+ - 북마크 저장 [행정] 1심사건

서울행정법원 2020.08.13 선고 2019구합82141 판결

원고가 옵션계약에 따라 프리미엄 지급한 비용은 손금에 산입될 수 있음[국패] 【사 건】 서울행정법원-2019-구합-82141 【원 고】 aaa 【피 고】 zz세무서장 【변 론 종 결】 2020.5.26. 【판 결 선 고】 2020.8.13. 【주 문】 1. 피고가 2018. 1. 10. 원고에게 한 2015 사업연도 귀속 법인세 xxx원(가산세 xxx원 포함)의 부과처분을 취소한다. 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 【청 구 취 지】 주문과 같다. 【이 유】 1. 처분의 경위 가. 당사자 지위 및 관계 1) 분할 전의 주식회사 bbb은 해운업 및 컨테이너 터미널 운영 사업 등을 영위하던 회사로 2009. 12. 1. 투자사업 부문을 제외한 해운사업 부문 등 나머지 사업부문을 인적분할하여 신설법인인 주식회사 bbb을 설립하고 존속법인은 지주회사로 전환하면서 상호를 주식회사 bbb홀딩스로 변경하였다(분할 전 법인을 ‘구 bbb’이라 한다). 이후 존속법인은 2014. 11.경 상호를 다시 주식회사 ccc홀딩스로 변경하였다(지주회사로 전환된 존속법인을 상호 변경 전후 구별 없이 ‘ccc홀딩스’라 한다). 2) 신설법인인 주식회사 bbb(이하 ‘bbb’이라 한다)은 2014. 6. 1. ccc홀딩스로부터 인적분할된 해운지주 사업부문과 상표권관리 사업부문을 흡수합병하였다. 3) 원고는 소프트웨어개발 및 판매사업 등을 목적으로 2000. 3. 29. 설립된 회사로, 구 bbb이 보유하던 원고의 지분 000%는 ccc홀딩스에 귀속되었다. 4) ddd 유한회사(이하 ‘ddd’라 한다)는 구 bbb의 자사주 매입이나 유동화 등과 관련하여 설립된 특수목적회사(SPC)로 원고 및 ccc홀딩스의 특수관계인에 해당하지 않는다. 나. 구 bbb의 자사주 매각 구 bbb이 2009년 대규모 적자가 발생함에 따라 bb계열기업군 소속 기업체 등은 주채권은행인 oooo은행과 2009. 11. 5. 재무구조개선약정을 체결하였다. 그에 따라 구 bbb은 당시 보유하고 있던 자기주식 yyy주(상장주식으로 지분율 000%)를 ddd에 총 xxx원(= 1주당 xxx원 × yyy주, 이후 분할 및 흡수합병 등에 따른 주식변동으로 원고가 2014. 12. 24. 기준으로 ccc홀딩스 주식 yyy주, 신설법입인 bbb 주식 yyy주를 보유하게 되었는바, ddd가 매입한 구 bbb 위 자기주식과 그 매입에 기하여 파생된 ddd의 보유주식을 통칭하여 이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)에 매각하였고, 당시 ddd는 금융주관사인 주식회사 oo은행(이하 ‘oo은행’이라 하고, 모든 법인명은 주식회사 표기를 생략한다)이 설립한 특수목적법인인 pp캐피탈로부터 위 주식을 담보로 이 사건 주식 매입대금 xxx원을 차입하여 조달하였다. 다. 이 사건 주식 Put & Call Option 약정의 체결 1) 원고는 2009. 11. 25. ddd와 사이에, ‘원고 또는 원고가 지정하는 자가 이 사건 주식을 1주당 xxx원(총 행사가격 xxx원)에 양수할 수 있는 콜옵션을 갖고, ddd는 같은 가격에 원고나 원고가 지정하는 자에게 이 사건 주식을 매각할 수 있는 풋옵션을 가지며, 원고가 ddd에 옵션 프리미엄을 지급한다.’는 것을 주된 내용으로 하는 이 사건 주식 Put & Call Option 약정(이하 ‘이 사건 약정’이라 한다)을 체결하였다 2) 원고는 이 사건 약정에 따라 매분기별로 ddd에 옵션 프리미엄을 지급하였는데, 2009. 11. 25.부터 2015. 4. 21.까지 ddd에 지급한 옵션 프리미엄 총액은 xxx원(이하 ‘이 사건 프리미엄’이라 한다)이 된다. 라. 이 사건 주식의 매각 1) ddd의 차입금 금융주관사가 2011. 2. 1. oo은행에서 qq투자증권 및 rr제일차 유한회사(qq투자증권이 설립한 특수목적법인)로 변경되었고, 이어 2013. 11. 7. 미국 화물하역 관련 업체인 eee Inc.(이하 ‘eee’라 한다)가 위 차입거래를 승계하여 대주로 참여하게 되었다. 위와 같은 대주의 변경에 따라 2013. 11. 7. 원고는 ddd와 사이에 이 사건 약정과 동일하게 ddd 보유주식(이 사건 주식 매수 이후 주식 교환 등으로 당시 시점에 ddd가 보유하고 있던 ccc홀딩스 주식 4,786,441주)에 대하여 원고나 원고가 지정하는 제3자가 xxx원에 매수할 수 있는 콜옵션을 갖고 ddd는 xxx원에 원고나 원고가 지정하는 제3자에게 매도할 수 있는 풋옵션을 갖기로 하는 약정을 새로이 체결하였다. 2) 그런데 2014. 11. 당초 계약조건인 bbb홀딩스와 eee 사이의 미국 롱비치 화물터미널 관련 거래가 유지되지 않음에 따라 eee의 자금상환 요청이 있었고, ddd는 이 사건 주식을 매각하여 자금을 상환하고 거래를 종료하게 되었다. 3) 이에 ddd는 원고와 사이에 이 사건 주식을 매각하여 그 매각 손익을 원고에게 귀속시키기로 합의한 다음, 2015. 3. 5. 신설법인인 bbb의 주식 yyy주를 약 xxx원(= yyy주 × 1주당 가액 xxx원)에 매각하고, 2015. 4. 17. ccc홀딩스의 주식 yyy주를 xxx원(= yyy주 × 1주당 가액 xxx원)에 매각하였다. 4) ddd는 위와 같이 이 사건 주식 전부(위 bbb의 주식 yyy주와 ccc홀딩스의 주식 yyy주가 당시 ddd가 보유하고 있던 이 사건 주식의 전부였다)를 시간외 대량매매 방식으로 매각하고 xxx원의 이익을 실현하여 이를 원고의 계좌에 입금하였고, ddd는 2015. 5.경 청산되었다. 마. 원고의 세무처리 내역 및 세무조사 결과 1) 원고는 2014 사업연도 세무조정 시까지 이 사건 프리미엄에 대하여 손금불산입(유보처분)으로 처리해 오다가, 이 사건 주식을 매각한 2015 사업연도에 이르러 이 사건 주식 매각에 따른 이익 xxx원을 세무상 수익으로 신고하고 ddd에 지급한 이 사건 프리미엄은 자산의 취득부대비용으로 이 사건 주식의 장부가액에 포함 되는 것으로 보아 손금산입(△유보처분)하여 신고하였다. 2) 한편, 서울지방국세청장은 2012년 원고에 대한 법인세 정기세무조사 당시 원고가 ddd에 지급한 프리미엄을 일종의 차입금에 대한 이자로 판단하여, 법인세법 제73조 제1항에 따라 원고가 2012. 8. 25.까지 ddd에 지급한 옵션 프리미엄 xxx원에 대한 이자소득세의 원천징수의무가 인정된다고 보아, 원고에게 이자소득 원천징수분 법인세 및 원천징수불성실 가산세를 부과하였다. 3) 이후 원고는 2013 사업연도에 ddd에 지급한 옵션 프리미엄에 대하여 위 세무조사 결과와 동일하게 이자소득세를 원천징수하여 납부하였다. 4) 서울지방국세청장은 2015년경 원고에 대한 법인세 정기세무조사를 하면서 2013 사업연도에 대한 세무조사를 실시하였는데, 2012년 당시 세무조사 결과와 다른 내용의 결과를 통지하지는 않았다. 바. 이 사건 처분 1) ddd가 이 사건 주식을 처분하고 그에 따른 이익이 원고에게 귀속된 이후, 피고는 원고의 특수관계인에 해당하는 구 bbb이 이 사건 주식을 담보로 ddd를 통하여 pp캐피탈 등 금융기관으로부터 대출받은 금원에 대한 이자를 원고가 이 사건 프리미엄 명목으로 대신 납부하였다는 이유로 법인세법 시행령 제88조 제1항 제5호, 제9호에 따라 ‘출연금을 대신 부담한 경우’에 준하는 행위라고 보아 부당행위계산부인 규정에 의하여 이 사건 프리미엄을 손금불산입하고, 2017. 1. 2. 원고에게 2015 사업연도 귀속 법인세 xxx원(가산세 포함)을 부과하였다. 2) 피고는 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제56조에 따라 미환류소득에 대한 2015 사업연도 귀속 법인세 xxx원을 증액하는 것으로 하여 2018. 1. 10. 원고에게 2015 사업연도 귀속 법인세 합계 xxx원(가산세 xxx원 포함)을 경정․고지하였다(당초 2017. 1. 2.자 xxx원의 부과처분은 2018. 1. 10.자 증액경정처분에 흡수되어 소멸되었는바, 이하 2018. 1. 10.자 xxx원의 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다). 사. 전심절차 이행 원고는 2017. 3. 30. 및 2018. 2. 14. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2019. 7. 3. 원고의 심판청구를 기각하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증(각 가지번호 포함), 을 제1, 2, 4, 6, 7, 9, 12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 처분의 적법 여부 가. 원고의 주장 이 사건 처분은 다음과 같은 사유로 위법하므로 전부 취소되어야 한다. 1) 중복세무조사로서 위법하다는 주장 이 사건 처분은 2016년에 이루어진 원고에 대한 세무조사에 기한 것인바, 이는 2012년, 2015년에 이루어진 세무조사에서 이미 조사가 이루어진 동일한 과세요건사실(이 사건 약정에 따른 이 사건 프리미엄의 지급)에 대한 것으로서 중복세무조사에 해당하여 위법하고, 이 사건 처분도 위법한 중복세무조사에 기한 것으로 역시 위법하다. 2) 손금 요건을 충족한다는 주장 이 사건 프리미엄의 지급이 사회질서를 위반하여 지출된 비용에 해당한다고 볼 수 없고, 손금 요건 중 ‘수익관련성’을 충족하므로, 이 사건 프리미엄은 원고의 손금으로 인정되어야 한다. 3) 부당행위계산부인 규정이 적용될 수 없다는 주장 이 사건 약정 및 그에 기하여 원고가 ddd에 이 사건 프리미엄을 지급한 행위는 ‘특수관계인 간의 거래’ 또는 ‘특수관계인 외의 자를 통하여 특수관계인 간에 이루어진 거래’에 해당하지 않고 조세회피 목적에서 비롯된 것도 아니므로, 부당행위계산부인 규정 자체가 적용될 수도 없다. 4) 가산세 면제의 정당한 사유가 인정된다는 주장 설령, 부당행위계산부인 규정에 의하여 이 사건 프리미엄이 손금불산입 대상에 해당한다 하더라도, 과세관청은 ‘원고가 적법하게 ddd에 이 사건 프리미엄을 지급하였다.’는 기존 입장을 완전히 바꾸어 이 사건 프리미엄은 원고가 부담할 것이 아니라 구 bbb이 부담했어야 하는 것이라는 전제에서 이 사건 처분을 하였다. 따라서 원고에게 법인세 신고․납부의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 인정되므로, 적어도 이 사건 부과처분 중 가산세 부분은 위법하다. 나. 관계 법령 [별지] ‘관계 법령’ 기재와 같다. 다. 판단 1) 세무조사의 위법 여부 가) 조사의 목적과 실시 경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 과세대상 등에 비추어, 후속 세무조사가 종전 세무조사와 실질적으로 같은 과세요건사실에 대한 것으로 볼 수 없다면, 국세기본법 제81조의4 제2항에 따라 금지되는 재조사에 해당하지 아니한다. 또한 손익의 귀속시기에 관한 권리의무확정주의를 명시한 법인세법 제40조 제1항에 따라 법인이 수익 실현 시까지 관련 비용을 과세상 손금으로 인식하지 않아 과세관청이 실질적인 조사의 필요가 없었던 비용의 관련 기초사실 일부가 종전 세무조사 당시 존재하였고 이를 조사할 기회를 가졌다는 형식적인 이유만으로 해당 비용을 손금 산입한 해당 사업연도에 대한 후속 세무조사가 관련 거래상황의 경과와 관계없이 금지되는 중복세무조사에 해당하여 전적으로 위법하게 된다고 단정할 것은 아니다. 나) 앞서 든 증거들과 갑 제14, 15, 16호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사정이 인정된다. (1) 원고는 이 사건 프리미엄을 손금불산입(유보)으로 처리해 오다가, 이 사건 주식을 매각한 해인 2015 사업연도에 이르러 이 사건 주식의 양도 당시 장부가액에 포함되는 부대비용으로 처리하여 과세상 손금으로 인식하는 한편, 이 사건 주식 매각에 따른 이익을 익금으로 인식하였다. (2) 2015 사업연도 전에 이 사건 약정이 종료되거나 옵션이 실행된 적이 없었고 원고가 이 사건 프리미엄을 과세상 손금으로 인식하지 않아 과세문제가 발생될 여지가 없었기 때문에 과세관청으로서는 그것이 법인세법상 손금에 해당하는지 여부에 대하여 사전에 검토할 필요가 없었다(원고가 이 사건 프리미엄을 손금불산입하면서 유보로 소득처분한 내용을 과세관청이 종전 세무조사에서 손쉽게 확인이 가능하였다 하더라도, 손익의 귀속시기에 관한 법인세법 제40조 제1항에 어긋나게 과세관청이 사전에 이를 경정할 필요까지는 없었다고 보인다). 이후 2015 사업연도에 원고가 이 사건 프리미엄을 손금산입하면서 비로소 그 타당성 여부에 대한 검토가 필요하게 되었다 (2012년경 세무조사 과정에서 원고의 대표이사 AAA이 작성한 확인서 주요내용도 원고가 ddd에 지급한 프리미엄에 대한 이자소득 원천징수 누락에 대한 것일 뿐이다). (3) 그뿐만 아니라, 2012년 및 2015년에 이루어진 원고에 대한 당초 세무조사는 원고가 2012년 또는 2013년까지 ddd에 지급한 이자소득의 원천징수의무불이행에 대한 것으로 그에 따라 원천징수분 법인세 및 가산세가 부과된 것이다(과세관청은 그 당시 이 사건 약정에 따른 거래가 ccc홀딩스의 BBB 회장의 경영권 방어를 목적으로 설립된 ddd가 이 사건 주식을 우회매입한 거래로 형식상 주식거래일 뿐 사실상 차입거래에 해당하므로, 원고가 지급한 프라미엄 명목의 돈은 차입금에 대한 지급이자에 해당한다고 파악하였다). 그 반면, 이 사건 처분의 근거가 된 2016년경 세무조사는 그동안 원고의 과세상 손금으로 인식되지 않던 이 사건 약정에 따른 프리미엄 지급이 원고의 손금에 해당하는지 여부에 대한 것으로 2015 사업연도 법인세 부과에 관한 것이다. 이와 같이 각 세무조사의 과세대상과 과세기간, 납세의무자, 조사목적 및 조사경위 등에 비추어, 2016년경 세무조사가 2012년 및 2015년의 종전 세무조사와 동일한 과세요건사실에 대한 것이라고 평가하기 어렵고, 이는 종전 세무조사에서 과세관청이 이 사건 약정의 실질적 성격을 조사․검토하였다고 달리 볼 것도 아니다. (4) 이 사건 프리미엄은 그 손금산입 여부나 실질적인 지급주체가 누구인지 여부와 상관없이 그 귀속자인 ddd에 대한 관계에서는 이자소득에 해당하는 것으로 종전 세무조사는 지급 당사자인 원고의 이자소득세 원천징수 누락에 대한 것일뿐이다. 그 당시 과세관청에서 이 사건 프리미엄을 장차 원고의 손금으로 인정하여 과세하지 않겠다는 어떠한 확정적인 의사를 공적으로 표명한 것이라고 해석하기도 어려운 이상, 2016년경 세무조사에서 과세관청이 종전 세무조사 결과를 번복한 것이라고 평가할 수 없다. 다) 위와 같은 여러 사정을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 2016년경 이루어진 원고의 2015 사업연도 귀속 법인세 세무조사가 2012년 및 2015년 종전 세무조사와 실질적으로 동일한 과세요건사실에 대한 것으로 구 국세기본법(2016. 12. 20. 법률 제14382호로 개정되기 전의 것) 제81조의4 제2항에 따라 금지되는 재조사에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 이와 전제가 다른 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 2) 손금 요건 구비 여부 가) 처분 근거법령의 추가 피고는 이 사건 소송절차에 이르러 이 사건 프리미엄의 지급이 법인세법상 손금 요건을 갖추지 못한 것이라고 강조하면서 구 법인세법 제19조를 이 사건 처분의 근거 법령으로 추가하였는바, 이는 구체적인 사실관계의 변경 없이 동일한 행위에 대한 법률적 평가만을 달리하여 처분의 근거법령을 추가하는 것에 해당할 뿐, 처분사유를 새로이 추가한 것에 해당한다고 보기 어렵다. 설령 새로운 처분사유를 추가한 것에 해당한다고 하더라도, 과세처분취소소송의 소송물은 과세관청이 결정한 세액의 객관적 존부로서 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 처분사유의 변경이 가능한 것이므로 (대법원 1997. 10. 24. 선고 97누2429 판결 등 참조), 적법한 처분사유의 추가로서 허용된다고 봄이 타당하다. 이하 이 사건 프리미엄의 손금 인정 여부에 관하여 살펴본다. 나) 관계 법리 구 법인세법 제19조 제1항은 “손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.”고 규정하고, 제2항은 “제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.”고 규정하면서 손금산입의 기준으로 ‘사업관련성’ 및 ‘통상성’ 또는 ‘수익관련성’을 제시하고 있다. 구 법인세법 제19조 제2항에서 말하는 ‘일반적으로 인정되는 통상적’인 비용은 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황이라면 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고(대법원 2015. 1. 29. 선고 2014두4306 판결 참조), ‘사업과 관련하여 발생한 비용’은 해당 법인의 목적사업이나 영업내용을 기준으로 객관적으로 판단하여 사업상 필요성이 인정되는 비용을 의미한다. 그리고 손금과의 직접 관련성이 요구되는 ‘수익’에는 법인의 재화․인도․용역의 제공으로 얻는 것은 물론 기업회계상 영업외 수익, 특별이익까지 포함된다. 또한 같은 법 제19조 제2항의 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 하는데, 특별한 사정이 없는 한 사회질서를 위반하여 지출된 비용은 여기에서 제외된다(대법원 2009. 11. 12. 선고 2007두12422 판결 등 참조). 그리고 사회질서에 위반하여 지출된 비용에 해당하는지 여부는 그러한 지출을 허용하는 경우 야기되는 부작용, 그러한 지출이 거래에 미칠 영향, 이에 대한 사회적 비난의 정도, 규제의 필요성과 향후 법령상 금지될 가능성, 상관행과 선량한 풍속 등 제반 사정을 종합적으로 고려하여 사회통념에 따라 합리적으로 판단하여야 한다(대법원 2015.1. 15. 선고 2012두7608 판결 등 참조). 다) 구체적인 판단 앞서 든 증거들과 갑 제10, 11, 13호증, 을 제10, 11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 프리미엄은 법인세법상 손금 요건으로서 수익관련성이 인정되므로, 특별한 사정이 없는 이상, 원고의 2015 사업연도 법인세 소득금액 계산에서 손금산입될 수 있다고 봄이 타당하다. 따라서 이를 지적하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있고, 이와 달리 이 사건 프리미엄이 사회질서를 위반하여 지출된 비용으로 법인세법 제19조 제2항이 규정한 손비의 요건을 갖추지 못하여 손금에 산입할 수 없다는 취지의 피고 주장은 이유 없다. (1) 사회질서를 위반하여 지출된 비용에 해당하는지 여부 (가) 재무구조개선약정 관련 ① 구 bbb은 2009. 11. 5. 재무구조개선약정 시 작성된 ‘자구 및 차입금 상환 계획서’(갑 제3호증)에 따라 그 당시 보유하고 있던 계열사 주식, 자기주식 등을 매각하여 차입금을 상환하기로 한 다음, 그에 따라 이 사건 주식을 ddd에 매각하고 그 매각대금 xxx원을 현금으로 일시에 지급받아 차입금을 상환할 수 있었다. ② 이 사건 주식은 적법하게 ddd에 매각되었고 원고가 이 사건 약정을 통하여 ddd로부터 이 사건 주식을 취득할 수 있는 권리를 취득하게 된 것일 뿐이므로, 구 bbb 또는 ccc홀딩스가 이 사건 주식의 소유권을 여전히 보유하고 있다거나 재무구조개선약정에 따른 이 사건 주식 매각 의무를 위반하였다고 볼 수 없다. ③ 원고는 이 사건 약정과 관련하여 부채를 인식한 바 없고 이 사건 프리미엄은 영업외비용(지급수수료)으로 인식하였으며, 이러한 내용은 외부 회계감사인이 작성한 감사보고서에 포함․공시되었는바, 이 사건 약정의 체결 및 이 사건 프리미엄 지급으로 인해 bb계열기업군 전체의 부채비율이 높아지는 결과가 초래되었다고 보기도 어렵다. ④ 재무구조개선약정의 주채권은행인 oooo은행이 이 사건 약정 체결에 관하여 특별한 이의를 제기하였다는 사정도 없다. ⑤ 구 bbb의 입장에서 자사주 매각으로 재무건전성 개선의 효과를 얻은 이상, bb그룹계열군 전체 관점에서 연결재무제표상 재무건전성이 개선되는 실질적인 효과가 없다고 하여 이 사건 약정의 체결이 재무구조개선약정에 정면으로 위배되는 것이라고 단정하기도 어렵다. 위와 같은 여러 사정에 비추어, 이 사건 약정을 체결하거나 그에 따라 원고가 ddd에 이 사건 프리미엄을 지급한 행위 자체가 구 bbb의 재무구조개선약정의 목적과 취지에 정면으로 위배되는 행위라고 인정할 수 없다. (나) 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 관련 ① 구 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(2017. 4. 18. 법률 제14813호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 공정거래법’이라 한다) 제10조의2의 규정에 따른 채무보증제한기업집단의 계열회사에 대한 채무보증의 금지는 국내금융기관의 여신과 관련한 보증을 금지한다는 취지이다. 그런데 피고의 주장대로 구 bbb 또는 ccc홀딩스가 이 사건 약정에 의한 원고의 ddd에 대한 이 사건 주식 매입의무, 이 사건 프리미엄 지급 의무 등을 확약 내지 보증하였다 하더라도, ddd가 국내금융기관에 해당하지 아니하고 이 사건 약정이 여신계약에도 해당하지 않으므로, 구 bbb 또는 ccc홀딩스가 위 규정을 위반하여 계열회사에 대한 보증을 선 것이라고 평가할 수 없다. ② rr제일차 유한회사가 발행한 자산담보부기업어음을 ccc홀딩스가 매입함에 따라 ddd가 대주에 대한 대출약정을 그대로 유지할 수 있게 된 편익을 누리게 되었다 하더라도, ccc홀딩스가 위 규정을 위반하여 계열회사에 대한 보증을 선것이라고 볼 수 없음은 마찬가지이다. ③ ddd의 대주(qq투자증권, rr제일차 유한회사)에 대한 대출채무의 담보물인 이 사건 주식의 담보가치가 하락할 경우 원고가 담보유지기준 미만의 부족금액 상당액을 ddd에 자금대여의 방법으로 제공하기로 하는 자금보충약정을 체결하였다 하더라도, 그와 같은 약정이 국내금융기관의 여신과 관련한 보증에 해당하지 아니할 뿐만 아니라, ddd는 특수목적법인으로 원고나 ccc홀딩스의 특수관계에 있지도 않으므로, 원고가 위 규정을 위반하여 계열회사에 대한 보증을 선 것이라고 평가할 수도 없다. ④ 공정거래위원회에서 원고나 ccc홀딩스에 대하여 이 사건 약정 등과 관련한 어떠한 제재나 조치를 취하였다는 사정도 없다. 위와 같은 여러 사정에 비추어, 이 사건 약정을 체결하거나 그에 따라 원고가 ddd에 이 사건 프리미엄을 지급한 행위와 관련하여 원고나 ccc홀딩스가 구 공정거래법 제10조의2의 규정을 위반하여 계열회사에 대한 채무보증을 하였다고 인정하기 어렵다. 설령, 이 사건 약정이 위 규정을 정면으로 위반하였다거나 그에 저촉될 여지가 있다 하더라도 공정거래법 제10조의2(계열회사에 대한 채무보증의 금지), 제15조(탈법행위의 금지)를 위반한 채무보증이나 탈법행위가 그 자체로 사법상 효력을 부인하여야 할 만큼 현저히 반사회성이나 반도덕성을 지닌 것이라고 볼 수 없으므로(대법원 2019. 1. 17. 선고 2015다227017 판결 참조), 이 사건 프리미엄 지급이 반사회적 성격의 비용이라고 단정할 수 없다. (다) 이 사건 약정 및 프리미엄의 목적과 성격 관련 이 사건 약정의 체결이 실질적으로 ccc홀딩스 BBB 회장의 우호 지분 확보 내지 경영권 방어에 있다고 볼 여지가 있다고 하더라도, 경제적 관점에서 볼 때, 원고가 투자수익을 얻기 위하여 이 사건 약정을 체결하고 그에 따라 이 사건 프리미엄을 적법하게 지출한 것으로 평가할 여지가 충분하고 그와 같은 행위가 거래통념상 일반적인 거래방식에서 상당히 벗어난 비정상적인 것이 아닌 이상, 관련 당사자들 사이의 계약 내용을 무시하고 이 사건 약정이 실질적인 담보대출약정에 불과하다고 쉽게 단정할 것은 아니다. 또한 이 사건 프리미엄이 위법소득을 얻기 위한 비용에 해당한다거나 재무구조개선약정이나 구 공정거래법 등 관계 법령을 위반하여 지출된 비용이라고 볼 수 없고, 그 밖에 대한 공익 침해의 우려, 사회적 비난의 정도, 규제의 필요성, 상관행과 선량한 풍속 등 제반 사정에 비추어, 이 사건 프리미엄의 지급이 사회질서에 위반하여 지출된 비용이라고 볼 수 없다. (2) 수익관련성 인정 여부 (가) 이 사건 프리미엄의 지급이 일반적으로 인정되는 통상적인 사업관련 비용에 해당한다고 볼 수 없다. 그러나 이 사건 주식의 양도차익 약 xxx원이 발생하여 그 이익이 원고에게 귀속된 이상, 이 사건 프리미엄은 원고가 이 사건 주식의 취득 및 그 양도차익을 얻기 위하여 지출한 비용으로 원고의 수익관련성이 인정되어 법인세법상 손금으로 인정하는 것이 타당하다. (나) 구 법인세법 제41조(자산의 취득가액) 제1항, 제42조(자산․부채의 평가) 제1항, 같은 법 시행령 제19조(손비의 범위) 제2호, 제72조(자산의 취득가액 등) 제2항 제1호, 제4항 등을 종합해 보면, 자산의 매입가액 내지 부대비용은 자산 양도 시 손금에 산입되는 것이 원칙이다. 그런데 원고는 이 사건 주식의 취득 및 장래 양도차익을 목적으로 이 사건 약정을 체결하고 그에 따라 원고가 콜옵션을 부여받은 대가의 관련 비용으로 이 사건 프리미엄을 지급한 것인바, 위 프리미엄은 이 사건 주식 취득 또는 양도차익을 위하여 지출된 부대비용에 해당하여 이 사건 주식의 매각으로 원고에게 이익이 귀속된 2015 사업연도의 손금으로 파악하는 것이 타당하다. 3) 부당행위계산부인 규정 적용 여부 가) 관계 법령 및 법리 구 법인세법 제52조 제1항은 ‘납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.’고 규정하고 있다. 같은 법 시행령 제88조 제1항은 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"의 하나로 ‘출연금을 대신 부담한 경우’(제5호), 그 밖에 이에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우(제9호)를 들고 있고, 같은 조 제2항은 “제1항의 규정은 그 행위 당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다.”고 규정하고 있다. 부당행위계산이라 함은 납세자가 정상적인 경제인의 합리적 거래형식에 의하지 아니하고 우회행위, 다단계행위, 그 밖의 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위계산을 말한다. 따라서 위와 같은 부당행위계산부인 규정을 적용하기 위해서는 ‘특수관계인 간의 거래’ 또는 ‘특수관계인 외의 자를 통하여 특수관계인 간에 이루어진 거래’에 해당하여야 하고, 그러한 거래가 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되어야 한다. 나) 구체적인 판단 앞서 든 증거들과 갑 제6 내지 9, 12호증, 을 제3, 5, 8, 13호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 ddd에 이 사건 프리미엄을 지급한 행위가 구 bbb에 대한 관계에서 구 법인세법 제52조 제1항, 같은 법 시행령 제88조 제1항 제5호, 제9호, 제2항이 정한 출연금을 대신 부담한 경우에 준하는 행위로서 부당행위계산부인 규정의 적용대상이 되는 행위유형에 해당된다고 볼 수 없다. 따라서 이를 지적하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있고, 이와 달리 위 규정의 적용을 전제로 2015 사업연도 원고의 법인세 소득금액에서 이 사건 프리미엄을 손금불산입한 피고의 조치는 위법하다. (1) 부당행위계산부인 규정의 형식적 요건 (가) 원고의 최대주주인 구 bbb이 보유하던 원고의 지분 000%는 2015 사업연도까지 bbb홀딩스를 거쳐 ccc홀딩스에 귀속되어 계속 유지되었는바, ccc홀딩스는 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제87조 제1항에 따라 원고의 특수관계법인에 해당한다. 피고 주장대로 이 사건 처분에 관하여 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제5호, 제9호, 제2항이 정한 부당행위계산부인 규정이 적용되기 위하여는 우선 ‘특수관계인 외의 자를 통하여 특수관계인 간에 이루어진 거래’가 전제되어야 한다. 그런데 이 사건의 경우, ddd와 ccc홀딩스 사이의 이 사건 주식양도 거래가 먼저 있고 난 다음, 원고와 ddd 사이의 이 사건 약정 및 그에 따른 이 사건 프리미엄 지급행위가 별개로 이루어졌을 뿐이다. 피고가 제출한 증거만으로는 원고가 특수관계 없는 ddd를 통하여 간접적으로 특수관계 법인인 ccc홀딩스(구 bbb)와 거래한 것이라고 평가하기 어렵다. (나) 더구나, 피고는 이 사건 프리미엄을 ccc홀딩스가 부담해야 하는 것임을 전제로 이를 원고가 대신 부담하였다고 보아 위와 같은 부당행위계산부인 규정을 적용하여 이 사건 처분을 한 것으로 보인다. 그러나 이 사건 프리미엄은 원고가 ddd와 체결한 이 사건 약정에 따라 원고가 부여받은 콜옵션에 대한 대가 내지 반대급부로 ddd에 지급한 것일 뿐이고, 어떠한 대가 내지 반대급부 없이 지급하는 ‘출연금 또는 그에 준하는 것’에 해당한다고 평가하기 어렵다. 따라서 이 사건 약정 및 그에 따른 이 사건 프리미엄 지급이 부당행위계산부인 규정의 행위유형인 ‘출연금을 대신 부담한 것에 준하는 경우’에 해당한다고 인정할 수 없다. (2) 부당행위계산부인 규정의 실질적 요건 (가) 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제5호, 제9호, 제2항의 적용대상이 되는 거래유형에 해당하기 위해서는 해당 법인이 특수관계인과 직접 거래한 것은 아니지만, 특수관계인 이외의 자를 중간 매개로 하는 간접적인 거래를 통하여 특수관계인의 출연금을 대신 부담하거나 이익분여를 하였다고 인정되는 경우 등 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우이어야 한다. 그런데 이 사건 약정에 따라 원고가 ddd에 이 사건 프리미엄을 지급한 행위가 ccc홀딩스의 출연금이나 대출이자를 대신하여 지급하였다거나 원고가 ccc홀딩스에 실질적으로 이익을 분여한 경우로서 조세 부담을 부당하게 감소시킨 경우에 해당한다고 단정하기 어렵다. (나) 부당행위계산부인 규정은 행위 당시를 기준으로 판단하여야 하는바, 이 사건 약정 체결 당시는 물론이고 이 사건 약정 종료 무렵까지 이루어진 각 프리미엄 지급 당시를 기준으로 보면, 원고의 그와 같은 거래행위가 조세부담을 부당하게 감소시킬 목적으로 이루어진 가장행위로서 무효에 해당한다거나 조세회피 목적에서 비롯된 비합리적인 의사결정에 따른 거래라고 보기 어렵다. 또한 원고에게 이 사건 주식처분에 따른 이익과 이 사건 프리미엄의 차액 상당의 순손실 약 xxx원(= 이 사건 프리미엄 xxx원 - 수익 xxx원)이 발생하였다는 사후 결과만을 가지고, 원고가 이 사건 프리미엄을 ccc홀딩스 대신 부담함으로써 관련 이익을 분여하였다고 보아 부당행위계산부인 규정을 적용할 수는 없다. 오히려 원고가 ddd와 이 사건 약정을 체결한 것은 이 사건 주식 가치의 상승으로 인한 장래 투자수익을 기대한 것이라고 볼 여지가 있고 그러한 경영판단이 거래 당시를 기준으로 할 때 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 행위라고 단정할 수 없다. 즉, 원고는 향후 코스피(KOSPI) 시장상황, 아시아 경쟁 선사들의 수익률, 증권사의 주가 전망과 투자의견 등을 내부적으로 분석․검토하는 과정을 거쳐, 이 사건 주식이 저평가되어 있는 상태로서 향후 주가 상승의 가능성이 충분히 있다고 판단한 것으로 보인다. 이를 토대로 원고는 법무법인의 법률자문을 거쳐 ddd와 이 사건 약정을 체결하는 방식으로 이 사건 주식에 투자함으로써 당장의 대규모 자금 조달의 부담 없이 당초 약정한 프리미엄을 지급하는 조건으로 우선적으로 콜옵션을 확보하여 향후 이 사건 주식 양도에 따른 시세차익 내지 투자수익을 기대하였다고 볼 여지가 있다(실제로 이 사건 주식의 1주당 가격이 이 사건 약정 당시 xxx원에서 2010. 4. 6. 기준으로 xxx원으로 상승하기도 하였다). 다만 이 사건 약정 이후 해운업의 장기 불황으로 말미암아 이 사건 주식가치가 예상보다 상승하지 못한 탓에 원고에게 순손실이 발생한 것으로 보이는바, 이와 같이 순손실이 발생한 결과에만 주목하여 이 사건 약정과 프리미엄 지급행위에 부당행위계산부인 규정을 적용할 것은 아니다. 또한 피고는 원고의 자산규모에 비추어 xxx원의 콜옵션 주식매입대금을 지급하는 것이 불가능한 이상, 이 사건 약정 자체가 비정상적인 것이라고 주장한다. 그러나 원고로서는 이 사건 주식의 가치가 상승할 경우 이 사건 약정에 따라 제3자에게 곧바로 전매하여 그 양도차익을 실현하는 방법을 선택할 수도 있는바, 이러한 경우 원고 스스로 xxx원의 자금을 직접 조달할 필요는 없을 것이므로, 위 주장은 그 자체로 이유 없다. (다) ddd의 대표자 EEE는 세무조사에서 ‘이 사건 주식을 일시에 주식시장에 매각할 경우 주가하락의 문제가 있었다.’는 취지로 진술한 바 있고, oo은행 구조화신탁팀 부장 CCC은 세무조사에서 ‘구 bbb 재무그룹장 DDD이 구 bbb의 자사주를 유동화시키되 BBB 회장의 지배권 확보 내지 유지를 원한다는 요구를 하였다.’고 진술하였다. 이에 비추어, 이 사건 약정의 숨은 실질적인 목적이 ccc홀딩스 BBB 회장의 의결권 유지 내지 경영권 방어에 있었다고 볼 여지가 있기는 하나, 그러한 사정만으로 이 사건 약정이 조세부담을 회피할 목적에서 비롯된 것이라고는 보기 어렵고 달리 이 사건 약정 자체가 가장행위에 해당한다거나 그에 따른 이 사건 프리미엄 지급이 조세회피 목적에서 비롯된 비합리적인 거래라고 볼 특별한 사정이 인정되지 아니한다. (라) 설령 원고가 ddd에 이 사건 프리미엄을 지급함으로써 원고의 특수관계법인인 ccc홀딩스나 BBB 회장이 간접적으로 어떠한 경제적 이익을 누린 결과가 되었다 하더라도, 실질과세원칙에 따라 ccc홀딩스의 ddd에 대한 이 사건 주식 매각행위, 원고와 ddd 사이의 이 사건 약정 및 원고의 프리미엄 지급행위를 모두 부인하고 원고가 ccc홀딩스를 대신하여 프리미엄 명목으로 대출이자를 지급한 하나의 행위 내지 거래로 재구성할 수도 없다. 이와 달리 이 사건 프리미엄 지급행위의 경제적 실질이 ccc홀딩스가 이 사건 주식을 담보로 ddd를 통하여 oo은행 등 투자자로부터 대출받은 금액에 대한 이자를 원고가 프리미엄 명목으로 대납한 비정상적인 행위로서 실질적 계약당사자로서 프리미엄의 지급의무자가 ccc홀딩스에 해당함을 전제로 원고의 행위에 대하여 부당행위계산 부인규정을 적용할 수 있다는 취지의 피고 주장은 이유 없다(유가증권 양도인이 양수자로부터 재매수할 수 있는 권리를 보유하는 등 유가증권 통제를 상실하지 않고 유가증권을 양도하는 경우에는 담보차입거래로 본다는 기업회계기준에 의하더라도, 구 bbb의 이 사건 주식 양도행위와 별개로 체결된 이 사건 약정을 피고의 주장대로 담보대출약정으로 단정할 수 없는 이상, 원고의 행위에 대하여 부당행위계산 부인규정을 적용할 수 없음은 마찬가지이다). 4) 소결 이 사건 프리미엄 지급은 사회질서를 위반하여 지출한 비용에 해당한다고 볼 수 없고, 원고의 수익관련성이 인정되는 자산의 취득가액 내지 부대비용으로 손금산입될 수 있다. 나아가 이 사건 약정의 체결 및 그에 따른 원고의 이 사건 프리미엄 지급행위는 피고의 주장대로 법인세법상 부당행위계산부인 규정의 행위유형에 해당한다고 볼 수도 없다. 따라서 이 사건 프리미엄은 이 사건 주식 매각의 손익이 실현된 2015 사업연도 귀속 법인세 신고 시 손금산입하는 것이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 피고의 이 사건 처분은 원고의 나머지 주장에 관하여 더 나아가 살필 필요없이 위법하므로, 전부 취소되어야 한다(피고가 2018. 1. 10. 경정․고지한 원고의 2015 사업연도 미환류소득에 대한 법인세 xxx원은 이 사건 주식 매각에 따른 이익 xxx원과 손금불산입으로 경정된 이 사건 프리미엄 xxx원 등이 미환류소득 산정의 기초가 되는 기업소득에 해당함을 전제로 산출된 것이다. 그런데 이 사건 프리미엄을 손금불산입으로 경정한 피고의 조치는 위법한바, 이 사건 프리미엄을 손금산입하게 되면, 구 법인세법 제56조에 따른 원고의 2015 사업연도 미환류소득은 발생하지 않게 되므로, 2015 사업연도 미환류소득에 대한 법인세 xxx원의 부과처분도 위법하여 전부 취소되어야 한다). 3. 결론 그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2019구합82141

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

손익의 귀속시기에 관한 법인세법 제40조

법인세법 시행령 제87조 제88조

공정거래법 제10조

법인세법 제19조 제40조 제41조 제52조 제56조 제73조

국세기본법 제81조

[ 사건명 태그]