+ - 북마크 저장 [행정] 1심사건

창원지방법원 2021.02.04 선고 2019구합53967 판결

무상 수용 토지 자산수증익의 익금시기 등[일부패소] 【사 건】 창원지방법원2018구합52318 법인세경정거부처분등취소 【원 고】 한국000000 【피 고】 00세무서장 【변 론 종 결】 2021. 1. 18. 【판 결 선 고】 2021. 2. 4. 【주 문】 1. 피고가 2016. 2. 1. 원고에 대하여 한, 가. 2010 사업연도 결손금을 1,084,904,857,048원만큼 감액한 처분 중 557,304,612,915원 부분을, 나. 2011 사업연도 결손금을 596,448,757,729원만큼 감액한 처분 중 123,707,063,360원 부분을, 다. 2012 사업연도 결손금을 1,011,314,950,825원만큼 감액한 처분 중 472,461,496,747원 부분 및 2012 사업연도 소득금액을 92,692,863,490원만큼 증액한 처분을, 라. 2013 사업연도 소득금액을 694,578,938,604원만큼 증액한 처분 중 274,167,498,137원 부분을, 마. 2014 사업연도 소득금액을 1,194,096,102,931원만큼 증액한 처분 중 295,766,936,828원 부분을, 취소한다. 2. 피고가 2016. 2. 1. 원고에 대하여 한 2015년 제1기분 부가가치세 1,345,396,540원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다. 3. 피고가 별지1 기재와 같이 원고에 대하여 2019. 8. 13. 한 2015 사업연도 법인세 495,042,594,941원의 경정거부처분을 취소한다. 4. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 5. 소송비용 중 1/3은 원고가, 나머지는 피고가 부담한다. 【청 구 취 지】 1. 피고가 2016. 2. 1. 원고에 대하여 한, 가. 2010 사업연도 결손금을 1,084,904,857,048원만큼 감액한 처분 중 637,295,615,360원 부분을, 나. 2011 사업연도 결손금을 596,448,757,729원만큼 감액한 처분 중 332,232,781,597원 부분을, 다. 2012 사업연도 결손금을 1,011,314,950,825원만큼 감액한 처분 중 654,847,886,924원 부분 및 2012 사업연도 소득금액을 92,692,863,490원만큼 증액한 처분을, 라. 2013 사업연도 소득금액을 694,578,938,604원만큼 증액한 처분 중 483,882,504,241원 부분을, 마. 2014 사업연도 소득금액을 1,194,096,102,931원만큼 증액한 처분 중 395,906,001,057원 부분을, 취소한다. 【이 유】 1. 처분 경위 가. 원고 지위 및 회계처리기준 1) 원고는 2009. 10. 1. 한국토지주택공사법에 따라 정부가 자본금 전액을 출자하여 설립한 준시장형 공기업이다. 2) 원고는 공공기관 운영에 관한 법률 제39조 제3항, 공기업ㆍ준정부기관 회계사무규칙 제2조 제5항, 구 주식회사의 외부감사에 관한 법률(2017. 10. 31. 법률 제15022호 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제1항 제1호에 따라 국제회계기준위원회의 국제회계기준을 채택하여 정한 한국채택국제회계기준(이하 ‘K-IFRS’)을 적용하여 회계처리를 하고 있다. 나. 피고의 (이월)결손금 감액처분 및 법인세, 부가가치세 경정ㆍ고지 1) 원고는 2010∼2012 사업연도는 결손금이 발생한 것으로, 2013, 2014 사업연도는 사업연도 소득금액이 이월결손금으로 모두 공제된 것으로 법인세 과세표준을 신고하여 법인세를 납부하지 않았다. 당시 원고가 신고한 각 사업연도 (이월)결손금 내역은 아래 표1 기재와 같다(을 29).

2) 서울지방국세청장은 2015. 6. 18.부터 2015. 12. 23.까지 원고의 2010∼2014 사업연도 법인세 등에 대한 세무조사를 실시한 후, 2015. 12. 29. 피고에게 ‘원고가 2010∼2014 사업연도 각 법인세 과세표준 계산시 소득금액 총 5,256,034,934,621원을 누락하였고[2010 사업연도 1,454,406,410,295원, 2011 사업연도 904,627,618,467원, 2012사업연도 1,112,827,639,803원, 2013 사업연도 631,133,781,021원, 2014 사업연도1,153,039,485,035원], 2015년 제1기분 부가가치세 과세기간에 재화 공급시기가 도래하지 않은 매입세금계산서(공급가액 9,912,300,500원)를 발급받아 이에 관한 매입세액을 과다 공제받았다.’는 내용의 세무조사 결과를 통지하였다. 3) 피고는 2016. 2. 1. 세무조사 결과에 따라 원고에게 아래와 같이 과세처분을 하였다. 가) 위 2)항과 같이 누락된 소득금액을 익금산입하여, 원고의 ① 2010 사업연도결손금을 1,454,406,410,295원 감액하고, ② 2011 사업연도 결손금을 904,627,618,467원 감액하고, ③ 원고가 신고한 2012 사업연도 결손금 1,011,314,950,825원을 전액 감액하고, 오히려 2012 사업연도 소득금액을 101,512,688,978원으로 증액하고, ④ 2013사업연도 소득금액을 631,133,781,021원 증액하고, ⑤ 2014 사업연도 소득금액을 1,153,039,485,035원 증액하였다. 그 결과 원고의 2011∼2015 사업연도 이월결손금도 감액되었다(이하 위 결손금 및 이월결손금 감액처분을 합쳐서 ‘이 사건 결손금 감액처분’). 나) 피고는 2016. 2. 1. 원고에게 이 사건 결손금 감액처분 결과 과세표준이 0원을 초과하게 된 2014 사업연도 귀속 법인세 105,023,850,700원을 경정ㆍ고지하였다(가산세 17,377,266,169원 포함. 이하 ’이 사건 법인세 부과처분‘). 다) 피고는 2016. 2. 1. 원고에게 2015년 제1기분 부가가치세 1,345,396,540원을경정․고지하였다(가산세 354,166,496원 포함, 이하 ’이 사건 부가가치세 부과처분). 4) 이 사건 결손금 감액처분 사유 중 이 사건 쟁점과 관련된 것들의 주요 내용은 다음과 같고, 위 소득금액 합계 약 5조 2,560억 원 중 각 쟁점과 관련된 금액은 아래 표2 기재와 같다. ① 원고는 준공 전 인도 시점에 토지 공급금액을 매출로 인식하면서 장래 준공 시까지 발생할 예정원가를 매출원가에 포함시켜 인식하였다. 이와 관련하여 원고는 그 이후 사업연도에 예정원가가 증가한 경우 그 증가액을 해당 사업연도의 비용으로 인식하였으나, 이는 손금불산입하여야 한다(쟁점1). ② 원고는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 ‘국토계획법’) 제65조 등에 따라 기존 공공시설이 원고에게 무상귀속되었음에도 별다른 회계처리를 하지 않았으나, 이는 자산수증익에 해당하므로 개발사업 실시계획승인 연도 익금에 산입하여야 한다(쟁점2). ③ 원고는 재고자산인 판매용 토지 조성을 위해 지출할 예정인 추정 건설자금이자를 자본화하여 토지 인도 시점에 매출원가로 인식하였으나, 위 이자는 실제 지급 시점에 기간비용으로 인식하여야 하므로 손금불산입하여야 한다(쟁점3). ④ 원고가 개발사업 내용이나 조건 등과 무관하게 지방자치단체에 기부채납한 재산은 법정기부금으로 보아 한도초과액은 손금불산입하여야 한다(쟁점4). ⑤ 고정자산 건설자금에 충당한 특정차입금 이자 중 원고가 임의로 자본화를 중단하고 기간비용으로 인식한 부분은 손금불산입하여야 한다(쟁점5).

다. 감사원 재조사 결정 및 법인세 등 경정결정 1) 피고가 이 사건 결손금 감액처분 당시 증액경정한 원고의 2010∼2014 사업연도 소득금액 합계 약 5조 2,560억 원은 여러 세무조정사항들이 포함된 금액이다. 원고는 2016. 4. 27. 감사원에 그 중 일부에 관하여 불복하는 취지로(불복하는 소득금액 합계 3,706,087,124,170원, 표2 기재 쟁점1∼5 관련 소득금액 포함) 이 사건 결손금 감액처분과 이 사건 법인세 및 부가가치세 부과처분 취소를 구하는 심사청구를 제기하였다. 2) 감사원은 2018. 5. 10. ‘처분청은 매출에 대응하여 이미 매출원가로 계상한 예정원가를 이후 사업연도에 다시 추정(발생한 지출액은 제외)하면서 청구인이 결산에 매출원가의 감소로 반영한 예정원가 감소액을 익금에 산입하지 않는 것으로 하여 2011∼2014 사업연도 각 소득금액을 재조사하고 그 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.’라고 결정하였다 3) 이에 따라 피고는 2018. 7. 25. 원고에게 이 사건 결손금 감액처분 중 쟁점1 관련 익금산입액을 표2 기재와 같이 1,401,732,080,895원에서 999,106,512,238원으로 줄이고, 그에 따라 과세표준을 새로 산정하여 이 사건 법인세 부과처분을 97,547,120,307원(가산세 포함)만큼 감액하는 경정결정을 하였다. 4) 한편, 피고는 이 사건 쟁점과 무관한 사유로 ① 2016. 11. 14. 원고의 2014 사업연도 법인세 339,467,550원을 직권으로 감액경정하여 환급하였고(갑 3), ② 2019. 2.경 원고의 2014 사업연도 법인세 2,400,395,680원을 환급하였다(갑 50). 결과적으로 이 사건 법인세 부과처분은 4,736,777,163원(= 105,023,850,700원 – 97,547,210,307원 – 339,467,550원 – 2,400,395,680원)으로 감액되었다(을25, 을28-11~13). 라. 원고의 2015 사업연도 법인세 경정청구 및 피고의 거부처분 1) 원고는 2016. 3. 29. 피고에게 과세표준을 3,161,926,032,064원으로 하여 2015사업연도 법인세 691,553,093,616원을 신고․납부하였다(을 29-7). 이후 2019. 2. 14.까지 세 차례에 걸쳐 경정되고 남은 과세표준은 2,871,251,760,698원, 법인세액은 535,010,604,542원이다(을 28-14, 17, 18). 2) 원고는 2016. 3. 29. 2015 사업연도 법인세를 신고․납부하면서, 위 세무조사 당시 지적당한 부분을 반영하여 쟁점1∼5에 관하여 피고가 이 사건 결손금 감액처분당시에 한 것과 동일한 방식으로 세무조정을 하였다. 현재까지 남아 있는 각 쟁점별 세무조정(손금불산입 또는 익금산입) 금액은 아래 표3 기재와 같다.

3) 원고는 2019. 6. 13. 피고에게 위 2)항과 같은 세무조정이 부당하다는 이유로 별지1 기재와 같이 피고에게 신고․납부한 2015 사업연도 법인세 전액 환급을 구하는 경정청구를 하였다(이하 ‘이 사건 경정청구’). 4) 피고는 2019. 8. 13. 이 사건 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 경정거부처분’). 마. 피고의 농어촌특별세 부과처분 피고가 2019. 2.경 위 다. 4) ②항 기재와 같이 원고에게 2014 사업연도 법인세를 환급함에 따라, 조세특례제한법에 따른 원고의 2014 사업연도 법인세 공제액 중2,347,180,755원이 2015 사업연도로 이월되어 2015 사업연도 법인세에서 공제되었다.이에 따라 피고는 환급세액 일부를 위 감면세액에 대한 농어촌특별세 469,436,151원에 충당하고 그 나머지를 원고에게 지급하였다. 바. 이 법원의 조정권고에 따른 피고의 처분 일부 취소 등 원고와 피고가 이 법원의 조정권고를 수용함에 따라, 피고는 2020. 12. 16.∼18.경다음과 같은 처분을 하였다. 1) 2010 사업연도 결손금 감액 처분 중 화성ㆍ동탄지구 재고자산 평가손실 관련 손금불산입액 369,501,553,247원(ⓐ) 부분을 직권취소하고, 그에 대응하여 익금불산입했던 2013 사업연도 118,786,813,247원(ⓑ) 및 2014 사업연도 20,919,235,451원(ⓒ)을 익금산입하여 원고의 2010∼2015 사업연도 법인세 과세표준을 경정하였다. 이 사건 결손금 감액처분 중 감사원의 재조사결정 및 이 법원의 조정권고 등에 따라 피고가 직권으로 경정하고 남은 부분은 아래 표4 중 합계란 기재와 같다.

2) 이에 따라 2014 사업연도의 이월결손금이 증가하여 과세표준이 0원이 됨에 따라 이 사건 법인세 부과처분을 전부 취소하였다. 3) 이 사건 경정거부처분을 일부 취소하여, 원고의 2015 사업연도 과세표준을 197,097,878,105원만큼, 납부할 세액을 39,968,009,601원만큼 감액경정하였다. 그 결과 이 사건 변론종결일 당시까지 잔존하여 원고가 여전히 감액경정을 구하고 있는 금액은 별지1 기재와 같이 각 2,674,153,882,593원(과세표준) 및 495,042,594,941원(법인세액)이다. 4) 이 사건 법인세 부과처분이 위 2)항 기재와 같이 전부 취소됨에 따라 조세특례제한법에 따른 원고의 2014 사업연도 법인세 공제액 중 3,049,762,644원이 추가로 이월되어 2015 사업연도 법인세에서 공제되었다. 이에 따라 피고는 2020. 12. 16. 원고에게 위 마.항 기재와 같이 부과한 농어촌특별세 469,436,151원을 609,952,528원만큼 증액경정하여 고지하였다(부과금액 합계 1,079,388,679원, 이하 ‘이 사건 농어촌특별세부과처분’). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1∼4, 14, 15, 30, 31, 50, 63, 64(가지번호 포함, 이하 같다), 을 1, 3, 5∼7, 11, 14, 21∼25, 27∼29, 변론 전체 취지 2. 관계 법령 별지5 기재와 같다. 3. 본안전 항변에 관한 판단 : 배척 가. 피고는 이월결손금 감액경정은 항고소송 대상이 되는 행정처분이 아니므로, 이 사건 소 중 이월결손금 감액경정처분 취소를 구하는 부분(청구취지 제1항 중 소득금액증액처분 취소를 구하는 부분)은 부적법하다고 항변한다. 나. 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것) 제13조는 “내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위 안에서 다음 각 호의 규정에 의한 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.”라고 규정하면서, 제1호에서 ‘각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액’을 이월결손금으로 공제한다고 규정하고 있었다. 그런데 법률 제9898호로 일부 개정되어 2010. 1. 1. 시행된 법인세법(이하 ‘개정 법인세법’)은 제13조 제1호 후문으로 “이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정․경정되거나, 국세기본법 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금에 한정한다.”라는 규정을 신설하였다[2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정된 법인세법 제13조 제1호 후문도 동일한 취지이고, 2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정된 현행 법인세법 제13조 제1항 제1호는 개정 법인세법 제13조 제1호 후문의 내용을 (나)목에서 규정하고 있다]. 위와 같은 개정 법인세법 제13조 제1호 후문 규정은 원칙적으로 공제가 가능한 이월결손금 범위를 신고․경정 등으로 확정된 결손금으로 축소하여 법적 안정성을 도모하기 위한 것이다. 이와 같은 관련 규정의 개정 경위와 개정 법인세법 제13조 제1호 후문의 문언 및 입법 취지 등에 비추어 보면, 개정 법인세법이 시행된 2010. 1. 1. 이후 최초로 과세표준을 신고한 사업연도에 발생한 결손금 등에 대하여 과세관청의 결손금 감액경정이 있는 경우, 특별한 사정이 없는 한 납세의무자로서는 결손금 감액경정 통지가 이루어진 단계에서 그 적법성을 다투지 않는 이상 이후 사업연도 법인세의 이월결손금 공제와 관련하여 종전의 결손금 감액경정이 잘못되었다거나 과세관청이 경정한 결손금 외에 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 주장을 할 수 없다고 보아야 한다. 그러므로 이러한 과세관청의 결손금 감액경정은 이후 사업연도의 이월결손금 공제와 관련하여 법인세 납세의무자인 법인의 납세의무에 직접 영향을 미치는 과세관청의 행위로서, 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라고 봄이 타당하다(대법원 2020. 7. 9. 선고 2017두63788 판결 참조). 그리고 ① 개정 법인세법 제13조 제1호 후문이 ‘결손금’ 범위를 ‘각 사업연도에 발생한 결손금’에 한정하거나 이월결손금을 제외하고 있지 않은 점, ② 2018. 12. 24. 법률제16008호로 개정된 현행 법인세법의 경우 제13조 제1항 제1호 각 목 외 부분에서 ‘제14조 제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액’이라고 규정하고,(나)목에서 ‘제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정․경정되거나 국세기본법 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금일 것’이라고 규정하고 있는 점에 비추어 보더라도 개정 법인세법 제13조 제1호 후문의 ‘결손금’에는 이월결손금이 포함 된다고 봄이 타당한 점, ③ ‘과세표준신고서 등에 기재된 결손금액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액에 미치지 못할 때’ 경정청구를 허용하는 국세기본법 제45조의2와 관련하여 결손금뿐만 아니라 이월결손금 증액경정청구도 허용되는 점(대법원 2018. 7.26. 선고 2016두40375 판결 참조), ④ 납세자의 권리구제 편의나 조기에 조세법률관계를 안정시킬 필요성 등에 비추어 보더라도 이월결손금 감액처분 취소소송을 허용할 필요성이 있는 점, ⑤ 피고 주장에 따르면 납세자가 결손금을 신고하였으나 과세관청이 익금산입 등 세무조정을 하여 결손금을 인정하지 않고 오히려 각 사업연도 소득이 발생한 것으로 과세표준을 경정한 경우(이 사건의 경우 2012 사업연도가 그러하다), 납세자로서는 결손금 감액 부분은 항고소송으로 취소를 구할 수 있으나 결손금액을 초과하여 각 사업연도 소득금액으로 인정된 부분에 대해서는 항고소송을 제기할 수 없다는 결과가 되는데, 그와 같은 법리 구성은 지나치게 기교적일 뿐만 아니라 과세불복 절차를 필요 이상으로 복잡하게 만들어 납세자의 정당한 권리 구제를 제한할 우려가 있는 반면, 과연 양자를 그와 같이 달리 취급할 합리적인 이유가 있는지 의문인 점 등을 종합하여 볼 때, 앞서 본 대법원판례 법리는 과세관청의 이월결손금 감액경정에도 그대로 적용될 수 있다고 보아야 한다. 다. 그렇다면 결손금뿐만 아니라 이월결손금 감액처분 역시 항고소송 대상인 행정처분에 해당한다고 봄이 타당하다. 피고의 본안전 항변은 받아들이지 않는다. 4. 이 사건 결손금 감액처분, 경정거부처분, 농어촌특별세 부과처분 취소 청구에 관한 판단 : 각 일부 인용, 전부 인용, 전부 기각 가. 판단 순서 원고는 쟁점1∼5와 관련한 피고의 세무조정이 위법하다고 주장하면서, 이 사건 결손금 감액처분 중 쟁점1∼5 관련 금액(표2 합계란 기재 금액) 부분 취소와 이 사건 경정거부처분 및 농어촌특별세 부과처분 전부 취소를 청구하고 있다. 아래에서는 각 쟁점별로 원고 주장 당부에 관해 판단한 후, 그 결론에 따라 위 각 처분 취소 여부와 그 범위에 관해 판단한다. 그리고 5.항으로 항을 바꾸어 이 사건 부가가치세 부과처분에 관한 원고 주장에 대하여 판단한다. 나. 쟁점1에 관한 판단 : 원고 주장 인용 1) 인정사실 가) 원고는 택지개발촉진법 등에 따라 택지를 개발하여 분양․공급하는 사업을 하고 있다. 원고는 통상적으로 택지 조성공사 착수 후 준공 전에 택지를 분양하고, 매수인은 준공 전 원고에게 잔금까지 모두 지급한 후 원고로부터 토지 사용승낙을 받아 해당 토지에 아파트, 주택 등 건축공사에 착수한다. 나) 원고는 2006 사업연도 이전까지는 매 사업연도 말 기준 토지조성공사 작업진행률에 비례하여 토지 매출(수익)과 그 매출원가(비용)를 인식하였다. 그러나 과세관청은 2006년 원고에 대한 세무조사를 실시한 후 작업진행률에 따라 세무처리를 한 것은 잘못되었다고 지적하면서, 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제68조 제1항 제3호 단서에 따라 토지 인도 시점에 매출과 매출원가를 모두 인식하되 준공 시점까지 발생할 총 예정원가도 매출원가에 포함시키는 방식으로 과세표준을 경정하여 원고에게 법인세를 부과하였다. 원고가 이에 불복하여 법인세 부과처분 취소소송을 제기하였으나, 제1심법원은 ‘매출 수익이 위와 같이 확정되는 이상, 이를 해당 사업연도 익금으로 산입하면서 이에 대응하여 예상 추가지출 비용을 산출하여 위 사업연도 손금으로 산입할 수 있다.’는 등의 이유로 원고 청구를 기각하였고, 이에 대한 원고의 항소와 상고도 모두 기각되었다(수원지방법원2008구합3334 판결, 서울고등법원 2009누6188 판결, 대법원 2010. 3. 11.자 2009두21383 판결). 다) 이에 따라 원고는 2011∼2014 사업연도에 강원혁신도시 등 39개 사업지구내 토지에 관하여, 토지 매매계약에 따른 잔금 수령 및 사용승낙 시점을 토지 인도 시점으로 보아 해당 사업연도에 토지 공급금액을 매출로(수익), 매출원가를 비용으로 인식하였다. 위 매출원가에는 그때까지 실제 지출된 원가 외에 향후 추가 발생이 예상되는 예정원가를 원가충당부채로 계상한 금액이 포함되었다. 라) 나아가 원고는 그 이후 사업연도에 위와 같이 추정한 예정원가 금액이 변동된 경우, 그 증감액을 해당 사업연도 손익으로 인식하였다. 예정원가 변동 사유는 사업계획 변경, 관련 행정계획 변경, 설계변경, 공사내용 변경, 분담금 액수 변경, 용지보상금 변경 등이다(원고가 주장하는 구체적인 변동 사유는 별지2 기재와 같다). 마) 피고는 ‘예정원가가 감액된 경우 그 감액 변동분을 해당 사업연도 익금에 산입한 것은 정당하다. 하지만 예정원가가 증액된 경우 그 증액 변동분을 해당 사업연도손금에 산입한 것은 잘못된 세무처리이고, 이는 해당 사업지구 준공 시점에 비용으로 인식하여야 한다.’고 판단하고, 각 사업지구 준공 전에 원고가 비용으로 인식한 예정원가 증액 변동분 합계 1,401,732,080,895원을 각 사업연도 손금에서 제외하여 이 사건 결손금 감액처분을 하였다(각 사업연도별 금액은 표2 쟁점1 부분 중 ㉮행 기재와 같다). 이후 피고는 1. 다.항 기재와 같이 감사원 재조사 결정에 따라 위 예정원가 증액변동분을 합계 999,106,512,238원으로 감액경정하였다(각 사업연도별 금액은 표2 쟁점1 부분 중 ㉯행 기재와 같다). 바) 2015 사업연도 법인세 신고시 원고가 익금산입하였다가 감액경정을 청구한 예정원가 변동분은 215,507,075,875원이다[이하 마)항의 예정원가 증액 변동분과 합쳐서 ‘이 사건 예정원가 변동분’, 그와 관련하여 원고가 토지 인도 시점이 속한 사업연도에 이미 매출원가에 반영한 예정원가를 ‘이 사건 예정원가’]. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 2, 14, 15, 63, 65, 66, 을 2, 5, 14, 변론 전체 취지 2) 원고 주장 요지 가) 주위적 주장 매출원가로 이미 인식한 예정원가가 변동된 경우 그 변동분의 손익 귀속시기에 관해서는 법인세법이 정하고 있지 않다. 따라서 예정원가 변동분은 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제40조, 제43조와 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준인 한국토지주택공사 회계기준 시행세칙(이하 ‘시행세칙’) 제76조 제7항 등에 따라 원고 회계처리와 같이 변동이 발생한 해당 사업연도의 손익으로 인식하여야 한다(전진법). 나) 예비적 주장 설령 피고 주장처럼 예정원가 변동분을 개발사업이 준공된 사업연도 손익으로 인식해야 한다고 하더라도, 준공 여부는 사업지구별로 판단할 것이 아니라 사업지구내 각 구획(단계)별로 판단하여야 한다. 3) 주위적 주장에 관한 판단 (인용) 가) 관련 법리 (1) 구 법인세법 제40조 제1항은 ‘내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.’라고 정하고 있다. 구 법인세법 제40조 제2항의 위임에 따라 구 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호는 ‘상품 등 외의 자산 양도로 인한 손금’의 귀속사업연도를 ‘그 대금을 청산한 날이 속하는 사업연도로 하되, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기를 하거나 당해자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일, 인도일, 사용수익일 중 빠른 날이 속한 사업연도로 한다.’는 취지로 정하고 있다. 이처럼 법인세법은 손익이 권리의무 확정시에 실현되는 것으로 보는 권리의무확정주의를 채택하여 손익 귀속시기를 명확하게 규정하고 있다. 이는 납세자의 과세소득을 획일적으로 파악하여 법적 안정성을 도모하고 과세 공평을 기함과 동시에 납세자의 자의를 배제하기 위한 것이다(대법원 2017. 3. 22. 선고 2016두51511 판결 참조). 권리확정주의란 소득 원인이 되는 권리 확정시기와 소득 실현시기 사이에 시간적 간격이 있는 경우 과세상 소득이 실현된 때가 아닌 권리가 발생한 때를 기준으로 하여 그때 소득이 있는 것으로 보고 당해 사업연도 소득을 산정하는 방식이다. 이는 실질적으로는 불확실한 소득에 대하여 장래 그것이 실현될 것을 전제로 하여 미리 과세하는 것을 허용하는 것으로 납세자의 자의에 의하여 과세연도 소득이 좌우되는 것을 방지하고자 하는 데 그 의의가 있다. 이와 같은 과세대상 소득이 발생하였다고 하기 위해서는, 즉 익금이 확정되었다고 하기 위해서는 소득이 현실적으로 실현되었을 것까지는 필요 없다고 하더라도 소득이 발생할 권리가 그 실현 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙․확정되어야. 따라서 그 권리가 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계에서는 소득이 발생하거나 익금이 확정되었다고 할 수 없다. 여기서 소득이 발생할 권리가 성숙․확정되었는지 여부는 일률적으로 말할 수 없고 개개의 구체적인 권리의 성질과 내용 및 법률상․사실상 여러 사항을 종합적으로 고려하여 결정하여야 한다(대법원 2003. 12. 26. 선고 2001두7176 판결, 대법원 2011. 9. 29. 선고 2009두11157 판결 등 참조). (2) 기업회계에서 수익비용대응 원칙은 기간손익을 정확하게 파악하기 위해 수익과 그 수익 발생에 들어간 비용을 동일한 회계연도에 인식하여야 한다는 원칙이 다. K-IFRS 1008 문단 19 제1, 2문은 ‘동일한 거래나 사건에 관련된 수익과 비용은 동시에 인식한다. 이러한 과정을 보통 수익과 비용의 대응이라고 한다.’라고 규정한다. 이러한 수익비용대응 원칙은 법인세법상 손금 귀속시기에 관해서도 적용될 수 있다(대법원 2003. 7. 11. 선고 2001두4511 판결, 대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참조). 권리확정주의와 달리 채무확정주의의 경우 이러한 수익비용대응 원칙으로 인하여 손익귀속시기를 결정할 때 제한적인 의미만을 가지게 된다. 수익비용대응 원칙에 따르면, 익금에 직접 대응하는 손금은 그 자체가 성숙․확정된 때가 아니라, 그에 대응하는 익금이 확정된 사업연도에 귀속되어야 하기 때문이다. 다만 익금이 확정된 사업연도에 손금 자체를 신뢰성 있게 측정하거나 합리적으로 산정할 수 없다면 이를 해당사업연도 손금에 산입할 수 없다는 점에서 채무확정주의도 제한적이나마 의미를 가지게 된다. (3) 구 법인세법 제40조와 같은 법 시행령은 권리의무확정주의를 선언하고, 거래유형 등에 따라 익금과 손금의 구체적인 귀속시기를 규정하고 있다. 그러나 이러한 거래유형 등에 따른 세법상 손익귀속에 관한 규정은 현대사회의 다종다양한 모든 거래유형을 예측하여 그 자체로서 완결적으로 손익 귀속을 정한 규정이라고 할 수 없다. 그러므로 위 규정들만으로 손익 귀속을 정하기 어려운 경우에는 법인세법상 권리의무확정주의에 반하지 않는 한, 구 법인세법 제43조에서 정하였듯이 일반적으로 공정․타당한 회계관행으로 받아들여지는 기업회계기준에 따라 손익 귀속을 정할 수도 있다고 해석함이 타당하다. 이러한 해석이 국세기본법 제20조의 취지에도 부합한다. 따라서 기업회계기준상 손익 귀속에 관한 규정이 세법 개별 규정에 명시되어 있지 않다는 이유만으로 곧바로 권리의무확정주의에 반한다고 단정할 수는 없다. 특정 기업회계기준의 도입 경위와 성격, 관련된 과세실무 관행과 그 합리성, 수익비용대응 등 일반적인 회계원칙과 관계, 과세소득의 자의적 조작 가능성, 연관된 세법 규정 내용과 체계 등을 종합적으로 고려하여, 구 법인세법 제43조에 따라 내국법인의 각 사업연도 소득금액계산에 적용될 수 있는 ‘기업회계 기준이나 관행’에 해당하는지를 판단하여야 한다(대법원 2017. 12. 22. 선고 2014두44847 판결 등 참조). 나) 판단 앞서 든 증거에 변론 전체 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음 사정들을 고려하면, 원고는 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준인 시행세칙 제76조 제7항에 따라 이 사건 예정원가 변동분을 전진적으로 인식하여 2010∼2014 사업연도 손금으로 인식하였고, 그것이 법인세법령 규정이나 권리의무확정주의에 반한다고 볼 수 없다. 오히려 준공 시점을 손금 귀속시기로 본 피고의 과세처분은 법령상 근거가 없는 것으로서 권리의무확정주의와 수익비용대응 원칙에 반한다. 따라서 원고의 이 사건 예정원가 변동분에 관한 2010∼2014 사업연도 비용 인식에 무슨 잘못이 있다고 할 수 없고, 이 사건 예정원가 변동분을 손금불산입한 원고의 2015 사업연도 법인세과세표준 신고는 이를 손금에 산입하는 것으로 경정되어야 한다. 이와 다른 전제에 선 이 사건 결손금 감액처분과 경정거부처분 중 쟁점1에 관한 부분은 위법하다. 원고의 주위적 주장은 이유 있다(원고의 주위적 주장을 받아들이는 이상 예비적 주장에 관해서는 판단하지 않는다). (1) 이 사건 예정원가와 마찬가지로 이 사건 예정원가 변동분 역시 판매한 제품에 대한 원료 매입가액과 그 부대비용에 해당하는 것으로, 원고가 토지 인도 시점이 속한 사업연도에 이미 익금으로 인식한 수익(토지 매출)에 직접 대응하는 비용이다. 따라서 앞서 본 수익비용대응 원칙에 따르면 이 사건 예정원가 변동분은 익금이 확정된 사업연도, 즉 토지 인도 시점이 속한 사업연도 손금에 산입하여야 한다. 다만 이 사건 예정원가 변동분은 토지 인도 시점에는 지출이 예정되어 있지 않았거나 지출금액을 신뢰성 있게 측정할 수 없었다는 점에서 이 사건 예정원가와는 차이가 있다. 그런데 이와 같이 익금에 직접 대응하는 손금으로서 익금이 확정된 사업연도의 손금에 산입하지 못하였으나, 그 이후 사업연도에 지출이 확정되고 지출금액을 신뢰성 있게 측정할 수 있게 된 또는 실제 지출이 이루어진 손금(예정원가 변동분)의 귀속시기에 관해서는 법인세법령이 정하고 있지 않다. 따라서 그에 관하여 원고가 일반적으로 공정․타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하였다면, 법인세법상 권리의무확정주의에 반하지 않는 한 그 기업회계기준에 따라 이 사건 예정원가의 손금 귀속시기를 정할 수 있다고 봄이 옳다(구 법인세법 제43조, 국세기본법 제20조). (2) 원고는 시행세칙 제76조에 따라 2010∼2014 사업연도에 이 사건 예정원가 변동분을 각 변동 사유가 발생한 해당 사업연도 손금으로 인식하였다. 다음과 같은 이유로 시행세칙 제76조는 예정원가 변동분의 손익 귀속시기에 관한 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준에 해당한다고 봄이 타당하다. ❶ 한국토지주택공사법 제27조, 공공기관 운영에 관한 법률 제39조 제1항, 제3항에 따르면 원고는 기획재정부령으로 정한 회계처리원칙을 따라야 한다. 그 위임에 따라 제정된 공기업․준정부기관 회계사무규칙(기획재정부령) 제2조 제5항, 구 주식 회사의 외부감사에 관한 법률 제13조 제1항 제1호에 따르면 원고는 국제회계기준위원 회의 국제회계기준을 채택하여 정한 회계처리기준을 따라야 한다. 공기업․준정부기관회계사무규칙 제19조 및 그 위임에 따라 제정된 공기업ㆍ준정부기관 회계기준(기획재정부고시) 제10조에 따르면, 공기업의 장은 위 시행규칙 및 고시 시행에 필요한 사항을 세부기준으로 정하여 시행하여야 한다. 시행세칙은 위와 같은 법령의 위임에 따라 제정된 것이다. ❷ 시행세칙은 구 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제13조 제1항 제1호에 따라 원고가 채택한 K-IFRS의 규정 내용에도 부합한다. 즉 K-IFRS 제1008호(회계정책,회계추정의 변경 및 오류)는 회계추정 변경(새로운 정보의 획득, 새로운 상황의 전개등에 따라 지금까지 사용해오던 회계적 추정치를 바꾸는 것)에 관하여, 그 효과를 전진법(회계추정 변경 효과를 당기 및 그 후의 회계기간에 인식하고, 그 이전에 보고된 재무제표는 수정하지 않는 방법)에 따라 인식하도록 정하고 있다(문단 5, 36, 37 참조).시행세칙 제76조 제7항 역시 ‘전기결산 후 예정원가의 변경으로 인한 영향은 당기 이후의 기간에 미치는 것으로 한다.’고 규정하여 예정원가 변동분을 전진적으로 인식하도록 함으로써, K-IFRS의 회계처리기준을 따르고 있다. ❸ 일반적으로 전진법의 장점으로는 ㉮ 공표된 재무제표를 수정하지 않아 재무제표의 신뢰성이 유지되고, ㉯ 회계변경의 누적효과를 계산하지 않으므로 당기순이익은 당기업적주의에 충실한 이익으로 보고하되, ㉰ 회계변경의 영향이 크게 중요하지 않을 수 있어 의사결정자의 의사결정에 별다른 영향을 미치지 않는 점 등이 있다.반면 이 사건 예정원가를 토지 인도 시점에 소급하여 인식할 경우(소급법), 기간 사이의 비교가능성이 높아지고 회계변경이 당기 손익에 미친 효과를 쉽게 파악할 수 있게 되는 장점이 있지만, 토지 인도 후에도 준공까지 상당한 기간이 소요되는 토지개발사업 특성상 매년 수년 치 전기 재무제표를 재작성하여야 하므로 큰 노력과 비용이 들고, 재무제표의 신뢰성을 해치는 단점이 있다. 이러한 전진법과 소급법의 장․단점과 앞서 본 회계추정 변경에 관한 K-IFRS의 규정 내용 등에 더하여, 예정원가 자체가 변동가능성을 내포한 개념인 점, 특히 규모가 크고 장기간이 소요되는 택지개발사업의 경우 예정원가가 변동될 개연성이 매우 큰 점, 원고의 사업은 수십 개의 개발사업이 동시에 진행되는 점, 이 사건 예정원가의 경우 토지 인도 시점에 이미 그에 대응하는 수익을 모두 인식한 상태인 점 등을 종합하여 보면, 예정원가 변동과 관련하여 소급법 대신 전진법을 채택한 시행세칙 제76조 제7항은 그 규정 내용 자체의 합리성도 인정할 수 있다. (3) 위와 같은 회계기준이 권리의무확정주의 또는 채무확정주의에 반한다고 보기 어렵다. 이 사건 예정원가나 이 사건 예정원가 변동분은 모두 원고가 일정한 기준에 따라 장래 지출이 예정된 토지 매입 및 공사비와 그 부대비용을 합리적으로 추정한 것으로서, 그 지출 가능성과 측정 가능성을 포함한 합리적 산정 가능성 측면에서 둘 사이에 아무런 차이가 없기 때문이다. 이 사건 예정원가는 채무확정주의에 따라 확정된 손금으로 보면서, 그 변동분만 확정되지 않은 손금으로 보는 것은 모순이다. 즉 이 사건 예정원가 변동분 역시 확정된 손금이다. 또한 권리의무확정주의는 납세자의 과세소득을 획일적으로 파악하여 법적 안정성을 도모하고 과세 공평을 기함과 동시에 납세자의 자의를 배제하는 데 그 취지가 있다. 그런데 이 사건 예정원가 변동분에 대응하는 토지 매출을 이미 익금으로 인식한 이상, 예정원가 변동분을 변동이 발생한 사업연도 손금에 산입하더라도 손금 귀속시기를 납세자에게 유리하게 조작하는 등으로 납세자의 자의를 허용하는 것이라고 보기도 어렵다. (4) 이에 대하여 피고는 ‘예정원가가 최종적으로 확정되는 각 사업지구 개발사업 준공 시점에 예정원가 변동에 따른 손익을 정산하여 귀속시켜야 한다.’라는 취지로 주장한다. 그러나 ❶ 토지 인도 시점에 이미 인식한 수익에 대응하는 비용인 이 사건 예정원가 변동분을 준공 시점 손금에 산입하는 것은 오히려 권리의무확정주의와 수익비용대응 원칙에 반하는 점, ❷ 피고 주장에 따를 경우 이 사건 예정원가 중 준공 전에 실제 지출된 비용조차 해당 사업연도 손금에 산입할 수 없게 되는데, 그와 같은 세무조정을 허용하는 법적 근거를 찾을 수 없는 점, ❸ 오랜 기간이 걸리는 택지개발사업의 특성 등을 고려할 때, 피고 주장에 따를 경우 익금 확정 시점과 그에 대응하는 손금 산입 시점이 너무 동떨어지게 됨으로서 기간 손익을 왜곡할 뿐만 아니라, 납세자에게 과도한 법인세 부담을 줄 우려가 있는 점, ❹ 이미 토지 매출을 모두 수익으로 인식한 상황에서, 위와 같은 문제점에도 불구하고 기업회계기준과 달리 예정원가 변동분의 손금산입을 준공 시점까지 금지할 조세정책적 필요성도 커 보이지 않는 점 등에 비추어 볼 때, 피고 주장은 받아들이기 어렵다. (5) 피고는 이 사건 예정원가 변동분의 손익 귀속시기에 관하여 시행세칙 제76조 제7항이 아닌 제79조가 적용되어야 한다고 주장한다. 그러나 다음과 같은 이유로 피고의 위 주장도 받아들이지 않는다. ❶ 시행세칙 중 쟁점1과 관련된 주요 규정은 아래와 같다. 제76조(매출원가의 반영) ④ 미완성토지의 필지별 매출원가는 예정원가를 총유상가처분면적으로 나눈 단위면적(㎡)당 원가(소수점 1자리에서 반올림)를 매각면적에 곱한 금액으로 한다. ⑦ 전기결산 후 예정원가의 변경, 유상가처분면적의 변경 등으로 인한 영향은 당기 이후의 기간에 미치는 것으로 한다. 제77조(예정원가의 산정) ① 예정원가는 사업 착수 시부터 공사 완료 시까지 다음 각 호의 금액을 추정하여 산정한 합계액으로 한다. 1. 용지비 2. 조성공사비 3. 건물공사비 4. 건설자금이자 5. 간접비 제79조(분양토지의 면적정산 등에 따른 회계처리) 필지별 원가가 확정된 경우 면적정산 또는 단가정산 등에 따른 종전 처리결과의 수정은 준공연도 또는 정산처리연도의 손익으로 처리한다. 제119조(제품제조원가 확정시기) ① 토지 제조원가 확정시기는 부지조성공사가 준공처리되고 확정측량이 완료된 때로 한다. ❷ 시행세칙 제76조의 표제와 제7항의 문언, 위 조항이 시행세칙 제7장 ‘수익과 비용’ 부분에 규정되어 있는 점 등을 종합하면, 시행세칙 제76조 제7항이 예정원가 변경에 따른 수익과 비용 인식시기에 관한 규정이라는 것은 분명해 보인다. ❸ 반면 시행세칙 제79조는 그 문언 및 제119조와의 관계상 단위당 예정원가 확정 후 면적정산, 단가정산 등 사유로 해당 필지의 매출원가가 변경된 경우에 적용되는 것이고, 예정원가가 확정되기 전에 단지 예정원가가 변동된 경우에 적용되는 규정이라고 보기는 어렵다. (6) 피고는 ‘원고가 예정원가 변동분을 사후적으로 인식한 것은 법인세법이 손금으로 인정하지 않는 미확정 비용인 충당금 처리방법에 불과하고, 원고 주장은 회계상 충당금을 손금으로 인정해 달라는 것이어서 부당하다.’고 주장한다. 그러나 앞서 본 것처럼 이 사건 예정원가 변동분은 변동이 발생한 해당 사업연도에 이미 확정된 손금이므로, 피고가 이 부분 주장과 관련하여 인용하고 있는 법인세법상 대손충당금 등과 같이 확정되지 않은 비용과는 다르다. 후자의 경우 법인세법상 손금으로 인정할지 여부가 문제되나, 전자의 경우 확정된 손금으로서 그 귀속시기만 문제될 뿐이다. 피고의 이 부분 주장도 받아들이기 어렵다. (7) 피고가 이 사건 결손금 감액처분을 하면서 예정원가 감액분을 해당 사업연도 수익으로 인식한 원고의 회계처리에 대해서는 아무런 세무조정을 하지 않았던 것역시 원고 주장에 부합하는 사정이다. 4) 소결론 쟁점1에 관한 원고의 주위적 주장은 이유 있다. 따라서 이 사건 결손금 감액처분과 경정거부처분 중 쟁점1에 관한 부분은 위법하여 취소되어야 한다. 다. 쟁점2에 관한 판단 : 원고의 예비적 주장2 인용 1) 인정사실 가) 원고는 2010. 1. 1.∼2014. 12. 31. 사이에 실시(지구)계획 승인(인가)이나 개발행위 허가를 받아(이하 ‘실시계획승인 등’) 별지3 기재와 같이 개발사업을 시행하였거나 시행하고 있다. 나) 별지3 기재 각 개발사업의 근거 법률에 따르면, 원고가 개발사업 실시계획 등에 따라 새로 공공시설을 설치하거나 기존 공공시설에 대체되는 공공시설을 설치한 경우, 개발사업 준공검사(인가)를 받고 해당 시설 관리청에 공공시설 종류와 토지 세목을 통지하면 그 통지한 날에 신설 공공시설은 국가와 지방자치단체에 무상으로 귀속되고 기존 공공시설은 원고에게 무상으로 귀속된다. 다) 원고는 개발사업 준공에 따라 국가 등에 귀속되는 신설 공공시설은 토지 등 매출원가로 자본화하여 토지 매출 인식 시점에 손금으로 산입해온 반면, 원고에게 귀속되는 기존 공공시설에 관해서는 아무런 회계처리를 하지 않았다. 라) 피고는 별지3 기재 개발사업 실시계획승인 등 시점인 2011∼2014 사업연도에 원고가 해당 사업지구 내 기존 공공시설을 무상으로 받은 것으로 보아, 아래 표5기재와 같이 그 자산수증익 합계 911,122,044,409원을 각 사업연도 익금에 산입하고, 그에 대응하여 위 각 기존 공공시설 가액 중 94,128,085,170원을 그 이후 사업연도의 수익(토지 매출) 인식 비율에 따라 손금으로 추인하였다. 이에 따라 피고는 그 차액 합계 816,993,959,239원(각 사업연도별 금액은 표5 차액란 및 표2 기재와 같다)만큼 결손금을 감액하거나 소득금액을 증액하여 원고의 2010∼2014 사업연도 과세표준을 경정하고 이 사건 결손금 감액처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 51∼54, 67, 68, 74∼102, 을 6, 변론 전체 취지 2) 원고 주장 요지 가) 주위적 주장 개발사업 시행에 따른 기존 공공시설 귀속은 신설 공공시설 귀속과 대가관계 내지 견련관계에 있어 유상거래에 따른 것이라고 보아야 하므로, 기존 공공시설 가액은 법인세법상 자산수증익에 해당하지 않는다. 나) 예비적 주장 (1) 예비적 주장1: 설령 원고가 국가 등으로부터 기존 공공시설 소유권을 이전받는 것이 무상거래라고 하더라도, 원고로서는 신설 공공시설을 국가 등에 무상으로 귀속시킨 것에 대한 보상 차원에서 기존 공공시설 소유권을 이전받은 것인 점 등을 고려하면, 신설 공공시설과 기존 공공시설 가액의 차액을 택지 조성원가로 자본화하는 것이 타당하고, 그와 별도로 기존 공공시설 가액을 자산수증익으로 보아 익금에 산입 하여서는 안 된다. (2) 예비적 주장2: 기존 공공시설 귀속에 따른 자산수증익 귀속시기는 실시계획승인 등 시점이 아닌 준공 후 토지 등 세목 통지 시점으로 보아야 한다. 3) 주위적 주장 및 예비적 주장1에 관한 판단 (배척) 가) 구 법인세법 제15조 제1항은 ‘익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.’라고 규정하고, 구 법인세법 시행령 제11조 제5호는 익금에 산입되는 항목의 하나로 ‘무상으로 받은 자산의 가액‘을 규정하고 있다. 위 규정에 따라 익금산입 대상이 되는 ‘무상으로 받은 자산의 가액‘에 포함되는 자산에 해당하는지 여부는 실질과세의 원칙에 따라 그 행위의 실질을 파악하여 판단하여야 한다(2002. 6. 11.선고 2001두4269 판결 등 참조). 나) ‘무상으로 귀속된다’는 별지3 기재 근거법률(이하 ‘도시개발법 등’)의 문언이나 체계 등에 더하여, 도시개발법 등에 따르면 신설 공공시설 무상귀속은 기존 공공시설 무상귀속을 전제로 하지 않는 점(즉 사업시행자 등이 용도폐지되는 기존 공공시설을 취득하였는지와 관계없이 신설 공공시설은 국가 등에 무상귀속된다) 등을 종합하여 보면, 기존 공공시설 취득을 교환에 의한 취득 또는 교환과 유사한 취득으로 보기어렵다. 그러한 취득이 신설 정비기반시설 귀속과 대가성 내지 견련성이 있어 유상취득의 실질을 갖는다고 보기도 어렵다. 따라서 도시개발법 등에 따라 사업시행자 등이 기존 공공시설을 취득하는 것은 무상 승계취득에 해당한다고 봄이 타당하다(대법원 2019. 4. 3. 선고 2017두66824 판결, 대법원 2020. 1. 16. 선고 2019두53075 판결, 헌법재판소 2013. 10. 24. 선고 2011헌바355 결정 등 참조). 다) 앞서 인정한 사실관계를 이러한 법리에 비추어 보면, 원고가 도시개발법 등에 따라 별지3 기재 사업구역 내 기존 공공시설을 국가 등으로부터 취득하는 것은 무상거래에 해당하므로 원고의 주위적 주장은 이유 없다. 또한 기존 공공시설 무상귀속은 신설 공공시설 무상귀속에 따른 사업시행자의 재산상 손실을 합리적인 범위에서 보전해주고자 마련된 제도일 뿐, 기존 및 신설 공공시설 귀속 사이에 대가관계 내지 견련관계가 있는 것은 아니므로, 양자는 별개의 거래 내지 법률원인으로 보아야 한다. 즉 기존 공공시설 무상귀속은 신설 공공시설 설치와는 별개인 자산수증익 취득으로 봄이 타당하다. 따라서 토지 매출원가에 산입되는 신설 공공시설 설치비용에서 기존 공공시설가액을 공제할 것은 아니다. 따라서 원고의 예비적 주장1도 이유 없다. 4) 예비적 주장2에 관한 판단 (인용) 가) 당사자들 주장 원고는 준공 후 토지 세목 통지 시점이 기존 공공시설 무상귀속에 따른 자산수증익 귀속시기라고 주장한다. 이에 대하여 피고는, ① 도시개발법 등에 따르면 실시계획승인 고시에는 무상귀속 대상인 기존 공공시설의 지번 등 토지세목이 모두 포함되고, 그 내용을 변경하려 면 별도의 실시계획 변경승인 절차를 거쳐야 하는 점, ② 실시계획승인 등을 위해서는 지정권자 등이 무상귀속과 관련된 관계기관과 협의하여야 하는 점, ③ 실시계획승인 등이 이루어지면 사업시행자는 무상귀속 대상 공공시설에서 개발사업을 진행할 수 있어 이를 실질적으로 사용․수익하는 지위에 서게 되는 점, ④ 실시계획에서 정한 것과 무상귀속 대상 등이 달라질 경우 후발적 경정제도를 통해 납세자의 권익을 보호할 수 있는 점 등을 고려할 때, 실시계획승인 등이 이루어진 시점이 기존 공공시설 귀속에 따른 자산수증익 귀속시기라고 주장한다. 나) 관련 법리 (1) 익금의 귀속사업연도는 그 익금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다(구법인세법 제40조 제1항). 앞서 본 것처럼 익금이 확정되었다고 하기 위해서는 소득 원인이 되는 권리가 실현가능성에서 상당히 높은 정도로 성숙되어야 하고, 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계에서는 익금이 확정되었다고 할 수 없다(대법원 2011. 9. 29. 선고 2009두11157 판결 등 참조). (2) 법인 수익으로 되는 무상으로 받은 자산의 익금 확정시기는 그 수증재산을 받을 권리가 확정된 때가 속하는 사업연도이다. 수증재산에 관한 소유권이전등기를 마치지 않았더라도 이를 사실상 증여받은 때에는 증여재산 가액이 그 사업연도 익금으로 확정된 것으로 볼 수 있다(대법원 1985. 2. 26. 선고 84누133 판결 참조). (3) 도시개발법 등에 따라 무상귀속 대상이 되는 기존 공공시설인지는 실시계획승인 등 시점을 기준으로 판단하므로, 사업지구 내 어느 토지가 무상귀속 대상이 되는 기존 공공시설에 해당하기 위해서는 실시계획승인 등 이전에 이미 적법하게 행정재산으로 된 경우라야 한다(대법원 2016. 5. 12. 선고 2015다255524 판결 등 참조). 다) 판단 다음과 같은 이유로 실시계획승인 등만으로는 기존 공공시설 무상귀속에 따른 자산수증익이나 그 원인 되는 권리 실현가능성이 상당히 높은 정도로 성숙되었다고 볼 수 없고, 원칙적으로 개발사업 준공검사를 마친 시점에 기존 공공시설 무상귀속에 따른 자산수증익이 확정되었다고 봄이 타당하다. 따라서 실시계획승인 등 시점에 자산수증익이 확정되었음을 전제로 한 이 사건 결손금 감액처분은 위법하다. 이를 지적하는 원고의 예비적 주장2는 이유 있다. ❶ 익금이 확정되었다고 하기 위해서는 소득 원인이 되는 권리가 단지 성립한 것으로는 부족하고, 실현가능성에서 상당히 높은 정도로 성숙되어야 한다. 그런데 실시계획승인 등에 따라 무상귀속 대상 기존 공공시설이 일응 확정되기는 하지만, 실시계획은 언제든지 변경될 가능성을 내포하고 있다. 실제로 실시계획 변경에 따라 무상귀속 대상 기존 공공시설이 변경되는 경우를 쉽게 찾아볼 수 있다. 나아가 실시계획승인 단계에서는 관리청과 추가 협의를 조건으로 기존 공공시설을 무상귀속 대상으로 정하는 경우가 적지 않고, 조합 등이 사업시행자인 경우 개발사업 자체가 취소․폐지되어 무상귀속 자체가 이루어지지 않는 경우도 드물지 않다. 이와 같은 변동가능성 등을 고려할 때, 실시계획승인 등만으로 원고의 기존 공공시설을 무상귀속 받을 권리가 실현가능성에서 상당히 높은 정도로 성숙되었다거나 원고가 기존 공공시설을 사실상 증여 받았다고 보기 어렵다. ❷ 실제로 별지3 기재 개발사업 중 2020. 5.경을 기준으로 준공검사가 완료된 사업은 4개인데, 그 4개 사업지구의 실시계획승인 당시 및 준공검사시 무상귀속 대상 토지 면적을 보면 아래와 같이 여수엑스포지구를 제외하고는 그 변동 폭이 15.8∼22.5%로 상당히 크다(갑 51∼54, 74∼100, 변론 전체 취지). ㉮ 익산 식품클러스터: 각 144,569㎡, 115,411.5㎡ (약 20% 감소) ㉯ 전주효천 지구: 각 67,019㎡, 56,423㎡ (약 15.8% 감소) ㉰ 구리갈매 지구: 각 74,286㎡, 90,984.5㎡ (약 22.5% 증가) ㉱ 여수엑스포 지구: 각 36,243㎡, 35,153.5㎡ (약 3% 감소) ❸ 더구나 무상귀속 대상 기존 공공시설은 준공검사를 마치고 토지 세목을 통지한 때 도시개발법 등 법률 규정에 따라 원고에게 귀속되는 것일 뿐, 그 이전에 원고가 기존 공공시설 소유권 귀속에 관하여 구체적이고 확정적인 권리를 가지는 것도 아니다. ❹ 도시개발법 등은 실시계획승인 등을 받은 경우 사업시행자는 실시계획에 포함된 공공시설의 점용 및 사용에 관하여 관계 법률에 따른 승인․허가 등을 받은 것으로 보아 개발사업을 할 수 있고, 해당 공공시설의 점용료 또는 사용료는 면제된 것으로 본다는 취지의 규정을 두고 있다[도시개발법 제66조 제4항, 국토계획법 제65조 제4항(택지개발촉진법 제25조 제1항, 국토계획법 제99조 등도 이를 준용하고 있다), 산업입지 및 개발에 관한 법률 제26조 제6항 등]. 그러나 이는 어디까지나 개발사업 시행에 필요한 범위 내에서 점용 또는 사용을 허가하는 규정일 뿐이고, 원고가 해당 공공시설 소유자와 같은 지위에서 이를 자유롭게 사용․수익할 수 있는 것은 아니다. 즉 실시계획승인 등 시점에 원고는 공사 등에 필요한 범위 내에서 기존 공공시설에 관한 무상 점용 및 사용권자 지위를 부여받는 것일 뿐, 이를 사실상 증여받는 것이라고 보기 어렵다. ❺ 특정 시점에 소득 원인이 되는 권리의 실현가능성이 성숙되었는지(증여계약을 예로 들면 계약이 체결된 것만으로는 부족하고 그 이행기가 도래하여야 한다)를 판단하는 것은 손금 귀속연도를 결정하기 위한 것이다. 그런데 통상적으로 도시개발법등에 따른 개발사업은 실시계획승인부터 준공까지 여러 해가 걸린다(별지3을 보더라도 여수엑스포 지구를 제외하고는 실시계획 승인일부터 준공일까지 최소 약 4년 8개월이 걸렸고, 이 사건 변론종결일을 기준으로 10년 넘게 준공되지 못한 사업도 많다). 이를 고려하더라도 실시계획 등이 승인되었다는 사정만으로는 해당 사업연도에 자산수증익의 원인이 되는 기존 공공시설에 관한 권리 실현가능성이 성숙되어 익금이 확정되었다고 보기는 어렵다. ❻ 기존 공공시설 무상귀속에 따른 자산수증익 귀속시기를 준공검사 시점으로 하더라도, 납세자의 자의를 방지하고 징세 기술상 소득을 획일적으로 파악하고자 하는 권리의무확정주의에 반한다고 볼 수 없다. ❼ 조세정책적인 측면에서도 실시계획승인 등이 이루어진 것만으로 기존 공공시설이 사실상 증여된 것으로 보아 그 자산수증익을 해당 사업연도 익금에 산입하는 것은 타당하다고 보기 어렵다. 즉 도시개발법 등은 계획적이고 체계적인 도시개발 도모, 주택난 해소를 위한 택지개발 등 촉진, 산업입지의 원활한 공급, 물류시설의 합리적인 배치ㆍ운영, 보금자리주택의 원활한 건설 등을 통한 주거안정 등 여러 정책적인 목적을 달성하기 위하여, 개발사업 시행자에게 실시계획승인 등이 이루어지면 기존 공공시설을 점용․사용할 수 있도록 하고, 수용․사용 권한을 부여하는 등 여러 가지 특례를 규정하고 있다. 그런데 개발사업 초기에 실시계획승인 등만으로 사업시행자가 기존 공공시설 소유권을 무상으로 이전받아 자산수증익을 실현한 것과 다름없다고 보아 그에 대한 법인세를 과세한다면, 사업시행자에게 과도한 경제적 부담을 주어 개발사업을 촉진하여 앞서 본 정책적 목적을 달성하고자 하는 도시개발법 등의 입법취지가 크게 퇴색될 수밖에 없다(위와 같은 개발사업은 해당 사업을 위해 설립된 조합 등 자금이 풍족하지 않은 사업시행자가 시행하는 경우도 적지 않은데, 피고가 그와 같은 경우에까지 일관하여 실시계획승인시 기존 공공시설 무상귀속에 따른 자산수증익이 확정된 것으로 보아 법인세를 과세하고 있는지도 의문이다). 반대로 위와 같은 도시개발법 등의 입법취지에 더하여, 기존 공공시설 무상귀속은 사업시행자가 실시계획에 따라 새로 설치한 공공시설이 국가 등에 무상귀속됨에 따른 사업시행자의 재산상 손실을 합리적인 범위에서 보전해주고자 마련된 제도인 점 등을 고려할 때, 신설 공공시설의 국가 등 귀속에 앞서 기존 공공시설 무상귀속에 따른 익금산입 시기만 실시계획승인 등 시점으로 앞당길 조세정책적 필요성이 무엇인지도 의문이다. 5) 소결론 쟁점2에 관한 원고의 예비적 주장2는 이유 있다. 따라서 이 사건 결손금 감액처분 중 쟁점2와 관련된 부분은 취소되어야 한다(다만 쟁점2와 관련하여 별지3 기재 개발사업 중 2010∼2014 사업연도에 준공된 사업이 있고, 원고의 예비적 주장 2를 인용하더라도 그와 같이 준공된 사업과 관련하여 원고에게 귀속된 기존 공공시설 가액은 준공 연도의 자산수증익으로 익금에 산입되어야 할 것으로 보이기는 한다. 그러나 그 와 같은 과세요건사실에 관한 주장․증명책임은 피고에게 있는데, 피고는 이 사건 변론종결일까지 그에 관해 구체적인 주장․증명을 하지 않았다). 라. 쟁점3에 관한 판단 : 원고 주장 배척 1) 인정사실 가) 원고는 2011∼2014년 사이에 강원혁신도시 등 39개 택지개발사업지구에서 판매용 토지를 조성하여 수분양자들에게 판매․인도하였다. 원고는 각 토지 인도 시점에 매출을 인식하여 해당 사업연도 익금에 산입하고, 그 토지 조성에 필요한 건설자금에 충당한 차입금 이자 중 익금산입 시점을 기준으로 아직 지급하지는 않았으나 앞으로 지급이 예정된 추정 건설자금 이자(이하 ‘추정 건설자금 이자’)를 토지 매출에 대응하는 비용(매출원가)으로 인식하여 토지 인도일이 속한 사업연도 손금에 산입하였다. 나) 피고는 ‘추정 건설자금 이자는 구 법인세법 제28조 제1항 제3호가 정한 사업용 고정자산이 아닌 판매용 재고자산에 관한 건설자금 이자에 해당하므로, 토지 인도 시점에 그 매출원가로 손금산입할 수 없고, 실제로 이자를 지급하는 시점에 손금산입하여야 한다.’라는 이유로, 원고가 2011∼2014 사업연도 손금에 산입한 추정 건설자금 이자 합계 505,002,365,241원(사업연도별 금액은 표2 기재와 같다)을 손금불산입하여 과세표준을 경정하고 이 사건 결손금 감액처분을 하였다. 다) 2015 사업연도 법인세 신고시 원고가 손금불산입하였으나, 이 사건 경정청구로 손금에 산입해달라고 한 추정 건설자금 이자는 476,674,222,659원이다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑2, 30, 31, 69, 70, 을 1, 7, 변론 전체 취지 2) 원고 주장의 요지 추정 건설자금 이자는 토지 매출에 대응하는 매출원가로 직접비용이다. 이자의 손금 귀속시기를 정한 구 법인세법 시행령 제70조 제1항 제2호는 간접비용에 해당하는 이자에 관한 규정으로, 직접비용에 해당하는 이자에는 적용되지 않는다. 따라서 추정 건설자금 이자는 수익비용대응 원칙에 따라 토지 인도 시점에 취득원가로 손금산입되어야 한다. 3) 판단 가) 관련 규정 (1) 구 법인세법 제40조, 구 법인세법 시행령 제70조 제1항 제2호에 따르면 법인이 지급하는 이자는 원칙적으로 소득세법 시행령 제45조에 따른 수입시기에 해당하는 날이 속하는 사업연도의 손금으로 한다. 다만, 구 법인세법 제28조 제1항 제3호는 ‘대통령령으로 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.’라는 취지로 규정하고 있다. 구 법인세법 시행령 제52조 제1항은 ‘법 제28조 제1항 제3호에서 대통령령으로 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자란 그 명목 여하에 불구하고 사업용 고정자산의 매입․제작 또는 건설(이하 ’건설 등‘)에 소요되는 차입금(특정차입금)에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금을 말한다.’라고 규정하고, 제2항은 ‘특정차입금에 대한 지급이자 등은 건설 등이 준공된 날까지 이를 자본적 지출로 하여 그 원본에 가산한다.’고 규정하고 있다. 이처럼 사업용 고정자산 건설 등에 소요된 차입금 이자 등은 당해 사업용 고정자산의 취득원가를 구성하고, 각 사업연도 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 않는다. 나) 구체적 판단 쟁점3과 관련된 추정 건설자금 이자는 모두 ‘재고자산’인 판매용 토지의 매입․건설 등에 소요되는 차입금 이자인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 그런데 ① 구 법인세법 시행령 제70조 제1항 제2호가 지급이자의 손금 귀속시기에 관하여 명확하게 규정하고 있는 점, ② 그 문언이나 관련 법령의 규정 체계상위 규정이 간접비용인 이자에만 적용된다고 해석할 별다른 근거가 없는 점, ③ 구 법인세법 제28조 제1항 제3호, 구 법인세법 시행령 제52조 제1항이 사업용 고정자산에 한정하여 위와 같은 원칙에 대한 예외를 인정하여 자본화를 허용하고 있는 점, ④ 권리의무확정주의나 수익비용대응 원칙이 법인세법령의 손익 귀속시기에 관한 명문 규정에 우선할 수 없는 점 등을 종합하면, 사업용 고정자산이 아닌 재고자산 건설 등에 소요되는 차입금 이자를 자본적 지출로 보아 자산 취득원가로 인식하는 것은 허용되지 않는다고 보아야 한다(서울고등법원 2019. 9. 19. 선고 2019누45502 판결 참조). 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다. 4) 소결론 쟁점3에 관한 원고 주장은 받아들이지 않는다. 마. 쟁점4에 관한 판단 : 원고 주장 배척 1) 인정사실 가) 이 사건 각 기부채납 (1) 원고는 2010~2014년 사이 화성 동탄1지구 택지개발사업 등을 시행하면서 관할 지방자치단체에 별지4 표㉮ 기재와 같이 도로, 도서관 등 기반시설 설치 명목으로 현금(137,198,761,061원)과 현물(49,231,467,270원), 합계 186,430,228,331원 상당을 기부채납하고, 이를 토지 매출원가로 계상하여 해당 사업연도 손금에 산입하였다(각 사업연도별 기부채납액 합계액은 표2 기재와 같다). (2) 같은 경위로 원고는 2015 사업연도에 별지4 표㉯ 기재와 같이 지방자치단체에 합계 2,926,027,000원 상당 기반시설 등을 기부채납하고 이를 토지 매출원가로 계상하였으나, 법인세 신고시에는 이를 기부금으로 신고하였다(이하 전항의 기부채납과 합쳐서 ‘이 사건 각 기부채납’. (3) 한편 감사원은 원고에 대한 감사를 실시한 후 2010. 8. 2.경 원고에게 ‘지방자치단체에서 법적 근거 없이 요구하는 기반시설 설치와 시설물 유지관리비 등을 택지 조성원가에 산입하지 않도록 하고, 이미 지방자치단체와 협약을 체결한 사항도 재검토하여 사업비 부담이 없도록 조치하는 등 재무건전성 확보 방안을 마련할 것’을 통보한 바 있다. 나) 피고의 법인세 경정ㆍ결정 처분 피고는 이 사건 각 기부채납액이 구 법인세법 제24조 제2항에 정한 법정기부금에 해당한다고 보아, 원고의 2010∼2014 사업연도 소득금액과 관련하여 기부채납액 중 법정기부금 손금산입한도액을 초과한 약 1,701억 원을 손금불산입하여 이 사건 결손금 감액처분을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 15, 17∼20, 30, 31, 37, 40∼48, 57∼60, 105∼152, 을 1, 3, 10, 15∼19, 변론 전체 취지 2) 원고 주장 요지 가) 주위적 주장 이 사건 각 기부채납액은, 원고가 택지개발사업 등 시행 과정에서 사업과 관련하여 지방자치단체에 기부채납한 시설물 또는 그 설치비용이다. 이는 개발사업 관련 인․허가권자인 지방자치단체 요구에 따른 것이고, 원고로서는 이에 응하지 않을 수 없었으므로, 판매용 토지(택지) 취득원가에 포함되어야 한다. 나) 예비적 주장 22) 다만 최초 2015 사업연도 법인세 신고시 원고의 법정기부금 한도액이 2015년 기부채납액(2,926,027,000원 상)을 초과하였으므로, 위 금액은 전액 손금에 산입되었다. 이 사건 각 기부채납액은 특정 개발사업의 원활한 수행을 위하여 지방자치단체장과 협약을 체결하고 지출한 비용이고(사업관련성), 원고와 같은 택지개발사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황이었다면 지방자치단체의 기부채납 요구를 거절하기 어려웠을 것이며(통상성), 이 사건 각 기부채납으로 사업 대상 토지의 이용 편의가 증대되었으므로(수익관련성), 이 사건 각 기부채납액은 구 법인세법 제19조 제2항이 정한 손금 요건을 충족한다. 따라서 이 사건 각 기부채납액은 구 법인세법 제19조 제1항에 따라 각 사업연도 손금에 산입되어야 한다. 3) 주위적 주장에 관한 판단 (배척) 가) 관련 규정 (1) 구 법인세법 제19조에 따르면 손금은 자본 또는 출자 환급, 잉여금 처분 및 동법에서 규정한 것을 제외하고 해당 법인 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 하고(제1항), 손비는 법령에 달리 정하고 있는 것을 제외하고0는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다(제2항). 구 법인세법 시행령 제19조 제1호는 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액과 그 부대비용을 손비로 정하고 있다. (2) 택지개발촉진법 제18조의2 제1항은 ‘택지를 공급하려는 자는 국토교통부령으로 정하는 기준에 따라 택지조성원가를 공시하여야 한다. 이 경우 택지조성원가는 용지비, 조성비, 직접인건비, 이주대책비, 판매비, 일반관리비, 그 밖에 국토교통부령으로 정하는 비용으로 구성된다.’라는 취지로 규정하고 있다. 그 위임에 따라 택지개발촉진법 시행규칙 제11조 제1항은 위 ‘그 밖에 국토교통부령으로 정하는 비용’을 용지부담금, 기반시설 설치비, 자본비용, 택지개발사업과 관련하여 발생하는 그 밖의 비용으로 규정하고 있다. 같은 조 제2항 [별표]는 택지조성원가에 포함되는 기반시설 설치비에 관하여 ‘도로, 상수처리 관련 시설, 하수처리 관련 시설, 에너지ㆍ통신시설, 그 밖의 기반시설 등 택지개발지구 외의 기반시설 설치에 소요된 비용(다른 법령이나 인가ㆍ허가조건에 따라 국가 또는 지자체에 납부하는 부담금 및 공공시설설치비 등을 포함한다)’으로 규정하고 있다. 위 각 규정 적용에 필요한 세부사항 등을 정한 국토교통부 고시인 ‘공공택지 조성원가 산정기준 및 적용방법’ 역시 택지 조성원가 산정방법과 관련하여 기반시설 설치비에 포함되는 각종 부담금은 타 법령이나 인․허가조건에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 납부하는 것으로 한정하고 있다[5. 차. 1)]. (3) 한편 택지개발촉진법 시행령 제13조의2 제7항에 따른 택지 공급방법과 공급가격의 기준 등에 관한 사항을 규정하기 위해 제정된 택지개발업무지침(국토교통부훈령) 제37조(지역개발투자)는 ‘택지개발사업 시행자는 당해 택지개발사업으로 발생하는 개발이익의 일부를 도서관, 문화회관 등 해당지역의 문화․복지시설 설치에 지원할 수 있다.’라고 규정하고 있다. 나) 판단 앞서 든 증거에 변론 전체 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음 사정들을 종합하여 볼 때, 이 사건 각 기부채납액은 원고가 별지4 기재 각 개발사업으로 조성․판매 토지의 취득원가 등 토지 매출에 직접 대응하는 비용에 포함된다고 보기 어렵다. 원고의 주위적 주장은 받아들이지 않는다. ❶ 이 사건 각 기부채납은 별지4 기재 각 개발사업의 근거 법률이나 개발계획 또는 실시계획 등에 따라 이루어진 것이 아니다. 이 사건 각 기부채납이 개발사업 승인 조건으로 되어 있지도 않다.23) 원고는 실시계획 내용이나 사업 조건 등과는 별개의 협의를 통해 이 사건 각 기부채납을 하였다. 기부채납 방법도 대부분 원고가 시행하는 개발사업과 별개로 지방자치단체가 시행하는 도시계획시설사업 등의 사업비를 현금으로 지원하는 방법으로 이루어졌다. 즉 이 사건 각 기부채납은 별지4 기재 각 개발사업의 내용으로 편입되거나 개발사업 일환으로 이루어진 것이 아니다. 위 각 개발사업은 이 사건 각 기부채납의 동기나 계기가 되었을 뿐이다. ❷ 이 사건 각 기부채납이 개발사업 시행에 필수적인 것이라고 보기도 어렵다. 원고는 이 사건 각 기부채납이 지방자치단체의 요구에 따라 이루어졌고, 원고로서는 그와 같은 요구를 사실상 거부할 수 없었다고 주장한다. 그러나 ① 앞서 본 감사원 감사 후 원고가 지방자치단체와 재협의를 통해 기존에 이루어진 기부채납 협의를 상당 부분 취소한 것으로 보이고, 신규 기부채납 건수나 액수 자체도 줄어들고 있는 추세로 보이는 점(별지4 표㉯ 2015년 기부채납액 등 참조), ② 재협의로 취소하지 못한 부분 역시 기부채납 자체가 사업 시행에 꼭 필요해서라기보다는 이미 기부채납에 관한 협약이 체결되어 있어 협약 불이행에 따른 손해배상 등 문제가 제기될 우려 등에 상당 부분 기인하는 것으로 보이는 점, ③ 지방자치단체가 위 각 개발사업과 연계하여 이 사건 각 기부채납을 강요하였다거나, 이 사건 각 기부채납을 하지 않을 경우 원고가 주장하는 관련 개발사업에 관하여 불이익을 가하였을 것이라는 점에 관한 직접적․ 객관적 증거도 찾아볼 수 없는 점, ④ 오히려 원고가 그 주장과 같은 불이익을 예방하기 위한 목적보다는, 지방자치단체와 관계를 돈독하게 하여 특정 또는 불특정 개발사업 시행 등을 원활하게 하는 것을 주된 목적으로 또는 택지개발업무지침 제37조 등에 따라 개발이익 환원 차원에서 이 사건 각 기부채납을 하였을 가능성도 배제할 수 없는 점, ⑤ 위 ①항과 같은 사정에 비추어 보면, 사기업에 비하여 수익성, 이윤 추구, 경영책임 등에서 상대적으로 자유로운 공기업의 특성 역시 원고가 막대한 자금을 기부채납에 사용하게 된 원인이 된 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다. ❸ 앞서 본 택지조성원가 산정에 관한 택지개발촉진법령 규정에 비추어 보면 이 사건 각 기부채납액은 관련 개발사업으로 조성한 택지 등 조성원가에 포함시킬 수 없는 비용이다. 원고가 개발사업 실시계획에 따라 신설하여 국가와 지방자체단체에 무상으로 귀속시키거나 각종 인․허가 조건에 따라 기부채납하는 기반시설의 설치비용,광역교통시설부담금, 개발부담금 등 각종 부담금만 해도 막대한 점 등을 고려할 때, 원고가 그와 별개로 협의 등을 통해 기부채납한 기반시설 관련 비용까지 조성원가에 포함시키는 것은 공공택지 조성과 관련하여 적정 분양가격 산정을 유도하고 개발사업 주체인 원고 등 공기업의 경영투명성을 제고하여 국민 주거생활의 안정과 복지 향상 등에 이바지하고자 하는 위 법령 규정의 취지에 반하는 결과가 된다는 점에서도 그와 같이 보는 것이 옳다. 감사원 역시 앞서 본 원고에 대한 감사 결과 같은 의견을 밝혔다. ❹ 이 사건 각 기부채납이 별지4 기재 각 개발사업으로 조성하는 토지 등의 가치를 현실적으로 증가시켰다고 보기도 어렵다. 이 사건 각 기부채납은 개발사업 실시계획이나 인허가 조건 등에 포함되지 않은 것일 뿐만 아니라, 기부채납 내용 자체도대부분 조성 토지의 가치와는 직접적인 관련이 없는 장지 조성, 국제고등학교와 동사무소 신축, 지구 밖 도로 개설이나 인근 산업단지 배수지 건설 등이기 때문이다. 또한 별지4 기재 각 기반시설은 애당초 원고가 작성한 실시계획에는 포함되어 있지 않고, 원고 주장에 따르더라도 이는 지방자치단체의 요구에 따라 설치하게 된 것이라는 점 등에 비추어 보더라도, 원고는 택지 등의 가치 증대를 위해서가 아니라 지방자치단체와 관계를 원만하게 하기 위하여 또는 택지개발업무지침 제37조(지역개발투자)에 따라 택지개발사업으로 발생하는 개발이익 일부를 해당 지역 문화․복지시설 설치에 지원하는 차원에서 위 각 기반시설 설치비용을 분담한 것으로 보인다. ❺ 이 사건 각 기부채납이 별지4 기재 각 개발사업 시행이나 택지 등 매출에 어떻게 기여하였다는 것인지도 분명하지 않다. 이 사건 각 기부채납 중 당정역사(군포당동2지구), 동서간 간선도로(화성동탄1지구) 설치 관련 기부채납 등의 경우 관련 협약서에 ‘군포시장은 군포시 관내에서 원고가 시행하는 국책사업의 행정지원에 적극 협조한다.’라거나, ‘화성시장은 원고가 시행하고 있는 사업 및 향후 시행되는 사업에 필요한 행정적 사항을 적극 협조․지원하기로 한다.’라는 내용이 기재되어 있기는 하다(갑 18, 19). 그러나 이 사건 각 기부채납의 경우 기부채납과 관련된 협약서 자체가 작성되지 않거나, 협약서가 작성된 경우에도 지방자치단체의 행정지원 등에 관한 내용이 포함되지 않은 경우가 오히려 더 많은 것으로 보인다(남양뉴타운 도서관, 고양삼송 배드민턴장 등). 더구나 이와 같은 규정이 단순한 선언적 규정을 넘어 지방자치단체장에게 구체적인 의무를 부과하는 규정이라거나, 지방자치단체장에게 행정청으로서 관련 법령에 따라 일반적으로 부담하는 의무나 책임을 넘어 원고에 대하여 구체적이고 특별한 의무를 부담하도록 한 규정이라고 보기도 어렵다. 원고가 이 사건 각 기부채납 대가로 특별한 행정적 지원이나 협력을 받았다고 볼 별다른 증거도 없다. ❻ 결론적으로 이 사건 각 기부채납은 별지4 기재 각 개발사업 내용이나 승인조건 등에 따라 이루어진 것도 아니고, 위 각 사업 수행을 위하여 필수적인 것도 아니었으며, 사업 시행에 기여하였다고 볼 별다른 증거도 없다. 이러한 여러 사정을 종합해 볼 때, 이 사건 각 기부채납액을 위 각 개발사업 시행에 직접 관련된 비용 또는 개발사업에 따른 수익 발생에 직접 대응하는 비용에 해당한다고 보기 어렵다. 4) 예비적 주장에 관한 판단 (배척) 가) 관련 법리 구 법인세법 제19조 제1항은 원칙적으로 ‘손금은 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.’라고 규정하고, 제2항은 원칙적으로 ‘손비는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.’라고 규정하고 있다. 여기에서 말하는 ‘일반적으로 용인되는 통상적인 비용’이란 납세의무자와 같은 종류 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미한다. 그러한 비용에 해당하는지는 지출 경위와 목적, 형태, 액수, 효과등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 한다. 특별한 사정이 없는 한 사회질서에 위반하여 지출된 비용은 여기에서 제외되며, 수익과 직접 관련된 비용에 해당한다고 볼 수도 없다(대법원 2015. 1. 15. 선고 2012두7608 판결 등 참조). 나) 판단 주위적 주장에 관한 판단 부분에서 본 여러 사정에 더하여, 앞서 든 증거에 변론 전체 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 각 기부채납액은 손금산입 요건 중 통상성 및 수익관련성을 인정하기 어렵다. 따라서 이와 다른 전제에서 이 사건 기부채납액이 법인세법 제19조에 정한 손금에 해당한다는 원고의 예비적 주장도 받아들이지 않는다. 1) 다음과 같은 사정에 비추어 볼 때 수익관련성을 인정하기 어렵다. ❶ 앞서 본 것처럼 이 사건 각 기부채납은 원고가 별지4 기재 각 개발사업과 관련하여 수익을 창출하기 위해 적극적으로 계획하여 시행한 것이 아니라, 지방자치단체와 관계를 원만하게 하거나 개발이익 일부를 해당 지역에 환원하는 차원에서 이루어진 것으로 보인다. ❷ 이 사건 각 기부채납이 별지4 기재 각 개발사업을 비롯하여 원고의 사업수행이나 수익 창출에 기여한 사실을 인정할 증거도 부족하다. 특히 이 사건 각 기부채납액이 합계 약 1,893억 원에 달하고, 더구나 위 금액은 원고가 별지4 기재 각 개발사업과 관련하여 지방자치단체에 기부채납한 금액의 일부에 불과함에도, 그에 따라 어떤 이익 또는 수익이 발생하였는지가 분명하지 않다. 오히려 원고 주장에 따르더라도 이 사건 각 기부채납을 비롯한 과도한 기부채납은 원고의 경영악화와 부실을 야기하여, 원고가 2011년경 시행한 강도 높은 구조조정의 한 원인이 된 것으로 보일 뿐이다(참고자료 135, 139 등 참조). ❸ 별지4 기재 각 기반시설, 특히 간선도로, 동사무소, 산업단지 기반시설등은 원고가 비용을 부담하지 않더라도, 지방자치단체나 다른 사업 시행자가 그 비용으로 설치해야 하는 것들이다. 2) 다음 사정들을 고려하면, 원고와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 같은 상황에서 원고와 같은 정도의 기부채납을 하였을 것이라고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 각 기부채납액은 통상성도 인정하기 어렵다. ❶ 이 사건 각 기부채납은 관련 법령, 개발계획이나 실시계획, 또는 각종 인․허가 조건에 따라 이루어진 것이 아니라, 원고가 지방자치단체와 자의로 체결한 협약 등에 따라 이루어진 것이다. ❷ 이 사건 각 기부채납은 앞서 본 것처럼 수익관련성을 인정하기 어렵다. 그에 반해 기부채납 규모와 액수는, 동종 사업자가 같은 상황에서 같은 정도의 기부채납을 하였을 것이라고 추단하기에는 너무 크다. ❸ 경영책임 등에서 상대적으로 자유로운 공기업의 특성이나 원고 설립 전한국토지공사 등의 방만한 기업 운영 역시 수익관련성도 없고 설치의무도 없는 기부채납을 하게 된 원인 중 하나가 된 것으로 보이는 점에 비추어 보더라도, 제출된 증거만으로는 동종 사업자가 같은 상황에서 원고와 같은 정도의 기부채납을 하였을 것이라고 인정하기에 부족하다. ❹ 실제로 다른 택지개발사업 등 시행자들이 이 사건 각 기부채납과 같은 규모로 도로, 철도 역사, 고등학교, 동사무소, 자연장지, 인근 산업단지 기반시설, 도서관, 배드민턴장을 설치하거나 그 설치비용을 분담하는 내용의 기부채납을 하고 있다고 볼 별다른 증거도 없다. 3) 덧붙여 조세정책적 관점에서 보더라도 이 사건 각 기부채납을 손금으로 인정하는 것은 타당하지 않아 보인다. 이를 손금으로 인정할 경우 개발사업과는 관련성도 없는 지방자치단체의 공공기설 기부채납 요구와 그에 따른 원고의 기부채납을 조장하여 부당결부금지 원칙 등을 잠탈할 우려가 있고, 그 결과 원고가 부담하게 된 기부채납 비용은 탈법적으로 택지 등 조성원가에 산입되어 최종적으로 그 수요자인 국민들에게 전가될 우려가 크며, 그렇지 않더라도 공기업인 원고의 부실을 초래하여 국가 재정에 부담을 주게 되기 때문이다. 바. 쟁점5에 관한 판단 : 원고 주장 배척 1) 인정 사실 가) 원고는 2012∼2014 사업연도에 사업용 고정자산(임대주택) 건설에 착수하였다가 공급유형 변경 등 이유로 일시적으로 사업을 중단한 사업지구에 관하여, 사업 중단 시점부터 사업 재개일까지 발생한 사업용 고정자산의 매입․제작 또는 건설에 소요되는 차입금에 대한 지급이자(이하 ‘건설자금 이자’) 합계 89,324,587,620원에 대해서는 K-IFRS 제1023호 문단 20 및 원고의 차입원가 자본화 회계처리 지침(갑 61) 등을 근거로 자본화(자본적 지출로 하여 그 원본에 가산하는 것)를 중단하고, 이를 영업외비용으로 회계처리한 후 위 각 사업연도 손금에 산입하여 법인세를 신고하였다(각 사업연도별 금액은 표2 기재와 같다). 나) 피고는 위 89,324,587,620원은 법인세법상 자본화를 하여야 하는 건설자금이자이고 자본화 중단은 허용되지 않는다고 보아 구 법인세법 제28조 등 규정에 따라 이를 손금불산입하여 원고의 2010∼2014 사업연도 소득금액을 재계산하여 이 사건 결손금 감액처분을 하였다. 다) 위 나)항과 같은 이유로 2015 사업연도 법인세 신고시 원고가 손금불산입하였으나, 이 사건 경정청구로 손금에 산입해달라고 한 자본화 중단 건설자금 이자는 24,295,982,200원이다[이하 나)항의 건설자금 이자 89,324,587,620원과 합쳐서 ‘이 사건 건설자금 이자’]. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 2, 14, 15, 30, 31, 61, 63, 71, 을 1, 3, 11, 변론 전체 취지 2) 원고 주장의 요지 구 법인세법 제28조 제1항 제3호, 구 법인세법 시행령 제52조는 고정자산 건설 등에 소요되는 차입금 이자를 자본화할 것과 그 종료 시점만 규정할 뿐이다. 법인세법령은 자본화 중단에 관해서는 별다른 규정을 두고 있지 않다. 따라서 고정자산 건설 등이 중단될 경우 건설자금 이자 자본화를 중단할지는 구 법인세법 제40조, 제43조에 따라 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준에 따라야 한다. 그런데 원고에게 적용되는 K-IFRS 제1023호 문단 20, 21과 원고의 차입원가 자본화 회계처리지침은 고정자산에 대한 적극적인 개발활동을 중단한 기간에는 건설자금 이자 자본화를 중단하도록 규정하고 있으므로, 건설 등 중단 기간에는 이 사건 건설자금 이자 자본화를 중단하여야 한다. 또한 이 사건 건설자금 이자를 업무무관비용으로 볼 수도 없다. 따라서 이 사건 건설자금 이자는 그 지급 시점이 속하는 사업연도 손금에 산입하여야 한다. 3) 판단 가) 관련 법리 권리의무확정주의와 기업회계 존중 등 법인세법 제40조, 제43조에 관한 법리는 쟁점1에 관한 판단에서 본 것과 같다. 나) 관련 규정과 회계기준 구 법인세법 제28조 제1항 제3호는 ‘대통령령으로 정하는 건설자금에 충당한차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 않는다.’라고 규정한다. 구 법인세법 시행령 제52조는 위 ‘대통령령으로 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자’를 ‘그 명목 여하에 불구하고 사업용 고정자산 매입․제작 또는 건설에 소요되는 차입금(고정자산의 건설 등에 소요되는지 여부가 분명하지 아니한 차입금은 제외한다)에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금’으로 정의하고(제1항), ‘위와 같은 차입금에 대한 지급이자 등은 건설 등이 준공된 날까지 이를 자본적 지출로 하여 그 원본에 가산한다.’는 취지로 규정하고 있다(제2항 본문). K-IFRS 제1023호는 ‘차입원가’를 자금 차입과 관련하여 발생하는 이자 및 기타 원가로, ‘적격자산’을 의도된 용도로 사용 또는 판매 가능하게 하는 데 상당한 기간을 필요로 하는 자산으로 정의한 다음(문단 5), ‘차입원가는 자본화 개시일에 적격자산 원가로 처리한다. 자본화 개시일은 최초로 1) 적격자산에 대하여 지출하고 있을 것, 2)차입원가를 발생시키고 있을 것, 3) 적격자산을 의도된 용도로 사용하거나 판매 가능한 상태에 이르게 하는 데 필요한 활동을 수행하고 있을 것을 모두 충족시키는 날이다 (문단 17). 적격자산에 대한 적극적인 개발활동을 중단한 기간에는 차입원가 자본화를 중단한다(문단 20). 자산을 의도된 용도로 사용하거나 판매 가능한 상태에 이르게 하는데 필요한 활동을 중단한 기간에도 차입원가는 발생할 수 있으나, 이러한 차입원가는 미완성된 자산을 보유함에 따라 발생하는 비용으로서 자본화 조건을 충족하지 못한다.반면 상당한 기술 및 관리활동을 진행하고 있는 기간에는 차입원가 자본화를 중단하지 아니한다. 또한 자산을 의도된 용도로 사용하거나 판매 가능한 상태에 이르기 위한 과정에 있어 일시적인 지연이 필수적인 경우에도 차입원가 자본화를 중단하지 아니한다. 예를 들어, 건설기간 동안 해당 지역의 하천수위가 높아지는 현상이 일반적이어서 교량 건설이 지연되는 경우에는 차입원가의 자본화를 중단하지 아니한다(문단 21).’라고 규정하고 있다. 다) 구체적 판단 다음과 같은 이유로, 이 사건 건설자금 이자는 구 법인세법 제28조 제1항 제3호, 구 법인세법 시행령 제52조 제2항에 따라 각 사업연도 손금에 산입할 수 없고, 건설 등 준공시까지 이를 자본화하여야 한다고 보아야 한다. (1) 구 법인세법 제28조 제1항 제3호, 구 법인세법 시행령 제52조 제2항은 차입금이 사업용 고정자산 건설 등에 소요된 것이 분명한 이상 그에 대한 지급이자(건설자금 이자) 등은 ‘준공된 날까지’ 이를 자본적 지출로 하여 그 원본에 가산하고 당해 사업연도 손금에 산입하여서는 안 된다고 명확하게 규정하고 있다. 이처럼 법인세법령은 그 종기를 ‘준공된 날까지’로 명시하여 건설자금 이자를 자본화하도록 규정하고 있을 뿐, 준공 전 자본화 중단이나 중단에 따른 손금 귀속시기에 관하여 달리 규정하고 있지 않다. 따라서 건설자금 이자 자본화 중단은 허용되지 않는다고 해석하는 것이 위와 같은 법령 규정 문언이나 체계 등에 부합한다. 위 법령 규정을 이와 같이 엄격하게 해석하는 것이 조세공평 원칙에도 부합한다. (2) 위 법인세법령 규정은 ‘차입금’ 용도에 따라 그에 대한 지급이자를 자본화할지 여부를 규정하고 있을 뿐, 차입금에 대한 ‘지급이자’가 고정자산 건설 등을 위해 지출된 것인지 아니면 미완성 자산 보유를 위해 지출된 것인지에 따라 자본화 여부에 관하여 달리 규정하고 있지도 않다. (3) 과세관청도 건설자금 이자에 관해서는 자본화 중단을 허용하지 않는 것으로 일관되게 해석해온 것으로 보인다(을 11-3, 을 20, ｢법인 1264.21-2394, 1984. 7. 21.｣ 등). (4) 법인세법령이 건설자금 이자를 자본화하도록 규정하고 손금에 산입하지 아니하도록 규정하는 것은, 건설을 위하여 조달한 차입금 이자를 건설원가에 산입하지 아니하고 기간비용에 계산하게 된다면, 그 비용에 대응하는 수익이 없음에도 비용계산을 허용하는 셈이 되어 수익비용대응 원칙에 위배된다는 점에 그 이론적 근거를 두고 있다(대법원 1995. 8. 11. 선고 95누3121 판결 등 참조). 그런데 건설 중단 기간에 발생한 건설자금 이자 역시 당해 사업연도에 대응하는 수익은 존재하지 않으므로, 이 사건 건설자금 이자를 당해 사업연도 손금에 산입할 경우 수익 실현 전 비용만 인정하는 결과가 되어 수익비용대응 원칙에 반한다. 또한 아직 고정자산 건설에 따른 수익이 실현되지 않은 상태에서 건설 중단이 발생할 때마다 거액의 건설자금 이자를 당해 사업연도 손금에 산입할 수 있도록 한다면, 조세 행정의 법적 안정성을 해치고 납세의무자의 자의에 의한 과세 왜곡이 발생할 우려가 있다. 따라서 기업의 경영성과와 재무상태 등에 관한 유용하고 정확한 경제적 정보 전달을 그 목적으로 기업회계에서는 별론으로 하고, 현행 법인세법령상으로는 건설 등 중단에 따른 건설자금 이자 자본화 중단을 인정하기 어렵다. (5) 원고가 주장하는 자본화 중단 관련 기업회계기준이 위와 같은 법인세법령 규정에 우선할 수는 없다. (6) 한편 원고는 이 사건 건설자금 이자 자본화 중단과 관련된 건설공사 중단 등의 원인으로 사업시행 유형 변경, 공급 유형 변경, 주택계획 변경승인, 동일수급권 내 순차 착공, 재무구조 악화로 사업추진일정 조정, 사업성 개선 후 사업추진, 수요유인 단계별 시행 사업계획 조정, 적정수요 내 단계별 시행, 공익적 측면에서 착공시기 조정 등을 주장하고 있다. 그런데 ① 그와 같은 사유 중 주택계획 변경승인, 사업시행 유형 변경 등은 사업용 고정자산(임대주택) 건설 공사 과정에 통상적으로 수반되거나 보다 원활한 사업 시행 등을 위해 필요한 것이기도 하므로, 그에 따른 공사 중단은 K-IFRS 제1023호 문단 21에 정한 ‘일시적인 지연이 필수적인 경우’에 해당한다고 볼 여지가 있는 점, ② 주택계획 변경승인이나 사업시행 유형 변경 등을 문단 21에 정한 ‘상당한 관리활동’으로 볼 여지도 있는 점, ③ 원고 주장에 따르더라도 원고가 건설자금 이자 자본화를 중단한 개발사업 중 상당수는 건설 및 자본화 중단 기간이 1년 내외로 길지 않은 점 등에 비추어 볼 때, 원고가 제출한 증거만으로는 이 사건 건설자금 이자가 기업회계기준에 정한 자본화 중단 요건을 충족하였다고 단정하기도 어렵다. 4) 소결론 쟁점5에 관한 원고 주장도 받아들이지 않는다. 사. 이 사건 결손금 감액처분 취소 청구에 관한 판단 : 일부 인용 원고가 주장하는 쟁점1∼5에 관한 위법사유 중 쟁점1, 2에 관한 주장은 이유 있고, 나머지 쟁점들에 관한 주장은 이유 없다. 따라서 이 사건 결손금 감액처분은 피고가 증액한 원고의 2010∼2014 사업연도 소득금액을 아래 표5 중 각 사업연도 합계란 기재 금액만큼 감액하는 것으로 경정되어야 한다. 즉 피고의 ① 2010 사업연도 결손금 감액처분 중 557,304,612,915원 부분, ② 2011 사업연도 결손금 감액처분 중 123,707,063,360원 부분, ③ 2012 사업연도 결손금 감액처분 중 472,461,496,747원 부분은 취소되어야 한다. 또 피고의 2011∼2015 사업연도 이월결손금 감액처분은 각 위 ①∼③항의 금액과 피고가 증액한 원고의 ④ 2012 사업연도 소득금액 92,692,863,490원 전부, ⑤ 2013 사업연도 소득금액 694,578,938,604원 중 274,167,498,137원 부분, ⑥ 2014 사업연도 소득금액 1,194,096,102,931원 중 295,766,936,828원 부분을 취소한 만큼 감액되어야 한다. 원고의 이 부분 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있다.

아. 이 사건 경정거부처분 취소 청구에 관한 판단 : 전부 인용 원고가 주장하는 쟁점 1, 3, 5에 관한 위법사유 중 쟁점1에 관한 주장은 이유 있고, 나머지 쟁점들에 관한 주장은 이유 없다. 따라서 원고가 신고한 2015 사업연도 법인세 과세표준 중 각 사업연도 소득금액 부분은 쟁점1 관련 소득금액 215,507,075,875원에서 25,586,977,138원을 뺀 189,920,098,737원만큼 감액되어야 한다(표3 참조). 또한 위 사.항에 따르면 2015 사업연도 소득금액에서 공제할 이월결손금도 증액(인정)되어야 한다. 그리고 그에 따라 원고의 2015 사업연도 법인세액 역시 감액․경정되어야 한다. 그렇다면 이 사건 경정거부처분은 위 인정 범위 내에서 위법하다. 다만 변론종결당시까지 제출된 자료만으로는 정당한 세액을 산출하기 어려우므로, 결국 이 사건 경정거부처분은 전부 취소되어야 한다. 자. 이 사건 농어촌특별세 부과처분 취소 청구에 관한 판단 : 전부 기각 쟁점3∼5에 관한 원고 주장이 배척될 경우, 이 사건 농어촌특별세 부과처분에 관한 피고의 과세표준 및 세액 인정이 정당하다는 사실에 관해서는 당사자 사이에 다툼이 없다. 그런데 앞서 본 것처럼 쟁점3∼5에 관한 원고 주장을 받아들이지 않으므로, 이 사건 농어촌특별세 부과처분의 과세표준과 세액은 정당한 것으로 인정할 수 있고, 달리 위 처분이 위법하다고 볼 사정이 없다. 따라서 원고의 이 부분 청구는 이유 없다. 5. 이 사건 부가가치세 부과처분 취소 청구 부분에 관한 판단 : 전부 인용 가. 인정사실 1) 원고는 2008. 1. 11. 주식회사 알파돔시티(이하 ’알파돔시티‘)에 성남판교 택지개발사업지구 C2-2 및 6-4 등 9개 블록(137,500㎡) 토지를 2,360,100,200,000원에 매도하였다(이하 ’제1매매‘). 2) 알파돔시티는 2012. 2. 29. 원고에게 제1매매 대상 토지 중 6-4블록(7,335㎡)과 그 지상 신축 예정 건물(이하 통틀어 ’이 사건 부동산‘)을 총 3,985억 원(토지 272,900,723,000원, 건물 125,599,277,000원, 부가가치세 별도)에 매도하였는데, 매매계약 주요 내용은 아래와 같다(이하 ’제2매매‘). (1) 계약금은 업무시설 및 상업시설 착공일인 2012. 6. 30.까지 총 매매대금의 10%를 지급 한다. (2) 매매대금은 매도인과 매수인 간 제1매매 계약에 따라 본 계약 체결일에 그 이행기가 도래한 매수인의 매도인에 대한 토지 매매대금 채권과 제2조 제1항에 기재 매매대금 지급채무를 대등액에서 상계하는 방식으로 할 수 있다. 이 경우 선납할인은 연 6.5%를 적용하여 위 금액에서 할인한다. 제3조 (3) 착공시기 및 거래종결일의 변경으로 인하여 각 매매대금의 지급시기가 변경될 경우 이에 따른 할인금액의 차이는 본건 사업부지 매매계약 잔금 지급 때 정산한다. 3) 원고는 2012. 2. 29. 알파돔시티의 원고에 대한 제2매매대금 채권 전액[매수대금 3,985억 원에 선납할인율(6.5%)을 적용하여 산정한 약 3,416억 원]과 원고의 알파돔시티에 대한 제1매매대금과 연체료 등 채권 일부를 대등액 범위에서 상계하였다. 4) 알파돔시티는 2015. 5. 28. 이 사건 부동산 건설공사를 착공하였다. 원고는 같은 날 알파돔시티로부터 제1매매 계약금 중 토지를 제외한 건물 부분에 관한 9,912,300,500원에 대한 세금계산서를 교부받았고, 이후 그 매입세액 991,230,050원을 공제받는 것으로 2015년 1기 부가가치세를 신고․납부하였다(이하 ’이 사건 세금계산서‘). 5) 피고는 ’이 사건 세금계산서는 재화 공급시기에 발급된 것이 아니고, 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제1항에 따라 대가 일부를 받고 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 발급된 것도 아니므로, 위 세금계산서를 근거로 매입세액을 공제받은 것은 부당하다‘고 판단하여, 2016. 2. 1. 그 매입세액 공제를 인정하지 아니하고 원고에게 2015년 1기 부가가치세 1,345,396,540원(가산세 354,166,496원 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이 사건 부가가치세 부과처분). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 14, 15, 21∼29, 63, 을 12, 변론 전체 취지 나. 원고 주장의 요지 1) 주위적 주장 구 부가가치세법 제17조 제1항의 개정 연혁, 문언 및 체계를 고려하면, 위 규정 의 ’이와 동시에‘라는 문구는 ’어떤 사실을 겸함(and)’ 또는 ’이와 함께(together)’를 의미하므로, 위 규정은 공급시기 도래 전 대가를 지급한 후 세금계산서를 발급한 이상 세금계산서 발급 시점을 공급 시점으로 의제하겠다는 규정이다. 따라서 이 사건 세금계산서는 구 부가가치세법 제17조 제1항에 따라 공급시기에 발급된 적법한 세금계산서이므로 그 매입세액은 공제되어야 하고, 이 사건 부가가치세 부과처분은 취소되어야 한다. 2) 예비적 주장 설령 부가가치세 부과처분이 적법하더라도, 원고가 부가가치세 납세의무가 있다는 것을 알지 못한 데 정당한 사유 있으므로 그에 대한 가산세 부과처분은 취소되어야 한다. 다. 주위적 주장에 대한 판단 : 인용 다음과 같은 이유로 구 부가가치세법 제17조 제1항은 재화 등 공급시기가 되기 전에 대가 전부 또는 일부를 지급받고 세금계산서를 발급한 이상 대가 지급 시기와 세금계산서 발급 시기의 과세기간이 다르더라도 세금계산서 발급 시점을 공급시기로 의제하겠다는 규정으로 해석함이 타당하다. 따라서 이 사건 세금계산서의 매입세액은 공제되어야 한다. 원고의 주위적 주장은 이유 있다(원고의 주위적 주장을 받아들이는 이상 예비적 주장에 관해서는 판단하지 않는다). 1) 조세법률주의 원칙상 조세법규 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다. 하지만 법규 상호 간 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2020. 7. 29. 선고 2019두56333 판결 등 참조). 2) 아래와 같은 구 부가가치세법 제17조 제1항의 입법 연혁에 비추어 볼 때, 대가를 이미 지급받은 경우 같은 법 제15조, 제16조에 정한 공급시기를 지나지 않는 이상 그 받은 대가에 관한 세금계산서 발급 시기에는 특별한 제한이 없다고 해석하는 것이 타당하다. 가) 부가가치세법은 1976. 12. 22. 법률 제2934호로 제정된 이래로 2003. 12. 30. 법률 제7007호로 개정되기 전까지 제9조 제1항, 제2항에서 재화와 용역 공급시기를 정하면서도, 제3항에서 ‘사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 간이세금계산서를 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.’라고 규정하여 특별한 제한 없이 세금계산서 등을 발급한 때를 공급시기로 의제해왔다. 나) 부가가치세법이 2003. 12. 30. 법률 제7007호로 개정되면서 제9조 제3항에 ‘재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여’라는 문언이 추가되기는 하였다30). 그런데 위 개정 조항에 관하여 국회 재정경제위원회 검토보고서 및 심사보고서는 ‘개정 취지는 대가 전부 또는 일부라도 미리 받는 경우에 한해 그 대가에 대한 세금계산서를 교부한 시기를 공급시기로 의제함으로써 아무런 대가 지급이 없이 매입세액 부당환급을 받는 사례를 방지하기 위한 것으로 당하다.’라는 의견을 밝히고 있다. 이에 비추어 보면 위와 같은 법률 개정 취지는 대가전부 또는 일부를 지급받은 경우에 한하여 지급받은 대가 범위 내에서만 세금계산서를 교부하도록 함으로써 대가를 지급받지 않고 세금계산서를 교부하는 것을 규제하고자 하는 것이지, 대가 지급과 세금계산서 발급을 동시에 또는 같은 과세기간에 하도록 강제하기 위한 것이 아님을 알 수 있다. 다) 나아가 2017. 12. 19. 법률 제15223호 부가가치세법 일부개정법률은 제17조제1항 중 ‘이와 동시에’ 부분을 삭제하였는데, 그 개정 취지는 ‘부가가치세법 해석ㆍ집행의 명확화 및 선발행 세금계산서 허용 범위를 명확하게 하기 위함’이다. 제17조 제1항의 적용범위를 확대하기 위한 것이 아니다. 3) 구 부가가치세법 제17조를 체계적으로 해석하더라도 그와 같이 해석함이 타당하다. 즉 구 부가가치세법 제17조 제2항은 대가를 지급받지 않고 세금계산서를 발급한 경우에도 그 발급일부터 7일 이내에만 대가를 받으면 해당 세금계산서를 발급한 때를 재화 등 공급시기로 본다. 그런데 앞서 본 구 부가가치세법 제17조의 입법 및 개정 취지(대가 수수 없는 세금계산서 발급을 이용한 부당 매입세액 공제 방지)에 비추어 볼 때, 대가를 전혀 수수하지 않고 세금계산서를 발급한 경우에도 7일 이내에만 대가를 수수하면 공급시기 의제가 허용되는데(제2항), 대가를 이미 수수한 경우에는 그와 동시에 세금계산서를 발급한 경우에만 공급시기 의제가 허용된다고 해석하는 것은(제1항) 법률의 논리적․체계적 해석 원칙에 반한다. 4) 구 부가가치세법 제17조 제1항 문언 역시 위와 같은 해석에 반하지 않는다. 사전적으로 ‘동시(同時)에’는 ‘같은 때나 시기에’라는 뜻 외에 ‘어떤 사실을 겸함’을 뜻을 가진다. 따라서 위 규정 중 ‘대가를 받고 이와 동시에 세금계산서를 발급하면’ 부분은‘대가 지급과 세금계산서 발급이 모두 이루어지면’으로 해석할 수 있다. 5)　 구 부가가치세법 제17조 제1항에 관한 기획재정부와 과세관청의 유권해석, 국세청 심사결정례 역시 대가를 공급시기 전 미리 지급한 경우로서 그 대가 지급 시기와 대가에 대한 세금계산서 교부 시기의 과세기간이 다르더라도 세금계산서 교부시기를 공급시기로 보아 매입세액을 공제할 수 있다고 해석해왔다(2007. 9. 3. 기획재정부 부가가치세과-634, 2011. 2. 10. 부가가치세과-132, 2015. 3. 24. 심사 부가 2014-187 등 참조). 6) 위와 같은 해석이 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성과 예측가능성을 해치거나 또는 부가가치세법이나 부가가치세 제도의 취지에 반한다고 볼 수도 없다. 즉 부가가치세 제17조 제1항은 재화 등 공급시기 전에 대가를 지급한 납세자로 하여금 조기에 매입세액을 공제받을 수 있도록 함으로써 그 경제적 부담을 덜어주는 기능을 한다. 징세권자 입장에서도 재화 등 공급시기 전에 부가가치세(매출세액)를 징세할 수 있으므로 이를 금지할 특별한 이유가 없다. 이와 같은 사정은, 재화 등 공급시기 전에 세금계산서가 발급된 이상, 대가 지급과 동시에 세금계산서가 발급된 경우나 대가를 지급하고 상당한 기간이 지난 후에 세금계산서가 발급된 경우나 차이가 없다. 다만 후자의 경우 납세자 입장에서 조기 환급 이익을 일부 포기하는 결과가 되지만, 이는 납세자의 선택에 따른 것이므로 금지할 이유가 없다. 부가가치세법이 대가 전부 또는 일부를 지급받은 경우 반드시 재화 등 공급시기 전 세금계산서 발급을 강제하고 있는 것도 아니다. 나아가 이 사건의 경우 이미 대가 지급이 이루어진 후 공급시기 전에 세금계산서가 발급되었을 뿐만 아니라, 알파돔시티가 이 사건 세금계산서를 발급한 과세연도에 그 매출세액을 신고․납부하지 않았다고 볼 별다른 주장․증명이 없다는 점에서도, 이 사건 세금계산서가 전단계 세액공제 제도의 정상적인 운영을 저해하거나 세금계산서의 본질적 기능을 해치는 것이라고 볼 수 없다. 라. 소결론 그렇다면 부가가치세법 제17조 제1항에 따라 이 사건 세금계산서 발급일을 재화공급시기로 보아 그 매입세액 991,230,050원을 공제한 원고의 2015년 제1기 부가가치세 신고․납부는 정당하다. 이와 다른 전제에 선 이 사건 부가가치세 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다. 6. 결론 이 사건 결손금 감액처분은 일부 취소되어야 하므로 그 취소를 구하는 원고 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없으므로 기각한다. 이 사건 경정거부처분과 이 사건 부가가치세 부과처분은 취소되어야 하므로, 그 취소를 구하는 원고 청구는 이유 있어 인용한다. 이 사건 농어촌특별세 부과처분 취소청구 부분은 이유 없으므로 기각한다.

[출처] 국세청 : 국세법령정보시스템 - 2019구합53967

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[ 소송경과 ]

[ 참조조문 ]

법인세법 시행령 제11조 제19조 제52조 제68조 제70조

택지개발촉진법 시행령 제13조

국토계획법 제65조 제99조

도시개발법 제66조

소득세법 시행령 제45조

부가가치세법 제17조