자 기본합의에 따라 체결된 이 사건 사업부지에 관한 부동산매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)의 내용은 별지6 ‘부동산매매계약서’ 기재와 같다. ○ KKK직스는 2005. 11. 23. 원고에게 이 사건 사업부지에 관하여 이 사건 매매계약을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐주었다(다만, 문형리 766-1 토지에 관하여는 가등기이전의 부기등기를 마쳐주었다). ○ 원고, KKK직스, DD건설은 2005. 12. 16. 주식회사 연두와파랑과 사이에 이 사건 사업에 따른 납골묘의 분양업무 등을 대행하도록 하는 분양대행계약을 체결하였다. 4) 2012. 6. 26.자 채권양수도계약 및 기본합의 ○ DD건설은 2012. 6. 26. AAAAA과 사이에 DD건설이 원고 및 KKK직스에 대하여 보유하고 있는 아래와 같은 채권을 대금 00,000,000,000원에 양도하는 채권양도양수계약(이하 ‘이 사건 채권양수도계약’이라 한다)을 체결하고 그 채권을 양도하였다 ○ 원고, KKK직스, 이LL은 같은 날인 2012. 6. 26. 위와 같이 채권을 양수한 AAAAA과 사이에 별지7 ‘2012. 6. 26.자 기본합의서’ 기재와 같은 내용의 기본합의(이하 ‘2012. 6. 26.자 기본합의’라고 한다)를 체결하였다. 5) 회계처리 ○ 원고는 이 사건 지급금을 선급금으로 회계처리하였다. 구체적으로 0,000,000,000원은 ‘KKK직스 업무대행수수료’ 장기선급금 항목으로, 0,000,000,000원은 ‘KKK직스 업무대행수수료’ 선급금 항목으로 처리하였다. ○ KKK직스는 이 사건 지급금을 선수금으로 회계처리하였다. ○ 원고와 KKK직스는 이 사건 지급금과 관련하여 실제 매입, 매출이 이루어 졌음을 전제로 세금계산서를 수수하거나 부가가치세와 법인세를 신고납부한 사실이 없다. 다. 판단 1) 앞서 본 기초사실 및 인정사실, 앞서 든 각 증거, 갑 제14, 15, 39, 43 내지 47, 50, 53호증, 을 제1호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사정을 알 수 있다. ○ 2005. 11. 17.자 기본합의, 업무대행계약 및 2012. 6. 26.자 기본합의에 의하면, 원고는 KKK직스에게 이 사건 사업에 관한 업무수행의 대가를 지급하고 그 업무 수행 과정에서 KKK직스가 지출한 비용을 상환할 의무가 있다(2012. 6. 26.자 기본합의 제6조 제1항에서는 위와 같이 지급할 대가와 상환할 비용을 합하여 ‘업무대행보수’라고 칭하고 있으므로, 이하 마찬가지로 ‘업무대행보수’라고 한다). ○ 이러한 업무대행보수 중 월 1억 원의 운영경비(이하 ‘월정액 운영경비’라고 한다)와 2005. 11. 17.자 금전소비대차계약 또는 2012. 6. 25.자 기본합의에 따른 준소비대차계약에 의한 대여금(이하 ‘이 사건 대여금’이라 한다)은 다른 업무대행보수보다 우선하여 지급된다(2005. 11. 17.자 업무대행계약 제5조 제2항, 제13조 제1항, 제2항 단서, 2012. 6. 26.자 기본합의 제6조 제2항 단서, 제7조 제3항 등). ○ 이 사건 지급금 중 12억 원은 월정액 운영경비 명목으로 지급된 것이고, 0,000,000,000원은 이 사건 대여금의 이자 명목으로 지급된 것이다. ○ 이 사건 대여금은 KKK직스가 2000~2003년 DD건설로부터 합계 000억 원을 차용하면서 발생한 것인데, 위와 같은 차용은 이 사건 사업에 필요한 자금을 마련하기 위한 목적에서 이루어졌다(이 사건 공사도급계약서 제9조, 2005. 11. 17.자 금전소비대차계약서 제1조 제1항 제2호, 제2조 제2항 제1호 등). 또한 증빙이 되는 것만을 기준으로 따져 볼 때에도 위 차용금 중 상당 부분은 이 사건 사업을 위하여 사용되었다. 즉 KKK직스에 대한 근로소득세부과처분과 관련된 국세심판원의 결정문에 의하면 이 사건 사업부지의 실제 매매대금은 합계 00,000,000,000원이고, KKK직스의 2000~2005 사업연도 감사보고서상 판매비와 관리비(이하 ‘판관비’라고 한다)는 아래와 같이 합계 0,000,000,000원에 이르는데, 위 차용금 이외에 KKK직스가 위 매매대금이나 판관비를 지출할 만한 자금이 없었던 점, KKK직스가 이 사건 사업 이외에 달리 추진한 사업도 없는 점 등에 비추어 보면, 위 차용금 중 적어도 00,000,000,000원은 이 사건 사업부지의 매매대금이나 이 사건 사업과 관련된 판관비로 사용되었음이 인정된다. 나아가 원고는 KKK직스와 이 사건 사업부지에 관한 매매계약을 체결하면서 그 매매대금 0,000,000,000원 중 00억 원을 제외한 나머지 0,000,000,000원의 지급에 갈음하여 이 사건 대여금채무 중 같은 금액 상당을 면책적으로 인수하기도 하였다(이 사건 매매계약서 제3조 제2항 제1호). 위와 같은 사정들에 비추어 보면, 원고가 이 사건 대여금의 이자 명목으로 지급한 0,000,000,000원을 원고의 목적사업인 이 사건 사업과 관련 없이 지급된 돈이라고 보기는 어렵다. 한편 피고는 원고가 이 사건 대여금의 이자를 KKK직스가 아닌 AAAAA에게 지급한 점을 근거로 위 0,000,000,000원이 업무무관가지급에 해당한다는 취지의 주장도 하고 있으나, 2012. 6. 16.자 기본합의 제2조 제2항 제4호는 원고로 하여금 KKK직스에게 지급할 업무대행보수 중 이 사건 대여원리금에 대해서는 이를 AAAAA에게 직접 지급하도록 정하고 있으므로, 위 주장은 받아들일 수 없다. ○ 또한 KKK직스는 다수의 업체들과 용역계약을 체결하는 등 이 사건 사업을 추진하여 원고로 하여금 사설납골당 설치허가를 받을 수 있도록 하였고, 그 이후 위 허가 조건에 따른 환경영향평가절차 및 산림형질변경허가절차의 이행, 관련 민원과 법률분쟁 해결, 분양대행 등 이 사건 사업과 관련된 여러 업무들을 주도적으로 수행한 것으로 확인된다. 이러한 사정들에 비추어 보면, 원고가 2005. 11. 17.자 업무대행계약 등에 따라 KKK직스에게 월정액 운영경비 명목으로 지급한 00억 원을 원고의 목적사업인 이 사건 사업과 관련 없이 지급된 돈이라고 보기도 어렵다. ○ 이에 대하여 피고는 “설령 원고가 KKK직스에게 업무대행보수를 지급할 의무가 있다고 하더라도, 그 지급시기에 이르기 전에 지급하거나 자금집행순서에 반하여 지급하는 것은 결국 업무무관가지급금 또는 무상대여금의 지급과 다를 바 없다.”는 취지로 주장한다. 우선 이 사건 지급금 중 0,000,000,000원에 관하여 본다. 2012. 6. 26.자 기본합의 제7조 제3항에 의하면, 원고와 KKK직스의 월정액 운영경비는 1순위, 수익자가 사전에 승인한 원고와 KKK직스의 사업경비는 2순위, 이 사건 대여금은 3순위로 자금집행이 이루어져야 하는데, 위 0,000,000,000원을 지급할 당시 1순위 자금집행은 이루어진 것으로 보이고, 2순위로 지급하여야 할 사업경비가 있었다거나 2순위로 지급하여야 할 사업경비가 전부 지급되지 않은 상태에서 위 0,000,000,000원이 지급되었다고 볼 만한 사정이 없다. 따라서 위 0,000,000,000원이 자금집행순서에 반하여 지급된 것이라고 볼 수는 없다. 또한 이 사건 대여금은 이미 발생한 상태이므로 그 지급시기가 이르기 전에 미리 지급된 것이라고 볼 수도 없다(다만 2012. 6. 26.자 기본합의서 제7조 제3항에 의하면, ‘매 신탁지급일’에 자금집행이 이루어져야 하는데, 제출된 증거들만 으로는 ‘매 신탁지급일’이 언제인지 불분명하고, 달리 피고가 ‘매 신탁지급일’에 이르기 전에 자금집행이 이루어졌음을 다투고 있지도 않으므로 이 점은 고려하지 않는다). 다음으로 이 사건 지급금 중 12억 원에 관하여 본다. 원고는 위 12억 원이 2012. 6. 26.자 기본합의 이후에 발생한 월정액 운영경비가 아니라 2012. 6. 26.자 기본합의 이전에 이미 발생하였는데 원고가 지급하지 못한 월정액 운영경비라고 주장한다. 즉 2006. 6.경부터 2012. 6.경 사이에 DD건설이 원고의 경영권을 행사하고 있었는데, 당시 원고는 KKK직스에게 월정액 운영경비를 지급하지 않았고, 이후 DD건설로부터 채권을 양수한 AAAAA과 사이에 2012. 6. 26.자 기본합의를 체결하면서 위 기본합의서 제7조 제3항 단서를 통하여 미지급된 월정액 운영경비 중 12억 원을 일시에 지급하기로 정하면서 다만 그 월정액 운영경비의 발생기간을 위 기본합의 이전 시점으로 기재할 경우 이 사건 채권양수도계약에서 DD건설의 의무를 면제해준 조항과 관련하여 문제가 발생할 수 있어서 불가피하게 그 월정액 운영경비의 발생기간을 ‘2015. 6. 21.부터 2016. 6. 21.까지’라는 장래의 시점으로 기재한 것에 불과하다고 주장한다(원고의 2019. 12. 12.자 준비서면 10쪽 등 참조). 원고의 위 주장 중 이 사건 채권양수도계약에서 DD건설의 의무를 면제해준 조항과 관련하여 구체적으로 어떠한 문제가 발생할 수 있다는 것인지가 명확하지는 않지만, 2005. 11. 17.자 업무대행계약에서 원고가 KKK직스에게 월정액 운영경비를 지급하기로 정하였던 점(제5조 제2항 마목), 이후 2012. 6. 26.자 기본합의 당시까지 원고가 KKK직스에게 월정액 운영경비를 지급하였다고 볼 만한 자료가 없는 점, 2012. 6. 26.자 기본합의가 이루어진 바로 다음날인 2012. 6. 27. 12억 원이 지급되었고 그 날은 위 기본합의서 제7조 제3항 단서에서 정한 지급시기인 최초 신탁지급일 무렵으로 보이는 점, ‘2015. 6. 21.부터 2016. 6. 21.까지’의 기간에 대한 월정액 운영경비는 별도로 지급된 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 일응 원고의 위 주장과 같이 위 12억 원은 2006. 6.경부터 2012. 6.경 사이에 발생한 월정액 운영경비 중 일부로서 2012. 6. 26.자 기본합의서 제7조 제3항 단서에 따라 지급된 것으로 보인다. 이에 대하여 피고는 “위 12억 원이 2006. 6.경부터 2012. 6.경 사이에 발생한 월정액 운영경비라면 2005. 11. 17.자 업무대행계약서 제5조 제2항에서 정한 순서에 따라 집행이 이루어져야 하는데, 위 기간 동안에는 같은 항 가~라목의 자금집행이 완료되지 않았으므로 원고로서는 마목에 해당하는 월정액 운영경비를 지급할 의무가 없었고, 그에 따라 위 기간 동안의 월정액 운영경비를 지급하는 것은 결국 업무무관가지급금 또는 무상대여금을 지급하는 것과 다를 바 없다.”는 취지로도 주장한다. 그러나 2005. 11. 17.자 업무대행계약서 제5조 제2항은 자금집행의 순서를 정한 것일 뿐 그 순서에 이르지 않은 자금의 지급의무 자체를 면제하는 내용이 아닌 점, 같은 항은 계약 당사자 전원의 합의 하에 자금집행순서를 변경할 수 있다고 정하고 있고, 실제 위 기간 동안에 마목보다 후순위인 사목, 아목, 차목, 타목의 자금이 집행되기도 하였던 점(앞서 본 이 사건 채권양수도계약의 양도대상채권 목록을 보면, 사목에 해당하는 이 사건 대여금의 이자, 아목에 해당하는 미지급 공사대금의 이자, 차목에 해당하는 이 사건 대여금의 원금, 타목에 해당하는 미지급 공사대금 원금이 상환된 사실을 알 수 있다) 등에 비추어 보면, 위 12억 원이 위 자금집행의 순서에 반하여 지급된 것이라고 단정할 수 없고, 설령 위 자금집행의 순서에 반하여 지급된 것이라고 하더라도 그와 같은 사정만으로 위 12억 원이 업무무관가지급금에 해당한다고 볼 수도 없다. ○ 원고가 2015년 귀속 법인세의 과세표준 등을 신고하면서 이 사건 지급금이 업무무관가지급금 또는 무상대여금에 해당함을 전제로 작성된 이 사건 각 조정명세서를 첨부하여 제출하였음은 앞서 본 바와 같다. 그러나 원고는 실제 이 사건 각 조정명세서의 내용과 같이 익금산입 및 손금불산입을 하여 이를 과목별 소득금액조정명세서에 기재하고 사업연도소득금액계산에 이를 반영하는 등의 세무조정을 하지는 않았다. 이러한 점에 비추어 보면, 이 사건 각 조정명세서는 원고(또는 원고의 세무대리인)가 2015년 귀속 법인세의 과세표준 등을 신고할 당시 잘못 첨부한 서류로 보인다. 나아가 이 사건 각 조정명세서가 어떠한 경위로 작성된 것인지 명확히 밝혀지지 아니한 상황에서(경우에 따라서는 원고의 세무대리를 담당하는 회계법인의 직원이 이 사건 지급금의 실질을 고려하지 아니한 채 이 사건 지급금이 특수관계인에 대한 선급금 항목으로 계상된 점만을 고려하여 일단 이 사건 각 조정명세서를 작성하여 두었다가 이후 그와 같이 세무조정을 하지 않아 이를 첨부하지 않아야 함에도 이를 잘못 첨부하였을 수도 있다) 이 사건 각 조정명세서가 작성되었다는 사실만으로 이 사건 지급금이 업무무관가지급금 또는 무상대여금에 해당한다고 볼 수는 없다. ○ 이 사건 지급금에 관하여 원고는 선급금으로, KKK직스는 선수금으로 회계처리하였고, 원고와 KKK직스가 실제 매입, 매출이 이루어졌음을 전제로 세금계산서를 수수하거나 부가가치세와 법인세를 신고납부하지도 않은 사실은 앞서 본 바와 같다. 그러나 원고는 이 사건 지급금을 선급금으로 계상하면서 ‘KKK직스 업무대행수수료’라고 그 내역을 명시하였는바, 원고는 KKK직스에게 지급할 의무가 없는 돈을 지급한 것이어서 이를 선급금으로 회계처리한 것이 아니라 원고와 KKK직스 사이에 이루어진 계약의 내용이나 자금집행의 순서가 복잡하여 이를 단순히 선급금으로 회계처리하고 그에 따라 KKK직스도 이를 선수금으로 회계처리하였을 여지도 있다. 또한 기업회계상 선급금이란 상품․원재료 등의 매입을 위하여 미리 지급하는 돈을 의미하는 것일 뿐이므로 선급금이라고 하여 당연히 업무무관가지급금이 되는 것 도 아니다. 나아가 원고나 KKK직스가 조세회피의 목적에서 이 사건 지급금을 선급금 또는 선수금으로 회계처리한 것으로 보이지도 않는다. 즉, 이 사건 지급금을 정상적으로 회계처리할 경우 원고는 이를 비용으로 계상하여 손금산입하게 되어 오히려 법인세부담이 줄어들게 되고, KKK직스의 경우 이를 익금에 산입하게 되지만 그동안 누적되어 온 결손금으로 인하여 실제 납부할 법인세는 없을 것을 보인다. 부가가치세와 관련하여서도 KKK직스는 이 사건 지급금의 10%를 매출세액으로 납부하여야 하지만 원고는 이를 매입세액으로 공제받을 수 있다. 나아가 이 사건 지급금을 선급금이나 선수금으로 계상하여 손익의 귀속시기를 이연시킴으로써 원고나 KKK직스의 조세부담이 경감되었다고 볼 만한 사정도 찾기 어렵다. 위와 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 지급금에 관하여 위와 같이 정상적으로 회계처리가 되지 않았다는 사실만으로 이 사건 지급금이 업무무관가지급금 또는 무상대여금에 해당한다고 볼 수는 없다. ○ KKK직스는 2017. 11. 14. 원고를 상대로 서울중앙지방법원 20XX합00000호로 이 사건 지급금 중 0,000,000,000원에 관하여 대여금반환채무나 구상금지급채무가 존재하지 않는다는 확인을 구하는 내용의 채무부존재확인의 소를 제기하였고, 2018. 6. 27. 위 법원으로부터 위 돈이 업무대행보수로 지급된 것이라는 이유로 승소판결을 받았다. 위 판결은 항소기간의 경과로 확정되었다. 이 사건 처분이 있은 2017. 8. 10.부터 3개월여 만에 위 소가 제기된 점, 위 소송 당시 원고의 대표자 이사와 KKK직스의 대표이사가 이LL으로 동일인이었던 점, 1차 변론기일에 바로 변론이 종결되는 등 위 소송에서 원고와 KKK직스 사이에 치열한 다툼이 있었던 것으로 보이지도 않는 점 등에 비추어 보면, 원고가 이 사건 처분의 위법성을 주장하면서 이를 뒷받침하는 근거로 삼을 목적으로 KKK직스와 통정하여 위와 같은 소를 제기하여 확정판결을 받았을 여지도 있어 보이기는 한다. 그러나 설령 위와 같은 의도에서 위 소를 제기한 것이라고 하더라도, 업무무관가지급금이나 무상대여금을 정상적인 업무대행보수인 것처럼 보이게 하기 위하여 위 와 같은 소를 제기할 가능성도 있지만, 한편으로 정상적인 업무대행보수임에도 선급금이나 선수금으로 회계처리를 하는 등 그 입증이 곤란하여 위와 같은 소를 제기할 가능성도 있으므로, 위와 같은 의도에서 위 소를 제기하였다는 사정만으로 이 사건 지급금이 업무무관가지급금이나 무상대여금에 해당한다고 볼 수는 없다. 2) 위와 같은 여러 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 지급금은 원고가 KKK직스와의 계약(또는 합의)에 따라 지급한 업무대행보수에 해당하는 것으로 보일 뿐 업무무관가지급금 또는 무상대여금에 해당하는 것으로 보이지는 않는다. 3) 또한 조세법률주의에 의하여 합법성의 원칙이 강하게 작용하는 조세실체법과 관련한 신의성실의 원칙의 적용은 합법성을 희생해서라도 구체적 신뢰를 보호할 필요성이 있다고 인정되는 경우에 한하여 비로소 적용된다고 할 것이고, 특히 납세의무자가 과세관청에 대하여 자기의 과거의 언동에 반하는 행위를 하였을 경우에는 세법상 조세감면 등 혜택의 박탈, 각종 가산세에 의한 제재, 세법상의 벌칙 등 불이익처분을 받게 될 것이며, 과세관청은 납세자에 대한 우월적 지위에서 실지조사권 등을 가지고 있고, 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있다는 점 등을 고려한다면, 납세의무자에 대한 신의성실의 원칙의 적용은 극히 제한적으로 인정하여야 하고 이를 확대해석하여서는 안되며, 납세의무자에게 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는 객관적으로 모순되는 행태가 존재하고, 그 행태가 납세의무자의 심한 배신행위에 기인하였으며, 그에 기하여 야기된 과세관청의 신뢰가 보호받을 가치가 있는 것 이어야 할 것이다(대법원 2007. 6. 28. 선고 2005두2087 판결 등 참조). 앞서 본 바와 같이 원고는 2015년 귀속 법인세의 과세표준 등을 신고할 당시 이 사건 각 조정명세서를 첨부하기는 하였지만 실제 그 내용과 같이 세무조정을 하지는 않았던 점, 원고가 이 사건 지급금을 선급금으로 회계처리하고 난 후 이를 업무대행보수라고 주장하는 것이 객관적으로 모순되는 행태라거나 심한 배신행위에 기인한 것이라고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 보면, 원고가 이 사건 처분의 위법성을 다투는 것을 두고 신의성실의 원칙에 위배되는 것이라고 할 수도 없다. 4) 따라서 이 사건 지급금이 업무무관가지급금 또는 무상대여금에 해당함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다. 5. 결론 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2020누11059

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